4KQPA

Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in complex with glutamine at 0.95 a resolution
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
230
structure length
230
Chain Sequence
ATPKKDVYTIASDNSFAPFEFQNDDKQFTGIDVDLLNAIAKNQGFKLKWNFIGFQAAVDSVQSGHADGMMSGMSITDARKQVFDYGSPYYSSNLTIATSSTDDSIKSWKDLKGKTLGAKNGTASFDYLNAHAKEYGYTVKTFTDATTMYSSLNNGSINALMDDEPVIKYAIKQGQKFATPIKPIPDGQYGFAVKKGSNPELIEMFNNGLANLRANGEYDKIIDKYLESDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
total genus 79
structure length 230
sequence length 230
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kqpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kqpA02
2QS1A 2QS4A 4EUOA 2O69A 1SW4A 2I4CA 4NEDA 4H8IA 1USYH 5CMKA 5I2KB 3RTFB 5EYFA 3AXFA 1Y9UA 1B3FA 2H4IA 4X1DA 4LA9A 3EF7A 5AA1A 1Y3PA 4FIMA 4MBPA 4JXIA 1DMBA 3QAXA 3ILTB 1YAEA 2RINA 4IO4A 1MY3A 2HZKA 4R72A 1B40A 4OFJA 4YB5A 3N26A 2DQVA 2QS2A 1ANFA 2X7QA 4PFTA 5EHMA 2XXVA 3RY3A 1LAGE 1LAFE 2Y84A 3VFJA 5K2YA 2VOZA 2DE4A 4KHZE 5FTIA 2OJTA 3Q28A 1LFIA 2RC8A 2CMOA 1SYIA 3M8UA 3K00A 3D4GA 3TEPA 1GTKA 2ONKE 5DVJA 1JW1A 1P1OA 3HHFA 3SEYA 3TTLA 1B5IA 1A7LA 3N94A 4NF5A 4F2OA 1FTJA 2Z22A 1N0TA 4HS7A 4ZE9A 3Q27A 4L17A 4LZ5A 1IXGA 1LFGA 5JEIA 4YICA 4R6HA 5HM4B 2QS3A 5H8QA 5CM6A 3MZBA 2VHAA 1FW0A 1FQFA 4YB6A 4GQOA 2ZYKA 3KFMA 2X7PA 4LQ5A 2B65A 3FJGA 2Y7KA 3IB2A 1LCFA 4FECA 2F6PA 2QL3A 1MQGA 1Y4CA 5H8NB 3E13X 4P0IA 1EZPA 4ISUA 4QFKA 1MY2A 3G3GA 3TQWA 1A8EA 4POXA 1Q1KA 3UIFA 1DTZA 1XT8A 4NTLA 1GVCA 4JSOA 1D9VA 1MH3A 1B6HA 1QUIA 3VLUA 1VE4A 2E1SA 2V93A 3D4CA 1GR2A 3VVFA 3G3HA 4G77A 4K3FA 3T66A 4DCXA 4RPOA 5ITPA 5FTHA 3OD7A 1SD3A 3U94A 5L9SA 4WEPA 1B51A 3CR9A 3V8XB 5M2VA 1YPNA 1VFEA 4GL8A 4G8HA 2OLBA 1Y20A 2RCAA 4MFIA 4R2FA 1B32A 4BDOA 3OO8A 1MQJA 2RCBA 2CZLA 3KSJA 1SDXA 3K1NA 3KN3A 4IO5A 4GVOA 4BDQA 4F39A 3K02A 3HN0A 3PD8A 4WEDA 2DYXA 1IIWA 3MZ1A 1ATGA 4F2QA 4TLLB 2H9BA 2XD2A 2O51A 5FHNA 3K1MA 1JVYA 3OELA 3QXMA 3HSTA 3RPWA 1UQWA 4JDFA 4TQUQ 4F1YA 5TPAB 2HAVA 1P1QA 3T96B 1NH8A 3T9UA 3TCGA 1RKMA 4U22A 3FXRA 4R6KA 4F22A 3M3KA 4H8JA 2YPNA 1ELJA 1PB7A 4RY1A 1YTVA 2V3UA 3SETA 5ICQA 1MM6A 1B7HA 3O6GA 5ITOA 4H65A 3PMVA 4DDDA 4QHQA 5DVIA 4AB6A 5CRYA 1FQBA 1QW0A 3MPKA 3IOVA 1AL3A 4XIGQ 1HSJA 5H8HB 5JK4A 2Z8DA 4GXSB 4KYDA 4IO2A 1PB9A 2ZNTA 5FHMA 3IL1B 1A40A 4N6PA 4UA8A 2A5TA 2VD3A 3FVNA 4NE4A 3ILUB 4KR5A 5ISUA 3H4ZA 1GV8A 1IXIA 1VR5A 4QFLA 2KLFA 2HAUA 3PU5A 1AOVA 4RXLA 2ESNA 3GXAA 2F7CA 1H3DA 4F31B 3R7XA 1RYXA 1PBPA 2Q2CA 1MY1A 2Q88A 2X26A 3BFUA 2RKMA 2GFEA 3TELA 4OEVA 2NUVA 1MXZA 1QULA 3FV1A 3GBAA 4PFYA 4LONB 3C34A 4X48A 1NNFA 3CIJA 2F78A 1JQFA 1TXFA 5A5XA 3MP8A 4OTEA 1XHYA 4I8CA 3T9XB 1TT1A 3VE1B 1FQAA 4HW8A 1Y3NA 1B46A 2R71A 4OEUA 1US4A 4KPTA 3SEUA 3IR1A 3SEVA 5I57A 3S9NC 1MPDA 1B58A 2HXWA 3PV0E 4C0RA 2DSFA 4DXCA 5CBSA 2H98A 4G68C 3MVZA 4NF8A 2OWTA 4YKJA 4DZ1A 4EQBA 4FEBA 4EQ7A 2OCUA 5JTYA 3E9XA 5B7DA 5DVFA 2QPQA 4ZEIA 1O64A 3K6WA 4U1ZA 4C1UA 5DEXB 1MG1A 2AYSA 3RT6B 1WVJA 3V5AA 2I49A 3R26A 3MVXA 2XX8A 1FQCA 3O29A 1NFTA 4GWOA 4YKPA 4POWA 4O3BA 1D9YA 5BUUA 2XXUA 4ELPA 3MP6A 2DXYA 3U92A 4H1XA 4LZ8A 3O66A 4F18A 5I57B 1NL5A 4E0WA 3OEKA 2FNCA 2GHBA 1I6BA 4IB2A 1N3XA 5J1DA 2HEUA 2GRVA 2NWJA 3GBBA 3IB1A 4EXKA 3TAJA 2ONRA 1JVXA 3RTWB 5DTBA 5JTYB 2Z23A 4G68A 3FVKA 4NWDA 4H67A 2PMSA 2QRYA 4TOZA 2AL4A 3A09A 4NWCA 1B1HA 4FE8A 2IEEA 5CMBA 3B6TA 5IKBA 4OQOA 4WXJA 3MPLA 2ONSA 3TTKA 3O9PA 4RK2A 2Y7IA 3KOSA 3MC2A 4JSDA 1S7YA 2XXRA 4KD5A 2I4BA 1M5FA 3R6UA 3DELB 3I6VA 4YAHX 4LVQA 4THIA 2V84A 4QSCA 2QMWA 2I58A 2XX9A 3OO9A 1XOCA 3T93B 1N84A 3TUSA 4QFPA 3H03A 3DP4A 4JWXA 2ABHA 3KEIA 4R73A 1ZKBA 1D3KA 3KBRA 1I69A 4NF4B 3GLBA 1JW4A 2GH9A 4DE8A 4DXUA 1B9JA 1JW5A 1UTBB 2V3TA 4N13A 3MZ9A 1AIVA 3C35A 2UVGA 4FORA 4N07A 3CI8A 3L6HA 4BLAA 2UVHA 3FVGA 4U4SA 4FAJA 2F5XA 3LSXA 2NOOA 1JEUA 1UIVA 2LAOA 1ZU0A 2P1SA 4U4XA 1LAXA 1B3HA 3QSLA 3KN7A 2F36A 4NMYA 3CSGA 1JEVA 3SKPA 1DPPA 4KFQA 3EQ1A 3MUQA 4OVJA 2NVUB 1CE2A 4NF6A 1MXWA 1R1NA 3IK6B 1DSNA 2THIA 3B6QA 2PBWA 3K2DA 3N5LA 1ZBMA 4YMBA 2DOJA 3FATA 1POTA 1POY1 5AA4A 1XVYA 4ZEBA 4XKPA 5AA3A 1EH3A 3TMGA 4RK9A 2O7UA 2P0SA 1S9TA 1P99A 1FTLA 4RPNA 4ESWA 1BTJA 3CFLA 1N76A 3CG1A 2DWAA 3FJ7A 2B3FA 1MM7A 3CSBA 3ONMA 4BDLA 3TZAA 2HQ0A 3SEXA 3KJ7A 4GRKA 3H6UA 2QJEA 3I5OA 4E0XA 3EHUA 3F11A 1B5HA 2O7IA 4GOTA 4ECFA 4KCDA 1SW2A 4LZ7A 4NF6B 3CVGA 3TKDA 4NF5B 4MLVA 2DP8A 2W7YA 3FV2A 4KCCA 5LOMA 3PUWE 2OWSA 4ZS9A 1B0LA 5AA4B 5H8QB 1UIUA 5EHSA 2R6GE 3U72A 5KDTA 4Q5TA 4HTGA 2OK2A 4X9TA 3VVEA 1URDA 1N7WA 3I3VA 1VSOA 3H06B 3IORA 4ZEDA 2UYFA 3JV9A 4IGTA 1YCJA 1IEJA 3QUFA 4Z0IA 1B0HA 3RLFE 3RGYA 3MVWA 4U2RA 1BLFA 1KWHA 1SI0A 1P1UA 1R9LA 3EPEA 3KZGA 3QIMA 4I62A 3S9EA 3LSLA 4OESA 2D3IA 4M4GA 1P1WA 3M3FA 2O1MA 1QJMA 4F3SA 1TWYA 3B6WA 3K6VA 1OQGA 4KYSA 2FYIA 4QSEA 2H99A 2REGA 3A3CA 3CFXA 5DYHA 3OO7A 4G8MA 1UTHA 2PX1A 3V89B 4OHNA 2XXWA 1OQHA 3FZVA 3GZGA 1S50A 1MPBA 1B3LA 4IO6A 2DWJA 4H0WA 2XX7A 4IY5A 4IGRA 3VDFA 2I0BA 4O3AA 1FQEA 1I6AA 3PPOA 2I3WA 4O3CA 4PFWA 1O63A 3OEMA 3W15C 4KQPA 1Y3QA 4R2BA 2AIXA 1MY0A 3PMXA 2F97A 3K0VA 2I6EA 3PD9A 1PB8A 4OZ9A 3O6HA 5CMCA 4DXBA 2Q89A 1MQDA 4R74A 1MS7A 4I9DA 1CB6A 2DS9A 2F7AA 2Y7RA 2RF1A 1LCTA 3OSRA 4GF8A 3S4UA 2WKYA 3K1PA 1ZIUA 4H6DA 3IOWA 3WAFA 4JWYA 4EF1A 3RQTA 4DIGA 2A5SA 4TLMB 1LSTA 3KN8A 3U1OA 1NMUA 4YKIA 4EDPA 2HZLA 3L6GA 1FTKA 2A5TB 1H76A 1R9QA 5I84A 3CG3A 1NH7A 1IITA 2Z8EA 3S9LC 3MBPA 2R9JA 2VD2A 4Q0CA 1SW5A 2DE2A 3JYRA 3OOAA 1T0KA 1QVSA 4QF9A 1URSA 1P1NA 4PETA 4R75A 4KI0E 3UN6A 4C1TA 3SDFA 3FASA 2ZYNA 2IA4A 2D5WA 1SBPA 1DTGA 1XVXA 4GIZA 3CRBA 3K4UA 2Y7PA 5A5XB 3HCQA 3LR1A 2XD3A 5HPQA 3IO4A 1B7UA 3DM0A 4JWOA 2F8DA 3FXQA 3IOUA 1SW1A 3PPQA 4G2ZA 2UVJA 2DWHA 5FHOA 5K2XA 3K6XA 2ANJA 2XXQA 3N6UA 1OVTA 4R9GA 4ELOA 2Q9TA 3DP6A 2NXOA 4NF8B 1H44A 3HHGA 2XXIA 1L5TA 3B7DA 4MH5A 1BP5A 2ZYOA 3QK6A 3DP8A 3LC8A 5AA2D 5I2KA 3PMWA 1FQDA 3QYTA 3USDA 1SI1A 3TODA 4XKNA 3ZSFA 4AQ4A 2XXHA 4H5FA 2PVUA 3FVOA 2AL5A 3Q25A 4RNSA 3U8QA 1GGGA 4LQ2A 1NKXA 1SQYA 4GD5A 1RYOA 1R6ZA 5IAIA 3V83A 2ZYMA 3OXNA 4PFUA 4Z7EA 1BKAA 1MXYA 1IUDA 4P11A 5CI5A 1H45A 4X1BA 1MH4A 4ZZAA 1Q35A 4YKKA 2REJA 3TCFA 4G68B 1XS5A 3KG2A 5F1QA 3LSWA 3VXCA 4PQJA 4H5GA 2I3VA 1PEBA 3PPPA 1WODA 1PBQA 3T9HB 2G93A 5L9MA 4R6YA 1M5CA 3O2AA 3HO7A 4GLIA 4XKQA 1ZJLA 2PYYA 3G3IA 4QSDA 5CC2A 1Y4TA 2HFBA 5F7VA 2DXRA 4ELQA 3FXUA 3OMBA 1MDP1 3K01A 2QMXA 1TFDA 3OENA 4GL0A 3SESA 4LUBA 4OXVA 3MVYA 1BIYA 2UVIA 3PUVE 2F34A 1F9BA 3UK4A 4BDNA 1PC3A 4F3GA 4XTCQ 1MPCA 2PT2A 3LBSA 2GHAA 5H8NA 2F35A 1AMFA 3SERA 4RYAA 5I59A 4IO7A 1NNTA 4ND9A 3MWBA 1EZOA 1LGBC 3TPAA 3H7MA 5AA2A 1FTMA 4F19A 4EQ9A 3FJMA 3C32A 1ZMGA 3C33A 1II5A 1OMPA 1IZ1A 3EHTA 4OWDA 2O84X 4YZZA 4FEDA 1ZLQA 1LAHE 4WKMA 2FA7A 2DVCA 2PT1A 4OMBA 4ZZEA 5I58A 5CMMA 3FD3A 2D21A 4P0GA 2DE3A 2Q8JA 5BWJA 3PUXE 1QUKA 4OFOA 3IAZA 4JB7A 4BDMA 3HV1A 2I48A 5I59B 2G29A 4YU0A 1AH5A 3T22A 4ZECA 4EF2A 4ZDMA 3C9HA 2UYEA 4JBZA 4F3BA 5AA2B 3OSQA 3ODBA 1MQHA 3FGSA 3K6UA 1Y1MA 4XKRA 1B7ZA 5TPAA 1O7TA 2RC9A 2ZMBA 3PPRA 3G3KA 4DLDA 1SVXB 1QKAA 4Q8RA 4R9FA 1TFAA 2Z8FA 2XXTA 3A3UA 5I58B 3KSXA 1EU8A 1IXCA 3G3JA 1A54A 3E4RA 2H5YA 2F6GA 3MJNA 4F29A 3IX1A 1DPEA 3BFTA 5KCJA 3MW0A 3S9MC 3KGCA 5H8HA 3UORA 1OVBA 3KOTA 3TTNA 3EN3A 3PUZE 2V3QA 5I56A 1N7XA 1N3WA 1H43A 2XHDA 1B2HA 3TCHA 3P7IA 4ESXA 5KDTB 4ZEKA 4KYEA 3H6VA 4OFLA 4OETA 3FUZA 4QFOA 1LBBA 3E3KA 4ZEFA 3IO6A 5DT6A 2RC7A 1I6QA 4OYVA 4F1VA 1Y1ZA 1M5EA 5ELVA 4DCYA 1HSLA 5TP9A 3U93A 3T9VA 1US5A 1A55A 1FCKA 1MXXA 3RT8A 1LLSA 5I2NA 1QKBA 5CBRA 3THIA 5KCJB 3IJXB 3BKIB 3N6TA 2UXAA 1MQIA 1ZTYA 4BDRA 5ICTA 1B1XA 1IQ7A 2OBGA 3VLVA 4LATA 1LB8A 5H8SA 2F7BA 5I56B 1B52A 1MY4A 2O68A 3ECRA 1XC1A 3C31A 4PE5B 1UTHB 1D4NA 3H3GA 3MAMA 2XXPA 3Q26A 1MXUA 3RNNA 4OENA 2OZZA 4G8NA 5KZTA 3ZKLA 4ZE8A 3MP1A 1MXVA 4XXUA 2HCAA 1B3GA 4MLQA 5DEXA 5H8FA 3PGFA 1DOTA 3W9WA 5TP9B 3VXBA 2XXYA 1MRPA 2H25A 1OLAA 5L8DA 5I2NB 4AB5A 3O97A 5TU0A 3O28A 4HCYA 1FTOA 4QRZA 4U1OA 3UP9A 1QUJA 4U23A 3KJTA 4ELRA 1B5JA 1OIBA 4FATA 2DVZA 3WAEA 3ZKKA 2M8CA 3PUYE 3RUMA 4UACA 1NNKA 3LUYA 1VFDA 1Z7NE 1B05A 4IY6A 1NNPA 2ZNUA 1IXHA 1JNFA 3IB0A 3Q29A 4RJZA 1B3EA 5AE4A 2P2AA 3C4MA 4Q30B 2DWIA 4PP0A 4G4PA 3EHSA 3TTRA 1SYHA 3W9VA 4EXLA 3DLNA 3BBRA 5H8FB 3QUJA 2E0SA 1A99A 4RA1A 4U21A 3S2VA 2QSXA 3SEWA 3M3LA 1OLCA 3ZS6A 2YLNA 4F1UA 4GFRA 3C36A 4LP2B 3PPNA 3TYHA 2VP1A 2ZNSA 4GXAA 4YMAA 3VLWA 1LFHA 1USYE 3UGWA 1JETA 2ALUA 1M5DA 2I0CA 1HSEA 1Z7ME 3IOTA 1N04A 1EZ9A 1B4HA 3H6WA 3H6TA 1PDAA 2BJJX 4I1DA 3O6IA 2B3BA 1B4ZA 3UA8A 4YB7A 4NF4A 3VVDA 4M1VA 3TQLA 3TTMA 5L9OA 4HCWA 2Q2AA 3CFZA 1UTBA 5B70A 4FJPA 4F3PA 2O6AA 1WDNA 1MDQA 4ONYA 3LSFB 2V25A 3MQ9A 4OERA 2XXXA 2YJPA 1A8FA 1LB9A 3FIRA 3IJOB 2VGQA 3TDJA 4QFNA 2Y7WA 5HBCA 1J1NA 3VV5A 4IO3A 1LBCA 2O1LA 3G7WA 3HPIA 2ZXTA 1URGA 3RN8A 3OO6A 1M5BA 3TFLA 3JZJA 3G3FA 4MF3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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