3IOWA

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c99-hg
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
419
structure length
414
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQQQQQQPPPPPPPPPPPQLPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 121
structure length 414
sequence length 419
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iowA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3iowA02
2CZLA 3C33A 3M3KA 4H5GA 5TU0A 5I57A 1ANFA 1ELJA 4RJZA 3OELA 1B51A 1TFAA 2F36A 4KR5A 5TP9B 3KG2A 3IO4A 4MFIA 4OWDA 3G3HA 4LUBA 5A5XB 1XS5A 2ZMBA 4FATA 1DTZA 4ZDMA 3EPEA 1P1WA 4LZ8A 4QF9A 5HM4B 4JB7A 4N6PA 2VP1A 4X1BA 3TQWA 1UQWA 2QS4A 4NF4A 4DZ1A 3ILUB 1M5FA 1JW4A 2XX9A 4NF8B 4Q5TA 2IEEA 3O28A 3R6UA 4HCYA 5F1QA 1ZLQA 3R7XA 1B0LA 1RKMA 2HAUA 3A09A 5AA1A 4AQ4A 3SEUA 1B1XA 1B3HA 1QW0A 2XXYA 4U2RA 4YB6A 2H9BA 3FVOA 3FVNA 5EHMA 3OXNA 5H8NA 4BDNA 1FQCA 2AL4A 2P0SA 1OQHA 1SDXA 4OERA 4ELQA 2F7AA 5B70A 1P1OA 4QSDA 2ESNA 3HCQA 4H0WA 3KJ7A 1ZJLA 3IORA 3UIFA 2XXWA 3E3KA 3ZS6A 2VGQA 2OCUA 1PBPA 4QRZA 1J1NA 4K3FA 1UTHA 2RC7A 4JSDA 3TTLA 5I84A 3HSTA 2ONSA 5K2XA 1JW5A 1O7TA 5J1DA 4AB5A 1A7LA 2PX1A 5F7VA 1B1HA 4KYDA 4KCDA 1LBBA 3PU5A 2LAOA 1F9BA 1MPBA 1S50A 4YB5A 1SYHA 3Q29A 3L6GA 1MQIA 5AA2D 1B4ZA 4LP2B 3PPRA 4DIGA 4F31B 3L6HA 3M3LA 3B6QA 2I0BA 4TOZA 4NWDA 5AA4A 4OEVA 3FJGA 1N7WA 4H6DA 3TODA 1LFGA 2ZYNA 5ITOA 4G4PA 3MVZA 3IL1B 3SETA 5TPAB 4R75A 1XHYA 4QSEA 4JXIA 5H8QA 1LFIA 2DWHA 1H45A 2V25A 3O29A 5CBRA 4MLVA 1QULA 4E0WA 1MH3A 4NF6A 3VVEA 2DXRA 4R74A 2Y7RA 4G68B 3V83A 4XXUA 1H76A 3K6UA 4RPNA 4ND9A 5H8HB 3TKDA 3H06B 3T96B 3K00A 3DLNA 1MDQA 1ATGA 1JVXA 2YPNA 3TCFA 1L5TA 1NNFA 5LOMA 4H5FA 4OQOA 2DWIA 5I59B 2ALUA 1OIBA 2ZNSA 2XXXA 2F7CA 3IB0A 5JK4A 2FNCA 3RN8A 3T93B 2GFEA 4XIGQ 2ONKE 2VOZA 2A5SA 1Q35A 3RNNA 3T9VA 3EN3A 1OLCA 2Z8FA 4YZZA 4EUOA 4YMAA 2W7YA 1NKXA 4R73A 1SW4A 1MXWA 4I8CA 4ESWA 2BJJX 2V84A 4Z7EA 1QUJA 1CE2A 4F3BA 3IOUA 1UIUA 4F39A 1LSTA 5DEXA 1M5DA 2PVUA 4I62A 3H6TA 2H25A 3UK4A 1PBQA 4ESXA 1AMFA 3S9LC 2OWTA 1BTJA 1WODA 1NH7A 2PYYA 3LC8A 4PQJA 1B0HA 5CMCA 3JV9A 4DLDA 4PETA 3G3IA 4KQPA 4ZE9A 3Q25A 2H5YA 5ICQA 1P99A 4KYSA 3FASA 4IY5A 3OEKA 1P1NA 3OSRA 1LAGE 4TLLB 4R6KA 2NWJA 2ABHA 2DP8A 2UVHA 4POXA 4R2FA 1MM7A 1MXVA 3K0VA 1FTKA 4RA1A 2Y84A 3GZGA 4IY6A 1B7UA 3U94A 4ELPA 4YICA 4IGRA 1N3WA 4XTCQ 4EDPA 2F35A 3RT8A 5FTIA 3W15C 4OYVA 5L8DA 3V89B 2XXTA 2VD2A 3O66A 2HQ0A 1SI0A 3PD8A 1SW1A 1B7HA 2REGA 4U4XA 3MAMA 2G29A 1D3KA 1LCTA 4JSOA 3OO7A 1URDA 3EQ1A 3O9PA 2QSXA 4U22A 2DE2A 2YJPA 2NVUB 3GBBA 3U1OA 4N07A 1FQAA 5HPQA 3I3VA 2UYFA 3H4ZA 1EZPA 5L9MA 3TYHA 5H8HA 3TTRA 1POTA 3KN7A 1FQBA 3SEYA 2OWSA 2DXYA 3PUVE 4F1VA 1HSJA 4QHQA 2QMWA 4H8IA 3HV1A 4F3PA 5ITPA 1P1QA 2B65A 3KSXA 2F7BA 3S4UA 4I1DA 4NTLA 2Z22A 3TTKA 1MQJA 4U1ZA 5EHSA 3M3FA 3ONMA 1USYH 1FQFA 3VE1B 3OO9A 3JYRA 3RLFE 3IOVA 1VR5A 1DPPA 1JETA 5DVJA 1PB8A 3CFLA 5I56B 3PD9A 1BIYA 2F6GA 3BBRA 3VLVA 4I9DA 3I6VA 4WXJA 3BKIB 1OLAA 1SYIA 1UTBA 4GIZA 1QJMA 4F29A 4QFNA 3E4RA 5KCJB 4JWXA 4NMYA 2NUVA 1GGGA 1B52A 2ZYOA 4YKIA 4EQ7A 3N26A 3LSWA 2Y7KA 1NL5A 2F8DA 2KLFA 2D5WA 4QSCA 4LVQA 3MZ9A 3V5AA 2HAVA 3F11A 4R2BA 1XC1A 2O1LA 3FATA 4H1XA 3SDFA 1N7XA 1Z7NE 1O63A 2QS2A 2GH9A 1SVXB 3OMBA 4G8MA 3KEIA 2PT1A 4WEDA 4RYAA 4BLAA 4XKQA 1MQDA 5FHOA 2NOOA 1MXZA 3S2VA 1YCJA 3FIRA 4YKPA 3VDFA 3DELB 5CM6A 1A54A 4LQ5A 3IAZA 1MY0A 2V3TA 4GQOA 3PPOA 3MC2A 1GVCA 4F1YA 5CMKA 3P7IA 4GL8A 4EQBA 2DE3A 2A5TB 4LQ2A 4DDDA 4EF2A 4QFOA 3HN0A 1MPCA 3T66A 3K6WA 1VFDA 3LR1A 4MLQA 4ECFA 1M5EA 4DE8A 3W9VA 3TDJA 2VHAA 4HS7A 1MG1A 4OFJA 3CRBA 1HSLA 3GXAA 1MY3A 4MBPA 4E0XA 1N76A 4U23A 4GF8A 3FD3A 1GR2A 4AB6A 5B7DA 5CMBA 4OFOA 2D3IA 2Q2CA 4ONYA 1RYOA 4FECA 3C35A 1AL3A 1MPDA 1IITA 4YKKA 2RCAA 4QFLA 2XD2A 5KDTA 1TXFA 4X1DA 4G8HA 4DXUA 1M5BA 1IXCA 1JNFA 1S7YA 4R9GA 1AH5A 3B7DA 2ONRA 3LSFB 4ELRA 1IZ1A 4M4GA 4P11A 3MZ1A 1IUDA 3ILTB 2F78A 3VLWA 1B3LA 4R72A 3IR1A 3TTMA 1VE4A 2I6EA 3CSBA 4Z0IA 1Y4CA 1ZU0A 1EU8A 3U72A 3U92A 5JTYB 2DQVA 1IXIA 2DVCA 3USDA 2ANJA 3UN6A 1H3DA 2P1SA 3TQLA 3S9NC 1FQEA 1SW2A 2HFBA 2I0CA 4FAJA 2XXIA 1WDNA 1MY1A 1US5A 3TFLA 1EZ9A 1POY1 2VD3A 4BDMA 5I2KA 1D9VA 1FTMA 1JEVA 1WVJA 2GHAA 3MVXA 1B5JA 1Y1MA 1N84A 4RK9A 5AA3A 1B3EA 1IXGA 3VLUA 1VSOA 4RXLA 4FORA 4HW8A 5TP9A 4LZ7A 1NNPA 5BUUA 2H99A 3QYTA 4DCXA 5A5XA 1LBCA 1QKAA 1LGBC 3FVGA 3CR9A 1MM6A 3TUSA 4OVJA 5H8FB 3OENA 3MJNA 2I3WA 1RYXA 1VFEA 2NXOA 3PPPA 3PUZE 1LB8A 1OQGA 4GL0A 4NF8A 4XKNA 1DOTA 4HTGA 4EXLA 4KI0E 2XD3A 3HO7A 3A3CA 4F1UA 4C0RA 4DCYA 1MRPA 2UVGA 1JW1A 2O1MA 3UGWA 3MVWA 3E13X 3CG1A 3RGYA 3TCHA 2Z23A 2Q2AA 5DVFA 1YPNA 2ZYKA 2Y7WA 2A5TA 3C32A 2I58A 4YB7A 4IO5A 1US4A 2DSFA 1S9TA 3C9HA 3FGSA 1B3GA 3C31A 1H44A 4JWOA 3CIJA 1DSNA 4DXCA 3H6VA 4ZE8A 3B6TA 4OESA 4ZEKA 3LSXA 4JBZA 4ZEFA 4EF1A 5ICTA 3MBPA 3FUZA 1A99A 4KYEA 2DVZA 3UA8A 1JVYA 4FE8A 2CMOA 3SEWA 2ZNTA 1QUKA 4O3AA 5DVIA 3RTWB 1B7ZA 1LFHA 1XT8A 4MH5A 4PFWA 3K01A 2AYSA 4NWCA 1PB7A 1B4HA 4IO6A 3IOTA 2GRVA 4KPTA 2Z8DA 1ZBMA 3H6UA 4R6YA 2QL3A 2ZNUA 5ELVA 3MW0A 3K6XA 3OSQA 4RNSA 2XHDA 3G3GA 4L17A 2OJTA 4LONB 1Y1ZA 3DM0A 3FVKA 3W9WA 4LZ5A 3BFTA 4NF4B 1SQYA 1QUIA 3VV5A 3RY3A 4Q0CA 4OMBA 2RC9A 2XXUA 4NF5B 3K6VA 5TPAA 1SD3A 2DOJA 3MZBA 4OXVA 2XXHA 4POWA 2I4BA 5HBCA 4JWYA 2OLBA 2AL5A 2DWAA 3VVFA 4ZEBA 1B46A 3CVGA 4Q30B 4THIA 4G68A 5H8NB 3MP1A 1NMUA 1USYE 3ECRA 3SEVA 1LB9A 2RF1A 1B40A 4YKJA 2THIA 1AIVA 1M5CA 4PFYA 4YMBA 4WEPA 4N13A 3VXCA 2OZZA 3HHFA 1MQHA 3MUQA 2QJEA 1FTOA 3G3FA 3KZGA 5I59A 1MH4A 5CC2A 4OENA 3EHTA 3O6IA 5L9SA 3RTFB 3OD7A 4Q8RA 3DP8A 5CRYA 3R26A 3H3GA 1A8EA 3K1PA 2O7UA 3RT6B 1BP5A 4GWOA 4KCCA 2E1SA 4QFKA 2R71A 4R9FA 5FTHA 3CFXA 4HCWA 1B58A 3RQTA 5AA4B 3LSLA 4G68C 3VVDA 5CMMA 1DMBA 1IIWA 3G3JA 4GFRA 3SERA 3FXRA 2UXAA 1FQDA 1LAFE 1OVBA 3IJXB 3D4GA 2REJA 3Q27A 4JDFA 4PFTA 2RINA 5H8QB 3MVYA 3RPWA 4FJPA 3FJMA 2AIXA 5FHNA 4NF6B 3PUWE 1ZKBA 4U1OA 2V93A 3SKPA 4ZZAA 1I6AA 3MP6A 5AA2B 3BFUA 5I58B 3UP9A 3EHSA 5IAIA 4IO2A 4ZEIA 2X26A 3H03A 3T9UA 2IA4A 1MXUA 5CBSA 1QVSA 1II5A 4M1VA 1TWYA 4O3CA 2YLNA 1FCKA 4FIMA 2RCBA 1D4NA 3K02A 4NF5A 3N5LA 3KN8A 5L9OA 2HXWA 3QIMA 2DE4A 4YAHX 2F5XA 3PV0E 2R9JA 1FTLA 2F97A 2DWJA 3Q28A 3O6HA 1Y3PA 2D21A 3PMWA 3O2AA 3TELA 4ZZEA 1PEBA 1MXYA 2UVJA 5ISUA 4OTEA 4ZEDA 1ZMGA 1N0TA 1GV8A 5AE4A 1Y3QA 3WAFA 4F3SA 2O7IA 3LBSA 5DEXB 1NH8A 1Y9UA 5BWJA 3E9XA 3C4MA 1R9LA 3FJ7A 2UYEA 2H98A 3KN3A 4RPOA 4MF3A 3OO8A 3TTNA 3PUXE 3PGFA 4XKPA 1B9JA 1DPEA 2R6GE 1TT1A 4F18A 4ISUA 4IO4A 4ZECA 3MPLA 4IO7A 2PMSA 1UIVA 2QRYA 3FZVA 4OFLA 3THIA 3K2DA 3QSLA 3N94A 5I56A 4U4SA 2GHBA 1MS7A 4OZ9A 1MY2A 1MY4A 1O64A 1HSEA 4XKRA 3I5OA 4IGTA 4P0GA 1LCFA 1B05A 1D9YA 3QUFA 3PMXA 5EYFA 2XXQA 1FW0A 3C34A 1KWHA 4P0IA 5KCJA 3ZKLA 1OMPA 3VFJA 4WKMA 3IB2A 1SI1A 4KHZE 2XXVA 3IB1A 1URGA 2XX8A 3ODBA 2RKMA 1Y20A 2FA7A 2X7PA 3QK6A 3IK6B 3S9MC 2M8CA 3PUYE 2Y7IA 2Y7PA 4TLMB 2Z8EA 3Q26A 4X9TA 5CI5A 3KOSA 1R1NA 3KBRA 2QS1A 4KFQA 3EF7A 1ZTYA 4BDLA 1LAHE 2V3UA 3CSGA 3PPQA 2Q89A 3VXBA 1AOVA 5AA2A 3GBAA 3KJTA 1PC3A 5I2NB 5I58A 3AXFA 1N3XA 4UACA 4U21A 5K2YA 2O69A 4GXSB 1Z7ME 2V3QA 5KZTA 2PT2A 2F6PA 2ZYMA 3TEPA 4EQ9A 4H65A 4O3BA 3HPIA 1P1UA 1H43A 3S9EA 2HCAA 2Q88A 3IX1A 3MWBA 1GTKA 1MDP1 3DP6A 3TPAA 4OEUA 3K4UA 3LUYA 1I6BA 4R6HA 3V8XB 1XOCA 4ELOA 2O84X 3FXUA 3PMVA 1SBPA 3GLBA 3EHUA 3DP4A 1PB9A 1QKBA 3OO6A 3OOAA 1B32A 2O51A 1A8FA 2H4IA 1JEUA 1N04A 1ZIUA 3TAJA 3UORA 1UTBB 1IXHA 2Q8JA 4PFUA 2O6AA 5DYHA 3RUMA 1I6QA 3T9HB 1BKAA 4DXBA 5DTBA 2E0SA 4NE4A 1B3FA 4F19A 1XVYA 2F34A 3K1NA 5I57B 1I69A 3PPNA 4GD5A 3QAXA 4QFPA 1FTJA 2OK2A 3CI8A 1DTGA 3IJOB 2OBGA 3U8QA 1A40A 1R6ZA 3M8UA 4H8JA 1B6HA 2WKYA 3TMGA 5JTYA 3T9XB 4F3GA 3QXMA 3JZJA 1NNKA 3ZSFA 2QPQA 4C1TA 4IB2A 1TFDA 1CB6A 1B5IA 3CFZA 3OEMA 3SEXA 1MQGA 3CG3A 4OETA 2I3VA 5FHMA 1IEJA 3MPKA 3ZKKA 1SW5A 1R9QA 4YU0A 4GLIA 4FEDA 1NFTA 4ZS9A 3FXQA 1NNTA 1Y4TA 5H8SA 4NEDA 5DT6A 3U93A 5M2VA 4BDRA 2XX7A 4RY1A 2HEUA 3FV2A 3N6TA 2X7QA 2XXRA 2B3FA 2QMXA 3N6UA 2HZKA 2I48A 5H8FA 4F2QA 4LA9A 2I49A 3KFMA 1LAXA 4BDOA 3O6GA 1XVXA 4GXAA 1JQFA 4F22A 4KD5A 1MXXA 2XXPA 3MP8A 4X48A 5IKBA 1EZOA 2QS3A 2DS9A 1UTHB 5I2NA 4C1UA 1PDAA 4PE5B 1BLFA 5KDTB 1B2HA 1YAEA 3C36A 3H7MA 3TZAA 1Q1KA 2DYXA 3A3UA 1LLSA 4G2ZA 3B6WA 3KSJA 3FV1A 1YTVA 3MQ9A 3IOWA 1IQ7A 4PP0A 3KOTA 3T22A 4RK2A 4IO3A 1B5HA 4EXKA 2FYIA 3D4CA 1URSA 4F2OA 3G7WA 3HHGA 4G8NA 4UA8A 2Q9TA 4FEBA 2B3BA 4G77A 3K1MA 2ZXTA 2G93A 1OVTA 1EH3A 4BDQA 4TQUQ 2UVIA 2O68A 1A55A 2HZLA 2PBWA 4H67A 3TCGA 5JEIA 2P2AA 3KGCA 4GRKA 1Y3NA 2RC8A 3SESA 4GVOA 4OHNA 3WAEA 3G3KA 2I4CA 1T0KA 4GOTA 3H6WA 5I2KB 4LATA 3IO6A 3O97A 3QUJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CZLA 3C33A 4PGPA 3M3KA 1FPIA 4H5GA 5TU0A 4MMPA 4GBWA 4N8GA 5I57A 1ANFA 1ELJA 4RJZA 4MAGA 3OELA 1B51A 1TFAA 2F36A 4X8RA 4KR5A 2KQZA 5TP9B 3KG2A 3IO4A 4P56A 4MFIA 4OWDA 3G3HA 4LUBA 5A5XB 1XS5A 2ZMBA 4FATA 1DTZA 4ZDMA 3EPEA 1VDWA 1P1WA 4LZ8A 4QF9A 5HM4B 4JB7A 4N6PA 2VP1A 4X1BA 3TQWA 1UQWA 3T1BA 2QS4A 4NF4A 4DZ1A 3ILUB 1NV2A 1M5FA 1JW4A 4GBVA 2XX9A 4NF8B 4Q5TA 2IEEA 3O28A 3R6UA 4HCYA 5F1QA 1ZLQA 3R7XA 1B0LA 1RKMA 2HAUA 3A09A 5AA1A 4AQ4A 3SEUA 1B1XA 3MSTA 1B3HA 1QW0A 2XXYA 4U2RA 1EYIA 4YB6A 2H9BA 3FVOA 3FVNA 5EHMA 4HE1A 2QVVA 5F24A 3OXNA 5H8NA 4BDNA 1FQCA 2AL4A 2P0SA 1OQHA 1SDXA 4OERA 4ELQA 2F7AA 1P1OA 5B70A 4QSDA 2ESNA 3HCQA 4H0WA 3KJ7A 1ZJLA 3IORA 3UIFA 4PTKA 3LV0A 2XXWA 3E3KA 3ZS6A 2VGQA 2OCUA 1PBPA 4QRZA 1J1NA 4OVQA 4K3FA 1UTHA 2RC7A 4JSDA 3TTLA 5I84A 3HSTA 2ONSA 5K2XA 1JW5A 1O7TA 4NN3A 5J1DA 4AB5A 1FBDA 1A7LA 2PX1A 5F7VA 1B1HA 4KYDA 4KCDA 4NHBA 1LBBA 2Q8MA 3PU5A 1INPA 2LAOA 1F9BA 1MPBA 2XWVA 1S50A 4YB5A 4N6DA 3RYDA 1SYHA 3KBZA 3Q29A 3L6GA 1MQIA 5AA2D 1B4ZA 4LP2B 3PPRA 4DIGA 4F31B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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