2DE2A

Crystal structure of desulfurization enzyme dszb
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
b'RDTLTYSNCPVPNALLTASESGFLDAAGIELDVLSGQQGTVHFTYDQPAYTRFGGEIPPLLSEGLRAPGRTRLLGITPLLGRQGFFVRDDSPITAAADLAGRRIGVSASAIRILRGQLGDYLELDPWRQTLVALGSWEARALLHTLEHGELGVDDVELVPISSPGVDVPAEQLEESATVKGADLFPDVARGQAAVLASGDVDALYSWLPWAGELQATGARPVVDLGLDERNAYASVWTVSSGLVRQRPGLVQRLVDAAVDAGLWARDHSDAVTSLHAANLGVSTGAVGQGFGADFQQRLVPRLDHDALALLERTQQFLLTNNLLQEPVALDQWAAPEFLNNSLNRHR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and desulfurization mechanism of 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinic acid desulfinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DIBENZOTHIOPHENE DESULFURIZATION ENZYME B
source organism Rhodococcus sp.
molecule tags Hydrolase
total genus 113
structure length 347
sequence length 347
ec nomenclature ec 3.13.1.3: 2'-hydroxybiphenyl-2-sulfinate desulfinase.
pdb deposition date 2006-02-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2de2A01
3.40.190.270 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2de2A02
4U22A 1LGBC 4XKPA 2ZYMA 2I3VA 4F31B 3IO6A 4R2FA 2GRVA 1NL5A 1BKAA 1QKBA 1L5TA 2F35A 4WXJA 3EQ1A 2HFBA 5JK4A 1UTHB 3TCHA 2Z8FA 1TFDA 1R9LA 1NNTA 4XTCQ 4OQOA 2XXTA 2XXHA 3O9PA 4FJPA 4NF5B 4ZEFA 1IUDA 5BWJA 3H03A 1LBCA 3KOSA 4OEVA 1B4ZA 3KJ7A 3TPAA 4NWCA 2ZYKA 4R9GA 2DE3A 3FXRA 4OENA 1B3LA 3SEYA 4DDDA 3QXMA 5A5XB 3S9EA 4NF8A 2DP8A 1B5JA 2UXAA 1B40A 5DEXB 1B3EA 2A5TA 3G3FA 3PUZE 2DXRA 4LATA 4FAJA 1TFAA 4DXCA 1IXIA 1JW1A 2GFEA 3VFJA 1PBQA 3T9HB 1SW2A 1HSEA 1UIUA 4EDPA 4FEBA 3BBRA 4FIMA 4P0GA 3FJ7A 4KHZE 1TXFA 3UORA 3B6QA 1IZ1A 1A99A 3JZJA 1PB9A 2ONSA 4R9FA 1Y4CA 2R6GE 4XKRA 2Y7WA 3S4UA 3K2DA 1A8EA 5CC2A 1OLCA 3FV2A 1MY4A 1YTVA 4IB2A 2NOOA 3M3FA 3MUQA 5CMCA 3VLUA 4XKQA 1XVXA 4AQ4A 4ZEIA 2F78A 1MXUA 4EUOA 3C34A 1Z7NE 3T96B 3VLWA 3TTMA 4F22A 1RKMA 1LCTA 4DXBA 4P0IA 4YKJA 3GBAA 1DMBA 3FVOA 3K01A 1A7LA 1MG1A 5DTBA 2XD3A 1KWHA 5I58A 4JWOA 3VXCA 3L6GA 4NF6B 4AB6A 5JEIA 3IL1B 1OIBA 2UYEA 4X1BA 3K1MA 3EHTA 3K6XA 5TP9A 2HAVA 1IXHA 2DWAA 4JSOA 4RY1A 1PB8A 3HPIA 4IGRA 4OFJA 2G29A 1B3FA 4F39A 2XXVA 5B70A 4YKKA 4H5FA 3UP9A 1URGA 1MH4A 3CFLA 4IO6A 3O6GA 4ZE8A 1B7UA 1ZKBA 3PD8A 3GXAA 1A40A 3RPWA 3MP1A 3W15C 3TTKA 3GZGA 2Q9TA 2B65A 4P11A 1LAGE 2XXWA 4M1VA 3K1NA 4R6YA 3FJGA 3CIJA 5H8FA 3G3IA 1B05A 4HS7A 4RA1A 3TFLA 2AYSA 1PB7A 2O68A 1ATGA 1B5HA 2DSFA 2HZKA 4RXLA 3PD9A 4R72A 1M5EA 5H8NA 4TLMB 3LBSA 1D9VA 2ZXTA 2VP1A 3VXBA 2DWIA 4ESWA 1AOVA 2OBGA 3Q25A 4ZS9A 3KZGA 5I2NA 2VGQA 4F1UA 2REJA 3FZVA 2OJTA 4DCXA 1IIWA 4K3FA 5ICQA 2O1MA 3KSJA 3CR9A 4LP2B 4LQ2A 4ELQA 3AXFA 5TPAA 1Y20A 3RQTA 3I3VA 1SW1A 3IJOB 4U4SA 1LSTA 4HW8A 2I0CA 2QS2A 1US4A 5AA1A 4G2ZA 5KZTA 4ZZAA 3OEMA 1MRPA 4LONB 5AA4A 1GR2A 3OMBA 4WEDA 2UVHA 3T9XB 3L6HA 1LFHA 5H8HB 4DIGA 3A09A 3U92A 2ZNSA 3TEPA 3PPRA 2HQ0A 2D21A 2UVJA 2Y7PA 2RCBA 3BKIB 4O3BA 3TMGA 3KOTA 3LUYA 2QRYA 1XVYA 1VR5A 2HCAA 3MVWA 1OMPA 2I6EA 4FE8A 5CMKA 1ZIUA 1MY1A 3IOTA 4X1DA 3DM0A 4EQ7A 3SEXA 4DZ1A 2FA7A 2ZNTA 1GV8A 1YCJA 2F5XA 1FQEA 3OO9A 3FASA 4HCYA 1F9BA 2XXQA 4RJZA 3U1OA 2O51A 2RF1A 3H6WA 4QSCA 4GD5A 1B0HA 4PP0A 4Q8RA 3DP4A 3RTFB 1ZMGA 4YU0A 2XXYA 3MJNA 4R73A 4GFRA 2BJJX 3U94A 3RTWB 4F1YA 1FTMA 3D4GA 5I59A 1B1XA 2QL3A 3PPPA 3K6VA 3VE1B 2QSXA 2QS1A 1FQAA 4OHNA 2W7YA 3T9VA 5DT6A 3N94A 2YLNA 3ILUB 4XIGQ 4THIA 3RT6B 2P0SA 5DVFA 1B0LA 4KFQA 2OWSA 4X9TA 4GF8A 1P1NA 3IOUA 4HCWA 4IY6A 4BLAA 4GXAA 3TQLA 4WEPA 2OK2A 3T93B 2DWHA 1LBBA 3N6UA 5IAIA 1LAFE 2V25A 1AIVA 1DTZA 1XHYA 4ZECA 3QUJA 4NMYA 3CG3A 3LC8A 3GLBA 1QULA 4DCYA 2A5SA 3D4CA 3MC2A 3O2AA 5CBSA 2UYFA 1SW4A 3LSFB 4UACA 1Y1MA 2DQVA 4G68A 2O69A 4F3GA 5CBRA 4DE8A 2F36A 1MQGA 2GHAA 2AL4A 1Q1KA 3MVYA 4OTEA 3PUYE 1EU8A 2X7QA 5TP9B 4ZEBA 3C35A 3BFUA 2CZLA 4H67A 3H6UA 3KN3A 3SEUA 4X48A 1FW0A 5LOMA 1VSOA 4RPNA 4ONYA 4BDLA 2QPQA 3MAMA 4H8IA 4RNSA 3OOAA 1LAXA 1A54A 4NWDA 3CRBA 3R6UA 4E0WA 2VHAA 1OVBA 2AIXA 2UVGA 4H8JA 4QFNA 1UIVA 5EYFA 4HTGA 1I6AA 4U23A 3PMWA 1P99A 1JW5A 5AA2B 4LZ5A 4ZEKA 4G68C 3KSXA 4U1ZA 3V5AA 2QMWA 3N26A 3KFMA 3VVDA 5KCJA 1LFGA 1ELJA 3IB0A 3ZKKA 1MY2A 4PFYA 4FATA 4H5GA 3OSRA 1Y3NA 5L8DA 1S7YA 1SI1A 1N04A 5I56A 3CFXA 1ZBMA 3HHFA 5I2NB 4H6DA 5I57A 3G3KA 1GVCA 2Y7IA 5EHSA 3DP8A 4F29A 4POWA 1N3WA 5JTYB 5F7VA 1H45A 1OVTA 1LLSA 1B52A 3PUXE 1MQHA 1Y9UA 3VVFA 2DOJA 3O28A 4C1UA 1QUIA 1NNPA 1B7HA 4N6PA 3W9VA 2O7UA 3FVGA 4GRKA 1OLAA 3KJTA 4ISUA 3IO4A 1IEJA 3IB1A 1B6HA 4IO7A 4ZE9A 2ZYNA 4TOZA 2E0SA 2QS3A 4RYAA 3SDFA 2F8DA 2GHBA 1B3GA 3MZ1A 3TDJA 3RT8A 4OMBA 3E13X 2D3IA 4FEDA 2GH9A 3IJXB 1S50A 4R6HA 4U2RA 4ZZEA 1MM6A 3LSXA 4JSDA 5TU0A 1LAHE 3CG1A 2PMSA 1N3XA 2O84X 2R9JA 4BDMA 3H6TA 3C33A 3MPKA 2B3BA 5B7DA 2UVIA 3H4ZA 1FQDA 1JQFA 1MXZA 2V84A 2XXXA 4YICA 4F3BA 3B6WA 4N13A 4KCDA 3SEWA 1Y4TA 4G8NA 5HBCA 3ZSFA 3TCGA 1MXYA 1SD3A 2XXIA 5ICTA 3OEKA 4YB5A 3ECRA 1UTHA 5I2KB 2Y7RA 4JWXA 4TLLB 3LSLA 2PT2A 1D9YA 2I58A 2H25A 1A8FA 4N07A 1MXVA 1OQGA 3R7XA 1MQDA 4KCCA 1HSJA 1B32A 3KBRA 3M3KA 3UGWA 1N7WA 2M8CA 1NMUA 2B3FA 4GQOA 4NF5A 3DLNA 1XS5A 4L17A 4GOTA 1JVYA 2THIA 3RGYA 1WVJA 5CI5A 2QS4A 1UTBB 1P1UA 1MS7A 1QUKA 1ZTYA 4GL0A 2I3WA 4G4PA 3TYHA 5KDTB 1JETA 3FV1A 1PDAA 2OZZA 3MW0A 1QVSA 5K2XA 1FTLA 5A5XA 4IY5A 1MDQA 4IGTA 2PX1A 4C0RA 4ND9A 3H6VA 3VDFA 4MF3A 5DEXA 4ZEDA 3MQ9A 1XT8A 3C36A 3CSGA 1SQYA 3JV9A 4PE5B 1MY3A 4F3SA 2YPNA 4EF2A 5AA3A 4DXUA 3A3CA 3TUSA 3IK6B 1TWYA 4U4XA 1BTJA 1FTKA 3TQWA 5FTHA 4YMAA 4OERA 1QW0A 2XXPA 2ZNUA 1AMFA 1B51A 4G68B 4BDNA 1HSLA 3TKDA 1FTOA 3MPLA 3MZBA 3UK4A 4NF4B 1D3KA 3EF7A 2HEUA 3HCQA 1DPEA 2I4BA 4G77A 4YZZA 1DTGA 3FIRA 2WKYA 3V83A 2F7AA 1Y1ZA 3DP6A 4POXA 1NH8A 4KYDA 1CB6A 4R74A 3TAJA 3M3LA 2XHDA 4R6KA 3RN8A 3G3GA 1DOTA 4GVOA 4O3CA 5ITOA 1QJMA 3W9WA 3G3HA 1TT1A 3FXQA 4NF6A 2O6AA 4E0XA 3FJMA 1WODA 3O6IA 4F2OA 3MVXA 4O3AA 3GBBA 4QFPA 3B7DA 3IOVA 4GL8A 3VVEA 1H44A 3OXNA 1B9JA 2Y7KA 4IO3A 4BDRA 2IEEA 2DXYA 3N6TA 4NTLA 2H99A 3F11A 1BIYA 3OO8A 3V8XB 4UA8A 1B4HA 2IA4A 4G8HA 2P1SA 3O97A 4NF8B 4PFWA 1ZJLA 2V3QA 1FQBA 2NXOA 2RKMA 3R26A 1XOCA 2A5TB 3UA8A 4I8CA 4QRZA 1B7ZA 2H9BA 4JB7A 3TELA 2ALUA 1POTA 4QFKA 2HXWA 1P1OA 3H06B 2HZLA 3IOWA 1J1NA 2AL5A 3U72A 1IXGA 4IO4A 2ABHA 3BFTA 1NNFA 2I48A 1JW4A 3IX1A 1H3DA 3K4UA 5EHMA 2F6PA 2Q2AA 4YKIA 5IKBA 3FUZA 2G93A 3RUMA 3LR1A 4QFLA 1BLFA 3PUWE 3S9LC 2QJEA 2OWTA 4Q5TA 4U21A 1MXWA 3CFZA 3K6WA 1N7XA 4BDOA 2DE4A 4LVQA 1EZOA 2CMOA 1NNKA 1FCKA 1MPCA 5I58B 4MBPA 1MH3A 2ZMBA 2OLBA 4R75A 1SVXB 2I4CA 1WDNA 2RC9A 2Y84A 4H0WA 4NE4A 3ZS6A 2DVCA 2RCAA 3QYTA 5ITPA 3H7MA 1P1WA 3SETA 3EN3A 2F97A 1LFIA 3MVZA 1Z7ME 1CE2A 1FQFA 4JXIA 5J1DA 3EPEA 1RYOA 2NVUB 4JDFA 1P1QA 3C4MA 4KI0E 2R71A 5H8HA 5DVJA 1USYE 3E3KA 1MPBA 1SW5A 2VD3A 3I5OA 3C31A 4Q30B 1EZ9A 4G8MA 1QKAA 4LZ7A 4OVJA 1FQCA 5AE4A 4EQBA 3C32A 1SBPA 2VOZA 1EH3A 1ANFA 5M2VA 3CSBA 2Z8DA 4DLDA 3KEIA 4IO5A 5H8FB 1D4NA 1Y3PA 1URDA 3HO7A 4OXVA 4EXKA 3G7WA 1MXXA 2ANJA 1POY1 4JBZA 3WAFA 4LQ5A 1N0TA 1I6BA 2V3UA 3IAZA 5FHOA 1US5A 3IB2A 2ZYOA 3H3GA 3KN7A 4OWDA 2DYXA 5L9MA 2Z22A 4MLQA 5H8NB 2LAOA 3V89B 1IQ7A 3QIMA 1VFEA 5H8QA 2FYIA 3PU5A 3FATA 4MLVA 2PYYA 3M8UA 3S2VA 2PBWA 2Z8EA 1T0KA 3T9UA 4H1XA 2O7IA 1DPPA 2F7BA 5FHMA 4YAHX 2FNCA 3T22A 3K00A 4ESXA 2RINA 5F1QA 4NEDA 1NH7A 5DVIA 5TPAB 1M5CA 4OZ9A 3PPNA 1AL3A 4RK2A 3K6UA 3UN6A 4MFIA 3RNNA 1N84A 3MZ9A 3E4RA 5AA4B 1URSA 4KYSA 3KG2A 5ELVA 3EHSA 3PGFA 1B1HA 1Y3QA 2F6GA 3FVNA 1OQHA 2D5WA 3T66A 3OO6A 3O66A 4QSEA 3U93A 3TTLA 2PT1A 2RC7A 1PEBA 4EXLA 4QFOA 3FVKA 1S9TA 1B5IA 2H4IA 4F1VA 4U1OA 1VE4A 3MWBA 1JNFA 3KGCA 2Z23A 4ELRA 1MY0A 3FXUA 4C1TA 1GGGA 4OEUA 3Q26A 4I1DA 3S9NC 1QUJA 4Z7EA 4LUBA 3TTRA 1LB9A 1MDP1 1UQWA 4OETA 3PMVA 1DSNA 4ZDMA 3G3JA 3ILTB 2ONKE 1JVXA 1EZPA 1SDXA 3LSWA 3QUFA 5K2YA 2F34A 1YPNA 4OFOA 5I84A 4KPTA 4R2BA 4QSDA 2O1LA 1N76A 3E9XA 3FGSA 4YMBA 3O6HA 3HV1A 5I59B 1YAEA 4KQPA 5CMBA 5AA2A 2QMXA 2X7PA 3B6TA 3P7IA 3ODBA 1B2HA 2XX9A 3Q28A 4OESA 4IO2A 2Q2CA 2DE2A 5HM4B 3TTNA 2ESNA 4QF9A 5CMMA 3K02A 4YKPA 2XX8A 4KD5A 3O29A 1B46A 1VFDA 4JWYA 1A55A 4EQ9A 1O7TA 4TQUQ 2XXUA 1PBPA 3JYRA 3MP8A 3SERA 5JTYA 3QAXA 2Q8JA 4LZ8A 4F3PA 1SYHA 4YB7A 4M4GA 2XXRA 4ELPA 4FECA 4FORA 3SKPA 2I0BA 3OELA 1JEVA 3HHGA 4H65A 2P2AA 2DVZA 3N5LA 5L9SA 3ZKLA 4GIZA 4EF1A 2V93A 2H5YA 2F7CA 2DS9A 1O63A 3UIFA 2X26A 3SEVA 3EHUA 5FHNA 4I62A 2DWJA 3OENA 2PVUA 3FD3A 4F19A 2REGA 1SI0A 3VV5A 2NWJA 3RY3A 1ZLQA 4F18A 3I6VA 3MBPA 3DELB 3QSLA 4XKNA 2NUVA 1H76A 1PC3A 3Q27A 4RPOA 4KYEA 4Z0IA 3THIA 4ELOA 1R1NA 4BDQA 4RK9A 1B58A 2KLFA 3HSTA 4OFLA 3IORA 4PQJA 5CRYA 5KCJB 4F2QA 4AB5A 3ONMA 4MH5A 2YJPA 2XX7A 2I49A 3RLFE 3MP6A 4Q0CA 1MQIA 2V3TA 3SESA 1R6ZA 3USDA 1MPDA 5CM6A 5I56B 1R9QA 5H8QB 5I2KA 3PPQA 5I57B 1LCFA 2OCUA 1XC1A 1I6QA 3PPOA 5L9OA 4WKMA 1IXCA 1GTKA 3KN8A 4PFUA 1SYIA 4KR5A 1NFTA 1BP5A 1MM7A 3S9MC 5ISUA 1NKXA 3C9HA 4QHQA 1M5BA 2H98A 2E1SA 3WAEA 2ONRA 2Q89A 3Q29A 3VLVA 1UTBA 3PMXA 4GLIA 3TCFA 2Q88A 1IITA 4YB6A 4I9DA 3OD7A 5KDTA 1MQJA 3K0VA 3PUVE 3CI8A 4GXSB 1AH5A 1I69A 4PETA 5DYHA 3TODA 5H8SA 3PV0E 1USYH 3OSQA 1LB8A 1RYXA 3CVGA 3TZAA 1ZU0A 2RC8A 4OYVA 1II5A 5FTIA 4ECFA 3U8QA 1O64A 1H43A 1FTJA 3QK6A 2XD2A 3A3UA 1M5DA 2VD2A 4XXUA 1JEUA 3IR1A 4PFTA 5BUUA 4GWOA 5HPQA 2HAUA 4LA9A 1Q35A 4NF4A 3HN0A 1B3HA 3K1PA 3OO7A 1M5FA 5AA2D
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X8RA 4U22A 1LGBC 4XKPA 2ZYMA 2I3VA 4F31B 3IO6A 4R2FA 2GRVA 1NL5A 1BKAA 1QKBA 1L5TA 4FBPA 4JVCA 2F35A 4WXJA 3EQ1A 2HFBA 5JK4A 1UTHB 3TCHA 2FHYA 2Z8FA 4JVIA 1TFDA 1R9LA 1NNTA 4XTCQ 4OQOA 4GX4A 2XXTA 2XXHA 3O9PA 2WX9A 4FJPA 4NF5B 4ZEFA 3SZPA 1IUDA 5BWJA 3H03A 1LBCA 2QVRA 2WYKA 3KOSA 5ET7A 3NOHA 4P1LA 4OEVA 1B4ZA 5I5PA 3KJ7A 5ET8A 3TPAA 4NWCA 4N8GA 5ESYA 2ZYKA 4R9GA 2DE3A 3FXRA 2PCRA 4OENA 1B3LA 3SEYA 4DDDA 3QXMA 5A5XB 3S9EA 4NF8A 2DP8A 1B5JA 2UXAA 1B40A 5DEXB 1B3EA 2A5TA 3G3FA 3PUZE 2DXRA 3IFAA 4LATA 4FAJA 4P9KA 1TFAA 4DXCA 1IXIA 1IMBA 1JW1A 2GFEA 3VFJA 4XF5A 1PBQA 3T9HB 1SW2A 1HSEA 1UIUA 4EDPA 4FEBA 3BBRA 4FIMA 4P0GA 3HFUA 3FJ7A 4KHZE 1TXFA 3UORA 3B6QA 1DCUA 4O7MA 1IZ1A 1A99A 3JZJA 1PB9A 2ONSA 1FSAA 4R9FA 1Y4CA 2R6GE 4XKRA 2Y7WA 3S4UA 3K2DA 1A8EA 5CC2A 1OLCA 3FV2A 1MY4A 1YTVA 4IB2A 2NOOA 3M3FA 3MUQA 4XKQA 5CMCA 3VLUA 5ET6A 4MCOA 1XVXA 4AQ4A 4ZEIA 2F78A 1MXUA 4EUOA 3C34A 1Z7NE 4P47A 3T96B 3VLWA 3TTMA 4F22A 1RKMA 1LCTA 4DXBA 4P0IA 4YKJA 3GBAA 1DMBA 3B50A 3FVOA 3K01A 1A7LA 1MG1A 5DTBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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