5DEXB

Crystal structure of glun1/glun2a nmda receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, phenyl-acepc
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
280
structure length
279
Chain Sequence
DNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein, receptor
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Structural basis of subunit selectivity for competitive NMDA receptor antagonists with preference for GluN2A over GluN2B subunits.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 81
structure length 279
sequence length 280
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dexB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dexB02
3LSXA 4EXKA 1ANFA 2HQ0A 2D3IA 3B6QA 1JW5A 5AA1A 4TLLB 2OK2A 4MF3A 3EPEA 4F1UA 2RF1A 1T0KA 1A54A 4G8MA 5JTYA 1MQGA 3O9PA 4IY6A 5I59A 1MQDA 4YKIA 5H8FB 4FE8A 4H8IA 2FA7A 2XXRA 3CFLA 4C0RA 1SW1A 1LAHE 1N04A 1DOTA 4PP0A 3MBPA 1MXZA 2XXQA 3V8XB 2P1SA 2OLBA 3TCFA 1B1HA 1ZKBA 4RYAA 1N76A 5I2NB 3K02A 2B65A 3IO6A 4F3SA 1PB8A 3FJMA 4GOTA 2UVIA 2AL4A 4Z7EA 4IB2A 2HFBA 2THIA 2DXRA 1KWHA 2Y7KA 4BLAA 2Q2AA 3MUQA 5I58A 3T9XB 2QMXA 1B46A 4RPNA 3PPRA 4F3GA 2I0BA 1R9QA 4NMYA 4IO4A 3TTKA 4JXIA 1EU8A 3W9WA 3TQWA 4P0GA 4KCCA 3UK4A 3JZJA 1EZOA 4ND9A 2NUVA 4R74A 3KFMA 4GF8A 3FVKA 1SI1A 2UVJA 4LUBA 4F18A 2ZYKA 2HZLA 1NKXA 1VFEA 4GRKA 3BBRA 3MVZA 1Y20A 4YU0A 1LB9A 4KYDA 2O84X 1IQ7A 1I6BA 1R9LA 5I57A 3HCQA 3OO7A 3MW0A 3QXMA 1FQBA 3T9UA 1LCFA 1US5A 2X7PA 4RPOA 4G68C 2Q9TA 3TAJA 3U94A 1SVXB 4FAJA 3VFJA 1B3LA 3W15C 1B6HA 4R2BA 4H6DA 4BDRA 1NH7A 2A5TA 1LFHA 4Q5TA 1RKMA 1MDQA 3IORA 5FHNA 1GGGA 3UA8A 1CE2A 2QS1A 1QKBA 3H6WA 4C1TA 3PMXA 4FORA 2GH9A 4NF5A 2XD3A 3IK6B 1NL5A 3G3FA 4R6KA 1H43A 1IXCA 2YJPA 4FEBA 1AIVA 4LQ5A 3OELA 3CRBA 4EXLA 2FYIA 2OWTA 4P0IA 3FXUA 3O2AA 4AQ4A 4NF8A 1SD3A 2O6AA 2Y7WA 1VE4A 4KD5A 4U1ZA 5ITOA 1URSA 5I2NA 1PB7A 3H06B 2DWIA 3MJNA 3VLVA 4G8NA 4NWCA 4AB6A 1N84A 5TU0A 4OFOA 5L9OA 3V5AA 1YAEA 4DDDA 3N26A 5F7VA 1B4HA 2PT2A 5IAIA 1S9TA 2DWHA 2I6EA 3K6WA 1XT8A 4IY5A 4OEUA 1MH4A 4GFRA 2DVZA 3ILTB 3FD3A 3KGCA 3S9MC 1MY4A 3EQ1A 3SEVA 3IOTA 4MBPA 4RNSA 3FJGA 5A5XA 2XHDA 2XXTA 2F8DA 1BKAA 2HAVA 4KHZE 3KJ7A 3PUZE 1BIYA 3A3UA 4ELQA 2ZNUA 4EQ7A 1B51A 1DSNA 1QUKA 4LP2B 3QSLA 1B52A 1UIUA 3N94A 1DPEA 3RY3A 4XKRA 3ECRA 3O29A 3U1OA 5KDTB 4ZEDA 2F97A 4R6HA 3DELB 3CR9A 4LA9A 4OERA 2H9BA 4EF2A 2O7UA 3MP8A 2QMWA 3K01A 2Z23A 3E4RA 5EHSA 2BJJX 2R9JA 5TP9B 3O28A 1O64A 2GRVA 1SBPA 3OO8A 2XXYA 3RQTA 3H3GA 3TODA 3ZS6A 3OO9A 3C31A 3FVNA 2OBGA 3OO6A 3RTFB 4I62A 1MPBA 3CFXA 3QUJA 2XXWA 3PUYE 1N3XA 4KR5A 4LZ8A 3UGWA 1OQGA 5CM6A 3SEYA 2RCBA 3FXQA 4U1OA 1D3KA 3THIA 1FQAA 3IB2A 3PD8A 1FQFA 4R9FA 4YB7A 3TTNA 3CSBA 5AA3A 3O6IA 2YLNA 1TXFA 4ZS9A 4IGRA 3MZ1A 4ZEKA 3O6GA 4ZEBA 1TWYA 1ZMGA 1AL3A 4MLVA 1PBPA 4GXAA 2HCAA 3DP8A 3USDA 1PBQA 2AYSA 3MVWA 2DOJA 3SERA 3KBRA 4XIGQ 1B0HA 1B3EA 2KLFA 2DS9A 3C9HA 5DVIA 5FHOA 3FVOA 2DE4A 1JW4A 1IXHA 1OLAA 2I3WA 3KOSA 1P99A 5I84A 1YPNA 4DZ1A 4LZ7A 2OJTA 3PUWE 4TOZA 3R6UA 2Q8JA 4R2FA 3TDJA 4G77A 1FQEA 5B7DA 2I4BA 2IA4A 2ZXTA 2OWSA 1Y3PA 1QW0A 4GXSB 4AB5A 2PX1A 2W7YA 4NTLA 4OFJA 2R6GE 1FTOA 4IGTA 3KJTA 4FEDA 3HO7A 1M5FA 2XXHA 3B6WA 5KCJB 5AA2A 4F31B 3E9XA 3VE1B 3K1NA 2G93A 2V3QA 4XKNA 5ELVA 3FJ7A 5CMBA 1MY0A 3RT6B 1A99A 1B5IA 4X1DA 4H67A 2DE2A 3D4CA 3TMGA 2ESNA 2F35A 2QPQA 2Z8DA 3T93B 4E0XA 1A40A 2ONKE 1B1XA 2XX8A 1ATGA 1Y4TA 3PUVE 4RK2A 4FIMA 2F36A 2V93A 4ELPA 1QULA 3TKDA 4F1VA 1Y1ZA 4NF6B 2PVUA 1JEVA 2QS3A 1F9BA 5DVJA 5LOMA 1JETA 3OXNA 1MXYA 5ICTA 1B58A 1WDNA 1UTBB 1MXUA 3HN0A 3VVFA 3Q29A 1LAFE 3FUZA 2F5XA 1NH8A 2FNCA 1S7YA 1H44A 1QJMA 4Q0CA 1B3HA 4ZEIA 4POWA 4GWOA 3GXAA 1A8FA 2NWJA 2ZYMA 2XXUA 2ZYOA 3BKIB 2DE3A 3RUMA 3H6UA 4YKJA 4GLIA 2O7IA 5ITPA 3G3HA 4PE5B 5H8HB 3I3VA 1UTHB 3HSTA 3PPQA 3MAMA 3VLWA 4OESA 1URGA 1R6ZA 5I2KA 4XTCQ 4NEDA 3CSGA 3PPOA 4OWDA 3I6VA 1US4A 4DXUA 3FZVA 4FATA 2PYYA 2XXPA 3K0VA 2B3BA 3S9NC 3MZBA 4G68A 1LCTA 3PMVA 4KYSA 2P2AA 2Z22A 4KQPA 1GVCA 4BDLA 3QAXA 1A7LA 4ZECA 1ZTYA 4OETA 1P1QA 4JBZA 1H76A 1M5CA 2XXVA 5KCJA 4H5GA 1B2HA 3CFZA 5ISUA 4DCYA 2GFEA 3T9VA 2QL3A 4F3PA 4PFWA 1EZ9A 4F3BA 2E0SA 2I4CA 4LVQA 1OIBA 2GHBA 3L6HA 2ONRA 2RINA 2DWAA 1JW1A 4HW8A 1I69A 1I6AA 1TFAA 2DQVA 4M1VA 1AMFA 5CMKA 3ONMA 1L5TA 4BDMA 1SQYA 4QFPA 3K4UA 4O3AA 4HCYA 3MPLA 3C4MA 4RY1A 1D9YA 4GVOA 4NF6A 3MC2A 5K2XA 1IXGA 3C36A 4H8JA 2G29A 5FTHA 1H45A 3N6UA 3LSLA 3O6HA 3TUSA 3M3FA 2I48A 4X9TA 4QFNA 5CRYA 3HV1A 3G3KA 1P1NA 5I56B 3OSRA 4OXVA 2NOOA 1XOCA 1BP5A 3TQLA 2HXWA 2VHAA 3IX1A 3SETA 3PPNA 2QSXA 3GZGA 2V3TA 3DM0A 5BWJA 3T9HB 5H8FA 2F7CA 1HSEA 4U4SA 2HEUA 3GBAA 3PU5A 4R73A 2CMOA 2RC8A 2ZNTA 4R75A 2UYFA 2P0SA 3H6TA 3Q27A 4YMAA 4IO7A 5AA4B 5CBSA 3M3KA 5CMMA 3IB0A 3M8UA 4OMBA 4PFTA 5EHMA 4GL8A 2F6PA 1OQHA 1Y1MA 3T66A 1QUIA 2ABHA 1XHYA 5J1DA 3SDFA 3L6GA 3TYHA 3TFLA 1MG1A 4ISUA 3IL1B 4ZEFA 2H98A 1RYXA 2QJEA 3F11A 1Y4CA 1FW0A 4RA1A 3KSJA 3GLBA 1HSJA 2Y7PA 1MY1A 1NNKA 4OZ9A 1Q35A 1NNPA 1DMBA 5DT6A 3IR1A 4N13A 2ZNSA 3QYTA 4WEPA 4F1YA 5CMCA 1B7ZA 3OEMA 1Z7ME 3MP1A 5FTIA 2NVUB 1QUJA 3FV1A 4NF4B 4IO6A 2DXYA 2VP1A 3O66A 4O3CA 1POTA 3FIRA 3G3JA 2Z8FA 3E13X 1RYOA 1B5HA 1B5JA 5H8NB 3S4UA 4P11A 3VXBA 2UVGA 4YKKA 5DEXB 1EZPA 2UXAA 4GL0A 3QK6A 3UN6A 3PPPA 5TPAB 1LBCA 2XD2A 1MXVA 4OENA 2QS4A 1M5EA 4YMBA 4FJPA 5I56A 1MQJA 1P1OA 2OCUA 1J1NA 1ZJLA 1B3GA 2O1MA 2YPNA 4PFUA 3CI8A 3OEKA 3IB1A 4X1BA 1O63A 1IIWA 4JDFA 3RT8A 3I5OA 3EN3A 4JWYA 4THIA 4DCXA 1MQHA 4GD5A 4POXA 1GTKA 1SI0A 3CG1A 1M5BA 3KZGA 4MH5A 5I59B 1VFDA 3PUXE 2XXIA 4F2OA 1II5A 4YB5A 3KSXA 1ZLQA 4G8HA 3TELA 3MQ9A 5L9SA 4YZZA 4IO5A 3H7MA 3MWBA 1D9VA 4QFLA 4F39A 3EF7A 3KN3A 2Z8EA 5I58B 2V84A 3G3IA 3KOTA 1ELJA 4R9GA 4MLQA 4ONYA 3G3GA 4YB6A 3OOAA 2PBWA 4NE4A 1JEUA 5KDTA 4HTGA 4DE8A 3OMBA 3K1PA 1BTJA 1MQIA 2F34A 3IAZA 1DTGA 4YKPA 1GV8A 2H4IA 2Y7RA 1O7TA 1JNFA 1LFIA 5TP9A 1ZU0A 4OVJA 1FCKA 4PFYA 2F7AA 1NMUA 5TPAA 1B7UA 3TEPA 3K6XA 5HBCA 4ECFA 3FASA 1P1WA 1YTVA 4EUOA 5I57B 1N7WA 5ICQA 1DTZA 1LAGE 1B40A 2D21A 3C35A 4DIGA 5HM4B 4IO3A 1EH3A 4ESXA 1B4ZA 2VOZA 4OEVA 3DP4A 4ZE9A 3V89B 1MDP1 1AOVA 3C32A 2DYXA 4RXLA 1IUDA 4JWOA 2A5TB 1SW5A 3S9EA 4BDOA 3VV5A 3TTMA 3MPKA 3IOWA 4DXBA 1D4NA 1URDA 3UP9A 1SYIA 4GIZA 1PDAA 4Q30B 1Y3NA 4F19A 1NNFA 3PMWA 1IXIA 3U72A 2WKYA 4NF5B 4WXJA 3RGYA 5EYFA 4U22A 4UA8A 3UIFA 5AE4A 3QUFA 5BUUA 1USYE 4I9DA 4F2QA 3MVYA 3SEUA 3S2VA 3IO4A 3TCHA 5H8SA 4TLMB 4K3FA 1FTKA 1B05A 2PMSA 3K6VA 1FQCA 4NF8B 2UVHA 3EHUA 4PQJA 3DP6A 3SEWA 4H0WA 3JYRA 3U8QA 2A5SA 1FQDA 2XXXA 1A55A 3U92A 2DVCA 5JK4A 1NFTA 3H6VA 2RCAA 3T96B 2HZKA 4GQOA 1MM7A 1DPPA 2B3FA 3KN7A 3A09A 4F29A 3K00A 3C33A 1Q1KA 3BFUA 2OZZA 3W9VA 3ZSFA 3E3KA 3VXCA 3QIMA 4RK9A 1HSLA 3LUYA 2DSFA 3FVGA 1P1UA 5A5XB 2I3VA 2AIXA 1OMPA 4BDQA 3OENA 1B7HA 2NXOA 1Y3QA 3MVXA 3WAEA 3K6UA 3RTWB 4WKMA 2Q2CA 4H5FA 5DTBA 5H8QB 4F22A 5B70A 2V3UA 4JSDA 3Q25A 3K2DA 2ONSA 5AA2D 3D4GA 2LAOA 2D5WA 3N6TA 4LATA 3ZKKA 3H03A 4M4GA 3JV9A 3PGFA 3RLFE 4Q8RA 1LSTA 1FTJA 3RPWA 4NWDA 1UTBA 4X48A 2R71A 3IOVA 4QSEA 3K1MA 4JB7A 4LZ5A 4E0WA 4KI0E 2GHAA 3LSFB 3H4ZA 1N3WA 3CVGA 3FGSA 4EF1A 3PD9A 2O51A 3LC8A 4QF9A 1POY1 1B9JA 3VLUA 3TTLA 1LB8A 3A3CA 5H8HA 4QSDA 1WODA 4EQ9A 1UTHA 3OD7A 4EDPA 3VDFA 4ESWA 3LSWA 1LBBA 2XX9A 3P7IA 1GR2A 2ANJA 3FV2A 1UIVA 3FATA 1PC3A 1YCJA 3BFTA 4DLDA 2ZYNA 1SW4A 2Y84A 2V25A 3CG3A 3EHSA 4PETA 1TFDA 4O3BA 4L17A 4G4PA 3Q28A 4XXUA 4WEDA 1OVTA 1ZIUA 4XKPA 4QSCA 2QS2A 3U93A 3CIJA 1LAXA 1UQWA 2VD2A 4JSOA 4U23A 4ELOA 1NNTA 4RJZA 2UYEA 2I58A 1ZBMA 3VVEA 3TCGA 1I6QA 3OSQA 1SW2A 4Z0IA 1XVXA 1MS7A 3ZKLA 5L9MA 3PV0E 1OVBA 2RC9A 5K2YA 3O97A 5L8DA 1USYH 5JEIA 3MZ9A 5HPQA 4KYEA 1MXXA 4H1XA 5H8QA 4HS7A 1LGBC 5AA2B 3AXFA 4YICA 1SYHA 2Q89A 2DP8A 3KEIA 3SESA 4ZE8A 1VSOA 3TTRA 3TPAA 4ZDMA 2ZMBA 1FTLA 3ILUB 4C1UA 4QFKA 1MM6A 2RKMA 3B6TA 4FECA 2IEEA 4QRZA 1MY2A 2F6GA 5KZTA 4HCWA 4ZZEA 1S50A 1B32A 4N6PA 1SDXA 2QRYA 3VVDA 2RC7A 3DLNA 3S9LC 4UACA 1JQFA 3RNNA 1PEBA 3WAFA 4DXCA 1FTMA 3G7WA 3N5LA 5CI5A 3R26A 4U4XA 2X7QA 5AA4A 3SEXA 2XX7A 2H5YA 2Q88A 4XKQA 3IJOB 5JTYB 3B7DA 1N7XA 4N07A 4KPTA 4KCDA 4U2RA 5CC2A 5F1QA 1PB9A 2E1SA 2F7BA 1XVYA 5FHMA 1IEJA 2HAUA 2VGQA 1XS5A 3KG2A 2REGA 4IO2A 4BDNA 4EQBA 2O68A 3EHTA 1R1NA 2X26A 3IJXB 1CB6A 1B3FA 1MPCA 4LQ2A 2REJA 2PT1A 3HHFA 1TT1A 2CZLA 3MP6A 4JWXA 5I2KB 5DVFA 3LBSA 1WVJA 2H25A 4QHQA 1OLCA 3IOUA 4G68B 4LONB 1Z7NE 3LR1A 4I8CA 2M8CA 3FXRA 5M2VA 3UORA 4TQUQ 1JVYA 1QVSA 2ALUA 4NF4A 4OQOA 1VR5A 4ZZAA 3Q26A 3HHGA 1IZ1A 4OYVA 5H8NA 1M5DA 1N0TA 2I0CA 1LFGA 5CBRA 1Y9UA 1MRPA 2Y7IA 1XC1A 4KFQA 1MY3A 5DEXA 4OFLA 3T22A 2H99A 3SKPA 3C34A 2F78A 2DWJA 4R72A 3RN8A 2O1LA 1QKAA 4H65A 3ODBA 1MPDA 3KN8A 4MFIA 2O69A 4G2ZA 4OHNA 3HPIA 4QFOA 1A8EA 1IITA 3M3LA 1MH3A 2I49A 5DYHA 4YAHX 1LLSA 2VD3A 5IKBA 2AL5A 4I1DA 4ELRA 1JVXA 4R6YA 4OTEA 4U21A 3V83A 3R7XA 1MXWA 1BLFA 1AH5A 3GBBA 1H3DA 1B0LA 3TZAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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