3RUMA

New strategy to analyze structures of glycopeptide antibiotic-target complexes
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
376
structure length
375
Chain Sequence
MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAAAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein/antibiotic
source organism Escherichia coli k-12
publication title A carrier protein strategy yields the structure of dalbavancin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 118
structure length 375
sequence length 376
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rumA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rumA01
3PPNA 1B4HA 1TFAA 2DVCA 3N6UA 4F3BA 3IOVA 4FIMA 2QL3A 3B6WA 3N94A 4N13A 3SERA 1R1NA 2Z8DA 2XXIA 4I62A 2ZNUA 1HSLA 5ITOA 3V83A 3JV9A 3IX1A 3CSGA 2HXWA 1S9TA 2PVUA 2OLBA 3LSLA 5ISUA 2DE4A 3OD7A 1ZU0A 1PBPA 1LBBA 1ZMGA 4IO6A 3ZSFA 2YJPA 4QSCA 3TMGA 2XD2A 4AB6A 3H6UA 4H0WA 5FHMA 3FXUA 3DLNA 5H8NA 4GL0A 4KPTA 5CI5A 4G68C 1JNFA 3RLFE 4MLQA 1GTKA 1B4ZA 1I6QA 2F35A 3C36A 2HQ0A 1NMUA 4BLAA 3CG3A 3TCHA 4QFKA 3B6TA 2QJEA 3CRBA 2G93A 3VLUA 4ELOA 5I59B 1J1NA 3FV2A 1UTHA 4H67A 1VFDA 2O1LA 1N84A 5KDTB 1PEBA 1FQCA 1R6ZA 4EF2A 1B5HA 3PGFA 1MY1A 4TLLB 1B05A 5TU0A 3CI8A 3MVXA 5CMBA 4AB5A 1GR2A 1EU8A 4QRZA 3VDFA 4RPOA 3L6GA 4Z0IA 3BBRA 3OSRA 1MXVA 5I56B 1N76A 3WAFA 4XXUA 1LCFA 3OO9A 1MM6A 4ZEFA 2H9BA 2V25A 1FQDA 2QMWA 1JVYA 1FTKA 3FASA 1Y1ZA 3CIJA 2DSFA 2I48A 1B3HA 4L17A 1NNTA 1ZJLA 3TTNA 1MXUA 1HSJA 1SD3A 3SESA 1B3GA 4HS7A 3KN3A 1Y3NA 3S9LC 4WXJA 4OMBA 2OCUA 3IK6B 1TXFA 1PC3A 2XXUA 4I8CA 2DVZA 3MZ1A 4OFLA 4MLVA 1MPCA 4GXSB 1Z7NE 1IEJA 3RTFB 5BWJA 4NE4A 1SVXB 3BFTA 1D9YA 1URDA 3LSFB 1D9VA 2QPQA 4H65A 4F22A 1BKAA 1B0HA 5I59A 1DSNA 1LAXA 4RNSA 4OERA 1IUDA 2PBWA 1US5A 3PD8A 4G8HA 3MW0A 4IY5A 2NUVA 1I6BA 1QJMA 4K3FA 5IAIA 3IO6A 2Q8JA 3DP8A 1MM7A 1AIVA 1OMPA 2QMXA 1DPPA 3QK6A 2Y7IA 1IXIA 3BFUA 1DPEA 5K2YA 4G8NA 4DXUA 1USYH 2Z8EA 1ZBMA 4ZEKA 5I56A 4ESWA 4NF8A 1XVYA 3H7MA 2O51A 3USDA 3FVOA 4XKQA 4PE5B 4GFRA 1VR5A 2IEEA 2DWHA 1RYOA 4YAHX 3RGYA 2Y84A 1Q35A 4ZS9A 1H44A 4XKPA 1SQYA 2A5SA 2UYFA 3OEMA 3S2VA 3MZBA 4ELPA 4MF3A 3V8XB 2V93A 1YAEA 4NEDA 3UP9A 1DTZA 2RINA 2DWAA 1CE2A 2YPNA 3I5OA 3PPOA 1B3EA 2I3WA 4F19A 1BLFA 4R2BA 2D5WA 3TAJA 1RYXA 1XS5A 3G3KA 1MH3A 2PT2A 3O66A 2V3UA 3TYHA 4C0RA 5TPAB 1TT1A 1ANFA 1MDP1 4GIZA 1NNFA 5AA1A 1GV8A 3H4ZA 2XXTA 2ONSA 2NOOA 3WAEA 3MQ9A 3QIMA 4G2ZA 2OK2A 2GHAA 2P2AA 3U72A 5JEIA 2HEUA 3EHSA 5ELVA 5KZTA 1LFGA 3FIRA 4P0IA 1B7HA 4H5GA 2F7AA 4GVOA 1YTVA 3TQLA 1UQWA 3VLVA 2H5YA 3UA8A 1P1NA 1B7UA 1MXZA 4I9DA 3QYTA 1L5TA 5DT6A 2O68A 4GLIA 3E9XA 4YMBA 1MQHA 2Z23A 1SW2A 2XHDA 3S9NC 1ZTYA 3W15C 1MG1A 3VLWA 3O6GA 3K1NA 3FV1A 3KEIA 4WKMA 3FJGA 1B7ZA 5FTIA 4BDQA 1LLSA 3H6WA 3T93B 2XXPA 3TDJA 5J1DA 3FVKA 1M5EA 1JQFA 1MRPA 5BUUA 1ZLQA 1USYE 1IXCA 4RA1A 4DXBA 4KYSA 3G7WA 4OYVA 3SDFA 4KYEA 1OIBA 2HZKA 4F18A 3IAZA 3Q25A 4Q30B 3IJXB 5EYFA 3OO6A 1URSA 3CG1A 3T9UA 4OENA 5TPAA 4JSDA 4BDRA 1UTHB 2GH9A 1B52A 2Q9TA 4C1TA 4PFWA 4KHZE 3C33A 4OFJA 5A5XA 1WDNA 1XOCA 4YU0A 2ZYKA 3RQTA 5JTYB 5EHSA 2DYXA 4ZDMA 4ZECA 3ODBA 2M8CA 2GRVA 1XT8A 2D21A 3QSLA 4KR5A 2FYIA 3OO8A 1Y4CA 1I6AA 4X1BA 4NF5B 2XXHA 4HCYA 3HPIA 1A55A 3PPQA 5FTHA 1FTLA 4U4XA 3RY3A 5K2XA 4H6DA 3LSXA 3Q26A 1WVJA 1MDQA 5FHNA 2H4IA 3MVZA 3O29A 4O3AA 4ELRA 3CFZA 4GL8A 2ZNSA 4BDMA 2F6GA 3E3KA 2DE2A 4ZE9A 3TCFA 3A3UA 1EH3A 2QS2A 5AA2A 1N3WA 1ELJA 1PB9A 4F3GA 3W9VA 3DM0A 1MS7A 3GBBA 1FCKA 1FW0A 4RPNA 1Z7ME 1DOTA 3U94A 1MXXA 1HSEA 3OSQA 3THIA 1B58A 1NL5A 2LAOA 4JSOA 5I58A 3TUSA 3FGSA 1MQIA 1WODA 3S9MC 4F1UA 4FEBA 2OWTA 1IXGA 1P1WA 1H45A 2XX9A 3PUVE 5DEXB 2PX1A 3MJNA 4NWDA 4F3PA 4OFOA 4Q0CA 3AXFA 2O69A 2XXYA 3TEPA 4YKIA 3GBAA 3PPPA 4KQPA 3CVGA 2O6AA 4U21A 2UVJA 4DCYA 1PDAA 1BTJA 3ZKLA 3GZGA 1LGBC 3CFXA 3TQWA 1PB8A 3K4UA 2F8DA 2G29A 1ZIUA 3ONMA 3TTKA 4R6KA 2RC7A 2QRYA 2B65A 4ZEDA 5JTYA 1A99A 1VFEA 4TLMB 3K02A 3H06B 3N6TA 5F1QA 1O7TA 3RUMA 2REJA 2H25A 2DWJA 4EQ7A 3IOTA 4WEPA 1POY1 4R6HA 4XTCQ 4R6YA 4LVQA 4NF8B 5DTBA 4NF5A 4DXCA 1LAGE 1FQEA 4POWA 1QULA 2B3BA 3BKIB 3VXCA 3UIFA 1NH8A 3L6HA 1MPBA 2NXOA 5M2VA 4OWDA 1YPNA 2O84X 2E0SA 3OENA 3PUZE 4M1VA 4QFPA 3D4CA 3KN8A 2XXQA 3I6VA 4EXLA 4KI0E 4FORA 1PBQA 3T66A 3FJMA 1IQ7A 1P99A 4N07A 5TP9B 1M5FA 2I58A 4F2QA 4GOTA 2Y7WA 1JETA 3O28A 1B1HA 2QS3A 1SI0A 4F29A 5DEXA 1LB9A 3HO7A 2RCAA 2XXWA 3EHTA 5AE4A 3G3FA 1QUJA 3H03A 1B51A 4IO4A 3QAXA 1OLCA 3EHUA 2DQVA 2XXRA 2ZYMA 1MQDA 4DLDA 1JVXA 2DXYA 2HAUA 4U4SA 1P1QA 3C34A 4ZE8A 2V3TA 3SEUA 4DIGA 4RJZA 5AA4B 1SYHA 2UYEA 3VVFA 1P1UA 1H43A 3O6HA 3RPWA 4U22A 3TCGA 1FTJA 1NFTA 1VSOA 4OZ9A 4X48A 2R71A 3VVDA 2QSXA 4NMYA 3A3CA 4OQOA 3LR1A 4F3SA 1XC1A 1LFIA 1QUIA 4BDOA 1M5CA 5I57B 4F31B 1LAFE 3TPAA 3RN8A 2I3VA 2AL4A 1II5A 3KN7A 5H8SA 1O64A 2O7UA 1XHYA 3OO7A 3IB0A 3U92A 2REGA 1FQAA 3T9XB 2I4CA 3MP8A 1B32A 3M3LA 4LQ2A 3PMVA 4N6PA 1MY2A 4QF9A 2O1MA 2D3IA 1ZKBA 4G68A 3S4UA 1R9QA 1SW1A 2X26A 3HHFA 4RY1A 1LBCA 2H98A 4AQ4A 3EN3A 3PD9A 3FXQA 1B1XA 1LB8A 1US4A 3GXAA 4Q8RA 4MH5A 3K6WA 4FECA 3VV5A 3LC8A 5TP9A 4ESXA 2Q89A 4ND9A 4POXA 4G4PA 1MY0A 4OETA 1TFDA 2ANJA 3K0VA 4U1OA 5DVJA 4RK2A 4RK9A 4GQOA 4OEUA 3MP1A 5A5XB 4YMAA 3H3GA 4ECFA 2P1SA 1LAHE 5HM4B 4IY6A 3JYRA 3OXNA 5CBRA 4LZ7A 4ZEBA 1JEVA 1F9BA 3KZGA 3C35A 1BP5A 1SBPA 3R26A 2V3QA 4XIGQ 5AA4A 3VVEA 3FVNA 3KSXA 1A40A 2HAVA 2Z8FA 2ZNTA 3ILUB 3LUYA 4UACA 3N5LA 1S7YA 3FATA 1A8FA 2NWJA 1EZ9A 4DZ1A 1SDXA 3KOTA 1DMBA 1TWYA 2RKMA 5I57A 5ICQA 3KOSA 4H8IA 5LOMA 4P0GA 1MH4A 3F11A 2ZYOA 5AA2B 4LZ5A 1NNKA 3KJTA 1CB6A 3Q27A 2VP1A 1DTGA 3FUZA 3R6UA 3LSWA 1M5BA 2B3FA 4QSEA 4YZZA 2DE3A 3QUJA 1MY4A 3TFLA 3K1PA 2UVHA 5I58B 3ECRA 5HPQA 4JWXA 3OOAA 1H3DA 4DCXA 3O6IA 2R6GE 4X1DA 4TOZA 3DP6A 2QS1A 1B0LA 2HCAA 4LATA 2DXRA 3CFLA 1OQGA 3E4RA 3RT6B 1D3KA 2F97A 1N04A 1B3LA 3ZKKA 4NF4B 4DDDA 5H8HB 4JBZA 4E0XA 2VGQA 1EZOA 2F78A 5DVFA 1JW5A 2XX8A 1KWHA 2I4BA 3HHGA 1MQGA 2ABHA 4EDPA 2BJJX 4MFIA 5I2NB 2F7CA 3N26A 2I49A 1LSTA 5CMCA 3OMBA 3FD3A 4YB7A 3MPKA 3O2AA 1EZPA 3E13X 3VXBA 3MVWA 3M3KA 3KFMA 4KD5A 3KGCA 1B46A 2ONKE 2PYYA 1B5JA 4IB2A 1XVXA 1B5IA 1IZ1A 3IB2A 3KBRA 4U1ZA 1UTBB 3PMWA 2PT1A 1IITA 3MPLA 4TQUQ 5FHOA 4RXLA 3QUFA 2QS4A 2RF1A 5AA2D 2X7QA 4JB7A 3U8QA 3V89B 5EHMA 4YB6A 3DELB 2I0BA 4EUOA 2H99A 4HW8A 5H8QB 2AIXA 1MXYA 4H1XA 1RKMA 4PFYA 3RTWB 3SEXA 4Z7EA 4E0WA 4EXKA 3T9HB 3R7XA 4G77A 3HSTA 3O97A 2IA4A 4HTGA 2VD3A 2X7PA 3K6VA 4YKJA 1SW4A 4JWOA 4QFNA 2FNCA 4FEDA 1Y9UA 3MWBA 2ALUA 3G3IA 1OQHA 4ONYA 3K01A 4NF4A 2NVUB 5H8HA 2WKYA 4DE8A 1FTOA 2P0SA 1JW1A 3FVGA 3M8UA 1Y20A 4QFOA 3UORA 5I2NA 2Q2AA 2HFBA 1SI1A 4M4GA 2FA7A 5IKBA 3CSBA 5KCJB 1B9JA 1B2HA 4IGRA 3SETA 2OJTA 3IB1A 4HCWA 4R72A 3SEVA 3IJOB 3FZVA 3MVYA 2F36A 1I69A 4PETA 3EPEA 3UGWA 4G68B 4R9FA 1UTBA 1N7WA 3UK4A 2CZLA 4GXAA 1AOVA 1R9LA 3T22A 2Q2CA 4JWYA 2YLNA 2DP8A 1M5DA 1POTA 1N3XA 3IOUA 1MQJA 1BIYA 4NWCA 1T0KA 5L9SA 4IO2A 3T96B 1P1OA 4KCDA 4JXIA 3TTRA 4PP0A 4LQ5A 5CC2A 1NNPA 1Y3PA 3V5AA 4NF6B 2Y7KA 2Y7RA 1NKXA 3O9PA 1Q1KA 4LUBA 5H8QA 3C32A 2F34A 3TODA 4I1DA 4XKRA 4O3BA 1GVCA 1LFHA 4EQBA 4IGTA 3T9VA 3TTMA 2AL5A 4OXVA 3TKDA 4OVJA 4BDNA 3C31A 1S50A 2I6EA 2F6PA 2HZLA 1FQFA 1AH5A 3FXRA 1NH7A 5ICTA 3K1MA 3QXMA 3A09A 3G3GA 3KJ7A 1SW5A 3KG2A 3TTLA 2OWSA 1Y3QA 3D4GA 3PV0E 3RNNA 3TZAA 4F39A 2PMSA 2DWIA 1H76A 3C9HA 3HCQA 2UVGA 4F2OA 1MPDA 2XD3A 5KDTA 1MXWA 1OVBA 5I2KB 4UA8A 5L9OA 4MBPA 1IIWA 4QFLA 5KCJA 4PQJA 3MUQA 4GF8A 4PFUA 4ISUA 1B40A 4QHQA 3ILTB 5HBCA 3MAMA 4LZ8A 3M3FA 1JEUA 4OHNA 4WEDA 2ONRA 5JK4A 2RC9A 3PU5A 4GD5A 4LP2B 3HN0A 3W9WA 1QVSA 5L9MA 4KCCA 5L8DA 3EF7A 4F1YA 3K2DA 4JDFA 4Q5TA 4C1UA 5H8FB 3IL1B 2A5TB 3K6UA 2W7YA 4YB5A 2GHBA 4NF6A 3I3VA 3UN6A 2ZXTA 2GFEA 4O3CA 3K00A 4PFTA 1MY3A 3IORA 1LCTA 3IOWA 4R73A 3MP6A 5DVIA 1VE4A 3GLBA 2DOJA 2ZMBA 5CBSA 4ELQA 5F7VA 2VOZA 4LONB 4YICA 4YKPA 2VHAA 4FATA 4R2FA 2OZZA 3Q28A 4NTLA 4R9GA 4X9TA 1N0TA 4OESA 1YCJA 1PB7A 4R75A 4FJPA 2KLFA 4IO7A 1GGGA 2XXXA 3G3HA 3KSJA 1QKAA 3H6VA 4EF1A 1UIUA 2RCBA 1QW0A 3PUWE 2UXAA 4IO3A 3S9EA 3PMXA 2I0CA 3H6TA 1A7LA 5I2KA 2R9JA 4IO5A 1OVTA 4P11A 3C4MA 4THIA 2DS9A 4G8MA 4GWOA 3RT8A 1D4NA 1QKBA 4RYAA 3EQ1A 3JZJA 4KYDA 3IO4A 4KFQA 4OEVA 1Y4TA 2UVIA 1URGA 5B7DA 1FTMA 2Y7PA 2F5XA 1UIVA 4XKNA 2Q88A 3OEKA 1B6HA 2V84A 1JW4A 3SEYA 3U1OA 1ATGA 5ITPA 3VFJA 4BDLA 1Y1MA 3TELA 3PPRA 3ZS6A 5H8FA 4ZZAA 4U2RA 5DYHA 2A5TA 1A8EA 4ZZEA 3OELA 5CMMA 4R74A 4ZEIA 2OBGA 1OLAA 2ESNA 5B70A 4OTEA 5H8NB 3P7IA 2XXVA 3FJ7A 4F1VA 4EQ9A 4FE8A 5I84A 3CR9A 3K6XA 2VD2A 1B3FA 4FAJA 1A54A 3IR1A 3MBPA 1QUKA 5CRYA 4LA9A 2AYSA 3B7DA 3PUYE 2F7BA 3B6QA 3U93A 3DP4A 4YKKA 1O63A 3MC2A 5CMKA 1AMFA 2RC8A 3G3JA 4H8JA 1FQBA 4H5FA 2XX7A 3VE1B 3MZ9A 1N7XA 2Z22A 2THIA 3SKPA 5AA3A 2ZYNA 3LBSA 3Q29A 1AL3A 3HV1A 4GRKA 1SYIA 3SEWA 4U23A 2CMOA 2E1SA 4QSDA 2O7IA 1IXHA 5CM6A 3PUXE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PPNA 1B4HA 1TFAA 2DVCA 3N6UA 4F3BA 3IOVA 4FIMA 2QL3A 3B6WA 3N94A 1LBZA 4N13A 3SERA 2HXRA 1R1NA 2Z8DA 2F3BA 2XXIA 2WBDA 4I62A 2ZNUA 1HSLA 1RDZA 5ITOA 3V83A 3JV9A 3IX1A 3CSGA 2HXWA 1S9TA 2PVUA 2OLBA 3LSLA 1LEVA 5ISUA 2DE4A 3OD7A 1NUXA 1ZU0A 1PBPA 1LBBA 1ZMGA 4IO6A 3ZSFA 2YJPA 4QSCA 3TMGA 4AS5A 2XD2A 4AB6A 1AWBA 4O8MA 1NV4A 3H6UA 4H0WA 5FHMA 3FXUA 3DLNA 5H8NA 4GL0A 4KPTA 5CI5A 4P47A 4G68C 1JNFA 3RLFE 3BIGA 4GBWA 3LUZA 4MLQA 1GTKA 1B4ZA 1I6QA 2F35A 3C36A 4OA4A 2HQ0A 2FHYA 1NMUA 4BLAA 3CG3A 3TCHA 4QFKA 3B6TA 2QJEA 3CRBA 2G93A 3VLUA 4ELOA 5I59B 1KA0A 1J1NA 2FBPA 1LBWA 1UTHA 3FV2A 4H67A 1VFDA 2O1LA 1N84A 5KDTB 1PEBA 1FQCA 1R6ZA 4EF2A 1B5HA 3PGFA 1MY1A 4TLLB 1B05A 5TU0A 3CI8A 3MVXA 4N6KA 4NF0A 5CMBA 4AB5A 1GR2A 1EU8A 4QRZA 3VDFA 5LDZA 4DI4B 4RPOA 3L6GA 4Z0IA 3BBRA 3OSRA 1MXVA 5I56B 1N76A 1IMBA 2CZHA 5F24A 4HXVA 3WAFA 4XXUA 2OX3A 1LCFA 2PFYA 3OO9A 5IGAA 2ZZWA 1MM6A 1LBYA 4ZEFA 2H9BA 2V25A 1FQDA 2QMWA 5IZ3A 1JVYA 1FSAA 1FTKA 3FASA 1Y1ZA 3CIJA 4GX3A 2DSFA 2I48A 1B3HA 4L17A 3E78A 1NNTA 3EKIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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