4C1TA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with arabinoxylotriose
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule keywords SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis
total genus 132
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1tA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1tA02
4WEPA 3O6GA 2G29A 2XXQA 2B65A 2XXIA 2QS1A 2Q2AA 4O3AA 3CG3A 3SETA 3PMXA 4ZE9A 2QJEA 1S7YA 2QMWA 4PP0A 4MLVA 4F39A 3KN3A 3ODBA 4RK9A 4DE8A 1B3HA 3Q25A 1MPDA 3QIMA 1R6ZA 2ANJA 3V8XB 1OVTA 1BIYA 3RNNA 4LATA 1IXCA 1D9VA 2ZMBA 3OEMA 3ONMA 3RTFB 1URDA 1N7WA 2O7UA 4ELPA 4XKRA 3TTKA 2XD2A 5ITPA 1TFDA 2I58A 4OMBA 3SEYA 4OVJA 4QRZA 1B5HA 4FE8A 4JDFA 3FV1A 2X7PA 2XX9A 1QKAA 1B5JA 4R6YA 3BFTA 4KPTA 4LONB 4U23A 4EF1A 4EXKA 3TCFA 1PBPA 4GD5A 1Y20A 3I3VA 2HAUA 5TPAA 1AOVA 4DXCA 1MXVA 1A55A 1M5DA 3TYHA 1OIBA 4JBZA 4KI0E 1B3GA 3UORA 2YLNA 1NH8A 3H7MA 1JW1A 4OHNA 1AH5A 1LBCA 3K01A 3OO8A 4YB6A 2R6GE 3UN6A 4ELQA 1N7XA 1LSTA 4POXA 1GR2A 1B52A 4GOTA 3I6VA 3JYRA 2DVCA 3SEXA 4RXLA 4Q0CA 2O6AA 2GH9A 1NFTA 2W7YA 5DVIA 5ICTA 2F97A 2F34A 3U92A 1PBQA 2PYYA 1RKMA 4YKKA 4C1TA 1H44A 2I6EA 2P1SA 1N3WA 3G3FA 4RPNA 4Q30B 3EQ1A 1LAXA 4JWOA 2XXWA 3QYTA 1XVXA 2I0BA 2OK2A 1LAHE 4QSEA 4GL0A 4YU0A 3VXCA 3EHSA 3PGFA 1SI1A 3FVGA 4BDQA 5AE4A 1MY2A 3U94A 4GVOA 3T9UA 5ITOA 5I59B 3DP4A 1JW5A 1Z7ME 4R73A 3T96B 3VLWA 1FQAA 3KOSA 1B7UA 4BDMA 3V83A 4LVQA 3E13X 3B6WA 1DOTA 2H98A 3USDA 3TEPA 4MFIA 1VFDA 4NTLA 2OCUA 3IOVA 2HZKA 5AA1A 2ZYMA 3FVKA 4G8NA 1FQCA 1SI0A 2O51A 1PB8A 5I56B 4Q5TA 1A99A 4OYVA 5CBSA 1BKAA 2XXXA 4NF5B 3K4UA 4X1DA 3C35A 5TU0A 2DWHA 5A5XB 1JQFA 2XX8A 5ISUA 4FEDA 1OLAA 2Y7KA 3FGSA 2HXWA 5H8NB 1BLFA 2DE4A 1MY3A 5AA2A 3JV9A 4PFWA 3MP6A 5IAIA 4IY5A 4AB5A 3IK6B 4YKPA 4AB6A 2IEEA 1NNFA 3K2DA 2DQVA 3THIA 2PMSA 4EUOA 3PMVA 4DIGA 3PD9A 2OBGA 3SEUA 3S2VA 4FJPA 3E4RA 3C4MA 4PFTA 3TKDA 2E1SA 2UYFA 4JWYA 2XXUA 4ZE8A 3IB1A 4ZEBA 1UTHB 4RJZA 5KCJB 1JNFA 1LFIA 1ZKBA 1IXIA 4R2FA 3PPPA 4TOZA 4ZS9A 1B3LA 4PE5B 3QXMA 3FVNA 4XKQA 1B1XA 4JWXA 2VOZA 4M1VA 3HO7A 3T9HB 2ZNUA 2I4CA 4KCDA 1B51A 3MWBA 4FEBA 3O2AA 3PMWA 1Y4CA 2UXAA 3IOTA 1B32A 4U2RA 1WODA 2I49A 3CFZA 5TP9A 1Y3PA 3KJ7A 2ZXTA 4ZEKA 1HSEA 2X26A 3C9HA 5I84A 2FNCA 1UTBA 1ZMGA 4N13A 1QW0A 1N84A 1MDP1 3ILTB 1FTKA 1MG1A 2Z8DA 2PX1A 3C32A 1SYHA 1B1HA 1M5BA 2UVHA 3GBAA 3AXFA 4KFQA 4GXSB 5J1DA 3MVZA 3KN7A 4UACA 4OERA 2DXYA 3CG1A 4GXAA 2Z8FA 4PFYA 4MH5A 4PQJA 4U4SA 5K2YA 4LA9A 4ONYA 1PDAA 2O7IA 2Z22A 1FQEA 3O28A 3IO6A 5CMCA 1LLSA 4GIZA 4YB5A 3A3UA 3S9MC 1I6BA 4QFLA 1YCJA 3R26A 3HHGA 1R1NA 4YKJA 1JVXA 2VP1A 1QUIA 3FZVA 1S50A 2GRVA 4NMYA 3TELA 3IL1B 3EHTA 5CMKA 2DXRA 1JEVA 2Y84A 1B3EA 2Z23A 1N0TA 3U93A 3E3KA 4XKNA 1TXFA 5H8QB 4DXBA 1MY1A 4P0GA 3VXBA 4KR5A 1FTMA 2V3TA 3DP8A 3PPQA 3K6XA 3MQ9A 3OOAA 1Q1KA 4ECFA 2DS9A 3CI8A 2WKYA 2H9BA 3V5AA 3H6VA 1FTOA 4PETA 3TZAA 1RYXA 1US5A 2R9JA 3MZ9A 3LR1A 4H8JA 2DOJA 3H6UA 2ALUA 3K6WA 2AL4A 3O29A 2NUVA 1MQIA 4FORA 2Q9TA 4L17A 4YMAA 2D21A 1AIVA 2ZNTA 4IGRA 4OZ9A 3GBBA 4IO5A 2ONRA 1Y9UA 3N26A 1KWHA 1WDNA 3FASA 2NOOA 3TODA 2V3QA 1Y4TA 3PUVE 3TTRA 4NF6B 5I58B 4C1UA 1DSNA 5K2XA 3ZKKA 4I1DA 3N6UA 3C31A 5CMBA 5H8SA 3CIJA 3BKIB 3OXNA 3UP9A 2YPNA 4R9FA 3OMBA 3HHFA 1DPEA 3KJTA 4OQOA 4DLDA 2HZLA 3OELA 5H8FB 4RNSA 3VLVA 1MH3A 4G77A 4YB7A 1ZLQA 2GHAA 3BFUA 1MH4A 1I69A 3PUZE 4RK2A 2UYEA 1LFGA 3RUMA 2GFEA 5AA2D 4XKPA 2VD3A 3EF7A 1MPBA 1NNTA 3FD3A 3MBPA 3HPIA 1LB9A 4RPOA 5LOMA 4YKIA 3WAEA 5H8HB 1P1NA 4EQ7A 4FECA 4AQ4A 4F3GA 3CSGA 2O1MA 1B4HA 1H45A 1VSOA 1XHYA 3FV2A 4G8HA 2VGQA 5DEXB 4IB2A 1USYE 1B46A 1H43A 2H4IA 4LZ5A 2DWIA 4LQ2A 5I57B 3KZGA 4N6PA 3K0VA 5ELVA 2DE3A 1XOCA 4NF4B 3V89B 3FUZA 3H03A 1VFEA 5M2VA 1US4A 1Y3QA 3LSXA 2FYIA 2A5TB 2FA7A 4WXJA 3K1NA 5L9MA 4BDNA 4IY6A 4TLLB 4Z7EA 2HAVA 1SDXA 3K1PA 2THIA 4BDLA 4LZ7A 2D5WA 1CB6A 1SW1A 3T93B 5KDTB 4OFLA 4OESA 1GV8A 3D4GA 2CZLA 4OXVA 4JSOA 3RT6B 3C33A 1IIWA 1B4ZA 1MQDA 3Q27A 4ZZAA 1YTVA 3FXUA 2E0SA 1N76A 3MZ1A 5I2KB 4R75A 4P0IA 4HCWA 3CFXA 3MZBA 2PVUA 4ND9A 1H76A 4R6KA 3MVXA 1B9JA 4EQBA 5B70A 1O64A 4R9GA 4G2ZA 5I2NB 2RC9A 3FJMA 5JK4A 4NF8B 4ZEDA 1B05A 1AMFA 5CM6A 2O69A 1IQ7A 3SESA 1PEBA 2B3FA 4E0XA 1EH3A 4OENA 4G68B 2RCAA 3R7XA 4IO2A 4KCCA 5AA4B 5CMMA 2OWTA 4DZ1A 3L6GA 4ISUA 1NKXA 1NH7A 1WVJA 4EQ9A 1YPNA 5JTYB 3OENA 1A8EA 4NEDA 5CI5A 2Y7WA 2ZYOA 3EHUA 1JEUA 1QULA 5DVJA 4TQUQ 3G3HA 3O66A 3TCGA 4OEVA 5EHMA 5I59A 1LFHA 1OLCA 4H1XA 2ONSA 2PBWA 1DMBA 4G4PA 2XXVA 1MXUA 1MRPA 3H6WA 4QSDA 1MY0A 3WAFA 2O68A 4RA1A 3KSXA 4GF8A 4P11A 3RY3A 4LZ8A 2DVZA 3S9NC 2XX7A 4DXUA 1B3FA 3IB0A 5F7VA 4KQPA 4F18A 3H6TA 4U22A 1NNKA 4RY1A 5I56A 2OJTA 1XVYA 3S9LC 4FAJA 1SD3A 4H0WA 3MC2A 3LUYA 3FXRA 4R72A 4NF5A 3RTWB 4I8CA 1IXGA 3G3KA 4F1YA 3CSBA 3LSWA 1NNPA 2QL3A 2OWSA 1A7LA 5A5XA 2M8CA 2V3UA 5JEIA 5CC2A 3CRBA 4QFPA 1P1UA 5H8NA 3QSLA 3TPAA 3MJNA 2VHAA 3TUSA 4KYSA 3EPEA 5L8DA 4OETA 3G7WA 3MPLA 4F31B 3GZGA 5EHSA 3FJ7A 4ZDMA 4DCYA 1P1OA 3N94A 3PPRA 2ONKE 4F3BA 4EDPA 1ZU0A 3M3LA 4U1OA 1POTA 4HCYA 4F22A 2HQ0A 3HN0A 3OO7A 4IO4A 3TQWA 4H5GA 4KYDA 2Q2CA 3T22A 3DM0A 3GLBA 3MP1A 3MVYA 1UTHA 2H5YA 3HV1A 2I4BA 4XXUA 5KCJA 2Y7RA 3MP8A 3G3GA 4KHZE 3VVDA 1T0KA 1CE2A 4PFUA 2Y7PA 4ZEFA 3IO4A 5FHNA 3MAMA 4QFOA 1LB8A 2NVUB 1HSJA 4HS7A 2RF1A 3KFMA 3LSFB 3L6HA 4OFOA 2NXOA 3SEWA 1B40A 2F35A 2F36A 3Q28A 3UGWA 5FHOA 1LGBC 3RLFE 3IJOB 4DDDA 1POY1 1ZJLA 1JVYA 1M5EA 3TFLA 1B2HA 4FATA 1USYH 1LCTA 3PU5A 4U1ZA 3IX1A 3I5OA 2Q88A 3UK4A 4BLAA 3TMGA 2ZNSA 4RYAA 1MXZA 1SW5A 2XXPA 1IEJA 2V84A 1AL3A 4GRKA 3PUXE 4JXIA 1EU8A 3R6UA 3ECRA 4E0WA 3TQLA 1ELJA 3TDJA 4QHQA 3K1MA 4YZZA 4GQOA 5TPAB 2R71A 3SERA 2IA4A 3MVWA 1M5CA 1ZIUA 3CFLA 1EZPA 3VVFA 4FIMA 4QFKA 3RQTA 4X1BA 3HCQA 3TTMA 1I6QA 2QS4A 3IOWA 3TTLA 3PUWE 1LAFE 2PT2A 4POWA 3QK6A 3BBRA 1B7HA 4IO3A 3U1OA 1Z7NE 3U8QA 1ZTYA 4F3SA 4ZZEA 2ZYNA 3RPWA 3SEVA 4O3BA 1HSLA 3PD8A 1MDQA 2OLBA 1MM6A 5FTIA 3HSTA 4MBPA 1MXWA 1B0HA 1LBBA 4ELRA 1H3DA 3A3CA 2HCAA 5HBCA 3IR1A 2ESNA 4H8IA 3IB2A 3CR9A 5H8QA 4JB7A 4QF9A 1OQHA 3ILUB 1VE4A 4U4XA 4WKMA 3O97A 2G93A 3FJGA 2I0CA 4F1UA 3FATA 4OTEA 4ZEIA 4KD5A 3ZS6A 4GLIA 1L5TA 1GTKA 3OO6A 3Q29A 4OEUA 1FW0A 3ZSFA 2QPQA 3N5LA 1XS5A 3RN8A 2H25A 2HFBA 3KEIA 2XXYA 4YAHX 3K02A 2QS3A 4R74A 3W15C 1F9BA 2V93A 3FXQA 1D4NA 3OO9A 4WEDA 2DWJA 1SVXB 3PPNA 3DELB 3EN3A 3A09A 5I58A 3M8UA 4NF6A 2RINA 2NWJA 5B7DA 4LQ5A 4EF2A 1FQFA 4F29A 2UVGA 1FCKA 1OMPA 4MF3A 5L9SA 1P99A 3IJXB 4G68C 2AYSA 1TWYA 2RCBA 3LSLA 2HEUA 3OEKA 3C34A 1EZOA 4OFJA 5CRYA 4XIGQ 1NMUA 5AA2B 1YAEA 5H8FA 4Q8RA 3KGCA 5IKBA 1MS7A 2AL5A 1QVSA 4ZECA 3CVGA 3MUQA 4HTGA 4MLQA 2PT1A 1Y1ZA 2RC8A 3UIFA 1LCFA 1FTJA 1MQJA 2Y7IA 3KBRA 1IZ1A 3DP6A 3G3JA 1M5FA 5EYFA 1Y1MA 3P7IA 1URSA 2XXRA 3M3FA 1Y3NA 5H8HA 3S4UA 2F6GA 1ZBMA 2I3VA 3PPOA 3OSRA 2BJJX 2RKMA 4GWOA 1II5A 3RT8A 5ICQA 3K00A 2REGA 1SBPA 3VLUA 1P1QA 3PV0E 5DEXA 1GGGA 2H99A 1N04A 1B5IA 1EZ9A 2F7BA 4YICA 5I57A 2KLFA 3KN8A 2ABHA 2YJPA 4H67A 2XXTA 2AIXA 3G3IA 1BTJA 5TP9B 4NF4A 2VD2A 2ZYKA 1B58A 2DP8A 4GL8A 2Z8EA 3VVEA 2UVIA 3N6TA 1R9QA 2A5TA 3GXAA 3FIRA 1UTBB 2Q89A 4DCXA 1B0LA 1O63A 1QUKA 4OWDA 1ATGA 4F2OA 5KDTA 3QUJA 1GVCA 4Z0IA 4EXLA 4X48A 3OD7A 1OVBA 2X7QA 5AA3A 2D3IA 1B6HA 3FVOA 2GHBA 3VV5A 2REJA 2LAOA 4QFNA 4M4GA 1SQYA 5BUUA 4F19A 1JW4A 2DWAA 3T66A 5HPQA 4H65A 3TTNA 2DE2A 3T9VA 1MPCA 1A8FA 2XXHA 1LAGE 5I2KA 3JZJA 5DT6A 1FTLA 5BWJA 4I62A 3UA8A 2QMXA 2I48A 3W9WA 5I2NA 3K6VA 1J1NA 4NF8A 1QUJA 1SYIA 5DTBA 5KZTA 3VE1B 3IORA 1OQGA 5FHMA 3S9EA 2O1LA 4LP2B 1JETA 1XC1A 2F6PA 4O3CA 2P0SA 3O6IA 4U21A 5DYHA 3H3GA 1MQGA 1A40A 4KYEA 3M3KA 4G68A 4X9TA 5AA4A 4NE4A 3O6HA 1NL5A 2F78A 4F3PA 4THIA 4HW8A 3RGYA 3MW0A 2I3WA 1A54A 4ESWA 4IGTA 5JTYA 1UIVA 5DVFA 3H4ZA 4LUBA 1PB7A 3W9VA 1DTZA 2F7AA 4N07A 2CMOA 3U72A 4NWDA 3IOUA 4H6DA 3DLNA 4YMBA 1B7ZA 3Q26A 3QAXA 1SW4A 4QSCA 3B7DA 1Q35A 5CBRA 3SDFA 1MXYA 3KG2A 3K6UA 4UA8A 3VDFA 3B6QA 2P2AA 1MQHA 2DSFA 3OSQA 1IITA 4K3FA 1IXHA 4BDRA 1D9YA 1DTGA 4ESXA 1P1WA 2A5SA 1UIUA 2XHDA 4XTCQ 3KSJA 1VR5A 3QUFA 2QS2A 4BDOA 1TT1A 1QKBA 3C36A 3MPKA 4ELOA 3B6TA 2OZZA 2RC7A 3IAZA 3TAJA 4F2QA 5HM4B 4GFRA 4H5FA 5FTHA 3PUYE 4NWCA 2F5XA 1IUDA 1DPPA 3D4CA 4IO6A 2DYXA 3TCHA 3VFJA 3F11A 1XT8A 2QSXA 3E9XA 1MY4A 1MM7A 4C0RA 1RYOA 1ANFA 4TLMB 4IO7A 1URGA 2F8DA 1PB9A 3LBSA 2QRYA 3ZKLA 1FQDA 3LC8A 1I6AA 4F1VA 3T9XB 3KOTA 3O9PA 5L9OA 1FQBA 1N3XA 5F1QA 4JSDA 1R9LA 2F7CA 4G8MA 4R6HA 1S9TA 1PC3A 3SKPA 3H06B 1BP5A 1TFAA 2V25A 1O7TA 1SW2A 2B3BA 2XD3A 4R2BA 2UVJA 2Q8JA 1MXXA 4I9DA 2O84X 1UQWA 1QJMA 1D3KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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