4C1TA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with arabinoxylotriose
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis
molecule tags Transport protein
total genus 132
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1tA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4c1tA02
3B6WA 1OQGA 4OERA 3S2VA 5CBRA 3U93A 3R6UA 4OFJA 3KN8A 2DE2A 1QKAA 4OFOA 3KSXA 1UTHA 1MRPA 3ZSFA 1N0TA 4RY1A 3U94A 3VXBA 5F1QA 3MVZA 1S50A 3SETA 4R9GA 5KCJB 3IX1A 3MP1A 3MZ1A 4R6HA 1M5FA 2XD2A 2GH9A 4Q0CA 1Y3NA 3H06B 4BDNA 1IXCA 1MQHA 4ZZEA 3PUWE 3OO8A 3PUZE 2O6AA 2DWJA 4ZDMA 2D3IA 3OELA 2XXTA 4YKIA 4ZE8A 3IL1B 4AQ4A 3DELB 2XHDA 2VP1A 1SQYA 1LFHA 3ONMA 4F3SA 2X7QA 1TFDA 4EXKA 4EQBA 5CBSA 4IB2A 4YICA 2ESNA 1B3EA 3PGFA 3E13X 3KGCA 3FD3A 2H5YA 3OSQA 3MVYA 3H6UA 5CMMA 1JQFA 3VVDA 2RF1A 5AA3A 4JSDA 1A40A 3GZGA 3VFJA 5H8QA 2QMXA 3GXAA 1S7YA 3KBRA 3HHGA 4KHZE 4KQPA 3FJGA 3G3GA 4TLMB 4XXUA 1ZMGA 1VSOA 1FQBA 4YKKA 1IZ1A 3M8UA 4C1UA 3TCFA 4ZZAA 5ISUA 2RCBA 3G7WA 3EN3A 3MP6A 2PYYA 2VD2A 2GHAA 3TTLA 2RINA 5EYFA 4TLLB 5L9SA 3EHTA 3WAFA 3K1PA 2KLFA 3G3FA 4O3AA 1B3LA 4ECFA 4F1VA 3E9XA 3FIRA 5AA2A 2B3FA 3H6TA 2YLNA 2I48A 1II5A 5TP9B 4G8HA 1MPCA 3Q29A 5KDTB 1MM6A 3EQ1A 3W9VA 2A5SA 1SI1A 1MY0A 3T66A 4X1BA 1SVXB 5I59A 4KYEA 2I0CA 1VFDA 3ILTB 1LBCA 3MVWA 2NWJA 2HQ0A 3G3IA 1YAEA 2Y7IA 3O97A 1M5BA 2O84X 1SW1A 3FGSA 3CG1A 4KYSA 3O6GA 1JETA 5CMKA 3VXCA 5A5XA 2F7AA 4FEBA 3GBAA 4R2FA 1BKAA 4QFOA 5DVFA 1PEBA 4F2OA 2D5WA 2R9JA 1B7HA 1UTHB 4KPTA 1LSTA 3CIJA 1PB9A 2XXXA 4ND9A 2HEUA 4JBZA 5L9OA 4Q8RA 2UVIA 2V93A 1NL5A 4IO3A 2HXWA 4NEDA 3V5AA 4PQJA 4OVJA 2Z8FA 2PT2A 2F5XA 5CM6A 4G77A 3T93B 4YKPA 2ABHA 3O6HA 2ONRA 3K6WA 3HHFA 4IO2A 4ONYA 1OMPA 3KN3A 1QULA 3LSFB 5JK4A 4H67A 4QHQA 1GR2A 1TFAA 3T9VA 5AA4B 3EPEA 1JW5A 4RNSA 2ANJA 1MY1A 1J1NA 4RK9A 4F29A 1LB8A 1OLAA 4H6DA 4RXLA 2PMSA 4HCWA 4JDFA 2ZYKA 1DMBA 2O51A 3IOWA 3PMVA 3O6IA 1MQDA 3FVOA 2REGA 5I56B 4BDMA 1OQHA 1Y9UA 1NNKA 3OXNA 1VE4A 1XVYA 1N04A 4KFQA 2I0BA 1IXHA 1XT8A 2I6EA 4JB7A 2DWIA 4PFTA 4HTGA 1B46A 3U1OA 4NF6A 4QFLA 1Q35A 2AL5A 4OEUA 4X48A 3MJNA 1O63A 1RYXA 2XXVA 3CG3A 4NTLA 3BKIB 2VGQA 2Y7WA 5AA2B 2NUVA 2XXRA 1DTZA 4EF1A 2DS9A 3HSTA 3PU5A 2DXYA 1MXWA 4G4PA 3TYHA 3LSWA 2ONKE 1B9JA 4ISUA 1Q1KA 5I59B 1MXUA 1DPPA 3T9UA 4H1XA 1EZ9A 1R9QA 3RQTA 1O64A 4BDQA 4F1UA 2DP8A 2UXAA 4DCXA 3D4GA 3TKDA 4QFNA 4R72A 3N5LA 4MLVA 3QUFA 5A5XB 1RKMA 3IB2A 4FIMA 1A8FA 2F78A 1NH7A 5I84A 4OHNA 3TZAA 4U21A 1US4A 3TTNA 4YMAA 5FTIA 2OWSA 4P0IA 4Z0IA 2X26A 1Z7NE 4MLQA 2PT1A 2ZNSA 5DVIA 5J1DA 4F39A 1LAFE 3CSBA 4GVOA 3FXRA 2ALUA 4PFUA 3KOSA 4ELQA 3MW0A 2M8CA 3MBPA 4OQOA 3PUYE 1UIVA 1TWYA 2VD3A 3FV2A 3MZ9A 4QSCA 2HFBA 3V83A 4GXSB 3SDFA 3MZBA 4DZ1A 2GFEA 1EZPA 5L8DA 4TQUQ 3K02A 2Q2CA 1H43A 1FQDA 1B3FA 4YAHX 1IIWA 3DLNA 2RKMA 2Y84A 1B7ZA 5FTHA 3CI8A 5LOMA 3BBRA 3N26A 4N13A 4GD5A 2YPNA 2QS3A 3MAMA 3C33A 1TT1A 3KJTA 1N3XA 3ILUB 3LSLA 1YTVA 3CFXA 4DXUA 3EF7A 4NF6B 5DT6A 1LBBA 4LQ5A 4Q5TA 2HZLA 3THIA 3RGYA 4U22A 2P1SA 3PD9A 4PETA 1MXXA 2Q8JA 4N07A 1BLFA 1LAGE 2I58A 5H8HB 3JV9A 3K01A 4XIGQ 2O7UA 4I1DA 3IORA 1B32A 4XKPA 2FYIA 3CR9A 1QKBA 3SESA 3CRBA 2XXQA 3RY3A 3KFMA 4NWCA 4E0XA 3F11A 3FASA 1LCFA 3U8QA 2DWHA 4XKQA 2Y7PA 2X7PA 1EZOA 4GQOA 4K3FA 4U4XA 1LCTA 3C31A 4R75A 1ZTYA 3TELA 1B5IA 1NNPA 3TQWA 3SEYA 3PD8A 4GL0A 4FE8A 1PC3A 4H0WA 1AOVA 1B4HA 3EHUA 3SKPA 4UA8A 4WEDA 3MP8A 1B5HA 2UYFA 4LA9A 4FAJA 3FJ7A 4OMBA 5HBCA 4EQ9A 4OWDA 4JWXA 4R73A 3IOVA 1HSLA 3E4RA 2O1LA 4WXJA 2GHBA 3QUJA 1FQEA 4TOZA 3IOTA 4NF4A 4DE8A 1P1NA 4U2RA 4KYDA 3LR1A 2F97A 1B0LA 4HS7A 4M4GA 1SD3A 2Z8DA 5CMCA 5ITOA 3K6UA 3L6HA 4NE4A 3RT6B 1P1WA 4ZS9A 2DSFA 1R9LA 2F6PA 2W7YA 4BLAA 3MPKA 3TTRA 4Q30B 2OJTA 3K2DA 1US5A 1NMUA 4HCYA 1Y4CA 4YB7A 1ZLQA 4OYVA 2H9BA 1URSA 1A8EA 3PPQA 2F7CA 1Y3QA 3O28A 4YZZA 5DTBA 3MVXA 1WODA 1IITA 3FUZA 2F34A 2DYXA 1MM7A 2DVCA 4F3BA 3N6UA 1H76A 4LATA 1SDXA 3ZS6A 3G3KA 4ESWA 2ZXTA 2UYEA 4IY5A 1MDQA 2HAUA 1SI0A 4GL8A 5JTYB 2R6GE 2XXHA 2Z23A 4ZEBA 1MY3A 1I6AA 4U1OA 4X9TA 4MFIA 5DYHA 3S9EA 4U4SA 4OESA 5B7DA 2BJJX 2H98A 3UIFA 4H5FA 3IAZA 4QRZA 4YU0A 1N84A 2IEEA 3VVFA 5HPQA 4FJPA 1H45A 2I4CA 4Z7EA 1JEVA 1FTMA 3PMXA 1USYE 4U1ZA 3D4CA 4H8JA 1XHYA 1JW1A 1LGBC 4FECA 5EHSA 3T22A 1JEUA 4IGRA 1P1UA 3UORA 4NF8A 2IA4A 1A55A 2E1SA 4QFPA 5ITPA 4MBPA 3O29A 1MXZA 1SW2A 3QK6A 2Z8EA 4QFKA 3C34A 2DXRA 3K00A 3MPLA 3C9HA 3IB1A 4MF3A 3A3CA 5H8NA 4F22A 1B5JA 3KN7A 5IAIA 1MDP1 2O69A 1MXYA 3TUSA 2F36A 5H8FA 3E3KA 2ZYMA 3KJ7A 3IOUA 2F35A 2G93A 2PBWA 2QPQA 5H8QB 3BFUA 3OOAA 3H03A 2QSXA 4R2BA 4OENA 4MH5A 4NF4B 1B3GA 2O7IA 3UK4A 2XXPA 3C4MA 4F3GA 3FXQA 1KWHA 3O9PA 3ODBA 1CE2A 3KEIA 4LZ5A 5I2NA 3PUXE 4PFYA 1SW4A 2VHAA 2V84A 1DOTA 5I58A 2QL3A 3K6XA 1FW0A 1GGGA 2RC9A 1B58A 4F2QA 4JXIA 1MPDA 4G8NA 3KG2A 3W9WA 1FTJA 4FORA 4EQ7A 1NFTA 3PPOA 1T0KA 5AA2D 1P99A 2OCUA 3FJMA 2Q89A 2NOOA 3IR1A 3AXFA 1AMFA 1QUIA 3R26A 3OD7A 1ZU0A 1I6BA 5ICQA 3K4UA 1M5CA 3O66A 3G3HA 4ZE9A 3ECRA 3VE1B 1N3WA 4DDDA 2QJEA 1URDA 3I3VA 4KI0E 1B1XA 5JEIA 2UVGA 1FQAA 2ZMBA 1OVBA 4DLDA 3TCGA 2RCAA 1JVXA 4GF8A 2DQVA 1EH3A 2XD3A 3TEPA 4LZ7A 4BDOA 2DOJA 5I2KA 2LAOA 4IO4A 1XVXA 5DEXA 3MWBA 3PPRA 2PVUA 1UIUA 4PFWA 4KCCA 4DCYA 2HZKA 1RYOA 3W15C 2REJA 4NWDA 3TPAA 3PPNA 3PPPA 4NF8B 2XXIA 3JZJA 3G3JA 4RJZA 3VVEA 3DP6A 4WKMA 4LP2B 2PX1A 3RPWA 2YJPA 4ELRA 5FHNA 2H4IA 3VV5A 3RTWB 5IKBA 4I62A 2A5TA 1JVYA 3VDFA 1POY1 2DVZA 5H8NB 1ZKBA 4BDRA 2UVJA 3K6VA 3IO6A 1R6ZA 2D21A 2P0SA 3FXUA 4RPOA 2H99A 5H8FB 4GIZA 2F8DA 1PB8A 1Y4TA 3LSXA 4LUBA 3S9NC 1H44A 3LC8A 4ESXA 1JW4A 3SEXA 4GLIA 1S9TA 1SYHA 3BFTA 3S4UA 4C1TA 4HW8A 4QF9A 3Q27A 4EUOA 1MQIA 2Q2AA 1QUJA 3HV1A 2DE4A 3OENA 4IGTA 3HN0A 1EU8A 1Y1MA 4QSDA 5CMBA 3SEUA 1O7TA 1LB9A 1HSJA 3K1NA 3KZGA 2O68A 2Z22A 4F31B 5H8SA 4ZEDA 5I58B 3SEWA 1PBQA 1B51A 3B6QA 3P7IA 3OEMA 3OO9A 4ZEKA 3IK6B 3IO4A 3CVGA 1WDNA 3LUYA 3L6GA 1XC1A 3VLUA 1FCKA 4ELOA 3HCQA 1IXGA 1A54A 4P11A 5K2XA 3TDJA 4LONB 3RN8A 1XS5A 2NXOA 3ZKKA 2RC7A 4FATA 4R9FA 1D9YA 3UA8A 5CC2A 3S9MC 1QW0A 1SYIA 1Z7ME 4GOTA 1FTOA 1IQ7A 4DIGA 1ATGA 2R71A 5ICTA 2Q9TA 4OTEA 3U72A 3IJOB 4KR5A 4RPNA 4IO7A 1I69A 1VFEA 5FHOA 4NMYA 2OWTA 1POTA 4YB6A 1DTGA 3SEVA 3DP8A 2WKYA 4F18A 3GLBA 1UQWA 5AA4A 3H3GA 4IO6A 1YPNA 1AH5A 5EHMA 4OETA 1N7WA 2HAVA 1YCJA 1FTKA 1NKXA 5I2KB 3M3FA 1MG1A 3H7MA 1B2HA 5DEXB 2I4BA 4O3BA 3TQLA 2XX9A 3ZKLA 5I56A 1MY4A 2Q88A 2G29A 5TPAA 1LFIA 1BIYA 1OIBA 1LAHE 5F7VA 1ZJLA 1QJMA 1BTJA 3DP4A 4R6YA 1SBPA 4G68A 3B6TA 1N7XA 4XKNA 1NH8A 1F9BA 2VOZA 4BDLA 4R74A 1UTBA 5B70A 3SERA 4ZEIA 3USDA 1B7UA 2A5TB 4ZEFA 2CMOA 3OSRA 1IUDA 2ZYNA 1B6HA 1MQJA 3QIMA 2FNCA 3JYRA 4O3CA 4POXA 2V3QA 1MXVA 2NVUB 2OBGA 4G2ZA 1MH3A 1A99A 4E0WA 1FQFA 4OFLA 4C0RA 5K2YA 4L17A 4UACA 5FHMA 2RC8A 5ELVA 1HSEA 3MUQA 4G68C 3V89B 4NF5A 3EHSA 4F19A 1D4NA 1B40A 1B52A 4IY6A 1AIVA 3C36A 1ZIUA 1NNFA 2ZYOA 1DSNA 3UP9A 4I8CA 1MPBA 1LLSA 3QSLA 2E0SA 3TFLA 3S9LC 4P0GA 1CB6A 1GVCA 1WVJA 4F1YA 4YB5A 5AA1A 3A09A 4H65A 5KZTA 3HO7A 3I5OA 1TXFA 2V3TA 2I3VA 3N94A 5CI5A 2P2AA 4KD5A 4EDPA 3PMWA 1OLCA 2OLBA 4FEDA 3K0VA 1R1NA 4U23A 1L5TA 1B1HA 5TU0A 3RTFB 3VLVA 1Y3PA 3T96B 2QRYA 2QMWA 1MQGA 4R6KA 2F6GA 3K1MA 1D3KA 2XXWA 4RA1A 3PV0E 4IO5A 4KCDA 3CFZA 2B65A 4OXVA 2GRVA 4LZ8A 1IEJA 3FVKA 4WEPA 5HM4B 2H25A 3Q26A 1XOCA 4OZ9A 2I49A 2ZNTA 3PUVE 2UVHA 5TPAB 2QS1A 5I57A 4JWOA 5M2VA 4RYAA 1AL3A 4AB5A 2XXYA 3HPIA 4G8MA 1Y20A 1H3DA 4G68B 3I6VA 3FVGA 3TMGA 1I6QA 2HCAA 3M3KA 4PP0A 4ZECA 2FA7A 2F7BA 4YKJA 1UTBB 2AYSA 3LBSA 1M5EA 4F3PA 4ELPA 3FVNA 1N76A 5CRYA 3KSJA 4H5GA 3H6WA 1A7LA 1D9VA 2OK2A 3RLFE 1OVTA 4EXLA 5H8HA 5L9MA 5KCJA 5BUUA 2B3BA 3M3LA 3MQ9A 2XX8A 1M5DA 2THIA 4QSEA 5AE4A 1LAXA 1B4ZA 3QXMA 2DWAA 5BWJA 2ZNUA 3UGWA 1FTLA 4I9DA 3TODA 2ONSA 3FV1A 3C35A 4N6PA 3MC2A 3H6VA 2O1MA 3TTMA 3OEKA 1PDAA 4NF5B 4JWYA 3CSGA 4PE5B 3QAXA 4XTCQ 1MY2A 3Q25A 1PBPA 3B7DA 1ELJA 1SW5A 3QYTA 4POWA 1B05A 4GFRA 2AL4A 3GBBA 1FQCA 3C32A 2QS2A 3T9HB 1GTKA 4AB6A 3FZVA 4LVQA 3TAJA 5DVJA 4M1VA 1P1OA 1QUKA 1IXIA 2I3WA 3V8XB 3TTKA 4YMBA 2XXUA 1P1QA 4X1DA 3R7XA 3U92A 1MS7A 1BP5A 1PB7A 4GXAA 1ANFA 3KOTA 3WAEA 2CZLA 4LQ2A 1LFGA 4JSOA 3DM0A 3N6TA 3H4ZA 1B3HA 1DPEA 1NNTA 3TCHA 2Y7KA 3A3UA 4RK2A 3IJXB 5TP9A 3RUMA 5KDTA 1GV8A 2OZZA 3OMBA 3RT8A 2XX7A 1ZBMA 4XKRA 1B0HA 1JNFA 4THIA 4EF2A 3CFLA 4GRKA 3OO6A 2QS4A 1USYH 3O2AA 2AIXA 2V3UA 4DXBA 1Y1ZA 3RNNA 3T9XB 1MH4A 3UN6A 3IB0A 5I2NB 2Y7RA 5I57B 3OO7A 1URGA 1QVSA 4GWOA 3VLWA 4H8IA 3Q28A 2DE3A 1VR5A 5JTYA 4DXCA 3FATA 4OEVA 2V25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6WA 1OQGA 4OERA 3S2VA 5CBRA 3U93A 3EKIA 3R6UA 4OFJA 4MNCA 1SPIA 3KN8A 5I5PA 2DE2A 1QKAA 4OFOA 3KSXA 3QMFA 1FBPA 1UTHA 2KQZA 1MRPA 5IZ1A 3ZSFA 5EYHA 1N0TA 4RY1A 3U94A 3VXBA 5F1QA 3MVZA 1S50A 3SETA 4R9GA 5ESYA 5KCJB 3IX1A 3MP1A 3MZ1A 4R6HA 1M5FA 4N81A 2XD2A 2GH9A 4Q0CA 1Y3NA 3H06B 2XA5A 4BDNA 1IXCA 1MQHA 4ZZEA 3PUWE 3OO8A 3PUZE 2O6AA 2DWJA 4ZDMA 2D3IA 3OELA 2XXTA 1FBHA 4YKIA 2QVVA 4ZE8A 3IL1B 4AQ4A 3DELB 2XHDA 2VP1A 1SQYA 1LFHA 3ONMA 4F3SA 2X7QA 1TFDA 3ISPA 4EXKA 4EQBA 2QVUA 5CBSA 4IB2A 4YICA 2ESNA 1B3EA 3PGFA 3E13X 3KGCA 3FD3A 2H5YA 4QXDA 3OSQA 1AWBA 3MVYA 3H6UA 4MCOA 5CMMA 1LBXA 1JQFA 3VVDA 2RF1A 5AA3A 2XXKA 4JSDA 1A40A 3GZGA 3VFJA 5H8QA 1NV1A 2QMXA 3GXAA 1S7YA 3KBRA 3HHGA 4KHZE 4KQPA 2BJIA 3FJGA 3G3GA 4TLMB 4XXUA 1ZMGA 1VSOA 1FQBA 4PAIA 4YKKA 1IZ1A 3M8UA 4C1UA 5EQ7A 3TCFA 4ZZAA 5ISUA 2RCBA 3G7WA 3EN3A 3MP6A 2PYYA 1FPJA 2VD2A 2GHAA 3TTLA 2RINA 5EYFA 4TLLB 5L9SA 3EHTA 3WAFA 3K1PA 2KLFA 2HHMA 3G3FA 4O3AA 1B3LA 4ECFA 1FPKA 4F1VA 3E9XA 3FIRA 5AA2A 2B3FA 3H6TA 2YLNA 2I48A 1II5A 5TP9B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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