4R6HA

Crystal structure of putative binding protein msme from bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168, target efi-510764, an open conformation
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
ADTAKKTLTIYSTMSTDSERDTFRKLAAAFEKEHSDIHVSLHFPGNDYENMMRVRMAANDLPDLFDTHGWGKIRYGEYTADLRDMKWTQDLDPNLNSILKNKSGKVYAYPINQAKDGLAYNRNILDRYGIAPPETMDDFIKALRTIKEKSKGSIVPFWFAGYDKSSFAQYYDQFATPLLITDPAHNEKKQLINGTFQWSKFTYLSEILKQMQKEKLINIDAVTAKKSQLIELMAQNKIAFTMQGGTLGQDVAQINPNVKVGIIPTPAIHPGDDPIWIGGERYTLAAWKDSPQLKEAKDFIAFMARPANAKQMAEATSLPSGLTNVKADIFYANDYEYYQDVKVEPYFDRLYLPNGMWDVLGTVGQELAADILAPQDISQKLGREYKRLREQSET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Transporter Msme from Bacillus Subtilis, Target Efi-510764
rcsb
molecule keywords Solute binding protein MsmE
molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
total genus 147
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6hA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6hA02
3Q28A 5ITOA 2I4BA 4HS7A 2V3TA 2OWTA 2RCBA 2B3FA 4GXAA 4ZEBA 1A54A 1OQHA 2DVCA 3JZJA 4TQUQ 3TFLA 2NUVA 1US5A 3PPNA 2HQ0A 4XKRA 3B7DA 2PBWA 5DEXB 1VFEA 2YPNA 2DWAA 4YKPA 1DSNA 3FZVA 3FXQA 1P1QA 2QMXA 3A3UA 2D5WA 3G3KA 2QJEA 4G8HA 3KOSA 3QIMA 4MFIA 2QS1A 1SW5A 3IJOB 3CIJA 5FHNA 4AB6A 3CRBA 2ONRA 1B7ZA 4AB5A 5DVIA 4YB6A 1PEBA 3B6WA 3OD7A 4FE8A 5H8QA 4FJPA 4EQ9A 1MXYA 1YCJA 3OO6A 3G3HA 3KN3A 1P1NA 3CVGA 4TLMB 2Q2CA 4FEDA 5JTYA 3Q29A 4R2BA 1FQBA 2W7YA 1XS5A 4ZZEA 5AA2A 1QJMA 2QPQA 4K3FA 4JSOA 1M5CA 3VDFA 2R71A 3TZAA 4BDNA 4F1UA 4OETA 1YTVA 1M5FA 3C36A 3E9XA 1AMFA 5H8QB 1SYHA 1B32A 5I2KA 4OYVA 5I2NA 3VVDA 2VP1A 3V8XB 1LAGE 5JTYB 4H67A 2RC9A 1NH8A 4ELOA 3S9EA 3IAZA 3JV9A 3N5LA 4U21A 2A5SA 4DDDA 1J1NA 1VFDA 4PQJA 1MPDA 1B51A 5CMCA 4X9TA 3W9WA 4KHZE 3SEYA 1A99A 3K4UA 1JVYA 4G8MA 3EHUA 5AA1A 4FATA 2OZZA 4Z7EA 5I2KB 5DTBA 3M3KA 3W15C 4I8CA 5I2NB 1S50A 3G3JA 1D9VA 1JW4A 3HO7A 1L5TA 4JSDA 3O6IA 4OHNA 5H8SA 4NF6A 4ZZAA 4LQ2A 4U1OA 3UK4A 1JW5A 3FVNA 5KDTA 3PUZE 1FQAA 2HCAA 4RXLA 3TAJA 1WVJA 4MLQA 1LAFE 3PMXA 5JEIA 3LUYA 3C33A 3TTNA 4DXUA 4U23A 2F78A 1SYIA 3PMWA 1RYOA 3TQWA 3V89B 4NF8B 4F19A 4N13A 3N6UA 3I3VA 5HM4B 2D3IA 3IOVA 5FTIA 5KZTA 3HHFA 3ILTB 2F7CA 3KN7A 2GHAA 3SESA 3R7XA 3EN3A 1H3DA 4R74A 3KN8A 3HPIA 5L9MA 2G29A 4G4PA 4Q8RA 1B5HA 5DVJA 5ICQA 5AA4B 5M2VA 1BP5A 3H3GA 1JEUA 3PGFA 2IA4A 1US4A 2Y7IA 1UIUA 3MVWA 3SETA 3MVXA 3G3GA 5B70A 3VE1B 3D4GA 4F1VA 3EHTA 4NTLA 3DM0A 2PX1A 3FIRA 3IO4A 4U4XA 1I6QA 1Y3NA 2AL4A 3HN0A 1UTBA 2I4CA 3MPLA 4O3AA 1A8FA 3RNNA 4N6PA 3TCHA 3MZBA 3S9NC 3FD3A 4BDQA 3OEMA 5H8HA 4GXSB 3CFZA 4OFJA 4XKPA 3RPWA 2Q89A 4R9GA 4KYDA 3RTWB 5I58B 2UVHA 3LR1A 3DLNA 3FJMA 1II5A 4QHQA 5L9SA 1Y4CA 2HAUA 2KLFA 3H4ZA 1ATGA 2VHAA 3WAFA 2Q2AA 2A5TA 4E0WA 1ZTYA 1SW2A 1N7XA 5H8HB 2FA7A 3KOTA 1T0KA 1OLCA 1Z7NE 4F39A 3CI8A 4NWCA 3TODA 3JYRA 1P1UA 1Y3QA 3VLUA 3ILUB 4POWA 1B1HA 3K02A 1QUJA 2I3VA 1MXVA 1YAEA 3KG2A 4GRKA 2AIXA 1TT1A 4QSDA 2A5TB 2Z22A 4ESWA 5ICTA 2NVUB 1B0HA 4YU0A 3U72A 4GLIA 5ISUA 3DELB 1O64A 3FASA 3D4CA 3PUVE 4F3GA 4P11A 5H8NA 2XXQA 3AXFA 3MVYA 1N0TA 1NL5A 3KGCA 1TXFA 3CR9A 1B46A 5FHMA 1IXIA 2ZYKA 1N3WA 4WEDA 1YPNA 5I59A 3PU5A 4R6KA 2BJJX 5CMBA 4R72A 5EYFA 3MUQA 4TOZA 4WEPA 3T93B 4F3SA 4LQ5A 3SDFA 4NWDA 5CBRA 1SDXA 1NFTA 3LBSA 3MW0A 5EHMA 1R1NA 3LSLA 1B52A 3P7IA 2AL5A 3EQ1A 4HW8A 4I9DA 4KI0E 4ZEIA 3FATA 4JWYA 1B7HA 1VR5A 4XKQA 4PE5B 1MQGA 3S9LC 2OCUA 2Y7RA 2OWSA 1MQJA 2PMSA 2HXWA 3VVEA 2VGQA 3IK6B 4KD5A 1FW0A 1PDAA 1USYH 3VV5A 3K2DA 3C32A 4X1BA 3PUYE 5H8FB 5AA2D 1FCKA 5LOMA 3K1MA 3TCGA 1M5BA 1FTJA 3KSJA 4IO6A 3FXRA 1LCTA 4PFWA 4F2OA 1CE2A 2DE3A 4JB7A 3Q27A 2V93A 1LCFA 2NWJA 4QFOA 2R9JA 4IO5A 3U94A 3ONMA 1MDQA 3UA8A 2DS9A 2DWIA 1DTZA 5TU0A 1DTGA 3OOAA 1JNFA 4ZDMA 1SW4A 2ZYNA 5CM6A 4YKJA 1MDP1 2R6GE 3O2AA 3CFXA 4C1UA 4YICA 4IGTA 1MM7A 3MP6A 4NE4A 2YLNA 4ZE8A 3ZKKA 3MP1A 2REJA 3T22A 2F6GA 2HEUA 4Z0IA 3KZGA 2I3WA 1EZ9A 1IZ1A 2O1MA 4O3BA 1N7WA 1AOVA 1B4HA 2DWHA 1XOCA 4IO4A 3TEPA 3O29A 2VD3A 3BBRA 1B5JA 4EF1A 4GL0A 3CG3A 4DXBA 3H6VA 4IO3A 4THIA 3O97A 3UP9A 1B3LA 1B40A 2B3BA 3HV1A 1BLFA 1SBPA 2ZNSA 1MY1A 3H6UA 3CFLA 4F18A 3K01A 2WKYA 1LB8A 3CSGA 3EPEA 3S2VA 3OEKA 4YB5A 2PYYA 2DP8A 3L6HA 2AYSA 3QK6A 1MY2A 3H03A 4ZE9A 2OLBA 2RINA 1R9QA 4JBZA 4TLLB 4RNSA 3TQLA 1HSJA 3VVFA 4LA9A 3N94A 5TP9A 2XXYA 1M5DA 2UXAA 3QXMA 5AA2B 2Y84A 4ONYA 5BWJA 1RYXA 3QUFA 1MY4A 3VXCA 4RY1A 3TTKA 3IOWA 1SVXB 4R73A 4ELPA 2M8CA 1XVXA 4E0XA 3UORA 2G93A 3N26A 1OLAA 3BFUA 1O7TA 4OESA 3UIFA 3RLFE 3U8QA 4RA1A 2I58A 2I48A 4RYAA 1HSLA 1WODA 3T96B 1MH3A 2DWJA 2X26A 4MBPA 4LP2B 4M1VA 1H76A 1GR2A 1ZJLA 1S7YA 1ANFA 1QVSA 1MQDA 1MXUA 3TTLA 4GFRA 4G68A 5A5XA 4MF3A 1N84A 4POXA 5CMMA 1Y20A 2IEEA 4LZ5A 3R26A 1B0LA 1A55A 4KCDA 1PC3A 4RK2A 3HHGA 1FQEA 4ESXA 3FJGA 4IY6A 5FTHA 1Y4TA 2DSFA 4NF6B 3VXBA 1URGA 1PB9A 5F1QA 3RGYA 1B1XA 2YJPA 3MQ9A 1O63A 3IX1A 5KDTB 3L6GA 1ZIUA 3M8UA 2DE4A 2ALUA 5CC2A 4KYEA 4FEBA 4FECA 2XXXA 5A5XB 4JWOA 2F34A 2O69A 1A40A 3RTFB 4XIGQ 3FVKA 3LSWA 4U4SA 1LAXA 2DYXA 2REGA 1QW0A 3H7MA 2ZMBA 3U1OA 2DXRA 1EH3A 1Q1KA 1SQYA 2FNCA 2LAOA 1OMPA 4OENA 4AQ4A 2O7IA 3LSXA 4UA8A 1IEJA 3I5OA 4F22A 4U2RA 2XHDA 4H65A 4JWXA 2H99A 4IO7A 2ZYOA 3E4RA 1ZKBA 2VD2A 4EF2A 3MAMA 4EUOA 4YMBA 4ZS9A 1AL3A 1D4NA 4EXKA 3RN8A 1B6HA 4F1YA 3K0VA 4NF4A 3TELA 3C31A 4R2FA 2GH9A 2F7BA 2O84X 1LBBA 4HCWA 1UTBB 2O6AA 1IITA 3N6TA 1KWHA 3ODBA 1A8EA 1A7LA 1LSTA 1URDA 3HSTA 4YZZA 3G3IA 1TFAA 4BDLA 5B7DA 1PB8A 4L17A 4ZEFA 2F36A 2GRVA 3E3KA 2F5XA 2Z23A 3A09A 2P2AA 1ZMGA 2PT2A 2V84A 3KJTA 4YAHX 3FJ7A 2DXYA 2P0SA 2RF1A 4I1DA 5K2XA 4DXCA 5DYHA 4QFNA 1EZOA 4ELRA 5I57A 1MPBA 5KCJA 4IY5A 1B5IA 1MQHA 2UVGA 4DZ1A 2Y7WA 1Z7ME 1QUIA 1FTKA 3EF7A 1OVTA 1LB9A 2UYFA 3IB1A 4OXVA 2VOZA 5CMKA 2V3UA 4OEUA 3TYHA 4BDOA 1DOTA 1MXXA 1IUDA 1FQFA 3B6TA 4F2QA 2H9BA 1PBQA 5KCJB 3TUSA 4KPTA 3THIA 4R6HA 4YKKA 5H8NB 5FHOA 1FTOA 1NNPA 4OWDA 3O9PA 3PMVA 4G77A 4NF5A 2F6PA 4DLDA 3MP8A 4ELQA 3WAEA 2GFEA 3ZKLA 3TCFA 4H6DA 3GBBA 3OXNA 5I59B 3K6VA 3LC8A 3MZ9A 3FV1A 4M4GA 4IGRA 1HSEA 2PT1A 3K6UA 1P1WA 1SW1A 5L8DA 5I84A 5CRYA 2XX8A 2PVUA 4HCYA 2XXPA 3TPAA 3HCQA 2B65A 2XXVA 1DMBA 1I6BA 4PFUA 4OERA 1Y1MA 3T9HB 4I62A 1OQGA 2XXRA 2I6EA 1MM6A 3VLWA 4F3PA 2E0SA 2Q88A 5DEXA 4OQOA 2CMOA 3H6WA 4Q0CA 2UVIA 3RT6B 1USYE 1B3HA 2H5YA 4FIMA 2ZNTA 4IO2A 3OO7A 1B2HA 1IXGA 1S9TA 4DCYA 4P0IA 4YKIA 4H8IA 2OJTA 2RC7A 3T9XB 4Q30B 1DPEA 1MQIA 3K00A 3CG1A 2FYIA 2XXHA 1FTMA 3U93A 1D3KA 4XXUA 3TMGA 1FTLA 4PFTA 2F7AA 1MXWA 4U22A 1POY1 1SD3A 1XT8A 3Q26A 3TTMA 1P1OA 2XXTA 3RY3A 3RUMA 2NOOA 2ONKE 2HFBA 3OSQA 4U1ZA 3DP4A 3TDJA 4RJZA 4XKNA 4GQOA 1IXCA 3PD8A 1B3EA 2O68A 1B3FA 2XXIA 2X7PA 1VE4A 2OBGA 4NMYA 1XC1A 1TFDA 1IXHA 1B3GA 2QL3A 3C9HA 4OZ9A 2XXWA 5HPQA 3O28A 1MXZA 1PBPA 1B4ZA 4BDMA 3IOUA 3GXAA 3PUWE 2P1SA 4YB7A 4JDFA 4XTCQ 1MPCA 3F11A 1H45A 2QS2A 3KFMA 4X1DA 2Y7KA 3T9VA 2DOJA 3K1NA 3T66A 3IR1A 3RT8A 4F29A 3K6WA 5K2YA 4C1TA 3B6QA 4F3BA 2UYEA 3OO8A 3QSLA 3G7WA 4BDRA 2H98A 3TKDA 3SERA 1LFHA 1R6ZA 4R9FA 1IQ7A 3ZSFA 3DP6A 1Y9UA 3I6VA 1JVXA 2ZYMA 1MRPA 5L9OA 4QFKA 3KSXA 4MH5A 2ZXTA 3MBPA 1IIWA 4H1XA 3VLVA 1WDNA 5ELVA 1BKAA 4IB2A 4QFLA 3MJNA 1NNKA 1URSA 4GOTA 3M3FA 2QS4A 3SEWA 3C35A 1MS7A 4WXJA 5TP9B 1TWYA 2V3QA 2E1SA 2OK2A 3LSFB 3PPOA 4NF8A 1H44A 4ZECA 4R75A 5CI5A 4GVOA 4GF8A 3UN6A 5ITPA 2RKMA 1D9YA 4DCXA 2XD3A 3IJXB 1LBCA 4H0WA 2Z8DA 2XD2A 2QRYA 5J1DA 4LVQA 3SEUA 1LGBC 3S4UA 3IB2A 1GGGA 2XXUA 1M5EA 5DT6A 4OFLA 3KEIA 2ZNUA 3PV0E 3QYTA 1B05A 4G68C 5JK4A 1LLSA 3CSBA 1LFGA 2Z8FA 4RK9A 1N04A 2I0CA 2XX7A 1GTKA 3MPKA 5AA4A 4LZ7A 4FAJA 3K6XA 1UTHA 1I69A 3K1PA 4ZEKA 3T9UA 3PUXE 3R6UA 3MC2A 3SEVA 4G68B 1NKXA 4ECFA 1Q35A 2D21A 4LZ8A 3EHSA 3QUJA 3GZGA 3MWBA 3KJ7A 1BIYA 3IOTA 1FQDA 1MH4A 1MY3A 3O66A 2QS3A 3H6TA 3C34A 3C4MA 1UQWA 1UTHB 3UGWA 3OMBA 1VSOA 3FXUA 4BLAA 4KCCA 3Q25A 3IB0A 2ANJA 1LAHE 2O51A 1DPPA 1Y3PA 2Z8EA 5I58A 3FGSA 1BTJA 1Y1ZA 4ND9A 2NXOA 1QULA 5BUUA 5I56A 4KR5A 4LATA 4PETA 1UIVA 2RC8A 4DE8A 4F31B 3BKIB 1MG1A 1B58A 1P99A 3VFJA 1B9JA 4RPNA 4GWOA 1NNFA 4DIGA 1AH5A 3MVZA 2Q9TA 4H5GA 1XVYA 1R9LA 1OVBA 3SKPA 2QSXA 1JW1A 3E13X 2HZLA 2CZLA 1MY0A 2HAVA 3V5AA 3OO9A 2RCAA 1ZBMA 5I56B 1QKBA 3USDA 1RKMA 2F97A 1FQCA 3ZS6A 4PFYA 4OVJA 4C0RA 4LUBA 3G3FA 4GD5A 1QKAA 4NF4B 2O7UA 5AE4A 4EXLA 4YMAA 4OEVA 4Q5TA 4KQPA 5IAIA 4OFOA 2HZKA 3U92A 1POTA 4P0GA 1OIBA 2ESNA 3ECRA 3IL1B 3V83A 3PD9A 4HTGA 3MZ1A 1NH7A 1ELJA 4QSCA 1ZU0A 3SEXA 4G8NA 4R6YA 1LFIA 4G2ZA 3FUZA 4KYSA 1F9BA 4OTEA 4UACA 1GV8A 4ZEDA 2QMWA 1JQFA 1SI0A 5TPAA 4EQ7A 3PPPA 2I49A 3H06B 4N07A 1JEVA 4QSEA 2DQVA 1NMUA 2XX9A 4O3CA 4QF9A 3RQTA 4EQBA 3QAXA 3O6GA 1PB7A 1QUKA 5I57B 4PP0A 1N3XA 2F8DA 4WKMA 5AA3A 2H4IA 2THIA 4ISUA 3PPQA 2V25A 3GLBA 4RPOA 4LONB 1CB6A 5TPAB 4QRZA 5F7VA 5DVFA 1JETA 4X48A 2O1LA 4OMBA 2H25A 3FVOA 4H8JA 2DVZA 3O6HA 3PPRA 4GL8A 3OELA 2UVJA 3S9MC 4NEDA 2DE2A 3BFTA 2ONSA 2Q8JA 5H8FA 1AIVA 1H43A 1SI1A 4JXIA 5CBSA 2X7QA 3FVGA 1B7UA 4QFPA 3IORA 4FORA 3KBRA 1XHYA 4NF5B 3OSRA 1GVCA 3IO6A 1N76A 3DP8A 4MLVA 3OENA 3W9VA 1EZPA 1NNTA 3GBAA 1I6AA 1ZLQA 4GIZA 2Y7PA 5EHSA 4EDPA 3M3LA 5HBCA 2GHBA 2F35A 3TTRA 4H5FA 2I0BA 4KFQA 2ABHA 5IKBA 1EU8A 3FV2A 3A3CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3Q28A 5ITOA 2I4BA 4HS7A 2V3TA 2OWTA 2RCBA 2B3FA 4GXAA 4ZEBA 1A54A 1OQHA 4P9KA 2DVCA 3JZJA 4TQUQ 3TFLA 2NUVA 1US5A 3PPNA 2HQ0A 4XKRA 3B7DA 1NV0A 2PBWA 5DEXB 1VFEA 2FBPA 2YPNA 2DWAA 4YKPA 1DSNA 4GWSA 4OVPA 3FZVA 4N15A 3FXQA 1P1QA 2QMXA 3A3UA 1FJ9A 2D5WA 1NI9A 3G3KA 2QJEA 4G8HA 3KOSA 3QIMA 4MFIA 4PE3A 4P47A 2QS1A 1IMDA 1SW5A 3IJOB 3CIJA 5FHNA 4AB6A 3CRBA 2ONRA 1B7ZA 4AB5A 5DVIA 4YB6A 1PEBA 3B6WA 3OD7A 4FE8A 1RDYA 5H8QA 3SZPA 1JP4A 4FJPA 4EQ9A 1MXYA 1YCJA 3OO6A 3G3HA 3KN3A 1P1NA 3CVGA 4TLMB 4NQ8A 2Q2CA 4FEDA 4GWZA 5JTYA 3Q29A 4R2BA 1FQBA 2W7YA 1XS5A 4ZZEA 5AA2A 1QJMA 2QPQA 4K3FA 4JSOA 1M5CA 3VDFA 2BJIA 2R71A 3TZAA 4BDNA 3IFAA 4F1UA 4OETA 1YTVA 1M5FA 3C36A 3E9XA 1AMFA 4HE0A 5H8QB 1SYHA 1B32A 5I2KA 4OYVA 5I2NA 3VVDA 1AWBA 2VP1A 3V8XB 1LAGE 1EYJA 5JTYB 4H67A 2RC9A 1NH8A 1FBGA 5EQ7A 4ELOA 3S9EA 3IAZA 3JV9A 3N5LA 4U21A 2A5SA 4DDDA 1J1NA 1VFDA 4PQJA 1MPDA 1B51A 5CMCA 4X9TA 3W9WA 4KHZE 3SEYA 1A99A 1BK4A 2F3BA 1NV2A 3K4UA 1JVYA 4G8MA 3EHUA 5AA1A 4FATA 2OZZA 4Z7EA 5I2KB 5DTBA 3M3KA 3W15C 4I8CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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