4R6HA

Crystal structure of putative binding protein msme from bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168, target efi-510764, an open conformation
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
ADTAKKTLTIYSTMSTDSERDTFRKLAAAFEKEHSDIHVSLHFPGNDYENMMRVRMAANDLPDLFDTHGWGKIRYGEYTADLRDMKWTQDLDPNLNSILKNKSGKVYAYPINQAKDGLAYNRNILDRYGIAPPETMDDFIKALRTIKEKSKGSIVPFWFAGYDKSSFAQYYDQFATPLLITDPAHNEKKQLINGTFQWSKFTYLSEILKQMQKEKLINIDAVTAKKSQLIELMAQNKIAFTMQGGTLGQDVAQINPNVKVGIIPTPAIHPGDDPIWIGGERYTLAAWKDSPQLKEAKDFIAFMARPANAKQMAEATSLPSGLTNVKADIFYANDYEYYQDVKVEPYFDRLYLPNGMWDVLGTVGQELAADILAPQDISQKLGREYKRLREQSET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Solute binding protein MsmE
publication title Crystal Structure of Transporter Msme from Bacillus Subtilis, Target Efi-510764
rcsb
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
molecule tags Transport protein
total genus 147
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6hA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6hA02
4E0WA 3MBPA 1VE4A 1QKAA 1LFGA 2I4BA 1MS7A 4ZDMA 2FA7A 2PBWA 1NNKA 2REJA 2PYYA 2F35A 4GRKA 3TTMA 3N26A 2D3IA 5HM4B 3UA8A 3SERA 1XT8A 1USYH 4RXLA 5AA4B 2KLFA 3OO8A 2ZYOA 5I57A 2R6GE 5CI5A 3EQ1A 1O7TA 4KD5A 3QK6A 4GVOA 4BDNA 4OWDA 1QULA 4KCCA 3TYHA 1PB7A 2DE4A 1B4HA 4PFTA 1P1UA 1N76A 1US5A 4LQ2A 2PVUA 2NUVA 3MZ9A 4IO7A 3Q27A 1XC1A 1NMUA 4M4GA 3IOUA 3PMWA 1MY3A 4U21A 5H8HB 5JEIA 4ZEBA 4NTLA 3CFZA 1UTBA 5A5XB 1IIWA 2XXYA 4FAJA 4Q30B 3S9MC 3VVEA 2HAVA 4R9FA 4NWCA 5L9SA 5TU0A 2CZLA 5AA2A 4GXAA 2Q89A 3SEVA 4MH5A 2RF1A 3TDJA 3PPQA 1XOCA 4RYAA 4JXIA 5ICTA 1MM7A 4R75A 1UIUA 2ZNSA 4U2RA 3KJTA 4YZZA 3QSLA 2B3FA 3V83A 3FV2A 1N7XA 4EF2A 3IJXB 1QUJA 2DVCA 1GVCA 1NNFA 3DP4A 4BLAA 1EU8A 3OSQA 3I5OA 2O51A 2I3VA 3A3UA 2QL3A 5H8QA 2GH9A 4G4PA 1OMPA 3O97A 1NL5A 4OYVA 4HCWA 2DE3A 1MY2A 3MC2A 3VXBA 4ELPA 3N6TA 4F31B 3V8XB 3H6TA 1B3GA 1S50A 2P2AA 4YKIA 2V25A 4EQ7A 1YTVA 1R6ZA 3IAZA 3ZKKA 1B7UA 4P0GA 4F3GA 4AB6A 4MFIA 4N6PA 5KDTA 2UXAA 1LB8A 3FV1A 1SBPA 4ZEFA 2XXVA 3BFTA 2XHDA 1MRPA 2HXWA 3FJ7A 3FVKA 3V89B 3K6XA 4G68A 1URGA 2NWJA 3S9LC 3RQTA 4M1VA 4F19A 1MPCA 5K2YA 1ZKBA 3K00A 2OBGA 4RPNA 5DVIA 2XXQA 3MPKA 3H6UA 4K3FA 1NH8A 4JWOA 3SDFA 3OO9A 3L6GA 1B3HA 2VHAA 4F39A 3MP6A 3Q25A 4LZ8A 4P0IA 3W9VA 4I8CA 3K2DA 3W15C 2PT2A 4QFNA 3O29A 2LAOA 3B6WA 1SYHA 4JB7A 3IO4A 4JWXA 1N0TA 3S9EA 3FJGA 4RA1A 1Y1MA 5FTHA 4NF6A 4F18A 4PP0A 3OO6A 4G2ZA 1EZ9A 2ZNTA 5HPQA 1IQ7A 5J1DA 2Z22A 1FQDA 5B70A 4XIGQ 2ABHA 2DWAA 2Q2CA 3TQWA 5KCJA 3KZGA 1FQEA 5M2VA 4X48A 4R2FA 2DP8A 5K2XA 1CB6A 2O1MA 4RJZA 2AL4A 3RPWA 1PBQA 4ONYA 4YMBA 3LSWA 5I2KB 5ELVA 5LOMA 1UQWA 3TFLA 1MQGA 1B6HA 2B3BA 4JBZA 1Y20A 4ELQA 4F1VA 3WAEA 4GXSB 1GV8A 5EYFA 2YPNA 1ATGA 5ITOA 2NVUB 3I3VA 2QS2A 4U4XA 3ILTB 5DVJA 2F7CA 3ZSFA 4ZZEA 2DWHA 1B1HA 3THIA 3KSXA 1ZJLA 3FUZA 3PPRA 1P1QA 5IKBA 3O28A 3N6UA 3TQLA 5AE4A 2WKYA 3K1MA 1PDAA 2V93A 4DXUA 2PX1A 3IX1A 1S7YA 1NFTA 2D21A 3I6VA 4YKKA 4YMAA 1LFHA 4EF1A 1SQYA 5I56A 3B7DA 4TLMB 1IXHA 4XTCQ 3IJOB 4GL8A 1RKMA 1DPPA 4IO2A 4IGTA 4OFOA 3KG2A 3CI8A 4ZZAA 1VR5A 2OK2A 2AL5A 5CMCA 1LCTA 2F6GA 4DXCA 3MJNA 3VLUA 1EZOA 1B40A 1B3EA 3PU5A 1POY1 1FQCA 2GRVA 3FXUA 3OOAA 1LBCA 3Q26A 1BLFA 3FZVA 2I58A 4EUOA 2W7YA 4DE8A 4OESA 4GL0A 2XXWA 1II5A 1DTZA 2YLNA 2Y84A 1N84A 3GBAA 4HW8A 3RNNA 2THIA 4U1OA 2NXOA 1MXUA 3MP1A 4IO4A 3K01A 4U22A 3O6IA 1BIYA 5TPAB 3KOTA 3OEKA 4NF8B 4YICA 2I49A 4ZEKA 1XS5A 3A09A 1MDP1 4N13A 4LONB 5CMKA 3VLVA 3PMXA 3SEUA 2DSFA 1I69A 3N5LA 1JEVA 1FTOA 1ZU0A 3FD3A 4I9DA 4JWYA 3O9PA 5H8FA 1JVYA 2M8CA 3KN8A 3B6TA 4JDFA 4NF6B 3GXAA 4R74A 3FVOA 3QUFA 1LFIA 4YB7A 2RC7A 4F3SA 1HSLA 3E4RA 2XD3A 3HPIA 2V84A 4QFOA 2X7PA 4FJPA 1DOTA 4DZ1A 3O6HA 3M3LA 2F8DA 3C32A 4KYDA 2UYFA 2I0CA 2FYIA 3RT6B 1O64A 2Z23A 1IZ1A 1MXZA 4GLIA 1Y3PA 3S4UA 2H98A 4E0XA 1H45A 2ONRA 3VDFA 3EHSA 4YB6A 4NE4A 2ZYNA 1H43A 1MXXA 2UYEA 1IEJA 2H9BA 2ONKE 3W9WA 4GFRA 3N94A 3SKPA 3TEPA 1QUIA 1R1NA 1JW1A 2RC8A 3KN7A 1B0LA 3TODA 2E0SA 3FVNA 2HZKA 4KQPA 1FCKA 1B32A 3EHUA 5FHMA 4XKRA 5FHOA 2A5TB 2VOZA 3H6VA 2XXTA 4LZ7A 1JEUA 3G3KA 1A7LA 2Z8EA 3U92A 1A54A 3U93A 4OZ9A 1YCJA 3H6WA 3H4ZA 2F5XA 2V3UA 1MG1A 2I6EA 5BWJA 4Q5TA 4F3BA 3B6QA 5TP9B 1ZLQA 2ANJA 2QMWA 3TTRA 1URSA 4ELRA 3H3GA 1JVXA 4R72A 3G3GA 3IB0A 1N3WA 3TCHA 3GLBA 2F6PA 1Y3NA 1NH7A 3G3FA 3HSTA 5DEXA 1SI0A 1N7WA 2Y7RA 4BDQA 1Y9UA 5I2NB 3IK6B 1JW5A 4IGRA 3KN3A 3G3JA 2H25A 2I0BA 1DSNA 1RYXA 1SW5A 5CBRA 4BDLA 3D4CA 1SD3A 1LLSA 3MWBA 1XVYA 4OETA 4PFYA 5H8NA 1P1OA 2PMSA 4H6DA 2O84X 1QW0A 4FATA 1IXCA 4QF9A 4KHZE 4ZE9A 3JV9A 3RLFE 5JTYA 1NNTA 4X1DA 3CIJA 4MLVA 3WAFA 3HN0A 4R73A 4FEDA 3VFJA 3PUXE 5FTIA 1MM6A 1EZPA 4GF8A 1USYE 2OCUA 1PBPA 2QSXA 3KJ7A 4POXA 4ISUA 5CBSA 2F36A 1N3XA 1P1NA 3C35A 1A8FA 3UN6A 2IEEA 3VVFA 3VE1B 4WXJA 2F7AA 4HCYA 1FW0A 4O3BA 3UP9A 3HHGA 2ZXTA 4BDMA 3LR1A 2DXRA 3C4MA 4XKPA 2XX9A 3PD8A 5I59B 1TWYA 4LATA 1UTHA 3F11A 4OEUA 4YU0A 2O69A 1WODA 2O1LA 2RC9A 2V3TA 3LBSA 1GR2A 3U1OA 1R9LA 3CR9A 1TFAA 2Y7KA 5I84A 4QFKA 4DCYA 3S9NC 2DWJA 2I3WA 1AOVA 3UGWA 2VP1A 3KOSA 3C9HA 4NF4A 3VV5A 4C0RA 3K1PA 1OVTA 3TELA 1BP5A 4R6KA 4KFQA 2FNCA 1A8EA 1SW1A 3UIFA 4FECA 2H4IA 5I58A 1B9JA 3MP8A 3DM0A 3MW0A 1AMFA 1MH4A 1HSEA 2ZMBA 2DE2A 4GIZA 3CG3A 3FJMA 3UORA 5I57B 3PUWE 1KWHA 3T22A 2O6AA 1CE2A 3OO7A 2QJEA 4P11A 4F1UA 1BKAA 3PUVE 1Y3QA 3FVGA 3SEYA 4YB5A 1IITA 4PFUA 3PPNA 3SEXA 1H76A 3LSLA 4XXUA 2Z8FA 4NF5A 5L8DA 3PV0E 4BDOA 4AQ4A 1LAXA 2VD2A 1I6BA 2BJJX 1S9TA 3K1NA 2V3QA 5EHSA 3CVGA 2G29A 1MPBA 1IUDA 1UTBB 4KCDA 2B65A 2XXIA 1FQAA 3U72A 1M5FA 3TAJA 1ZIUA 1LB9A 5AA2B 3IOWA 3C31A 1IXGA 2CMOA 4JSDA 5JK4A 2QS3A 5CC2A 3T93B 5KZTA 3BFUA 4KYSA 3USDA 3HHFA 4QSEA 4F2OA 3EF7A 1DTGA 3OSRA 4DCXA 3CSGA 3M3KA 2XXPA 2P0SA 3T9XB 1B3LA 3ZKLA 2OJTA 5H8QB 4OFJA 2AIXA 1VSOA 4IB2A 4OEVA 2F97A 1OQHA 1H44A 1WVJA 3IOTA 4N07A 4ZEDA 1ZTYA 3RTFB 2OLBA 5ICQA 2O7IA 4G68C 2Q9TA 1MQIA 3M3FA 3CFLA 2QPQA 3JYRA 4C1UA 1AIVA 2XXXA 2I4CA 4QFPA 5H8HA 3IO6A 2Z8DA 1GGGA 5KDTB 4F22A 2RCAA 1SW4A 4F3PA 5A5XA 4YKPA 1B0HA 1VFEA 1RYOA 2I48A 3K6UA 4G68B 3E13X 4R6YA 4X1BA 3ODBA 4EXLA 4Q0CA 3PMVA 4X9TA 1B58A 2X26A 4TLLB 4QFLA 3H03A 3RTWB 1Y4CA 3FGSA 2G93A 1MXYA 2OZZA 1SI1A 2DS9A 3Q28A 1QVSA 3CFXA 3ZS6A 4QSCA 4GWOA 1PC3A 4LA9A 2ZYMA 3TCFA 1B52A 4G8HA 4KR5A 2UVJA 2DVZA 1OLAA 2OWSA 4WKMA 4OERA 1MY0A 3H06B 4C1TA 2HAUA 2GHBA 1MY4A 3T66A 4NWDA 5F1QA 2F34A 4OVJA 1OQGA 1FTJA 5KCJB 5FHNA 1PB9A 2UVHA 3A3CA 3MUQA 2XX7A 3O66A 1JNFA 4O3AA 2UVIA 4FE8A 4ESWA 3C36A 1LSTA 1B2HA 3OXNA 1Q1KA 4QHQA 2QRYA 3T9UA 1Z7NE 3MVZA 1A55A 3EHTA 4H8JA 4FEBA 1GTKA 1LAFE 1I6QA 4H5FA 2HFBA 3U94A 1LAGE 2DOJA 4L17A 3DLNA 4THIA 4ZE8A 4FIMA 4DLDA 5AA3A 1JQFA 2HZLA 4U1ZA 3IR1A 1A40A 2E1SA 5H8SA 3RGYA 4MBPA 2Y7PA 4KYEA 1JW4A 3RY3A 1XHYA 2RINA 3T9VA 3KFMA 3CRBA 1MXVA 3L6HA 3DP6A 3E9XA 4LQ5A 4PE5B 1M5DA 5L9OA 1MXWA 4I62A 1PB8A 5I56B 4R9GA 1M5BA 3R6UA 4WEDA 3BKIB 2Q88A 2XXUA 3RT8A 5ISUA 2AYSA 4QSDA 1B5HA 1T0KA 2D5WA 4UA8A 3FXRA 3RN8A 1PEBA 1LCFA 4H65A 4UACA 4MF3A 3K0VA 3K02A 3PD9A 3FXQA 2ESNA 3M8UA 1OVBA 5I2KA 3LSXA 2RCBA 4ZEIA 1AL3A 3SETA 4TQUQ 4DIGA 5B7DA 1M5CA 3Q29A 1Z7ME 3D4GA 3QUJA 3C33A 2DQVA 2ALUA 3BBRA 4MLQA 4ND9A 3ECRA 3AXFA 4HS7A 3PGFA 3TTKA 3JZJA 1XVXA 4BDRA 5AA1A 3U8QA 4U4SA 4OFLA 1QJMA 5L9MA 4EQ9A 1FTLA 4Q8RA 4G8NA 1HSJA 3HCQA 3EN3A 4FORA 5IAIA 2REGA 3TCGA 4H1XA 1JETA 1LAHE 1US4A 3TZAA 5H8FB 2F78A 3IB2A 3QAXA 3MVXA 1OIBA 2YJPA 5DVFA 2P1SA 1Q35A 1NNPA 1SVXB 3VXCA 1I6AA 2NOOA 3OD7A 2Q8JA 2QS4A 4LUBA 2VD3A 1MQDA 4G77A 2QS1A 1LBBA 3TUSA 1Y4TA 4O3CA 3OENA 1D9VA 1B5JA 1B7ZA 1UIVA 1D4NA 3TMGA 1L5TA 3TPAA 2GFEA 4IO5A 2IA4A 4OHNA 3CG1A 1AH5A 4ECFA 4GD5A 3IORA 1BTJA 3IB1A 1FTKA 4R6HA 4PFWA 4RY1A 1EH3A 3UK4A 4POWA 4ELOA 1MQHA 4WEPA 3MQ9A 5DYHA 4OQOA 2HEUA 2VGQA 4JSOA 2ZNUA 4U23A 2DYXA 3FASA 5TPAA 1DMBA 3S2VA 4OENA 4NF8A 1SDXA 3MVWA 4Z0IA 1POTA 3TTLA 2R9JA 2DXYA 1FTMA 4H5GA 4AB5A 3GZGA 1Y1ZA 4LP2B 2HQ0A 4EDPA 3KBRA 1M5EA 5AA2D 4IY5A 5CMBA 5BUUA 1MH3A 4EXKA 4G8MA 4IY6A 1VFDA 3O2AA 4LZ5A 2Q2AA 4Z7EA 4IO6A 1P1WA 3MPLA 1URDA 2O68A 4HTGA 1ZMGA 1QUKA 3MAMA 1MPDA 3PPPA 2UVGA 3R26A 5HBCA 2XD2A 1LGBC 4LVQA 4IO3A 3MZ1A 4H8IA 3H7MA 3KEIA 4DXBA 3VVDA 4F1YA 4RNSA 3PUZE 4GOTA 1B05A 3KGCA 5DEXB 3DP8A 1D9YA 3OEMA 1B51A 1DPEA 5CRYA 4NMYA 2DWIA 3K4UA 4RK2A 1TT1A 4RPOA 1O63A 1WDNA 4GQOA 3RUMA 5H8NB 1J1NA 2Y7WA 3CSBA 4XKQA 4F29A 1B5IA 1N04A 2XXHA 1FQBA 5AA4A 3G3HA 1QKBA 2Y7IA 3FATA 5JTYB 3LUYA 5F7VA 4QRZA 2A5TA 3VLWA 2GHAA 3R7XA 3DELB 2QMXA 3GBBA 1IXIA 3K6VA 1ZBMA 5CM6A 4DDDA 5TP9A 2PT1A 4ZS9A 3ILUB 5ITPA 1FQFA 1R9QA 1MDQA 3HV1A 1H3DA 5EHMA 3IOVA 4YAHX 4EQBA 1YAEA 2XXRA 3TKDA 1B46A 4I1DA 3KSJA 4OTEA 3O6GA 3SESA 2HCAA 5I2NA 3QYTA 2ONSA 1UTHB 1F9BA 2X7QA 1MQJA 3FIRA 2R71A 4F2QA 4KPTA 4NEDA 5CMMA 2H99A 2O7UA 1TFDA 2H5YA 3T96B 3MZBA 2F7BA 2A5SA 4PETA 1TXFA 1D3KA 3E3KA 4NF4B 3V5AA 1SYIA 1YPNA 1A99A 1ELJA 3QIMA 3PUYE 5I58B 3SEWA 2XX8A 3ONMA 3T9HB 3OELA 3K6WA 2ZYKA 4PQJA 1OLCA 4TOZA 4YKJA 1NKXA 1B3FA 3EPEA 3C34A 3IL1B 4R2BA 3MVYA 4NF5B 3TTNA 5DTBA 4ESXA 4KI0E 1P99A 4OXVA 2RKMA 1B4ZA 3LSFB 3HO7A 1SW2A 3P7IA 5I59A 4RK9A 4XKNA 1ANFA 3G3IA 1MY1A 3PPOA 1B7HA 4H0WA 3LC8A 3QXMA 3G7WA 4OMBA 1B1XA 5DT6A 2OWTA 4H67A 4ZECA 3OMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E0WA 3MBPA 4GX4A 1VE4A 1QKAA 1LFGA 4PAKA 2I4BA 4XF5A 4NAPA 1MS7A 4ZDMA 4FBPA 5ET7A 1NUXA 2FHYA 5T3JA 2FA7A 2PBWA 4GWSA 1NNKA 2REJA 4P56A 2PYYA 1NV4A 2F35A 4GRKA 3TTMA 3N26A 2D3IA 5HM4B 3UA8A 3SERA 1XT8A 1USYH 4RXLA 5AA4B 2KLFA 3OO8A 2ZYOA 5I57A 2R6GE 5CI5A 3EQ1A 1O7TA 2QVRA 2ZZVA 4KD5A 3QK6A 2PFZA 4GVOA 1KA0A 1FPFA 3E79A 4BDNA 4OWDA 1QULA 4KCCA 3TYHA 1NV5A 1PB7A 2DE4A 1B4HA 4PFTA 1P1UA 1N76A 4PFIA 1US5A 4I3YA 4LQ2A 2PVUA 2NUVA 3MZ9A 4IO7A 3Q27A 2FVZA 1XC1A 2F3DA 4GBWA 1NMUA 1K9ZA 4M4GA 4MEVA 3IOUA 3PMWA 1MY3A 5IGAA 4U21A 5H8HB 5JEIA 4ZEBA 2P3NA 4NTLA 3CFZA 4X04A 1UTBA 5A5XB 1IIWA 2XXYA 4FAJA 1LBXA 4Q30B 3S9MC 3VVEA 5DW8A 3ROJA 2HAVA 4R9FA 3QMFA 4NWCA 5L9SA 5TU0A 2CZLA 5AA2A 2DDKA 4GXAA 4UABA 2Q89A 3SEVA 4MH5A 2RF1A 5IZ1A 3TDJA 2Q74A 1XOCA 3PPQA 4RYAA 1FJ9A 4JXIA 5ICTA 3SZPA 1MM7A 4R75A 4XEQA 1UIUA 2ZNSA 4U2RA 3KJTA 4YZZA 3QSLA 2B3FA 3V83A 2QFLA 3FV2A 1N7XA 4EF2A 3IJXB 1QUJA 2DVCA 1GVCA 1NNFA 3DP4A 4BLAA 1EU8A 3OSQA 3I5OA 2O51A 2I3VA 3A3UA 2QL3A 5H8QA 1NUZA 2GH9A 4G4PA 1OMPA 3O97A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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