4R6HA

Crystal structure of putative binding protein msme from bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168, target efi-510764, an open conformation
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
ADTAKKTLTIYSTMSTDSERDTFRKLAAAFEKEHSDIHVSLHFPGNDYENMMRVRMAANDLPDLFDTHGWGKIRYGEYTADLRDMKWTQDLDPNLNSILKNKSGKVYAYPINQAKDGLAYNRNILDRYGIAPPETMDDFIKALRTIKEKSKGSIVPFWFAGYDKSSFAQYYDQFATPLLITDPAHNEKKQLINGTFQWSKFTYLSEILKQMQKEKLINIDAVTAKKSQLIELMAQNKIAFTMQGGTLGQDVAQINPNVKVGIIPTPAIHPGDDPIWIGGERYTLAAWKDSPQLKEAKDFIAFMARPANAKQMAEATSLPSGLTNVKADIFYANDYEYYQDVKVEPYFDRLYLPNGMWDVLGTVGQELAADILAPQDISQKLGREYKRLREQSET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Solute binding protein MsmE
publication title Crystal Structure of Transporter Msme from Bacillus Subtilis, Target Efi-510764
rcsb
source organism Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
molecule tags Transport protein
total genus 147
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6hA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6hA02
1B3HA 1N3WA 3MP8A 1OVBA 4NF5A 1GR2A 1MM6A 1Q35A 1DMBA 2XD3A 3MAMA 2H99A 4LP2B 3PUXE 4POWA 1IZ1A 1HSJA 3SERA 1Z7NE 1B32A 1B5JA 1NNPA 2GFEA 1WDNA 3PPRA 4R9GA 1UTHB 3RN8A 1A7LA 3QIMA 1LFIA 4NE4A 4TLLB 2IA4A 3IL1B 3CI8A 4XKRA 4EF2A 4H6DA 1FQEA 1FTOA 2DE4A 1N0TA 3M3LA 2Q9TA 2Y84A 4NF5B 4R9FA 2V93A 2R6GE 3VVDA 5DVFA 5ICTA 3OOAA 1LCFA 4JB7A 5I59A 3T9HB 4IO7A 3IR1A 4RJZA 3E3KA 3TTLA 2ONSA 2YPNA 1MQDA 1SYHA 3C36A 2Y7KA 2Y7IA 3RY3A 4YB5A 3W15C 3OSQA 2DOJA 1BLFA 4R6KA 4XTCQ 2BJJX 2I3WA 3O6IA 1FTJA 5I2NB 3IB2A 5CMKA 3UN6A 1I6BA 2H25A 3MPLA 2XX9A 4G68B 1IEJA 5AA4B 3KZGA 4R6HA 1NKXA 1FTKA 2QL3A 3E4RA 1P1QA 3GZGA 3FJGA 1ZU0A 2H5YA 3KN3A 2OLBA 3T22A 1MXZA 2Q88A 3IB1A 3K6XA 1SW2A 5HM4B 3VDFA 1ZMGA 1MXXA 1PB7A 2RF1A 4XXUA 4H8IA 4PFYA 3MBPA 1O64A 4ZEBA 1AIVA 1B3EA 4WEDA 1Y4CA 3R7XA 3UK4A 2F36A 3TCFA 2D21A 2D5WA 3EHSA 4G4PA 5AA2D 4YMBA 3SEUA 3G3FA 4G68C 3PUWE 1B5HA 1R1NA 3TTNA 2H9BA 4U1ZA 3E9XA 4BDMA 3K00A 3ODBA 1WODA 3B6TA 1QUIA 1MY2A 3G3GA 4QF9A 3W9VA 3G3KA 1JEUA 1KWHA 1B7HA 2AL5A 2B65A 4I62A 1US5A 1LAHE 4QFKA 1B0HA 4QHQA 3OO8A 5B7DA 3LR1A 5I84A 3B6QA 1LGBC 3MP1A 2QSXA 1VFDA 4FE8A 4JWYA 2DE2A 1P1NA 4PQJA 1R6ZA 1TFDA 4U22A 4ZZAA 4NF4A 3PMVA 2E0SA 1YTVA 4OTEA 3VVEA 5CM6A 3OD7A 1JNFA 3FUZA 2RCAA 3FXUA 4F1UA 2B3FA 4OQOA 4U21A 4Q8RA 1R9LA 2Y7RA 3OSRA 3JZJA 5FHOA 5I57A 3O6HA 1JVXA 1SW5A 4U2RA 3TQWA 3CVGA 3MVZA 1IQ7A 4KD5A 2QRYA 3AXFA 1B3LA 1XHYA 4EXLA 3N6TA 5TP9B 4NEDA 1EH3A 3KN8A 2XXQA 2Q2CA 4OMBA 3N5LA 1HSLA 3CG3A 3ILTB 2XXXA 4NF4B 4E0XA 1A54A 4IO6A 2O69A 2V3UA 2I0CA 3G3JA 3V89B 1FQDA 4LUBA 4YAHX 4LONB 4Q0CA 5H8QA 2AIXA 4R73A 1S50A 3K2DA 1ATGA 2XHDA 1ELJA 5DEXA 3DP8A 3O29A 5I57B 3PGFA 4DXCA 2DE3A 1VR5A 2X26A 4ELRA 3USDA 2UYFA 1UIVA 2XXWA 5M2VA 4G8NA 4HW8A 4F29A 1OMPA 2DSFA 4FAJA 4YU0A 3TTKA 1IXIA 1NNTA 4WXJA 2RC9A 4MFIA 2V3QA 2HAVA 4QSDA 1FTMA 4AQ4A 1B3FA 4DCYA 3MZBA 4RPOA 2ESNA 2P1SA 3I6VA 3CIJA 3S9LC 1DPEA 3RNNA 4XKNA 1I69A 2XX8A 1DPPA 5DEXB 2ZNTA 4ISUA 2Y7PA 2F35A 1MQIA 1FCKA 3K0VA 3GBBA 1OIBA 3FIRA 4ZDMA 3HO7A 1XS5A 1ANFA 3G3HA 4EDPA 2HXWA 2GHBA 4QSEA 3WAFA 1LAGE 2XXUA 4QSCA 2DWJA 1D4NA 3T9XB 1IUDA 3H6VA 2FA7A 3IB0A 4GFRA 4ZECA 1UTBA 4GLIA 1IIWA 2XXVA 3HHGA 5ITPA 5K2YA 3KJTA 3CFZA 2DVZA 2GRVA 3A3CA 3OO7A 4KYDA 2Q89A 1FQAA 2Q2AA 5I58A 1P99A 3RPWA 1MXVA 1A99A 1FW0A 3QUFA 4AB6A 1I6AA 3KGCA 4E0WA 3LBSA 2XXIA 1PC3A 4ZS9A 4OERA 1NH8A 3PPQA 1A8FA 4HCWA 4Z0IA 4MLQA 3OO6A 1PBQA 2QS1A 4BDOA 3K6VA 3TUSA 4JBZA 1SVXB 3O28A 4H8JA 4R2FA 1MXYA 4OHNA 2QJEA 2VD2A 4O3AA 2PT1A 4PP0A 2Z8EA 3H7MA 1XVXA 1MRPA 4GL8A 1LB8A 4LATA 2F6PA 3K6WA 1H44A 1MDQA 1YAEA 4HCYA 3V5AA 3MVXA 3LSWA 3U8QA 1MPCA 2DXRA 4G8MA 4C1TA 1NL5A 3VLUA 3N6UA 4X1BA 4DZ1A 2QMXA 2DQVA 2DVCA 3IOTA 4ONYA 3U94A 1GVCA 4ZEKA 4O3CA 3U72A 3SEWA 3MP6A 3UA8A 2X7PA 3QUJA 5DT6A 4GD5A 3RUMA 1DSNA 3SEVA 1FQFA 1LBCA 3KJ7A 4PFWA 3IOWA 2PBWA 1SD3A 4UA8A 1JQFA 2X7QA 2P2AA 4F1YA 1TT1A 2ZNSA 3VXCA 4NF6A 4X48A 1XT8A 2Z8FA 3RQTA 1YPNA 2NVUB 2F7CA 4PFTA 5I56A 1PB9A 2AYSA 1H45A 4HTGA 4ESWA 4KCCA 2LAOA 3C31A 3OENA 4RK2A 3VVFA 1M5FA 3SESA 1B3GA 2ZMBA 3FJ7A 2I4BA 1VFEA 3MUQA 4R6YA 1MH4A 1PDAA 3K02A 4ZE9A 1NNFA 3TZAA 3OEKA 2ALUA 4F19A 4NF6B 1BIYA 1B6HA 1NH7A 2NUVA 3FVOA 4LZ5A 1ZIUA 5I59B 1EZOA 4F3SA 4DXBA 2OZZA 5I56B 4MF3A 1GTKA 4I9DA 5EHMA 3KG2A 4RK9A 4FIMA 1N3XA 1JW1A 3Q28A 2XXYA 3SETA 3FV1A 3HHFA 3MW0A 4F3GA 3B6WA 3MVWA 4KHZE 3FASA 3O6GA 1Y20A 5DVJA 3MZ1A 4TQUQ 1T0KA 3S9EA 3OO9A 1AMFA 1SW4A 3ZKKA 3TCHA 5BUUA 4U23A 1JW5A 2G93A 3KN7A 3D4CA 2I48A 4PETA 4WEPA 1Y1ZA 4LQ2A 1SYIA 3EHTA 4OESA 2VGQA 5L9MA 4YKPA 4DXUA 4IY6A 4OETA 1UIUA 3PU5A 3DP4A 4OEUA 3WAEA 4G2ZA 4P0IA 4GF8A 1P1WA 4R2BA 1F9BA 3PPNA 2I6EA 3MQ9A 1N04A 4U1OA 3TODA 2OK2A 3MPKA 3FVNA 3U92A 3H06B 2HCAA 4U4XA 2VD3A 2NOOA 1S9TA 3OMBA 2QS3A 3HPIA 1OQHA 2ONRA 5HBCA 3PUYE 2XX7A 3F11A 2O7IA 2DS9A 1FTLA 3OXNA 3PUVE 4EQ7A 2PYYA 1A40A 3B7DA 4JSOA 3UP9A 4BDRA 3H6UA 3O97A 3N94A 1TXFA 1IXHA 3V8XB 1LLSA 1Z7ME 3TCGA 3S9NC 1QUKA 2ZXTA 4TLMB 2B3BA 1MY1A 4GWOA 4NMYA 3TMGA 1H3DA 3CSBA 2O1LA 1LCTA 2VOZA 2FNCA 2KLFA 3BFUA 3FVKA 3IOVA 2FYIA 3CFXA 3TQLA 3OELA 5ICQA 1H76A 3CRBA 3DP6A 3BKIB 4KQPA 2QMWA 1EU8A 1JW4A 4LA9A 3PD8A 4KFQA 4P11A 3Q27A 2H4IA 2D3IA 4DIGA 2W7YA 4RA1A 1ZJLA 3TFLA 1N7XA 1B46A 1LAFE 5H8NA 5A5XA 3G7WA 4BDLA 4UACA 1B1HA 2XXHA 1MPDA 3OEMA 1Y3NA 1ZTYA 2O1MA 4OEVA 1QJMA 4OFJA 2R9JA 4ZZEA 1M5EA 2WKYA 3RTWB 3VE1B 3K01A 1CE2A 1SW1A 1MXUA 2ZYOA 5DYHA 3C35A 3FXQA 5BWJA 5FTIA 1RYXA 3CSGA 2OJTA 4JXIA 5H8QB 3H6TA 3CR9A 3ECRA 1VE4A 4MBPA 4YKKA 3E13X 4IO2A 3VLVA 1IXCA 4F39A 1MY4A 5I2KA 5H8NB 5A5XB 4NWCA 3FGSA 3UORA 3R6UA 4X9TA 2G29A 4RY1A 4H67A 3A09A 3EHUA 1GV8A 4ELQA 3MVYA 1LB9A 1US4A 1SQYA 3TDJA 4H1XA 1USYH 3IO4A 1IXGA 5AA2A 4DE8A 4F31B 2ABHA 3H3GA 5I2KB 3S9MC 2RKMA 2REJA 5JK4A 2IEEA 2ZNUA 2ANJA 2QS2A 5IAIA 1BTJA 3DM0A 5AA1A 1MG1A 4H0WA 4ZE8A 4QRZA 1Y9UA 2XD2A 5H8FA 4BLAA 4HS7A 3U93A 4ESXA 4PFUA 5H8HA 2F6GA 5KDTA 1MQHA 4RPNA 3SDFA 3SEYA 3M3FA 1B52A 3T66A 4L17A 4F3PA 1UTBB 3MJNA 1YCJA 5TU0A 4EXKA 3K1MA 2F8DA 5J1DA 4ND9A 4LQ5A 5L9OA 2UVHA 3TELA 2I4CA 4R74A 4DLDA 1UQWA 2ZYKA 4ZEDA 1PBPA 1MH3A 4ZEIA 5I58B 2Z8DA 3G3IA 2V84A 3FXRA 5H8FB 2RC8A 2UYEA 1LSTA 2F5XA 3ZSFA 3QAXA 3THIA 1M5BA 1MQGA 1Q1KA 2YLNA 2AL4A 3P7IA 4PE5B 2A5SA 5ELVA 3HN0A 1H43A 3K4UA 4FATA 2F7BA 3IOUA 1ZKBA 4BDNA 2DWIA 1MY0A 2QPQA 2THIA 4OVJA 2HAUA 4Q30B 4G8HA 2UVJA 1POY1 4XIGQ 3H4ZA 2UXAA 4RXLA 3FVGA 1CB6A 1Y4TA 1IITA 3KBRA 2Z22A 3QSLA 2HQ0A 3TTMA 4YICA 1MPBA 1B1XA 3KOSA 4O3BA 1FQBA 1B4ZA 1M5CA 5B70A 4IGTA 3IAZA 4N13A 3C4MA 1DTGA 2YJPA 1VSOA 5I2NA 3DLNA 5LOMA 1GGGA 1EZPA 2F97A 1B0LA 1DTZA 1SBPA 4YMAA 1D9VA 1JETA 3IO6A 3HCQA 3C34A 4G68A 3GXAA 5AA4A 3KOTA 3PV0E 4XKQA 3TKDA 1B5IA 5JEIA 3H6WA 3RLFE 4TOZA 1AOVA 3PPPA 1ZLQA 5F1QA 5JTYA 5K2XA 3PMWA 2ZYNA 1URSA 1MS7A 3KSXA 4JDFA 2F34A 4LZ8A 3TAJA 2I3VA 4MH5A 3EPEA 5IKBA 1OVTA 3TTRA 2Q8JA 1OLAA 2F78A 4AB5A 2REGA 3EF7A 2O7UA 3O2AA 4C1UA 1URDA 5TPAA 1B7ZA 4I1DA 4GRKA 4GVOA 1NMUA 4R75A 2QS4A 4F18A 4EUOA 4POXA 5CI5A 5AE4A 4ZEFA 2RINA 5JTYB 2ZYMA 1TWYA 2P0SA 4H5GA 1L5TA 2OWSA 4K3FA 3O9PA 3RGYA 1LFHA 1XC1A 4FJPA 2OBGA 2OCUA 3LSXA 3FD3A 5L8DA 5H8SA 1B2HA 3D4GA 1PB8A 2R71A 1SDXA 2DWAA 3CG1A 5CC2A 1RKMA 5TPAB 3T93B 4OYVA 3VV5A 2Y7WA 4NTLA 5CMMA 3R26A 1BKAA 3N26A 2H98A 4OWDA 4IB2A 4GXSB 2I49A 3C33A 3I3VA 2F7AA 1MY3A 2HEUA 3MZ9A 5CBRA 3GBAA 1B7UA 2GHAA 1A55A 4EF1A 5AA3A 3IJOB 2HZLA 3MC2A 2XXTA 4I8CA 4R72A 3T96B 5L9SA 2VHAA 1URGA 3UIFA 3VFJA 3U1OA 3EQ1A 1B05A 4MLVA 3O66A 5DTBA 2RC7A 3L6HA 1Y3PA 3ONMA 4QFNA 4KR5A 1USYE 2A5TA 2I58A 1B40A 4WKMA 4F2QA 1RYOA 3PPOA 3HV1A 1QKAA 5TP9A 5EYFA 1MDP1 3S2VA 1MQJA 3K1PA 3JV9A 3LSLA 1LAXA 5KZTA 3T9VA 4XKPA 3PD9A 3CFLA 4GL0A 2HFBA 2Z23A 4DDDA 5FHMA 1AH5A 1P1UA 3C9HA 3MWBA 2HZKA 1O7TA 3ILUB 5CRYA 5KCJA 4KYEA 2NXOA 3ZS6A 5CMBA 3H03A 2A5TB 5HPQA 3KEIA 2CZLA 3BBRA 3W9WA 4ELPA 2XXRA 3M8UA 3RT6B 1OQGA 4OFLA 2GH9A 1D9YA 4YKIA 2I0BA 1D3KA 4N07A 3T9UA 1QUJA 2OWTA 4YB7A 4OFOA 4FEDA 1Y3QA 4QFPA 2O51A 3FJMA 5CBSA 2O68A 4JSDA 1QKBA 1FQCA 4C0RA 4JWXA 4IO4A 4EQ9A 3JYRA 3UGWA 1B58A 1OLCA 1JVYA 4YKJA 3K1NA 1WVJA 5KCJB 4Z7EA 4THIA 3SKPA 1EZ9A 3FZVA 4KPTA 4M1VA 4P0GA 4N6PA 3SEXA 3ZKLA 2DXYA 2ONKE 3VXBA 5FTHA 3TEPA 1TFAA 3TPAA 4NF8A 2O6AA 4F3BA 4U4SA 3C32A 4YB6A 3A3UA 1B9JA 2XXPA 1LFGA 4FECA 1JEVA 4ELOA 4ECFA 3PMXA 3RT8A 3PUZE 4GQOA 3HSTA 2NWJA 3Q25A 4M4GA 2RCBA 4KI0E 1O63A 1BP5A 1M5DA 3IORA 4RYAA 1QULA 3V83A 4KCDA 2PVUA 4IO3A 1XOCA 4GXAA 1N76A 5CMCA 4IY5A 1SI0A 4F22A 2E1SA 2DP8A 2M8CA 1AL3A 1MM7A 5DVIA 2CMOA 1XVYA 1J1NA 4GOTA 4NF8B 3Q26A 3FATA 3LSFB 4DCXA 4OZ9A 1POTA 1N84A 2V25A 5ITOA 3EN3A 3QYTA 2PMSA 1S7YA 4RNSA 1I6QA 4LZ7A 3IJXB 1II5A 3BFTA 3M3KA 1NFTA 2DWHA 1QVSA 1ZBMA 4IO5A 3Q29A 2V3TA 3IK6B 1N7WA 2PX1A 3K6UA 4H5FA 4QFOA 4FEBA 3KFMA 4Q5TA 5FHNA 2PT2A 2VP1A 5AA2B 1B51A 1P1OA 1HSEA 3QK6A 3I5OA 1NNKA 3DELB 4F2OA 4X1DA 3TYHA 2O84X 4G77A 2UVIA 1QW0A 5EHSA 3QXMA 1DOTA 2DYXA 1Y1MA 3L6GA 4OXVA 4YZZA 5ISUA 3RTFB 4F1VA 4IGRA 3LUYA 3GLBA 3LC8A 1A8EA 4H65A 4QFLA 4NWDA 4KYSA 1SI1A 3FV2A 3IX1A 1MXWA 4LVQA 3VLWA 5H8HB 1PEBA 1UTHA 1B4HA 5KDTB 3S4UA 4BDQA 4JWOA 1LBBA 2UVGA 4FORA 3KSJA 4EQBA 4OENA 5F7VA 4GIZA 1R9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IZ3B 1B3HA 1N3WA 3MP8A 1OVBA 4NF5A 1GR2A 1MM6A 1Q35A 1DMBA 2XD3A 3MAMA 2H99A 4LP2B 3PUXE 4POWA 1IZ1A 4OVPA 1HSJA 4AS4A 3SERA 1Z7NE 1B32A 1B5JA 1NNPA 2GFEA 1WDNA 4G61A 3PPRA 4R9GA 1UTHB 3RN8A 1A7LA 3QIMA 1LFIA 4NE4A 4TLLB 2IA4A 3IL1B 3CI8A 4XKRA 4EF2A 4H6DA 1FQEA 1FTOA 2DE4A 1N0TA 4GWWA 3M3LA 2Q9TA 2Y84A 4NF5B 4R9FA 2V93A 2R6GE 3VVDA 5DVFA 5ICTA 3OOAA 1LCFA 4JB7A 5I59A 3T9HB 4IO7A 3IR1A 4PDDA 4RJZA 3E3KA 3TTLA 3LV0A 2ONSA 2YPNA 3FBPA 1MQDA 1SYHA 3C36A 2Y7KA 2Y7IA 3RY3A 4YB5A 3W15C 3OSQA 4NG7A 2DOJA 1BLFA 4R6KA 2FHYA 4XTCQ 2BJJX 1FBFA 2P3VA 2I3WA 2PCRA 3O6IA 1FTJA 1EYJA 5I2NB 3IB2A 5CMKA 3UN6A 1I6BA 2OX3A 2H25A 3MPLA 2XX9A 2B4MA 4G68B 1IEJA 5AA4B 3KZGA 4GWYA 4R6HA 1NKXA 1FTKA 4MX6A 2QL3A 3E4RA 1P1QA 3GZGA 3FJGA 1ZU0A 2H5YA 3KN3A 2OLBA 3T22A 1MXZA 2Q88A 1INPA 3IB1A 2PFZA 3K6XA 1SW2A 5HM4B 3VDFA 1ZMGA 1MXXA 3LUZA 1PB7A 2RF1A 4XXUA 4N6DA 4H8IA 4PFYA 3MBPA 1O64A 4ZEBA 1AIVA 2WEFA 3ISPA 1B3EA 4MAGA 4WEDA 1Y4CA 3R7XA 3UK4A 2F36A 3TCFA 2D21A 2D5WA 3EHSA 4G4PA 5AA2D 4YMBA 3SEUA 3G3FA 4G68C 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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