1B1XA

Structure of diferric mare lactoferrin at 2.62a resolution
Total Genus 218
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
218
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords LACTOFERRIN
publication title Three-dimensional structure of mare diferric lactoferrin at 2.6 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 218
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA03
1RYOA 1H3DA 4IO4A 2ZXTA 1XC1A 3U94A 3EHUA 1B3FA 2XXWA 3TKDA 1QW0A 2ZNTA 2XXIA 3KN3A 3PUZE 5FHOA 3OEMA 4IO2A 2Q8JA 1I6QA 4ESXA 1ZTYA 3FXQA 3JV9A 4F19A 4OFLA 5M2VA 3O97A 4X48A 4F31B 2Z8DA 3C34A 1US4A 3CFLA 3TMGA 3FIRA 3QSLA 1UQWA 3M3FA 5DVFA 3Q25A 3N6UA 1B05A 2GH9A 3K02A 3DP4A 3KFMA 3O28A 1EU8A 4Q30B 3SEXA 1S7YA 3O2AA 1B3HA 3MPLA 2YPNA 4P11A 3RY3A 1JETA 3JYRA 1OQGA 5CC2A 1Q1KA 3N26A 3PMWA 1PBPA 3OO9A 2Y7RA 3B6WA 4G68A 1D3KA 3ILUB 5DVJA 4MLVA 2AYSA 2F35A 4JWXA 3JZJA 4BDNA 4R72A 4DCYA 1LAHE 4NF8A 3PPNA 1II5A 5F1QA 2RF1A 1MQGA 3N5LA 1BTJA 1QKBA 3TUSA 4NF8B 2V25A 3S9LC 3KJ7A 1FQEA 4R2FA 2DS9A 1N7WA 3MC2A 1MPDA 3H7MA 4MLQA 4C1TA 3OEKA 4GL8A 3G3IA 4LQ5A 3Q28A 5H8SA 1MH3A 4IB2A 5CBSA 1A55A 2H9BA 2XXRA 2OBGA 2QL3A 3H06B 4BDQA 1Y3QA 3EQ1A 2ZNUA 3H3GA 3FGSA 5I56B 2QMWA 1ZBMA 1NNFA 3U8QA 2X7QA 2AIXA 1B5HA 3IORA 2Z23A 4U22A 1Z7NE 3HCQA 3UK4A 2QS4A 2OJTA 3QIMA 1EH3A 5A5XA 1YAEA 1H45A 3RN8A 3C32A 1N0TA 1BLFA 3UN6A 3KSXA 3VVEA 5KCJA 3SESA 2RKMA 4F1YA 4OQOA 5A5XB 3E13X 3KOTA 2O84X 2W7YA 1TXFA 3B6QA 3PUYE 1QULA 4L17A 2NVUB 2PX1A 1I69A 5JTYB 2QS1A 4EDPA 5I59A 4OVJA 5FTHA 4LUBA 1PEBA 3IOVA 1USYE 3LC8A 5J1DA 3S9EA 1PBQA 3K00A 3C35A 5I59B 1LFGA 3SKPA 4WKMA 2O7UA 1M5BA 5AE4A 2DP8A 4G77A 5TU0A 3ONMA 3KSJA 3M3LA 4EF1A 5FHMA 4QSCA 1MPBA 2H98A 2VD2A 2O7IA 4YB5A 1S50A 1N76A 1ZIUA 4F18A 1DPEA 1XS5A 2I48A 1QUJA 2I0BA 2NUVA 3GLBA 3CG1A 2DQVA 3IB0A 3R7XA 3KGCA 4H8JA 3RNNA 4IGTA 2H5YA 3TCHA 3KJTA 2DWAA 3CRBA 4LONB 4R9FA 2Y7PA 3T93B 1B1HA 3H6VA 4WXJA 1SBPA 5ICTA 4YICA 2Y7WA 1BP5A 3Q27A 3H6WA 2DE3A 4ND9A 4ZE8A 1VE4A 1M5FA 5CBRA 3V8XB 3K6XA 3UP9A 1R9QA 3RGYA 4U1ZA 3W15C 4DCXA 3WAEA 3H6TA 1MM6A 4RY1A 4KR5A 4PFTA 1HSEA 4EXKA 4H6DA 1URGA 2I0CA 2YLNA 4THIA 4X1BA 1MDP1 3PPQA 2ESNA 1B40A 5ICQA 1R9LA 1PDAA 4KCCA 2ZNSA 4NF5A 4HCWA 4NE4A 4F2QA 1IXIA 1YTVA 1PB9A 2I3VA 2Z8FA 3IJOB 5IAIA 3LUYA 4KD5A 3R26A 1TWYA 1S9TA 2F97A 4F1UA 4EQ9A 2XX8A 2UYFA 3K2DA 1UTHA 3MP6A 3BFTA 2F7BA 3FUZA 3IOWA 2O51A 4LZ5A 3ZSFA 1UTHB 1P99A 3FJGA 4QSDA 5DVIA 3OXNA 2HQ0A 3SEUA 4YKIA 1OQHA 2ZYKA 1MRPA 2VP1A 5CM6A 4F3SA 3IL1B 4Q0CA 2QS2A 3T9VA 1MQDA 2DVZA 4LA9A 1GGGA 3T9XB 2RC9A 2I4CA 1FQCA 3KZGA 1NMUA 2D5WA 3G3HA 4GXSB 4PFYA 5CMCA 3LR1A 3C31A 3C4MA 4MH5A 4XKRA 3QK6A 4DXUA 3O6GA 2HZKA 3DLNA 3I3VA 3N6TA 3PMVA 3O29A 3UA8A 3O66A 4N07A 1SYHA 4PQJA 4ZE9A 3KN8A 4DDDA 1XOCA 1B58A 2V3QA 4POXA 3SERA 2V93A 3RPWA 4QF9A 4LP2B 4DXCA 3HO7A 3IB2A 3PV0E 2A5TB 2CZLA 1B7HA 1Q35A 3D4GA 4ZEFA 3CVGA 1ZLQA 3V89B 4F22A 1VR5A 1H76A 4H5GA 4H1XA 3IO4A 1WVJA 3EF7A 4ELPA 4AB6A 4UACA 4IO5A 1N7XA 1MY3A 3KG2A 3I5OA 4YU0A 3PD9A 1D9YA 4H65A 5BWJA 4PP0A 2O1MA 1A54A 1MG1A 2IA4A 5H8FA 5IKBA 3H4ZA 3BFUA 2Q2CA 2O68A 3VFJA 3FXUA 3V83A 1A8FA 1ZJLA 3QYTA 4ONYA 2F8DA 2PYYA 3M8UA 2E1SA 4NF4B 2DWJA 3SEVA 4R6HA 4F1VA 3D4CA 1NNKA 4OERA 4RPNA 1N3XA 3RUMA 1FQFA 5I84A 3FVNA 3MAMA 1AMFA 2QPQA 1WODA 2XD3A 3MVZA 3IR1A 2AL4A 3MBPA 4FIMA 4KYEA 4YZZA 5B70A 1CE2A 1XVXA 2ABHA 1NH8A 1ZMGA 3B6TA 1JNFA 1SDXA 3TTRA 4Q8RA 3K1MA 1WDNA 1JW1A 5AA4B 4Z7EA 4EF2A 3EN3A 4MBPA 4MF3A 1LGBC 3OOAA 3GBBA 5CI5A 1JVYA 4QFPA 5L9MA 3W9WA 2VGQA 1SI0A 5I58B 4F29A 1TFDA 4XKPA 1QJMA 2ONKE 3R6UA 3Q29A 3TTNA 4FATA 3TCGA 3USDA 4QFLA 5KDTA 4XTCQ 3TTMA 3LSXA 1FCKA 5ISUA 2OK2A 2DXYA 5KDTB 4XKQA 3VXCA 4G4PA 1RYXA 3U93A 1H43A 1UTBB 2FA7A 2XXYA 1JQFA 5EHMA 4EQBA 3MVWA 1Y3NA 4OTEA 4U1OA 4MFIA 3MZBA 1ZU0A 1EZPA 4KCDA 2HZLA 1QVSA 2XHDA 3TFLA 3BKIB 3DP6A 5AA3A 4PFWA 4E0XA 1LFIA 3HHFA 2HAVA 3U72A 4R6YA 4U4XA 4XIGQ 5I56A 2A5SA 4PETA 3L6GA 3FASA 5EHSA 1B46A 1Y3PA 1IEJA 4UA8A 5ELVA 4R73A 3DP8A 3CIJA 4OZ9A 4JWYA 3RTWB 1OLCA 3S9NC 3T96B 4F3BA 5JEIA 4FE8A 4RXLA 2G29A 3ECRA 4GWOA 1SYIA 5DEXB 2ONRA 1VSOA 4YB6A 2THIA 5HBCA 5JTYA 2Y7KA 1SQYA 2QS3A 1P1NA 4RPOA 1A8EA 5TPAB 3G3KA 4H67A 1MPCA 3DELB 1LSTA 4Q5TA 1D4NA 4FJPA 3U92A 3T66A 3QUFA 4QFNA 4N6PA 1B7UA 1JEUA 2F5XA 4JSDA 4G68C 2XXQA 3FATA 1IXCA 2R9JA 3RTFB 4GQOA 3TZAA 3S4UA 3RLFE 3VVDA 4TQUQ 1DOTA 3K01A 3L6HA 2QMXA 1FQDA 1B3GA 4RJZA 3TTLA 3RQTA 3VE1B 1DPPA 1HSJA 1LB9A 1A40A 3MP8A 4TOZA 5L9OA 2XX9A 1DMBA 1B0HA 4ISUA 1OVTA 5AA2B 4FORA 1FTOA 3G7WA 1IXGA 2GFEA 3KBRA 2UVIA 1B52A 4AB5A 2DWHA 2F6GA 1MXXA 5TP9A 1Y1ZA 4YKJA 3QUJA 2OZZA 1EZOA 3E3KA 2O1LA 2GRVA 2HFBA 4DZ1A 3ZKLA 5I2NB 1SI1A 4JSOA 4GF8A 3IAZA 2X7PA 1UIUA 2AL5A 5TP9B 4G2ZA 3CSBA 1PC3A 2B65A 5HPQA 3TELA 4GOTA 1GTKA 4RYAA 1POY1 1P1WA 4H0WA 4JBZA 2BJJX 5FHNA 3OSQA 3FD3A 1BIYA 3WAFA 1MY2A 2DWIA 2XXVA 3PU5A 1MXVA 4U2RA 3IX1A 1URSA 1Y9UA 3MUQA 3K1PA 3W9VA 2UVGA 1SD3A 3TDJA 1MS7A 4DIGA 4ELRA 4NF6A 4F2OA 3G3JA 4X9TA 1MM7A 1TT1A 3PMXA 4QFOA 4NF6B 3U1OA 4ZEIA 2QJEA 4NWCA 4QRZA 1GV8A 3SEYA 3VV5A 3FZVA 4NEDA 1HSLA 5F7VA 1H44A 1FQBA 4K3FA 1ELJA 4IO7A 1MQIA 3A3UA 4OESA 3QXMA 3I6VA 2PMSA 4OMBA 1SW5A 3OO7A 1POTA 2UXAA 4HW8A 3UORA 2OLBA 3EPEA 4RK9A 3RT8A 1OMPA 5CMBA 5KZTA 3MVYA 1FW0A 2ZYMA 4JB7A 5AA2D 2RINA 1AOVA 3EHTA 3FJMA 1N04A 4G8MA 1SW1A 2RC8A 3E9XA 4O3BA 1J1NA 4NTLA 2HAUA 1MQHA 3VDFA 4KYDA 5JK4A 4DE8A 1Z7ME 2Q89A 1JEVA 4LVQA 1ATGA 1AH5A 5L8DA 3EHSA 2M8CA 1US5A 3G3FA 3FVOA 2V3UA 3RT6B 4G8NA 1A99A 1Y4TA 2WKYA 1VFEA 2G93A 4O3CA 1Y4CA 2A5TA 2FNCA 1M5DA 2Y84A 1SW2A 4OFOA 1NL5A 4OFJA 3PUWE 2PVUA 3OMBA 5I2KB 2H4IA 4IGRA 5AA1A 3MZ1A 2IEEA 2F36A 4I8CA 1XT8A 4GIZA 4C0RA 1QUIA 4HCYA 1IZ1A 1B7ZA 3MQ9A 1AIVA 3S2VA 4KI0E 1NNPA 3IB1A 4F3PA 5CRYA 1YCJA 3TCFA 2P2AA 1B3EA 2OCUA 4I9DA 3FV1A 2GHAA 1P1QA 4HS7A 4TLMB 3ODBA 2H25A 1GR2A 1LAFE 3TQLA 4NF4A 3SEWA 2Y7IA 2V3TA 3T22A 4ELOA 3MVXA 2I6EA 2DE2A 2F7CA 1DSNA 1LCTA 1L5TA 1R1NA 3HV1A 3GZGA 3K6UA 3HN0A 5CMMA 2XXXA 4ZS9A 4KHZE 1TFAA 1NFTA 3G3GA 4JDFA 3SETA 4R74A 3O6HA 1MY1A 1LCFA 1A7LA 4H5FA 4F3GA 2RCAA 4ZEDA 2Q9TA 4YMAA 5AA4A 2PT2A 1QKAA 4IY6A 4TLLB 1R6ZA 4GD5A 5I58A 2ALUA 2DSFA 2UVHA 1B9JA 3HHGA 2F7AA 2KLFA 1FTKA 4YMBA 1B5JA 1LFHA 1JW4A 4JWOA 1URDA 4OXVA 3MPKA 1F9BA 4JXIA 2RC7A 2ONSA 4G8HA 3TTKA 2ZYOA 1GVCA 2NOOA 2DXRA 1XHYA 1NH7A 1FTJA 3FXRA 1MY4A 1USYH 3OELA 4EQ7A 2XXTA 2XXHA 3ZKKA 2ANJA 4ZEKA 1UTBA 1JW5A 4FAJA 4FEDA 3VXBA 2DOJA 2OWTA 3ZS6A 4R75A 5H8NA 3CR9A 3CFZA 4U23A 4RA1A 4WEPA 4PFUA 2XX7A 4BDOA 4O3AA 3VVFA 1N3WA 3T9UA 1B51A 2XD2A 1DTZA 4IO6A 5H8NB 5FTIA 1Y20A 3K6WA 3SDFA 4QFKA 4G68B 1B4HA 2DVCA 3CG3A 3H6UA 4RNSA 4KYSA 4BLAA 1O64A 5BUUA 1PB8A 3V5AA 4ESWA 4OEVA 4IY5A 5H8HA 4OEUA 3MZ9A 3VLVA 1B3LA 1D9VA 2V84A 4P0GA 5H8HB 3KOSA 1B2HA 3TQWA 3C33A 3E4RA 1P1UA 2CMOA 3MW0A 1ANFA 2NWJA 4EXLA 4YKKA 5DEXA 1O7TA 4GVOA 3FVGA 1UIVA 1B1XA 5TPAA 2DYXA 1FTMA 2PT1A 3OD7A 3PD8A 1M5EA 4M1VA 4DXBA 3O6IA 2R6GE 5K2XA 4R2BA 3FVKA 4BDLA 1ZKBA 4OWDA 1MXYA 2F34A 3A09A 1MDQA 1FQAA 3BBRA 4Z0IA 2F78A 2O6AA 1KWHA 1M5CA 3TPAA 2O69A 1Y1MA 1B5IA 5KCJB 1T0KA 4C1UA 1LLSA 4U21A 2QSXA 1IXHA 4HTGA 1AL3A 4XXUA 1LB8A 1OVBA 3PGFA 3UGWA 1P1OA 5K2YA 3PPPA 3O9PA 3UIFA 3VLUA 3MJNA 1MY0A 3T9HB 3LSLA 5DTBA 5AA2A 3PUXE 1XVYA 2Z22A 1FTLA 3FV2A 5ITOA 4M4GA 3IK6B 4QHQA 3OO8A 5DYHA 2D3IA 4H8IA 4LZ8A 2HCAA 3K1NA 4KFQA 3B7DA 4FECA 1BKAA 2P1SA 3K0VA 5CMKA 5I2NA 1CB6A 4YAHX 3LSWA 3QAXA 3ILTB 1B32A 2LAOA 3LSFB 2REGA 4I1DA 3MP1A 2B3FA 2XXPA 1O63A 5LOMA 2ZMBA 2YJPA 3AXFA 3P7IA 1QUKA 2UVJA 3PPOA 1LBCA 2HEUA 5EYFA 1LAGE 4DLDA 4R9GA 3DM0A 4YB7A 2GHBA 3H03A 2I49A 3TODA 2ZYNA 2X26A 4GFRA 3IOTA 1SVXB 4OYVA 3N94A 4ZEBA 4BDMA 4XKNA 3Q26A 1MXWA 4OENA 4PE5B 3IOUA 3TEPA 1OIBA 4NMYA 2RCBA 4AQ4A 4IO3A 3MWBA 2H99A 3OSRA 4KQPA 2VOZA 3C36A 3OO6A 4GXAA 4NF5B 2NXOA 1I6BA 4F39A 3LBSA 1B0LA 4LATA 1MH4A 5L9SA 2DE4A 4ELQA 1LAXA 1IITA 2VD3A 4FEBA 1MQJA 4BDRA 3IJXB 1RKMA 3KEIA 3IO6A 1I6AA 4E0WA 1SW4A 4KPTA 3M3KA 5DT6A 1EZ9A 1JVXA 4ZZEA 1PB7A 2I3WA 2E0SA 4U4SA 3CFXA 2XXUA 1DTGA 2VHAA 2PBWA 4ZZAA 4ECFA 4POWA 3GBAA 2Q88A 3GXAA 4OETA 2HXWA 4WEDA 5I2KA 4YKPA 5I57A 1N84A 2QRYA 3K6VA 1MXUA 4ZECA 1IQ7A 2UYEA 4LQ2A 4N13A 5ITPA 3S9MC 2OWSA 2D21A 3CI8A 1OLAA 4QSEA 4GLIA 4X1DA 5I57B 3THIA 2Z8EA 1MXZA 3K4UA 4EUOA 3PUVE 3TYHA 2REJA 3VLWA 4GRKA 1LBBA 1NKXA 4OHNA 2F6PA 1B6HA 1IUDA 3FJ7A 4RK2A 3KN7A 4I62A 3PPRA 1YPNA 4GL0A 2FYIA 3HSTA 1IIWA 3C9HA 3A3CA 2B3BA 4ZDMA 2I58A 5B7DA 4R6KA 4NWDA 3OENA 5H8QA 1B4ZA 3CSGA 5HM4B 2I4BA 3F11A 1NNTA 2Q2AA 5H8QB 2R71A 2P0SA 4LZ7A 3HPIA 4P0IA 1VFDA 3TAJA 5H8FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RYOA 1H3DA 4IO4A 2ZXTA 1XC1A 3U94A 3EHUA 1B3FA 2XXWA 3TKDA 1QW0A 2XA5A 2ZNTA 2XXIA 3KN3A 3PUZE 5FHOA 3OEMA 4IO2A 2Q8JA 1I6QA 4ESXA 1ZTYA 1FBCA 3FXQA 3JV9A 4F19A 4OFLA 5M2VA 3O97A 4NGUA 4X48A 4F31B 2Z8DA 3C34A 1US4A 3CFLA 2HXRA 3TMGA 5IGAA 3FIRA 1FBFA 3QSLA 1UQWA 3M3FA 5DVFA 3Q25A 3N6UA 1B05A 2GH9A 3K02A 3DP4A 3KFMA 1LBYA 3O28A 1NV6A 2CEXA 1EU8A 4Q30B 3SEXA 1S7YA 3O2AA 1B3HA 3MPLA 2YPNA 4H45A 4P11A 3RY3A 1JETA 3JYRA 2ZZVA 1OQGA 5CC2A 1Q1KA 1IMEA 4OVTA 4N6DA 3N26A 3PMWA 1PBPA 4PGNA 3OO9A 2Y7RA 3B6WA 4G68A 1D3KA 4PF8A 3ILUB 2Q74A 5DVJA 5IZZA 4MLVA 2AYSA 2F35A 4JWXA 3JZJA 4MIJA 4BDNA 4R72A 4DCYA 1LAHE 4NF8A 2Q8MA 3PPNA 1II5A 4PBHA 5F1QA 2RF1A 1MQGA 3N5LA 4N6KA 4GX6A 1BTJA 1YYZA 1QKBA 3TUSA 4NF8B 2V25A 3S9LC 4KXPA 3KJ7A 1FQEA 4R2FA 1FPDA 2DS9A 1N7WA 2WEFA 3MC2A 1MPDA 1AWBA 3H7MA 4MLQA 4C1TA 3OEKA 4GL8A 5I5PA 3G3IA 4LQ5A 3Q28A 5H8SA 1MH3A 1FTAA 4IB2A 5CBSA 1A55A 1NV2A 2H9BA 2XXRA 1LEVA 2OBGA 3BIGA 2QL3A 3H06B 4BDQA 2FHYA 1Y3QA 3EQ1A 2CZIA 2ZNUA 4HE1A 3H3GA 3FGSA 5I56B 2QMWA 1ZBMA 1NNFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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