1B1XA

Structure of diferric mare lactoferrin at 2.62a resolution
Total Genus 218
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
218
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Three-dimensional structure of mare diferric lactoferrin at 2.6 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LACTOFERRIN
molecule tags Metal binding protein
total genus 218
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b1xA03
2GFEA 1Y20A 3HN0A 3V5AA 5H8HA 1P1QA 4F3PA 3Q29A 2W7YA 4KYSA 4YKJA 4H8JA 3CR9A 4YKPA 1Q35A 3TEPA 2Q9TA 1PB9A 3FXUA 4HS7A 3KEIA 5H8SA 1BTJA 3DM0A 3MP1A 4F1UA 3ZKLA 5H8HB 3M3FA 3H06B 1IZ1A 1B5IA 1SI0A 4POXA 3OSQA 4IO2A 3TTKA 1IIWA 3PGFA 2B3FA 1Z7ME 3KN7A 1HSEA 3ONMA 2OWTA 5CC2A 2QRYA 1R9QA 5DTBA 4F1YA 2X7PA 3PPNA 3HHFA 4OFOA 3PMWA 2I0BA 3QAXA 4TQUQ 3CI8A 5TP9A 3HV1A 1Z7NE 4OZ9A 4GD5A 4ZECA 2H98A 1LAFE 1XVYA 2DWHA 2AL5A 4LZ5A 5DVJA 1ELJA 4IY6A 3USDA 4R73A 5ISUA 2KLFA 3IK6B 2XD2A 4G8NA 5TP9B 3O29A 4OFLA 3IOWA 3O6IA 2F7AA 3MP6A 1NH7A 3TTMA 4FE8A 1B3GA 4QHQA 3VLUA 4EF1A 1P1OA 2RINA 3KSXA 4HCWA 3E13X 2H25A 5ICQA 1H3DA 5B70A 1BLFA 1DPEA 3IAZA 2F7CA 2PMSA 2IEEA 2G93A 3V8XB 3A3UA 3QSLA 4ZS9A 1QKBA 2HEUA 1SYIA 4R6HA 2AL4A 3OO6A 3KZGA 1QJMA 1GVCA 4G68C 4LVQA 1B3EA 3MZBA 3TTRA 3SDFA 1OMPA 2ONSA 1ZMGA 2ESNA 3N5LA 4TOZA 2OK2A 3U1OA 1SI1A 3IOTA 4OWDA 3PUXE 4NF6A 4Q30B 1Q1KA 4ZDMA 1XVXA 2YPNA 4RA1A 1ZLQA 1ZTYA 5JK4A 1TFDA 4GQOA 2I4CA 4R74A 4YMAA 4WEPA 2REJA 1MH4A 4LQ5A 4NE4A 4GWOA 2V25A 4NF6B 3TTLA 3PUZE 3K01A 3TZAA 3C36A 4GRKA 1MQDA 1FCKA 4ELOA 2IA4A 1LBCA 1URGA 4PFWA 1H44A 4EQ7A 2B3BA 1EH3A 1Y3QA 1TT1A 4H67A 1FTJA 1EZ9A 4UACA 3S9NC 2OJTA 4XKQA 3TAJA 4ND9A 4LA9A 3CVGA 3SEXA 3FXRA 3D4CA 1MRPA 2NOOA 5CI5A 1T0KA 2X7QA 3N26A 3HHGA 4Q5TA 1PDAA 4N13A 2ZNSA 1R9LA 4O3CA 1MY0A 1GR2A 1XOCA 4QFOA 2UVJA 2A5SA 3V89B 3LR1A 4NWCA 4JWXA 4IGTA 4MFIA 3HO7A 1QUJA 1MQHA 2M8CA 4I62A 4NF4A 2H99A 3AXFA 3LSFB 3B7DA 4ELPA 4JSOA 2GHBA 3TMGA 2DWAA 1LAHE 2UVIA 2P2AA 1DTZA 2PT1A 4U23A 4OXVA 1LCTA 4RXLA 2QMWA 3KOTA 4NF4B 1M5BA 1B6HA 3TELA 1XC1A 3MUQA 4K3FA 4G8HA 2DQVA 3M3LA 1LLSA 1QULA 2V3UA 3CSGA 2Q89A 1OVTA 1L5TA 2HAUA 3TQLA 2F6PA 3T9VA 2VHAA 5AA3A 5CMBA 4RK2A 3IOUA 4P0IA 1RYOA 1P99A 4OMBA 3S9MC 3VVDA 3TODA 5DYHA 3I6VA 3VLWA 2O69A 2XXQA 2Q8JA 1D9YA 4ZE9A 3HPIA 2Y7PA 4GVOA 3LSLA 2AYSA 2OCUA 3EN3A 3OO8A 4NF5A 4R75A 4XKNA 3U93A 2UYEA 1FQAA 3GLBA 4ZZEA 3LC8A 4FEBA 3FJ7A 3OSRA 1XHYA 4R2BA 2GRVA 3PMXA 2Q2CA 2F36A 3SERA 5KDTA 1JW5A 4PETA 5I59A 1MG1A 2I6EA 3LSXA 1QUIA 3C31A 3OD7A 1LBBA 1N7WA 4NF8A 4RY1A 3RLFE 1N84A 2V3TA 1YTVA 1SYHA 1DTGA 5KDTB 1SD3A 4U2RA 3PD9A 4JSDA 1MY3A 1NH8A 3E3KA 4MLVA 4NF8B 3QUFA 1SBPA 2Y7RA 2XXRA 2D3IA 5K2XA 3T93B 5H8QA 2XXPA 1B0LA 4X9TA 2HZKA 2I3WA 2Y7IA 3OO7A 1IXIA 4NWDA 2A5TA 2PT2A 2F5XA 4RNSA 2F8DA 2QS3A 3G3GA 4LQ2A 3MC2A 1TWYA 1LAXA 4E0XA 2OBGA 3ZS6A 4BDMA 3KJ7A 1FW0A 3MVZA 4MH5A 5FHNA 2A5TB 4R9GA 3W9VA 4M4GA 3U94A 4THIA 4F3BA 3M3KA 3KG2A 2FA7A 5CBSA 3MW0A 3B6WA 3B6QA 1OQGA 2XX9A 1J1NA 1O63A 4YICA 4YKKA 4IB2A 1US5A 1H45A 5CMKA 1NNPA 3U72A 2I0CA 3GBAA 4U4SA 1FQCA 3BFTA 1JNFA 2DSFA 3UP9A 1MXYA 5I57A 4AB5A 3TCGA 4ESXA 1WDNA 3H6VA 2F78A 4KYDA 3ILTB 3VXBA 3OEKA 4YZZA 3CG1A 4QSDA 3CSBA 4R6KA 4O3BA 2D21A 5I57B 1MH3A 1NNTA 3FGSA 4NEDA 1R1NA 1A7LA 2OLBA 4LZ7A 3VDFA 1XS5A 4I8CA 3RT6B 2ZYNA 3I5OA 1GTKA 4IO6A 1A8EA 1FTKA 2NUVA 3T9UA 1EZPA 1NKXA 4F22A 3EHTA 3IB0A 3QXMA 4EQ9A 4OENA 3PMVA 3IL1B 2O84X 3RQTA 2QS4A 3DP8A 4YAHX 2RF1A 5L9SA 2B65A 1N3XA 4U1ZA 3C34A 3SEVA 5HPQA 3K6VA 1MXUA 2I49A 2YLNA 1SW4A 2DWIA 1I6AA 3O28A 5I2KA 1N0TA 4H8IA 4ONYA 4GF8A 1QUKA 2NWJA 1TXFA 1TFAA 1MPCA 1POTA 2QPQA 4F39A 5TU0A 5F1QA 5I2KB 3W9WA 3ZKKA 3MWBA 1ZJLA 3G3HA 2VP1A 1N3WA 2PX1A 3FD3A 2PBWA 3JYRA 1B4HA 3O2AA 1MQJA 1SQYA 3EHSA 1JEUA 3DP6A 3C9HA 4P0GA 4RK9A 2UVGA 3MPLA 1ZIUA 2HZLA 5JEIA 5L9MA 3PUWE 3OOAA 3N6UA 4UA8A 5AA1A 1AMFA 1MPBA 2XXXA 3VVEA 3QYTA 1FQEA 3G3JA 1B9JA 3P7IA 1BKAA 3SKPA 3H7MA 4PFUA 4QSCA 3U92A 3FVOA 2DXYA 4I1DA 4YB6A 2HXWA 2P0SA 3W15C 3FVNA 2FNCA 5AA2A 2XXYA 3G7WA 4R9FA 3LUYA 4YB7A 4KHZE 3WAFA 3K2DA 4RYAA 2F97A 1GGGA 3RUMA 4QFPA 4DCYA 1HSLA 1US4A 1N7XA 2ZMBA 3FIRA 1DSNA 3L6HA 1Y1ZA 1UIVA 4IO4A 2E1SA 5AA2B 3Q28A 1IITA 3K6WA 5HM4B 4IO7A 3I3VA 5I84A 4OQOA 4PP0A 2QL3A 4OTEA 2R71A 3MBPA 1LSTA 1URSA 1ZU0A 4ELRA 4LONB 1LGBC 3KFMA 4XKRA 3OEMA 4ZEBA 3MZ9A 2XXVA 1S50A 2DWJA 3C4MA 1LB8A 4XIGQ 3VXCA 1M5CA 4X1DA 1DMBA 1OLAA 4U4XA 3CFZA 4H0WA 2Y7KA 4OERA 4WEDA 2Y7WA 2DVCA 4G4PA 3TDJA 1D3KA 2PVUA 4G77A 1M5EA 4QFLA 3T9HB 4WXJA 3JZJA 3KGCA 2H5YA 1OVBA 1UQWA 2ZYMA 1Y4CA 5HBCA 3K0VA 1B3HA 4GIZA 3UGWA 3PU5A 3SESA 4U1OA 4M1VA 2Y84A 5H8FA 2V93A 3ZSFA 4KR5A 1FQBA 3LSWA 4POWA 4U21A 1JVYA 3RNNA 2F7BA 2O51A 4BDQA 5ICTA 3H6TA 2DP8A 4GXAA 1IXCA 3N6TA 3UORA 4ESWA 2R6GE 3IOVA 2OWSA 5FHOA 5ITOA 5H8FB 3VLVA 2YJPA 3B6TA 4L17A 1HSJA 5K2YA 1FTLA 4YB5A 1LFGA 3TKDA 3OMBA 1AOVA 3K4UA 2UXAA 3O9PA 1OQHA 1IXGA 1P1WA 3RN8A 2ZYKA 1B5HA 1B05A 3QIMA 2RCAA 4AB6A 3LBSA 1PBQA 2XXWA 2O6AA 4FJPA 3C35A 5ELVA 1B32A 1Y9UA 2OZZA 3R26A 1F9BA 4IO5A 4DIGA 3RPWA 4ECFA 2QSXA 3KN8A 3RTWB 3K1PA 4PQJA 5EHSA 4ZEIA 2THIA 4XXUA 1PB8A 3JV9A 5DT6A 3T96B 1B7HA 3H3GA 1D4NA 2QS1A 3RT8A 1JVXA 4NTLA 2HQ0A 3RTFB 1SW2A 1O7TA 1AL3A 4JWOA 4QFNA 4RPOA 3FVGA 3IO6A 1I6QA 1YCJA 4GLIA 1RYXA 3DELB 5KCJA 4BDOA 4WKMA 1O64A 4JXIA 1A40A 5F7VA 4E0WA 2DS9A 3ODBA 2QJEA 1PEBA 2AIXA 1ANFA 1VSOA 1MY4A 1IXHA 5CBRA 1ZBMA 2Q2AA 3DP4A 1FQDA 3Q26A 4F1VA 1AH5A 5IAIA 1UTHA 4PFYA 2F34A 2ONRA 4KYEA 5KCJB 2XX8A 2ZNUA 5KZTA 1IUDA 4H65A 2H9BA 1B58A 1WVJA 2RC8A 3QUJA 3MVXA 4GOTA 4BDRA 3OENA 3H6WA 3TQWA 1IQ7A 2D5WA 1UTHB 1H43A 2DE3A 3CIJA 3SEYA 5CRYA 1VFEA 2CMOA 4KQPA 1JW1A 1JETA 4JDFA 1MQGA 3N94A 2Z23A 3G3KA 2XHDA 3PPPA 3PUYE 2Z22A 1WODA 5EHMA 3EF7A 3BKIB 4ZEKA 5L9OA 1S9TA 2GHAA 4KI0E 4YU0A 1VE4A 1IEJA 3T22A 2UYFA 3EQ1A 3TUSA 3FJGA 4RPNA 1CB6A 2DXRA 4XTCQ 3IB1A 1JEVA 4DXUA 4FAJA 3MVYA 4EQBA 1OIBA 4DCXA 4ZE8A 3TCHA 4X1BA 1MM7A 1B0HA 5BUUA 5I2NA 2X26A 1EU8A 3TPAA 3VV5A 5LOMA 3G3IA 4Z0IA 2PYYA 4PE5B 1SDXA 1R6ZA 4RJZA 4F2QA 3FJMA 4GL0A 4GXSB 5JTYA 1A54A 4ZEDA 1PC3A 1UIUA 5AA2D 1Y1MA 2GH9A 3ILUB 3IB2A 2NXOA 4JB7A 5I2NB 4H1XA 1B1XA 3KJTA 4KFQA 4DXBA 1I6BA 3E4RA 1QKAA 2DE4A 1B51A 5JTYB 3HSTA 1S7YA 4O3AA 3UIFA 1MDQA 3CRBA 3V83A 3PUVE 2I4BA 4FEDA 1MXZA 3H4ZA 3T9XB 2ALUA 5A5XA 1Y3PA 4MBPA 4Q8RA 4TLMB 4EDPA 2WKYA 2VGQA 2VD2A 3C33A 3UK4A 3T66A 2I3VA 3KSJA 3FZVA 4F18A 2XXUA 5EYFA 1N76A 5A5XB 1LFHA 3H6UA 3SETA 3UA8A 3MAMA 3CG3A 1MY2A 1MDP1 4I9DA 1QW0A 3CFLA 3VVFA 5BWJA 4HCYA 1SW5A 4GL8A 3DLNA 5AA4A 1P1NA 2O7UA 4XKPA 2ABHA 4X48A 4R2FA 1URDA 3O66A 1GV8A 1QVSA 4U22A 1OLCA 5CMCA 4G8MA 2H4IA 5AA4B 2DE2A 1MQIA 5DVIA 5CM6A 2Z8DA 2RC7A 4QF9A 4H5FA 1B46A 1B3FA 1B5JA 4JWYA 4F3GA 4BLAA 2ZNTA 4OETA 4LZ8A 5DEXA 2QS2A 3PD8A 3IORA 2CZLA 3FV1A 4OESA 2XXTA 1KWHA 4OYVA 4FIMA 3O6HA 1LAGE 1LB9A 2RKMA 4TLLB 3KBRA 4P11A 1PB7A 2I48A 1MS7A 2LAOA 2UVHA 4YKIA 3K6UA 5DEXB 3A09A 3D4GA 4EXLA 4NMYA 1B7UA 1M5DA 1ATGA 1NL5A 3IJXB 1EZOA 4Z7EA 4BDNA 2V3QA 5I58A 4KD5A 3EPEA 3UN6A 4FORA 4OFJA 3MJNA 4F31B 1D9VA 4OVJA 3F11A 4F29A 5DVFA 1B52A 4KCCA 1P1UA 2XX7A 1USYE 2Q88A 3PPRA 2O7IA 5M2VA 1UTBA 1ZKBA 4C1UA 4ZEFA 4H6DA 1A8FA 1B7ZA 1H76A 2VOZA 3WAEA 5I58B 1FTOA 5ITPA 2REGA 3Q27A 4C1TA 1UTBB 3EHUA 4MLQA 4N07A 2NVUB 1YPNA 3FUZA 1NNKA 4LUBA 4C0RA 3IO4A 1BIYA 3PPOA 4LP2B 1USYH 3TFLA 1RKMA 1MXXA 2O68A 3FVKA 2FYIA 1DPPA 3KN3A 1BP5A 3A3CA 5H8NA 4KPTA 1PBPA 2DOJA 4EXKA 2QMXA 1MM6A 3C32A 3L6GA 4EF2A 1JQFA 2HCAA 5I56A 3R6UA 4JBZA 3FV2A 3GBBA 3MP8A 1B4ZA 5FTIA 3SEUA 3RGYA 1LCFA 4ISUA 5H8NB 1MXVA 2ONKE 1Y3NA 5L8DA 3ECRA 5FTHA 4PFTA 3E9XA 4LATA 1B40A 4IY5A 3U8QA 5I56B 3O97A 4QRZA 3QK6A 1MPDA 3SEWA 2DYXA 1YAEA 1POY1 4FECA 1FQFA 3MPKA 1I69A 1LFIA 4R72A 1VR5A 2RC9A 3S9LC 3K00A 4OEVA 3G3FA 2O1MA 3K1MA 4OEUA 4R6YA 3BBRA 1A55A 5FHMA 1A99A 4DLDA 2O1LA 5J1DA 1B1HA 2HAVA 4F2OA 2F6GA 4NF5B 4G68A 3GXAA 4EUOA 2ZYOA 4F3SA 5IKBA 2XD3A 3MQ9A 4MF3A 3IX1A 3S4UA 3M8UA 3R7XA 2Z8FA 3HCQA 1B2HA 3FXQA 1CE2A 3H03A 1FTMA 2F35A 1JW4A 5I59B 1B3LA 4G68B 3KOSA 4DDDA 1XT8A 3MZ1A 3VFJA 1MY1A 2BJJX 5AE4A 2HFBA 4DXCA 2ANJA 2ZXTA 4FATA 1SW1A 1II5A 4F19A 2XXIA 3TCFA 4OHNA 4ZZAA 5TPAA 4IGRA 1Y4TA 3GZGA 1NMUA 4G2ZA 3FATA 4Q0CA 5H8QB 3PPQA 2XXHA 3RY3A 1VFDA 1AIVA 4HW8A 1N04A 2E0SA 4N6PA 3THIA 2V84A 5TPAB 3TYHA 3CFXA 3VE1B 4HTGA 2G29A 5CMMA 4QFKA 3IJOB 3K6XA 5B7DA 2DVZA 2R9JA 2P1SA 3IR1A 4DZ1A 4ELQA 3S2VA 4YMBA 3OELA 3K1NA 2I58A 4DE8A 4AQ4A 4QSEA 3PV0E 3K02A 3S9EA 1MXWA 3MVWA 3FASA 3OXNA 4GFRA 3Q25A 4H5GA 2Z8EA 1SVXB 2RCBA 1DOTA 3OO9A 3BFUA 3O6GA 1M5FA 2VD3A 3TTNA 1NNFA 4IO3A 1NFTA 4BDLA 4KCDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GFEA 1Y20A 3HN0A 3V5AA 5H8HA 1P1QA 4F3PA 3Q29A 1Q9DA 2W7YA 4KYSA 4OVSA 4YKJA 4H8JA 3CR9A 4YKPA 1Q35A 3TEPA 2Q9TA 1PB9A 3FXUA 2R8TA 4HS7A 3KEIA 4H45A 4NX1A 4PF8A 5H8SA 1BTJA 3DM0A 4JVDA 3MP1A 4F1UA 3ZKLA 5H8HB 3M3FA 4N8GA 3H06B 4MEVA 4UABA 5EQ7A 1IZ1A 1B5IA 1SI0A 4POXA 5EQ8A 3OSQA 4IO2A 3TTKA 1IIWA 3PGFA 4NN3A 2B3FA 1Z7ME 3KN7A 1HSEA 3ONMA 2OWTA 5CC2A 2QRYA 1R9QA 5DTBA 4I40A 4F1YA 2Q8MA 2F3BA 2X7PA 4X8RA 3PPNA 4IR8A 3HHFA 4OFOA 3PMWA 2I0BA 3QAXA 4TQUQ 3CI8A 5TP9A 3HV1A 1Z7NE 4OZ9A 5LDZA 4GD5A 4OVPA 4ZECA 2H98A 1LAFE 1XVYA 2DWHA 2AL5A 4LZ5A 5DVJA 1EYKA 1ELJA 4IY6A 3USDA 4R73A 5ISUA 2KLFA 3IK6B 2XD2A 5IM2A 4G8NA 5TP9B 3O29A 2WX9A 4OFLA 4PFBA 3IOWA 3O6IA 2F7AA 3MP6A 1NH7A 3TTMA 4FE8A 1B3GA 4QHQA 2PFZA 3VLUA 4EF1A 1P1OA 3A29A 2RINA 2Y5KA 1JP4A 3KSXA 4HCWA 3E13X 2H25A 5ICQA 1H3DA 3T1BA 5B70A 1BLFA 1DPEA 3IAZA 2F7CA 2PMSA 2IEEA 2G93A 3V8XB 3A3UA 3QSLA 3KBZA 4ZS9A 4O7MA 1QKBA 1NV6A 2HEUA 4I3EA 1SYIA 4R6HA 4QBAA 2AL4A 3OO6A 3KZGA 1QJMA 1D9QA 3B50A 1GVCA 4G68C 1CNQA 4LVQA 1B3EA 3MZBA 3TTRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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