3E3KA

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (butane-1,2,4-tricarboxylate without nickel form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 141
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3e3kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3e3kA01
5ITOA 5A5XA 3BFTA 2B3BA 5I56B 3MVYA 3E9XA 1A8EA 3SESA 4FIMA 1FTKA 4EXLA 1PEBA 3K6UA 4LQ5A 4IO7A 1ELJA 3PMXA 5ITPA 1II5A 2PBWA 1OQGA 3PUXE 3M3KA 4ZZAA 5EHMA 1P1OA 5I56A 4RXLA 1B3HA 5LOMA 4GOTA 1YTVA 3T9HB 2XXTA 1B58A 3FIRA 2UVGA 4GXSB 4EQ7A 1PC3A 4XXUA 3RGYA 3PMVA 4KHZE 1AH5A 1B0HA 4GL8A 4X48A 5TP9B 3OO9A 1A8FA 3OSQA 3A09A 1ZJLA 2REJA 4BDOA 1P1WA 3PV0E 2XHDA 3O6PA 1ZMGA 2A5SA 1H43A 3DP8A 3A3UA 1B5IA 4LZ8A 5TP9A 4TQUQ 4FORA 2HEUA 4N13A 1LFGA 3TMGA 2B65A 2ZNTA 4PFUA 4OWDA 2Q2AA 1B3LA 2HFBA 5ICQA 4R9GA 2R9JA 3B6WA 3CSGA 4RJZA 4F39A 3FZVA 1P1NA 3KSJA 4G8HA 3MBPA 3PMWA 2M8CA 2V25A 3KOSA 1R9LA 5EHSA 3CSBA 1B51A 2OWSA 5B70A 1B4ZA 4YB6A 2DVZA 4YB7A 1IEJA 4X1DA 5HBCA 3U92A 1UTHB 2HAVA 3DRIA 1P1UA 3PPRA 1FQCA 2I0BA 1OIBA 2YPNA 2G29A 1UTHA 2O6AA 3UN6A 3GZGA 4OERA 2CZLA 3C34A 4NF6B 4RNSA 3B6TA 3DRGA 4QF9A 4GL0A 1A54A 2OK2A 3G3JA 3Q27A 3F11A 1TWYA 3OSRA 1SW4A 3KJTA 4NF6A 3KN8A 4FEDA 3LBSA 2DWIA 4QHQA 1I6BA 2Q2CA 1MXXA 1FQAA 3M3FA 4YKJA 2Y7PA 2F8DA 1N7WA 4RY1A 3MZ9A 4R6YA 3KEIA 2X26A 5AE4A 4F3GA 2AYSA 5KDTB 3RYBA 2DWAA 3K02A 3OOAA 5CBRA 2DYXA 4ZEIA 4F1YA 2FYIA 5KDTA 1LAGE 3CG1A 1Z7NE 4GD5A 4JSOA 4U22A 3V89B 4FE8A 3O28A 4N6PA 3O6HA 1B2HA 1KWHA 2V93A 1O7TA 2F7BA 1MY3A 1QJMA 3G3GA 4NEDA 2QS2A 3UA8A 3OD7A 4F19A 4BDNA 1HSEA 3TQWA 4R75A 4JWXA 2UVIA 1MM7A 2VP1A 3KN7A 2UVHA 1NNPA 4RPOA 2DOJA 4H6DA 3EHTA 1R6ZA 4ONYA 2HQ0A 3FXQA 2RC7A 2WOLA 2DE2A 1B3EA 3U8QA 2XD3A 4JXIA 3T93B 4NF4B 4KD5A 3T9UA 3H6WA 3M8UA 1VFDA 1PB9A 4OQOA 4L17A 4NF4A 2XXRA 3B7DA 1LAHE 3MJNA 3K6XA 3TQLA 3UGWA 5IKBA 3V5AA 3PUYE 4DZ1A 3VFJA 5L9SA 4IO2A 1SQYA 1HSLA 1M5CA 1NKXA 4MF3A 5TU0A 4QFOA 3IOWA 1LB8A 2O7UA 1MXUA 3USDA 1M5DA 4R2BA 3TCFA 4GQOA 2RC9A 4H67A 1XVXA 4TLMB 1QUJA 3O2AA 4ZZEA 3TFLA 3MC2A 5L8DA 3R26A 4ZEKA 4DLDA 4F29A 1AMFA 2B4MA 3C9HA 4XKQA 2X7QA 4IO3A 2B4LA 1RYXA 3SEWA 3M3LA 5H8SA 4OYVA 1BLFA 3K6WA 2ZYKA 1M5BA 1N7XA 3TUSA 1B7ZA 4PQJA 1OMPA 1LBCA 4POWA 3TODA 2DVCA 4GVOA 3TELA 1PDAA 4HTGA 5DVFA 1P99A 3H6UA 2ONRA 2X7PA 4OEVA 5AA1A 4F1VA 3DP4A 1TFAA 4IY5A 3ILTB 3O97A 2F36A 3FASA 3N5LA 4OESA 3OMBA 1O64A 4YKPA 1BKAA 3MW0A 3MP6A 5ICTA 3TKDA 3RUMA 3MZ1A 3DRKA 4H1XA 1B32A 4G68B 1IXGA 1QW0A 1RYOA 3SEXA 3CFLA 1RKMA 1B0LA 3H3GA 1R9QA 5I59B 4E0XA 4I8CA 4MFIA 3GLBA 4P11A 1POTA 4GIZA 1FW0A 4G68A 5I58B 3OENA 2YLNA 5I59A 3TTRA 2OZZA 3H6TA 3FTOA 5I58A 2UYFA 1DSNA 4RK2A 3DP6A 3MVZA 3EF7A 4I62A 3TZAA 3S9NC 5JTYB 1MY2A 4Q5TA 4POXA 1SVXB 4RYAA 1D9YA 1GR2A 3VVEA 3E4RA 3ZSFA 3QXMA 3SDFA 3CG3A 5JTYA 2PT2A 2NOOA 1URDA 1MY0A 3I5OA 1MY1A 1Q1KA 4QSCA 3GXAA 3QK6A 3O6IA 2KLFA 4MLVA 4F3PA 3R7XA 4P0IA 4ZE9A 4NE4A 2H99A 5F1QA 5CMBA 1ZLQA 4DDDA 2Y7KA 4X1BA 3W9WA 1EH3A 3TTMA 1MXWA 5FHNA 5H8NB 4Q8RA 4IB2A 3FXRA 1AL3A 4JBZA 4G8NA 5K2XA 1OVBA 1MQJA 4AB5A 5H8NA 1MM6A 4U21A 1N84A 3ILUB 1DMBA 2VD2A 1TFDA 4IGTA 4UA8A 2NVUB 2W7YA 2O84X 2NXOA 2ZNUA 2V3TA 1NFTA 1Z7ME 3FVOA 2D5WA 3TYHA 3VV5A 2B3FA 3K01A 4GXAA 2I58A 1WODA 2CMOA 1MQIA 1Y1MA 3ONMA 4IO4A 1ZIUA 4R73A 3SEVA 1LAXA 3LSXA 4K3FA 2UXAA 1DOTA 1MDP1 5DVIA 5BUUA 2XXQA 3CIJA 2Z8EA 4U1ZA 2P2AA 2PYYA 2ABHA 2Y7WA 4F1UA 2DWHA 1ATGA 2QSXA 3L6HA 4G8MA 4NWDA 3OEMA 5DYHA 1MS7A 3CHGA 3E3KA 1M5EA 2DE4A 4PFTA 5CMKA 3MUQA 4H65A 1EZ9A 4JWOA 4Q30B 4MLQA 4F22A 4DCXA 1B5HA 3BBRA 1S50A 1UIVA 3C4MA 1P1QA 4BDQA 1MPCA 4R6HA 1PBPA 4OFLA 1BP5A 1FQFA 3FJ7A 4DIGA 1EZPA 4ELPA 1SD3A 1H76A 4QFPA 3VVFA 3MP8A 1QKAA 3EQ1A 3IAZA 1AIVA 3SETA 2Y7IA 2GH9A 2QRYA 4Q0CA 2NUVA 4YB5A 2I0CA 2OCUA 3K1NA 3RY3A 1FTOA 2GRVA 3TEPA 4OFJA 1LLSA 4IY6A 1FQEA 3LR1A 3C33A 1CB6A 1POY1 3K6VA 4YKKA 1H3DA 2DXYA 3O6GA 2ANJA 5FTIA 5EYFA 3H6VA 3RNNA 1EZOA 3N94A 3PPOA 3OXNA 1MY4A 3IR1A 4WXJA 1JNFA 3K2DA 2ONSA 3MQ9A 4ISUA 3DELB 3CRBA 3DRJA 4ZEBA 3T66A 1MXYA 2I49A 3MZBA 1LB9A 1SI1A 2XXXA 3DRFA 3VLVA 2VGQA 4LUBA 3KZGA 4UACA 1JQFA 3Q28A 4EF1A 3RQTA 4PETA 2XXWA 1Y20A 4THIA 1IZ1A 2Z23A 3DM0A 4R6KA 3DRHA 5I84A 3VXCA 3RT6B 2QMXA 1URGA 3BFUA 2HXWA 2IA4A 2ALUA 4HS7A 5H8FB 3U93A 2RINA 3N26A 4OENA 4OTEA 4R2FA 4JWYA 3TTLA 4YZZA 2QS1A 5H8FA 4DCYA 3RLFE 1MXZA 2E1SA 3W15C 1US5A 3E13X 3CI8A 3MPLA 1I6AA 2DQVA 4G2ZA 1I69A 2YJPA 2I6EA 3CFXA 3IO4A 4LZ7A 3VLWA 4Z0IA 3C35A 2F6GA 3PPQA 4ZE8A 1B6HA 5FHMA 1LCFA 4R72A 1QVSA 5CRYA 1OLAA 2DE3A 1USYH 2BJJX 3OO8A 2I3WA 3T96B 3O9PA 3FUZA 4EDPA 4U1OA 2FA7A 1BTJA 3D4CA 2QPQA 3HHFA 2Y84A 3QUJA 2Q8JA 1HSJA 2XXYA 2HAUA 5AA2B 1XC1A 1MRPA 4IO6A 3JZJA 4ESWA 4U2RA 1NNKA 2A5TB 5L9MA 2OJTA 3FVGA 1H45A 3ECRA 3OEKA 1LFHA 4FEBA 3PUWE 5AA2A 2LAOA 3CFZA 3K00A 5JK4A 1QUIA 1JW4A 2A5TA 4NWCA 5CC2A 2V84A 1DTGA 3MAMA 3LSLA 2RF1A 3S4UA 3B6QA 2Z8DA 3S9MC 1UTBB 2HZLA 2VHAA 2O69A 1US4A 5J1DA 4LP2B 3C32A 1CE2A 2O1MA 3IJOB 4ZDMA 2GHBA 4PP0A 1XVYA 1BIYA 4YMBA 3IB0A 4XIGQ 1UTBA 1B3FA 4ZECA 3I3VA 4N07A 2QMWA 2ZYMA 5M2VA 2F7CA 4O3BA 4M1VA 4ELOA 5DTBA 2WOPA 5I2KB 2I4BA 5DEXB 1LGBC 4GFRA 2O68A 1VFEA 4ZEFA 3KBRA 3FVNA 4XKRA 3V8XB 3D4GA 4I1DA 4JB7A 2XX9A 2XXUA 5I2KA 5DEXA 5L9OA 1MG1A 3FATA 1NL5A 3FJMA 3SEYA 1DTZA 4O3AA 2QS4A 4H5GA 1N0TA 3HSTA 4C0RA 1Y3QA 4G77A 2ZYNA 4ELQA 3IOVA 3TCGA 3HO7A 2F5XA 3K1MA 1XHYA 3PUVE 3S9LC 4KQPA 4OETA 1QULA 3G3IA 1N76A 3PD9A 5H8HB 4QSDA 3H03A 1OLCA 3IOTA 4R74A 4TOZA 2PX1A 1ZBMA 2VOZA 2F7AA 4F3BA 5H8HA 4GF8A 4Z7EA 3RT8A 2XXIA 4G68C 1ANFA 3T9VA 2AIXA 5HM4B 3WAEA 3QAXA 3VVDA 4KR5A 1Y9UA 4BLAA 2VD3A 1JEVA 1OVTA 5F7VA 5AA4B 4P0GA 4XKPA 4C1UA 4YMAA 2Z22A 4JSDA 3W9VA 4EXKA 4KFQA 5AA4A 2Q9TA 3QYTA 3KN3A 1FQBA 1IXIA 1IXCA 4AB6A 2D21A 4PE5B 3KFMA 5H8QB 3HHGA 4WKMA 4YICA 1MXVA 2H4IA 3CVGA 4H8JA 2H5YA 1GGGA 2XXVA 3Q26A 1B5JA 1ZU0A 2HCAA 1VE4A 3N6UA 5H8QA 2I3VA 4ELRA 3OO6A 2H9BA 4LA9A 3OO7A 1GV8A 4KYDA 2D3IA 4FAJA 2OBGA 1NH8A 5CI5A 1GTKA 4FATA 1R1NA 3EN3A 4G4PA 3MVXA 4RPNA 2RCBA 3OELA 4EUOA 5DVJA 1Q35A 1S7YA 3FGSA 1WDNA 4ZS9A 3QUFA 4WEPA 4I9DA 1MQGA 3ZS6A 4NMYA 4ND9A 2OWTA 2F6PA 4OXVA 3G7WA 3PU5A 3TPAA 1MDQA 2FNCA 3S2VA 4XKNA 1XT8A 3MP1A 4C1TA 3C31A 1JEUA 3MWBA 1GVCA 4H8IA 3RTWB 2PVUA 5ISUA 3GBBA 3LSWA 1TXFA 3ODBA 2XXHA 1B46A 3VLUA 2AL4A 4MBPA 4LQ2A 4NF5B 4GWOA 5ELVA 1FTMA 2H25A 2H98A 3H7MA 3T9XB 3FJGA 1N3XA 3KJ7A 4KCCA 5FTHA 4NF5A 4M4GA 3PPNA 5CMMA 1IXHA 1SW2A 1FTJA 4LVQA 3P7IA 4BDLA 3ZKLA 1MH4A 3Q25A 3AXFA 2THIA 3HN0A 1B7UA 3FD3A 5I57B 1FCKA 3MVWA 1LSTA 4IGRA 1NNTA 1D4NA 3IB1A 2R6GE 3WAFA 2UVJA 5FHOA 5BWJA 5I57A 1NNFA 2HZKA 4AQ4A 1N04A 3HV1A 3RN8A 3RTFB 4EQ9A 2PT1A 1VSOA 4GLIA 4QFLA 1A55A 4FJPA 1MPDA 3PD8A 2Q89A 2ZMBA 5KCJB 4DE8A 1D9VA 2REGA 4RA1A 3K0VA 3KSXA 2V3UA 2XX8A 3RPWA 1PB7A 4DXCA 3EHUA 1MH3A 3HPIA 4QRZA 3UIFA 5KCJA 2R71A 2Q88A 4KCDA 1L5TA 4DXBA 3TTKA 2RKMA 4H0WA 4OVJA 3IO6A 4LATA 4MH5A 3G3HA 4QFKA 1B9JA 3IX1A 2XX7A 1A99A 1MQHA 1XOCA 4XTCQ 3R6UA 3SEUA 5CMCA 5TPAB 3L6GA 3K1PA 2ZNSA 1AOVA 2UYEA 5KZTA 3T22A 2RCAA 3IJXB 4X9TA 3FV2A 5TPAA 4YAHX 2RC8A 3TCHA 2I4CA 3HCQA 4O3CA 3LUYA 1LFIA 2Y7RA 1ZTYA 2O1LA 3KG2A 4OHNA 3DLNA 4KI0E 4OMBA 1IQ7A 3I6VA 2ZXTA 1PB8A 1H44A 1SI0A 1B40A 1LCTA 1PBQA 1J1NA 1JVYA 1IITA 5B7DA 3K4UA 1B7HA 4WEDA 1XS5A 1Y3NA 1IIWA 3H4ZA 1JETA 3EHSA 4H5FA 2DSFA 3QIMA 1LAFE 3FVKA 1JVXA 1SW1A 1F9BA 1DPEA 1SDXA 4GRKA 4F31B 1IUDA 3UK4A 3O29A 4ECFA 1B4HA 3H06B 3U94A 3G3FA 3Q29A 4KYSA 3IK6B 3O66A 4NF8B 1UIUA 2PMSA 4F18A 1B05A 1NH7A 3PPPA 1SBPA 3C36A 3ZKKA 1URSA 4NF8A 1A7LA 4OFOA 3PUZE 3CR9A 1M5FA 3TAJA 2F35A 1NMUA 3RYAA 3U72A 2Z8FA 1TT1A 3PGFA 2P1SA 4HCYA 2NWJA 1S9TA 5AA2D 2DP8A 4OZ9A 5K2YA 3QSLA 5HPQA 4PFWA 2QS3A 4QSEA 3KGCA 4OEUA 3LC8A 3THIA 4HW8A 1YCJA 2IEEA 3VDFA 3IB2A 5I2NB 4YU0A 4LZ5A 1T0KA 1SW5A 4EQBA 3U1OA 1YPNA 1JW1A 3JYRA 4E0WA 3VXBA 2E0SA 1B3GA 5I2NA 4FECA 1QUKA 3G3KA 1Y3PA 3BKIB 2QJEA 5CM6A 2XD2A 4LONB 2GHAA 3IL1B 3VE1B 2GFEA 3TTNA 5DT6A 1MPBA 1JW5A 2F34A 3IORA 3EPEA 1A40A 3MPKA 1O63A 3SKPA 5AA3A 1USYE 1EU8A 4KPTA 3UORA 3LSFB 2XXPA 1UQWA 4DXUA 1B1XA 4F2OA 1B52A 1OQHA 2P0SA 4U23A 1N3WA 4R9FA 2V3QA 1D3KA 3V83A 2G93A 2ONKE 1MQDA 2DS9A 3SERA 4F2QA 4U4XA 3PAMA 1SYIA 4JDFA 2ESNA 5IAIA 3IOUA 2OLBA 1WVJA 4RK9A 3UP9A 4EF2A 1ZKBA 1Y4TA 2DWJA 4IO5A 2F78A 2F97A 3LVUA 1Y4CA 3A3CA 3KOTA 4BDMA 1B1HA 1DPPA 2DXRA 4ESXA 2O7IA 2O51A 4HCWA 3TDJA 3JV9A 1VR5A 1Y1ZA 4F3SA 1FQDA 4KYEA 1SYHA 4NTLA 1FTLA 2AL5A 1QKBA 2WKYA 4YKIA 2WOKA 5JEIA 2QL3A 4ZEDA 2ZYOA 4U4SA 4BDRA 3FXUA 4QFNA 4PFYA 2I48A 5CBSA 5A5XB 4TLLB 1I6QA 3N6TA 3FV1A 3S9EA 1LBBA 3GBAA 1YAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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