3E3KA

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (butane-1,2,4-tricarboxylate without nickel form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
b'APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 141
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3e3kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3e3kA01
2WOPA 5KCJB 3C32A 2XXXA 4ELRA 4KI0E 3PD8A 1B5IA 3IOTA 1ZKBA 1H44A 2P0SA 4ZEBA 4NEDA 3P7IA 5H8FA 2VGQA 2FYIA 4IY5A 3I5OA 4PFTA 3CFXA 3TTKA 4OFOA 1M5CA 3G7WA 3LSWA 2WOLA 1XS5A 3K1MA 4R75A 4WXJA 2F97A 2PVUA 4F1UA 1MY0A 2I6EA 5FHNA 2V25A 4HW8A 2XHDA 3T9XB 1B52A 1YTVA 3OSQA 4E0XA 2UVGA 3MVXA 1NH7A 1O63A 1XVYA 3KG2A 5H8NA 4NF6A 3HPIA 1PB9A 4DZ1A 3QXMA 5TU0A 3E4RA 4RPOA 2GH9A 2Z8EA 1FTJA 1UTHA 3B6WA 1S7YA 5M2VA 3MQ9A 4TLMB 1DMBA 3MP8A 4QSDA 4ZE9A 4XXUA 1FQDA 1SBPA 4OXVA 5TPAB 3SEXA 3IJXB 1OVBA 4TQUQ 3R6UA 3S9MC 1MPCA 4F1YA 3GLBA 3KOTA 3HO7A 2DQVA 1HSEA 4NTLA 4OZ9A 4NF4B 5DT6A 4BDOA 5AA2A 3FXRA 4BDQA 3KSXA 4IB2A 4I62A 3T9HB 4MF3A 4O3CA 2YPNA 2VD3A 2IEEA 2DXRA 2O69A 3BFUA 3QIMA 2O84X 2G29A 1BIYA 2XX8A 4H8IA 2O6AA 3RUMA 3FJGA 2X7PA 3IOVA 1H3DA 3WAFA 2LAOA 1SDXA 4MLQA 4KD5A 2ZXTA 3DRGA 1LB8A 1QVSA 4H8JA 1O64A 2NUVA 3FVNA 2ZYKA 4N6PA 2XXTA 4LP2B 1MS7A 4ESXA 3DP4A 3MJNA 3QYTA 1UQWA 2Q2CA 4RY1A 1KWHA 3IL1B 2G93A 3RPWA 3V83A 4FJPA 4GWOA 1MPBA 3D4CA 3VXCA 5JTYB 2ONSA 2QSXA 5CRYA 1B0HA 4H6DA 1DOTA 1B1XA 3MP1A 3K00A 3K1PA 4GD5A 3ZKLA 5JEIA 1YAEA 1A8FA 5I2KA 2XX9A 3DP8A 1D3KA 5BWJA 1B05A 1A55A 5I2NA 1HSLA 3ZS6A 3PUWE 4EDPA 3TTMA 5F7VA 4F3GA 4BLAA 2H4IA 1NNTA 1ZU0A 1P1NA 2HXWA 3N6TA 1M5EA 3VDFA 5CMCA 1IUDA 3LR1A 3IB0A 3OEMA 3KN7A 3IX1A 2HZKA 4PQJA 4EF1A 4E0WA 1R9QA 2CZLA 1L5TA 1WVJA 3O6HA 4HTGA 1URSA 3UORA 4EUOA 3TEPA 4G68A 1FCKA 4WEPA 4PP0A 2KLFA 2XXWA 1T0KA 4DXUA 2DYXA 3MC2A 1Q1KA 1ZLQA 1LB9A 2Q2AA 2UYFA 1NH8A 4GOTA 4FECA 1P1QA 4RJZA 1CE2A 5I56A 5TP9A 4O3AA 1DSNA 1LFHA 1IXCA 3H06B 4FE8A 3T93B 2RC7A 1MXVA 3E3KA 2QS2A 2DS9A 4FORA 3RGYA 3QK6A 1FQCA 2F35A 3CRBA 1H45A 2THIA 3CSBA 2HAUA 1H43A 2I58A 4X9TA 3PMWA 3K6WA 3DRFA 3M3KA 4EXLA 1B4ZA 1CB6A 1AMFA 2OK2A 2X26A 4KCCA 2Q8JA 3KFMA 1BTJA 4ONYA 5JK4A 3T9VA 4X48A 4OQOA 1P1WA 4YZZA 2ANJA 4G4PA 1R9LA 3KEIA 4G68C 1Z7NE 3RYBA 3H6TA 3UGWA 5A5XA 2F6PA 2H98A 3LSXA 1LLSA 2OCUA 4F31B 3K6UA 4NF8A 4XTCQ 3OENA 3I6VA 3IB1A 1URGA 2RF1A 3T9UA 5CMKA 4G8MA 5ISUA 3CIJA 4BDMA 1II5A 4H67A 2PT1A 5EHSA 1LGBC 1MY4A 1SW2A 1LAXA 4NMYA 4NWDA 3ODBA 3L6GA 2XXPA 4XKNA 1BKAA 3TCFA 3IOUA 4R2BA 1AH5A 3ZKKA 2PYYA 2XXYA 4KR5A 4OYVA 3H7MA 1JVXA 4DCXA 1J1NA 1MQJA 4YKJA 4Q8RA 1ATGA 1JQFA 1EZPA 3M3FA 3MWBA 4F3PA 3OO6A 4BDNA 3HV1A 4KFQA 4NE4A 4H5GA 4Q0CA 4YKKA 3MAMA 4IO6A 1B7ZA 4YICA 2DOJA 3N94A 1YCJA 3A09A 3B6QA 1B5HA 3DP6A 5DTBA 5I59B 4EF2A 4GVOA 1FTLA 1JVYA 2B3BA 4ELOA 4N07A 3CI8A 2F7CA 3FASA 1O7TA 1POTA 4H1XA 4ZEFA 5I84A 4XKPA 1B58A 2ZNSA 4QHQA 5KZTA 4I8CA 1PB8A 1BP5A 1I6BA 2UXAA 3TODA 1DTZA 4U21A 1B2HA 1ELJA 2Y7RA 3TFLA 3FVKA 4KCDA 3ILTB 4GL8A 1TWYA 5DVFA 4G8NA 2YJPA 5L9MA 4U4SA 3O6IA 4YB6A 2UVIA 2XD3A 4QF9A 3SERA 1IEJA 3O9PA 2D5WA 3O2AA 5I57A 2OZZA 3Q26A 2NXOA 3PUVE 4IGRA 1IIWA 5ICQA 2H99A 1LBCA 4LZ5A 2V3UA 3TTLA 2GRVA 5ITPA 3C4MA 3PV0E 4PE5B 5FTIA 2DSFA 3OXNA 2B65A 4F3BA 2A5SA 5H8HB 3TAJA 3RY3A 3U8QA 3C35A 3FATA 3FD3A 2I4BA 4X1DA 5IAIA 3BKIB 4F1VA 1AOVA 3OD7A 3USDA 3H6VA 1R1NA 1PEBA 3T22A 3K6VA 3LC8A 4F19A 1B9JA 1NKXA 2DWAA 1FTMA 1Y4CA 3JZJA 1OLCA 1MQIA 1OIBA 1N3XA 5DEXB 1P1OA 3E13X 3O6PA 2R71A 4QFKA 4ZZAA 5AA1A 1B1HA 4HCWA 4P11A 3CG1A 3M8UA 4DDDA 1MY1A 3VLVA 2A5TB 1UTBB 1SW5A 2VD2A 4DXCA 4GXSB 4QFLA 3HHGA 1EH3A 1IZ1A 4QFPA 4POXA 3TTNA 4H0WA 2F34A 3OO7A 2Q89A 3Q25A 3H6UA 2ESNA 2RINA 1VFEA 1S9TA 1NL5A 5I57B 1B6HA 3MBPA 5I58A 4LA9A 3C33A 3O6GA 5CC2A 4YKPA 5LOMA 4RNSA 5H8FB 3TKDA 2HZLA 1RYXA 3Q27A 3OMBA 2PT2A 3BBRA 3BFTA 1MRPA 1OQHA 1VR5A 2GHAA 2F78A 4NWCA 2V3TA 1SI1A 2DP8A 2REJA 4ZEKA 3K2DA 4BDLA 5F1QA 1QKAA 3N6UA 3UK4A 2VOZA 1YPNA 1A54A 4LUBA 4MH5A 3V8XB 1ZJLA 4XKQA 3OSRA 1QUJA 3PPQA 4U22A 3KZGA 5H8NB 4NF6B 4POWA 4GFRA 4YB7A 1B46A 1XVXA 4GLIA 2XX7A 4TOZA 2WOKA 1IXHA 5ITOA 4YAHX 2PX1A 3S2VA 1OMPA 1UTHB 4ELQA 1JW5A 2O1MA 1R6ZA 4JWYA 3PPPA 3Q29A 5EHMA 3RT8A 5AA4A 2HCAA 3ONMA 3CSGA 2DWJA 3U93A 1Y4TA 1A7LA 4GQOA 1QW0A 4EQ7A 4GXAA 4H5FA 3FGSA 2B3FA 4DLDA 4IO3A 1LCTA 3GXAA 3IJOB 5CBRA 4OENA 3ILUB 4R74A 5AA2B 3MZBA 5HPQA 3R26A 2WKYA 1NNPA 1SVXB 3KJTA 4OEUA 3RQTA 1JW1A 3VV5A 3K4UA 5FTHA 4FEDA 2Y7KA 1D4NA 2F8DA 3EHSA 1Y20A 3RNNA 4AB6A 3OELA 4N13A 2Y7WA 3V5AA 3DM0A 3O66A 1JNFA 1P1UA 4YB5A 5ICTA 3MVZA 5KDTA 1DPEA 3OO9A 5L9SA 1N0TA 4OMBA 4R6HA 1MM6A 2AIXA 3TZAA 1VFDA 3IK6B 3SEWA 3FV1A 2AL4A 3TELA 5AA3A 4I1DA 2XXVA 4KYEA 1A40A 3PAMA 4C1UA 1JEUA 1FTKA 2QS3A 3KBRA 1B3FA 4QRZA 4ZECA 3O29A 1NMUA 3N5LA 3GBAA 4OETA 1MY3A 1M5DA 3PD9A 3CG3A 5I2KB 2DE4A 3VFJA 4GF8A 5I2NB 4NF5A 4F2OA 3OEKA 1MM7A 4WEDA 1B40A 5L8DA 2GHBA 4LONB 4JXIA 4DXBA 2ONRA 1GV8A 2OBGA 1MQHA 2ONKE 5CI5A 2I48A 1B3EA 3CVGA 3G3FA 3FVGA 3FJ7A 1M5FA 1VSOA 2HEUA 5H8QA 1Q35A 1QJMA 4IO7A 3QUJA 4GL0A 3PUYE 1PC3A 1F9BA 5DYHA 4X1BA 2O7IA 5J1DA 5CMMA 4KHZE 1LCFA 3FUZA 1TFDA 4KYSA 4DCYA 4HCYA 4G8HA 1AIVA 3LUYA 4G68B 1M5BA 4XKRA 4RK9A 2O51A 4RYAA 2Z23A 1B4HA 3T96B 1XT8A 2ZNTA 4ZS9A 3IORA 4PFYA 1USYH 5FHMA 1XOCA 2F7BA 4R9FA 2VHAA 3IO4A 3W9VA 4DIGA 4JDFA 2F36A 5I56B 1LAHE 5TP9B 1RKMA 3FJMA 3EHTA 1GTKA 1PB7A 4R6KA 4MBPA 4IY6A 3VE1B 2V84A 3G3HA 2H9BA 3F11A 2H25A 2OWSA 4FEBA 1VE4A 4C1TA 1LFIA 4G77A 2R9JA 4OERA 1ZMGA 3ZSFA 3HHFA 3MP6A 1Z7ME 4PETA 3MPKA 4R9GA 3PMXA 3TQWA 5FHOA 3LVUA 2DE2A 2RC9A 1I6QA 3KSJA 1TXFA 3U1OA 1XHYA 3FIRA 1QUKA 4LZ8A 1I6AA 4JWOA 5A5XB 2OJTA 3K0VA 3VXBA 1N04A 1PDAA 4ESWA 4NF8B 4QSCA 2OLBA 3U72A 3TUSA 1MH3A 2E0SA 2ABHA 3LBSA 3DRJA 3TDJA 4XIGQ 2P2AA 4R2FA 1ZBMA 1EU8A 4GIZA 3ECRA 3FTOA 3FV2A 2PMSA 1B51A 1USYE 5TPAA 2D3IA 3IO6A 3C36A 5B70A 1D9VA 3U92A 4R6YA 2BJJX 2ZYMA 3H4ZA 2HQ0A 4UACA 2I3VA 5K2YA 4Q5TA 2RCAA 2Q9TA 3JV9A 3G3KA 2QMWA 3H6WA 1SW1A 3MW0A 4THIA 1FW0A 1OQGA 4NF4A 2AYSA 1ZIUA 5CBSA 3H03A 1IQ7A 4H65A 2I0BA 2I4CA 4F2QA 1IXIA 4ECFA 2HFBA 4LZ7A 3RYAA 1P99A 3S4UA 1QKBA 1Y3QA 1TT1A 4UA8A 2ZYOA 1LFGA 2I0CA 5BUUA 4YKIA 2I49A 3M3LA 2DXYA 3W9WA 4JSOA 4ZE8A 1N84A 4YU0A 4ND9A 4PFWA 3N26A 2R6GE 3PUZE 3UA8A 4C0RA 2I3WA 2ZNUA 1Y1MA 2ALUA 2REGA 1PBPA 3SEYA 4O3BA 1AL3A 1A8EA 3K6XA 2B4LA 3B6TA 3TQLA 2UVHA 3G3JA 3RN8A 1N76A 3KN3A 1EZ9A 4TLLB 1ANFA 5L9OA 4Z0IA 3LSLA 4P0IA 3O97A 5JTYA 1QULA 1S50A 2Q88A 4LATA 4EQ9A 3THIA 3S9NC 3AXFA 3C34A 3GBBA 4RK2A 2M8CA 3SESA 2O68A 3GZGA 3PMVA 2E1SA 4EQBA 3FZVA 3JYRA 4ZEDA 3PU5A 3IAZA 3QSLA 1H76A 1MXZA 4YMBA 4LQ5A 2NVUB 2DWHA 2Z22A 1B7HA 4OTEA 1Y3PA 1LBBA 3TCHA 3T66A 4QFOA 4F29A 3RT6B 4F39A 4IO2A 2Y7PA 3KGCA 5IKBA 3O28A 3MUQA 4BDRA 4DE8A 1B3HA 3K02A 2XXHA 4I9DA 5CMBA 1MDP1 2W7YA 3EF7A 3WAEA 1DPPA 5DVIA 1PBQA 1A99A 4OFLA 3UN6A 1SD3A 3R7XA 2O7UA 2RKMA 1GR2A 3B7DA 1SYHA 2NWJA 4OVJA 1MXYA 1FQAA 2XXIA 1SW4A 4FAJA 1GVCA 1Y9UA 3W15C 3I3VA 1MY2A 3U94A 3MZ9A 4OHNA 2ZYNA 1WODA 3SETA 2YLNA 5ELVA 4JBZA 4RXLA 3DELB 4OESA 1OVTA 2Z8DA 4YMAA 2Y84A 1MH4A 3PPOA 2F7AA 1LAGE 3D4GA 5I58B 3KN8A 1FQEA 1MXWA 5AE4A 2RCBA 4U1OA 1Y1ZA 1UIVA 4WKMA 3H3GA 3SKPA 4ZZEA 4EXKA 3CHGA 2H5YA 3IOWA 1FTOA 3PGFA 2RC8A 1FQFA 2PBWA 4FIMA 2QPQA 3S9LC 3RTWB 3RLFE 4AQ4A 3VLUA 4P0GA 1FQBA 5H8SA 4M4GA 5CM6A 3MVYA 3FVOA 4OWDA 1IXGA 1MDQA 1IITA 2HAVA 3MZ1A 4JB7A 2B4MA 1US4A 5AA2D 2FA7A 4QFNA 3UIFA 4QSEA 1Y3NA 1XC1A 1OLAA 2VP1A 1TFAA 4IO4A 1HSJA 3A3CA 4GRKA 2XXUA 3EQ1A 2X7QA 3HSTA 2QRYA 1MG1A 3KOSA 3DRHA 5AA4B 1D9YA 3V89B 1ZTYA 2UYEA 3K01A 3VVFA 3HCQA 4U23A 3K1NA 4U1ZA 3TPAA 1MQDA 5B7DA 3CFZA 1SYIA 1POY1 2DE3A 1NFTA 3TMGA 1RYOA 5I59A 1B5JA 1MXXA 1DTGA 2O1LA 5DVJA 4IGTA 1NNFA 4RPNA 2FNCA 2D21A 2XXQA 4L17A 2Z8FA 3DRIA 2XXRA 3KJ7A 4PFUA 3L6HA 3FXUA 3QAXA 3EN3A 2DWIA 1MPDA 2NOOA 3TCGA 3QUFA 2QS4A 3S9EA 2Y7IA 2DVZA 2QMXA 1SQYA 1GGGA 3MVWA 3C31A 4IO5A 4MFIA 4AB5A 1B0LA 1B3LA 4M1VA 1WDNA 3EPEA 4F22A 4ISUA 5KDTB 3EHUA 2ZMBA 3SDFA 3VVDA 1BLFA 3G3GA 3LSFB 4RA1A 3G3IA 5KCJA 1N7XA 5HM4B 3UP9A 4ELPA 2QJEA 4K3FA 1EZOA 3FXQA 3PPNA 4LVQA 2OWTA 3HN0A 1B7UA 4Q30B 3CR9A 3DRKA 3Q28A 3TYHA 3DLNA 3E9XA 4F3SA 5HBCA 2UVJA 5EYFA 3IR1A 2F6GA 1N3WA 1B32A 5K2XA 4OEVA 4R73A 1NNKA 1JETA 3IB2A 1UIUA 4HS7A 5H8HA 3MPLA 1MQGA 1N7WA 4JWXA 2IA4A 3TTRA 4ZEIA 2GFEA 4MLVA 3VVEA 1I69A 4NF5B 3RTFB 2V3QA 1B3GA 4KPTA 3VLWA 4OFJA 1URDA 2DVCA 1LSTA 2QL3A 4G2ZA 4U2RA 4FATA 2V93A 4Z7EA 3A3UA 1JW4A 3PUXE 2F5XA 2QS1A 4JSDA 4F18A 5H8QB 2CMOA 5DEXA 1SI0A 1US5A 1JEVA 3SEVA 3CFLA 3PPRA 4ZDMA 2XD2A 3C9HA 4KYDA 2AL5A 1LAFE 2A5TA 1UTBA 2P1SA 1MXUA 4U4XA 4KQPA 4LQ2A 4R72A 1QUIA 3SEUA 3OOAA 3OO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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