3E3KA

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (butane-1,2,4-tricarboxylate without nickel form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 141
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3e3kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3e3kA01
1O63A 3ZS6A 4LVQA 1P99A 3CHGA 4KPTA 4DXUA 1AOVA 4OMBA 3HO7A 4NF6B 2XXWA 2Z8DA 3C9HA 4OESA 2D5WA 3D4CA 1M5BA 1P1WA 3IOVA 1I6QA 1MY0A 2UVGA 1GGGA 3PUZE 1DTGA 3JV9A 4YKPA 4QHQA 4EDPA 2RC7A 4YICA 3U92A 1QUKA 5BUUA 3FVOA 4Q30B 1B5JA 3O66A 3ODBA 1A54A 1IXGA 4MLVA 1UTBB 3KJ7A 3PMXA 1RYXA 4POWA 1US4A 4U1OA 4ZEDA 4AQ4A 3MAMA 2QS4A 3MP8A 3MC2A 2XXYA 2Y7WA 1OVBA 3O6GA 4H0WA 4KD5A 4M4GA 5CC2A 3PUYE 2BJJX 1NMUA 4ELRA 5CM6A 1A8FA 4G2ZA 1ZBMA 4H5GA 4OXVA 4IO3A 4RYAA 4EXKA 2F97A 4ELQA 1J1NA 2REJA 4H5FA 5I84A 1I6BA 3KN8A 1P1NA 3R26A 3Q29A 2I4BA 2ZYKA 2QMWA 1MQJA 3KSJA 4GF8A 3FATA 4BDLA 1B32A 1MH4A 1N0TA 1Y3QA 2O1LA 4MH5A 5CMBA 3FXQA 4R2BA 2H5YA 4YAHX 3UA8A 5KDTB 3HSTA 1OLAA 4NMYA 4IO7A 3LVUA 1JW4A 2FA7A 2P1SA 2PBWA 3TAJA 3QXMA 3EHUA 2O1MA 3S9EA 1VFEA 3C33A 1RYOA 2DE2A 5BWJA 2V84A 1IEJA 3DP6A 2VP1A 3DRKA 1SD3A 2XX8A 3FD3A 4R2FA 3PPOA 4FATA 1WDNA 1B1XA 3DRGA 5FHNA 3L6HA 3Q26A 1FQEA 4JB7A 3O29A 4OERA 5DTBA 3MVWA 1SW1A 4OENA 4Q0CA 1AH5A 3U8QA 1D3KA 2QL3A 2X7QA 1M5FA 1B2HA 1MDP1 2OWSA 5JTYB 2OJTA 2PT1A 3OSRA 1MM7A 4H65A 5EHMA 3MP1A 3UIFA 4F31B 5H8SA 3N94A 2VOZA 2DWJA 1LCFA 3C34A 5FHOA 2UVHA 4BDNA 1POTA 1LGBC 1UTHB 1XVXA 3IK6B 2G93A 2ZNUA 2F34A 2HZKA 3RNNA 4E0WA 4F1UA 2XXQA 2F6PA 5CBRA 4F19A 4ZEFA 4U21A 2NVUB 3EF7A 1B7ZA 3IOTA 1BLFA 5AA4A 1SI0A 4Z0IA 1Z7NE 2V25A 1B05A 1R1NA 5KCJB 3TCFA 1SYHA 2X26A 3GBBA 1ZIUA 4H1XA 4OQOA 2REGA 2XXUA 4U4XA 3E4RA 3E9XA 3OO9A 4NEDA 4YB7A 3S4UA 1B7UA 5CI5A 3UGWA 4PETA 4F39A 1B3FA 4ZECA 1SYIA 2H98A 3FGSA 1B1HA 2AL4A 1YTVA 2IA4A 4OFOA 3LC8A 4LZ8A 3UN6A 4I1DA 1MQGA 1LAHE 1PBPA 1B52A 3O6HA 3V5AA 3DRFA 1TFDA 1PB8A 2F36A 1FQDA 2X7PA 5JTYA 3PPNA 4NTLA 3FV2A 3IJXB 3IR1A 2PVUA 1A8EA 1SW2A 2ZNTA 3DM0A 3K4UA 4IO6A 4TQUQ 3U72A 1H45A 4OWDA 4WEDA 1JVYA 1NNFA 1Y3PA 3CRBA 4XIGQ 4ZZEA 3V8XB 4QFPA 1CE2A 1QUJA 3I5OA 1B46A 1FQFA 1FTOA 2FYIA 2NUVA 3B6QA 3H03A 3OOAA 1VR5A 3PMVA 3PUXE 1JW1A 3HHGA 4R6HA 5I56A 4N13A 1B51A 4HW8A 1SW5A 3C32A 3O9PA 1XC1A 4G68B 5K2YA 3UORA 3RY3A 3MJNA 1B5IA 3VXCA 3DRHA 3M3FA 3A3UA 4GIZA 5DVJA 4IB2A 3FVNA 1L5TA 5A5XB 2HAVA 5ITOA 2CMOA 1M5DA 1PB7A 2W7YA 3FASA 3H6UA 3IX1A 4MLQA 3VXBA 1N7WA 3E3KA 1ATGA 3RYAA 2R6GE 2GHBA 1XOCA 2FNCA 1IQ7A 2QSXA 3ILUB 1DSNA 4G68C 2Q8JA 2H99A 3K2DA 3H3GA 3HHFA 4I62A 1MQIA 1DTZA 3KFMA 4KFQA 1YCJA 2Q88A 5FTHA 1EU8A 1UIUA 3PUWE 1ZKBA 2XHDA 1POY1 3CSGA 3FV1A 3PU5A 2HCAA 4NF5A 4GL0A 2I4CA 3BBRA 4X1DA 3VDFA 3OELA 2OK2A 4GRKA 1QVSA 3MP6A 5DEXB 3SEUA 2DS9A 2R9JA 4NF4A 1YAEA 1XHYA 3G3IA 1LBCA 1N3WA 1MY4A 4FECA 1M5EA 4JSOA 4OETA 1MG1A 1URGA 3F11A 1BKAA 3G3FA 2RCBA 3G3GA 4N6PA 3RT6B 3SKPA 5H8NA 3TTMA 5I57A 4XKNA 4RPOA 2XXHA 4QSDA 2HQ0A 1M5CA 2RINA 1VFDA 1IITA 1R9LA 1B4ZA 2AYSA 2H25A 4FJPA 4OZ9A 3BKIB 4GXAA 1P1UA 4H6DA 4X9TA 5TPAA 3OEMA 4F3BA 4UACA 1PEBA 3OENA 1MXVA 4U1ZA 4XKPA 4IGTA 3SEXA 3SEVA 2WKYA 1IIWA 4R9GA 3S9MC 4ZE8A 5B7DA 1RKMA 2DOJA 3K1MA 4FAJA 2HEUA 4R6YA 3V89B 5IKBA 4X48A 3S2VA 5ICQA 2OBGA 4TLMB 3DRJA 4TOZA 2I0BA 3EHSA 2D3IA 1EH3A 4RK2A 4IO2A 3PD9A 1MDQA 4BLAA 3D4GA 4DIGA 3USDA 4JWYA 2B4MA 4IO5A 1XT8A 1D4NA 1FTKA 4MF3A 1LB8A 4C1TA 4U22A 3IO4A 4QFNA 4DCYA 4NF4B 5JEIA 5ELVA 2E0SA 1FQAA 4PE5B 1LCTA 1DOTA 1MXXA 4F1VA 4EQ9A 3LSLA 3RPWA 4FORA 1NH7A 3FUZA 1Q35A 3IAZA 3M3KA 3TZAA 1B3GA 5AE4A 1Z7ME 2NWJA 4POXA 1VSOA 3PV0E 3VVEA 3FJMA 2RCAA 2PT2A 5IAIA 1MQHA 2GH9A 1S50A 1YPNA 3KEIA 2RC9A 5EYFA 4ZEBA 4KHZE 3TKDA 3OXNA 5TPAB 1N76A 3CIJA 1AL3A 3PPQA 4YMAA 1FQBA 3T22A 5AA4B 1SQYA 2G29A 2Q89A 4XKRA 4YB6A 3N5LA 1LBBA 1SW4A 3EHTA 4LZ7A 1NL5A 2ABHA 3WAFA 2DVCA 1QKAA 2Z8FA 3K1NA 1MXUA 4YZZA 2RC8A 2O7IA 2DXYA 4NF6A 2ZMBA 1OMPA 3MW0A 1MPCA 1QULA 4DXCA 3HN0A 2ANJA 4ESWA 2XX9A 3OMBA 1SBPA 1B3LA 1OQHA 3MBPA 4EQBA 1MM6A 5L9OA 3S9NC 4YB5A 2ZYNA 4QF9A 3TMGA 2UXAA 5L8DA 3QYTA 3ZSFA 4DZ1A 4YMBA 4HCWA 2F78A 1BP5A 4O3AA 4OTEA 1UTBA 2DQVA 1JETA 3O97A 3PPRA 3ONMA 2GRVA 2A5SA 2H4IA 3IL1B 5DT6A 1I69A 1MS7A 4N07A 4RPNA 3VV5A 2ESNA 5I58B 3MZ9A 3T9XB 5KZTA 3E13X 4ZE9A 3JZJA 4JDFA 1IXHA 4TLLB 3SETA 3ZKLA 2XXIA 3TTLA 4ZS9A 5AA3A 2QPQA 1USYH 3VVDA 3PGFA 4HTGA 4KYSA 2AIXA 3MPLA 5B70A 1OVTA 4P0IA 5A5XA 1A99A 3TTKA 3VLVA 2R71A 3Q28A 1LB9A 2DVZA 4ZDMA 2I3VA 5I56B 3TYHA 2ZNSA 1EZ9A 4G8NA 3IB1A 3A09A 4OYVA 5I2KB 2DWIA 1Y4CA 1LAGE 4BDMA 1B58A 2YJPA 1BIYA 1VE4A 1FTLA 3H6TA 3MQ9A 1OIBA 3FVGA 4I8CA 3PMWA 4GXSB 3RTFB 2RKMA 3U94A 2F7AA 3T96B 4G77A 2DE3A 2ZYMA 5DEXA 3SEWA 3T9VA 3TTNA 2O7UA 3OEKA 1GTKA 1S9TA 1MY1A 4KYEA 2O69A 3THIA 1LFHA 3TUSA 5I59B 4PFWA 3IO6A 3L6GA 4YKJA 4ECFA 1N84A 1MQDA 4QFKA 4QRZA 3DRIA 3KGCA 1SVXB 1EZPA 2M8CA 2B3BA 4GFRA 5H8QB 4EQ7A 3EPEA 5H8HB 4ZZAA 4Q8RA 2DYXA 2OWTA 1B0HA 2B3FA 4PFUA 1ELJA 3FJGA 5TP9A 3W15C 3I3VA 1H76A 3PPPA 4RNSA 1MY2A 4LATA 1F9BA 3SERA 1QUIA 3OO8A 4LONB 3KSXA 1UTHA 3RYBA 2VHAA 2RF1A 2I58A 3HCQA 4ISUA 4THIA 1MRPA 3KJTA 3KN7A 4NWCA 3N6TA 4QSEA 4R9FA 1NNPA 3W9VA 5AA2B 1P1OA 2UVIA 4FIMA 4MBPA 3H6WA 1NH8A 2OZZA 2Z23A 2XXVA 2PYYA 3K02A 4OHNA 2O68A 4RY1A 3CFXA 1O7TA 5F1QA 2GFEA 1CB6A 1H44A 1MXWA 2DP8A 2F35A 3C36A 2UYEA 3KBRA 4EF1A 2PMSA 5FTIA 4R6KA 1N7XA 1ZMGA 3PD8A 5L9SA 3SEYA 3IB0A 4XXUA 3W9WA 3H6VA 3BFUA 3OO7A 4AB6A 3FIRA 3U1OA 4JWXA 3H4ZA 1GVCA 4ELOA 3FJ7A 1II5A 5ISUA 5J1DA 4JXIA 4O3CA 4LA9A 2O84X 3RLFE 1IZ1A 4GD5A 1R6ZA 1JW5A 5DYHA 3TODA 2P2AA 3RT8A 5TU0A 3RQTA 1DMBA 2B65A 3RUMA 4F3SA 4QFOA 2XXPA 5CMKA 1A7LA 2DE4A 3GLBA 1PDAA 4ELPA 1ZU0A 1HSEA 2HZLA 2XXRA 3MZ1A 4P0GA 3T9HB 3WAEA 1JVXA 4NF8A 2F5XA 1LFIA 2ZYOA 2I6EA 5CMCA 1PB9A 4U4SA 3TQLA 5JK4A 1BTJA 1FQCA 1URSA 3C35A 4Q5TA 5KDTA 1AIVA 3PUVE 4YKIA 1JQFA 2O51A 1B7HA 4FE8A 4OFJA 1QKBA 4F1YA 2XXTA 3GXAA 3K0VA 2UVJA 2P0SA 3IORA 3OD7A 3P7IA 3QIMA 4YKKA 4R74A 1IUDA 2ONRA 1B3EA 1ZLQA 5EHSA 3VFJA 3ILTB 3LBSA 3TCHA 4OVJA 4I9DA 4JBZA 4QSCA 3RN8A 1AMFA 3U93A 1P1QA 3SESA 1WODA 2QS2A 2WOKA 2Y7PA 3FXUA 4KR5A 4LZ5A 4DCXA 4NF5B 4WKMA 3SDFA 3ZKKA 2XD2A 1OLCA 3QK6A 3MZBA 5CBSA 4C0RA 2KLFA 3CG1A 4DXBA 1LSTA 1O64A 4KCCA 1Y20A 4R73A 1S7YA 2IEEA 3G3KA 4Z7EA 4RK9A 2PX1A 2O6AA 3M8UA 1SDXA 2V3UA 1NKXA 2XX7A 1Y4TA 4BDOA 4IY5A 5I58A 1D9YA 2Z8EA 4HS7A 1TWYA 2HFBA 1JEVA 2H9BA 3FXRA 2NOOA 4ND9A 2Y7RA 2ZXTA 2Y7KA 3LSWA 2THIA 3Q27A 3LUYA 1FCKA 1NNTA 3TPAA 3OO6A 4R72A 3T9UA 4DE8A 4E0XA 2AL5A 3VLWA 4F18A 1US5A 3IOUA 2VD2A 1B3HA 1Y1ZA 1A55A 4GWOA 1XS5A 5I2NB 1ZTYA 2Q9TA 3KN3A 3O6IA 1N3XA 3T66A 1H3DA 1FTJA 4XKQA 1ANFA 2I48A 2YLNA 4KI0E 3B6WA 1TXFA 1B5HA 2V93A 1Y1MA 2NXOA 1TT1A 3FVKA 3G3HA 3N26A 5I2KA 5ITPA 3CVGA 2F7CA 1B6HA 3CFZA 3CI8A 2Y7IA 3UP9A 3UK4A 2OCUA 1WVJA 3HPIA 3JYRA 3MWBA 4HCYA 3IJOB 4H67A 4AB5A 5H8HA 4H8JA 3MVYA 1LFGA 3AXFA 4KCDA 3TFLA 3KOTA 2QJEA 5TP9B 5KCJA 1GV8A 4RA1A 2CZLA 1FW0A 2UYFA 1MPDA 2F8DA 4DLDA 1N04A 3RGYA 3QUFA 3S9LC 3LSXA 3B7DA 3V83A 1GR2A 2DWHA 3A3CA 1TFAA 3GBAA 4G68A 2I3WA 1LLSA 3EQ1A 4QFLA 3T93B 1LAXA 1H43A 3G7WA 2Q2CA 3O28A 3Q25A 5H8QA 4F2QA 1B0LA 4ONYA 1HSJA 2QS3A 1B9JA 3EN3A 1IXCA 2DWAA 5H8FB 4F2OA 4KQPA 3DELB 3DLNA 4LQ5A 5HBCA 4BDRA 4U2RA 3TCGA 1USYE 2LAOA 3K1PA 3N6UA 4MFIA 5I2NA 2F6GA 4LP2B 4WEPA 4RJZA 1URDA 1JEUA 5DVIA 4M1VA 1T0KA 4L17A 3R6UA 4F29A 1IXIA 1PBQA 2YPNA 1DPPA 5AA2A 2VGQA 2I0CA 5F7VA 3DP4A 5ICTA 4LUBA 1EZOA 4NE4A 3LSFB 4PFYA 1MXYA 1UQWA 2A5TB 1B4HA 3FZVA 3KZGA 5AA1A 5LOMA 3R7XA 4ESXA 4F22A 4C1UA 3MVZA 1KWHA 3RTWB 3K6WA 3KG2A 3O6PA 2XXXA 4G8MA 4GQOA 3DP8A 4FEBA 1LAFE 2ONKE 1SI1A 2E1SA 1MY3A 2Q2AA 2WOLA 4GLIA 3IB2A 3K6VA 4G4PA 4EF2A 2Z22A 3TQWA 4UA8A 2DXRA 2V3QA 3TDJA 3LR1A 3FTOA 1D9VA 3CR9A 4GVOA 3MPKA 4IO4A 1HSLA 1Q1KA 3TTRA 3K6XA 4EXLA 5I57B 3M3LA 3K00A 3MUQA 4WXJA 1XVYA 4IY6A 2QRYA 4BDQA 5K2XA 4JSDA 4YU0A 3BFTA 3QAXA 3CG3A 4X1BA 2WOPA 4XTCQ 2I49A 3VE1B 2HAUA 5H8FA 2QS1A 4H8IA 5HM4B 4PP0A 3CFLA 1QJMA 1I6AA 2QMXA 2XD3A 2Y84A 1Y9UA 3QSLA 1JNFA 3C4MA 3MVXA 4PQJA 5CMMA 4IGRA 5CRYA 1R9QA 4NF8B 4LQ2A 4K3FA 4R75A 3B6TA 3I6VA 4EUOA 4DDDA 3HV1A 4O3BA 4FEDA 3VLUA 1NFTA 4JWOA 2D21A 1ZJLA 2A5TA 3TELA 2DSFA 3K01A 1UIVA 2B4LA 3VVFA 2ONSA 1MH3A 3OSQA 1QW0A 4GL8A 4F3GA 3IOWA 2GHAA 5M2VA 2HXWA 1MXZA 5I59A 2V3TA 1NNKA 3H7MA 4GOTA 3QUJA 1Y3NA 3O2AA 5DVFA 4PFTA 5HPQA 3TEPA 3KOSA 4KYDA 3PAMA 1FTMA 3G3JA 4P11A 1B40A 3C31A 4F3PA 5AA2D 4OEUA 4ZEKA 1A40A 4U23A 5FHMA 3H06B 5L9MA 1DPEA 4OFLA 2VD3A 3CSBA 1MPBA 1PC3A 5H8NB 4G8HA 2F7BA 4RXLA 4OEVA 3ECRA 2ALUA 4NWDA 1OQGA 2OLBA 4ZEIA 3K6UA 3GZGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O63A 1P99A 4ZZAA 4QSCA 2D5WA 3IOVA 4YKPA 4EDPA 1NI9A 4YICA 1FPJA 4I40A 4MLVA 3KJ7A 1RYXA 1US4A 2QS4A 2FHYA 2BJJX 4ELRA 4IO3A 1IMBA 1KA1A 1J1NA 2WEFA 4H5FA 1MQJA 3KSJA 3FATA 4BDLA 2F3BA 3UA8A 4YAHX 4IO7A 2P1SA 3TAJA 1RYOA 2DE2A 1IEJA 2VP1A 1WDNA 3DRGA 5FHNA 1SW1A 4Q0CA 4I3EA 5DW8A 2X7QA 1MDP1 1B2HA 2OWSA 1MM7A 4N6KA 2DWJA 3C34A 1POTA 1UTHB 2F6PA 4ZEFA 2NVUB 1BLFA 4MAGA 1Z7NE 1R1NA 2REGA 1SYIA 5L9SA 1B1HA 4LZ8A 4OFOA 1MQGA 1LAHE 1PBPA 3O6HA 1PB8A 1YZ0A 5JTYA 3FV2A 3IR1A 2PVUA 1A8EA 3DM0A 5ET5A 1Y3PA 4O8MA 3V8XB 4PFRA 1B46A 2NUVA 3B6QA 2FYIA 3OOAA 3PUXE 5I56A 1JW1A 4HW8A 3UORA 1XC1A 4G68B 5A5LA 3A3UA 4GIZA 4IB2A 1L5TA 2VT5A 3FASA 4MLQA 4LQ5A 2R6GE 2GHBA 4MNCA 3HHFA 4JVCA 3KFMA 1YCJA 2Q88A 5FTHA 1ZKBA 4GL0A 2I4CA 3VDFA 2OK2A 3MP6A 1XHYA 4JSOA 4OETA 3F11A 3G3FA 5I57A 4OVSA 1YXIA 4XKNA 1VFDA 2AYSA 4OZ9A 4FJPA 4GXAA 1FBEA 3SEXA 3SEVA 2BJIA 4ZE8A 5B7DA 4FAJA 2D3IA 2CZKA 3D4GA 3USDA 2B4MA 4IO5A 1D4NA 4C1TA 1LB8A 3IO4A 4QFNA 5ELVA 1DOTA 3LSLA 2OWZA 1MQHA 2GH9A 3KEIA 4ZEBA 1AL3A 2G29A 3N5LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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