3E3KA

Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter nika (butane-1,2,4-tricarboxylate without nickel form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 141
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3e3kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3e3kA01
2A5TA 3RQTA 4I62A 1Y9UA 1OVBA 2H5YA 4LA9A 4KYDA 1B7ZA 2M8CA 1FQEA 4EUOA 3S2VA 3IO6A 3K1PA 3H4ZA 1MY0A 1IUDA 4R6YA 2QMXA 4XIGQ 4XKRA 3FTOA 4ZS9A 4LZ5A 2UYEA 4GWOA 4F3BA 1M5FA 1M5CA 1IIWA 3UK4A 1II5A 3V89B 2ZMBA 4F1UA 1YTVA 4YB7A 3MVWA 4H1XA 3FVOA 1RYXA 4LATA 1BTJA 3ZS6A 2DYXA 1DPPA 3P7IA 4FEBA 3M3LA 4NF5A 1FTKA 3GBAA 2PYYA 4WKMA 3KSXA 1NFTA 1ZMGA 4RK9A 1FQFA 4U1ZA 2G29A 3S9LC 1QW0A 4JB7A 4KYEA 4ZE9A 3K02A 2Z8FA 4DDDA 2XXRA 4NF6B 3A3CA 3E9XA 3TZAA 4FIMA 1NL5A 3FJ7A 4EQ7A 4X1BA 5DVIA 4XKNA 5I59B 5FHMA 3MBPA 5CMCA 3T9VA 4YZZA 4F22A 4RK2A 5CI5A 1NH7A 1DPEA 4DZ1A 3U72A 1EH3A 1MPBA 3MQ9A 4OXVA 4DXUA 2DVCA 4PE5B 5KDTA 2O1MA 3W9WA 5I56B 2XXWA 1TT1A 4DE8A 1NKXA 2YPNA 3PPRA 1MDQA 1I6BA 3MZ1A 1B9JA 3TELA 1RYOA 5CMKA 2RKMA 1LFHA 4QFNA 1SD3A 2Q89A 1Q1KA 3EPEA 3RN8A 3MVYA 5J1DA 4WXJA 1KWHA 3B6QA 1POY1 3C4MA 1P1QA 3DM0A 5DEXB 3U94A 1OVTA 5IKBA 5I57A 3PD9A 2I0BA 2R71A 1IITA 3IO4A 4JWXA 1MY1A 3K01A 3U92A 1LBCA 4ZECA 5FHOA 3TCGA 3FASA 5KCJB 4HS7A 3CI8A 4X9TA 1MRPA 1SYHA 4KCDA 3TODA 3C35A 3VLWA 4PP0A 3HPIA 2AIXA 4LONB 2I3VA 3W9VA 4QFPA 5CC2A 3BBRA 2V3QA 2I58A 1YPNA 2E0SA 2WOLA 2Z22A 1N84A 5BUUA 3FD3A 4GRKA 1HSJA 1FTMA 3G3HA 3QAXA 4ELRA 1Y3PA 3QXMA 4ND9A 1H44A 4TQUQ 3RUMA 3E4RA 1Z7NE 1NNTA 1B1HA 3TTMA 3C33A 5ICQA 1LFGA 1PDAA 5AA2B 1D9YA 4KFQA 4C1TA 2XXTA 2QPQA 4BDQA 3OXNA 2XXXA 3T9UA 4KCCA 3RGYA 3SESA 3QYTA 2ZNUA 3SEUA 4MLQA 3VXCA 4F2QA 4NF6A 3ILUB 1P1UA 1O7TA 4WEDA 4YAHX 1UTBB 3O9PA 1LCFA 2H98A 3OEKA 5I59A 4HW8A 1MY4A 4ESXA 1QVSA 4U4XA 4ELPA 1B6HA 3FVKA 2AYSA 4X48A 2NXOA 1VR5A 2B3FA 4YB6A 2NUVA 4E0XA 1AL3A 1PBPA 1FQCA 2HQ0A 4ZEKA 5I56A 3KGCA 1JVXA 2O68A 1BIYA 3K0VA 5F7VA 3DRFA 4MF3A 4OTEA 2F36A 2O7UA 3CG1A 4NWDA 4QFLA 4OENA 3S4UA 4XKQA 4F3SA 3G3KA 4UACA 3TYHA 1AMFA 2F6GA 3PPOA 4YICA 2ONRA 1YAEA 1B3LA 4IO7A 2XX7A 3H6TA 4F19A 3HN0A 3PMVA 2DWAA 4GXAA 4ZEFA 5K2YA 3R26A 1MY3A 5DEXA 2DXYA 1MQDA 3FGSA 2XHDA 1WODA 4EQBA 4F3GA 3UORA 3TAJA 3IJXB 3SETA 4EF1A 2D21A 2DSFA 4RNSA 3IOVA 2PT1A 5KCJA 4ZEIA 4LZ8A 4U4SA 2F5XA 3RPWA 2O1LA 3V83A 2OCUA 5TU0A 3TEPA 3GXAA 1MPDA 4FORA 1D9VA 4GQOA 2Y84A 3FV1A 2QSXA 3N5LA 3RYBA 3UN6A 1H43A 3EN3A 3KSJA 4AQ4A 1XVXA 5FTHA 5AA3A 1B0LA 4P0GA 3TPAA 4ZEBA 3G3FA 1D4NA 2ESNA 4QFOA 1OQHA 1B05A 1SBPA 1P1OA 2ZYNA 3B7DA 4OQOA 3FIRA 3MP1A 5AA2A 1ZBMA 2XXPA 3H6VA 3T66A 1SI1A 1MXUA 3QSLA 4OERA 3KN8A 4L17A 3TDJA 3EHTA 4XXUA 1J1NA 1B3HA 1TFAA 5DVFA 3MVXA 5K2XA 4YMBA 1R6ZA 1DTZA 4XTCQ 3MW0A 4LQ2A 1UTBA 1HSLA 1Y4TA 5JK4A 2DWHA 4IY5A 1A54A 2XX9A 2I0CA 2F7BA 2R9JA 4K3FA 1R1NA 4DLDA 3H6WA 3PUVE 3KOTA 4O3CA 2X7QA 4F29A 4OHNA 3PGFA 1O64A 4R6KA 1US5A 2RC8A 3FXRA 3W15C 1MQHA 3FJMA 3MJNA 1FCKA 5CMBA 5EHMA 1B3FA 3EHUA 4HTGA 3QK6A 2I49A 3QUJA 4NE4A 3I3VA 3S9EA 2ONKE 5DT6A 4ELOA 4FE8A 4X1DA 4GIZA 2LAOA 2GH9A 4H8JA 2AL5A 1IEJA 3JZJA 1JEVA 3GZGA 1NNKA 2F78A 1B46A 5I58B 3CFZA 3CR9A 2W7YA 3THIA 4TLLB 4F39A 4LQ5A 1B5IA 4RXLA 3OEMA 1JQFA 1OIBA 4Q0CA 4KYSA 4P0IA 2A5SA 1XHYA 2RCBA 2XXQA 5ITPA 2Z8EA 4Z0IA 4PFUA 4UA8A 3C36A 3DP4A 2ABHA 4ESWA 2H99A 2XXIA 2H4IA 1SW4A 3LUYA 1MXVA 5CBRA 3PUWE 4G68B 5HPQA 4YKPA 1B5JA 3QIMA 2HAVA 1Y1ZA 3KOSA 4MLVA 3E13X 4TOZA 2H25A 5H8SA 3MZ9A 3H06B 2ZYKA 3VE1B 3HHGA 2QRYA 3C32A 1B3GA 3RT6B 5CBSA 1GR2A 2VD2A 2WOPA 4H6DA 4EXLA 2V25A 4F2OA 1PB8A 5TPAA 1B51A 2GHAA 3RTFB 5B7DA 3HSTA 4Z7EA 1XVYA 1LLSA 1M5DA 5AA4B 4H0WA 3T9HB 1IXHA 3CSBA 3DELB 4EDPA 5DVJA 4U21A 2P1SA 4RA1A 3LVUA 4RYAA 2RF1A 2UVJA 3G3GA 1N0TA 4JDFA 4G2ZA 1MQGA 4R2BA 3OENA 5ELVA 4ECFA 1OLCA 3CRBA 3M3KA 2REGA 1VSOA 2GRVA 3IJOB 1ANFA 1NH8A 1OMPA 3B6TA 2PT2A 4XKPA 2OBGA 1N3XA 3VXBA 4NTLA 3MPKA 3MP8A 2D5WA 1FQDA 3Q27A 4E0WA 3MC2A 3MWBA 3WAFA 3O97A 4U2RA 4YKKA 3I5OA 3IB2A 5A5XB 3S9NC 2F7CA 3Q26A 4NEDA 5I84A 3IOTA 2XXUA 5I58A 2RINA 2ALUA 2HAUA 1A40A 4G77A 3UA8A 1B40A 2XD2A 1SVXB 1B7HA 3MZBA 3SERA 2Y7KA 1HSEA 5AA2D 1I69A 4BDLA 4QF9A 3DLNA 3H6UA 5ITOA 3ILTB 1XT8A 3PUZE 3UP9A 3VFJA 1JNFA 3PD8A 4H67A 2HFBA 4HCYA 4N6PA 1FQBA 3OSRA 4OWDA 3RY3A 3ZKKA 2HCAA 3ZKLA 3FUZA 3FVGA 4IB2A 4KHZE 4Q8RA 2DE4A 1A8EA 4G68A 3N6TA 1GV8A 1MQJA 3C34A 4GL8A 2HEUA 1A7LA 1B4HA 1H3DA 1MQIA 4H5GA 1UIUA 1N3WA 1GVCA 1F9BA 2GFEA 1XOCA 1Y4CA 1B0HA 5KZTA 1IXIA 4JWOA 3PPNA 2ZYMA 3DRGA 3LSFB 3VDFA 3KN3A 4QSCA 2I3WA 3JYRA 3LSLA 1LSTA 4ZZAA 2B3BA 2XXHA 2WOKA 3K00A 4O3AA 5AA4A 3K4UA 5CRYA 3LSWA 4OFJA 2HZLA 2Z8DA 1AH5A 4G8NA 4GVOA 1MY2A 1B58A 5L9OA 3HHFA 3TMGA 2Y7IA 5ICTA 2PBWA 4MH5A 1M5BA 3OMBA 4GFRA 2UYFA 4QFKA 3RYAA 1Y1MA 3R6UA 4H8IA 1XS5A 4M4GA 3DRJA 1URDA 3EHSA 2WKYA 4GL0A 3ODBA 4TLMB 4OMBA 1TWYA 3T93B 3FVNA 4LP2B 4P11A 1N76A 1N7XA 3TFLA 4PQJA 3H3GA 1PBQA 3C31A 2B4MA 2QS3A 2GHBA 2IA4A 4F18A 2F97A 2E1SA 2XXVA 3LBSA 4BDMA 3R7XA 2ZXTA 1MS7A 1RKMA 3U1OA 1ZJLA 4ONYA 3K1NA 1IXGA 5A5XA 1AIVA 3UIFA 3EQ1A 5L9MA 3PV0E 4FEDA 2FNCA 4BLAA 1PEBA 2Y7RA 4ZDMA 4RPNA 5BWJA 3CVGA 3PPPA 2Y7PA 1OQGA 4FAJA 3G7WA 3IORA 4KPTA 3FJGA 5H8FB 4ISUA 1Z7ME 3KZGA 3K6WA 3Q29A 1LCTA 1YCJA 4IO4A 5TPAB 1B52A 4IO2A 4KR5A 3M8UA 3A09A 3L6HA 5HBCA 4R74A 1P1NA 5I2KB 2DE2A 4MFIA 3K6VA 3O28A 4OESA 3KBRA 4F31B 1L5TA 2RC9A 4F1VA 4I8CA 5H8HB 4F3PA 4AB5A 3FXQA 3KN7A 2IEEA 1BKAA 1GGGA 4LVQA 4DIGA 3SEVA 1LAXA 1QULA 3ONMA 3G3JA 4OYVA 3TTNA 2F7AA 3T9XB 2DOJA 1B4ZA 2R6GE 4G68C 5EHSA 1JETA 4AB6A 2I4BA 3MUQA 3TQLA 1ZU0A 2DWJA 3IAZA 3SDFA 1MH3A 1R9QA 2X26A 1MPCA 3FZVA 1NNPA 4NWCA 3OSQA 2X7PA 3SEXA 2P2AA 3CIJA 4U1OA 1JW1A 3K1MA 4GLIA 1ZKBA 3RLFE 4IO6A 1SW5A 1O63A 2F8DA 3USDA 1UQWA 2H9BA 2YJPA 3IK6B 2OJTA 3JV9A 3BFUA 3ECRA 2O84X 1DOTA 2DP8A 5CMMA 1TFDA 3Q25A 2B65A 2D3IA 2QS2A 3HV1A 2G93A 1NNFA 1MXZA 1XC1A 5TP9B 1ZLQA 5H8QB 1PB9A 4KQPA 3IR1A 3RT8A 3O6PA 1MXYA 2VGQA 3RNNA 1QUIA 5F1QA 1A99A 1FTLA 2I4CA 4NF4B 4RY1A 3VLVA 3OELA 3T96B 2QS4A 1URGA 1S9TA 3ZSFA 4IO3A 4ZE8A 1T0KA 2XD3A 3TUSA 3LSXA 2CZLA 1N7WA 4DCYA 2PVUA 2ANJA 2DE3A 2Z23A 1A55A 3O6GA 4OEUA 3KJ7A 3O6IA 2V84A 5JTYB 1DMBA 1JEUA 4C1UA 2VP1A 3OO6A 1S7YA 3CSGA 5H8FA 4BDRA 3HCQA 3B6WA 4G8MA 2UVHA 2Q8JA 1USYE 3SEYA 1A8FA 4JXIA 1B7UA 1UTHB 5FHNA 5I2KA 2XX8A 1ZTYA 1ELJA 4EXKA 2OZZA 5FTIA 4DCXA 1I6QA 5H8HA 3KEIA 3KG2A 3D4CA 1VFDA 3I6VA 3HO7A 2Q2AA 2KLFA 3TTLA 3MAMA 2I6EA 3CHGA 2FA7A 4ELQA 4JWYA 2F34A 1LBBA 1M5EA 3FATA 1JW5A 4BDOA 1Q35A 4PFWA 4Q30B 1EZ9A 2FYIA 4YU0A 4OFLA 5L8DA 1R9LA 4EQ9A 1LB8A 4OVJA 1H76A 2Y7WA 1QJMA 3IB1A 5DYHA 1FW0A 1N04A 1BP5A 1CE2A 5AE4A 2ZYOA 1DTGA 2UVGA 4N13A 2NVUB 1LGBC 2QL3A 4GOTA 2P0SA 4G4PA 4JBZA 1FTJA 4MBPA 1CB6A 3O6HA 4FECA 3VLUA 3PMXA 4R6HA 3M3FA 4PFYA 1P1WA 4ZEDA 1PB7A 1QUJA 1NMUA 1SI0A 2V3UA 5DTBA 3DRIA 3WAEA 4BDNA 2VD3A 4QSEA 5I2NB 3PU5A 4DXBA 3OO9A 2F35A 1MH4A 2UXAA 3V5AA 4FJPA 1B32A 2B4LA 5TP9A 1I6AA 1MXXA 5H8QA 2XXYA 3BFTA 4QHQA 2RCAA 4M1VA 3DRHA 4U23A 5EYFA 2AL4A 4NF4A 1SYIA 4YKJA 4F1YA 1MG1A 2OLBA 1P99A 3FV2A 4RJZA 3IL1B 2NWJA 4OZ9A 2ZNSA 4WEPA 3U8QA 1QUKA 3IOUA 3VVEA 1UIVA 3DRKA 2I48A 3C9HA 4U22A 4R75A 2F6PA 3O2AA 2DWIA 1Y3NA 3CG3A 4GD5A 3S9MC 5H8NB 2VHAA 3DP6A 1ZIUA 1JW4A 1VFEA 5CM6A 2YLNA 5JTYA 3V8XB 2HXWA 4NMYA 1SQYA 3RTWB 1LB9A 2THIA 2VOZA 3KFMA 3TKDA 3KJTA 3BKIB 1QKBA 4LUBA 2CMOA 3CFXA 2OK2A 4GXSB 4H5FA 3MP6A 3GBBA 3OO7A 4R73A 1UTHA 1MXWA 2O69A 3AXFA 2QMWA 4FATA 4NF8B 4IY6A 1QKAA 4QRZA 1LAGE 4RPOA 3D4GA 4KD5A 3VV5A 4G8HA 3SKPA 4R2FA 3PPQA 3LR1A 2A5TB 2UVIA 1Y3QA 4IO5A 4R9FA 3Q28A 3FXUA 3E3KA 4IGTA 4THIA 1LFIA 3TQWA 2HZKA 1S50A 1US4A 1DSNA 1PC3A 3IOWA 1USYH 2O51A 3DP8A 4YKIA 1EZPA 2Q9TA 3G3IA 4IGRA 3UGWA 3SEWA 3O66A 4PFTA 1ATGA 2PMSA 2DVZA 1URSA 5ISUA 1IXCA 4LZ7A 1D3KA 2ZNTA 1B1XA 1LAHE 2RC7A 3PMWA 4I9DA 4PETA 4OEVA 1IZ1A 3PUXE 3U93A 1TXFA 3K2DA 1OLAA 4YB5A 5JEIA 2Q2CA 4NF5B 3TTKA 3QUFA 3TCHA 2PX1A 4JSDA 1MM7A 3L6GA 2ONSA 4YMAA 1GTKA 4OETA 1BLFA 2QS1A 3K6XA 3N6UA 1VE4A 4EF2A 1FQAA 4KI0E 4N07A 5I2NA 4O3BA 3PAMA 4DXCA 2REJA 3F11A 1SW2A 3T22A 1B3EA 4JSOA 2V3TA 1Y20A 3CFLA 1H45A 2OWTA 1SW1A 5AA1A 4QSDA 4GF8A 3A3UA 4H65A 1POTA 4Q5TA 3LC8A 1WVJA 2O6AA 3IX1A 5LOMA 3GLBA 1LAFE 1B2HA 3N26A 4I1DA 1SDXA 2Q88A 1FTOA 5B70A 5KDTB 1IQ7A 1EU8A 1B5HA 1WDNA 5H8NA 3EF7A 2V93A 3N94A 3OOAA 1MM6A 3TTRA 2BJJX 3O29A 1AOVA 3MPLA 4R72A 5M2VA 5IAIA 3K6UA 3OO8A 4R9GA 3IB0A 3MVZA 4C0RA 4ZZEA 2NOOA 1JVYA 2DQVA 4POWA 1MDP1 5HM4B 3VVDA 3H7MA 3PUYE 3VVFA 4HCWA 1EZOA 5L9SA 4NF8A 2DXRA 4OFOA 2QJEA 3H03A 4POXA 2DS9A 3OD7A 3TCFA 2O7IA 5I57B 2OWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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