4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
5CM6A 3FVKA 2W7YA 3ILTB 3A3CA 4OQOA 3PMXA 3C35A 1Y3PA 3K01A 3TODA 4DCYA 3DRHA 3THIA 1IZ1A 2DWHA 4Q5TA 1UIUA 4RK2A 4NF6A 2YPNA 4G68B 1IXHA 1MDP1 3EHUA 2A5TA 4JBZA 4QSCA 2A5SA 4FECA 1FQBA 4ZEIA 2Q8JA 1I6BA 5KDTA 2H98A 3PD8A 2ONSA 3QIMA 2D3IA 1MDQA 4XKPA 4IGRA 1LAXA 5CBSA 5I2NB 2H5YA 3W15C 2THIA 2ALUA 1D4NA 3FVOA 4ESXA 3I6VA 2QJEA 1H44A 2FNCA 4QHQA 2XXYA 4GXAA 1O64A 2O1LA 2WKYA 2O6AA 5FHOA 2REGA 1XVYA 1ZBMA 4FE8A 5CRYA 1USYE 1LLSA 2QS3A 1B52A 2ZNTA 3R6UA 4RXLA 4KCDA 4F1YA 4R73A 4EF1A 3LSXA 1ZTYA 3DM0A 3ILUB 1YPNA 3U8QA 3MC2A 4DIGA 3IO6A 4QF9A 3ZS6A 3MVWA 4F22A 1B58A 5L9MA 1LCTA 2O68A 3K6XA 2NOOA 3BBRA 3RNNA 5ITPA 4Z7EA 3GXAA 3RTWB 1MXZA 4YMBA 3TAJA 1I6AA 4PFUA 4N07A 3TELA 1HSLA 1JW4A 3V89B 1M5CA 1N04A 4R72A 5L9SA 3IB2A 1WDNA 3C4MA 1M5BA 2Z8DA 2ZYMA 4U21A 4RY1A 5DVIA 4O3AA 5TPAA 4OHNA 4G2ZA 4GLIA 4UA8A 3OENA 1SW1A 3KOTA 3OELA 4U2RA 3DRKA 4GF8A 4LATA 4F3SA 4HW8A 3IAZA 3UN6A 3K1NA 2GH9A 1EH3A 5CMMA 1LB8A 4WEPA 3IOUA 3OMBA 4JSOA 3LVUA 1FTLA 4R9FA 4ZEKA 2YJPA 3TMGA 2VHAA 5CBRA 3OXNA 2HQ0A 1N7WA 1JVXA 4OESA 2I48A 2XXTA 3TUSA 2OLBA 3GLBA 2GFEA 5FTIA 3C32A 5A5XA 5CC2A 1FW0A 1B3EA 1JNFA 3FV2A 1B6HA 4ZE8A 2NUVA 3K6VA 3HHGA 2RF1A 3R7XA 5HBCA 4DLDA 3LSWA 4UACA 2ZNUA 3IOWA 4QFLA 1PC3A 3H6TA 1AIVA 3MPKA 4ND9A 4ECFA 1DMBA 4PP0A 2Z8FA 1SYHA 4C0RA 3KN3A 1H76A 3BFUA 1LGBC 1NH8A 1FQEA 2ONKE 3PUYE 4GL8A 5DEXB 1MPBA 1JEUA 3CFLA 2ANJA 2UVGA 5H8QB 4QRZA 2KLFA 2NVUB 3TKDA 1PBPA 2O51A 3HO7A 4FEDA 5J1DA 1JQFA 1VE4A 4F29A 5H8NA 4H65A 1USYH 4ZEFA 4IY5A 4LQ2A 5HM4B 1LAHE 1FCKA 5L8DA 2NWJA 1WODA 5JK4A 2DYXA 4GFRA 1IXGA 5H8SA 2DVCA 1B32A 2GRVA 2OK2A 2RC9A 1MXUA 4BLAA 1GR2A 5K2YA 3UA8A 3G3KA 1PEBA 3CSGA 3FJ7A 3DP8A 1JVYA 3C9HA 1GV8A 4RPOA 4H0WA 3VVDA 3T9UA 3N6UA 3QUFA 2QSXA 3TCFA 3LBSA 2XD3A 4ISUA 4IB2A 3EF7A 5I58B 1H43A 3FXUA 2B3BA 3H6UA 2QL3A 1MY2A 3C31A 5ELVA 5ICTA 2I3VA 1S9TA 2CZLA 3FUZA 1B1XA 3EHTA 2DSFA 2OCUA 3C36A 5AA2B 1MH4A 2IA4A 3M8UA 4YMAA 1US4A 1NH7A 3N5LA 4JB7A 1LAGE 5I84A 3MVXA 3ONMA 4JWOA 3GZGA 1MPDA 1FTOA 4RJZA 3VVFA 4OVJA 3IR1A 5FHMA 1Q35A 4KCCA 4HCWA 2ABHA 3OD7A 4E0XA 2I6EA 1XT8A 3K6UA 5ISUA 4N6PA 4M4GA 5EHMA 4NEDA 3O6HA 3H7MA 2XHDA 1QW0A 2O69A 3IK6B 1AOVA 1B40A 1P1QA 1UTBA 3WAFA 1UTHB 3UK4A 2H25A 1N84A 1MQDA 5KCJB 3B6WA 5L9OA 4F3BA 1YCJA 5DVFA 4DXCA 3MJNA 1MPCA 3OO7A 4X48A 3IOVA 3TQWA 5JTYB 2X26A 3T66A 4M1VA 1MH3A 1JETA 3RT6B 3MZ1A 1JW1A 2YLNA 5BUUA 1SW4A 4G68A 5I2KB 4POXA 1YTVA 1CE2A 4ELOA 1B7UA 4JWYA 3PPPA 4ZDMA 3AXFA 3PPOA 4YKIA 4GD5A 3E3KA 2OWTA 2DP8A 4RYAA 3W9WA 1PDAA 2B65A 1BP5A 3I3VA 3TYHA 3KZGA 1P1WA 4F19A 2V93A 2HAVA 1Y3NA 3MQ9A 1NNFA 4QFKA 5AA1A 2XXQA 2AIXA 3DP4A 1MY1A 4AQ4A 1GVCA 5I59A 4G68C 3E9XA 4NMYA 1OVBA 3ZSFA 3G3JA 3FZVA 3USDA 4ELRA 3HN0A 4AB5A 1MM6A 5AE4A 2XX8A 1N3XA 2V3UA 1FQFA 1ELJA 1LCFA 3WAEA 1M5DA 2XXUA 3PUZE 1IXCA 1QJMA 1URSA 3T9HB 4GOTA 4HTGA 4MLQA 3KN7A 1D9YA 4ELQA 1B5IA 2D5WA 3CIJA 3T9XB 1XC1A 4XKQA 3H6VA 3FD3A 4NE4A 3TCGA 2DOJA 3RTFB 2DE4A 5TU0A 3FXRA 3U94A 1DPEA 4QFNA 1D3KA 5ICQA 4H8IA 4DDDA 4C1TA 3L6HA 4EUOA 4XTCQ 3M3FA 2ZMBA 3O6PA 3RLFE 1OLAA 2DWIA 2Y7RA 1P99A 3K02A 3M3LA 3FASA 4MFIA 4EQ9A 4YKPA 3L6GA 3DRJA 2GHAA 5DT6A 5M2VA 1NKXA 3IB0A 2DS9A 1DSNA 4R6YA 2DXRA 4TLLB 4U22A 4NF4B 5H8HB 3FJGA 3PMVA 4U4SA 5CMKA 3KN8A 3CVGA 4R75A 4NF8B 5IAIA 4I62A 4MF3A 1Q1KA 4RK9A 3IB1A 3VVEA 1D9VA 3ZKLA 2RINA 1EZPA 3SETA 4GQOA 2P1SA 2XXWA 4BDLA 5HPQA 1UQWA 3FVNA 2ESNA 1VSOA 2QRYA 4K3FA 1LFIA 3V8XB 3PPNA 4F3PA 3PV0E 4DCXA 2HXWA 1A55A 3LUYA 4X1DA 4GRKA 2A5TB 4IGTA 3BFTA 3TFLA 1ZJLA 3JZJA 5KDTB 1Z7NE 2E0SA 3FJMA 3O66A 3O2AA 3MP6A 1DTGA 3PD9A 4I1DA 4YU0A 2WOPA 5H8QA 4THIA 3PPRA 4P11A 2OBGA 3E4RA 1NNKA 1ZLQA 3B6TA 2HZKA 1B0HA 3RT8A 4BDRA 5CI5A 2G93A 4QFOA 2RCAA 3ECRA 2VD3A 4YICA 4EQBA 4XXUA 1Y4CA 2O7UA 3PAMA 4U23A 4EF2A 4I8CA 5CMBA 4IY6A 4IO7A 4ZZAA 3DRGA 1KWHA 4FATA 3EPEA 2PYYA 1URDA 1R1NA 5AA4B 2WOKA 1I69A 2B3FA 4R6KA 3OSRA 4GVOA 1B1HA 3SEWA 4O3BA 3HCQA 4OFLA 3QUJA 3SESA 4HCYA 4KHZE 1SVXB 1B51A 4XIGQ 4G8NA 3CI8A 1A40A 4H5FA 3FTOA 1Y20A 4FIMA 4NTLA 1Y9UA 3G3GA 1ZKBA 5TP9B 4WXJA 1FQAA 3CFXA 5AA2A 2QMXA 3LR1A 2X7PA 3RYBA 3K6WA 3LSFB 5CMCA 2H9BA 3VFJA 1CB6A 4DZ1A 3TPAA 3D4GA 2Y7WA 1P1NA 2I4BA 4ZECA 4IO3A 5FTHA 3K0VA 3SKPA 1OVTA 2Z22A 2ZYOA 1B2HA 2QMWA 1US5A 4PFWA 4MBPA 1B0LA 2F35A 1R9LA 3OO8A 3H3GA 2VP1A 1XVXA 2P0SA 1UTHA 3CR9A 3PGFA 3QK6A 1SW2A 1XOCA 5DYHA 3ODBA 2X7QA 1HSEA 2UVJA 4PQJA 2DE2A 2O1MA 2XXVA 4YKKA 1LBBA 2XXIA 2ZXTA 4H67A 3KEIA 4F2QA 1GGGA 3FIRA 5JTYA 4X1BA 2B4MA 4OTEA 3IO4A 4H8JA 2O84X 2FYIA 1NMUA 1H45A 2UYEA 1QVSA 4G8MA 4KFQA 4PE5B 2PT2A 3Q25A 4RPNA 1MG1A 3RN8A 3TTNA 4ZS9A 1GTKA 1TFAA 1EU8A 5I57B 3C33A 4OENA 1O63A 4LP2B 1DTZA 5JEIA 1NFTA 3S9LC 2XXPA 4YKJA 4I9DA 1Y1ZA 3O6GA 3MUQA 2AYSA 3T96B 4FJPA 3DELB 3E13X 1P1UA 4TLMB 4BDNA 4F3GA 1I6QA 3K1PA 3S9NC 3OOAA 1SD3A 3Q26A 4KYDA 4DXUA 1A8EA 3SEVA 3KG2A 3T9VA 3VLWA 1MQHA 1NL5A 3P7IA 1S7YA 3I5OA 2V3QA 4YB7A 3SEUA 3G7WA 4YAHX 2Z8EA 4LZ8A 1M5EA 1POTA 3RY3A 1J1NA 1B4ZA 1T0KA 1B7ZA 4C1UA 2UYFA 3KFMA 3CFZA 3VLVA 2VOZA 2F78A 2I49A 2RC7A 1N3WA 3KSJA 3TZAA 1MY4A 1R9QA 3H4ZA 4R2BA 1XS5A 4BDMA 3W9VA 1PB8A 4F1VA 2DE3A 2F6GA 3TTLA 3HV1A 5IKBA 3CG3A 4U1OA 3KSXA 1SDXA 3EQ1A 1FTMA 2NXOA 4H5GA 4ZEBA 3ZKKA 5I2NA 1LB9A 3OEKA 2DWJA 2E1SA 1RKMA 4R9GA 4IO4A 3CSBA 1RYOA 3HHFA 1B3FA 5H8FB 4ONYA 3U92A 1AL3A 1YAEA 1OQGA 1Y1MA 4G77A 3N6TA 3DRFA 3OEMA 1II5A 2G29A 3VDFA 3O29A 3B6QA 4NF4A 4GWOA 5H8HA 1QKBA 1B5HA 2D21A 3TDJA 4MH5A 1VR5A 3TTKA 4NF8A 1IUDA 3N94A 3RQTA 4U1ZA 2XX9A 3KBRA 3MWBA 4G8HA 3RGYA 4LQ5A 4LVQA 3MZ9A 2AL5A 3KGCA 3TCHA 4LUBA 5DVJA 4ELPA 1FTKA 3CRBA 2ZNSA 5ITOA 2PT1A 1VFDA 2ZYNA 4GIZA 2HCAA 5B7DA 4U4XA 1B9JA 3S2VA 4G4PA 3OO9A 3MVYA 2XX7A 3K00A 3PMWA 2UVIA 1MXXA 2Q89A 3D4CA 1URGA 1UIVA 3OSQA 4DXBA 4LZ5A 2HAUA 4RA1A 1MS7A 3FATA 3MPLA 1N76A 5EYFA 1MQIA 3MP8A 3H06B 2XXHA 2I0BA 1FTJA 3MBPA 4HS7A 2HEUA 5F7VA 3K1MA 3GBAA 4PETA 1TXFA 3FXQA 3QAXA 3QSLA 1SI0A 3G3FA 5I59B 1H3DA 4NF5B 3SDFA 1JEVA 5AA4A 4JXIA 4FAJA 1ANFA 2XD2A 3S9MC 1PB9A 1JW5A 1OMPA 2PBWA 5I56B 2H4IA 3JV9A 3MP1A 2GHBA 4WEDA 4KQPA 3LSLA 3UGWA 1B3LA 1EZOA 4F2OA 4XKRA 2PVUA 3IJXB 4BDQA 1QUIA 1SW5A 4XKNA 2R71A 3IJOB 1DOTA 3B7DA 2CMOA 2F7BA 3BKIB 3T22A 1ZIUA 2OZZA 3VLUA 4QSEA 1SQYA 4Z0IA 4NF6B 1EZ9A 2UXAA 1B3HA 2WOLA 2REJA 2QS2A 5TP9A 3KJ7A 4IO6A 1TFDA 3U93A 1MRPA 1RYXA 3O97A 5DEXA 3EN3A 3CHGA 4MLVA 3IL1B 3U1OA 3MAMA 2QPQA 1QULA 1NNPA 3K4UA 2DXYA 1B05A 4LZ7A 4R74A 1HSJA 2VGQA 1MXWA 2VD2A 3Q27A 2F34A 2PX1A 4YB5A 1IQ7A 1Z7ME 1F9BA 3UIFA 4JWXA 1A7LA 3O28A 1LFGA 2ZYKA 1OLCA 1BIYA 2DQVA 1WVJA 2I3WA 4GL0A 2R6GE 4O3CA 1PBQA 3PUVE 1B4HA 1L5TA 1QUKA 3A3UA 3HSTA 1BTJA 3MZBA 2HFBA 1PB7A 4F31B 2F8DA 4P0IA 2F7AA 2B4LA 3VXCA 5F1QA 3H03A 5I58A 3DLNA 3FGSA 2O7IA 3RPWA 1ZU0A 2AL4A 2F7CA 1IEJA 4OWDA 1NNTA 3K2DA 4L17A 4PFTA 1MQGA 4JSDA 3IORA 5KZTA 4WKMA 2Q88A 1MY3A 1SYIA 1TWYA 4OERA 4X9TA 1IITA 3UP9A 2RKMA 5TPAB 1POY1 4QFPA 4R2FA 2FA7A 5I57A 2Y7PA 2M8CA 4N13A 4P0GA 2I0CA 4FEBA 3TEPA 3HPIA 1R6ZA 4IO5A 5B70A 3VXBA 2Q9TA 2PMSA 4LONB 2F5XA 3KOSA 4KPTA 4NWCA 3S4UA 4F1UA 4LA9A 3PUXE 3H6WA 2RC8A 2XXXA 3VV5A 3N26A 1A54A 5KCJA 2OWSA 1A99A 5AA3A 5A5XB 2Y7IA 4KYSA 4OEUA 2I58A 3A09A 4EXKA 3DRIA 1B46A 4NWDA 3LC8A 1MXYA 2ONRA 4EQ7A 4Q30B 2XXRA 3OO6A 4R6HA 4OEVA 1BLFA 4ESWA 4IO2A 1B5JA 3DP6A 5BWJA 4BDOA 2V25A 4F18A 5I2KA 3PPQA 4YB6A 1LBCA 2Y84A 1AMFA 3TQLA 2LAOA 3FVGA 4Q0CA 4F39A 2H99A 1LAFE 1OQHA 1MM7A 3U72A 2QS1A 4OFOA 4JDFA 2F6PA 3VE1B 4AB6A 4OYVA 2UVHA 3R26A 1VFEA 3IX1A 3JYRA 1MXVA 2I4CA 2R9JA 2Q2AA 2OJTA 5LOMA 4KI0E 4FORA 1AH5A 2DVZA 4POWA 2QS4A 5H8FA 5H8NB 1P1OA 4OMBA 4QSDA 3KJTA 4TOZA 3Q29A 4KYEA 3MW0A 1IIWA 3PUWE 1N0TA 1SI1A 5K2XA 3SERA 3CG1A 1SBPA 2BJJX 1M5FA 4PFYA 4E0WA 3GBBA 2Q2CA 3TTMA 3M3KA 3G3IA 1A8FA 3TTRA 1Y3QA 5FHNA 1S50A 3UORA 1LSTA 3V83A 2HZLA 1OIBA 5DTBA 3FV1A 1MQJA 4ZZEA 1N7XA 3RYAA 1B7HA 1FQDA 4GXSB 3EHSA 3F11A 1TT1A 4RNSA 4EDPA 3SEYA 4H1XA 4OFJA 1QKAA 4OZ9A 1Y4TA 1BKAA 1LFHA 2DWAA 5AA2D 3O6IA 1XHYA 4Q8RA 4OXVA 3MVZA 2RCBA 4YZZA 4ZEDA 3QXMA 3V5AA 2Y7KA 4TQUQ 3G3HA 2V84A 4KR5A 1QUJA 3PU5A 2F97A 1DPPA 4EXLA 2V3TA 1ZMGA 4OETA 3S9EA 1FQCA 3QYTA 3O9PA 1B3GA 1IXIA 3SEXA 1UTBB 1ATGA 4ZE9A 2Z23A 2F36A 4NF5A 3IOTA 3C34A 2P2AA 5EHSA 3Q28A 4KD5A 3T93B 4DE8A 5I56A 2IEEA 3RUMA 1O7TA 4H6DA 1MY0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CM6A 3FVKA 2W7YA 3ILTB 3A3CA 4JVDA 4OQOA 1FBCA 3PMXA 3C35A 5ET7A 1Y3PA 2HHMA 3K01A 3TODA 4DCYA 3DRHA 3THIA 1IZ1A 2DWHA 4Q5TA 1UIUA 4RK2A 4NF6A 2YPNA 4G68B 1NV0A 1IXHA 1MDP1 3EHUA 2A5TA 4JBZA 2MKZA 1LBYA 4QSCA 2A5SA 4FECA 1FQBA 4ZEIA 2Q8JA 1I6BA 5KDTA 4PGNA 2H98A 3PD8A 2ONSA 3QIMA 2D3IA 3BIHA 1MDQA 4MNPA 4XKPA 4IGRA 1LAXA 5CBSA 5I2NB 2H5YA 3W15C 2THIA 2ALUA 1D4NA 2XWIA 3FVOA 4ESXA 3I6VA 1FPFA 2QJEA 1H44A 4GWSA 2FNCA 4QHQA 2XXYA 4GXAA 1O64A 2O1LA 2WKYA 2WBDA 2O6AA 5FHOA 2REGA 1YXIA 1XVYA 1ZBMA 4FE8A 5CRYA 1USYE 1LLSA 5EYGA 2QS3A 1B52A 2ZNTA 1VDWA 3R6UA 5I5PA 4RXLA 4KCDA 4F1YA 4R73A 4EF1A 3LSXA 1ZTYA 3DM0A 3ILUB 1YPNA 5LDZA 3U8QA 3MC2A 4DIGA 3IO6A 2PCRA 3RPLA 2ZZWA 4QF9A 3ZS6A 3MVWA 4F22A 1B58A 5L9MA 1LCTA 2O68A 3K6XA 2NOOA 3BBRA 3RNNA 5ITPA 3KC1A 4Z7EA 3GXAA 3RTWB 1MXZA 4YMBA 3TAJA 1I6AA 4PFUA 4N07A 2Y5KA 3TELA 1HSLA 1JW4A 3V89B 1M5CA 1N04A 4R72A 4NG7A 1RDZA 3IB2A 5L9SA 1WDNA 3C4MA 1M5BA 2Z8DA 2ZYMA 4U21A 4RY1A 5DVIA 4O3AA 5TPAA 4OHNA 3U65A 4G2ZA 4GLIA 4UA8A 3OENA 1LBZA 1SW1A 4UABA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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