4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
4H5GA 3RGYA 1II5A 4WEDA 4EDPA 1Y3NA 1FQAA 3ZS6A 4G77A 1A99A 4L17A 4FATA 1B52A 1N7XA 1MM7A 4H0WA 3PPOA 1MQJA 3E13X 1OQGA 1FQEA 4FECA 3TTRA 4FIMA 1UTHB 4O3AA 1SW5A 5AA2A 3FV1A 2GHAA 4M1VA 1MPCA 2GH9A 2NOOA 1SD3A 4IO4A 3T96B 1JW5A 2O6AA 3KOTA 3EHSA 3OSRA 4HW8A 4F31B 2V3TA 1B46A 1USYE 1MPBA 3PUZE 3FUZA 2XXIA 3PMXA 3M3KA 1OIBA 4G68B 4PFWA 4RY1A 4I8CA 3C34A 2I3VA 2GHBA 4R6YA 3KJTA 3QK6A 3MJNA 1TFAA 1UTBA 1H44A 2ONSA 1L5TA 3MZ9A 3O66A 3L6GA 4OFJA 2X26A 2WOKA 3AXFA 3K1MA 2OCUA 4THIA 5KCJB 4OXVA 3IX1A 3K1PA 4M4GA 3CIJA 1MH3A 4C1TA 1M5BA 3PMWA 4P0GA 3DRIA 1I6BA 1VR5A 1MQIA 1US4A 2DWJA 4LP2B 3D4GA 5I57A 5CM6A 2ZYNA 3R7XA 4I1DA 3S4UA 4JWOA 3GXAA 3USDA 4KPTA 1AOVA 4ZS9A 2HCAA 3H6TA 1D9VA 2F97A 1IZ1A 3PPRA 4FEBA 1LCFA 2Q8JA 3PUVE 1LBCA 2I3WA 4NWDA 4IB2A 3Q27A 3U8QA 3DP4A 1IQ7A 2PVUA 4ND9A 2QL3A 2P0SA 2NVUB 4XKQA 4Q30B 4GVOA 2B4LA 1WDNA 3FXQA 1KWHA 2GFEA 1B4HA 3EQ1A 1S9TA 1XVXA 3MQ9A 3OXNA 3I5OA 2ZNSA 4FEDA 4OWDA 2HZKA 4IO5A 2QMWA 3SERA 3MP1A 3BKIB 3Q26A 3PD9A 3RT8A 1SYHA 2CZLA 3PUXE 5FHMA 1LAXA 2Q2AA 1USYH 3O2AA 5H8QA 3SESA 3C31A 1LCTA 3OMBA 2PMSA 3DP6A 4RK9A 4LQ2A 1NNFA 3KGCA 2I4BA 1SVXB 1MY1A 2XXUA 3RLFE 3U94A 4ZDMA 4GRKA 3E4RA 3DRKA 3IK6B 3CSGA 2DWAA 3M8UA 3B7DA 2A5TA 3A09A 2VD3A 5TU0A 3KFMA 2I0CA 1BLFA 3TCHA 3OENA 3SEUA 3DRJA 1BP5A 4DXUA 1MQDA 4GIZA 3DRGA 3TCGA 3H6WA 1N7WA 2ABHA 1N3XA 5DEXB 3HSTA 4XKRA 2DWIA 4N6PA 3C35A 1LSTA 2DOJA 2PBWA 3K00A 5DVIA 4TQUQ 2F34A 3WAFA 4E0WA 3DRHA 2B65A 2DSFA 3QIMA 1MY2A 2M8CA 4FORA 2NUVA 3EF7A 4F3GA 2D3IA 4GL0A 3C4MA 5DVJA 3KZGA 2Z23A 3M3LA 1NH8A 2XXXA 4ESXA 4NF5B 4OEVA 3G3HA 2HFBA 5JEIA 4NEDA 1DPEA 4JBZA 4YB6A 1FTKA 1EZPA 2Y7WA 4EQBA 5TP9B 4H6DA 4O3BA 1BKAA 3KG2A 4RXLA 1JETA 2WOLA 3KN3A 1P1UA 4G8NA 1AL3A 4U23A 3QAXA 1HSEA 1ANFA 4H8IA 2V84A 1XHYA 1FTOA 1P1NA 3ILUB 4F2OA 2A5SA 4NMYA 3TEPA 4QFPA 4NTLA 1QUJA 3KEIA 4BDOA 1MPDA 3IB0A 4P11A 1ZJLA 3PUWE 3TODA 1NNTA 1IEJA 4I62A 3TDJA 3E3KA 3T9XB 3LVUA 3RYBA 3SETA 3RY3A 1MXUA 1MXWA 1OMPA 1D9YA 2OWTA 1H76A 4U22A 1FTMA 1R9LA 3UIFA 3TTLA 2W7YA 4K3FA 3LUYA 1NMUA 2RCAA 3V83A 2O7UA 4OFOA 1R9QA 1Y3PA 4KD5A 3CR9A 2UVGA 2VD2A 1GR2A 3O97A 3VLUA 1B7HA 2OK2A 3TTKA 1NL5A 4G4PA 3H6UA 5K2XA 1I69A 4NF6B 4G68C 1XS5A 1R6ZA 3C9HA 5CMKA 4DCXA 2UXAA 2YPNA 2GRVA 2HXWA 3VVEA 4KI0E 3H03A 1Z7NE 3LBSA 1JW4A 4ZEKA 4GXAA 3TELA 3S9NC 3S9LC 5I56B 5BUUA 2I49A 4R9FA 1ZMGA 1IIWA 1D3KA 3KBRA 1Q35A 4RPOA 2QSXA 3MUQA 4AB5A 4YMBA 1HSJA 4RYAA 4QFOA 4JWXA 2V3QA 4ISUA 1LFHA 3RYAA 1ZLQA 4OYVA 1O64A 2YLNA 5HPQA 3LC8A 5AA1A 5CBSA 4WXJA 1UIUA 2Q9TA 1S50A 3IORA 2UYFA 3CI8A 4KQPA 3Q25A 3OEMA 4G2ZA 1S7YA 3DLNA 3QXMA 1EU8A 1FCKA 3E9XA 4QHQA 2B3BA 4H65A 1MY3A 4ZEDA 4PE5B 2H98A 2DVZA 4ZZAA 4F1UA 4IY6A 1ATGA 3T9HB 3TUSA 3O6GA 1OLAA 4F3SA 4YB7A 5L9SA 5F7VA 3CSBA 1URDA 3ONMA 5B70A 1B2HA 3BBRA 1B1XA 1UTHA 4QFKA 1DTGA 4LZ8A 3IOVA 1MQGA 2RC9A 3VDFA 2Y7IA 4KYEA 3O6IA 1XVYA 2Y7KA 3FJMA 1P1QA 3HO7A 2I58A 2F35A 1OVBA 1QUIA 1B05A 2ZNUA 1B3HA 3SEYA 3VE1B 3TZAA 3CG3A 3LSFB 4EXKA 4LZ7A 4DDDA 4F22A 1P1OA 3UGWA 1T0KA 1JEVA 4G68A 5CI5A 3IB1A 3U72A 1N04A 3ILTB 3W9VA 3PV0E 1US5A 4BDLA 3VXBA 1ZKBA 4DIGA 3S9MC 3O9PA 2HZLA 4ZEIA 2F7CA 4N13A 1MDQA 3PPPA 1MH4A 1SQYA 3JYRA 1N0TA 1YPNA 4JSOA 3C32A 1PEBA 4ELQA 3FXRA 4EUOA 5CMCA 3MVXA 3GBAA 1N76A 1LFIA 2QJEA 5KCJA 1NKXA 3IOTA 4YZZA 2DP8A 3CG1A 3FGSA 3CFZA 2WOPA 3G3KA 3TPAA 3TFLA 5K2YA 1NNPA 2V25A 3TQWA 1Z7ME 4KYSA 3N6UA 3RNNA 3MZBA 5DTBA 1ZIUA 4OMBA 2ONRA 3FJGA 2DYXA 3MW0A 3HCQA 3CFXA 4ZEFA 3IR1A 1JVYA 4DXCA 1MRPA 5H8NB 4R75A 4TOZA 1IXIA 1J1NA 3I6VA 4F29A 2AYSA 2Y7RA 3K6UA 4GD5A 4YKIA 4H1XA 4R72A 3TAJA 1MS7A 3QUFA 1OQHA 2IA4A 3K6VA 2O1LA 1VFEA 1TFDA 1GVCA 1IXCA 3OSQA 1Q1KA 2REGA 5AA4B 5I2NB 4N07A 5H8HA 3F11A 5ELVA 3G7WA 4ZE8A 3UORA 3MAMA 3L6HA 1Y9UA 3JV9A 2Z22A 4IGRA 1QKBA 3FVNA 2G29A 2F6PA 2O68A 3OO6A 4PFYA 5H8SA 1LB9A 5KZTA 4JXIA 3K01A 2FA7A 1B51A 4NF8B 4WKMA 3WAEA 2XXQA 2H4IA 1FQBA 3FVKA 4HCYA 1Y20A 2HAVA 5ICQA 2I6EA 1B40A 3H6VA 1CE2A 1FW0A 1M5DA 1LBBA 3VXCA 1B5IA 1A40A 5ITOA 3VVFA 2QS3A 4IY5A 4C1UA 3RQTA 3THIA 3UK4A 4XKPA 2D5WA 5TPAB 3H3GA 1B58A 4U1ZA 2H5YA 4JDFA 2O1MA 3C33A 3UA8A 4U1OA 4QF9A 3H7MA 5DYHA 1NNKA 1VE4A 3TTNA 4Q0CA 3DP8A 5H8FB 4KCDA 4WEPA 5A5XB 4OETA 3OO8A 1PBPA 4RJZA 3HHFA 1FQFA 5L8DA 2XHDA 3OOAA 4OEUA 4NF4B 4JSDA 3B6WA 1MY4A 2R9JA 5DEXA 1ZU0A 3K1NA 1SDXA 2D21A 4JWYA 3VLWA 1GTKA 3U92A 3U93A 1P99A 4GF8A 1MXZA 1ZTYA 3CHGA 3MC2A 1HSLA 1IXHA 3GLBA 2RC7A 2UVJA 3MWBA 5FHOA 2AL5A 4MLVA 3EPEA 5AE4A 1UIVA 3MBPA 1O7TA 3G3JA 3LSWA 1F9BA 1H43A 1B9JA 3D4CA 2B4MA 2BJJX 4QRZA 2V3UA 2ZXTA 3U1OA 4NF5A 5I58B 1PB7A 4IO2A 2IEEA 2XX8A 1PB9A 3G3GA 2ZYMA 3SEXA 5TP9A 4OFLA 2ZYOA 3W9WA 3IL1B 3FTOA 1B3EA 1H45A 3OELA 4QSEA 2DXYA 3OO7A 3BFUA 3GZGA 4OVJA 3M3FA 5JTYB 4GXSB 4F1YA 4U4XA 4QSDA 2I0BA 5I84A 2OZZA 2Y84A 1EH3A 1B3LA 4TLLB 4RNSA 2F7AA 4LATA 2THIA 3RUMA 4POWA 4YKJA 3KSXA 4FE8A 2XXRA 3IJOB 3IOUA 3PMVA 2ONKE 2ALUA 5IAIA 5FHNA 1Y4TA 4AQ4A 2O51A 2XXVA 2XX9A 3LSXA 1IXGA 2Z8EA 3OO9A 4GL8A 1M5CA 2RINA 4C0RA 4HS7A 3SKPA 4I9DA 3PU5A 2R71A 3G3IA 3QUJA 4NF6A 1LB8A 2QS4A 1ZBMA 3PD8A 3FVOA 1I6AA 3SEWA 1B7UA 1JNFA 5FTHA 2OWSA 5KDTB 1B6HA 4ESWA 2HQ0A 3OD7A 1UQWA 4KCCA 5I2KB 1BIYA 3DELB 5DT6A 5I59B 2ESNA 3DRFA 1DPPA 1SI1A 3ECRA 5I56A 4EF2A 3VLVA 5FTIA 4IO7A 1TXFA 4LQ5A 4U4SA 2OJTA 3FATA 5HM4B 4U21A 4YICA 4OESA 4YKKA 3RT6B 4Z0IA 2DWHA 4F2QA 3ZKKA 3N5LA 1B32A 4ZZEA 2F7BA 3SEVA 2ZMBA 3CRBA 4FJPA 3A3UA 2PYYA 3R26A 3RTFB 5ISUA 4BDMA 4Z7EA 1MXVA 4PFUA 1FQCA 3O6PA 1B5HA 2AIXA 1B0LA 3VV5A 2YJPA 1TT1A 4BDNA 5AA2B 3MVYA 1DOTA 5CRYA 2RF1A 3MZ1A 2CMOA 1GV8A 1A54A 3MP6A 1LFGA 4UA8A 4NWCA 2H9BA 1POY1 3W15C 5HBCA 1SW1A 4BDRA 4Q8RA 2V93A 2I48A 3PPNA 4O3CA 4EF1A 2REJA 3KOSA 3K6WA 3QSLA 3TTMA 3C36A 1LAHE 5AA3A 3A3CA 3Q29A 4LUBA 3MVWA 3EHTA 4XXUA 4EXLA 3EHUA 1UTBB 4RA1A 2H99A 3N6TA 3KSJA 4MH5A 4DCYA 2XXPA 2VP1A 2ANJA 3FJ7A 2DXRA 3MPLA 1QVSA 4GWOA 3ZKLA 1YTVA 4PP0A 4GOTA 1WODA 3V89B 4YB5A 1FTJA 2B3FA 3IOWA 1MXXA 2P1SA 4QSCA 5ITPA 1MQHA 4MLQA 5I57B 2FNCA 1MXYA 4TLMB 2OBGA 1N84A 1AH5A 2X7PA 4YAHX 4F19A 2Q2CA 1A8FA 1YCJA 3BFTA 1SI0A 3V8XB 3FASA 3V5AA 3R6UA 1PBQA 2NXOA 3ODBA 5BWJA 1QW0A 4ONYA 1PB8A 4GQOA 5ICTA 4RPNA 3H4ZA 4POXA 3TKDA 1GGGA 1QKAA 4ZE9A 2Q89A 4ELPA 1OLCA 3S2VA 2DVCA 5JK4A 5F1QA 3FVGA 3LR1A 1XC1A 3RN8A 2QPQA 2RKMA 5H8NA 5H8QB 3FZVA 3O6HA 3FIRA 3JZJA 3HHGA 5H8HB 4ZECA 2UVHA 4QFLA 2P2AA 5CBRA 5CC2A 1A55A 1MM6A 2RCBA 2R6GE 4PQJA 3HN0A 3KJ7A 1POTA 4YU0A 1RYXA 4X48A 1MG1A 1URGA 5EYFA 3H06B 5AA4A 5I2NA 3MP8A 3MPKA 4XTCQ 4HTGA 4LA9A 4IO3A 1A7LA 1M5EA 1DSNA 2KLFA 5L9OA 4FAJA 4MF3A 1B1HA 2A5TB 1VFDA 1LLSA 4YMAA 2QS1A 4P0IA 1LAFE 2XXTA 2DQVA 4LONB 5L9MA 4DZ1A 1B4ZA 1QJMA 4NF8A 2UYEA 4RK2A 2QRYA 4BDQA 3RTWB 3K4UA 2AL4A 5J1DA 3TCFA 1JVXA 1D4NA 1SW2A 3HPIA 1QUKA 4R6HA 1BTJA 2E0SA 3IO4A 4XIGQ 4OZ9A 1A8EA 3FXUA 3GBBA 1LGBC 4F3PA 2Q88A 2F8DA 3T66A 5TPAA 4PFTA 3PAMA 1N3WA 2PT2A 2Y7PA 2Z8FA 4F18A 2G93A 2DE2A 1I6QA 3LSLA 1AMFA 2ZYKA 5H8FA 2F5XA 3EN3A 5A5XA 3KN8A 2XX7A 4U2RA 4LZ5A 4MFIA 3IB2A 2PT1A 1SW4A 1B5JA 1JQFA 1XT8A 4NF4A 1B3FA 1JEUA 3K02A 2WKYA 3I3VA 5LOMA 1RKMA 2O69A 2H25A 3MVZA 3PUYE 1MDP1 1FTLA 3K2DA 1VSOA 3ZSFA 2I4CA 4H5FA 4DLDA 3TMGA 4GFRA 3IAZA 1M5FA 1URSA 4NE4A 4PETA 4JB7A 4KFQA 3N26A 2DE4A 2DS9A 3B6TA 4IO6A 1Y1MA 4LVQA 3SDFA 4OERA 2QS2A 1ELJA 1IITA 1NH7A 3PPQA 4H67A 4YKPA 3CVGA 4E0XA 2F36A 3O28A 5I58A 1H3DA 3O29A 4ECFA 4ZEBA 4KYDA 3VVDA 2X7QA 1Y1ZA 5AA2D 2DE3A 2XD3A 3UP9A 3B6QA 5EHMA 3T9UA 4EQ7A 2RC8A 4OTEA 4G8HA 5M2VA 4R9GA 2HEUA 3G3FA 1XOCA 3N94A 4BLAA 2PX1A 4XKNA 2QMXA 5EHSA 2NWJA 3IJXB 4X1DA 2VHAA 4MBPA 1QULA 4R73A 2Z8DA 1YAEA 2OLBA 5JTYA 2XXWA 2LAOA 5CMBA 5B7DA 1TWYA 4HCWA 5CMMA 3VFJA 3T22A 3UN6A 3HV1A 1AIVA 3FD3A 4H8JA 3IO6A 3DM0A 1P1WA 4AB6A 4DXBA 3KN7A 4F39A 2F78A 2XXYA 1SYIA 1O63A 1IUDA 3QYTA 3TYHA 4KHZE 3T93B 2E1SA 5DVFA 1CB6A 3Q28A 4KR5A 3FV2A 4UACA 4QFNA 2VOZA 4F1VA 4ELOA 1SBPA 3S9EA 3K6XA 4OQOA 4EQ9A 1EZOA 4DE8A 4ELRA 4OHNA 1WVJA 1OVTA 3TQLA 4X9TA 4R6KA 1DMBA 2F6GA 1Y3QA 2O7IA 4GLIA 4IGTA 4OENA 4R74A 1DTZA 1B7ZA 1FQDA 2XD2A 4X1BA 1RYOA 2VGQA 4G8MA 1LAGE 1EZ9A 2FYIA 1MY0A 3PGFA 5KDTA 2UVIA 1NFTA 1B0HA 5I2KA 1R1NA 5I59A 2ZNTA 2XXHA 3P7IA 4Q5TA 4R2FA 3K0VA 4R2BA 5IKBA 2O84X 3T9VA 3CFLA 2HAUA 1PDAA 3OEKA 4F3BA 1Y4CA 1B3GA 1JW1A 3RPWA 1PC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H5GA 3RGYA 1II5A 3D1RA 4HE0A 1FJ9A 4WEDA 4EDPA 1Y3NA 1FQAA 3ZS6A 4G77A 2ZZXA 1A99A 4L17A 4FATA 2VPOA 1B52A 1N7XA 1MM7A 4H0WA 3PPOA 1MQJA 3E13X 1OQGA 4PF6A 1FQEA 4FECA 3TTRA 4FIMA 4NF0A 1UTHB 4O3AA 1SW5A 1RDYA 4OA4A 4DI3D 5AA2A 4GX6A 3FV1A 2GHAA 4M1VA 1MPCA 2GH9A 2NOOA 1SD3A 4IO4A 3T96B 1JW5A 2O6AA 3KOTA 3EHSA 3OSRA 4HW8A 4NX1A 4F31B 4X8RA 2V3TA 1B46A 1USYE 1MPBA 3PUZE 3FUZA 2XXIA 3PMXA 3M3KA 1OIBA 4G68B 4O94A 1VDWA 4PFWA 4PFIA 4RY1A 4I8CA 3C34A 2I3VA 2GHBA 4R6YA 3KJTA 3QK6A 3MJNA 2WYKA 1TFAA 1UTBA 1H44A 4N15A 2ONSA 1L5TA 4JVIA 3MZ9A 3O66A 3L6GA 1FBGA 4OFJA 2X26A 2WOKA 3AXFA 3K1MA 2OCUA 4THIA 5KCJB 4OXVA 1SPIA 3IX1A 3K1PA 4PGPA 4M4GA 3CIJA 1MH3A 4PGNA 4C1TA 1M5BA 4G61A 1NI9A 3PMWA 4P0GA 1Q9DA 3DRIA 1I6BA 1VR5A 3QMFA 1MQIA 1US4A 2DWJA 4LP2B 3D4GA 5I57A 5CM6A 2ZYNA 3R7XA 4I1DA 3S4UA 4JWOA 2QVUA 1DBZA 3GXAA 3USDA 4KPTA 1AOVA 4ZS9A 1NUYA 2HCAA 3H6TA 1D9VA 2F97A 1IZ1A 3PPRA 4FEBA 1LCFA 2Q8JA 3PUVE 1LBCA 2I3WA 4NWDA 4IB2A 3Q27A 3U8QA 3DP4A 1IQ7A 1FPKA 4NGUA 4PBQA 2PVUA 4ND9A 2QL3A 3EKIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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