4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
b'FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
2DWJA 4FE8A 3MP1A 2GFEA 1MXUA 2NWJA 3D4CA 1XVXA 3L6HA 1XC1A 1ZJLA 1AH5A 2Y7KA 3CI8A 4L17A 4G68B 1VSOA 5H8SA 5I59A 5FHNA 4LZ7A 3SEWA 3FJMA 1R1NA 1GVCA 3E3KA 3HHGA 2OWSA 2AL4A 1JQFA 2I4CA 4GVOA 2O1LA 1ZU0A 3TCGA 5CM6A 1BKAA 4JWXA 3CR9A 3G3HA 1SI0A 5KZTA 1JW5A 1O7TA 1FTOA 5BWJA 1UTHA 1QJMA 3A3CA 5EHMA 1FQDA 2F7AA 2DWAA 3VXBA 3E9XA 4U1ZA 2DWHA 4U21A 4M4GA 3IOTA 1TT1A 4TQUQ 2B65A 1B51A 2ZNUA 3FVNA 1B4HA 4NEDA 2QS2A 1JW1A 1GTKA 4ZEFA 3V8XB 2UYEA 1PC3A 3DRGA 4P11A 4AB6A 3DP8A 4QFPA 4POXA 5K2YA 3FUZA 5AA2B 3VLUA 3DRJA 4ZE8A 2DE4A 3QXMA 1OQHA 2E1SA 4WEDA 2R9JA 3UORA 3C31A 2H4IA 1D3KA 4DZ1A 1MXWA 3K6WA 1B05A 2ONKE 2DXRA 2ABHA 1N3XA 1FTKA 3IJOB 1RKMA 4MLQA 3I3VA 3IX1A 4IB2A 1GV8A 3B7DA 4F1VA 1H43A 1IXHA 2QMXA 3Q28A 3GBAA 1A54A 1MG1A 1N76A 4KPTA 3B6WA 4MF3A 4IO5A 2DXYA 3UK4A 3TYHA 4RYAA 2DP8A 4PETA 4BLAA 3ILTB 3S9LC 3O6PA 4AQ4A 4OFOA 1QKBA 2H9BA 4FEDA 1B5IA 2F7BA 5AE4A 3IOVA 1B7ZA 4ZEDA 4BDLA 1SW5A 1FW0A 1XT8A 4G77A 4PFYA 3DRIA 1SVXB 4YMBA 3SEUA 4GD5A 4R74A 1MXYA 4ZEKA 2OLBA 2I0CA 4G8NA 2DOJA 3PAMA 3OSRA 4LZ5A 5L9SA 1WDNA 3FV2A 1LCTA 1SI1A 4FIMA 4UACA 3VVFA 3LBSA 4KR5A 3K0VA 1B9JA 3QAXA 2FNCA 1XS5A 2F35A 3BFTA 3GBBA 4QHQA 4X1BA 1N0TA 1DOTA 3RT6B 3IOUA 3M8UA 1MRPA 1ZTYA 1BP5A 2V84A 3OD7A 4U23A 4EUOA 2OWTA 3PMVA 2RCBA 3G3FA 3RPWA 2QL3A 3MZ9A 1OQGA 2E0SA 3OO9A 2ZYKA 4AB5A 1EZ9A 3UP9A 4R2FA 1H76A 1B52A 4PP0A 3CHGA 2R6GE 3VLWA 1LAFE 1EZOA 2F36A 3C9HA 4YKJA 2F7CA 1PBQA 3OO7A 4OVJA 3LSWA 3HV1A 1IZ1A 3OXNA 1MPBA 3LC8A 4H8JA 3LSLA 5I2KA 4X48A 3PD8A 2Z23A 1Y3PA 5DTBA 3U94A 3OEMA 2WOPA 5H8HA 1A55A 5I58B 4RPNA 4MFIA 1Y4TA 1A8FA 3C35A 3EHTA 3T9VA 1JW4A 3IO4A 2HEUA 4NWCA 4ELPA 2YJPA 3DP6A 4KCCA 1EH3A 4PFTA 4XIGQ 3OENA 1ZMGA 3M3LA 3HHFA 2XX8A 3TQLA 3ODBA 3OSQA 4PFUA 2REGA 4H1XA 2RC8A 4EDPA 4MLVA 4OESA 5CMMA 1MQIA 3PV0E 4RXLA 3A3UA 4WKMA 1URSA 1PB9A 1Y20A 4JWOA 2QMWA 4ISUA 4U2RA 3QIMA 1MPDA 2H98A 1B3HA 1US4A 1UTBA 2IA4A 4DLDA 1MM7A 2OJTA 5H8FB 5I2KB 4NF4B 4ZECA 5TU0A 1HSLA 4IO3A 1MY2A 1LBCA 1M5BA 1A40A 1A99A 3K00A 2A5TA 2UYFA 4IO4A 5KCJA 3H7MA 5I57A 3TTLA 5EHSA 3LSFB 3UA8A 1N84A 4YICA 2F34A 3U8QA 4IGRA 4QF9A 3O6GA 3WAFA 1MQDA 2V25A 4I8CA 5I56A 5DYHA 3F11A 4RJZA 5F1QA 3RUMA 3T66A 1B1HA 4F3PA 4OWDA 3VVEA 1IUDA 3G3JA 1FQBA 3PD9A 3FTOA 4ZE9A 3TKDA 1Z7NE 4IY5A 5IKBA 3I5OA 3MQ9A 2THIA 4H5GA 3SETA 2WKYA 5CBRA 4H67A 2Z8DA 1HSEA 3CSBA 5LOMA 4JSOA 2LAOA 4RA1A 2X7QA 4DCYA 3KFMA 3QUJA 1UTBB 3ECRA 1EU8A 3CG1A 4XKRA 2F8DA 4DDDA 4LZ8A 4NTLA 1CB6A 1FCKA 4F39A 1IEJA 2QS1A 5KCJB 1MM6A 4OMBA 2Y7IA 3CG3A 4YB5A 3G3GA 4ZZEA 5I57B 1B2HA 4YZZA 3PPPA 4XKQA 1LB8A 4PQJA 4Z7EA 5A5XA 1YPNA 1WODA 1B3EA 3TFLA 2GHAA 3ZKLA 4NWDA 3KN3A 3MVXA 5I56B 1MDP1 2NUVA 3BFUA 1NFTA 5AA2A 3HCQA 2PX1A 3KSJA 5HPQA 2B3BA 3WAEA 1Y1ZA 4OEUA 1O63A 1Q1KA 4RNSA 1QVSA 2HAVA 3IK6B 1A8EA 5CBSA 4RK9A 1N04A 1CE2A 3PPOA 3ZS6A 3VXCA 3G7WA 4QSCA 1XVYA 3K1NA 3LSXA 4F19A 1FTLA 1B0LA 4U22A 3IAZA 5K2XA 1LFGA 1RYOA 4ELOA 3RQTA 5EYFA 2PMSA 2Q89A 3CFLA 1SQYA 4F3SA 5CMKA 4Q5TA 2PBWA 3L6GA 2ZNSA 1YAEA 2RC9A 3JYRA 1N7XA 2HXWA 4R6YA 1Y3QA 2HZKA 1PBPA 5JTYB 3IB0A 2XXRA 3FXRA 2ZYOA 3FZVA 5A5XB 4N07A 4I1DA 2Q8JA 1FTJA 2QS3A 4QFLA 3T9UA 2RCAA 4DE8A 1ZKBA 4KFQA 3TDJA 3OELA 5DVFA 4ESXA 4BDOA 3SEXA 3V5AA 4ELRA 1YCJA 1LSTA 3Q26A 5AA1A 3EHSA 4OFLA 3LVUA 4G68C 5JEIA 4OQOA 2X26A 5J1DA 4EXKA 5IAIA 3MW0A 3W15C 4Z0IA 1EZPA 2V3TA 3SEYA 2CMOA 1P1QA 3O6IA 3U1OA 3HSTA 1VE4A 4OERA 3DELB 3PUZE 4HS7A 3HN0A 2GHBA 1OLCA 3CFZA 2O68A 4IO6A 3CVGA 3I6VA 2VP1A 4ND9A 4R73A 4BDMA 1NMUA 4OXVA 1D9VA 1FQAA 3VDFA 1JVYA 1DTZA 2XD3A 3SDFA 3OO8A 4G2ZA 3FXQA 4M1VA 2ALUA 2Q2CA 3IB2A 2Z8EA 1Q35A 2XXQA 3CRBA 5CMCA 4RK2A 2UXAA 2V93A 2GRVA 1AIVA 1J1NA 4R9GA 4QFNA 5F7VA 4FJPA 3DLNA 3ONMA 1QUKA 4C1TA 3T9HB 1B58A 2ZNTA 2V3UA 3H6UA 3RYBA 3PMXA 2I3WA 1JETA 5ISUA 3K2DA 5I58A 4ZDMA 4LP2B 2OZZA 1QW0A 3H3GA 2DE3A 3SERA 2HFBA 3P7IA 5ICQA 4IO7A 1NL5A 4FAJA 1MPCA 3FD3A 2AYSA 4YKPA 3Q25A 1NNKA 5ITOA 2W7YA 4OETA 5I2NA 3PUWE 2O51A 4F2QA 1Y9UA 4X1DA 3KG2A 4OHNA 3MZBA 4KYEA 4NF6A 2OK2A 4ECFA 4HCWA 1ZIUA 1S9TA 3VFJA 3N6TA 1MY3A 2HCAA 2ONRA 3PUYE 4I62A 3RN8A 1LB9A 4XXUA 2Q88A 2P1SA 4OEVA 5CC2A 5H8FA 3FATA 4NF4A 3MC2A 3T93B 2DWIA 4GWOA 4TLLB 1VFDA 3MPKA 2RKMA 1P1NA 1N3WA 1JEUA 1Y1MA 3N5LA 1GGGA 3MP6A 1DPPA 2H5YA 1MXVA 2R71A 4MH5A 2XXTA 1AMFA 1R9QA 1DTGA 5TPAB 3TZAA 3H4ZA 3PUXE 2Z8FA 4E0XA 1B3FA 4HTGA 1F9BA 2Y84A 3C33A 2FYIA 1OIBA 5I2NB 1OMPA 3DRHA 1B3GA 3W9WA 1LAXA 5ITPA 1TXFA 1O64A 4JSDA 4G4PA 1VFEA 3MAMA 1L5TA 2ZYMA 5BUUA 3CFXA 5DEXB 4NF6B 3S2VA 3IO6A 4O3CA 2GH9A 2HZLA 5CMBA 2XXIA 3UGWA 5B7DA 3DM0A 3EF7A 3QK6A 4FORA 3KJTA 3TODA 5TP9B 4JDFA 4U1OA 3MP8A 3JV9A 1NNTA 2I48A 1OVTA 2D21A 3MZ1A 1JVXA 3AXFA 3TEPA 2Q9TA 4POWA 5FTHA 5CI5A 3TTRA 1FQCA 1Z7ME 2F5XA 2ESNA 1II5A 1SW4A 4NF8A 4FATA 3OO6A 3R26A 4XTCQ 2P0SA 3KOTA 4OENA 5FTIA 4KYSA 1LAHE 2M8CA 3FJ7A 1TWYA 2RINA 2XXUA 4OTEA 4G8MA 1I6QA 4GQOA 4IO2A 4R2BA 4U4SA 4GL0A 4MBPA 2XXVA 1D9YA 1SDXA 3MVZA 3TTMA 4TOZA 3FVOA 5FHMA 2V3QA 2UVJA 3C32A 5DVIA 1LCFA 3DRFA 3S9EA 3U92A 2BJJX 4ESWA 4NE4A 3EN3A 1FQEA 3K1MA 1NNFA 4GIZA 4KHZE 1SW1A 1SYHA 3RY3A 2VOZA 2P2AA 4YB7A 1R9LA 4LQ5A 4WXJA 3K01A 4GXAA 1P1OA 2I49A 3IOWA 1QULA 3GXAA 2VD2A 4LVQA 2I4BA 3UIFA 4K3FA 4Q30B 1LFHA 4KD5A 1NH8A 2I6EA 1I6BA 1IITA 4EF2A 1P1UA 3T9XB 3O6HA 1T0KA 2F6PA 2HQ0A 3ZKKA 3TPAA 4NF8B 3RLFE 2UVHA 4FEBA 4LUBA 5JTYA 2VD3A 3KN7A 1MDQA 4F1UA 2Y7PA 3TCHA 2NVUB 1N7WA 4F29A 1ATGA 3TMGA 1MQHA 4JBZA 2WOKA 1P1WA 4RPOA 2I0BA 4XKNA 4IY6A 5FHOA 3N26A 4THIA 2NXOA 5L9MA 4ONYA 1SD3A 4QFKA 3RTFB 3GZGA 1LBBA 2DVZA 3B6TA 1IQ7A 2DYXA 2OCUA 4ZZAA 2ZXTA 1P99A 4F3BA 3OEKA 3O66A 3SEVA 4P0GA 3S9MC 2IEEA 1H3DA 4DXBA 4O3AA 4UA8A 2YLNA 3BBRA 1GR2A 1B46A 5AA2D 3H6WA 3IORA 1OVBA 1B40A 3PUVE 4H6DA 3VLVA 1MS7A 2RF1A 2G93A 2REJA 4Q0CA 5AA4A 3MJNA 1MY4A 3O97A 3BKIB 1B5HA 3C4MA 1BIYA 2RC7A 1B3LA 3N94A 2DVCA 3R7XA 1USYH 2O7UA 2H99A 3K02A 3KN8A 3RTWB 3OOAA 3JZJA 3IJXB 1I6AA 3TTNA 3EQ1A 1UIVA 3MPLA 3IR1A 4G8HA 3TTKA 5L8DA 2FA7A 3O28A 2O84X 2F6GA 1B4ZA 4YKKA 2ONSA 3V83A 4TLMB 2I58A 1SYIA 3N6UA 1US5A 5ICTA 2B3FA 1MXXA 2DS9A 1IXGA 2DE2A 3B6QA 1VR5A 2DQVA 1A7LA 2B4MA 3VV5A 3FV1A 1IXCA 2H25A 3DP4A 4GRKA 1URGA 1USYE 2AIXA 3S4UA 1Y4CA 3M3FA 5I59B 3TCFA 5L9OA 5AA4B 1PB8A 1RYXA 2ZYNA 3QSLA 4BDRA 3K4UA 4EQ7A 2Y7RA 2NOOA 1M5CA 1QUIA 3LUYA 4KCDA 1POY1 1LGBC 4OZ9A 5AA3A 4YKIA 1FTMA 1B5JA 2F78A 4F2OA 2QS4A 1UTHB 4LA9A 1BTJA 2XX7A 2Q2AA 1AL3A 1FQFA 3MVWA 2B4LA 2O1MA 4LATA 3D4GA 3E13X 3C36A 4GFRA 4QRZA 4F3GA 3IL1B 2A5SA 4ZS9A 1MY0A 2VHAA 2Y7WA 3PPNA 3E4RA 2HAUA 4HW8A 3S9NC 5M2VA 1XHYA 4DXCA 1DPEA 2D3IA 3A09A 1S50A 3MWBA 4XKPA 1SBPA 1M5FA 3TQWA 2ZMBA 1JEVA 3C34A 4H0WA 2PT2A 3HO7A 3USDA 3KGCA 3QUFA 4DCXA 1MY1A 3PPQA 4LQ2A 2I3VA 3LR1A 2X7PA 1XOCA 1NNPA 3EPEA 4H5FA 4F31B 3U93A 4ZEBA 4QSDA 1M5DA 2QPQA 3PGFA 5TPAA 1WVJA 1PDAA 4JXIA 1YTVA 3KSXA 4U4XA 4YMAA 2Z22A 3KEIA 1JNFA 3IB1A 4GF8A 4R6HA 3SKPA 3CSGA 4EXLA 4F1YA 1LLSA 4O3BA 4P0IA 5H8NA 2QJEA 4JWYA 2O6AA 3H06B 1URDA 3R6UA 5HM4B 4R72A 4GL8A 1S7YA 3TAJA 5DEXA 4R9FA 2XXYA 4YAHX 1MH3A 1B0HA 1ZLQA 5DT6A 4EF1A 1KWHA 5TP9A 5HBCA 2AL5A 1B7UA 1MXZA 3O9PA 1IIWA 4EQ9A 3V89B 4BDNA 2QSXA 2XD2A 3VVDA 1OLAA 1LFIA 2XXPA 5H8QA 3QYTA 4GLIA 1SW2A 4ELQA 3FGSA 4NF5A 2O7IA 3DRKA 2UVIA 2O69A 3RYAA 1B32A 2PT1A 2DSFA 2D5WA 1AOVA 3KBRA 1NKXA 3PU5A 4N6PA 2VGQA 3FJGA 3K6XA 1ZBMA 2KLFA 3KOSA 4E0WA 4HCYA 2XX9A 5CRYA 3O29A 5H8NB 4EQBA 3EHUA 3G3IA 3ILUB 3PPRA 4C1UA 1DSNA 3OMBA 4GOTA 5KDTA 2OBGA 1TFAA 1M5EA 2XXWA 1PB7A 3KJ7A 4R75A 1HSJA 3O2AA 1LAGE 2XXHA 3FASA 3ZSFA 2QRYA 2CZLA 3RT8A 4KYDA 4QSEA 4YU0A 5H8QB 1POTA 3TUSA 3SESA 4IGTA 4NF5B 4JB7A 3K1PA 1I69A 4LONB 4H65A 4DXUA 5ELVA 4R6KA 4OYVA 1QKAA 1BLFA 5H8HB 4BDQA 3RGYA 4H8IA 3FXUA 4X9TA 4RY1A 3MVYA 1ANFA 2PYYA 1R6ZA 3THIA 3MUQA 3H03A 5DVJA 4C0RA 3HPIA 1D4NA 3FIRA 1H45A 4GXSB 5KDTB 1Y3NA 3M3KA 1UQWA 3T22A 4N13A 1MQJA 4KI0E 3MBPA 3G3KA 2G29A 4G68A 1B7HA 3H6TA 3TELA 3PMWA 2YPNA 1ELJA 1B6HA 3K6UA 1H44A 3FVGA 1UIUA 1PEBA 3K6VA 3Q29A 3UN6A 2PVUA 5B70A 3Q27A 4I9DA 4PFWA 3W9VA 4KQPA 3RNNA 3GLBA 3H6VA 4DIGA 4OFJA 2XXXA 4ZEIA 4WEPA 4PE5B 4YB6A 2A5TB 5JK4A 5I84A 4FECA 1TFDA 2XHDA 2UVGA 1IXIA 3FVKA 1B1XA 1MQGA 1DMBA 4Q8RA 2F97A 2WOLA 3CIJA 4QFOA 4F18A 3KZGA 4F22A 1QUJA 1MH4A 4NMYA 3VE1B 3U72A 2ANJA 3T96B 1NH7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DWJA 4FE8A 3HFUA 3MP1A 4PGPA 2GFEA 1MXUA 2NWJA 3D4CA 5I3SA 1XVXA 3L6HA 1XC1A 1ZJLA 1AH5A 2Y7KA 2BJIA 2WBDA 2WX9A 3CI8A 2WEFA 4L17A 5FBPA 4MX6A 4G68B 1VSOA 5H8SA 5I59A 5FHNA 4LZ7A 4PF8A 3SEWA 1IMFA 3FJMA 1R1NA 1GVCA 3E3KA 3HHGA 2OWSA 2AL4A 1JQFA 2I4CA 4GVOA 2O1LA 1ZU0A 3TCGA 5ESYA 5CM6A 1BKAA 2VT5A 4JWXA 3CR9A 3G3HA 1SI0A 5KZTA 4PDDA 1JW5A 1O7TA 1FTOA 5BWJA 1UTHA 1QJMA 3A3CA 5EHMA 1EYIA 4OANA 4AS4A 4GWSA 1FQDA 2F7AA 2DWAA 3VXBA 3E9XA 4U1ZA 2DWHA 4U21A 4M4GA 3IOTA 1TT1A 3D1RA 4TQUQ 2B65A 1B51A 2ZNUA 3FVNA 1B4HA 2P3VA 4NEDA 2QS2A 5I7IA 1JW1A 1GTKA 4ZEFA 3V8XB 2UYEA 1PC3A 3DRGA 4P11A 4AB6A 3DP8A 4QFPA 4POXA 1NUYA 5K2YA 3FUZA 5AA2B 3VLUA 3DRJA 4ZE8A 2DE4A 3QXMA 1OQHA 2E1SA 2DDKA 4WEDA 2R9JA 3UORA 3C31A 1FPIA 2H4IA 1D3KA 4DZ1A 1MXWA 3K6WA 1B05A 2ONKE 2DXRA 2ABHA 4MEVA 1N3XA 1FTKA 3IJOB 1RKMA 4MLQA 3I3VA 3IX1A 4IB2A 1GV8A 2QFLA 3B7DA 4F1VA 1H43A 1IXHA 2QMXA 3Q28A 3GBAA 1A54A 1MG1A 1N76A 4KPTA 3B6WA 4MF3A 4IO5A 2DXYA 5DW8A 3UK4A 3TYHA 4RYAA 2DP8A 4PETA 4BLAA 3ILTB 3S9LC 2JJKA 3O6PA 1CNQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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