4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
3FTOA 4PFYA 2PBWA 2HXWA 2A5SA 1MQDA 2V3QA 2QS1A 1GVCA 1ZTYA 3TTNA 1DMBA 1MXVA 5L9MA 2DOJA 3OXNA 3PUVE 4YU0A 3UA8A 2AIXA 2F6GA 4OXVA 3FIRA 1SW4A 2REGA 3KJ7A 3TKDA 3VE1B 3S9MC 5L9SA 1XC1A 3FV1A 3PV0E 3BBRA 1P1OA 3K6VA 4ND9A 5CMMA 4F1VA 4IGRA 4XXUA 3K6UA 1MXXA 2P1SA 2ONRA 3RLFE 1US5A 3FVGA 3O28A 2G93A 3PPOA 5ISUA 2XXHA 4R6HA 4E0XA 5ICQA 2REJA 4F39A 1NFTA 2D5WA 2HZKA 1QUJA 3CSBA 3G3IA 3HHGA 3QAXA 4K3FA 2DWAA 4F3PA 1XOCA 3IB1A 4ONYA 2XHDA 4OENA 4ZEFA 1MY4A 1NMUA 1MY3A 1H44A 1QJMA 3E13X 1M5CA 2F34A 4YAHX 2ALUA 3OMBA 3R6UA 1OQHA 1TT1A 2Y7WA 4GLIA 4KR5A 3V8XB 3RGYA 2WOLA 3VXCA 1JVXA 1ZIUA 3ECRA 3PMXA 3PPPA 4X48A 3DRFA 1VE4A 3OO7A 4R2FA 5H8NB 4XKRA 3G3GA 5KCJB 4HCWA 4UACA 3V5AA 3H6VA 3M3LA 2IEEA 1I6QA 2OK2A 4IO5A 1Y3QA 4OETA 1R6ZA 4BDQA 1B4ZA 4U4SA 4QFLA 1Z7NE 1ZJLA 4GF8A 2YLNA 1N7WA 3C4MA 1EU8A 3N94A 4G77A 1LBCA 1XVYA 4G8MA 4RK2A 2DXYA 2I6EA 3O6PA 2VP1A 4DXBA 3HO7A 4ZE8A 2DE3A 2HZLA 4F19A 4M4GA 5KDTA 2I0BA 2O51A 1A40A 1B6HA 3C34A 4WXJA 3SERA 2O1LA 1B05A 4LQ5A 1B3FA 2O84X 3K2DA 5BUUA 1LAGE 2DXRA 3IOVA 4HTGA 3CG1A 1O7TA 1FQBA 4I1DA 4F18A 4BDNA 4DIGA 5DVIA 1SW1A 4QFPA 2OBGA 4ISUA 4RPOA 5DEXB 2LAOA 4ZEDA 3TODA 1B5HA 4F3BA 1S9TA 4GVOA 1A8FA 4NF4B 3PAMA 4DZ1A 4JWXA 4FE8A 4H1XA 3DP6A 1B3EA 3FATA 1ZBMA 1NNPA 4OFLA 5FHOA 1N3XA 4EQ7A 4YKPA 5I59B 1MM6A 2GHAA 5AA4A 2B3BA 1ELJA 1JW4A 4X1BA 4TLMB 4F3SA 4F3GA 3CFZA 3B6TA 4ELPA 5TP9A 1H3DA 4BDMA 1N04A 3RYAA 4I8CA 5JTYB 4P0IA 3MP6A 5AE4A 4LZ7A 5HM4B 3SEWA 4MLVA 4ZZAA 3MPLA 3TAJA 5JEIA 4PFTA 5DT6A 1LCTA 3PU5A 1UIUA 2M8CA 3U8QA 5AA2B 3HV1A 1II5A 1B1HA 1IEJA 3IB0A 1AL3A 2XX8A 1B51A 1Y1MA 3GXAA 1UTBA 3MWBA 1MQIA 3FVOA 5ELVA 3MPKA 4DDDA 4IY5A 2O68A 4G68C 2DWJA 3FJ7A 5TPAA 1IZ1A 4NF6A 2B3FA 3TQWA 2PVUA 1OIBA 1P1NA 4Q30B 4H8JA 4AB5A 4JSOA 5HBCA 2ZMBA 3C32A 3L6GA 3RYBA 1YAEA 3KG2A 1MXZA 1M5FA 2UYFA 2XXPA 2PYYA 5H8FB 3W9VA 1MPBA 3RUMA 1MDP1 2Z23A 2Z8EA 4H5FA 2YPNA 1D9VA 4OTEA 3TQLA 2RC7A 1AMFA 3G3JA 3VXBA 1B58A 3N26A 3OD7A 3FXRA 1URDA 5I58A 3MZ9A 1O64A 1BIYA 1US4A 4R6YA 5DYHA 5H8QB 1AOVA 4EQBA 1IIWA 3DRJA 3IOWA 3OO9A 1ZMGA 4NF6B 1SI1A 4OQOA 4U4XA 3DRIA 3SESA 4OFOA 3U72A 1AH5A 3GLBA 1P99A 4OMBA 5I2KB 2OJTA 2ZNTA 2Z22A 1QKAA 3HCQA 5FTHA 3MW0A 1XHYA 3JV9A 5H8QA 1USYH 4BLAA 2QSXA 1P1WA 4ZS9A 1PC3A 1Y4TA 2D21A 3Q25A 1MS7A 1S7YA 2ESNA 3G3KA 2Y7PA 1WODA 4ESWA 2F36A 1NNFA 5B7DA 2F6PA 1A7LA 2ZYOA 4OHNA 1B9JA 1Q1KA 4QFOA 2XXRA 2F7AA 1LB8A 2QS3A 4KPTA 2I58A 5ITOA 1JEVA 1A55A 3O6GA 4NEDA 5EHMA 4LZ5A 4ELRA 2ZYMA 4ECFA 4LQ2A 1Y9UA 2XXVA 5JK4A 5I56A 3DELB 2RKMA 3IJOB 5L9OA 4TOZA 2H25A 3A3CA 3G7WA 3PUZE 5DTBA 4BDLA 2XD2A 2G29A 1LAFE 3C31A 5DEXA 4HW8A 4YZZA 3MC2A 3KN3A 3HSTA 5I2NB 3U92A 3K4UA 1MM7A 1ATGA 3FUZA 3ZKLA 4R73A 5CBSA 3EHUA 1LLSA 4PFUA 3I6VA 4XTCQ 3KEIA 1BKAA 1IITA 3PUYE 2I48A 3DRGA 3MAMA 4E0WA 4KHZE 2DS9A 2H99A 3RY3A 3QSLA 4G8NA 4X9TA 4ZZEA 2DSFA 3TCHA 3O29A 3Q27A 2H9BA 2I4CA 3IOUA 4OFJA 3VDFA 1NNKA 1IXCA 1MDQA 2UXAA 5DVJA 1Y4CA 3FZVA 5I56B 3S9NC 1ZKBA 4H0WA 1URSA 4H65A 4YKKA 1B7ZA 1WVJA 4OYVA 1FTLA 2QMWA 2PX1A 3H7MA 4EUOA 5I57A 1MQGA 4YICA 3C36A 4O3AA 3QUJA 1M5BA 5H8HA 1B40A 3H4ZA 3ZSFA 2I3VA 2Y7KA 1FW0A 1Y3NA 2A5TA 4OESA 2X7QA 4IO4A 3SEXA 4BDRA 3OEMA 2QJEA 1JVYA 3LC8A 4XKQA 4YB6A 2GH9A 1MG1A 5CC2A 1B52A 1JQFA 4OEUA 3KZGA 2BJJX 3O6HA 4C0RA 1N3WA 4PETA 3GZGA 3OO6A 5EYFA 3MJNA 3SKPA 2Q88A 3DP8A 3I5OA 5LOMA 5EHSA 4L17A 4OZ9A 4ESXA 4FJPA 4EF2A 1GR2A 3U94A 4NF4A 1NH8A 2ONKE 3PMWA 1SD3A 4F1YA 1AIVA 1LAHE 5H8FA 4FORA 2VD2A 4R2BA 4QF9A 2QS4A 2VD3A 3GBBA 4M1VA 2NVUB 2V3UA 1MPCA 3H6TA 3V89B 3IK6B 4FAJA 5ITPA 1F9BA 5I2NA 4C1TA 4EXLA 1DPPA 2O69A 3UGWA 1H76A 4QSDA 3D4CA 1T0KA 4LVQA 1N84A 4JWOA 3RQTA 1TWYA 2QRYA 3OSRA 1DPEA 5CRYA 1CB6A 4KCDA 4ELOA 2NOOA 1JEUA 1GGGA 2UVHA 3C35A 4H6DA 3G3FA 4IO7A 4NTLA 2I0CA 3TPAA 1I6BA 3C33A 3IJXB 3O66A 4N13A 4JBZA 5DVFA 5FHNA 1NKXA 3DP4A 4Q0CA 1R9QA 4DLDA 2HFBA 3MZ1A 1BTJA 1GTKA 2XXYA 4PQJA 4RNSA 3OELA 3TFLA 1HSLA 2D3IA 1VFDA 3HPIA 4WEPA 4G8HA 4EDPA 3MP1A 2RF1A 3M3KA 3PGFA 1S50A 1N0TA 3MZBA 4FEDA 1QUIA 2I4BA 1FQCA 1A99A 1LGBC 3MVYA 4H67A 2AL4A 3H3GA 3PPNA 3DRHA 4H5GA 4O3BA 3VLVA 4QFKA 1VSOA 2O1MA 3G3HA 5AA1A 1MPDA 2O7IA 3BFUA 3IO4A 1RYOA 3GBAA 2WKYA 1XT8A 5JTYA 3DM0A 1JW5A 3IO6A 4TLLB 3CG3A 2W7YA 1LFHA 2OCUA 2RINA 1M5DA 3MVWA 4IO3A 1MXYA 4G68A 4RPNA 4F22A 3USDA 5I58B 3CRBA 3LVUA 1OVBA 2RCAA 1M5EA 4G4PA 5A5XA 3QXMA 4ZECA 3U1OA 4MF3A 5TU0A 3CIJA 2ZXTA 1KWHA 1LBBA 4POXA 2FYIA 3KJTA 3DRKA 2XXUA 3UIFA 4N07A 2FNCA 3UK4A 2E0SA 2R6GE 4IO2A 4F29A 1EZPA 4YB5A 3D4GA 3LSXA 1I6AA 3TCGA 1IXIA 2O7UA 3TUSA 1MY1A 3LSLA 1Y20A 3IAZA 2ZNSA 5CI5A 1DSNA 1GV8A 3TELA 4UA8A 2F97A 1B3LA 2VHAA 3K1NA 1B1XA 2QMXA 3FJMA 4MLQA 4GRKA 4U1OA 4U2RA 3VLWA 4GFRA 1UTHB 1BLFA 1Y3PA 5KZTA 4Q5TA 3T9XB 4Z7EA 1SI0A 2XD3A 4DE8A 2Z8FA 2OWSA 4NWDA 3IORA 2F8DA 4QRZA 3N6TA 4HS7A 4OERA 1PB9A 2P2AA 1LFGA 2Y84A 4OWDA 3C9HA 3W9WA 1PBQA 2UVIA 1TFDA 3O6IA 4HCYA 4GWOA 3KN8A 2GRVA 4RXLA 1LFIA 1IQ7A 1Z7ME 4R72A 4DXCA 4EF1A 3JZJA 4IO6A 1UTHA 1JNFA 4NF8B 4P0GA 1OLCA 2P0SA 2B65A 2PMSA 4WEDA 1N76A 4IY6A 4U23A 5H8SA 2DWIA 3H03A 3IOTA 3T66A 2UVJA 3LSFB 1N7XA 4IGTA 3RT6B 3TTKA 1PDAA 3OSQA 1Q35A 4DCYA 3MVZA 1RKMA 2B4LA 2R9JA 2XXXA 5FTIA 2V3TA 4YMBA 2RCBA 2NUVA 4G2ZA 5K2XA 1SDXA 3RPWA 3TMGA 3QUFA 4AB6A 4EXKA 1MQJA 4AQ4A 5I57B 3RN8A 2DE4A 5KCJA 3H6WA 4QSEA 3EF7A 4TQUQ 1POY1 2CMOA 1SQYA 2ONSA 4G68B 4LUBA 3KFMA 1B2HA 1POTA 3JYRA 4GXSB 2THIA 2GHBA 5L8DA 1H45A 3CVGA 3R26A 1IXHA 1SYHA 4PE5B 1A8EA 4F2QA 2UVGA 1B32A 1OVTA 1FQAA 2PT2A 4XKPA 3HN0A 3QIMA 1MY0A 2DYXA 1PEBA 4MH5A 4MFIA 3LR1A 3OEKA 4GIZA 4LA9A 1LCFA 2H5YA 3FXUA 3MVXA 3ILUB 1J1NA 2NWJA 3VFJA 3E9XA 3Q28A 2Z8DA 1IUDA 3I3VA 3TYHA 1MXWA 4I62A 3BKIB 2WOPA 4FECA 4XIGQ 1MQHA 2WOKA 4DCXA 3KOSA 4KFQA 3TDJA 1FQDA 2DVCA 4RJZA 2F7BA 4QSCA 4U22A 3S4UA 1D4NA 2HCAA 1IXGA 1JETA 1UTBB 5H8HB 2I3WA 5FHMA 3PUXE 1YPNA 4YMAA 2F5XA 1UQWA 2Y7IA 4LATA 4RA1A 4YB7A 5KDTB 2I49A 2B4MA 1RYXA 3B6WA 3CFXA 3K6XA 3PPRA 4C1UA 3EHTA 2FA7A 3T96B 3IR1A 4JWYA 1ZU0A 4FIMA 1L5TA 3O9PA 4PFWA 3N6UA 4JDFA 1SW5A 2QPQA 4PP0A 5B70A 3EQ1A 3TTMA 2A5TB 3LSWA 3TTRA 3S9EA 3L6HA 1QVSA 2XX7A 5CBRA 4R9GA 3H6UA 3CSGA 3EN3A 3V83A 2Q9TA 1B3GA 3A09A 3QYTA 5I59A 3KN7A 1P1UA 3K02A 1B0LA 1QUKA 1UIVA 3CHGA 4X1DA 4ZEIA 2ANJA 3PPQA 1B4HA 4QHQA 4ELQA 1NL5A 3FGSA 3KSJA 1XS5A 2DQVA 3FXQA 4KD5A 3THIA 4F1UA 1EZ9A 3M8UA 3T9VA 3W15C 4RYAA 1B46A 1B0HA 4F31B 5BWJA 3PD9A 1PB7A 4OVJA 4RK9A 4RY1A 3ZS6A 2VGQA 1DTZA 2HAVA 2F35A 3MP8A 3B6QA 2XXWA 3SEUA 2DWHA 3LBSA 2HAUA 3FJGA 2AL5A 4MBPA 3Q26A 4H8IA 1B7HA 2GFEA 1H43A 2F78A 1SYIA 3CR9A 4GD5A 3RTFB 5A5XB 5IKBA 4WKMA 4R6KA 3R7XA 1D3KA 3TTLA 2F7CA 1QW0A 4ZE9A 4LONB 3E3KA 4YKIA 2Q2CA 3K1MA 4KQPA 3KSXA 3SEYA 3OO8A 3UN6A 3IX1A 1ANFA 3N5LA 4Q8RA 5AA4B 1FCKA 2YJPA 2R71A 3PUWE 4JB7A 2NXOA 1DTGA 4R74A 2X26A 2PT1A 3MUQA 5CMCA 3OENA 2ZYNA 1P1QA 3UP9A 3ONMA 1MH3A 3SETA 3T9HB 3HHFA 3K1PA 3O97A 5CMBA 5M2VA 5AA2A 2QL3A 2HEUA 4GQOA 4I9DA 1VR5A 1ZLQA 1QULA 3FVKA 4KI0E 2OLBA 4IB2A 4Z0IA 1OLAA 4THIA 3UORA 4F2OA 3CFLA 5F1QA 2KLFA 3P7IA 1PBPA 3TCFA 4QFNA 5K2YA 4FATA 4EQ9A 5I2KA 2Q2AA 2ZNUA 3VVFA 1LAXA 1USYE 2V93A 5AA2D 5CM6A 4ZEBA 3EHSA 2ZYKA 5TPAB 2AYSA 4NMYA 4BDOA 5ICTA 4FEBA 2X7PA 3IL1B 3OOAA 3WAFA 3K0VA 3S2VA 2DVZA 4KYSA 1MRPA 3FD3A 5CMKA 3FV2A 3B7DA 4GL0A 3ODBA 3MQ9A 1FTKA 3VVDA 3QK6A 1B3HA 4YKJA 3TZAA 1EZOA 2QS2A 1A54A 2V25A 3RTWB 4U1ZA 3PD8A 1Y1ZA 1LSTA 1CE2A 2DE2A 3K6WA 4R9FA 1MY2A 1B5IA 3FVNA 3F11A 4U21A 1OQGA 2OZZA 1R9LA 3KBRA 4O3CA 1FTMA 2H98A 4POWA 4ZDMA 2UYEA 1SBPA 4GL8A 1MXUA 3AXFA 1URGA 4LP2B 1MH4A 2Q8JA 4DXUA 2XXQA 2E1SA 4LZ8A 1O63A 1SW2A 2RC8A 3FASA 3M3FA 2O6AA 4GXAA 4KCCA 3TEPA 4OEVA 1NH7A 3BFTA 3SDFA 3U93A 2HQ0A 1XVXA 3KOTA 3MBPA 3EPEA 2CZLA 4XKNA 2XXTA 4JXIA 4NF5B 4KYDA 2IA4A 1YTVA 3RNNA 3VLUA 3K01A 3DLNA 1OMPA 1FQFA 2Y7RA 4KYEA 2DP8A 3E4RA 1TFAA 1B7UA 1SVXB 1BP5A 1JW1A 2V84A 2XXIA 4R75A 4GOTA 5F7VA 2RC9A 3VV5A 3S9LC 1YCJA 1QKBA 1NNTA 2OWTA 4JSDA 2Q89A 4NF8A 3WAEA 3ZKKA 1TXFA 1R1NA 2H4IA 1LB9A 3H06B 4NE4A 3T22A 1HSJA 1DOTA 3O2AA 2ABHA 3PMVA 4NWCA 3T93B 3RT8A 1EH3A 5AA3A 1D9YA 3T9UA 4NF5A 1VFEA 1WDNA 3CI8A 3SEVA 5J1DA 5I84A 1FTJA 3K00A 5H8NA 5HPQA 1FQEA 5TP9B 4ZEKA 3IB2A 1FTOA 3Q29A 3A3UA 1PB8A 3KGCA 4N6PA 3VVEA 1HSEA 3ILTB 3LUYA 1B5JA 4P11A 5IAIA 2VOZA 1I69A 2XX9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YXIA 1MQDA 1NI9A 2V3QA 1DMBA 2DOJA 2F6GA 1SW4A 3TKDA 5L9SA 4N6DA 3BBRA 4IGRA 3K6UA 1RDXA 2XXHA 1NFTA 3QAXA 4ONYA 1NMUA 1MY3A 1QJMA 2F34A 3V8XB 2Y7WA 1JVXA 4R2FA 4HCWA 3H6VA 2IEEA 4PAKA 4GWZA 1Y3QA 2WYKA 1ZJLA 4GF8A 1LBCA 2DXYA 4ZE8A 2HZLA 3SERA 1A40A 3K2DA 3IOVA 1FQBA 5DVIA 1SW1A 1RDYA 4NN3A 2P3VA 4FE8A 4F3BA 5FHOA 4OFLA 1MM6A 4F3SA 2VPNA 5IGAA 3RYAA 4I8CA 4G61A 5HM4B 4MX6A 5JEIA 3MPLA 4PFTA 3PU5A 1UIUA 3IFCA 4DI4B 2XX8A 1Y1MA 1UTBA 3FVOA 4IY5A 1FJ6A 3LUZA 1OIBA 1P1NA 5F24A 4H8JA 4AB5A 4JSOA 2ZMBA 1M5FA 2CEXA 2PYYA 1MPBA 3RUMA 2Z23A 2Z8EA 4N91A 1AMFA 1B58A 3OD7A 3FXRA 1LBXA 1URDA 5I58A 5H8QB 1IIWA 1SI1A 3SESA 5IM2A 3GLBA 1P99A 1FBHA 1NV3A 2ZNTA 5I2KB 1XHYA 4X8RA 5I3SA 2D21A 4LN5A 2ESNA 4KPTA 1LB8A 1A55A 5ET7A 5I56A 3DELB 5L9OA 3A3CA 3C31A 5DEXA 3KN3A 3FUZA 4R73A 4E0WA 3PUYE 4KHZE 3VDFA 3IOUA 1NNKA 5I56B 3FZVA 1NUZA 1ZKBA 4YKKA 1NUYA 1CNQA 1FTLA 4EUOA 1MQGA 4O3AA 4IO4A 2A5TA 4XFEA 3LC8A 4YB6A 1MG1A 4C0RA 2OWZA 5EYFA 3MJNA 2HPGA 3SKPA 2QVRA 2JJKA 2DDKA 4OZ9A 1FBGA 1GR2A 3U94A 1SD3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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