4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
2GFEA 4KQPA 1MY3A 3IOVA 3FJMA 2DWHA 4BDQA 2Q2AA 1NMUA 5I2NB 3T9XB 4GRKA 3MQ9A 1LAXA 3I3VA 4HS7A 2WOKA 4JXIA 2O7IA 3RTFB 4Q8RA 1HSLA 4LZ5A 2XXYA 1IXHA 3L6HA 3MP8A 3QUJA 2QSXA 1B7ZA 2E0SA 3G3GA 2XHDA 3DRJA 1HSJA 2XXUA 2UVJA 3EF7A 1FTJA 3O29A 2HEUA 3CR9A 3TTNA 1B0HA 3HN0A 3OO8A 1MY2A 1D9VA 1JNFA 4FJPA 4X9TA 1R9LA 5JTYA 3H6WA 3KN7A 1SVXB 3S9LC 4PP0A 3DRFA 2BJJX 4NEDA 3TQLA 2H25A 4WEDA 1MH3A 1B4HA 1B4ZA 2B4MA 1VFEA 3FGSA 1MG1A 1MY1A 5JEIA 3CIJA 4F2QA 2H9BA 4GL8A 2NUVA 3Q28A 4EQBA 1Y4TA 4F1UA 1P1WA 1Q1KA 2ZYNA 2O1LA 4R72A 5F7VA 3KJTA 4YKJA 3VLWA 3KJ7A 4YKPA 1XVXA 3K1NA 1EU8A 4IGRA 4XXUA 5CC2A 1LB8A 4ZDMA 1B6HA 2DXRA 2QS1A 1SI0A 3HV1A 4RK2A 3QUFA 4DZ1A 1NNFA 1QUKA 3N94A 1D9YA 2XXXA 3ILUB 3ZKLA 1WODA 2YLNA 3V8XB 1ATGA 4GOTA 2UVHA 1B05A 2I4CA 1XOCA 1USYE 3EN3A 2WOPA 1II5A 3IL1B 4DCYA 1GR2A 4BDNA 1MQJA 1OLCA 1VFDA 1BLFA 2V25A 2UYFA 1P1OA 4X48A 4M4GA 2XXIA 1IUDA 1M5DA 3OELA 1PEBA 1B1HA 1B52A 4QFPA 1DSNA 3TCGA 3O6PA 1JETA 3TCHA 3FVOA 4U1OA 4QSEA 4Z0IA 1I6AA 4XKNA 4YB7A 3HCQA 3SKPA 3VVEA 3LC8A 3O6HA 2ZYMA 1MXUA 1Y20A 4R6HA 4E0XA 4HTGA 3FUZA 4IO3A 4WEPA 1JEVA 1ANFA 1SW5A 3OD7A 1NNTA 4KI0E 5DTBA 1N0TA 3PPPA 2GHAA 1H45A 3PPQA 1H43A 1JVXA 4Q30B 5H8FB 2F78A 3O28A 1ELJA 2Y7WA 1MPCA 1IXGA 2YPNA 4YICA 3CSGA 2V3TA 2DQVA 1TWYA 5KDTA 3U93A 3VVDA 3DP6A 4R9GA 3HO7A 5KDTB 5I58B 4EQ7A 4EF2A 3U1OA 3TTRA 3V5AA 1FTOA 1P1UA 2Z23A 3TYHA 5HM4B 3PMVA 3DRKA 3MBPA 1LCFA 2ONSA 3CFXA 2NWJA 3GBBA 3IJXB 3OXNA 5DYHA 3RYBA 5I84A 4KCDA 1QW0A 4MLVA 2P1SA 4QHQA 2DYXA 5J1DA 5DEXB 1B1XA 1OLAA 4GL0A 4OEUA 4KR5A 2OWSA 3BFUA 1US4A 1PDAA 4ZE9A 4GVOA 2OZZA 3RY3A 1FQBA 1B7UA 3PMXA 1N3XA 3IOUA 1XT8A 4U4SA 4KD5A 1QJMA 4GFRA 3W9VA 5KCJB 1J1NA 3W15C 1LAHE 1B5IA 2GRVA 4NMYA 2XXPA 2F34A 2XD2A 5CI5A 3UA8A 2Z8DA 3QIMA 1JW4A 4F1YA 2VD3A 3G3HA 4ZE8A 2IA4A 1ZBMA 4OTEA 1KWHA 2ALUA 2NXOA 5AA2A 4LVQA 4EXKA 3OO7A 1B5HA 3FVKA 2I58A 5FHOA 4KYEA 2VP1A 5AA2B 1GGGA 1B32A 1DOTA 4IO2A 4PFUA 5M2VA 2XXTA 2ZMBA 4QSCA 2XX9A 4R73A 1OVTA 1P99A 1FQAA 1OIBA 2DP8A 2Z22A 3G7WA 4YMAA 3H4ZA 3PUZE 3OSRA 4FORA 3R7XA 2CMOA 4F31B 5A5XB 2OWTA 1MM6A 4G68A 2B3BA 1DTZA 3K6UA 3UK4A 1Q35A 4G68B 1UTBA 4U21A 3FVNA 1MRPA 3H03A 4ZEBA 1JVYA 4ZECA 1I6BA 1ZIUA 2HXWA 3TTKA 2AL4A 1B3EA 1Z7ME 4F29A 3T9HB 5FHNA 1LCTA 3MP1A 1GTKA 4IB2A 2B4LA 1MQIA 3QAXA 2QPQA 4ELPA 2F8DA 4JBZA 4U4XA 3N6TA 5I56B 4RYAA 2O51A 2OBGA 3FV1A 4GXSB 4F1VA 2RCAA 4U23A 3RGYA 3MC2A 3H06B 3R26A 2XXRA 1VSOA 3GLBA 3CHGA 3KSJA 2KLFA 3TPAA 1SDXA 4H1XA 4ISUA 1FTKA 3CRBA 4ZZAA 1ZLQA 3FXRA 1B3GA 3RT6B 3MVYA 3ZSFA 5K2YA 3OOAA 3SDFA 2PVUA 4OESA 3C31A 1DPPA 4G8HA 2QRYA 1QUIA 1QULA 4GQOA 4R75A 1B46A 5CMMA 3RT8A 4HCWA 4QF9A 3PV0E 2R6GE 3RUMA 5DVIA 4C0RA 4YB6A 2UYEA 3C33A 1LBBA 4GWOA 3G3IA 3K6XA 1JQFA 4RJZA 3IB0A 2REGA 1TT1A 1FQCA 1B51A 1RYXA 3S4UA 2AL5A 1AOVA 3K0VA 1MQHA 4OFJA 3ZS6A 2O1MA 3C34A 3I5OA 4QRZA 1OQGA 4N6PA 2D3IA 1ZJLA 3KBRA 2PT2A 3EHUA 2FA7A 1LLSA 3TEPA 3FV2A 2RC8A 5CBSA 4H8IA 5JTYB 1OQHA 4KYDA 1M5BA 3VLVA 1MS7A 3PU5A 4KPTA 2F6GA 1H76A 5CRYA 2XXVA 2FNCA 2I3VA 1IQ7A 3RN8A 5CM6A 2OLBA 1NKXA 3TTMA 3K4UA 5BWJA 2F7CA 2DOJA 5DVJA 3CSBA 1WVJA 1OMPA 5ICQA 2AYSA 2UVGA 3UN6A 3ODBA 4F3GA 4N07A 4F3BA 4G68C 3B6WA 3EQ1A 1QUJA 3W9WA 4OHNA 4TLMB 4IO7A 4PETA 4RK9A 3IK6B 4F3SA 3T9VA 4YAHX 3LSLA 3JV9A 4YB5A 4JB7A 4AQ4A 4M1VA 2V3QA 2A5TA 3KN3A 2V3UA 3TTLA 5CBRA 4ELRA 3U8QA 3VV5A 4OVJA 1N04A 3C4MA 3TMGA 4XTCQ 3RQTA 3KOSA 5HPQA 5FTIA 3T22A 4QFKA 3D4GA 1M5EA 3S9NC 3MPKA 2AIXA 5F1QA 2Q89A 4FIMA 4G8NA 1MPBA 2PX1A 2B65A 4H5FA 3CG3A 2F97A 3MZ1A 3AXFA 3CVGA 4PFTA 5H8NA 3IJOB 4ZEFA 3SEWA 3OEKA 2X26A 5AA4A 4QFOA 4GD5A 5H8NB 3S9MC 2DE4A 3IO6A 2D5WA 3WAEA 3B7DA 3C36A 2F7AA 5ELVA 1R1NA 4BDMA 4P0IA 4OFOA 4YZZA 4F18A 2HAUA 3T9UA 3ZKKA 3BKIB 3K1MA 3DM0A 3KZGA 1S7YA 1N7XA 1JEUA 1N3WA 2PMSA 4G8MA 4KYSA 2ESNA 2V84A 4UA8A 2WKYA 4JWOA 4Z7EA 1Y3QA 1BIYA 2V93A 3A3CA 4ELQA 2ZYKA 1VR5A 1MXWA 1EZ9A 2I0BA 1SW2A 4DE8A 2QMXA 2XXWA 2UVIA 1A55A 1LFIA 2ZXTA 3SEUA 3EHTA 3PPOA 4WXJA 2R71A 2HZLA 4THIA 4F2OA 3FJGA 3DP4A 2XXQA 4POWA 4I62A 2VHAA 4X1BA 3FASA 3MZ9A 4R6YA 3TZAA 3N6UA 1NFTA 4ESWA 4ZZEA 2FYIA 4N13A 2O6AA 4DXCA 3E13X 1T0KA 4OMBA 3PUYE 1BKAA 1B0LA 1A7LA 4DXBA 3PMWA 1A8EA 1AH5A 1LBCA 2O7UA 4OENA 1B2HA 1AMFA 1SW1A 4BDOA 5B70A 3VE1B 1B5JA 4R2BA 4BDLA 1BTJA 3O66A 4RXLA 3T96B 3IO4A 3R6UA 4HCYA 4C1UA 3PPNA 2OCUA 4XKQA 3H6TA 3IB2A 2H98A 1LAFE 2Q8JA 3UP9A 2ONKE 5HBCA 3CG1A 5TP9A 1Y3PA 1B40A 4DIGA 4C1TA 2F35A 1NL5A 5TP9B 5IAIA 3RYAA 4F19A 3FD3A 5B7DA 5ICTA 1YAEA 4GXAA 3DP8A 1IXIA 1YPNA 3OMBA 4NF8A 3T93B 3RPWA 2I48A 3TKDA 3IAZA 1FTMA 1PB9A 3LSFB 4QFNA 2RC9A 1YTVA 1TFAA 4PQJA 3UIFA 4OFLA 2O84X 4QFLA 2A5SA 1AL3A 3RLFE 3VLUA 2ONRA 3TQWA 4R6KA 1FCKA 2DS9A 3H7MA 4LONB 1PBQA 2NOOA 3OO6A 3TODA 5I2KA 3O6GA 1N76A 3DELB 4E0WA 5IKBA 1LB9A 4ND9A 1TFDA 5I2KB 4YMBA 4MF3A 4YKIA 3K01A 4JSOA 3FIRA 2DE2A 1UTBB 2B3FA 3TCFA 4MLQA 4NWCA 1MXXA 1EH3A 3A09A 3T66A 1FQEA 5I57A 4KHZE 3LVUA 4L17A 2Y7RA 3ILTB 5CMBA 4G77A 1GV8A 3IB1A 4OETA 3MUQA 2Z8FA 3M3FA 3GXAA 2DVZA 3D4CA 4AB6A 4IY6A 1P1NA 5H8HA 1SBPA 3FZVA 5ITPA 3HSTA 4MBPA 4ZS9A 2XX7A 1ZU0A 4POXA 4PE5B 1HSEA 2Q2CA 4NF6A 5FTHA 3SESA 2OJTA 4NF4A 5H8QA 1RKMA 1CE2A 1JW5A 3PD8A 2PYYA 3HHFA 2G29A 1OVBA 3O9PA 4RA1A 2G93A 1UTHA 2QS3A 4ECFA 1FTLA 3O2AA 2O69A 1Z7NE 1IEJA 2I6EA 1MPDA 1MQGA 2DE3A 4FE8A 5CMCA 4H65A 4H0WA 3JZJA 2O68A 2QJEA 5FHMA 5AA1A 5EHSA 3HPIA 1A99A 2LAOA 4H6DA 1IITA 3TDJA 4XKRA 2ZYOA 2ZNSA 1MY4A 3DRGA 4LQ2A 1XC1A 5I2NA 1N7WA 4TOZA 3U94A 3G3KA 3M8UA 5AE4A 3SERA 4OXVA 1R9QA 3G3FA 1XS5A 3FVGA 1MXYA 2HCAA 2ANJA 2P0SA 4U1ZA 1FQFA 5K2XA 1O63A 3LSWA 3MVXA 3OO9A 1F9BA 3MP6A 1URDA 2I4BA 2Y7PA 4ELOA 4DLDA 1I69A 3L6GA 2IEEA 3PPRA 3VVFA 4LP2B 2DXYA 4RPOA 2ABHA 2DVCA 1MH4A 2CZLA 4OERA 3VXBA 3MVWA 3PAMA 3O97A 1JW1A 3Q25A 2DWAA 2R9JA 1MY0A 2XXHA 3V89B 2Q88A 3VDFA 5ITOA 4OWDA 4O3BA 1UIUA 5AA2D 3EHSA 3DLNA 3SEVA 1D3KA 3TAJA 1AIVA 1NNKA 1LSTA 1O7TA 5BUUA 2Y7IA 3CFLA 4KCCA 2VGQA 5JK4A 3C32A 3TFLA 3IR1A 4DXUA 4G4PA 1MM7A 3IOWA 3H6VA 1PB7A 3UGWA 4NTLA 3MPLA 4LZ7A 3QSLA 4K3FA 3BFTA 5LOMA 5EYFA 1UQWA 3K6VA 2H4IA 4H8JA 2RC7A 1O64A 3H3GA 4WKMA 2RKMA 3B6TA 2A5TB 4ZEIA 3KOTA 2H5YA 5EHMA 3QXMA 3O6IA 3PUVE 1LGBC 1FQDA 3UORA 4DDDA 1B3FA 4IGTA 4I8CA 1IZ1A 3USDA 3E9XA 2H99A 4EUOA 2E1SA 3Q26A 2X7QA 2Z8EA 1Y3NA 3MVZA 1YCJA 3K00A 3VFJA 3M3KA 4GF8A 1WDNA 1Y4CA 3Q27A 4FECA 1MDQA 4R9FA 4RY1A 4LUBA 2QS2A 1B9JA 2THIA 1L5TA 3K02A 4YKKA 5AA4B 4JDFA 2XX8A 1URSA 2WOLA 3MJNA 4EXLA 1DPEA 4O3CA 2OK2A 3C35A 2I0CA 3CFZA 4QSDA 5CMKA 4ESXA 1QKAA 4GIZA 3FTOA 3MWBA 3GZGA 1MXZA 1POY1 3E3KA 3P7IA 3OSQA 4LQ5A 1H3DA 3DRHA 3N26A 4RPNA 3FATA 2RF1A 1B58A 2PT1A 1MXVA 4EDPA 3G3JA 3Q29A 3I6VA 5H8FA 3LSXA 2F36A 5TPAA 2XD3A 2DSFA 1P1QA 1BP5A 3KEIA 5TPAB 4ZEKA 4OYVA 5DT6A 4DCXA 3KFMA 3MAMA 4GLIA 1GVCA 2RINA 4Q5TA 1PC3A 4R74A 4X1DA 3EPEA 2GH9A 5AA3A 3THIA 2X7PA 3MW0A 3A3UA 1EZOA 1SD3A 3PUWE 5I58A 1LFHA 2I3WA 2M8CA 2HAVA 1CB6A 1IIWA 4NF5A 1M5CA 4RNSA 3IOTA 3MZBA 3FXUA 3M3LA 1SQYA 4TLLB 2VD2A 4AB5A 4MH5A 4OEVA 4NF5B 3K1PA 1R6ZA 3FJ7A 2QL3A 4BLAA 2QS4A 4JSDA 5DEXA 1A8FA 2Q9TA 1URGA 2YJPA 1SW4A 3F11A 4XIGQ 3U92A 3RTWB 4F3PA 3LUYA 2VOZA 1B7HA 3TELA 4U22A 5TU0A 3QK6A 3PGFA 2F6PA 2UXAA 1B3HA 3K2DA 5KCJA 2RCBA 1QKBA 4Q0CA 3KGCA 1Y1MA 1RYOA 1FW0A 2DWIA 2P2AA 3KSXA 3KN8A 1B3LA 4LATA 1MDP1 1Y9UA 1DTGA 4LZ8A 1EZPA 1LAGE 3C9HA 4ONYA 1A54A 4F39A 4UACA 4G2ZA 4LA9A 3CI8A 3QYTA 4NF8B 1LFGA 4IY5A 1NNPA 4EQ9A 5L9SA 3IX1A 4FEDA 4MFIA 5H8SA 4I9DA 4P11A 3TUSA 1POTA 3RNNA 3K6WA 2QMWA 1XHYA 1PBPA 4OZ9A 4TQUQ 4H5GA 4HW8A 4NWDA 1NH7A 4O3AA 4JWYA 3OEMA 4YU0A 5A5XA 3IORA 1I6QA 1SYIA 1VE4A 2GHBA 1SI1A 2I49A 1TXFA 1Y1ZA 4BDRA 5DVFA 1ZMGA 2Y7KA 3V83A 2DWJA 4XKPA 3B6QA 2ZNUA 3E4RA 4U2RA 3HHGA 4I1DA 5I59A 3ONMA 1NH8A 3S2VA 3SEYA 4FAJA 2W7YA 2NVUB 4OQOA 1XVYA 5I59B 5I57B 5KZTA 5L8DA 4F22A 3LR1A 5ISUA 4JWXA 1SYHA 1UIVA 5L9MA 1DMBA 2ZNTA 2F5XA 4EF1A 2HFBA 3BBRA 1ZKBA 1ZTYA 5H8HB 3ECRA 3DRIA 3GBAA 4PFWA 2F7BA 1USYH 3PUXE 4IO6A 1QVSA 2PBWA 3PD9A 2REJA 4NF6B 5I56A 3LBSA 4NF4B 4ZEDA 5H8QB 2Y84A 2D21A 1M5FA 4R2FA 3JYRA 3N5LA 3H6UA 1UTHB 3KG2A 3WAFA 4P0GA 2HZKA 1A40A 5L9OA 3VXCA 3OENA 3SEXA 3S9EA 1IXCA 1S50A 4H67A 4FATA 3FXQA 3U72A 4IO5A 2HQ0A 4FEBA 4PFYA 1S9TA 1D4NA 1US5A 4IO4A 1N84A 1MQDA 3SETA 1PB8A 1H44A 4KFQA 4NE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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