4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
2I3VA 1FTOA 2UVIA 1VSOA 5LOMA 2ZNUA 2FA7A 3U8QA 4Z7EA 4R6HA 5K2YA 1RYXA 3IL1B 2ZYOA 2QS4A 1XS5A 4X48A 1Y1MA 3MWBA 2X26A 1IXIA 3ZKLA 4PE5B 2XD3A 1USYH 3RLFE 3HSTA 3H06B 4LZ7A 2E0SA 4KYSA 3DRIA 3RUMA 4P0GA 1MQHA 2DSFA 2OBGA 3CHGA 1J1NA 2ZYKA 3KSJA 1H76A 1RYOA 4X1DA 2ZNSA 2RKMA 4I9DA 3SERA 2E1SA 1QUJA 1SBPA 4PP0A 3R26A 1Y3NA 1XVXA 3EHSA 3O6HA 1H44A 4THIA 3SDFA 5HBCA 1JVYA 1B5IA 1R1NA 4YKKA 5CBRA 2WKYA 2WOKA 2IA4A 3KJ7A 1DMBA 4OYVA 2QJEA 2RCBA 4NF4B 1OQHA 1XOCA 1B5JA 4GFRA 3TDJA 2I4BA 1Y3PA 4ZEBA 4OEUA 1P1NA 4NF5B 4UA8A 2DE2A 2D3IA 2H25A 2QRYA 3V89B 1B0HA 4GIZA 4ELPA 2DS9A 2Y7WA 4MF3A 4G68C 3U93A 2F5XA 3K1NA 4OXVA 1NH8A 3M3LA 1HSJA 2F35A 4RA1A 1PB8A 2I3WA 5DYHA 1OVBA 4QHQA 4PFTA 2VP1A 3KN7A 3RQTA 5DTBA 1LB9A 2I0BA 4X1BA 4DXUA 1B2HA 3HHFA 2R9JA 1N84A 4ZEDA 3Q27A 3LUYA 1PB9A 3KOTA 4GQOA 4TQUQ 1N76A 1SQYA 1URDA 4N07A 2OWTA 4BDRA 2HAUA 1L5TA 1DPEA 2F34A 3TTMA 3G3FA 1SW2A 2Z8EA 3THIA 4NF6B 4H1XA 5ITOA 2O69A 1BTJA 3N6UA 3ILUB 3DP6A 4O3BA 4ELOA 4EXLA 4NF8B 2CZLA 1GTKA 1B4HA 1POY1 3RGYA 3B6WA 3KGCA 4XKQA 3JV9A 1B9JA 5JEIA 3CI8A 1ZBMA 3KOSA 5H8HA 4JSDA 4LA9A 3W9VA 3FJGA 5I56A 1XHYA 3FTOA 5I59A 3DRKA 3GXAA 3GBAA 4OHNA 1FTLA 1JEVA 2DYXA 1MY1A 4QSCA 1LAFE 4KYEA 3W9WA 3OSQA 1QKAA 3HN0A 3OD7A 4C1TA 4H6DA 5A5XB 4F2QA 1YCJA 1HSLA 4ZE9A 1LLSA 3EHTA 4KR5A 4R6YA 3QIMA 3TQWA 1ZJLA 3PMWA 1LAHE 1VFDA 1M5FA 2H9BA 4EUOA 5AA2D 5H8FA 2HEUA 4H8IA 3SEUA 3VVEA 3H6WA 1II5A 1S50A 4G4PA 1FQDA 1MPDA 1BIYA 2DVCA 1MM7A 1T0KA 3SEYA 4NWDA 3H3GA 4R9GA 1GVCA 1QVSA 1A55A 4X9TA 3ZSFA 4RJZA 1Y4CA 2IEEA 4I62A 3BFTA 3PGFA 2NVUB 1BP5A 1US4A 1MDP1 1DSNA 4F22A 3S9EA 1FQAA 3K02A 3VXBA 2A5TB 4JWXA 1I69A 2ZYNA 3MVXA 3RYAA 3Q25A 1FQEA 2P2AA 1SVXB 1P1WA 4ELRA 3IO4A 2GHAA 2DXYA 4GXAA 1B7ZA 3FD3A 4DXBA 5H8NB 2W7YA 2Y84A 4NWCA 4NMYA 3I5OA 4IO4A 2Y7IA 4PFWA 4KCDA 3MVZA 1MM6A 3I6VA 1A8EA 4G8HA 1MY2A 1YPNA 4F31B 1MY4A 2YLNA 5M2VA 3FXUA 1B0LA 4Z0IA 1P1UA 4QF9A 3TUSA 1D4NA 2XXXA 4U23A 2DOJA 2I49A 1PC3A 2XD2A 4Q5TA 2DXRA 3FVKA 4G68A 2ABHA 4N6PA 3MW0A 3IB1A 3KSXA 5CMCA 4ZS9A 3JZJA 1DTGA 3HHGA 2QL3A 2Y7KA 2OCUA 3IR1A 4Q0CA 4GRKA 3PU5A 1JETA 1A7LA 1ZMGA 2R6GE 4XKRA 4XKNA 2F6PA 4GOTA 2H4IA 3IOUA 4M4GA 3LSXA 4DDDA 4F3SA 4RXLA 3DP4A 1UTHA 5JK4A 4POWA 1PEBA 3CSBA 3CSGA 1I6QA 2XXHA 4IO3A 4EXKA 1AIVA 3MBPA 1Y4TA 3O29A 1P99A 4HW8A 4LZ5A 3FUZA 1OMPA 1SYHA 2HFBA 1MXYA 2Q9TA 1MQJA 2UYEA 4PQJA 1Y20A 3MP6A 1S7YA 2O84X 3RN8A 2D21A 3DM0A 2QS1A 3S4UA 3KZGA 5KCJB 4FAJA 2DWAA 5B7DA 1XT8A 4OZ9A 1JW5A 4XKPA 3E13X 3VLWA 1VR5A 2F97A 3N6TA 4JDFA 5L8DA 4HS7A 1NNFA 3N26A 3UN6A 3H03A 2Z8DA 3M3FA 4TLMB 4H5FA 3G3KA 3ILTB 3UGWA 2XX7A 3IOTA 1IEJA 3E9XA 4R9FA 4OEVA 1MDQA 1FTJA 4BDOA 4R74A 3OENA 4LZ8A 3USDA 1SDXA 5I57A 1IIWA 2XXRA 5TP9A 1N3WA 3B7DA 2RCAA 4U2RA 1MXWA 3F11A 3QUJA 3TPAA 4YKJA 3HCQA 5KZTA 4OESA 2PBWA 2B4LA 1LB8A 3O6IA 2O6AA 3V83A 1GR2A 4OENA 4XIGQ 2B3BA 3IOVA 2QS3A 3ODBA 1TWYA 3A3CA 4LUBA 2AL4A 1N3XA 4ESXA 4K3FA 4H5GA 2GRVA 2Q89A 4YB6A 3OO6A 4KD5A 1A8FA 3MPKA 1JW4A 1XC1A 2O68A 1LAXA 4QFPA 1A54A 1LGBC 4G8MA 1M5DA 3AXFA 4P0IA 3T9UA 4JBZA 3EHUA 2XXYA 1M5CA 4MBPA 1DPPA 4YB5A 3PD8A 1SI1A 3T9XB 3CFZA 4LONB 1H45A 3C34A 3K6VA 4WKMA 5BWJA 4QFLA 1MH3A 4WXJA 1LFGA 2Z22A 3OELA 1IITA 3S9LC 2DP8A 1M5EA 4BLAA 4R2BA 3T9HB 2REGA 4TOZA 4ZEKA 4IY5A 5EHSA 4RYAA 3FJ7A 3O9PA 1O64A 1SW1A 4F1UA 2GFEA 3IB0A 1IXHA 3A09A 1FQCA 3PPPA 1B4ZA 2O1LA 3FVNA 4YAHX 1P1QA 5CMMA 4DCXA 5I2KB 1A40A 4LQ2A 2QSXA 3LC8A 3LR1A 4U22A 3KBRA 1WODA 3IAZA 3PPNA 5FHMA 5IAIA 4OMBA 5DT6A 5I2NA 3VV5A 1P1OA 3VFJA 1USYE 5H8QB 1R9QA 3OO8A 4LATA 1OVTA 4N13A 5J1DA 3TZAA 4O3CA 2FYIA 1MG1A 3PPOA 4F19A 2H98A 3PMXA 1N7WA 4QSEA 5CRYA 2RF1A 4F29A 4F39A 4FE8A 3DRJA 2OWSA 1WVJA 1LCTA 3H7MA 1URSA 2X7QA 2GHBA 1MS7A 2VD2A 1QUKA 3HV1A 3TTNA 1EZPA 1S9TA 4KQPA 5AE4A 5L9MA 3PV0E 5I56B 5TPAA 1FQBA 3O6GA 4YMBA 4UACA 3U1OA 5I59B 4YB7A 3BFUA 1N0TA 1B46A 4OWDA 5AA1A 3S2VA 1IQ7A 3PD9A 1Z7ME 3TAJA 3FZVA 3L6GA 4JSOA 1B40A 1CB6A 1FQFA 1JQFA 1TFDA 2Y7PA 1ANFA 1MQIA 1N7XA 5DVIA 2VD3A 1NL5A 5K2XA 1MQDA 5H8FB 2H99A 4IB2A 3E3KA 5F7VA 1UIVA 1MRPA 4F1VA 5AA4A 5AA2A 2R71A 4OTEA 1B7UA 1NFTA 4HTGA 3EN3A 1WDNA 3UA8A 2NWJA 1YAEA 1MQGA 4LQ5A 2WOPA 3LBSA 4NTLA 1F9BA 2KLFA 3QYTA 3UIFA 3TCGA 3TKDA 2DWHA 3U94A 3FGSA 1LFIA 2V84A 4YZZA 3EPEA 4F3BA 4OQOA 2V3UA 3GLBA 3SEVA 1MXZA 4DE8A 3U92A 2HAVA 4RPNA 3K1PA 3P7IA 2B4MA 3OO7A 3G3IA 4ND9A 2OZZA 2Z23A 4MFIA 2FNCA 1IUDA 4RNSA 3O97A 3SKPA 3QK6A 2ZXTA 2HZLA 1GV8A 4WEPA 5I58A 3D4GA 3UK4A 3TCFA 4MLVA 1Q35A 2G93A 3G3HA 2OLBA 3DP8A 3EQ1A 3PPQA 3MVYA 3C36A 4AB6A 5JTYB 4OFJA 1XVYA 3C9HA 2QPQA 4LP2B 4ISUA 4IO7A 3PUYE 3RTWB 4YICA 1DTZA 4FORA 3DRGA 4F18A 4ZECA 5EHMA 4MH5A 2UXAA 1EZOA 2I0CA 3VLVA 3MP1A 4EQBA 3C32A 4GWOA 4GL8A 2HCAA 1MY0A 4QFKA 3CG1A 3TCHA 4IGRA 2P1SA 4G2ZA 4DLDA 2UVHA 2YPNA 3ECRA 1B52A 4L17A 1D9YA 3IO6A 3VDFA 1MXXA 2I58A 4I1DA 4PETA 1EU8A 1UTHB 2ZYMA 1IXCA 3C4MA 3M8UA 4GVOA 1FTKA 3T96B 2O51A 3KEIA 3VVDA 4KI0E 2XXUA 3QUFA 4QSDA 1SW5A 1TXFA 5FHOA 3H6UA 1ELJA 1NNPA 5I84A 2V25A 3QSLA 3MC2A 2B3FA 4E0WA 1LBCA 1US5A 5ICTA 1H3DA 5KDTA 1Y9UA 5B70A 1EH3A 4JB7A 1UTBA 4H8JA 1AOVA 2O7IA 3G3GA 3OEKA 3FV2A 3IORA 2XHDA 2XXVA 5FTHA 3SEXA 5CBSA 2RC8A 1QJMA 1RKMA 4RY1A 4RK9A 3KJTA 1B05A 3TODA 3TQLA 4ZE8A 3TYHA 1NKXA 2HQ0A 4BDLA 5ICQA 2CMOA 1JNFA 1TT1A 3C33A 3B6QA 3PUVE 1JEUA 4QRZA 3MUQA 4KCCA 3RY3A 2Q2CA 3UORA 4ZDMA 4GF8A 5HM4B 2XX9A 4F3PA 3K6UA 5I57B 3O28A 5TP9B 3KN8A 5CMBA 4KHZE 3K00A 2DWIA 3PMVA 1H43A 2Z8FA 3UP9A 3FJMA 4TLLB 3T66A 5DEXA 1OLCA 2LAOA 3HO7A 4U4SA 1SI0A 5ELVA 1B58A 1Q1KA 1QKBA 4R73A 1YTVA 4AQ4A 4OETA 3RYBA 3IX1A 3R6UA 1LSTA 2XXIA 2ZNTA 3SEWA 4JWOA 4EQ9A 4ECFA 1ZU0A 4FIMA 3FVOA 1BKAA 4ZEIA 1IZ1A 1PB7A 4Q30B 3H4ZA 3VVFA 2A5SA 4YMAA 2PVUA 2DE4A 1FW0A 3OSRA 3RTFB 1OLAA 5AA3A 2DE3A 2THIA 5CI5A 3FATA 3LSLA 2RC9A 2GH9A 2F6GA 4ZZAA 4YU0A 3ZS6A 1SYIA 4IO5A 3MQ9A 4YKIA 3R7XA 2ONKE 3V5AA 4DZ1A 5H8SA 3S9NC 2PT1A 3W15C 2AIXA 1SD3A 4EQ7A 4XTCQ 2F36A 4U4XA 3LSFB 1B7HA 2HZKA 4GL0A 2ALUA 4WEDA 3PUWE 1PDAA 2AYSA 1EZ9A 4DXCA 3LVUA 4G77A 4Q8RA 3A3UA 3O66A 5I2NB 1D9VA 1MPBA 4IO2A 3E4RA 1B5HA 3VXCA 4OVJA 1B3LA 2G29A 5DVFA 3DRHA 3G7WA 3OOAA 3K6WA 5BUUA 2O7UA 3FVGA 2VOZA 3VLUA 3DRFA 2O1MA 3U72A 4QFOA 2XXTA 2OJTA 2DWJA 4EDPA 2QMWA 2OK2A 3T22A 4NF4A 1Z7NE 2F7BA 2DVZA 1QUIA 4NEDA 1B6HA 1N04A 1B51A 4R2FA 5L9SA 3DELB 3PUZE 2X7PA 5CMKA 4NF5A 5TPAB 3CG3A 1O7TA 3PAMA 5ISUA 4P11A 5TU0A 1ATGA 1SW4A 3K1MA 3TELA 2NXOA 2V93A 4H65A 5L9OA 5I2KA 1B3GA 2RINA 4FEBA 2UVGA 3MZBA 3S9MC 3K6XA 3Q26A 4IO6A 5H8HB 2NOOA 1OQGA 3FXRA 4ESWA 4GLIA 3TMGA 5H8QA 3RT8A 1NNTA 3B6TA 4RPOA 4HCWA 1LBBA 3FIRA 3FXQA 2XXQA 1DOTA 1LAGE 3K4UA 5AA4B 3H6VA 2REJA 4RK2A 1I6BA 1M5BA 1KWHA 4BDNA 5AA2B 4M1VA 2UYFA 4HCYA 1NMUA 4R75A 3CIJA 3CRBA 4H0WA 2PT2A 3BKIB 1POTA 3HPIA 5EYFA 1B1XA 3RT6B 3QXMA 1FTMA 3PUXE 3Q28A 4C0RA 3SESA 2QS2A 4NF6A 3T9VA 3CFXA 4E0XA 3L6HA 1FCKA 2Y7RA 3TTKA 1AL3A 1PBPA 3BBRA 3DLNA 4ELQA 2DQVA 4I8CA 3EF7A 4NF8A 3CVGA 4O3AA 3RNNA 2V3TA 1LFHA 4ONYA 3GZGA 4FATA 4PFYA 1D3KA 3IOWA 4LVQA 5I58B 2HXWA 1BLFA 1MPCA 3I3VA 3C35A 3CR9A 1ZLQA 1Y1ZA 4FEDA 4ZEFA 4U1OA 5F1QA 4AB5A 3MPLA 4OFOA 1B3FA 3K01A 2XXWA 2XXPA 1MY3A 4EF1A 5A5XA 3K2DA 4DIGA 3KFMA 1JVXA 4U21A 3O2AA 3IK6B 1ZIUA 3RPWA 3MZ9A 1UQWA 2H5YA 2NUVA 3QAXA 1PBQA 1VFEA 3TFLA 1ZTYA 1I6AA 1URGA 2UVJA 4KPTA 1A99A 3KN3A 3KG2A 3FASA 2F7CA 2XX8A 3MJNA 1AMFA 4G68B 2PX1A 4BDQA 3MVWA 3K0VA 1MH4A 1QULA 2ONRA 3IJXB 5FTIA 5FHNA 3MZ1A 4IY6A 1NH7A 3GBBA 1B3EA 4NE4A 2F7AA 5CM6A 2D5WA 1HSEA 3ONMA 3PPRA 1R6ZA 2BJJX 2A5TA 5JTYA 4ZZEA 3SETA 3H6TA 3JYRA 3MP8A 3WAFA 5DVJA 2I48A 4XXUA 4DCYA 3IJOB 2V3QA 1AH5A 3TTLA 3C31A 1MXUA 2Q2AA 5KDTB 1OIBA 5H8NA 3IB2A 4MLQA 2WOLA 4PFUA 4GXSB 4C1UA 2PMSA 4U1ZA 3OEMA 4JXIA 5ITPA 1UTBB 3ZKKA 3T93B 3OMBA 4QFNA 2Q88A 3MAMA 2AL5A 4F1YA 1LCFA 2I6EA 1CE2A 1ZKBA 1Y3QA 4EF2A 1GGGA 4F2OA 4FECA 2PYYA 2VGQA 1IXGA 3TEPA 3M3KA 4G8NA 1JW1A 2B65A 4FJPA 3OXNA 3VE1B 2M8CA 5CC2A 2ANJA 4OFLA 2VHAA 1QW0A 5HPQA 3N5LA 4YKPA 4GD5A 1UIUA 3LSWA 4POXA 2ESNA 4H67A 3Q29A 4OERA 1O63A 2I4CA 2F78A 5IKBA 4F3GA 3CFLA 3TTRA 2P0SA 2RC7A 2F8DA 1VE4A 5DEXB 3WAEA 4R72A 1MXVA 3V8XB 3N94A 1R9LA 2ONSA 3D4CA 2QMXA 3OO9A 4R6KA 3FV1A 1B32A 4JWYA 2YJPA 1TFAA 3O6PA 4KYDA 4KFQA 2ZMBA 2Q8JA 1NNKA 1B3HA 5KCJA 3G3JA 4BDMA 1B1HA 4IGTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I3VA 1FTOA 2UVIA 1VSOA 5LOMA 2ZNUA 2Y5LA 2FA7A 3U8QA 4H46A 4G61A 4Z7EA 4R6HA 4HE2A 1RYXA 5K2YA 3IL1B 2ZYOA 2QS4A 1KA1A 1XS5A 4X48A 2HXRA 4MNIA 1Y1MA 3MWBA 2X26A 1IXIA 3ZKLA 4PE5B 4MCOA 2XD3A 1USYH 4PCDA 3RLFE 3HSTA 3H06B 4LZ7A 2E0SA 4KYSA 3DRIA 3RUMA 4P0GA 2XWVA 1MQHA 2DSFA 3KBZA 2OBGA 3CHGA 1J1NA 2ZYKA 4QBAA 3KSJA 1H76A 1RYOA 4UABA 4X1DA 2WYKA 2ZNSA 2RKMA 4I9DA 3SERA 2E1SA 1QUJA 4I40A 1SBPA 4PP0A 3R26A 1Y3NA 1XVXA 3EHSA 3O6HA 1H44A 4THIA 3SDFA 5HBCA 1JVYA 1B5IA 1R1NA 4YKKA 5CBRA 2WKYA 2WOKA 2IA4A 3KJ7A 4N81A 1DMBA 4OYVA 2QJEA 2RCBA 4NF4B 2WBDA 1OQHA 1XOCA 1FJ6A 1B5JA 4GFRA 3TDJA 2I4BA 3A29A 1EYIA 1Y3PA 4ZEBA 4OEUA 1P1NA 4NF5B 4UA8A 2DE2A 4N91A 2D3IA 1IMFA 2H25A 1NV5A 2QRYA 3V89B 1B0HA 4GIZA 4ELPA 2DS9A 2Y7WA 4MF3A 5A5LA 4G68C 3U93A 2F5XA 3K1NA 4OXVA 5F24A 1NUXA 1NH8A 3M3LA 4MX6A 1HSJA 2F35A 4RA1A 1PB8A 1DBZA 2I3WA 5DYHA 1OVBA 4GWZA 4QHQA 4PFTA 2VP1A 2XXKA 3KN7A 1LBWA 3RQTA 5DTBA 1LB9A 4OVPA 2I0BA 4O8MA 2JJKA 4X1BA 4DXUA 1B2HA 3HHFA 2R9JA 1N84A 4P8BA 4ZEDA 3Q27A 3LUYA 1PB9A 3KOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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