4PFTA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1223) from thermotoga maritima at 1.75 a resolution
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
537
structure length
537
Chain Sequence
FERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 177
structure length 537
sequence length 537
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pftA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pftA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pftA02
1H3DA 2HEUA 1NNTA 5I59B 3PV0E 1SYHA 4DXCA 2DE3A 1R6ZA 3MP1A 3PMWA 1GV8A 1QW0A 4DCYA 3MZBA 1ZU0A 4XKQA 2KLFA 1YTVA 4X9TA 4HW8A 3DM0A 1NL5A 3LC8A 3O97A 3WAEA 3S9NC 1IEJA 3MVZA 1GGGA 3CVGA 1LFIA 3IOUA 4RPNA 5JTYA 2QMWA 1HSJA 3M3LA 3RGYA 2XXWA 3MW0A 3FVGA 2ZMBA 5TPAA 1H45A 4TLLB 2H9BA 2YLNA 4KQPA 3UA8A 5TPAB 4BDNA 5I58A 1B2HA 1SYIA 2RC7A 2RC9A 1B3LA 3MVYA 2GRVA 5ISUA 2QMXA 4X1BA 2VP1A 3Q26A 2Y7PA 2UVGA 1IITA 5F1QA 5H8QA 5L9SA 3MBPA 2M8CA 4BLAA 2OJTA 3TCFA 2X26A 3QUJA 4IGTA 3VV5A 2D5WA 4F29A 4F22A 4IO2A 4THIA 2P0SA 4LONB 2DS9A 4R9FA 3DRKA 3H3GA 4N6PA 1O64A 1MQHA 2VD2A 3HHGA 3PUZE 1ANFA 3QSLA 1M5EA 4ZEKA 1LB8A 4GWOA 3TTRA 3BFUA 5KZTA 1DSNA 2DOJA 1N0TA 4IY5A 3MZ9A 2O6AA 2E0SA 2CMOA 3RTWB 4XKNA 4NF6B 1QUJA 4OFLA 3CG1A 1F9BA 1MXUA 3JV9A 3PPNA 2RCAA 2X7PA 3HPIA 3MP6A 3IORA 4UA8A 3SETA 1ZBMA 3H6TA 3VXBA 3MP8A 1NH8A 1N84A 1I69A 2O1LA 2DP8A 4EQ7A 4LZ5A 4FEDA 3CFXA 4H65A 3FVNA 1M5FA 1MPDA 1BLFA 3HO7A 1DTGA 1Y3QA 4GQOA 1B46A 1S7YA 1POY1 1NNFA 2DVZA 3H6VA 1NNKA 1RYOA 3K4UA 4G8MA 4YKPA 4FJPA 4TLMB 2WKYA 4PFTA 2XX7A 3VFJA 3K6VA 3KN3A 1FTMA 1SQYA 4U2RA 3PD8A 3PUXE 2Y84A 1HSLA 1Z7NE 3RN8A 1YCJA 3G3JA 2A5SA 3E4RA 4XTCQ 2QS2A 4MH5A 3C9HA 3U94A 3I6VA 3PU5A 1AIVA 2XXPA 2QS1A 5AA4A 4JWYA 4IO6A 4F3GA 3BKIB 2XXIA 5A5XA 2A5TA 3FJGA 3C31A 3LUYA 3OMBA 1A55A 1TFAA 2I0BA 3PUVE 4E0WA 3C32A 3FV1A 4F39A 1SI1A 5I56A 4H67A 1FW0A 2NVUB 4F18A 4NWDA 1J1NA 4FECA 1MH4A 1ZKBA 3P7IA 3OEKA 2DQVA 1MS7A 1URSA 3IJOB 4I8CA 1R9LA 3KOSA 3O6PA 1LGBC 2F5XA 4HTGA 5AA1A 1O7TA 3EHUA 4DE8A 3DRGA 3CHGA 1SW4A 2YJPA 4O3AA 4YICA 2VHAA 5DVIA 4Z0IA 4QSDA 4BDQA 4KR5A 4ZECA 4KYDA 5J1DA 2R71A 5ITOA 3D4CA 3H03A 4R2FA 1FTOA 4H8JA 2R9JA 1CB6A 4POXA 1XC1A 3O6HA 2QS3A 1QULA 1MXXA 3O6GA 2NUVA 2OK2A 3UORA 1MDQA 3R26A 4KI0E 4KYEA 3G3FA 1ZLQA 3UK4A 1PBQA 4GIZA 3FV2A 5CI5A 1ZJLA 2I4BA 2PT1A 1D4NA 3RYBA 3LBSA 4YB5A 2ALUA 1B3EA 3C33A 3IX1A 4NE4A 1JEUA 2XD2A 4FIMA 3CR9A 3MVWA 3C36A 1BTJA 1GTKA 2F7AA 2I48A 4ZEIA 2RINA 3IOTA 3R6UA 3TTLA 5I59A 1JETA 4GL8A 3ONMA 3IO4A 2AL4A 4KPTA 1Y1MA 2Q89A 4C1UA 1UTHB 2I4CA 4G4PA 4OFOA 1UTHA 4H5GA 2X7QA 1OQGA 3QIMA 2XHDA 1TT1A 1NFTA 3B6QA 4RJZA 2I3WA 1JQFA 1Q35A 4U23A 3IR1A 5DVJA 5DYHA 1USYE 4QF9A 3EQ1A 3TQWA 3C35A 1Y9UA 2I0CA 4R6KA 4P0GA 3QXMA 4QSCA 1PEBA 3CRBA 3HHFA 2H25A 2ONSA 3H7MA 3IB1A 4U1ZA 1PB7A 1SW5A 2H4IA 2OLBA 4M1VA 4XKRA 1N7XA 1NMUA 1JNFA 1Y3NA 2F34A 2O84X 1MY2A 2ZNUA 1ZIUA 4OENA 1KWHA 4ONYA 1FTKA 4E0XA 3K02A 5DT6A 1B51A 3LSLA 3RQTA 4LZ8A 4EXLA 3PPRA 3K6XA 1SDXA 3FZVA 2UVJA 4FE8A 4YKIA 3U92A 2NOOA 2I58A 4ELPA 3EN3A 3M3FA 4ZS9A 2GHAA 1MXZA 4F2QA 1ATGA 3JZJA 3E3KA 3A09A 4JDFA 1P1NA 2XXYA 1MXVA 1LSTA 3KN8A 1FQCA 3B7DA 1A7LA 3DP4A 1MM7A 4OTEA 4KYSA 4RPOA 2VOZA 3FTOA 5L8DA 4ZE9A 2H5YA 4H0WA 2XXRA 4P11A 4TQUQ 1WODA 5FTHA 1IIWA 3HSTA 4M4GA 4NF6A 3O9PA 4ZZAA 1LBCA 4MLQA 3HCQA 3MJNA 3UP9A 1VR5A 1LFGA 2RC8A 5KDTA 5L9MA 5AA2A 4LA9A 1JEVA 5KDTB 4EXKA 3B6WA 4BDLA 1SBPA 5F7VA 3E9XA 4LUBA 1EZPA 3M3KA 2B65A 1B3HA 2I3VA 3FUZA 4IY6A 4LZ7A 3U93A 5AE4A 2R6GE 3SESA 1MQIA 4RYAA 4F3SA 4MF3A 1IZ1A 1QVSA 1M5DA 3TTNA 3S2VA 2FNCA 4PQJA 3DELB 4WEPA 3M8UA 2B4MA 5H8NA 4DDDA 4YMBA 4LQ2A 3FD3A 4NF4A 2DSFA 4OERA 4DXUA 3DRHA 3AXFA 2HXWA 2AIXA 5CMKA 1Y20A 1US4A 4NF8A 1VSOA 2XX9A 1BIYA 5AA3A 1PDAA 3Q25A 4Q0CA 5CRYA 1LBBA 2B4LA 1B9JA 1IXHA 1P1UA 2OWSA 1A40A 4NMYA 5TP9B 3SEYA 4NF5B 1PB8A 4PETA 2AYSA 5H8FB 4C0RA 3V83A 3G3KA 5HBCA 4DCXA 1R9QA 1MDP1 5EHMA 3TELA 4ZEBA 5ICTA 1SD3A 5ITPA 4OFJA 4N13A 1LAHE 4YB7A 4F3PA 3DP8A 3EHSA 3TFLA 3UN6A 3GBBA 2PMSA 3IOWA 1YPNA 5TU0A 3TAJA 4R75A 4I1DA 5ICQA 3OEMA 4L17A 2ZXTA 4DZ1A 5K2YA 1HSEA 5I84A 5DVFA 4TOZA 2NXOA 5I58B 5IAIA 1M5BA 1N76A 3ODBA 4U1OA 4ESWA 3LVUA 2Q9TA 4OEVA 4GXSB 4ND9A 4JSDA 2PBWA 3DLNA 3RNNA 3ZSFA 4JWXA 4XIGQ 1MQGA 4F3BA 2HCAA 3T9VA 3VVDA 4OMBA 1FTJA 1T0KA 3T93B 1P1OA 4LP2B 1UIUA 1XVXA 4WEDA 3UGWA 5HPQA 1P1WA 3Q28A 1O63A 4RK9A 1RKMA 2REJA 2V3TA 2XXVA 2XXUA 5I2KA 1NNPA 3CI8A 5DTBA 1I6BA 4X48A 5I2KB 4RA1A 4QFLA 3Q27A 1UIVA 2Q2CA 4U22A 2XXXA 3V89B 2BJJX 2ZYNA 1A99A 1MY0A 2DVCA 3T66A 3Q29A 3MAMA 5AA2B 4GVOA 4KFQA 4YB6A 1XHYA 2F7BA 4ZEDA 2E1SA 1EU8A 3KJ7A 1MG1A 3O6IA 1OIBA 3CSBA 3OSRA 2ANJA 2QL3A 2F7CA 4JSOA 1R1NA 4AB5A 5H8QB 1FQDA 4JWOA 3VDFA 4C1TA 4EF2A 4F1YA 2ONKE 4IB2A 3N5LA 4YAHX 1MY3A 3ZKLA 3TMGA 4FATA 3DRIA 2UVHA 2XD3A 2V3UA 4ISUA 4U4SA 4G8HA 4OXVA 3T22A 3MPKA 2VGQA 4N07A 4IGRA 2OZZA 2Q8JA 2W7YA 4R74A 2F35A 2HAUA 4PE5B 3O28A 4G8NA 1Y4CA 5CMCA 4ELOA 3CIJA 3TUSA 4Q30B 1P1QA 4ZZEA 3TODA 2HZKA 3DRFA 2IA4A 1B58A 3TPAA 1SVXB 2ZNTA 3K2DA 1URGA 3GZGA 3MZ1A 1QKAA 2F8DA 4OHNA 3SEVA 4O3CA 2F97A 3DRJA 1QUKA 4GF8A 4OVJA 1AL3A 4YKKA 3SKPA 4YZZA 5KCJA 2Z8FA 4U4XA 3TTMA 1FQEA 3USDA 1BP5A 4HCYA 1VFEA 3SEWA 1MY1A 3PMVA 3I5OA 1JVXA 3V5AA 1IXCA 4EUOA 2Z8EA 4RK2A 1S9TA 3TYHA 1XS5A 4G68B 2QSXA 2DWJA 1JW1A 1NH7A 2YPNA 4I62A 3ZKKA 4NF8B 5CM6A 3RTFB 5CBRA 3TTKA 1S50A 2I49A 3IK6B 4H1XA 3IB0A 1ELJA 3PUWE 5FHOA 5K2XA 1DPEA 2DXRA 3VLVA 4Q5TA 2Y7KA 2UVIA 2Y7WA 4R9GA 4OYVA 4F1UA 5I2NB 1Y3PA 1ZMGA 1A54A 1A8EA 3ILTB 1B5JA 5AA2D 1D9VA 2ABHA 3KSXA 3FIRA 3RY3A 1B3GA 1Y4TA 2B3BA 3PUYE 2ZYMA 3O66A 3TKDA 3FGSA 2DE2A 3IO6A 2Y7IA 4MBPA 5JTYB 4BDMA 4LQ5A 2ZYKA 3THIA 4O3BA 1B32A 3HN0A 4POWA 4NEDA 2XX8A 1POTA 4RNSA 4UACA 4Q8RA 2G93A 3K1PA 3QAXA 1SW2A 1UTBA 4WKMA 3SDFA 1B5IA 4FEBA 4PFUA 1NKXA 4WXJA 5B7DA 3ZS6A 4ZDMA 3IAZA 1TFDA 4OZ9A 1MM6A 2REGA 2WOLA 1LFHA 3OO6A 3IL1B 3PPOA 3W9VA 3S4UA 1H44A 1B6HA 2XXTA 2V3QA 4KHZE 2QJEA 4KCCA 2O69A 3KOTA 5ELVA 4ZE8A 1B1XA 1LCFA 4GRKA 4OETA 1MPBA 4DXBA 3H6UA 1Z7ME 3LSFB 3TEPA 2UYEA 4YU0A 1FQAA 1N04A 2O68A 2UYFA 3EF7A 3O2AA 3OENA 1FTLA 4XKPA 3BFTA 4R6HA 2XXHA 3SERA 5CMMA 3G7WA 3FVOA 1OVBA 1PB9A 3K6UA 3PMXA 4IO3A 3U1OA 1AOVA 2VD3A 1B0LA 3GBAA 3VXCA 4PFYA 2QRYA 3OSQA 2Z8DA 2FA7A 3OO9A 4KCDA 3U8QA 4ELRA 3V8XB 4F31B 2QPQA 3LSXA 3H6WA 3K01A 4G68C 4MFIA 3CG3A 1H76A 1MY4A 2AL5A 4Z7EA 5JEIA 3GXAA 5L9OA 5FHMA 3SEUA 1I6QA 5H8SA 5EYFA 5HM4B 4R6YA 3FXUA 2V93A 2G29A 4K3FA 3EPEA 4R73A 1XVYA 5B70A 3TCHA 1B7ZA 4OEUA 4R72A 2NWJA 1ZTYA 3K1NA 4BDOA 3OO7A 1MRPA 3N6TA 4GL0A 5CMBA 1DOTA 4FORA 4LATA 4NWCA 4ZEFA 1B05A 1SW1A 3FJ7A 1DMBA 2RF1A 3K6WA 4JB7A 2OWTA 3L6HA 1IUDA 3VVEA 2PYYA 4G2ZA 3N94A 5H8NB 2DWHA 3CFZA 3S9MC 1EH3A 4H8IA 1MXYA 2ESNA 2LAOA 4EQBA 2DXYA 2QS4A 4PP0A 3C34A 3FASA 3RT8A 1P99A 3EHTA 3C4MA 4QRZA 3W15C 2OBGA 5DEXA 1FCKA 4ELQA 5A5XB 4QFPA 3VE1B 3T96B 1MXWA 2A5TB 5I2NA 1QUIA 3MC2A 4GOTA 5FTIA 4AB6A 5EHSA 2PX1A 4QFOA 3T9HB 4ECFA 5H8FA 2GFEA 1H43A 4YKJA 2B3FA 1EZ9A 4RY1A 4U21A 2P1SA 1USYH 3QK6A 3S9LC 3CSGA 3QYTA 4JXIA 3LSWA 3RLFE 1N7WA 2DYXA 3OOAA 5FHNA 3VLWA 3VLUA 1M5CA 3MUQA 3OD7A 4JBZA 3DP6A 2ONRA 5BUUA 4YMAA 1DPPA 2RKMA 3N6UA 3PAMA 2F6PA 3R7XA 1XT8A 3ECRA 2XXQA 3G3IA 5KCJB 1II5A 2HQ0A 2O7UA 1MPCA 3HV1A 5BWJA 4FAJA 2PT2A 3IB2A 4ESXA 1EZOA 1OLAA 3PPQA 1WVJA 3KG2A 4QHQA 3G3GA 1QKBA 4GFRA 3IJXB 3KGCA 2H99A 3KSJA 2F6GA 3G3HA 4P0IA 4GXAA 3RT6B 3KEIA 4GLIA 2O51A 3O29A 1N3WA 3H06B 3E13X 3FJMA 1B4ZA 1OLCA 2F36A 2ZYOA 4QFKA 3K00A 1B3FA 4AQ4A 4NTLA 3FXRA 5LOMA 5CC2A 1BKAA 1JW4A 1D3KA 1D9YA 1MQJA 3D4GA 3FXQA 3RPWA 4PFWA 1FQFA 3S9EA 3RYAA 3U72A 4RXLA 3IOVA 2I6EA 3K1MA 2GH9A 4GD5A 2RCBA 3KFMA 3KN7A 1XOCA 4OQOA 1LAXA 1TWYA 1GVCA 3FATA 4EF1A 1UTBB 1LB9A 3A3UA 1DTZA 1LAFE 3PD9A 1WDNA 4IO4A 5IKBA 4KD5A 1B7HA 2DE4A 1YAEA 2GHBA 3I3VA 3H4ZA 3MVXA 1AH5A 1RYXA 1VFDA 2DWAA 2V84A 4DIGA 1A8FA 4H5FA 2D3IA 3PPPA 4DLDA 1AMFA 3T9UA 3KZGA 4F19A 1IXGA 1I6AA 4EQ9A 5JK4A 1MQDA 4H6DA 1US5A 3A3CA 3L6GA 1LCTA 3KJTA 3LR1A 1PBPA 4X1DA 1VE4A 5M2VA 3TDJA 2PVUA 1N3XA 4HS7A 1GR2A 3TQLA 3TZAA 3W9WA 5CBSA 2WOPA 3QUFA 5H8HB 4EDPA 4G77A 1OVTA 4LVQA 5H8HA 2THIA 2UXAA 3GLBA 3MPLA 1B1HA 1B40A 3N26A 2IEEA 2F78A 3KBRA 3B6TA 5I56B 3WAFA 1Q1KA 3BBRA 4QSEA 3VVFA 5AA4B 4OESA 4HCWA 1B0HA 1B4HA 3UIFA 5TP9A 1TXFA 4F2OA 4F1VA 4XXUA 4QFNA 4NF5A 4R2BA 1LLSA 2O7IA 1PC3A 4IO7A 4IO5A 1Y1ZA 1URDA 1QJMA 2Z23A 3CFLA 3MQ9A 3OXNA 3T9XB 3OELA 4BDRA 1UQWA 2WOKA 3JYRA 2DWIA 3MWBA 1IQ7A 3K0VA 2P2AA 2D21A 4OWDA 2H98A 4MLVA 3ILUB 1B5HA 1L5TA 1B52A 2HZLA 1OMPA 1IXIA 2Q2AA 1B7UA 2Y7RA 2ZNSA 2Z22A 4G68A 1CE2A 3OO8A 3SEXA 1LAGE 2HAVA 3PGFA 4I9DA 1OQHA 2Q88A 2OCUA 1JW5A 5I57B 1JVYA 4NF4B 1SI0A 1FQBA 2O1MA 2HFBA 2V25A 3FVKA 5I57A 2CZLA 3TCGA 5DEXB 3F11A 1MH3A 3RUMA 2FYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PMWA 4DCYA 3MZBA 3O97A 3LC8A 4PAIA 1AWBA 3CVGA 3IOUA 5EYHA 4O7MA 5TPAA 3UA8A 2KQZA 5I58A 3MVYA 2GRVA 5ISUA 2UVGA 1IITA 5L9SA 3MBPA 2X26A 3QUJA 4THIA 4R9FA 1EYIA 1O64A 3QSLA 5T3JA 2DOJA 1N0TA 2WYPA 2E0SA 2CMOA 3JV9A 2RCAA 2X7PA 4UA8A 3H6TA 4PFIA 3MP8A 2O1LA 2DP8A 5EQ9A 4LZ5A 1MPDA 1BLFA 4GQOA 4I3YA 3K4UA 1NNFA 4TLMB 3VFJA 1SQYA 1HSLA 4N8GA 2A5SA 4MH5A 3U94A 3I6VA 2XXIA 3FJGA 1TFAA 4E0WA 3FV1A 4F39A 3MYUA 1FW0A 2NVUB 1VDWA 1FJ6A 3P7IA 2DQVA 3IJOB 1IMCA 4DE8A 1SW4A 2YJPA 4Z0IA 1NV7A 4YICA 2VHAA 4XEQA 4QSDA 4KR5A 2R71A 1FTOA 2R9JA 1XC1A 2QS3A 2NUVA 2OK2A 1ZLQA 5IM2A 5CI5A 2I4BA 3RYBA 2ALUA 3IX1A 3CR9A 3C36A 3TTLA 4ZEIA 2RINA 2AL4A 3HFUA 4O94A 4OFOA 2X7QA 3IR1A 5DYHA 4QF9A 3EQ1A 4PDHA 1Y9UA 2I0CA 1PEBA 3HHFA 4KXPA 1SW5A 2H4IA 1MY2A 4E0XA 4ONYA 1FTKA 4NHBA 3K02A 5DT6A 5FBPA 4LZ8A 3RQTA 3PPRA 3FZVA 2UVJA 3IFCA 4FE8A 4ELPA 3EN3A 4F2QA 3JZJA 1NV0A 1MXVA 4XXUA 3KN8A 4RPOA 1MM7A 4KYSA 4TQUQ 4P11A 2QFLA 4H0WA 2XXRA 4M4GA 4ZZAA 1LBCA 2RC8A 4LA9A 3ISPA 2PFZA 3M3KA 1B3HA 3U93A 2R6GE 4MF3A 1IZ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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