3WAEA

X-ray structure of fe(iii)-bicarbonates-ttfbpa, a ferric ion-binding protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
PTLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
molecule keywords IRON ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN
publication title A novel mode of ferric ion coordination by the periplasmic ferric ion-binding subunit FbpA of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA02
2W7YA 2D21A 2Z8FA 2Q2CA 1N04A 4R9FA 4AB6A 4ELQA 3TTKA 4EUOA 4BLAA 4G2ZA 2UYEA 2O1LA 4OHNA 1NH7A 1YTVA 5A5XB 5HBCA 4U21A 2X7QA 3OEMA 2HZLA 4JB7A 4F22A 4I8CA 1TWYA 3FVOA 2ANJA 4OYVA 3DP6A 3PMXA 3QXMA 4HW8A 3DELB 2QRYA 4LP2B 4GRKA 3ILUB 2Q88A 1Y9UA 2ZYOA 4TLLB 4JSOA 4GF8A 3H6TA 5L8DA 3R6UA 2RF1A 2H5YA 3HN0A 1FTKA 1LLSA 4EQ7A 1USYH 1LBBA 5L9MA 3N26A 4IY5A 1ZJLA 1POTA 3M3KA 4OEUA 5I58A 4JWOA 1XHYA 5EHMA 4RYAA 4OWDA 3Q26A 2PYYA 3T96B 5I57A 3F11A 1JEVA 3LBSA 3FUZA 3U1OA 1PEBA 4OETA 4KYSA 3TFLA 2H99A 3OO7A 1O64A 4I1DA 4POWA 1P99A 5FHNA 1A8EA 1MS7A 1B0LA 3O6HA 4ZS9A 5EHSA 4M1VA 2ABHA 4IO7A 4DXUA 3KN7A 3MP6A 2FNCA 4G8NA 5DEXA 4KI0E 2DYXA 3KJTA 5I59A 1P1WA 1SW5A 4OMBA 4F3PA 2DWHA 2OBGA 4QFKA 1UTHB 1YPNA 3EHUA 5M2VA 3EHSA 3O6GA 3MZ9A 4OQOA 2UVGA 3WAEA 3FVKA 5I84A 3TCHA 4XKQA 2I48A 4WXJA 5F7VA 5I58B 1MY1A 4FE8A 5H8NA 3QAXA 1M5BA 5I57B 3PUVE 4BDMA 1M5FA 4MFIA 3LSFB 1XC1A 1AMFA 3BBRA 1KWHA 3PPPA 4JBZA 1SBPA 1B52A 2RCAA 2NWJA 1EZOA 3PU5A 4NTLA 1JETA 4XTCQ 2OWSA 1D9YA 3RPWA 1F9BA 4FJPA 1OQGA 2GRVA 3CR9A 4G68A 4XKRA 3PPQA 1SW2A 2P1SA 2V3UA 3N6UA 4JXIA 4F2QA 2REGA 3W15C 2HAUA 3A09A 3JZJA 5I2KA 3A3CA 4FEDA 2H25A 4R73A 4LONB 3UN6A 1B3GA 4U1ZA 1NFTA 3G3IA 3PPOA 3SEUA 1B7UA 3PD9A 3RN8A 1PB7A 3CRBA 3AXFA 5H8NB 2F7BA 3D4CA 3MP1A 3MUQA 3VVFA 3TYHA 1XT8A 3CFLA 4ZECA 2H98A 3G3HA 3FVNA 4ELRA 4THIA 3ODBA 2CMOA 5DVFA 3EN3A 2NUVA 3GLBA 1N0TA 4E0WA 2D3IA 3KZGA 4YMAA 3QUJA 4OEVA 3C9HA 3IR1A 1I6AA 1Z7ME 2I3VA 3MZ1A 2R6GE 4WEPA 2NXOA 3OD7A 2E0SA 4F19A 4XIGQ 2V3QA 1T0KA 2Q2AA 3TDJA 4ZZAA 5I2KB 3T9XB 4BDQA 2ONKE 1JEUA 1LB9A 2OCUA 1MH3A 1BIYA 2F5XA 2LAOA 3C4MA 1URSA 1H45A 4KYEA 1B2HA 4IGRA 4QFLA 4G68C 1QUKA 5KCJB 3SEVA 2F35A 1UQWA 3RUMA 1I6QA 3PPRA 3LSWA 2QS4A 4BDNA 2XXXA 1GV8A 1UTBB 4DLDA 2A5TB 1OVTA 2XXRA 3H6WA 2IEEA 1FQFA 3RT8A 3ZS6A 1MY3A 3IK6B 4H67A 4FEBA 3G3FA 3FGSA 4DXBA 3K01A 3DLNA 3KOTA 4ISUA 5H8QA 1GGGA 2XX8A 4IO2A 4G77A 2AL4A 3VXCA 1M5CA 1Y1MA 4OFOA 4YZZA 2QS2A 3OENA 3DM0A 1MXWA 2I49A 3TAJA 1A40A 2NOOA 4IY6A 1PBPA 4F18A 2AL5A 3RGYA 3K0VA 1FQAA 4PFTA 4U1OA 4H65A 4IGTA 4OXVA 1B46A 2F7AA 3VLVA 4ZEIA 3H03A 3FASA 4N6PA 2FA7A 1BKAA 3TELA 3IX1A 5KZTA 3L6HA 1IXIA 3P7IA 2UYFA 3E13X 3MPLA 3KSJA 2OLBA 4U23A 4GFRA 3V8XB 4KCCA 2XXVA 1ZIUA 5H8QB 4GWOA 5CC2A 1LBCA 2THIA 3T93B 5F1QA 3PUZE 3UIFA 3IOWA 1LCFA 3ZKKA 3ZSFA 4RK9A 4MF3A 1Q1KA 2D5WA 1NMUA 1Y4TA 4R74A 1N3WA 2O68A 3Q28A 4R2BA 5CMCA 3OOAA 4PQJA 2O69A 4H5FA 4XKNA 4EQ9A 4H6DA 1ZBMA 4R2FA 1I69A 1FTOA 3SESA 4C1UA 3MBPA 4QFPA 5I56B 3IO6A 4UACA 4F1UA 1P1QA 4U4XA 3S9EA 1R6ZA 1ZMGA 3IAZA 4M4GA 1LAHE 5DVIA 2P2AA 4F1VA 1EZ9A 3CVGA 1B4ZA 1ZU0A 1JW1A 4BDRA 3RLFE 3LSXA 3E9XA 2I4CA 1VSOA 1OLCA 1QKBA 4KHZE 2HEUA 2OK2A 2PVUA 3HSTA 1TFAA 1HSEA 3C34A 1MPCA 4RJZA 2R9JA 1B3HA 1OVBA 4O3AA 4ZZEA 2X26A 4MLQA 2XX9A 3FXRA 2G93A 5CBRA 1A99A 2Y84A 5J1DA 2OWTA 2DE2A 3OEKA 3C36A 5K2YA 1ZKBA 3TQWA 4GL8A 5I2NA 3B6TA 1P1OA 1B05A 5BUUA 4QFNA 4GD5A 1VE4A 1LB8A 3K1MA 3LR1A 4GL0A 5B70A 4YMBA 1WVJA 1B3FA 2YPNA 1A7LA 3E4RA 4QFOA 1Y1ZA 1UTHA 2VP1A 3KSXA 5H8HA 1MDP1 1EH3A 4LATA 4PE5B 5CRYA 3TZAA 1IZ1A 2UXAA 1URDA 3SEXA 3VFJA 1RKMA 3SDFA 1LSTA 2O1MA 2AIXA 1XOCA 4OZ9A 1B5JA 2V25A 3IB1A 2QL3A 2H9BA 5ITPA 2ALUA 4QSCA 4Q5TA 4C1TA 5I2NB 1AIVA 5ICQA 1LFIA 4AQ4A 4YAHX 2A5SA 4LZ5A 1FQCA 4TOZA 4BDLA 3LSLA 1S7YA 1BTJA 1LAFE 4IO3A 2I0CA 2XXTA 3MVWA 3IOUA 1S9TA 1POY1 4PFYA 2DWAA 4YKKA 4GXSB 2B3BA 4IB2A 3KN3A 2F36A 3H6VA 4DIGA 4E0XA 5H8HB 2XXIA 2PMSA 5EYFA 2I3WA 4ONYA 4RXLA 3B7DA 5TP9B 1B40A 2Z8EA 2GHBA 1DSNA 5AA3A 5JK4A 2DE3A 1H3DA 1PBQA 1MXXA 2VGQA 4NWDA 4U4SA 3IJOB 2VOZA 2XXYA 2OZZA 4LZ7A 3A3UA 3KJ7A 2FYIA 2HCAA 3IO4A 3FZVA 4F2OA 1FTJA 2XD2A 4EDPA 3TTNA 5TU0A 1AOVA 1HSLA 1QW0A 2GHAA 3N5LA 3B6QA 4Q8RA 3ILTB 3O2AA 2I58A 1PB8A 4NWCA 3HCQA 1B51A 3KG2A 4R72A 3GXAA 4X1DA 4QSEA 3SEYA 5DT6A 1MQGA 3FXQA 3IL1B 3O9PA 1CB6A 3QIMA 4NF6A 3K1NA 3FV2A 2IA4A 1XVXA 1TT1A 4LUBA 3LC8A 4YKIA 4R6HA 5TPAB 1MXYA 4GQOA 1ANFA 4Z0IA 3G3GA 1LGBC 5KCJA 2Y7WA 2GFEA 4LQ5A 2O84X 3TTRA 4ZE8A 5KDTA 1N7XA 4GXAA 1B0HA 3EQ1A 2G29A 3VVDA 3HHGA 3CFXA 1MH4A 1UTBA 2A5TA 3O29A 2DWJA 5AE4A 3K4UA 4HS7A 3K6XA 3N94A 2DSFA 3SERA 1B5IA 1DTGA 1DPEA 3EHTA 1B1HA 3TKDA 1N76A 4DXCA 1DMBA 5CMBA 3K6VA 1D4NA 3M8UA 3TODA 3CSGA 1H76A 5JTYB 1MG1A 4F31B 5ELVA 2XHDA 2CZLA 5FTIA 4IO5A 3SEWA 2O7IA 2ESNA 2XXQA 4NF6B 1DOTA 3FJGA 3V89B 5FHMA 1N7WA 3FXUA 2RKMA 4FORA 3KFMA 2Q89A 1B5HA 3TTLA 1WODA 1UIUA 2P0SA 5KDTB 1SW4A 1GTKA 2ZXTA 1IEJA 3S9LC 2Y7RA 4RPNA 4I9DA 3RTFB 1SI0A 1YCJA 1NNFA 4O3BA 3U94A 2DQVA 1MQDA 1PB9A 2B65A 3MP8A 2E1SA 4ND9A 2UVIA 3S9MC 2DXYA 2O7UA 3C35A 3TEPA 2XD3A 3U93A 3LUYA 5H8FA 4OFJA 1R9LA 1JQFA 2O51A 1BP5A 1B9JA 1SQYA 3S4UA 4RY1A 1PC3A 4YKJA 2ZYMA 4OERA 3HHFA 1A55A 3V83A 4MH5A 3C32A 2Z22A 4KD5A 5I56A 1IXCA 3V5AA 4GVOA 4AB5A 4F29A 4NF5B 2VD3A 3Q25A 4ZEFA 3N6TA 3U92A 1ZTYA 3G3JA 4QSDA 4ELOA 4IO6A 2Y7KA 4EXLA 3MVZA 4JWXA 4L17A 4G4PA 3EPEA 2VD2A 1AL3A 1Y3PA 4DCXA 1MXZA 4RNSA 4RA1A 3IOTA 5AA2B 1MQIA 1SI1A 1MY4A 5CI5A 5AA4A 4YKPA 4RPOA 5FTHA 5H8FB 1TXFA 3HPIA 2Y7IA 4YB5A 5CBSA 2GH9A 2HFBA 3UP9A 1B58A 3CI8A 1MXUA 3FV1A 2ZYKA 3IORA 3H6UA 4EF1A 1MRPA 1FW0A 3PPNA 3RY3A 2Q9TA 4HTGA 3S9NC 2AYSA 3WAFA 3OXNA 1IUDA 1JW5A 4DZ1A 1N84A 1US5A 3U72A 2Z8DA 2B3FA 2QS1A 1IQ7A 1ZLQA 3K6WA 1VR5A 1Y3NA 4EQBA 1AH5A 1MY0A 3FVGA 4DDDA 3OO9A 4ECFA 4YU0A 4H8IA 5AA4B 3TCFA 3FATA 1JVXA 3PD8A 4FATA 3IB0A 1FQEA 3H4ZA 2ZNUA 4KCDA 1NH8A 2DS9A 4ZEKA 1O7TA 1RYXA 4R6KA 2PX1A 4JSDA 2DXRA 4EXKA 2F97A 3I3VA 4KFQA 5LOMA 2UVJA 3VLWA 1VFDA 1B3EA 3UK4A 1S50A 1JW4A 3H3GA 3Q29A 5CMKA 1SYHA 3CG3A 3R26A 1Z7NE 4K3FA 1MY2A 4POXA 5CMMA 3TPAA 3FIRA 2HXWA 4O3CA 1QJMA 1BLFA 1MXVA 4KPTA 3W9VA 4NF4A 5TP9A 3K6UA 3DP4A 1H44A 1II5A 4ZE9A 2YJPA 1QUJA 2ONRA 3IOVA 3TUSA 3CSBA 3H7MA 4YB6A 4NEDA 3PMVA 4X9TA 1M5EA 2QSXA 1QKAA 1B32A 3GBBA 3C33A 4OFLA 3HO7A 1ELJA 3H06B 4HCWA 1Y20A 3T9UA 4TQUQ 1R1NA 3FJ7A 4WKMA 2NVUB 1QVSA 4RK2A 5AA2D 1TFDA 1XVYA 3G3KA 1P1NA 2RC8A 1A8FA 4OVJA 3U8QA 4PETA 1OQHA 4P0IA 4MLVA 2BJJX 3B6WA 2XXHA 3M3LA 3MQ9A 4F3GA 3GZGA 5L9OA 3KN8A 3TTMA 1USYE 3C31A 4ZEBA 4FIMA 4EF2A 1SYIA 5DTBA 4DE8A 2QPQA 2HZKA 3SETA 5TPAA 3R7XA 3MZBA 4NF4B 5ISUA 2Y7PA 4OENA 4U22A 3G7WA 1DTZA 4KQPA 2HQ0A 5HPQA 1A54A 2XX7A 2QMXA 1LFGA 1MPBA 2V84A 3ONMA 3CFZA 2WKYA 5JEIA 2PT2A 5CM6A 1YAEA 1N3XA 3RQTA 1LCTA 4DCYA 3VV5A 4GLIA 3O28A 2XXWA 5IAIA 1FTMA 4G8HA 4LA9A 4MBPA 3ZKLA 4LZ8A 1QULA 3MVXA 4PP0A 1RYOA 4KR5A 4P0GA 2DP8A 5JTYA 4P11A 3VLUA 4C0RA 3OELA 1H43A 4H5GA 3TMGA 1LFHA 2ZMBA 3EF7A 4F3SA 4LVQA 2F8DA 3KGCA 5L9SA 5ITOA 1IXHA 1MQJA 3QUFA 4OESA 1O63A 5ICTA 3KEIA 2V93A 2XXUA 5DEXB 2F6GA 1NKXA 1DPPA 3JYRA 1SDXA 5I59B 4Q0CA 4Q30B 2X7PA 3O6IA 3MVYA 5AA1A 4FECA 4X1BA 1JVYA 3D4GA 1MQHA 2DOJA 1IIWA 3MWBA 5IKBA 1OMPA 2UVHA 1B7ZA 3VXBA 3Q27A 2ZYNA 2REJA 3PV0E 4H1XA 3T66A 4JDFA 4UA8A 3T9HB 1B3LA 2F7CA 4XKPA 3CIJA 1FQDA 3PMWA 3T22A 3PUYE 2RINA 1PDAA 1GVCA 1VFEA 2ZNSA 2QMWA 3MJNA 3S2VA 4HCYA 2RCBA 4H8JA 3MPKA 2OJTA 3RTWB 3TQLA 3CG1A 4IO4A 2PT1A 3PUXE 3DP8A 4G68B 1SW1A 1HSJA 3QK6A 4PFWA 3M3FA 3W9WA 4F3BA 1EZPA 4QHQA 4Z7EA 1Y4CA 2XXPA 5FHOA 1QUIA 1IITA 1B7HA 2V3TA 1LAGE 1I6BA 5DVJA 2I6EA 4NF5A 4GIZA 4QRZA 4FAJA 3KBRA 3BFTA 3OSRA 1P1UA 4F1YA 3BKIB 1J1NA 3VE1B 1NL5A 5K2XA 1OIBA 5BWJA 4U2RA 3RT6B 3L6GA 5B7DA 3UORA 1MM6A 5AA2A 1ATGA 4F39A 3GBAA 3OMBA 1CE2A 1D9VA 2I4BA 1NNKA 3FD3A 1SD3A 4NMYA 3T9VA 4NF8A 2F78A 4R9GA 2ZNTA 5DYHA 5H8SA 1LAXA 1URGA 3KOSA 1OLAA 3HV1A 1NNTA 1NNPA 3BFUA 3I5OA 2HAVA 2QS3A 3O66A 3MC2A 2DE4A 2DWIA 4OTEA 2O6AA 1US4A 4LQ2A 1FTLA 3MAMA 4XXUA 2DVZA 2RC9A 2QJEA 3K00A 4X48A 1IXGA 1Y3QA 3UA8A 4I62A 2F6PA 4GOTA 3IJXB 2DVCA 3PUWE 4G8MA 2F34A 3OSQA 1SVXB 3THIA 3USDA 3OO6A 3QSLA 4R75A 1B1XA 1D3KA 1EU8A 4N07A 2Z23A 1GR2A 4ZDMA 1JNFA 3VDFA 1M5DA 3I6VA 3K2DA 4ESWA 3UGWA 2H4IA 4NF8B 2PBWA 1B4HA 1MPDA 2I0BA 4KYDA 3OO8A 2KLFA 3K1PA 1WDNA 5A5XA 4YB7A 2YLNA 3RNNA 3JV9A 4R6YA 4JWYA 3TCGA 3MW0A 4WEDA 4ZEDA 3VVEA 1FQBA 4QF9A 3FJMA 1FCKA 2VHAA 4TLMB 2M8CA 3E3KA 3IB2A 4PFUA 1MDQA 1XS5A 4YICA 2R71A 4ESXA 3SKPA 3QYTA 4N13A 1UIVA 4H0WA 1L5TA 1R9QA 4ELPA 3ECRA 4BDOA 1Q35A 5HM4B 2RC7A 3O97A 4NE4A 2Q8JA 2ONSA 3PGFA 1MM7A 1B6HA 3K02A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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