3WAEA

X-ray structure of fe(iii)-bicarbonates-ttfbpa, a ferric ion-binding protein from thermus thermophilus hb8
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
PTLTIYSGRGQSLVEPLVKQFEAETGIRVQVRYSTDAQILAALQEEGSRSPADLFWANTAGALGQASAKGLLRPLGETLLEKPIAFVPASRTWVPVTVRLRVLAYNPDRIKAEELPESLLDLPRFAREKGLVGRVGWTPTYSSFQDMVAGMIALYGEEKTREWLLAMKALAPKAYPSNPAMLDAIRAGEVDLGSTNHYYVVRFRRAGYRLGMHHFRDGDAGNLALVTGAGLLKTSKNLAAATRFLTYLLSPQAQQYFVGNIGEYPLVKGVALDPNLLPLEEALAKSPKLDLEKLPLDRALRLLRETGVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
source organism Thermus thermophilus
publication title A novel mode of ferric ion coordination by the periplasmic ferric ion-binding subunit FbpA of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule keywords IRON ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3waeA02
4LP2B 2UVHA 3SESA 1LAXA 4RNSA 3IOVA 2B65A 1J1NA 1NNPA 5AA1A 1HSLA 4OYVA 1R9LA 5B7DA 1US5A 4FORA 4OERA 3R7XA 3FXUA 3N5LA 4IGTA 4ECFA 3L6HA 4QSEA 2Y7KA 1B3FA 4NF6A 4F2OA 2VD2A 2X7QA 2XX7A 4X1BA 4OHNA 3DM0A 3ZS6A 2RCBA 3K6VA 3FIRA 3I3VA 4H5FA 3FXRA 1LFGA 2DS9A 1PB7A 4H67A 2F78A 4RXLA 3LSXA 2A5TA 3TDJA 3CVGA 3PMWA 4OEVA 3ILTB 4BDQA 3VDFA 5CMCA 2REJA 3KN3A 2PX1A 2ALUA 4PFTA 1AOVA 3S2VA 1I6AA 3TTKA 3O66A 2XXXA 2XHDA 3A09A 3RGYA 4OETA 4RPNA 3H6UA 2HAVA 4YB7A 4AQ4A 3EPEA 1BKAA 2Q88A 3QXMA 1FQCA 4YAHX 4JWYA 4R9GA 3S9NC 2UYEA 3U1OA 3VVDA 4Q5TA 3G3HA 2DE2A 3E3KA 1SYIA 4EDPA 4R2BA 4KYDA 5CM6A 1UQWA 1MPDA 2YPNA 2QSXA 2F34A 1ZTYA 1XOCA 1POTA 3ECRA 4AB5A 3PMXA 3KOSA 1QJMA 4G8MA 3SERA 4YKPA 2CMOA 1ZIUA 1UTBB 2I4BA 3O29A 3E9XA 1XHYA 1N7XA 3OO6A 3FATA 2M8CA 1MXWA 1AH5A 2QRYA 3C4MA 1GR2A 3USDA 3HN0A 4H8IA 4P0IA 4M4GA 4WEPA 3H6WA 4PFYA 2P2AA 4FAJA 2PYYA 3T66A 3PUXE 4NWDA 3SEXA 1POY1 2VHAA 5LOMA 2HAUA 5H8FB 1USYE 1PBPA 1F9BA 2NWJA 1FTLA 5H8QB 2Z8EA 4RPOA 4O3BA 4F29A 1IUDA 1BIYA 1IEJA 3LSWA 1A8EA 2IA4A 2ZXTA 1GVCA 5TU0A 4G68C 4ELRA 3LR1A 1AMFA 2RKMA 3M8UA 1A40A 1JW4A 3DP6A 5EYFA 2CZLA 1JW1A 2VD3A 3OELA 1MY0A 1YTVA 4TQUQ 2ZYNA 3TQLA 4JSDA 5I57B 3FXQA 3OOAA 4GD5A 3I6VA 3OO8A 2PVUA 1EZPA 1UTHB 1UTBA 3GLBA 4IY5A 1SW2A 5KCJB 4LQ5A 1MM7A 3LSLA 3OENA 1ZMGA 1MQGA 4KCCA 3RPWA 3TQWA 4ELQA 2GHAA 1EH3A 2F7CA 2OBGA 4I1DA 1LFHA 3I5OA 2WKYA 3KJTA 3TPAA 3FJ7A 2X7PA 2PT2A 1H43A 1M5FA 3T9VA 1B5IA 1OQHA 4WEDA 5I2NA 2O1LA 4F3GA 3E13X 1SD3A 3R26A 3H06B 4NTLA 4X9TA 1B0HA 2UXAA 5H8FA 4C0RA 3A3CA 4BDRA 1MXVA 3SEYA 3G3GA 5H8QA 4EXKA 2H25A 2YLNA 4R2FA 1URGA 2ANJA 3IX1A 1Y4CA 1P1WA 3B7DA 1JEUA 3OEKA 4OZ9A 1BTJA 1JNFA 1LCTA 4ND9A 4U22A 3RQTA 1A55A 5IKBA 2QPQA 3CIJA 4LUBA 2XXQA 3TEPA 2I58A 4WXJA 1QVSA 4POWA 4GXAA 1TFDA 5I57A 5DVIA 2DWIA 5I2KB 1ZBMA 1AL3A 5DT6A 4UA8A 2I48A 1IQ7A 4IO6A 1Q35A 1USYH 4TLMB 3RLFE 1H3DA 2O1MA 2OWTA 4QFKA 3B6WA 3N94A 1L5TA 3W9VA 4ZEBA 2DWHA 2HZLA 3KSJA 5KCJA 5AE4A 4U23A 1RYXA 2F97A 3MJNA 4KFQA 3TUSA 4R9FA 1US4A 1N84A 2PBWA 2H4IA 2XXVA 3LUYA 1MXUA 5FHOA 1OIBA 3CSGA 4MFIA 3RNNA 4YU0A 4YB5A 4DZ1A 5CRYA 1MY3A 3N6UA 1URSA 3GBBA 4BDNA 1HSJA 5L9MA 2PMSA 5H8SA 3HSTA 1FTJA 4HTGA 4LZ7A 3TTLA 1M5BA 1DMBA 1ATGA 2G93A 2O68A 3PPPA 4NMYA 4WKMA 3RTFB 4KD5A 1DPPA 2Q2AA 2DWJA 1II5A 3KFMA 1MXZA 2OK2A 4EF2A 3QIMA 3VLVA 3L6GA 1JEVA 1I6BA 2Z22A 1M5CA 3U72A 2F7BA 1VSOA 5L9SA 3H3GA 3K02A 2ABHA 3PUVE 1Y9UA 2I0BA 4N6PA 5I2KA 4O3CA 1B40A 3TCHA 3V89B 4F2QA 4R75A 4P11A 2A5TB 1YCJA 3CR9A 3KN8A 1OQGA 3O28A 5DTBA 2D5WA 2X26A 3E4RA 2XXHA 1VFDA 2XD3A 4LZ5A 3BBRA 3KZGA 2O69A 1DOTA 1TXFA 1H44A 4F31B 1DSNA 3TAJA 3O2AA 5CC2A 4MF3A 4OFLA 1N3XA 3DP8A 4FATA 3VVFA 1Y3PA 1T0KA 1DTGA 2V84A 3TTMA 3THIA 3F11A 5ISUA 3CFLA 3PMVA 3VXCA 1JQFA 1IXHA 3IB1A 4FJPA 4NF4B 3PV0E 3T93B 3TODA 1SW1A 1B05A 4L17A 3BFTA 2AL4A 3CI8A 4I9DA 1MQIA 3O97A 1SDXA 4LATA 1LSTA 3QAXA 1XVYA 4PFWA 3IAZA 3M3FA 4FIMA 5ITOA 5AA2D 1PC3A 2G29A 3T22A 1I6QA 1I69A 5DYHA 2H98A 4IB2A 3KGCA 1B6HA 4OESA 4ISUA 5HM4B 3PPQA 5JTYB 1D4NA 3FVGA 4XKNA 5K2YA 2XXYA 1B58A 3VLWA 4GWOA 1QKAA 4OENA 3BFUA 3IK6B 4GOTA 1IXGA 4R73A 3PU5A 3PUYE 4GIZA 1B3HA 1Q1KA 5L9OA 2I3WA 4EXLA 4GRKA 2Y7IA 2Z8FA 1Y1ZA 3IJXB 4OEUA 3K6UA 3G3JA 3HHGA 3QSLA 2AL5A 2FYIA 1O63A 2XXIA 1MM6A 3FV1A 1NH8A 1IZ1A 3B6TA 2HXWA 2HZKA 5H8HB 4DXUA 4YKIA 3OSQA 5KDTB 2O51A 4NF4A 1PEBA 5F7VA 1WDNA 2ZNTA 3OO7A 3S9MC 2ESNA 1FQAA 4QSDA 2DE4A 4F1YA 4RY1A 3H03A 3MVXA 1FTMA 3U92A 1B52A 3M3LA 2DP8A 3HPIA 4RA1A 1LB9A 1MH4A 1LB8A 3HHFA 3IOTA 1MY2A 3ODBA 3TKDA 4KPTA 1JW5A 1S50A 3FV2A 5TP9A 4IO5A 3PUZE 4DXBA 1LLSA 5JTYA 4JWOA 3OXNA 4U4SA 4N07A 3FZVA 5FTHA 1Z7NE 3V8XB 2OCUA 4EQ9A 1CB6A 3D4GA 3N6TA 1XT8A 3KG2A 5CBRA 2Z8DA 3V83A 3MP8A 1UIUA 1P1OA 4R72A 1FQFA 4H1XA 2QL3A 3UIFA 5I2NB 5AA3A 4JDFA 4LZ8A 4X48A 4RJZA 1JETA 1TFAA 4Z7EA 4UACA 1EZOA 4GL0A 2QS2A 1P1NA 3GXAA 3T9XB 2XX8A 4KI0E 3C36A 3K0VA 3P7IA 1PB9A 1Y20A 3MW0A 2R9JA 4NWCA 3UGWA 5H8HA 3MPKA 2H99A 3IO6A 1MDP1 5KDTA 3HCQA 1D9YA 1MPCA 3S4UA 4H6DA 4G8HA 1MG1A 4MLVA 4ZEIA 3Q28A 4DDDA 3FASA 3AXFA 1EZ9A 2O84X 4OXVA 3MC2A 3UN6A 5H8NB 4FECA 2Q2CA 4E0XA 2VP1A 3RUMA 3KBRA 3LSFB 3R6UA 5K2XA 2XXTA 4ZZAA 1NMUA 4ZE8A 1Y3NA 4JXIA 2I6EA 1B51A 3CSBA 3VXBA 1AIVA 1B5JA 3H7MA 1KWHA 3Q25A 3GZGA 4YKJA 4G8NA 3IB0A 2ONRA 4QF9A 2QMXA 3V5AA 3C33A 1BP5A 4HS7A 3MWBA 3ONMA 4I62A 4H65A 1NNTA 1MXYA 2V3UA 4PETA 5EHSA 3G7WA 1Z7ME 1MDQA 4PP0A 5DEXB 4YMBA 3VV5A 3FJGA 3JZJA 3TTRA 3S9EA 4FEBA 4JWXA 3HV1A 1D9VA 3FVKA 1CE2A 4QSCA 3GBAA 3EHTA 3MP6A 1GTKA 3G3IA 2B3BA 4KCDA 3KJ7A 2GRVA 3K6WA 1ZKBA 2DQVA 2QJEA 3MPLA 3MVYA 4BDOA 3H6VA 4ZS9A 3C34A 3VE1B 2DXRA 1XC1A 1N76A 3ZSFA 4EQBA 4U1OA 4ESWA 2GHBA 3W15C 3IORA 1R6ZA 3SEWA 3IO4A 5H8NA 4H5GA 3O9PA 1B3EA 1M5EA 4EUOA 3CG1A 4XKQA 3U94A 4KYSA 3MQ9A 5J1DA 4E0WA 2RC9A 5B70A 3PPNA 2E1SA 3MAMA 3N26A 4QFNA 3VFJA 1NH7A 2ZNUA 1RYOA 3UK4A 1QKBA 4IO2A 4OTEA 1Y3QA 3S9LC 2XXRA 1WVJA 3RT6B 5CI5A 4BDMA 1N3WA 2YJPA 4YZZA 2NOOA 4IO4A 1ZLQA 1LAFE 4N13A 1GV8A 4I8CA 3ZKKA 1N04A 4F22A 5DEXA 1S7YA 4PQJA 3K4UA 1H76A 1OLCA 3Q27A 2THIA 4ZE9A 5BUUA 1OMPA 2OJTA 3G3KA 3DLNA 3TZAA 1LBBA 2DWAA 1GGGA 3IOWA 2GH9A 3JV9A 2A5SA 2AIXA 3TMGA 1VFEA 2DXYA 2QS3A 4LONB 3T9UA 5F1QA 2DSFA 1B0LA 4K3FA 4F19A 4OVJA 4G4PA 4DCYA 1A8FA 1ANFA 1MQDA 5FTIA 1MQJA 5JEIA 3FUZA 4DIGA 3RTWB 1SBPA 4PFUA 4DE8A 1RKMA 1FQDA 4RK9A 3OSRA 2Q9TA 5DVFA 1R9QA 1FW0A 1B3LA 3UORA 4YKKA 4NF8B 1SQYA 1B9JA 3K1PA 2UVJA 3OD7A 1B7UA 3DP4A 2F7AA 4XXUA 5AA2B 4QFPA 1TWYA 2HCAA 2XXWA 2DOJA 2Z23A 5I59B 1B7ZA 3CFZA 2V93A 3QUFA 3CG3A 3RT8A 4NF5B 2RC8A 1JVXA 3SEUA 1MS7A 4OQOA 2RCAA 5A5XB 4MH5A 4AB6A 5ITPA 3QYTA 3H4ZA 3K00A 3LC8A 1B4HA 1IXCA 4GVOA 2W7YA 2I3VA 3G3FA 2F36A 4X1DA 4OFOA 4ZEDA 3MUQA 1SW5A 2ZMBA 4JSOA 4C1TA 1R1NA 3U8QA 1Y4TA 2Q89A 2R6GE 3OEMA 5TP9B 1JVYA 1NKXA 5ICQA 4F3PA 3SEVA 1HSEA 1PB8A 5CMKA 3IJOB 2NXOA 3UP9A 2R71A 1ZU0A 2UYFA 4DLDA 2I0CA 2VOZA 4LA9A 4XKPA 3B6QA 4QFLA 1IITA 3RY3A 4HW8A 3O6GA 4G77A 1H45A 4Q8RA 4NF8A 2DYXA 2I49A 2I4CA 4DXCA 4OMBA 3OMBA 4ZZEA 4NE4A 1LAHE 3H6TA 5AA2A 4XIGQ 2H5YA 3FVOA 5CMMA 5I59A 3LBSA 2OZZA 1M5DA 4NEDA 5L8DA 2HFBA 4G2ZA 4NF5A 1D3KA 2GFEA 3TTNA 5I58B 5FHNA 3SDFA 4R74A 5A5XA 1FQBA 4BLAA 1YAEA 4IO3A 1ELJA 4LVQA 4ELOA 1P1UA 4QHQA 1PDAA 2NUVA 4OWDA 1S9TA 5ICTA 2HEUA 3RN8A 1A99A 4JB7A 2Y7PA 3EF7A 4R6HA 2KLFA 3HO7A 3BKIB 5KZTA 4GXSB 3ILUB 1SYHA 1IXIA 3C32A 1LBCA 2RINA 3QUJA 3C9HA 3WAFA 2XD2A 2RC7A 1O7TA 4IY6A 5HBCA 2Y7WA 5JK4A 4O3AA 1B5HA 4QRZA 3FGSA 2QMWA 3O6IA 1MXXA 1DPEA 4F3BA 1TT1A 4IGRA 3FD3A 1LAGE 1MH3A 2LAOA 2XXPA 4U21A 1IIWA 1OVBA 3OO9A 4G68B 3PUWE 1PBQA 4BDLA 2ZNSA 4F3SA 4ONYA 5DVJA 1QW0A 4R6YA 4GLIA 4GL8A 3PD8A 4IO7A 4RK2A 1DTZA 4R6KA 2VGQA 5IAIA 1MY1A 3EQ1A 3IOUA 5I58A 4FE8A 5I56B 2ZYMA 2HQ0A 3SETA 4TLLB 2IEEA 3EHSA 2Y7RA 5BWJA 2F35A 2ONKE 4XTCQ 4U2RA 4ELPA 1BLFA 2ZYKA 4Q0CA 4KHZE 1SI0A 1FTKA 1SVXB 4P0GA 1A54A 1ZJLA 4HCWA 1EU8A 5FHMA 3KEIA 2DVZA 4U1ZA 2DE3A 2UVIA 1B4ZA 4QFOA 4Z0IA 4XKRA 2BJJX 5M2VA 1B2HA 2QS1A 1O64A 2Q8JA 1A7LA 3MBPA 1WODA 1N0TA 3TCGA 3DELB 2Y84A 4LQ2A 1UIVA 2B3FA 2O6AA 4Q30B 1FTOA 3MP1A 4G68A 1SW4A 1MY4A 4PE5B 2OLBA 3CRBA 3MZ9A 3TCFA 2E0SA 3Q29A 1OLAA 4JBZA 1Y1MA 2REGA 3C31A 3KN7A 1NL5A 4F39A 1NFTA 1URDA 2QS4A 3C35A 4H0WA 5CMBA 1QUIA 5I56A 4FEDA 4KR5A 3TELA 3K6XA 3T9HB 2PT1A 4HCYA 1QUJA 4F1VA 5AA4B 3JYRA 2V25A 5ELVA 1P99A 3IL1B 3TYHA 3ZKLA 3PD9A 2H9BA 4YICA 2OWSA 2UVGA 4ZDMA 5TPAB 4YB6A 3FJMA 4ZEFA 1UTHA 1QULA 1MRPA 2RF1A 1P1QA 3UA8A 2AYSA 2F5XA 4GFRA 1FCKA 3PPRA 4POXA 4TOZA 1FQEA 3W9WA 3K1NA 1B1XA 1YPNA 1NNKA 1NNFA 4U4XA 3K1MA 1LFIA 1XVXA 4GQOA 2NVUB 1SI1A 4MBPA 3D4CA 2D3IA 1LGBC 2DVCA 1XS5A 2ONSA 1MQHA 4EF1A 4KQPA 2D21A 1LCFA 3CFXA 3IB2A 2O7UA 2V3QA 3EN3A 3U93A 2V3TA 3M3KA 2O7IA 4MLQA 1B7HA 5EHMA 3WAEA 3K01A 3Q26A 5CBSA 3QK6A 2XX9A 4NF6B 4ESXA 1B32A 1N7WA 2P0SA 2FNCA 3MZBA 5AA4A 2XXUA 3TFLA 2P1SA 3MVWA 3SKPA 4F18A 4C1UA 3EHUA 4OFJA 1VE4A 1MPBA 2F6GA 4DCXA 4THIA 5HPQA 1QUKA 5TPAA 2F6PA 5I84A 3VLUA 4ZECA 3KSXA 1OVTA 4GF8A 3PGFA 4M1VA 1B46A 3MVZA 1VR5A 3PPOA 4ZEKA 2ZYOA 3KOTA 4EQ7A 4KYEA 4YMAA 1B1HA 4H8JA 4F1UA 4RYAA 1B3GA 3FVNA 3K2DA 3IR1A 3T96B 2F8DA 3A3UA 2FA7A 3VVEA 3MZ1A 3O6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LP2B 4OVSA 2UVHA 3SESA 1FJ6A 1LAXA 4RNSA 1LBWA 3IOVA 2B65A 1J1NA 1NNPA 5AA1A 1BK4A 4DI3D 3T1BA 1HSLA 4OYVA 1R9LA 5IZZA 5B7DA 1US5A 4FORA 4OERA 3R7XA 3FXUA 3N5LA 4IGTA 4ECFA 2F3DA 3L6HA 4QSEA 2Y7KA 5IZ3B 1B3FA 4NF6A 4F2OA 2VD2A 2X7QA 2XX7A 4X1BA 4OHNA 3DM0A 3ZS6A 2RCBA 3K6VA 3FIRA 3I3VA 3IFCA 1FPLA 4PF8A 4H5FA 3FXRA 1LFGA 2JJKA 2DS9A 1PB7A 4H67A 2F78A 4RXLA 3LSXA 2A5TA 3TDJA 3CVGA 2B4LA 4PDDA 3PMWA 4OEVA 2CEXA 3ILTB 4BDQA 3VDFA 4PGPA 5CMCA 2REJA 3KN3A 2PX1A 2ALUA 4KXPA 4PFTA 1AOVA 3S2VA 1I6AA 5ET8A 3TTKA 3O66A 2XXXA 2XHDA 3A09A 3RGYA 4OETA 2FBPA 4RPNA 3H6UA 2HAVA 4YB7A 4AQ4A 3EPEA 1BKAA 2Q88A 3QXMA 1FQCA 4YAHX 4JWYA 4R9GA 3S9NC 2UYEA 3U1OA 3VVDA 4Q5TA 3G3HA 4MJOA 2DE2A 3E3KA 1SYIA 4MEVA 4EDPA 1KA0A 4XEQA 4R2BA 4KYDA 5CM6A 1UQWA 4GBWA 1MPDA 1NUWA 2YPNA 2QSXA 2F34A 1ZTYA 1XOCA 4O8MA 1POTA 3ECRA 4AB5A 3PMXA 5IZ3A 3KOSA 5IM2A 1QJMA 4G8MA 3SERA 4YKPA 5T3JA 2V4CA 2CMOA 1ZIUA 4P56A 2KR0A 1UTBB 2I4BA 3O29A 3E9XA 1XHYA 1N7XA 1DK4A 1QGXA 3OO6A 3FATA 2M8CA 1MXWA 1AH5A 2QRYA 3C4MA 1GR2A 3USDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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