4ZEBA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 157
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zebA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zebA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zebA02
2THIA 1HSEA 4O3AA 3ZKKA 4NE4A 4FAJA 2DVCA 3T66A 2XXQA 3FUZA 1FQBA 2NVUB 4GFRA 3KBRA 1M5BA 3SEYA 4OFOA 4RYAA 1IEJA 3FGSA 4H5FA 3KSXA 1MQDA 3OMBA 1QUIA 3K1NA 4YMAA 2VOZA 1A7LA 3HHFA 3EN3A 2Z8EA 3C9HA 2ZNUA 5I57A 1UQWA 3RYBA 4OVJA 3ZKLA 3KGCA 4RPNA 1IQ7A 5L9SA 1VFEA 1MQJA 1SW4A 3MP8A 3KJTA 2DE4A 3VVEA 1MG1A 1USYE 2RCAA 4GL0A 1B7UA 1GVCA 4XIGQ 1IZ1A 4U21A 4PFWA 4I9DA 3MBPA 4JSOA 1WVJA 4U1OA 2UYEA 4NF5A 3SEUA 2HAUA 1B46A 4AB5A 1N76A 3C34A 4YB6A 1MY2A 4IY5A 4U22A 3T93B 1SW2A 3O2AA 5L8DA 3G7WA 3TMGA 1MH3A 1O63A 1F9BA 3QK6A 3S9EA 4HCWA 3EHTA 5JEIA 4MFIA 2QS4A 5EYFA 5FTIA 3K4UA 3VE1B 1LBBA 5I56A 3RLFE 1LFHA 1USYH 4F1YA 3VFJA 4R2FA 2DS9A 4H8JA 3K2DA 3RT8A 4JWYA 2P0SA 5DVJA 5KDTA 3I3VA 3C33A 1M5EA 4X48A 4YICA 1PEBA 1R9LA 2P2AA 2OJTA 5LOMA 1ZIUA 2AIXA 3KOTA 1ZKBA 1B0HA 2XXWA 3TODA 3S9NC 1N3XA 1H45A 5H8NB 2NUVA 5I58A 5IAIA 2Y7IA 5A5XB 2Q89A 4OENA 1ZBMA 1GV8A 2RC8A 1QJMA 2V93A 4KHZE 1DMBA 4F3BA 3QYTA 4G2ZA 2B4LA 2XXPA 2HZLA 4WKMA 3S9LC 4OWDA 5ICTA 3MJNA 1FQAA 4LA9A 4EUOA 4TLMB 2DOJA 1XVXA 1FQEA 4MBPA 4HTGA 1B3HA 1UTHB 4NWCA 3RGYA 3PUXE 3TPAA 1RYXA 1AL3A 2F78A 3N6TA 1FTLA 2X26A 3M3KA 4OYVA 3TCHA 2Q8JA 3R6UA 1GGGA 1UIVA 4H8IA 3BFUA 4F3PA 2XX8A 3O66A 3TCGA 2VD3A 4DLDA 3O28A 1YAEA 3KSJA 3LUYA 4O3BA 4AB6A 3QAXA 1VSOA 1BTJA 5AA2D 5I84A 3S2VA 3KN3A 1LFGA 4LZ8A 1NNPA 2QMXA 2QS2A 2Z23A 1B3FA 2XX7A 2ZNTA 2F35A 3MW0A 2QMWA 4FECA 1LAHE 2DWJA 4WXJA 1SDXA 1B05A 3G3FA 3U8QA 5I2KB 3OEKA 4ZECA 3TTLA 4NF8B 5DEXB 1B4ZA 2RF1A 1JW5A 1DPEA 2WKYA 1JEUA 3VLWA 1D9VA 1R1NA 3AXFA 3GXAA 3PUZE 1B32A 3MVWA 3KN8A 3DRHA 1POTA 3CG3A 4G4PA 1MDP1 4OXVA 2V25A 4ONYA 4IGRA 4KYEA 2F5XA 2O1LA 2ESNA 2QSXA 2X7QA 4Q0CA 3K6XA 4GQOA 5AA2B 1MRPA 1URDA 2YPNA 4ZE9A 3G3HA 4ZS9A 3LSXA 4LP2B 5J1DA 1BLFA 1ZTYA 1ZLQA 5ITOA 2RC7A 1FQFA 3K1PA 3CIJA 4PE5B 4R2BA 1MXWA 3FZVA 1FQCA 5CMCA 1BIYA 5KCJA 2V3TA 3RN8A 4R6KA 1S7YA 4ELQA 1QUKA 3IO4A 3CR9A 3Q25A 3TTNA 1T0KA 1MY4A 2P1SA 5BWJA 3B6TA 1P99A 1Y4CA 4R73A 4G68A 2WOKA 4BDNA 5CI5A 1DTGA 3G3GA 4GD5A 3LR1A 3TKDA 2XXIA 3I6VA 4FJPA 1MQHA 1VE4A 4K3FA 1Z7ME 2QL3A 4GIZA 2F7CA 4GWOA 4ZEFA 4NF6A 2NWJA 4NF4B 4RK2A 4IO3A 3FTOA 2VHAA 2FA7A 2F7AA 3Q29A 3T9XB 5H8QA 1DSNA 3TTRA 1SBPA 2O6AA 4C1TA 3HCQA 4GXSB 2UVIA 1IUDA 5CC2A 3VXCA 5I56B 4F1UA 5H8SA 4LUBA 4OEUA 1LAFE 4YU0A 5CBSA 2RINA 5H8HB 4NEDA 2HEUA 2DQVA 4ELPA 3PV0E 4GRKA 3V89B 1QKAA 2F34A 1FCKA 3N5LA 5KDTB 2A5SA 3GBAA 5K2YA 2I6EA 5AA1A 4IY6A 5JTYA 4LONB 1MS7A 2HAVA 3QUJA 2ZYNA 2W7YA 1SD3A 4GXAA 1RKMA 3MZ9A 5TU0A 3TFLA 1OLAA 3S9MC 3O6GA 3C36A 2IA4A 3SEVA 5EHMA 3FXQA 5ICQA 4BDQA 1MPBA 4GF8A 4WEDA 5B70A 4IO5A 3DRIA 2XX9A 4C1UA 2I4BA 1CB6A 4N07A 1IIWA 4MLQA 4YMBA 4OETA 3TELA 4OHNA 3IX1A 4OFLA 3H6VA 2UVJA 4LZ7A 1Q1KA 5TP9A 3CVGA 2VGQA 4FE8A 4JB7A 5I59A 1LB8A 3H06B 3V83A 2F6GA 2HCAA 3ILTB 3A3CA 2DWAA 2V3QA 3IB0A 4DCYA 2G29A 4OFJA 4QFKA 1D3KA 3H6WA 3RQTA 4M1VA 1TWYA 2FYIA 2ABHA 3SEWA 1B0LA 4GVOA 3CFXA 3KEIA 1NH7A 1FTKA 3PPOA 1TFDA 4MF3A 4FATA 5AA4B 4H6DA 2ZYKA 3MVZA 1NFTA 2B3BA 2FNCA 3V5AA 1ZU0A 4XXUA 4H67A 1JVXA 2UVGA 3MUQA 4TLLB 4R6YA 3DP6A 3IJXB 3N26A 1A99A 4Z0IA 3C31A 3MP6A 3DRGA 1GR2A 2O51A 1JETA 2DWIA 4KCDA 3CFLA 2REGA 1Y1MA 4YKPA 4IO7A 3O6IA 1IXIA 4X9TA 1RYOA 1XVYA 4ESWA 5H8FA 2ZNSA 3PUWE 4YAHX 3E3KA 2X7PA 4QFLA 1QKBA 5FHMA 1BKAA 3LVUA 4ZZAA 4LATA 4FEBA 4AQ4A 1OVBA 2QJEA 1N84A 1Y4TA 4IO4A 2DVZA 2REJA 4ZEBA 3OD7A 4OQOA 2KLFA 4F31B 3FV2A 4POWA 1KWHA 1B7ZA 4QSDA 1P1UA 1UTBA 4JDFA 1A55A 5IKBA 2QS1A 3MQ9A 4EQ9A 2PX1A 1B4HA 1J1NA 2GFEA 3UP9A 3RPWA 3CRBA 3E13X 1VR5A 3VLUA 1LAXA 2I4CA 1XS5A 2O1MA 2OZZA 1LCTA 3FIRA 3R7XA 1DOTA 4I62A 5M2VA 1Y20A 1EZPA 2I48A 3JV9A 2D5WA 3TTKA 3OENA 2Z8DA 3TQLA 4PQJA 4YB7A 3LC8A 1N7WA 3BFTA 1Q35A 4XKQA 1N7XA 3FVGA 1XT8A 1MPDA 3MZ1A 4QFNA 3DP8A 3EQ1A 4LZ5A 2PT1A 3E9XA 2DWHA 3FV1A 4GLIA 1IXCA 1OIBA 4POXA 3IB2A 4DXCA 3K6VA 5L9OA 3GZGA 2Q2CA 5KZTA 2A5TA 1MDQA 4HCYA 3D4CA 3PUVE 2ZYMA 1ANFA 4XTCQ 5BUUA 3VDFA 1H43A 1S9TA 3KFMA 1Y1ZA 4IO6A 3C32A 1NKXA 1P1OA 2QRYA 3ILUB 3M3LA 5F1QA 5JK4A 2ZXTA 2UXAA 3DLNA 2DE2A 1AH5A 2B3FA 1OLCA 4YB5A 5HPQA 4U4XA 2RKMA 4R74A 1SI0A 3ZS6A 3QUFA 2LAOA 2O7UA 3H4ZA 2D3IA 3CSBA 3MC2A 1SQYA 2G93A 4THIA 1PDAA 3OOAA 1XC1A 2CMOA 2XXHA 5TPAA 1Y3NA 4YKKA 3ODBA 2GH9A 5ITPA 1WODA 1S50A 1MQGA 1QW0A 2DSFA 4F18A 3B6WA 3M8UA 1MM6A 3KOSA 3VXBA 3GLBA 3K02A 2F36A 2Y7RA 2GRVA 4JWOA 3IO6A 3EHUA 3F11A 4ELRA 2Y7WA 4P0GA 3L6GA 1MXZA 1N0TA 1EU8A 3TQWA 4PP0A 1HSLA 2WOPA 4F2QA 1ELJA 3K6WA 4EDPA 2F97A 3M3FA 3ONMA 3UGWA 1NNFA 2O7IA 2I49A 5FHOA 5H8NA 3Q27A 5FHNA 1EH3A 1H3DA 2Y7PA 1BP5A 4E0XA 2BJJX 5A5XA 1JNFA 5I59B 3THIA 3EHSA 3SERA 4EXKA 1IXGA 5FTHA 5I57B 4ISUA 4F1VA 4U4SA 4F39A 3OO7A 2H5YA 3B6QA 3OSRA 2O84X 3RUMA 3MPLA 1MY3A 3HV1A 1XHYA 3O6PA 4EF2A 1B5HA 2I0BA 2H99A 3S4UA 1OMPA 3N6UA 4GL8A 3DM0A 3O9PA 2I3VA 3FJMA 4EF1A 4U2RA 4RNSA 3H3GA 3PMWA 4Q8RA 3C4MA 3UORA 1VFDA 4FIMA 3KJ7A 4KQPA 4NF5B 1UTHA 3P7IA 3C35A 4IGTA 5DT6A 2OBGA 3UIFA 5F7VA 3CSGA 4G68C 4N13A 4UACA 1II5A 3FASA 3K00A 1POY1 5B7DA 3A09A 1L5TA 3IJOB 2R6GE 4E0WA 3FATA 1H44A 4RPOA 1UIUA 1B9JA 5I2NA 3IOUA 3H6UA 3I5OA 1OQGA 2UVHA 2DP8A 3FJGA 1M5CA 2O68A 4KD5A 4RA1A 1O64A 4H65A 2ALUA 2H9BA 3IAZA 5K2XA 4RXLA 3H6TA 4PETA 3U94A 2RCBA 4ZEKA 1B3EA 4R9FA 1MXXA 2PMSA 3LBSA 2AL4A 2Z22A 1I6AA 5I2KA 1JVYA 4H5GA 1UTBB 3TDJA 2GHBA 4NF8A 1JQFA 3PMVA 5DEXA 3UA8A 2R9JA 1N04A 3T9UA 4BLAA 3HPIA 4JBZA 1MH4A 5I58B 2XXYA 4ZE8A 3HSTA 3MVXA 3OO6A 3BKIB 4HW8A 2HZKA 3KN7A 3MAMA 3SEXA 2XXRA 1N3WA 3FVKA 4RK9A 2E0SA 4PFTA 1YPNA 3DELB 2NOOA 1B3LA 5AA2A 3PGFA 3ZSFA 1LFIA 4EXLA 1URSA 1WDNA 4KPTA 3V8XB 1LSTA 1MQIA 3HHGA 3VV5A 2O69A 4G77A 1DTZA 2PBWA 1LLSA 3DRKA 1R9QA 1EZ9A 2HFBA 1FQDA 2XHDA 3OEMA 2A5TB 5ISUA 4OTEA 3Q26A 3VVDA 1PB8A 4NTLA 1MM7A 1I6QA 3PUYE 3IK6B 1US4A 5HM4B 4C0RA 2H4IA 4F3GA 2I0CA 4H0WA 3PPRA 3K01A 1M5FA 4Z7EA 2UYFA 3TAJA 4G8NA 3CHGA 2ZMBA 4QSEA 4U23A 2F8DA 3GBBA 3MWBA 2CZLA 2XD2A 3A3UA 3Q28A 2VP1A 1B5IA 2DXRA 3PMXA 3K0VA 2OWSA 4NF4A 1IXHA 3PU5A 1B1HA 3IOTA 1B58A 4DDDA 3OO9A 2OK2A 1Y3PA 4PFYA 3UN6A 1GTKA 4F2OA 3TTMA 1NL5A 4DXBA 5CMMA 3U1OA 1B6HA 2WOLA 1I69A 3O29A 3MZBA 3QIMA 5TPAB 2OWTA 2I3WA 4UA8A 3USDA 3RTFB 3TZAA 5H8HA 3W9VA 2XXUA 5DYHA 1P1WA 2XXTA 3RY3A 1MY1A 1NH8A 4EQ7A 4YKJA 1ATGA 3L6HA 3RTWB 1B7HA 4OZ9A 3E4RA 1JW4A 4FORA 4R75A 3OO8A 4F3SA 1ZMGA 4ZDMA 3T22A 1ZJLA 3K6UA 3LSWA 3W15C 1MPCA 4ZEIA 1EZOA 3PAMA 2XD3A 2ONKE 4OMBA 1D9YA 4P0IA 1B3GA 1XOCA 3QSLA 1TT1A 5CRYA 2GHAA 3EPEA 4GOTA 3PPPA 4O3CA 1LB9A 4QF9A 3T96B 4QFPA 5KCJB 2XXVA 3WAFA 2V3UA 2B4MA 2Q2AA 4R6HA 1R6ZA 4X1DA 2PVUA 4KYSA 4ZEDA 3D4GA 4G68B 5CM6A 4N6PA 4TOZA 3PPQA 3SKPA 1TFAA 3R26A 1PBQA 4KR5A 4H1XA 3T9VA 4ELOA 3IOVA 5AE4A 3OSQA 4L17A 3RNNA 3SDFA 4NF6B 1A40A 2RC9A 3HO7A 4G8MA 3SESA 1MXYA 1MXUA 4DZ1A 1OVTA 4KYDA 2ANJA 3RT6B 4QSCA 2QS3A 1PB7A 4G8HA 5AA4A 1MY0A 4TQUQ 2YLNA 5H8QB 3WAEA 5DTBA 4OEVA 3VVFA 4NMYA 1HSJA 1Y9UA 4XKNA 1YCJA 4PFUA 1B5JA 4OERA 2YJPA 4XKPA 3MVYA 3T9HB 4KI0E 3TYHA 3KZGA 3TEPA 4ECFA 1QULA 2H98A 5CMKA 2HXWA 3H03A 4HS7A 3OXNA 4DIGA 1SYIA 1M5DA 3SETA 2IEEA 1Z7NE 2AYSA 1FTOA 1Y3QA 5I2NB 4DE8A 4U1ZA 4DXUA 4YZZA 2D21A 1NNTA 3PD8A 3MP1A 4KCCA 1LGBC 2DXYA 4JXIA 1OQHA 2HQ0A 3FXRA 3FD3A 4BDMA 3N94A 5JTYB 5L9MA 4JSDA 1QUJA 4EQBA 2AL5A 3U93A 2ONRA 3IB1A 1MXVA 2ONSA 1PBPA 3IOWA 4LVQA 1B2HA 1O7TA 4LQ2A 3OELA 4M4GA 2XXXA 3DRFA 4F29A 1QVSA 3PD9A 4WEPA 5CMBA 3ECRA 3HN0A 2OCUA 1IITA 2NXOA 5TP9B 1A8FA 1NMUA 3BBRA 2E1SA 1SW5A 3DP4A 1TXFA 4ND9A 5DVFA 2QPQA 4BDRA 1B40A 3CFZA 1DPPA 3VLVA 1I6BA 2F7BA 4QHQA 4Q30B 4R72A 3TUSA 3LSFB 3QXMA 1B52A 4OESA 1P1NA 2Y84A 2PYYA 2M8CA 4IO2A 3FJ7A 3KG2A 5HBCA 2Q88A 3H7MA 4RY1A 4Q5TA 3CG1A 3O6HA 4YKIA 1A54A 1YTVA 1PB9A 1A8EA 1LAGE 2DE3A 2R71A 1AOVA 3IL1B 3FVOA 3DRJA 2V84A 4DCXA 1CE2A 4R9GA 1SW1A 5EHSA 4BDOA 3FVNA 4BDLA 5CBRA 4QFOA 1FTMA 3MPKA 1B51A 3O97A 1SI1A 3K1MA 3RYAA 3UK4A 1AMFA 1SYHA 5H8FB 3JYRA 4I8CA 4XKRA 5AA3A 3EF7A 4P11A 4F22A 1JEVA 3G3IA 4LQ5A 1FTJA 2B65A 4ZZEA 2OLBA 3U72A 5DVIA 1LBCA 2PT2A 4FEDA 3B7DA 3TCFA 1NNKA 3W9WA 3IR1A 4ESXA 3G3KA 4JWXA 4KFQA 1AIVA 5ELVA 2Z8FA 3IORA 3PPNA 2H25A 1SVXB 1LCFA 1URGA 2Q9TA 4I1DA 4MH5A 3LSLA 4MLVA 1H76A 2VD2A 4QRZA 3U92A 1P1QA 3G3JA 1B1XA 3FXUA 1US5A 2Y7KA 1PC3A 2ZYOA 1D4NA 3CI8A 3JZJA 2I58A 4X1BA 4RJZA 1JW1A 4NWDA 1FW0A 2F6PA 2DYXA 4IB2A 4F19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XWVA 2KQZA 2THIA 1HSEA 4O3AA 3ZKKA 4NE4A 1FPFA 4FAJA 1FPGA 2DVCA 3T66A 2XXQA 3FUZA 1FQBA 2NVUB 4GFRA 3KBRA 1M5BA 3SEYA 4OFOA 4RYAA 1IEJA 3FGSA 4H5FA 3KSXA 1MQDA 3OMBA 1QUIA 4N17A 3K1NA 4YMAA 2VOZA 1A7LA 3HHFA 3EN3A 5FBPA 2Z8EA 3C9HA 2ZNUA 5I57A 1UQWA 3RYBA 4OVJA 3QMFA 1FJ6A 3ZKLA 3KGCA 4RPNA 1IQ7A 5L9SA 1VFEA 1MQJA 1SW4A 3MP8A 3KJTA 1NV6A 3IFCA 2DE4A 3VVEA 1MG1A 1USYE 2RCAA 1KZ8A 4N81A 4PAFA 4GL0A 4FBPA 1B7UA 4NQ8A 1LBYA 1GVCA 4XIGQ 4AS4A 1IZ1A 4U21A 4PFWA 3GYYA 4I9DA 3MBPA 5ET7A 4JSOA 1WVJA 4U1OA 2UYEA 4PCDA 4NF5A 3SEUA 2HAUA 1K9ZA 1B46A 4OANA 2Q8MA 4AB5A 1N76A 3C34A 4YB6A 1MY2A 4IY5A 4U22A 3T93B 1SW2A 3O2AA 5L8DA 3G7WA 3TMGA 1MH3A 1O63A 1F9BA 3QK6A 3S9EA 4HCWA 3EHTA 5JEIA 4MFIA 2QS4A 5EYFA 5FTIA 3K4UA 5IZ3A 3VE1B 1LBBA 5IGAA 5I56A 3RLFE 1LFHA 4PC9A 1USYH 4F1YA 3VFJA 4R2FA 2DS9A 2V4CA 4H8JA 3K2DA 3RT8A 4JWYA 2P0SA 5DVJA 1YXIA 5KDTA 3I3VA 3C33A 1M5EA 4PDDA 4X48A 4MHFA 4YICA 1PEBA 1R9LA 2P2AA 2OJTA 5LOMA 1ZIUA 2AIXA 3KOTA 1ZKBA 1B0HA 2XXWA 3B8BA 3TODA 3S9NC 3RPLA 1N3XA 1H45A 5I5PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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