4ZEBA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 157
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zebA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zebA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zebA02
4KD5A 4OFOA 2ABHA 1P1QA 4OHNA 1CB6A 1MXWA 3MP6A 2QS3A 4WKMA 5H8FB 3VXCA 3DRIA 2CZLA 2X26A 2X7PA 2XXXA 2XXQA 1FW0A 3QAXA 4QF9A 4YICA 4X9TA 2QL3A 3IB1A 1NL5A 1ZKBA 3CHGA 3AXFA 3BBRA 3KG2A 1LLSA 1CE2A 3FATA 1XT8A 4NF5A 4K3FA 1OIBA 4R75A 4ESXA 1RYOA 4H6DA 4C0RA 1SBPA 3RPWA 4BLAA 4JWYA 1EZPA 1B3EA 4WXJA 2G29A 1LBBA 4RPOA 4R72A 5ITPA 1MQIA 2ZMBA 4F18A 4KQPA 2UVJA 1PBQA 1PB9A 2Y84A 3FVNA 4LZ7A 4NE4A 3TKDA 2Y7RA 3SDFA 3ZKLA 4P11A 4QFNA 4TQUQ 1H76A 2A5TA 4WEDA 2Y7PA 3KBRA 1URDA 5DVFA 4IO4A 5FHNA 2DWAA 3T9VA 4HCYA 3H6TA 1I69A 1FQBA 3G3JA 3MP8A 2HXWA 2B65A 5AA2B 1D3KA 4NWDA 3MW0A 3TUSA 3LR1A 4P0GA 4XXUA 5I84A 3PD9A 4IO5A 4H5GA 1USYH 3RLFE 3OSRA 4FJPA 3N5LA 3UP9A 4Z7EA 2IA4A 5FTHA 1BKAA 3PMVA 3OXNA 3LSXA 1II5A 3OOAA 3KOSA 2HZKA 4O3AA 3DRJA 1Q35A 3TFLA 4RNSA 2Y7IA 4R73A 3IOVA 3OO7A 1LAFE 1LSTA 4YKJA 3M3FA 3H7MA 4HCWA 1EU8A 1N04A 4GLIA 4THIA 2GH9A 4QRZA 4KR5A 1M5DA 3CFZA 4OENA 1NMUA 5KZTA 2W7YA 4NMYA 3CSBA 1SI0A 1DSNA 2O1LA 4F3SA 1B3HA 2V3UA 3M3KA 3HV1A 3SEXA 3CG1A 1D9YA 4GRKA 1ZLQA 3KJTA 2RF1A 3FJMA 2YPNA 4ELQA 3HCQA 2Q9TA 2XHDA 1DPEA 3K1MA 1IXCA 1ATGA 3G3IA 4EUOA 3OO8A 4AQ4A 2REJA 1LAHE 1XVXA 3V83A 3T22A 4H5FA 4ZEDA 1B4ZA 2PT2A 3C31A 5I57B 5KDTA 3LSFB 1JVYA 1QJMA 1SW1A 3C33A 4HW8A 3IO6A 1MG1A 4BDNA 3TEPA 3KEIA 2V3TA 3S9NC 5KCJB 4R2FA 3JZJA 2RC7A 3TTNA 1LFIA 1BTJA 1AMFA 4U1ZA 4X48A 2F78A 1GVCA 3FZVA 3U94A 3OD7A 3IB2A 1YAEA 1NNKA 4N07A 5TP9A 4N6PA 4IO6A 2I0BA 2HFBA 4GWOA 1USYE 2PX1A 3QXMA 5H8NB 3PPQA 3UK4A 4KCCA 5DEXA 2UYFA 2DE4A 3M3LA 4RXLA 4NF4A 3K01A 3IOUA 1N7XA 4OMBA 2AL4A 3TTLA 1MPBA 1MRPA 2I6EA 1FCKA 3TQLA 1JW4A 4R2BA 3K6VA 5HBCA 3S9LC 1D9VA 3IOTA 2YJPA 2R71A 1EZOA 5M2VA 1LB9A 1JQFA 5I59A 4ECFA 3Q27A 3TDJA 2Y7KA 3IB0A 3T66A 1O64A 4OERA 2XX7A 4YZZA 4KHZE 3PUZE 1FTMA 4MH5A 1YTVA 4WEPA 5L8DA 3N94A 4PQJA 3EN3A 1S9TA 2DQVA 2I0CA 1UTBA 1MXYA 4TLMB 3CIJA 4Q0CA 2DXRA 2XXUA 5I2NA 1FQCA 3E13X 4FEBA 5L9SA 3G3HA 1MXZA 5HPQA 3VV5A 3V89B 3K02A 1VE4A 2R9JA 4OYVA 3DRGA 2XD2A 4AB5A 3S9EA 1WODA 2FA7A 1UTHA 4IB2A 2GRVA 3KFMA 2FYIA 2UYEA 4NWCA 2O68A 5FHMA 2NWJA 1IUDA 4QFKA 2ZYKA 1B5IA 2B4MA 1GTKA 2GHBA 5AA1A 3UORA 4KPTA 4H67A 4ZEIA 2F7AA 3FASA 1MQGA 3G3KA 1TFAA 2UXAA 5CBSA 3UIFA 1URSA 5BUUA 2VP1A 3KGCA 3EQ1A 1DMBA 4ZZAA 2NXOA 1B9JA 4DIGA 4EF2A 3O9PA 3CVGA 3IJOB 3FGSA 4R9GA 3W9WA 2VHAA 2I3WA 2QS1A 3H4ZA 2DYXA 3G3FA 3VLWA 4U2RA 3PPNA 3TODA 1B3FA 1XC1A 4TOZA 3GXAA 5I56A 1B3GA 4QFLA 3M8UA 5A5XA 3PV0E 2O84X 4MLVA 3H6WA 1AOVA 1MXUA 1B46A 2REGA 1B1XA 4GL8A 2O6AA 1OQGA 1B5HA 5AA2D 1OQHA 4YB6A 1ZBMA 5K2YA 3FUZA 3L6HA 3MVZA 4NF6A 5LOMA 2V25A 2HEUA 1FQAA 5CMMA 2DS9A 1IXHA 5F1QA 4ZE8A 1Y1ZA 3B6TA 1TWYA 5DYHA 3C9HA 2D5WA 5ISUA 1B0LA 3K6XA 1MDP1 3K1NA 3VE1B 1DPPA 3OO6A 3C34A 4GL0A 4IY6A 3O6IA 4H0WA 4GXAA 1P1NA 1MM6A 1LFHA 3MQ9A 3Q25A 4F3BA 3DP6A 4Q5TA 4NF8A 3H6UA 1GR2A 4LATA 4DLDA 3EHTA 3MC2A 1L5TA 3MVYA 4I8CA 2H99A 2ZYMA 1OLAA 3IO4A 3C35A 3MP1A 4KFQA 2ESNA 4GVOA 4QSCA 2QSXA 2XXVA 3QUJA 3H6VA 5AA4A 5J1DA 1R1NA 1B3LA 3CR9A 4LVQA 3B6WA 5ELVA 4R74A 1MH4A 4DDDA 1SVXB 2OK2A 4NF5B 3PGFA 4JWXA 1F9BA 3LSLA 4G4PA 4LQ5A 1EH3A 1IITA 4H8IA 1D4NA 1DOTA 3WAEA 1FQEA 2I58A 1FTOA 2AYSA 3TCGA 4RJZA 1M5CA 3I3VA 3DRHA 1MXXA 4ZS9A 2F8DA 5EYFA 2OBGA 3K0VA 3R6UA 2OCUA 2F6PA 2ONSA 4GIZA 3T9XB 3U93A 3D4CA 1IXGA 1ZTYA 3VVEA 3RY3A 3DRKA 1ZIUA 4YAHX 4F2OA 3RT6B 1QW0A 2A5TB 4OVJA 3FTOA 5L9MA 4N13A 3U72A 5ITOA 1BIYA 1H43A 2QMXA 3CFLA 3PUVE 5DVIA 3SESA 1I6AA 4MBPA 3VVDA 2DOJA 4LZ8A 2O7IA 3D4GA 4QHQA 2XXIA 4YU0A 2I4CA 2Q2AA 4M1VA 1XVYA 1O63A 3IAZA 3IR1A 3SEUA 1JEVA 1B6HA 4KI0E 1ELJA 1IIWA 5AA3A 1AIVA 1IEJA 3K6UA 2F34A 1B52A 3OENA 1UQWA 4G2ZA 2F35A 1B51A 2HZLA 1MY1A 3QYTA 3JV9A 4MFIA 2QMWA 4R6KA 1POTA 4F39A 3DP8A 2Y7WA 3B6QA 3EHSA 3TTMA 1NH7A 4UACA 1B40A 3G3GA 1HSJA 3THIA 3S2VA 3FVKA 4E0XA 1B1HA 4H8JA 1N3XA 1PBPA 1SI1A 2Q88A 2WOPA 2XXPA 4QSEA 3C36A 3G7WA 3H06B 2WOLA 4DZ1A 4LZ5A 5KDTB 4ZDMA 4R6HA 5DT6A 1OVTA 3HSTA 1PEBA 5JTYA 2HQ0A 5AE4A 2PYYA 4OFJA 4U22A 4PFWA 4U4SA 5B70A 4I9DA 4BDQA 4OETA 1P1WA 5I58A 3TZAA 2F6GA 3SKPA 1N7WA 4ISUA 5IAIA 1FQDA 1B0HA 5TP9B 4Q8RA 1ZMGA 3OEKA 3MPKA 2P0SA 3CRBA 5DEXB 2QPQA 2P2AA 4OQOA 1SW5A 4NF4B 2YLNA 1R6ZA 3VLVA 2NVUB 3K00A 2I4BA 1XOCA 4YB5A 3TPAA 1URGA 1GGGA 4EF1A 2RKMA 2XXRA 5BWJA 3QK6A 3C4MA 4EQBA 4ESWA 1MM7A 3FVOA 5JEIA 5I59B 1N3WA 1M5EA 4NTLA 5DVJA 3GBAA 3T93B 5FHOA 1SD3A 1TFDA 1NH8A 3K4UA 3PPRA 2XXWA 1P99A 3KN3A 4JBZA 2ZYNA 1LGBC 3I6VA 1SW2A 2P1SA 4GXSB 2QJEA 3DP4A 4LQ2A 4BDMA 1SW4A 1XHYA 1UTBB 3PPOA 3HHFA 4QFPA 4OTEA 1NNTA 5I2NB 3SEVA 1M5BA 1HSEA 5CC2A 1QUIA 3Q29A 2VGQA 3RT8A 4G8HA 4GOTA 5H8HA 4XIGQ 4DXCA 2X7QA 1H45A 3I5OA 4HTGA 3MBPA 4XTCQ 1R9QA 3KSXA 4OFLA 3SEWA 3OEMA 1UTHB 3UGWA 5CM6A 4JWOA 4YKKA 1NFTA 3O6PA 1XS5A 2IEEA 4KYEA 4FIMA 3N6TA 4PE5B 2PVUA 1QULA 1PDAA 3IX1A 4U4XA 2F7CA 3MPLA 3FVGA 3MZ9A 3HN0A 2F7BA 4DXBA 2ANJA 2QRYA 4DCYA 2Z22A 4YMAA 1LFGA 3GZGA 3OMBA 4I1DA 1B7UA 5TPAA 1FTJA 3BFUA 4UA8A 2BJJX 4G68A 3ILUB 5K2XA 1A7LA 5H8QA 4RY1A 2CMOA 2DVCA 3PAMA 2GFEA 4LP2B 1US4A 1B32A 3K1PA 2D21A 5I56B 5A5XB 4R9FA 4RA1A 4OEVA 4POWA 4GF8A 3ZS6A 4IO7A 1MPCA 4H1XA 2WOKA 1Y4CA 1MXVA 2M8CA 4NF6B 1DTGA 4OESA 5I2KA 3RN8A 3DLNA 4BDOA 3O97A 2HCAA 4JXIA 3V5AA 2NOOA 3VXBA 3PD8A 2XXYA 3OSQA 3ZSFA 4RPNA 3O2AA 2RCAA 1QUJA 3RQTA 1LAGE 2XXHA 2I49A 1KWHA 3HHGA 4ZZEA 3FXUA 3Q26A 1A8FA 4RK2A 1OVBA 3PPPA 1B5JA 4PFUA 3R26A 1IZ1A 2GHAA 3RYBA 3GBBA 1MY3A 1LBCA 4P0IA 4BDRA 1S50A 2ZYOA 4NF8B 1JW1A 3JYRA 1Q1KA 4XKPA 5CRYA 4RK9A 3DM0A 2VD2A 2DWIA 1Z7ME 3EF7A 1JVXA 2F5XA 2UVHA 3TAJA 5IKBA 2UVIA 4C1TA 1B58A 3RNNA 1A54A 4XKQA 4MF3A 4IO3A 1Z7NE 1RKMA 5AA4B 4L17A 4C1UA 2H4IA 3IK6B 1I6BA 4KYSA 1LCTA 1QKBA 1RYXA 4ND9A 3U92A 4ZE9A 2V3QA 4FORA 1NKXA 1MY0A 2AL5A 1ZU0A 3SERA 1QVSA 2PMSA 3TYHA 3A3UA 3KSJA 5H8FA 3LVUA 4YMBA 3O29A 3K6WA 4FE8A 2Z23A 1PB7A 1O7TA 3VDFA 1Y9UA 4F31B 3N6UA 1YPNA 2QS2A 4G8NA 2H98A 3W15C 5ICTA 4IGTA 3E9XA 2ONKE 1M5FA 1WVJA 3T9HB 3E4RA 1TT1A 2HAUA 3FXRA 1Y3NA 1Y1MA 3EHUA 3VFJA 4TLLB 5EHMA 4F2QA 1N76A 2I48A 4IO2A 4EXKA 2I3VA 4FATA 2V93A 3KOTA 1S7YA 3IL1B 1A99A 1Y3QA 4ELPA 3WAFA 1LAXA 3ZKKA 1MY4A 3KJ7A 3O28A 3IJXB 4EQ7A 2A5SA 2ZNUA 4ONYA 3RUMA 2F97A 5CMKA 4PETA 3USDA 3EPEA 1MY2A 3QSLA 2ONRA 3IOWA 5CBRA 2PT1A 3K2DA 2D3IA 4U23A 3MZBA 1LB8A 5AA2A 4ZEKA 1MQHA 1LCFA 1MDQA 3V8XB 3Q28A 3O66A 1B7HA 4DCXA 3OO9A 4DXUA 2DSFA 1SQYA 3PUWE 3LSWA 2Z8EA 1IQ7A 1H3DA 3SETA 2Z8DA 1A8EA 3GLBA 4LONB 1I6QA 2XX8A 3E3KA 2G93A 1WDNA 4IY5A 4ZEBA 4U21A 3S9MC 1VR5A 2R6GE 3KN8A 4LA9A 2DE3A 1MS7A 2THIA 3UN6A 2Q2CA 2O69A 4OZ9A 3VVFA 1R9LA 1OMPA 5JTYB 2B3FA 4OXVA 1SDXA 3LC8A 4JDFA 3ONMA 3FIRA 3H3GA 5CMCA 3VLUA 4JSOA 4GD5A 3MVWA 2DVZA 1JEUA 4G8MA 1MQDA 5I58B 4GQOA 2B3BA 1JNFA 2HAVA 2NUVA 3R7XA 3F11A 4EQ9A 1Y3PA 3O6HA 3PUYE 2RC8A 2Q89A 5CMBA 2H9BA 3TELA 4F29A 1T0KA 1FTLA 5I57A 3T9UA 4PP0A 3CI8A 1B2HA 3FXQA 5TU0A 4DE8A 3RTWB 2V84A 4X1DA 3N26A 5KCJA 3W9VA 4O3CA 1VFDA 3ILTB 2DP8A 1DTZA 2H5YA 2XX9A 1B4HA 1A40A 3TTKA 4YB7A 2RCBA 1AL3A 3FD3A 4HS7A 5ICQA 4H65A 4MLQA 3KN7A 1BP5A 4KCDA 4JSDA 4F3PA 2O7UA 3O6GA 1BLFA 1SYHA 1JETA 2WKYA 5H8NA 1PC3A 1OLCA 4JB7A 1B7ZA 1ANFA 3TCFA 3MUQA 3PMWA 2E0SA 3A3CA 3LBSA 4EDPA 5JK4A 3CG3A 3U8QA 1FTKA 4PFTA 3BFTA 4G77A 3QIMA 3U1OA 2DXYA 5H8HB 4OWDA 1VFEA 1Y20A 1FQFA 1MQJA 3P7IA 2VD3A 3MZ1A 4NEDA 3B7DA 3DELB 3L6GA 4F19A 3RTFB 1ZJLA 1POY1 4LUBA 3S4UA 2B4LA 3MJNA 4AB6A 4KYDA 2Z8FA 3FJ7A 4XKNA 3KZGA 5HM4B 4QFOA 4F1YA 5L9OA 2H25A 4FAJA 2LAOA 2OJTA 3MAMA 3MVXA 4F1VA 2UVGA 3LUYA 3SEYA 5FTIA 3CSGA 2RINA 1MPDA 1H44A 3CFXA 1J1NA 2PBWA 1Y4TA 1B05A 2OZZA 5TPAB 2F36A 2ZNTA 4U1OA 4G68B 2ALUA 3QUFA 5H8QB 2O1MA 4XKRA 4F3GA 4X1BA 3A09A 4FEDA 4ELRA 3BKIB 2DWJA 4ELOA 3HPIA 3FJGA 3H03A 2Q8JA 1QKAA 1UIVA 1AH5A 5CI5A 2E1SA 1P1OA 4R6YA 4YKIA 3MWBA 5B7DA 5F7VA 3OELA 5H8SA 3UA8A 5I2KB 4EXLA 1MH3A 4F22A 2RC9A 3TCHA 2ZNSA 4ZEFA 2OWTA 4E0WA 1N0TA 1TXFA 1PB8A 3PU5A 2O51A 2AIXA 2XXTA 3FV2A 3HO7A 4F1UA 4GFRA 3TQWA 2DE2A 4BDLA 2ZXTA 3IORA 1IXIA 4FECA 1US5A 3DRFA 1HSLA 4M4GA 4ZECA 2FNCA 1NNPA 3FV1A 1P1UA 4YKPA 2QS4A 2VOZA 2OWSA 4IGRA 5EHSA 1SYIA 1QUKA 2OLBA 2XD3A 1EZ9A 4G68C 4OEUA 4POXA 4Z0IA 1NNFA 4PFYA 3PUXE 1N84A 3TTRA 3C32A 5DTBA 4QSDA 2DWHA 2KLFA 4Q30B 3PMXA 3T96B 4RYAA 3RYAA 3ECRA 4O3BA 3RGYA 4I62A 1A55A 1JW5A 3TMGA 1GV8A 1VSOA 1YCJA 3ODBA 1UIUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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