4KCDA

Crystal structure of the nmda receptor glun3a ligand binding domain apo state
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
NKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 89
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA02
5ICTA 5KZTA 4H8IA 1PC3A 5B70A 3W9WA 4EF1A 5HPQA 3Q28A 1B6HA 5I57A 2O6AA 2F6GA 5TPAB 1LCFA 1A55A 2RC8A 1OQHA 5KCJA 3BFTA 4WEPA 4IGRA 4EUOA 3K0VA 4OXVA 3CSGA 3BBRA 1FQEA 2CMOA 2AIXA 5FTHA 4PETA 3U8QA 3JZJA 1OVBA 4NWDA 1B46A 2DE3A 1JQFA 4KD5A 3PPRA 1NL5A 2Z8FA 2X7QA 4OEVA 3O2AA 3PMWA 1DTZA 5I58A 1B1HA 4RNSA 3C33A 2ZYNA 4H5GA 1DTGA 4DE8A 3TQLA 3S9EA 1Y3QA 1Y9UA 4IY6A 5I84A 3OELA 4NMYA 4LONB 3KJ7A 5JK4A 2XXHA 5H8NA 3BFUA 3OO9A 2H98A 4RA1A 2X26A 3TDJA 2XD3A 3EN3A 2HZKA 4R6HA 3S9NC 3IOTA 4TLLB 4FJPA 4JSOA 4ZEKA 1LSTA 1DMBA 3PUZE 4YICA 3T9UA 3C35A 3MP6A 5KDTB 3G3JA 4QSEA 1LFHA 4OTEA 5TPAA 3TMGA 1ELJA 1GV8A 4ZDMA 4IO3A 1HSEA 4OHNA 4R6KA 3D4CA 3CRBA 1OIBA 1MM6A 4KYDA 1ZTYA 3RTFB 3PPPA 1Q35A 2X7PA 3VVDA 1R9LA 1OVTA 4YAHX 3K1MA 5LOMA 1JW1A 4F2QA 2FNCA 3SKPA 3R26A 4JB7A 5HM4B 1VE4A 2H99A 4PE5B 1QULA 1POY1 5DT6A 4XIGQ 1SW4A 3MC2A 4RPNA 5M2VA 1Y20A 1EU8A 4M4GA 5FTIA 3P7IA 4YB7A 4ZZEA 3UN6A 1Y4CA 2XHDA 1EZ9A 1SYIA 4IO5A 2HFBA 2DWJA 5ISUA 3H6UA 4Q8RA 4PFYA 1ZMGA 2O84X 3OO6A 1LLSA 4LP2B 2OCUA 5KDTA 4OFOA 3K1NA 1TFDA 5A5XB 1Z7NE 1FCKA 4BDQA 4DZ1A 1P1OA 4H65A 3UORA 5H8HB 3I5OA 1O64A 1IZ1A 1VFDA 4IO7A 2I0CA 3PUYE 3RLFE 4F1UA 2D3IA 1IXGA 2DSFA 4F2OA 3S2VA 1VFEA 1HSJA 4ZEDA 4DDDA 2VD3A 4F39A 1LFGA 4I62A 4EXKA 4XTCQ 4DXCA 1UQWA 3E3KA 4MLQA 4PP0A 3HCQA 1A8EA 4JBZA 4KYSA 2IA4A 1XOCA 1MH4A 4OENA 1JVXA 2I0BA 4EQ9A 2VHAA 4BDRA 2H4IA 4QFNA 3FXQA 1MQJA 3RY3A 4EDPA 3DP6A 2O7IA 4RJZA 1SYHA 3WAFA 5L9SA 4ZE8A 2GFEA 3K4UA 4H67A 1FQDA 3TCHA 1DPEA 3O6IA 3PD8A 3CI8A 1I6AA 5L9OA 3MZ9A 3KOTA 4KHZE 4M1VA 2XX9A 3RT6B 4DXBA 1JW4A 1DSNA 5JTYB 4O3AA 1RYXA 4GIZA 5A5XA 1MXZA 1MY1A 2Q88A 1NNKA 5FHOA 1D9VA 3DP4A 5HBCA 1P1QA 3A3UA 3TTRA 2KLFA 3CG3A 3S4UA 1TXFA 2ONSA 3MQ9A 4R2FA 1UIVA 4ZZAA 5H8SA 5BWJA 1MQIA 2OJTA 1JW5A 5EYFA 1B9JA 1FW0A 2PMSA 5TP9B 2DP8A 5EHMA 3SETA 3IO4A 2P2AA 5CBRA 3PMXA 1L5TA 3JV9A 3FJ7A 3IOUA 3HSTA 4NF8A 2DXYA 3EPEA 4MFIA 3OXNA 5B7DA 3SEVA 5K2YA 2UVJA 3W15C 4G8HA 3CIJA 4YMBA 3EHTA 2I58A 2NOOA 4GLIA 2GHAA 1QUIA 3TQWA 4F1YA 2GHBA 3FATA 5L8DA 3LC8A 3MP1A 4KFQA 4QFOA 1SBPA 3I3VA 5CMCA 2G93A 4FECA 3CFLA 1LBCA 3LSLA 4Z7EA 3QK6A 4H5FA 3T93B 2YPNA 2DXRA 1EZOA 2XXPA 1AIVA 5F1QA 1XT8A 5IAIA 2FA7A 2Z8EA 5AA2D 4OVJA 4IO6A 1MQGA 4YKPA 2ZYKA 4ELQA 3KG2A 3MVWA 1QW0A 1FTMA 3H6WA 5TP9A 3K6XA 4QHQA 1MQDA 2VP1A 3SEWA 4ONYA 1MDP1 3H03A 4X1DA 4KYEA 4X1BA 4OZ9A 5I2NA 2F7AA 1B0HA 1M5BA 5K2XA 4C1TA 2QS2A 4F22A 3B6QA 1B0LA 4H0WA 1MDQA 4C0RA 1ZU0A 2RKMA 5F7VA 2RF1A 3MUQA 4ZEFA 4N13A 3FUZA 1FQFA 1F9BA 4YB6A 2AYSA 3IB1A 1OMPA 2Q9TA 1BKAA 2QMXA 5DVIA 1WDNA 3IB0A 2DE4A 3TUSA 2B3FA 1ZKBA 2PT1A 2Q2AA 5AA4A 4ZECA 2GRVA 4LZ5A 4BDNA 1A7LA 2YLNA 3KSJA 4XKPA 1UTBB 3ILUB 2Z8DA 2ANJA 3VVEA 1OQGA 4DCYA 1B5JA 3UA8A 5AA2B 3EF7A 1Z7ME 1B32A 3VDFA 1SW5A 3IB2A 3QUJA 5I2KB 1I6QA 1POTA 1N7WA 3FVKA 4LZ7A 3KN7A 4P11A 3PMVA 3LR1A 4NF6A 4G68B 4OETA 4F3PA 5DEXB 3M8UA 3TAJA 4H6DA 1SW2A 4GF8A 2Y7PA 2WKYA 2O68A 1EH3A 4DCXA 3KEIA 3QXMA 2HAVA 3W9VA 3GBAA 4OYVA 1B3HA 4O3BA 2ZNTA 3S9MC 4YMAA 3KBRA 4RPOA 1GVCA 2UXAA 3G3KA 1LAFE 4F3GA 3LBSA 3U72A 1H3DA 2ONKE 4N07A 2I48A 2R71A 1NNFA 3K6VA 3G3IA 2W7YA 2ZNSA 3MP8A 4U4XA 3OO7A 2FYIA 3VLVA 1B3LA 4LQ5A 2Z23A 3MVXA 1PBPA 1Y1ZA 4ND9A 1YAEA 3RGYA 3THIA 4FEBA 3U93A 1US4A 3R7XA 3V8XB 1NFTA 2ZYMA 4U1ZA 2XXWA 1PDAA 1UTBA 4P0IA 1S9TA 3K01A 1CB6A 3M3FA 3WAEA 1N0TA 3IAZA 4L17A 4G8MA 5ITOA 5AA2A 3B7DA 2H25A 4NF4B 1CE2A 5I2KA 4FIMA 3SEUA 2XXRA 1N76A 4OWDA 2OWTA 4E0XA 2DWHA 3EHUA 3KZGA 4Q5TA 1Q1KA 4G68A 3B6WA 4LUBA 2NVUB 1MRPA 5I56B 4Z0IA 2OZZA 4XXUA 2F7CA 2I6EA 2DYXA 1D3KA 3MZBA 2YJPA 2V3QA 4X48A 4U1OA 2DS9A 2PT2A 4IO4A 4OQOA 4ESWA 3ZKKA 3SDFA 3PGFA 1MY2A 3DELB 2HXWA 1ZJLA 2Q2CA 3FXRA 1B5HA 1R9QA 3O6GA 1JVYA 3OENA 1A99A 2OLBA 3GXAA 4ELOA 5EHSA 4G68C 2R6GE 1M5DA 4NWCA 3K02A 2E1SA 3C36A 3UGWA 3IJOB 1VSOA 3QSLA 3OSRA 2R9JA 2THIA 4IO2A 1B52A 3VFJA 4PFTA 2B3BA 4NF4A 4THIA 1SD3A 3ILTB 1MXVA 3TCGA 4P0GA 4NF5B 3CR9A 3IOWA 4ZS9A 2QRYA 3K2DA 3RN8A 1MH3A 4U21A 2UVIA 4ISUA 2I3WA 4QFKA 1PBQA 2O69A 2Y84A 4I1DA 1LAXA 3JYRA 3CFXA 2F34A 1KWHA 1ZIUA 1URSA 4EQ7A 1QJMA 2P1SA 2Y7RA 2QL3A 3MWBA 4DXUA 3OOAA 1IEJA 4ZEIA 2XX8A 2E0SA 1RKMA 1SI1A 2QS3A 4GD5A 4U22A 1IQ7A 1BIYA 2IEEA 5H8HA 4PFWA 3KSXA 3IO6A 2O51A 3PUVE 3GZGA 4GFRA 3CFZA 5DYHA 1M5EA 4KCDA 4ELPA 2LAOA 3T9HB 1D4NA 3TPAA 1I69A 3TTNA 1QUKA 4G4PA 3LSWA 1AOVA 3H6TA 1O63A 4LZ8A 3MPLA 4G2ZA 3H3GA 1ZLQA 1JEUA 1MS7A 1P1NA 1JEVA 1XVYA 1H44A 3S9LC 5H8FB 1TWYA 3TCFA 1N3WA 1XC1A 5IKBA 1NMUA 4JXIA 1S7YA 1Y1MA 1XVXA 3O6HA 3N6UA 4F3SA 3MVZA 3ZKLA 4FAJA 3PD9A 3VLUA 3SESA 2V3TA 3MBPA 4C1UA 3B6TA 1YPNA 4R75A 2A5TB 2O1MA 4G8NA 1JNFA 4ELRA 3HV1A 3VLWA 2VOZA 4DLDA 1B3GA 2OBGA 1LAHE 3N5LA 1B4HA 1Y3PA 2V3UA 5DTBA 4R72A 3SEXA 4QF9A 5JTYA 1N7XA 3C4MA 1IXIA 4JWYA 1B51A 4KQPA 3FVOA 2NWJA 1AL3A 3IR1A 3O97A 4R2BA 2DE2A 2O1LA 2I3VA 2QJEA 2HQ0A 3M3LA 1XHYA 3PPOA 5CI5A 3T66A 4POWA 4ECFA 3A3CA 4UA8A 4TOZA 4GL0A 4G77A 3U1OA 2D5WA 3ZS6A 3FASA 3TZAA 4AB6A 4H8JA 4JSDA 3H7MA 2B65A 3PPQA 1B40A 3VVFA 1RYOA 4HTGA 3OO8A 4RK2A 5FHNA 3G7WA 4OEUA 1H43A 1BP5A 1NNTA 4N6PA 2RC9A 4R74A 2UVGA 2QPQA 2A5SA 3MJNA 2ESNA 1WVJA 1FTJA 4QFPA 3RPWA 2QS4A 2Q8JA 1SI0A 3MW0A 3ONMA 4AB5A 4HCWA 2ZMBA 4QSDA 2A5TA 2Y7IA 1LGBC 5CMBA 5BUUA 4I9DA 3ECRA 3FD3A 3TTLA 3FGSA 1PB8A 4F31B 4U23A 5CMMA 1A54A 1BLFA 1P1WA 2QS1A 1TT1A 4KPTA 1O7TA 3HO7A 2REGA 4GVOA 4F18A 5ELVA 4GXSB 2GH9A 2F78A 2CZLA 4HS7A 1UTHB 4LATA 3G3FA 1I6BA 4IGTA 1FTLA 1B05A 4NE4A 3VXBA 1NH8A 2HAUA 2V25A 3GBBA 5DVFA 3VE1B 1MPDA 1R6ZA 2BJJX 3L6GA 1HSLA 4GL8A 3QUFA 4YKKA 3T9VA 2XXXA 1MXXA 5CM6A 3OMBA 3TYHA 2REJA 4MH5A 3N94A 4JWXA 2ABHA 4FORA 3H4ZA 3HHFA 4RK9A 1H76A 4ZE9A 1MY3A 3USDA 4BDOA 1IXCA 2HZLA 3N6TA 2I4CA 3PUXE 3SEYA 2DOJA 2F97A 5H8QB 3V5AA 4BDLA 1B3EA 2O7UA 3FVGA 1Y3NA 4WEDA 1IXHA 1AH5A 2M8CA 1LB8A 3EQ1A 1IITA 3PU5A 2F8DA 2Q89A 2UYFA 2F36A 3RT8A 4LA9A 5CMKA 1D9YA 4Q30B 2DVCA 4EXLA 3O9PA 4RY1A 1QKAA 3IX1A 1M5CA 4TQUQ 2DWAA 3VV5A 3K00A 4HCYA 1UTHA 1MXYA 3E4RA 3TTKA 4YKJA 1LFIA 1B2HA 4R9GA 3D4GA 3IJXB 1WODA 5AE4A 4JDFA 2V84A 2NUVA 1ANFA 4OERA 4U4SA 2AL4A 1LBBA 3SERA 3N26A 1T0KA 2RCBA 1OLCA 1DPPA 2DVZA 4FEDA 1MPCA 1B3FA 1B1XA 2P0SA 4MBPA 5DEXA 3Q29A 4QRZA 3GLBA 3UIFA 5DVJA 4Q0CA 4MLVA 3RNNA 1MXUA 3TELA 2Y7WA 4WKMA 3FV1A 4GQOA 1FQAA 4GOTA 1PB9A 5H8QA 2XXQA 1YTVA 1PB7A 3QIMA 4NEDA 3HN0A 2HEUA 4H1XA 3OEKA 4XKNA 3CVGA 1USYE 3KGCA 4R6YA 3R6UA 2NXOA 2XXTA 4R9FA 3C9HA 4E0WA 3DLNA 1IUDA 1SQYA 2G29A 3V83A 3MPKA 4IY5A 4OFLA 1YCJA 1MXWA 2ZNUA 3IOVA 5J1DA 1N3XA 3AXFA 3T9XB 3G3GA 1B5IA 3UP9A 3RUMA 3C32A 3EHSA 3UK4A 3FV2A 3KJTA 5ITPA 1QVSA 2QSXA 4F3BA 1GGGA 3C31A 3T22A 2XXVA 2Y7KA 4R73A 1GR2A 2ZXTA 4KI0E 3HPIA 3E13X 1FTKA 2XXIA 4RXLA 2OK2A 5I56A 1SDXA 4PQJA 2XXYA 3O28A 4X9TA 4K3FA 1URDA 1URGA 1MY4A 1UIUA 1MY0A 1S50A 4OESA 2VD2A 3G3HA 3U92A 3FZVA 3MVYA 4YKIA 3TTMA 1QUJA 1FTOA 2RINA 3KOSA 3K6UA 4NF8B 3TFLA 2H5YA 1M5FA 2I49A 2OWSA 1MG1A 2HCAA 4MF3A 1OLAA 1B7HA 3FJGA 5ICQA 2V93A 3Q25A 3CSBA 3PUWE 3FVNA 4FE8A 3L6HA 4KCCA 2PYYA 4LQ2A 3DP8A 1B7ZA 4FATA 3K6WA 1N04A 4UACA 3MAMA 3K1PA 1VR5A 3M3KA 1TFAA 3OEMA 1BTJA 3RQTA 3OD7A 4YZZA 3A09A 3MZ1A 4QSCA 4AQ4A 4WXJA 3U94A 1A8FA 3TEPA 3ODBA 2PVUA 4F19A 5AA3A 1MM7A 3HHGA 1LAGE 1PEBA 1LCTA 4OFJA 4NF5A 3FIRA 2F35A 1USYH 1AMFA 4JWOA 3PPNA 3RTWB 3QYTA 1Y4TA 2F5XA 1DOTA 4PFUA 5FHMA 4YU0A 3IK6B 4XKQA 2F6PA 4QFLA 5I59B 4HW8A 1MPBA 4GWOA 2AL5A 1QKBA 4ESXA 1IIWA 4RYAA 1B4ZA 2PX1A 1ZBMA 3Q26A 1N84A 3IL1B 5I2NB 2PBWA 3LUYA 5CC2A 3BKIB 2I4BA 4EQBA 4IB2A 2D21A 1US5A 3CG1A 3O66A 3LSFB 4EF2A 4GXAA 3PV0E 1P99A 2XX7A 1FQCA 4DIGA 4POXA 2DQVA 1R1NA 3FJMA 3KN8A 4ZEBA 4BLAA 1NKXA 1LB9A 1B7UA 1ATGA 5I57B 4I8CA 1SW1A 4F1VA 3VXCA 4KR5A 2DWIA 4U2RA 4XKRA 4LVQA 5KCJB 3I6VA 1A40A 4O3CA 1NNPA 5CRYA 3T96B 5CBSA 3O29A 1XS5A 5AA4B 3H6VA 3KN3A 1H45A 3IORA 4YB5A 2XD2A 5JEIA 2RC7A 3FXUA 2UVHA 2F7BA 2XXUA 3V89B 5H8FA 5L9MA 3KFMA 1EZPA 2ALUA 3TKDA 2VGQA 1NH7A 5I58B 4F29A 3LSXA 4TLMB 2QMWA 1JETA 3QAXA 3E9XA 5AA1A 4NF6B 5I59A 1MQHA 2Z22A 3OSQA 2ONRA 4GRKA 3TODA 5H8NB 1B58A 2RCAA 1SVXB 4NTLA 1J1NA 1GTKA 3H06B 3C34A 4OMBA 3F11A 1FQBA 4BDMA 2UYEA 3Q27A 5TU0A 3DM0A 1II5A 2H9BA 2ZYOA 1P1UA 3ZSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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