4KCDA

Crystal structure of the nmda receptor glun3a ligand binding domain apo state
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
b'NKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 89
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA02
1IQ7A 2ZNSA 4H5GA 1B1XA 1I6BA 2O1LA 3S9EA 1MXXA 3LSFB 1DMBA 4FIMA 3O6GA 3CR9A 5BWJA 4G2ZA 2X7QA 1A7LA 3ZSFA 5I56A 3PMVA 3L6HA 1LGBC 2PMSA 1DOTA 1NH8A 1SBPA 2DSFA 4H6DA 2GRVA 3IL1B 1B58A 3TTKA 4ZEIA 1PB8A 3RQTA 4ZEKA 1OLAA 3U1OA 1MG1A 1BKAA 2XXQA 3FVOA 1AOVA 1ZIUA 4EQ9A 1YTVA 4ZE8A 3KGCA 3TPAA 1B5JA 4G8MA 3KJTA 2HQ0A 4OFJA 1B3EA 5DVJA 3OO6A 3IX1A 4H1XA 1WODA 2X7PA 2BJJX 3G3GA 2ZNTA 4GVOA 2Y7RA 2I3WA 2XXHA 2IA4A 5L9OA 3W15C 2I58A 4RA1A 2AL4A 1M5CA 4GXAA 5I2KA 5IKBA 3L6GA 3FJGA 3Q28A 2E1SA 1MXWA 4JSOA 2R6GE 3N26A 1QVSA 3S9MC 5H8QB 1D3KA 3HN0A 3EHUA 4YB5A 4KD5A 4LQ5A 3GXAA 1SW4A 4E0WA 1IXCA 1B6HA 4UACA 1PEBA 4QF9A 4PFUA 2V3UA 3FVGA 3OO9A 4NF4B 4X1DA 1LAHE 5I2NB 4NTLA 4IO4A 1FTJA 4JXIA 4DCYA 3FASA 3MWBA 3K1MA 3OENA 2QPQA 2Q9TA 1JW4A 4ELPA 3N5LA 5CMBA 2DE4A 4FJPA 4FORA 4R74A 1B3GA 3C35A 3H6VA 4Z7EA 1O64A 3Q27A 3VLUA 4YB6A 4HS7A 2DS9A 4ZEFA 4AB6A 1JEUA 5I57B 3THIA 4H0WA 5HM4B 3MAMA 3HPIA 4TLLB 2RC9A 4F1YA 4F3GA 5AA3A 3KN3A 3U93A 3QIMA 4RK9A 4KCDA 3OSRA 3V8XB 1ZBMA 4RYAA 1JVXA 3UP9A 3TCHA 1MQGA 4WEPA 3OD7A 4OXVA 5AA2B 4NWDA 3VXBA 2W7YA 5I59A 4DIGA 4ZECA 1B3LA 1WDNA 4R75A 3OELA 4N13A 2HFBA 2V3QA 1B3HA 5CMKA 4NF4A 1LCTA 5I2NA 3EHSA 1FTLA 2IEEA 3LSXA 5ICTA 2THIA 2F35A 3TAJA 4I62A 1EZPA 3HO7A 4EDPA 4YICA 3N6TA 1TT1A 2DOJA 2H25A 2UVGA 4R73A 3QAXA 5DT6A 5H8HB 3E13X 5LOMA 2O6AA 4BDRA 3MVZA 3GLBA 3UN6A 2XX8A 1P1NA 5I57A 3K6UA 2F7BA 1J1NA 4MFIA 4UA8A 1VFEA 4DCXA 3PPRA 3O6IA 4MLVA 4ESWA 2I3VA 4FE8A 1OVTA 5DVIA 1D9VA 3MC2A 1GV8A 1I6AA 2VOZA 3O28A 3C9HA 4G68C 3FGSA 3OO7A 4JWOA 4LQ2A 2Z22A 5L9SA 3VLWA 4QSDA 5AA2A 1ANFA 3IOUA 3T9UA 3ILTB 3MZ1A 3PPPA 2FYIA 4L17A 1MY1A 3IO6A 4RK2A 5TP9A 2NOOA 1JVYA 1JW5A 1MM6A 3ILUB 2GH9A 3TTRA 3IOWA 3LBSA 1H3DA 2YPNA 3VVFA 1DTZA 4F31B 4LA9A 4HCYA 3C31A 4G68A 4DXBA 3BFUA 2Q2AA 4O3CA 4ELOA 1DPEA 3QXMA 1TFDA 2XXXA 3PMXA 5H8HA 4Q5TA 1IIWA 5FTIA 4POXA 2O84X 4BDOA 1Y3NA 4U23A 4OEUA 4BDMA 3FVKA 3CIJA 4YU0A 1IZ1A 3U92A 1AH5A 4P11A 3SEVA 1B7HA 4WKMA 4LZ7A 4R6YA 4IO5A 3CVGA 1US5A 4THIA 4N6PA 4KPTA 1QKAA 2H4IA 1FQCA 3C34A 1Q35A 2I4CA 1IXIA 4H67A 1MDP1 1DTGA 1B0HA 3BBRA 3SERA 1S9TA 4P0GA 4GRKA 4BDNA 1POY1 1B3FA 4KQPA 1XVXA 5H8FA 3RY3A 2M8CA 1Y4TA 4WXJA 3TYHA 3TMGA 3MBPA 4RPNA 1LAFE 3RPWA 2P2AA 5KZTA 5L9MA 3U8QA 1A54A 1SDXA 1NNFA 2Y7IA 2VGQA 1LSTA 4OERA 1UIVA 5K2YA 4OVJA 1XVYA 2AL5A 4KR5A 2P0SA 3OEKA 4RXLA 3KBRA 3PUWE 3HV1A 3LSWA 3V83A 5CI5A 1B1HA 1SW2A 2O51A 3SKPA 1A40A 4ZEDA 3IO4A 2UVJA 3DP6A 4YAHX 3MJNA 1UQWA 2KLFA 5F7VA 2RINA 2F6GA 2UYFA 1P1WA 3KN8A 1XC1A 2RC8A 4R2FA 3VFJA 4RY1A 3UORA 4F3PA 1ZLQA 3EHTA 4KFQA 5I84A 4I8CA 3DP4A 2PYYA 4HW8A 3TCGA 2D21A 1N3WA 4IO6A 4ZZEA 3VXCA 3K1NA 2V84A 4QFOA 2VD2A 4TOZA 1MY0A 3MPKA 2QL3A 1FCKA 4OENA 2OBGA 5F1QA 4U1OA 3SEYA 3B6WA 3OOAA 4F39A 3H3GA 5CRYA 1R6ZA 2CZLA 4F18A 4HCWA 5L8DA 4XKQA 2FNCA 3H7MA 1GTKA 4ZDMA 2UYEA 1MY3A 4ZS9A 2XX9A 3UA8A 3K02A 2A5TB 2XXIA 1N04A 3N6UA 3O66A 4OFLA 3LC8A 4I9DA 4H8IA 2FA7A 1B5IA 4FECA 2DWHA 2UVHA 1XS5A 1MXZA 2ZXTA 4EF2A 5EHSA 2OLBA 1B51A 3TELA 5TU0A 3RT6B 1MQJA 4IO2A 1MPBA 3TTMA 3E4RA 2QS3A 5CBSA 3SEUA 1P1UA 1XT8A 5EHMA 4KHZE 3A09A 4ECFA 3TQWA 4MLQA 3PD9A 5JTYB 4GIZA 2XX7A 3G3KA 3ZKKA 4ELRA 1QKBA 2ZNUA 1QUKA 1OIBA 4C0RA 4EXLA 3Q26A 1AL3A 3IJXB 4OEVA 3M8UA 3PV0E 1UIUA 2V93A 2ONRA 3JYRA 1T0KA 1CE2A 2A5TA 4OHNA 4GL0A 1NL5A 4U21A 1BIYA 2GHBA 4C1UA 3ZKLA 3E3KA 1MH4A 4EF1A 3T66A 3O9PA 3MW0A 4I1DA 4DDDA 3CSGA 1P1OA 3FUZA 4XIGQ 3SDFA 2ALUA 1UTBB 1B52A 1MXYA 2I48A 4NWCA 1A8FA 4GL8A 1A99A 3TTNA 1SQYA 3I5OA 5I58B 2RCAA 3C33A 3RNNA 3T93B 4FATA 2F97A 3TDJA 4YKJA 5ITOA 2P1SA 1EZ9A 2ZYOA 3MVWA 1JETA 5JTYA 3CSBA 2O69A 3R26A 1JEVA 4POWA 2ZYMA 2DP8A 1URGA 4Q8RA 1FQEA 2YLNA 4QFNA 2VHAA 5H8QA 4GD5A 3MZ9A 4G8HA 1MM7A 1L5TA 1PB9A 1N0TA 1SVXB 5DVFA 4PFYA 5H8NB 2Q89A 2QRYA 4P0IA 4IO7A 1P99A 4X1BA 1H45A 4OESA 1TFAA 3V5AA 2X26A 3Q29A 3R6UA 3ECRA 5IAIA 5KCJB 2F7CA 3OMBA 4EUOA 3MZBA 4M1VA 2H99A 3O97A 1USYH 1QUJA 1ATGA 1ZMGA 2Q2CA 1UTBA 1JNFA 3PUXE 4YMAA 1DPPA 1VFDA 1LBCA 1OLCA 5TPAB 3FJ7A 4XTCQ 5I58A 3KJ7A 3U94A 3T96B 2OWSA 1LLSA 2REGA 4XKPA 1Y3QA 3H6TA 4F29A 3T9XB 2XXVA 4F2QA 1PBQA 1GVCA 2RC7A 1B32A 2DQVA 5AA2D 3K4UA 1QJMA 1MQHA 1P1QA 5CM6A 3MQ9A 2YJPA 3U72A 2DE3A 3TEPA 4OYVA 5DYHA 1HSEA 4IY6A 5H8NA 2HXWA 3SEWA 5M2VA 3H06B 3MUQA 3O2AA 1R1NA 3KSXA 4NF6B 2PBWA 5CC2A 4GXSB 2DXRA 4NMYA 5KCJA 2QJEA 1PB7A 2V25A 2OZZA 4WEDA 1OQHA 1YAEA 3G3JA 2RCBA 4IO3A 3UK4A 2A5SA 4U22A 3S4UA 4DXUA 1B7UA 3PPNA 1SD3A 3O29A 3KZGA 2UVIA 4QFKA 3GBAA 1XOCA 4R2BA 5AE4A 5TPAA 1A8EA 1Q1KA 3CFXA 1GR2A 2G93A 2CMOA 4BDLA 1LFGA 3LSLA 1PDAA 1B4HA 1MQDA 4PETA 3K6XA 1I6QA 5BUUA 1QUIA 3MP6A 3IAZA 4LONB 2HZKA 3ONMA 1NKXA 4NF5B 4QRZA 4R9GA 4IGRA 3TODA 1RYXA 4LZ8A 5KDTB 3HHFA 4GWOA 2F36A 1EZOA 5AA1A 1H44A 4MBPA 2I6EA 3VVEA 3PU5A 1ELJA 4IB2A 4NF6A 4FEDA 4F19A 1HSJA 3K2DA 3SETA 2DXYA 3CFLA 3JZJA 3FD3A 1MH3A 1IITA 4NEDA 4Q30B 2XXPA 3TUSA 1SYHA 2O68A 3CI8A 4IY5A 1N7XA 1MQIA 1Y9UA 2R71A 4HTGA 3CFZA 3RT8A 1YCJA 3WAFA 5B7DA 2NVUB 3PPQA 4KI0E 2DWAA 4KYDA 3B6TA 1FTMA 3RN8A 2LAOA 2XXTA 1H76A 1O63A 3C32A 2F5XA 3UGWA 1HSLA 1USYE 4ND9A 1LB8A 3DLNA 4OTEA 1D9YA 1PBPA 1SI0A 1TWYA 2Y7PA 1B0LA 4NF5A 4R6HA 2DVCA 3RUMA 3FIRA 2R9JA 4F2OA 2RKMA 5KDTA 2OK2A 1ZJLA 1H43A 2DYXA 3PMWA 3I6VA 2ONKE 3A3CA 1SW5A 1US4A 4JSDA 4F1UA 2ANJA 1M5DA 3FATA 1F9BA 4C1TA 1JW1A 1MDQA 5AA4B 2GHAA 5FHOA 3MP8A 3FV1A 1NNKA 1B4ZA 3GZGA 2E0SA 1B7ZA 1PC3A 3S9LC 1RYOA 1IUDA 3USDA 1B2HA 5FTHA 3FJMA 5H8SA 1IXHA 2I0BA 1YPNA 1XHYA 1AIVA 2AYSA 3VVDA 2F6PA 1IEJA 1POTA 4OQOA 4RPOA 1NH7A 3EPEA 3RGYA 2QS1A 5I2KB 3KG2A 1LBBA 3SEXA 4NF8B 2OCUA 5HBCA 4M4GA 3MVXA 3OSQA 3K6VA 5J1DA 4U4XA 2ZMBA 1MXUA 1N7WA 4NE4A 2Z8EA 4DLDA 4LVQA 2PX1A 2HEUA 1Y1MA 2Q88A 4F1VA 3TCFA 4BDQA 1MY4A 1OQGA 2QMXA 1MPCA 1B46A 4QSEA 1KWHA 1LFIA 4JB7A 5AA4A 3TFLA 4O3BA 3QUFA 5CBRA 2H98A 5K2XA 4ONYA 3T9HB 3TZAA 4R9FA 4TLMB 4EQBA 2DVZA 4PFWA 4R6KA 3IORA 4QFLA 2B3BA 1LAXA 3MP1A 4QSCA 3N94A 4KYEA 2F7AA 3M3FA 3RTWB 2QSXA 3PD8A 3QYTA 2ZYNA 5ISUA 3B7DA 3H03A 4LP2B 4DXCA 2O1MA 3D4CA 1LB9A 1MPDA 1D4NA 1MXVA 3JV9A 3IB2A 4PQJA 1NNPA 4NF8A 1FW0A 4YB7A 3KFMA 3MVYA 1R9LA 4OMBA 2Z8DA 3C4MA 4FAJA 3G3FA 5JK4A 3LR1A 2H9BA 5I59B 1FQFA 2PVUA 3RLFE 3GBBA 2F8DA 3DM0A 3FXUA 1EU8A 5A5XB 2D5WA 4G8NA 4ESXA 5HPQA 2PT2A 4ELQA 2XXUA 2B3FA 4RJZA 3K01A 4TQUQ 3PPOA 2UXAA 2NUVA 3IOTA 3UIFA 4OETA 1Z7NE 1I69A 3R7XA 3G7WA 3TTLA 2V3TA 1Y20A 1FTOA 4U1ZA 2XD3A 4U4SA 2I0CA 1TXFA 4KCCA 3EQ1A 3PUZE 4XKRA 1QW0A 1MY2A 1RKMA 4E0XA 3RTFB 4EXKA 1A55A 4GFRA 4Q0CA 1ZKBA 4YMBA 3PUVE 3WAEA 3K00A 2ESNA 3CG1A 3H6UA 2O7UA 2WKYA 4EQ7A 5ITPA 3M3KA 4DE8A 1N84A 4DZ1A 4QFPA 3ZS6A 3OEMA 4LUBA 4ZZAA 1R9QA 2ZYKA 4OZ9A 3Q25A 2GFEA 5DEXB 1BTJA 4JWYA 3W9VA 1II5A 4H5FA 2NWJA 2DE2A 5FHMA 5TP9B 5A5XA 1LAGE 3FVNA 2Z8FA 3K0VA 3K1PA 3S9NC 3M3LA 1Y3PA 1Y1ZA 2Y7KA 5CMMA 3BFTA 3VDFA 2VP1A 5CMCA 1LCFA 4G68B 4RNSA 3HSTA 2Z23A 1WVJA 2H5YA 3LUYA 4PP0A 1SW1A 3QSLA 3HCQA 2DWJA 4K3FA 4N07A 4YKPA 3VV5A 3BKIB 1NNTA 2G29A 1FQAA 4JBZA 3IJOB 1B40A 3FXRA 1FQBA 3F11A 3IR1A 4XXUA 1M5EA 3KN7A 3V89B 1LFHA 1B5HA 3I3VA 2XHDA 4OWDA 4F22A 2Y7WA 3IK6B 1URDA 3KOTA 1OVBA 3P7IA 3OO8A 4ZEBA 1DSNA 2XXWA 3C36A 3K6WA 2HZLA 5ICQA 3TQLA 2NXOA 5DEXA 5H8FB 1S50A 3CRBA 4YZZA 2HAUA 3EF7A 3EN3A 3D4GA 1BP5A 4JDFA 1S7YA 4FEBA 4KYSA 3T22A 1M5FA 2O7IA 4F3BA 4MF3A 2HCAA 2OJTA 2ONSA 4H8JA 1NMUA 5DTBA 1VE4A 3G3HA 1UTHB 1B9JA 1SYIA 4GOTA 4QHQA 4PFTA 3PUYE 1FTKA 1VR5A 4F3SA 3ODBA 2Q8JA 1B05A 1MS7A 1M5BA 2AIXA 2I4BA 4XKNA 2Y84A 5ELVA 4GLIA 1O7TA 2ABHA 4OFOA 3KOSA 3MPLA 4H65A 2XXRA 3FV2A 2PT1A 4AB5A 2VD3A 2OWTA 3AXFA 4G4PA 4GQOA 3H4ZA 5B70A 3E9XA 3DELB 5EYFA 1OMPA 2F78A 2D3IA 3H6WA 1BLFA 1GGGA 3IB1A 4YKKA 3W9WA 1ZU0A 2XD2A 2DWIA 2B65A 3DP8A 3IB0A 4R72A 1JQFA 2HAVA 4U2RA 4BLAA 4Z0IA 3SESA 4GF8A 4X48A 1SI1A 1CB6A 3B6QA 3KEIA 1UTHA 4MH5A 5I56B 1QULA 3A3UA 1URSA 2QMWA 4LATA 3QUJA 3S2VA 2REJA 3FXQA 3OXNA 3TKDA 1AMFA 4PE5B 2QS4A 4X9TA 2RF1A 2I49A 3CG3A 4YKIA 3IOVA 4JWXA 1MRPA 3HHGA 4G77A 1N3XA 4AQ4A 4ISUA 2XXYA 3VE1B 4LZ5A 1FQDA 1IXGA 4IGTA 4O3AA 1NFTA 3FZVA 1Y4CA 3T9VA 3QK6A 1VSOA 4ZE9A 3O6HA 1N76A 1ZTYA 2QS2A 2F34A 3VLVA 3PGFA 5FHNA 5JEIA 1EH3A 3KSJA 1Z7ME 3G3IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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