4KCDA

Crystal structure of the nmda receptor glun3a ligand binding domain apo state
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
NKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 89
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA02
5AA2D 2X7QA 3FV2A 3U92A 4GVOA 4U1ZA 1FQCA 4GLIA 3T9VA 2KLFA 4C0RA 3DP6A 4N13A 2UVHA 3O6IA 3CIJA 1FTKA 3TCFA 1JVYA 2ALUA 5JTYA 1UTHA 4IB2A 3QUJA 4QSEA 3P7IA 3R26A 1JNFA 1M5FA 2XXUA 3PMVA 3LC8A 4G68C 3FD3A 2ZNSA 3SEYA 4GQOA 1M5DA 2DWJA 1ZBMA 3KJ7A 3L6GA 3MPLA 3OO7A 3KGCA 1OVBA 1WVJA 2QS1A 3TTNA 4Q5TA 1MH3A 1FW0A 2FNCA 1I6AA 5EHSA 1AIVA 2F8DA 2H4IA 1LCTA 1MQJA 3B6TA 1M5EA 2RCAA 3RTWB 5B7DA 1H44A 5DEXA 1D4NA 2GFEA 1FTLA 1HSJA 3IK6B 3OO6A 3RT6B 3MAMA 1PB9A 3IR1A 5I57A 2XX8A 5CI5A 2O6AA 4TLLB 5L9SA 2NVUB 1VSOA 3VFJA 3QYTA 2HCAA 4JWYA 4NEDA 4F1YA 1NNPA 1URGA 3FASA 4OTEA 1B32A 3K4UA 5CBSA 2F78A 1LCFA 3RGYA 3LBSA 1Y20A 1PC3A 1PB7A 4LQ2A 4ZDMA 4R6KA 4RNSA 2Y7PA 1VFDA 4NMYA 5FHNA 4H5FA 3T9HB 2DOJA 3HN0A 3RUMA 2F34A 3JV9A 4BDOA 1NKXA 3T96B 4GL8A 4MBPA 1MQGA 1DTZA 3MZBA 2F97A 5BUUA 4XTCQ 3IJXB 3WAFA 1Y4CA 1MQIA 4I9DA 4ZEFA 4JDFA 1D9VA 1LB8A 3VVFA 1LBBA 2Z8EA 3TQWA 1USYE 3O6HA 4GFRA 1AL3A 1A55A 3IOTA 1DMBA 1TFAA 2DE2A 3H03A 1DSNA 4O3BA 4GL0A 3SERA 4RK9A 3H3GA 3DLNA 4FJPA 2UYFA 2YPNA 3V89B 4ZEDA 4U4XA 2P0SA 3TAJA 2G29A 3MWBA 2Y7KA 4E0XA 4NE4A 1IXGA 4F29A 4R73A 2XD3A 2B3FA 2Q2CA 4G8MA 3PD8A 3DM0A 1H76A 1N0TA 3MVXA 3U1OA 3W15C 4ZEBA 5I56B 4EXKA 2NXOA 4UACA 3IO4A 4PQJA 1NMUA 3S9EA 3K6WA 1BKAA 4EQ9A 4ELQA 3H4ZA 5TPAB 1XVYA 4F1VA 3E13X 2FYIA 4IO4A 2VGQA 1EZOA 4YB6A 5HPQA 1A54A 3OSRA 5I59B 4FE8A 1JW4A 3SEVA 2XD2A 3IO6A 3JZJA 1S7YA 4PFTA 3K00A 3TTLA 4YKJA 5ISUA 3GBBA 2H98A 4WXJA 4BDLA 1P99A 4YMBA 3FXRA 3KN7A 5AA3A 4YKPA 2PT1A 4YICA 1PEBA 2WKYA 3FJGA 3BFTA 3SEXA 1A99A 3EHSA 1MDQA 4X1BA 1FTOA 1Y1ZA 1AMFA 4QFPA 3EN3A 3W9VA 2P2AA 4JWXA 5CMBA 5AE4A 4K3FA 2YJPA 2H9BA 4IGRA 2QSXA 5CRYA 2E1SA 2V3TA 1WDNA 1MY2A 1MG1A 2CZLA 1ZKBA 1FQEA 1IXIA 3FVGA 4IO7A 4OVJA 5CMKA 2F7AA 4MLQA 3OXNA 4H0WA 4OFJA 3MJNA 1B46A 1B5JA 2Y7IA 4DCYA 3N5LA 1B0HA 4RY1A 4F22A 1BTJA 4MH5A 4QFLA 5H8HB 1MY4A 4XKNA 1N3WA 3IB0A 4OFLA 5EYFA 2E0SA 4BDQA 3GLBA 5DTBA 5DVFA 4L17A 5KCJB 1MXUA 1P1NA 2A5SA 3CSGA 1SVXB 3K1NA 4KQPA 5A5XB 1MY3A 4DCXA 1OQGA 3IOVA 3TTMA 1YCJA 2DSFA 2I0CA 3MBPA 3RNNA 4HW8A 2UVJA 4IY6A 3C34A 4HCYA 5JEIA 2OJTA 2R71A 1GV8A 4ECFA 4P11A 4YB7A 4XKQA 1B3FA 4H1XA 2ZNTA 5I56A 1PB8A 1NH8A 4GF8A 1FTMA 4IO3A 3ZSFA 2VD2A 3E9XA 4DXUA 4DLDA 1FCKA 3PGFA 3TEPA 1QULA 5TPAA 2XXXA 3OD7A 4KPTA 3KEIA 3T9UA 3C32A 5ITOA 1P1WA 4LP2B 4RA1A 5I59A 2W7YA 3IOWA 1Z7NE 1J1NA 1R9LA 2V3UA 2DWIA 4KHZE 4KD5A 2D3IA 4DDDA 2OWSA 1II5A 3O2AA 2ZYNA 3FGSA 4KYEA 2AYSA 1LGBC 1EU8A 5ICQA 3S4UA 4JBZA 2Q2AA 1DPEA 4OEUA 1QJMA 1ZLQA 3EPEA 4ZEKA 2X26A 2ONKE 3MW0A 3DP4A 4F2OA 3IAZA 3QK6A 4Z0IA 3S2VA 2LAOA 4FEDA 3TELA 4M1VA 3V5AA 4NF8B 4F3PA 1N7WA 3IOUA 1B3GA 1A7LA 2BJJX 1IZ1A 3UORA 3EHUA 3A3CA 2RCBA 2XXIA 3OSQA 3JYRA 5CM6A 2XHDA 4FATA 4KCDA 1I6QA 5DYHA 3G3JA 5B70A 4OMBA 4QFOA 3PPQA 3M8UA 1RKMA 5H8HA 5ICTA 3IORA 2GHBA 1MXYA 3OO9A 1XHYA 3PPPA 4YU0A 3T9XB 3MZ9A 4OETA 5F7VA 3CG3A 4OENA 1S9TA 3U93A 1LSTA 5KCJA 4ELOA 1TT1A 4PETA 5A5XA 1QUJA 4IGTA 4IO2A 1LFGA 2F6GA 2O84X 2QMWA 2DE3A 4UA8A 4JSOA 2GHAA 3MP1A 4LATA 3K0VA 3LSLA 3C36A 4RPNA 1B5IA 1JEUA 4YKKA 4R72A 1MDP1 3OMBA 5CC2A 2HAUA 3FXQA 4NTLA 4LUBA 2I4CA 2AIXA 2ESNA 1GVCA 3RN8A 3A09A 3KN3A 1GGGA 2Z22A 4XKRA 2VHAA 1SW5A 1H3DA 1LB9A 3MP6A 1GTKA 3FXUA 3RT8A 4IY5A 1O63A 3Q29A 3DP8A 4QHQA 4OERA 5KDTB 1LAHE 2UXAA 5CMCA 1N7XA 4EQBA 1I69A 4R6HA 4ZE9A 4ISUA 1BLFA 3HO7A 3N26A 3HHGA 1LBCA 3SEUA 3UK4A 1XOCA 4FIMA 2DS9A 4MFIA 4MF3A 3KOTA 5DVJA 3A3UA 3MP8A 1MS7A 3Q28A 4JSDA 3H6WA 3PMWA 2IEEA 3CRBA 1R6ZA 1Y4TA 2Q8JA 1MM7A 4AB5A 4TLMB 3ILUB 4U21A 3PPRA 1UIVA 1SYHA 1PBPA 1SI1A 2B65A 1B7HA 2UVIA 4G4PA 4I62A 4GXAA 5JK4A 2F7BA 5F1QA 4BDNA 3PUXE 1ZTYA 3PUVE 1B4ZA 2VP1A 3O9PA 4NF8A 2F6PA 2P1SA 2OWTA 2XXRA 2OCUA 1QVSA 1H43A 2F35A 3VXBA 2XX9A 4U22A 1P1UA 3TPAA 2V3QA 3G3HA 1A8FA 1MPBA 4FECA 4HCWA 3CFZA 3QAXA 3PPOA 1MXXA 2XXTA 3KN8A 2XXYA 4EXLA 4BDRA 3FZVA 2DWHA 3T66A 1T0KA 2PYYA 3VVDA 4R6YA 4PFWA 4I1DA 1MXVA 1XS5A 1SI0A 4NWDA 3I3VA 2R9JA 1QUKA 2O51A 4EF2A 2ZNUA 3V83A 1ZIUA 2GH9A 1B3HA 5FTHA 2O7IA 1LFHA 3Q25A 1B7ZA 2F7CA 3B6WA 4NF5B 3ZKLA 4X48A 1MPDA 3ECRA 5AA2B 1TFDA 1N04A 3MZ1A 2QS3A 3KZGA 3RLFE 1Q35A 1UTBB 1URDA 2DXRA 4QSCA 2VOZA 1OIBA 1S50A 4Q0CA 1OLAA 4R75A 3FVOA 4POWA 1B1HA 2A5TB 4NWCA 4KI0E 2XXHA 2Q9TA 4GXSB 2QRYA 2ZXTA 4HS7A 1MY1A 5KDTA 5H8QB 4DIGA 3HCQA 3N6UA 5CMMA 3T93B 1WODA 1BP5A 3MVWA 1SDXA 1IXHA 4WEDA 1XC1A 1SW2A 1SW4A 2Y7RA 1SW1A 4OEVA 1DPPA 3FJ7A 4G77A 1P1QA 4F3SA 2F36A 4ZZAA 4ESWA 4QRZA 4DE8A 3GXAA 2XXVA 2DE4A 2V25A 3WAEA 3MVZA 2IA4A 2Z23A 3F11A 1LAFE 4U1OA 4YKIA 5H8NB 1EZ9A 2PMSA 3KFMA 3GZGA 1TWYA 4NF6B 1YTVA 3C35A 1POY1 1MQDA 4H8IA 3DELB 4YMAA 3G3FA 3TTRA 1OLCA 2OK2A 1MPCA 2ZYKA 3Q27A 4JB7A 3M3LA 1NNKA 2H99A 2HZLA 3FATA 4G2ZA 3IX1A 1URSA 4GWOA 4P0GA 4FAJA 3THIA 1MY0A 1IIWA 3T22A 2AL5A 3K6XA 4G68B 4RPOA 4F1UA 4WKMA 2DQVA 3HPIA 3TCGA 4THIA 2X7PA 4KCCA 4F31B 3TMGA 2VD3A 3Q26A 4LVQA 2NOOA 4ZECA 1MXWA 2GRVA 4RXLA 5HBCA 1OVTA 3IL1B 3HSTA 1AOVA 1NH7A 3VLUA 1KWHA 1MH4A 4JXIA 4OESA 1B2HA 2RC9A 3MUQA 3G3KA 3OELA 2I4BA 4NF5A 3EF7A 4OXVA 4WEPA 2Z8FA 5DT6A 2UVGA 4Z7EA 5AA1A 5AA2A 3B7DA 3TCHA 5AA4B 2Y7WA 3D4GA 4O3CA 5FTIA 3O29A 3AXFA 1UTBA 4R9GA 5M2VA 4DXCA 1B40A 3K6UA 3OEMA 1QKBA 1R9QA 5K2YA 3RPWA 1JEVA 2I6EA 4DZ1A 3VDFA 4IO5A 3KG2A 2I48A 2A5TA 2R6GE 5I2NB 1ATGA 3O6GA 3LR1A 4RK2A 1OMPA 3OOAA 5H8QA 3H6UA 1LLSA 1US5A 3S9NC 2M8CA 3PD9A 3H06B 1A8EA 1B05A 4OQOA 2B3BA 3IJOB 1NL5A 2D5WA 3KBRA 1VFEA 1P1OA 4QF9A 1NNFA 2PX1A 4ZS9A 2DWAA 4Q8RA 3PPNA 3BKIB 4YB5A 5DVIA 2HQ0A 3CI8A 2ZMBA 5L8DA 3QIMA 1B0LA 2OLBA 3M3FA 5H8NA 4XXUA 2ZYOA 3TYHA 5J1DA 2QPQA 3PUYE 4NF6A 5EHMA 2HAVA 3LSFB 1O7TA 4LZ8A 3U8QA 3ONMA 4R2FA 4EF1A 2HFBA 4HTGA 2DXYA 2RKMA 3MC2A 1AH5A 2OZZA 3SEWA 5ITPA 1B6HA 1L5TA 3FIRA 2ONRA 1JQFA 3G7WA 4P0IA 4YAHX 3K2DA 3PUZE 1IUDA 1IQ7A 1UIUA 1NNTA 4PFYA 4U2RA 2Z8DA 1F9BA 2PVUA 5TU0A 4KR5A 4G68A 3LUYA 3RTFB 3USDA 4BLAA 3UA8A 1MRPA 2I58A 1B3LA 1B51A 4R74A 1ANFA 5BWJA 1QW0A 3C9HA 4ELPA 4EDPA 3BFUA 3FUZA 4TQUQ 1IXCA 1VR5A 4OZ9A 3N94A 2RC7A 3CFLA 4ND9A 2PBWA 3U72A 3LSXA 3B6QA 1XT8A 1IITA 3H6TA 3ZKKA 2XXQA 1VE4A 1R1NA 3K1MA 2O69A 4Q30B 4KFQA 4EUOA 1Y3PA 4RYAA 2RF1A 3CFXA 3IB1A 5AA4A 4DXBA 3UN6A 1HSLA 4H8JA 1JW1A 1B7UA 1B4HA 2I3WA 3HHFA 3R7XA 4H5GA 1FTJA 1SBPA 5I2NA 3RY3A 5TP9A 1DOTA 3K6VA 5I2KB 3ILTB 3O66A 1SD3A 1Q1KA 2O7UA 1TXFA 4C1TA 3IB2A 4QFNA 4PFUA 2QS4A 2DYXA 2PT2A 4PE5B 3SETA 2ONSA 1B1XA 1IEJA 4NF4B 5FHMA 3U94A 4F3GA 3S9MC 3MVYA 4YZZA 3SKPA 1EH3A 2QS2A 2REGA 3PU5A 4OFOA 1I6BA 3VXCA 1CB6A 2ANJA 3UP9A 1M5BA 4XIGQ 4QFKA 3I5OA 1JW5A 4H65A 4KYDA 2REJA 3N6TA 4GIZA 1CE2A 1UQWA 3VV5A 3H6VA 5IAIA 2XXPA 1MQHA 5I58B 3R6UA 1OQHA 1ELJA 3CVGA 3V8XB 4OWDA 3PMXA 2H25A 5H8FB 5CBRA 4GD5A 2I3VA 2AL4A 1Y3QA 2V84A 3UGWA 4E0WA 2H5YA 5LOMA 3E4RA 3VVEA 3MQ9A 4XKPA 1B9JA 3OEKA 3PV0E 2DVCA 4U23A 5H8SA 4N07A 4IO6A 1FQFA 3G3GA 2XXWA 1B3EA 3UIFA 1Y1MA 4F3BA 5ELVA 5FHOA 5I84A 3TQLA 2RC8A 4G8HA 1YAEA 3HV1A 3QXMA 2D21A 3M3KA 4H67A 4ELRA 1QKAA 4GOTA 2THIA 3H7MA 4H6DA 2O68A 3O97A 1DTGA 4FORA 4F2QA 1D3KA 3TKDA 1M5CA 3ZS6A 3FVKA 3KSXA 4JWOA 4R9FA 1ZU0A 1JVXA 3FJMA 4KYSA 3LSWA 3C4MA 2QMXA 4N6PA 3SESA 3TZAA 1LAGE 4X9TA 5L9MA 2ABHA 1SYIA 1HSEA 5I2KA 2RINA 1MXZA 2QJEA 4LQ5A 3OENA 4U4SA 2XX7A 2Q88A 3VLVA 4M4GA 4PP0A 1GR2A 4RJZA 1B5HA 4OHNA 3KJTA 4TOZA 2NUVA 4ESXA 4NF4A 3TODA 3K02A 5K2XA 4F19A 1Y3NA 5IKBA 1H45A 5JTYB 5HM4B 1UTHB 1D9YA 1RYOA 2ZYMA 3OO8A 3C33A 5L9OA 4R2BA 5KZTA 1N3XA 3E3KA 2FA7A 3O28A 1PDAA 1POTA 3FVNA 2OBGA 4AB6A 1XVXA 2YLNA 2I49A 2HXWA 4POXA 1FQDA 1B58A 5I58A 4C1UA 3QUFA 3VLWA 2HEUA 5H8FA 3W9WA 3S9LC 3BBRA 3ODBA 5DEXB 3SDFA 1N76A 3CR9A 5I57B 3QSLA 1N84A 3PUWE 4FEBA 4AQ4A 3EQ1A 3K01A 4ZEIA 1YPNA 2V93A 3EHTA 1FQAA 3I6VA 2O1MA 4LZ5A 3CG1A 2HZKA 1FQBA 4ZE8A 1MM6A 2UYEA 3D4CA 3FV1A 1Y9UA 4F39A 4X1DA 1LAXA 2O1LA 1LFIA 4O3AA 1ZJLA 2Y84A 2NWJA 1QUIA 5TP9B 3TDJA 1A40A 2Q89A 3RQTA 4F18A 4MLVA 1JETA 3TFLA 3KSJA 4LZ7A 1RYXA 3K1PA 1SQYA 3GBAA 4OYVA 2DP8A 1O64A 1ZMGA 3G3IA 3MPKA 1Z7ME 3VE1B 1PBQA 1EZPA 2CMOA 1BIYA 3C31A 4QSDA 1NFTA 4I8CA 4LONB 1B52A 4G8NA 4ZZEA 4LA9A 2G93A 1US4A 2QL3A 3TTKA 4ONYA 4BDMA 1USYH 2F5XA 4GRKA 3TUSA 2I0BA 3CSBA 3L6HA 4EQ7A 2DVZA 3KOSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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