4KCDA

Crystal structure of the nmda receptor glun3a ligand binding domain apo state
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
NKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 89
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA02
3TAJA 2XXPA 1EZOA 1QKBA 1Y3NA 4OEUA 1LAXA 1IZ1A 3H3GA 4YKKA 4ESWA 5KCJB 1PEBA 2DVCA 3E13X 1B7ZA 2ALUA 4G8HA 2VHAA 1O63A 4GQOA 5TP9A 3EHUA 3CSBA 4N07A 3KSJA 2XX9A 3FIRA 4MH5A 2YJPA 1LBBA 2GRVA 4GWOA 3UN6A 2UVJA 4F1VA 3K0VA 4E0XA 3O6IA 1DMBA 2ESNA 2F8DA 2X7PA 1POTA 3MJNA 3H7MA 4ESXA 3QAXA 2GHBA 3KN3A 1P1NA 1Y4CA 3LSXA 4POWA 4UA8A 4OQOA 3TCGA 3KFMA 2RC9A 1FQCA 1N04A 2D3IA 3MVYA 3W15C 2UVHA 4M1VA 5TPAA 3PPOA 4F29A 1FQBA 1FTKA 2HXWA 2PVUA 4G77A 2H25A 3TZAA 5M2VA 5DT6A 5CI5A 2Z23A 5BWJA 1MY2A 3K01A 4JBZA 3LSWA 5JTYB 1OQGA 1VFEA 3H03A 2AIXA 3CI8A 3VE1B 3UK4A 3HV1A 4F2QA 2RKMA 4H1XA 3N26A 1FCKA 1A8EA 1CB6A 3MQ9A 4ZEKA 3PD8A 1NMUA 1SDXA 2O84X 2HZLA 2PT2A 4G4PA 1DSNA 3M8UA 5IAIA 4ZZEA 3K6UA 4EQ7A 5AE4A 3PPRA 3FVGA 5KZTA 2F7BA 2QMWA 1N3XA 2DSFA 3DM0A 2F78A 3Q28A 1SYHA 3PV0E 4IGRA 4F19A 3K2DA 2Y7IA 4GFRA 3KOTA 4IO6A 4Q0CA 3O29A 4NE4A 4IO7A 3LC8A 2DYXA 1UTHA 1DPPA 1B05A 5CMKA 4KYSA 3UA8A 1TFDA 1I6QA 1URSA 3RT8A 4R2FA 2NOOA 5ICTA 2RC8A 3ONMA 1B5JA 3QIMA 4OFOA 1P1OA 4ZEBA 1N7WA 2I3WA 1H76A 4F2OA 3TODA 3MZ1A 4GRKA 3H6UA 2HQ0A 5JTYA 4FE8A 1FTOA 1IQ7A 4LVQA 1MXXA 2F97A 2QL3A 4KCCA 3V83A 4DLDA 4LZ5A 2FYIA 3FV2A 1AMFA 3HSTA 2VD3A 3DLNA 2XXXA 3CIJA 4ZZAA 1NH7A 4GF8A 3ODBA 2V3UA 5DEXB 3FVKA 2GHAA 3V8XB 4GVOA 1Q35A 4I62A 1R9LA 3GXAA 4Z0IA 3PPPA 3T9VA 3TPAA 2BJJX 3ZSFA 4LUBA 3GBAA 3CVGA 4P0IA 2Q2AA 3L6GA 2V84A 2D5WA 1PBPA 3OXNA 1MXYA 4NF6A 2Z8EA 4R9GA 1Y1ZA 4N13A 5HBCA 2AL4A 3TTLA 4U4SA 1GR2A 4XXUA 2DP8A 4XIGQ 1US4A 1BP5A 3T66A 3C34A 2QJEA 4R6KA 1SD3A 3W9VA 5ISUA 3S9LC 4P0GA 3TQWA 4ONYA 4QF9A 4FATA 1JW1A 3HO7A 4ECFA 3UGWA 5H8FA 4E0WA 1XVYA 1ZLQA 3R26A 5K2YA 1AIVA 4QSDA 1IEJA 3DP4A 3WAEA 1DTZA 2B3FA 2ONRA 3SEWA 3SEUA 2Z22A 4N6PA 4ZEIA 4XKPA 3TCHA 2DWAA 1LAFE 1B1XA 3BFTA 3U1OA 2I4CA 1PBQA 1JW5A 3MP8A 4OYVA 2XXUA 4RA1A 5FTHA 2REJA 1A40A 3TEPA 4XKRA 3TDJA 1N0TA 4OFLA 1QUKA 2F7AA 2QS2A 1JNFA 2QSXA 4IO4A 4IGTA 4RK9A 1EU8A 3G7WA 4POXA 3EN3A 4OHNA 2F7CA 5I57B 3CFLA 4ZEFA 2I48A 4FECA 1PB8A 5L9SA 4O3CA 4H5FA 3MVXA 2H5YA 3MP1A 1IIWA 1D9VA 1NL5A 4LQ2A 1MH3A 3IB0A 4NF5B 3KOSA 5I58B 5AA2B 3LSFB 4EF2A 2A5TB 4KCDA 1ZKBA 2Y7RA 1B3EA 3D4CA 1B5HA 4F18A 1MQHA 5L9OA 2WKYA 4F3BA 1OIBA 4QFPA 5ITOA 4ELPA 3IOTA 4KI0E 2DWHA 2DXYA 2H4IA 5H8HB 1MPDA 5CMBA 3C9HA 2HZKA 1FQFA 2RINA 3CG3A 3TYHA 3V5AA 3G3IA 1FQDA 4F1YA 1MY0A 3CRBA 3IJXB 1MH4A 4LONB 2DXRA 3IB1A 3FXUA 5L8DA 2P0SA 4QFLA 1N76A 2KLFA 5I57A 3IORA 5DVIA 4RYAA 4U23A 1UQWA 3USDA 1B7HA 4KYEA 2CMOA 4THIA 2XD3A 2V3QA 1B40A 3RY3A 5H8NA 4NF5A 1NKXA 5I58A 4BDLA 4U21A 4YMBA 2A5TA 3KN8A 4EDPA 3O6HA 1M5DA 4NF4B 2Z8FA 1F9BA 1YCJA 3FJ7A 3QSLA 4HTGA 5H8QA 1SI0A 3TTKA 1MQGA 3GZGA 4DIGA 5H8HA 1JETA 4LZ8A 4HS7A 3PMWA 2Q8JA 3QUFA 2HFBA 5TPAB 4WKMA 5I84A 3HCQA 3PUYE 2CZLA 2VOZA 3MBPA 4OXVA 4H65A 3SEVA 3IL1B 4O3AA 5AA2D 3JYRA 3FD3A 3U93A 4I1DA 1WDNA 1QUIA 3HN0A 3TTRA 1B51A 1MXUA 2O7IA 4YB6A 4ZECA 3A3CA 3E4RA 1NNPA 1QULA 3GLBA 3B6TA 3E9XA 3LR1A 3K6XA 3U92A 1JVXA 3ECRA 2VP1A 1AH5A 3M3KA 3S9EA 4R72A 1YPNA 3SESA 4TLLB 1B7UA 3I3VA 2QS1A 5AA4A 4NF4A 4GD5A 4Q5TA 3VLUA 1BKAA 4JB7A 3M3FA 4NEDA 3VFJA 4MF3A 1PDAA 1ZTYA 1UTHB 4Q30B 2OBGA 1MDQA 4G68A 1HSEA 1A99A 4DDDA 3ILUB 3AXFA 5KDTA 1SW1A 4Q8RA 2Q2CA 2QPQA 4QRZA 4IY6A 1YAEA 2Y7PA 4C1TA 4NF8A 4G2ZA 1IITA 2DWIA 4UACA 1H43A 2OJTA 3HHGA 4PE5B 3TTMA 2ONSA 4R6YA 4H6DA 5I2NA 1LB8A 1IXHA 3C33A 2YLNA 4YB5A 4P11A 1IXGA 1IXCA 1H45A 4G8MA 2O6AA 2PYYA 5HPQA 1A7LA 1EZPA 4NMYA 2R9JA 1D4NA 3S2VA 5FTIA 2XXQA 1TWYA 3PUVE 4RNSA 2Q89A 3DELB 1MXWA 3OMBA 3SETA 4NF6B 5EYFA 4OETA 1BTJA 3CR9A 1OVBA 3KJTA 3Q27A 1B58A 1II5A 3MW0A 3IO4A 2PX1A 4YU0A 3K4UA 2Y84A 4OVJA 1MPBA 1TT1A 4TLMB 4G68C 2E1SA 3MWBA 3FVNA 2P2AA 3B6QA 4F3GA 4JSDA 4R73A 2LAOA 5H8FB 1WVJA 3QUJA 4R6HA 1JVYA 3FXQA 1BIYA 3PMVA 1URDA 4OWDA 2PMSA 2V3TA 4RJZA 4PFYA 3K00A 4IO3A 3UORA 2XXYA 1EH3A 2A5SA 1Y3QA 3R7XA 4R2BA 3FJGA 1I6BA 3LSLA 4QFOA 3ZS6A 1A8FA 2DS9A 5CMMA 2X7QA 2XXRA 1EZ9A 3DP8A 2ZYOA 3MZBA 4BDMA 5EHMA 2OCUA 2DQVA 4X1DA 4ZEDA 3T9HB 4LZ7A 2ZYKA 3CSGA 1LAHE 3JV9A 4IY5A 3SEYA 1P99A 5J1DA 5EHSA 3C36A 3W9WA 3WAFA 1N84A 3TCFA 1B1HA 4JDFA 3PD9A 3G3FA 1M5EA 5ICQA 5JEIA 4BDQA 1UTBB 3PUZE 4GL0A 4H0WA 4XTCQ 1VFDA 2ZYMA 4FEDA 4AB5A 3IOWA 2I0BA 1URGA 4HCWA 4PFWA 1LLSA 3R6UA 3TKDA 4KHZE 3G3GA 1USYH 3RQTA 1UIVA 2XD2A 3C32A 4BDRA 1P1QA 1QW0A 3FUZA 5F1QA 3FGSA 2ANJA 1GVCA 2F6PA 2UVIA 4YKIA 3PU5A 4KD5A 1ANFA 1FQEA 2I58A 4YKPA 1B52A 3KSXA 4H8JA 2DE3A 1FQAA 2OWSA 3T93B 1QUJA 4ZDMA 1TFAA 4O3BA 5CBRA 4DXUA 4OENA 5I56B 4XKQA 2G29A 3FVOA 3OD7A 2IEEA 2M8CA 3UP9A 1OQHA 1XVXA 4MBPA 2V93A 2XXHA 3CG1A 3RLFE 4X48A 4PFTA 5H8NB 1UTBA 2REGA 1MY4A 1Y20A 4YICA 2O51A 4U4XA 4BDOA 2PBWA 3RPWA 4BDNA 5B70A 4C0RA 3PMXA 1JEVA 3IO6A 2NWJA 2I3VA 1GV8A 4F3PA 1Y9UA 4HCYA 5H8QB 3O2AA 3T9XB 1O7TA 3OEMA 4K3FA 4PFUA 1FW0A 3CFZA 2QS4A 3K1PA 2B3BA 3VVDA 1B0LA 2H99A 3H6TA 5CC2A 2THIA 4IB2A 4H8IA 2I0CA 3OSQA 1XOCA 1MXZA 3G3KA 1Z7ME 4BLAA 1ZIUA 3C35A 4GL8A 3IJOB 2ZXTA 1HSLA 4JWYA 3Q26A 1HSJA 1N3WA 3TMGA 1T0KA 1MG1A 1XHYA 3N6TA 1SQYA 1IXIA 1LFGA 2QMXA 5I56A 4KPTA 3CFXA 3BFUA 4ZE9A 3V89B 5I59B 3LUYA 4DE8A 1PC3A 4ISUA 1POY1 3VLWA 4I8CA 3MP6A 2GH9A 3PPNA 5AA1A 3JZJA 3FASA 3K1NA 5A5XB 3OO9A 1QVSA 3A09A 1AL3A 2QS3A 1SBPA 1Y1MA 5AA4B 1MDP1 4YZZA 3EQ1A 3I5OA 1MY1A 1UIUA 1TXFA 1LFHA 1NNFA 1M5CA 3EPEA 3MZ9A 4GLIA 1ZU0A 3VLVA 1R1NA 1LBCA 2I49A 2IA4A 3VVEA 4G68B 4YB7A 1AOVA 2O69A 2DE2A 4LP2B 1L5TA 4FJPA 2B65A 5KDTB 4EQ9A 3THIA 5IKBA 4NF8B 3RTWB 3QYTA 2DE4A 5I2KB 1JW4A 1M5FA 5I2NB 4KYDA 1IUDA 1USYE 2XXIA 4WXJA 1B46A 1RYXA 3Q29A 4RY1A 1XC1A 1KWHA 5I59A 3L6HA 4FEBA 5BUUA 2PT1A 1RKMA 3FXRA 1B3FA 5HM4B 2O7UA 1B4HA 5A5XA 1B3HA 4NWDA 3T9UA 3OO6A 5F7VA 1S50A 4DZ1A 3OSRA 3TFLA 2XX8A 3O6GA 1Q1KA 4R74A 1ZJLA 3KZGA 4OEVA 3BBRA 4HW8A 1MXVA 3B6WA 4U22A 3VXBA 3MVZA 3A3UA 4LATA 3E3KA 3O9PA 1A54A 3Q25A 4L17A 1D9YA 3QXMA 2H9BA 2O1LA 3BKIB 5DVFA 3M3LA 1NNKA 1LGBC 5I2KA 2RCBA 2ABHA 4OERA 1MM7A 2O68A 4U1OA 4JXIA 3KN7A 1H3DA 2VGQA 3O97A 2NXOA 2HAVA 1XS5A 1Y3PA 3F11A 1OLAA 2VD2A 2Y7KA 5FHOA 1NFTA 1ZBMA 2ZNTA 3TQLA 5CBSA 1VE4A 1H44A 5CMCA 2R6GE 4TOZA 4FORA 3EF7A 4GXAA 4RPOA 3ZKLA 1DPEA 2UYFA 3IOUA 1QJMA 2Y7WA 5KCJA 3HPIA 1GTKA 3OO8A 5CM6A 2AYSA 3S4UA 2X26A 3H06B 4G8NA 3D4GA 4GIZA 2P1SA 4ND9A 5L9MA 1LCFA 2UYEA 1P1WA 1VR5A 4U2RA 1LSTA 3C31A 3RT6B 2YPNA 4QSCA 4IO2A 2OWTA 4TQUQ 2XXTA 4EF1A 3ILTB 4JWXA 4F3SA 5B7DA 3KEIA 3B7DA 3RUMA 2F36A 1O64A 2NVUB 4ZE8A 1A55A 3RGYA 4YMAA 5JK4A 3N6UA 1B6HA 3UIFA 4OZ9A 4X1BA 2V25A 3PPQA 4QFKA 2E0SA 5AA3A 3OOAA 4QFNA 4JSOA 4XKNA 4NWCA 4H5GA 4FIMA 1B4ZA 1PB9A 2HCAA 3TELA 3VXCA 1JQFA 1CE2A 3GBBA 2OLBA 3KG2A 3MPLA 4EXKA 4OMBA 1LB9A 1P1UA 2I6EA 1PB7A 5H8SA 4Z7EA 3OEKA 1OVTA 1LAGE 2XXVA 4NTLA 1DTGA 2FNCA 2RC7A 3K1MA 3MAMA 4EXLA 3FV1A 4OFJA 3T22A 1B9JA 5FHMA 3EHTA 5K2XA 3U94A 3VV5A 1FTJA 1B3LA 2F5XA 3I6VA 2UVGA 3K6WA 1XT8A 3RN8A 3N5LA 2DWJA 1OLCA 3K02A 5DVJA 4I9DA 3SEXA 3PUWE 1LFIA 2F34A 4QSEA 2XXWA 4DCYA 3KGCA 3G3JA 2Q88A 3RTFB 1MS7A 1R6ZA 4GOTA 3EHSA 3H6VA 1I69A 2GFEA 4F31B 1FTMA 1SVXB 1WODA 1LCTA 1B5IA 5DEXA 1US5A 5TU0A 4DCXA 2DOJA 4OESA 1N7XA 3H6WA 3IB2A 2D21A 3IK6B 1MRPA 4EUOA 4F1UA 4WEPA 1B2HA 1Z7NE 4ELQA 2XHDA 3O66A 1J1NA 3SDFA 2I4BA 4M4GA 4PETA 2ONKE 5FHNA 3QK6A 4YAHX 2OZZA 4JWOA 2F6GA 3P7IA 3FJMA 4GXSB 4F22A 4PP0A 3HHFA 1MQIA 3N94A 4U1ZA 5DTBA 2F35A 4KFQA 4MFIA 4DXBA 3K6VA 1M5BA 3RNNA 4AB6A 3ZKKA 1SI1A 3TUSA 4RK2A 4ELOA 4FAJA 1QKAA 4R75A 5ELVA 1SW4A 4IO5A 3MVWA 2O1MA 1I6AA 4LQ5A 1FTLA 1MQDA 3KJ7A 4MLQA 2HEUA 4H67A 3LBSA 4AQ4A 2AL5A 2R71A 3VDFA 4MLVA 2HAUA 3MPKA 3H4ZA 2Z8DA 1VSOA 3PGFA 1BLFA 4R9FA 1B3GA 1SYIA 3O28A 2FA7A 4EQBA 1B0HA 3MC2A 4QHQA 2NUVA 3OELA 4RXLA 3IX1A 2ZYNA 2DVZA 1R9QA 4F39A 3SERA 1YTVA 4X9TA 3FZVA 2ZNSA 4PQJA 1D3KA 4C1UA 1GGGA 1B32A 3VVFA 3TTNA 1SW5A 4WEDA 1DOTA 2OK2A 3C4MA 3S9NC 4KR5A 1MPCA 3IOVA 4KQPA 1NH8A 1MM6A 3S9MC 4RPNA 5TP9B 5CRYA 2Q9TA 5ITPA 2H98A 3PUXE 3IAZA 3MUQA 5LOMA 4ELRA 3SKPA 1SW2A 3KBRA 2XX7A 4OTEA 4YKJA 5AA2A 1RYOA 1MQJA 1ATGA 4LA9A 4DXCA 5DYHA 1NNTA 2G93A 3DP6A 4ZS9A 1MY3A 3G3HA 1S7YA 1OMPA 3T96B 3IR1A 1ELJA 1S9TA 3U72A 1JEUA 2W7YA 2RCAA 3OENA 1ZMGA 3OO7A 2RF1A 2ZNUA 1Y4TA 2UXAA 3U8QA 2ZMBA 3FATA 2QRYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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