4KCDA

Crystal structure of the nmda receptor glun3a ligand binding domain apo state
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
NKLHLRVVTLIEHPFVFTREVDDEGLCPAGQLCLDPMTNDSSMLDRLFSSLHSSNDTVPIKFKKCCYGYCIDLLEQLAEDMNFDFDLYIVGDGKYGAWKNGHWTGLVGDLLSGTANMAVTSFSINTARSQVIDFTSPFFSTSLGILVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVRESSAEDYVRQSFPEMHEYMRRYNVPATPDGVQYLKNDPEKLDAFIMDKALLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPPNSPLTSNISELISQYKSHGFMDVLHDKWYKVVPC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 89
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kcdA02
1LAGE 1XS5A 4I62A 1N7WA 3OO9A 4U21A 2Q89A 1R9LA 4JB7A 4R72A 2F5XA 1DMBA 5ITOA 5ICTA 3E9XA 4X1BA 3MUQA 1B5HA 2ZXTA 3E3KA 4IGTA 3H7MA 2HXWA 1B52A 4KPTA 2G93A 2OWSA 3S9MC 3K02A 1WODA 3FJ7A 1EZ9A 5DTBA 2HCAA 5FTHA 3C4MA 3C34A 3U1OA 5EHSA 3G7WA 4X48A 4EQ9A 4KR5A 3GLBA 4FAJA 1AIVA 4LQ5A 3O2AA 4P0IA 5AA4B 4QFPA 2H25A 5ITPA 2I58A 4TLMB 3RUMA 1IIWA 3MVXA 3MVZA 3A3UA 3LSWA 2I4BA 3ZS6A 1PB9A 1BTJA 3SESA 1F9BA 1LB9A 3PUXE 3VVEA 5AE4A 1IEJA 2V84A 2F36A 3EPEA 1MY0A 2ESNA 3N5LA 4C0RA 3LR1A 1MM6A 5JK4A 4DZ1A 2UVIA 1H76A 3FUZA 3K6VA 1NNFA 1OMPA 2I6EA 1JW5A 2F34A 1FW0A 4H67A 4QFOA 4OEVA 5CMKA 2XXYA 3FVOA 4KI0E 4U1ZA 1B0HA 1M5DA 5I56B 2Q2AA 2R6GE 4N07A 1TT1A 1B32A 2QS1A 5DVIA 4JWYA 4F2QA 3R26A 4IO7A 4P0GA 1LFIA 2ONKE 3T9VA 1MQGA 2F97A 1MXVA 4NF5A 4K3FA 1QW0A 4KCCA 1A40A 1M5CA 1B58A 4N6PA 4G68A 4EXLA 3KN8A 1D4NA 4FATA 3VV5A 4DIGA 4XKNA 3HHFA 1ZLQA 4JWXA 4YMAA 3TTKA 3G3IA 5I59B 3CRBA 3CVGA 4OQOA 4YKPA 2QPQA 5BWJA 3IO6A 2Z8DA 4JDFA 1Y4CA 1WDNA 1LBBA 1A99A 3SEVA 3QUJA 5K2XA 5DT6A 4Q8RA 4HW8A 2OLBA 4ZZEA 4EQBA 1N3XA 1OLAA 3H6VA 3TTLA 5H8FA 3CG3A 2LAOA 1LBCA 3WAEA 3CI8A 4HCYA 3M3KA 3U72A 2X26A 3JZJA 1NKXA 3CFXA 5TU0A 2ALUA 3A09A 3KEIA 1SBPA 4G2ZA 2ONRA 3UIFA 1ZKBA 1B6HA 1GTKA 2PVUA 3QSLA 3N6UA 3T9XB 4LA9A 2ZNUA 4GVOA 4ZS9A 4U4SA 2AIXA 4IO2A 1SQYA 3O66A 2O51A 2P0SA 4OESA 5CM6A 4DE8A 1P1UA 4R9FA 3TELA 4KYDA 2Q8JA 4ZEDA 3OO8A 4G68C 1H3DA 1PBPA 1AL3A 3DLNA 2RF1A 4UACA 1GVCA 2OJTA 1GGGA 4PFYA 3TEPA 1EZOA 2V25A 2CMOA 4XKQA 1UTHA 1NFTA 3QXMA 3OEKA 4M1VA 3U94A 3CR9A 3S2VA 3RN8A 3S9EA 2QL3A 3CSGA 2X7PA 2THIA 4FJPA 4G68B 1LAXA 1Y1MA 3C9HA 1MQHA 2F7CA 3MVWA 3B6WA 3UP9A 5B7DA 3IK6B 5I2NB 3VLVA 1B1HA 2ABHA 4JSOA 1N7XA 2V3UA 4O3AA 4U4XA 1FTOA 2QSXA 5F7VA 4F3SA 3T22A 1LAFE 1Q1KA 1B7HA 4U23A 5CMBA 1NL5A 3OO7A 1US5A 2O1LA 4G77A 1Y4TA 3RT6B 4Z7EA 2ZMBA 1SW4A 5FTIA 4F2OA 4ZECA 3CG1A 1L5TA 3IAZA 2O69A 4YKIA 1N84A 1IITA 1QKAA 2DYXA 5H8FB 4P11A 2XX8A 3RLFE 1R9QA 3MVYA 4LVQA 1MXUA 3PPPA 4GQOA 1B46A 3GBAA 1JW4A 3O6HA 4IO4A 1ZMGA 3RQTA 1T0KA 4IO6A 1R1NA 5CI5A 4ELOA 3ZSFA 1CB6A 2X7QA 2UYEA 1LFGA 3IL1B 3D4CA 3T96B 3MW0A 2Q88A 1YTVA 3MZ1A 4ESWA 3RY3A 3K0VA 1Y9UA 4U1OA 5I58A 4BLAA 1QULA 3C33A 1QUJA 2PMSA 1UTHB 4KHZE 1QJMA 2Y7RA 4ZEKA 3SDFA 3IB2A 1SDXA 3C35A 5H8NA 3QK6A 2Y7KA 3C36A 1RYXA 2GFEA 3IB0A 1R6ZA 3KSXA 1SW2A 5ELVA 4ZEIA 5FHNA 4KD5A 2DWAA 4JWOA 3CSBA 3PUWE 1Y3PA 4PFWA 2XX9A 2F7AA 1MS7A 3LUYA 4LP2B 2OBGA 1TXFA 1DOTA 2HAVA 1D9YA 4ZE9A 2OZZA 4WEDA 4RA1A 3OMBA 2NOOA 3QIMA 4NWDA 3MZ9A 2OWTA 2CZLA 2R9JA 5L9MA 4OFOA 4R73A 2QS2A 1M5EA 4YB5A 3DM0A 1MPBA 3MP8A 4X9TA 1N0TA 4YB6A 4RK2A 5AA1A 3CIJA 2A5TA 3RTWB 3JV9A 3H6TA 4OMBA 4R75A 2XXTA 3H03A 2KLFA 3IOTA 4U2RA 4NF6A 1BIYA 1B4HA 1HSEA 1B5IA 1SYIA 4DLDA 2I0CA 5L9OA 4OVJA 1JQFA 3S4UA 4QHQA 1B5JA 5TPAB 3C31A 4YKKA 3KFMA 3MBPA 1VE4A 5I58B 3MJNA 5CMMA 2RC9A 4GXSB 1ANFA 4Z0IA 3VLWA 3FV2A 3FZVA 4LUBA 3TQLA 1NNKA 3HN0A 3CFLA 3SKPA 1FQCA 1MQJA 3A3CA 2H9BA 1CE2A 3G3FA 2Y7IA 2RKMA 3UK4A 5DEXB 2XXUA 4F1VA 4R6KA 2ZYMA 5EHMA 1HSJA 1J1NA 2HEUA 2QS3A 4YKJA 3T93B 2BJJX 1QKBA 4MLQA 3G3KA 3V83A 3B7DA 2E1SA 4JXIA 2YLNA 3RNNA 3UGWA 4XIGQ 4G8HA 1Y3NA 1ELJA 3B6QA 1FCKA 1OQGA 2DWJA 2WKYA 3QYTA 3E4RA 1IXCA 1URGA 3IJXB 4NF4A 4OXVA 4IO5A 2D5WA 4YU0A 4ZEBA 1O64A 2UYFA 1I69A 3TTRA 3H6WA 3PPRA 1MDQA 4TOZA 1UQWA 1DPEA 1Y20A 1FQAA 2A5TB 4EF2A 1UTBA 4RK9A 2VD2A 3G3GA 2DOJA 4MF3A 2ZYOA 1O7TA 1TWYA 3PPNA 3IX1A 3PD8A 4H65A 2B3BA 3GZGA 1B7UA 4GD5A 1XVXA 3T9UA 4DXBA 4R74A 4ELPA 2H5YA 3OENA 3W9WA 1JVXA 4F1UA 4H1XA 2XXHA 5CRYA 5DVFA 3OEMA 3I5OA 2VHAA 2Y7WA 2OK2A 1N3WA 1OQHA 2XXPA 1SI1A 4QFLA 1Y3QA 1UIUA 4H8JA 3U93A 3V5AA 3QUFA 1MQDA 1LCTA 1A7LA 1BKAA 4GXAA 3W9VA 3OSRA 2O6AA 3FATA 1N04A 2DE2A 2M8CA 2VOZA 3FVNA 3IOVA 4RXLA 1ZTYA 4RYAA 2YJPA 3C32A 2NVUB 1MG1A 3TYHA 2V93A 3U8QA 4F18A 4IB2A 1AH5A 2PX1A 3M8UA 3K6WA 4BDOA 2XXQA 4OHNA 2Q9TA 2NXOA 5IAIA 4KCDA 3MAMA 4FE8A 3SEWA 3TUSA 4BDMA 3FXUA 1D3KA 1IUDA 3EHUA 1B7ZA 3PMXA 4MLVA 1MXWA 1UTBB 5F1QA 3TAJA 5A5XA 3G3JA 1SI0A 2DE4A 4XKRA 3L6GA 4XXUA 3GBBA 3SEUA 5CMCA 1TFDA 4AQ4A 4IO3A 1SYHA 4FIMA 4LZ8A 1P1OA 3OO6A 4OENA 1LAHE 1M5FA 2XHDA 1MXYA 2FNCA 5I2KA 1AMFA 3BKIB 3PMWA 4OYVA 1A54A 1PBQA 3KN7A 4TLLB 3T66A 2QS4A 1QVSA 2XD2A 3K6XA 4NF5B 4R2FA 3KJTA 3PD9A 3K4UA 2HFBA 2D21A 1S9TA 3K2DA 4ONYA 1RKMA 4MBPA 2IEEA 1A8FA 5JTYA 3CFZA 3Q28A 2DP8A 1A55A 3JYRA 4QSDA 5ICQA 1MDP1 4G4PA 1NH7A 1YPNA 4E0XA 3LSXA 3M3FA 1FQDA 3ILTB 2AL5A 2PYYA 4X1DA 2P1SA 1B05A 3GXAA 1DSNA 1B3GA 1FTKA 2VP1A 4H5GA 5DVJA 1D9VA 1JEUA 1H43A 2Z23A 2H98A 4ELQA 5BUUA 2ANJA 1VSOA 3FJGA 1LFHA 1XT8A 4JSDA 3TFLA 4BDRA 3LBSA 4ZEFA 2YPNA 3H6UA 3HO7A 2DXRA 2XXXA 2P2AA 4MFIA 1Z7ME 3ZKKA 4NE4A 5CBSA 3VE1B 1OIBA 5HM4B 3HCQA 4RPOA 3N26A 4H5FA 4NMYA 2NWJA 3U92A 1QUIA 3EHTA 1MY2A 3HSTA 3H06B 3EF7A 3IR1A 1FQFA 1VFDA 4ZE8A 3Q29A 4F3PA 2F6GA 4G8MA 2VGQA 4G8NA 3VLUA 3TQWA 4LONB 1XOCA 2IA4A 3OXNA 1FQBA 4QF9A 3AXFA 2DWIA 3K1PA 4F31B 3I3VA 4Q5TA 4ISUA 2I3WA 3K1NA 3UN6A 4WKMA 4EXKA 4THIA 1US4A 1NNTA 4I1DA 3PPQA 1URDA 3MWBA 5DYHA 5I57A 3TTMA 1I6BA 3R6UA 3TCHA 3TTNA 3FVGA 2XXIA 1PDAA 1KWHA 1HSLA 4GOTA 1LLSA 4WXJA 1B2HA 3BFUA 1MH4A 2ONSA 4MH5A 2I3VA 3MQ9A 4KQPA 1P1NA 3DELB 4R6YA 1B3EA 4R2BA 1IQ7A 2D3IA 4GLIA 1UIVA 4ZDMA 4TQUQ 5AA4A 1PB8A 3TKDA 1P99A 4E0WA 3HHGA 1NMUA 4DCXA 2DWHA 3LSLA 2REJA 2F8DA 3TZAA 3DP4A 3P7IA 3SETA 3KBRA 3FXRA 4IY5A 3VXCA 4OEUA 5KZTA 2Y7PA 1POY1 4DXCA 2O84X 4OETA 3ODBA 5KCJA 4Q30B 3IB1A 1NNPA 2ZYNA 5KDTA 3N94A 1ATGA 1USYE 3EQ1A 4QFNA 3KOTA 3O6GA 3O28A 5I56A 4C1UA 4F1YA 2O1MA 1IXHA 4XKPA 5K2YA 3IOWA 4C1TA 1P1QA 4DXUA 2AL4A 4GWOA 4ECFA 1B51A 3ZKLA 5H8NB 4M4GA 4GF8A 2G29A 3HV1A 2E0SA 5L8DA 5TP9A 3MC2A 4HCWA 1IXIA 4I8CA 4PFUA 2O68A 3UA8A 3IO4A 3VFJA 5H8HA 1SD3A 2W7YA 1YAEA 1JW1A 1ZIUA 3BBRA 3FXQA 2F6PA 4FORA 5AA2A 3G3HA 5I57B 1ZU0A 1H44A 3FGSA 4YICA 1VFEA 1JVYA 3TPAA 5I59A 5LOMA 3FV1A 1WVJA 3PPOA 1JEVA 1PC3A 3KZGA 2RINA 2UVJA 2VD3A 2HQ0A 2RCBA 1PB7A 4RNSA 1N76A 2DVZA 3QAXA 4GIZA 4LZ7A 2I48A 4O3CA 3RTFB 4ND9A 1RYOA 3PGFA 5FHMA 3KSJA 2H99A 2GHAA 4OFJA 5AA3A 2F35A 4EDPA 4XTCQ 2I4CA 2Z8FA 3DP6A 3TMGA 4EUOA 1XHYA 4FEDA 3K6UA 3PU5A 5ISUA 1I6AA 2XD3A 4NF6B 4IY6A 1BP5A 1MPDA 3H3GA 3S9LC 3Q25A 3FASA 1B3LA 1TFAA 5KCJB 2Z22A 1LSTA 4QRZA 3F11A 4R9GA 3PUZE 3KG2A 3R7XA 3ECRA 2B3FA 5KDTB 4N13A 1IZ1A 1JETA 2A5SA 3O29A 3KJ7A 1B40A 4GFRA 3M3LA 3MPLA 2DS9A 4UA8A 3Q26A 4Q0CA 3SEYA 4POXA 4PE5B 4F3GA 1FTLA 3IJOB 2I0BA 4QSEA 4PP0A 4YB7A 5TP9B 1FTMA 4ELRA 4O3BA 4H8IA 3THIA 5H8HB 2Y84A 1B0LA 1MRPA 2UXAA 5AA2B 4U22A 1SVXB 5I2NA 4I9DA 1GR2A 5CC2A 5HPQA 2XXRA 2RCAA 1OVTA 3FJMA 3ONMA 1M5BA 2ZNSA 1B3FA 3B6TA 4GL8A 1MQIA 1NH8A 5B70A 4NF4B 1LB8A 1MH3A 5H8SA 1FQEA 1P1WA 2HAUA 2PT2A 4HS7A 1DTGA 2UVHA 1LGBC 1EU8A 3KN3A 2B65A 3FD3A 1MY4A 3KGCA 2OCUA 4YAHX 3TODA 1POTA 2DE3A 3VVFA 3T9HB 2RC8A 1S50A 3SEXA 3V89B 1O63A 4NEDA 1MPCA 4OWDA 4KYEA 1MY1A 3Q27A 3PV0E 3MPKA 3O6IA 4F39A 2H4IA 3HPIA 3I6VA 1BLFA 3VDFA 2FYIA 3K1MA 3TDJA 2HZKA 2XXVA 2XXWA 4YMBA 1EH3A 1MXZA 5H8QA 4LQ2A 4H0WA 1XC1A 4LZ5A 3RT8A 4NTLA 1USYH 1QUKA 4RY1A 4BDLA 3FIRA 1B3HA 3WAFA 1AOVA 1B1XA 3DP8A 4QFKA 4QSCA 1ZBMA 3VVDA 5I84A 4JBZA 5M2VA 1OLCA 3MP1A 3LSFB 1MXXA 4GRKA 5AA2D 3OSQA 4F3BA 3OOAA 3O97A 4BDNA 4H6DA 5HBCA 4OZ9A 4KYSA 1DTZA 4HTGA 4L17A 2Q2CA 1LCFA 3BFTA 1OVBA 2REGA 4R6HA 3PMVA 3PUVE 4YZZA 5A5XB 5J1DA 4NWCA 1DPPA 2RC7A 1Z7NE 2QRYA 4IGRA 4ZZAA 3PUYE 1MY3A 1H45A 4PETA 5L9SA 4ESXA 3KOSA 4RJZA 2DSFA 2GHBA 2UVGA 1Y1ZA 3SERA 5I2KB 4DDDA 3MP6A 3V8XB 1IXGA 1XVYA 4EF1A 2ZYKA 2QJEA 3K00A 2V3TA 2V3QA 3USDA 3IORA 3H4ZA 2DQVA 5TPAA 1A8EA 4OTEA 3TCGA 1Q35A 1YCJA 2Z8EA 4NF8A 1SW5A 4F22A 2GRVA 4GL0A 1B9JA 4BDQA 2F78A 4KFQA 3RGYA 5EYFA 4WEPA 5H8QB 4OFLA 1S7YA 3MZBA 5JTYB 5IKBA 3VXBA 3D4GA 5DEXA 4AB5A 3O9PA 4F29A 1PEBA 1ZJLA 2GH9A 1I6QA 3IOUA 1B4ZA 3ILUB 2ZNTA 3FVKA 4PQJA 3OD7A 1FTJA 1URSA 4DCYA 3L6HA 1JNFA 1SW1A 4POWA 4FECA 5JEIA 4AB6A 3OELA 4EQ7A 5CBRA 2FA7A 1II5A 1EZPA 2O7UA 1MM7A 3TCFA 2F7BA 2R71A 3E13X 3K01A 2PT1A 2DXYA 2HZLA 1GV8A 4LATA 2I49A 4FEBA 1VR5A 3S9NC 2NUVA 3LC8A 2XX7A 2PBWA 4PFTA 4OERA 3UORA 3N6TA 2QMWA 4RPNA 2O7IA 3EHSA 3EN3A 2AYSA 3W15C 3RPWA 5FHOA 2DVCA 2QMXA 4NF8B 4F19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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