3PPPA

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of bacillus subtilis abc transporter opuc
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
DTIKIGAQSMTESEIVANMIAQLIEHDTDLNTALVKNLGSNYVQHQAMLGGDIDISATRYSGTDLTSTLGKEAEKDPKKALNIVQNEFQKRFSYKWFDSYGFDNTYAFTVTKKFAEKEHINTVSDLKKNASQYKLGVDNAWLKRKGDGYKGFVSTYGFEFGTTYPMQIGLVYDAVKNGKMDAVLAYSTDGRIKAYDLKILKDDKRFFPPYDCSPVIPEKVLKEHPELEGVINKLIGQIDTETMQELNYEVDGKLKEPSVVAKEFLEKHHYFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Bacillus subtilis
publication title Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein
total genus 105
structure length 272
sequence length 272
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pppA01
3.40.190.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Osmoprotection protein (prox); domain 2 3pppA02
5BUUA 5DEXB 4EF2A 4WEDA 4RK9A 2R9JA 2Z8FA 1YTVA 3C34A 4IGRA 3RY3A 2V3TA 1MQIA 2QMWA 1AH5A 2QMXA 1VFDA 2HZKA 2PT2A 1Y4CA 3B6QA 3MQ9A 1B32A 3SEXA 3MP6A 4IY5A 2O69A 2AL4A 4H8IA 3W15C 1UTHB 5JTYA 1MH3A 2HAUA 3LSFB 3Q25A 3EF7A 3ECRA 2G93A 4Q0CA 2NWJA 1S9TA 3QK6A 2A5TA 3PD8A 4TOZA 3OO6A 3FVNA 1ZTYA 1BLFA 5EYFA 4L17A 1JVYA 4H8JA 3FJ7A 5AA2D 3CFZA 1MY0A 2REJA 3MVZA 1OIBA 5A5XA 4KFQA 2VD2A 1N7XA 3W9WA 4OFJA 4POWA 3VLUA 3PPQA 5K2YA 4QHQA 3FXQA 3H4ZA 5L9SA 4IO6A 1SYHA 1NNFA 4DZ1A 3K1PA 3TQLA 1GTKA 3M3KA 2FNCA 4OVJA 1PC3A 2Y7WA 3TTNA 1AOVA 4O3BA 4YMAA 3KZGA 3H6TA 4JSDA 2F7CA 5H8FA 3LSXA 1MXZA 4MFIA 2AIXA 3T9HB 3D4CA 3KEIA 1B1HA 4YMBA 1A99A 3LC8A 4F1UA 2HZLA 3QSLA 1Z7ME 1LFIA 3K6WA 4F31B 3U94A 1TFDA 1MY2A 4GIZA 1N04A 3KGCA 3V89B 3TEPA 1JEUA 3HO7A 4EQ7A 2V25A 2AL5A 2H5YA 2YLNA 1LAHE 1AMFA 4RPOA 4XKQA 4GFRA 4QSEA 3U72A 1QULA 4KI0E 3SEYA 3KG2A 3PUXE 4O3CA 1QJMA 1HSEA 1MQHA 1I6AA 1XOCA 4HTGA 1B9JA 5B7DA 3C9HA 2Y7IA 3OSQA 1NNKA 2VOZA 3PU5A 1US4A 5ITOA 1OLCA 3CSBA 3MVWA 2E1SA 3IR1A 3SEUA 4AB6A 1B7ZA 4PETA 4NWDA 2Y7PA 3HCQA 2P1SA 1GR2A 4JXIA 3KOTA 5DVJA 1J1NA 4G77A 3MZBA 3OOAA 4OFLA 2NUVA 2I3VA 2ANJA 3P7IA 1Y1ZA 4I62A 2F8DA 1O63A 1EH3A 3K01A 5CMCA 1H76A 2XXTA 4UA8A 3Q29A 1TWYA 2H4IA 2A5SA 4MLQA 2A5TB 2QSXA 4OEUA 4R2BA 4BDNA 5H8HA 2HFBA 4RY1A 5I2NB 3G3KA 3G3GA 2DP8A 3HSTA 2V3UA 1YPNA 4N13A 4GOTA 1NKXA 5CRYA 4QFNA 2NVUB 5CBSA 2F36A 3O6HA 4TLMB 1HSJA 3T96B 4KYSA 3QAXA 5CC2A 3C31A 4F1VA 4ZEFA 1AIVA 4QRZA 1ANFA 1LFHA 4XXUA 1IXCA 3GLBA 1EZPA 4R9FA 4R72A 3K00A 1MM6A 3S9EA 2I6EA 2F5XA 2VHAA 3IORA 3MZ1A 2XXPA 5DVFA 5TPAA 1PB8A 1NL5A 3ZS6A 1S50A 2H99A 2Q8JA 4QSCA 3TUSA 1R6ZA 4YB5A 2UYEA 3MAMA 2V3QA 4F22A 2RC9A 3GXAA 3CIJA 3ZKLA 1B5JA 5H8SA 5EHSA 2O7UA 3VFJA 3UN6A 3TPAA 1O64A 4AB5A 4PQJA 2UYFA 1XVXA 2Z23A 4DCXA 4NWCA 3MP8A 1MY4A 4F2OA 5FHNA 4F1YA 4NF5A 4BDQA 4GRKA 4QFKA 2Y7KA 5KDTB 1UQWA 4F3SA 3VVFA 2DWHA 5B70A 1XC1A 2O6AA 2OCUA 1D3KA 1L5TA 1ATGA 3PPRA 5H8QA 2KLFA 1FTKA 2FYIA 1O7TA 1DMBA 4RK2A 4ZZEA 2Y84A 4OESA 4YKPA 2O68A 4EQ9A 1P1OA 2XXQA 4KHZE 4NF6A 4M1VA 4ECFA 1MM7A 1SYIA 2ZXTA 3KFMA 5CM6A 4PE5B 3FJGA 3T9XB 5CMBA 3U8QA 1LBCA 3G3JA 2DVZA 1JVXA 4C0RA 4ELQA 5CMMA 4HCYA 4U4XA 3IJOB 1MS7A 1N76A 3T93B 2DWAA 2RINA 4OXVA 4Z0IA 2H98A 4G4PA 3IO6A 1M5DA 3OO9A 2PT1A 5I59A 3KOSA 5H8NB 5I58B 4H5GA 2CMOA 4R6HA 3MPLA 1ZLQA 1IXIA 3FVKA 2PMSA 1F9BA 3V8XB 4ELRA 3CR9A 1B3LA 3PV0E 3H7MA 1Y4TA 3HHFA 2V93A 2ZNUA 1UTBB 1QKAA 4FECA 4FATA 5FTHA 1BTJA 1OMPA 4LVQA 4H65A 2DWJA 4O3AA 3U1OA 2QRYA 4U22A 5TPAB 4JB7A 1ZKBA 2ABHA 4TQUQ 1D4NA 4QF9A 1P1NA 1DSNA 1PBPA 3N6UA 4ZEBA 1SBPA 2ONSA 3O97A 4NF4B 4OHNA 4R9GA 1EZ9A 3USDA 2FA7A 1H3DA 4U4SA 1A55A 3ILTB 3D4GA 5DT6A 4OETA 5K2XA 2Z8EA 2Z22A 3KN8A 1QUIA 4FJPA 2H25A 4RPNA 1B4HA 4YB6A 3ONMA 5ELVA 4DXBA 4C1TA 1P99A 1P1UA 1MDQA 2CZLA 3SETA 4R73A 3BFUA 4NF5B 3QXMA 1ZMGA 3U93A 3EHTA 4TLLB 3LR1A 3RQTA 4IO4A 2F34A 3N94A 3M3FA 2VD3A 3H6WA 5KCJB 4NTLA 2ONRA 2OWSA 2YPNA 4I9DA 1MXYA 3N6TA 5I56B 4U2RA 3DP4A 4I8CA 4GQOA 4KQPA 3K6XA 3S2VA 5JK4A 2DXRA 1CB6A 4FAJA 3RLFE 3N26A 4BDRA 1ZIUA 4NF6B 4MBPA 3T66A 1I69A 1LLSA 2XX9A 2DOJA 3O6IA 2VP1A 1ZBMA 3IK6B 3K4UA 1LAXA 3PMWA 1SVXB 1EZOA 4HCWA 2DE3A 5I57A 5TU0A 1JQFA 1SW5A 1UIUA 3K1NA 1POY1 3LSLA 3FZVA 3PUZE 3K6UA 5I59B 3H6VA 1US5A 1FW0A 5L9OA 2OZZA 3O6GA 4H67A 4R2FA 4F3PA 1SW2A 5CI5A 1TXFA 3PUYE 3PMXA 3JZJA 1DTZA 5AE4A 3ZSFA 4KR5A 2REGA 3RTWB 4F3BA 3DP8A 3KSXA 3E4RA 1JNFA 1FTLA 1FTMA 3VV5A 3FJMA 4P11A 4RXLA 5JEIA 4G8NA 2XXIA 3CRBA 1WVJA 2B3FA 1OLAA 2QS2A 3R26A 5HBCA 3PPOA 3E9XA 5ICQA 5TP9A 3TTRA 3T9UA 3TCHA 3UP9A 2XX8A 2DSFA 2G29A 1MQJA 1A8FA 1DPPA 3I3VA 3TKDA 4OQOA 1B3FA 3BBRA 4P0GA 2XXUA 3L6GA 4GWOA 1N0TA 3IAZA 3IX1A 5EHMA 4ELOA 3I6VA 3MP1A 2M8CA 3C36A 3IB1A 3PUWE 1FTJA 1XT8A 4MH5A 1MXUA 1IITA 3GBAA 2D5WA 3I5OA 3OXNA 4G2ZA 3UGWA 5JTYB 1QUKA 4LZ7A 1Q35A 2HAVA 1JW1A 2R6GE 1QW0A 5DVIA 4H5FA 4ZEKA 3CSGA 3MJNA 4XKPA 1B5HA 1NH8A 3TDJA 3S9NC 1B5IA 2NXOA 3VE1B 2X7PA 5KZTA 2OWTA 2ESNA 1MY3A 2F78A 3QUJA 2F35A 3RPWA 5FTIA 1OQHA 3CVGA 3MW0A 5A5XB 2XD3A 2UVGA 3MBPA 1MH4A 5I57B 2XX7A 2F7AA 2UVJA 1B0LA 4ZS9A 3C4MA 1B6HA 1A40A 1B3EA 5AA1A 4G8HA 1PB7A 4G68C 3B7DA 2RCAA 2ZYNA 3TTLA 4FE8A 1GV8A 1IUDA 1SI0A 4LUBA 4BDLA 5H8FB 1AL3A 2ZYOA 5J1DA 1SW4A 5AA3A 3FASA 1R1NA 4IY6A 3C33A 1B40A 4YU0A 1B3HA 4R6KA 5FHOA 1LB8A 3KBRA 3MWBA 4LA9A 4N07A 4N6PA 1DPEA 3TTMA 3Q27A 2E0SA 1RKMA 4X1BA 1LCTA 3FXUA 1B51A 1DOTA 1Y20A 1B7HA 4WXJA 5DEXA 2V84A 2XXXA 4LONB 4MLVA 1IEJA 3S4UA 1JW4A 4C1UA 2BJJX 1ELJA 1PEBA 4OERA 1NNPA 5DTBA 3DELB 1D9YA 2QL3A 5L8DA 4OTEA 3K02A 3UORA 2GHAA 2QS4A 2B3BA 3K0VA 4LZ8A 4BLAA 4IO2A 4GXAA 3CG1A 1KWHA 1I6BA 1N3WA 4EDPA 4OENA 5CMKA 3HHGA 4LQ2A 1BKAA 1BP5A 1N3XA 1Y3QA 3KN7A 3E13X 4NEDA 4F39A 3MC2A 5IAIA 1RYXA 3CI8A 3EHUA 3QIMA 4IO7A 2YJPA 4OZ9A 3RTFB 3H3GA 1POTA 4XKRA 4F2QA 1P1QA 4ZE9A 4JSOA 3V5AA 2NOOA 2UVHA 3H6UA 3G3FA 3WAFA 3TCGA 4H1XA 3FV2A 2Q2AA 1GGGA 4ZE8A 2OK2A 3ZKKA 3GBBA 4R74A 5H8HB 1SQYA 4GD5A 3OSRA 1Y9UA 2AYSA 3TODA 5CBRA 3VVDA 4XTCQ 2OJTA 1NFTA 3EQ1A 3Q26A 4YKIA 4KD5A 4THIA 4YICA 4RYAA 1URDA 1LSTA 1B4ZA 1B52A 3O28A 5I2KA 1SDXA 4X48A 4PFWA 3HPIA 5HM4B 2I0CA 3V83A 2Y7RA 1OVTA 3PUVE 2I48A 4EXLA 1R9QA 4G8MA 4IO5A 1QVSA 1M5EA 2OLBA 4ESWA 1N7WA 3OMBA 4XKNA 4M4GA 2I0BA 5I84A 3L6HA 3OEKA 3TFLA 2THIA 1MRPA 4F3GA 3SEWA 4F19A 3MPKA 2VGQA 2RF1A 4H6DA 4U21A 1MPCA 3PMVA 1JETA 3BKIB 3UK4A 4DDDA 3R7XA 4GLIA 1S7YA 5BWJA 5DYHA 4EQBA 2DQVA 1LBBA 1VSOA 4KPTA 3SDFA 1UIVA 2PBWA 3OELA 1VE4A 2ALUA 2O84X 3HV1A 4Q8RA 3FD3A 2UVIA 2RCBA 4YAHX 2RC7A 2F7BA 4DLDA 4E0WA 3IB2A 2IA4A 1MXWA 3DP6A 4GVOA 5F1QA 3VXCA 2Q88A 1OQGA 2O7IA 4DXCA 1LFGA 4KYDA 2F6GA 5H8QB 3OO7A 1JW5A 3O9PA 3W9VA 1LAGE 3DLNA 3KSJA 3LUYA 1PBQA 2DXYA 4P0IA 2F6PA 2RKMA 3PPPA 3SEVA 3JV9A 4JWYA 3O29A 4XIGQ 2GH9A 4U1ZA 5M2VA 5AA2A 3RNNA 1TFAA 4OFOA 3TMGA 5I2NA 4H0WA 2Q2CA 3IOWA 3C32A 2DWIA 4R75A 2HXWA 4ZECA 4GXSB 2Q89A 2XXHA 1D9VA 4JWOA 3IB0A 4YZZA 1CE2A 3IJXB 4EUOA 3OENA 4BDOA 2DVCA 3Q28A 4OEVA 3TCFA 4LP2B 4DIGA 1Y3NA 3HN0A 3VDFA 4WEPA 3LSWA 4QSDA 4F29A 3CG3A 5IKBA 2XHDA 3H03A 1WODA 1MXVA 4R6YA 3FVOA 1B7UA 2F97A 1NMUA 3S9LC 3PGFA 3E3KA 3VXBA 5L9MA 5I2KB 4LZ5A 2ZYMA 1USYH 3G3HA 4IB2A 3KN3A 3IOTA 4E0XA 4QFPA 3K6VA 4Z7EA 1LB9A 4LQ5A 3VLVA 3JYRA 3PD9A 3ILUB 1NNTA 2O51A 4BDMA 4ONYA 3FV1A 4G68A 4POXA 1IIWA 4ELPA 1B3GA 1H45A 3QUFA 1MG1A 3MVXA 2QS3A 3RUMA 2GFEA 2I58A 1GVCA 1LAFE 3SESA 1IZ1A 4KCCA 3THIA 3M8UA 2R71A 1MDP1 3T9VA 2DE2A 5KDTA 3A09A 1SW1A 4RNSA 4IO3A 2PX1A 2Q9TA 1Y3PA 4KCDA 3R6UA 4RJZA 4U23A 4PP0A 2XD2A 3FATA 4ZDMA 3TELA 1M5CA 3QYTA 2XXWA 3IOVA 2DYXA 3FGSA 3IO4A 3F11A 2ONKE 3OEMA 3TAJA 1Q1KA 1NH7A 2I4CA 4ESXA 4X9TA 1MQGA 3IOUA 2I3WA 3FUZA 3PPNA 1PDAA 1FQFA 3FXRA 1B58A 3MUQA 4JBZA 2WKYA 3ODBA 2I49A 5ICTA 3B6WA 3SKPA 4F18A 2QPQA 3EPEA 1QKBA 5H8NA 3H06B 5I58A 5AA2B 2W7YA 3BFTA 3TYHA 4FEBA 2XXVA 1TT1A 3C35A 1A8EA 1R9LA 2QJEA 3RN8A 1B2HA 2P2AA 4EXKA 3UA8A 5AA4A 3G3IA 1DTGA 3FVGA 3N5LA 1MQDA 2H9BA 1UTBA 3K2DA 4NMYA 3SERA 1P1WA 4K3FA 4GF8A 2LAOA 1B05A 2UXAA 2B65A 1ZJLA 1JEVA 5FHMA 1FQEA 5HPQA 1T0KA 1PB9A 4NE4A 4NF8A 4FORA 1LGBC 4NF4A 2XXYA 4AQ4A 4YKJA 1HSLA 2D3IA 2X26A 3GZGA 3MZ9A 4QFLA 4EF1A 3A3UA 3G7WA 3T22A 2PVUA 4G68B 5TP9B 4RA1A 1H43A 3LBSA 3OD7A 1RYOA 2ZNTA 4WKMA 5ISUA 4YB7A 4ZEDA 3VVEA 3S9MC 2OBGA 3EN3A 2X7QA 4IGTA 5F7VA 3FIRA 1A7LA 1UTHA 3AXFA 1LCFA 4HS7A 5KCJA 1ZU0A 1MY1A 1FQAA 1YAEA 1Z7NE 1BIYA 2HEUA 2PYYA 3TQWA 5I56A 1IXGA 1II5A 3UIFA 3CFLA 3KJ7A 1VR5A 5LOMA 1FQBA 1XVYA 3WAEA 1URGA 2DE4A 3MVYA 4PFUA 1SI1A 4FEDA 4GL8A 2I4BA 1FTOA 4ND9A 4ISUA 2XXRA 1YCJA 1Y1MA 2HCAA 4FIMA 4PFYA 2O1LA 4X1DA 5ITPA 1USYE 1IQ7A 4QFOA 4Q30B 3B6TA 3DM0A 4Q5TA 3K1MA 4MF3A 4U1OA 2P0SA 3VLWA 4DCYA 2DS9A 1I6QA 3EHSA 3M3LA 4ZZAA 1WDNA 2IEEA 2GHBA 4HW8A 2Z8DA 3A3CA 1EU8A 3O66A 1QUJA 2ZMBA 1MPBA 1B46A 4PFTA 4YKKA 1A54A 5AA4B 4GL0A 4OWDA 1H44A 1FCKA 1IXHA 2ZNSA 2GRVA 1SD3A 2D21A 4I1DA 1XHYA 1B1XA 4DXUA 3RT8A 4OYVA 3CFXA 2QS1A 1M5BA 3TTKA 4DE8A 3OO8A 3IL1B 3U92A 1B0HA 1MXXA 1OVBA 1FQCA 3RGYA 1MPDA 1URSA 1VFEA 1M5FA 2RC8A 2HQ0A 1N84A 4JWXA 3KJTA 4OMBA 1FQDA 1XS5A 4NF8B 4JDFA 4LATA 2ZYKA 3RT6B 3O2AA 3TZAA 4ZEIA 4KYEA 2O1MA 4UACA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BUUA 5DEXB 4EF2A 4WEDA 4RK9A 4OVRA 2R9JA 2Z8FA 1YTVA 3C34A 4IGRA 3RY3A 2V3TA 1MQIA 2QMWA 1AH5A 4N8YA 2QMXA 1K9ZA 5EYHA 1VFDA 2HZKA 2PT2A 1Y4CA 4PCDA 3B6QA 3MQ9A 1B32A 1FBFA 3SEXA 3MP6A 4IY5A 2O69A 3CHGA 2AL4A 4H8IA 4N6KA 3W15C 1UTHB 5JTYA 1KA1A 1MH3A 2HAUA 3LSFB 3B8BA 3Q25A 3EF7A 3ECRA 2G93A 4Q0CA 2NWJA 1S9TA 4QBAA 3QK6A 2A5TA 3PD8A 4TOZA 3OO6A 3FVNA 1ZTYA 1BLFA 5EYFA 4L17A 1JVYA 4H8JA 3FJ7A 5AA2D 3CFZA 1MY0A 2REJA 3MVZA 1OIBA 5A5XA 4KFQA 2VD2A 1N7XA 3W9WA 4OFJA 4POWA 3VLUA 1JP4A 3PPQA 5K2YA 4QHQA 3NOHA 5ET6A 1DCUA 3FXQA 3H4ZA 5L9SA 4IO6A 1SYHA 1RDZA 1NNFA 4DZ1A 3K1PA 3TQLA 1GTKA 3M3KA 2FNCA 4OVJA 2VPNA 1PC3A 2Y7WA 3TTNA 1AOVA 4OVSA 4O3BA 1NUYA 4YMAA 3KZGA 3H6TA 2PFYA 4JSDA 2F7CA 5H8FA 4N17A 3LSXA 3PTYA 1FPFA 1MXZA 4MFIA 2AIXA 3T9HB 3D4CA 3KEIA 1B1HA 4YMBA 1A99A 3LC8A 4F1UA 2HZLA 3QSLA 1Z7ME 1LFIA 3K6WA 4F31B 3U94A 1TFDA 5A5LA 1MY2A 4GIZA 1N04A 3KGCA 3V89B 3TEPA 1JEUA 4NN3A 3HO7A 4EQ7A 1RDXA 4P9KA 1FPBA 2AL5A 2F3DA 2V25A 2H5YA 2YLNA 1LAHE 1AMFA 4RPOA 2B4MA 4XKQA 4GFRA 4QSEA 3U72A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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