1Y1MA

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with cycloleucine
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
281
structure length
271
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
total genus 80
structure length 271
sequence length 281
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1mA02
2GHAA 1YPNA 1PBQA 4YB5A 1N84A 2E1SA 3QSLA 3V83A 1O7TA 3CG1A 3CR9A 4HCYA 3KSXA 4ESWA 1B0LA 3Q25A 2WKYA 2O7IA 1URDA 2OJTA 2G29A 3FJ7A 1MDP1 5I2NB 4C1UA 2O6AA 4O3AA 4IO4A 5JTYB 4ELQA 1ELJA 2I48A 1LCTA 4M1VA 3QAXA 2RC7A 5ITOA 1ANFA 3FXUA 3MVWA 2DE4A 2R6GE 3PPNA 4ELOA 1EZPA 1LB8A 4F1VA 1Y3NA 4ESXA 5I2KB 2UXAA 3C32A 3ECRA 1TFDA 1A7LA 1M5CA 3IO6A 2DYXA 2XD3A 4IGRA 5ISUA 4YAHX 4EQ9A 1FQFA 3TMGA 2OWSA 4G68A 3DELB 1PBPA 1JNFA 1D9YA 3LSWA 2D3IA 2PBWA 2XHDA 2VOZA 1B46A 1UTBB 1H44A 1TFAA 1MXUA 2ANJA 4HW8A 4NF6A 2ESNA 2DVCA 1B52A 1VFEA 4G8HA 4JSDA 1SI0A 1UQWA 3GZGA 1T0KA 1UTHB 4H0WA 1ZTYA 2XXIA 2QMXA 2RF1A 1FQCA 5DVFA 1MXYA 2O84X 1MDQA 3UA8A 1P99A 5H8HB 2GH9A 3KBRA 4KYDA 2H99A 2ZYMA 2XD2A 2H5YA 5EYFA 2ONSA 4RPOA 1D4NA 4BDMA 4QFNA 4GXAA 1D3KA 2XXYA 2UYFA 3I5OA 1GR2A 3GBBA 4OERA 3RLFE 4G4PA 3H4ZA 4X48A 1Y1ZA 5AA3A 2HZLA 3LSFB 4F29A 1IXHA 1B5HA 4Z0IA 3N5LA 3LSLA 2Y7RA 1M5EA 3MBPA 4FEDA 1H43A 4O3CA 1MM7A 3PUYE 3U92A 3QUJA 1P1QA 3A3UA 1B4HA 3S4UA 1H76A 2HAVA 1B3GA 2B3FA 5CMKA 2HFBA 3TUSA 1S7YA 1MQDA 1QJMA 3M3KA 3Q28A 3MUQA 3ODBA 3DP4A 5CMBA 4OFOA 4DXCA 5DYHA 1QKAA 1LSTA 1XVYA 4Q0CA 2KLFA 1FQDA 4G68B 3E4RA 3DP6A 2O7UA 1MPDA 3EQ1A 3IOTA 3K6VA 3T93B 3PUXE 3RPWA 4LUBA 4UACA 5B7DA 5BWJA 1GGGA 2DE2A 2AL5A 2QL3A 4GVOA 4NF6B 1DPEA 3MP6A 4NWDA 1HSEA 1PB9A 1POY1 1SVXB 5L9MA 3O2AA 5CI5A 5BUUA 2Q8JA 3VDFA 4JB7A 1O64A 1URSA 4QF9A 3MZ1A 3VXBA 1ZKBA 1Y3PA 3THIA 3WAFA 2O68A 1DPPA 2RKMA 1B5JA 4OXVA 2HZKA 4H8IA 1VSOA 3TDJA 1US4A 1JEUA 2Y84A 1FW0A 2AIXA 3FVOA 4YKKA 5DVIA 1B32A 2CMOA 4YZZA 2YPNA 4F3SA 3IL1B 1DSNA 5J1DA 3IB0A 3SEXA 1J1NA 3JYRA 4QFPA 1XHYA 1OQGA 2V93A 2DS9A 3RNNA 4N07A 1B6HA 1NMUA 1Z7ME 1VR5A 1R6ZA 4MH5A 2B65A 1UIVA 1S50A 3SESA 2F6PA 1DTZA 2AYSA 3MAMA 3K02A 3VLVA 3KN8A 3TTLA 2X7PA 3LC8A 5HBCA 3RT8A 1DMBA 5JK4A 1IZ1A 3T9XB 1S9TA 2H25A 4FATA 3OO6A 2F36A 3IB1A 4GL0A 1RYXA 1M5FA 4JSOA 4P0GA 2O51A 3LSXA 3O66A 2G93A 2VD2A 3RN8A 3C4MA 3HO7A 3OEMA 4YICA 4ELRA 3IJOB 5ICTA 2OK2A 2XXTA 4FORA 4PFTA 5L9SA 3FZVA 2Y7KA 2QS2A 3O29A 4H1XA 4KQPA 1FTOA 3V5AA 1N3XA 4XTCQ 3D4GA 3FV1A 4KHZE 4GXSB 3RQTA 4U2RA 4LONB 3IAZA 3PUZE 1EZOA 1UIUA 2Z22A 5AA2D 1OQHA 3DP8A 1AIVA 2H4IA 2XXVA 3KN3A 1NNPA 4I1DA 3MP8A 1SYHA 3O9PA 4OVJA 2W7YA 3GBAA 2A5TA 3RTWB 1A8EA 3V89B 3KGCA 2H98A 2RCAA 1LCFA 2Y7PA 3N6TA 1Y4CA 2DP8A 1ATGA 3CVGA 4JXIA 1MQIA 4N6PA 5HM4B 2ZNSA 4PFWA 3S9LC 3SDFA 2I3WA 1LGBC 1IUDA 4G68C 3T9HB 1MS7A 3IOUA 1BLFA 3A09A 5CC2A 4P11A 2I49A 3EHTA 2DWAA 3K1NA 3BBRA 3VLUA 4GLIA 3KZGA 3UIFA 4BDLA 1USYH 2FNCA 2M8CA 3G3FA 3UN6A 1A55A 3HV1A 1SYIA 2DWIA 1EH3A 3TELA 5I57A 4ZDMA 3CSBA 2UVHA 1AMFA 1PB7A 1DOTA 4GF8A 2HEUA 1B5IA 4DDDA 3TTRA 3FGSA 4OFLA 2XXRA 1IXIA 4XKPA 1TWYA 3FVKA 4U4XA 2V3UA 1HSJA 2I4BA 3N26A 3I6VA 3C34A 2VD3A 2XXQA 3OD7A 4OFJA 3QXMA 4XIGQ 2XXXA 3ZSFA 1B40A 3RUMA 3VVEA 1IXGA 4KYEA 3TTNA 3N6UA 1GVCA 3C35A 5ELVA 3OMBA 1AL3A 3K0VA 4U22A 3TQWA 1R9QA 5CM6A 1AH5A 1POTA 3ILTB 3VE1B 4OMBA 4R9GA 4XKRA 3HHFA 3TFLA 2A5TB 1D9VA 4AQ4A 3B7DA 3H6VA 4PFYA 5HPQA 4NWCA 3O6HA 3O6GA 5I59A 4EDPA 4HTGA 3MZ9A 3MPKA 4KYSA 1NNTA 4IB2A 2PMSA 5F1QA 1B3HA 2THIA 5LOMA 4RY1A 3PD8A 4G77A 4H5GA 1MPBA 2DQVA 1B7HA 5ICQA 3PPOA 1MXZA 1I6QA 5IAIA 3K00A 1LB9A 1JVYA 4R73A 3PPQA 5KCJA 2HXWA 4U4SA 1B3EA 3I3VA 5H8FA 3PUVE 2DE3A 3P7IA 3TEPA 1FTLA 4R72A 4QHQA 4GOTA 5TU0A 4QSEA 3HCQA 3K1PA 3PU5A 2F34A 4LQ5A 1I6AA 4QFKA 5I57B 3C31A 4LVQA 4U23A 1EZ9A 3U94A 4DCYA 4KCDA 1IXCA 3H3GA 1ZIUA 4F18A 1WVJA 4EUOA 1ZMGA 5ITPA 5AA2A 3L6HA 3MWBA 3E13X 5IKBA 4BLAA 4NE4A 3CSGA 3RTFB 3PGFA 5CRYA 3MQ9A 1MPCA 2RINA 3CRBA 2Y7WA 1A99A 4RK2A 1N3WA 1GV8A 1B9JA 4ZEKA 1QUKA 2QS3A 3FUZA 4QRZA 1AOVA 4BDRA 1YCJA 3PMWA 2DWJA 3OO8A 2NOOA 3MPLA 5KZTA 1B05A 1NNFA 5F7VA 1P1NA 2DSFA 4NMYA 3R7XA 1Y9UA 4ZEFA 5H8NA 2UVGA 1SQYA 2X26A 1MH3A 1MY2A 3KJ7A 1BP5A 4GFRA 5I59B 2ZXTA 3K6UA 4IO6A 3T22A 4EQ7A 3IK6B 4E0XA 4P0IA 1BTJA 3ZKKA 4ZZAA 4ISUA 3K6WA 4EQBA 4ZEIA 1MH4A 3O6IA 1P1UA 1Q35A 5DVJA 3KEIA 2QMWA 2A5SA 3RY3A 3U1OA 4F22A 3EF7A 4WEDA 5AE4A 3B6QA 3IORA 3S9MC 3MZBA 3OSQA 1JW4A 2Q88A 2F35A 5H8FB 4YMBA 3OSRA 3TTKA 2P2AA 2IEEA 1FCKA 2QS1A 4BDNA 1OVTA 3SEWA 1QW0A 4R6KA 2O1LA 5AA4A 3C36A 4H6DA 2PYYA 4X1BA 2REJA 2UVJA 4GQOA 3VLWA 1Y1MA 5CBRA 1PB8A 3SEUA 2XXHA 4RXLA 5AA2B 1MY3A 2I3VA 3UGWA 2O1MA 5I58A 3QUFA 3H6UA 4PFUA 3VVDA 3G3HA 2RC9A 2XXPA 2P0SA 3UK4A 3EHUA 2VGQA 2NVUB 4NF5A 3LUYA 4Q5TA 3G3JA 2ALUA 4C0RA 4OEVA 3PV0E 5DT6A 3USDA 1JW1A 1N7WA 3F11A 4H67A 4TLLB 4F3GA 2F78A 1EU8A 3FVGA 2NUVA 1MY1A 1II5A 1NKXA 1LFGA 4RPNA 4F2QA 3UORA 2X7QA 5H8NB 4OTEA 3VFJA 3JV9A 3TCFA 4EF1A 1B7UA 4QSCA 3S9NC 1A8FA 1QULA 4I62A 1MXWA 2Q9TA 4RNSA 2XXUA 4DXUA 2DVZA 1MM6A 4NF8A 3O97A 4FE8A 4N13A 2E0SA 3BKIB 1MRPA 3DM0A 3H6TA 3H7MA 3TKDA 1HSLA 5FHMA 4DLDA 4WKMA 4MLVA 3MVXA 2I6EA 1BKAA 1RYOA 1NL5A 3T9VA 1YAEA 3TCGA 3GXAA 3S2VA 5TPAA 3K01A 1R9LA 3H06B 2UVIA 4Q8RA 4F3BA 3Q26A 3SEYA 5H8QA 2RCBA 5AA4B 1MY4A 2D5WA 2BJJX 4OESA 1OIBA 1B4ZA 4QFLA 1P1OA 4ZE8A 2YJPA 1NH8A 1IITA 3MC2A 3ZKLA 4KI0E 1YTVA 3K4UA 1MXVA 3K1MA 3E3KA 1XS5A 4BDQA 5AA1A 5I58B 5B70A 1IEJA 4NF5B 1M5BA 1Y3QA 3E9XA 4OWDA 4C1TA 4Q30B 1SI1A 4DZ1A 2D21A 1Q1KA 4I9DA 2OBGA 4QFOA 4F3PA 1LAXA 4E0WA 3O28A 3QYTA 4ZEBA 4OHNA 1SW2A 4U21A 3IX1A 3M3LA 4FIMA 5FHNA 1DTGA 4POWA 2O69A 4NEDA 4LQ2A 1MY0A 3KOSA 3Q27A 4ECFA 4MBPA 3QK6A 1F9BA 2XX7A 3K6XA 3CFZA 1TXFA 2NXOA 3QIMA 1JETA 3JZJA 4GD5A 4TOZA 1LBCA 4GL8A 4YU0A 5K2XA 3KG2A 3VVFA 4YB6A 1SD3A 4KPTA 3TODA 3U8QA 1B58A 3IOVA 4YKIA 4ZS9A 4GRKA 1Z7NE 2VP1A 4R74A 3LR1A 4U1ZA 4R9FA 4FEBA 3OENA 1JEVA 3ONMA 5TPAB 3SERA 4ZEDA 4X9TA 1B7ZA 5H8QB 1CE2A 2ZMBA 3FD3A 2HQ0A 1CB6A 1MQJA 3IO4A 3G3IA 3HPIA 5JEIA 3KSJA 1QUIA 4Z7EA 2PX1A 4MFIA 2F8DA 3AXFA 3TZAA 4OEUA 4G2ZA 3FJGA 5FTHA 2DXYA 2VHAA 3ZS6A 4ZZEA 3T9UA 4HS7A 1RKMA 3R26A 2UYEA 2DWHA 2Y7IA 4JWXA 4JDFA 1I69A 3KFMA 2XXWA 4AB6A 1MQHA 3FASA 2F7AA 4F31B 4PQJA 1LFHA 3LBSA 2GFEA 3VV5A 4O3BA 4UA8A 1H3DA 1FTMA 3HHGA 2PVUA 5K2YA 4NTLA 4WEPA 2F6GA 2QSXA 1ZLQA 4QSDA 4IO2A 4IY5A 2QRYA 4ND9A 4RK9A 2Z23A 1MXXA 4G8MA 3L6GA 3BFTA 1FQBA 1XOCA 4KCCA 2V25A 1I6BA 2I58A 1Y4TA 3H03A 3OO9A 5CMMA 2R71A 4THIA 4DCXA 3SKPA 1WDNA 4OETA 2ZYKA 4FAJA 3SEVA 4ZE9A 1LAHE 3MJNA 5A5XA 1Y20A 2I0CA 1XT8A 4BDOA 3CFXA 3W9VA 4OQOA 2Q89A 3IB2A 1JW5A 4XXUA 4JBZA 4RJZA 3D4CA 1P1WA 3FATA 4MF3A 3OELA 4R2FA 4PP0A 3U93A 4LZ5A 3N94A 3MVZA 4KR5A 5FHOA 4EF2A 3EHSA 1SW1A 1A54A 1B3LA 3HSTA 4FJPA 4K3FA 3M8UA 3FIRA 2R9JA 3CIJA 3H6WA 5M2VA 4EXLA 5DTBA 1VFDA 2I4CA 4U1OA 1GTKA 1ZBMA 3CI8A 2V84A 2PT1A 2DXRA 5I56A 1B1HA 3BFUA 3OEKA 4JWYA 5KDTA 3KOTA 4X1DA 4IGTA 1ZJLA 4H5FA 3GLBA 1B0HA 1OMPA 3DLNA 5KCJB 1LAGE 4ELPA 2YLNA 3W15C 1QUJA 4XKQA 1QKBA 3MW0A 3MVYA 3RT6B 1VE4A 2OWTA 1LBBA 5CBSA 2F7BA 1B51A 2ZYOA 3G3KA 3B6TA 5H8SA 1PDAA 3M3FA 3MP1A 2H9BA 2RC8A 4F39A 1FQAA 1FTKA 4PETA 1L5TA 3CG3A 3KN7A 4WXJA 4DXBA 3T66A 4NF4A 4I8CA 2V3QA 4YB7A 3EN3A 3Q29A 3W9WA 2V3TA 3OOAA 1MG1A 3EPEA 5A5XB 1FQEA 1B2HA 3TCHA 1N04A 4POXA 4M4GA 3G7WA 5TP9A 3TAJA 4MLQA 1H45A 1N0TA 3A3CA 1KWHA 1TT1A 3C33A 2F7CA 1NH7A 1OVBA 5DEXA 2QJEA 1FTJA 3PPRA 2NWJA 4XKNA 4LP2B 3PMXA 5I84A 3G3GA 4F1YA 2REGA 1SW4A 2ONKE 1USYE 2OCUA 4OYVA 2ABHA 1LLSA 2Z8DA 3R6UA 3FV2A 3UP9A 5L8DA 1PEBA 1ZU0A 4R6YA 3FXQA 5I56B 2ZNUA 4YKPA 1JVXA 1OLAA 3U72A 5KDTB 4RYAA 3IJXB 4YMAA 4F2OA 1JQFA 1SBPA 2QPQA 1MQGA 3RGYA 4DIGA 2GHBA 5FTIA 1LAFE 3KJTA 4AB5A 3CFLA 4G8NA 3IR1A 2P1SA 2CZLA 4R6HA 4F19A 2F5XA 2LAOA 2HCAA 3V8XB 1N76A 1XVXA 4H65A 2ZNTA 4TLMB 1BIYA 1PC3A 2ZYNA 1US5A 4LZ8A 4LZ7A 3FXRA 4HCWA 1WODA 1URGA 2Q2CA 4NF4B 3TYHA 1IIWA 1O63A 4LATA 1SW5A 2OLBA 1B3FA 3WAEA 3TQLA 5I2NA 3FJMA 1B1XA 5CMCA 4PE5B 5JTYA 3PUWE 3PD9A 4H8JA 5TP9B 2IA4A 1A40A 1R1NA 1NNKA 1SDXA 5L9OA 4R75A 4IO3A 4R2BA 4ONYA 1N7XA 2QS4A 3S9EA 3K2DA 4F1UA 4KD5A 3HN0A 1M5DA 1NFTA 3FVNA 2B3BA 5DEXB 5I2KA 4JWOA 4IO7A 2XX8A 5EHMA 2FYIA 3IOWA 4OZ9A 4YKJA 4DE8A 3PPPA 4TQUQ 4GWOA 4IO5A 2ONRA 4ZECA 1OLCA 2XX9A 3TTMA 5EHSA 2Z8EA 3PMVA 2AL4A 2Z8FA 3ILUB 4FECA 1XC1A 1UTBA 3B6WA 4EXKA 4NF8B 2DOJA 2F97A 4RA1A 3SETA 2GRVA 3C9HA 3VXCA 4KFQA 1QVSA 1UTHA 2OZZA 2FA7A 2I0BA 2PT2A 1IQ7A 3TPAA 2Q2AA 3OO7A 3OXNA 4OENA 1LFIA 2HAUA 5H8HA 4IY6A 4L17A 4GIZA 3T96B 4LA9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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