1Y1MA

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with cycloleucine
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
281
structure length
271
Chain Sequence
RLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of Partial Agonist Action at the NR1 Subunit of NMDA Receptors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta 1
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 271
sequence length 281
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y1mA02
3V89B 1TXFA 3G3IA 3OENA 1JEVA 1SD3A 2Y7RA 5H8QA 1MDP1 3FJ7A 3U93A 4F3BA 1Y9UA 1CE2A 4G68C 1QKBA 4DXBA 1MQJA 3S9NC 4ZEDA 1GR2A 1IIWA 1MY1A 1JW4A 1ELJA 1FQDA 1IEJA 1QUJA 1LB8A 2RCAA 4O3AA 1NNPA 3H6VA 3CVGA 2PVUA 4AB5A 5A5XA 1URSA 2O68A 3IOTA 3M3FA 2HAUA 4TQUQ 3KJ7A 5DT6A 3R7XA 4KR5A 3IOVA 5BWJA 4XTCQ 2Q2CA 3LSXA 3MW0A 3MWBA 3LSLA 3G3FA 3SESA 1BIYA 3OO6A 1WODA 3G3GA 4G68B 4I8CA 4NEDA 1P1NA 3UA8A 5I56A 3IO6A 5AA2D 1QW0A 3I6VA 3RY3A 2O7UA 2F35A 3DM0A 4MBPA 2D5WA 1GGGA 1Y4CA 3W15C 2Q89A 4F22A 1M5DA 4Q8RA 1BTJA 3KSXA 3KZGA 2NOOA 2VD3A 4JDFA 2O1MA 5TPAA 4FAJA 1L5TA 1MPCA 2UXAA 3K6VA 3U72A 1LB9A 1M5EA 3FV1A 4OWDA 2ONRA 4MF3A 2REGA 2UYEA 4NF8B 3O28A 1A40A 2H98A 4KD5A 3ILTB 1DOTA 3C32A 1VFDA 3D4CA 1R9LA 2XX7A 3MPLA 1IXGA 1MDQA 5AA4A 5KDTB 4OEVA 1H43A 4FIMA 2Y7KA 4DZ1A 1URDA 4F1VA 3P7IA 4BDMA 4H8JA 4H6DA 1JW1A 1LAGE 5DEXA 2GFEA 2GRVA 3LSFB 3G3KA 3CR9A 3OO8A 3MJNA 3T9XB 3RTFB 4R74A 2OWSA 3E9XA 1MS7A 2PMSA 3R26A 3N5LA 4XKQA 2V3TA 4N6PA 3KN3A 5IKBA 2F8DA 3CSGA 1HSEA 2O7IA 3IR1A 1AIVA 2Y7WA 5KCJA 4RYAA 3MP6A 2DQVA 1B0LA 4Z7EA 3OSRA 4G4PA 2QMWA 1Y4TA 4R9FA 3U8QA 4YMAA 1ZIUA 4QF9A 3IAZA 2DWJA 5AA1A 3S4UA 2H5YA 3E13X 2NWJA 1DTZA 3QUJA 4QHQA 2QS1A 3HN0A 4HS7A 1P1UA 4OVJA 1PDAA 3ZS6A 3TUSA 3QSLA 2DE4A 4ISUA 3C4MA 5CMBA 4H65A 3FJMA 2X7PA 5HM4B 5EHSA 3KFMA 3PD9A 4NF5B 1B5IA 5I58A 3IOUA 4N07A 5F7VA 1M5CA 2DP8A 4UACA 1EH3A 4GRKA 1N3XA 4R6HA 1B1XA 3FD3A 4F31B 5CC2A 3S9EA 1A8FA 4GOTA 1SW5A 1MH3A 4IB2A 4KYEA 1MM7A 4FJPA 4GFRA 5I59A 2RINA 1YCJA 2H25A 1NH7A 4LUBA 4RPOA 4KFQA 4ZS9A 3OEKA 4YMBA 1OLCA 1D3KA 1QUIA 1SBPA 4UA8A 1JETA 2B3FA 4LQ2A 3OO9A 4YB7A 3UP9A 2O1LA 4YU0A 2HAVA 1TFDA 5J1DA 4ELPA 5CRYA 3MBPA 5B7DA 1LBCA 4GVOA 1PC3A 1OLAA 1B3LA 4JWYA 4LZ5A 4YKIA 1MQDA 2DXYA 3HHGA 1MY4A 3MAMA 3H6TA 2AYSA 3K6UA 1B2HA 2NVUB 2ABHA 3L6GA 4YAHX 4DIGA 3MZ9A 1OMPA 5B70A 4WXJA 4M4GA 3IO4A 5ICTA 3PPRA 4KYSA 4YZZA 3TDJA 1POTA 4KPTA 2XX8A 1JEUA 3UN6A 2E0SA 4EF1A 1I69A 1MQHA 3FVKA 2ESNA 3B7DA 3VE1B 4F2OA 4ESWA 1Y3NA 1MY3A 1ZKBA 4IO5A 2F6GA 1MRPA 1UIVA 2XD3A 1B4ZA 3M8UA 3Q29A 2XXQA 4K3FA 3KBRA 4EDPA 4GL8A 3H7MA 5HPQA 2QL3A 3MP8A 5CI5A 4IO2A 5DVFA 2WKYA 5AA2A 2F97A 4BDOA 1NKXA 1N0TA 2F6PA 2OJTA 2VP1A 1MXZA 1HSLA 2A5TB 3EHTA 1D9YA 3PMWA 4JSDA 1A7LA 1N7WA 3TQLA 4X9TA 3Q26A 1S9TA 5TP9B 2GH9A 2Y84A 4PP0A 3O29A 4OFLA 3DP8A 1Q35A 1MY2A 1IQ7A 2UVGA 2ZMBA 3CG3A 5I2NA 1XC1A 3N6UA 1VFEA 4U21A 1F9BA 3TZAA 4DE8A 4RJZA 1FTJA 3B6TA 2I4BA 3FIRA 1QUKA 2I3VA 4FORA 4EUOA 3PMVA 5M2VA 2ZNSA 1UTHA 1LFIA 3MQ9A 1H76A 1XHYA 1ZU0A 2P2AA 4FEBA 1PB8A 4POXA 3FXRA 3TQWA 1B46A 4IGTA 3IL1B 2YPNA 2B3BA 1MY0A 5L9MA 3ILUB 2I3WA 2DS9A 2V25A 1LFGA 5EYFA 4QFLA 1H3DA 2UVIA 1DMBA 4XXUA 3RGYA 4RNSA 2W7YA 2F7AA 4QSEA 1ANFA 4LZ7A 4IO6A 2PT2A 2I49A 2ONKE 1Z7NE 3BFUA 4IO7A 4NE4A 2QMXA 3QYTA 3CFZA 3VFJA 3E3KA 5ISUA 2ONSA 1JVYA 3T9VA 2XXXA 1GTKA 5H8FB 4F29A 3RUMA 3MVWA 2ZNTA 3GLBA 3QIMA 2Z22A 4OHNA 2DVZA 3T93B 2E1SA 1XT8A 3K1PA 4BDNA 3VLWA 3VXBA 1SVXB 1P1WA 3KOTA 3SEUA 4ELOA 4QFNA 5CMMA 4JSOA 1CB6A 3FXUA 4PFTA 3LR1A 1UTBB 1ZMGA 3TMGA 4PE5B 2I0BA 4NF6B 2Q9TA 5H8HB 2ZYOA 3L6HA 3MVYA 1LCFA 2REJA 4OTEA 2HEUA 4ZEBA 3K1NA 4GXAA 2BJJX 2DSFA 4AB6A 4E0WA 5JTYB 3TCGA 3IB1A 4XKPA 4ESXA 2X7QA 4QSDA 3FASA 4DLDA 2PYYA 1POY1 5EHMA 3TEPA 4NWDA 4OEUA 4R2FA 4FEDA 2XXHA 4ONYA 4RPNA 3A3UA 4PFYA 1MG1A 1ZLQA 4ELQA 3K1MA 4ZE9A 2XXVA 4LQ5A 1Y3QA 3N94A 3SKPA 3PPNA 3KGCA 4JB7A 3QUFA 1Y3PA 3OOAA 3TPAA 3HSTA 3K02A 2Q2AA 5I84A 3SEWA 4F19A 4YICA 3TCHA 2F78A 1PBPA 2XXYA 4QFKA 1LAXA 3QAXA 2THIA 1A99A 2ZYNA 1QKAA 4BDLA 4KCCA 4OESA 1LAFE 2QJEA 2Y7IA 2H99A 3QK6A 1XS5A 1FQFA 4BLAA 4P0IA 3FGSA 4OFOA 1LBBA 1LLSA 4KHZE 5I2KB 5K2XA 3HHFA 2DOJA 5DVJA 2RC9A 4ELRA 4U4SA 5FHMA 2DYXA 1O64A 1IITA 1A54A 3FV2A 1ATGA 3TYHA 2F34A 1IXHA 4NMYA 4ND9A 4GWOA 3UIFA 4EQ7A 4F2QA 1B3EA 1II5A 1RKMA 4XKRA 2Q8JA 3CI8A 3GBAA 4F39A 1S7YA 3O2AA 5L9SA 4TLMB 2CMOA 4N13A 2A5SA 4XIGQ 3GZGA 3ZKLA 3EN3A 2XXTA 3W9VA 4RK2A 2Z8EA 3V8XB 5JEIA 4MH5A 3O6GA 4C0RA 4OETA 1N7XA 5H8NB 5JK4A 1MXWA 2XXUA 3IK6B 4G68A 1B05A 3O6IA 4GIZA 4FE8A 1M5BA 4DXCA 3RT8A 5BUUA 3IORA 1TT1A 3CSBA 1B52A 1N84A 4G8NA 5FTIA 2G93A 2R71A 4BDQA 1US5A 1UTBA 3V5AA 4G8HA 1M5FA 1SDXA 2RC7A 3O6HA 4DCYA 4NF4B 2OWTA 3O9PA 4H5GA 2XXPA 2V84A 4IO3A 1B6HA 5CM6A 4KI0E 3VV5A 1B40A 3SEYA 4U4XA 2I4CA 3SETA 5F1QA 3DELB 3OMBA 1B7UA 1N76A 4JWOA 4OQOA 3T22A 2UVJA 3ZSFA 3PPPA 4H0WA 2Q88A 4NF8A 3QXMA 1WVJA 3HCQA 4KYDA 1MXVA 1RYXA 3IJXB 3Q27A 2R6GE 5H8QB 1R1NA 1HSJA 1N04A 5L9OA 1FTOA 4THIA 4EXKA 4R2BA 3BKIB 1I6AA 4QFPA 2RKMA 2PBWA 5KDTA 3CG1A 3AXFA 3H06B 3DP4A 3LC8A 1A55A 4ZDMA 3PUYE 1SYHA 2I0CA 4GF8A 5LOMA 3PGFA 1T0KA 3DLNA 5FHOA 3TFLA 4EF2A 5A5XB 2D21A 3C31A 3G3HA 4RA1A 4U1ZA 1MQGA 4R6KA 5DTBA 3FVOA 3O97A 3Q28A 1RYOA 3PV0E 1B5HA 1URGA 2VD2A 3H6WA 4OFJA 3G7WA 4U1OA 4EQBA 2ALUA 1IUDA 2YLNA 5HBCA 1LSTA 4OYVA 4ZZEA 2DWIA 4F1YA 3KJTA 4I62A 2GHAA 4O3BA 1BLFA 4YB5A 3U1OA 2F7BA 5I56B 4RK9A 1Q1KA 3PUWE 2NXOA 2P1SA 1BKAA 3VLVA 1SI1A 4GD5A 1XVXA 4R75A 3TTRA 4GLIA 4PFUA 4GXSB 1FCKA 4R9GA 2O84X 1TFAA 4YKKA 4PQJA 3TTLA 2H9BA 3RLFE 1A8EA 1PBQA 2RF1A 3TKDA 3OO7A 3SERA 3CFLA 3I5OA 5DVIA 3F11A 2HXWA 2F5XA 4NF5A 3KG2A 3IJOB 4FECA 4H8IA 5TU0A 2PT1A 4P11A 1DPEA 4BDRA 1ZBMA 3D4GA 3PPQA 2VGQA 1BP5A 5AA4B 4Q30B 4QRZA 3VVEA 1OVTA 4OZ9A 2ZYKA 1MH4A 3VLUA 3PD8A 2XX9A 4QFOA 2PX1A 5ITPA 1B7ZA 3ECRA 4JWXA 4E0XA 1PEBA 3K6WA 3LBSA 1MPDA 2VOZA 1B3FA 3IOWA 2P0SA 5AA3A 1JW5A 1FQAA 1XOCA 1NL5A 4POWA 1NNFA 4YKJA 1GV8A 3BBRA 2RC8A 3TAJA 5KCJB 1SW1A 2AL5A 1JQFA 3ODBA 1B9JA 1OQGA 1DSNA 4RY1A 3KEIA 1LGBC 1FQBA 4F18A 5FTHA 3VXCA 3PUVE 3MUQA 3RPWA 2IEEA 2HQ0A 3GBBA 3KN7A 4GL0A 1OIBA 3MZBA 1SW2A 4Q5TA 3FJGA 3RT6B 3CFXA 1P99A 3WAFA 2HZKA 4OXVA 1MQIA 3UK4A 1EZPA 2I58A 3W9WA 1H44A 4Z0IA 1Z7ME 1EU8A 2FNCA 1NNTA 2Z8FA 5I58B 2X26A 3TTNA 5KZTA 1AMFA 2O69A 5DYHA 1YAEA 1B4HA 1EZ9A 2DE3A 2V3UA 4KCDA 4AQ4A 4C1UA 4HW8A 2YJPA 2Z8DA 2AL4A 1LAHE 3N6TA 2Y7PA 3T96B 2I6EA 3TCFA 1PB9A 1QVSA 4Q0CA 4F1UA 1FQEA 2V93A 3S9LC 5CBRA 3K2DA 3FVGA 2IA4A 2QSXA 1NH8A 5H8SA 1Y20A 5I59B 3C34A 1USYE 1AOVA 3FATA 4IO4A 3H4ZA 4G8MA 4R6YA 2A5TA 4R73A 2OZZA 4R72A 3KN8A 3UGWA 1AH5A 3RN8A 2FA7A 4U2RA 3T9HB 2ZXTA 1SYIA 5TP9A 1B32A 4F3GA 4H67A 3FZVA 3C35A 1YPNA 1MPBA 3SDFA 2ZNUA 4U23A 2OK2A 1MXUA 2XXIA 4WKMA 3LSWA 4ZEIA 1R6ZA 1P1QA 2VHAA 4I1DA 3V83A 3SEXA 3VVFA 1IXCA 1FTKA 2QS2A 2H4IA 5ICQA 1LCTA 4NWCA 1KWHA 2LAOA 1VR5A 4OMBA 1D9VA 4ZZAA 4TOZA 4YKPA 1JNFA 3I3VA 4O3CA 3K00A 1Y1MA 2DVCA 1ZTYA 3G3JA 1O63A 3B6WA 1B0HA 1B3HA 4OENA 1B3GA 1ZJLA 4FATA 4OERA 4IY5A 1MM6A 4IGRA 4JBZA 1SQYA 3K6XA 4H1XA 2HFBA 1SW4A 3K4UA 3PUXE 3TTKA 4L17A 2HCAA 4LATA 4ECFA 3OSQA 3TELA 3EHSA 3MVXA 1H45A 3HPIA 2O6AA 1IXIA 2F7CA 2KLFA 2M8CA 2UYFA 1B7HA 2DWHA 2D3IA 3C36A 3VVDA 3S9MC 2OLBA 1FTMA 4JXIA 3EQ1A 4LP2B 1J1NA 4DDDA 3M3LA 5AA2B 5H8FA 2DXRA 4QSCA 3SEVA 3A09A 4ZEFA 3MPKA 4LA9A 1JVXA 4HTGA 1SI0A 3FUZA 1I6QA 3PU5A 1R9QA 2V3QA 2B65A 1PB7A 2QS3A 2HZLA 1MXYA 4MLQA 3U92A 3MVZA 5IAIA 2FYIA 3Q25A 3MC2A 4X48A 3USDA 4RXLA 5I2NB 1B51A 2ZYMA 3B6QA 4NF6A 5H8HA 3U94A 3WAEA 1NFTA 3MZ1A 3OELA 5I57B 5JTYA 4F3SA 4WEDA 3RQTA 5AE4A 1UTHB 3H03A 1B1HA 1OVBA 4IY6A 3TTMA 3DP6A 3EF7A 1QJMA 2QS4A 2DWAA 4H5FA 4EXLA 3CIJA 1B5JA 2QRYA 3FXQA 3PMXA 2XD2A 2R9JA 1MXXA 4F3PA 1S50A 1UQWA 1N3WA 4KQPA 4LONB 3K0VA 3LUYA 2XXWA 4PFWA 4WEPA 1B58A 1VSOA 1IZ1A 1DPPA 3FVNA 3K01A 3PPOA 3T66A 3PUZE 2RCBA 3EHUA 1O7TA 3H3GA 1DTGA 4DXUA 2NUVA 2XXRA 5FHNA 1TWYA 2UVHA 5CMCA 2OCUA 2GHBA 3JYRA 4G2ZA 4LVQA 1FQCA 4I9DA 3OEMA 4ZEKA 3UORA 1OQHA 4PETA 4ZE8A 1EZOA 1AL3A 1FW0A 5CBSA 1D4NA 3T9UA 5I2KA 4XKNA 4EQ9A 1USYH 2AIXA 3RTWB 3ONMA 3TODA 1GVCA 4HCWA 3THIA 1FTLA 4MLVA 1LFHA 5CMKA 1YTVA 4YB6A 4DCXA 4HCYA 3OD7A 3H6UA 3O66A 5ITOA 1VE4A 3M3KA 5ELVA 4P0GA 1I6BA 5TPAB 1UIUA 3IX1A 3CRBA 4TLLB 4U22A 1US4A 3KOSA 2O51A 3HV1A 3R6UA 3E4RA 3ZKKA 3N26A 4NTLA 2DE2A 3EPEA 3IB2A 1Y1ZA 1QULA 3MP1A 4X1DA 3C9HA 5H8NA 3KSJA 3IB0A 4GQOA 2CZLA 4C1TA 1P1OA 5K2YA 4LZ8A 4X1BA 2OBGA 1NMUA 1NNKA 4G77A 3S2VA 3OXNA 3RNNA 2ANJA 3A3CA 2QPQA 3C33A 4NF4A 2G29A 5DEXB 1WDNA 3JZJA 3BFTA 3GXAA 3HO7A 3VDFA 5I57A 2XHDA 2I48A 4MFIA 4ZECA 3JV9A 1XVYA 4M1VA 5L8DA 2Z23A 2F36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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