5EYFA

Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
EDILERSKSTNEIIWGVKYDTRLFGMMDIESRTVQGFDVDIAKAITKKILGDNGKTEFVEVTSKTRIPLLKNGNIDAIIATMTITDERKKQVDFSDVYFDAGQALLVKKGSQIKSVDDLNASTTVLAVKGSTSAANIRQHAPDAKILELENYAEAFTALQSGQGDAMTTDNAILLGIADENPEYELVGGTFTNEPYGIAINKGQENFLKAVNQALEEMHADGTYDKIYQKWFPNETEGKVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Solute-binding Protein from Enterococcus faecium with Bound Glutamate
rcsb
molecule keywords Glutamate ABC superfamily ATP binding cassette transporter,
molecule tags Solute-binding protein
source organism Enterococcus faecium do
total genus 71
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5eyfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5eyfA02
2XXVA 1A8FA 3EF7A 4LZ8A 4ELQA 3C36A 4O3CA 4F19A 1H3DA 2I3WA 5H8QA 1AH5A 4N07A 1Y9UA 2XX9A 3T93B 3IJXB 1M5EA 2QS2A 2PYYA 3FD3A 4F29A 4GOTA 1GV8A 1XC1A 2HXWA 5I56B 3FJMA 3FXRA 2RCBA 2HFBA 3KN3A 3TCFA 3IR1A 3UK4A 3HO7A 1TXFA 3KSXA 4DCYA 2O51A 3TTLA 3V5AA 1PC3A 5KCJA 2VOZA 4OFJA 5I2KB 1UQWA 1XVYA 3MAMA 2GHBA 2Q8JA 2GFEA 2VD3A 4Q0CA 4YMAA 4NWCA 1IQ7A 3DP4A 5L9SA 2Q2CA 3KN8A 2I48A 3VXCA 2A5SA 1BLFA 1A40A 2I4BA 1FQEA 4DLDA 3CSBA 3JYRA 3O29A 4THIA 3FVNA 3WAFA 1TFAA 1JEUA 3R7XA 1D3KA 5F7VA 3TTRA 2UVJA 4RPOA 1MG1A 4RK9A 4R6KA 4KPTA 4PFTA 5HPQA 3CR9A 4BDMA 1XOCA 3FIRA 3PMWA 4ZEIA 3IORA 3TQWA 2G93A 2O7IA 2VHAA 2F6PA 3SERA 5KDTB 5H8NB 4MLVA 3LSWA 4QFOA 4IO5A 4DXCA 4HCWA 5TP9A 1Y3NA 2I0CA 4L17A 4IGRA 2DVCA 2RINA 3RTWB 1M5BA 1EU8A 1LFIA 3OD7A 3VE1B 1LBCA 3CFZA 3OO7A 4Q5TA 5CMMA 4FAJA 1MY0A 1P1OA 4F1UA 1NL5A 4BDLA 5I57B 3LC8A 5H8FB 3T96B 1OIBA 2RC9A 3RGYA 3S4UA 4LQ2A 2Y7PA 4FE8A 1MPBA 3MPLA 1SW2A 3B6TA 1H45A 3QUFA 5AA4A 5CC2A 2DXYA 4QSDA 3FZVA 3C34A 1AL3A 4F1YA 3O28A 4QFKA 3K1PA 4ECFA 3QIMA 3IX1A 4NF6B 1EZOA 4I1DA 3B7DA 3B6WA 3KBRA 1IXHA 2HCAA 4H67A 4GD5A 2AIXA 4LP2B 3O6HA 1MQJA 4ZDMA 4QFLA 2ALUA 4F1VA 4C1TA 2I3VA 1GR2A 3TKDA 4G8HA 3E4RA 3O66A 3ZKLA 5I58A 4H65A 1M5FA 1B9JA 2UVIA 1B52A 3OEKA 3U1OA 1IEJA 3RPWA 3GLBA 1R1NA 3TCHA 1DSNA 2LAOA 1YTVA 1Y4CA 3Q26A 4P0IA 4RK2A 2QRYA 4G68B 4Q30B 3EHTA 5EHSA 5FHMA 3GXAA 4G77A 2H5YA 3EN3A 1USYE 3UP9A 4KI0E 2H98A 4BDOA 4POXA 3O6IA 4MFIA 3KOTA 4MH5A 3CVGA 3OO6A 4IO4A 2ZNSA 1FTMA 1NFTA 3PPPA 1AIVA 2DWIA 1SW5A 1AMFA 4NF5B 4WEDA 4M4GA 3C31A 3OSRA 1ZMGA 3FVOA 4QF9A 4HW8A 1OQHA 4MLQA 5EHMA 2Y84A 3FJ7A 3TEPA 3K6XA 1B58A 3IL1B 1B3EA 3OOAA 3R26A 2PMSA 1AOVA 3JV9A 3SETA 1O63A 2XX7A 3TUSA 2QMXA 5HBCA 3CFXA 3H3GA 5I59A 3KZGA 5TU0A 2Y7WA 4R75A 4YU0A 3S9EA 5H8SA 4XKRA 3TQLA 1MXWA 4DIGA 1SW4A 5JTYB 5AA1A 5HM4B 5FHOA 4E0WA 4ESXA 4LA9A 4JDFA 3CFLA 3F11A 1UIUA 3U93A 1ZJLA 4PFWA 3BFUA 4H6DA 1T0KA 2FA7A 1H43A 3ZS6A 4OERA 4F31B 4H5FA 4AQ4A 1M5DA 4GLIA 1DMBA 3IB1A 3IAZA 2F5XA 2HQ0A 3PD8A 3K02A 4OHNA 1B1XA 1R9LA 3HHFA 3H03A 3CI8A 4YB5A 3L6HA 2THIA 4H0WA 2I49A 1B3LA 3GBBA 4Z0IA 2DWHA 3KSJA 1S50A 1BIYA 3MZBA 4PE5B 1URDA 3OSQA 3TELA 4RJZA 3KJTA 4OVJA 2ZXTA 4YKJA 2O84X 4IGTA 3LUYA 4ONYA 3FV1A 4EXLA 2V25A 3T66A 5KZTA 4ZE8A 2Q2AA 1URSA 5H8HA 2DVZA 3CG3A 3K01A 3LSXA 4GL8A 4F2OA 1Q35A 2UYEA 5A5XA 4Q8RA 2UVGA 2ZYKA 4EUOA 4OFLA 3LR1A 3KGCA 1Y20A 5TPAA 3MWBA 3GZGA 4F2QA 4BDNA 5I84A 4OYVA 2XD3A 2F8DA 4F3PA 1YCJA 2XXTA 4DXBA 3CIJA 3N5LA 4LATA 2F34A 2DWJA 3OEMA 1B7HA 3MVWA 1UTHA 1H76A 2PX1A 1ANFA 4EF1A 1SQYA 1Y3PA 2AYSA 1P1UA 3LSFB 1SYIA 5DVIA 1DPEA 4ZEKA 2HZLA 1MQDA 3SEXA 1WDNA 2PT1A 2I0BA 3MZ9A 3ZSFA 3VDFA 1UIVA 2QSXA 3C9HA 2ONSA 3TMGA 5AA2A 1B1HA 3V89B 4HTGA 4NF8B 5AA2D 3H6WA 4TQUQ 2I6EA 1B40A 3CSGA 1FQDA 3QUJA 1NKXA 2H9BA 1IITA 2O68A 2ZYOA 4EQ7A 1B3FA 1Y1MA 3OMBA 1LCFA 4I9DA 3Q28A 4KR5A 3DELB 1PB7A 4WKMA 3E3KA 5L9MA 4H5GA 3IOWA 4LVQA 4KFQA 2V3UA 3PUXE 2G29A 3G3IA 3D4CA 1B0HA 1QUJA 3BBRA 3IOTA 4R6HA 1DTZA 4F18A 5F1QA 3W9WA 3H6TA 4NF4B 2GH9A 2F7CA 1HSLA 4FIMA 5IKBA 4NMYA 1NNTA 1MXXA 1LCTA 3GBAA 4BDQA 3MP8A 3B6QA 3HV1A 3TPAA 5ITPA 4C1UA 2GRVA 1URGA 4IY6A 2QJEA 4XKNA 1MXYA 4P11A 4IY5A 5CMBA 2Q88A 4DDDA 5EYFA 2XXRA 3THIA 4POWA 2E1SA 1MXVA 2XD2A 1MXUA 1FQFA 4R2BA 4OESA 1NNPA 4PP0A 1DTGA 3A3CA 3PPQA 5K2XA 1LLSA 1UTBB 1RYOA 4I62A 3USDA 4ND9A 5L9OA 4H1XA 3IK6B 2Q89A 3IOUA 4OWDA 4KCCA 1HSJA 1SVXB 1Z7ME 2UYFA 4IO3A 1JVYA 5I56A 1QULA 4U1OA 4F3GA 4ZZEA 5CBRA 4JWOA 1MM6A 4ESWA 3M3FA 3O97A 4LZ7A 1TFDA 3VLUA 1POTA 3K00A 2PT2A 3PMVA 2Y7KA 3HN0A 1TT1A 5L8DA 4XKQA 4DE8A 1II5A 5I2KA 3KN7A 2XHDA 3HSTA 2BJJX 2V84A 3C35A 3KEIA 4U4XA 4ELOA 4MF3A 3RT6B 2QS3A 3RLFE 1JEVA 4G68C 2DQVA 3IO4A 1YPNA 1SW1A 2ZYMA 3KJ7A 2ONRA 1IXIA 4TOZA 1A55A 3IB2A 2A5TB 1US5A 3U8QA 4GVOA 3MJNA 3UN6A 1NNFA 4XIGQ 2AL4A 4R6YA 2QS4A 5B7DA 2REJA 4IO6A 2KLFA 4LONB 4FORA 3IOVA 1IXCA 3ODBA 4DCXA 4OQOA 1MDP1 1JW1A 3H7MA 4GF8A 4O3BA 1F9BA 1TWYA 3PU5A 1USYH 2OBGA 1MS7A 3EHSA 5M2VA 4LQ5A 5KDTA 5H8NA 2ZYNA 4IB2A 3N94A 1WVJA 1NMUA 4WEPA 3FXQA 1B5IA 3UA8A 3KG2A 4H8JA 4ISUA 3Q29A 5J1DA 3SDFA 1A8EA 3K1NA 1B5JA 2Z8DA 4U1ZA 4YKKA 3M8UA 3BKIB 3R6UA 1FQAA 4XKPA 3PPNA 4G4PA 4ZZAA 2CZLA 1I6BA 1MPDA 1LFHA 1FTJA 1N3XA 5I57A 4BLAA 2XXYA 5H8FA 4MBPA 2F7AA 4TLLB 1LGBC 2PBWA 3RNNA 2DYXA 3P7IA 3SEWA 1XT8A 1N0TA 4R74A 2HAUA 1MH4A 4GXAA 1CE2A 3PPOA 3PUVE 4F39A 3VVEA 2F35A 1XVXA 1SD3A 1MQHA 2Q9TA 2WKYA 3IO6A 1ZIUA 2XXPA 3S2VA 4JBZA 1MY2A 1OLCA 4NF6A 4FATA 1GGGA 5DEXB 4YB6A 1JVXA 2V3QA 3G7WA 2RKMA 3TFLA 4BDRA 5ICQA 4JSDA 1LFGA 1DPPA 4JWXA 4GRKA 2Z8FA 1MXZA 1MPCA 2Z22A 3Q25A 2VD2A 1BKAA 4R9GA 3LSLA 3N6UA 4RPNA 2NWJA 3H6UA 4KD5A 1IZ1A 2ZMBA 4WXJA 2R71A 4G68A 1WODA 2H99A 4U4SA 2NXOA 3FJGA 2HZKA 1LAHE 4PFUA 1I6AA 1VFDA 4OZ9A 2H4IA 3VLVA 1IXGA 1ZTYA 4HS7A 2OWSA 2XXIA 1PEBA 1PDAA 4YB7A 3K6WA 1MY3A 4KQPA 4NTLA 1MDQA 3TTMA 1P99A 1QKBA 1N3WA 1D9YA 3TTNA 2IA4A 3FXUA 3ECRA 4G8MA 1A7LA 2OJTA 4IO2A 3MP1A 4NF5A 5B70A 5CI5A 3DLNA 1B2HA 4OMBA 4OENA 4QSCA 3KFMA 3C4MA 4FJPA 5CM6A 5I2NB 3VV5A 2RCAA 1OQGA 4K3FA 4JXIA 3N26A 2X26A 1BTJA 1NH7A 5H8QB 1O64A 1QKAA 3K0VA 3MZ1A 3MVXA 3EPEA 2QS1A 5JK4A 5FHNA 2ABHA 5JTYA 4QHQA 2F7BA 3I3VA 3OELA 5K2YA 4KHZE 2AL5A 2F36A 3O6GA 3PPRA 1VFEA 1QUIA 5KCJB 3TCGA 4GL0A 2W7YA 3RUMA 3FATA 4E0XA 2Z8EA 2REGA 4XXUA 3I6VA 1XHYA 1FTLA 1R9QA 2HEUA 4ZEFA 5AE4A 4DXUA 2VGQA 1MY1A 1GVCA 5BWJA 4PQJA 3C33A 2UXAA 1KWHA 1B4HA 4FEBA 4Z7EA 4ELRA 1Y1ZA 4LZ5A 5FTIA 4I8CA 4XTCQ 3ILUB 1IUDA 1ZLQA 4KYEA 4UA8A 4KCDA 4YKPA 4QSEA 3ILTB 4AB5A 1YAEA 4U21A 1HSEA 1OMPA 1BP5A 1JNFA 1RYXA 2DE2A 3K6UA 4X48A 5AA3A 1A99A 5ICTA 4JSOA 4LUBA 3AXFA 2XXXA 2NOOA 4JWYA 4OEVA 4RNSA 2O1MA 5TP9B 2DXRA 4NWDA 3PD9A 1QVSA 2YLNA 2QL3A 3OENA 3MP6A 2I4CA 5CMCA 1ATGA 2FNCA 1B3GA 2PVUA 2OLBA 3TODA 3TTKA 3T9UA 1ZBMA 2XXUA 3OXNA 4UACA 2O69A 4EQBA 3OO8A 1JQFA 3VXBA 5AA4B 1LAXA 3PUYE 4U23A 3MVZA 4PFYA 2B65A 1S7YA 3UIFA 1LAGE 4OXVA 2P1SA 2RF1A 2Z23A 2P0SA 4G8NA 1B4ZA 3ONMA 4NF8A 4X1BA 3UORA 3SEVA 3FVGA 4PETA 1JW5A 4OFOA 4M1VA 5ISUA 3RN8A 3FV2A 1MRPA 2D3IA 2D5WA 2DSFA 2RC7A 3K1MA 3VFJA 3HHGA 4ZEDA 1US4A 3V8XB 1VSOA 5I58B 1SI1A 1FW0A 4QFPA 4NE4A 1JW4A 5DTBA 1VR5A 3MQ9A 2OWTA 1OVBA 1B3HA 2E0SA 3T22A 2DOJA 3KOSA 2GHAA 2O7UA 3SESA 2ESNA 3TYHA 4NF4A 4GWOA 2OZZA 3MC2A 4KYDA 2R6GE 4OEUA 3PUWE 3U92A 1A54A 1B51A 1QJMA 4YMBA 5ITOA 3QXMA 4DZ1A 2ZNTA 1O7TA 1B46A 3DP6A 4ZEBA 3T9HB 3CG1A 3WAEA 3D4GA 3DP8A 3RT8A 2DP8A 2X7QA 4P0GA 4R73A 4NEDA 3ZKKA 2DE3A 4O3AA 1ZKBA 4ZE9A 3H06B 2XXWA 2XX8A 3H4ZA 3K4UA 3TZAA 3FASA 1QW0A 1XS5A 1B6HA 1DOTA 2V3TA 5BUUA 1UTBA 2NUVA 3IJOB 2F6GA 2P2AA 4EDPA 5I59B 4H8IA 4X1DA 3PUZE 2ONKE 4RA1A 1MY4A 3M3LA 4TLMB 3QSLA 4R2FA 3TAJA 3RQTA 2B3FA 3MBPA 1B7ZA 4YICA 1FQBA 2X7PA 3MVYA 4ZS9A 3FUZA 3SEUA 1LAFE 3VVDA 3TDJA 3A3UA 3U94A 1P1NA 5ELVA 4FEDA 3BFTA 3U72A 1JETA 5DYHA 1Y3QA 3V83A 3G3GA 3SEYA 2I58A 1PB8A 3N6TA 2IEEA 1RKMA 5FTHA 2OK2A 2YPNA 1MQGA 3EHUA 3E13X 3S9NC 3RY3A 3QYTA 2ZNUA 1N7WA 2Y7IA 2A5TA 4GFRA 3A09A 4GIZA 3PV0E 3CRBA 3OO9A 1SYHA 4F3BA 1VE4A 3FGSA 4KYSA 2F97A 3FVKA 1EZ9A 3UGWA 4R9FA 2O1LA 3MUQA 1PBPA 4YAHX 1EH3A 3M3KA 5DVFA 1L5TA 4U22A 4RY1A 5IAIA 5H8HB 4EQ9A 1B7UA 3QK6A 2F78A 1MQIA 5A5XB 4EF2A 1N84A 3HCQA 4N6PA 3T9VA 1SDXA 1GTKA 3O9PA 5TPAB 1B05A 3IB0A 4X9TA 2ANJA 4HCYA 3C32A 1Z7NE 5DVJA 2XXHA 3HPIA 2RC8A 1PB9A 2DWAA 1NH8A 1P1QA 1FCKA 4EXKA 1OVTA 2UVHA 1I69A 3PMXA 1UTHB 1Q1KA 3MPKA 4RYAA 1B5HA 1FQCA 4AB6A 3W9VA 1ELJA 3RTFB 1H44A 3G3HA 1QUKA 1N04A 1LB8A 4ZECA 1NNKA 4C0RA 4OTEA 1S9TA 5JEIA 1POY1 4OETA 5CRYA 1D4NA 2CMOA 3QAXA 2M8CA 1MH3A 1N7XA 3G3KA 1ZU0A 2YJPA 4YKIA 1SI0A 2DS9A 5CBSA 5AA2B 5DEXA 2Y7RA 3O2AA 1D9VA 4GXSB 3PGFA 3T9XB 5LOMA 4G2ZA 5CMKA 1PBQA 3H6VA 2QMWA 2O6AA 2HAVA 1OLAA 3E9XA 4ELPA 3EQ1A 4YZZA 2QPQA 4GQOA 1N76A 3LBSA 4JB7A 3G3FA 1M5CA 3I5OA 1P1WA 1SBPA 3VVFA 1I6QA 1FTKA 4FECA 4QRZA 1R6ZA 1CB6A 1MM7A 3L6GA 3K2DA 4U2RA 4RXLA 1J1NA 4QFNA 2XXQA 4R72A 4F22A 4F3SA 3G3JA 1LB9A 2R9JA 3DM0A 4N13A 3S9LC 1LBBA 1B0LA 1FTOA 3W15C 1EZPA 3K6VA 4IO7A 2V93A 2NVUB 3VLWA 2H25A 3JZJA 2B3BA 1Y4TA 2VP1A 3SKPA 1B32A 1LSTA 5I2NA 2FYIA 5DT6A 2D21A 3MW0A 3Q27A 1IIWA 3S9MC 2DE4A 2OCUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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