2RF1A

Crystal structure of chox in an unliganded closed conformation
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizobium meliloti
molecule tags Transport protein
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
total genus 86
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rf1A01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2rf1A02
5DVFA 1SW5A 5EYFA 5IAIA 1OIBA 3SEVA 5AA2B 2V3QA 1OLCA 3U1OA 1M5CA 1MPBA 1B46A 1A8FA 1P1OA 4QRZA 4RPOA 1Y3PA 4NF8B 4PFYA 5TPAB 3RY3A 1OLAA 1S9TA 3UORA 5CC2A 1IITA 4RPNA 4DLDA 2XXQA 3H6WA 3SEYA 1A7LA 1UIUA 3K0VA 3IX1A 4QSCA 5H8NB 2THIA 3K00A 2DSFA 4NWCA 2HEUA 4X9TA 4R6KA 4DIGA 3QUJA 3R26A 2Z8DA 3IOVA 1M5FA 1MXYA 1URDA 2H98A 3CFZA 3IAZA 4XKRA 1USYE 1NMUA 2AIXA 3W9WA 2IEEA 4OVJA 4F22A 1VFDA 5I56B 1OQGA 2RINA 2ZYOA 4N6PA 1SW2A 4PFTA 4RA1A 4ESXA 3C4MA 3CVGA 3IL1B 2DXYA 1FTJA 1MRPA 2KLFA 2NOOA 1FQEA 1ZMGA 4QFKA 3T93B 2XXXA 4YKIA 1B32A 1LBCA 2XXHA 2Q89A 3CSBA 4FIMA 3S9LC 3KN8A 4I1DA 1MQGA 1FW0A 3EQ1A 4ZEKA 3PPRA 1DPPA 3MAMA 4G8NA 1XVXA 3AXFA 3FIRA 4H67A 1VFEA 3KJTA 4OXVA 4QFOA 4Z0IA 2QMXA 3ZS6A 5I2KB 5I56A 4JXIA 3RTFB 1JW4A 4NF6B 3MP1A 3TELA 3PMVA 4YAHX 2Z8EA 4YKJA 2RCBA 4ONYA 3MJNA 1B7HA 1VE4A 1JW1A 4JB7A 1MQDA 1IXCA 2F36A 1AH5A 5EHSA 5AA2D 3DELB 4U1ZA 1B52A 1Y20A 3I5OA 2X26A 4WXJA 2PT1A 2XXPA 3BKIB 4YU0A 2UVGA 5FHOA 3FVNA 1JVXA 1JVYA 1ZIUA 1FQFA 3SEXA 4F3BA 3D4CA 5L9MA 4XTCQ 4PETA 1Y4TA 4YKKA 1B2HA 3RTWB 3TTLA 1IUDA 3TEPA 4EF2A 5BUUA 2V93A 3CRBA 2F5XA 1BKAA 2XHDA 3QXMA 4ISUA 4GL8A 1OMPA 2OWTA 1I6BA 3C31A 4KCDA 2I3WA 5AA4A 1FCKA 2AL5A 3LSFB 3TKDA 3VXCA 3H6VA 1MXUA 1FQBA 3FJMA 1F9BA 4GL0A 2AL4A 4GXSB 1B3LA 1J1NA 3SEUA 4FEDA 3FXRA 5CI5A 2HFBA 1SYIA 4RYAA 3TPAA 4NE4A 1JETA 4H5FA 1N7XA 2B65A 2PT2A 1UTHB 4ESWA 4ZE8A 2HCAA 5H8HB 4PP0A 5I58B 4KI0E 1TFDA 2DVZA 1B3GA 1N3XA 3UGWA 5JEIA 1FTLA 3DP6A 3H06B 4O3CA 4ZEFA 3FD3A 1MM7A 3QK6A 2I6EA 1QUIA 3OXNA 4QFPA 2YJPA 1XHYA 4EDPA 4ELQA 4OESA 4BDOA 1P1WA 1NNFA 2PMSA 5IKBA 4R9FA 4F29A 5CBRA 5I84A 1SDXA 4X1BA 4NMYA 4MLVA 5HBCA 1LCTA 3OO8A 2IA4A 2X7QA 3FASA 5H8HA 2H99A 1OVTA 3JZJA 4X48A 1URSA 3KG2A 3UIFA 3IO6A 3KZGA 2A5TB 1XT8A 2OWSA 1LFIA 2XXYA 4MLQA 3H6UA 3EHUA 2HAUA 4U4SA 4GWOA 3HHGA 3L6GA 1DSNA 2RC7A 4IO2A 3K01A 4P0GA 2QL3A 3CFLA 3K1PA 2QS2A 3KN3A 4HS7A 3RGYA 1DTZA 4M1VA 1I6QA 1N76A 4GQOA 4YKPA 3UN6A 2V84A 3QUFA 1MXWA 5FTHA 3HV1A 2AYSA 3HN0A 4AB5A 3VLUA 3F11A 4OWDA 2GFEA 3TTRA 2X7PA 1XC1A 4THIA 1B5IA 3OO9A 4ECFA 1B3EA 2ONKE 1NL5A 2DXRA 2Q2AA 3PGFA 2OLBA 3RT6B 5KZTA 4O3BA 2O51A 1O63A 1Y9UA 4MF3A 1SVXB 3IB0A 3E4RA 3N26A 3PPPA 3S4UA 3U93A 3V89B 1UTHA 4N07A 4RK2A 5BWJA 1AOVA 2OK2A 3BBRA 4PQJA 3VXBA 1B7UA 1IXHA 1D3KA 1LGBC 1N04A 1HSLA 4PFWA 3OO6A 4KYDA 4TLMB 5I57B 1IEJA 3LC8A 2H9BA 4YB7A 2F78A 3RUMA 4ND9A 4F19A 5I58A 2PVUA 3M8UA 2OZZA 1EZPA 5AA2A 3TODA 4PFUA 3HO7A 4OENA 4OFJA 5DYHA 2FA7A 3C32A 3D4GA 5ICTA 2XXIA 2O69A 5H8QA 1B58A 4OMBA 1MDP1 4EUOA 3U92A 3B6TA 1EH3A 2RC8A 4R2FA 3TCGA 4ZEIA 2REGA 2XXUA 1O7TA 3S9MC 5EHMA 1PEBA 3O2AA 2A5TA 5KCJB 1FTOA 2XX9A 2ZNTA 4E0XA 3EPEA 2I48A 1FQCA 3W15C 5J1DA 1WDNA 4G68C 1GGGA 4NWDA 3N6TA 2A5SA 2ANJA 2D3IA 2NXOA 4QSDA 2Z23A 3MP8A 4ZECA 3H03A 1M5BA 1UTBA 4G68B 5L9SA 3OELA 3H7MA 1LFGA 1SBPA 3O6IA 4JWOA 4ZZAA 3C33A 1H3DA 4IB2A 5TP9B 1AL3A 3EHSA 3OMBA 3K6XA 3MWBA 3VFJA 3SDFA 4IO6A 3TTKA 4EQBA 1B9JA 3O28A 4NEDA 4NF5A 2QRYA 4C0RA 2HXWA 1R1NA 4FEBA 3RQTA 3DP4A 3QYTA 5I2KA 4TQUQ 3C9HA 3S2VA 3IR1A 2DOJA 1UTBB 2DP8A 4YB6A 4ZS9A 3T9VA 5LOMA 2XX7A 4JWYA 2HAVA 4KYSA 3T9HB 3VDFA 4GFRA 4EQ7A 1OQHA 3FXUA 3IB2A 3Q25A 3ZKLA 3S9EA 1IXGA 3KSXA 5I59B 1RYOA 1TFAA 1B40A 3PUXE 2NUVA 3IOWA 1PBQA 2ZXTA 1PB9A 4H8IA 4QF9A 1MDQA 3MZ9A 3KOSA 4I9DA 4NF4B 4Q30B 1B0HA 4WEPA 5DEXB 4BDNA 4DZ1A 4KYEA 1GVCA 4F2QA 2I0CA 1US4A 1O64A 1QJMA 2UVIA 4G4PA 4NF6A 1NH8A 4F18A 1QKBA 2DE3A 3RNNA 5HPQA 3VVEA 4DCYA 4M4GA 4UACA 3FGSA 1D9YA 2FYIA 1YCJA 4XKNA 3RLFE 4DCXA 4XKQA 5I59A 1DPEA 4LUBA 1AIVA 1N0TA 2H25A 4RNSA 5JTYA 4R75A 2QSXA 2I49A 4R6YA 2XXRA 3KSJA 3MVYA 3PD9A 4OTEA 2XXTA 1LSTA 3HSTA 4RXLA 3TCFA 4IO5A 2G93A 2GRVA 5L8DA 3USDA 4MH5A 4Q0CA 2D5WA 3JYRA 4G68A 4DE8A 4ZEBA 1NKXA 1AMFA 1H43A 1VSOA 4LONB 1S7YA 1P99A 1B3FA 4KR5A 5ITPA 4PE5B 1S50A 4EF1A 4LVQA 1Z7ME 3SETA 5JTYB 3MBPA 1QULA 1A99A 1SD3A 1LFHA 4XXUA 5TP9A 1RYXA 2VD2A 1MQIA 4F3PA 2ZYNA 2DS9A 4XKPA 2XD2A 4KCCA 4AQ4A 2CMOA 2I4BA 3CI8A 5DTBA 2P0SA 1ZKBA 4F31B 3T96B 5TU0A 2B3BA 1US5A 3K4UA 2VHAA 3MQ9A 4HCYA 4HCWA 4IY5A 3IK6B 4N13A 3PV0E 4H6DA 5K2XA 2E1SA 2HQ0A 4MFIA 4LQ5A 4YZZA 4JWXA 3T66A 3Q28A 3M3KA 1H44A 1B5JA 4K3FA 4GOTA 5FHMA 5A5XA 3L6HA 1PC3A 1SI0A 5DEXA 2Y7IA 1Q35A 1MY3A 3QAXA 5KDTA 4GVOA 2P1SA 1XS5A 2CZLA 4LQ2A 1LAHE 1LB9A 4ZEDA 3B6QA 5A5XB 1LAFE 3Q26A 1MQHA 2QPQA 1VR5A 4H8JA 4QHQA 2Y84A 3WAFA 3KJ7A 3LUYA 3O6HA 3E13X 3MPLA 3O66A 2BJJX 3MVZA 4OQOA 4OEVA 3GLBA 3VV5A 1URGA 1YAEA 2DWHA 2V25A 4RK9A 2R6GE 5ITOA 3U94A 2R9JA 1XOCA 3FV2A 3PUZE 4DXBA 4EQ9A 1SW1A 4U2RA 1PB7A 4G77A 4GXAA 2UYEA 5B70A 4G8HA 4KD5A 1Y1ZA 3G3KA 3M3LA 4QSEA 3A3UA 2F7CA 2M8CA 4KQPA 1NNPA 1R6ZA 4BDLA 5H8SA 5ICQA 5I2NA 2Z22A 1NFTA 4R74A 5H8FA 1ELJA 2F7AA 1MXVA 3WAEA 3TQLA 2DQVA 1MY2A 1OVBA 3G3FA 1R9LA 3LR1A 3B6WA 4KFQA 3K2DA 4F1UA 2ZYMA 4HTGA 3LSXA 3C35A 3TTMA 1MH3A 1MH4A 1TT1A 4P0IA 1B5HA 2F8DA 3H6TA 3O97A 4GD5A 1QUKA 1QUJA 4DXCA 1EU8A 2RC9A 2O1LA 2Y7KA 3JV9A 1MXZA 3IJOB 4C1UA 3K6WA 3OEMA 4JDFA 1FQAA 1MPCA 3ODBA 4MBPA 3K6VA 2ZMBA 1PB8A 2GH9A 1R9QA 2I58A 5AA3A 3UA8A 1IIWA 2Q2CA 3KEIA 5ISUA 1DOTA 1JQFA 1A55A 2I0BA 1B1HA 1ZLQA 3M3FA 3TFLA 3Q27A 3VLWA 2XD3A 3TMGA 2ONSA 4R72A 3O6GA 1LB8A 2GHBA 4H0WA 4WEDA 5CMMA 3U8QA 4OETA 2H4IA 4NTLA 3R7XA 4F3SA 4BDRA 3G7WA 4Q5TA 1B51A 1QVSA 2HZKA 3FVGA 1TWYA 1WODA 3W9VA 3EHTA 4XIGQ 4U4XA 1B4HA 2OBGA 4RY1A 2RKMA 5I57A 2QS3A 2VD3A 1P1QA 2O84X 2YPNA 3A3CA 5FTIA 1B1XA 4JSOA 1Q1KA 1MPDA 1ZJLA 1B05A 3VE1B 3ILTB 1A40A 1MG1A 1NNTA 2XXVA 3FJ7A 2F7BA 1BP5A 3E9XA 3G3GA 3HHFA 3OO7A 1M5DA 1FTKA 3IJXB 3Q29A 5H8FB 3PPOA 5DT6A 3U72A 4OFLA 1QKAA 3GBBA 2NWJA 2ABHA 4F3GA 2RCAA 3C36A 2Y7RA 2I4CA 1B7ZA 3TTNA 5L9OA 2DE4A 4GRKA 4ELPA 3LBSA 1ANFA 3G3JA 5FHNA 3MUQA 1PBPA 2E0SA 5H8QB 5I2NB 3MVWA 3PD8A 3PU5A 1B4ZA 4UA8A 3FV1A 1KWHA 4X1DA 1USYH 4Z7EA 4R73A 2Q8JA 3KOTA 1JW5A 3G3HA 3PMXA 4U1OA 2LAOA 4FE8A 1MY0A 1FTMA 1ZU0A 2F97A 2W7YA 3E3KA 1DMBA 3IO4A 1Y3NA 4QFNA 5CRYA 4ZDMA 4FATA 4O3AA 4U23A 1H45A 1HSJA 3OOAA 2UVHA 1MM6A 4LP2B 2ONRA 2PX1A 4BDQA 3BFUA 2UYFA 4I8CA 1XVYA 1DTGA 4H65A 5AE4A 3KBRA 4KHZE 4LATA 1PDAA 4AB6A 4RJZA 2Q9TA 3FZVA 3CG1A 3CR9A 1BLFA 3MC2A 4FJPA 4ELOA 3A09A 3PPNA 4F1YA 5CM6A 1LCFA 3VLVA 4YMAA 1TXFA 1T0KA 2PYYA 5HM4B 3IORA 2Z8FA 4IO4A 3OSRA 2QMWA 5K2YA 2VP1A 4FORA 3CSGA 3SEWA 2XX8A 4E0WA 3SESA 4OYVA 3C34A 1Y3QA 1ATGA 4IGRA 4R6HA 5KDTB 2ALUA 3PUVE 3V83A 1BTJA 3K1MA 1CE2A 2F35A 3I3VA 3K6UA 3OD7A 3PUYE 3MZBA 4I62A 4IY6A 1LAXA 2Q88A 1Z7NE 3T9XB 3VVDA 3IB1A 1NH7A 1POTA 2DE2A 3DLNA 4POWA 1A8EA 3GXAA 5CMCA 4ELRA 3H3GA 5KCJA 1GTKA 2F6PA 3FUZA 4H1XA 5CMBA 2Y7PA 2QS1A 2ESNA 3TUSA 4ZZEA 1B6HA 1ZTYA 2P2AA 3HCQA 3N94A 4TLLB 5ELVA 1GV8A 2DYXA 2O6AA 2OCUA 2UVJA 3DP8A 3QSLA 4JSDA 5M2VA 3MVXA 2O7IA 2REJA 4OERA 3TQWA 4F39A 1EZOA 3PPQA 4DXUA 1I69A 1SI1A 2QS4A 1L5TA 1P1NA 2D21A 3TZAA 4YMBA 3IOUA 3UP9A 1D4NA 1I6AA 1EZ9A 2OJTA 5F1QA 1MS7A 1MQJA 1LAGE 1QW0A 1YPNA 4FECA 4NF5B 3V5AA 3CFXA 4F1VA 4OHNA 3LSLA 4LZ8A 4ZE9A 3N6UA 4OFOA 3I6VA 3DM0A 4KPTA 3PUWE 3SKPA 3T22A 3TDJA 3O29A 3IOTA 3BFTA 3ILUB 1IXIA 3QIMA 4G8MA 1LBBA 3OENA 3RT8A 4IO7A 3TYHA 3H4ZA 2DWAA 3EF7A 4NF8A 1SYHA 3ECRA 3MPKA 3MW0A 1MXXA 3FATA 3MP6A 4DDDA 3TCHA 4OZ9A 4U22A 4YICA 1B0LA 3K1NA 5CMKA 4IGTA 2O68A 1LLSA 1JEVA 2Y7WA 2PBWA 4FAJA 4GIZA 4GLIA 4YB5A 5AA1A 3THIA 3CG3A 5F7VA 1II5A 4WKMA 4R9GA 3OSQA 4L17A 4TOZA 2GHAA 1SW4A 2F6GA 2H5YA 2R71A 1POY1 2UXAA 5H8NA 1A54A 1MY4A 4EXKA 4U21A 4POXA 4LZ7A 2WKYA 2YLNA 3MZ1A 4QFLA 4GF8A 3RN8A 3VVFA 2RF1A 3GZGA 2V3UA 5DVJA 1MY1A 2VOZA 1NNKA 1IQ7A 1M5EA 4G2ZA 2HZLA 4F2OA 2XXWA 2B3FA 2DWIA 1Y1MA 5CBSA 2V3TA 1FQDA 2O7UA 4JBZA 4EXLA 5B7DA 2DVCA 2ZNSA 3SERA 2ZYKA 1B3HA 2I3VA 3TAJA 5JK4A 4P11A 3N5LA 3P7IA 1JNFA 2G29A 3K02A 3OEKA 2NVUB 2QJEA 1UIVA 4BLAA 3ZSFA 1ZBMA 1JEUA 3UK4A 4Q8RA 3S9NC 3CIJA 3KN7A 3LSWA 4LA9A 5DVIA 4OEUA 2F34A 1RKMA 2FNCA 1IZ1A 1HSEA 1D9VA 1N7WA 3FXQA 3EN3A 4LZ5A 1WVJA 3ONMA 2DWJA 3T9UA 2ZNUA 3B7DA 1H76A 3FVOA 1SQYA 4R2BA 3RPWA 1CB6A 2O1MA 3PMWA 5TPAA 3V8XB 4BDMA 1UQWA 3KFMA 3ZKKA 4H5GA 1Y4CA 1BIYA 4HW8A 3HPIA 3FVKA 3O9PA 3FJGA 1GR2A 2VGQA 1N3WA 1N84A 1P1UA 3G3IA 3GBAA 4C1TA 3R6UA 3KGCA 5AA4B 4IO3A 1YTVA 4NF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SW5A 1OIBA 1M5CA 4PFYA 1S9TA 5CC2A 4RPNA 4DLDA 2XXQA 3H6WA 4NWCA 4DIGA 4R6KA 3R26A 1M5FA 2H98A 3CFZA 4XKRA 2AIXA 2RINA 2ZYOA 3C4MA 2NOOA 1FQEA 3BIGA 2XXXA 4YKIA 1B32A 4AS4A 3S9LC 3KN8A 4ZEKA 3PPRA 3MAMA 3D1RA 4Z0IA 3ZS6A 4NF6B 1DBZA 3MP1A 2Z8EA 1CNQA 2RCBA 5AA2D 3DELB 3I5OA 5FHOA 2PT1A 3BKIB 2UVGA 1JVYA 3SEXA 1FQFA 3D4CA 3TTLA 3TEPA 3CRBA 1I6BA 3C31A 4MNPA 2AL5A 3LSFB 3PTYA 3VXCA 1MXUA 3FJMA 1B3LA 3TPAA 3RPLA 5I58B 1N3XA 3LV0A 5JEIA 2I6EA 4BDOA 2PFZA 4MLVA 3OO8A 2Q74A 3EHUA 1QGXA 3RGYA 2Y5LA 2QS2A 3K1PA 4P8BA 1DTZA 4PBQA 2V84A 3QUFA 5FTHA 4AB5A 3HV1A 4THIA 3OO9A 2P3VA 2FHYA 3RT6B 4O3BA 1O63A 3N26A 3E4RA 3S4UA 3V89B 1UTHA 4N07A 2OK2A 3BBRA 5A5XA 1D3KA 1LGBC 4P3LA 3LC8A 2OZZA 5ICTA 4OMBA 2CZIA 2RC8A 1O7TA 1FTOA 2HPGA 1FQCA 2KR0A 1WDNA 4G68C 1GGGA 4NWDA 3N6TA 1M5BA 1UTBA 5L9SA 1LFGA 1SBPA 4JWOA 1INPA 1AL3A 4IO6A 4EQBA 1B9JA 5IM2A 4NF5A 2HXWA 1FPDA 1Q9DA 4FEBA 3RQTA 3C9HA 3IR1A 2DP8A 2XX7A 4EQ7A 3FXUA 3IB2A 3Q25A 2HHMA 3ZKLA 1IXGA 5I59B 2F3BA 1PB9A 4DI4B 4DZ1A 4I9DA 1B0HA 1KA1A 2DE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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