2RF1A

Crystal structure of chox in an unliganded closed conformation
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizobium meliloti
molecule tags Transport protein
total genus 86
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rf1A01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2rf1A02
3G3KA 4ZZAA 3CG3A 4PETA 3B7DA 2QL3A 2ALUA 4FAJA 2UXAA 1MPDA 2AL5A 3SEXA 1MH3A 5TPAA 4IO2A 3OO7A 3IORA 4LQ2A 5CMKA 1ANFA 5KCJA 2O1LA 1USYH 3TTRA 5FTHA 3S9EA 2F35A 3K1NA 2NUVA 4OQOA 1JQFA 4DE8A 2GHBA 1DSNA 3E13X 3MVXA 1URDA 1IIWA 3M8UA 1MY1A 3VFJA 3S9MC 4ELRA 2ONSA 1QW0A 3IO6A 4YB6A 4F19A 5H8QB 2F7AA 1FQBA 1SVXB 1B3LA 3PMVA 4OERA 1ZTYA 2HCAA 4KYDA 3L6HA 3TQWA 2V93A 1P99A 4EXKA 2UVGA 4I62A 4PFWA 5BUUA 3C34A 4F29A 3G3HA 2X26A 3KN7A 3VVEA 1FW0A 1GGGA 4FEDA 4AB6A 3ZS6A 3C33A 4MLVA 3TPAA 3FXRA 4TQUQ 3N5LA 2DP8A 2DSFA 2QS3A 3RT8A 3H7MA 3PPPA 5CMCA 4OETA 1WVJA 1R9QA 1MY2A 3DM0A 3JV9A 2O51A 1B3HA 1QULA 4G8NA 1GV8A 4PFYA 1B58A 3DP4A 1AOVA 4KCCA 1BKAA 4AB5A 1PBPA 1LAFE 3CFLA 1D9YA 1T0KA 4BDQA 1AMFA 5TP9A 2HAUA 3BFUA 1NNTA 4EQBA 5B7DA 4Q0CA 4JDFA 5TU0A 4Q8RA 3UP9A 3O6HA 1TT1A 4F1VA 4DCXA 1B7UA 3ONMA 2O68A 3H6TA 5AA2A 5H8FB 2HZKA 1MY4A 1YAEA 4ZEDA 3K00A 2AL4A 4R9GA 1S7YA 3TMGA 3OO9A 1LBCA 2Y7PA 1MY3A 2H4IA 4NMYA 2ESNA 2XXQA 4LONB 1II5A 3HSTA 4RY1A 3UK4A 3CFXA 2V84A 3H4ZA 1A7LA 5H8SA 3H6UA 2I3VA 4MBPA 3EHUA 3IAZA 5KDTB 3FD3A 3TEPA 2VD3A 2UYEA 4F2QA 2X7QA 3SEWA 1POY1 3IR1A 3K2DA 1US4A 4QSEA 4G68B 4AQ4A 3DELB 3S2VA 2O84X 2R6GE 3CSGA 3K6UA 1F9BA 1FTMA 1JNFA 4YKKA 3U1OA 1JEVA 3PUVE 1Y1MA 3KJTA 2Q2CA 4M1VA 3IOWA 3EQ1A 2PVUA 1MQDA 2G93A 4PE5B 3MVYA 4LZ8A 4O3AA 4F3PA 1OVBA 5JEIA 3SERA 4NF8A 3IB0A 2PYYA 3SESA 3FUZA 4QFOA 3CVGA 3GBAA 2QMXA 3VV5A 1UQWA 1D9VA 1B9JA 4GF8A 4FEBA 1UTBB 4U2RA 1B7ZA 4F2OA 3SKPA 3GLBA 3FATA 4I1DA 3TYHA 5I56A 2THIA 1RYXA 3BFTA 1N04A 1FQDA 5K2YA 2GH9A 3MUQA 3TQLA 4F18A 2V25A 3KFMA 4EQ9A 4EUOA 2H9BA 1MY0A 3FVNA 1IQ7A 1FTOA 5DVFA 4PP0A 4P11A 1PB8A 3T9VA 4ELQA 4OENA 1MQJA 1B3FA 3MW0A 1Y9UA 3PV0E 4IY5A 1H44A 3QXMA 5JK4A 3V83A 2QJEA 3B6WA 1JW5A 3W15C 2ZYKA 4FATA 3E4RA 2XXRA 1Y4TA 4YMAA 1IXIA 5F7VA 3I3VA 3MZ9A 2V3QA 4OESA 3SEYA 4NWDA 3OO6A 4DCYA 5EHMA 3FIRA 3OENA 3IOVA 3E3KA 2R71A 1JW4A 4YB5A 2DOJA 2F7CA 4TLMB 3UIFA 3OEMA 5BWJA 3OELA 1ZJLA 4LZ5A 1JVYA 2O69A 4WEDA 4LVQA 1SYHA 1Y20A 5I59B 4OVJA 5AA4B 3O6IA 3H03A 1YPNA 4HTGA 1OQHA 3U72A 4U4SA 4N07A 5CI5A 3QK6A 2HXWA 3O2AA 4RNSA 3A09A 3MZ1A 2UVIA 1A99A 2UYFA 3QAXA 3EN3A 3HHGA 3CRBA 3UORA 4N6PA 3C32A 4ISUA 4R75A 3WAEA 1MQGA 5I2NA 4IO4A 3K6XA 1QUIA 2A5TB 4JWOA 4GL0A 1S9TA 5FHMA 4FE8A 3KSJA 3TELA 3CG1A 1N3XA 4XIGQ 1MXUA 3LSFB 1R1NA 1USYE 4NF5A 1O64A 3A3CA 3G3FA 3MP6A 3AXFA 2P1SA 1XOCA 3RNNA 4F3GA 1CE2A 4R73A 3SEUA 4GD5A 5TPAB 1B4HA 1Z7ME 3E9XA 3VLWA 4OZ9A 2RINA 1M5EA 3EHSA 4IO3A 5KCJB 1MXWA 1B7HA 4JB7A 4BDOA 1I69A 2HFBA 3CFZA 5JTYB 1XT8A 3Q27A 3ILTB 2PBWA 5H8HA 2GRVA 3HHFA 1S50A 1NFTA 4ZZEA 3C9HA 3Q26A 1B51A 1QVSA 2I6EA 1NL5A 4EF1A 4IB2A 2RCBA 5ELVA 2QPQA 2VGQA 4GWOA 4YAHX 2DE2A 2XD3A 2HQ0A 4LZ7A 2UVHA 1BTJA 4GVOA 1ELJA 4EF2A 2I4CA 3OXNA 4HS7A 3PUZE 1NH8A 3K02A 3A3UA 5AE4A 1US5A 2I0CA 3MQ9A 3MPLA 2PT2A 3MAMA 3S9LC 4C1UA 3KBRA 3H3GA 4ECFA 2YJPA 4QHQA 2ANJA 1B5IA 2F5XA 3ILUB 4UACA 4DXUA 3FV2A 2XX9A 4POXA 1MPBA 4QFKA 2O7IA 4HW8A 1PC3A 3I5OA 4ZEFA 2OWSA 2DWIA 3QIMA 1WODA 3V89B 4XKRA 3Q28A 4ZEIA 4IO6A 3FVKA 1SW4A 1XVXA 5AA3A 2XXUA 3K6WA 1N84A 5CMMA 3KJ7A 4YKJA 1N76A 3IOTA 4NF6A 4X1BA 3QUJA 5ITPA 1ZLQA 4H65A 1FCKA 4LUBA 4HCWA 3VDFA 4JXIA 3WAFA 4GLIA 4KPTA 2UVJA 4BDLA 4G77A 4U1OA 3ECRA 4H8IA 3TCHA 5CRYA 4G8MA 3T22A 5TP9B 2DVCA 1PB9A 2W7YA 3JYRA 5I57A 1IUDA 1SI1A 2DE3A 4Q5TA 2RC9A 4FJPA 1GTKA 2GFEA 4C1TA 1B6HA 1LAXA 3HO7A 1XHYA 4ONYA 1H3DA 1VFEA 3U8QA 1BP5A 3MP1A 1O7TA 1A40A 5AA2B 1KWHA 1P1QA 1B1HA 3FASA 1FTLA 2HZLA 1POTA 3U92A 2FYIA 2O1MA 3PUWE 3BKIB 1LCTA 1JETA 2Q2AA 3C31A 2Q8JA 3W9WA 2ZNTA 5DT6A 1M5DA 3KN8A 4I8CA 1ZIUA 5I58A 1P1OA 1LAGE 1EZPA 2P2AA 2X7PA 5H8FA 4F22A 1PB7A 3G7WA 1VE4A 4GFRA 2B3FA 1CB6A 1P1NA 2CZLA 2XXPA 1QUKA 3U93A 1URSA 1MPCA 1MQIA 2QS1A 4BDMA 4ELOA 3LBSA 3KGCA 4KI0E 2V3TA 2KLFA 1R6ZA 3Q29A 2YLNA 3L6GA 2XXVA 2Y7IA 4KR5A 2DWJA 3MVWA 3VLUA 1SYIA 3N26A 3K01A 4FORA 4NF4A 1FQEA 3O6GA 3PPQA 5FHNA 3RPWA 2I48A 4RXLA 3B6TA 5DEXA 3S4UA 2B3BA 3ZSFA 1LFHA 1R9LA 1M5CA 5K2XA 3SETA 3DP6A 3FJ7A 5CBRA 1BLFA 1JW1A 4O3BA 3FJMA 4ZECA 4YKIA 3TKDA 3TTKA 4G8HA 4KYEA 2Y84A 1MXZA 4ZEBA 1WDNA 4X9TA 3LC8A 3O66A 2G29A 4R74A 3Q25A 5DVJA 2A5SA 2Z22A 4KD5A 1A54A 4IGTA 4OYVA 3K1MA 1MS7A 1JEUA 1YTVA 3RTWB 3OSQA 5HBCA 3OD7A 3IO4A 4DXCA 1UTBA 3HV1A 1N7WA 2QS2A 3HPIA 5L9OA 2XXTA 3G3JA 3RQTA 4DDDA 4XXUA 1LBBA 2DYXA 3V8XB 3MPKA 4MF3A 1NKXA 4ESWA 3TCFA 1PDAA 2DVZA 2NXOA 1TFDA 4X48A 3RN8A 1A55A 4ZE9A 3LUYA 1B05A 2I4BA 1MM7A 3MC2A 1NNPA 1DPPA 2FNCA 1IXHA 3TTMA 4E0WA 3GXAA 2F7BA 2M8CA 4YZZA 3FZVA 2DQVA 4RJZA 2XD2A 2XXYA 1B52A 1Q35A 4TLLB 4TOZA 3KEIA 3PPOA 3R7XA 1B2HA 3UGWA 5CM6A 3IK6B 4OFLA 1B0LA 3TODA 4Z7EA 5IAIA 2RC8A 1N7XA 4LP2B 3K6VA 4N13A 2NWJA 3CI8A 3PU5A 3DP8A 2PX1A 4ZS9A 1GR2A 1QUJA 1NMUA 3LSLA 4OFOA 3K4UA 3VVDA 2LAOA 5ISUA 2I0BA 2HEUA 5LOMA 1XS5A 4XKNA 2XHDA 3FXQA 1MM6A 3THIA 2REGA 4BLAA 1PEBA 2D21A 5A5XA 2PMSA 1Y3NA 1DTZA 1UTHA 4IO5A 4ZE8A 1BIYA 3PUYE 4R6KA 5I2NB 2ZYNA 3VE1B 3OSRA 5M2VA 5I59A 4R2BA 2OK2A 2H99A 3PUXE 2XX7A 4OMBA 3C4MA 4KFQA 4DXBA 4RPOA 4P0IA 3TTNA 4KYSA 3IOUA 5CBSA 4F31B 1MXYA 1IITA 1LB8A 3M3KA 1A8FA 3KOSA 4NF5B 1B46A 1P1WA 1FQFA 1IXCA 1L5TA 1DMBA 3TUSA 1TFAA 4MFIA 3PMWA 3G3GA 1LGBC 1HSEA 1EZ9A 2Q88A 1VFDA 1SW5A 4KCDA 2Z8FA 3UN6A 1ZMGA 5H8NA 1OLCA 4QFNA 4I9DA 1M5BA 2DE4A 2QSXA 5H8HB 4FECA 1NH7A 2NVUB 4QRZA 2REJA 2B65A 2CMOA 4DIGA 3OO8A 3MJNA 4H0WA 1N0TA 4IGRA 2XXIA 5I2KA 1LLSA 4G4PA 2H5YA 1HSJA 1I6AA 2XXHA 3H6VA 4H1XA 1VR5A 2O7UA 3VXBA 2RC7A 3M3LA 1UIVA 4H8JA 2OLBA 3OOAA 4DZ1A 3N6TA 4YB7A 3KOTA 1QKAA 3C36A 1B5JA 2F36A 2ZYOA 2E0SA 2H25A 1QKBA 4OEVA 1QJMA 2DWHA 5JTYA 1TWYA 3O29A 4QSDA 3U94A 1B32A 2ONRA 3MVZA 1MQHA 3PPRA 2VHAA 3UA8A 4YKPA 4JWYA 4OHNA 4HCYA 4ND9A 1ATGA 4IO7A 1FTJA 2ZXTA 4NEDA 5KZTA 1LFIA 1XC1A 5H8QA 4JWXA 1FQCA 1N3WA 3QUFA 2Y7RA 4R2FA 4LATA 1B1XA 3ODBA 2YPNA 2I58A 2AIXA 3TDJA 4GIZA 1MG1A 5ITOA 3RLFE 3V5AA 1ZU0A 4RK9A 3RY3A 4U22A 1B0HA 4R6YA 2FA7A 4U23A 4P0GA 5FHOA 3PPNA 4NF6B 1OMPA 4ELPA 2IA4A 1LB9A 3USDA 3IX1A 1EH3A 1OQGA 3W9VA 1LCFA 4PQJA 2Y7WA 4DLDA 2ZNSA 3T9UA 1B4ZA 4WEPA 5I57B 4ESXA 3VLVA 2QS4A 4G68C 3T93B 1OLAA 4IY6A 4GXAA 4H5GA 4U21A 3LR1A 1XVYA 4JSOA 3C35A 5DTBA 1SDXA 4F3BA 2ONKE 3IJOB 4F1UA 4G2ZA 5EYFA 5FTIA 4O3CA 3IL1B 5I84A 1ZBMA 3PD9A 4OEUA 2XX8A 4BDNA 1NNKA 3KSXA 1PBQA 4RK2A 3H06B 2RKMA 3T96B 3IJXB 5AA1A 4JBZA 4GRKA 4OTEA 1NNFA 2ZYMA 3T9HB 2OCUA 4XTCQ 3T66A 3N94A 2Y7KA 1JVXA 5L8DA 1IZ1A 1Z7NE 3QYTA 3CSBA 5I58B 3D4GA 4X1DA 4U4XA 3KN3A 1LFGA 2P0SA 3DLNA 3FV1A 4YU0A 5DVIA 2WKYA 2E1SA 5CMBA 3MWBA 3R26A 1AIVA 4UA8A 4R72A 2ABHA 4QSCA 2V3UA 3M3FA 4NE4A 2RF1A 4GXSB 3HCQA 1SD3A 1Y3PA 1Y1ZA 3O9PA 1M5FA 5F1QA 3D4CA 3FJGA 2AYSA 1I6QA 2F97A 1A8EA 3TZAA 1IXGA 4JSDA 4LA9A 5J1DA 3H6WA 4NF4B 2ZMBA 1DPEA 2Z8DA 2F8DA 2VP1A 3MZBA 2XXXA 5DEXB 1MDQA 3ZKKA 4FIMA 4L17A 5HM4B 5HPQA 4THIA 1B5HA 5KDTA 4NF8B 1RKMA 4ZDMA 5B70A 4OWDA 5DYHA 5AA2D 1P1UA 2I3WA 3I6VA 3T9XB 3FXUA 3PMXA 4Z0IA 5L9SA 3GZGA 4KQPA 3K0VA 4G68A 3GBBA 3K1PA 2Q9TA 2F6PA 3TTLA 1DOTA 1MRPA 4U1ZA 1EU8A 1VSOA 3F11A 1Y3QA 5ICTA 3IB1A 5I56B 3RT6B 4POWA 1SBPA 1SQYA 3S9NC 3VXCA 4XKQA 2PT1A 2OWTA 1B40A 3FGSA 2ZNUA 4ZEKA 2F34A 5ICQA 3JZJA 1H43A 4GOTA 4WXJA 4F3SA 1O63A 3PD8A 1I6BA 3EPEA 4EQ7A 4PFTA 2QMWA 3SEVA 4H5FA 2HAVA 2IEEA 1H45A 3CIJA 2NOOA 4C0RA 3RTFB 1LAHE 4PFUA 1GVCA 2R9JA 1D3KA 1HSLA 3LSXA 2I49A 4YICA 2D3IA 4OXVA 3OMBA 3ZKLA 1MXVA 1D4NA 3RGYA 3OEKA 1Q1KA 3TCGA 2H98A 3O97A 3G3IA 1Y4CA 3MP8A 4F39A 2D5WA 1AH5A 3B6QA 4RA1A 3EHTA 1FQAA 1SW1A 3QSLA 1SI0A 3TFLA 4XKPA 3FVOA 5L9MA 3SDFA 1B3GA 2DS9A 4QFLA 4H67A 1URGA 4GL8A 3RUMA 1MH4A 4RPNA 4MH5A 2OBGA 1FTKA 1MXXA 4KHZE 5A5XB 1SW2A 1UTHB 3N6UA 1H76A 2OJTA 5IKBA 3TAJA 1RYOA 4LQ5A 3KZGA 4MLQA 4GQOA 1YCJA 1J1NA 2QRYA 3LSWA 2DXRA 5AA4A 4NWCA 1IEJA 2GHAA 3KG2A 4RYAA 1B3EA 2F6GA 4QFPA 3BBRA 3R6UA 2O6AA 1UIUA 3IB2A 2VOZA 3VVFA 2DXYA 1EZOA 4H6DA 4EXLA 2Q89A 4R6HA 4K3FA 5EHSA 4M4GA 5CC2A 1DTGA 2XXWA 2OZZA 3PGFA 2VD2A 1AL3A 4YMBA 1TXFA 1MDP1 2Z23A 5H8NB 3HN0A 2BJJX 4QF9A 4E0XA 1LSTA 4Q30B 3P7IA 1ZKBA 2A5TA 3O28A 2F78A 1OIBA 2Z8EA 3MBPA 3FVGA 4F1YA 4OFJA 3EF7A 2DWAA 4NTLA 3CR9A 5I2KB 4R9FA 4EDPA 1OVTA 2RCAA 4WKMA 4BDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LTCA 2OX3A 3G3KA 2FBPA 4ZZAA 3CG3A 1KZ8A 1LBWA 4PETA 3B7DA 2QL3A 1FPLA 2ALUA 4FAJA 2UXAA 1MPDA 2AL5A 3SEXA 1MH3A 5TPAA 4IO2A 2QVVA 3OO7A 3IORA 4LQ2A 5I7IA 5CMKA 1ANFA 5KCJA 2O1LA 1USYH 3TTRA 5FTHA 1YXIA 3S9EA 2F35A 3K1NA 2NUVA 4OQOA 4PAKA 1JQFA 4DE8A 2GHBA 4PF6A 1DSNA 3E13X 3MVXA 1URDA 1IIWA 5DW8A 3M8UA 1MY1A 3VFJA 3S9MC 1QGXA 4GBWA 4ELRA 2ONSA 1QW0A 3IO6A 4YB6A 4F19A 5H8QB 2F7AA 1FQBA 1SVXB 1B3LA 3PMVA 4OERA 1ZTYA 4NAPA 2HCAA 4KYDA 3L6HA 3TQWA 2V93A 1P99A 2KR0A 4EXKA 2UVGA 4I62A 4PFWA 5BUUA 2MKZA 3C34A 4F29A 3G3HA 2X26A 3KN7A 3VVEA 1FW0A 1GGGA 4FEDA 4AB6A 3ZS6A 3C33A 4MLVA 3TPAA 3FXRA 1FPFA 1LEVA 4TQUQ 1K9YA 3N5LA 2DP8A 2DSFA 4PAFA 2QS3A 3RT8A 3H7MA 3PPPA 5CMCA 4OETA 1WVJA 1R9QA 1MY2A 3DM0A 3JV9A 2L5VA 2O51A 2PFZA 1B3HA 4PAIA 1QULA 4G8NA 1GV8A 4PFYA 1B58A 3DP4A 1AOVA 4KCCA 1BKAA 4AB5A 1PBPA 1LAFE 3CFLA 1D9YA 1T0KA 4BDQA 2FIXA 1NUWA 1AMFA 4N8YA 5TP9A 2HAUA 5ET7A 2CZKA 3BFUA 1D9QA 1NNTA 4EQBA 5B7DA 1KA0A 4Q0CA 4PBQA 4JDFA 1IMAA 5TU0A 4Q8RA 3UP9A 3O6HA 1TT1A 4F1VA 4DCXA 1B7UA 3ONMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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