2RF1A

Crystal structure of chox in an unliganded closed conformation
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
b'EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
source organism Rhizobium meliloti
molecule tags Transport protein
total genus 86
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rf1A01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2rf1A02
4WXJA 3UP9A 3PMXA 1H44A 3W9WA 3O9PA 3C35A 1MY3A 2Z8EA 3O6IA 5FHOA 4X1BA 4ZEFA 1GR2A 3S9EA 5H8HA 2DWAA 5I2KB 1AOVA 3VFJA 2H98A 3S2VA 2E1SA 3C32A 1UTBA 4H0WA 4RK2A 2NVUB 5B70A 3S9MC 2DXRA 4RJZA 5BUUA 3OSRA 3M8UA 3ZSFA 3OO6A 5EYFA 1A55A 4AQ4A 4ND9A 3R7XA 3LR1A 3HHFA 1HSLA 3PUYE 3U1OA 1LBBA 5LOMA 1YCJA 4F22A 4OHNA 4C1TA 1Z7NE 4ZZAA 2H4IA 2DWHA 4KYSA 4JBZA 1H43A 2Y7KA 1ZKBA 4H5GA 3C36A 1PBPA 2XXIA 2Z22A 2V25A 5AA3A 4IO2A 2HZKA 2VD3A 1B52A 3GBAA 3W9VA 1QUJA 3S9LC 2I4CA 4OFJA 3TYHA 3IL1B 4YKPA 4GLIA 4F18A 2ONRA 3IOUA 4I62A 1SVXB 4IO7A 2KLFA 4C0RA 4YKIA 1VFEA 3PPQA 2ZNTA 4KI0E 4NWCA 1UQWA 3G3GA 5H8SA 3SDFA 1MQDA 1F9BA 3Q26A 1NH7A 2XX7A 4RPOA 3L6GA 4EF2A 5I56A 3G3FA 1PC3A 4R6YA 5KDTA 1QUIA 4KYDA 5F1QA 4O3CA 2UVJA 3OELA 3UGWA 3Q29A 4R75A 4ZS9A 1MH4A 2DQVA 4ZE9A 1KWHA 3K1MA 1QVSA 1GVCA 3SETA 3U94A 3A3UA 5EHMA 1POTA 2F97A 5H8NB 2DE3A 4POXA 5I2KA 1JNFA 3CG1A 3MVWA 4R72A 2ZYKA 4YU0A 2XXYA 5BWJA 4RPNA 2QMWA 5I2NB 3IORA 4LVQA 1URGA 2BJJX 4F1UA 4PFTA 1MM7A 2HAUA 1SYIA 4OXVA 2XXVA 2V3QA 1M5DA 4R6HA 4DIGA 3ILUB 5CM6A 4GIZA 2O69A 4IY6A 3FGSA 3E9XA 3U8QA 2XXXA 3EF7A 3E4RA 3T22A 1IXCA 1URDA 1Z7ME 1BP5A 5DEXB 3V8XB 4QSEA 4QFOA 2DXYA 1P1OA 3N5LA 1ZMGA 4C1UA 2E0SA 2UVHA 4YKKA 4ZECA 2DVCA 5FTIA 3IB0A 1PDAA 3ZKLA 4YMAA 1BTJA 4H8IA 4AB6A 4JSOA 1MXYA 1HSJA 1N3WA 3LSXA 2Y84A 3Q28A 1JETA 1EH3A 4I8CA 4FJPA 1FTOA 2REJA 4OYVA 4YB5A 3FZVA 2Y7WA 4HTGA 3MP1A 4NMYA 3E13X 1FQDA 1H3DA 4ELQA 2H5YA 4BDRA 4JWYA 3KN3A 1N7XA 3H6VA 2OK2A 4M1VA 1O7TA 1B5HA 3UA8A 3MVXA 3A09A 2Y7IA 3K2DA 4BLAA 4F31B 1MXZA 5H8NA 3K6XA 3FJGA 1L5TA 1EZ9A 2VGQA 4QRZA 3QYTA 3FVKA 4ISUA 3OO9A 1MS7A 2HXWA 1LFHA 2XX9A 4GXSB 2QJEA 2F7BA 2B65A 5B7DA 1I69A 3SERA 5I2NA 4JWOA 4G8NA 1MXWA 3VE1B 1URSA 2I0BA 3IOVA 5I58B 4EUOA 3Q27A 3PPNA 3SEUA 4I9DA 4U23A 4M4GA 4UACA 3H06B 2DVZA 2P1SA 2DS9A 2ZYMA 1TWYA 3T66A 3MQ9A 1LSTA 4OENA 2F7CA 3DLNA 3MPKA 5DEXA 4KR5A 1B5JA 3PPPA 2F36A 2I0CA 1Y4TA 1FQEA 3TPAA 2DWJA 1MRPA 2I3VA 2DP8A 3GLBA 2D3IA 1OIBA 3T9XB 1XOCA 4DCYA 3TCHA 1S7YA 4Q8RA 5DTBA 2H99A 4N13A 3CFZA 4R74A 1SW5A 4FORA 3MUQA 4FIMA 1OLCA 3QK6A 3DM0A 2ZXTA 4LUBA 3MBPA 2Q2CA 4EQBA 4ELOA 4U1ZA 4QFNA 3O2AA 5H8QB 3FXQA 1BLFA 2F6GA 3BBRA 2OZZA 2CZLA 4ELRA 3A3CA 1IXGA 4ONYA 5TPAA 1ATGA 3V89B 4OFOA 4HS7A 1MM6A 3CVGA 4N07A 2OCUA 2OJTA 3RY3A 1B4ZA 1NH8A 3CFLA 5DVJA 1IXIA 4MH5A 2QS4A 4KQPA 2V84A 3RPWA 1LLSA 1SYHA 3PUVE 3PU5A 3FATA 4U2RA 1XVXA 4U1OA 3TTKA 4FEBA 1Y1MA 1B51A 4KYEA 2DE2A 1B2HA 2RINA 1DTZA 4P11A 2DOJA 3GZGA 4MLVA 3M3LA 2HAVA 1QKBA 3I5OA 4OEUA 2YPNA 5A5XB 1M5FA 5I58A 1WODA 2O68A 3C9HA 3HHGA 3EHTA 5CRYA 3T9UA 4G68B 3TQLA 1LAHE 2NOOA 1DOTA 1XS5A 3TZAA 4THIA 4AB5A 3N26A 4ECFA 1D4NA 3VXCA 4F19A 1MXVA 2AIXA 2VOZA 2Z8FA 5L9OA 2IA4A 2V3UA 1IIWA 4XTCQ 5IAIA 2VP1A 1B58A 3UK4A 1DTGA 4KHZE 1UIVA 2I49A 3IO6A 1LB9A 1B3HA 4DXCA 3HPIA 4DXUA 4LONB 3C31A 2NUVA 4OQOA 4HCWA 2YJPA 1R1NA 3VXBA 4YZZA 1GGGA 2D5WA 4X9TA 3ZS6A 1B1HA 2PBWA 3CFXA 1R9QA 1SI1A 1D3KA 2O1MA 3KBRA 2XXUA 5H8QA 4OTEA 4G4PA 3V5AA 5ITPA 2W7YA 1P99A 4H1XA 1SD3A 1VFDA 1ZBMA 4GL0A 5I59B 4GL8A 2O7UA 1MQIA 1FTKA 3O97A 1JW1A 3DP6A 4OWDA 4ZZEA 4FATA 3G3JA 3IJXB 1MXXA 3VLWA 3TCGA 1D9VA 4H5FA 2DWIA 1USYH 3QXMA 3LC8A 2QS3A 5DVFA 3LBSA 3MP6A 2ALUA 4XIGQ 4F29A 2GH9A 3SEWA 1A99A 4KFQA 1OMPA 3PUZE 4DZ1A 4QFLA 4X1DA 4BDQA 4OVJA 3CI8A 4PFUA 3IR1A 1LGBC 1RYXA 4QF9A 3O28A 3F11A 1IZ1A 4OZ9A 5JTYB 3RUMA 1Y1ZA 5I84A 1AH5A 5A5XA 3B6QA 4RA1A 1MQJA 5HPQA 1PB8A 3D4GA 1MG1A 1MPDA 2F7AA 3ZKKA 2WKYA 3IO4A 4G68A 4RXLA 3FIRA 5ICQA 1IUDA 2R9JA 1SW2A 2ABHA 3RLFE 1Y4CA 4E0WA 3Q25A 2PVUA 3H6TA 1Y3PA 4NF8B 3TDJA 4OMBA 1N76A 3MWBA 4LATA 1B9JA 2ONSA 2RC9A 2REGA 1N7WA 4TLLB 3DELB 1AMFA 1H45A 2D21A 1TFDA 4XKQA 1RKMA 1B32A 2FYIA 4BDNA 1MDQA 3K02A 1B5IA 5DVIA 5F7VA 4OEVA 2PT1A 4TLMB 2O1LA 1LBCA 1FCKA 4BDMA 4FAJA 2XXWA 1QUKA 2XD3A 1M5BA 1FTLA 2XXHA 5I59A 3C34A 5J1DA 3FVNA 1FQBA 3HSTA 4R2FA 3VVEA 3LSLA 1WDNA 3WAEA 2GRVA 3FV1A 3OEMA 3JV9A 4ZEDA 2XXTA 3KEIA 4QSCA 3HN0A 1H76A 3HV1A 1N0TA 3K1PA 1IQ7A 3I6VA 1B1XA 3V83A 2HFBA 3TTMA 1OQHA 4N6PA 1MY1A 3BKIB 2ANJA 3P7IA 4OETA 2H25A 3RN8A 3MVZA 2O51A 5JTYA 4H65A 1B40A 3GBBA 3K01A 2AYSA 2DYXA 4F1YA 1LCFA 1MY4A 3L6HA 3VV5A 4U4XA 2UVIA 4NE4A 4GF8A 1B3LA 4JDFA 1LFIA 3FXRA 4R6KA 1O63A 3KOSA 5TPAB 5AE4A 3K00A 3FJ7A 1R9LA 4Z7EA 4XKRA 3K6WA 1XVYA 4NF8A 3RTWB 1ELJA 5KCJB 1GTKA 3N6UA 5K2XA 2DSFA 3IB1A 3MW0A 3TTLA 2RCBA 2XX8A 1AL3A 3QIMA 1BIYA 3B7DA 5DT6A 2R6GE 3G3HA 1JQFA 2RKMA 2X26A 2QL3A 2UXAA 5CMBA 4IB2A 2UYFA 5AA2B 3G3KA 1WVJA 4DDDA 3ECRA 3MZBA 2HCAA 3UN6A 1R6ZA 3CRBA 2I3WA 2RF1A 1I6BA 1ZU0A 1B05A 2Z8DA 4I1DA 3VVDA 1B7UA 4LA9A 3D4CA 4NEDA 1Y9UA 1YPNA 4P0IA 3N6TA 5TP9B 2UYEA 1PBQA 5M2VA 1PEBA 1JW4A 1JVXA 4H6DA 3S9NC 2G29A 4ZEKA 1DPEA 3CSGA 1YTVA 2XXQA 3EPEA 4H8JA 3H03A 5JEIA 3E3KA 1D9YA 3H7MA 2PMSA 3KFMA 1SDXA 2A5SA 3TEPA 3PMVA 3QAXA 4JXIA 3KSXA 1FQCA 1NNKA 3PMWA 3SEYA 1B3GA 2VHAA 4MBPA 3FV2A 1CB6A 5AA1A 5CBSA 1DSNA 3O6GA 4NF4B 3K6VA 1HSEA 2RCAA 1B0HA 1USYE 4DXBA 4EXKA 2I48A 2QPQA 1B3EA 2VD2A 2F35A 2OWSA 4JSDA 5H8FB 1IEJA 2F6PA 2F34A 4NWDA 1JEVA 1TT1A 3PPRA 1I6QA 4DLDA 1EZPA 3RTFB 1MQHA 1NMUA 5KCJA 3VVFA 2ZNUA 3PUXE 3EN3A 1FQAA 2AL5A 3R26A 2PYYA 4ZEBA 5AA4A 4GOTA 4KPTA 4G8HA 3OEKA 5AA2A 4FECA 5CMKA 2A5TB 5CMMA 4GXAA 4MFIA 2Y7PA 1EZOA 2LAOA 4XKPA 1VSOA 4DE8A 1LFGA 3SEXA 3TAJA 3TODA 4BDLA 2V93A 4Q0CA 3KJ7A 4G2ZA 1PB9A 4U22A 5TP9A 1OVTA 1XT8A 3T9VA 4U4SA 2P0SA 1JW5A 3FVOA 1ANFA 4QSDA 3VLUA 4GQOA 3TMGA 4EQ9A 3M3KA 1A8FA 3PV0E 5FHNA 2OWTA 3K4UA 4YB7A 2V3TA 3MZ9A 4ESXA 5CMCA 3BFTA 2AL4A 4R9GA 4IO4A 1T0KA 3I3VA 5L8DA 4R73A 4YKJA 2Z23A 2Q88A 3K0VA 4QFPA 3T96B 1FW0A 3MJNA 3IOWA 3UIFA 3QSLA 3H4ZA 3MZ1A 3O66A 4JWXA 4QFKA 4NF4A 4PFYA 3SEVA 3H6WA 2F5XA 3KN8A 1SQYA 3PD9A 1B3FA 1MH3A 3T93B 4IY5A 3OXNA 4R9FA 2HQ0A 2P2AA 4MF3A 1MPCA 1Q35A 3MVYA 4O3AA 1SBPA 3OO7A 3ILTB 1B7ZA 5JK4A 4EF1A 3HCQA 3LUYA 3USDA 5H8FA 2ESNA 4NTLA 2X7PA 2THIA 4NF5B 4G68C 2B3FA 1A8EA 1I6AA 3KN7A 1Y20A 2G93A 4F3SA 2ZYOA 4ELPA 1P1WA 3T9HB 4LQ5A 3CSBA 2CMOA 2NWJA 4GWOA 2B3BA 5CC2A 3ONMA 1XC1A 1QJMA 4U21A 3G7WA 3IJOB 5HM4B 4F2QA 4RY1A 1NNFA 2IEEA 2A5TA 1LAFE 2GHAA 3VLVA 2XXRA 1II5A 1MDP1 3PPOA 4KCDA 3KG2A 2QSXA 5ISUA 1QULA 4QHQA 3OENA 1FTMA 2OBGA 3THIA 4OFLA 3IB2A 4LP2B 4GVOA 2QMXA 1B0LA 1N3XA 1MPBA 1EU8A 4YAHX 1QW0A 3K1NA 3C33A 1VR5A 3K6UA 4IGTA 2NXOA 1MXUA 4NF6B 3CG3A 1OQGA 3EHSA 3O6HA 2GFEA 4F3BA 1LCTA 1UTHA 2DE4A 1US5A 2HZLA 4E0XA 3ODBA 4PQJA 4Q5TA 4PP0A 3G3IA 1SI0A 3JYRA 4YICA 1N84A 1A7LA 3FJMA 5CBRA 3KGCA 3FD3A 1A54A 4EQ7A 5HBCA 3MP8A 3N94A 4F1VA 2O7IA 2I58A 2F8DA 4F3PA 3RGYA 4IO3A 3EQ1A 3RT6B 3U93A 2I4BA 1NNTA 3IOTA 4NF5A 2O6AA 1PB7A 4ZE8A 1QKAA 1MY2A 2QRYA 3BFUA 2M8CA 1TXFA 2QS2A 3SESA 4XXUA 1LAXA 2X7QA 4TQUQ 2RC7A 1IXHA 1MQGA 2ZYNA 3PUWE 4H67A 3DP4A 1US4A 3TKDA 2H9BA 3KJTA 1ZIUA 3SKPA 4K3FA 5I57B 1B4HA 2OLBA 3U72A 2RC8A 3IK6B 3W15C 2I6EA 1GV8A 1OVBA 3CIJA 3CR9A 4LZ5A 4RK9A 1J1NA 4LZ8A 5CI5A 3TQWA 4KCCA 2XHDA 3LSWA 5EHSA 4TOZA 5TU0A 4KD5A 3S4UA 1SW1A 3FASA 3JZJA 2XXPA 2XD2A 1LAGE 3OD7A 4PETA 2GHBA 3PGFA 3QUFA 2PT2A 3B6WA 3VDFA 4NF6A 1CE2A 4PE5B 4FEDA 4UA8A 3TELA 1M5CA 3OMBA 1XHYA 3MC2A 1ZLQA 1SW4A 3FXUA 2Q8JA 5AA4B 3KZGA 4OESA 4YB6A 4GFRA 4O3BA 2ONKE 4RNSA 2Q9TA 3KSJA 4HW8A 4GRKA 5FHMA 3MAMA 3RQTA 2Q2AA 2PX1A 2O84X 1P1QA 2Q89A 2YLNA 4FE8A 4EDPA 1P1UA 3LSFB 2QS1A 4MLQA 5KZTA 3RNNA 1Y3NA 1UIUA 1LB8A 4RYAA 1YAEA 3KOTA 1JVYA 4PFWA 5ELVA 4DCXA 1B46A 3TUSA 4X48A 4EXLA 1O64A 1S9TA 1B6HA 4G8MA 5K2YA 4GD5A 2R71A 4BDOA 3OO8A 3TFLA 1TFAA 4G77A 3PD8A 5I57A 1NFTA 2F78A 1Q1KA 1NL5A 1ZTYA 2ZNSA 3HO7A 3O29A 1DPPA 4P0GA 5H8HB 3OOAA 1OLAA 1NKXA 4YMBA 1UTBB 5DYHA 1N04A 4IO5A 4JB7A 2HEUA 5ICTA 1JEUA 3EHUA 3U92A 1FTJA 3OSQA 3UORA 1FQFA 3AXFA 4F39A 3QUJA 4Q30B 1MY0A 3IAZA 2Y7RA 3M3FA 4R2BA 3C4MA 4POWA 1S50A 1AIVA 1BKAA 5IKBA 4ZDMA 3B6TA 5FTHA 4XKNA 3TTNA 5AA2D 4HCYA 1ZJLA 4F3GA 5L9MA 1B7HA 5ITOA 1NNPA 1VE4A 2UVGA 1A40A 1Y3QA 3RT8A 3IX1A 4WKMA 4IO6A 4WEPA 4LZ7A 3FVGA 3GXAA 3H6UA 4OERA 1DMBA 4ZEIA 1RYOA 4WEDA 3FUZA 3MPLA 3DP8A 4LQ2A 4ESWA 4F2OA 2ZMBA 5I56B 4IGRA 3TCFA 5KDTB 4L17A 1P1NA 4Z0IA 3TTRA 1POY1 3H3GA 1IITA 5L9SA 3WAFA 3R6UA 1UTHB 1M5EA 2FNCA 2FA7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WXJA 3UP9A 3PMXA 1H44A 3W9WA 3O9PA 3C35A 1MY3A 2Z8EA 3O6IA 5FHOA 4X1BA 4ZEFA 1GR2A 3S9EA 5H8HA 2DWAA 5I2KB 1AOVA 3VFJA 2H98A 3MYUA 3S2VA 2E1SA 3C32A 1FPGA 1UTBA 4H0WA 3LV0A 4RK2A 2NVUB 5B70A 4N8GA 3S9MC 2DXRA 4RJZA 5BUUA 3OSRA 2HXRA 3M8UA 3ZSFA 2R8TA 3OO6A 5EYFA 1A55A 4AQ4A 4ND9A 3R7XA 3LR1A 3HHFA 1HSLA 3PUYE 3U1OA 1LBBA 5LOMA 1YCJA 4F22A 4OHNA 4C1TA 1NI9A 1Z7NE 4ZZAA 2H4IA 1INPA 2DWHA 4KYSA 4JBZA 1H43A 2Y7KA 1EYIA 1ZKBA 4H5GA 4PF6A 4OVRA 3C36A 1PBPA 2XXIA 2Z22A 2V25A 5AA3A 4IO2A 2HZKA 2VD3A 1B52A 3GBAA 3W9VA 1QUJA 1FPDA 2I4CA 4OFJA 3S9LC 3TYHA 1K9YA 4HXVA 3IL1B 2VT5A 4YKPA 4GLIA 4F18A 2ONRA 3IOUA 4I62A 1SVXB 4IO7A 2KLFA 4C0RA 4YKIA 1VFEA 3PPQA 4QBAA 2ZNTA 4KI0E 4NWCA 1UQWA 3G3GA 5H8SA 3SDFA 1MQDA 4AS4A 1F9BA 3Q26A 1NH7A 2XX7A 4RPOA 3L6GA 4EF2A 5I56A 3G3FA 1PC3A 4R6YA 5KDTA 1QUIA 4KYDA 5F1QA 4O3CA 2UVJA 3OELA 3UGWA 3Q29A 4R75A 4ZS9A 1MH4A 2FBPA 2DQVA 4P1LA 4ZE9A 1KWHA 3K1MA 1QVSA 1GVCA 3SETA 3U94A 3A3UA 5EHMA 1POTA 2F97A 5T3JA 5H8NB 1KZ8A 2DE3A 4POXA 4N15A 4PBQA 5I2KA 1JNFA 3CG1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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