2RF1A

Crystal structure of chox in an unliganded closed conformation
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Rhizobium meliloti
publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
total genus 86
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rf1A01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2rf1A02
4QRZA 4XTCQ 2ONSA 1J1NA 1LBCA 4R2BA 4O3AA 1PBPA 4LP2B 4EQ9A 3KFMA 1IZ1A 1D9VA 1JVXA 3E4RA 1Y1MA 2E0SA 1ZTYA 3C33A 1USYE 1R6ZA 3CFLA 3H6TA 2R6GE 4ESWA 4OFJA 5AA2A 3TTMA 4OMBA 2H25A 3C4MA 3TQLA 1JVYA 1FQEA 4QF9A 5DVIA 3OD7A 3O97A 3CR9A 1UIUA 1RKMA 3OENA 3MJNA 3TUSA 2RC8A 2F6GA 2O1LA 3PUWE 1IXHA 4M4GA 1GV8A 2Q2AA 1Z7NE 2RCAA 3IJXB 1PDAA 2PMSA 3LSXA 5M2VA 4HW8A 4O3BA 5KCJB 5CRYA 4F29A 3E9XA 3U94A 5B70A 2H9BA 1LLSA 4OTEA 3PMVA 3ILUB 3N6TA 1TFAA 4FECA 1B4ZA 2FYIA 5F7VA 1P1WA 3MWBA 2UVIA 2F36A 1H43A 3MUQA 2RCBA 4GL0A 1LBBA 4NF5A 1QKAA 2LAOA 1B3HA 1BIYA 4BDMA 3GZGA 1OMPA 1B3EA 3MBPA 2ZNTA 5CMBA 3T9VA 3CIJA 1SDXA 4ZEFA 5K2YA 4OENA 3M8UA 4Q30B 2PT2A 2O1MA 3L6GA 4FE8A 1MY2A 4JWYA 5JTYA 2UVHA 1TFDA 3H6VA 3LR1A 4F22A 3K4UA 1DTGA 5CMCA 1N3XA 1ELJA 4GQOA 3TEPA 1CB6A 3JZJA 1QKBA 1POTA 3H4ZA 3F11A 4YKPA 3EN3A 4QHQA 4U4SA 4F31B 1B52A 4KI0E 4RK9A 4OZ9A 4Q0CA 4F39A 1S50A 4H5GA 2ONRA 4PP0A 3N26A 2UYEA 3FJGA 2RINA 4NMYA 2YPNA 1LGBC 2V25A 5F1QA 2QS2A 3UN6A 1MPDA 1SI0A 3N5LA 1RYOA 2QL3A 3CVGA 1GTKA 1M5BA 5IKBA 3FZVA 3USDA 1NNKA 1JETA 3O6GA 4F3PA 4OXVA 5I59B 5H8FB 4YKIA 3VVFA 1R1NA 1MQIA 4DZ1A 5DEXB 4DCYA 4I1DA 5CBRA 3ZKLA 2CMOA 3R6UA 3V89B 3DP6A 3FD3A 4KPTA 2YJPA 3OELA 2O69A 2WKYA 4H65A 4RJZA 4EF1A 3SEYA 4IB2A 5I58B 5I56A 2O7IA 3IAZA 4BDLA 5AA4A 4XKNA 4THIA 4F3SA 3RLFE 3Q26A 5BWJA 1MQJA 4YAHX 5LOMA 3MZ9A 3PUVE 2Q89A 3CG1A 1BKAA 2G93A 2DSFA 3B6WA 5FHOA 3DP8A 3HPIA 4LATA 1VSOA 4LZ8A 1LAGE 4RA1A 1MS7A 2Y7RA 3QSLA 2I4BA 1P99A 2P0SA 4F3BA 1M5EA 4KYSA 2DOJA 4F19A 1YPNA 4POXA 1OVTA 1H3DA 1JQFA 3B7DA 4PETA 1MQHA 3T96B 1QVSA 4BDNA 2Q2CA 3QIMA 2XXPA 1N7XA 3T66A 1B2HA 3PPRA 1WODA 3T9UA 5AA2B 1UTBB 3FJMA 1XHYA 3PPNA 4R6YA 2PBWA 1MXUA 1MPCA 2UVJA 1Z7ME 4IGTA 1A8EA 4R6HA 1EZPA 5HPQA 2I6EA 4GXAA 1XOCA 1JW4A 3FV1A 3JV9A 1P1UA 3BFTA 4GXSB 5TPAB 1A99A 2Y84A 1Y20A 3TCHA 3IORA 2P2AA 3ONMA 5TP9A 3KN3A 1US5A 2D3IA 1H44A 1Q1KA 2DVCA 3SEXA 4OYVA 3K1NA 4C1UA 1ATGA 3FUZA 4YICA 4FEDA 2XXHA 3RQTA 2O51A 1MXZA 1B7HA 2X26A 3RTFB 4R75A 1LSTA 1URDA 1MY1A 3FXRA 4RNSA 3CI8A 3G3FA 3JYRA 2OWTA 1SBPA 3RN8A 4NWDA 4GL8A 3TKDA 1N76A 3S9EA 1MH3A 4PFWA 1PC3A 4NF4A 5FHMA 3GBBA 4F1UA 1US4A 5L9SA 1B5JA 3KN8A 5JK4A 1B1HA 1OVBA 2HFBA 2IA4A 4XIGQ 2XD3A 3TTLA 1S9TA 3O66A 4FIMA 3DELB 5CM6A 1B51A 3P7IA 3GLBA 4U22A 1LFGA 3M3FA 3S4UA 1IXIA 3OEMA 3TFLA 2O84X 4MBPA 3VLUA 4P0GA 3IB1A 5ITOA 1B6HA 3K2DA 4OWDA 4IO4A 2ZXTA 3PPQA 1LCTA 4EUOA 3KN7A 4QSCA 5AA3A 1FQCA 3H06B 3OSQA 3EF7A 3SESA 2A5TA 2XX9A 1XVYA 4UACA 4N6PA 2Z22A 1B7ZA 3EQ1A 4GD5A 2D21A 2B65A 2ZYKA 3KOSA 2GHBA 2V3QA 1B5IA 2BJJX 2PX1A 3MP8A 3H6UA 1PB7A 1MRPA 4F3GA 4TLMB 1N0TA 1Y4TA 4PE5B 3KGCA 1D3KA 4PQJA 2XHDA 1DTZA 4DXBA 3G3HA 1OIBA 5H8NA 5I2NA 1MG1A 2O6AA 4K3FA 1FTOA 1DMBA 3W9VA 2VOZA 3N6UA 4NF6A 3T22A 2UVGA 1B05A 4ND9A 1YCJA 4ESXA 1B9JA 3ILTB 2HZKA 1AIVA 1LB9A 4P0IA 4JXIA 5CC2A 4MLVA 3PPPA 5AE4A 4LQ2A 4F18A 4MFIA 1PB8A 3RTWB 2I58A 3RUMA 3VE1B 2I4CA 3G7WA 2HEUA 5K2XA 3K00A 4DXUA 3EHTA 1A55A 3MVZA 2OWSA 4RPNA 4LQ5A 4DDDA 3LSLA 3U72A 1MDQA 4WEDA 3TZAA 3M3LA 1MPBA 4XXUA 3PD9A 4DCXA 3VXBA 3WAFA 2NXOA 3A3UA 4FAJA 3TPAA 1A7LA 2F97A 2PT1A 3AXFA 2ZYNA 4OFLA 3PUZE 5KDTA 3THIA 1ZKBA 3FVNA 1LAHE 5DTBA 4C1TA 5BUUA 1SYHA 3PGFA 4NE4A 1H45A 4YB5A 3L6HA 3TYHA 1P1OA 1SVXB 3OOAA 4NEDA 3S9NC 1R9LA 2DWAA 4G8HA 4OEUA 3A09A 1VE4A 3VVDA 4HCWA 3KEIA 1JW5A 3OEKA 4X9TA 3KZGA 1H76A 4MH5A 1SI1A 4QFKA 4GOTA 5AA2D 2YLNA 1A54A 3PD8A 1Y3PA 4IO7A 2O7UA 2XXWA 3O6IA 4OHNA 4EXLA 4OQOA 3BBRA 1I6AA 2VD2A 4Z0IA 1PB9A 3V8XB 4H1XA 4E0XA 3MAMA 3FV2A 3QAXA 1TWYA 1MXVA 4X1DA 1D4NA 4EXKA 4G77A 3TELA 2XXIA 3R7XA 1JEVA 1LFHA 2I0BA 1OQHA 5I84A 5I57A 3D4CA 2XD2A 1IQ7A 2DVZA 4OFOA 4R2FA 1XS5A 3U93A 4F2QA 3PU5A 5CMKA 4JSOA 2ZMBA 2HQ0A 5CMMA 1FQAA 4WXJA 2QS3A 4I62A 3IOWA 5H8HB 3QUJA 4JBZA 3Q28A 5I2KA 4R6KA 1FQBA 4AB5A 1JEUA 3DLNA 1AL3A 4G8NA 4X48A 1DPPA 3U1OA 1RYXA 4ZEIA 1NH8A 5CBSA 1B0HA 3SETA 4YKKA 3N94A 3EPEA 3G3KA 2OLBA 3C34A 1FW0A 3Q29A 4G2ZA 5EHSA 3HN0A 5J1DA 3IB2A 4U23A 4KHZE 4ELRA 3KOTA 1EZOA 1ZLQA 3PV0E 3KSJA 3MVXA 4I8CA 3QYTA 3BFUA 3MZ1A 3T9HB 1IIWA 3Q27A 4NF8B 3CFXA 3FXQA 4H0WA 4P11A 2NVUB 1CE2A 1O63A 4I9DA 4EQ7A 4BDQA 4IO2A 5ITPA 2Y7PA 3SEWA 2A5TB 3HHGA 2Z23A 4IY5A 4PFYA 4IGRA 1A40A 3VVEA 1B3GA 1SW1A 2NOOA 3ZSFA 4KQPA 1MH4A 2DE2A 3UK4A 4GLIA 1B3FA 4KCCA 3LUYA 3OSRA 1B5HA 1SW4A 2HXWA 1QULA 1NFTA 5H8NB 5KCJA 3UP9A 2XXTA 4QFNA 4F1VA 2OK2A 4LONB 3UIFA 4KD5A 3K6WA 4XKQA 4OVJA 3OO9A 5ELVA 1OLAA 1I6BA 2X7QA 2P1SA 2F8DA 4NF6B 1B40A 2V3UA 4RY1A 1D9YA 1Y3NA 4ZS9A 3RGYA 3SEUA 1ZU0A 3SERA 2DWJA 5EHMA 2NWJA 1OQGA 4Z7EA 4LUBA 3G3IA 1Y1ZA 4GF8A 2QMWA 3E13X 1WVJA 3I6VA 3B6QA 3VFJA 3K01A 1PEBA 3MPLA 4F1YA 4ZE9A 4OESA 2Y7IA 3CSGA 2D5WA 1FCKA 1MDP1 3S2VA 4G4PA 3D4GA 1VFEA 2VP1A 2ALUA 2GHAA 3KBRA 1S7YA 4HTGA 4QFLA 5HM4B 5KDTB 4JSDA 1NH7A 3MVYA 2THIA 3TODA 4YU0A 4NF5B 2Z8FA 4WEPA 2ZNUA 4R9FA 4YMBA 3KJTA 4JB7A 4TOZA 3EHUA 1NNFA 3GBAA 1B1XA 4Q5TA 2DS9A 1XT8A 4Q8RA 1VR5A 3WAEA 3CRBA 4H8IA 1B4HA 3I3VA 4YMAA 3MPKA 3KSXA 5JTYB 4ZEDA 1ZBMA 4R73A 1ZMGA 5I59A 3T9XB 4LVQA 1POY1 2AYSA 1DPEA 3OO8A 1MM7A 1IEJA 3MVWA 2Q8JA 4GFRA 4OERA 4GRKA 2DXYA 3K1MA 2CZLA 2F5XA 1LFIA 5I58A 4H6DA 1Y9UA 1A8FA 3C36A 5I57B 3IO4A 4ZZEA 2DE3A 1N3WA 2GFEA 1IUDA 2QPQA 2Z8EA 3M3KA 3C32A 4QSDA 4GVOA 3MP6A 1EU8A 4O3CA 4HCYA 3A3CA 1O7TA 4R9GA 2QRYA 2ABHA 3SKPA 1M5DA 1AMFA 4G68A 2DP8A 2ONKE 5ICQA 5DVFA 1TT1A 1VFDA 2F34A 5DVJA 1HSJA 1ZIUA 1MXYA 3LSWA 3IJOB 4L17A 3K6XA 2G29A 4DE8A 3IOUA 1SYIA 3OO7A 2Y7WA 3LSFB 1DSNA 3TTNA 4QFPA 5ISUA 5DYHA 2XX7A 3H6WA 4GWOA 4PFTA 3RT6B 2FA7A 1MM6A 1SW2A 2NUVA 2H99A 3BKIB 2RF1A 3SDFA 4QFOA 1UTHA 3SEVA 3TCGA 4PFUA 1LAFE 2Z8DA 1DOTA 2ANJA 5A5XA 1JW1A 4ZECA 2PVUA 5I56B 4H8JA 2F7AA 4XKPA 3IB0A 4POWA 1UTBA 5AA4B 4AB6A 2B3BA 2M8CA 3CFZA 2F35A 5AA1A 1IXGA 1O64A 2DXRA 2V84A 4X1BA 2XXRA 2F7BA 4TLLB 2Q9TA 5TU0A 1GR2A 2QS4A 4KCDA 5H8SA 3ZS6A 2VHAA 4R74A 3K1PA 3FATA 5FHNA 1MY0A 3HV1A 2QS1A 5TPAA 2XXQA 1GVCA 5B7DA 4HS7A 4MLQA 3O29A 4G68C 4EF2A 2RKMA 2VD3A 1IITA 5EYFA 2I3VA 4YKJA 2GRVA 1USYH 3CG3A 1UQWA 3OO6A 4F2OA 4BLAA 5HBCA 1F9BA 2XXYA 2XX8A 1NMUA 3IL1B 2QSXA 3R26A 3FIRA 3PUYE 2REGA 3PPOA 4RYAA 3VDFA 3O2AA 3MP1A 3V5AA 4H5FA 1Y3QA 4LA9A 1MY4A 3VLWA 4TQUQ 5KZTA 4ZEKA 1B58A 3OXNA 4DIGA 1SQYA 4EDPA 1LAXA 2OBGA 1FTLA 3G3JA 4FJPA 1BP5A 3IOTA 3U8QA 4LZ5A 5TP9B 2I48A 3ODBA 5H8QA 1BLFA 2DQVA 4U1OA 4OETA 3RT8A 2VGQA 3VXCA 4IO3A 1AOVA 3FVOA 2HZLA 3S9MC 4RXLA 3K02A 2I3WA 2H98A 1Y4CA 3C31A 5L9OA 1IXCA 1P1NA 4ELPA 3S9LC 4RK2A 3QK6A 1GGGA 1R9QA 2H5YA 3TCFA 4IO5A 4QSEA 1MXWA 3DM0A 3HHFA 4IO6A 1QUIA 4OEVA 4FATA 3MZBA 2Q88A 4NF4B 3W9WA 2X7PA 3MC2A 3K6VA 2QMXA 3PMXA 3LC8A 2REJA 3FJ7A 5ICTA 4R72A 4MF3A 1BTJA 3HSTA 1LCFA 4YB7A 1PBQA 3IK6B 4ZZAA 1NNTA 1N7WA 1EH3A 1FTMA 4ZE8A 2UYFA 3KJ7A 3ZKKA 4N13A 4JDFA 2E1SA 1TXFA 3UORA 2ZYOA 2ESNA 4DLDA 2AIXA 3FVGA 1YTVA 2R9JA 2OZZA 4U4XA 4ZEBA 1Q35A 2I49A 3UGWA 2F6PA 3RNNA 4NTLA 3K0VA 3EHSA 3C35A 2W7YA 4ZDMA 3U92A 4FORA 1QUJA 2B3FA 1UIVA 4E0WA 5DT6A 4ELOA 2HAUA 1II5A 2AL5A 1XVXA 3B6TA 1FTKA 3IOVA 3TDJA 3LBSA 1B7UA 1FTJA 2GH9A 4G68B 1XC1A 1MQDA 3TMGA 3ECRA 3FVKA 3RY3A 4LZ7A 1HSEA 3TTRA 3T93B 3VV5A 4FEBA 4DXCA 4JWXA 4BDOA 4UA8A 2DWIA 4RPOA 3GXAA 5I2NB 2ZYMA 4GIZA 5L9MA 1B3LA 1YAEA 3I5OA 2XXVA 1UTHB 1QJMA 1NKXA 4KFQA 2Y7KA 1B0LA 3H7MA 5A5XB 1OLCA 4NWCA 3FGSA 3QXMA 1SD3A 1SW5A 2RC7A 2PYYA 2O68A 1NNPA 2AL4A 1M5CA 4U2RA 3VLVA 1ANFA 1KWHA 4WKMA 3QUFA 1T0KA 2IEEA 1B46A 1LB8A 1M5FA 1MQGA 3FASA 1N84A 3RPWA 1WDNA 2DE4A 1N04A 1I69A 1AH5A 3MQ9A 3OMBA 4YZZA 4ONYA 4AQ4A 3V83A 3IX1A 2OCUA 1FQDA 4YB6A 4G8MA 4ISUA 3O28A 1MXXA 1JNFA 5CI5A 5FTHA 2HAVA 2DYXA 3H03A 1I6QA 3PMWA 2H4IA 4M1VA 2R71A 4ELQA 5IAIA 1EZ9A 2UXAA 3O6HA 4BDRA 3FXUA 2XXUA 5L8DA 5JEIA 4ECFA 1FQFA 5H8HA 2A5SA 3DP4A 3TAJA 5H8FA 4U21A 1P1QA 3KG2A 1QUKA 2F78A 1MY3A 1URGA 4KYDA 5H8QB 1URSA 5DEXA 3HCQA 2I0CA 1NL5A 3PUXE 2OJTA 4IY6A 2DWHA 3UA8A 1HSLA 4KYEA 4KR5A 2F7CA 4U1ZA 3TTKA 1ZJLA 3E3KA 1L5TA 3H3GA 2ZNSA 3IO6A 2QJEA 3O9PA 4N07A 4EQBA 2KLFA 3TQWA 4NF8A 3G3GA 3HO7A 2V3TA 3W15C 4JWOA 4XKRA 5FTIA 2RC9A 2XXXA 2HCAA 3IR1A 3CSBA 4C0RA 3C9HA 2V93A 1QW0A 5I2KB 1B32A 2FNCA 3K6UA 3Q25A 4H67A 3MW0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L5VA 4QRZA 4XTCQ 2ONSA 1J1NA 1LBCA 4GBVA 4R2BA 4NX1A 4O3AA 1EYJA 4NGUA 5ESYA 1PBPA 4LP2B 4EQ9A 3MYUA 3KFMA 1IZ1A 1D9VA 1JVXA 3E4RA 1DK4A 1Y1MA 2E0SA 1ZTYA 3C33A 1USYE 1R6ZA 3CFLA 3H6TA 4NAPA 1FBGA 2R6GE 3NOHA 4ESWA 3ISPA 4OFJA 4OVQA 3TTMA 5AA2A 4OMBA 2H25A 3C4MA 3BIGA 3TQLA 1JVYA 4JVIA 5EQ7A 1FQEA 4QF9A 5DVIA 4MMPA 3OD7A 3O97A 3CR9A 1K9YA 1UIUA 2XA5A 1RKMA 3OENA 3MJNA 3TUSA 2RC8A 2F6GA 2OX3A 4MNCA 2O1LA 3PUWE 1KA0A 1IXHA 4M4GA 1GV8A 2Q2AA 1Z7NE 2RCAA 1FPIA 3IJXB 1PDAA 2PMSA 3LSXA 5M2VA 4HW8A 4O3BA 5KCJB 5CRYA 4F29A 3E9XA 3U94A 5B70A 2H9BA 1LLSA 4OTEA 3HFUA 3PMVA 3ILUB 3N6TA 1TFAA 4FECA 1B4ZA 2FYIA 5F7VA 1P1WA 3MWBA 2UVIA 1FPJA 2KR0A 2F36A 1H43A 4NQ8A 3MUQA 2RCBA 4GL0A 1LBBA 4NF5A 1QKAA 2LAOA 1B3HA 1BIYA 3LV0A 4BDMA 3GZGA 1OMPA 1B3EA 3MBPA 2ZNTA 5CMBA 3T9VA 3CIJA 1SDXA 4ZEFA 5ET8A 5K2YA 4OENA 1FPEA 3M8UA 4Q30B 2PT2A 2Q8MA 2O1MA 3L6GA 4FE8A 1MY2A 4JWYA 5JTYA 2UVHA 1TFDA 3H6VA 3LR1A 4F22A 3K4UA 1DTGA 5CMCA 1LBVA 1N3XA 1ELJA 4GQOA 3TEPA 1CB6A 3JZJA 1QKBA 4MAGA 1POTA 3H4ZA 3F11A 4YKPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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