4KCCA

Crystal structure of the nmda receptor glun1 ligand binding domain apo state
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
288
structure length
275
Chain Sequence
STRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 75
structure length 275
sequence length 288
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA02
1II5A 3MVYA 4EQ9A 4YZZA 4FATA 1QW0A 5BUUA 4NF5A 2DWHA 1Y3PA 3SERA 5H8NA 1AL3A 4MF3A 3TTMA 4R2BA 1B51A 4I8CA 1B7HA 2YJPA 2Y84A 4QSEA 3LSLA 1YTVA 1N76A 5JK4A 3MZBA 3VFJA 3OENA 4NWCA 2QS4A 1LBBA 4JSOA 4IO4A 1I6QA 5HM4B 5F7VA 3CR9A 4U23A 1BLFA 1FQDA 3FD3A 5EHSA 3LSWA 3ZSFA 1Y20A 2QRYA 1ZLQA 4IO5A 1DOTA 3RGYA 3T9XB 2AL4A 3KN8A 1A8EA 4FIMA 4ZEKA 1Y3NA 5I59A 1DPEA 5B7DA 3IOWA 1QJMA 2H98A 1O64A 3O9PA 5AA2A 4MH5A 4I62A 3OO7A 3I6VA 1A54A 1MDP1 4GLIA 3PPQA 4LONB 4OFJA 4XKQA 1IXHA 3OEMA 1GGGA 4FORA 4U21A 1NFTA 4F3GA 1LBCA 3D4GA 1JEUA 2HEUA 3N6UA 1B9JA 1PB7A 3KOSA 4GVOA 1T0KA 3IB2A 1JVYA 4KD5A 3CG1A 2QJEA 3FV2A 4H5FA 5FHMA 4ZE9A 4IGRA 4OWDA 1SYHA 1DPPA 2THIA 3IO6A 5CBRA 5DYHA 1MDQA 3G7WA 1BP5A 2IA4A 4N13A 4OERA 2A5TB 1I6BA 3UP9A 1Y1ZA 1VR5A 2RINA 1PBPA 2ZNUA 1Q35A 4N07A 3K1PA 2F7AA 4ZEDA 2DXRA 3JZJA 3RNNA 2O69A 1YPNA 1B5JA 1PBQA 1MG1A 2UYEA 4X48A 2I3WA 5DEXB 2Z8EA 3T93B 1VFDA 2Q2AA 1SBPA 4YAHX 1VSOA 3O66A 2F36A 3Q26A 4YB5A 3T9VA 1B3FA 1TT1A 1S9TA 1Z7ME 4QRZA 3TYHA 1JETA 3IORA 4O3BA 2VP1A 1B7UA 2XXYA 4EF2A 2GHAA 2O1LA 4HCYA 4QFKA 4GXSB 3I5OA 3F11A 3PUYE 4H67A 1QULA 2DQVA 5DVFA 1XHYA 3IAZA 1WDNA 2ALUA 3OSRA 4DZ1A 2F34A 3VLUA 2UYFA 4PFUA 4THIA 3SETA 1NH7A 2REGA 3CVGA 4E0WA 3Q29A 3G3JA 5H8HB 1H3DA 5H8QB 2Y7PA 4G77A 1P1UA 3GBBA 3KEIA 3MP8A 1MH4A 1JEVA 1B0LA 3SEVA 4QFOA 4F1YA 3ZKKA 1FQAA 2DWJA 5AE4A 4RY1A 2DWIA 2A5TA 5CMBA 2O84X 1LAXA 3IX1A 5L9OA 1WVJA 2V25A 4TLMB 5FTHA 2X7PA 3E4RA 2QL3A 3BFTA 2ANJA 5EHMA 4NF6B 4U4SA 2F35A 3SDFA 1M5CA 2OK2A 2PX1A 3LUYA 2OCUA 2R6GE 3H6UA 1MQHA 4AB5A 2HAUA 5DEXA 1N3WA 4RK2A 4BDLA 4IGTA 5CMCA 3DELB 1FQCA 2AL5A 3K02A 4EXLA 4LATA 3Q28A 4RPNA 2OWTA 2PYYA 3S2VA 2DOJA 5CMKA 1IQ7A 5I57B 1LFIA 1LAHE 1US4A 1H76A 1VFEA 3TZAA 3DP6A 1R6ZA 4YU0A 1MY2A 2UVIA 1OVTA 4MBPA 4C0RA 4NE4A 3PUXE 1B2HA 3SEYA 4E0XA 1RKMA 3E3KA 3RTFB 3MP6A 3ZS6A 2VGQA 2I4CA 1FW0A 4I9DA 2P2AA 4HW8A 1OLCA 3H4ZA 5TPAB 3H6VA 4GFRA 4IO3A 1AOVA 4OQOA 3G3FA 4ESXA 3A09A 3TQWA 2Y7KA 4EF1A 4U4XA 5DT6A 3U1OA 2DVZA 4RJZA 4Z0IA 2UXAA 3TODA 3M8UA 2KLFA 4H65A 5H8HA 4I1DA 5H8QA 2QPQA 3VXCA 4XTCQ 1BIYA 4KYSA 4GL8A 3SESA 1IUDA 1URSA 1M5DA 3MZ1A 4YMBA 1N7XA 4OXVA 1UIUA 2VOZA 3GLBA 3DP4A 1NNPA 4R2FA 3KN3A 3DLNA 3PD8A 2OWSA 4FJPA 1MY3A 2E0SA 4Q8RA 2AIXA 4LA9A 4HTGA 4PETA 4NF6A 2F6PA 1S7YA 2I48A 3UIFA 3MPKA 1MY4A 2H5YA 2P0SA 4QSCA 2Y7IA 2M8CA 4JSDA 4OTEA 4PFTA 5J1DA 5K2YA 1XS5A 2DVCA 4G8MA 3HSTA 1MQGA 3H06B 3H7MA 3JYRA 3TPAA 4R72A 1VE4A 3EQ1A 3U72A 1ZJLA 1UIVA 4BDMA 3A3CA 5IKBA 1B3HA 3IJOB 4FECA 5I57A 3TTNA 1QKBA 1Y3QA 4KQPA 3CI8A 2PT1A 4U1ZA 1KWHA 3RT6B 4WEDA 1UTBB 5ICQA 3JV9A 4KR5A 1A8FA 2HFBA 2DWAA 1MXWA 2Q9TA 3L6HA 5ITPA 1IITA 2NXOA 3IL1B 1ELJA 5TPAA 3PV0E 1F9BA 2F6GA 3T9UA 1D4NA 4KI0E 2RC8A 1O63A 3U93A 5H8SA 3MAMA 5I58B 1SD3A 1FCKA 4OENA 4EQBA 1AMFA 3FVGA 1URDA 1SI0A 1L5TA 2XXIA 4IO7A 1MM7A 1XT8A 2NVUB 1PEBA 4F2QA 4N6PA 1LAGE 2DYXA 4ELPA 3ZKLA 5B70A 2XXTA 5KDTB 3MVWA 1AIVA 5CI5A 3SEXA 5CM6A 3N26A 4LZ8A 4GL0A 2RCAA 4ZZEA 2D21A 2Z23A 3DM0A 3C4MA 3EHUA 1H43A 2NOOA 1B7ZA 3K0VA 3RUMA 2O6AA 1SDXA 5KZTA 3FXUA 1GR2A 2D3IA 3G3KA 1N3XA 3RQTA 5EYFA 1GTKA 2FNCA 4JB7A 1FQBA 1SI1A 2RC9A 3M3FA 1UTHB 3CFLA 4NWDA 3QUFA 1MXXA 2XXQA 3K6XA 2HCAA 1R1NA 2ESNA 3LC8A 4JWYA 2DS9A 4DE8A 1SQYA 1UTBA 4L17A 1OVBA 4OFLA 3UORA 4F3SA 4IB2A 3RN8A 1TXFA 4UA8A 3D4CA 4KYEA 1RYOA 3PU5A 4OEUA 2XD3A 4U22A 3MP1A 3SEWA 4DDDA 3V5AA 3TTLA 4ZDMA 3FASA 5HPQA 3FJ7A 1WODA 2OLBA 2F7BA 3U8QA 2O7IA 4LQ2A 3CFZA 4F31B 2F5XA 2ZYNA 5I58A 1JQFA 5JEIA 1MY0A 2Y7RA 4G8HA 2OJTA 3MVXA 4X1DA 4H8IA 4C1UA 3K6VA 1H45A 2AYSA 4GD5A 3H03A 2RC7A 1B6HA 4JWOA 3G3GA 2GFEA 1OMPA 3QUJA 4H8JA 5AA1A 4F18A 4QHQA 2O51A 4RYAA 4QFLA 3KJTA 3TFLA 5CRYA 2WKYA 1XVYA 1IIWA 1Y4CA 5JTYB 4JBZA 1MM6A 3VVFA 5KDTA 1TWYA 1MQJA 5I2NB 4PP0A 3KSXA 1LCFA 2YLNA 1NH8A 3C32A 4XKRA 3KN7A 3LSFB 1OIBA 2H99A 2ZXTA 4H1XA 1P1QA 2ZYMA 3USDA 3PD9A 1BKAA 1Q1KA 4NF4B 1EU8A 2NUVA 3TUSA 1NL5A 3IR1A 2XX7A 3G3IA 1N0TA 1MQDA 3VLVA 2XXXA 1UTHA 3KZGA 3R6UA 3TCHA 4HS7A 2P1SA 3HV1A 4KYDA 4F19A 4YMAA 2OBGA 2QS3A 2W7YA 4DXBA 3MJNA 3O2AA 4YKPA 5KCJB 1PDAA 4G68C 3IO4A 4R6YA 3ILUB 1EH3A 4NMYA 4R9GA 2A5SA 1MQIA 4MFIA 1OLAA 3KG2A 1CE2A 1AH5A 3HPIA 3A3UA 2I0CA 1MXVA 3THIA 2HZLA 3VXBA 3R7XA 3PMXA 3ODBA 2VD3A 3OOAA 1SW4A 5TP9B 3S9LC 3FXQA 5FHOA 2Z8DA 4NEDA 4EXKA 3KGCA 3K1MA 1ZTYA 4F29A 3TKDA 4FE8A 5L8DA 4C1TA 4WEPA 4TLLB 4FEDA 3V89B 3W9VA 3K6WA 1MXYA 4DXUA 3OELA 1Y1MA 5JTYA 1PB9A 2ZNTA 4YICA 1B52A 3IB1A 4JDFA 4P0GA 4BDRA 1FTJA 5TU0A 1PC3A 4ZS9A 1FQEA 5I2NA 2XX8A 3LBSA 4PFWA 4OFOA 4R6KA 3T9HB 2V93A 3OO8A 3FIRA 1B1HA 1EZ9A 5AA4B 4OETA 2IEEA 5K2XA 4DIGA 4NF4A 1DSNA 3KJ7A 1ANFA 2FA7A 3C9HA 2H25A 1Z7NE 4ND9A 2Z8FA 1GV8A 5LOMA 3VVDA 2HZKA 4Q5TA 4DCYA 4KCCA 4GOTA 2QMWA 4YKIA 4EQ7A 3FJMA 4ONYA 2QMXA 3PMWA 2DE2A 4BLAA 1NMUA 3MBPA 1MXUA 3FV1A 2RF1A 3FJGA 2XXRA 5KCJA 4H5GA 3N94A 4ELQA 3FGSA 1FTMA 4KPTA 2ONKE 5CC2A 4XXUA 4O3CA 1SYIA 1EZPA 2DE4A 2E1SA 3OMBA 2PVUA 1MPBA 1B5IA 4IO6A 2XXPA 1PB8A 4ZECA 3HHFA 3OXNA 1OQHA 3M3KA 5I84A 2Y7WA 1JW1A 3MW0A 1QUKA 1POTA 5AA3A 4RPOA 2QSXA 3K4UA 1NKXA 1LAFE 1IXCA 1LLSA 3BFUA 5TP9A 3KOTA 2ZNSA 3O6GA 5ELVA 3QSLA 2Q8JA 3EPEA 1P1OA 2XXHA 5I56B 2G93A 3DP8A 3N6TA 5CBSA 3B6WA 3GZGA 1B40A 1XC1A 4YKJA 5DVJA 2I4BA 4F1UA 2I6EA 1TFDA 4U1OA 3HN0A 3FVKA 3K01A 3S9NC 2XXWA 3S9EA 2XD2A 1Y9UA 5IAIA 1O7TA 4BDOA 4PE5B 4LZ7A 4XIGQ 5AA4A 4XKNA 2B65A 3O6HA 4DLDA 3B6TA 3U94A 1YCJA 4R6HA 3UA8A 4RNSA 1LGBC 3C34A 3QK6A 3PPNA 2BJJX 1MRPA 3BBRA 1R9LA 3VLWA 3AXFA 1UQWA 3Q25A 4G4PA 3HO7A 1D3KA 1HSEA 2ZMBA 4P0IA 4K3FA 4X1BA 2F7CA 1MXZA 4G68B 1FQFA 1B46A 4G8NA 3EF7A 4LP2B 2I0BA 2H4IA 3W15C 4ISUA 2O7UA 2UVJA 3ONMA 1B1XA 2HAVA 1XVXA 3P7IA 4YKKA 3TELA 1SW5A 3W9WA 4DCXA 4LZ5A 4LQ5A 4GWOA 5DVIA 4U2RA 2R71A 3HCQA 3UN6A 4ELRA 4OHNA 3QYTA 3ILTB 3TTRA 1HSLA 2XHDA 2GRVA 4KFQA 2HQ0A 2ZYKA 1DTGA 3IK6B 5DTBA 1IXGA 4GIZA 1MH3A 3IOTA 2ZYOA 3EHTA 4OVJA 1P1NA 5I56A 3V8XB 2Z22A 1POY1 1HSJA 3LR1A 3LSXA 1FTOA 3TQLA 1A55A 2DSFA 2CZLA 4RK9A 2UVGA 4KCDA 2H9BA 4G2ZA 1MPCA 1MY1A 3KFMA 3MQ9A 5HBCA 1QVSA 3U92A 4TQUQ 1TFAA 4XKPA 3VDFA 3Q27A 3I3VA 4WXJA 2VD2A 2X7QA 1LFHA 2UVHA 2DP8A 1CB6A 1ZIUA 3RTWB 3MC2A 3OO6A 1N04A 1JW5A 3FZVA 3TTKA 3IB0A 1JNFA 2XX9A 3CFXA 1SW1A 3EHSA 4KHZE 4QFPA 3S9MC 3E13X 1B3EA 4R75A 4ECFA 3T66A 4Z7EA 4NTLA 3RY3A 4QFNA 5H8FB 3CSGA 1FTKA 2PBWA 4NF8B 1JVXA 4TOZA 4ZE8A 4JXIA 5L9MA 3VE1B 3WAFA 1ATGA 3H6WA 3RT8A 2GHBA 2X26A 1B0HA 5FTIA 3O6IA 4G68A 5AA2D 4OEVA 1SVXB 2O1MA 1URGA 1B5HA 3UK4A 2DXYA 3TDJA 3E9XA 1SW2A 4O3AA 4DXCA 4R74A 1B05A 3K6UA 4YB7A 1IEJA 4ZEIA 3QAXA 4ESWA 3KBRA 3L6GA 4GRKA 4ELOA 3B6QA 4MLVA 5L9SA 2RCBA 1RYXA 1YAEA 5ISUA 1N84A 2PMSA 4WKMA 2V3TA 4M4GA 1D9VA 3MUQA 2Q2CA 4R9FA 1QUJA 3FXRA 2NWJA 2I58A 3C33A 3CSBA 4MLQA 4OZ9A 4OESA 1B58A 3TMGA 1M5BA 2O68A 3PPPA 4QSDA 3MZ9A 2QS1A 3N5LA 1ZKBA 4UACA 3K00A 1B3GA 1A7LA 3B7DA 3GBAA 4GXAA 3R26A 5ITOA 1A99A 4ZEFA 3O29A 1QUIA 2D5WA 3TCFA 1USYH 3FVOA 1P99A 3EN3A 4EDPA 3T96B 3M3LA 3CRBA 2I3VA 1B32A 3IJXB 4Q30B 5ICTA 3PUVE 3V83A 5M2VA 2Q88A 5H8FA 4AB6A 2XXVA 4JWXA 5CMMA 4NF8A 1XOCA 1NNTA 3C36A 2I49A 1US5A 3KSJA 4LUBA 3C31A 1JW4A 5BWJA 4PFYA 3VVEA 2ONRA 4PQJA 5I2KB 2F78A 3TEPA 4P11A 1IXIA 2QS2A 2F8DA 1ZMGA 1LFGA 2HXWA 2F97A 2Q89A 5F1QA 3GXAA 4POWA 3IOVA 2YPNA 5A5XB 2B3FA 1LSTA 1I6AA 2ONSA 3FUZA 1MS7A 4F22A 1I69A 4IY5A 2G29A 1A40A 1D9YA 4RXLA 3H3GA 2V84A 3H6TA 4M1VA 1LB9A 3PMVA 4POXA 4R73A 1J1NA 4NF5B 1OQGA 2LAOA 3T22A 5H8NB 3OEKA 2OZZA 4F1VA 3CIJA 3QIMA 4IY6A 4FEBA 3OD7A 4FAJA 3CG3A 1N7WA 3UGWA 3BKIB 3TCGA 3FVNA 1QKAA 1NNFA 3QXMA 3IOUA 3SKPA 1BTJA 4H6DA 3VV5A 4QF9A 3O28A 2GH9A 3MWBA 3ECRA 4GF8A 4IO2A 4OMBA 1EZOA 1DTZA 4BDNA 1M5FA 3TAJA 1M5EA 3O97A 3S4UA 1GVCA 3G3HA 1B3LA 3HHGA 3PGFA 4GQOA 1H44A 3SEUA 4RA1A 4BDQA 2ABHA 3K1NA 3FATA 4H0WA 2DE3A 4LVQA 4AQ4A 4Q0CA 3MPLA 1ZU0A 1B4ZA 3PPOA 5I59B 4YB6A 3C35A 5AA2B 1B4HA 1P1WA 1R9QA 3WAEA 3OO9A 4ZZAA 3RLFE 1FTLA 2B3BA 2PT2A 4F39A 1USYE 2V3UA 4OYVA 5I2KA 1IZ1A 3PPRA 4EUOA 1S50A 1DMBA 4ZEBA 2R9JA 4X9TA 2REJA 1LB8A 2CMOA 4HCWA 5A5XA 3RPWA 1ZBMA 1Y4TA 2V3QA 3OSQA 1NNKA 4F2OA 4F3PA 4F3BA 2FYIA 1MPDA 2XXUA 1LCTA 2RKMA 3MVZA 3PUZE 5FHNA 3K2DA 2VHAA 3PUWE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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