4KCCA

Crystal structure of the nmda receptor glun1 ligand binding domain apo state
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
288
structure length
275
Chain Sequence
STRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 75
structure length 275
sequence length 288
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA02
1NMUA 1TXFA 4QFOA 4F18A 1VSOA 3IR1A 3QAXA 3PMVA 3TAJA 4LONB 3IO6A 5AA4A 1DPEA 1IUDA 2ZYNA 4XKQA 1IITA 1MS7A 4IO6A 1USYH 3C35A 2Z22A 2XXTA 2V3TA 2KLFA 3VVFA 3V83A 2ZYMA 5J1DA 2DWIA 3B6TA 3FV1A 4C1UA 3JZJA 3PPOA 4ZZAA 4BDOA 4DXBA 3H06B 5K2YA 2G29A 2QMXA 4GWOA 4FE8A 4F39A 3FGSA 3FJGA 3S4UA 4MLQA 2ZXTA 4F2QA 1OMPA 3RQTA 3T9HB 2PX1A 1MXVA 4RK9A 3O6HA 1MXWA 3D4GA 2A5SA 1JNFA 2F97A 3SEVA 3PUWE 2HXWA 4UACA 2B65A 4THIA 2P2AA 1MY2A 3K0VA 2OWTA 2BJJX 3K1PA 3T22A 1MXXA 2P1SA 1BP5A 4LA9A 1JEUA 1A99A 1FTKA 2ZNUA 3MW0A 3IJXB 4U22A 1B3LA 1NNKA 4K3FA 2F6PA 4FECA 3HHFA 1AMFA 2F8DA 3MAMA 3OSRA 1B58A 2V3QA 2IA4A 4G68C 5CBSA 3KJ7A 3ZSFA 4MFIA 1CB6A 3G3KA 1Y4CA 1UIVA 2I48A 2XX8A 2PVUA 3K00A 3TTMA 1ANFA 4R2BA 4Q8RA 3RT8A 1LAFE 3HSTA 1I6BA 3PGFA 1R9QA 1OIBA 1D4NA 3OOAA 1BTJA 2ZNSA 4ELPA 3VLVA 3QYTA 1J1NA 1IEJA 1S7YA 4QHQA 2F5XA 3KSXA 3IX1A 3ZKLA 1M5CA 3CG3A 1H76A 4WKMA 1LB9A 1LGBC 1GR2A 4NF8A 3RUMA 1B5IA 2XD3A 3OENA 1IXGA 5L9MA 4RA1A 3KOTA 2IEEA 3K1MA 3PUXE 4POWA 5FHMA 5LOMA 5FTHA 2O7UA 2I3VA 1B5HA 2HQ0A 2Q89A 4ELOA 4OFOA 3FVNA 1FW0A 1QUJA 4F1UA 5CBRA 1LFHA 3OO8A 1MPDA 2CMOA 5I2NA 3C33A 4PFWA 3FASA 3MPLA 4IY5A 2I4BA 5AA4B 4KCCA 3TKDA 1LFGA 1F9BA 3TQWA 4JWOA 3JYRA 1MXYA 4AQ4A 1IIWA 2O69A 2OLBA 2AYSA 4YU0A 2ALUA 5HM4B 3KEIA 2F78A 2DWAA 3L6HA 3MPKA 3CVGA 4QRZA 5DVJA 4X9TA 1XC1A 3PMWA 4QSCA 3VVEA 5H8SA 3PPRA 1VFDA 4GXAA 3TTKA 3TTNA 1WVJA 3E3KA 4G77A 3LR1A 3FIRA 1FCKA 3HPIA 2OK2A 3USDA 4YMAA 4DE8A 3EF7A 2R71A 1PBPA 4F22A 1FTJA 4EXKA 3CFZA 4GL0A 1B1HA 2X7QA 3SEXA 2XXRA 3OEKA 1OLCA 3ILUB 2H4IA 1Y1MA 2QJEA 3Q26A 1MQHA 3CR9A 4KD5A 4EF2A 3MQ9A 4YB6A 4IO2A 3BBRA 3QUFA 2HFBA 1Z7NE 3TTRA 2THIA 3RT6B 1R6ZA 2H99A 3MJNA 3N6UA 4MBPA 5I59A 2UVGA 1P1QA 1LAGE 2HAUA 3KN7A 2HAVA 3IO4A 3RTWB 3T9VA 4ZECA 4WEDA 2FNCA 5I56A 2CZLA 4G2ZA 4OFLA 4QF9A 1ZTYA 1B46A 1MDP1 4ZEIA 4IO5A 2OJTA 3OO9A 4PE5B 4NF8B 1XT8A 3TPAA 3VE1B 3DP6A 3H3GA 1SW1A 4I8CA 4F29A 1HSJA 3I5OA 4LUBA 4F1YA 3E13X 1Q35A 4PQJA 4R75A 3RNNA 2RCAA 1II5A 5B7DA 2DE4A 4LATA 3OXNA 1JETA 3O97A 3K2DA 1POTA 3R26A 4ESWA 3T9UA 1SW2A 2GH9A 3KJTA 1ELJA 1BIYA 1QW0A 1QVSA 4YB5A 3IORA 2O84X 3IJOB 4QSEA 4F19A 1D3KA 2GRVA 1N76A 5ISUA 5HBCA 3H6WA 2B3BA 1SD3A 3SERA 3IB1A 3TUSA 4NF4A 4TQUQ 4NWCA 4OERA 1BLFA 3H6VA 4U1OA 1FTMA 1JW1A 4NF6A 1AL3A 2RC9A 4DIGA 3R6UA 3IAZA 2YJPA 2V84A 4XKNA 3N94A 4RY1A 3CI8A 3H6UA 3B6QA 3HCQA 1POY1 1PB8A 3FVKA 5H8FA 3M3KA 1MY4A 1LLSA 1P1WA 4FAJA 3O6GA 2O51A 4NEDA 1DSNA 3Q25A 1SW5A 4R6HA 4NF5A 1A40A 4ZE9A 3PV0E 2M8CA 4GLIA 5JEIA 5JTYB 3DM0A 3M8UA 3L6GA 2UVHA 1B3EA 1B40A 1N7WA 1H3DA 3SDFA 1NNPA 1GTKA 1MDQA 4YICA 4GD5A 4ESXA 1JQFA 3CIJA 3FJ7A 3H4ZA 2XXVA 4LQ5A 4X1DA 4KFQA 1URGA 4BDRA 1Y3NA 3DLNA 3I6VA 2V25A 5I59B 3B7DA 1PEBA 3PPQA 3S9LC 1WODA 1SW4A 3A3UA 4EUOA 4YKIA 5EHMA 3MVYA 3C32A 4G68A 2O7IA 4LZ5A 2PYYA 4LZ8A 3G3FA 2RC8A 4YMBA 2YLNA 3CSBA 2Y7IA 2QS4A 1QJMA 3LSWA 1RYXA 1B05A 3T93B 1D9VA 3FATA 4P11A 2XXUA 3H6TA 4XXUA 1A7LA 4MH5A 1QUIA 1B7UA 1NH7A 1A55A 1US4A 3H03A 1QKBA 4NWDA 4JSOA 1H43A 3C4MA 3FVGA 1FQBA 1USYE 5FHNA 1XS5A 1XHYA 1MG1A 3K6XA 3K4UA 5CMMA 5A5XA 1JVXA 1SVXB 2GHBA 3G3JA 1NKXA 2I58A 3FVOA 3LC8A 2WKYA 4I9DA 4ISUA 2H25A 1B6HA 4NF4B 1OVBA 3MWBA 1S9TA 4OHNA 5L9SA 3K6WA 2REGA 4H5FA 1AH5A 3MZ1A 3BFUA 4F3PA 3TELA 1A8EA 4AB6A 3UP9A 3N6TA 3IOTA 4E0XA 1B7HA 2Y7PA 3A09A 3S2VA 4H8JA 4DLDA 5H8FB 1MXZA 4O3CA 4YKJA 3U92A 3HV1A 2LAOA 5H8QA 4GRKA 2ESNA 3KBRA 1ATGA 2VGQA 2NXOA 2RF1A 3EQ1A 4Z0IA 2FYIA 1UQWA 4OXVA 2DE3A 1B7ZA 3V89B 3VXCA 1RKMA 4FATA 1BKAA 5BWJA 4OWDA 3MP6A 4FEBA 1LCTA 5CRYA 1TT1A 3KN3A 4XKPA 2W7YA 3FXUA 3TCFA 3DP4A 1VR5A 4IO7A 2R6GE 5ITOA 1YTVA 2DS9A 4HCWA 2ZMBA 2QMWA 3O6IA 3SETA 1A54A 4H5GA 1M5BA 5ICTA 3IL1B 1HSEA 4YB7A 1A8FA 1N04A 4OQOA 4G68B 5DVFA 3HO7A 4TLMB 3MVZA 3LSLA 4R74A 2Y84A 3W15C 3TCHA 4QSDA 4X1BA 2UXAA 3SKPA 2F35A 2XHDA 4G8NA 1ZBMA 4OMBA 3F11A 4KYDA 2ZNTA 1P1NA 3PD8A 3BFTA 4OEVA 2AL5A 2F6GA 1TFAA 3GBBA 1NH8A 4BDQA 1DMBA 3O66A 2B3FA 3RN8A 5L8DA 3WAEA 5A5XB 3LUYA 3AXFA 1MXUA 5I84A 1Q1KA 2UVIA 4GIZA 1MQJA 3D4CA 3FJMA 3MP8A 2QS2A 1PC3A 2O1LA 1FQDA 4EQ7A 3PUZE 5AA2A 5CC2A 1Y3PA 5TPAA 1Y3QA 1FQEA 1N0TA 2PMSA 2HZKA 4R6KA 4N13A 4ZDMA 2VHAA 5CMBA 3GZGA 4IY6A 3TMGA 1H44A 1Z7ME 3G3GA 3MBPA 4ONYA 2HEUA 2QL3A 3U72A 1FTLA 4P0IA 5HPQA 3HN0A 1SI0A 1EZ9A 4RYAA 2D21A 3MUQA 4EF1A 3QUJA 1B1XA 2NVUB 4GVOA 3GBAA 4KPTA 2UYEA 3TYHA 3TQLA 4TOZA 4FIMA 4PFUA 4L17A 3QXMA 1XOCA 4DXCA 2DVCA 2XX9A 1DOTA 5CMCA 1EH3A 4R6YA 3MVWA 1B5JA 3RLFE 3SEWA 4BDLA 5H8NA 1Y4TA 2OCUA 1O64A 1D9YA 5CM6A 1N84A 5AA3A 5H8QB 4C1TA 2H9BA 1T0KA 3MP1A 4F31B 2YPNA 3ONMA 1I6AA 5I57A 4KCDA 5ELVA 5CMKA 4QFPA 4H65A 4JDFA 1O7TA 4M1VA 3KSJA 3TFLA 3UK4A 1WDNA 5I2NB 3PPNA 3IB2A 4ZEKA 3LBSA 3THIA 3ZS6A 3UORA 3CFLA 5I58A 4H67A 2DXYA 1B3GA 4U21A 3Q27A 4LZ7A 1MY3A 1OQHA 1UTBA 3TZAA 4OZ9A 1EZPA 2OZZA 4Q30B 1AIVA 3TTLA 3O9PA 4LQ2A 3Q29A 3TCGA 2X26A 4R72A 5B70A 2I0CA 4QFKA 2DOJA 4PP0A 4QFLA 4NMYA 3G3IA 4PFYA 1VFEA 3C31A 3RPWA 5DT6A 5ITPA 3O2AA 4U23A 5F1QA 1MQGA 3C36A 2Q9TA 4R9FA 4JWYA 3WAFA 5DYHA 2QSXA 2XXIA 4ZE8A 3KFMA 3PUYE 1YCJA 1B9JA 2QS1A 2ONKE 1GVCA 1MM7A 3M3FA 4EQBA 2XXQA 2UVJA 4Z7EA 4HCYA 3G7WA 3LSXA 2XXWA 4O3AA 1MY0A 4JB7A 3C34A 3OEMA 4F3SA 4IGTA 3CG1A 1B51A 3GXAA 4R2FA 2Y7RA 5KZTA 2NUVA 4AB5A 1URDA 3EHUA 1IQ7A 3QIMA 5FHOA 1MH4A 1PB9A 2Q2AA 4IO4A 3PPPA 2REJA 4BLAA 3T9XB 5AA2B 2DE2A 1RYOA 5TPAB 3V5AA 3VFJA 3OSQA 4EQ9A 2I0BA 3U94A 2ANJA 2D3IA 3R7XA 1QUKA 4KYSA 5I56B 2V3UA 4OYVA 2VD3A 2Z8DA 1ZIUA 4GL8A 3FZVA 5IKBA 5EYFA 3K02A 2VOZA 4P0GA 3TDJA 2XXPA 2OWSA 3SEUA 2G93A 2V93A 2NOOA 3VLWA 4QFNA 3DP8A 2VD2A 5TU0A 4U2RA 2DWHA 1P1OA 4OFJA 3K6VA 1MM6A 2NWJA 1ZU0A 3OD7A 5H8NB 1SBPA 2E0SA 5KDTA 4KHZE 3VDFA 4IGRA 1AOVA 2Z8EA 4BDMA 2DP8A 4ZS9A 5AA1A 4DZ1A 1PBQA 4N6PA 4EXLA 5I57B 3MC2A 5I2KA 4X48A 4RNSA 2ABHA 5M2VA 4GFRA 1XVXA 5DEXA 1B4ZA 5I58B 4JWXA 3IK6B 1B3FA 3U93A 4E0WA 3M3LA 5KCJA 2QPQA 1UTBB 1NL5A 1R9LA 4BDNA 4GXSB 3I3VA 4XKRA 4RK2A 2ZYOA 2I49A 4KR5A 1SQYA 2GFEA 4ZZEA 3EPEA 4OEUA 3EHTA 5H8HA 5AA2D 4NF6B 1O63A 1LBCA 1P1UA 1LCFA 1MQIA 4F1VA 4F2OA 3PU5A 3G3HA 4KQPA 3VLUA 4WXJA 4ZEBA 3RTFB 4YKKA 1CE2A 1B4HA 1KWHA 3PMXA 4PFTA 4FJPA 3TODA 2I3WA 1N3WA 3KOSA 2XX7A 5EHSA 2I6EA 3K1NA 4XTCQ 4XIGQ 3UN6A 4I62A 3K01A 4O3BA 3IOWA 4H0WA 2O6AA 4HTGA 3DELB 4NF5B 3P7IA 1YAEA 1LB8A 4HS7A 1FTOA 4GQOA 1SDXA 2UYFA 2GHAA 3SESA 2QS3A 4RPOA 2AIXA 3FV2A 4OVJA 4IB2A 3FD3A 3OO7A 3KN8A 1PDAA 1GGGA 3TEPA 1ZLQA 2O68A 2PT2A 2RKMA 1SYHA 4LP2B 2PBWA 1TWYA 1UTHA 2X7PA 1US5A 2A5TA 3S9EA 4YZZA 3FXQA 1NFTA 4R73A 2QRYA 4U4SA 2F34A 1UIUA 4TLLB 1SI1A 3IB0A 1NNFA 3T66A 2F7CA 3MZ9A 1MRPA 1FQCA 1I69A 4UA8A 4C0RA 2XXHA 4Q0CA 4I1DA 1VE4A 1FQFA 1JW5A 5F7VA 3VVDA 4MF3A 1B0LA 4GOTA 1DPPA 2Z8FA 4PETA 3U1OA 4ELRA 4FORA 4R9GA 1OVTA 3SEYA 3N26A 1SYIA 1GV8A 5KDTB 2H5YA 3C9HA 3U8QA 1URSA 3JV9A 1M5EA 4U4XA 2RINA 1LSTA 3E4RA 3KZGA 4FEDA 1MH3A 4H1XA 1S50A 4DCYA 1LBBA 3K6UA 3RY3A 5I2KB 1B3HA 5K2XA 4RPNA 3HHGA 3PD9A 2ZYKA 3H7MA 1Y9UA 5JTYA 3UIFA 3LSFB 3OO6A 5DEXB 3PUVE 1MPBA 2VP1A 5KCJB 1B32A 3ZKKA 1B52A 1TFDA 3ILTB 5TP9A 4DCXA 5BUUA 3N5LA 3O29A 1XVYA 2FA7A 4MLVA 3UGWA 4POXA 4F3BA 4F3GA 2ONSA 5H8HB 3E9XA 4G8MA 1NNTA 4NTLA 4ND9A 1IXIA 2DVZA 2DWJA 2Y7KA 3CFXA 3S9MC 1EZOA 4Q5TA 1P99A 3VXBA 1IXHA 4JBZA 4U1ZA 4EDPA 1DTGA 1Y20A 3O28A 1FQAA 4WEPA 4RJZA 1IXCA 4M4GA 4DDDA 4NE4A 4YKPA 3IOVA 1ZJLA 3S9NC 5CI5A 1LFIA 4H6DA 1ZKBA 3CSGA 2P0SA 3FXRA 3Q28A 2Q2CA 3IOUA 3ECRA 3MVXA 3EHSA 3QK6A 5FTIA 2R9JA 2RC7A 2OBGA 5ICQA 4ECFA 3UA8A 5DVIA 2E1SA 4ZEDA 4ZEFA 1LAXA 2Y7WA 2F36A 3A3CA 5L9OA 1JW4A 4N07A 4DXUA 2D5WA 4RXLA 3KGCA 4KI0E 2XXYA 3MZBA 3GLBA 3W9WA 2DXRA 1QULA 3CRBA 4GF8A 2Q88A 3VV5A 1UTHB 3ODBA 2F7AA 1OLAA 5IAIA 2A5TB 1YPNA 1ZMGA 1LAHE 3RGYA 3OMBA 3B6WA 2H98A 1IZ1A 1EU8A 4HW8A 2I4CA 4OESA 1N7XA 1JVYA 2O1MA 2DSFA 2F7BA 1N3XA 2DQVA 4G8HA 4OETA 2HZLA 4H8IA 1HSLA 1DTZA 1Y1ZA 3KG2A 4G4PA 1M5FA 4LVQA 1R1NA 4OENA 5AE4A 2RCBA 3QSLA 1I6QA 2Q8JA 1H45A 1JEVA 3BKIB 2Z23A 5JK4A 1B0HA 1MQDA 4JXIA 3W9VA 2XXXA 2XD2A 1M5DA 1PB7A 1MPCA 3FUZA 2PT1A 4KYEA 4YAHX 1B2HA 3EN3A 4ELQA 2AL4A 5DTBA 3T96B 1L5TA 2HCAA 1MY1A 2ONRA 1QKAA 4OTEA 4JSDA 2DYXA 1OQGA 5TP9B 3OELA 3V8XB 4IO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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