4KCCA

Crystal structure of the nmda receptor glun1 ligand binding domain apo state
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
288
structure length
275
Chain Sequence
STRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 75
structure length 275
sequence length 288
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA02
4F29A 3U94A 3D4GA 3U72A 4X1DA 5L9MA 3C4MA 1UIVA 2AL4A 1B5JA 1D4NA 1Z7ME 4JWXA 5A5XA 1MXZA 3TTMA 4P11A 3MPKA 1NL5A 4RY1A 1WVJA 2VHAA 4G68A 4U2RA 3ODBA 1YTVA 4EQ9A 4LVQA 2HFBA 3HSTA 4F2QA 2FYIA 3FJ7A 3FXRA 4OETA 1FTKA 2Q2AA 1TXFA 3ZS6A 1IZ1A 2NOOA 2A5SA 1URSA 4DXUA 5AA2D 4EXKA 2V25A 2F34A 2XX7A 3W15C 1LFGA 3G7WA 4IO5A 4QFOA 1LAXA 3DP8A 1LBBA 1B7HA 3GZGA 3UA8A 3C35A 3O66A 3KZGA 3EQ1A 4IGRA 4G8MA 3A3CA 3TAJA 3RQTA 1NKXA 2HQ0A 2F36A 1ZIUA 1F9BA 4BDLA 2DSFA 4JSOA 4ZECA 1OVBA 3K4UA 3QUJA 1NMUA 1SYHA 4PQJA 3TPAA 1DSNA 3VVEA 4XKNA 4G4PA 4TLMB 1ZLQA 4HCYA 2HEUA 5H8HB 3K1PA 3OENA 2HAVA 2M8CA 3OSQA 5HBCA 2X7QA 1EU8A 1TWYA 3QYTA 3OEKA 3K02A 5H8HA 1B9JA 4QHQA 1FTJA 2DE3A 1USYE 3GXAA 2PX1A 1PB9A 1USYH 4Q5TA 1DPEA 2X7PA 2O51A 1CE2A 3S9NC 3G3FA 5H8QB 3SDFA 3B6TA 3UK4A 4MH5A 2OCUA 2ZMBA 4ELOA 3DM0A 4TQUQ 4OYVA 1B1HA 2DE4A 2RCAA 3K6UA 2RINA 1FTOA 3IOTA 5H8QA 3W9VA 3G3JA 3HHGA 1B32A 4O3CA 3MUQA 1B3FA 2ZNTA 3IO6A 3FD3A 2E0SA 4DZ1A 2PYYA 1MQJA 1AOVA 2O7IA 2HAUA 2F7AA 4ZE9A 1II5A 3T9XB 3KGCA 1US5A 4KPTA 1MY4A 2F8DA 2I3WA 4R6YA 4JXIA 2F35A 4IY5A 3THIA 1FW0A 3HO7A 1O7TA 1MXVA 4G68C 4PFWA 5F1QA 1ANFA 3H03A 3MZBA 3FJGA 2XX8A 3VVFA 3LBSA 3QSLA 3ECRA 5KZTA 4KCDA 2ONKE 3PPOA 4KQPA 4M4GA 3C32A 4ZEBA 5I57A 3V89B 1SW5A 2HXWA 3IK6B 4R74A 3VE1B 4F31B 3PPNA 3C34A 1B0LA 3IOVA 3O6IA 2QS1A 4ZEKA 3N6TA 4FECA 1PB8A 4YMBA 4R2BA 4QSDA 3MQ9A 5EYFA 2V84A 4F19A 4QSEA 4GLIA 5AA1A 5TP9B 3IR1A 4MLVA 3TFLA 1URDA 1FQBA 2ZXTA 1HSJA 3TZAA 4DXBA 3FVNA 1B05A 4KI0E 1UQWA 3QK6A 4HW8A 3KOSA 4OERA 2F7CA 1O63A 2O1MA 3IO4A 3S9LC 1B1XA 1FQAA 4X1BA 1OQGA 5ICTA 4U4SA 1B7ZA 2I4CA 2XXPA 5AE4A 2O69A 3GBBA 4X9TA 3RN8A 5CMKA 1ZJLA 2O84X 3PU5A 2Q88A 2Y7RA 4YB5A 2DS9A 2ANJA 4F3GA 3CFZA 3ZSFA 4OWDA 5K2XA 3MP6A 3HPIA 3H06B 1N84A 2ZNSA 2I4BA 3I6VA 3KEIA 4EXLA 3C36A 5M2VA 3CFXA 4NTLA 4AQ4A 3N6UA 5CBRA 3U92A 1IXIA 3G3HA 2I3VA 4G77A 1OVTA 1B0HA 3ZKKA 1KWHA 5TU0A 1Y1ZA 1SVXB 4NF4A 4OHNA 2GFEA 4H8JA 3TUSA 5ELVA 4NMYA 1MM6A 2P0SA 4OMBA 1OMPA 3PUXE 3HV1A 2FNCA 5DT6A 1UTHB 1N7WA 3BKIB 2V3QA 4LQ5A 3E9XA 3RPWA 1N7XA 4R6HA 2Z8DA 2I0CA 3OO6A 3M8UA 4YKKA 4U1OA 1UTHA 3PPRA 3KSXA 2NWJA 3A3UA 1TT1A 2F7BA 4EQBA 2CZLA 5J1DA 3V8XB 4R72A 1N04A 1I6AA 1S7YA 1Y3QA 3RUMA 2ZNUA 4YB6A 1PEBA 1B3EA 1P1OA 1HSLA 3RY3A 2QS3A 3TDJA 2Y7PA 3O28A 2XXYA 1LFHA 2OLBA 2V3TA 3S9EA 4WXJA 3LSFB 3TQLA 2OJTA 4RK9A 1GGGA 1S9TA 2QSXA 3IJXB 2H25A 4G68B 1JEVA 1DOTA 3S9MC 3H6WA 5AA3A 1I6BA 1R9QA 4FATA 2ALUA 3CG1A 5DYHA 4EUOA 1MS7A 1VR5A 4GL8A 2Z8FA 1LCFA 2Z8EA 1P1QA 4OQOA 3T22A 4HCWA 5HPQA 4H5FA 4RXLA 3TTRA 1H45A 3TTNA 1IEJA 2AYSA 4GVOA 3B7DA 1XOCA 1SYIA 3P7IA 3VLWA 2NUVA 4QF9A 3OO9A 5CRYA 4F1YA 3B6WA 3DLNA 2I49A 4RA1A 3SETA 1LSTA 5H8NB 4POWA 1SDXA 2OWSA 2H9BA 2GH9A 2AIXA 3HN0A 1LFIA 4I62A 3VXCA 4POXA 3QUFA 3HCQA 2DWIA 5JK4A 1Y1MA 1JW5A 1BIYA 2IA4A 2QS2A 2Y7WA 3CI8A 4UA8A 5H8NA 4GXSB 4N07A 5CMBA 1OLAA 1MG1A 1QUKA 3K2DA 1MQIA 4R75A 1P99A 3KJTA 3SEUA 4ESWA 3SEWA 4N13A 1A55A 3SEVA 1Q1KA 1PDAA 2QMXA 1NNKA 2XD3A 5B70A 2XXVA 3S2VA 2XX9A 3CVGA 1N3XA 3RTFB 2GRVA 3VLUA 4LZ8A 3D4CA 3RT8A 5CM6A 4L17A 3VV5A 4RYAA 1TFDA 4JWOA 2UVGA 1PC3A 2DOJA 4FEDA 4O3AA 4G8NA 1JVYA 3U93A 1FQEA 4F39A 1ZTYA 1Y9UA 5IKBA 4FIMA 4C1UA 3PD8A 3BBRA 3LSWA 2F78A 2F6PA 2XXXA 2PVUA 5ITOA 3T66A 2Q8JA 2D3IA 4BDRA 4R73A 2BJJX 3TTKA 4AB6A 1EH3A 4FORA 3N26A 4QFPA 1MY3A 1P1WA 1MDP1 4GRKA 3O6HA 4OFJA 3TELA 3TYHA 5DVFA 3T9VA 3G3IA 1JETA 2ZYOA 2DWAA 4GF8A 1LBCA 3VVDA 4EQ7A 4IO4A 4DCXA 1Y20A 2RC9A 1EZPA 1Z7NE 4IO2A 1ELJA 3AXFA 5CMCA 2R71A 1H44A 4HS7A 3M3LA 2P2AA 3EHTA 1NNTA 3DP4A 4GD5A 1H3DA 5DVJA 1MQHA 1URGA 1L5TA 5I57B 2H4IA 1JNFA 5FTIA 1VFEA 3Q25A 5L8DA 5H8SA 2QRYA 3O29A 2I0BA 3T9UA 2RKMA 4MF3A 2QPQA 3OEMA 1MPCA 3FXUA 3FJMA 3H6UA 3G3KA 4EDPA 2Q2CA 3EF7A 1N76A 5EHSA 3FIRA 3KBRA 3QXMA 4G8HA 1BLFA 3O97A 4Z7EA 4JB7A 5JTYB 5FTHA 2AL5A 2XXQA 3VDFA 2DWJA 4I8CA 1JW1A 3CSGA 1QJMA 2DE2A 1Y3NA 1B5IA 2HCAA 4FEBA 5JTYA 4H67A 1EZ9A 1BKAA 4F1VA 1QUJA 4IGTA 1JQFA 3IB2A 2OZZA 3MVYA 2A5TB 4BLAA 2LAOA 1MPDA 1LAGE 1VE4A 5AA4A 1D9YA 1AIVA 3WAEA 2DXRA 5ISUA 1M5BA 3RLFE 3KJ7A 5I56B 2D21A 1RYOA 2A5TA 4BDQA 3IB1A 2XHDA 2QJEA 4ZZEA 4LATA 3IL1B 5TPAA 4OEUA 2Y84A 2DQVA 2XXWA 1MM7A 4F3SA 5I56A 1MXYA 2V93A 1IITA 1QW0A 3MWBA 4I9DA 4BDMA 3KOTA 4OENA 4GWOA 2ZYMA 1S50A 3OO8A 3RGYA 3FASA 4KCCA 4F3BA 1MQGA 4IY6A 2G93A 5KDTA 1BTJA 2PMSA 2DXYA 3SEYA 4ND9A 3A09A 4NF4B 1IUDA 4ZEDA 3V5AA 3CFLA 1XHYA 3G3GA 4PFUA 4H6DA 4XKRA 2CMOA 4PFYA 4OFOA 2OK2A 1AH5A 4NEDA 4DXCA 3C33A 3VXBA 1WDNA 4GFRA 3KN7A 2REJA 4FJPA 3S4UA 1QKBA 1TFAA 4ELPA 1IIWA 3TODA 1MPBA 3W9WA 4ESXA 2PT1A 4U1ZA 2O7UA 3OSRA 2QS4A 3FATA 3UORA 4F1UA 1FCKA 4OEVA 1QULA 2HZLA 4PE5B 2DVCA 2KLFA 4KFQA 1HSEA 2PT2A 1GVCA 1PB7A 2Y7IA 3MZ1A 5JEIA 1GV8A 4FE8A 4OFLA 4P0GA 1QKAA 2UYFA 5K2YA 5I58B 2QMWA 4JWYA 3O2AA 3IJOB 4IB2A 3TTLA 3KFMA 2O6AA 4Q8RA 4Q30B 4JBZA 3MJNA 1YAEA 3BFUA 1WODA 3EPEA 4OESA 1IXCA 5I58A 2B3FA 4JSDA 1VSOA 4RPNA 3DELB 3E3KA 2RC8A 3LC8A 1POTA 4IO7A 4U23A 2GHBA 1A54A 3MBPA 1SW1A 4WEPA 3M3FA 4P0IA 1MY2A 1ZMGA 5CC2A 1XVXA 1A8EA 1B3HA 1B4HA 1MXXA 4R9GA 3T96B 1OQHA 5I2NA 3UP9A 3MP1A 3O9PA 1US4A 3F11A 2X26A 4QRZA 1DPPA 4NWDA 4KYSA 4GIZA 1P1UA 4U22A 4NWCA 1ZKBA 4QFKA 1MY1A 3K6XA 1B4ZA 1H43A 2YLNA 4LP2B 3GLBA 2H5YA 3OMBA 4QFLA 3USDA 4H65A 1I69A 3PV0E 2NVUB 3K0VA 4GQOA 3H6TA 3N94A 4RNSA 1D3KA 3MC2A 4ELQA 4RK2A 5BWJA 5ICQA 2V3UA 5IAIA 4ZEFA 3RT6B 1MRPA 1OLCA 3MW0A 4YKIA 1B3GA 3K1MA 1IXGA 5DVIA 1IQ7A 3T93B 1SD3A 3R6UA 5CMMA 1LAHE 3PUVE 4M1VA 1ZU0A 1JVXA 4H0WA 1SQYA 1EZOA 3I5OA 3EN3A 1LCTA 5I59B 3CIJA 4QSCA 3KG2A 4PP0A 3IX1A 3TEPA 1R1NA 1D9VA 4LONB 2O68A 5L9SA 3TCHA 2Z23A 2I58A 4H1XA 2D5WA 3H3GA 1MH4A 4F22A 1NH7A 4YAHX 1QVSA 4IO3A 1B52A 4X48A 5I59A 4RJZA 5B7DA 1ZBMA 4YKJA 4HTGA 1FQFA 3MP8A 1DMBA 3CSBA 4AB5A 1B58A 3OO7A 1H76A 3PUWE 3R7XA 3Q28A 4RPOA 4TLLB 2XXHA 3K01A 4PETA 3MVXA 5CBSA 3K00A 1B46A 1GTKA 1JW4A 3TCFA 1MQDA 1FTMA 1A99A 2UVIA 3OD7A 1SBPA 3TMGA 4DCYA 2O1LA 1B2HA 5HM4B 3FXQA 4BDOA 3MVZA 3B6QA 1A40A 2ZYKA 1B40A 1NFTA 3WAFA 2UVJA 2DP8A 3ILTB 1VFDA 5ITPA 3PGFA 2VD2A 5KCJB 2NXOA 4GXAA 1XC1A 2H99A 4NF8B 3TQWA 2THIA 2W7YA 4LA9A 4YU0A 3EHUA 1DTGA 3H4ZA 2I6EA 2OWTA 3O6GA 1RYXA 2RCBA 5KCJA 5AA2B 5F7VA 4NF8A 4C1TA 2OBGA 2UXAA 4R9FA 4C0RA 2F5XA 3FVOA 3PMVA 3TKDA 3C31A 3Q27A 3CG3A 4R2FA 3LUYA 4WEDA 1B7UA 3FUZA 5AA2A 3IORA 3LSLA 3R26A 3DP6A 3ILUB 3OXNA 1SI1A 1YCJA 3CR9A 2ONRA 1MXUA 1N0TA 2VD3A 3VLVA 3JYRA 2XD2A 4YMAA 5I84A 2DWHA 4TOZA 3TCGA 2Z22A 1T0KA 3Q26A 4O3BA 2H98A 2Q9TA 3PMXA 4QFNA 3FVKA 3PUYE 4JDFA 3FGSA 2ZYNA 3IB0A 4KHZE 3QAXA 4XXUA 4OZ9A 4ISUA 3MPLA 1I6QA 5I2KB 3KN3A 3V83A 4YB7A 2B3BA 4YICA 2E1SA 4ZDMA 3FZVA 1PBPA 2DYXA 4ZE8A 4XTCQ 4DE8A 5I2KA 2FA7A 1JEUA 4E0WA 4F2OA 3U1OA 4MBPA 1DTZA 4G2ZA 3E4RA 3Q29A 3PPQA 2HZKA 1Y4TA 2P1SA 3JV9A 4U4XA 2REGA 1SW4A 3PUZE 4Q0CA 1CB6A 1IXHA 1M5DA 4LZ7A 4WKMA 4ZEIA 4ECFA 4EF1A 4DDDA 1OIBA 2RC7A 2XXTA 2F6GA 3C9HA 3CRBA 2ONSA 1O64A 3GBAA 3K6VA 5AA4B 1LAFE 3PD9A 1FQDA 1B51A 1NH8A 1SI0A 1Y3PA 3OELA 2Y7KA 1XS5A 3K6WA 4LUBA 1M5FA 3H6VA 1A7LA 2YPNA 5DEXB 3H7MA 1B5HA 2XXRA 4GL0A 3FV2A 3T9HB 2ESNA 2F97A 3I3VA 5TPAB 5TP9A 4U21A 2YJPA 1RKMA 3M3KA 4R6KA 5DEXA 3N5LA 1M5CA 2G29A 1FQCA 5FHNA 3PMWA 4OTEA 1P1NA 4F3PA 1Q35A 4NF5B 1ATGA 3SERA 2B65A 4K3FA 4ONYA 4KYDA 4YZZA 4THIA 1M5EA 1QUIA 5L9OA 5EHMA 5KDTB 3QIMA 1MDQA 1N3WA 3KN8A 3U8QA 3VFJA 1AL3A 4NF5A 4OVJA 3FVGA 3RTWB 3ZKLA 2XXIA 3IOUA 2PBWA 4Z0IA 1B3LA 4H5GA 3LSXA 4IO6A 1MY0A 1FTLA 1PBQA 2QL3A 2XXUA 4BDNA 4MFIA 3E13X 3KSJA 5DTBA 1R9LA 3SKPA 4KD5A 2WKYA 4MLQA 5FHOA 3UIFA 3SESA 1XVYA 3IOWA 1GR2A 4EF2A 1UTBB 2ABHA 2UYEA 2R9JA 3JZJA 3LR1A 4FAJA 2I48A 5H8FB 1SW2A 3ONMA 3PPPA 3UGWA 1UTBA 4NF6B 4GOTA 4H8IA 3UN6A 5H8FA 4DLDA 4XIGQ 1LB9A 3IAZA 1YPNA 4ZZAA 3FV1A 1LB8A 3MVWA 4NF6A 2R6GE 1AMFA 2GHAA 3EHSA 2Q89A 1MXWA 5FHMA 1POY1 3SEXA 2VP1A 5CI5A 4XKPA 4NE4A 4E0XA 2UVHA 4UACA 4OXVA 4ELRA 2VOZA 1J1NA 2VGQA 3L6HA 4N6PA 3OOAA 2IEEA 2RF1A 4KYEA 4XKQA 4LZ5A 3K1NA 5I2NB 1LGBC 1B6HA 1MH3A 3MZ9A 4YKPA 1R6ZA 1XT8A 4I1DA 4F18A 4ZS9A 1NNPA 4DIGA 2DVZA 1Y4CA 4LQ2A 5LOMA 5BUUA 3L6GA 1BP5A 5A5XB 4PFTA 1A8FA 4KR5A 1UIUA 3MAMA 1LLSA 3HHFA 3RNNA 1NNFA 3BFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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