4KCCA

Crystal structure of the nmda receptor glun1 ligand binding domain apo state
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
288
structure length
275
Chain Sequence
STRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Conformational Analysis of NMDA Receptor GluN1, GluN2, and GluN3 Ligand-Binding Domains Reveals Subtype-Specific Characteristics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
total genus 75
structure length 275
sequence length 288
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kccA02
3PUVE 1A99A 3BBRA 3CRBA 2GRVA 4QSEA 2XXUA 3WAFA 2QS3A 4ZZEA 2FNCA 1H76A 2VOZA 5HPQA 4ZEDA 1B3LA 4GL8A 4PFWA 4BDMA 1FQDA 2UYFA 3HN0A 2XXHA 4RPOA 1AIVA 3OEMA 1TFAA 3FIRA 4XIGQ 1UQWA 2RINA 4E0WA 3CVGA 1FTOA 4U1OA 3V8XB 5FTIA 5I57B 3RT6B 3VLUA 3T9UA 4HTGA 1BKAA 3K2DA 1P1WA 4GL0A 4U21A 2F7CA 4R74A 3O6IA 3W15C 1B58A 2HZKA 3PPOA 2O1MA 4N07A 1ZLQA 1MM7A 2F5XA 4FATA 4R75A 2XXVA 3PPRA 2XXPA 3OD7A 2Y7WA 4RK9A 1XC1A 2A5TA 4F1YA 3UA8A 4QRZA 1NNFA 3RUMA 2HFBA 3CFXA 3S9NC 4NEDA 4NF8B 2PT2A 3FV2A 2HAUA 4OEVA 3KOTA 2OWTA 1IXCA 2I0CA 2O7IA 1LFHA 4OMBA 4I62A 5JK4A 1PB9A 3KJ7A 1LAXA 1FTMA 3K6XA 5M2VA 3LR1A 1N84A 5BWJA 1M5FA 2HAVA 3FASA 4KYEA 1SW4A 4H5GA 1IUDA 1FQCA 3OOAA 1JQFA 3EPEA 3P7IA 1B5HA 1LFGA 2B65A 1SI1A 3RN8A 1LB9A 1B3HA 1B46A 3USDA 1MS7A 2DVZA 5I56B 5I58A 2W7YA 4H1XA 1BTJA 4R2BA 4U4XA 4U22A 5KZTA 4GWOA 1QW0A 3THIA 3OSQA 2WKYA 2V3UA 2V3QA 4OEUA 3TQLA 1MPDA 1MY4A 4G8NA 4OENA 2XX7A 1EH3A 4UA8A 3PUWE 2F78A 4JDFA 3O6GA 4NF6B 3KN7A 4O3CA 4R9FA 3W9VA 3V83A 3CIJA 5ICQA 1QULA 1XVYA 3CSBA 3E4RA 1FQAA 1LAHE 1D9VA 2F7AA 4OFLA 4G2ZA 1SVXB 3Q26A 1TT1A 3KN8A 1JW4A 2O7UA 4EQ7A 2XHDA 2F8DA 3FJMA 3U94A 3TTNA 3DP4A 3CI8A 1PEBA 1S9TA 4YU0A 4ELPA 1B6HA 4DZ1A 2RC8A 4LUBA 3N94A 4KI0E 4LQ5A 5ELVA 1PBQA 3A3CA 4ZE9A 3KN3A 4AB6A 1QKAA 2Q88A 1FQBA 1MH3A 4MH5A 4K3FA 3B6WA 4XTCQ 5FHMA 3H6TA 2ONKE 2THIA 1FTLA 3G3HA 3U92A 4QFLA 2M8CA 5TPAA 1JNFA 3RNNA 2A5TB 4JXIA 3W9WA 3K1PA 3ONMA 3D4GA 3AXFA 1MRPA 4OZ9A 3TODA 1DPPA 2I3WA 2B3FA 3PD8A 2VP1A 1N76A 3OO9A 4E0XA 3GBAA 4GRKA 1MY2A 2ZYMA 1LSTA 2DOJA 2V93A 1EZOA 4PE5B 2XXRA 1XOCA 3GZGA 1H44A 1NL5A 2HCAA 3U1OA 4TQUQ 3U8QA 3U93A 1Y3PA 2H9BA 1Y4TA 4G8MA 2O51A 1HSJA 3DM0A 1B3FA 1MY3A 1D3KA 4KQPA 1OVTA 3M3KA 4BDNA 4ESXA 1B0HA 2I6EA 4KCCA 4WEDA 3SEUA 4G68A 2XX9A 3H3GA 5I58B 3MUQA 3QUFA 1WVJA 1IQ7A 1JEVA 3OEKA 3TKDA 1MXVA 5AE4A 1Y3NA 1Q1KA 4JBZA 3O6HA 2DWHA 1NNTA 4R73A 1UTBA 2GHBA 2B3BA 4R6YA 4IO6A 3SEVA 2Q9TA 3VDFA 1DSNA 4OERA 2XXXA 4IO2A 2KLFA 3QUJA 3K6VA 4GF8A 5CMMA 2Z8DA 3CSGA 1I6BA 3O66A 4QFPA 1HSEA 3FXUA 4MLVA 4KYDA 4LATA 1I6AA 4NWDA 3V89B 1A8EA 3CFLA 3B6TA 1M5CA 2H4IA 5AA2A 5DVIA 1ZKBA 5H8QA 4KCDA 4R6KA 3T9HB 3FATA 3PPQA 2I3VA 4Q0CA 2ZNTA 1VFDA 4F1UA 4C0RA 1USYH 5DYHA 4DIGA 1SW2A 5DVFA 3IOWA 3G3JA 3PUYE 2P0SA 3MJNA 3S9LC 2DE4A 2DXYA 2NOOA 4NF8A 4IO4A 4H8IA 3IJXB 1O7TA 5TPAB 3VVDA 2ANJA 4F1VA 2Z22A 3VLVA 2F36A 4H8JA 4PP0A 3M3FA 5CBRA 2V84A 4YKJA 1S7YA 2Q89A 4EF1A 2PX1A 1N3WA 2XXIA 3LBSA 4DXBA 1B1HA 2UVHA 1ZIUA 4YB5A 2Z8EA 2DWAA 3IAZA 3TTKA 1B9JA 2V3TA 3V5AA 2G93A 3SETA 4EF2A 4ND9A 2Y84A 1MM6A 5CMBA 4G68B 1OIBA 1B1XA 1Y4CA 4EXLA 3MZ1A 1XVXA 3PUXE 2XD2A 4C1TA 2GHAA 1UTBB 3A3UA 1B3EA 1B7ZA 2AIXA 4LZ7A 4PFTA 4LVQA 1VSOA 3FXQA 1LCTA 5JTYB 3CR9A 1F9BA 3E3KA 1B4ZA 1MY1A 1TWYA 4JWXA 3TTRA 2DE3A 3SESA 3QIMA 4WKMA 4LZ8A 2ZYKA 3IK6B 2Y7PA 3T22A 3DLNA 3MZ9A 1SD3A 2BJJX 2RC9A 3IOUA 3T66A 3E13X 2QS4A 4DLDA 1AMFA 1AL3A 5K2XA 4GD5A 5AA2B 3KFMA 2DVCA 5H8QB 5F1QA 2Q2AA 2PBWA 4YMBA 3C4MA 2O69A 3VLWA 3FUZA 1FQFA 3ILUB 3KSJA 4FIMA 4KR5A 4QFOA 2IA4A 3C36A 2Z23A 2ZYOA 4LQ2A 4YB6A 1QVSA 2Y7RA 3FVKA 4RXLA 3CG3A 3TCGA 3FXRA 2DQVA 3L6HA 3HV1A 1RKMA 3LC8A 1P1NA 3TQWA 5FHOA 5DTBA 1S50A 3BKIB 5CI5A 5K2YA 1B51A 1B4HA 1MPCA 2NUVA 4P0GA 1AOVA 4R2FA 1URGA 4BLAA 4RNSA 3G3KA 3VV5A 3HHGA 4IO5A 5H8SA 4F3PA 2H25A 1XHYA 2YPNA 1NKXA 3KJTA 5I2KA 3BFTA 3C31A 1RYXA 2A5SA 1NNPA 3RT8A 2O1LA 1DTZA 4OFOA 2QS1A 1RYOA 1Y9UA 2VHAA 4PFYA 3T9XB 4XKNA 3KZGA 1N7XA 4H67A 1QJMA 5I59A 3ZKLA 3PGFA 3GBBA 4H6DA 3M8UA 4O3BA 2ZNUA 5L9MA 3C9HA 4ZEKA 2AL4A 3T9VA 1QUKA 1MXZA 3TEPA 5CM6A 1D9YA 2I49A 3IB2A 4YKIA 3MVZA 3QK6A 5AA3A 2ESNA 3DELB 3O28A 5L9SA 1URSA 3TCHA 4OESA 4GXAA 2ALUA 4TLLB 5AA4A 2XXTA 1YAEA 3EHUA 3FVGA 3FJ7A 1IIWA 1POY1 4FECA 1IXHA 4I9DA 1PC3A 5TP9A 4AQ4A 3S2VA 2RC7A 1ZU0A 1BIYA 3OO6A 4TLMB 4MBPA 3SERA 4YICA 4DE8A 1POTA 2UXAA 1EU8A 2UYEA 3G7WA 2Q2CA 2R9JA 3I5OA 3B6QA 3O2AA 4LP2B 2OBGA 1MQIA 4U23A 1MY0A 1Z7ME 3H6VA 4M1VA 1XS5A 4NF5A 3N6TA 4ZEFA 3H03A 1O63A 1LB8A 1URDA 2DP8A 4OFJA 3MVYA 4R6HA 1DPEA 1LAFE 3VVFA 1CB6A 5KDTA 1ELJA 1R9LA 2VGQA 3HO7A 3IORA 4FE8A 3MPKA 3MZBA 5ISUA 2H99A 1LAGE 4RJZA 4IO7A 3D4CA 3EHTA 3F11A 3IOVA 2FYIA 4U4SA 3K01A 2ONRA 4HS7A 4DCYA 4ZS9A 4Z0IA 1KWHA 3TELA 4OXVA 1VFEA 4F39A 4ZEBA 5HBCA 3DP6A 5I2KB 4BDLA 1JVYA 4QF9A 4ISUA 4YMAA 5ITPA 3UIFA 4KFQA 1OMPA 3Q28A 2REJA 4IO3A 4JWYA 1US4A 4POWA 3EHSA 2DSFA 3UP9A 5H8NA 3VE1B 5I59B 4NWCA 3Q25A 3QXMA 3RGYA 1M5EA 3MP8A 1GV8A 4RPNA 1SQYA 3M3LA 4G4PA 5IAIA 1MQGA 1MDQA 4NF4A 3ECRA 4UACA 4KYSA 4IGTA 2ZYNA 3O97A 4H0WA 1BP5A 1MQDA 1D4NA 1P1OA 3TYHA 1MPBA 5JTYA 2Q8JA 4QHQA 2AL5A 3FGSA 3KSXA 1R1NA 4ZECA 4POXA 5DEXA 4FAJA 4QSCA 5AA4B 1MDP1 2Z8FA 5B7DA 2H98A 3MP6A 2P2AA 4L17A 2XXQA 4F31B 3MW0A 5JEIA 4WXJA 4IY6A 3PMWA 5TP9B 1Z7NE 3VXCA 1SBPA 4EQBA 3E9XA 1N7WA 2X7PA 2G29A 2F97A 1B5JA 1P1QA 4LA9A 3FD3A 4YB7A 1XT8A 3R7XA 2QS2A 4THIA 3KEIA 3HSTA 1USYE 1PB7A 2NVUB 5B70A 2OLBA 4NF5B 4H65A 1ZJLA 1ATGA 1WDNA 4XKPA 3PMXA 3H06B 1N04A 4TOZA 4ZEIA 3TUSA 5KCJA 4I8CA 1PDAA 5I2NA 1M5DA 3Q27A 4OETA 5KDTB 5HM4B 3KG2A 3K6UA 3RTWB 3TTLA 4GVOA 2R6GE 2PYYA 3O9PA 1SYHA 5AA2D 3N26A 3DP8A 3OELA 1UIVA 2QL3A 1P1UA 1FCKA 3ZSFA 4ZDMA 1L5TA 4R72A 3HHFA 3N6UA 1B5IA 2F6GA 1MG1A 4QFKA 3MWBA 3TPAA 4N13A 1A54A 1ANFA 5A5XA 5H8FB 2E0SA 1IZ1A 2X26A 1QUIA 3HCQA 3MP1A 4X9TA 1YCJA 3UORA 2DWJA 3MBPA 3OSRA 5H8NB 1MXUA 3QYTA 2ZXTA 4F3SA 4JWOA 4Z7EA 4ELRA 4F29A 4IGRA 3UN6A 3FJGA 4NF4B 1N3XA 1UTHA 1TFDA 4EDPA 3EF7A 1YTVA 1J1NA 4DXUA 1VE4A 4DCXA 2I4CA 2DS9A 5DEXB 2I0BA 1GGGA 2QMXA 1TXFA 3SEXA 1DTGA 3IJOB 4QFNA 2HZLA 1A40A 2ZNSA 1UIUA 2QPQA 3PV0E 2GH9A 5TU0A 3FVNA 4NMYA 4OQOA 2H5YA 3RTFB 2F34A 1B0LA 3S9MC 5FTHA 3GXAA 3RLFE 3QAXA 4F2OA 1OLCA 3PD9A 4OHNA 4HW8A 4GLIA 4GQOA 4KHZE 1OQHA 4DDDA 4JB7A 3OENA 1SYIA 2HXWA 2CZLA 3L6GA 1JW5A 1B40A 3A09A 3K00A 1I6QA 4PETA 1SI0A 2F35A 3RPWA 4F19A 3TCFA 4FJPA 4IY5A 1VR5A 1ZMGA 1R9QA 4BDOA 5I84A 4EXKA 4MFIA 4ESWA 5EHSA 3VVEA 5KCJB 3FVOA 3OO7A 4G8HA 5I2NB 3VXBA 1B7UA 3KGCA 3SEYA 2UVJA 5EYFA 3JV9A 1I69A 2QSXA 2YLNA 3UGWA 3T93B 1GR2A 1LLSA 5CRYA 5DT6A 1B05A 4DXCA 3ILTB 2D21A 1AH5A 3R6UA 4IB2A 4XKRA 4MF3A 3IR1A 2UVGA 2E1SA 5A5XB 4KPTA 3OXNA 4KD5A 4P0IA 3VFJA 3OO8A 1A7LA 4MLQA 1B52A 2PVUA 3K0VA 4ELQA 2QJEA 2OCUA 4YKKA 1JETA 3TZAA 4RA1A 2RCBA 1SDXA 4F22A 3LUYA 4OVJA 3SEWA 3H6UA 1A8FA 2XD3A 3ZKKA 3MPLA 5CC2A 4Q5TA 5ITOA 3O29A 1IITA 1IEJA 1UTHB 1LCFA 5H8HA 1Y3QA 4RY1A 4JSDA 4HCYA 1O64A 1T0KA 2LAOA 1H45A 2HEUA 3K1MA 4LZ5A 2I4BA 2XXYA 3PPNA 5L8DA 4FEDA 3TAJA 4OWDA 3WAEA 2FA7A 1IXIA 3N5LA 2REGA 4BDRA 2AYSA 5ICTA 4C1UA 2XX8A 1B3GA 3G3IA 4OYVA 4GXSB 5EHMA 4F3GA 4LONB 3IB0A 3RQTA 3CG1A 3IL1B 1N0TA 1B7HA 1Q35A 3K4UA 1SW5A 4EUOA 1OQGA 3HPIA 2O6AA 2UVIA 2Y7IA 2VD3A 4G77A 4Q8RA 2DE2A 1MXYA 3SKPA 4HCWA 1NH8A 3IX1A 2CMOA 1NMUA 1QUJA 2RKMA 1FTKA 5CBSA 3H7MA 3RY3A 2OWSA 3TDJA 2QRYA 2PMSA 2RF1A 4ZZAA 3T96B 1FTJA 4AB5A 3UK4A 1QKBA 3K6WA 4NE4A 2ZMBA 1Y1MA 3JZJA 4U1ZA 1EZPA 4QSDA 3S9EA 3C35A 4P11A 1LGBC 3OMBA 5H8FA 2O84X 4ZE8A 3SDFA 4F18A 3MAMA 4ONYA 4M4GA 3LSWA 2IEEA 4BDQA 5LOMA 2D5WA 2F7BA 1GTKA 1FQEA 3KBRA 3PPPA 1OVBA 1GVCA 3LSFB 1BLFA 3R26A 3TFLA 4F3BA 4GOTA 2DXRA 4Q30B 2D3IA 1JVXA 4PQJA 3BFUA 3K02A 4JSOA 4FEBA 2F6PA 3B7DA 1Y1ZA 2HQ0A 3MQ9A 1LBCA 3MVWA 2R71A 2GFEA 3ODBA 2I58A 2NXOA 1FW0A 1ZTYA 2DYXA 3C33A 5H8HB 4ELOA 4X1BA 3IO6A 2DWIA 4XXUA 1ZBMA 2ONSA 4FORA 4G68C 3H6WA 1HSLA 4XKQA 2PT1A 4GIZA 5I57A 3MVXA 1SW1A 1JW1A 3PUZE 4I1DA 2Y7KA 3C32A 1MQJA 1LBBA 3JYRA 3MC2A 4X48A 3KOSA 5DVJA 3QSLA 1Y20A 5FHNA 1PB8A 1MQHA 4PFUA 3H4ZA 2OJTA 2VD2A 1DMBA 4EQ9A 1WODA 3EQ1A 4ECFA 5CMKA 3CFZA 1OLAA 2YJPA 1MXWA 1YPNA 5IKBA 4YAHX 1DOTA 1NFTA 4F2QA 1II5A 3LSXA 3IO4A 4U2RA 4RK2A 5F7VA 5L9OA 4YKPA 5J1DA 2QMWA 3I3VA 3FZVA 2ABHA 1MH4A 3G3GA 1B2HA 2O68A 5CMCA 4OTEA 1CE2A 4R9GA 4X1DA 1NH7A 2OK2A 1P99A 2P1SA 1H43A 1LFIA 4O3AA 1EZ9A 3C34A 3TTMA 2X7QA 1IXGA 3FV1A 3GLBA 3IOTA 3K1NA 3IB1A 2I48A 4GFRA 3EN3A 5I56A 3S4UA 3U72A 3TMGA 2OZZA 1JEUA 1H3DA 1US5A 5BUUA 4H5FA 1M5BA 3I6VA 1R6ZA 2V25A 1PBPA 4NTLA 3ZS6A 3LSLA 4WEPA 2NWJA 2RCAA 1NNKA 2XXWA 3PMVA 4RYAA 1MXXA 4NF6A 1B32A 4N6PA 3G3FA 1A55A 3Q29A 3PU5A 5AA1A 4YZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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