The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
101
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sequence length |
303
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structure length |
303
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Chain Sequence |
AEDITLAVVTKPGSAQYVCAERFAQLLAERSDKRFNVVLHHSASLGTETDILQQVQLGAVQMAIVTTGTLDAFVPEMAALDFPFLFTDTTTADRVLDGPVGRGLLDRLSTAGFKGLHFSENGFRHLTNSIRPVMTPDDVRGLKIRVMESQVHRELWRTLGANPTPMGWPIYAELQQGTLDGQENPLWVIAEYRLNEVQKHLSLTGHVYSTHTDLANLAWFEALPANDRRLLASCMQDAALWQRTWSRQRDAAYLEQLRTAGMQVIERPDIATFRQRVQPLSGSALFEHKGVRKALEDLMAATR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
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| molecule keywords |
TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
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| publication title |
CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS (Deval_0042, TARGET EFI-510114) BOUND TO COPURIFIED (R)-PANTOIC ACID
rcsb |
| source organism |
Desulfovibrio vulgaris
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| total genus |
101
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| structure length |
303
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| sequence length |
303
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03480 | DctP | Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WYK A; 4DI4 B; 4NG7 A; 4N91 A; 3FXB A; 4N17 A; 4PFI A; 4MIJ A; 5CM6 A; 4X04 A; 4N8Y A; 4MMP A; 4PGN A; 4DI3 D; 5IZZ A; 4P3L A; 4MCO A; 4OVR A; 4OVP A; 4MHF A; 2HZL A; 2XXK A; 4N6D A; 4UAB A; 4MNP A; 4N15 A; 2ZZW A; 2XA5 A; 4P8B A; 4MX6 A; 4PDH A; 4OAN A; 2VPO A; 5I7I A; 2XWV A; 2ZZV A; 4P1L A; 3U65 A; 2XWK A; 2VPN A; 4NAP A; 2WYP A; 4PC9 A; 4N4U A; 4XFE A; 4YIC A; 4N8G A; 4PBH A; 3GYY A; 4NQ8 A; 4OVQ A; 4XEQ A; 4MNI A; 4PAF A; 4OA4 A; 5LTC A; 4YZZ A; 2CEX A; 4NX1 A; 4P1E A; 2PFZ A; 4NF0 A; 4MAG A; 3B50 A; 4PBQ A; 4O8M A; 4PF6 A; 4PET A; 4NGU A; 2PFY A; 2ZZX A; 4O94 A; 4X8R A; 4LN5 A; 2HPG A; 4PDD A; 4PCD A; 5IM2 A; 4NHB A; 4N6K A; 4MNC A; 2HZK A; 4P47 A; 4NN3 A; 4O7M A; 2XWI A; 4PGP A; 5IGA A; 2WX9 A; 4OVS A; 4PF8 A; 4PE3 A; 4PAI A; 2XWO A; 4P56 A; 4OVT A; 4PAK A; 2V4C A; 4MEV A; 5I5P A; 4P9K A; 2CEY A; 4PFB A; 4XF5 A; 4PFR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UGW A; 4NF4 B; 2O51 A; 1WDN A; 3VLU A; 3C36 A; 5FBP A; 3TCF A; 5IZZ A; 4Z0I A; 3MAM A; 4IO7 A; 2V3Q A; 1QUL A; 4UAB A; 1LAF E; 1A8E A; 4U21 A; 2F6G A; 2VD3 A; 3UK4 A; 3V89 B; 2R6G E; 4LZ7 A; 2AL4 A; 3S9N C; 1B5J A; 1FBP A; 2MKZ A; 4Z7E A; 5AA2 B; 1FQC A; 1MY2 A; 2DVZ A; 4AQ4 A; 3PMV A; 5K2Y A; 1H76 A; 3AXF A; 2F7C A; 4YIC A; 4WKM A; 5LTC A; 4OWD A; 2XXY A; 2I4C A; 2F97 A; 5LOM A; 2XX9 A; 3VXB A; 4ZEB A; 4PET A; 3O6I A; 4XXU A; 1AOV A; 1PDA A; 2P1S A; 4F3G A; 2RF1 A; 2Q2A A; 1OQG A; 4LZ5 A; 3E78 A; 1LCT A; 1P1W A; 4LN5 A; 4QFP A; 4PDD A; 1B46 A; 1S50 A; 2Y7R A; 1TT1 A; 4F39 A; 2O84 X; 3UA8 A; 3PD8 A; 3QXM A; 2XWI A; 3MBP A; 3CRB A; 2DDK A; 2RIN A; 3WAE A; 3IOW A; 2VOZ A; 3O2A A; 3TPA A; 3VFJ A; 3MPK A; 4DDD A; 4ZE8 A; 5CMK A; 2O69 A; 4LQ5 A; 2V4C A; 3MST A; 3OD7 A; 1M5D A; 3CSG A; 3HFU A; 3FVN A; 1O7T A; 4FE8 A; 1ZIU A; 2I58 A; 4DLD A; 3PTY A; 1NH7 A; 2F8D A; 1LCF A; 2B65 A; 3T93 B; 4OEV A; 4LAT A; 3VVF A; 2OZZ A; 3T9X B; 1LB9 A; 2RC9 A; 3QMF A; 1LAG E; 1JEU A; 2NUV A; 1BIY A; 4ND9 A; 3IB1 A; 2VPN A; 1GR2 A; 3G3J A; 4LUB A; 2HQ0 A; 3LR1 A; 4NAP A; 4JSD A; 4G68 A; 1N7W A; 3N26 A; 1Z7N E; 3UOR A; 3MP6 A; 1FBD A; 4PBH A; 2JJK A; 3H06 B; 5ET6 A; 4G68 B; 3OMB A; 4IO6 A; 1FQA A; 2HCA A; 3Q28 A; 4TOZ A; 4EUO A; 1MQI A; 1JVY A; 4FAT A; 3ZKK A; 1Y20 A; 2DE4 A; 3M8U A; 3QYT A; 5A5L A; 1K9Z A; 3QIM A; 5EYG A; 3C4M A; 2GQ1 A; 2DS9 A; 3FZV A; 4BDQ A; 2XXI A; 4QFO A; 1NNK A; 1MS7 A; 2QFL A; 4DZ1 A; 3U1O A; 4F22 A; 2DWA A; 2REJ A; 1ZBM A; 4G8M A; 3FJ7 A; 2V3U A; 4ELQ A; 1KWH A; 2ONK E; 2OWT A; 1B58 A; 3A3C A; 4KXP A; 3B7D A; 3FVG A; 3T66 A; 2Y84 A; 1O64 A; 3RQT A; 3EHT A; 1B05 A; 4KFQ A; 2XXQ A; 3I3V A; 3TYH A; 5I5P A; 4RJZ A; 3EQ1 A; 2R8T A; 4OYV A; 2ZYO A; 4ELR A; 4PFY A; 3EPE A; 1RDX A; 3O29 A; 5DYH A; 5EYF A; 5I58 A; 4MIJ A; 4ZEK A; 5CBS A; 1URD A; 3RT6 B; 1QJM A; 4MFI A; 2ABH A; 1IIW A; 1CE2 A; 5I58 B; 3DP4 A; 1B51 A; 1I6Q A; 1B40 A; 2QS3 A; 3C33 A; 2F7B A; 2DWH A; 1MDQ A; 1CNQ A; 5I7I A; 3KOT A; 5F1Q A; 3PU5 A; 3TTM A; 4OZ9 A; 2ZYN A; 1KA1 A; 2XWK A; 3SES A; 3FVO A; 1IMD A; 4ECF A; 2HHM A; 3FV2 A; 1MPB A; 3PPP A; 1FTA A; 3T0J A; 3IAZ A; 1FPI A; 1USY E; 3O6H A; 4MJO A; 2XX8 A; 4G8N A; 4P1E A; 1Y3Q A; 4NGU A; 4OVJ A; 3IO6 A; 3IK6 B; 5FHM A; 4ZEI A; 5DEX A; 5AE4 A; 1H43 A; 1NFT A; 3N6T A; 4PFW A; 3MPL A; 4PFU A; 5DEX B; 4E0X A; 2GRV A; 4GQO A; 2WX9 A; 3PUV E; 1NUZ A; 2CMO A; 3IOT A; 3O28 A; 1Y3P A; 1LFG A; 2F35 A; 1M5F A; 2P3V A; 1NV1 A; 3LBS A; 4PAI A; 3MC2 A; 3IL1 B; 4RK9 A; 3IOU A; 3D4G A; 1Q35 A; 4YMB A; 1MM6 A; 5CI5 A; 1BP5 A; 3R26 A; 3PPN A; 2O68 A; 4PFR A; 3S9M C; 5B7D A; 1RDZ A; 4FED A; 2O1L A; 4X9T A; 1FRP A; 1K9Y A; 3EHU A; 4DIG A; 2I6E A; 1JW1 A; 3RPL B; 3IB2 A; 4NF8 B; 4GL8 A; 4OVP A; 2B3F A; 2QMW A; 3WAF A; 2I48 A; 1YYZ A; 1EYK A; 2OWZ A; 2QRY A; 4HTG A; 1DPE A; 1MQG A; 3RUM A; 4R72 A; 4PFT A; 4BDL A; 1LBZ A; 1EZ9 A; 4X1D A; 1TXF A; 1FSA A; 4PC9 A; 5ITO A; 3OSQ A; 4F2Q A; 4XEQ A; 1XT8 A; 1XVY A; 2F5X A; 3CFX A; 1FBE A; 2Q9T A; 3C31 A; 1B9J A; 4NE4 A; 5EQ8 A; 1ZLQ A; 3LSX A; 1OIB A; 3S9L C; 4FBP A; 2HAU A; 4GBV A; 1Z7M E; 4OHN A; 4F29 A; 1H45 A; 3KJT A; 3E3K A; 1DOT A; 3PPQ A; 1QUI A; 1GV8 A; 1FPL A; 4QSD A; 1SYH A; 4IGR A; 4O3C A; 1FQB A; 1AIV A; 5L9O A; 2XXT A; 3MZ9 A; 4YB7 A; 3TQL A; 3RT8 A; 3H4Z A; 3FVK A; 4ESW A; 3QSL A; 1J1N A; 3W9W A; 3K6X A; 1WVJ A; 1QVS A; 2NXO A; 4F1U A; 3ZSF A; 2PX1 A; 5L9S A; 4MEV A; 1SW4 A; 2WBD A; 4RA1 A; 3OOA A; 3PMW A; 1FQD A; 1FQF A; 4DI4 B; 4NG7 A; 3FXB A; 5JK4 A; 4IGT A; 4POW A; 4EXL A; 4GX4 A; 1IQ7 A; 4QRZ A; 3H6U A; 3ODB A; 1DTG A; 4DI3 D; 3Q25 A; 3LUZ A; 4OVR A; 3VV5 A; 3S4U A; 2XXK A; 4IO3 A; 2DYX A; 4DCY A; 5I59 B; 4ZZE A; 1NV6 A; 1UTH A; 2XA5 A; 3NOH A; 1D9Y A; 3DEL B; 4RY1 A; 4H8I A; 3B6T A; 1URS A; 4MLV A; 5IZ3 B; 3FXU A; 3H03 A; 1A40 A; 3DP8 A; 3K1N A; 4LON B; 3KEI A; 4KPT A; 3BFU A; 4P11 A; 4O8M A; 1IXI A; 4ESX A; 3OEL A; 3MYU A; 3DLN A; 3MZ1 A; 4OEU A; 3HN0 A; 5TPA A; 4QHQ A; 1NNF A; 1NV3 A; 3F11 A; 1OLC A; 1S9T A; 1MXX A; 4C0R A; 3TTR A; 4OMB A; 1NNT A; 2ZXT A; 1A8F A; 3PMX A; 3IO4 A; 2D3I A; 2I3V A; 1B7H A; 5HM4 B; 2HFB A; 1DMB A; 5I57 A; 2QVR A; 4I9D A; 2ZYM A; 4XKQ A; 1ZKB A; 4H46 A; 4GWY A; 1B3G A; 4NWC A; 3V8X B; 1IME A; 5I57 B; 1OVT A; 3KC1 A; 3OO9 A; 1IXC A; 4RPO A; 1NUW A; 3IOV A; 2I0B A; 1EZO A; 1LST A; 3ILU B; 1D3K A; 4OER A; 4N6P A; 4DXU A; 5H8N B; 1FTO A; 3M3F A; 2WYK A; 1MY4 A; 1FJ6 A; 2RCB A; 1BLF A; 2QVU A; 3UIF A; 3TTK A; 4H5G A; 4G4P A; 4JDF A; 3IJO B; 4PGN A; 1D9V A; 2PYY A; 4YAH X; 1QW0 A; 1OVB A; 4NF6 A; 3RYD A; 5I56 B; 1ZMG A; 1JET A; 4OFL A; 4N13 A; 3SER A; 1N7X A; 4FIM A; 2FVZ A; 2DXY A; 3K0V A; 3LSF B; 1SW1 A; 3IB0 A; 4R6K A; 2H99 A; 3L6H A; 1MDP 1; 2WYP A; 4XKP A; 3QK6 A; 1LFI A; 1HSE A; 3IX1 A; 1IZ1 A; 4OVQ A; 4PAF A; 4FAJ A; 2H4I A; 4OTE A; 2CEX A; 1I69 A; 4H65 A; 3M3K A; 4ZED A; 3U8Q A; 4F19 A; 1SW2 A; 5AA2 A; 3H6V A; 3W15 C; 5I3S A; 1FW0 A; 4KYS A; 2F36 A; 1URG A; 2FBP A; 4YB6 A; 1P1O A; 1FPB A; 4G61 A; 5J1D A; 1RDY A; 3K02 A; 2G93 A; 4U4X A; 3MVZ A; 1TWY A; 1KA0 A; 1MXZ A; 4P47 A; 5CC2 A; 5I84 A; 4QFN A; 1SPI A; 4GRK A; 4PE3 A; 4F1Y A; 2XWO A; 1R1N A; 5DW8 A; 2B4M A; 2R71 A; 4JSO A; 1AWB A; 1NV2 A; 4GBW A; 4OEN A; 4HE1 A; 1MY3 A; 2V84 A; 3D1R A; 3FAT A; 4JWO A; 2AIX A; 3N94 A; 2F3D A; 3OO8 A; 4NTL A; 5AA4 B; 5FTH A; 2UVI A; 5I2K A; 1TFD A; 2ONR A; 1SYI A; 2Y5L A; 5I2K B; 1Q1K A; 3KBZ A; 5CRY A; 3EHS A; 1RYO A; 1POT A; 4P8B A; 4MX6 A; 2ZNU A; 4E0W A; 1US5 A; 3H6T A; 3HPI A; 3U65 A; 4Q8R A; 1GTK A; 4N81 A; 5DT6 A; 4ZDM A; 4KI0 E; 4HE0 A; 1IXH A; 2UXA A; 4ONY A; 4LP2 B; 1EYI A; 5KDT A; 2PFZ A; 4NF0 A; 1Q9D A; 1HSL A; 1MQD A; 1YXI A; 4F3B A; 5KDT B; 3UN6 A; 2DP8 A; 2DOJ A; 2D5W A; 3RTF B; 4I3Y A; 2Q8J A; 3TEL A; 4IY5 A; 2HPG A; 3H7M A; 5ISU A; 2F34 A; 1D9Q A; 2V3T A; 2AL5 A; 3T9V A; 4O7M A; 3PUX E; 1O63 A; 5IGA A; 5KCJ B; 2WBB A; 5EHM A; 1LLS A; 2Y7I A; 2QMX A; 4ZZA A; 5DVI A; 3PUY E; 3V83 A; 3FV1 A; 1B5H A; 3TEP A; 2F6P A; 1DPP A; 4M4G A; 1EH3 A; 1P99 A; 4I40 A; 3QUF A; 3H6W A; 2UVH A; 4UAC A; 4EQ9 A; 4I62 A; 2H98 A; 1Y1Z A; 5H8F B; 2DVC A; 3OO6 A; 1IUD A; 4QSE A; 3CIJ A; 4WED A; 3OO7 A; 1LAX A; 1ANF A; 1FTK A; 1LBX A; 3LC8 A; 2HXR A; 4QFK A; 3B6W A; 3Q29 A; 4F3P A; 1OLA A; 1XOC A; 1Y4T A; 5M2V A; 1LBV A; 4OFJ A; 4F31 B; 3PPO A; 1H3D A; 1ZJL A; 3JYR A; 4RK2 A; 4THI A; 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