2Z8FA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with lacto-n-tetraose
Total Genus 146
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
146
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
total genus 146
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA02
3TPAA 4Q30B 2DE2A 5H8NB 3KG2A 3IOVA 4OWDA 4PE5B 1MG1A 1XC1A 3RLFE 4BLAA 1OMPA 1UIVA 4ELQA 2ALUA 4PFWA 3SEXA 3R7XA 1BLFA 1US4A 4NF6B 5DVFA 2I58A 3VFJA 5TPAB 4F1YA 1PDAA 2DOJA 4R6KA 1LSTA 1SVXB 3PMVA 3OO9A 5CMCA 3KOSA 3K1NA 3N26A 2X26A 5I2NA 2NVUB 4H8JA 4LATA 5ITOA 3TDJA 1D9YA 3SESA 1USYH 1B3FA 1O63A 4P0GA 4OVJA 4ELRA 3HN0A 2R6GE 5F7VA 1FTMA 1LCTA 4KD5A 3CRBA 3MP1A 4GD5A 3RUMA 2ZNUA 1NKXA 1VFEA 1N84A 4K3FA 2I4CA 4RK2A 1NMUA 1IITA 3IO4A 1MQJA 2Q2AA 3QK6A 2E0SA 2XXQA 2I0CA 5K2XA 2QSXA 4LQ2A 3RTFB 4QF9A 1URSA 2Z8DA 4WKMA 1YTVA 5M2VA 2XXIA 4YICA 3ILUB 4QFKA 2QS4A 4Z0IA 1MH4A 3HHGA 3SEUA 4DLDA 1MY4A 3KN7A 2A5TB 2V84A 3N5LA 2BJJX 2F7CA 3K6VA 1B0HA 5AA3A 3M3KA 3HSTA 2LAOA 4DIGA 3G3GA 4YB6A 4FIMA 5AE4A 2GRVA 3GLBA 4G4PA 3IORA 2VGQA 3FJ7A 2VP1A 3A3UA 3TTMA 4ND9A 2UVJA 2I0BA 1PB9A 3C31A 1A40A 1ATGA 2XX7A 2RKMA 2A5SA 4UACA 2R9JA 2UYEA 3MBPA 4KYSA 5H8FB 1UTBB 1LAXA 3HV1A 5KDTB 1SD3A 4QRZA 3OSRA 3OENA 4NF5B 1N76A 2V93A 3TUSA 3FXUA 4YKKA 5I57A 4EXKA 4BDNA 3S9EA 2RC7A 3BFUA 2E1SA 3H6VA 2XD3A 3GXAA 2Q2CA 2NOOA 4ZECA 4G68C 4MBPA 5DEXA 3OEMA 4N07A 1RYOA 4MLQA 3TYHA 1B5IA 3PU5A 2P0SA 2AYSA 3HPIA 2RINA 2O84X 1N3XA 3KSXA 5L9MA 3O29A 4X1DA 3IL1B 5I2NB 4KPTA 3A3CA 2REGA 5DTBA 3PPNA 4ELOA 1HSEA 1R6ZA 1II5A 1M5BA 2O51A 2OWSA 3BBRA 3OELA 1JEUA 1A8EA 3DP8A 1LB8A 4H6DA 1YPNA 1LBBA 4KQPA 3OD7A 1PB7A 3HCQA 1JW5A 2Q8JA 4DXCA 1IXHA 5CI5A 3ILTB 3ZSFA 3JYRA 4GVOA 3LSLA 2F5XA 1LAHE 3ZS6A 2ZNTA 4KCDA 2OLBA 2HAVA 1PEBA 4U21A 2WKYA 4XKQA 3D4CA 1FQBA 3FV1A 3TTLA 2XXTA 4HS7A 2OBGA 5B7DA 3UGWA 4IGRA 1SYIA 1OLCA 3W15C 1D3KA 1M5FA 1LAGE 3R26A 1Z7ME 1MPCA 4AQ4A 2XXYA 3MZ1A 1YCJA 4P0IA 3PPRA 3FXRA 1MXVA 2UXAA 2F7BA 4YKPA 1I6BA 1KWHA 4U2RA 4QSDA 3GBAA 3PD9A 1B1XA 4OFOA 4IO5A 1N7XA 4DXBA 2Y7RA 2KLFA 3OOAA 4IO7A 3B6WA 2V3TA 2D5WA 3IJXB 1FTLA 3RGYA 4HCWA 1TXFA 3IB0A 4PFTA 1VFDA 1UQWA 4AB6A 2F8DA 3OSQA 4G8MA 1DTGA 3QAXA 2HEUA 1MDQA 2I4BA 5I57B 1DPEA 2YLNA 4NEDA 4DZ1A 2DS9A 1DMBA 1QW0A 4F1VA 4KYEA 3OO7A 2QL3A 1PC3A 1SW2A 4R6HA 4U22A 4EQ9A 3RNNA 2HFBA 5CRYA 1NFTA 2Z22A 2H5YA 1B58A 3IJOB 1FQCA 5FHMA 5DEXB 4ZEKA 1Q35A 3WAFA 4U1OA 4JB7A 1NNFA 1B46A 3PV0E 3HO7A 4FATA 4F19A 1IUDA 4MH5A 3CVGA 3FV2A 3CFLA 1ZTYA 1GTKA 4ESWA 1EU8A 3FJMA 3PPOA 1SW1A 1Y20A 1ANFA 2Y7WA 5I2KA 1IIWA 5ICQA 4H5GA 4Q8RA 4H65A 3MP8A 5I84A 4F18A 1MXXA 1QVSA 3CFXA 3K0VA 1VSOA 4IO4A 1QKAA 1Y1ZA 1MQDA 4RNSA 3VXBA 3KN8A 3T9UA 1B3EA 3K1MA 2DXRA 1I6QA 2ZYMA 5CMBA 1PB8A 1FTJA 4QFLA 1BKAA 3V5AA 1P1NA 2V3QA 4HCYA 1JW1A 3EHTA 5DVIA 1PBPA 4O3AA 1RYXA 1MM6A 3VV5A 3PUXE 4KR5A 3U8QA 1MY0A 2DWIA 4YB5A 1R9LA 1MXWA 3KJ7A 1TT1A 4EUOA 1FQAA 4U4SA 4JWYA 1GVCA 1D4NA 4GF8A 1B7UA 3H6UA 5BWJA 3IX1A 1H76A 2PT1A 1AMFA 1B0LA 1IXGA 5I56A 1O64A 3F11A 3MVXA 1B9JA 3VDFA 1GV8A 4OENA 3TKDA 1ZJLA 3H6TA 4JBZA 5KZTA 5AA2A 4I9DA 2ZMBA 2FA7A 3VLVA 4OESA 3CSGA 1N04A 2Y7KA 1TWYA 4UA8A 3M8UA 1OVBA 4ZEIA 3CIJA 1H44A 3TTNA 1R9QA 4YMAA 4JWXA 4LZ7A 1TFDA 3TAJA 3LBSA 5CMMA 2DWAA 2O7IA 1ZKBA 1L5TA 2YPNA 1EZ9A 3VXCA 2FYIA 4I62A 1Q1KA 1MQGA 3G3HA 3DELB 1XVYA 1B7HA 3B7DA 1P1QA 1JNFA 4XKRA 1WODA 4IGTA 5L9SA 1N0TA 1B1HA 1WDNA 1RKMA 3O6GA 3VLWA 1B3HA 5I58B 5L8DA 3T22A 1IZ1A 3A09A 5I59B 2XXUA 4RYAA 2HZKA 4OTEA 4PFUA 5AA4A 4KCCA 3RQTA 3RY3A 4OFLA 4GL0A 5I2KB 3EHUA 1GR2A 1LGBC 4FEBA 3DLNA 5JEIA 5H8QA 3OXNA 4R73A 5HBCA 4F3PA 3EF7A 2D3IA 1BIYA 2F6PA 4GFRA 4IB2A 4FAJA 4LZ5A 2DE4A 3O6IA 1HSLA 5FHNA 3OEKA 1XHYA 3LUYA 1LCFA 3VE1B 5F1QA 3DM0A 4F29A 2UVIA 2ESNA 1LFHA 2O6AA 3MVWA 2I6EA 3VVEA 2PVUA 3U72A 4WXJA 4ZEDA 3EQ1A 3E3KA 3BFTA 3MC2A 4H0WA 1NNTA 5L9OA 3SEVA 2HZLA 1XVXA 3MQ9A 4PETA 1LFGA 3O9PA 5HM4B 3H3GA 1Y3QA 4ZEFA 4ZDMA 4C1TA 2HCAA 3DP4A 1I69A 4TLMB 2Z8FA 1B40A 2XXXA 2VD3A 1NNPA 5I56B 1HSJA 2F36A 3PMWA 3C36A 1JW4A 4GIZA 4F31B 2H98A 3C35A 4OEVA 5AA2B 4GRKA 4ONYA 3K2DA 3TMGA 3C32A 3T66A 3MZBA 5AA2D 4KHZE 4E0WA 1UIUA 1WVJA 3W9WA 3T93B 1T0KA 3L6HA 3U92A 3SKPA 3M3FA 1DSNA 1B4ZA 1XT8A 4BDLA 3L6GA 1S9TA 3IK6B 1MXZA 1CE2A 3MPKA 3TCFA 3KJTA 3FVNA 2PYYA 2DWJA 3OO8A 2RCAA 2VHAA 4M1VA 3G3IA 3O2AA 1QUIA 2ABHA 2PX1A 1POTA 4XIGQ 4OHNA 3U93A 1NL5A 2QJEA 2DSFA 4R75A 3H7MA 4EQ7A 4LUBA 1QKBA 4IO6A 3N94A 2DVCA 5EHSA 3FD3A 3C4MA 1B51A 5AA4B 4H5FA 3I6VA 3K00A 3SETA 3R6UA 4X48A 1URGA 5H8NA 4PQJA 5KCJA 3S9NC 3W9VA 2F97A 1B5JA 3IOWA 2G29A 4G8HA 4U4XA 4NF4A 3WAEA 4ISUA 4JDFA 5AA1A 2QMXA 3K02A 4NF6A 3RT8A 2RCBA 1JETA 3BKIB 1JQFA 5TPAA 3PUZE 3E9XA 3U1OA 3IAZA 1VE4A 4Q0CA 4YZZA 1AH5A 2DXYA 3MJNA 3MZ9A 1Y3NA 4ZZAA 3TCHA 4LP2B 3TFLA 3UA8A 5EHMA 4R74A 3KZGA 2IA4A 2R71A 5ISUA 1IXIA 2HQ0A 4F3SA 4H67A 3PD8A 4Z7EA 5JTYA 2VD2A 4U1ZA 3MVZA 4N6PA 1B2HA 5CC2A 3PPQA 1N3WA 3T96B 4KFQA 3Q28A 2O1MA 1NNKA 3KOTA 2NXOA 2O69A 5ITPA 2RC8A 3CFZA 2DVZA 3H06B 4OQOA 3KEIA 1SI1A 5ELVA 4QFNA 4NTLA 2B65A 3IOTA 1SYHA 3PMXA 4G77A 3MVYA 3Q27A 2PBWA 3TTKA 1P1OA 4ZS9A 4C1UA 4NE4A 5CMKA 4MLVA 4DXUA 2ONRA 4LONB 1J1NA 4QSEA 4U23A 5JK4A 3THIA 1B3LA 2X7QA 3TQWA 2Q9TA 4RJZA 2XXPA 4XKPA 4OMBA 3D4GA 1MS7A 2A5TA 1QUJA 3CG1A 1B7ZA 1EH3A 1FQDA 3K6XA 3IO6A 1Y4CA 1TFAA 1VR5A 4ZE9A 4M4GA 1Y9UA 4I8CA 1US5A 3TODA 1YAEA 4IO3A 1OVTA 4NMYA 3E4RA 4R72A 2ANJA 1A8FA 3I5OA 4OFJA 4EQBA 3RT6B 5B70A 1B6HA 4EF1A 1SW5A 1R1NA 1AIVA 3C34A 2Z8EA 4ELPA 4O3CA 3FATA 1A7LA 4BDRA 4F1UA 4EDPA 1H3DA 3EPEA 3RPWA 1URDA 5A5XA 3T9VA 1A55A 3V8XB 5ICTA 4R9FA 4NWCA 3KSJA 3SDFA 1IXCA 4EF2A 5H8HA 2H4IA 2CZLA 5KCJB 1MQIA 4TLLB 2QRYA 2NUVA 4OETA 5EYFA 4AB5A 3QSLA 4NF4B 3ZKLA 3M3LA 2ZYNA 4DCYA 1ZBMA 3T9HB 4I1DA 4FJPA 1NH8A 3V89B 1IQ7A 1DPPA 3O6HA 3VVFA 2DE3A 1JEVA 1OIBA 5FTIA 5CBSA 1AOVA 5J1DA 1FTOA 4YB7A 3Q25A 5JTYB 3TTRA 1MY1A 4PFYA 5IAIA 2O7UA 3CR9A 4F39A 4E0XA 4GLIA 3MP6A 2UVHA 3G3KA 1D9VA 3LC8A 3PUVE 1BTJA 4HTGA 4BDMA 2F6GA 3K1PA 1S7YA 4GXSB 3O97A 5K2YA 2AL4A 4THIA 5IKBA 1PBQA 4OEUA 2I3VA 2VOZA 4LVQA 3KN3A 4LZ8A 3K6WA 2ZYOA 4R9GA 4LA9A 2OJTA 2QMWA 4BDQA 1MM7A 3Q29A 3C33A 3TZAA 4NWDA 4NF8A 1SBPA 3UIFA 3SERA 3GZGA 5DYHA 1BP5A 2IEEA 2M8CA 3HHFA 3QUFA 5HPQA 1M5CA 1MY2A 4ZZEA 1MQHA 1QJMA 3DP6A 3MWBA 4GQOA 1B3GA 1MPBA 5CM6A 4KI0E 1QUKA 5TU0A 3QIMA 4RPNA 3CG3A 1F9BA 4FECA 3JZJA 3H03A 3LSWA 2QS2A 4WEPA 2CMOA 2OWTA 3IB1A 2Y7PA 1ZLQA 2AIXA 3TELA 3UK4A 4R2FA 4YAHX 4LQ5A 1OLAA 3PUYE 4YMBA 5TP9A 4QHQA 3QXMA 3H4ZA 3B6TA 3ONMA 4RK9A 2F7AA 3VVDA 3MAMA 3RTWB 3TQLA 3OO6A 4FE8A 3IB2A 2THIA 2V25A 2V3UA 4O3BA 3KBRA 2ONKE 5A5XB 4ECFA 4MFIA 3T9XB 4JWOA 2ZYKA 5FHOA 3FIRA 3AXFA 2X7PA 5H8HB 2HXWA 2B3BA 4POWA 3ECRA 3O66A 1UTHA 3FXQA 2FNCA 2Q88A 1MH3A 2OK2A 4OZ9A 4IY5A 5BUUA 4R2BA 3CSBA 2GHBA 4RA1A 4JXIA 1Y4TA 1ZIUA 4G68A 3IOUA 1Y3PA 3S2VA 1EZOA 2XD2A 2RC9A 2UYFA 3E13X 4Q5TA 4HW8A 3LSFB 2RF1A 2DWHA 1I6AA 4GOTA 3FVGA 4G8NA 3O28A 3FGSA 3K4UA 1EZPA 2F35A 1ZMGA 2AL5A 1N7WA 1MY3A 3MPLA 2GHAA 1LLSA 3Q26A 3N6UA 4OXVA 1A99A 2XX9A 1B4HA 5H8SA 1B52A 3FUZA 3USDA 1POY1 4OERA 1LB9A 3PPPA 1SDXA 4DE8A 4H1XA 2QS1A 1Z7NE 4RY1A 1O7TA 2OCUA 4YKIA 2XXRA 4ZE8A 1B5HA 2OZZA 1M5DA 4F2QA 1P1UA 1XS5A 1MDP1 4ESXA 3U94A 1FCKA 2I49A 2ZNSA 1M5EA 3FVOA 3ZKKA 1P1WA 1SQYA 3V83A 1FQFA 2DP8A 4NF8B 3MW0A 3G3JA 3H6WA 3CI8A 4DDDA 5H8QB 2Z23A 3P7IA 1B05A 3OMBA 1FQEA 3UORA 1DOTA 1USYE 3UN6A 4L17A 1MRPA 2XX8A 1XOCA 4XTCQ 2B3FA 2O1LA 1ZU0A 3PUWE 3LSXA 2NWJA 1H45A 3FVKA 4DCXA 4WEDA 5LOMA 1LFIA 1DTZA 1JVYA 1AL3A 5TP9B 1FW0A 1MXUA 2PMSA 1NH7A 3G7WA 3RN8A 4YU0A 4QFOA 4RPOA 2F34A 2P2AA 4KYDA 1P99A 4IY6A 4H8IA 4YKJA 3KGCA 1LAFE 5FTHA 4BDOA 4G2ZA 3JV9A 1ELJA 2H9BA 2H25A 1SW4A 1OQGA 4POXA 4QFPA 4N13A 2P1SA 1A54A 3S9MC 3QYTA 3K6UA 3N6TA 3GBBA 1UTHB 2D21A 3TCGA 2GH9A 3C9HA 1GGGA 2UVGA 2H99A 2DYXA 2F78A 2O68A 4PP0A 2XHDA 4X1BA 3KFMA 3EN3A 2HAUA 2G93A 3S4UA 1B32A 2Y7IA 3SEYA 4GL8A 4GWOA 1Y1MA 4G68B 4P11A 4XXUA 3G3FA 3QUJA 2Y84A 2GFEA 2REJA 1MXYA 3K01A 2YJPA 3PGFA 4JSOA 4QSCA 3LR1A 2I48A 4MF3A 3SEWA 2DQVA 4TOZA 3MUQA 5I58A 4F22A 3IR1A 4TQUQ 5I59A 3B6QA 2XXHA 1H43A 1S50A 3EHSA 2ONSA 4X9TA 2QS3A 2W7YA 3I3VA 1JVXA 5CBRA 3UP9A 4JSDA 3VLUA 4EXLA 3FASA 1FTKA 1OQHA 1IEJA 1MPDA 4F3BA 4XKNA 2PT2A 4FORA 4OYVA 4ZEBA 2Q89A 4F2OA 4IO2A 1QULA 5DT6A 4GXAA 4FEDA 4F3GA 5H8FA 2QPQA 1UTBA 5KDTA 4C0RA 4R6YA 2XXWA 3FJGA 1LBCA 2XXVA 4NF5A 4RXLA 2I3WA 5DVJA 1SI0A 3S9LC 3TEPA 2ZXTA 3ODBA 1CB6A 3FZVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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