4DDDA

Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
SLNREYILIGTGSMTGVYYPIGGSICRFIASDYGKDNKIICSISSTTGSVYNLNSIRYSNMDISIVQSDLEYYAYNGLGFYEKMLPMDNLRMLASLHKEYLTIVVKKSSNISVIDDIKGKRVNIGSPGTGVRVAMLKLLGEKGWTKKDFSVMAELKSSEQAQALCDNKIDVMVDVIGHPNASIQEASATCDIKFIPLDDRLIDDLHAKYPYYQKDIISGGLYNDSPDIQTVSVKASLVTTTELSNDLAYKIVKSIATHLRELRSITGALKTLTVQDMAKSSITPMHDGAERYYKEIGAIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
rcsb
molecule tags Immune system
source organism Ehrlichia chaffeensis
molecule keywords Immunogenic protein
total genus 100
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16868 NMT1_3 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dddA01
3CIJA 3FXRA 1ATGA 2I3WA 4LP2B 4F3GA 4H65A 1TXFA 5DVFA 4ZEIA 1M5EA 1MPCA 4WEPA 3VE1B 3DM0A 1CB6A 3EHTA 4KYEA 1R9LA 1QKBA 1LAHE 5H8FB 1FQCA 1R6ZA 3HCQA 4OZ9A 2DWAA 3C34A 4KYDA 3DP4A 3FD3A 1DSNA 4IGTA 3PPQA 1BIYA 3SEYA 3JZJA 3KJ7A 4QFPA 4G68B 3IK6B 4KI0E 3D4CA 1AL3A 1I6BA 2F6GA 3GLBA 4IO2A 4Z0IA 2OWTA 1B4ZA 3FASA 4BDMA 3T9UA 4LUBA 4JWOA 3GZGA 3DP6A 1N3XA 1ZIUA 1N76A 4F39A 5H8QA 4H67A 2ONSA 4R74A 5TP9B 1AIVA 1IIWA 2Y7IA 3MUQA 2V3UA 3M3FA 1TFDA 5ICQA 3U94A 1B40A 3RN8A 2CMOA 1JEUA 1SDXA 1JVXA 3VVDA 3VV5A 4IO5A 1YCJA 3TZAA 1UTHA 3B7DA 1TT1A 5J1DA 4POWA 4E0WA 3ILTB 4U4SA 3W9VA 1GR2A 3B6WA 1FTMA 3O6GA 2ZYOA 4FEBA 3N6UA 2HXWA 4H6DA 1D9VA 2AIXA 2AL5A 4PP0A 2R9JA 5I56B 2O51A 5HM4B 1A8EA 2HEUA 5A5XB 2UVJA 3HHGA 1ZMGA 2RCBA 1QULA 4NF8A 4C1UA 3PPOA 1B5IA 1MDP1 1OIBA 2F8DA 3IB0A 2I6EA 1B9JA 1MXUA 2PX1A 5CMMA 5I57A 4FAJA 4UACA 2FYIA 2H9BA 4RK9A 2Z22A 4XKRA 1Y4TA 2O68A 5FTIA 1B1HA 3FVOA 1PC3A 1OVTA 1F9BA 3IJOB 4HCWA 1SI0A 2VP1A 1OQGA 1JNFA 1XHYA 1R1NA 4NMYA 1Y3NA 3VLUA 3KSJA 5AA2D 2ABHA 1LCFA 1MXYA 1LAGE 3VVFA 1SW5A 1WODA 4QRZA 3I3VA 3PMWA 4ONYA 3HSTA 4FECA 4EF1A 1EH3A 4ZEBA 2BJJX 1UIUA 5JK4A 1AOVA 1Y1MA 1HSEA 4YB5A 1B0HA 1SI1A 3U1OA 1H76A 3F11A 1IITA 2NWJA 3LC8A 3T96B 1P1WA 5L9SA 1YAEA 1JEVA 3HHFA 5BWJA 5I56A 4F3BA 1OLCA 5DYHA 3G3HA 4GVOA 3VFJA 4IY6A 4KD5A 1DPPA 4JSDA 1ZJLA 2ZXTA 5CBSA 3K6UA 1SW2A 1IQ7A 3I5OA 5I58B 1XS5A 3RT6B 1MY1A 3CG3A 2B3FA 2H25A 2XXRA 3WAFA 3LSWA 4LZ5A 3N5LA 4QSDA 3MP1A 1FW0A 1B32A 3TFLA 5TPAB 3OEMA 2XXHA 3U93A 1O63A 4XXUA 1LAXA 1P1UA 2LAOA 3MJNA 4BDOA 2ONKE 1QUKA 4JWYA 3PPNA 3SDFA 3K00A 4R6HA 5KDTB 2ZYNA 4GL0A 4H5FA 3UK4A 3IORA 4DCXA 2G29A 3KBRA 4KYSA 4C1TA 4ELQA 2DE3A 2PMSA 3PPPA 3ZKKA 2B65A 4XKPA 4Q30B 2ALUA 1BLFA 3CR9A 4U21A 2VHAA 3ZS6A 5CMBA 4O3BA 3TMGA 4KCDA 5H8HA 2V84A 2GH9A 1DTGA 1IZ1A 2V3TA 3IB1A 2PBWA 4NE4A 4QHQA 5CI5A 4FATA 4F1YA 2QMWA 4NWCA 3OXNA 5TU0A 2X7PA 2H98A 3EHSA 3PGFA 2NUVA 3MW0A 2V3QA 4C0RA 4TLMB 4IO3A 4F3PA 3FV1A 3GBBA 1RKMA 2DE2A 2QJEA 1M5DA 1N0TA 3SKPA 1Y20A 4ECFA 4U2RA 3TUSA 1WDNA 3TTLA 1PB8A 4R6YA 2DXRA 4OXVA 4EQBA 4JB7A 3BKIB 3IB2A 5L9MA 1MPDA 3QK6A 4M4GA 4OYVA 4IB2A 3RUMA 3E3KA 5KDTA 3S9EA 2PT1A 3LSLA 1H44A 4OQOA 5CMCA 1IXGA 1JW4A 1B3HA 4N13A 4ESWA 1T0KA 4PFUA 3IOVA 5JEIA 1B7HA 4DE8A 1B3EA 3K4UA 4AB6A 1SD3A 4G68C 1B7UA 4X1BA 4FE8A 1MXVA 5AA2A 1MDQA 4WXJA 3FVKA 1II5A 3FUZA 4EUOA 4RA1A 3PUWE 5KCJA 3H3GA 2VOZA 2XXXA 3PD9A 3MBPA 4PFTA 4EQ7A 2Y7WA 3K1MA 2HQ0A 2Y7KA 3O97A 2QPQA 1S50A 1P1NA 2I58A 3MVWA 3KFMA 2Q88A 1FQFA 4U22A 3LR1A 2OLBA 2Y7PA 3O28A 3K1NA 5EHMA 1MXWA 5DEXA 3IL1B 1MQDA 3FGSA 3I6VA 1Q1KA 4LQ5A 4X1DA 5F7VA 1M5CA 4RY1A 5JTYA 4ESXA 1P1OA 3SERA 2OJTA 1S7YA 4NF6A 3H06B 2YLNA 1SQYA 4DDDA 4QSEA 1LBBA 5IAIA 1BP5A 2QMXA 5ISUA 1IUDA 4MLVA 3M8UA 5AA4A 1LB9A 3U92A 4PQJA 4GQOA 3FXQA 1ZLQA 1UTBA 2O7UA 1MPBA 1UIVA 3ONMA 2THIA 5CM6A 3KN3A 4OESA 4TQUQ 2X26A 4KR5A 2XD2A 3PD8A 2G93A 3RLFE 3MP8A 1NNKA 2ONRA 3W9WA 4OEVA 4MLQA 4KQPA 2F35A 3MWBA 5CRYA 3WAEA 1ZBMA 3QUFA 2XXYA 3G3JA 2AYSA 4KPTA 4F2QA 1TFAA 3RQTA 3G3IA 3IOTA 1N04A 2Q2CA 5K2XA 1BTJA 1QJMA 4LZ7A 5EYFA 1OMPA 4GL8A 4JDFA 3D4GA 1SW4A 4PFWA 3FATA 4ZZAA 1URSA 4F19A 3S9MC 4GXSB 4OFLA 2QS2A 3VVEA 3A3CA 1QVSA 5H8NA 5I2NA 3O66A 4G8HA 3H6TA 3M3LA 4G2ZA 4G4PA 5I2KA 1Y3PA 1QUIA 4ISUA 4X9TA 4P0GA 3QYTA 5AA1A 2ZMBA 1FTJA 2A5SA 3MVXA 4YMBA 5HPQA 3LSXA 3K02A 1LFGA 1UQWA 4NF5B 3Q28A 4LATA 2PYYA 4NEDA 5H8FA 3KN7A 2O84X 4LA9A 3O6HA 3EQ1A 4ZS9A 3UP9A 2QS3A 3A3UA 1Q35A 1MH4A 1LFIA 1US4A 3RTWB 2RC8A 3SEVA 3N94A 2DVCA 4RXLA 1A7LA 4G68A 5CC2A 4F2OA 2Q9TA 3T9HB 3K1PA 3PU5A 4ZEKA 3EF7A 4MBPA 4NTLA 1B5HA 3E4RA 1Z7NE 3RNNA 2XXUA 4I8CA 1EZPA 4FEDA 1OVBA 4JXIA 2B3BA 4POXA 2Q8JA 3IO6A 2F7BA 3PUZE 3QSLA 3MC2A 3PMXA 5TP9A 1DTZA 1A99A 1POTA 1VSOA 3ILUB 4FJPA 1B58A 3KN8A 2I3VA 3N26A 1QKAA 2UYEA 4TOZA 2R71A 4BLAA 4OWDA 3LBSA 4R75A 4JWXA 1I6QA 2F36A 5FTHA 3VLWA 1IXHA 1GGGA 4H5GA 1MQGA 2Z8DA 2XXIA 5ELVA 2P1SA 1MRPA 3VLVA 4PETA 3CRBA 4H8IA 2I0CA 1XOCA 3CSBA 1XC1A 3M3KA 4M1VA 2V25A 1QUJA 1DMBA 4U1OA 4XKNA 4GOTA 4LVQA 1LB8A 3TTKA 1MXZA 2OBGA 1B4HA 5A5XA 1LLSA 1NH7A 4ZEDA 1NNPA 1NNTA 3OELA 3SEUA 4GFRA 3LSFB 1SYHA 4QFLA 4HTGA 4P0IA 1A55A 2M8CA 4DZ1A 4OVJA 5DVJA 1HSJA 3KOTA 3DP8A 4OHNA 1NL5A 4YKKA 4OERA 1SYIA 1VFDA 4EQ9A 3UA8A 3B6QA 2I48A 3H6WA 2VD2A 2CZLA 4Q5TA 3U8QA 3MP6A 1HSLA 1B52A 4AB5A 1USYH 3MVYA 3CVGA 4MFIA 5ITOA 1LCTA 2XD3A 1A40A 1S9TA 1FQDA 4ELRA 4BDQA 1YTVA 3GBAA 3T93B 2O1LA 3AXFA 4F31B 1PB9A 3K6WA 2HZLA 3TCFA 4U23A 5ITPA 3N6TA 4I1DA 4YKJA 4XTCQ 2DS9A 2Q2AA 3BFUA 3FXUA 1FTLA 1D4NA 4GIZA 1D3KA 2I4BA 2UVGA 3V8XB 2QL3A 5I59B 5M2VA 2F7AA 3T9XB 1MQIA 2DVZA 1MM6A 2YJPA 2F97A 4EDPA 4IO4A 3VXCA 2XX8A 5AE4A 5LOMA 3C35A 2P2AA 2DXYA 4MH5A 3TCHA 5I58A 1JQFA 1O7TA 5L8DA 3TELA 4ZECA 2A5TB 4JBZA 1LAFE 3MPLA 4GLIA 4IO7A 1EZOA 3UGWA 4H0WA 4K3FA 2I49A 3Q27A 1Y3QA 3H7MA 4FIMA 5TPAA 4R72A 4IGRA 3IO4A 4AQ4A 4WEDA 3O9PA 1GTKA 4DXUA 3V5AA 2E0SA 3OMBA 3S4UA 2Z8FA 4YB6A 1POY1 2Y84A 3KZGA 3K6XA 2GHAA 1FTOA 2ESNA 2ANJA 4NF4B 2ZYMA 4F3SA 3BBRA 4R6KA 4ZEFA 5KZTA 5I59A 3TAJA 2D21A 2I0BA 4OMBA 1PBQA 4YKPA 1A8FA 1ZTYA 4N07A 5EHSA 4G8MA 4R73A 4YKIA 3MZ9A 4P11A 4NWDA 3PPRA 1P1QA 1AH5A 1SVXB 3T22A 4R9GA 2PT2A 5IKBA 1D9YA 3EN3A 2NVUB 5K2YA 4GXAA 4BDNA 3IAZA 3UORA 3O2AA 1P99A 3GXAA 4R9FA 3TEPA 4G8NA 3C32A 4GRKA 2OCUA 4ELOA 3ODBA 3OD7A 3FJ7A 4G77A 1ZU0A 2PVUA 1Z7ME 4YICA 4BDRA 1N3WA 3JYRA 1R9QA 2NOOA 4RPOA 2IA4A 1VR5A 3G3FA 3TYHA 3JV9A 2IEEA 5HBCA 3IX1A 1NH8A 2RKMA 3OO9A 3TTRA 3OENA 2DYXA 4GWOA 1ELJA 3H03A 1B51A 5FHNA 3FV2A 2E1SA 4GF8A 2DWIA 2X7QA 2O6AA 3FVNA 3V83A 4DXBA 1JW1A 3OSRA 2YPNA 1USYE 3FVGA 2W7YA 4R2FA 2F78A 3KJTA 1DOTA 4U1ZA 3C4MA 3TKDA 3CSGA 1MS7A 1UTHB 2O7IA 3CFLA 5F1QA 2Q89A 3RY3A 3KEIA 4BDLA 1MQJA 4YAHX 5DT6A 2QSXA 4EF2A 3BFTA 3KGCA 3DLNA 1FTKA 1WVJA 4E0XA 3MZBA 3K01A 2OK2A 3OO8A 4TLLB 4RJZA 2DOJA 4H8JA 1ANFA 1OQHA 2I4CA 4GD5A 2UYFA 1Y4CA 3FJMA 4NF8B 2KLFA 1MXXA 1VE4A 1B1XA 2HAUA 3CFXA 1IXCA 3MZ1A 1B05A 1AMFA 3IR1A 5I57B 2QS4A 3R6UA 3FZVA 4KFQA 3CFZA 2D5WA 3H4ZA 4ZE9A 3P7IA 3OOAA 3FJGA 2HAVA 4ZE8A 2Y7RA 1VFEA 4LZ8A 2XXTA 4L17A 3C9HA 4OENA 3IOUA 3EHUA 4XKQA 3IOWA 1RYXA 4LQ2A 2UXAA 2REJA 3T9VA 3W15C 1EU8A 4THIA 3RTFB 4EXLA 3K2DA 1Y1ZA 4F1VA 4RNSA 4U4XA 4F29A 1OLAA 2OWSA 1H45A 1N7XA 4ZDMA 4I9DA 4F1UA 1XVXA 3VXBA 2UVHA 1J1NA 1IXIA 2VGQA 2XHDA 4KCCA 3VDFA 2XXVA 3SEWA 3OSQA 1A54A 3SESA 1LFHA 4F22A 4QF9A 3ZKLA 3HPIA 1B2HA 3ZSFA 2DSFA 4O3CA 1MY0A 4ELPA 4NF5A 3KSXA 2ZNSA 3PMVA 4Q8RA 4JSOA 4PE5B 3H6UA 4OEUA 2H99A 1ZKBA 3O29A 5FHOA 2ZNUA 1Y9UA 2Z8EA 2XX9A 4KHZE 3B6TA 1GVCA 4YZZA 3OO7A 5DTBA 1B5JA 4DLDA 4DIGA 4X48A 1US5A 4QFKA 3E13X 4H1XA 3G3GA 2H4IA 1B7ZA 3MAMA 1H3DA 3Q29A 2RF1A 4MF3A 3TDJA 1QW0A 5H8SA 1DPEA 5H8HB 1FQAA 1H43A 4UA8A 3CG1A 3QAXA 3RT8A 1FCKA 4FORA 3Q25A 4ND9A 4I62A 4HS7A 3RGYA 1PB7A 4OETA 3CI8A 2R6GE 1MY4A 3TQLA 1B3GA 4Q0CA 4F18A 3K6VA 3PUVE 5CMKA 5DVIA 3L6HA 1PDAA 1MY3A 2REGA 3HV1A 3MQ9A 3R26A 4HCYA 3S9LC 2GRVA 1CE2A 1N7WA 2OZZA 1FQEA 3THIA 5B7DA 1URDA 3EPEA 1N84A 2XXQA 3C31A 2H5YA 3L6GA 2F34A 5L9OA 1GV8A 1MM7A 2QS1A 3QIMA 5B70A 1MH3A 2D3IA 3G7WA 4RK2A 1M5BA 4WKMA 4DXCA 5BUUA 3TTNA 5AA2B 4XIGQ 2HZKA 1M5FA 2RC9A 2NXOA 4YU0A 1XVYA 4QFNA 3ECRA 2WKYA 5KCJB 1I6AA 3QXMA 4OFJA 1JW5A 1BKAA 3R7XA 3KG2A 4EXKA 4Z7EA 3TODA 4IO6A 4LONB 4OTEA 2FNCA 2ZNTA 1JETA 1TWYA 2AL4A 3C36A 2DE4A 3MPKA 4YMAA 1B46A 3FIRA 4IY5A 1PBPA 1KWHA 2VD3A 3OEKA 4PFYA 2ZYKA 1LBCA 3KOSA 1LGBC 5DEXB 3DELB 3S2VA 1JVYA 4HW8A 1MY2A 1YPNA 3A09A 1FQBA 2DQVA 2XX7A 1NKXA 5JTYB 2Z23A 4NF6B 1IEJA 3C33A 1SBPA 3TPAA 2O1MA 2HFBA 2UVIA 2P0SA 2DWJA 3MVZA 4RYAA 2XXWA 3HN0A 3UN6A 3G3KA 2F7CA 5ICTA 5AA4B 2O69A 4RPNA 1URGA 2F5XA 4ZZEA 3RPWA 1NFTA 1UTBB 3H6VA 3K0VA 3PUXE 4N6PA 2GHBA 3V89B 3PUYE 2DWHA 1RYOA 1MG1A 2RCAA 5CBRA 1B6HA 3TTMA 3UIFA 3E9XA 1SW1A 4O3AA 2A5TA 2FA7A 1O64A 1B3LA 1L5TA 2RC7A 1PEBA 3TQWA 3TCGA 3USDA 2V93A 3QUJA 4R2BA 3Q26A 1NNFA 3U72A 3IJXB 1EZ9A 4DCYA 1XT8A 1B3FA 3SEXA 3SETA 1MQHA 2QRYA 3OO6A 5FHMA 2F6PA 1NMUA 1LSTA 1I69A 3LUYA 2HCAA 5AA3A 4OFOA 3T66A 2GFEA 2RINA 4NF4A 5H8NB 5I2NB 1B0LA 4QFOA 5I84A 5H8QB 3HO7A 5I2KB 3PV0E 2XXPA 2DP8A 4QSCA 4YB7A 3S9NC 3O6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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