1M5BA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with 2-me-tet-ampa at 1.85 a resolution.
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 83
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5bA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5bA01
1IXGA 1B40A 1D4NA 1A54A 1M5EA 4LZ7A 2Z8FA 3B6WA 3S9LC 1B52A 4H6DA 2REGA 2I4BA 3HCQA 4OFLA 4QSCA 5H8FA 1B4ZA 4YMBA 2V25A 5AA2B 3O9PA 1B7UA 2ZXTA 1I69A 3OENA 2UVHA 2F35A 2GHAA 2YJPA 3GXAA 1IXCA 1Z7NE 4G2ZA 1A99A 4EQ9A 3UGWA 3IJXB 4ELOA 1MXYA 4EQ7A 3IOUA 4XIGQ 5KDTA 1A8EA 3U93A 4F29A 5JEIA 3HPIA 2XXQA 1QW0A 2ZNSA 1LAHE 3QAXA 3Q26A 1ATGA 4F2QA 3KN3A 1B1XA 3TFLA 1Y3QA 1URDA 2Q89A 3TTLA 2XHDA 4IO2A 1B4HA 1NKXA 3H3GA 3JV9A 4NF6B 1GGGA 4M4GA 4Q0CA 1P1OA 4OERA 1WDNA 3CVGA 4NWDA 2XX8A 3KJTA 3LR1A 3P7IA 1B3HA 4LZ8A 3O6IA 4KR5A 4XKQA 4YU0A 5H8HB 4NF5B 3TCFA 4F39A 2H5YA 2Y7IA 4LATA 3CRBA 4AB6A 4EUOA 4GIZA 1N04A 2ALUA 3VVFA 4QSEA 4ECFA 3PPRA 3RT6B 1UIVA 4N07A 3PPOA 2DYXA 3BFUA 1SYIA 1KWHA 4LQ2A 4WKMA 3S2VA 5H8NA 2HZKA 3MBPA 2AYSA 1VR5A 3O2AA 1H43A 1Y1MA 4XTCQ 2F7BA 2ONRA 1XC1A 3MVWA 3OSRA 5ITPA 1MQGA 3FVGA 1JNFA 1MY1A 3FV2A 4QFNA 1PB9A 3CFLA 4RXLA 3K00A 1RYXA 4GD5A 3HHGA 4GLIA 1Y3NA 2Q9TA 4OVJA 2Y7RA 1BP5A 4OESA 3GBBA 4H67A 3HHFA 5H8FB 4H0WA 2OJTA 5I58B 2D5WA 3UK4A 3HV1A 4G68C 4IY6A 2DE3A 4TLMB 3H6TA 1US4A 4AB5A 2Y7WA 1NFTA 2NXOA 1LBCA 4E0XA 5I59B 1MH3A 2DE4A 2OCUA 3I3VA 4JB7A 3VV5A 1ZLQA 2XXPA 3T9XB 4P11A 1SYHA 2ZYOA 1ZMGA 4GRKA 1B51A 3VE1B 3IO6A 2AL5A 5F7VA 2DE2A 2QL3A 3IOWA 4DXUA 2ONSA 4HCYA 1N3XA 4LA9A 1QVSA 3FZVA 4C0RA 4AQ4A 1XOCA 4ZDMA 1VSOA 4N13A 4OETA 4F1UA 2ZNUA 3GBAA 4NF6A 5I58A 4ELPA 1P1NA 4XXUA 5FTHA 1LFHA 2CZLA 4G68A 5HBCA 3A3UA 1DPEA 4YKKA 1POTA 4ESWA 4XKPA 4RPNA 3S4UA 3VXCA 3TPAA 1Y1ZA 5CBRA 1BTJA 4GOTA 4QFPA 1SBPA 3LSXA 4IO5A 3TQLA 2WKYA 4IY5A 4OQOA 1FQDA 2GHBA 1UTHA 4FEBA 3R7XA 3KFMA 3V83A 3C4MA 4H8JA 1B5HA 2A5TA 5DTBA 2V3UA 3BKIB 5I57A 4NF8B 3PPQA 3SEVA 5B7DA 4JSOA 1N76A 1R6ZA 4GFRA 2I58A 2ABHA 4OXVA 3FUZA 2IEEA 1A40A 1IZ1A 3OXNA 5HPQA 1QULA 3OO8A 3RPWA 5I56A 3I6VA 3FVKA 4KQPA 4R72A 5L9SA 3VVEA 3GZGA 4FIMA 4I9DA 2DVZA 3IL1B 2M8CA 4BDOA 3TUSA 1H3DA 3IB0A 4MF3A 3B6QA 2F36A 3O28A 3FATA 3MPLA 3RTFB 3K6VA 1M5DA 3MWBA 1UTHB 4P0IA 2OWTA 4MBPA 4JWYA 4M1VA 3IOVA 1OLCA 3EHTA 3TKDA 3VLVA 5EYFA 2GH9A 2GRVA 3CFZA 3OO7A 2VD3A 3SERA 3QK6A 2B3FA 1B58A 1MXZA 3EHUA 1PEBA 3H6VA 3PUXE 3IR1A 3B7DA 2O1MA 3IB1A 1XT8A 4PFWA 2UVGA 3AXFA 1B0LA 4K3FA 1UTBA 2Q2AA 4X1DA 3FIRA 1S7YA 3WAFA 2Z22A 5FHNA 4DZ1A 4F1VA 1F9BA 4FAJA 2RF1A 2XXXA 5H8QA 1ZIUA 3CFXA 4PE5B 4WEPA 1DTZA 1B5JA 3MPKA 4C1TA 2ZYMA 1IXIA 1XHYA 3BFTA 1DPPA 1FQBA 3MC2A 3PMVA 4LZ5A 4IO3A 3TEPA 3JYRA 3LSLA 3PUWE 4G8MA 1N84A 2RCAA 1B0HA 3BBRA 1SQYA 4UACA 2HEUA 2GFEA 3PPNA 4FE8A 1H76A 4O3CA 3MZ9A 1A7LA 3VFJA 4KFQA 3FV1A 4EXKA 3H06B 1POY1 5DT6A 4Q5TA 2OK2A 1UTBB 4RYAA 3EPEA 1JW1A 1VFEA 1GTKA 5TPAB 4P0GA 1PC3A 2VGQA 4G8NA 1LGBC 4U23A 5DEXB 3T66A 5DYHA 1QUIA 1M5FA 4JBZA 3I5OA 4Q8RA 2R9JA 1T0KA 4PFTA 3RGYA 1N7WA 4ONYA 5ITOA 3R26A 1NNKA 4NF4A 1B05A 3A09A 3TODA 3FJ7A 1MY2A 3M8UA 4NWCA 4DE8A 4N6PA 2XD2A 2NVUB 1LAXA 5TU0A 1B9JA 5FTIA 3PPPA 4U2RA 4YB6A 2F5XA 3C33A 5IAIA 1R9LA 4F3PA 5CM6A 3U72A 2R71A 5FHMA 2E0SA 1O63A 1B3FA 5CC2A 1MPBA 1LCTA 4F31B 1URSA 2RC9A 3PUYE 3LUYA 1FQFA 4BLAA 4TLLB 3K1MA 4ELQA 3KJ7A 5I84A 3K2DA 5A5XA 5EHMA 5TP9A 4RK9A 3RY3A 3U1OA 4F2OA 2OLBA 3FVNA 1IITA 3ECRA 1JW4A 1XVYA 5CMMA 3M3LA 3E4RA 3QXMA 3VXBA 4LP2B 1B3LA 1ZTYA 2DVCA 4ZEFA 4H5FA 2PT2A 1B3GA 4QRZA 3TAJA 4DIGA 5I2NA 1OVTA 4JWXA 4FJPA 5CMKA 1B6HA 3HN0A 1MY3A 3K6XA 1MG1A 1OVBA 1ZBMA 2F97A 5KCJB 2DS9A 4LQ5A 4X48A 5AA4A 1QJMA 4YMAA 3O6HA 5TP9B 2HAVA 3TZAA 4RK2A 4Z0IA 3KGCA 1DOTA 4R9GA 2YPNA 3LC8A 3G7WA 4KYEA 4X9TA 5EHSA 4G77A 4BDNA 3E13X 2ZYNA 1FTLA 2DWAA 2Q2CA 4BDMA 1JVXA 1N7XA 2O7UA 3DLNA 3SEUA 3N26A 2THIA 3USDA 3OO6A 1MXXA 3ZKKA 2W7YA 3S9MC 1MDP1 3G3JA 2PYYA 4QFKA 4NF8A 2HQ0A 3M3KA 2Z8EA 4MFIA 2LAOA 2A5TB 1A55A 4R2FA 4YICA 1QKAA 3RNNA 1B32A 4ZE9A 2YLNA 4IO6A 4KYSA 3OO9A 3MVZA 3VDFA 2NOOA 3DP4A 1FTKA 1SW5A 2RC8A 1SVXB 1LAGE 2P0SA 1N3WA 3PV0E 3IJOB 2ZNTA 4TOZA 1WODA 5AA2D 5LOMA 1FTOA 4G68B 4F3BA 4DDDA 5KZTA 3R6UA 4R73A 1NH7A 2ESNA 2H4IA 2UVIA 2X26A 3OMBA 3C9HA 4YZZA 5A5XB 5CBSA 2DSFA 3CG1A 2HXWA 3O29A 1OQHA 1N0TA 2F8DA 3DELB 4IGRA 1R9QA 4FATA 1H44A 2HZLA 2I3VA 3IORA 3QYTA 3UIFA 1Y4CA 3OOAA 2QJEA 5ICQA 1LFGA 3G3GA 3Q29A 5ELVA 4R2BA 2O6AA 3RN8A 2DWHA 1LFIA 1B7HA 3FJMA 4RJZA 4H65A 1FTJA 1P1WA 1XS5A 1EU8A 1NNFA 4RPOA 1ANFA 1SD3A 3LSWA 5DVIA 4DLDA 4F19A 3KOSA 4HCWA 1JQFA 2I0BA 4C1UA 4JDFA 4BDLA 3H4ZA 2F6GA 2I0CA 1Y20A 3UP9A 3TTMA 1JETA 1QKBA 1MQIA 4OEVA 3TCGA 5JK4A 1YCJA 2DP8A 3MVXA 3G3FA 4WXJA 4PQJA 5TPAA 3EQ1A 3PMXA 3QUFA 4NE4A 5K2YA 4IB2A 4DXBA 1I6AA 3CI8A 4EQBA 4F3GA 3MJNA 4UA8A 2Y7KA 3KSJA 3MZ1A 3CIJA 3EF7A 1JEVA 2F34A 4PFUA 3MUQA 5AA3A 4G8HA 3N94A 3FJGA 5M2VA 3G3KA 4NMYA 3HO7A 4GL0A 2CMOA 3W9WA 3O6GA 2OWSA 2A5SA 4I8CA 1LLSA 1YPNA 3ILTB 3S9EA 3O66A 5I2KA 1HSJA 2ZYKA 1NL5A 2RC7A 1LCFA 1JEUA 2E1SA 2IA4A 3G3HA 3MW0A 2XXUA 2O1LA 5H8HA 1VFDA 4EF2A 3FXRA 1SW1A 4KCCA 3C31A 4GL8A 4MH5A 3RLFE 4F18A 4QFOA 4KI0E 5K2XA 2NUVA 1JW5A 1HSLA 4H8IA 4NEDA 3U8QA 5ISUA 1ZJLA 2HAUA 1TWYA 2XX9A 4FECA 3THIA 1FQEA 2Y84A 3TTNA 3UA8A 1SI0A 1H45A 4QSDA 5AE4A 2RKMA 3M3FA 4HS7A 1OIBA 1Q1KA 4R9FA 5FHOA 1MM7A 1MXUA 3FD3A 4H5GA 2NWJA 4GVOA 1FQAA 3TDJA 1AMFA 1GR2A 4PETA 1URGA 1B3EA 3KN8A 3TYHA 1MXWA 3OELA 1B1HA 1PB7A 3C34A 1OLAA 5F1QA 3KN7A 2P1SA 3K4UA 2V84A 1NNPA 2PT1A 4L17A 4RNSA 2DWIA 1S50A 2XXVA 4ZEBA 1EZPA 1SI1A 3MQ9A 5IKBA 5CMBA 3V89B 5DVFA 3IAZA 1M5BA 1M5CA 1Q35A 2XD3A 4OFOA 4GF8A 1B7ZA 1SDXA 3G3IA 3C32A 5I56B 3FGSA 4JSDA 4THIA 4YKIA 5I2KB 2ONKE 2F78A 1MH4A 1B5IA 2B3BA 2Q88A 3ILUB 2DWJA 1YAEA 4ND9A 1XVXA 1YTVA 1TFAA 3N6UA 3PD8A 2QMWA 3MP6A 2HFBA 2Y7PA 5AA4B 3IK6B 1PDAA 3FASA 5L9MA 4GQOA 5JTYA 3FXUA 2D21A 4RY1A 4MLVA 2ZMBA 3T9VA 4KPTA 2XX7A 3RTWB 1IEJA 1BKAA 3PU5A 2O69A 1MY4A 5AA1A 2ANJA 1MPCA 2PMSA 1JVYA 2UXAA 2X7QA 2H98A 3H7MA 3OD7A 2QS3A 1RKMA 4G4PA 4HTGA 4LONB 1MQJA 4JXIA 2D3IA 4POXA 4XKNA 1Z7ME 4R6YA 5DEXA 5BWJA 4R6HA 1P1UA 1Y3PA 2OZZA 2I4CA 3KG2A 1GV8A 2Z8DA 1AH5A 1TFDA 2HCAA 1MY0A 2VOZA 3D4CA 4BDRA 2QPQA 3PGFA 3L6GA 1NH8A 4QFLA 3ZSFA 4DCXA 4O3AA 4ZEIA 4EDPA 4OZ9A 2FNCA 4OEUA 5CRYA 2XXRA 4LVQA 3SDFA 1O7TA 4KHZE 3VLUA 1FCKA 5J1DA 3Q28A 3JZJA 3CSGA 2I3WA 4IO7A 1FW0A 4Q30B 4R75A 2QS1A 3HSTA 3PD9A 4ISUA 4U1OA 3T96B 3W9VA 1CE2A 3S9NC 2H9BA 4U22A 2DXYA 3TMGA 3VVDA 4FEDA 4YB5A 1LB8A 3CSBA 4IO4A 1USYE 5DVJA 1SW4A 3E3KA 4NF4B 1AL3A 1O64A 3OEKA 4MLQA 1PBPA 4ZZEA 3UORA 1TT1A 4U21A 2FA7A 1A8FA 2QMXA 2PBWA 2O7IA 3B6TA 3D4GA 1SW2A 4ZS9A 5B70A 3W15C 1NMUA 2F7CA 3LSFB 5KCJA 1MDQA 3V8XB 3ODBA 1MQDA 2G29A 2H25A 3KEIA 3QSLA 3RUMA 4OTEA 1DMBA 1UIUA 1HSEA 3IX1A 4O3BA 3U92A 2VHAA 1EZ9A 3QUJA 1D9YA 3T9UA 4U4SA 3ZKLA 4EF1A 2V3TA 3FXQA 3T9HB 3K6UA 4F22A 2BJJX 1IXHA 3MVYA 2B65A 3Q25A 1NNTA 2DOJA 3MP8A 1RYOA 4R74A 3MZBA 4YKJA 3SEYA 4YB7A 1LAFE 3PUZE 3T22A 4RA1A 1DSNA 1USYH 1EZOA 1Y9UA 3F11A 3L6HA 2DXRA 3QIMA 2KLFA 3LBSA 1TXFA 4LUBA 2XXIA 1AIVA 4QHQA 2F6PA 3H6UA 3TTKA 1I6QA 3C36A 4NF5A 3MAMA 1AOVA 2QSXA 2I49A 4OHNA 1MQHA 2P2AA 3UN6A 2XXTA 3FVOA 1B2HA 3K1NA 1IUDA 1UQWA 2UVJA 2OBGA 4JWOA 2I48A 3E9XA 1Y4TA 4IGTA 4KCDA 4TQUQ 2PVUA 4I62A 2O84X 4OFJA 5I57B 1MRPA 4U4XA 4NTLA 1FTMA 1OMPA 2QS4A 3TQWA 4OWDA 5KDTB 3MP1A 5CMCA 1BIYA 4XKRA 4GXSB 5L9OA 1EH3A 1VE4A 3K1PA 5I2NB 1QUJA 1MS7A 4GXAA 5BUUA 1LB9A 3U94A 3CG3A 4KYDA 1MM6A 1MXVA 2I6EA 3SESA 5AA2A 4F3SA 5L8DA 2R6GE 1DTGA 4YKPA 4POWA 3SEWA 1MPDA 1B46A 3TELA 2X7PA 3DP8A 4QF9A 3SETA 3TCHA 2VP1A 3VLWA 2V3QA 4F1YA 4OYVA 4PP0A 5JTYB 1PBQA 4HW8A 4ZECA 3OEMA 3OSQA 3ZS6A 3K01A 1GVCA 3SKPA 4EXLA 2XXYA 2G93A 4KD5A 2REJA 4R6KA 3EN3A 1D9VA 3N6TA 3DP6A 2XXWA 3C35A 3IO4A 4OENA 4ZE8A 3TTRA 3WAEA 1ZU0A 2AL4A 3KZGA 4DCYA 4ZEDA 3CR9A 1J1NA 4H1XA 3V5AA 4OMBA 3KBRA 2F7AA 4U1ZA 1P1QA 3GLBA 3N5LA 3KSXA 3PMWA 3IOTA 4GWOA 2VD2A 5ICTA 1S9TA 2AIXA 2O51A 2UYFA 4FORA 1D3KA 2H99A 1IQ7A 1P99A 2PX1A 1R1NA 4WEDA 1CB6A 2QS2A 3EHSA 1WVJA 3H03A 1FQCA 3SEXA 1US5A 2XXHA 1LBBA 2RCBA 2Z23A 1ELJA 1I6BA 2DQVA 3H6WA 2FYIA 4X1BA 4E0WA 4ELRA 3O97A 3RT8A 3K6WA 3RQTA 4BDQA 1OQGA 1ZKBA 5H8NB 1IIWA 4I1DA 2Q8JA 2UYEA 3Q27A 5HM4B 4PFYA 4YAHX 5CI5A 4ZZAA 2V93A 4ZEKA 2O68A 1PB8A 2QRYA 3T93B 4Z7EA 1QUKA 3PUVE 3K02A 3ONMA 5H8SA 3KOTA 1L5TA 4ESXA 1LSTA 3K0VA 2RINA 1II5A 5H8QB 5I59A 1BLFA 3IB2A 4DXCA 3A3CA 3DM0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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