1M5BA

X-ray structure of the glur2 ligand binding core (s1s2j) in complex with 2-me-tet-ampa at 1.85 a resolution.
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for AMPA Receptor Activation and Ligand Selectivity: Crystal Structures of Five Agonist Complexes with the GluR2 Ligand-binding Core
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 83
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5bA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1m5bA01
5TP9A 1XVYA 4N07A 3RUMA 5DVFA 2H98A 4FEBA 3M3LA 1SYHA 1UTBB 3CR9A 3KBRA 3TCGA 4BDMA 1MDP1 2RCAA 4RNSA 4YKPA 3B6TA 3MWBA 4OQOA 3VVEA 4WEPA 1JW1A 3TQWA 3CSGA 1PBQA 1B3FA 2VOZA 1A40A 3N6TA 3DP8A 4YB6A 3RPWA 1B4HA 4QFKA 4NF4A 1IXCA 3HHGA 4X1BA 4BDRA 4F18A 1LFHA 5I84A 1QJMA 4FAJA 3RGYA 1MM6A 4P0GA 1B5JA 2UVGA 1OLCA 2XXYA 3BFTA 4XKNA 4FATA 3SKPA 2V3UA 3W9WA 4P11A 4OETA 2XXHA 5B70A 1MS7A 3HSTA 5EHSA 4U1ZA 5LOMA 3E9XA 4KYEA 5TPAA 3OSRA 4EQ7A 2REJA 2NUVA 3RLFE 4KPTA 4DXBA 4G8MA 3MBPA 5ISUA 1B3HA 1I6AA 5I57A 2NOOA 3H6WA 3EHSA 2ONSA 1HSJA 1MY4A 1MXWA 3VE1B 4LUBA 3KOSA 1CE2A 3V8XB 2YJPA 5H8QB 3KJ7A 1O63A 4JBZA 4DCXA 2XXTA 3B6QA 5H8FB 2QMWA 5J1DA 3UA8A 4XTCQ 4NF8A 4YAHX 1ZU0A 4KI0E 3W9VA 1GR2A 2RF1A 1D9YA 4G68C 2XX8A 4OYVA 3SEXA 3VLUA 4R9GA 4YB5A 3TZAA 1PB9A 2THIA 3FXRA 4IO5A 5AA1A 3K02A 2I4BA 2R9JA 2PT2A 2O84X 3PPQA 2REGA 2H4IA 2R71A 1QVSA 3IL1B 4ZEBA 2AYSA 2GFEA 3PD9A 4Q5TA 3FXUA 2X26A 1B32A 2DE2A 4GOTA 1TXFA 2F34A 5FHOA 5JEIA 1H45A 1BKAA 1ANFA 3IR1A 1S50A 2YPNA 2F97A 3S2VA 2F35A 2BJJX 1D4NA 3VXCA 5AA4B 4TLLB 5I56A 4DCYA 1NL5A 1SDXA 2G93A 4PETA 2DSFA 2Z8FA 1R9QA 4MFIA 5FTHA 1NKXA 1O64A 3JYRA 1MQHA 2ZYKA 4LP2B 1N7XA 1Y1ZA 4KR5A 4MLVA 3FIRA 3LSFB 3SDFA 1Y3PA 1NNPA 1B7UA 5HPQA 1QW0A 5DEXB 4IO7A 3PUWE 4QFNA 3OEKA 3EHTA 1IXHA 3ILUB 1B5HA 2H9BA 1LGBC 3C33A 5K2YA 3PUYE 4AQ4A 1QULA 4C1UA 4MLQA 1XOCA 2ZNUA 2DXRA 4R6KA 4G8HA 2ZYMA 2I4CA 1R9LA 4XKQA 4YICA 1H44A 1RKMA 5ITOA 2FA7A 1ZJLA 4OTEA 4HCYA 3KOTA 2XXWA 4LONB 4F1UA 1ATGA 4ZEFA 4TQUQ 3QYTA 3VDFA 3O6GA 1PB7A 2HAVA 3Q29A 1NH7A 3A3UA 4F3BA 2Q2AA 4FORA 3S9NC 3MP8A 1WVJA 4IO2A 1FW0A 2F6GA 2QS1A 1LAGE 3PGFA 1JVYA 1B2HA 1OQGA 3FGSA 3OELA 1LAHE 2IEEA 1I6QA 1FTJA 2RINA 3IORA 3AXFA 1B0HA 1MXVA 4R2FA 3HHFA 3VV5A 2XHDA 4QHQA 1JNFA 3T9VA 4GXAA 2OJTA 3OD7A 1D9VA 1T0KA 4LVQA 1HSEA 3IOUA 2V84A 3K6XA 4YKKA 3CFXA 4OESA 3IJXB 3H6VA 1KWHA 2I49A 1Y3NA 3QSLA 4C1TA 5IAIA 1AH5A 2NWJA 1JW4A 3G3JA 1B40A 1US4A 1MY1A 3IB0A 4KFQA 4ZE8A 3LR1A 2P0SA 2OWSA 2UYFA 3SEVA 1OVTA 2X7QA 2F5XA 1BTJA 3W15C 1II5A 1OQHA 3ODBA 3LUYA 4NF4B 1ZBMA 2XXIA 5AA2B 1CB6A 2Y7KA 3IOTA 1FQAA 2XD2A 1XT8A 4IY6A 4YZZA 3H7MA 4LA9A 3ZKLA 2XXPA 1NFTA 4U2RA 1M5BA 1IEJA 4ECFA 4RPNA 1S7YA 1YTVA 3Q26A 4JSOA 3TEPA 2CMOA 3EPEA 1LLSA 5EYFA 3R26A 5DT6A 3JZJA 5AE4A 1SW1A 4OVJA 3PU5A 1UTHB 3H3GA 4YB7A 1AOVA 2O1MA 4OERA 1A54A 4ZECA 2F6PA 1XS5A 4JWOA 3OO7A 3MP6A 4NF6B 2O7UA 3FUZA 2QL3A 1MXZA 4E0WA 3HCQA 4JSDA 2DWJA 2E0SA 2A5TB 1PEBA 2UYEA 1GGGA 4FJPA 3KJTA 4JB7A 3IX1A 1QKAA 3MAMA 5L9SA 3DP6A 4YMBA 3U1OA 1EU8A 3QUJA 3MZBA 4KHZE 1B6HA 3H6TA 4X9TA 2ONRA 3TELA 3FV2A 3OMBA 1DTGA 5I58B 3CFLA 4GL0A 2LAOA 2F36A 3FJMA 5H8HB 4H1XA 1TFDA 2RC9A 1OLAA 4GQOA 1P1UA 4R6YA 1VSOA 4DXCA 3BFUA 1IITA 1UQWA 3QK6A 4KCCA 3Q25A 1YCJA 3GBBA 4H8IA 4X48A 1JETA 5CMKA 2V3TA 3PPOA 3TTRA 2RC8A 4HS7A 2VP1A 2F7AA 4M4GA 2P2AA 1AL3A 3DELB 3QIMA 5DVJA 4F3PA 3CRBA 3TQLA 2NVUB 3VVFA 4I62A 1MDQA 2I3VA 4ZDMA 3E4RA 1IQ7A 4G68B 1M5DA 1FQEA 1BIYA 1URGA 3K2DA 3O2AA 1SYIA 3BBRA 3RTWB 1OVBA 4I9DA 5FHNA 1JEVA 1GV8A 2Q2CA 4R73A 1B05A 5ICTA 1B7HA 3A3CA 3FVNA 4P0IA 4E0XA 3UK4A 2ZNSA 2QS4A 4YKJA 2ZXTA 1J1NA 1Q1KA 1LAXA 3U93A 4F22A 1TWYA 2V3QA 2Y84A 3V83A 3ZKKA 4C0RA 2G29A 3T66A 3CSBA 3QUFA 4KYDA 4XXUA 3TMGA 3UGWA 5H8NA 3UORA 4ISUA 1OMPA 2V93A 2QMXA 4KYSA 1IZ1A 4EDPA 1XC1A 3C32A 4HTGA 3LSLA 4GXSB 1JEUA 3K1PA 3MPKA 4JWXA 5CMCA 4BDQA 2OK2A 1SW5A 3QXMA 1M5CA 1N84A 3CFZA 4KD5A 1MRPA 2H5YA 4HW8A 4F19A 1LB8A 1US5A 4GFRA 1M5EA 4JWYA 1GVCA 4LATA 4QRZA 4EXKA 1NMUA 1Y9UA 3PUZE 1VFEA 3KG2A 3R6UA 4OEVA 3GZGA 4U23A 1ZLQA 4YMAA 4R74A 3CIJA 1URSA 2XXVA 4AB6A 3KSJA 3U8QA 4GIZA 2OLBA 3USDA 1POY1 2Y7PA 4F31B 3S9EA 1IUDA 2OZZA 5A5XA 4NF5A 4UACA 1N7WA 5KCJB 4LZ7A 1UTBA 2HAUA 5CRYA 3M3FA 2XXQA 5L9MA 1EZPA 4ESWA 2DWAA 3EQ1A 4R75A 3ZS6A 2M8CA 4XIGQ 1A7LA 4M1VA 2QRYA 4PFYA 4PQJA 1UIVA 1AIVA 3O66A 1LAFE 2UXAA 4BDNA 1FQBA 3K6UA 2WKYA 5I2NB 2VD2A 4NEDA 3M3KA 4X1DA 3FVGA 3TKDA 4RA1A 4RJZA 2AL5A 1DPEA 2GH9A 3L6HA 3OOAA 5AA2D 5ITPA 3RTFB 1SI0A 3N5LA 5IKBA 4QF9A 4YU0A 2OCUA 3LSWA 2KLFA 3V5AA 2FYIA 1QKBA 1LSTA 3KFMA 3WAEA 5I59B 4FECA 3VFJA 2V25A 1RYOA 1JVXA 4H67A 2XXRA 3TUSA 1A55A 3EHUA 3IAZA 3OEMA 1VR5A 3MVXA 4AB5A 5H8FA 3IO4A 3Q28A 3G3FA 3BKIB 3DP4A 2PYYA 4ZEKA 1L5TA 4U4SA 3PPPA 1N0TA 2DXYA 3GLBA 1MQDA 2I48A 4H0WA 5FTIA 1MH3A 4YKIA 1B46A 1Z7ME 3LSXA 1MM7A 4BDLA 1DMBA 1F9BA 4DIGA 1TT1A 1H43A 3U92A 3TYHA 1B3LA 4THIA 2HZLA 4G77A 5BWJA 1LCFA 1URDA 3N26A 1DSNA 4N13A 5TP9B 1FQDA 2DWHA 1FTKA 1H76A 4N6PA 1SQYA 4G4PA 1NNKA 4F1VA 3DLNA 1ZKBA 1FTOA 1EZOA 1EH3A 4IO6A 2I6EA 3C4MA 5AA4A 1B3EA 4GRKA 3FATA 3EF7A 4F3GA 3E3KA 3LC8A 3KGCA 2Z8EA 4POWA 1O7TA 3KEIA 3OO6A 2F78A 3OSQA 5BUUA 4TLMB 4R6HA 2PBWA 2XXUA 2DVCA 2DVZA 4OZ9A 2QPQA 5DEXA 4EF2A 4Q8RA 5I2KA 2DE4A 3IO6A 3S9MC 5TPAB 4IGRA 3C34A 3CI8A 2Q89A 4HCWA 3DM0A 4DE8A 4F29A 1A8EA 5I57B 2O51A 4ZEIA 3FXQA 1A8FA 1FTMA 3CVGA 3H4ZA 3K6VA 4ELQA 1QUKA 1IIWA 1N3WA 3E13X 2DP8A 3HV1A 1B3GA 3H03A 1USYE 3RN8A 2PVUA 4G2ZA 4OFOA 2B65A 2RCBA 1H3DA 1VFDA 1FTLA 2O69A 1VE4A 3CG3A 4H5FA 1B9JA 4DZ1A 3O97A 2RC7A 3IB1A 5H8SA 4NF8B 4LQ2A 4I8CA 1QUJA 2QJEA 5KDTA 4ND9A 1HSLA 4U22A 2XD3A 1P1NA 4PP0A 4G8NA 3OO9A 3O6HA 1R6ZA 5FHMA 1USYH 3MZ9A 3SEUA 2O68A 2PMSA 4RYAA 4O3AA 3ZSFA 2E1SA 3TTMA 3TTLA 3MJNA 3VLVA 3PMVA 3FASA 3D4CA 4FE8A 3OO8A 1QUIA 4NWDA 4Q0CA 3C31A 3UP9A 5CMMA 4FIMA 4I1DA 4NF5B 1Y3QA 3IOWA 3OXNA 2XX9A 2ABHA 2X7PA 2H25A 4LZ8A 4IY5A 2VGQA 3B6WA 4PFUA 1S9TA 2QSXA 4PFTA 3G7WA 3FD3A 2D5WA 3F11A 5I56B 3I5OA 3KZGA 2F8DA 3PMXA 1SW2A 1SBPA 1B52A 5ICQA 3MVZA 1JW5A 3K1NA 3TDJA 2Z23A 5AA2A 2D21A 3RT8A 2I58A 4LZ5A 3R7XA 1SW4A 2ESNA 1MXXA 1YPNA 3I3VA 4IO3A 4L17A 4WKMA 3TAJA 1SD3A 5JTYA 3TODA 3P7IA 2P1SA 3M8UA 3C36A 1LCTA 2DQVA 3KN7A 3PUVE 2R6GE 4OFLA 3SEYA 4PFWA 3K00A 4ELRA 1MPDA 3KSXA 3SESA 3WAFA 5K2XA 1UTHA 2NXOA 2HCAA 4WEDA 1MXYA 1MQJA 1P1OA 5DVIA 4ZEDA 3PMWA 3MUQA 3G3GA 5CI5A 3TTNA 1POTA 2PX1A 4H5GA 3HN0A 4NF6A 2UVJA 1B7ZA 4ZZAA 3FZVA 3K6WA 3ECRA 3N6UA 1LFIA 2A5TA 4EQBA 2QS2A 2ANJA 4QFLA 4XKPA 3B7DA 4H65A 4O3BA 2HXWA 4EQ9A 2VD3A 3H6UA 4EUOA 2OWTA 3D4GA 1IXIA 4GL8A 1Y4TA 2HFBA 4NTLA 4KCDA 3S4UA 3LBSA 3T96B 2F7CA 5EHMA 2DOJA 1PC3A 1P1WA 1MY0A 3RNNA 1Q35A 2AL4A 1M5FA 3PD8A 3THIA 2HEUA 1LB9A 4TOZA 3VVDA 3MPLA 4DDDA 5I58A 1B5IA 5H8HA 2IA4A 1MPCA 4IO4A 4EXLA 4OEUA 1DOTA 1Y4CA 1I6BA 1BP5A 3TCHA 1FCKA 1XVXA 3FJGA 1WDNA 1B58A 1TFAA 2ONKE 3PPNA 4R9FA 4F1YA 1N76A 2I3WA 3V89B 1WODA 4OMBA 1AMFA 2ALUA 2DE3A 1R1NA 3HO7A 2DYXA 4NE4A 4H8JA 2OBGA 4ELOA 4JDFA 2Y7RA 3O6IA 2GHAA 2H99A 1FQFA 1ZIUA 4U1OA 3Q27A 4F3SA 4QSDA 3FVOA 2GRVA 2ZNTA 1P99A 1Z7NE 4G68A 3T9UA 3IJOB 4OWDA 1UIUA 1A99A 4H6DA 4U4XA 2HZKA 1FQCA 4F39A 1LBBA 2FNCA 5F7VA 3O9PA 3T9HB 5CBRA 1SI1A 3S9LC 4RY1A 3GBAA 1OIBA 5HBCA 4ESXA 2W7YA 2ZYOA 4R2BA 4U21A 3TTKA 5TU0A 3N94A 1MH4A 5I2KB 3MW0A 3O29A 1B51A 4IGTA 4F2QA 5M2VA 1ZMGA 2I0CA 3PV0E 1NNFA 2Q8JA 4MF3A 1GTKA 3PPRA 4RPOA 2DS9A 4OENA 1BLFA 4QFOA 3G3IA 2QS3A 2Z8DA 2Z22A 1LBCA 4WXJA 5H8QA 2Y7IA 3OENA 2GHBA 1PB8A 1MPBA 3EN3A 4F2OA 3G3KA 3FVKA 4GLIA 3CG1A 3QAXA 1N3XA 3H06B 1MY3A 1MXUA 3GXAA 4MH5A 5KZTA 3K0VA 5CM6A 4ONYA 5ELVA 3TCFA 1ELJA 1N04A 5KDTB 3UIFA 3A09A 3RT6B 3ILTB 3U94A 3K4UA 4OXVA 4FEDA 5B7DA 2Q88A 3MVYA 2PT1A 3G3HA 4RK2A 4Z0IA 3FJ7A 1JQFA 3MQ9A 1MG1A 4DXUA 1DPPA 1XHYA 2UVHA 3MVWA 4XKRA 5CMBA 5KCJA 4ZE9A 2O7IA 3T22A 1D3KA 1ZTYA 3C9HA 2RKMA 1PDAA 1LFGA 3KN3A 4OFJA 4UA8A 1SVXB 4GD5A 1B1HA 3K01A 2Y7WA 3O28A 5HM4B 3SETA 2O6AA 4LQ5A 4OHNA 4O3CA 2UVIA 4GF8A 4Z7EA 3SEWA 1RYXA 3MC2A 4MBPA 3VXBA 4RK9A 3T93B 2CZLA 3SERA 5CBSA 3L6GA 2YLNA 2O1LA 5DYHA 1I69A 2XXXA 4ZS9A 4NMYA 2D3IA 5AA3A 5I2NA 4KQPA 5CC2A 3JV9A 3T9XB 5JTYB 4POXA 1NNTA 3UN6A 2HQ0A 4QSEA 4QSCA 3I6VA 1IXGA 3K1MA 3IB2A 3RY3A 4GWOA 3FV1A 3C35A 5DTBA 5H8NB 3HPIA 3RQTA 1MQGA 1NH8A 4ZZEA 3VLWA 4ELPA 3TPAA 5I59A 5L9OA 2DWIA 3PUXE 1MQIA 3IK6B 3ONMA 2A5SA 4JXIA 4RXLA 1P1QA 4PE5B 4DLDA 2B3BA 2AIXA 2F7BA 3MP1A 1MY2A 1B4ZA 1DTZA 2VHAA 3KN8A 3TFLA 4Q30B 2Q9TA 1Y1MA 1PBPA 4BLAA 5L8DA 5F1QA 4GVOA 4QFPA 1Y20A 4IB2A 2ZMBA 2ZYNA 4NWCA 2B3FA 5JK4A 4K3FA 3IOVA 3MZ1A 3U72A 4R72A 1B0LA 2I0BA 1EZ9A 1YAEA 1B1XA 4BDOA 2XX7A 4EF1A 5A5XB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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