4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
molecule tags Methionine-binding protein
source organism Enterococcus faecalis
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
3C35A 2NOOA 3JZJA 1URGA 4AQ4A 2DP8A 1A54A 4P11A 2DWAA 3OSRA 3C9HA 4N13A 1OLAA 3G3FA 4LATA 4LZ7A 4FEBA 3THIA 3PUYE 4ZZAA 4F19A 5M2VA 1NMUA 1DTZA 3M8UA 3FASA 4ELRA 1ATGA 2E1SA 3UN6A 4BDOA 1O63A 1EU8A 1B7ZA 3C32A 2GRVA 2O84X 3GZGA 4KQPA 5AA2B 3TCGA 4TOZA 4MF3A 1SI1A 4G4PA 4RY1A 2RC8A 1IXIA 1N84A 3CSGA 4I1DA 1BTJA 4OFJA 5H8NA 5I59A 5ICQA 4EQ9A 1B05A 4YKJA 4IB2A 2QS1A 1TT1A 3TODA 1XT8A 5A5XA 1JEVA 4NF6B 4DE8A 4NWDA 1YTVA 2V3UA 1S7YA 2QS3A 3T9HB 4RNSA 4G2ZA 4R74A 5HPQA 1JEUA 2REJA 3B6QA 3IB2A 3FXUA 1URSA 3DELB 3HV1A 4I8CA 3DP4A 4OENA 1HSEA 4G77A 1RKMA 4X1DA 2I48A 1ANFA 3O66A 3RT8A 3RGYA 4IO2A 1Y1ZA 1MXVA 3SDFA 1MM7A 4YICA 3OD7A 3FVNA 1ZLQA 2A5TB 1N04A 2Z23A 4NF8A 4LUBA 3IB0A 3O29A 4GD5A 1Y20A 2ONRA 3TQWA 2QMXA 2O6AA 2VD2A 4JWOA 2ESNA 4OFOA 2ZYKA 3TQLA 4OERA 1QW0A 5I57B 3OENA 3DLNA 1IIWA 3UP9A 1MY2A 2ZNTA 3QXMA 2B3FA 3Q29A 4ZEFA 3TEPA 3S9LC 5TU0A 1LFHA 2F97A 3CVGA 4IO5A 3QYTA 4KYSA 3DM0A 3MVXA 4RJZA 1I6QA 1Z7ME 4JWYA 2UYFA 1EH3A 2M8CA 3SERA 5AE4A 1URDA 2OCUA 3V5AA 2ZNUA 4EXLA 2DYXA 3TFLA 5BUUA 3TDJA 1B9JA 3M3FA 1N7WA 1IQ7A 4H0WA 3L6GA 4EF1A 2BJJX 4ZECA 5KCJA 1FTMA 4EXKA 1NH7A 4NMYA 2Q2AA 3EPEA 3MVWA 1QULA 2GFEA 4H65A 3JYRA 3QUJA 4O3CA 1MXZA 3IR1A 3FJ7A 4E0WA 4F29A 1LAHE 3RUMA 5H8NB 5I59B 4F2QA 1UTBA 4JWXA 4IO3A 3IORA 5A5XB 1QUIA 2KLFA 3O2AA 5J1DA 4ELQA 4ESWA 1H43A 3VE1B 1USYH 5H8QA 4NTLA 1B4ZA 1R6ZA 4IGTA 1WDNA 1TFDA 4WEDA 1GV8A 1O64A 5CMMA 1XHYA 2NUVA 3C33A 4HS7A 3HSTA 4LZ5A 2R6GE 3L6HA 5DVJA 4NWCA 3MP8A 3MZBA 2RCBA 4FJPA 1SVXB 3VXCA 1Y4TA 3RTWB 1MQGA 2ONKE 1MRPA 3Q28A 3C34A 3UIFA 3FJGA 3BKIB 4NF8B 3FVOA 3IJOB 4G8MA 1P1UA 2P2AA 2F7CA 4WXJA 4FEDA 1MG1A 4KCCA 5LOMA 3LSXA 4RXLA 1B3LA 1PBPA 1EZ9A 3R26A 4P0IA 2B3BA 4QFNA 1N3XA 2ZMBA 2GHBA 1POTA 5AA3A 4YKPA 3HO7A 3K6VA 5H8FB 4GLIA 2DVZA 3V89B 3G3GA 4OZ9A 4IO7A 4R2BA 3K00A 4YU0A 3FXQA 1F9BA 4NE4A 3HHFA 4IY6A 4GWOA 1VE4A 2DXRA 3LBSA 3C31A 4F3SA 1JW5A 4QSEA 1B1HA 1VFEA 2GHAA 4DIGA 1A99A 2PT2A 1FQEA 2Z22A 2D5WA 3MJNA 1B3EA 3MZ1A 3PUVE 4QSDA 4Q0CA 3KEIA 2ANJA 4KD5A 1M5BA 4GRKA 1ZIUA 3OXNA 4NEDA 1XOCA 3MQ9A 4UACA 1QVSA 3EHTA 3FV1A 3KZGA 3USDA 4GL0A 4U4SA 1B32A 2Z8DA 1B3HA 2PT1A 1FTOA 1SYHA 1AL3A 5I2NA 2PBWA 1B1XA 1FTJA 2DWJA 1SW2A 5EHSA 3H6VA 4ZZEA 3M3KA 5B70A 1MM6A 2F6PA 4BDMA 2AL4A 4O3AA 5ITOA 2Y7KA 4R73A 1UTBB 3QSLA 1VFDA 3KN8A 4Z7EA 1Y3NA 1FTKA 4PFUA 3E3KA 3T66A 3UORA 1P1OA 1H44A 5H8QB 3CFLA 4OWDA 3D4GA 4EDPA 4YB5A 1B3FA 3K6WA 3RY3A 1JETA 1UTHA 2WKYA 3MVZA 1LB9A 5DTBA 3KSJA 3FD3A 4OESA 4R6YA 3TTLA 4DCXA 4ZDMA 3K02A 4KR5A 4OEUA 1JVYA 3KBRA 5FHMA 4HCYA 3TCFA 2V3TA 2DS9A 3C4MA 2OLBA 4OTEA 4MLQA 2ONSA 3S9NC 2LAOA 5JEIA 3KN3A 5DEXA 3T22A 1B46A 1BKAA 3G3HA 4KCDA 5CBSA 3G7WA 4ELPA 1PB8A 3T96B 1LSTA 5F7VA 3W9WA 1QUKA 1JW1A 4JDFA 1ZKBA 3OO9A 2IA4A 4N6PA 2Q8JA 3Q25A 4R9GA 1LCFA 3UK4A 1NNPA 1M5FA 3HPIA 3N6TA 1MPDA 3U8QA 3WAFA 5AA4B 3FATA 1MPBA 4YB6A 4YB7A 4EQBA 1T0KA 4PFWA 4GF8A 3KJ7A 1B51A 5CM6A 5JTYA 2P1SA 1JVXA 1LBCA 2HFBA 2I3WA 2YPNA 1IXGA 3V83A 5ITPA 2H99A 5CMBA 2GH9A 4PP0A 4U22A 3PMVA 3OSQA 3LC8A 2B65A 5I84A 1LGBC 2QS2A 4POXA 4DZ1A 4N07A 3EN3A 3VDFA 4F2OA 3CSBA 3ODBA 1JQFA 4U1ZA 2F34A 4MBPA 4R9FA 3TKDA 5I58A 2ZYNA 5FHNA 4OMBA 3CG1A 3MVYA 3T9XB 2UVGA 5H8SA 1MH4A 4PFTA 3KFMA 1TXFA 4YKIA 2FYIA 2H9BA 4F3GA 1SD3A 4FE8A 1POY1 3RTFB 2OK2A 1I6AA 3E9XA 1SBPA 1H45A 1XVXA 5CRYA 4BDRA 3VXBA 1CB6A 4QHQA 3HCQA 3SEUA 5IAIA 4RPNA 3MPLA 1D9YA 2HQ0A 2Y7WA 5TPAA 2XXXA 4POWA 1UTHB 2PMSA 3EF7A 4EF2A 1MY3A 3TPAA 1B0HA 3SEXA 1FQAA 1H3DA 3IX1A 4KPTA 2ALUA 5H8HB 5KDTA 4YMBA 1QJMA 5CMCA 1EZPA 1UQWA 3W9VA 3GXAA 3I6VA 5I56A 3U94A 1AMFA 2PX1A 4RK2A 3PV0E 3G3KA 3FUZA 5DEXB 2NVUB 4FORA 4R6HA 1XC1A 4U1OA 2Q2CA 2F78A 4G8NA 1NL5A 2XXPA 4ZE9A 1QUJA 1LBBA 3SKPA 1D9VA 2XXYA 1LLSA 4XXUA 4XKRA 3MW0A 2HAUA 1MPCA 1MDQA 3DP6A 4F3BA 3HHGA 4Q8RA 3SEYA 3ZSFA 1Y3PA 2HZKA 3KSXA 2YLNA 1N7XA 1A8EA 3CI8A 4TLMB 4BDQA 3IAZA 4THIA 3FIRA 4LONB 3DP8A 1S50A 3B7DA 3Q26A 4F31B 2CMOA 4DXBA 4Q5TA 3IOVA 3GBBA 3PUWE 4IY5A 1Y4CA 2AIXA 2ZNSA 4HTGA 2P0SA 4R75A 3CRBA 2DVCA 3VVFA 1MXXA 3B6WA 4ONYA 3TAJA 3RT6B 1UIUA 3EHSA 4LA9A 5I2KA 4BDLA 5FTHA 3RQTA 5FHOA 4AB6A 2HXWA 2F7BA 3R7XA 4G8HA 2DWIA 3N5LA 4C0RA 3RLFE 4H5FA 5ICTA 4F1VA 3K1NA 4P0GA 3K4UA 3H3GA 1PB9A 1YAEA 3VLVA 1RYOA 1PB7A 1VSOA 3LSLA 1BP5A 2O1MA 4LQ5A 4IO4A 4YAHX 3CG3A 3M3LA 3IOUA 2O7IA 2THIA 3OO7A 2XXIA 3TTMA 4OETA 4GFRA 1MY0A 3IO4A 3Q27A 1B2HA 3S2VA 5KZTA 1A55A 2DE3A 3VLWA 3IOWA 1MQJA 4LP2B 1SYIA 2FNCA 1IITA 3R6UA 4JSOA 2OBGA 3LSFB 3RNNA 2VD3A 3K6XA 2A5SA 3PPOA 1NKXA 1ZU0A 4NF4A 3N94A 4H5GA 5KDTB 1ZJLA 1NFTA 4QFLA 1MDP1 5I56B 1AOVA 1KWHA 1Y1MA 4NF5A 2G93A 2XXQA 4GXSB 2XX8A 4H8JA 4HCWA 1DOTA 1ELJA 3VVDA 5EHMA 1D4NA 1IXCA 2UYEA 3E13X 2DXYA 4O3BA 3SESA 4F1UA 1SW4A 2RC7A 2D21A 2RCAA 1P99A 5ISUA 2X7PA 4GL8A 1FCKA 3PMWA 1R1NA 1B7HA 1B5HA 1OLCA 4C1TA 3EQ1A 2Z8FA 4BDNA 4OXVA 1A7LA 1Y9UA 2IEEA 2V3QA 3MPKA 4ECFA 3GBAA 5KCJB 3FV2A 3PUZE 3TTNA 1M5EA 2OJTA 3FJMA 1WODA 4QFPA 1IXHA 4ZEKA 1II5A 5DVIA 3SEWA 4NF6A 1HSLA 4MLVA 4GXAA 2I4BA 2HAVA 3D4CA 3G3JA 1JW4A 3T93B 2F5XA 3TTKA 2R9JA 2I0CA 5I2KB 1FQFA 4G68A 1VR5A 1B3GA 1US5A 5DYHA 4RPOA 4M1VA 2XXUA 5AA2D 2RINA 4DXUA 3A3CA 3TELA 1GR2A 2O7UA 2V84A 2A5TA 3UA8A 2QMWA 4KFQA 4GOTA 3IOTA 4G68C 3K6UA 4JSDA 4LVQA 1B52A 1I6BA 3I3VA 1A8FA 3MP6A 5BWJA 3O9PA 4OHNA 3JV9A 2X7QA 3G3IA 5I57A 5HBCA 4PETA 3FXRA 1LFIA 5K2YA 3MC2A 2V25A 2Y7RA 1DPEA 3KG2A 2UVJA 3BFUA 4H8IA 1XS5A 3H6UA 4X48A 4LQ2A 2D3IA 4RYAA 4DCYA 4F22A 1Q35A 1PBQA 4MFIA 1GTKA 3IJXB 4F18A 2XXHA 4NF5B 4FIMA 3OEMA 3A09A 3QUFA 5L9SA 3PPRA 3U92A 2Y84A 3FGSA 3TZAA 2X26A 1Q1KA 1FQCA 3T9UA 5L8DA 2CZLA 3UGWA 5HM4B 2Z8EA 4R2FA 1ZBMA 1USYE 4PE5B 3LR1A 2O1LA 3O6GA 3QIMA 4XIGQ 3TUSA 1IEJA 4OVJA 1IZ1A 3FZVA 4U23A 1B4HA 4RK9A 1UIVA 4PQJA 5CBRA 2XXVA 4X9TA 2O69A 3U1OA 3H06B 4FECA 1J1NA 3MWBA 4AB5A 5I2NB 3O6IA 3MBPA 1NNTA 3PU5A 3O28A 3S9MC 3IL1B 3TMGA 1YCJA 3FVGA 3ILTB 1P1WA 1QKAA 1FW0A 4M4GA 3AXFA 3K1PA 2XXWA 2DE4A 1GVCA 1TWYA 2QS4A 3T9VA 3TCHA 4G68B 4MH5A 2Q89A 3H03A 2H5YA 3U93A 1SDXA 3ILUB 1M5CA 3ZKLA 3TYHA 4XTCQ 3CFXA 3QAXA 2XX7A 5CMKA 4RA1A 1L5TA 2I3VA 3VV5A 4WEPA 2VHAA 2O68A 2DOJA 2HZLA 5B7DA 5K2XA 2DQVA 4OYVA 1MY1A 4QRZA 2Y7IA 4KI0E 1MQIA 4YZZA 3BFTA 3OELA 5L9OA 4F3PA 3C36A 4WKMA 2QJEA 4FAJA 3H7MA 2XHDA 5H8FA 4R72A 3OOAA 2V93A 1ZTYA 3KOSA 4JB7A 4KYEA 5EYFA 2DSFA 2PVUA 1SW5A 1B5JA 1BLFA 2NWJA 3IO6A 2I49A 1H76A 2OWSA 2OWTA 1IUDA 4ZE8A 1B7UA 2XX9A 1YPNA 1Y3QA 3RN8A 3MP1A 5JK4A 1O7TA 2Q88A 4U21A 4UA8A 5IKBA 1EZOA 1DTGA 4F39A 4QFKA 4XKPA 3E4RA 3PD8A 1MY4A 1LAGE 4F1YA 1MXUA 3PUXE 2ZYOA 4U2RA 5JTYB 4ZEBA 3U72A 4FATA 2E0SA 1OVBA 1R9QA 3CR9A 2DE2A 5DVFA 1B0LA 4OQOA 4QSCA 4X1BA 1LAFE 1RYXA 2FA7A 3WAEA 2W7YA 3K2DA 1PC3A 1S9TA 3O6HA 4DXCA 1JNFA 5TP9A 1AIVA 3A3UA 3MZ9A 4QF9A 3SEVA 4L17A 3PD9A 4ESXA 1SW1A 2REGA 1QKBA 5DT6A 5I58B 4LZ8A 1AH5A 2Y7PA 4H1XA 1DMBA 3K01A 3MUQA 1P1NA 1HSJA 4Z0IA 2XXTA 2QSXA 2XXRA 1PDAA 2I0BA 1DSNA 3LSWA 2RF1A 2PYYA 2QL3A 4ELOA 2UVIA 2ZXTA 2F6GA 3PPPA 2H98A 4H6DA 5CC2A 5CI5A 4GVOA 1OMPA 1B58A 3KJTA 3N6UA 3V8XB 4DLDA 1US4A 4KYDA 1B5IA 3ONMA 5TPAB 3ZS6A 1OQGA 1P1QA 1NH8A 1NNFA 4TQUQ 4TLLB 3KN7A 1LAXA 1MXYA 5AA1A 1OVTA 1DPPA 1B40A 2H4IA 2QRYA 3B6TA 4ZEIA 2VOZA 3QK6A 3H4ZA 4IGRA 2I58A 1NNKA 4YMAA 4GQOA 2F7AA 4GIZA 2NXOA 3N26A 3TTRA 3OEKA 2XD3A 4R6KA 2YJPA 4XKNA 3RPWA 5ELVA 2HEUA 3K1MA 2AYSA 3BBRA 4I9DA 1LB8A 2HCAA 3CFZA 5AA4A 4EQ7A 4DDDA 3F11A 4HW8A 1LCTA 5AA2A 4PFYA 1SI0A 1FTLA 1N3WA 2DWHA 2QPQA 2I4CA 2UVHA 3W15C 1TFAA 3VFJA 4K3FA 1OIBA 4EUOA 4ISUA 4KHZE 2ABHA 1MS7A 4JBZA 3PPQA 3LUYA 1SQYA 3EHUA 3VLUA 3O97A 1MXWA 2VGQA 3K0VA 4XKQA 4ZS9A 3PPNA 4ZEDA 1D3KA 2O51A 1GGGA 3CIJA 2OZZA 1WVJA 1LFGA 5TP9B 3PMXA 1N0TA 3I5OA 2F36A 1A40A 2RC9A 3HN0A 2I6EA 1FQDA 2XD2A 1BIYA 4JXIA 4E0XA 1Z7NE 3H6WA 3OMBA 3H6TA 3ECRA 1R9LA 4Q30B 2AL5A 1XVYA 4OEVA 1OQHA 3IK6B 4YKKA 3S9EA 4H67A 1MQHA 3OO6A 1B6HA 3MAMA 2R71A 4U4XA 2UXAA 2H25A 3KGCA 4OFLA 2F8DA 3KOTA 1ZMGA 2ZYMA 3SETA 5F1QA 5FTIA 2VP1A 2Q9TA 4BLAA 2F35A 4QFOA 4C1UA 1PEBA 3S4UA 1MH3A 1N76A 5H8HA 3GLBA 3OO8A 1MQDA 4ND9A 3ZKKA 5L9MA 4I62A 3P7IA 1M5DA 3PGFA 1FQBA 4NF4B 2G29A 3IB1A 1CE2A 1I69A 4IO6A 2RKMA 3FVKA 3VVEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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