4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Methionine-binding protein
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
source organism Enterococcus faecalis
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
3DM0A 3SEYA 2I4BA 4I8CA 1WODA 1LLSA 5CI5A 5LOMA 4UACA 5F1QA 3MUQA 1JEUA 3O9PA 4ZEBA 1YCJA 3GZGA 1ZBMA 5CMBA 1MXZA 4JSDA 4YKKA 3O6HA 4RPNA 2DVCA 3SESA 3V5AA 2I48A 4POXA 3MQ9A 4GQOA 3CSGA 3RTWB 2V93A 2O68A 1N84A 3T96B 1OVTA 2VD3A 4H65A 3RT8A 2I49A 1FQCA 4DIGA 4G68B 1MG1A 4ELQA 5F7VA 2ONRA 5H8SA 1QUJA 3ZKKA 2UVIA 3N94A 5KDTA 4BDNA 5DEXB 3CG3A 4EQBA 5L9OA 2HEUA 3HO7A 4F3GA 2Q8JA 1Y3NA 3MW0A 1MXWA 2H98A 1AIVA 1GTKA 3H6VA 3Q26A 1L5TA 3T93B 4GVOA 4PE5B 4KQPA 4U2RA 1A54A 1SW4A 2F34A 2I3WA 4HTGA 1H3DA 4OZ9A 3OO7A 1JW4A 3QUJA 1IXHA 4Q8RA 3C31A 3KFMA 3JV9A 1PDAA 2PX1A 4IO4A 3QSLA 4ZS9A 3FATA 3IAZA 4NF8B 3O6GA 5HBCA 2Y84A 1DMBA 4H0WA 2ABHA 4GF8A 3MVZA 1AOVA 2UYFA 4Z7EA 1JW5A 3KOSA 4DLDA 5AA1A 3SKPA 2ONKE 3ECRA 1A55A 3CFXA 4GRKA 3N5LA 5BWJA 4OEUA 4F2QA 4FJPA 2I0BA 3OEKA 2I3VA 2RC7A 1F9BA 5I56A 3RPWA 2XXWA 4EDPA 4PQJA 4NF5B 3MPKA 3OD7A 4FE8A 1MH3A 1A8EA 4KD5A 1QKAA 4RJZA 1D9VA 4DCYA 1BLFA 2Q2AA 1J1NA 1M5CA 2QPQA 4JBZA 4YB7A 1MY1A 3M3LA 1OIBA 4NF4A 3PUVE 4DZ1A 1B52A 4X9TA 4WEDA 3GXAA 2UYEA 4QFOA 1XVXA 3IOUA 2NWJA 3PD9A 5B70A 2Y7RA 3JYRA 5I59A 3CFLA 1M5EA 2DXYA 3B6TA 3G3GA 3HHFA 4N6PA 1B51A 1MPBA 4HW8A 1YPNA 2XXHA 3KEIA 3V83A 2Q89A 5JK4A 2DOJA 5ITOA 2VHAA 1URGA 3A09A 2OLBA 3OOAA 3FD3A 3FZVA 3UORA 3R6UA 3AXFA 4GXAA 4EQ7A 3UK4A 2B65A 2P0SA 3N6TA 4M4GA 4KCDA 4BDRA 5KDTB 1HSEA 1RKMA 1URDA 1SD3A 3PGFA 3FVNA 4LZ5A 3K2DA 5L8DA 3H03A 1D4NA 1ZTYA 4GOTA 2Y7KA 1GGGA 2PT1A 3LBSA 5KZTA 4O3BA 5CRYA 3UP9A 4YZZA 3OXNA 5FHOA 3ODBA 4XIGQ 1B3EA 1LFGA 1I69A 2XHDA 3TCHA 1UQWA 3IR1A 2ZYNA 3M3FA 2DE4A 4LATA 5TU0A 3N26A 1EZOA 4IO5A 1MM6A 3Q27A 3TTMA 2RCBA 5ELVA 4OEVA 1MY3A 3IORA 3SEUA 3PPRA 4BLAA 4E0XA 4JDFA 3GLBA 3R7XA 1H76A 3GBAA 4H8JA 3KSXA 3UGWA 4HCYA 3IO6A 3CR9A 2NVUB 4RK2A 3TCGA 3C4MA 1T0KA 4R6YA 2Y7IA 2Q88A 4F18A 2G29A 1PBQA 2QJEA 3IB1A 1QUIA 4FIMA 2AL4A 2H9BA 3KOTA 4LZ8A 2XXIA 4YU0A 2OCUA 4KPTA 5I56B 4PFTA 3MJNA 3MAMA 3TKDA 3WAFA 3MVWA 1LSTA 2DS9A 1LCFA 1UTHA 3TZAA 2Z8FA 1TT1A 1YTVA 1QKBA 1RYXA 1VSOA 1QULA 3K00A 4O3AA 4XKRA 2O7IA 5DVIA 4XKQA 4E0WA 3ZSFA 4NWDA 3MC2A 2I6EA 3RNNA 3FGSA 2F7AA 1Q35A 5IAIA 1PBPA 2DYXA 1ANFA 1LAFE 3TUSA 2ESNA 1B6HA 1LAXA 4DXBA 5H8HA 4NF4B 1MM7A 3W15C 3O2AA 2XXQA 3H3GA 3S4UA 4OFOA 4Z0IA 3G3JA 3BFUA 2Z8EA 1FTJA 3SEWA 1N76A 1TXFA 3Q25A 5I59B 2REGA 1Q1KA 3B6WA 3TQLA 2DE3A 3TDJA 2I58A 3TTKA 3A3CA 4MBPA 4RYAA 3OEMA 2UVGA 4I62A 1LB8A 3BKIB 3CI8A 4MF3A 1ATGA 3TQWA 1D3KA 1US5A 3PUXE 5L9MA 2OBGA 1MH4A 2F7CA 5M2VA 1B0HA 3Q28A 1AH5A 4TQUQ 1XS5A 4PFWA 3IOTA 1ZKBA 3K02A 1PB7A 3ZKLA 3C9HA 3RQTA 5KCJA 3VLWA 1LCTA 3HPIA 4LUBA 4POWA 2PBWA 3L6HA 4K3FA 1SI0A 3W9VA 2F97A 2XXYA 3G3KA 1NL5A 3O28A 4AB6A 1JVXA 5EYFA 5TPAB 4PFUA 3USDA 1H44A 4JWYA 1P1NA 2F8DA 4P11A 4RA1A 2THIA 3LSWA 4LZ7A 1LFIA 4LA9A 3U94A 5J1DA 4YMBA 4THIA 4O3CA 1AMFA 1BKAA 3C35A 2G93A 4R6HA 3O97A 2XXPA 1Y3QA 1NNTA 4RY1A 3SEXA 4RPOA 3KJ7A 4P0GA 3TEPA 1IXIA 2RCAA 1B7ZA 5JEIA 2VD2A 1BTJA 1Y1ZA 4JXIA 5CBSA 4ELOA 3VVDA 2R71A 4H5FA 1B1HA 3RT6B 1SDXA 2RF1A 3EHSA 3O29A 3RGYA 4R9FA 3LC8A 2GH9A 1XHYA 2ANJA 4R74A 5I2KA 4H6DA 1B32A 4G4PA 1GR2A 1FW0A 2O84X 1P1UA 5TP9A 1NNFA 2LAOA 2X7PA 5A5XA 3MVXA 3OENA 3PUYE 4LQ5A 1UTHB 2DSFA 1EZPA 3IOVA 3KJTA 4GLIA 1GV8A 4JB7A 1ZJLA 4QHQA 3D4CA 4AQ4A 1N3XA 3I6VA 4OQOA 5L9SA 2OJTA 3PPOA 3FJMA 4FECA 1RYOA 2A5SA 4X1BA 3K01A 4G8MA 4KYDA 2ZNTA 1CE2A 3W9WA 3K1NA 1TFDA 4OXVA 2Z22A 1CB6A 2QRYA 2QS3A 3IB0A 1MDQA 4ONYA 3T9HB 3H7MA 5H8HB 1MS7A 1S50A 2XD2A 2IA4A 4G2ZA 2DWHA 3V89B 1MXUA 2A5TA 3U1OA 1LB9A 2RC9A 1BP5A 1KWHA 3MP1A 4GXSB 3DLNA 3TELA 4QSDA 4F1VA 3VVEA 3WAEA 3SDFA 3G7WA 1USYE 4JWXA 3H4ZA 4N13A 1B4HA 1AL3A 1I6QA 3QK6A 2DE2A 5AA4A 4OESA 3MZBA 3K0VA 2Z23A 3TFLA 4KYSA 3FXQA 1DPPA 3PV0E 2UVJA 3K6XA 4KI0E 4QSEA 2VOZA 4C1UA 5CMMA 2GFEA 2V84A 1B46A 3C36A 2HZKA 3I3VA 4YB5A 2ALUA 1DTGA 3TPAA 1UIUA 2D3IA 1OQHA 5KCJB 1OMPA 1DSNA 4XKNA 3V8XB 3C33A 5FTHA 4ZEDA 4U1ZA 3K6VA 3PUWE 2PMSA 1B5IA 3LSFB 1LBCA 2R6GE 3PMVA 4EF1A 2M8CA 2UXAA 4WEPA 3O6IA 2P2AA 1FQDA 4HCWA 3FIRA 2F6GA 3QIMA 2ZNUA 3UA8A 4KYEA 2NUVA 3TTLA 1O63A 1H43A 5EHSA 4KR5A 1MQGA 3IX1A 4ZE8A 3OELA 1JEVA 3T66A 1O7TA 1MXYA 4EXKA 3U8QA 1SYHA 1UIVA 3PPPA 4Q5TA 3FVKA 3ILUB 2XXTA 3IJOB 1SYIA 1NMUA 4DDDA 2XXVA 3U72A 4IO2A 4ZEFA 1EU8A 2PT2A 1ZIUA 3UN6A 4JSOA 3R26A 3D4GA 4TLLB 4FORA 2ZYOA 4R9GA 1B9JA 1N7WA 3KGCA 2CZLA 4DE8A 5AA3A 1SI1A 5I2KB 5I2NA 1NKXA 2I4CA 4G8NA 5TP9B 4ZE9A 3IO4A 1IQ7A 4PFYA 5A5XB 4QFKA 3KZGA 2O7UA 2RKMA 1DTZA 3KN7A 4EUOA 3KN8A 3HHGA 3VXBA 4OETA 4LVQA 2B3BA 1WDNA 3OSRA 3BBRA 5FTIA 1EZ9A 2ZMBA 4OWDA 3RLFE 3FXRA 2F78A 3E3KA 3QXMA 4GFRA 1SW1A 4Q0CA 1YAEA 1A8FA 3T9XB 1MQIA 4QFLA 4EQ9A 3PD8A 4IGTA 4U1OA 4X1DA 3ILTB 1Y4TA 3M8UA 3MPLA 3PUZE 1BIYA 4IO6A 3I5OA 3QAXA 2HFBA 2QS2A 5EHMA 4ZZAA 1LAGE 1Y1MA 1R6ZA 2RINA 3PPQA 4OFJA 4F3SA 3DELB 3VXCA 3UIFA 2DWAA 4IB2A 3OO9A 1VFDA 1S7YA 2GHAA 3SERA 1Y4CA 4ISUA 4XXUA 5HPQA 3FUZA 1A7LA 4H1XA 1SW2A 2H5YA 3L6GA 4UA8A 4R2FA 2O6AA 2DVZA 4R75A 2QMXA 3VV5A 4FATA 1MY4A 1OVBA 2X7QA 3EHTA 5IKBA 5AA4B 1N7XA 2FYIA 4KCCA 4Q30B 1OLCA 3HSTA 5H8NA 1XT8A 4MLVA 1EH3A 4ZEKA 5ICQA 3K4UA 2F35A 3HCQA 5CBRA 1B05A 1Y3PA 1LBBA 3MVYA 4ZDMA 5CMKA 1MQJA 1B5HA 4M1VA 2D21A 3TYHA 3LSLA 3SETA 4YICA 3RTFB 3OMBA 4EXLA 4TLMB 4QFPA 3EQ1A 1Z7NE 4DXCA 4ZZEA 3CIJA 1LGBC 2Z8DA 3FVGA 1IIWA 3QUFA 4RNSA 2HAUA 4QFNA 1POTA 1MY0A 2O51A 3T9VA 2V3UA 1B1XA 3HV1A 4AB5A 3E9XA 5ISUA 1OLAA 1XVYA 4F3BA 1MXVA 3O66A 3IJXB 4IGRA 3LUYA 4ZEIA 3S9LC 1URSA 3EN3A 2DWIA 3MZ9A 4MH5A 1B0LA 2VP1A 5DVJA 4GD5A 1IZ1A 1ZLQA 1M5BA 1B5JA 1QW0A 3GBBA 4KHZE 1II5A 1B3HA 3T22A 4GL0A 3HN0A 3CSBA 4DCXA 3N6UA 3E4RA 4OTEA 3MP6A 5BUUA 4C0RA 3FJGA 1PB8A 4G68C 3TTRA 1B58A 4BDMA 5H8QA 3M3KA 5I2NB 4NF6A 2ONSA 1IUDA 2AYSA 4RK9A 4YKJA 1P1OA 3KN3A 2F5XA 5H8FA 2I0CA 1PB9A 5FHMA 3VLVA 3ZS6A 2F6PA 2XXXA 1QUKA 2ZYKA 1NNKA 2FA7A 2PVUA 3EPEA 1ZU0A 2XX8A 5JTYA 2E0SA 1I6AA 1GVCA 2RC8A 1JNFA 2QL3A 1JQFA 5AE4A 3H6TA 4I1DA 3FXUA 1UTBA 5I84A 2V25A 2HXWA 2ZXTA 1FQBA 2WKYA 4F3PA 4X48A 4GIZA 2HQ0A 5I58A 4XTCQ 4YB6A 4ECFA 3VVFA 2DWJA 2OK2A 1JETA 5HM4B 1DOTA 2ZYMA 1HSJA 4G77A 5I57A 1R1NA 2Q2CA 2XD3A 5AA2A 2QSXA 3G3HA 2NXOA 3IK6B 3G3FA 2XX9A 3KSJA 4NEDA 2XXRA 3T9UA 1FQEA 1FTLA 3U92A 3K6WA 4PP0A 1XOCA 4ESXA 1FQFA 5ICTA 2FNCA 5DTBA 1TWYA 1O64A 5H8NB 4MFIA 4OYVA 4BDQA 3DP8A 5K2XA 3H6UA 4F2OA 4U21A 4JWOA 1Z7ME 1MPDA 3PU5A 3CVGA 3MP8A 2E1SA 2QS1A 2Y7PA 2OWSA 3B7DA 3DP6A 3E13X 3Q29A 3SEVA 2QMWA 3FV1A 5DT6A 3LR1A 1IXGA 4BDOA 2F7BA 3FJ7A 1B40A 3BFTA 4N07A 1QVSA 4GWOA 2GRVA 4OERA 2QS4A 1XC1A 1N0TA 2NOOA 4U4SA 3C32A 4QF9A 4OENA 3P7IA 4NE4A 1P1QA 1MQHA 3H6WA 2AL5A 4C1TA 3QYTA 1PC3A 1SVXB 1HSLA 1JVYA 3FV2A 3RY3A 1N04A 1P99A 3F11A 2PYYA 3KG2A 2X26A 1B4ZA 4IY5A 4ELPA 3MBPA 4DXUA 3H06B 3S2VA 1PEBA 1FTKA 4YMAA 2O1LA 4YKPA 3TAJA 2P1SA 1QJMA 3S9NC 2HZLA 3LSXA 3K6UA 5H8QB 4U22A 4NF6B 3RN8A 5ITPA 1FTOA 1B7UA 1B2HA 4NWCA 1FQAA 3S9EA 5H8FB 2CMOA 3OO8A 1SW5A 2UVHA 4XKPA 4P0IA 4RXLA 1R9LA 2VGQA 5JTYB 5DYHA 4WXJA 2OWTA 4I9DA 2DQVA 4R2BA 4LP2B 4ZECA 1N3WA 5CMCA 1M5FA 1H45A 1ELJA 1FTMA 1DPEA 1B3FA 1UTBB 4NTLA 4G8HA 4F1YA 5I58B 4FEBA 3A3UA 4H67A 3JZJA 4ELRA 2W7YA 3C34A 1Y9UA 2BJJX 5I57B 1SQYA 2HCAA 1LFHA 3K1MA 5AA2B 2XX7A 3CFZA 2HAVA 1LAHE 4R72A 4TOZA 1Y20A 1OQGA 2R9JA 1VR5A 3IL1B 3PMXA 1D9YA 1WVJA 2D5WA 5TPAA 5CC2A 4OHNA 4F19A 5CM6A 4F39A 1USYH 4LONB 1ZMGA 3IOWA 3S9MC 3VFJA 1FCKA 4H8IA 2YPNA 4F31B 4YAHX 2Q9TA 3VE1B 1S9TA 4G68A 1M5DA 1MDP1 4R6KA 1IXCA 1IITA 4OFLA 1VFEA 3RUMA 5AA2D 4OMBA 4YKIA 2KLFA 5DEXA 1MPCA 3TCFA 2A5TB 4BDLA 1NH8A 2O69A 4F1UA 3MWBA 4ND9A 4HS7A 3MZ1A 4IO3A 1B3LA 1TFAA 3TTNA 2DXRA 2H4IA 1B3GA 4LQ2A 1NNPA 2V3TA 3OO6A 4L17A 1NFTA 2IEEA 1A99A 4WKMA 3TODA 2ZNSA 5DVFA 3EF7A 4U4XA 2DP8A 1POY1 1VE4A 3IB2A 1B7HA 1MQDA 3VLUA 4OVJA 3TMGA 2GHBA 3K1PA 1SBPA 4F29A 3DP4A 3EHUA 3FASA 2YJPA 4KFQA 4PETA 4U23A 3FVOA 3KBRA 3OSQA 1NH7A 2H99A 4IY6A 4NF8A 3U93A 3G3IA 5B7DA 2YLNA 2B3FA 3ONMA 5FHNA 1A40A 5K2YA 3THIA 1P1WA 2O1MA 4QSCA 2REJA 4H5GA 2Y7WA 3PMWA 1MXXA 4NMYA 3CRBA 4IO7A 4ESWA 2F36A 1US4A 2XXUA 4QRZA 4F22A 2AIXA 1IEJA 1R9QA 2OZZA 4MLQA 1MRPA 3CG1A 1MY2A 4R73A 3PPNA 4FAJA 1I6BA 4NF5A 3VDFA 4EF2A 1JW1A 2V3QA 2H25A 4FEDA 3B6QA 4GL8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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