4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
source organism Enterococcus faecalis
molecule tags Methionine-binding protein
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
3PPQA 1BKAA 4ZECA 1IEJA 2OCUA 1IXCA 4K3FA 2CZLA 2ZMBA 4GXAA 3GLBA 3D4CA 2I3VA 3G3KA 2IEEA 2REGA 2RKMA 1Q1KA 4LATA 3GBAA 4IO4A 2GFEA 3O6IA 2E0SA 2VGQA 3PV0E 4JXIA 4P0IA 4R75A 1IQ7A 1JEVA 3VVEA 2Y7KA 5KDTA 1LBBA 2B3BA 3SEXA 2OWTA 4U4SA 4JWYA 5KCJA 5K2XA 1NNKA 4IGRA 2HAVA 1XVXA 2Z8EA 4ISUA 3CSBA 4OESA 1B3FA 3E4RA 4GRKA 2IA4A 3Q29A 1RYXA 3KN8A 3MUQA 1EU8A 1JW5A 2CMOA 3VLUA 3IJXB 1H76A 1Z7NE 1JEUA 1UIVA 1Y4TA 4F1YA 1T0KA 1DTZA 3C35A 1Y3PA 3CSGA 3E13X 3DP8A 1OQGA 3C34A 1B7ZA 3IB0A 3K6XA 3G3JA 2O51A 2Z8DA 3ONMA 3QUJA 1IXGA 2PX1A 4MFIA 1Y1ZA 3RT8A 2O84X 3CIJA 4G77A 2V3TA 3CFZA 2HQ0A 1I6BA 2ESNA 2OZZA 1B4ZA 4OWDA 3FUZA 4XXUA 3M3FA 2XXWA 2XXYA 2XX7A 5CMCA 3TTNA 1FQCA 3VFJA 1ELJA 3V89B 4ELRA 1IZ1A 3EHUA 4LA9A 4U21A 1EH3A 2ZNTA 3WAFA 1FTKA 4R2FA 4E0WA 1US4A 5H8NB 2X7QA 4DXUA 2Q2CA 3LSFB 1PDAA 1A55A 3FVNA 4XKQA 3KGCA 4QFPA 3TTKA 3IK6B 1VR5A 4KYSA 4Q0CA 5CRYA 4MF3A 5I56A 2V25A 2M8CA 1IIWA 2I0CA 2VHAA 3OO6A 2HEUA 4M4GA 1RYOA 2XD3A 4BLAA 5AA4B 1B46A 1M5CA 3VE1B 3TMGA 2Y84A 1MXUA 3KSJA 2H25A 3R6UA 4DXCA 4QHQA 2HAUA 1MXVA 3MP6A 3H06B 3OO8A 5AA3A 1MQGA 2B3FA 4EXLA 3V83A 3FXUA 3TDJA 5I59B 2XHDA 4G68C 1SW5A 5AE4A 3H4ZA 1TT1A 4FJPA 3F11A 3JZJA 3K1PA 1R9LA 3HCQA 4U2RA 1NKXA 5EHMA 3THIA 4FECA 1MY3A 3SESA 4IO5A 1GTKA 3N6UA 5DVFA 4DCXA 3AXFA 5EYFA 5H8HB 4YMBA 5I57B 3S9NC 1UTBA 3TEPA 2RCAA 3VVFA 1N7WA 4KR5A 3KFMA 3SERA 4F19A 2AL5A 4KPTA 3M3LA 3IJOB 2NUVA 3IO6A 4GD5A 4DE8A 1NNFA 4H8IA 4ZEBA 1VFDA 2QMWA 3OSRA 2XXPA 1JETA 4ZDMA 1H3DA 2NWJA 2W7YA 4GFRA 3PMVA 1P1UA 3IAZA 3B6TA 2P1SA 2Z8FA 4N07A 4NF6A 2DVCA 4BDLA 4DDDA 2V3QA 1LCFA 5H8NA 2HZLA 1LAFE 1H45A 2VOZA 3MP1A 4R6YA 2A5TB 3ILUB 2Q89A 3O6HA 1F9BA 4NEDA 5B7DA 4XIGQ 3CRBA 3PU5A 4F3BA 2DOJA 2F36A 2PVUA 1Y20A 3FVKA 2I0BA 3OXNA 1D9VA 2I4CA 4X48A 4ZS9A 3U72A 4KHZE 4R9GA 3I3VA 5JTYA 3BKIB 4HTGA 3KBRA 3FATA 2DXYA 1MS7A 4I62A 1P1QA 4H5FA 1JW1A 1N0TA 1S7YA 1B58A 1MY0A 3OSQA 1MPCA 3R26A 4PP0A 1S50A 2UYFA 5L9OA 4M1VA 5A5XA 4R6HA 1P1WA 1YTVA 2O1LA 3H6WA 1UQWA 3K4UA 2D3IA 2RF1A 3I5OA 3MZ9A 3W15C 3R7XA 1M5FA 2XX9A 1PEBA 2AYSA 2G29A 3FVOA 4DIGA 1TXFA 2GHAA 2Y7RA 3KJ7A 3KOTA 5DTBA 1USYH 3P7IA 4QFNA 1M5EA 1MY4A 1YPNA 4F3SA 5CMKA 3O9PA 4P11A 3K6WA 1I69A 3FGSA 3T96B 1XC1A 3K01A 3VXCA 1I6QA 2GHBA 2Y7IA 3VV5A 4YMAA 1JVXA 2A5SA 3UGWA 1B5JA 1P99A 4MLQA 4PQJA 1WODA 4IO2A 3A09A 5DEXB 3FD3A 4R73A 4GF8A 2ALUA 3SDFA 5CMMA 2RINA 4EQ7A 1BTJA 4THIA 4YICA 2PYYA 3ODBA 3E9XA 4JWOA 1XVYA 3D4GA 3DP6A 3GZGA 5J1DA 1NH7A 4ESWA 1UTBB 3ZKLA 1BLFA 1WVJA 2VD2A 1TWYA 1O63A 4XKPA 2FYIA 4NMYA 1URDA 3C4MA 3LUYA 2F7BA 4RPOA 5H8QA 3UORA 5ITPA 1JNFA 3A3UA 4F31B 2NVUB 2Y7WA 5CBRA 3VVDA 2NOOA 1DSNA 4YKKA 3E3KA 4XKRA 1B51A 1A99A 4ELOA 1A7LA 1AMFA 1PBQA 3MJNA 3IL1B 1IUDA 2OK2A 1UTHB 3MAMA 3T9VA 2QS1A 1XHYA 4I1DA 4Q5TA 1B5HA 1B3HA 3K02A 2DWAA 4BDRA 4N6PA 4EQBA 1P1NA 1SBPA 5L9MA 2REJA 3M8UA 2V3UA 4IY5A 1Y1MA 2X26A 4NF4B 3VDFA 3FZVA 5I2NA 1MY2A 4EUOA 4NF5A 1D3KA 2R9JA 1FTMA 2RC8A 1PB9A 2UVJA 2WKYA 4GWOA 3S2VA 3T9XB 1URGA 3USDA 1UTHA 5I2KB 5IKBA 4OXVA 5F7VA 3Q28A 1KWHA 5H8HA 4FIMA 1GV8A 5I2KA 1AL3A 1I6AA 1R9QA 4OHNA 3M3KA 3FIRA 4XKNA 4HW8A 3SEUA 4DLDA 3FV1A 1B1HA 3HSTA 3SEVA 4ZZEA 5ITOA 1NFTA 1CB6A 1LLSA 2O6AA 3Q27A 2PBWA 5I2NB 4MBPA 1QVSA 3OEMA 1NNTA 2QL3A 2OWSA 3RPWA 4FORA 4OZ9A 3VLVA 5I57A 3HV1A 3IOWA 2O1MA 1DPPA 2Y7PA 3N5LA 4LZ8A 3GXAA 4OMBA 3U93A 3G3FA 4F2OA 2QJEA 3PUYE 1MY1A 4JWXA 3PGFA 4I8CA 4N13A 4YB5A 5DEXA 3EHSA 3N94A 5DYHA 2XD2A 5H8FA 3GBBA 3RTWB 3IOVA 1FTJA 1MQIA 3K0VA 3KJTA 1MPBA 2H99A 3PPOA 4IO7A 4F3PA 5JK4A 1D9YA 4JBZA 3HHGA 1SDXA 2XXQA 3SETA 5AA1A 4G68B 5KZTA 3CFLA 4GLIA 1S9TA 1FQAA 2ZNUA 2ZYMA 1ANFA 2ONKE 1PB8A 2F78A 2G93A 1LBCA 4G68A 4GIZA 3T22A 2F7AA 2A5TA 1B2HA 2DSFA 3TAJA 3OELA 2QS3A 2NXOA 3V5AA 3OO7A 4LONB 5TP9A 1MXZA 1SQYA 3FJ7A 3O2AA 4KYEA 3QXMA 4FE8A 4Q8RA 2DWHA 4NF5B 5TPAA 3W9WA 5I56B 4KFQA 1B7UA 4EF1A 3IX1A 1DPEA 4MH5A 3UIFA 1MXXA 1EZ9A 1OLAA 4YKIA 3K6VA 1NMUA 1Y9UA 2P0SA 4IO6A 1JVYA 4KCCA 1DOTA 5AA2D 3OENA 4F29A 1MPDA 2I48A 3U1OA 4LQ2A 3O6GA 5ICQA 1ZMGA 5BWJA 1P1OA 1SI1A 2R6GE 3EF7A 4QRZA 3OO9A 4H8JA 2RCBA 1NNPA 4KQPA 4PFTA 1D4NA 2UVGA 4OEVA 4RPNA 3C32A 2FNCA 2ZYKA 3OD7A 3OEKA 3CVGA 4O3AA 5DVIA 4F1UA 3G3GA 3K6UA 1B3EA 5ELVA 5FHOA 3IO4A 5ICTA 3B6WA 1VFEA 4PE5B 2THIA 4RJZA 4WKMA 2XXUA 1B52A 1LB9A 2VP1A 4ZEKA 1A8EA 4JSDA 4Z7EA 2DE4A 1AOVA 4ELPA 5KDTB 1QW0A 1GR2A 1A40A 1PB7A 2AIXA 2DWIA 2F6GA 2Q88A 3K2DA 1LAGE 1MM7A 3PD9A 4NE4A 4DZ1A 4ZEFA 3G3IA 3TPAA 4U1ZA 3T9UA 1ZKBA 4QFLA 3TUSA 5H8SA 1O7TA 3CR9A 3T93B 5FHNA 4U4XA 1J1NA 2OLBA 3QIMA 3LSWA 1B0LA 1JW4A 4OEUA 3RT6B 3T66A 4NF6B 3WAEA 2GH9A 1HSJA 1LCTA 1VE4A 1FQFA 3B7DA 3ECRA 3CI8A 4TLLB 4YU0A 2D5WA 3O66A 4ND9A 4OTEA 2F8DA 1L5TA 2QSXA 4LQ5A 1MQHA 3LSLA 4ONYA 3FASA 1N04A 3EQ1A 3H7MA 3Q25A 4L17A 1ATGA 4UACA 5I58A 3PUWE 4LUBA 4I9DA 4TQUQ 1B40A 5JTYB 4RNSA 4WEDA 2DE3A 3QK6A 3EPEA 3MVXA 4DCYA 3U8QA 4IB2A 3S9EA 5M2VA 3FXQA 1B7HA 3I6VA 4HCWA 1SD3A 3L6GA 3CFXA 4UA8A 1QKAA 2BJJX 2Z23A 1LSTA 4GL0A 1CE2A 4U22A 5TP9B 4X9TA 2DVZA 2H5YA 4F3GA 2Q9TA 3PMXA 2UVIA 1LB8A 1Y3QA 1M5BA 3SEWA 5TPAB 1NL5A 2QMXA 4FEDA 2I4BA 3PUVE 1Y3NA 4ZEDA 4XTCQ 2Q2AA 1ZU0A 1LAHE 3FXRA 2O68A 3KN3A 3FJGA 4C1UA 1II5A 2I3WA 2Z22A 4G8MA 4PETA 3H6VA 1B0HA 3IB2A 2V93A 2YPNA 4KYDA 4NF8A 3TYHA 5EHSA 3S9MC 1B4HA 1LGBC 1SW1A 1ZBMA 3MZ1A 4G4PA 1QJMA 4H1XA 1QUIA 4H6DA 5K2YA 2ZXTA 4GL8A 4IY6A 4POXA 4GQOA 3HHFA 3RUMA 3ZSFA 4EQ9A 2HZKA 2B65A 5L9SA 2X7PA 1DTGA 2E1SA 3KSXA 1LFIA 1A8FA 1DMBA 3MVYA 3U92A 3UP9A 4NTLA 2R71A 4H0WA 4JB7A 1OIBA 5I58B 1PBPA 1QULA 4JDFA 1JQFA 4R72A 3PUZE 2XXHA 4P0GA 2XXRA 1OMPA 3DELB 4JSOA 5HPQA 4WEPA 2RC7A 1AH5A 1FQEA 1MXWA 1H44A 1QKBA 3DLNA 1SYIA 2Q8JA 4AB6A 4EF2A 2XX8A 4F18A 3TFLA 3TTMA 2V84A 2P2AA 1UIUA 3U94A 1POY1 4YAHX 3W9VA 4U1OA 4ZE9A 3JYRA 5CBSA 2ZYOA 3KZGA 4OFLA 2O69A 1MG1A 3TZAA 1MDQA 3K00A 3LBSA 4U23A 2ABHA 4QFKA 3UK4A 3HPIA 4C1TA 3IORA 4YB6A 3PPNA 3MBPA 3LSXA 1USYE 4F39A 4OFOA 4ELQA 1BP5A 3MP8A 1SVXB 1MRPA 3PD8A 3TELA 3KOSA 3IR1A 3O97A 2I58A 5CI5A 3SKPA 3TQWA 5FHMA 1NH8A 3MQ9A 4KI0E 4WXJA 1SW4A 3OMBA 3CG1A 5IAIA 5ISUA 4BDNA 3IB1A 5LOMA 2I6EA 3TODA 1MH3A 4G8HA 4POWA 1Z7ME 4PFWA 2F6PA 3C9HA 3LR1A 1YCJA 1LFGA 2DWJA 1FW0A 2YJPA 5HM4B 1HSLA 1MDP1 3O29A 3N26A 2F97A 4OFJA 2DS9A 1AIVA 2DE2A 2ZNSA 5H8FB 3T9HB 3KG2A 4RK2A 1LFHA 3TQLA 3MPLA 1Q35A 3MZBA 5FTHA 3RN8A 2ANJA 1SW2A 5TU0A 1N7XA 3S4UA 3VXBA 3EN3A 2HXWA 2PT1A 3OOAA 4BDOA 4R2BA 1ZJLA 5DT6A 5AA2B 4BDQA 2D21A 1FQDA 3LC8A 4HS7A 1BIYA 1SI0A 3MC2A 5HBCA 4DXBA 3PPPA 3H03A 5AA2A 4KD5A 4NWDA 5L8DA 1TFDA 4Z0IA 2I49A 1FCKA 2F7CA 2XXVA 2DQVA 4KCDA 3TKDA 1VSOA 1IXHA 4QF9A 4OQOA 4F1VA 2ZYNA 4ECFA 1PC3A 1OLCA 3FVGA 1B6HA 3DP4A 4RA1A 3MW0A 2UYEA 4AB5A 2RC9A 5A5XB 4YKJA 3MVWA 4OERA 2H98A 4F22A 3FJMA 4GXSB 1OVTA 1TFAA 2F5XA 2QS2A 1EZPA 2LAOA 2YLNA 4NF4A 5F1QA 1B32A 4F2QA 3L6HA 1ZTYA 4FATA 1GVCA 2PMSA 3BBRA 1OVBA 2VD3A 3C33A 4LZ7A 1MXYA 4RY1A 1B05A 3IOTA 4NWCA 4YKPA 4ZZAA 3RY3A 3VLWA 1SYHA 3RGYA 3RLFE 4H65A 4ZE8A 1US5A 2QPQA 4NF8B 4YB7A 2DP8A 1QUJA 3QSLA 3RNNA 4HCYA 3QYTA 3UA8A 2QS4A 5I59A 1A54A 1MQDA 1FTOA 3FV2A 3JV9A 1N3WA 3K1NA 3KN7A 3H3GA 4H5GA 3B6QA 4OENA 4R9FA 3V8XB 2KLFA 2O7UA 2UVHA 1XS5A 3UN6A 3ZS6A 4ESXA 5KCJB 1B1XA 4H67A 3RTFB 5I84A 1N76A 1ZIUA 2UXAA 4IO3A 2OBGA 2GRVA 2ONRA 3EHTA 3PPRA 2OJTA 4E0XA 3HN0A 1R6ZA 4O3CA 4RK9A 2H9BA 4EDPA 5B70A 5CC2A 1IITA 1FTLA 3C36A 3ILTB 3DM0A 4OVJA 4YZZA 1LAXA 1GGGA 1O64A 2F35A 4GVOA 4LVQA 4OETA 3TTRA 3BFTA 4AQ4A 5DVJA 1ZLQA 1N84A 3MVZA 3S9LC 2XXTA 3H6TA 2HFBA 1B9JA 1MM6A 3TCGA 1POTA 4RYAA 1FQBA 1H43A 3G3HA 3KEIA 3PMWA 4QSEA 3TCHA 4IGTA 5CM6A 3CG3A 4FEBA 2HCAA 3HO7A 2FA7A 3QAXA 4Q30B 4BDMA 3IOUA 1RKMA 2QRYA 1EZOA 1M5DA 2XXIA 4PFYA 4G2ZA 5H8QB 3SEYA 1URSA 5JEIA 1MH4A 1B3GA 2AL4A 1B3LA 3QUFA 3BFUA 4PFUA 1QUKA 1IXIA 1N3XA 1Y4CA 3G7WA 1B5IA 4C0RA 3TTLA 4LZ5A 5AA4A 4ZEIA 3ZKKA 2PT2A 4X1DA 4TOZA 4X1BA 5FTIA 2F34A 4OYVA 3TCFA 4TLMB 1R1NA 1WDNA 2XXXA 3C31A 4R6KA 4RXLA 3RQTA 2DXRA 3PUXE 2ONSA 3O28A 2H4IA 2O7IA 3H6UA 3Q26A 1XOCA 3MPKA 4G8NA 3MWBA 4LP2B 4O3BA 3A3CA 4QSDA 4R74A 1MQJA 5BUUA 4MLVA 4EXKA 3K1MA 4QSCA 1OQHA 1YAEA 3N6TA 5CMBA 4FAJA 1XT8A 4QFOA 1HSEA 4GOTA 2DYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PPQA 2OCUA 5IM2A 1NUXA 3GLBA 4LATA 4IO4A 3PV0E 4JXIA 1NV3A 3MYUA 4U4SA 4JWYA 5KCJA 2HAVA 1XVXA 1B3FA 2CMOA 1T0KA 4N15A 3E13X 3K6XA 1EYIA 2O51A 2Z8DA 3ONMA 2CZIA 3RT8A 3CIJA 4G77A 3CFZA 1FBPA 2ESNA 1B4ZA 4OWDA 2XXYA 3V89B 1IZ1A 2WBDA 4LA9A 1EH3A 1FTKA 1US4A 3LSFB 1A55A 4KYSA 4PAFA 3OO6A 2VHAA 2XD3A 4HE1A 1M5CA 2Y84A 4DXCA 1BK4A 1MQGA 3FXUA 2XHDA 1SW5A 5AE4A 1KA1A 3HCQA 1NKXA 5EHMA 1MY3A 4X04A 4IO5A 3AXFA 5EYFA 4OANA 5H8HB 2P3NA 5I57B 3TEPA 3VVFA 1IMAA 4DE8A 3IJOB 1NNFA 2P1SA 5IGAA 2VOZA 2XWKA 4NEDA 1F9BA 5B7DA 3CRBA 3PU5A 4F3BA 1Y20A 3OXNA 3EKIA 4R9GA 4XF5A 3I3VA 4GX6A 1P1QA 5I56A 1S7YA 4PP0A 5L9OA 1P1WA 4OVQA 3MZ9A 4MCOA 2GHAA 5DTBA 1USYH 4QFNA 1MY4A 3ROJA 3O9PA 3K01A 3VV5A 1KA0A 3KC0A 4MLQA 1BTJA 2PYYA 3ODBA 4I3YA 5J1DA 1NH7A 4ESWA 1WVJA 1TWYA 1URDA 4NX1A 1JNFA 4N17A 1DSNA 4I3EA 1A7LA 1UTHB 4N6PA 1Y1MA 1MY2A 4EUOA 4P56A 1FTMA 4MAGA 3T9XB 4GWOA 1YZ0A 5F7VA 2ZZVA 3Q28A 4FIMA 1GV8A 1AL3A 4OVPA 4HW8A 4DLDA 3HSTA 3SEVA 1NFTA 3HFUA 1CB6A 2O6AA 4GWUA 5I2NB 4MBPA 1QVSA 2QL3A 4OZ9A 4DI4B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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