4EF1A

Crystal structure of a pheromone cob1 precursor/lipoprotein, yaec family (ef2496) from enterococcus faecalis v583 at 1.90 a resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
DDSVLKVGASPVPHAEILEHVKPLLEKEGVKLEVTTYTDYVLPNKALESGDIDANYFQHVPFFNEAVKENDYDFVNAGAIHLEPVGLYSKKYKSLQEIPDGSTIYVSSSVSDWPRVLTILEDAGLITLKEGVDRTTATFDDIDKNTKKLKFNHESDPAIMTTLYDNEEGAAVLINSNFAVDQGLNPKKDAIALEKESSPYANIIAVRKEDENNENVKKLVKVLRSKEVQDWITKKWNGAIVPVNEM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Methionine-binding protein
source organism Enterococcus faecalis
publication title Crystal structure of a pheromone cOB1 precursor/lipoprotein, YaeC family (EF2496) from Enterococcus faecalis V583 at 1.90 A resolution
rcsb
molecule keywords Pheromone cOB1/lipoprotein, YaeC family
total genus 74
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ef1A02
1LFHA 4ONYA 1P1OA 5I56A 1B0HA 3K6VA 5JEIA 4OVJA 2H4IA 1UTHA 4N13A 3UN6A 1FQBA 3KBRA 1NNTA 1PB9A 3GLBA 3PUVE 3MP6A 3T93B 1HSJA 2O7IA 3OO8A 1VFDA 1NKXA 1ZLQA 4R6YA 2PX1A 2O6AA 2V3TA 2E0SA 4HS7A 5CMMA 3SEWA 3IB1A 1ZMGA 5CC2A 3VV5A 1A40A 4ZZAA 4RYAA 3LSLA 4FJPA 1QKBA 4PFWA 5H8FA 3O97A 2VHAA 3ILTB 4LVQA 2OJTA 2XXPA 3FVKA 4HCWA 1NNKA 4KHZE 4C0RA 3PPNA 3T96B 5TU0A 2X26A 3N6TA 4ELPA 3MVYA 4F3GA 2F36A 3FUZA 1I69A 2DE3A 2FYIA 1LFGA 3V8XB 1ZJLA 5CI5A 4LATA 2F6GA 3IX1A 3PGFA 4LONB 4I8CA 3IOWA 1H44A 1B3GA 4JBZA 3OEMA 3HSTA 5LOMA 1AMFA 4JXIA 4ISUA 5AA1A 1H3DA 4E0WA 3PMVA 3HHGA 3FV2A 4HW8A 5H8NB 3IO6A 2RCBA 5A5XB 1TT1A 3FVGA 4U21A 3RN8A 3HV1A 4OMBA 1Y20A 1M5CA 1NH7A 4FORA 3PUWE 1B3LA 3A3CA 1SVXB 2DQVA 4NWCA 1YCJA 2G29A 1Y3NA 4P11A 1ELJA 2XXUA 4GWOA 1B46A 5ICTA 2D21A 4ND9A 2DXYA 1B0LA 3VVFA 3MJNA 2UVIA 3K2DA 3H7MA 4PFTA 5I2NA 2KLFA 4F29A 2ZMBA 4KCDA 4ZEDA 5DEXA 1B9JA 3IAZA 1DTZA 2AL4A 4ESWA 3L6HA 2OWTA 4G8HA 1EZPA 3VXBA 4XKRA 4U2RA 5H8HB 1MXVA 4OQOA 2I58A 1XVXA 4LQ5A 1FTJA 3TTKA 4NTLA 4YU0A 1POY1 3FIRA 4U4XA 1BP5A 4EF1A 1FTMA 2Q9TA 5CBSA 1B2HA 4OFLA 3TTLA 4KR5A 4TLLB 3TCHA 3TZAA 1OLCA 3FZVA 4DXCA 1SYHA 3ZKLA 5BUUA 3LUYA 3OXNA 3RY3A 4R9FA 5K2XA 2VD2A 3PV0E 5AA3A 3TFLA 2YPNA 3CFLA 2V3QA 5CM6A 4NF5B 4X1BA 3C35A 4F31B 5DVJA 5KDTB 4OERA 1Q1KA 1B7HA 3N6UA 4NF8A 1UTHB 1DOTA 1URGA 1MRPA 1OQHA 3CSBA 4ESXA 1EZ9A 3P7IA 2H98A 4QFKA 4XIGQ 3K6XA 3KN8A 3Q28A 3TTMA 4PETA 4P0IA 3K02A 5FTIA 4EQ9A 3H6VA 5TPAB 3KJ7A 4QSEA 3FJ7A 3WAEA 1L5TA 2ABHA 1VFEA 2D5WA 1QVSA 4I62A 1MXYA 2R9JA 4ZEKA 1P1WA 3QK6A 2UYFA 1AH5A 1S9TA 2E1SA 1SW1A 1LAXA 3FVOA 4G68C 1F9BA 4GQOA 1FTKA 3CI8A 3SESA 4JWOA 2HQ0A 3MZ1A 1QULA 2RCAA 2G93A 1B52A 3R7XA 4G4PA 3A3UA 1JW4A 4WXJA 4FECA 5HM4B 3TYHA 5AE4A 5CMCA 3O6HA 2Y7RA 3M3KA 2RINA 2P2AA 2QRYA 4X1DA 4GF8A 4R2BA 2QJEA 4GD5A 2R6GE 3M3FA 1R6ZA 3K0VA 2ZYKA 3HCQA 5CMKA 4OZ9A 1DTGA 4Q30B 2GH9A 2FNCA 1TFAA 2Y7KA 2OZZA 5FTHA 3MVWA 3MZBA 1NL5A 1Y4TA 1YAEA 2XX8A 1JEUA 2O1MA 3SERA 4N07A 2IA4A 4MH5A 2F7CA 1QUJA 5I59A 1JVXA 3JZJA 1J1NA 2OWSA 2PVUA 4FEBA 1US5A 3TMGA 1FCKA 2REJA 3G3JA 3QAXA 2DOJA 3W9WA 4ZECA 3UGWA 3OSQA 1T0KA 3H3GA 4NMYA 2A5TB 2THIA 5CMBA 1MXWA 3HO7A 4R72A 3TCFA 5F7VA 4R73A 1JETA 4G2ZA 3C4MA 1JVYA 4EXLA 5JK4A 1LCTA 5DT6A 2O7UA 4L17A 3VLWA 1MXZA 2Y7PA 1S50A 1MY2A 1B58A 1H43A 2I6EA 3ZKKA 3IJXB 1NNFA 4AB5A 3SKPA 1JNFA 2I3VA 1B1XA 4XTCQ 1IXGA 2DVCA 3MZ9A 3R6UA 3R26A 2F78A 3MUQA 1H76A 3O66A 1LCFA 3S4UA 3C33A 1Q35A 1MM6A 3K6WA 1XVYA 1QJMA 5CBRA 1B4ZA 3ILUB 1DPEA 3LSWA 3H6WA 2XXQA 4NF8B 4THIA 1H45A 2X7QA 1MH4A 2ONSA 2Z8FA 4LQ2A 4ECFA 3MP1A 3K4UA 2DS9A 3RT6B 1B7ZA 1P1UA 4YB7A 4G68A 4FAJA 4QRZA 3G7WA 4MLVA 5ELVA 4M1VA 1OQGA 4KYEA 1JW5A 3Q26A 4X48A 3SDFA 2H99A 1AOVA 4G77A 2Z23A 3JV9A 5JTYB 3C9HA 2XXVA 1LFIA 3LSFB 4WKMA 2AL5A 4DXUA 3CG3A 5ISUA 3E4RA 1PB7A 3OO7A 3EF7A 3MAMA 2HAVA 2B3BA 1GGGA 3MBPA 2XX7A 3MC2A 4OYVA 1NH8A 4KPTA 1DPPA 3KSJA 4ZEFA 4QF9A 1B51A 3OD7A 1PB8A 4RK9A 4ELRA 3IJOB 2UYEA 4YMBA 4F18A 4ZZEA 1I6AA 5ICQA 2PYYA 2F35A 2XXYA 2O84X 2I4CA 4DLDA 4H5FA 4JDFA 3KFMA 1I6BA 4EQBA 3UA8A 1VR5A 1ZU0A 4RY1A 1N04A 1UTBA 3PPQA 3S9EA 2DWAA 1LAHE 1BTJA 1WDNA 4R9GA 5L9MA 3UK4A 4OFJA 1M5DA 2UVHA 5EHSA 3O29A 3I5OA 1MDQA 1MY3A 3B6WA 1N0TA 3HN0A 4IO3A 4AB6A 3C36A 3U93A 1SDXA 3WAFA 3VFJA 1GTKA 3MWBA 2D3IA 3CFXA 4IO2A 2V3UA 2H9BA 2AYSA 3VE1B 3FASA 4H65A 4RPOA 3T9VA 5FHMA 1IXHA 3C34A 1NMUA 5I59B 4LP2B 1MQIA 1RYOA 3G3HA 5DYHA 5EHMA 3BKIB 5K2YA 2F7AA 3K00A 3T9XB 1MDP1 4Q5TA 5TP9A 1WODA 3KN3A 4YAHX 3BFUA 3V5AA 3UORA 4IO4A 5I57A 4Q0CA 1B6HA 2Y7IA 4BDOA 2P1SA 3CR9A 1FW0A 2QSXA 4LA9A 3RQTA 2ONKE 3D4CA 3KG2A 4RK2A 2DWHA 4H0WA 4IO7A 3LC8A 2NWJA 2XXTA 1FQDA 3IO4A 4YB6A 1RKMA 2I49A 4LZ5A 1IEJA 4OEUA 2RKMA 5AA2A 2Y7WA 5I58A 3G3GA 1NNPA 5H8SA 4MF3A 4O3BA 2QS2A 4OENA 5FHNA 4ZDMA 1XC1A 2HXWA 3RT8A 1Y1ZA 4OWDA 3QUFA 2OBGA 2VGQA 4EF2A 2V84A 4OTEA 4YKIA 3E9XA 3TQLA 4WEDA 1Y3PA 2UVGA 1I6QA 2VD3A 3DELB 2WKYA 2LAOA 2V25A 3D4GA 5AA4A 3KGCA 1QUIA 5H8QB 1UIVA 3PUZE 4GFRA 3PUXE 5I56B 4OEVA 3TTRA 4XKNA 3FJGA 4C1UA 2I0CA 3EPEA 3GXAA 1GV8A 5J1DA 4NF4A 4DCXA 2GFEA 1Y3QA 1MY0A 4KD5A 1N7WA 3VXCA 2QS1A 2Q88A 4MBPA 2O68A 1B3FA 4F19A 1BIYA 3EN3A 4FEDA 5KCJA 1US4A 1IXIA 5H8FB 2Q8JA 1SQYA 3K1NA 3TKDA 3PMWA 2F97A 4OHNA 4JSDA 1NFTA 2NVUB 2REGA 4RPNA 2DVZA 1D4NA 1EH3A 3IB2A 3Q27A 1MXXA 3TAJA 2PT2A 1N3XA 2XXHA 2AIXA 3TDJA 5F1QA 3THIA 4R6HA 4H8JA 1A8FA 1SBPA 1N76A 3PD8A 3EHSA 4KFQA 5IKBA 3F11A 4QFPA 1AL3A 2FA7A 3IR1A 4NF6A 4YB5A 4FE8A 2ZNTA 1SD3A 1Y1MA 4GVOA 3B6QA 4PFYA 5DTBA 3SEVA 4FATA 1D9YA 1LB9A 2OLBA 4HCYA 1P99A 1USYH 3E13X 3GZGA 3U8QA 3V89B 5HBCA 4H8IA 1ZBMA 2RC7A 5L9OA 3SEUA 4IO5A 4DIGA 4ZE9A 3ZSFA 1OVBA 4KQPA 3RNNA 5FHOA 2ZNSA 3OSRA 5TP9B 5I2NB 5I57B 1OMPA 4WEPA 1A54A 4OESA 3VVDA 4F3PA 4HTGA 4PFUA 2B3FA 2DXRA 5DEXB 3PUYE 1LLSA 5H8NA 3QXMA 4H6DA 1QKAA 2ZYNA 1LAFE 2XD3A 4M4GA 4H5GA 4IO6A 2RC8A 1MQGA 1N3WA 1O63A 3BBRA 1ATGA 3O9PA 4R6KA 1YTVA 1Y9UA 3VVEA 1FQAA 3RTWB 4C1TA 1D9VA 3FV1A 3C31A 4DZ1A 3G3KA 4GLIA 2H5YA 3KEIA 4F2QA 1N7XA 3G3IA 3RGYA 2CZLA 4F39A 4LUBA 1N84A 3MW0A 4ZEBA 2ZYMA 3OOAA 2XHDA 4XKPA 1S7YA 1P1NA 1B7UA 3O28A 2ZNUA 3C32A 2O1LA 3G3FA 5H8HA 1MY1A 3LSXA 1JEVA 4AQ4A 1B5JA 3ODBA 2I0BA 3PPRA 3ZS6A 4PP0A 5I84A 3PPPA 4X9TA 3DLNA 3RUMA 4JWXA 5B70A 1XT8A 5DVIA 3KJTA 3VDFA 4ZE8A 3U72A 3KN7A 1OIBA 2F7BA 3IK6B 4U1ZA 4U1OA 1LSTA 4I1DA 3EHTA 1D3KA 3VLVA 1JW1A 1R1NA 5M2VA 4TOZA 1Z7ME 4R74A 1R9LA 5KCJB 3FGSA 4IGRA 1PDAA 4R2FA 4QFNA 4DXBA 3H4ZA 1SI1A 1MPBA 1MQHA 1XOCA 3TEPA 2QPQA 4IB2A 1B3HA 1HSEA 1VE4A 1TFDA 2O51A 1B1HA 1QUKA 1IQ7A 2QMXA 2HFBA 3CIJA 1PC3A 1XS5A 4RJZA 4BDNA 1B4HA 4G8NA 1FQEA 3LR1A 5TPAA 3CRBA 3UIFA 3CSGA 4NF6B 5DVFA 3CVGA 1AIVA 2PMSA 1MQJA 4LZ7A 2NXOA 4BDRA 4GOTA 2ZXTA 3EHUA 3ECRA 3S9NC 1MG1A 3O6IA 1A99A 3CFZA 3K1PA 3SEYA 3GBAA 3L6GA 3LBSA 4OETA 1ZIUA 4F1UA 4P0GA 2I4BA 4XKQA 3IOUA 1FTLA 2Y84A 1LB8A 3RPWA 1QW0A 1SW2A 1SI0A 3S9LC 4ELQA 2BJJX 2YJPA 3V83A 2XX9A 2DSFA 2V93A 4H67A 4ZEIA 3QIMA 2P0SA 3OO9A 3I6VA 1SW4A 2ALUA 4O3AA 2QS4A 3SEXA 4QSCA 3U1OA 3O2AA 1KWHA 2CMOA 2QS3A 2DE4A 4IY5A 1O64A 1SW5A 4RNSA 2NOOA 2F34A 3QSLA 1IIWA 4EDPA 4UACA 1TXFA 4RA1A 3OMBA 4F2OA 4ZS9A 4LZ8A 4OFOA 3TCGA 1GR2A 3DP8A 4UA8A 2F5XA 4JWYA 5I2KA 3AXFA 1MXUA 1POTA 2VP1A 3MP8A 1VSOA 2DYXA 5EYFA 4YKPA 3W9VA 3H03A 3TPAA 4N6PA 4G8MA 3FXQA 4POWA 1MPDA 2A5TA 1MS7A 3M8UA 1URSA 1FQFA 3N5LA 3T22A 4Z7EA 3W15C 1SYIA 3IOTA 1R9QA 1IXCA 4I9DA 1FTOA 3FD3A 3N94A 4G68B 1OVTA 4GRKA 2X7PA 1DSNA 1LAGE 5KZTA 3MQ9A 3VLUA 2XXWA 3OELA 4YICA 3FVNA 3TQWA 2GHAA 4IY6A 4DE8A 3DP6A 3SETA 3I3VA 4Q8RA 4MLQA 4GIZA 1LBCA 3MVZA 1A55A 4YZZA 4DDDA 4BDLA 2OCUA 3K1MA 2PBWA 2UXAA 4YKJA 2DP8A 2I48A 4U22A 3A09A 5B7DA 1EU8A 3K6UA 1TWYA 3TUSA 1MPCA 1CB6A 3IORA 1B3EA 4RXLA 3ONMA 2QMWA 1M5FA 5BWJA 4BDMA 1ZTYA 2HZLA 3S9MC 3IL1B 3OEKA 4QHQA 5CRYA 3Q29A 4MFIA 1MQDA 5JTYA 1EZOA 3H6UA 2XXRA 4PE5B 4ELOA 2HCAA 3CG1A 1O7TA 3MPLA 1UTBB 4TLMB 4BLAA 5ITPA 4E0XA 3QYTA 2VOZA 1BKAA 2HEUA 1LBBA 5HPQA 3T9UA 4NE4A 2XD2A 4F3SA 4KI0E 3USDA 3KZGA 4XXUA 3MVXA 1M5EA 3DP4A 3OO6A 4POXA 2F8DA 3Q25A 4K3FA 2HAUA 4F22A 3PU5A 1DMBA 1II5A 1JQFA 3TODA 1URDA 3FJMA 3M3LA 3U92A 4IGTA 2ONRA 4QFOA 3K01A 1M5BA 1MY4A 1B5IA 4U4SA 3B7DA 4F1VA 3HPIA 3KOSA 3O6GA 1YPNA 3EQ1A 2HZKA 4TQUQ 3H06B 2UVJA 4EQ7A 2GRVA 2Z8EA 1A7LA 4H1XA 1LGBC 4F3BA 2IEEA 3TELA 5L8DA 2XXXA 5A5XA 4EXKA 1Z7NE 2Q2AA 3IOVA 3B6TA 3PPOA 1IUDA 2R71A 4KYDA 3RLFE 1ZKBA 4GXAA 1WVJA 1MM7A 2ESNA 1A8EA 2XXIA 3KOTA 5ITOA 5AA2B 5I2KB 4JB7A 2YLNA 5I58B 1B32A 4U23A 4DCYA 2PT1A 3DM0A 1HSLA 4NWDA 2M8CA 3RTFB 3E3KA 2DWJA 2ZYOA 2W7YA 2RC9A 2Q2CA 4KYSA 2OK2A 3PMXA 4YKKA 1IITA 3S2VA 2ANJA 1B05A 2I3WA 2RF1A 3H6TA 4NEDA 2Q89A 3IB0A 3KSXA 1PBPA 2A5SA 5AA4B 2Z22A 1RYXA 2H25A 4O3CA 3PD9A 2QL3A 2DE2A 3QUJA 5IAIA 2DWIA 4GXSB 4JSOA 1PEBA 2Z8DA 1B5HA 1CE2A 4OXVA 1IZ1A 1GVCA 3FXUA 2F6PA 4BDQA 3MPKA 1ANFA 3BFTA 2NUVA 4KCCA 1BLFA 4EUOA 2B65A 1FQCA 1PBQA 1UQWA 3GBBA 4NF4B 4QSDA 3JYRA 3OENA 1USYE 4Z0IA 3TTNA 3FXRA 1OLAA 3U94A 1P1QA 5AA2D 3HHFA 1B40A 3T9HB 1Y4CA 4PQJA 2O69A 4QFLA 3UP9A 1UIUA 1XHYA 3N26A 2GHBA 5L9SA 3FATA 4GL8A 4YMAA 4NF5A 1MH3A 4F1YA 5H8QA 4FIMA 4R75A 5KDTA 3T66A 4GL0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LFHA 4ONYA 1P1OA 5I56A 1B0HA 3K6VA 5JEIA 4OVJA 2H4IA 1UTHA 4N13A 2F3BA 3UN6A 1FQBA 3KBRA 1NNTA 1PB9A 3GLBA 3PUVE 3MP6A 3T93B 1HSJA 1FPKA 2O7IA 3OO8A 1VFDA 1NKXA 1ZLQA 4R6YA 2PX1A 2O6AA 2V3TA 2E0SA 4HS7A 5CMMA 1FJ9A 3SEWA 3IB1A 1ZMGA 1D9QA 5CC2A 3VV5A 1RDYA 1A40A 4ZZAA 4RYAA 3LSLA 4FJPA 1QKBA 2XWVA 4PFWA 5H8FA 3O97A 2VHAA 3ILTB 4LVQA 2OJTA 2XXPA 3FVKA 4HCWA 1NNKA 4KHZE 4C0RA 4AS5A 3PPNA 3T96B 5TU0A 2X26A 3N6TA 4ELPA 3MVYA 4F3GA 2F36A 2FIXA 3FUZA 1I69A 2DE3A 2FYIA 1LFGA 3V8XB 1ZJLA 5CI5A 4LATA 2F6GA 3IX1A 3PGFA 4LONB 4I8CA 3IOWA 1H44A 1FPFA 1B3GA 4JBZA 2WYPA 3OEMA 3HSTA 5LOMA 1AMFA 4JXIA 4ISUA 5AA1A 1H3DA 4E0WA 3PMVA 3HHGA 3FV2A 4HW8A 5H8NB 3IO6A 2RCBA 5A5XB 1TT1A 3FVGA 4U21A 3RN8A 3HV1A 4OMBA 1Y20A 1M5CA 1NH7A 1QGXA 3PTYA 4FORA 4XFEA 3PUWE 1B3LA 3A3CA 1SVXB 2DQVA 4NWCA 1YCJA 2G29A 1Y3NA 4P11A 4N81A 1ELJA 3ROJA 2XXUA 4GWOA 1B46A 5ICTA 2D21A 4ND9A 1SPIA 2DXYA 1B0LA 3VVFA 3MJNA 2UVIA 3K2DA 3H7MA 4PFTA 5I2NA 2KLFA 4F29A 1NV4A 2ZMBA 4GWWA 4KCDA 4ZEDA 5DEXA 1B9JA 3IAZA 2QVUA 1DTZA 2AL4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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