1SQYA

Structure of human diferric lactoferrin at 2.5a resolution using crystals grown at ph 6.5
Total Genus 232
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
232
sequence length
691
structure length
691
Chain Sequence
GRRRSVQWCTVSNPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCVKRDSPTQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPAFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAGKCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGRDPRSNLCALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRMDKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords lactoferrin
publication title Structure of human diferric lactoferrin at 2.5A resolution using crystals grown at pH 6.5.
rcsb
total genus 232
structure length 691
sequence length 691
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sqyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sqyA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sqyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sqyA03
1SW1A 3TTLA 4NWCA 1J1NA 5KZTA 5B70A 3S9MC 3H6WA 2O6AA 3PMWA 3OEKA 4P0IA 4JWXA 1NH7A 1MY2A 2GFEA 2ABHA 3IX1A 4HW8A 2OWSA 1MQIA 2NVUB 3BFUA 2DYXA 3FV1A 4RA1A 1JQFA 3FVGA 4R2FA 4F18A 4BDMA 1B3FA 4KYDA 4U2RA 1S50A 4G8MA 4RJZA 3TAJA 2NXOA 3C34A 4RXLA 4PFTA 3R6UA 3UK4A 5JTYA 2O7UA 3KZGA 3FVKA 4BDRA 2Y7RA 4GLIA 4BDNA 3PPPA 3O6IA 3LR1A 1Y3NA 4U1ZA 3T93B 4H67A 2F35A 4H8JA 3G3JA 4AB6A 1B6HA 4ZECA 3VE1B 1B7HA 1Y3PA 4MH5A 1UQWA 2QL3A 4NF5B 3RLFE 4YKJA 4LA9A 4YB7A 1QVSA 1ZLQA 3HN0A 3RTFB 5L9OA 4OVJA 2LAOA 3M3KA 3MJNA 4QFKA 4JWOA 1GV8A 4NF4B 4YU0A 2O68A 3Q28A 5I57A 3PUXE 1SD3A 5BWJA 4E0WA 1WODA 4MFIA 5DT6A 1IXHA 3PUVE 1S7YA 3DM0A 2I0BA 1B2HA 2RC9A 1ANFA 1JVXA 3VXCA 3BBRA 3Q25A 2XXQA 3UGWA 2HAUA 1TFDA 4JDFA 3E9XA 4DXUA 4TOZA 1US5A 4PFWA 4GWOA 3IO4A 3K02A 4GL0A 1MXVA 4G8NA 3K6UA 1IITA 1MH3A 3VVDA 1MPCA 4ZE8A 3T9UA 2V84A 2H9BA 3OENA 4LATA 1PDAA 3IB1A 4U4SA 2O51A 1GTKA 2R6GE 3EHUA 2F78A 2DSFA 1AL3A 3A3UA 4NF8A 5CI5A 3G3KA 3V89B 4C1UA 1B32A 4IY5A 3DP6A 3MC2A 1URGA 4FAJA 4EXKA 1IXIA 5H8QA 4NF6B 5HM4B 4H5GA 1IXCA 1Y20A 2AYSA 3VVFA 2XXWA 3C9HA 2DVCA 1LFIA 3IORA 4M1VA 3L6GA 3EHSA 1SDXA 4FIMA 4N07A 3B6WA 4QSCA 3FGSA 5DVJA 4TLMB 3MP8A 5ICQA 4KCDA 3E4RA 3C4MA 5EHSA 3VDFA 2Y7WA 3N94A 4RY1A 3BFTA 2FYIA 2QS2A 4FECA 4RPOA 2B3BA 4R74A 3HCQA 5KDTB 2F34A 5A5XA 5LOMA 3FJMA 4NMYA 5TP9B 4BLAA 1GVCA 5FTIA 2DWIA 3T22A 1D9YA 4GXAA 1N76A 3FXQA 4EQ7A 3DELB 2Z22A 4G68C 1MM7A 5I2KA 4YB6A 1XOCA 1B1XA 3ONMA 3TYHA 3RY3A 1VSOA 3HV1A 3HHGA 3MVWA 5K2YA 1OLAA 2O7IA 3TMGA 2QRYA 3I3VA 1JETA 4G8HA 4KYSA 4DDDA 5AE4A 4QSDA 1FTJA 2DP8A 1H45A 3TPAA 3V5AA 3H03A 5TPAB 4KPTA 3FASA 2F6GA 5CMMA 3OOAA 1Y9UA 4EF2A 1YCJA 4ZEIA 4YAHX 1POY1 1JW4A 1USYH 5CMBA 1Y4CA 3JYRA 3THIA 3W9VA 2H99A 2DE3A 5F1QA 1UTHB 3O6GA 3K00A 4XKNA 2IA4A 3EPEA 1CB6A 2DOJA 4QHQA 5EYFA 1F9BA 1MQHA 5HBCA 5IKBA 3OO9A 1UIUA 3JZJA 1FQEA 4BDLA 3M8UA 2QSXA 4FORA 3SEUA 5AA2A 5I2NA 2DE2A 4H6DA 4GVOA 2ZYOA 1WVJA 1JW1A 3SERA 1HSJA 4GRKA 3H06B 3QYTA 1VE4A 4IGTA 2VD3A 4EDPA 2H25A 4M4GA 5JK4A 3U1OA 2Q89A 1NL5A 3ILUB 4LZ7A 3T9VA 3LBSA 4DLDA 3MZ1A 2UXAA 4N13A 4X1DA 2PT2A 1B3EA 3MP1A 4X9TA 4KQPA 3TTMA 2CZLA 2PYYA 3IOTA 3R7XA 3EQ1A 1HSLA 3TEPA 4OTEA 1SW4A 4Z7EA 2B3FA 4OETA 4F1VA 1OLCA 3ZKKA 1P1WA 3IO6A 1B3GA 4ONYA 1R1NA 4HS7A 5H8HB 2E1SA 3KN3A 1A8FA 3G3IA 2I58A 3KJTA 1DPPA 4NEDA 3T9XB 4PP0A 2Q88A 4ZZAA 3FD3A 3CVGA 1H44A 3K1MA 3IAZA 3B7DA 4GOTA 5I56A 1QUJA 1OVTA 3FIRA 3CSBA 2OJTA 3KG2A 3V83A 1MS7A 1A55A 2V3TA 4X1BA 2XXXA 2UYEA 3FXUA 3Q29A 4ISUA 4PFUA 5EHMA 1N04A 1MRPA 1ZIUA 4O3CA 5I59A 4IO2A 4YKIA 1P99A 2QMWA 2DQVA 3MVYA 2ESNA 1BIYA 3FZVA 3TTRA 1LFHA 4R73A 4OWDA 1L5TA 3C32A 1B3HA 3CSGA 3TQWA 5I84A 2XD3A 3TELA 5JTYB 1MQGA 1N0TA 4XIGQ 4WEPA 5FHNA 1BTJA 5M2VA 3UP9A 3LSWA 1NNFA 2G29A 2OZZA 3QSLA 3MWBA 4WKMA 3E13X 4TQUQ 3KBRA 4NTLA 2I4CA 1OVBA 5TU0A 3TQLA 4LQ5A 4Q5TA 1SBPA 3PUYE 3S9EA 1FTOA 2I6EA 4Q0CA 1Y1ZA 2V3UA 2XXHA 1O63A 1LCFA 1I6QA 3WAEA 1B0LA 2HXWA 4IO4A 2XXTA 1ZJLA 1LFGA 5L8DA 1FCKA 4GL8A 1MXUA 1JVYA 2I3VA 2THIA 3B6QA 4R72A 5ELVA 2F5XA 3PPRA 2CMOA 3QUJA 3K6XA 4EQ9A 2H5YA 1US4A 2QMXA 4XKPA 3OELA 4NF5A 3VV5A 5DEXB 3ODBA 1B58A 4YMBA 1ZKBA 4OMBA 1SYHA 1EH3A 4QFLA 1PB7A 2UVIA 1B0HA 3OEMA 4EF1A 3TCFA 3TUSA 1P1NA 1RKMA 3PD8A 1QW0A 2I49A 3S9LC 3TCGA 2DXRA 1AH5A 4IGRA 3U8QA 2P2AA 4G68B 3IJOB 2GHBA 3LSLA 3LC8A 3IB0A 5FHMA 5K2XA 3D4CA 3HSTA 4UACA 3S2VA 2I3WA 4MF3A 3HHFA 2ZNUA 3MUQA 1SW2A 3ECRA 4YZZA 4WXJA 1Y4TA 1AMFA 1A7LA 4OHNA 4ELOA 2REGA 1MXWA 1LB9A 4UA8A 3OO7A 1FTKA 1MG1A 4KR5A 3RT8A 1M5DA 4HCYA 1NNPA 1LLSA 3CG3A 4ELQA 3LSFB 1R9QA 2ZYNA 3O6HA 5DVFA 5H8FB 2OLBA 2DVZA 4R75A 3TODA 3WAFA 3U93A 2XX8A 4JSOA 4NF6A 1QULA 2UVGA 3VLWA 1CE2A 2HFBA 1QUKA 2RINA 2F6PA 4F29A 1UTBB 2ONSA 3RTWB 2PVUA 4U1OA 2ONRA 1UIVA 5ITOA 2PT1A 3C31A 2XD2A 1O7TA 4FEDA 2A5TA 1NMUA 5AA1A 4JBZA 4HCWA 3K0VA 2DWAA 4KD5A 5H8NB 4R6YA 4XKRA 2V3QA 2VOZA 1JNFA 3UA8A 4PETA 2IEEA 4FE8A 4I62A 3A3CA 3SETA 2RCAA 2NUVA 3GBAA 1PBPA 4G4PA 4OESA 5KDTA 4ZEFA 3VVEA 2X26A 1QKBA 3FV2A 4JWYA 5I58B 2F7CA 3CFZA 1H76A 2F36A 1OQHA 2DXYA 4LONB 1N84A 2V25A 4H1XA 3M3LA 1D3KA 1D9VA 3Q26A 3RQTA 3FATA 3MBPA 3KSXA 1LAFE 2UVJA 1M5EA 2Y7IA 1VR5A 4GQOA 4RK2A 5F7VA 3G3GA 3HPIA 4G77A 1LAXA 1FW0A 4GXSB 5DTBA 1FQBA 5AA3A 4MLQA 1LB8A 5HPQA 1DTZA 1TWYA 2RC7A 5CMKA 1P1QA 2HZLA 1I6AA 1A99A 3M3FA 2PBWA 3SEVA 4DCYA 2XXVA 3TZAA 4R6HA 4PFYA 2DS9A 1H43A 5CMCA 4RNSA 1PB9A 3H3GA 3DP8A 2HCAA 5I2NB 3ZSFA 2ZMBA 3JV9A 1SQYA 3EHTA 4ZEKA 4XKQA 4LQ2A 2M8CA 2F97A 3H6UA 3KFMA 2H98A 1FQAA 4I9DA 2NWJA 1UTHA 1LBBA 3I6VA 4DIGA 3O97A 3SDFA 5KCJB 1ELJA 1TT1A 4AB5A 1R6ZA 2R9JA 4EUOA 3SEWA 4YKPA 4F3GA 5ITPA 1QKAA 3K4UA 3G3FA 2OK2A 2XXYA 4DXCA 4ESWA 3IOUA 3AXFA 4OEVA 3V8XB 3EF7A 2ZYKA 4POXA 1MPBA 5DVIA 4FATA 3B6TA 1HSEA 2UVHA 2HAVA 3E3KA 2W7YA 3TDJA 1ZTYA 2VHAA 3OXNA 3FVNA 2OCUA 1RYXA 4QF9A 2VD2A 3OO8A 4JXIA 3QAXA 1BLFA 2Z8DA 4OENA 5AA4B 1GR2A 2ZNSA 3TFLA 4F39A 1XVXA 4H5FA 1DMBA 3RGYA 1BKAA 3Q27A 3GXAA 3VXBA 1RYOA 5FHOA 3P7IA 1OMPA 4ZEDA 2Z23A 3U94A 4DE8A 4IO7A 1LGBC 2I48A 4ZDMA 3DLNA 2XXRA 3ZS6A 2GH9A 2X7QA 1FQDA 4OYVA 1XT8A 3O28A 1MDP1 4DZ1A 1LAGE 5DYHA 5H8HA 1PC3A 4Z0IA 1PB8A 1B4ZA 1B05A 2Q2AA 3PPQA 4QFPA 3SEXA 4OFOA 2G93A 3O66A 3U92A 2F7BA 3RUMA 1TFAA 4ZE9A 4C1TA 3I5OA 3MQ9A 3S9NC 1DOTA 1R9LA 2ZNTA 1SW5A 3G7WA 2XXUA 3OO6A 1QJMA 3PPNA 3OD7A 1B40A 5IAIA 3K6WA 1IUDA 3MAMA 4P0GA 3W15C 1LBCA 1M5BA 1KWHA 1IZ1A 3F11A 3FJ7A 1D4NA 1P1UA 3MVXA 2PX1A 4XXUA 1MXZA 2QPQA 3MPLA 1YTVA 3IB2A 2F8DA 4G2ZA 1XS5A 2E0SA 5AA2D 4PE5B 4U21A 2VGQA 4F2OA 3BKIB 4ESXA 2WKYA 1PEBA 5FTHA 4IY6A 4DCXA 1OQGA 2I4BA 3MVZA 3FVOA 2QJEA 2HEUA 3KOTA 1ZMGA 2PMSA 3OSQA 2R71A 4H65A 3KN8A 2D5WA 3H4ZA 1URDA 1WDNA 2VP1A 3TTNA 4THIA 1IEJA 1N7WA 2QS1A 3UN6A 1LSTA 5I57B 4LP2B 4IO5A 1NH8A 1MPDA 2AL5A 1NFTA 4E0XA 2XX9A 3MZ9A 5L9MA 3KOSA 3ILTB 2B65A 1MY1A 3FXRA 2QS4A 3PV0E 3PMXA 4BDQA 1EZOA 4YB5A 1B9JA 4P11A 2FNCA 3SESA 4NF4A 2OWTA 4QSEA 4GF8A 1P1OA 3UIFA 2AL4A 2HZKA 3PUZE 1LAHE 3DP4A 3D4GA 3MP6A 5DEXA 1Q35A 1MXYA 4I8CA 4F2QA 4POWA 3EN3A 1MDQA 5ICTA 2ANJA 2XHDA 4OXVA 1EZPA 4AQ4A 4KFQA 2FA7A 3PU5A 4F3SA 3C33A 1O64A 4NF8B 1IXGA 3U72A 4ECFA 1I6BA 1N7XA 2BJJX 4R2BA 4QRZA 4IO3A 5H8QB 2KLFA 3OMBA 2O84X 1B52A 4G68A 4ELRA 3LSXA 4MBPA 3T66A 3VLUA 3KEIA 3HO7A 4GFRA 1Y3QA 4O3BA 1SI0A 1N3WA 3K6VA 1MY3A 4MLVA 2Q9TA 1A8EA 1YAEA 3CG1A 4U22A 3SKPA 2D3IA 5CBRA 3PGFA 2UYFA 3QUFA 4GD5A 3N6TA 1N3XA 1B5HA 2I0CA 3CR9A 4ZZEA 3T9HB 1Z7NE 1B5IA 2ZXTA 3R26A 4KI0E 4EXLA 4DXBA 1IQ7A 4EQBA 3USDA 1DSNA 1GGGA 4O3AA 2A5TB 2F7AA 3IK6B 5A5XB 4F1YA 2RKMA 2P1SA 1DTGA 2XXIA 5H8FA 3TKDA 3K1PA 2RC8A 4LZ5A 1YPNA 3N6UA 1USYE 1LCTA 3CRBA 4XTCQ 1UTBA 3IOVA 3TCHA 1MY0A 4H0WA 5I2KB 4FJPA 3QXMA 5CRYA 3MPKA 3QIMA 1B1HA 4N6PA 4OEUA 3H6TA 3RPWA 2O1LA 5H8SA 5CC2A 1FTMA 2O1MA 2D21A 2RF1A 5TP9A 5H8NA 4NE4A 2Y7PA 3K2DA 3W9WA 3H7MA 3PMVA 3SEYA 3VFJA 1MXXA 2YPNA 3A09A 2Z8EA 2ONKE 4HTGA 1M5CA 4R9FA 5BUUA 4X48A 4R6KA 5CM6A 1NKXA 4F1UA 1BP5A 2O69A 2A5SA 4KCCA 3IJXB 3GZGA 5I58A 4ZEBA 3GBBA 4Q8RA 4TLLB 2ALUA 2YLNA 4R9GA 4H8IA 1T0KA 2P0SA 2Y7KA 5B7DA 2HQ0A 1AIVA 1A54A 4K3FA 4WEDA 4F3BA 3TTKA 3CI8A 3IL1B 1SI1A 5TPAA 1VFEA 2NOOA 2Z8FA 4OFJA 1QUIA 4IO6A 3CFLA 3RT6B 3T96B 2OBGA 4RPNA 3ZKLA 1H3DA 4F19A 5AA2B 4JB7A 1A40A 5JEIA 4OZ9A 1XVYA 3S4UA 3N26A 3MW0A 4RYAA 5J1DA 3CFXA 3KJ7A 1DPEA 1AOVA 3RNNA 3KGCA 4BDOA 1B5JA 3VLVA 2H4IA 1MY4A 1MQDA 1B7ZA 3K01A 4QFNA 4JSDA 3IR1A 1JEUA 1POTA 1SVXB 4YICA 4Q30B 1MH4A 1TXFA 3H6VA 1VFDA 1S9TA 1II5A 1EU8A 1NNTA 3FUZA 3OSRA 5ISUA 1XC1A 2GHAA 5KCJA 5L9SA 2QS3A 2RCBA 4FEBA 3RN8A 1ATGA 4F22A 3CIJA 4RK9A 1B4HA 3LUYA 1Z7ME 4NWDA 2XXPA 2REJA 1Y1MA 2X7PA 4KYEA 1FTLA 4LVQA 4LZ8A 4QFOA 3UORA 2GRVA 1PBQA 2V93A 1URSA 4F31B 1FQFA 2YJPA 2DWHA 1XHYA 4GIZA 3O9PA 1Q1KA 2DE4A 1M5FA 2DWJA 5I56B 2AIXA 4ELPA 1ZBMA 3O29A 1MQJA 2Y84A 3G3HA 4KHZE 3MZBA 1MM6A 4U4XA 1ZU0A 3KSJA 4F3PA 1NNKA 4I1DA 4OFLA 1FQCA 5AA4A 4C0RA 4YMAA 3FJGA 1JEVA 2XX7A 3C36A 4IB2A 1SYIA 4ND9A 4LUBA 4OERA 5I59B 3QK6A 3KN7A 1I69A 1B7UA 1B3LA 4PQJA 3K1NA 3IOWA 4L17A 4OQOA 1JW5A 3L6HA 4U23A 2Q2CA 1B51A 3PPOA 4YKKA 1OIBA 2Q8JA 1EZ9A 3N5LA 5CBSA 3C35A 3PUWE 1B46A 1IIWA 4ZS9A 3PD9A 2ZYMA 3GLBA 3O2AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SZPA 1SW1A 3TTLA 4NWCA 1J1NA 5KZTA 1IMEA 5B70A 3S9MC 3H6WA 2O6AA 3PMWA 3OEKA 4P0IA 4JWXA 1NH7A 1MY2A 2GFEA 2ABHA 5ET8A 3IX1A 4HW8A 2OWSA 1MQIA 5IZZA 4N81A 1NV6A 3BFUA 2NVUB 2DYXA 3FV1A 4RA1A 1JQFA 2BJIA 2PFZA 3FVGA 4R2FA 4F18A 4BDMA 1B3FA 4P3LA 4KYDA 4I3EA 4U2RA 1S50A 4G8MA 4RJZA 3TAJA 2NXOA 4NG7A 5EQAA 3C34A 4RXLA 4PFTA 3R6UA 3UK4A 5JTYA 2O7UA 3IFAA 3KZGA 2ZZWA 3FVKA 4N4UA 4PAKA 4BDRA 2Y7RA 1NV1A 4GLIA 4BDNA 3PPPA 3O6IA 1LEVA 2VPOA 3LR1A 1Y3NA 4U1ZA 3T93B 1AWBA 1NI9A 4H67A 2F35A 4H8JA 4O7IA 3G3JA 4AB6A 1B6HA 4ZECA 3VE1B 1B7HA 1Y3PA 4MH5A 4N6DA 1UQWA 2QL3A 4NF5B 3RLFE 4YKJA 3KC0A 4LA9A 4YB7A 1QVSA 1ZLQA 3HN0A 3RTFB 5L9OA 4OVJA 2LAOA 3M3KA 3MJNA 4QFKA 4JWOA 1GV8A 3EKIA 4NF4B 4YU0A 2O68A 3Q28A 5I57A 3PUXE 1SD3A 4O7MA 4NAPA 5BWJA 4E0WA 1WODA 4MFIA 5DT6A 1IXHA 3PUVE 1S7YA 3RYDA 3DM0A 3RPLA 2I0BA 1B2HA 2RC9A 3E78A 1ANFA 1JVXA 3VXCA 4AS5A 3BBRA 4P56A 4O94A 3Q25A 2XXQA 3UGWA 2HAUA 1TFDA 4JDFA 3E9XA 4DXUA 4TOZA 1US5A 4PF6A 4PFWA 4GWOA 4HE0A 2WEFA 3IO4A 3K02A 4GL0A 1MXVA 4G8NA 3K6UA 4MHFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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