2B3BA

Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
392
structure length
392
Chain Sequence
MKLEIFSWWAGDEGPALEALIRLYKQKYPGVEVINATVTGGAGVNARAVLKTRMLGGDPPDTFQVHAGMELIGTWVVANRMEDLSALFRQEGWLQAFPKGLIDLISYKGGIWSVPVNIHRSNVMWYLPAKLKGWGVNPPRTWDKFLATCQTLKQKGLEAPLALGENWTQQHLWESVALAVLGPDDWNNLWNGKLKFTDPKAVRAWEVFGRVLDCANKDAAGLSWQQAVDRVVQGKAAFNIMGDWAAGYMTTTLKLKPGTDFAWAPSPGTQGVFMMLSDSFGLPKGAKNRQNAINWLRLVGSKEGQDTSNPLKGSIAARLDSDPSKYNAYGQSAMRDWRSNRIVGSLVHGAVAPESFMSQFGTVMEIFLQTRNPQAAANAAQAIADQVGLGRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a thermophilic glucose binding protein reveals adaptations that interconvert mono and di-saccharide binding sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords glucose-binding protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermus thermophilus hb27
total genus 155
structure length 392
sequence length 392
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2b3bA02
2O1MA 2HAUA 4N13A 3IL1B 3OXNA 3VVDA 1GR2A 1MY0A 1OIBA 1M5FA 4F3GA 1POTA 3B6QA 1B3LA 2Q89A 1FQFA 1I6BA 1NNFA 2XXPA 5ITPA 3O29A 4NF4A 4TLMB 4ZZAA 4GRKA 2DXRA 2XXXA 2Q2AA 4RJZA 3MBPA 2UVJA 3IJOB 4NF6A 1BTJA 1VR5A 3TTNA 2H99A 2DQVA 3RGYA 4ZEIA 1ZJLA 3B6WA 4EUOA 5H8QB 4L17A 2H25A 2XXTA 4U1ZA 4WEPA 3IOTA 3E13X 3F11A 3TEPA 1B1XA 1R6ZA 2I4CA 3QUFA 3G3HA 1DPEA 1BLFA 3EPEA 4U4XA 4F22A 4QRZA 3FV1A 2B65A 1N84A 4GFRA 4O3BA 3W9VA 1DPPA 1LAGE 1IZ1A 1WVJA 3T9UA 4EQ9A 2XXVA 2XD3A 3OD7A 1SYIA 2ZYOA 1B32A 2XXQA 3G3FA 2XXUA 1A55A 3M3LA 1P1WA 3FVOA 5HM4B 5AA2B 4HW8A 3FVKA 1AMFA 5ISUA 1ANFA 3S4UA 2XXHA 2F6PA 3RTWB 1WDNA 1VFDA 2F36A 5CBSA 2QS4A 3IB0A 4LZ8A 4Q5TA 3PU5A 4DIGA 4FEBA 5EHSA 3FXUA 4GQOA 4XTCQ 2Q88A 4DXUA 1IIWA 2DYXA 5AA4B 2I48A 4R6KA 2DS9A 4KPTA 1ZU0A 1MH3A 2XX7A 3RTFB 2R9JA 1B58A 2GHBA 3MVZA 1URDA 4IO6A 2X7QA 4X9TA 4GLIA 2UYEA 4EF2A 3U92A 1SW5A 3SEXA 3TTLA 4PFWA 4OEVA 3K0VA 4NWCA 3K6UA 4OMBA 5I2KA 3PMXA 5LOMA 2DXYA 4NF8A 1NNPA 1MG1A 1LFGA 4E0XA 4R9FA 3W15C 3UA8A 1I6AA 2RKMA 3RNNA 3GBBA 5FHMA 3PMWA 1LB9A 4Q30B 1TFDA 2ZYNA 4KYEA 4BLAA 4ZDMA 1ZLQA 2F7AA 2UYFA 2F34A 2WKYA 4DXBA 3M3FA 3FVGA 3GXAA 1NH8A 2UVGA 1PB9A 1Y3NA 3MWBA 3FGSA 3TYHA 3OSRA 4GF8A 3S9MC 4JBZA 3MAMA 4XKPA 1TT1A 4EQ7A 4KHZE 1LFHA 3RUMA 1S50A 4UACA 2Q8JA 1M5CA 4KR5A 3EHTA 2ZXTA 1FTMA 3A3CA 5TP9B 1UTHB 4F31B 4EDPA 2PBWA 1J1NA 1B4HA 1FQCA 4ZEDA 4G8HA 5BWJA 4F1VA 4K3FA 2OJTA 4P11A 4MH5A 1JEVA 1VFEA 1EZPA 1MRPA 5F1QA 1B5IA 5KZTA 2B3BA 3MVYA 4DE8A 5AA1A 1OLCA 3MW0A 1QULA 1SYHA 3IOUA 3WAFA 3ECRA 1PC3A 4YKIA 1OVBA 3TMGA 1LLSA 2OWSA 3A3UA 3EHUA 4F39A 1RYOA 2P2AA 3RT6B 1LB8A 2E0SA 3MZ1A 1B0LA 4Z0IA 2THIA 4FIMA 1MY2A 3S9NC 1B2HA 3VXCA 3KBRA 2Z22A 4YKPA 2Z8FA 4ISUA 3SKPA 2QS3A 3I3VA 1P99A 3KJTA 1Z7NE 5JK4A 2X7PA 3QIMA 4F3SA 2D5WA 3KSJA 1N7XA 3PPOA 2I6EA 1MY3A 1R9LA 3DP8A 3RY3A 3TTRA 1R1NA 3SESA 2H98A 4LP2B 2O7IA 4R2BA 5CMKA 2IEEA 4PQJA 4G8MA 1FQAA 1MM6A 3IAZA 1MPCA 4LZ5A 3N5LA 2F97A 3G3IA 4NMYA 4H8IA 5AE4A 2Y7IA 3L6GA 4R74A 1S9TA 3Q26A 3UN6A 2QMWA 1Y9UA 1D4NA 5B7DA 4LQ5A 1B5JA 5CM6A 2ZMBA 3JZJA 1SI0A 2G29A 1LGBC 1FTKA 4OTEA 3LSLA 3TPAA 3JV9A 4GIZA 3FXRA 1QUIA 4OENA 2Y7KA 4JSDA 5K2XA 4GD5A 1B05A 1PBPA 3A09A 2RF1A 1A40A 1M5BA 4DCYA 5J1DA 1A7LA 4JWYA 2PT2A 4DLDA 2H4IA 1HSLA 1OMPA 2A5TB 5DT6A 1SBPA 1N04A 2RC7A 1FQEA 1NL5A 1PDAA 2IA4A 2OK2A 2RINA 4G68B 1XVXA 4NTLA 1Y4CA 4ESXA 1MQDA 3N6UA 4MLQA 3QYTA 3LSFB 4N07A 4RK2A 4MBPA 4BDOA 2V93A 2YLNA 1I69A 1Y20A 1II5A 2QMXA 3K00A 2VGQA 5FTHA 4NF5B 4P0GA 2I0CA 3DP6A 1JETA 4R6YA 1UQWA 4HCYA 2O68A 4ELQA 4IY5A 3C32A 2XD2A 2Y84A 3MPLA 3KEIA 3M8UA 5I59A 1O64A 5ELVA 3KSXA 1SQYA 4JDFA 4C1UA 4EXKA 4X48A 3LSWA 3IORA 4LUBA 5KCJB 1MH4A 2RCBA 3FATA 4DCXA 2QPQA 2XX9A 1IXIA 3MP1A 1N76A 1US4A 3IO4A 2UXAA 1LBCA 3ONMA 3B6TA 4QSDA 5ICTA 3L6HA 3PV0E 3CFLA 3P7IA 4KYSA 5A5XA 3K6VA 4I62A 1F9BA 1D9YA 2XX8A 4UA8A 1Y1MA 4JXIA 4QFOA 2YPNA 3HV1A 1B1HA 2O84X 2BJJX 1N0TA 1SW2A 1B5HA 1FTOA 3C36A 5I57B 1HSEA 3LUYA 4FE8A 3UK4A 4AQ4A 3GLBA 3IOWA 4OERA 4YKJA 3G7WA 1QJMA 5H8QA 2ZYKA 3QUJA 3CIJA 5DEXB 2AL5A 1US5A 2OBGA 2VD3A 2QS1A 3VLWA 3Q25A 2V3TA 1Y3QA 4QHQA 4GXSB 3MUQA 3KG2A 4LVQA 1MDP1 2D21A 2DOJA 4U23A 3AXFA 1B6HA 2VD2A 1KWHA 3K02A 1M5EA 4DDDA 5H8HB 4ELOA 4KYDA 1POY1 3CFXA 1MQIA 4IGRA 1N7WA 3PPPA 3C31A 2Z8EA 1ELJA 3R26A 5CMMA 3PD9A 3UORA 5AA2A 4C0RA 3ZSFA 2HCAA 5DYHA 5IAIA 1H45A 3TCHA 4ESWA 3R7XA 4LQ2A 4PETA 4H0WA 3LBSA 3Q27A 3RT8A 1N3WA 4ZE8A 1SD3A 4M4GA 3GBAA 3GZGA 3PPRA 4AB6A 3TFLA 1USYH 5AA4A 4YB5A 2HFBA 5CBRA 2GHAA 3K1NA 2VOZA 3SEWA 1EU8A 2NUVA 3OEKA 4JWXA 3THIA 4GL8A 3MVXA 4RYAA 2FNCA 4ZEKA 2RC8A 4GXAA 3PUYE 1XHYA 3MP6A 1AH5A 1QKBA 1HSJA 3C33A 5I2NB 3T9VA 2OCUA 1P1UA 3IJXB 1B46A 4ECFA 1DTGA 4F19A 3OSQA 1IQ7A 3E3KA 5AA2D 3O66A 1FTJA 3BBRA 4FJPA 4H6DA 5DVJA 4KCDA 3PPQA 2DWJA 3FXQA 1RKMA 3VLUA 1D9VA 3RQTA 4FECA 1Y3PA 3ZS6A 2H9BA 2DWIA 4G8NA 1B40A 4YB7A 1H76A 5TP9A 4TQUQ 2DVCA 3H6UA 1UTHA 2XXWA 1MQGA 4G77A 4OFOA 3TAJA 2O1LA 4H67A 1QVSA 1O7TA 3O6GA 1AOVA 5I58B 1MY1A 2DVZA 1RYXA 2R71A 3K1PA 1P1OA 2CMOA 4JWOA 3K2DA 2R6GE 4R75A 5CMCA 1B3EA 2P1SA 4LZ7A 5H8SA 4HTGA 3B7DA 1N3XA 1S7YA 1ZIUA 3T9XB 5M2VA 4OYVA 4MLVA 4TOZA 3OO8A 3HO7A 2OLBA 4ELRA 1M5DA 1JNFA 4PE5B 3V83A 3TTMA 4XKNA 5TU0A 1GGGA 4YZZA 3H4ZA 1H44A 3BFUA 3G3GA 2HAVA 3LR1A 4FATA 2LAOA 1CB6A 4ZEBA 2F78A 4IO4A 3SERA 1URGA 1ZBMA 2AYSA 5EHMA 3N6TA 2ONKE 3RPWA 1B7ZA 2O6AA 3PD8A 2ONRA 2I49A 3CFZA 1JEUA 3PMVA 4U4SA 4F2OA 2O51A 3PUZE 4EXLA 3LSXA 2ZYMA 4YMAA 1Q1KA 1UIVA 4IO3A 2HEUA 3CSGA 1MXZA 2F7CA 4WXJA 3OENA 5IKBA 1EZ9A 3CG1A 1FCKA 4YB6A 2REJA 4PFYA 4ZECA 3MVWA 1UIUA 2NXOA 3C4MA 3DM0A 3K4UA 3FJMA 3OEMA 4F18A 1PB7A 2V84A 3O2AA 3MZ9A 1P1NA 3OOAA 4MF3A 2ANJA 4Q0CA 3D4GA 4OWDA 3RN8A 1TWYA 1BIYA 1Y4TA 3VV5A 3MP8A 4AB5A 3KN3A 4PFUA 2I4BA 3O28A 4YAHX 5H8FB 3DLNA 2I58A 3FUZA 3O97A 3USDA 3UP9A 1UTBB 2A5TA 3KJ7A 5DVIA 3T96B 4OVJA 3KN8A 4Z7EA 1CE2A 5KDTB 3VDFA 1ZKBA 4OHNA 4R2FA 2DSFA 4G68A 3G3KA 4PP0A 4M1VA 2V3UA 1IUDA 4BDMA 4ONYA 1NMUA 3TZAA 1DSNA 1R9QA 2V25A 1XT8A 3OMBA 4ELPA 3MZBA 1MPDA 2Y7PA 5I56B 2UVIA 4QSCA 3TUSA 5CI5A 2Y7RA 3H06B 1IXGA 5FHOA 3VLVA 3FJGA 3ILTB 4MFIA 2PMSA 3RLFE 4NF5A 3BKIB 5JTYB 3Q28A 1B4ZA 1MS7A 4BDLA 1MQHA 3ODBA 3BFTA 1NNTA 2Z23A 3H6WA 2DP8A 5KCJA 4RY1A 5H8NB 3CG3A 2CZLA 3R6UA 3K01A 1SW4A 2F7BA 4C1TA 4DZ1A 1B3HA 5H8NA 1GTKA 4F1UA 5ITOA 5EYFA 4OFJA 4G2ZA 2X26A 3MC2A 3SETA 2Q9TA 1DMBA 4H5FA 1PEBA 2RCAA 3VVFA 1VE4A 4JSOA 3I5OA 4POXA 3CRBA 3KOTA 3FASA 4LA9A 1IXHA 4R6HA 2D3IA 4POWA 1D3KA 4RPOA 1YAEA 2XXRA 4LATA 3T93B 5K2YA 1QW0A 5TPAB 4RPNA 4EF1A 5TPAA 5I57A 4OFLA 4QF9A 4IGTA 2H5YA 3WAEA 4NF4B 2ONSA 4H1XA 4Q8RA 1LCTA 3I6VA 3CSBA 1OQHA 3H6VA 5F7VA 1EZOA 4KFQA 3HHGA 1FQDA 4LONB 4OZ9A 1WODA 4YMBA 4NF6B 3EF7A 1JW5A 1NFTA 1ZTYA 1MXVA 3OO9A 5DEXA 3PUWE 2HQ0A 2GH9A 3EQ1A 2Q2CA 2YJPA 2ZNUA 4HCWA 5CC2A 3IR1A 3HN0A 3E4RA 4PFTA 4OQOA 1I6QA 1ATGA 1XC1A 1A99A 1BKAA 1OQGA 3FVNA 5H8HA 4OETA 1PB8A 4BDNA 3MQ9A 4YKKA 4H8JA 4ZZEA 2QS2A 2HZLA 4U2RA 1MXYA 3EN3A 4FEDA 4QFKA 3O6IA 2AIXA 5I84A 1JVXA 4GWOA 3H3GA 1FTLA 2ESNA 3KOSA 1Y1ZA 4QSEA 5FTIA 5L9SA 1QKAA 1NNKA 1B3FA 3O9PA 3IB1A 5JEIA 1AIVA 3SDFA 4BDQA 3C35A 2PT1A 4XXUA 3U93A 1A8FA 4GOTA 1H43A 3VE1B 1OVTA 4E0WA 3SEVA 4X1BA 2FA7A 4ZE9A 4OESA 1LBBA 2QL3A 4IO5A 1JW1A 1MXUA 3LC8A 1PBQA 3UGWA 2HZKA 2XXIA 5I2NA 1JW4A 3DP4A 3EHSA 1MXXA 4F29A 1OLAA 4YU0A 5I2KB 3KZGA 3HCQA 4NF8B 4RXLA 3HPIA 4I9DA 4EQBA 3QXMA 3IB2A 5CMBA 2VP1A 3TCFA 1ZMGA 4THIA 4ZEFA 2O7UA 3FIRA 1B51A 3HHFA 1DOTA 3V5AA 1MY4A 3G3JA 1MQJA 3H6TA 2NWJA 2Y7WA 4RNSA 2I3VA 5L9MA 3C9HA 3IX1A 3S9LC 1AL3A 3FD3A 2PX1A 1JQFA 3OELA 4TLLB 4KQPA 4NWDA 4IO2A 1B3GA 1LAHE 3N26A 5I58A 4XKRA 4KD5A 4WEDA 2NVUB 5CRYA 1T0KA 1Q35A 4N6PA 1YCJA 2NOOA 3O6HA 2I0BA 1URSA 2QJEA 2F8DA 2DE3A 3H03A 4IY6A 2W7YA 3CI8A 2M8CA 1FQBA 4KI0E 4BDRA 3ZKKA 3SEUA 4HS7A 4O3CA 3PPNA 4GL0A 4NE4A 4R73A 5BUUA 4H65A 1LAXA 3K6WA 1H3DA 3VVEA 1LFIA 2O69A 1JVYA 3W9WA 1NKXA 3FV2A 4R72A 1FW0A 1MPBA 4U1OA 1DTZA 2XXYA 3PGFA 4R9GA 4ZS9A 1P1QA 1IXCA 3ILUB 2DE2A 1XOCA 4FAJA 3Q29A 2GFEA 4P0IA 3TKDA 4KCCA 4FORA 4F3PA 2PVUA 1NH7A 2B3FA 4WKMA 2REGA 5ICQA 3QAXA 3TELA 2XHDA 2ZNSA 1A8EA 4OXVA 1B9JA 3OO6A 4F2QA 3T9HB 1XVYA 1TXFA 1XS5A 3TCGA 5HBCA 2DWHA 5FHNA 3TODA 1B0HA 2QRYA 4O3AA 1A54A 5L9OA 1LAFE 3FZVA 1QUJA 3HSTA 3IO6A 1GV8A 1LSTA 3CVGA 4I8CA 2I3WA 2E1SA 1TFAA 1IEJA 4YICA 4U22A 4XIGQ 3S9EA 1MDQA 1GVCA 4G68C 2DE4A 2ABHA 4IB2A 5L8DA 5AA3A 3PUXE 3UIFA 1L5TA 4JB7A 1USYE 2ZNTA 3KN7A 2Z8DA 2OZZA 2ALUA 4OEUA 3ZKLA 4DXCA 3VXBA 1MXWA 4NEDA 5H8FA 3SEYA 2OWTA 3KGCA 5DTBA 3T66A 1UTBA 4QFNA 3D4CA 4H5GA 3JYRA 1SI1A 5KDTA 2A5SA 4RK9A 2F6GA 2F5XA 3MPKA 3TDJA 2GRVA 2FYIA 3PUVE 3FJ7A 1QUKA 3MJNA 3QSLA 3TQWA 2KLFA 4F3BA 2UVHA 2HXWA 4X1DA 2DWAA 4QFLA 2AL4A 5B70A 3OO7A 3KFMA 3QK6A 1YPNA 1B7UA 5I56A 1YTVA 3TQLA 3TTKA 3V89B 1SVXB 4G4PA 4XKQA 5JTYA 1LCFA 4QFPA 2RC9A 3VFJA 4GVOA 3V8XB 1VSOA 4IO7A 2V3QA 4ND9A 3U72A 3S2VA 3U1OA 2G93A 4RA1A 1MM7A 3H7MA 2F35A 1O63A 3U8QA 5HPQA 3T22A 4U21A 4I1DA 2PYYA 4F1YA 3IOVA 1IITA 5I59B 3C34A 3E9XA 3IK6B 1Z7ME 3K1MA 3N94A 1B52A 1BP5A 3U94A 1EH3A 1B7HA 3K6XA 1SDXA 1SW1A 3M3KA 2VHAA 2P0SA 5A5XB 3CR9A 5DVFA 3DELB 2QSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O1MA 3RPLB 2HAUA 4N13A 3IL1B 3OXNA 3VVDA 1GR2A 1MY0A 1OIBA 1M5FA 4F3GA 1POTA 3B6QA 1B3LA 2Q89A 1FQFA 1I6BA 1NNFA 2XXPA 3ISPA 5ITPA 3O29A 4NF4A 4TLMB 4H45A 4ZZAA 1EYKA 4GRKA 1YYZA 2WX9A 2DXRA 2XXXA 2Q2AA 4RJZA 2HHMA 3MBPA 2UVJA 4MNIA 3IJOB 4NF6A 1BTJA 1VR5A 4QBAA 3TTNA 2H99A 2DQVA 3RGYA 4ZEIA 1ZJLA 3B6WA 3PTYA 4EUOA 5H8QB 4L17A 2H25A 2XXTA 4U1ZA 4WEPA 3IOTA 3B8BA 3E13X 3F11A 3TEPA 1B1XA 1R6ZA 2I4CA 3QUFA 3G3HA 1DPEA 1BLFA 3EPEA 4U4XA 4GWYA 4PF8A 4F22A 4QRZA 3FV1A 2B65A 1N84A 4GFRA 4O3BA 3W9VA 1DPPA 1LAGE 1IZ1A 1WVJA 3T9UA 4EQ9A 2XXVA 2QFLA 2XD3A 3OD7A 1SYIA 2ZYOA 1DBZA 1B32A 2XXQA 3G3FA 1FSAA 4PE3A 2XXUA 1A55A 3M3LA 1P1WA 3FVOA 5HM4B 5AA2B 1IMCA 4HW8A 3FVKA 1AMFA 5ISUA 1ANFA 3S4UA 2XXHA 2F6PA 4MJOA 1WDNA 3RTWB 1NV0A 1VFDA 2F36A 5CBSA 2QS4A 3IB0A 4NQ8A 4LZ8A 4Q5TA 3PU5A 4DIGA 4FEBA 5EHSA 3FXUA 4GQOA 3T1BA 2XXKA 4XTCQ 2Q88A 5FBPA 4DXUA 1IIWA 2DYXA 5AA4B 2I48A 4R6KA 4OVSA 1KA1A 2DS9A 4KPTA 1ZU0A 1MH3A 2XX7A 3RTFB 2R9JA 1FJ6A 1B58A 2GHBA 5EQ9A 3MVZA 1URDA 4IO6A 2X7QA 1K9YA 4X9TA 4GLIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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