3VVFA

Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
GGSEFQVRSFEEIKRSGEIRIGTEGAFPPFNYFDERNQLTGFEVDLGNAIAERLGLKPRWIAQSFDTLLIQLNQGRFDFVIASHGITEERARAVDFTNPHYCTGGVIVSRKGGPRTAKDLQGKVVGVQVGTTYMEAAQKIPGIKEVRTYQRDPDALQDLLAGRIDTWITDRFVAKEAIKERKLENTLQVGELVFQERVAMAVAKGNKSLLDALNRALAELMQDGTYARISQKWFGEDVRCK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Thermus thermophilus
publication title Two ATP-Binding Cassette Transporters Involved in (S)-2-Aminoethyl-Cysteine Uptake in Thermus thermophilus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Amino acid ABC transporter, binding protein
total genus 90
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vvfA02
1N3XA 3K00A 1OLCA 3IO4A 2RC7A 2ZYKA 2Y7PA 4OENA 2UVIA 1VFDA 4H5FA 1LFHA 2B3BA 5JEIA 1O63A 4H6DA 4RXLA 3CR9A 5DTBA 4QHQA 1LLSA 5H8HA 3RPWA 4G2ZA 3UK4A 4GXSB 1JEUA 4NF6A 3VVDA 4G68B 3MZBA 2F35A 2H98A 3I6VA 3PPNA 1BTJA 4EXLA 3CFXA 2GFEA 1B46A 4OETA 3S9MC 1RKMA 3S9NC 1MY0A 1QULA 2P1SA 5AA2D 1QUJA 5CI5A 4YICA 5CC2A 3USDA 1B3GA 4QFOA 3FV2A 3W9WA 4FAJA 5I2KA 2OBGA 1Z7NE 2PVUA 1N84A 2NWJA 3U93A 4EF2A 3WAEA 2VHAA 3RT6B 4MH5A 4P0GA 2QRYA 2H25A 1EH3A 2H99A 1P1NA 3PUXE 4ZEIA 2ZNTA 1M5EA 1EZ9A 1AIVA 3TCHA 1B1XA 2ESNA 3TODA 4ELPA 1T0KA 1UIVA 3MBPA 3VDFA 1M5DA 2XXIA 4RK9A 3G3JA 4Q0CA 2WKYA 4U1ZA 3OSRA 1NKXA 2RINA 3QK6A 4PP0A 5AA3A 3A3CA 5K2XA 3PMXA 3VE1B 3KJ7A 3OENA 2HZKA 1FCKA 3TTLA 1MG1A 4H0WA 3DLNA 3FZVA 2QS1A 3VLUA 3K1MA 4AB6A 4KPTA 1IITA 1N0TA 4I1DA 2V84A 4MFIA 4R72A 4ZEDA 2X26A 3C31A 3GLBA 4TLMB 1B1HA 5KDTB 4KI0E 3U72A 3OXNA 1B3LA 2XX8A 4OQOA 3SEVA 3MZ9A 1EZOA 3SEWA 3CG3A 2V25A 2XHDA 3MWBA 1PB8A 1N76A 4KQPA 1DTZA 1Y20A 3THIA 4QFNA 4R2BA 4RPNA 4DDDA 3KFMA 5CMKA 2G93A 1LAGE 3PUZE 3OD7A 1B3FA 4U21A 1JW1A 1URSA 2H4IA 1SBPA 1YPNA 5CMBA 2XX9A 4U22A 2DP8A 3UORA 1SI0A 1XOCA 4OTEA 1LAHE 4U2RA 4DCYA 1B0HA 2OCUA 4F18A 5LOMA 5I58B 1VE4A 4O3CA 4ECFA 1B6HA 4F3PA 1XS5A 1TFDA 5L9SA 3TEPA 2Q89A 3MP1A 2Q8JA 3T9VA 4KCCA 3CSBA 3KBRA 3SETA 2DXRA 4POWA 1MXWA 4ZZEA 5CMCA 4H1XA 2V3TA 2AYSA 5EYFA 1KWHA 3SKPA 2W7YA 1A8EA 5FHNA 4N13A 1NMUA 5L9MA 4WEPA 2OLBA 3MZ1A 4IY5A 4I9DA 2OK2A 1FQEA 5AA2B 3G3FA 1ZU0A 4FE8A 5I59A 3K6VA 3HSTA 4WKMA 2E0SA 5TP9B 4NF5B 4I8CA 3TTKA 1MPBA 1Q35A 3BBRA 3FXUA 2REJA 1ZJLA 4GXAA 4M1VA 5FHMA 5AA4B 4DXCA 3VVEA 1MXYA 4U23A 5CBSA 3F11A 4HCWA 1SDXA 3IORA 2XXRA 3ECRA 1IZ1A 2I0BA 3UA8A 4GD5A 4POXA 1BKAA 4QSCA 3ZSFA 1US5A 2Q88A 3HHFA 4KYSA 1DPEA 5EHSA 3FASA 1DOTA 2ZNSA 4ELRA 4ZE9A 2UYFA 2Y7KA 3RNNA 2ONRA 3KSJA 2QS3A 3SERA 1FW0A 1B7UA 4LVQA 4EDPA 2RC8A 4OHNA 2XX7A 5TPAA 2Y7IA 3C35A 2ZNUA 4NE4A 4BLAA 3T22A 4QFKA 2Y7RA 1GVCA 3P7IA 4GL8A 1I6QA 2AIXA 3TTRA 5I56A 4PFYA 2F6PA 3D4GA 4H8IA 1QVSA 1GTKA 1IQ7A 1SI1A 2UVGA 1H45A 2XXXA 4YKIA 2XXQA 2A5TB 1NNTA 5KCJB 4ZDMA 3R26A 1YCJA 2FA7A 1MY4A 1MM6A 4NEDA 3IO6A 2PT2A 3EHTA 4G68A 4ND9A 1MS7A 1A40A 1A7LA 4JDFA 4JSOA 4YKKA 3QSLA 4BDNA 5HPQA 1XC1A 2I3VA 2XXUA 2QMXA 4PE5B 1UTHA 3FVKA 4KD5A 2XXWA 2FNCA 2HXWA 3OO6A 2O68A 3DP8A 4FORA 1SD3A 3C36A 4PQJA 3JZJA 1XHYA 1MQGA 2NOOA 1PEBA 3ZS6A 4ELOA 4XIGQ 4IO2A 4OXVA 1Y1ZA 4NWCA 1SYIA 4FJPA 3VVFA 1NNPA 2RF1A 3EPEA 2DVCA 3MVXA 3RQTA 2O7IA 3TZAA 3EF7A 4YU0A 2ZYOA 3D4CA 3S9EA 4WEDA 1B4ZA 4OEVA 4FEDA 5JK4A 1ZBMA 4IO5A 3B6WA 1USYH 1Y3QA 2XXPA 1RYOA 4RNSA 3O9PA 4YKPA 4DXUA 3ILTB 4KYEA 4QFPA 3O6HA 3GBBA 1A54A 3G3GA 1B0LA 5HM4B 1S50A 3OMBA 5JTYB 3TQWA 1DTGA 1AL3A 3FJGA 1WVJA 4ZS9A 3MAMA 1QKAA 1WDNA 3GBAA 1FTLA 4BDLA 4O3AA 4U1OA 3LSXA 3HN0A 2PT1A 2DWIA 3QYTA 3U94A 1LAXA 4NF8B 3TELA 3K0VA 3RY3A 3O28A 4NF4B 4QFLA 2QS2A 3EHUA 2P2AA 4DIGA 3I5OA 4X48A 4ZEKA 1DMBA 4G77A 1A99A 2F7BA 1HSJA 3K02A 4MLQA 3DM0A 1XT8A 3ONMA 1QUIA 5H8QA 1AOVA 4ZECA 1Y3PA 3E3KA 1GGGA 1Y3NA 2O69A 1II5A 2XXYA 4LZ8A 1R6ZA 4F3SA 3FATA 3LSWA 4MLVA 2RCAA 1FTOA 1ZKBA 5H8FB 1B52A 2I48A 2VP1A 3N5LA 4IO7A 5HBCA 3FVNA 4KCDA 2P0SA 2DQVA 3TFLA 1POY1 3RT8A 5DVJA 4DXBA 2O6AA 4NWDA 3BKIB 5TU0A 5F1QA 1MY2A 2HZLA 3LBSA 1NNKA 2CMOA 3CIJA 4YMBA 1I6BA 3E9XA 4DCXA 4OERA 5A5XB 1SW5A 3CG1A 4M4GA 3CFLA 5H8HB 1LFGA 4RK2A 1Y9UA 4NF6B 3TPAA 3H06B 3QXMA 3PUVE 3TDJA 3OSQA 3MVZA 4ESWA 4F2QA 4GF8A 4FEBA 4ZZAA 3B6TA 2I58A 1JW5A 1MQIA 1OLAA 3HO7A 2QSXA 2G29A 3TYHA 3CRBA 1B3EA 2D21A 2AL5A 3MPLA 4YKJA 3MJNA 4G4PA 5AA4A 4LZ5A 1P99A 1LB9A 5I2KB 1SVXB 3T93B 2V93A 3ZKLA 4F3GA 1IEJA 1J1NA 3KOSA 4X9TA 2PBWA 3M3FA 1H43A 1OIBA 4ZEFA 1AH5A 3QIMA 3RTFB 4R9GA 4GL0A 5DEXA 1H44A 4YB6A 1NH8A 3FGSA 2Z8FA 2ABHA 4Q5TA 4JWOA 5I2NB 1HSEA 3K4UA 1N7XA 1SYHA 2F36A 4O3BA 3LSFB 3QUFA 4BDOA 2F7AA 4LQ5A 2VD2A 2XXTA 3KZGA 3S4UA 4QRZA 1OVBA 3PD8A 4ZEBA 1Z7ME 4LA9A 4U4XA 1QUKA 5I57A 2QL3A 1EZPA 3UIFA 3V8XB 2ALUA 2PX1A 3R7XA 4GOTA 4G8MA 2OWTA 4JBZA 4UACA 4H8JA 3V83A 2XXVA 4DZ1A 2VGQA 1JW4A 3QAXA 3H7MA 3HHGA 2IA4A 3BFTA 3PUYE 3IR1A 3R6UA 3EN3A 1XVXA 5AE4A 4ESXA 4EQ9A 4AB5A 3JYRA 4E0XA 5CRYA 3FXQA 1XVYA 4IO6A 1FQAA 1FTKA 1I6AA 3Q27A 3DELB 1OQHA 1MXVA 1QJMA 3N26A 4RJZA 5DYHA 3PD9A 5L9OA 3O97A 4F19A 4YAHX 3IOTA 1BLFA 4X1BA 1GR2A 3B6QA 3N6TA 2LAOA 1MH4A 2Z22A 1DSNA 4LZ7A 5BUUA 3DP6A 1N04A 1OVTA 3FJMA 3IOWA 3G3IA 2DYXA 3T9XB 3PPPA 3T96B 3KJTA 1FQCA 1USYE 4N6PA 3OEMA 1MXZA 3FVGA 3E13X 2XXHA 1UTBA 4F31B 2A5SA 3KN8A 3FJ7A 1LB8A 1Y4CA 2NUVA 3RN8A 5ICTA 2I4BA 4GLIA 4C1TA 3SDFA 1MM7A 3PPRA 5DVIA 1PBQA 5H8NB 2F7CA 3PPQA 4LUBA 1OMPA 1VSOA 4ELQA 3H6WA 2RKMA 2YLNA 4G8NA 4OFLA 4F1UA 1YAEA 2Y84A 4HW8A 4RPOA 1NH7A 1IXCA 3M8UA 3FIRA 4FIMA 5ITOA 1EU8A 4XKPA 1YTVA 3T9UA 1MRPA 1ZIUA 3EHSA 1POTA 3JV9A 1B58A 2OJTA 4TOZA 4F22A 4R6HA 5JTYA 2F78A 5J1DA 3TTNA 3O29A 4XKQA 1MQDA 3FVOA 3Q28A 3VV5A 4RY1A 4DLDA 3OO9A 4R74A 2GHAA 2VD3A 3O6GA 1M5CA 4OFJA 1S7YA 1FQDA 4H67A 3PU5A 3M3LA 3EQ1A 4NF8A 1D9VA 4HS7A 1US4A 3PV0E 3U1OA 2DE2A 1A8FA 3SEUA 2GHBA 4NF4A 3MP8A 3UN6A 3FV1A 4Q30B 2R9JA 4X1DA 3IAZA 1B5IA 3C9HA 4F1VA 2DXYA 4F1YA 3B7DA 3O2AA 3TCGA 3ILUB 4LATA 3WAFA 2QS4A 3MW0A 3TQLA 3MQ9A 4IO3A 4F29A 1IXIA 3U92A 2D5WA 3IL1B 4EXKA 3FD3A 4GRKA 1B5HA 3LC8A 2F5XA 3KGCA 4K3FA 1R9LA 4F39A 2ZYMA 2D3IA 1P1OA 2HFBA 2UVJA 4P11A 1I69A 1SW4A 4R73A 3VXCA 1D4NA 4FECA 4OEUA 1B7HA 4XKRA 1P1UA 3Q25A 1NNFA 4L17A 3CVGA 5ELVA 2Z23A 2HAUA 1FTMA 2Q2CA 5I56B 5L8DA 4JSDA 3V89B 4GVOA 1FQBA 4G8HA 1MY1A 5A5XA 3CSGA 2DVZA 1LBBA 3GZGA 1DPPA 1MQJA 2O1LA 2DSFA 2I4CA 3MUQA 4LP2B 1JETA 5F7VA 4XXUA 2I0CA 1HSLA 4PFWA 5IAIA 1D9YA 5KDTA 1B05A 4BDMA 4I62A 1CB6A 1MY3A 4H65A 1UTHB 2QJEA 4EUOA 3S2VA 2QMWA 4IB2A 1LGBC 1LCTA 3LR1A 3H6TA 3C32A 4N07A 2DE3A 1UIUA 3O66A 1MDP1 1PDAA 4H5GA 1NFTA 3SEXA 2YJPA 4YZZA 2F6GA 1URGA 1FQFA 1TXFA 1Y1MA 5KZTA 4IGRA 5AA1A 3K6UA 3CI8A 3TAJA 4R2FA 3K6WA 3H6UA 4JXIA 3LUYA 5B7DA 3K6XA 5I2NA 3T9HB 1P1QA 1B3HA 3MVYA 1BP5A 1MDQA 5I58A 4R9FA 4RYAA 4GFRA 4ISUA 4R75A 1NL5A 1TFAA 2Y7WA 2ONKE 4G68C 3PGFA 3FUZA 4JWXA 4QF9A 3UP9A 1N7WA 1Q1KA 4WXJA 3HCQA 4YB7A 1CE2A 1QKBA 2HEUA 2F8DA 5M2VA 3KOTA 1RYXA 1B4HA 1MPDA 2DE4A 3T66A 3H6VA 4NMYA 2KLFA 3ODBA 3O6IA 5AA2A 1F9BA 2RCBA 2NVUB 3SESA 1SW2A 1LBCA 1B2HA 1M5BA 2R71A 4YB5A 3K2DA 3RUMA 5TP9A 4NF5A 4IO4A 1ZTYA 3C33A 4ZE8A 1B7ZA 1JNFA 1ELJA 2O7UA 2XD3A 1LSTA 2QPQA 3C34A 4PETA 5K2YA 4OESA 4OZ9A 2VOZA 3SEYA 2ANJA 5H8QB 3TKDA 4QSDA 1ZMGA 3MC2A 2O84X 5ISUA 3LSLA 4LONB 4Q8RA 5I84A 2RC9A 4XTCQ 1VFEA 2OWSA 3GXAA 2O1MA 2B3FA 2H5YA 4ONYA 1B40A 4OYVA 2HAVA 2THIA 1D3KA 3N94A 5DVFA 3S9LC 1ZLQA 4THIA 1MXUA 1TT1A 1AMFA 5H8NA 2REGA 3M3KA 4HCYA 2OZZA 1JEVA 1MXXA 4BDQA 4Z0IA 1Y4TA 2H9BA 4F2OA 1SW1A 1B5JA 4TQUQ 3W15C 4HTGA 1H3DA 3PMVA 1ATGA 4KYDA 1R9QA 3K1NA 3H03A 4QSEA 4XKNA 1JQFA 5FTHA 5FHOA 3HV1A 3TMGA 2ZXTA 5ITPA 2HQ0A 1P1WA 4EF1A 5KCJA 2A5TA 3K01A 4KR5A 4MBPA 1IIWA 3FXRA 2BJJX 5IKBA 5H8SA 4OMBA 1LCFA 3Q26A 4KHZE 2I49A 2I3WA 2F34A 2V3QA 3IK6B 4C0RA 2F97A 3C4MA 3Q29A 5FTIA 2ONSA 1QW0A 1BIYA 1R1NA 2PMSA 4PFUA 3IOUA 4PFTA 1A55A 4IGTA 3CFZA 2NXOA 2Q9TA 3VLVA 3G3KA 3KG2A 1JVYA 1GV8A 3IB0A 3IX1A 5DEXB 1MQHA 3IOVA 2DS9A 1IXHA 3PUWE 3OO8A 3UGWA 2DOJA 2AL4A 3AXFA 5CMMA 2Q2AA 4E0WA 2FYIA 3TCFA 4GQOA 2DWHA 4FATA 3RGYA 2V3UA 4F3BA 1PC3A 2GRVA 3W9VA 4Z7EA 3A09A 2DWAA 3MPKA 4OVJA 4AQ4A 3E4RA 5I57B 2B65A 1IXGA 5DT6A 3KN3A 1IUDA 1B51A 2O51A 3TUSA 3G3HA 4MF3A 4YMAA 2ZMBA 3U8QA 1O64A 1B9JA 3VLWA 3KN7A 3K1PA 1OQGA 2GH9A 2R6GE 4UA8A 1MH3A 2X7PA 3HPIA 4RA1A 4C1UA 3OEKA 1ANFA 3KSXA 1B32A 3H3GA 2E1SA 1LFIA 3VXBA 3KEIA 2XD2A 3QUJA 1PB7A 1M5FA 3MP6A 4U4SA 4R6YA 3MVWA 5I59B 3IJOB 5BWJA 1L5TA 2DWJA 2CZLA 2YPNA 3RLFE 1FTJA 5CBRA 5EHMA 3L6GA 3VFJA 2UYEA 1H76A 3ZKKA 1PBPA 1URDA 3PMWA 4NTLA 3OO7A 1VR5A 4JWYA 4R6KA 3PPOA 3BFUA 3IJXB 4LQ2A 4P0IA 3OELA 4EQBA 2PYYA 2Z8DA 1PB9A 2I6EA 3RTWB 1WODA 1UTBB 3N6UA 4OWDA 3OOAA 1S9TA 4GIZA 3A3UA 4JB7A 4EQ7A 1MPCA 2IEEA 3V5AA 2M8CA 3IB1A 2ZYNA 3I3VA 1O7TA 5CM6A 3DP4A 2HCAA 4KFQA 3G7WA 1TWYA 2UXAA 5ICQA 4OFOA 5B70A 4TLLB 4BDRA 4IY6A 2Z8EA 1UQWA 2UVHA 3L6HA 4GWOA 5H8FA 3IB2A 1JVXA 3TTMA 5TPAB 1SQYA 1N3WA 2X7QA 3H4ZA 1LAFE 4DE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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