1OLCA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with lys-lys-lys-ala
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structures of the oligopeptide-binding protein OppA complexed with tripeptide and tetrapeptide ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (binding protein/peptide)
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1olcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1olcA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1olcA02
4EUOA 2PBWA 3K0VA 3TKDA 2H4IA 2B65A 2XD3A 3H6TA 4ZZAA 1FTKA 2ZNTA 1SW2A 3HHFA 4RPOA 3HN0A 4ELPA 3RYBA 2UVGA 3PD8A 4GFRA 5DYHA 1YPNA 5K2XA 2XX9A 2D3IA 2ESNA 4DXBA 2FA7A 4NE4A 2F34A 4FJPA 1B0HA 2XX8A 3KN3A 4BDNA 1SBPA 3MPKA 3VXBA 1O7TA 4G68C 1IITA 1FQBA 2Q8JA 1SD3A 2DWAA 2OZZA 4GL0A 5J1DA 4OEUA 3DRJA 1M5BA 3OSQA 2RINA 3Q27A 4OVJA 4DCYA 4EXKA 2ONRA 3LSXA 4GVOA 1JETA 3OXNA 2X7QA 4F2OA 2OWTA 1P1QA 1JW5A 3CIJA 4EF1A 1NMUA 3O6IA 1ELJA 1BIYA 5ELVA 3TMGA 1QKBA 1LCFA 1M5CA 5AA1A 2RC9A 3PV0E 4EQ9A 3QXMA 3MW0A 3H03A 1B3GA 2DSFA 2VP1A 2XD2A 3FV2A 2QSXA 4QSEA 2OWSA 1Y3NA 3HCQA 4MH5A 4F18A 2DXRA 5BWJA 3TELA 1R9QA 3E3KA 3L6HA 1IIWA 4DDDA 5L9OA 3B6TA 2HFBA 5KCJB 3BKIB 4NF6A 3MP6A 3OO8A 3CG1A 4MBPA 3FJ7A 2Q2AA 5IKBA 2XXTA 1IXCA 1PDAA 1SQYA 3Q25A 1MXYA 4ZECA 2Z23A 3TFLA 1B7HA 1B9JA 1B3HA 3O97A 4O3CA 2P0SA 4XKPA 4IO5A 2F8DA 5AA4B 3TTMA 4FEBA 4YKJA 4IO6A 4I62A 4C1UA 1GTKA 4GIZA 3G3KA 4JSDA 3B6WA 3H6VA 3RUMA 1XHYA 5LOMA 1VR5A 3K6XA 4THIA 4P0IA 3PMWA 1LLSA 1Y4TA 3FUZA 5H8HB 3GBBA 3EPEA 3P7IA 4H5FA 1H43A 1S7YA 4LVQA 5CI5A 1TFDA 1RKMA 5KZTA 4DE8A 4YICA 1MS7A 4H8IA 3K1PA 5AA2D 3S9MC 5B7DA 4LZ5A 3RQTA 3FTOA 5H8NB 3O66A 4ZZEA 4OFLA 1B4ZA 3C31A 1MG1A 3PUXE 3MVWA 3KN7A 1US4A 3DP8A 1WVJA 3H3GA 3VVDA 3TPAA 3E4RA 1R1NA 4ELRA 2XXUA 2E1SA 2DQVA 3OEKA 5EHSA 1IQ7A 3C9HA 4XXUA 2GH9A 1BKAA 3D4GA 3EQ1A 3WAEA 2QMWA 4EXLA 2Y7IA 2GHBA 1B5IA 4E0WA 5TPAB 3VV5A 1LFHA 1NNFA 1MQHA 1NNKA 2NWJA 3SEVA 1B1HA 3FIRA 4GWOA 3R6UA 1DOTA 2BJJX 1MM7A 1LAGE 1SW1A 1IUDA 2XXQA 1JQFA 2D21A 4Q8RA 3MVZA 5F1QA 2DE4A 3PPQA 4UACA 3SEUA 4PFYA 5DVIA 1Y3QA 3CFXA 3PUZE 3F11A 2QS2A 4OETA 1JW4A 2HEUA 1A7LA 1JNFA 3MC2A 3LSWA 4NWDA 4N6PA 4NWCA 1Q35A 1N7XA 3UP9A 1JW1A 4MFIA 5FHMA 1LBCA 3ZS6A 4UA8A 3OO6A 3CI8A 3IR1A 1B4HA 3E13X 4ZDMA 2ZYOA 3OD7A 5CBSA 5TU0A 3Q26A 3C4MA 4TOZA 4E0XA 1I6QA 2A5TA 2F97A 1DPPA 2Y7PA 4YAHX 2E0SA 4IO4A 4QHQA 2THIA 1MPBA 5DEXB 4R2BA 1MY4A 1USYH 1J1NA 1POTA 3IOWA 2CZLA 2G29A 3FXRA 1IZ1A 1MQGA 4N13A 4U4SA 5I59B 2PYYA 3HHGA 2ANJA 3JZJA 4ESXA 2Y7KA 3KOSA 1CE2A 1B6HA 3M3FA 2CMOA 2XXIA 4HS7A 3UIFA 2DE3A 4LZ7A 1OVBA 2W7YA 3T9VA 3I6VA 2Q9TA 2QS1A 1ZMGA 3RTWB 4G2ZA 3QSLA 4IGRA 3DRKA 2DVZA 4QFNA 3S9NC 1B46A 1OQGA 3N6TA 4H1XA 5AA2B 3D4CA 4F39A 1RYOA 2I3WA 3R7XA 1MH4A 1URGA 3ILTB 4KYDA 3LR1A 3S9EA 3A3CA 3GZGA 2Q88A 2ONKE 4C1TA 4G8NA 3V5AA 1ZTYA 3IB2A 3VXCA 4RK9A 2I3VA 4JBZA 2XXRA 2QS4A 3IX1A 3TDJA 3VE1B 1XVXA 3OEMA 4XKNA 5CMKA 4RA1A 1TXFA 4ECFA 4KCCA 3G7WA 3V83A 1F9BA 1NNTA 2P1SA 4ELQA 3FD3A 4OWDA 5DTBA 4NF8A 5TP9B 1SVXB 1YAEA 2KLFA 1XS5A 5ICTA 2F6GA 3DLNA 1N0TA 1B5JA 4QF9A 4X48A 5FHOA 4NF5A 3VVFA 1QUIA 4O3BA 1P99A 1R9LA 4OESA 4X1BA 1QULA 1URSA 4LATA 1D3KA 4JDFA 3TTRA 3UGWA 3N94A 4GRKA 5I2KB 3PUYE 5JTYA 1R6ZA 4OFOA 3GXAA 3TCHA 4R6KA 3U94A 3KOTA 1FQEA 3CG3A 4F1VA 4JB7A 3K02A 5CMCA 5DT6A 1S50A 2O7UA 4KD5A 3TTNA 3ECRA 2UVJA 1PBPA 2M8CA 4PE5B 2F7AA 1P1NA 4O3AA 4POWA 3K6WA 3ZKKA 3IJOB 4F3BA 3SEWA 4QFPA 1OMPA 2H5YA 1XT8A 2QJEA 2PT2A 1NKXA 3VLVA 5CMBA 3T96B 1D9VA 5DVFA 1QW0A 2I49A 1LSTA 1MXWA 2V25A 4WXJA 4F3SA 2P2AA 3IL1B 5I58A 3DRHA 4QFKA 4IO3A 3CFLA 2QS3A 3LVUA 4TLLB 3QYTA 4H0WA 3FXQA 1NFTA 1FTJA 2B4MA 3BFUA 2VD2A 4LUBA 4H6DA 4EF2A 1QUKA 4F3PA 3DRIA 4R9FA 4NTLA 1OLAA 4XKRA 4U4XA 2WOKA 1LB9A 5H8QA 1O63A 2OBGA 1UTHB 3TEPA 3TQLA 1MQDA 1B52A 5CRYA 4FORA 4OFJA 3SEXA 5AA3A 1BLFA 3CFZA 4NF6B 1SYIA 2HZLA 2ZNUA 2F36A 2NVUB 3GLBA 4WKMA 2I0BA 4EDPA 3MZBA 1FTLA 3K1MA 1NH8A 3PMVA 3RYAA 3CSBA 3KGCA 2HXWA 4I1DA 1N3WA 3C32A 4GF8A 3RLFE 5H8FA 4RNSA 2Y7RA 1MDQA 1A55A 2XXXA 1EZ9A 3DM0A 1II5A 2B4LA 4F19A 1LAFE 4BDMA 4F22A 1A8EA 1O64A 3MZ9A 3GBAA 4R6YA 3K4UA 4WEDA 3DRGA 4NF4A 2OK2A 1Y20A 2HZKA 2XXYA 3FV1A 1DSNA 3M3LA 4NEDA 3OOAA 4IY6A 3C34A 2Z8DA 1MQIA 3SEYA 4I9DA 1US5A 5AA4A 4HCWA 3PPOA 1LB8A 4F31B 2GFEA 1SW5A 4AB5A 1S9TA 3V8XB 4G68A 3EHSA 1FQDA 2XXPA 3W15C 3RTFB 4BDOA 1P1WA 1UTBB 3W9WA 4R73A 1B0LA 2DWIA 1MXVA 3A3UA 4R72A 3FVOA 3KZGA 2REJA 1LAHE 1UQWA 1GV8A 4R74A 1FTOA 2WOPA 2NXOA 3TYHA 3K2DA 3KJTA 3U1OA 1PC3A 3QUFA 1MXUA 5M2VA 4ZEDA 3FVKA 4KCDA 3TUSA 2H9BA 3RT8A 1SI1A 2IA4A 1QKAA 2F7BA 1SW4A 1FQAA 2HCAA 3N5LA 2QRYA 4OZ9A 4PQJA 2VD3A 1B3FA 2RC7A 4GQOA 4G4PA 2RF1A 1AIVA 3KN8A 3VLWA 3TQWA 4K3FA 3CSGA 1DTGA 3IO6A 1YCJA 4POXA 1BP5A 3AXFA 4LA9A 2YLNA 5A5XA 3E9XA 4FATA 4PP0A 3QK6A 1MPCA 2ZYKA 4F2QA 4H65A 1MY1A 5BUUA 2PX1A 3PUWE 2OLBA 3KEIA 1SI0A 1QJMA 1XC1A 3RY3A 1AH5A 2Y7WA 4GLIA 2O1MA 2A5TB 2AL5A 3U8QA 2I48A 5ITPA 3KJ7A 4X1DA 3DRFA 1MY0A 3KBRA 2RCAA 5HBCA 3JV9A 5EYFA 2HQ0A 1D9YA 3PPRA 2O84X 3PUVE 5I56A 5CBRA 2O51A 5ICQA 3B7DA 1EH3A 1H76A 2O7IA 1JVYA 1LBBA 3U92A 3KSJA 1Y9UA 3CRBA 4FE8A 4Z0IA 2F78A 3SESA 3VLUA 4G77A 4QRZA 3S4UA 1Y3PA 5I57A 1UIVA 3OENA 3TCFA 4P11A 4QSDA 2V93A 5KDTA 5F7VA 1B32A 3UK4A 3DP6A 3TODA 1FCKA 3LSLA 4U22A 4ZEFA 3T22A 3DP4A 3CR9A 2G93A 4AB6A 4FAJA 4F3GA 2FNCA 3SKPA 4IO2A 3VDFA 1MM6A 4ND9A 3OMBA 3HV1A 3U93A 1B51A 4JXIA 4NF8B 4HW8A 5IAIA 4RYAA 2UXAA 4OTEA 4DIGA 1M5DA 4G8MA 2HAVA 2B3FA 2V3UA 3FGSA 1B1XA 3A09A 3IB0A 4YZZA 2Q2CA 4NF5B 1Z7ME 3O2AA 4PFTA 1B58A 1WODA 2Q89A 2XXHA 1CB6A 4YMAA 2RKMA 4HCYA 4P0GA 1A54A 3RNNA 1B3EA 5JTYB 1LFIA 3ILUB 4ZEBA 3IOTA 2YJPA 3MPLA 5B70A 3T9UA 1H45A 2O1LA 3PPNA 2UYFA 3THIA 5ISUA 2XXVA 3MP1A 1RYXA 4GL8A 1YTVA 3TCGA 4ZE8A 1N84A 3K01A 1M5FA 4BLAA 2X26A 4JSOA 2O68A 3H4ZA 1OIBA 3PD9A 2ZXTA 3EF7A 3IAZA 1AL3A 4DZ1A 4BDLA 3S2VA 2HAUA 4OYVA 5EHMA 5I2NA 4PETA 1ZJLA 2QMXA 3Q29A 2WOLA 3K6UA 1SDXA 3BBRA 1ZBMA 4KHZE 1FTMA 1T0KA 1PBQA 4ELOA 4YB6A 4I8CA 5I58B 4IO7A 1MPDA 1EZOA 1HSEA 4LONB 2PMSA 2D5WA 1I69A 3KFMA 2X7PA 4YU0A 4JWOA 4RJZA 3O9PA 1MRPA 2AIXA 3DELB 4U21A 2R6GE 3PGFA 5JEIA 4Q5TA 1LAXA 3QUJA 1MXZA 3KSXA 5L8DA 4OERA 2GRVA 3CHGA 2NUVA 1N7WA 4NMYA 1ZIUA 1SYHA 4OENA 2ZNSA 2VGQA 4R9GA 2ZYNA 1H44A 4U2RA 5CM6A 2XX7A 3G3FA 1HSLA 4QFOA 2R71A 5H8QB 3RT6B 3OO9A 2DVCA 3RGYA 1WDNA 2I0CA 2XXWA 4JWYA 1DMBA 4IY5A 5L9SA 4YKPA 4N07A 3HO7A 3T9HB 4GXSB 4U1ZA 4DXCA 2AL4A 2H25A 1B05A 3FVNA 2AYSA 1PB7A 1Y4CA 3K6VA 2QPQA 3ZSFA 1ATGA 1USYE 2UVIA 3FATA 3LUYA 2I4CA 4RPNA 3QAXA 5CC2A 1PB8A 1FW0A 4Z7EA 3IB1A 3ODBA 2UVHA 5H8FB 3IOUA 3JYRA 2ONSA 3ONMA 3MUQA 3IJXB 3RN8A 3PAMA 4OQOA 2Z8EA 4R75A 4JWXA 3OELA 3FVGA 1UTHA 1PEBA 3MVXA 4M1VA 3MVYA 3O6GA 2OCUA 2DWHA 5H8SA 3C33A 4KQPA 3EHTA 3EN3A 4X9TA 4NF4B 4EQBA 5AE4A 1AMFA 4R6HA 1I6AA 1QVSA 4OMBA 4BDRA 4XKQA 1B7UA 1P1UA 1B5HA 4GXAA 5KCJA 3WAFA 4G68B 3N6UA 1BTJA 2LAOA 2VHAA 3K1NA 2R9JA 4F1YA 3OO7A 3TTKA 3SETA 2FYIA 1MQJA 1TT1A 1ZKBA 2I58A 3IOVA 4R2FA 4GOTA 3IK6B 4YMBA 3TZAA 5K2YA 4YB5A 1NNPA 2DOJA 3RPWA 4KPTA 1B40A 3O6HA 3M8UA 3T66A 4ZEIA 4G8HA 1OQHA 4MF3A 3EHUA 5FHNA 1MDP1 4H67A 4KYEA 2F7CA 3SERA 2V84A 3ZKLA 4YKKA 2QL3A 1DPEA 1N3XA 2PVUA 2XHDA 4C0RA 5H8HA 4HTGA 4RK2A 4QSCA 3H06B 2YPNA 3N26A 4OHNA 4LZ8A 4YB7A 3O29A 4KFQA 1MXXA 1UIUA 4KYSA 3FXUA 4FEDA 3U72A 4F1UA 4DLDA 3H6UA 1NH7A 3S9LC 4ZEKA 2VOZA 2O69A 4TLMB 3FJMA 1UTBA 5H8NA 4LQ5A 1POY1 4AQ4A 2H98A 5DVJA 3MJNA 1I6BA 3G3HA 4MLQA 3PMXA 1Y1MA 1A99A 4XIGQ 1IXIA 4ISUA 3MZ1A 3I3VA 1LCTA 4Q0CA 3TTLA 5A5XB 1L5TA 5I84A 1FQCA 1OLCA 4Q30B 4EQ7A 2Y84A 3IORA 2ZYMA 1GGGA 1GR2A 1N76A 1HSJA 2V3QA 1A40A 3PU5A 1ZU0A 3VVEA 4IB2A 5TPAA 1B3LA 3UN6A 4RY1A 3FJGA 4YKIA 3R26A 3H7MA 4DCXA 1IXGA 2REGA 3B6QA 4ONYA 3G3JA 3VFJA 3IO4A 4BDQA 3USDA 2WKYA 3CVGA 1Z7NE 2B3BA 4LP2B 1JEVA 3QIMA 1NL5A 4ZS9A 2Z22A 3OSRA 4ESWA 2ALUA 4U23A 5I56B 2RC8A 4OXVA 1DTZA 3MAMA 1Y1ZA 2DWJA 3MQ9A 1P1OA 5I57B 1XOCA 4F29A 3FASA 3LC8A 2DYXA 1VFEA 2F35A 1KWHA 3FZVA 3C36A 2H99A 3HPIA 2F6PA 5KDTB 1JVXA 1ANFA 4GD5A 1LGBC 1TFAA 4KR5A 4KI0E 3UA8A 2V3TA 4PFWA 2NOOA 2Z8FA 4H8JA 4OEVA 5ITOA 2OJTA 3T9XB 1H3DA 2I6EA 1GVCA 1Q1KA 3H6WA 1VFDA 1PB9A 1IXHA 4QFLA 5DEXA 1XVYA 2A5SA 3Q28A 3LBSA 1MY2A 4H5GA 1FQFA 1URDA 4WEPA 5I59A 5L9MA 3L6GA 4LQ2A 4ZE9A 3PPPA 4TQUQ 3SDFA 5FTHA 1OVTA 5FTIA 2DP8A 5HM4B 2DS9A 3MP8A 4L17A 4XTCQ 1M5EA 5JK4A 3I5OA 3C35A 3BFTA 3LSFB 4IGTA 5AA2A 3MBPA 2I4BA 5CMMA 2F5XA 5HPQA 2GHAA 3V89B 2O6AA 2IEEA 2RCBA 3KG2A 2PT1A 4MLVA 3MWBA 1IEJA 3O28A 3O6PA 1MY3A 1ZLQA 1B2HA 1MH3A 1LFGA 1EU8A 2ABHA 3T93B 3W9VA 3M3KA 5I2NB 5TP9A 3G3IA 2DE2A 4FIMA 1AOVA 1A8FA 1VSOA 1EZPA 1VE4A 3HSTA 3G3GA 4DXUA 1JEUA 4M4GA 4RXLA 4U1OA 1N04A 1B7ZA 1TWYA 2DXYA 1D4NA 2UYEA 4PFUA 2ZMBA 1QUJA 3TAJA 5I2KA 4FECA 3UORA 3K00A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EUOA 2PBWA 3K0VA 2QVUA 3TKDA 2H4IA 4NN3A 2B65A 4PDDA 1NV0A 2XD3A 3H6TA 4ZZAA 1FTKA 2ZNTA 1SW2A 3HHFA 4RPOA 5I3SA 3HN0A 4ELPA 3RYBA 2UVGA 3PD8A 4GFRA 2XWVA 5DYHA 1YPNA 5K2XA 2XX9A 2D3IA 2ESNA 4DXBA 2FA7A 4NE4A 2F34A 4FJPA 1B0HA 2XX8A 3KN3A 4BDNA 1SBPA 3MPKA 3VXBA 4GX4A 1O7TA 4G68C 1IITA 1FQBA 2Q8JA 1SD3A 2DWAA 2OZZA 4GL0A 5J1DA 4OEUA 3DRJA 1M5BA 3OSQA 2RINA 3Q27A 4OVJA 4DCYA 4EXKA 2ONRA 3LSXA 4O7MA 4GVOA 2FHYA 1JETA 3OXNA 2X7QA 4F2OA 2OWTA 1P1QA 1JW5A 3CIJA 4EF1A 1NMUA 1FSAA 3O6IA 1ELJA 1BIYA 4OVRA 5ELVA 3TMGA 1QKBA 1LCFA 4N15A 5I5PA 5ET6A 1M5CA 5AA1A 2RC9A 3PV0E 4EQ9A 3QXMA 3MW0A 1K9YA 2P3VA 3H03A 1B3GA 3RPLA 2DSFA 2VP1A 2XD2A 5T3JA 4GBVA 5IGAA 1RDZA 3FV2A 2QSXA 4QSEA 2OWSA 2QFLA 1Y3NA 3HCQA 4I40A 4MH5A 4F18A 2DXRA 5BWJA 2CEXA 3TELA 1R9QA 2GQ1A 3E3KA 3L6HA 1IIWA 4DDDA 5L9OA 1BK4A 3B6TA 2HFBA 4MAGA 5KCJB 3BKIB 4XF5A 4NF6A 3MP6A 1FTAA 3OO8A 3CG1A 4MBPA 3FJ7A 2Q2AA 5IKBA 2XXTA 1IXCA 1PDAA 1SQYA 3Q25A 1MXYA 4ZECA 2Z23A 3TFLA 1B7HA 1B9JA 1B3HA 3O97A 4O3CA 1NV3A 2P0SA 4XKPA 4IO5A 2F8DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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