1PBPA

Fine tuning of the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor: site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
EASLTGAGATFPAPVYAKWADTYQKETGNKVNYQGIGSSGGVKQIIANTVDFGASDAPLSDEKLAQEGLFQFPTVIGGVVLAVNIPGLKSGELVLDGKTLGDIYLGKIKKWDDEAIAKLNPGLKLPSQNIAVVRRADGSGDSFVFTSYLAKVNEEWKNNVGTGSTVKWPIGLGGKGNDGIAAFVQRLPGAIGYVEYAYAKQNNLAYTKLISADGKPVSPTEENFANAAKGADWSKTFAQDLTNQKGEDAWPITSTTFILIHKDQKKPEQGTEVLKFFDWAYKTGAKQANDLDYASLPDSVVEQVRAAWKTNIKDSSGKPLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fine tuning the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor. Site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies.
pubmed rcsb
molecule tags Phosphate transport
source organism Escherichia coli
molecule keywords PHOSPHATE-BINDING PROTEIN
total genus 112
structure length 321
sequence length 321
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-07-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA02
2ONKE 3JZJA 3FUZA 4NF8A 2DQVA 2ZXTA 3Q27A 1MQHA 1CB6A 4KPTA 3N6UA 4OWDA 3K6UA 1MY2A 3PMXA 2ANJA 3N94A 3S9EA 1ANFA 1WVJA 5AA3A 4PQJA 1B0HA 5CMCA 1LCTA 3A09A 1SI0A 3MZ9A 1B1HA 4ESWA 3JV9A 4R9GA 1DMBA 4RA1A 3V89B 5ELVA 3THIA 3FASA 4N07A 4POWA 3VVFA 2YLNA 2GHBA 1MY0A 2BJJX 4FE8A 1PDAA 2O6AA 2Z22A 1IEJA 2UVGA 3TFLA 4R6HA 3SEYA 4RPNA 1B7HA 4O3CA 3OEMA 5AA4B 1ZKBA 4ZEBA 3V8XB 3G3GA 4LP2B 4NMYA 3C31A 2I49A 1H44A 3MWBA 2DWAA 4RK9A 1JW1A 2OZZA 3H6WA 3K00A 3V83A 4IGTA 1VFEA 1ZTYA 3B6QA 4ONYA 1B7UA 3SEUA 4NF6A 3TQLA 4P11A 5A5XA 3K6XA 4FEDA 1A99A 3KOSA 2Y84A 1B6HA 2UVJA 1F9BA 4M1VA 3FV2A 3MZ1A 3UGWA 4IO3A 3MZBA 4XKNA 2RF1A 2A5TA 1FTLA 3TPAA 3H4ZA 2H9BA 1A54A 3PPRA 4FORA 1JW4A 4ND9A 4WEDA 3EHUA 5B70A 1SQYA 4FATA 1M5CA 2I0CA 2ALUA 2Y7RA 5F1QA 3MVXA 2A5SA 4YKPA 2G93A 3SETA 1OQGA 3RGYA 2DE3A 4YKIA 2I4BA 3PD9A 4ZE9A 5F7VA 1TXFA 4FEBA 3HPIA 2YPNA 4NWDA 2ZYOA 1Y9UA 5J1DA 2Z23A 3OO6A 4ELPA 2ZYNA 2I3VA 3W9VA 4WKMA 4KD5A 3KJTA 1N76A 2Q8JA 4RNSA 2F8DA 5DVJA 3G3KA 1FQFA 3OENA 1B3GA 4KFQA 2Q9TA 3FXQA 3SEWA 3RLFE 2P1SA 3TODA 3FV1A 3GLBA 3E4RA 3HHGA 2DSFA 3HSTA 1B5JA 1QW0A 3K1MA 2DWHA 1B3FA 4GLIA 3TELA 2I48A 3KN7A 1Y3QA 3GXAA 1FTKA 2VD3A 3K0VA 4THIA 3QUJA 4I1DA 5DYHA 4ECFA 2H25A 1B9JA 4C0RA 1BIYA 1FW0A 4AB5A 1QKAA 3KBRA 1OVTA 3E3KA 4OTEA 2O69A 2IEEA 4IO7A 1QKBA 1POY1 2OK2A 1YCJA 4F18A 3S4UA 3VVDA 4Q0CA 1MY1A 2DVCA 3GBBA 3AXFA 1N04A 3RT6B 3EF7A 1LB8A 3OXNA 3TAJA 2REGA 3IJOB 2Z8FA 3G3FA 2ZYKA 2F7BA 4DE8A 1SYHA 2O1MA 2GH9A 3TTKA 4OFOA 4ELQA 1M5EA 1LFHA 2OWTA 3IOUA 3KEIA 1B4HA 5H8QB 3CSGA 1H3DA 2F35A 2F36A 4H67A 4X48A 4IGRA 1B3EA 3I3VA 1IQ7A 1AMFA 5AA4A 3KGCA 4U1ZA 2R9JA 3IR1A 3FVNA 3IOTA 5CRYA 3PPPA 2ZNTA 4QF9A 2W7YA 4G8NA 4C1TA 4XKPA 3G3JA 5ICQA 4F39A 4LQ2A 2FYIA 1ZLQA 4JDFA 3TTLA 3TTMA 4YU0A 3UK4A 3I6VA 1IUDA 2F7CA 5HPQA 4DCYA 3O28A 2UXAA 4F2QA 3OO9A 4IB2A 2O68A 1NKXA 1T0KA 1SW2A 1RKMA 3FJ7A 4NTLA 4EXLA 1N3XA 3N26A 1IZ1A 1B05A 2Z8DA 2V84A 3EHSA 3LC8A 4NF4B 2V25A 5DEXA 1US4A 4IO4A 1IITA 2XX8A 5ICTA 3LR1A 3FZVA 3F11A 2Y7PA 4U4XA 5CMMA 3E9XA 1LAFE 5EYFA 1IXGA 3R6UA 1TFAA 2XD3A 2XXXA 2KLFA 3OOAA 4GOTA 4LA9A 1BLFA 4RY1A 1B4ZA 2DOJA 4GXSB 1QVSA 5KZTA 2V3QA 5TP9A 2QS2A 4LONB 2UYEA 2NVUB 5FHOA 1YAEA 1IXIA 4RYAA 2P2AA 4XXUA 4R2FA 4RJZA 4PE5B 1LCFA 2F7AA 4QFKA 2DWJA 1QUJA 1MH4A 5DVIA 5I58B 5B7DA 4P0GA 1J1NA 3CSBA 3MVYA 3IJXB 1FCKA 4GQOA 2OBGA 5CBSA 1N7WA 2XXIA 4QSCA 5KDTB 3K2DA 3D4CA 3MJNA 2UVHA 3ODBA 1FQCA 1ATGA 3P7IA 3PUXE 2F6PA 4RXLA 3BFUA 1NH8A 4JB7A 3T9VA 3T9UA 4H0WA 3U8QA 4R75A 3KSXA 3GBAA 5I56B 1OIBA 4X9TA 2V3TA 4OEUA 4RPOA 2Z8EA 4BDLA 1OLCA 3RY3A 4HCYA 5ITOA 1PB8A 4R72A 4BDRA 1D9VA 3DLNA 1S9TA 4Z0IA 2I3WA 4M4GA 4Q8RA 1EZOA 3RTFB 4LZ8A 2D5WA 3PUVE 3K1NA 4G4PA 2QRYA 1L5TA 5BUUA 1UIVA 1LAXA 3QSLA 1Y20A 3IL1B 2Y7KA 1MQJA 4DIGA 2OJTA 1MM7A 4U22A 3LSLA 4FECA 3DP8A 5CM6A 3H6TA 4F1YA 2HAVA 2XXUA 1MS7A 5EHMA 5K2YA 4QFPA 4EF2A 3B7DA 3EQ1A 3VLUA 3IK6B 1P99A 1MXVA 4ZZEA 2ZNSA 4OQOA 3O6GA 4OMBA 1YPNA 5JTYB 1MQGA 5CMKA 3TEPA 1VSOA 4ZZAA 4EF1A 3T9XB 3MP8A 3D4GA 4GVOA 4R74A 4G2ZA 4IO2A 1A40A 3MQ9A 3VLVA 4ZEIA 3ZKLA 4POXA 2I6EA 3GZGA 4PETA 5BWJA 4Q30B 1BKAA 3PUZE 4QFNA 1GR2A 1SVXB 2XXYA 2PT2A 3R26A 5FHMA 5HM4B 4YB7A 1URDA 2HFBA 4YAHX 4X1DA 1IXHA 3CI8A 1MY4A 1RYXA 2Q2CA 1FQDA 1R6ZA 3K02A 3MC2A 4PFTA 3UORA 4F19A 4MLQA 3BKIB 1B40A 2AL5A 2F78A 5DT6A 4JWXA 2R71A 1H76A 3HHFA 4HW8A 5KCJB 4AB6A 1XS5A 1LGBC 4YKJA 2VOZA 1MDQA 3FVGA 3VXCA 2H98A 1POTA 1JVXA 3K6VA 1B32A 3RT8A 3DP6A 5I58A 3KSJA 5I2KB 2DE2A 2GRVA 2F34A 1M5FA 5H8HB 3VDFA 2OWSA 4OFJA 4YZZA 3PPOA 2QS3A 5TPAB 2ESNA 1WODA 3KJ7A 5KDTA 3Q26A 4TLLB 4XKQA 5L8DA 1HSJA 3O6HA 3MVWA 1ZMGA 4OETA 1SW1A 4BDNA 3FATA 1JW5A 1LBBA 2DVZA 2PBWA 4DXCA 1N7XA 3TZAA 2Q88A 5I84A 4KYEA 3MP6A 4NF5B 4ZE8A 3RTWB 2OCUA 1B3LA 3T66A 2Y7WA 1DTZA 4DDDA 5AA2B 3PMWA 2O84X 2YJPA 3RUMA 3O29A 1FQBA 3MVZA 1TFDA 4MBPA 2ZMBA 1XOCA 3FJMA 3HO7A 1I6QA 5I57B 3QXMA 1Q1KA 1URSA 1LSTA 1RYOA 4GFRA 4ISUA 3UA8A 3IORA 1O64A 3TCFA 4YB6A 3CFLA 1SBPA 3DP4A 1Z7ME 3CIJA 2PVUA 3K6WA 5L9MA 4L17A 3EN3A 5CC2A 2UVIA 3K4UA 1MH3A 3VFJA 1MRPA 2PYYA 5CBRA 4UACA 5JTYA 2FA7A 1USYH 4GL0A 4ZDMA 4JSDA 4I62A 4Q5TA 4ELOA 4OEVA 3G3IA 4LUBA 3OSRA 4PFUA 1OMPA 1QUIA 3HCQA 3VV5A 3HV1A 3IX1A 5I2NB 3N5LA 1JNFA 2GFEA 4QSEA 5CMBA 4K3FA 1DSNA 3EPEA 4FIMA 3A3CA 3PGFA 4ZS9A 1UTBB 1GV8A 5FHNA 1N3WA 3QUFA 2NXOA 3H7MA 3CG1A 1D9YA 4Z7EA 1M5BA 1MM6A 3SEVA 3MW0A 2DWIA 3G3HA 4H65A 2ONRA 3SKPA 1OLAA 5KCJA 1P1UA 1MY3A 4H1XA 3VVEA 4LATA 3QIMA 3FD3A 3CRBA 4YB5A 4N13A 3IAZA 3PV0E 4LQ5A 1ZU0A 4YMBA 1SW5A 3U1OA 5H8HA 2HEUA 3PUYE 1B46A 2QS4A 5TPAA 3WAFA 4U21A 1B5IA 4NF6B 3VE1B 3O9PA 2AYSA 5AA2D 2CZLA 1UIUA 3Q28A 4G68B 1ZIUA 4DXBA 1P1WA 4LZ7A 2XXQA 3U72A 4O3AA 1P1QA 1D4NA 4OFLA 2RC8A 2A5TB 1NNTA 3C35A 1MXUA 3V5AA 4KHZE 3SERA 2NOOA 5TU0A 1NFTA 2F6GA 3SESA 4YMAA 1FTMA 1WDNA 4XKRA 2HQ0A 4OVJA 3B6WA 1HSEA 1N0TA 5K2XA 1II5A 5AE4A 1AOVA 4GWOA 3ILUB 2CMOA 1SYIA 2AL4A 1EZPA 4FAJA 2HAUA 4F1VA 4KCDA 4IY5A 2PMSA 4R73A 3TUSA 2UYFA 5I57A 2RCBA 1Q35A 1GGGA 4EQ7A 3FXUA 1H43A 1MQIA 4E0XA 4F22A 3OEKA 5M2VA 4IO5A 1NNPA 4F3PA 3HN0A 1Y1ZA 1R1NA 3PD8A 2D3IA 1NH7A 3FGSA 2NUVA 4JBZA 4U4SA 4ESXA 4IY6A 2HXWA 3EHTA 4F3BA 2RINA 4G68C 1FQAA 1B0LA 1ZBMA 2ZNUA 2QMWA 4YICA 3LSFB 4MFIA 4FJPA 2V3UA 2O7IA 2REJA 2VGQA 2I4CA 3LBSA 3VXBA 1ZJLA 1OVBA 4P0IA 5H8QA 1NMUA 1MXXA 4JSOA 2O51A 3OSQA 4ZEDA 1S50A 5IAIA 4R6YA 5FTIA 3TKDA 3E13X 1MPCA 4MLVA 3I5OA 5I2NA 4EUOA 4DZ1A 1JETA 2I0BA 1FQEA 3DM0A 1B3HA 3FXRA 1PB7A 2RC7A 2GHAA 3QK6A 1UTBA 3S9MC 2QMXA 4BLAA 3Q29A 1B5HA 1XVYA 1UTHB 2OLBA 3JYRA 2WKYA 3DELB 1QUKA 4TOZA 1IIWA 3T93B 5DTBA 4RK2A 2B65A 2R6GE 3MAMA 1CE2A 1GTKA 4NF4A 2LAOA 5H8FB 3CFZA 2ONSA 4F29A 1PBQA 5L9OA 1D3KA 2XXTA 3KFMA 1JEUA 1USYE 3IB1A 3MPKA 4OERA 3N6TA 1N84A 2XXVA 1XVXA 3H6UA 3M3LA 4EQ9A 3W9WA 4GD5A 3FIRA 1NL5A 2HCAA 1HSLA 1TWYA 2Y7IA 1VE4A 3S9NC 1SW4A 2X26A 4ZEKA 3RPWA 4U2RA 3L6GA 4WXJA 2VD2A 2ABHA 3H3GA 4NEDA 4G68A 4H5FA 1BP5A 3M3FA 3OO8A 4LVQA 3VLWA 4QFLA 4QRZA 3O6IA 1P1OA 2DS9A 4U1OA 5ITPA 1XC1A 2DYXA 1JVYA 2THIA 3U92A 1I6AA 5H8NB 3S9LC 2DXRA 1XHYA 4OYVA 3A3UA 4IO6A 4H6DA 4UA8A 1QJMA 5DEXB 2PT1A 4DLDA 1IXCA 4BDQA 3MUQA 1B7ZA 2XXRA 4EQBA 3FJGA 1VR5A 2X7PA 2AIXA 1PEBA 2F5XA 1SD3A 3L6HA 3ZKKA 1B2HA 3CR9A 4BDOA 3UN6A 5I56A 2V93A 5TP9B 1LB9A 4OZ9A 3TTRA 4EDPA 3K1PA 4F3SA 3C4MA 1PBPA 4NWCA 1JQFA 1EU8A 3U93A 3T96B 1P1NA 1FTJA 3M3KA 3IB0A 1O7TA 3T22A 3TQWA 4KQPA 4OENA 3ONMA 2RC9A 3TTNA 3C34A 2Q2AA 4NE4A 3BBRA 1URGA 3MP1A 4OESA 1I6BA 2RCAA 3O66A 4ZECA 1AL3A 3RN8A 2H99A 2IA4A 5EHSA 1MQDA 3TYHA 1M5DA 3BFTA 2PX1A 3UIFA 4HS7A 4JWOA 4PFWA 4C1UA 3KOTA 2QJEA 1A8EA 1LLSA 4R2BA 4QFOA 1Y4CA 4HTGA 4N6PA 1MXWA 4JXIA 3LUYA 4R6KA 2HZKA 2E1SA 1LBCA 1US5A 1YTVA 1B58A 3ZSFA 2DP8A 1VFDA 4LZ5A 4AQ4A 3USDA 1GVCA 3ECRA 5AA1A 3IO6A 1O63A 3IB2A 2P0SA 2ZYMA 3CFXA 2QPQA 2XXWA 3C36A 4GL8A 3KN3A 5HBCA 5I59B 4G77A 4NF8B 1S7YA 3G7WA 5JEIA 4H5GA 4GXAA 3ZS6A 1UTHA 1Z7NE 3Q25A 3S2VA 3OELA 3C32A 2O7UA 1LFGA 4F31B 1MXZA 1A7LA 4GRKA 1OQHA 3M8UA 1QULA 4MH5A 3FVKA 2NWJA 3TCGA 5H8FA 3W15C 2QSXA 4I9DA 3TDJA 3QYTA 4I8CA 2XX9A 1AIVA 1MPDA 1MPBA 2XD2A 1Y1MA 2D21A 4G8HA 1MXYA 2XX7A 3PPQA 1UQWA 3K01A 4U23A 3O97A 2E0SA 4GF8A 3U94A 4XTCQ 4R9FA 2DE4A 3H06B 2XXHA 2QS1A 1I69A 1PB9A 3TMGA 3C9HA 3IOVA 1NNKA 1DTGA 1PC3A 3IOWA 4QSDA 2F97A 5H8NA 5I2KA 2M8CA 1XT8A 4OXVA 1DOTA 1JEVA 4GIZA 1SI1A 1TT1A 4KYDA 4PP0A 1Y3NA 2VHAA 3ILTB 1B52A 2H4IA 4KI0E 1A55A 3RQTA 5A5XB 2B3FA 5IKBA 1KWHA 1EH3A 3QAXA 4H8JA 2H5YA 5FTHA 3R7XA 4ZEFA 4F3GA 4X1BA 3SEXA 3RNNA 1DPEA 4QHQA 3KG2A 4WEPA 5LOMA 5ISUA 1LAHE 1R9QA 1NNFA 3H6VA 3C33A 1Y4TA 4KR5A 3T9HB 1MG1A 1R9LA 4PFYA 4E0WA 4NF5A 3PU5A 4H8IA 3CVGA 4TLMB 4XIGQ 4OHNA 2I58A 3PPNA 3LSWA 3H03A 4DXUA 3LSXA 3MPLA 3KZGA 1MDP1 3B6TA 5AA2A 3OMBA 3KN8A 3SDFA 1BTJA 2Q89A 1B1XA 3OO7A 1FTOA 2DXYA 2FNCA 2HZLA 1H45A 1EZ9A 4F2OA 1Y3PA 1SDXA 4KYSA 4YKKA 4MF3A 1ELJA 2G29A 1A8FA 1DPPA 2X7QA 4HCWA 4F1UA 3WAEA 3TCHA 1AH5A 4TQUQ 1LAGE 3IO4A 5H8SA 2QL3A 4DCXA 3FVOA 3O2AA 4G8MA 1LFIA 3UP9A 3CG3A 4KCCA 3OD7A 2O1LA 5JK4A 5DVFA 2RKMA 2XHDA 5L9SA 3PMVA 2VP1A 5CI5A 2XXPA 4ELRA 4O3BA 4BDMA 3MBPA 4JWYA 3PUWE 2B3BA 4EXKA 1B51A 5I59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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