1PBPA

Fine tuning of the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor: site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
EASLTGAGATFPAPVYAKWADTYQKETGNKVNYQGIGSSGGVKQIIANTVDFGASDAPLSDEKLAQEGLFQFPTVIGGVVLAVNIPGLKSGELVLDGKTLGDIYLGKIKKWDDEAIAKLNPGLKLPSQNIAVVRRADGSGDSFVFTSYLAKVNEEWKNNVGTGSTVKWPIGLGGKGNDGIAAFVQRLPGAIGYVEYAYAKQNNLAYTKLISADGKPVSPTEENFANAAKGADWSKTFAQDLTNQKGEDAWPITSTTFILIHKDQKKPEQGTEVLKFFDWAYKTGAKQANDLDYASLPDSVVEQVRAAWKTNIKDSSGKPLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Phosphate transport
molecule keywords PHOSPHATE-BINDING PROTEIN
publication title Fine tuning the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor. Site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies.
pubmed rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 112
structure length 321
sequence length 321
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-07-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA02
2PYYA 4UACA 3T9VA 3UA8A 3MZBA 1QUJA 4ND9A 2IEEA 3CG3A 2G29A 3SEUA 3UN6A 1POY1 2V3TA 4OETA 5BUUA 2NWJA 1EZOA 3N26A 4YMAA 3BBRA 5TP9A 2XXRA 2OBGA 3EHUA 3PPOA 2I58A 1B05A 3OEMA 3U1OA 3G3GA 3G7WA 2RF1A 1MY4A 4OZ9A 5AA2A 4GXSB 2AIXA 4OFLA 1QJMA 2O1LA 2ONRA 2VP1A 3RY3A 3O29A 1USYH 2XXWA 4ZEFA 2CZLA 1N0TA 3C33A 1WDNA 1ZTYA 1B32A 2ESNA 1GGGA 4F3BA 5CI5A 4TQUQ 1I6QA 4IGTA 5CBRA 1Y9UA 1B1XA 1LFIA 2O69A 2F5XA 3HHFA 1EZPA 4LONB 5CM6A 3N6UA 4XXUA 5CMKA 1B5JA 4G68A 2Z22A 3BFTA 4P0IA 2OWSA 4HW8A 4OENA 4PETA 2O68A 4KFQA 3H6TA 1UTBA 4Q30B 5DEXA 3F11A 2I49A 3K6UA 1MM6A 3PV0E 2H98A 5B70A 3C9HA 1URDA 5JTYB 5K2XA 3JZJA 4HCWA 3IO6A 1B1HA 3CSGA 3KN7A 5H8HB 1M5FA 3TAJA 4PE5B 1B7ZA 5I2NA 1MY0A 4QSDA 4G8HA 4XTCQ 5EHSA 3FVOA 1IXCA 5I58B 4NF5A 4L17A 1RYOA 2RCBA 2Y7RA 2I4BA 4GLIA 1ZKBA 3EQ1A 3PUZE 1B51A 4R9FA 4ZS9A 1MG1A 3RT6B 4KHZE 2F6GA 4PFWA 1VFDA 4YKPA 3MJNA 1GTKA 1PB7A 3EF7A 1PBQA 1IITA 2DWJA 1MXVA 1UQWA 5J1DA 1Y1ZA 1SYIA 1TWYA 4IO3A 4XKNA 4ZEKA 2XXHA 3B6QA 4H0WA 2PBWA 1MS7A 2F35A 4JWXA 4LZ7A 2NXOA 2QS1A 2XX7A 5CMCA 4FATA 2Q8JA 4LUBA 4OTEA 3R26A 4YKIA 3KSXA 3OEKA 3RTFB 3MZ1A 2RKMA 4RA1A 3EHTA 1SBPA 3O2AA 4ZEBA 3MVZA 1OVTA 3GBAA 4F31B 2Z8FA 3S9LC 5ICTA 4NF4B 3ODBA 5KCJA 4OXVA 1MH3A 3K6WA 2GFEA 4G2ZA 3MZ9A 3IR1A 4GF8A 3B7DA 5A5XA 4RNSA 3TQLA 3H03A 1RKMA 2PVUA 3CFXA 4H1XA 3VV5A 1PB9A 3MPLA 3L6GA 1XOCA 3FZVA 3V83A 4U21A 2DSFA 1MQIA 3OSRA 3M3KA 3K6VA 4U1OA 1NMUA 1LBCA 3BFUA 4H8JA 1DPEA 2Z8EA 1MQHA 3VVEA 3I6VA 4LATA 1XVYA 5DTBA 5TPAA 3LSLA 2VD2A 3V5AA 2D5WA 4ELOA 1FTOA 2X7PA 3H3GA 4OERA 1DSNA 5L9MA 4HTGA 4F39A 4F19A 4RK9A 4U4XA 4N6PA 3PGFA 1N04A 2X26A 3OO7A 1H3DA 1B2HA 1IEJA 2FYIA 1SI0A 5AA4A 1P99A 3FXRA 5H8QA 2Q9TA 1II5A 2BJJX 2G93A 3FV1A 2DE4A 1SW5A 1UIUA 3R6UA 3A3CA 3HCQA 2P0SA 2ZMBA 3QUJA 5I59A 2GH9A 3OENA 4RYAA 3TTKA 1D9VA 1POTA 4U23A 1PEBA 3EN3A 1B3HA 4NF6B 3O6IA 4XKPA 2QL3A 4C1TA 3QSLA 5B7DA 1JVYA 4TOZA 2I0BA 1MH4A 3HSTA 4ONYA 1YTVA 1Y4CA 3VLUA 2UYEA 2ONSA 3IJOB 2H25A 4Q8RA 4KPTA 1ELJA 4FEDA 1FQEA 3IAZA 4KQPA 3JYRA 3S9MC 2A5SA 4QF9A 5K2YA 1OLAA 1M5DA 3KBRA 2Q2AA 2V84A 3VFJA 2XXUA 2XXXA 1MXUA 4I9DA 2Z8DA 5KZTA 2Q88A 3K2DA 4YB6A 4GOTA 2HZKA 4EXKA 2F8DA 4OVJA 3P7IA 4OESA 3DP4A 5KDTA 3O28A 4N07A 1D4NA 3QXMA 1P1UA 3K1PA 2AL4A 4YB5A 4ECFA 4DXBA 2XXYA 1M5BA 2PMSA 3U72A 3PPRA 4EUOA 1QKAA 3TTMA 3CFLA 4QFLA 4WXJA 1B5IA 5I2KA 1S50A 3H6WA 2WKYA 4YZZA 4YU0A 4Q5TA 4ZE8A 1IXIA 1BLFA 4F1YA 5F1QA 3FUZA 1M5EA 1HSJA 1MPCA 3V89B 4ZEDA 4ELQA 2PT2A 1B52A 3I5OA 2P1SA 4G8MA 4QFKA 2AYSA 1H45A 3JV9A 3C34A 2DWIA 1B0HA 3IOVA 3Q27A 4F2OA 1PDAA 1MRPA 3O97A 2DS9A 1URGA 3MVXA 4R6YA 1QUKA 5H8FB 3T22A 1O64A 5H8NA 2A5TB 2P2AA 3SKPA 3MC2A 1UTHA 5I56B 3FJGA 4FJPA 3FGSA 3SERA 4AQ4A 2DXYA 3KSJA 1MQJA 1B3EA 1NFTA 2QRYA 3UORA 4DXCA 2R9JA 2GHAA 4JB7A 5AE4A 4LQ5A 1B46A 2HCAA 3W9WA 4JSDA 4YICA 5CRYA 4XKQA 1MY3A 4DCYA 4POWA 1B5HA 3ZKLA 4LQ2A 1JQFA 4ZE9A 2O6AA 1LAGE 3PMWA 4NF8A 1A8FA 4GD5A 3RT8A 3W15C 3THIA 1Y3QA 5IAIA 1Z7ME 3KN3A 4LVQA 1MY2A 3MP1A 2H5YA 1VR5A 2HZLA 1FQCA 2I3VA 1USYE 1DTGA 4XKRA 1TFDA 4AB6A 1PC3A 5I84A 3M8UA 3WAFA 2QS4A 1SW2A 5ICQA 3ZKKA 4U22A 1N84A 1N3WA 3TKDA 4FE8A 4R2BA 3S2VA 4LA9A 4G8NA 3DP6A 1QULA 4JWYA 4MBPA 1ZBMA 4NMYA 4H6DA 3SEVA 1IZ1A 4TLLB 5IKBA 4C1UA 1B7UA 4JXIA 3OELA 1XVXA 2UVHA 3KG2A 5JK4A 1MXZA 2OCUA 4DLDA 1FTLA 2DVCA 4OEVA 2PT1A 1NH8A 1SVXB 1JW1A 2I0CA 4KCCA 4BDMA 4RY1A 2O51A 3VXCA 1TFAA 3OXNA 1B40A 4IO2A 3MP6A 2B65A 2H4IA 3AXFA 4IY5A 1ZLQA 1VFEA 4MLVA 1EZ9A 4NF6A 5AA3A 3QIMA 2O7IA 4MLQA 4JSOA 4OFOA 3TODA 1GR2A 1XC1A 1YAEA 3CIJA 5AA1A 1BTJA 4WKMA 3KZGA 4RK2A 1LFGA 2F36A 3TYHA 1B6HA 1D9YA 4BDNA 4C0RA 3VXBA 3ILTB 1LAHE 1LFHA 1DOTA 5I57B 2UXAA 3RQTA 3L6HA 3E13X 4FORA 3MVYA 1EH3A 3QAXA 1DPPA 1R9QA 2VD3A 4KYSA 1Y3PA 3GBBA 3FJ7A 1BKAA 3TCFA 4POXA 2UVGA 4ELPA 2I6EA 5L9SA 1ZU0A 4EQBA 4I8CA 1PBPA 3K00A 5TP9B 3Q29A 4Q0CA 3TCGA 2OWTA 3C32A 1B3LA 1YPNA 5AA2B 4KCDA 4ZZEA 3PPPA 2NOOA 2ABHA 4OWDA 4MFIA 2VHAA 3O6HA 2DOJA 3ONMA 3LR1A 3K1MA 1DTZA 1A55A 1IXGA 5HM4B 4GRKA 4U2RA 1Z7NE 4G77A 4ESXA 3U94A 1H76A 4IO7A 3RUMA 5CBSA 2DP8A 3T9UA 3FVKA 1NL5A 4R6KA 4DZ1A 3SETA 1LCFA 3KOSA 3CR9A 2ZYOA 2E1SA 4EDPA 2F7BA 4DE8A 4RPNA 5JEIA 4G68B 2DWAA 3LC8A 4H67A 3WAEA 3C31A 4OFJA 2ALUA 3CFZA 3CRBA 1MDP1 1UTBB 4GXAA 2OK2A 4F18A 5DEXB 1B3GA 5FHNA 4JBZA 2D3IA 5DYHA 3K1NA 1B4HA 4PFUA 2CMOA 2VOZA 1JNFA 3MBPA 5TU0A 3ILUB 2H99A 2QS2A 2QPQA 3LSFB 5I2NB 4RXLA 2HAVA 1N3XA 1LAFE 1LAXA 5DVIA 3G3JA 2YJPA 3FV2A 4O3AA 5L8DA 3FVNA 3U92A 3BKIB 5M2VA 1PB8A 4MF3A 4M1VA 1A8EA 3G3IA 2PX1A 3SEWA 1T0KA 5FTIA 4EQ9A 2I4CA 3CSBA 3FASA 1LB8A 1JW4A 5H8SA 2O7UA 1AOVA 3PUVE 1VSOA 4LP2B 2O84X 3TTLA 3HHGA 2B3FA 3T93B 3VLVA 1JVXA 3IO4A 2OJTA 3N94A 2UVJA 4R72A 2I48A 1L5TA 4NWDA 4IO5A 2F6PA 3IOUA 4ZEIA 3S4UA 1NNPA 2ZNTA 1GV8A 3O6GA 2ZYKA 3TDJA 3VE1B 3KEIA 1GVCA 4AB5A 3OSQA 5KCJB 1SDXA 1N76A 5ITOA 5EHMA 4DDDA 4X1DA 4H8IA 3T9XB 3D4GA 3S9NC 1I6AA 5A5XB 5AA2D 5JTYA 1CB6A 1OVBA 3IB2A 1YCJA 3V8XB 2XXPA 3VVFA 5H8HA 4PFTA 3GLBA 2QMXA 4NTLA 5ELVA 2XD3A 3UGWA 5FHOA 3DELB 1FQBA 3FVGA 3OOAA 4OHNA 1OLCA 2F34A 1ANFA 3MP8A 3RLFE 3UP9A 1Y20A 5I58A 1TT1A 4F3SA 4KD5A 2NVUB 5TPAB 3KGCA 1MXXA 2HXWA 1IXHA 2IA4A 3MPKA 3KOTA 3H7MA 4NWCA 3MVWA 4LZ8A 1H43A 2UYFA 2Y84A 2RC7A 3K4UA 3G3KA 5BWJA 1ZMGA 1NH7A 2OZZA 5AA4B 1QW0A 2YPNA 2DVZA 1US4A 1MM7A 3UIFA 5H8QB 1US5A 5CMBA 2FA7A 4M4GA 1FTJA 1Q1KA 3K02A 4ISUA 4F1VA 1LLSA 3IB1A 5I59B 4BDLA 2Y7WA 4GFRA 4DCXA 2V3QA 4NF4A 3PD9A 2GRVA 4H5GA 3R7XA 4GL8A 4Z7EA 1HSLA 3OMBA 2XXVA 3K0VA 3H6UA 1IIWA 1B4ZA 1SD3A 4R73A 1QVSA 2DE3A 1R9LA 4ELRA 5CMMA 3B6TA 4KR5A 2DWHA 4ZDMA 3G3FA 1Y3NA 4UA8A 3C35A 3U93A 4KYEA 2B3BA 4Z0IA 3HPIA 1N7WA 3SDFA 3ZS6A 1XT8A 2RINA 3SESA 2QS3A 2LAOA 3DM0A 4QFOA 1P1OA 5KDTB 4DXUA 1B9JA 2F78A 2W7YA 4F3PA 2DYXA 4X48A 1LCTA 4P11A 3I3VA 3LUYA 5LOMA 2DQVA 4FAJA 3H6VA 2R71A 5I2KB 2XX9A 3PMVA 2KLFA 3A09A 3HO7A 3IB0A 3KFMA 1OIBA 3FIRA 3RN8A 2Y7PA 2HFBA 1MQGA 3TZAA 2HQ0A 3CI8A 2FNCA 4G68C 3IJXB 1SYHA 3Q25A 3ZSFA 3VDFA 4R74A 1I6BA 3LSXA 3UK4A 4YMBA 4BDOA 4MH5A 1B3FA 1BP5A 4GVOA 1Q35A 4YKJA 4QHQA 4PFYA 3IOWA 3VLWA 3OO6A 4YB7A 4WEPA 3VVDA 2Y7IA 3B6WA 4XIGQ 1P1WA 2RC9A 3T96B 3KN8A 1B7HA 4BDRA 3LSWA 3LBSA 2XXTA 2E0SA 1JEVA 4F2QA 1CE2A 3C4MA 5DT6A 4I62A 1JETA 4F29A 4KI0E 5H8NB 4R75A 3M3FA 2ZNUA 4H65A 3MWBA 2Y7KA 1UTHB 3TPAA 1S9TA 3OD7A 3K6XA 2H9BA 1AL3A 1ZIUA 1SW4A 3MW0A 4GQOA 1IUDA 3IOTA 2RCAA 4QFNA 1ATGA 4GIZA 3TCHA 4HCYA 4QRZA 1OQHA 2D21A 2NUVA 1P1QA 2HAUA 3KJTA 4NEDA 3TEPA 4BDQA 4WEDA 4R2FA 3HN0A 3C36A 2DE2A 3PPNA 5ISUA 3CG1A 4IY6A 3RTWB 4IB2A 1F9BA 3K01A 4NF8B 4KYDA 4FEBA 1M5CA 1MPDA 4F1UA 3MUQA 3SEXA 1J1NA 4IGRA 3FXUA 1VE4A 3E9XA 1EU8A 2F7AA 3PUXE 3RGYA 2Q2CA 1H44A 2XX8A 3Q28A 4YKKA 1B58A 2V93A 1B0LA 1DMBA 1R6ZA 4TLMB 4H5FA 3G3HA 3PU5A 2AL5A 3OO9A 4EXLA 3N5LA 3H4ZA 1Y1MA 3HV1A 3S9EA 4LZ5A 2ZYNA 2V25A 1LGBC 1A54A 4OMBA 3W9VA 2UVIA 1O63A 3GZGA 5L9OA 5H8FA 1NNFA 5DVFA 3PPQA 3QK6A 1O7TA 2OLBA 3PUWE 3USDA 3E4RA 1SW1A 3O66A 2A5TA 4QFPA 3GXAA 4X9TA 3T9HB 5I56A 2O1MA 4BLAA 2YLNA 1MQDA 4G4PA 3IX1A 2M8CA 4X1BA 2QJEA 2XHDA 1JW5A 3KJ7A 3FATA 3TFLA 4EQ7A 4E0XA 4IO6A 4EF2A 2F7CA 4PQJA 1QKBA 4U1ZA 3T66A 1FTMA 4R6HA 4F3GA 1SI1A 4I1DA 2VGQA 2GHBA 1FQDA 3CVGA 3TTNA 1A99A 1UIVA 4NF5B 1JEUA 1A40A 2XXQA 1WVJA 1P1NA 4O3CA 4YAHX 1IQ7A 5FTHA 2ZNSA 3MQ9A 1MPBA 4E0WA 2RC8A 3MAMA 3PUYE 1FQFA 1NNTA 1FQAA 4GWOA 1RYXA 4K3FA 1MXYA 3TELA 4OQOA 4R9GA 3FJMA 3FXQA 3E3KA 3TTRA 3QYTA 4ESWA 1TXFA 3EPEA 1ZJLA 5ITPA 4JWOA 1BIYA 2ZXTA 4OEUA 5CC2A 1QUIA 4DIGA 1OMPA 2REJA 5FHMA 1MY1A 1MXWA 3QUFA 3TUSA 4QSEA 3DP8A 1MDQA 1SQYA 1A7LA 3TMGA 4IO4A 2ZYMA 3IK6B 3IORA 4FIMA 1HSEA 1AH5A 2F97A 4QSCA 3DLNA 3Q26A 3ECRA 1WODA 2THIA 1NKXA 4O3BA 4ZECA 3TQWA 2XXIA 3A3UA 1NNKA 4PP0A 2I3WA 2QMWA 2ANJA 2Q89A 4OYVA 4RJZA 4NE4A 1AIVA 1Y4TA 4THIA 4FECA 1OQGA 5HBCA 5HPQA 4P0GA 5EYFA 3RPWA 1XHYA 1S7YA 3N6TA 1FTKA 1KWHA 4HS7A 3M3LA 3IL1B 3H06B 3O9PA 4GL0A 3D4CA 4RPOA 3RNNA 2REGA 1FCKA 3FD3A 4N13A 4JDFA 2V3UA 1LB9A 1LBBA 3SEYA 2HEUA 2DXRA 3PMXA 1XS5A 2X7QA 2XD2A 4U4SA 2R6GE 4EF1A 1I69A 3OO8A 1FW0A 3PD8A 4ZZAA 1N7XA 5I57A 1D3KA 4F22A 2ONKE 1LSTA 5DVJA 5F7VA 1R1NA 1AMFA 3EHSA 1URSA 3U8QA 2Z23A 2QSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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