1PBPA

Fine tuning of the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor: site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
b'EASLTGAGATFPAPVYAKWADTYQKETGNKVNYQGIGSSGGVKQIIANTVDFGASDAPLSDEKLAQEGLFQFPTVIGGVVLAVNIPGLKSGELVLDGKTLGDIYLGKIKKWDDEAIAKLNPGLKLPSQNIAVVRRADGSGDSFVFTSYLAKVNEEWKNNVGTGSTVKWPIGLGGKGNDGIAAFVQRLPGAIGYVEYAYAKQNNLAYTKLISADGKPVSPTEENFANAAKGADWSKTFAQDLTNQKGEDAWPITSTTFILIHKDQKKPEQGTEVLKFFDWAYKTGAKQANDLDYASLPDSVVEQVRAAWKTNIKDSSGKPLY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PHOSPHATE-BINDING PROTEIN
molecule tags Phosphate transport
source organism Escherichia coli
publication title Fine tuning the specificity of the periplasmic phosphate transport receptor. Site-directed mutagenesis, ligand binding, and crystallographic studies.
pubmed rcsb
total genus 112
structure length 321
sequence length 321
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-07-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pbpA02
4KD5A 5CBSA 1VE4A 1ZJLA 4MF3A 3RN8A 2V84A 3K6UA 2G93A 3OSRA 1EU8A 5KZTA 1FQDA 1A40A 1FTLA 4UA8A 1AH5A 4OTEA 5I2KB 4ZEBA 3VLUA 3E3KA 3PPRA 2OJTA 3KSXA 4I9DA 1B5JA 3MVXA 3PUYE 4O3AA 4TLMB 1P1WA 1P1OA 3TTNA 3AXFA 4GOTA 1NFTA 2CZLA 3V5AA 4FEDA 1ELJA 5H8FA 1GGGA 3THIA 3G3KA 4IY6A 3A09A 2XD2A 3UN6A 4AB5A 2GRVA 3KOTA 4EUOA 1PB7A 3KSJA 4BLAA 1URSA 2H4IA 3CI8A 3H06B 4GXSB 3UORA 4ZEDA 1WODA 4NEDA 2WKYA 3PUWE 1B3LA 3OO9A 4OEVA 1AL3A 1XC1A 2ONKE 3TELA 1IXHA 4ZECA 3TCGA 4GXAA 1LSTA 4YKPA 2HAVA 4H8JA 4FORA 1FW0A 4AB6A 4F3SA 2RCAA 1MM7A 3S2VA 3TAJA 4Q5TA 4JWYA 4RNSA 2V3QA 4H1XA 5FTIA 2UYEA 4H0WA 3SEXA 5A5XB 3N94A 5H8QB 1LGBC 2NXOA 4ONYA 5ITOA 3OMBA 4JDFA 1ZIUA 4DXCA 2O7UA 1ATGA 5ELVA 1OVBA 1MDQA 4LZ5A 2YLNA 4LA9A 5I59B 5JEIA 2Y7RA 1N76A 1SDXA 5I56B 3KJTA 3K1MA 4OEUA 3K6VA 3D4GA 1N0TA 4IO4A 3T9HB 3FJGA 4LVQA 4K3FA 4R2FA 1B46A 3B6QA 3M3FA 4G68C 2Q89A 3PMXA 4G8MA 1XHYA 2O1MA 3M3LA 4LQ5A 4M4GA 5I57A 1KWHA 1SW4A 4F19A 5AA4A 4EF1A 4OETA 4R2BA 1QKBA 2GH9A 5DTBA 5H8NA 2BJJX 3PUZE 4YB5A 4ZZAA 1A54A 4U4XA 3MZ1A 5I2KA 1BTJA 1OQGA 2HZKA 3O97A 1QUJA 1FTMA 3IK6B 3O2AA 1MPCA 1B2HA 2I49A 4NTLA 1LB9A 3IOVA 3Q27A 4RXLA 1Y3NA 3DELB 3MPKA 3O9PA 1A8EA 4QFPA 2D21A 2F5XA 3VLVA 2PT2A 3FD3A 3U94A 3KN7A 2B3FA 2DXYA 2E1SA 4LZ7A 2XXYA 1JEUA 2OK2A 4F3BA 2DYXA 2O7IA 4FE8A 4OFOA 1URGA 1JW4A 5DEXB 4H5FA 1TFAA 4DE8A 3FXRA 4YZZA 2V3TA 4F39A 1DTZA 1MY0A 1PEBA 2XX8A 2H5YA 3OENA 4NF4B 1NMUA 3U93A 4ELRA 2VP1A 4U4SA 4JXIA 3CR9A 4OESA 3TTKA 4FATA 5CMKA 4WEDA 4Q8RA 2AL5A 2O51A 1MS7A 1MXZA 2DVZA 2KLFA 3DP6A 3H03A 2RKMA 2F7AA 1B7HA 1H44A 1ZTYA 4NF5B 2QS3A 4F2QA 3S9EA 1B58A 2R9JA 4KHZE 2XHDA 2IEEA 1QJMA 3RY3A 2OLBA 1B3EA 2CMOA 5H8SA 4PFTA 3LSLA 1IIWA 5CRYA 4EXKA 3K0VA 5TPAB 1MH4A 3O66A 4PP0A 1AIVA 3CSBA 5CC2A 5CM6A 2I48A 2I4CA 1RKMA 1OIBA 3M8UA 3IO6A 1UTHB 4JSDA 2Y7KA 1R9QA 2RINA 3LUYA 3N5LA 4NMYA 4QSCA 2DP8A 3W9WA 4BDMA 2Y84A 5L9MA 1LFHA 1H3DA 1DPEA 1II5A 1QULA 2F36A 2OCUA 4OERA 5TP9A 1Y1ZA 2Z8FA 4YKKA 3PGFA 2VGQA 2Y7PA 4YKIA 2I0BA 1I6AA 1B3FA 3DLNA 1MQJA 4R6KA 3FIRA 3ILUB 2I4BA 3TUSA 1POTA 2I3WA 3VDFA 1IITA 4C0RA 3SEWA 1USYH 4LZ8A 2Q2CA 1TT1A 1P1NA 2NUVA 4RK9A 3LBSA 3FVKA 4RY1A 4LQ2A 3SERA 1S9TA 1N3WA 5L9OA 2B3BA 4U21A 5B70A 3C35A 1ZU0A 1VFEA 1P1UA 5I56A 2A5SA 3CG3A 3HCQA 3G3IA 4MH5A 1IUDA 3I3VA 3K1PA 4JB7A 3JZJA 2I3VA 2NWJA 4WKMA 2ZYNA 4BDLA 2F34A 4ESXA 4O3BA 4PFWA 5F1QA 1D4NA 4G68B 1PBPA 1QUIA 3EF7A 1UTBA 3O6GA 4YKJA 4F1VA 4ZE9A 5A5XA 5AA2A 4G2ZA 3ILTB 3M3KA 5H8NB 3OO7A 4BDOA 1B52A 3C33A 4GRKA 1FTOA 2DE3A 3U8QA 2QMWA 3GBAA 1URDA 4ESWA 4U23A 3N26A 3OOAA 4GF8A 4FEBA 1IEJA 3K01A 3I6VA 3V89B 1I6QA 2XXXA 1QKAA 1SD3A 3QK6A 1JW5A 5DVFA 1NNFA 5B7DA 2OBGA 3FGSA 2R6GE 2UXAA 3PU5A 4JWXA 1DMBA 1USYE 3TFLA 4OZ9A 1RYOA 5L8DA 1UTHA 4ZE8A 1US5A 2F7CA 1B1XA 1NNKA 2HXWA 1B5HA 2Z22A 2ZNUA 4ECFA 3H6WA 3IO4A 5HPQA 1EZOA 4F29A 1DPPA 4XIGQ 2I6EA 4KI0E 5H8FB 5JK4A 2X7PA 4H6DA 4DZ1A 3R7XA 3MVZA 1AOVA 1A99A 3FVGA 3OO6A 4DCYA 1MH3A 3UIFA 3MUQA 3MW0A 2D5WA 2GFEA 2OWTA 2F8DA 2QSXA 4U1OA 3JV9A 3T22A 1O7TA 2UVGA 4EF2A 2PX1A 4QRZA 4R9FA 5AA2B 3TQWA 4GD5A 5M2VA 1B5IA 4DDDA 5ICQA 3FV2A 3RT6B 3PMVA 3EHTA 4XTCQ 3OEKA 5JTYA 4N13A 3SEYA 2X7QA 3RTWB 3TKDA 1IZ1A 3S9MC 2W7YA 2H9BA 1NL5A 2YJPA 3PMWA 4JWOA 4XKRA 4DCXA 2REGA 4PFYA 2Y7IA 4RPOA 4IGRA 4P0GA 2Z23A 2ZYKA 3MVYA 3PUVE 1YPNA 1I6BA 1R1NA 3Q26A 4OENA 3K00A 5K2XA 2FYIA 3T66A 3VVEA 3OELA 3R6UA 2V3UA 5CMCA 3ZKLA 4ELOA 5BUUA 3K6XA 1PBQA 5JTYB 1VFDA 3BFUA 3C4MA 1P99A 1SW2A 4G8HA 3ZSFA 3O6HA 1F9BA 3UK4A 2QPQA 3FVNA 2VHAA 4WXJA 4ZEFA 2ANJA 4XKQA 3IJXB 1MRPA 4TLLB 3FXUA 4F1UA 1XVXA 1MY2A 2GHBA 3CVGA 3L6GA 4O3CA 4F2OA 3OD7A 1PC3A 4RA1A 1Y20A 1B51A 3QXMA 3B6WA 4IO5A 4OYVA 2XXPA 5F7VA 4TOZA 4YU0A 4GWOA 3G3GA 4R6HA 3RT8A 2UVIA 2HEUA 4NF8A 1R6ZA 2H99A 4H65A 4OXVA 4X1DA 1AMFA 5EYFA 4I1DA 3SKPA 1OVTA 2V25A 2F6GA 3TTLA 3WAEA 4MLVA 3VVDA 4ELPA 2O84X 4QFNA 1M5FA 3EPEA 3PV0E 1FQEA 3Q25A 4NE4A 1T0KA 4HCYA 4ZEIA 5KCJA 3OSQA 1JQFA 3FVOA 4H5GA 1FQBA 3CRBA 3DP8A 5LOMA 2XXIA 3H6UA 1LAXA 1B0LA 1LCFA 2UYFA 2XXVA 4FECA 4R75A 3TCFA 2Q9TA 1BKAA 1MXXA 3KJ7A 1HSLA 2AL4A 1O63A 2QMXA 2UVJA 1L5TA 4NWDA 3TMGA 5HM4B 3KN3A 1A7LA 1SYIA 4G68A 4YAHX 3TODA 1NKXA 1RYXA 2HAUA 3C32A 3O6IA 3U72A 3OXNA 4POXA 4YMAA 2QS1A 4DLDA 2H98A 3E4RA 2Z8EA 3MZBA 1BIYA 2DWIA 1B3HA 3C31A 4ZEKA 2PVUA 3G3HA 2O1LA 4PFUA 3T9XB 4LATA 2F97A 3OEMA 3N6TA 3P7IA 3VLWA 4KR5A 4OFJA 4XKPA 3WAFA 5J1DA 3CFZA 1FTJA 1FCKA 1QVSA 3ZS6A 4EXLA 1DOTA 3BBRA 4N07A 3CFXA 3KZGA 1B3GA 4ISUA 1MM6A 3SDFA 1B4ZA 1B6HA 4MFIA 4GFRA 1PB8A 3VFJA 1B7ZA 5BWJA 3KGCA 2VD3A 4GQOA 3MBPA 1B05A 1MXUA 2M8CA 1Q1KA 3PPOA 4POWA 4FAJA 1NH7A 3V8XB 4OVJA 2DXRA 1D9VA 3B7DA 5TP9B 1MQDA 1D9YA 3G3FA 3T9VA 4PQJA 4HW8A 3S9NC 2H25A 3E9XA 2DS9A 2XXUA 1OQHA 2P1SA 3H6TA 3K02A 3VV5A 4M1VA 4ELQA 4F3GA 3D4CA 4E0WA 4FIMA 2X26A 5HBCA 5AA1A 2NVUB 4E0XA 4KQPA 3TEPA 3T96B 3EHUA 4LP2B 3QSLA 2VD2A 1PB9A 1YTVA 3H7MA 4QSEA 5TU0A 4KYSA 2XXHA 2XXTA 5ITPA 1GVCA 3B6TA 3BFTA 2QRYA 4TQUQ 1H76A 4G8NA 1H45A 1S7YA 4YMBA 4NF6A 1FQAA 2ABHA 2PBWA 5K2YA 4C1TA 5KCJB 4RPNA 1NNTA 2FA7A 4BDRA 3S9LC 1MQHA 4KYEA 2XX9A 1O64A 1JW1A 3PD9A 1MXYA 2F6PA 1ANFA 5L9SA 1VSOA 2Q8JA 2QL3A 5KDTA 3IX1A 2P0SA 5I2NA 3Q28A 4XKNA 5FHMA 2I0CA 2RF1A 4GL8A 3MC2A 2Z8DA 2XX7A 2XD3A 3K4UA 4ZS9A 4Z7EA 1UIUA 4NF8B 1WVJA 1GR2A 3HHGA 2E0SA 3GBBA 3KOSA 3IB0A 5ICTA 1LLSA 3A3UA 1M5CA 2PT1A 3CFLA 4I8CA 4AQ4A 1IXCA 1SI0A 5CMBA 4YICA 1B32A 1JVYA 3FATA 4UACA 3VE1B 2ALUA 5FTHA 3K2DA 2I58A 3N6UA 3LSWA 3ECRA 3FUZA 4P0IA 4X1BA 4ZZEA 3T93B 1EZ9A 4EQ9A 2AIXA 3MQ9A 5I2NB 2DWJA 3H3GA 3HHFA 3IJOB 3LC8A 4F1YA 1JNFA 1P1QA 1I69A 3KBRA 4QFKA 1CB6A 1DTGA 2DQVA 1MDP1 1IQ7A 1FQFA 1QUKA 3EQ1A 3IB2A 2QS2A 3RGYA 1D3KA 4EQBA 4F3PA 1SBPA 2THIA 3OO8A 4KPTA 2HQ0A 2DVCA 4NF6B 3V83A 2XXQA 3VXCA 3H4ZA 1XVYA 4R74A 2O69A 1UQWA 3R26A 1SI1A 4ND9A 1CE2A 1JETA 1TWYA 2DSFA 2R71A 3QUFA 4L17A 4NF5A 1LB8A 4Z0IA 3RQTA 3SEVA 2HZLA 5FHOA 1UTBB 1JEVA 5KDTB 5DVIA 2G29A 1LAHE 3LR1A 4OHNA 1FTKA 1ZBMA 2QJEA 1BLFA 4PE5B 5I59A 2Q88A 4I62A 3RUMA 1OMPA 4H8IA 4U2RA 5H8HA 5DEXA 5CI5A 2DWHA 1SVXB 3A3CA 3CG1A 1M5DA 1Y4CA 1Y3QA 2DE4A 3FV1A 3JYRA 4JBZA 4N6PA 1LAGE 2IA4A 3QUJA 4HCWA 4C1UA 3PPPA 3U92A 1MG1A 5I58B 1PDAA 4QSDA 5IKBA 3USDA 2P2AA 3HN0A 2RC9A 5I57B 3FJMA 4JSOA 3UP9A 4QHQA 4LONB 4RK2A 1EZPA 3IOUA 5FHNA 3SESA 2XXRA 1HSJA 3MWBA 3MP1A 1Q35A 1MQIA 1Y3PA 1M5BA 1US4A 1MPBA 2FNCA 3IOWA 4RJZA 3RTFB 2HCAA 3W15C 3G7WA 4R72A 1Z7NE 4RYAA 4QF9A 2NOOA 3KFMA 1WDNA 2RC7A 3FASA 2REJA 4G77A 1VR5A 2ONRA 3IR1A 3PPQA 4IB2A 4GVOA 4Q30B 3K1NA 4FJPA 4QFLA 1J1NA 1XS5A 2ONSA 3DP4A 1R9LA 5AA3A 1TFDA 1JVXA 1SW5A 3CSGA 3VVFA 2F78A 2QS4A 3EHSA 3LSFB 3QIMA 1QW0A 3MVWA 3KN8A 4IY5A 3SEUA 1IXIA 1Z7ME 1HSEA 1N3XA 2F7BA 2Y7WA 3MAMA 1MY3A 3IL1B 4OWDA 3DM0A 3C34A 2V93A 3K6WA 3HO7A 3TQLA 1LAFE 1Y1MA 2ZXTA 5EHMA 3L6HA 4EDPA 3CIJA 1B40A 2Q2AA 3GXAA 4THIA 2O68A 3TTRA 5I84A 4F22A 3C9HA 3UGWA 1MY1A 1XOCA 4YB7A 1NH8A 1B9JA 5EHSA 3TPAA 3MP8A 5DYHA 3W9VA 4Q0CA 4YB6A 3TYHA 2RCBA 3MP6A 1MPDA 4MBPA 1UIVA 3PUXE 4P11A 3I5OA 1DSNA 4HTGA 4QFOA 3MZ9A 4X48A 5DT6A 1ZKBA 4OQOA 4R6YA 2YPNA 1A55A 5DVJA 4ZDMA 1H43A 1YCJA 2ZYMA 2ZNTA 4GIZA 2ESNA 1LFIA 1B4HA 2PMSA 4IO6A 2A5TB 1MXWA 1A8FA 1SYHA 2VOZA 1B1HA 1POY1 5ISUA 2ZYOA 4BDNA 1ZLQA 2XXWA 4WEPA 4OMBA 3IB1A 5AA2D 4KCDA 2D3IA 1N7XA 3HSTA 3IOTA 4X9TA 4KYDA 1M5EA 1OLCA 2B65A 3IORA 4R9GA 3S4UA 2UVHA 1SQYA 3G3JA 3BKIB 2O6AA 4F18A 1YAEA 2ZNSA 2LAOA 1B7UA 1FQCA 2DWAA 2PYYA 2RC8A 4U22A 4PETA 1S50A 1GV8A 3SETA 3TCHA 3FXQA 4G4PA 2ZMBA 1XT8A 3FJ7A 4IGTA 4XXUA 5TPAA 4DXUA 1LCTA 2F35A 4GL0A 2HFBA 2OZZA 4IO3A 2DE2A 5I58A 3IAZA 1N84A 1Y9UA 2DOJA 3FZVA 3ODBA 4IO7A 3QYTA 3RNNA 3Q29A 1EH3A 3PD8A 3GZGA 3MJNA 2OWSA 4U1ZA 3U1OA 3PPNA 5H8HB 4MLQA 4LUBA 4GLIA 3LSXA 4R73A 3VXBA 1LBCA 3E13X 4IO2A 1MQGA 4NF4A 3MPLA 4BDQA 1NNPA 1MXVA 4HS7A 3HV1A 4KFQA 5CMMA 2A5TA 3C36A 5AA4B 1OLAA 3HPIA 2GHAA 3ONMA 1MY4A 5H8QA 4EQ7A 5IAIA 5CBRA 4H67A 3ZKKA 4DIGA 3TDJA 3F11A 1IXGA 1LBBA 3T9UA 2AYSA 3H6VA 1B0HA 1LFGA 3O29A 1GTKA 4OFLA 3EN3A 3O28A 1N7WA 1TXFA 1BP5A 1ZMGA 3RLFE 3RPWA 4NWCA 3KG2A 3TTMA 3UA8A 1Y4TA 4DXBA 4KCCA 3GLBA 3TZAA 5AE4A 3KEIA 1N04A 1SW1A 3QAXA 4F31B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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