4I8CA

X-ray structure of nika in complex with ni-(l-his)2
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The binding mode of Ni-((L)-His)(2) in NikA revealed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 161
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i8cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i8cA01
1MRPA 4N13A 4HCWA 5K2XA 4K3FA 4F3BA 3QYTA 4RA1A 4IO7A 2I0CA 5DEXB 2ABHA 4EQ9A 4I62A 2ZNSA 5CMKA 4HTGA 2B3BA 5EYFA 3FVOA 3UORA 1QJMA 3H6VA 4X48A 5L9SA 4BLAA 4H5GA 1XVXA 2VD3A 1ZIUA 4FEBA 4LP2B 4ZZAA 3S9EA 4KYEA 1UIUA 3Q28A 4ND9A 5ICQA 4JBZA 3C31A 2HEUA 2XXHA 3LUYA 1WODA 1ZBMA 1ZTYA 1L5TA 3U72A 4R74A 2O68A 3AXFA 1ANFA 3PD8A 4ZECA 1SW2A 2XXYA 2ZYOA 3EQ1A 4GQOA 4GXSB 3LC8A 1NNKA 1AOVA 3I6VA 1H45A 2G93A 3R6UA 3M3LA 1JVYA 1LAHE 4QFOA 4OXVA 3JYRA 3K02A 1O7TA 3SERA 2OLBA 3DP6A 3H03A 4NF4A 1LFIA 2RC8A 5J1DA 4OZ9A 3ILTB 1LFHA 1B5JA 4YKKA 3FVNA 5IAIA 1OLAA 1YTVA 3G3IA 1B1XA 4AQ4A 3QUJA 1B46A 3DELB 3OENA 4QSCA 3QXMA 4JXIA 4UACA 3MZBA 2XHDA 1A99A 4R6YA 3MP6A 2F6PA 1FW0A 4G8NA 1AIVA 2I3WA 1N7WA 4LQ2A 2H98A 3MWBA 1I6BA 4OMBA 4R9GA 5H8HA 4NEDA 2AL5A 4X1BA 4DLDA 4G8HA 3RN8A 1H44A 2DE3A 5KDTA 2IEEA 4OFLA 4NF6A 3V83A 2PVUA 5LOMA 3G3FA 4OENA 3DRFA 4OETA 4AB5A 3O28A 5EHSA 2XX8A 4F1VA 4ELOA 4QFKA 1H43A 3E9XA 1D9VA 4UA8A 1ZKBA 4F3GA 3IR1A 1IXIA 1RYXA 1SVXB 2XXVA 4ZEKA 4RPOA 4OQOA 4YKJA 1ATGA 4F2QA 3H6TA 3TCHA 3LSLA 4KFQA 1B7UA 1LB8A 1LAGE 4R6HA 4RY1A 2DVCA 3VVDA 3IL1B 4X1DA 2HAUA 3FVKA 3A09A 1IITA 4F18A 2Q88A 3ONMA 2ALUA 1N84A 2QS4A 3RTFB 3KBRA 3BFUA 4PETA 3RGYA 4PFYA 2RINA 3H06B 2V3QA 5CMMA 3T66A 2O84X 1VR5A 5DVJA 2XXIA 4OEUA 5HBCA 4KCDA 4F1YA 2AL4A 3GZGA 4ELRA 3HHGA 5KCJB 2XX9A 1A7LA 4IO6A 1B3EA 4RJZA 3O6HA 5F7VA 5FTHA 4WEPA 1LAXA 3Q27A 2A5SA 4H8IA 4HCYA 1Y9UA 4OYVA 1A8EA 5FHOA 1Y3QA 2NUVA 3M3KA 3THIA 2P1SA 4IY6A 3LSFB 4XKQA 3IJXB 3IB0A 5ELVA 2VGQA 2V3TA 1N0TA 3V5AA 2BJJX 4L17A 3OD7A 2F78A 2QL3A 1BKAA 2F8DA 1XT8A 4LONB 1B4ZA 4C0RA 1LGBC 5BWJA 3PPOA 1TT1A 3V8XB 3C35A 3I3VA 3K2DA 2B3FA 5CBSA 3K4UA 4R75A 4OTEA 4KYDA 4FEDA 1HSJA 4YAHX 1CB6A 4MLVA 5ITOA 1B40A 4ONYA 2Q89A 3TPAA 1GTKA 3TZAA 2VD2A 4NF8B 1FTJA 2Y84A 3W9VA 3TAJA 1M5EA 3VLVA 1JVXA 4F2OA 5ISUA 1XHYA 1MY1A 2XXPA 4LVQA 1NNFA 4R2FA 1UQWA 2V25A 3C36A 3TQLA 4EXKA 3SDFA 1RYOA 3OMBA 5JK4A 4ZS9A 4KCCA 3A3UA 2V84A 1P1WA 1M5BA 1NKXA 4G2ZA 2V3UA 4YU0A 4XKNA 2QSXA 4EDPA 4Z0IA 1H3DA 1MQHA 3VXBA 1MM6A 1DTGA 1P99A 3GBBA 4DE8A 1GR2A 4ZEFA 3CFZA 3DP8A 3HO7A 3UN6A 5CMBA 3K1MA 3PPQA 2HZKA 2B65A 1SQYA 4NE4A 4BDOA 1MXVA 3ODBA 1I69A 5CMCA 1B05A 1B5HA 3C34A 1GV8A 3TCGA 1VSOA 1MY4A 3K6WA 3PGFA 1QVSA 4NF4B 3UP9A 2DYXA 3IOUA 3PUYE 2I49A 4RPNA 2DE2A 3DM0A 1HSEA 1VFDA 1MQJA 4NF5B 2G29A 3I5OA 1LBBA 4EUOA 3PU5A 4YB5A 1F9BA 1FQAA 2UVHA 4YICA 3RUMA 4QFNA 3T22A 3L6HA 4MF3A 4TQUQ 3S4UA 5KCJA 3MC2A 4NF6B 1IUDA 1NNPA 1M5DA 4FIMA 5CI5A 4XXUA 3WAEA 2HFBA 1TFAA 3S9MC 4H6DA 2X7PA 4IB2A 2IA4A 5CRYA 3RPWA 1MPCA 4YB6A 2REJA 1B4HA 1MPDA 1NH8A 1DPEA 3FJMA 2QMWA 4F22A 1JNFA 3KN3A 3FXRA 1US4A 2I3VA 3FXUA 4JWOA 1II5A 2O69A 4Q5TA 5M2VA 4EXLA 4JDFA 2O51A 4IO2A 2F7CA 3M8UA 3PPNA 1B6HA 3VLUA 2F6GA 4KQPA 3CG1A 3MZ9A 4BDRA 2XXRA 2PT2A 1EZ9A 3DLNA 4OFJA 4H8JA 2NWJA 4JSOA 3T9HB 2HXWA 4U4XA 4TOZA 2OJTA 1USYH 1LAFE 3TYHA 3K6UA 2XXXA 4NF8A 4F19A 4G68C 3JZJA 1GGGA 3VFJA 3SETA 2Q2CA 3MP8A 4WKMA 3RT8A 1MXYA 3E4RA 1R9LA 3V89B 2AIXA 1B3GA 3IOTA 1SW1A 4JWYA 4PFTA 2ESNA 2ONSA 1PBQA 2I58A 2OK2A 2Q2AA 1OLCA 2F35A 2F34A 2RF1A 2ONRA 1DMBA 3RLFE 1B3LA 1A55A 3TUSA 3VVEA 1JW5A 1P1UA 1EH3A 3KOSA 4G68B 4DCXA 3VV5A 3F11A 2H5YA 3OELA 3LBSA 4YB7A 5I2NA 3RNNA 1Y1MA 2FYIA 1AL3A 1ELJA 3C32A 1JEVA 3LVUA 4KYSA 4EF2A 4EQBA 3RYAA 4GFRA 2F36A 3DRHA 3W15C 2HAVA 4ZZEA 3FVGA 1URSA 3PUXE 3B6WA 1XVYA 2X26A 3GBAA 2DWIA 4NF5A 2OCUA 2XXWA 5HPQA 4FE8A 1PC3A 2O1LA 1N7XA 3HV1A 2ZMBA 2Y7IA 5TU0A 1MXUA 1YAEA 1PB7A 4C1UA 2DWJA 4Q8RA 3GLBA 1M5FA 3G3KA 1B2HA 2P2AA 4LZ5A 1R6ZA 3PMWA 1US5A 1PBPA 1T0KA 2PMSA 3UK4A 5I59B 1OMPA 3IB1A 3FZVA 1FTLA 3U93A 2RC9A 4YZZA 2I4BA 3KG2A 1O64A 2Z22A 1Y4CA 2QMXA 4I8CA 1POY1 1MY2A 1MXWA 3H7MA 5H8QB 3T9UA 3PMVA 3MAMA 1H76A 3L6GA 3UGWA 2ANJA 1XS5A 4GD5A 1TWYA 3MVYA 4U1ZA 4M1VA 4BDMA 1UTBB 4ZEDA 3H6WA 3FXQA 1P1QA 2ZYKA 1B52A 4O3BA 4RXLA 2NOOA 5CM6A 5I57B 1URDA 2Y7KA 3EF7A 3KOTA 2DXYA 3KN7A 4P11A 3GXAA 1MQIA 1KWHA 3MVWA 1S7YA 4ESXA 3FV1A 4LQ5A 4YKIA 3Q26A 3CFLA 1EU8A 3QK6A 3VVFA 1A8FA 1MH4A 5DYHA 4THIA 3SKPA 2ZNTA 1FQBA 2E1SA 2XX7A 4F3SA 3TELA 4HS7A 4U21A 3E13X 1NMUA 2DS9A 3PV0E 5FHNA 5DVIA 1B7HA 4R9FA 2O6AA 3G3JA 3N26A 2WOKA 4AB6A 1JEUA 2I4CA 1YPNA 3IK6B 1AMFA 4QSEA 4R72A 3O2AA 4G68A 4GXAA 3BFTA 1Y3NA 5TPAA 3WAFA 3LSWA 2F7AA 3HCQA 4GL8A 3S9NC 4R6KA 3U92A 1N76A 3DRJA 3PD9A 1MH3A 4JWXA 3SESA 4QFPA 3S9LC 1B0HA 1B3HA 4U2RA 1ZU0A 2X7QA 5AA2D 5B70A 2O7UA 3MUQA 3PPRA 4H1XA 1NL5A 3K01A 5I2KA 2DQVA 3G7WA 4Q30B 5HM4B 4G4PA 4N07A 5I56A 3IOWA 1QW0A 2FA7A 4DXUA 5H8NB 4OEVA 4DIGA 4PQJA 4GWOA 4G77A 1LCFA 1XOCA 3CVGA 3EHTA 3QSLA 4EQ7A 1MY0A 1HSLA 3FJGA 4OVJA 4MLQA 1WDNA 1SYHA 1IQ7A 3OEKA 4XKPA 2M8CA 5BUUA 1LCTA 4H65A 5I59A 1EZOA 3TMGA 4NWCA 2YJPA 5JTYB 3O66A 3OO9A 3CSGA 1AH5A 2DXRA 3HPIA 3H4ZA 5I2NB 1USYE 5KZTA 4DZ1A 3D4GA 5H8QA 3CI8A 3SEYA 3K0VA 4QFLA 5ICTA 3MZ1A 4IO5A 4KR5A 3MW0A 5A5XA 3K6XA 1UTBA 1IXCA 4ELPA 1RKMA 3IORA 4WEDA 3UA8A 3K1NA 2D3IA 4GRKA 1ZJLA 3TKDA 2DOJA 5I57A 1FQCA 3Q25A 4GL0A 2XXTA 4U22A 1LSTA 3HSTA 4GIZA 3C33A 1SW4A 3ILUB 1Y20A 5CC2A 4LUBA 4TLMB 4ZEIA 4OWDA 3OO8A 3K6VA 3T9VA 1B9JA 4EF1A 3CHGA 1IZ1A 1B3FA 4ZEBA 3IJOB 3IOVA 3TTMA 4X9TA 1BLFA 4H5FA 3W9WA 3FD3A 3H6UA 1OQGA 5AA4A 5JEIA 3SEXA 2D21A 3MQ9A 1MG1A 3PMXA 1MS7A 3JV9A 4YKPA 1MDQA 2OBGA 1B0LA 3FIRA 4IO4A 1B32A 4MFIA 4O3AA 2REGA 1MXXA 2QPQA 1TXFA 2HCAA 4FECA 1P1OA 2CMOA 2OWTA 1UTHA 4POXA 3LR1A 1UIVA 2FNCA 4R73A 3LSXA 3PUZE 4DXBA 2D5WA 1MQDA 2VP1A 1URGA 4KD5A 2F97A 3USDA 2R71A 4KHZE 4ZE9A 4P0IA 3IO6A 2Y7PA 1SDXA 3HHFA 3VXCA 1S50A 4JSDA 3N5LA 5L9MA 1QKBA 1QUKA 4BDLA 2UYEA 3KSJA 4F39A 4RYAA 5H8NA 2QS3A 1P1NA 2NVUB 3K1PA 2P0SA 1PB9A 2DP8A 4HW8A 4WXJA 4KPTA 3ZSFA 1GVCA 4GVOA 5H8FA 4QHQA 3PUVE 1SBPA 4IO3A 3T9XB 3T96B 3N6UA 5L8DA 2I0BA 4Q0CA 1QULA 2B4MA 2RC7A 2AYSA 3N6TA 3EN3A 4ESWA 2UYFA 2I48A 1OIBA 5B7DA 1SW5A 1ZLQA 1A40A 1Y4TA 2WKYA 5TPAB 5JTYA 2GH9A 3R7XA 1JW4A 2Z8FA 5AA2A 1I6QA 1PEBA 3DP4A 4I1DA 4U23A 1FQEA 4F1UA 1SI0A 1WVJA 1POTA 1MY3A 3SEUA 4DXCA 2YPNA 4NMYA 3TQWA 5I2KB 3TTKA 3ZS6A 5I56B 4F31B 1B58A 4MBPA 2PBWA 4NWDA 2R9JA 2XXQA 2Y7WA 2O7IA 3O29A 5DVFA 1B7ZA 4QSDA 3T93B 1DPPA 4MH5A 4PFUA 4OERA 1IXHA 1Z7NE 4R2BA 3TTLA 3QIMA 4U4SA 1SYIA 3IB2A 1Y3PA 1CE2A 3U94A 3KSXA 2XD2A 3KEIA 1B1HA 1JQFA 1D9YA 1BTJA 3CG3A 4GF8A 3CSBA 4FAJA 3C9HA 2UXAA 3CFXA 3CRBA 3BBRA 2A5TA 3QUFA 5I58B 2O1MA 4O3CA 1FQDA 5L9OA 4RNSA 5AA1A 4E0WA 3PAMA 5I84A 3U1OA 2H4IA 5A5XB 5DTBA 1VFEA 4FJPA 4OHNA 2ZYMA 2DVZA 4FATA 3DRKA 3OO7A 2DSFA 3EPEA 3ZKKA 4M4GA 2WOLA 4I9DA 3MP1A 5AE4A 1EZPA 2LAOA 4QF9A 4LZ8A 3O97A 1R9QA 1Q1KA 3OSRA 1R1NA 3IO4A 1MXZA 4GOTA 3TEPA 3FJ7A 3RT6B 4XIGQ 4P0GA 3FGSA 4OESA 4BDQA 1OVBA 3IX1A 4LA9A 3MJNA 1DSNA 5DEXA 2Z23A 3EHSA 3N94A 5TP9B 3G3HA 3OO6A 3H3GA 3D4CA 2Y7RA 2ZXTA 1FQFA 3KN8A 3TCFA 5AA4B 1IIWA 3SEWA 2HZLA 1B51A 3B6QA 2UVGA 3OSQA 2DWAA 4RK9A 1BIYA 1LBCA 4ECFA 4N6PA 3R26A 2I6EA 3BKIB 2R6GE 3TTRA 2NXOA 2PX1A 1FTMA 3EHUA 1UTHB 3KJ7A 3MVXA 5IKBA 3M3FA 3PPPA 5EHMA 3CIJA 2Z8DA 4TLLB 3UIFA 2DWHA 1MPBA 2DE4A 2QJEA 1MM7A 1N3XA 1QUIA 3B7DA 3TODA 4DDDA 4POWA 2QS2A 2V93A 2Q9TA 3U8QA 1B5IA 1S9TA 3FV2A 3G3GA 3RYBA 3K00A 4PE5B 4KI0E 3B6TA 3MBPA 2WOPA 3Q29A 4G8MA 3VE1B 3KJTA 4LATA 2GRVA 4H0WA 3QAXA 3KZGA 1DTZA 2Q8JA 4GLIA 2PT1A 3FASA 4YMBA 3C4MA 3VLWA 4LZ7A 5H8FB 2B4LA 1M5CA 2Z8EA 2KLFA 5FTIA 4Z7EA 1Z7ME 1IEJA 2F5XA 1I6AA 1OVTA 5FHMA 2CZLA 4ZE8A 4IY5A 3FATA 1N3WA 5H8SA 1LB9A 3ECRA 1IXGA 1JW1A 1PDAA 2HQ0A 2YLNA 2THIA 5I58A 4NTLA 1XC1A 5AA2B 4XKRA 2QRYA 3IAZA 1NNTA 4PP0A 1BP5A 4ELQA 5F1QA 1FTKA 3MPLA 4FORA 1QKAA 2VHAA 1YCJA 1ZMGA 3KGCA 1D3KA 4YMAA 2GHAA 1N04A 3RY3A 2W7YA 1DOTA 1SD3A 4JB7A 3PUWE 3HN0A 3OXNA 3P7IA 1D4NA 2H99A 2OWSA 2H9BA 5AA3A 3OEMA 3VDFA 5K2YA 1OQHA 2VOZA 5CBRA 3SEVA 4XTCQ 4RK2A 4F3PA 3O6PA 1SI1A 3ZKLA 3A3CA 1PB8A 1FCKA 3O9PA 2ZYNA 3OOAA 2UVIA 3DRGA 2PYYA 4DCYA 4ISUA 1MDP1 2E0SA 4BDNA 4QRZA 2UVJA 3CR9A 5TP9A 3E3KA 2RCBA 1MQGA 3KFMA 3RQTA 2H25A 1LLSA 1QUJA 5H8HB 4E0XA 3TTNA 4F29A 2RKMA 3DRIA 3TDJA 3FUZA 3TFLA 5KDTB 1TFDA 2ONKE 5DT6A 1NFTA 2A5TB 3RTWB 4IGRA 4ZDMA 3O6IA 1VE4A 2RCAA 2QS1A 1Q35A 1O63A 3O6GA 4U1OA 3FTOA 4C1TA 1LFGA 3MVZA 3S2VA 4H67A 1A54A 3MPKA 2GHBA 1FTOA 5ITPA 1Y1ZA 4IGTA 2OZZA 1J1NA 4PFWA 2XD3A 2GFEA 2XXUA 2F7BA 4OFOA 2ZNUA 1NH7A 1JETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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