4I8CA

X-ray structure of nika in complex with ni-(l-his)2
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The binding mode of Ni-((L)-His)(2) in NikA revealed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 161
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i8cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i8cA01
2WOLA 2G93A 3T9UA 1JEVA 1Z7ME 2YPNA 4G2ZA 5BUUA 3DELB 4H8IA 5DVIA 4MLQA 2ZMBA 2Q88A 4H5GA 3S9NC 2D5WA 4GFRA 3MP6A 1PB8A 1I6QA 1OLAA 3CR9A 4R6HA 1LFGA 2UYFA 5CRYA 3H03A 5H8HB 3O28A 3UIFA 1FTOA 4JBZA 3OO8A 3PMVA 4U23A 1D4NA 3U72A 3EN3A 4R72A 3IJOB 1IXCA 1NNPA 1BP5A 5DVJA 3TTLA 3FJMA 4EXLA 2UVIA 1D9VA 2Y7KA 4TLLB 1ZTYA 3MPLA 5ICQA 1AOVA 1Y3PA 4NF8A 1B32A 4KYDA 3R7XA 3DRKA 2PT2A 4AB5A 1B1HA 1KWHA 3CSGA 4C1UA 3K6UA 2R9JA 1DTGA 5HPQA 2VD2A 3RY3A 4ELRA 3MVZA 3SKPA 2ALUA 2ZXTA 3B6QA 1OVTA 3Q27A 2OWTA 2VD3A 2YLNA 4NF5B 5TP9B 5I2NA 1PB9A 1B40A 3PD8A 3FVOA 3PPNA 4KCDA 3RYAA 4JXIA 1B46A 4QHQA 1B1XA 1SI0A 2Z8DA 3IB0A 1P1QA 3TCHA 2GHBA 4K3FA 4U1ZA 2ZNSA 3CI8A 3WAFA 3K1PA 4JWYA 3MPKA 5AA4A 2CMOA 3IOVA 2Q9TA 4F39A 3SEXA 3Q25A 3HPIA 4GL0A 4NWCA 4IY5A 5I2KB 5AA2A 3TFLA 2XXTA 5H8NA 1A54A 2XXRA 2NVUB 2O1MA 3RN8A 3GBAA 3GZGA 4EQ7A 1JVXA 4YKPA 5A5XA 2Y7PA 3ILUB 4KPTA 4F1VA 1IXHA 4H6DA 1POY1 1PBPA 1ZLQA 2REJA 1DTZA 2PBWA 1JNFA 5HBCA 2Q89A 4Q0CA 1MH4A 3OEMA 1N84A 4U4XA 2X7QA 5CC2A 4XKNA 1VSOA 4ESWA 3BFUA 4JWOA 2B4MA 2XHDA 1SD3A 1DPEA 3C34A 1URGA 4FEBA 1SI1A 4NF6A 4R75A 1JEUA 4NMYA 3HHFA 4LP2B 1WDNA 1DOTA 4MH5A 3A3UA 3KEIA 1R1NA 4JSOA 1EZPA 2KLFA 4GXSB 2XXUA 1B7UA 3MUQA 2NUVA 3DM0A 1B51A 2ZYMA 1PDAA 4RY1A 1HSJA 2V25A 3O66A 3FATA 3Q29A 3KBRA 3OO9A 4OQOA 3MWBA 4ZEBA 3M8UA 1BKAA 2P1SA 1H44A 1PB7A 1B52A 1SW1A 4QFLA 2HQ0A 3H7MA 3S9EA 2DWIA 2XD3A 4TQUQ 3TDJA 4NF4B 1US4A 4LONB 1ATGA 5DEXA 3DP4A 3O6PA 3W9WA 3U8QA 3DP8A 3PAMA 4F3PA 3I6VA 1QKAA 1BLFA 2DSFA 4F29A 1HSLA 5ITOA 1A99A 3RQTA 4LUBA 4OEVA 4KFQA 4LATA 4RNSA 4IGTA 2PMSA 1US5A 2HAUA 1JW5A 2QS2A 2HCAA 2O84X 2A5TB 3IOUA 3OSQA 3G3GA 4OXVA 4H1XA 5TPAA 3K1MA 4N07A 1UIUA 1YCJA 2HXWA 4F18A 1WODA 3H6TA 2UVJA 1URSA 4DCXA 1NKXA 5JK4A 2ONKE 1B3LA 1EU8A 3TCGA 1SVXB 3K6VA 5H8QA 3G7WA 3QYTA 1H43A 2F6PA 3FVNA 2QMXA 1S7YA 3VXCA 3H3GA 1N7XA 3FJGA 1UTBA 1N3WA 3FGSA 2B4LA 4ZE8A 1UTHA 4IO7A 3T9XB 2GHAA 1EZOA 2QRYA 4I62A 5EHMA 3O29A 3K01A 4YB7A 2QS3A 1B0HA 3C35A 4UACA 2OWSA 2ZNTA 4MBPA 3IR1A 3TCFA 2RC9A 2RC8A 2DVZA 2Q8JA 4P11A 4KCCA 1T0KA 3SESA 2O69A 2H5YA 3QXMA 3DRGA 5H8FB 2XXVA 1B5IA 2H9BA 1MDP1 1B05A 3ECRA 3TZAA 3KG2A 4PFUA 4QSDA 3T22A 2XX7A 3UORA 3KN3A 3MVYA 1A7LA 5ITPA 1ELJA 4YKKA 4ELPA 4YB5A 3CSBA 3QAXA 4WXJA 2DQVA 4DXBA 3VDFA 2ESNA 2ONSA 3DRJA 3LBSA 4O3BA 4C1TA 1CE2A 3TTMA 2D3IA 2ZYNA 3BKIB 3RTFB 4YMBA 4WEDA 4NE4A 4ZEKA 1MH3A 3I3VA 3KSXA 1MPCA 1QUJA 3PPPA 2XXXA 3RGYA 4LZ8A 3SDFA 3OO7A 2I58A 5AE4A 4BDRA 3PUXE 3USDA 1SQYA 2X26A 3FJ7A 3TTRA 5I56B 3K1NA 3G3HA 3T96B 1WVJA 3QK6A 4F3GA 4U4SA 1N76A 2HZKA 1MDQA 5BWJA 2I3WA 3CFZA 4PQJA 3RT8A 4RK9A 4QFOA 1LFIA 3G3KA 1USYE 4BLAA 4YAHX 4OTEA 4POWA 3G3IA 3WAEA 3VVDA 1A8FA 2Y7RA 3E4RA 3DRFA 4ZS9A 3T9HB 3RNNA 2IEEA 5I58A 1R6ZA 1R9LA 5F7VA 1NH7A 3VVEA 3HN0A 2DXYA 3MP8A 2FA7A 2I3VA 3OEKA 5I59B 4YKIA 2XXWA 3KFMA 4OVJA 1MG1A 1GR2A 4YB6A 1FQDA 3B6WA 1GTKA 3U1OA 4GVOA 3RPWA 3OELA 3OO6A 2QL3A 3CFXA 4ZEIA 4X1DA 2UXAA 4DDDA 1MQIA 1LLSA 3G3FA 4X9TA 3MVXA 1DMBA 5K2YA 3L6GA 2DE3A 4IO5A 4OFOA 3B7DA 1O63A 4POXA 3MP1A 1P1WA 1AMFA 2UVGA 4ZECA 4KYEA 4F19A 4F3BA 4I1DA 4BDOA 2F36A 3QIMA 2Q2AA 2B3FA 2F35A 1B4ZA 1TXFA 4G68C 1MY3A 3MJNA 2LAOA 4KYSA 4R2FA 2OK2A 1Y3NA 1FTJA 4KD5A 1NNTA 4F1UA 5KZTA 3VE1B 3D4GA 5FTHA 2DP8A 1Y4TA 3IOTA 1ANFA 3PMWA 4E0XA 2QS4A 3W9VA 3CIJA 1NNFA 1USYH 3PU5A 2NXOA 4PFYA 4H67A 1MS7A 4QF9A 4IGRA 4QRZA 2PX1A 5KDTA 1YTVA 4IO4A 4RA1A 4LZ7A 2V93A 3DRHA 3FXRA 5TU0A 2DS9A 3C9HA 2QJEA 1A55A 3KN8A 5DVFA 1ZMGA 1O64A 2O7UA 3N26A 3UK4A 1DPPA 2DOJA 1B9JA 4FORA 1PBQA 2XX9A 1MXXA 4THIA 1B58A 2RCBA 1IEJA 4ELQA 3VXBA 3M3KA 1QULA 2F8DA 3D4CA 1GGGA 3B6TA 3RUMA 1NH8A 5ICTA 3DRIA 4HS7A 3FD3A 4G68A 4IO6A 3MZBA 3PPQA 3THIA 4FECA 2GH9A 1I6BA 4Q30B 3FVGA 3C36A 1H76A 3OXNA 2YJPA 2OBGA 2PVUA 1YAEA 4GLIA 3MQ9A 4RK2A 4PETA 3LSWA 1SW4A 3Q28A 4E0WA 3G3JA 3QSLA 4OENA 4GIZA 2F34A 1Y20A 1B0LA 4H5FA 3TODA 3K6WA 1Y9UA 1IUDA 3LSLA 4PFWA 3IL1B 3PUYE 4LZ5A 5DYHA 4U1OA 5JTYA 2X7PA 4NF8B 1VR5A 2FNCA 1Y1ZA 1UIVA 3K6XA 1SW5A 5I57A 4Q8RA 3FV1A 4ZDMA 2UYEA 5L9SA 4PP0A 1OIBA 1NL5A 1MXZA 4ZEDA 4KR5A 2PYYA 3TELA 4XXUA 4WEPA 3Q26A 4FIMA 2FYIA 1MXVA 4F2OA 2DWHA 1S50A 5I2NB 1BTJA 2XXPA 1LB9A 4QSEA 4C0RA 1JETA 3TAJA 4EXKA 3CHGA 1QKBA 4XTCQ 5CMCA 4IB2A 1B6HA 1LCTA 4EQ9A 1XC1A 1MQGA 5L9MA 1TT1A 2ANJA 2XXQA 4DE8A 2OCUA 3H6WA 4R6YA 5AA4B 5CMBA 1LAXA 4ONYA 4BDLA 5CI5A 5AA2B 2WKYA 2H25A 3PUVE 1QW0A 5H8NB 3FXQA 2M8CA 2R6GE 3IX1A 2Z23A 4QFKA 3TPAA 1RKMA 5A5XB 2Y7WA 2ZYKA 5KCJA 1VFDA 3KJ7A 4EUOA 3M3LA 2V3QA 2NWJA 1XS5A 2O51A 3ODBA 2DYXA 1D9YA 2H98A 2HEUA 1YPNA 1MXYA 1Q1KA 3RLFE 4R73A 5M2VA 2O1LA 3IB2A 5CMMA 2Z22A 3TEPA 4NF6B 1SW2A 3VV5A 4OZ9A 4QSCA 2I48A 2VGQA 3K00A 3JV9A 4OHNA 3OMBA 1JQFA 3MVWA 4NWDA 1NNKA 1FQCA 3MZ1A 1IIWA 5H8HA 3CRBA 1QUKA 4GD5A 4RPNA 3IAZA 2P0SA 3E9XA 3SEUA 4ZE9A 4AB6A 3PUZE 2XXIA 3A3CA 3HCQA 1O7TA 1CB6A 4H65A 5IAIA 1Y1MA 4OERA 4N6PA 4H8JA 1B2HA 1MM7A 5JEIA 4OESA 1Q35A 2Z8EA 1I69A 1MQJA 4HW8A 5DEXB 4OMBA 4DIGA 4XKPA 1OLCA 2F6GA 1LFHA 3KN7A 3IO6A 2I6EA 4Z7EA 3FASA 3IK6B 4M4GA 1B3FA 4TLMB 4GWOA 3PV0E 2XXYA 3O9PA 1IZ1A 4IO2A 5FTIA 1NFTA 2Z8FA 3O97A 2F7CA 1QUIA 3U94A 1P1NA 3S4UA 1SYHA 4NF5A 3R6UA 5TP9A 5TPAB 2DE2A 1M5BA 4R2BA 3KSJA 2QMWA 4BDQA 3OENA 3A09A 1ZJLA 4UA8A 2F97A 3I5OA 4Q5TA 5ISUA 4U22A 1UQWA 1Z7NE 3KOTA 1M5EA 2F7AA 5H8QB 4AQ4A 2RINA 1LAGE 1Y4CA 4FJPA 3T9VA 2G29A 3GLBA 3PMXA 2E1SA 3FUZA 1RYXA 4DZ1A 5FHOA 1B7ZA 5FHNA 1S9TA 2I4CA 3BFTA 2RC7A 1UTBB 1MRPA 4ISUA 4WKMA 1II5A 1UTHB 4G8HA 4IO3A 2XXHA 3LSXA 4U21A 1TFAA 5I2KA 1LCFA 5CBSA 4XIGQ 2PT1A 4YZZA 3V5AA 1R9QA 2DVCA 3OSRA 3S2VA 4O3CA 2V3TA 3O6GA 1B3GA 3H6UA 3OD7A 5DTBA 2B3BA 3QUJA 4G77A 1FCKA 3N6TA 4RXLA 4LQ2A 3M3FA 1QJMA 2IA4A 2ZYOA 4ELOA 2O7IA 4XKRA 1MPDA 1EH3A 2D21A 3U93A 4I8CA 5K2XA 1M5DA 3SEVA 5CMKA 2OLBA 3PGFA 3ZKKA 4GOTA 1MXUA 1FQBA 2R71A 3FZVA 4R9FA 1ZU0A 2GRVA 4JB7A 5L9OA 2VOZA 2OJTA 4YU0A 1TFDA 4RYAA 2OZZA 1ZBMA 4FAJA 3TMGA 4F22A 2QS1A 4FATA 2I0CA 2E0SA 5HM4B 1XVXA 3CVGA 4ND9A 1FTMA 3UP9A 1GVCA 3MC2A 1LAHE 4QFNA 2I0BA 3CG3A 1B5HA 3VFJA 3MBPA 4NF4A 1H45A 3LC8A 2DWJA 3FV2A 4R9GA 1XHYA 1MXWA 3ZKLA 1XVYA 4RPOA 4G4PA 4LA9A 3KJTA 2I49A 3TUSA 4F1YA 2O68A 2V3UA 2W7YA 3VLVA 2DXRA 4HCYA 4O3AA 3EHTA 1L5TA 2B65A 3T93B 1MPBA 4RJZA 4DCYA 2WOPA 2ABHA 1EZ9A 2BJJX 3C32A 2NOOA 1TWYA 4YMAA 2A5TA 4OEUA 4F3SA 4OWDA 2AL4A 5I58B 1DSNA 1Y3QA 3E13X 3K2DA 3TQLA 3VLWA 1M5FA 1PEBA 2A5SA 5H8SA 2RF1A 1NMUA 3DLNA 3JYRA 3H6VA 1FTLA 1B4HA 4KI0E 1J1NA 2F5XA 3EQ1A 3S9LC 4R6KA 1SYIA 4ZEFA 3N6UA 1MY4A 1FW0A 3FIRA 3O6HA 1ZIUA 4X48A 4HTGA 1OQGA 3KOSA 3AXFA 1QVSA 3HO7A 3EF7A 4OYVA 2I4BA 2DE4A 3FTOA 4MLVA 3IB1A 3SETA 3N94A 4DLDA 4NEDA 4ESXA 3MAMA 1JW1A 3TYHA 3HV1A 5B70A 3PPOA 1FQEA 4ECFA 4XKQA 2V84A 3EPEA 4KHZE 1A40A 3V8XB 1LSTA 4P0GA 4GL8A 3JZJA 2ZNUA 1MY1A 5J1DA 4QFPA 2UVHA 4F31B 4X1BA 3P7IA 4PFTA 1I6AA 1D3KA 3C4MA 4EDPA 5H8FA 3QUFA 3CFLA 2Y7IA 1SDXA 4GQOA 2CZLA 1MQHA 4IY6A 3UA8A 4L17A 5EYFA 3S9MC 1ZKBA 5EHSA 4EF2A 1JVYA 5CM6A 1XT8A 4LQ5A 3O2AA 1N3XA 3ZSFA 2Y84A 4I9DA 2HFBA 3SEWA 3LR1A 2O6AA 1OMPA 3FXUA 2Q2CA 5KDTB 1N04A 5FHMA 2H4IA 5F1QA 4F2QA 4MFIA 4ZZAA 4EQBA 4GF8A 1FQAA 1OVBA 1VE4A 3OOAA 1MQDA 2ONRA 3EHUA 4BDNA 5AA2D 3KGCA 1RYOA 3HSTA 3PUWE 3ILTB 5I56A 3H4ZA 1MY2A 3IORA 3TTNA 1AIVA 1LAFE 5DT6A 4U2RA 2XD2A 1M5CA 3ONMA 2VHAA 4M1VA 4EF1A 1P99A 4LVQA 2F7BA 3R26A 4DXCA 4TOZA 5L8DA 4G68B 4JSDA 4G8NA 1HSEA 3MW0A 3LSFB 4PE5B 3HHGA 1PC3A 4JWXA 1MY0A 3RYBA 5ELVA 5I59A 1B5JA 2AYSA 3TKDA 1XOCA 3F11A 4NTLA 4OFJA 3KZGA 4JDFA 1JW4A 2THIA 3N5LA 4YKJA 3K0VA 1P1UA 2AIXA 1F9BA 2QPQA 2H99A 2QSXA 1IXIA 1LBBA 4H0WA 3GXAA 4P0IA 3H06B 1URDA 1AL3A 2REGA 1SBPA 5JTYB 3K02A 3V83A 4ZZEA 3UGWA 5B7DA 3RT6B 1B7HA 2GFEA 1N7WA 3IOWA 5I57B 3IJXB 3T66A 1IQ7A 1GV8A 3EHSA 3C31A 1IXGA 1LGBC 1FQFA 3O6IA 4GXAA 2HAVA 1IITA 2AL5A 3TQWA 2RKMA 3K4UA 3FVKA 2VP1A 3GBBA 1BIYA 4MF3A 3W15C 4Z0IA 1FTKA 3SEYA 2F78A 4BDMA 2RCAA 4YICA 1AH5A 1B3HA 3L6HA 2XX8A 1A8EA 4R74A 3DP6A 3ZS6A 2WOKA 3IO4A 1LB8A 4KQPA 2P2AA 4HCWA 3UN6A 3PD9A 1P1OA 1OQHA 3SERA 4OETA 1MM6A 3PPRA 3MZ9A 3U92A 3VLUA 1H3DA 1POTA 5IKBA 3BBRA 4FEDA 3CG1A 2HZLA 4G8MA 1LBCA 1N0TA 5AA3A 3V89B 5LOMA 3LUYA 4DXUA 5KCJB 3E3KA 5AA1A 4GRKA 2DWAA 4FE8A 5CBRA 3TTKA 3LVUA 3VVFA 1B3EA 3C33A 4OFLA 4N13A 1VFEA 5I84A 3RTWB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDZA 2WOLA 2G93A 4HE0A 3T9UA 1JEVA 4PF8A 1Z7ME 3HFUA 2YPNA 4G2ZA 5BUUA 3DELB 4H8IA 5DVIA 4MLQA 1DCUA 2ZMBA 2Q88A 4H5GA 3S9NC 2D5WA 4GFRA 3MP6A 1PB8A 4MNIA 1DBZA 1I6QA 1OLAA 3CR9A 4R6HA 1LFGA 2KQZA 4PFRA 4KXPA 2UYFA 5CRYA 3H03A 5H8HB 3O28A 3UIFA 2XXKA 1FTOA 4JBZA 3OO8A 3PMVA 1FBFA 4U23A 5ET6A 1D4NA 3U72A 4PFBA 4PAIA 2PCRA 3EN3A 4R72A 3IJOB 1IXCA 1NNPA 4UABA 1BP5A 1FPEA 5DVJA 3NOHA 4X8RA 3TTLA 3FJMA 4EXLA 2UVIA 1D9VA 2Y7KA 4TLLB 1ZTYA 3MPLA 5ICQA 1AOVA 1Y3PA 4NF8A 1B32A 4KYDA 4OVPA 3DRKA 3R7XA 2QFLA 2PT2A 2WBBA 4AB5A 1B1HA 1KWHA 3CSGA 1IMDA 4C1UA 3K6UA 2CEXA 2R9JA 1DTGA 5HPQA 2VD2A 3RY3A 4ELRA 3MVZA 3SKPA 2ALUA 2ZXTA 3B6QA 1OVTA 2DDKA 3Q27A 1YXIA 2OWTA 2VD3A 2YLNA 4NF5B 2P3NA 5TP9B 5I2NA 1PB9A 1B40A 2CZKA 3PD8A 3FVOA 3PPNA 4KCDA 3RYAA 4JXIA 1B46A 4H45A 4QHQA 1B1XA 1JP4A 1SI0A 2Z8DA 1FBHA 3IB0A 1P1QA 3TCHA 2GHBA 4K3FA 4U1ZA 4I3EA 2ZNSA 3CI8A 3WAFA 3K1PA 4JWYA 2HXRA 3MPKA 5AA4A 2CMOA 3IOVA 2Q9TA 4F39A 3SEXA 3Q25A 3HPIA 4GL0A 4NWCA 1NV7A 4IY5A 5I2KB 5AA2A 3TFLA 1RDXA 2XXTA 5IZ3A 2XWIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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