4I8CA

X-ray structure of nika in complex with ni-(l-his)2
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title The binding mode of Ni-((L)-His)(2) in NikA revealed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 161
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i8cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i8cA01
1M5FA 2Q88A 5H8HB 2HAUA 3GBAA 1POY1 3R26A 3TEPA 1PB7A 1Q1KA 4H0WA 2O68A 2DS9A 5H8HA 5AA2A 5KZTA 3N26A 1B3EA 2FNCA 1TWYA 3RQTA 1MQGA 3WAEA 4ZDMA 5EHMA 3VVFA 2BJJX 2DYXA 1H44A 2ANJA 3DRKA 1GTKA 1JQFA 5DT6A 3G3JA 5DEXA 4R75A 1YPNA 1OMPA 2WKYA 2Y84A 1UIUA 2DVZA 3DP6A 3H6UA 4IO7A 3VLWA 5I59A 3FATA 1H43A 2G93A 4OEVA 1QKBA 4ZEKA 4DCYA 3PPOA 1QULA 3MJNA 3O29A 2F7AA 4IO4A 4IO5A 3U94A 4ND9A 4GIZA 4O3CA 4YB7A 2IEEA 3OSQA 2Q89A 1UTHA 4Q30B 3OENA 1XS5A 1USYE 2DQVA 3KOTA 5I57B 1M5DA 2D5WA 1QVSA 4H1XA 1PBQA 3PD9A 2A5SA 2QMWA 2DVCA 1B3GA 1NNKA 4OWDA 2PT2A 3TYHA 3EPEA 1HSJA 2V3TA 3FUZA 2XXUA 3H6WA 3CR9A 2XD3A 3GXAA 4DIGA 4ESXA 2F8DA 3TODA 1N3WA 2XHDA 4C1UA 4N6PA 4KI0E 2P2AA 4WKMA 3MBPA 4F1VA 1LSTA 3VDFA 2XD2A 2Y7RA 4JWXA 1LGBC 2WOPA 4GXAA 1XHYA 3KFMA 3SETA 4R9GA 4R74A 1B7UA 3B6TA 4F22A 1J1NA 1O7TA 2DSFA 5CMCA 3A3CA 2QS1A 3PD8A 5B7DA 2F97A 5CMBA 4JSOA 2I49A 3FXRA 4LATA 2B3BA 3SERA 5DVJA 4OMBA 1IEJA 3ZS6A 2UVJA 1RKMA 1II5A 3O6IA 5FHMA 3OO9A 3L6HA 4KYEA 4ZEFA 3PMVA 3FXUA 4P11A 3C32A 5ITOA 4HCYA 4RA1A 3RPWA 2DP8A 2A5TB 3U8QA 3OMBA 3G3GA 3QSLA 2XX7A 1M5EA 3IB2A 1MPDA 2O51A 1AIVA 4GQOA 3C36A 1I6BA 5H8QA 1EH3A 3PU5A 4QFLA 1SW1A 3TELA 2NWJA 1R1NA 3O66A 4K3FA 1Y3QA 2HQ0A 3IB0A 4F2QA 3H06B 2VHAA 3K6VA 4EUOA 2F7BA 4IGRA 1S50A 3DP4A 4U23A 3OD7A 5H8FB 2RINA 1DMBA 3QUFA 4TLMB 2XXPA 1MY4A 5KCJB 2I58A 2GFEA 4XKPA 3FVOA 4JWOA 3SDFA 2XXYA 1US4A 4ZZAA 3LSXA 4GL0A 4PFYA 1A8FA 3N6UA 5L9MA 5I2NA 4LQ5A 5M2VA 4NWCA 2RKMA 1PBPA 1ZJLA 3IB1A 5F7VA 3MUQA 2GHAA 3TCGA 1LBCA 1S9TA 4YZZA 4EQ9A 5BWJA 1Y3NA 3VXBA 1FQBA 3K00A 3OO8A 2ONRA 1IZ1A 3IO6A 3MQ9A 5KDTB 2QRYA 3H6VA 5AE4A 5TPAB 2XX8A 2H9BA 3BKIB 3U92A 1JEVA 4GVOA 1NL5A 2FA7A 1ZKBA 2AYSA 2ZYOA 3EN3A 1PB9A 4NF6B 4N13A 1SBPA 1FQEA 3DRGA 3EQ1A 1MY3A 2E1SA 4R72A 1LAHE 5ISUA 2O7IA 3PUWE 4ZEBA 2B4LA 3W9VA 3N6TA 5AA3A 2F36A 1ANFA 2CMOA 2ZYNA 1MQIA 2NOOA 3FJMA 4WEPA 3ONMA 1XOCA 4RXLA 4NF5B 2VD3A 4KHZE 4YKIA 4ECFA 4LUBA 2V93A 1B3FA 4NF8B 4OFOA 2DXYA 4GOTA 2RCAA 4LP2B 3LVUA 4F1UA 1JVXA 3OEKA 1LAXA 4IB2A 2Y7PA 1MXWA 4XIGQ 3TUSA 3VV5A 5JK4A 1D9VA 3DRIA 3ZKKA 3DLNA 5I84A 1DPEA 1TFAA 2YJPA 4G8MA 4E0XA 5F1QA 4ZE8A 1VE4A 3H03A 4R73A 3S9MC 3FD3A 4H65A 5FTIA 2Z23A 3JV9A 4DZ1A 4NF4A 3MZ1A 2HEUA 3R7XA 4AB6A 2GRVA 4MFIA 5TP9B 3MVWA 3HN0A 3LC8A 3WAFA 3TCFA 2AL4A 1N84A 3MVYA 3KEIA 2F78A 1FQCA 4OERA 3DRFA 1OVTA 4TQUQ 4JWYA 1A8EA 3MPKA 2H99A 1H45A 2Q2CA 3HCQA 2W7YA 4POWA 2X7PA 2F34A 5EHSA 2HFBA 2XXIA 4YAHX 3IL1B 2UXAA 2H25A 4U22A 3TTMA 4MLVA 5ITPA 1A54A 5I56A 2REGA 4X1BA 2I3WA 4Q8RA 2QSXA 1PC3A 3TTKA 1JETA 1MXYA 1EZOA 4N07A 1LFGA 2DWJA 2O1LA 3QIMA 4TLLB 3M8UA 2XXRA 4G68A 1FTMA 1AH5A 1NFTA 2PMSA 2WOKA 3BFUA 3HSTA 3OSRA 4L17A 3IJXB 2IA4A 4OQOA 1LCTA 5BUUA 1M5BA 5FHOA 4RNSA 1JW1A 4IGTA 1N3XA 4GD5A 4BDOA 2RF1A 3U1OA 1ZBMA 2O1MA 5J1DA 4QSCA 1AL3A 1QUIA 2O6AA 3K6UA 3IOWA 4IO3A 4LZ5A 4EF2A 3LSFB 3T9HB 3VVEA 4QF9A 3SKPA 5IAIA 1SW2A 2F6PA 1R9QA 2HZLA 3G7WA 1YCJA 1LFHA 3PPRA 1MH4A 3O6GA 4IO2A 5AA4B 4O3AA 3MP1A 3IX1A 3V8XB 4G68C 4HCWA 3EHSA 4QFKA 4GXSB 3LBSA 4R6KA 4YU0A 3IOUA 3KJTA 2QS3A 5CI5A 1OLAA 2ONSA 4YKJA 1B5JA 4M1VA 4AB5A 1NNFA 4I1DA 3TCHA 2R9JA 1P1WA 4GWOA 3KZGA 3ZKLA 2XXXA 3E4RA 3I6VA 1HSLA 2ONKE 2VD2A 3FV1A 4KYDA 1WVJA 5ELVA 4OTEA 4EQBA 2OCUA 3ILTB 5JTYB 4NEDA 3PUXE 4PP0A 4BDNA 4R6YA 5CC2A 2OWTA 1ZIUA 2HZKA 2B3FA 1NMUA 3IO4A 1DTGA 1I6QA 1QKAA 3CVGA 2V3QA 2H5YA 3V83A 1SD3A 2I4BA 5I57A 3VE1B 2Q8JA 5HM4B 2THIA 3S2VA 2QS2A 4YB6A 4ELOA 1MXXA 4QSEA 2Y7WA 3K6XA 2Y7IA 2GH9A 2V84A 3SEUA 3PUZE 1P99A 3N94A 4F39A 1BP5A 3H4ZA 2UYFA 4H8IA 4HS7A 4NWDA 2DWAA 1DPPA 4LQ2A 4KFQA 1SI1A 3MWBA 4R2FA 1Y4CA 1O63A 3VXCA 1XVXA 1CB6A 3IK6B 3RNNA 1UTBB 3B6QA 3I3VA 4FE8A 4FEDA 4DLDA 3OO7A 3T22A 4ONYA 1SW4A 3RYAA 2E0SA 4GF8A 2DE2A 1I6AA 2OWSA 2R71A 1B46A 4LONB 2NXOA 4WEDA 2UYEA 4DXCA 1YAEA 2H4IA 5L9OA 1IXGA 4GLIA 5H8NB 1NH7A 4XKNA 1PEBA 1SQYA 5L8DA 2F7CA 4H5FA 3TZAA 4I9DA 2HAVA 1PB8A 3G3KA 3S9NC 1XVYA 2UVGA 2P0SA 5H8NA 1B58A 4ZEIA 2A5TA 3LUYA 3PPPA 4EDPA 2DOJA 2Q9TA 1FTOA 3H3GA 1B40A 3O6HA 2FYIA 4BDRA 2V3UA 3R6UA 1O64A 4O3BA 3MPLA 5ICQA 1Y1MA 1M5CA 1OQHA 1AMFA 3W9WA 4KCCA 3MZ9A 1LCFA 5I2KB 1FTLA 1IUDA 1Y4TA 4EQ7A 1UQWA 3GLBA 3I5OA 5H8FA 1ZU0A 2VGQA 2O84X 3HHFA 1JEUA 2B4MA 2OJTA 2I0CA 3K0VA 2ZNTA 3MAMA 5KCJA 3CSBA 1B0HA 1BLFA 3K01A 4P0IA 2F35A 3KBRA 2ZNUA 1H76A 2ALUA 2WOLA 4RK9A 2ZNSA 4DXBA 3T96B 3IORA 2HXWA 4XXUA 3U93A 2I4CA 3A09A 3V5AA 2H98A 4QFOA 4XKRA 4JDFA 3N5LA 3C35A 2QJEA 1Y3PA 2ZMBA 1Z7NE 1TXFA 3MP6A 4PFUA 3RT8A 1R9LA 1JNFA 1MPBA 5JEIA 4Q0CA 1B3LA 2Z8FA 2YPNA 1NNPA 4GRKA 3QUJA 3S9EA 5KDTA 4QFNA 5TPAA 2DWHA 1LB8A 3Q25A 3THIA 1SYHA 4QHQA 4H5GA 2PVUA 3IJOB 3E9XA 3PMXA 2ZYKA 2D3IA 3JYRA 1DSNA 3Q29A 1KWHA 4NF6A 3TKDA 4H6DA 3TAJA 4KPTA 3DRJA 3KN8A 2PBWA 5FHNA 1VR5A 4U4XA 2Q2AA 3CRBA 1B05A 3A3UA 3G3HA 2OK2A 3OXNA 2UVHA 3OOAA 3M3FA 1SW5A 4NF5A 2DWIA 1A55A 1IXHA 1LFIA 2D21A 4NF8A 3SESA 1GV8A 1B1HA 5DTBA 3RUMA 3K1MA 4OVJA 4BDQA 4Q5TA 4FORA 1ATGA 3VLUA 2ABHA 4X48A 3HPIA 1IQ7A 4MLQA 3KSJA 4RPOA 5LOMA 1MY1A 4OEUA 3C34A 1XC1A 3T66A 4R6HA 3KN3A 4GFRA 5H8SA 1LLSA 1FQAA 1EZPA 1H3DA 4F3SA 4OETA 3ZSFA 2QS4A 4EXKA 3PMWA 3O2AA 2PX1A 3C9HA 4HTGA 2CZLA 3FVNA 1VSOA 4OZ9A 2RC9A 5I58B 1IIWA 3UIFA 3QXMA 5TP9A 4ISUA 2Z22A 1B4HA 4YB5A 2I6EA 1A40A 1N04A 4AQ4A 4OYVA 1S7YA 1WODA 4ESWA 1B2HA 3U72A 4U1OA 1CE2A 3CG1A 3RYBA 3CG3A 4I8CA 1MPCA 4RYAA 4OFJA 3D4CA 1RYXA 4U2RA 3CHGA 2DE4A 4F3GA 4U1ZA 1B52A 1MH3A 4FEBA 4NE4A 4FAJA 1BTJA 3PV0E 2ZXTA 3T93B 2NVUB 1DTZA 2UVIA 3DP8A 3K02A 1XT8A 1ZTYA 1LB9A 1MY2A 3MZBA 1US5A 4QFPA 2QMXA 3E3KA 4IY6A 5AA2B 1OLCA 1TFDA 4P0GA 3K6WA 5TU0A 2GHBA 3RTWB 4YICA 1EZ9A 1B0LA 2X26A 1JW4A 2AL5A 2ZYMA 1QUJA 3IOVA 5DEXB 3RY3A 1SYIA 1YTVA 4LVQA 1MRPA 3FGSA 2XXWA 2XXVA 5AA4A 5A5XB 1VFEA 3S4UA 4E0WA 4F2OA 2RC8A 4RY1A 1A7LA 4FATA 5I59B 3UP9A 4G8NA 3QAXA 4MH5A 1B6HA 3T9UA 1NKXA 5A5XA 3SEYA 1FTJA 2QL3A 3RT6B 1ZMGA 4PETA 1AOVA 1B9JA 1URDA 2XXTA 1IXIA 3B6WA 3PAMA 1Y20A 1MQDA 1Q35A 1UTHB 3DRHA 4XKQA 1GGGA 1P1OA 1N7WA 1MQHA 1MXVA 1WDNA 3LR1A 3K2DA 3S9LC 1HSEA 4ELQA 5JTYA 4BDLA 4PE5B 4RK2A 3RGYA 4QSDA 1MDP1 4ELRA 3C4MA 3UGWA 4MBPA 3AXFA 1SDXA 1LAGE 4ZEDA 4OESA 5AA1A 1MXZA 1T0KA 4G77A 1MDQA 4JSDA 3TTNA 2P1SA 1SI0A 3TMGA 2PYYA 4TOZA 3Q28A 1DOTA 4PFWA 1JW5A 3FTOA 1LAFE 1OVBA 3VVDA 1POTA 2OLBA 3H7MA 3O97A 1VFDA 5B70A 1B7HA 4C0RA 1R6ZA 1Z7ME 2ESNA 4YKKA 2AIXA 4F1YA 2F6GA 4X9TA 1FQFA 1L5TA 1OIBA 4FJPA 4KYSA 1UTBA 2B65A 3JZJA 1B5HA 1B1XA 4FECA 4X1DA 1IITA 4LZ7A 2OZZA 4ZS9A 3PPNA 4I62A 3HHGA 1B3HA 1Y9UA 3E13X 5FTHA 3DELB 3KSXA 4C1TA 4DXUA 5H8QB 1MM7A 2REJA 3M3LA 3USDA 3OEMA 1D3KA 1N7XA 1RYOA 1QJMA 2O69A 2QPQA 4BDMA 1NNTA 2RCBA 3L6GA 2I0BA 2O7UA 2VP1A 1P1UA 4F31B 3FJ7A 3FVKA 3IOTA 3TQWA 3MVXA 3B7DA 2F5XA 3FIRA 1B4ZA 2VOZA 2X7QA 4JB7A 3FJGA 1GVCA 3LSLA 5EYFA 3RTFB 1P1NA 1URGA 5DYHA 4DDDA 1B7ZA 2G29A 1ZLQA 3VFJA 3QYTA 1A99A 2R6GE 4YKPA 3UORA 3KG2A 4KR5A 1I69A 5I2KA 5I2NB 5CMKA 3IAZA 4GL8A 3TFLA 1GR2A 4M4GA 4YMAA 4PFTA 1B51A 3W15C 2Z8EA 5DVFA 4F19A 3PUYE 3G3IA 3T9XB 4ZECA 2NUVA 4F29A 2KLFA 5AA2D 2M8CA 1Y1ZA 1F9BA 5HPQA 3PPQA 3CFXA 3GZGA 4LA9A 4ZE9A 4F3PA 2HCAA 3P7IA 3M3KA 1MXUA 4U4SA 3CFLA 3O9PA 3KGCA 2DE3A 3BBRA 1MM6A 2DXRA 3SEXA 4HW8A 3TPAA 4POXA 3OO6A 3FV2A 4NMYA 4F18A 4Z0IA 4QRZA 1QUKA 4DCXA 3RN8A 1TT1A 1OQGA 2XX9A 1B32A 1UIVA 3O6PA 3MC2A 3C33A 4U21A 3TQLA 3ECRA 3KN7A 1SVXB 4LZ8A 1BIYA 5L9SA 4OFLA 3KOSA 3ILUB 4ELPA 3MVZA 3RLFE 3EHUA 4G8HA 4BLAA 3FXQA 3UK4A 3C31A 1N0TA 4UA8A 5K2XA 2OBGA 1URSA 3VLVA 4IO6A 1MY0A 4XTCQ 1N76A 5DVIA 5HBCA 2Z8DA 4NTLA 5CBSA 3HO7A 1D9YA 4ZZEA 1BKAA 1D4NA 4R2BA 3D4GA 3CSGA 3UN6A 3F11A 3V89B 5CMMA 4JXIA 3GBBA 4G2ZA 4THIA 1MG1A 1FQDA 3FVGA 3K1PA 2PT1A 5CBRA 3TTLA 4KD5A 3FZVA 4NF4B 5CM6A 3KJ7A 3MP8A 1NH8A 4F3BA 3ODBA 1QW0A 4OXVA 4RPNA 4H8JA 1B5IA 3Q27A 2I3VA 3CFZA 4EF1A 1FCKA 3O28A 3PUVE 3EF7A 3Q26A 1P1QA 5K2YA 2I48A 3K4UA 4UACA 3EHTA 1FW0A 1JVYA 4KQPA 4OHNA 3OELA 3G3FA 2YLNA 1USYH 3CI8A 2LAOA 4Z7EA 4WXJA 4FIMA 5CRYA 4OENA 3SEVA 4YMBA 3BFTA 3CIJA 4G4PA 4JBZA 1PDAA 3SEWA 3FASA 5I58A 2XXQA 2XXHA 5I56B 3TTRA 2V25A 1LBBA 3IR1A 4IY5A 4R9FA 4H67A 5ICTA 3DM0A 3TDJA 1ELJA 1FTKA 5IKBA 4G68B 3QK6A 4EXLA 4KCDA 1IXCA 3HV1A 3LSWA 3UA8A 1MS7A 3H6TA 4DE8A 1MQJA 2RC7A 4PQJA 4RJZA 4MF3A 3T9VA 1EU8A 3MW0A 3K1NA 3PGFA 2Y7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M5FA 2Q88A 5H8HB 1VDWA 2HAUA 3GBAA 1POY1 1NUZA 4MIJA 3R26A 3TEPA 1PB7A 1Q1KA 4H0WA 2O68A 2MKZA 2DS9A 5H8HA 5AA2A 4PAFA 5KZTA 3N26A 3BIGA 1B3EA 2QVVA 2FNCA 1TWYA 3RQTA 1MQGA 3WAEA 4ZDMA 5EHMA 3VVFA 2BJJX 2DYXA 1H44A 2ANJA 3DRKA 1GTKA 1JQFA 5DT6A 3G3JA 5DEXA 4PFBA 3SZPA 4R75A 1YPNA 1OMPA 2WKYA 2Y84A 5J16A 1UIUA 2DVZA 5IZZA 2CEYA 3DP6A 3H6UA 4IO7A 2QFLA 3VLWA 5I59A 1FPBA 3FATA 3NOHA 1H43A 4GWWA 1NV5A 4MMPA 4PAKA 2G93A 4OEVA 1QKBA 4ZEKA 4DCYA 3PPOA 1QULA 3MJNA 3O29A 4XFEA 2F7AA 4IO4A 1BK4A 4IO5A 3U94A 4ND9A 4GIZA 4O3CA 4YB7A 2IEEA 3OSQA 2Q89A 1YXIA 1LBZA 1UTHA 4Q30B 1NUWA 3OENA 1XS5A 1USYE 2DQVA 3KOTA 5I57B 1M5DA 2D5WA 1QVSA 4GWYA 4H1XA 1PBQA 3PD9A 5DW8A 1IMDA 2A5SA 2QMWA 2DVCA 1B3GA 1NNKA 4OWDA 2PT2A 3TYHA 1IMEA 3EPEA 1HSJA 2V3TA 3FUZA 4H46A 1LBVA 2XXUA 3H6WA 3CR9A 1KA0A 2XD3A 3GXAA 1FBEA 4DIGA 4ESXA 2F8DA 3TODA 1N3WA 2XHDA 4C1UA 4N6PA 4KI0E 2P2AA 4WKMA 3MBPA 4F1VA 1LSTA 3VDFA 1FJ9A 4MCOA 1AWBA 2XD2A 2Y7RA 4JWXA 1LGBC 2WOPA 4GXAA 1XHYA 1FPLA 3KFMA 3SETA 4R9GA 4R74A 1B7UA 3B6TA 4F22A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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