4I8CA

X-ray structure of nika in complex with ni-(l-his)2
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The binding mode of Ni-((L)-His)(2) in NikA revealed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
total genus 161
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i8cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i8cA01
3T9XB 3CFLA 2VD2A 1I6BA 2H9BA 3H6VA 4IO3A 4OXVA 3RTFB 4E0WA 3FXUA 2DOJA 4GL8A 3IJXB 1H43A 1NNPA 1M5FA 4IO4A 2H5YA 4KFQA 5JK4A 1O7TA 1GTKA 4LA9A 2DXYA 2FYIA 2DWIA 2DQVA 2QS4A 2H98A 2V93A 4PE5B 4GFRA 2RF1A 4GD5A 3TTLA 3H3GA 2VGQA 1DSNA 2DSFA 5I58A 4LONB 3VDFA 1H45A 1MY0A 4F19A 1TXFA 3PD8A 2DWHA 1D3KA 4WEPA 4HCWA 3G3JA 4NTLA 3R6UA 5I56B 5FHOA 1A55A 2XXHA 2ZYMA 3CSGA 1IIWA 2I4BA 3SEYA 1B58A 1YCJA 2HQ0A 1MRPA 1A8FA 2DE4A 4H5GA 4XIGQ 3TODA 3FUZA 3U72A 4FECA 4TQUQ 3R7XA 1YTVA 4OVJA 1LB8A 3LSWA 1OVBA 3C9HA 4BLAA 1XC1A 1LAFE 3MP8A 3G3FA 3CSBA 4C1UA 4JWXA 1CB6A 2A5SA 1OLAA 3PUWE 4F31B 1J1NA 4GQOA 3W9WA 3FV2A 1P99A 1UTHA 3OENA 3F11A 2RC8A 1QUKA 2E0SA 3S9MC 4RPOA 3RY3A 2XX9A 1A54A 4DXUA 4F2OA 5IKBA 4GIZA 1B3HA 4NF4B 1IXCA 3FTOA 3RYAA 3K0VA 2Q8JA 4OFOA 3EHSA 3DP4A 2YLNA 5DTBA 3Q27A 3MW0A 4ZEFA 2KLFA 3MP6A 3LUYA 2UVHA 1Q35A 4FORA 5DEXA 4QSCA 4EXLA 4MLVA 3IB0A 2F7CA 4H5FA 2WOLA 2P1SA 5EHSA 5ICTA 5L9OA 2VHAA 4U21A 3E13X 3K4UA 2UVIA 1LFIA 1R9QA 1OQHA 3PUXE 1SYHA 1XT8A 3MAMA 2I49A 4Q5TA 2HAUA 3OOAA 3G3GA 3KEIA 1FQDA 4FJPA 3FATA 4IO5A 1EU8A 1FW0A 1IXIA 1LCTA 4LZ5A 3IAZA 3FV1A 3MVXA 3K01A 4R6HA 4NF6B 1MQDA 2DVCA 4TLLB 2QRYA 4QHQA 4F1YA 2Z23A 3CVGA 2PX1A 3K6VA 3HV1A 2X7PA 2Z8FA 3GXAA 2AYSA 4ESWA 5AA4B 3RGYA 1SW4A 1B40A 1A40A 1ATGA 2XXUA 3KN3A 4OZ9A 1PC3A 1NH7A 4BDMA 2R71A 4NF4A 5LOMA 4ND9A 2ZYOA 3OXNA 1DTGA 1F9BA 2B3FA 1B7HA 1SBPA 2Y7KA 2PT2A 5ELVA 2QS1A 4LQ5A 1MH4A 3MC2A 2REJA 4JXIA 1MQHA 1KWHA 4OQOA 3PUVE 2D3IA 2XXYA 3SEXA 2AL5A 4FATA 3OO6A 4U1ZA 1RKMA 1Q1KA 3G3KA 4YKPA 3O6IA 3PPQA 2LAOA 4ELPA 1P1NA 3KZGA 2XX7A 3MVYA 1N76A 3UA8A 3HCQA 4LP2B 2D21A 1M5DA 1PB8A 3IOVA 4H65A 1SQYA 4PQJA 2XX8A 5K2YA 1DTZA 2Q88A 4NF6A 3M3LA 1MY3A 1SW2A 3AXFA 2Z22A 3VVFA 1B32A 3FVGA 4OEVA 1B2HA 3ECRA 4YU0A 1MQJA 1ZBMA 4JBZA 4X9TA 5AA4A 1GR2A 2RCAA 3PUZE 2PVUA 4AQ4A 2GRVA 4QSEA 1A7LA 4IGTA 3GBAA 4MBPA 3LVUA 4PFUA 1D4NA 4NEDA 4U4XA 3TELA 3DRGA 2VOZA 1PB9A 3JV9A 1USYH 3CFXA 1PBQA 1US5A 4X48A 4RPNA 4H0WA 3V5AA 1MQIA 4ELQA 1MXXA 3O66A 4MH5A 1B51A 4X1DA 1FQFA 1XHYA 3EQ1A 3P7IA 4F29A 2O7IA 1URDA 5FTIA 3CG1A 2F36A 3U93A 1VFDA 2P2AA 1VR5A 5HBCA 4H1XA 5CBRA 3EF7A 3UORA 3MJNA 4MF3A 4F3SA 2QL3A 2HCAA 1IZ1A 4ISUA 4M4GA 2REGA 4Z0IA 4IO6A 1AOVA 5EYFA 3TCFA 2ZXTA 2RKMA 2XXXA 2I48A 3BBRA 3Q26A 4P0GA 4G8NA 2F7AA 3CHGA 5KCJB 3LSFB 1ZIUA 2DWJA 4GOTA 2DXRA 1BTJA 1MM7A 1MY1A 2XXQA 1HSLA 3H6UA 1PDAA 3EHTA 1POTA 2O84X 2O6AA 1II5A 3KSJA 3FD3A 1MPDA 1SW5A 1ELJA 3RQTA 1DOTA 4BDLA 3S2VA 4LATA 3ZKKA 5CMKA 5DYHA 1IUDA 1SD3A 1JETA 1Y20A 3D4GA 2WOKA 3RPWA 2ZYKA 1LAHE 4HTGA 1Z7ME 3HN0A 2DVZA 1QUIA 1PB7A 1DPEA 3B7DA 4H8JA 3VLWA 4ZEKA 4ZDMA 2Q2CA 3UIFA 1R6ZA 4PP0A 4UA8A 5H8QB 4WEDA 3VXBA 1B0HA 4OEUA 3L6HA 5DVJA 1B4ZA 3WAFA 2G93A 4IB2A 4YB5A 5CMMA 2IA4A 2ZNSA 4NF8B 3PPNA 4AB5A 4C0RA 3C32A 4E0XA 3L6GA 3T9HB 5I2KB 2QMXA 3K1NA 3TZAA 4GF8A 4R75A 1SVXB 1CE2A 4ELOA 4ZZEA 1MXYA 3FJGA 1ANFA 2P0SA 2XHDA 3SEUA 4ZE8A 5AE4A 4R6KA 3R26A 4N13A 4N6PA 5F7VA 1H44A 2OCUA 5KCJA 5HPQA 1VFEA 1B52A 1B6HA 1MH3A 1WDNA 3V8XB 5BUUA 2X7QA 2V3TA 4QFPA 1M5CA 1OLCA 2NXOA 1JQFA 1NKXA 4U2RA 5I84A 3N94A 4R2BA 3DELB 3OO7A 1MY4A 3BFTA 1ZU0A 1BIYA 5M2VA 4DZ1A 5KZTA 1N7WA 1SI1A 2HAVA 3VV5A 4O3BA 5KDTB 5I59A 3MPKA 3CG3A 3K6WA 1VE4A 3FVNA 1B5HA 1QKBA 4TOZA 3HHFA 3VE1B 3THIA 4F18A 1Y3PA 2FA7A 2DE2A 4KCCA 3QXMA 3Q25A 2VP1A 3H03A 3PD9A 3T66A 4YAHX 4KQPA 1AMFA 1MM6A 3A09A 3KGCA 4DXCA 1LFGA 3O6GA 2G29A 3B6WA 5FTHA 4JWYA 1ZMGA 3RLFE 4U22A 3DRJA 3N26A 3B6QA 5H8QA 4FAJA 2A5TA 5CMCA 4IY5A 4EDPA 1LGBC 4GWOA 3U8QA 2V84A 2XD2A 3N6TA 4NF8A 1EZPA 5HM4B 3DRFA 4O3AA 1UIUA 5I2KA 4ZEIA 2XXWA 4QF9A 2ESNA 4MFIA 1EZ9A 2O7UA 2UVJA 1LAXA 4Z7EA 1N3WA 2M8CA 3SETA 3ZS6A 4XKNA 3EPEA 3T93B 3EN3A 4AB6A 4JWOA 1P1UA 1XS5A 3C33A 4EQBA 5I56A 2Y7RA 3HSTA 2O51A 3IO6A 5H8HB 5ITOA 3DRKA 3O97A 4JSDA 4YMAA 3DRHA 2ZNUA 1FQCA 2OWSA 1M5BA 4K3FA 2DE3A 4O3CA 3TTMA 4EUOA 5TU0A 2GH9A 1MS7A 1B4HA 2FNCA 1LBBA 4U1OA 4Q0CA 3RNNA 4FE8A 4LVQA 4ELRA 5JTYB 2OJTA 4H6DA 4XKQA 4BDOA 2Q9TA 2PBWA 3IOTA 3OO8A 1T0KA 2GHAA 3CR9A 1B0LA 2H99A 3KOTA 4KYEA 4KCDA 4RXLA 2UYFA 4WKMA 1B9JA 5IAIA 3T22A 4C1TA 4G4PA 1UQWA 3OD7A 3OEMA 1S50A 3ZKLA 3KN8A 3TKDA 2HFBA 4YB6A 4PETA 2H25A 4MLQA 4BDQA 2Z8DA 5AA2B 2V3UA 3IK6B 1B1HA 4EF2A 5B7DA 4KR5A 3IOWA 3C34A 1URSA 2Y7IA 3RYBA 3K02A 4NWCA 5AA1A 3U92A 1TFDA 3UN6A 3MBPA 5H8FB 1NNTA 4OENA 5AA3A 3OEKA 4JDFA 3VFJA 3KOSA 1D9VA 1AL3A 3IX1A 4G8HA 4KYDA 2ZYNA 1IXHA 4JB7A 2ONKE 2OK2A 1P1OA 4F3GA 3KJTA 1LCFA 4RK2A 1GV8A 1JVYA 1UIVA 5TPAB 2WKYA 1URGA 4PFWA 4KYSA 3TPAA 4OERA 5JEIA 4YKIA 3TQLA 2XXTA 2B65A 1TWYA 1MPCA 3C35A 2QS3A 4IO7A 5ITPA 4XKRA 4HW8A 4H8IA 2Z8EA 1LLSA 3TMGA 3IR1A 3VVDA 2Y7WA 3FASA 3I6VA 3C36A 1OIBA 1DPPA 4PFTA 4FEDA 2AL4A 3DLNA 4F3BA 3K00A 2O69A 1FTJA 3PMVA 2HEUA 4UACA 1MDQA 1MXVA 1QULA 3N6UA 3QK6A 5ICQA 1B7UA 5AA2A 5I2NB 3PPOA 1FTLA 1IQ7A 3PAMA 5CC2A 3MPLA 1FTOA 5L9MA 3DM0A 1PBPA 3OMBA 3FVOA 3PU5A 2I0CA 3S9LC 3LSLA 3VVEA 1MQGA 5H8FA 4FIMA 4EQ9A 4DLDA 3QYTA 1LFHA 3BFUA 4KI0E 5CBSA 4KD5A 4DCXA 2QJEA 3SDFA 5BWJA 5L9SA 3A3CA 3K6UA 4R6YA 3ILTB 4YMBA 1BKAA 4G77A 1QJMA 3T96B 5TPAA 2THIA 2GHBA 1MDP1 3TAJA 1PEBA 1H3DA 3E4RA 3C4MA 1OMPA 3TDJA 1TT1A 2I3VA 5EHMA 4GLIA 1B3LA 3MVZA 4NE4A 3MQ9A 3MZBA 3B6TA 2WOPA 3PPPA 3PUYE 3ZSFA 5FHMA 2GFEA 3U1OA 4Q30B 4NMYA 3CFZA 1B3EA 3OELA 1FQBA 4WXJA 3KJ7A 1HSJA 1MY2A 4G8MA 2NVUB 1S9TA 3SEVA 2XXPA 1NNFA 3FGSA 4GXAA 3A3UA 3DP6A 3QIMA 1MXZA 4ZEBA 3VLVA 1NFTA 3V83A 4JSOA 4ONYA 1N3XA 3S9NC 3DRIA 3FJ7A 1JW1A 2ANJA 4YB7A 5CI5A 2PYYA 2QS2A 4LQ2A 4QFOA 1SW1A 2Q2AA 4YZZA 3TFLA 1A8EA 1S7YA 2QMWA 4RA1A 3KN7A 3DP8A 4I62A 4LUBA 1B7ZA 3IO4A 4BDRA 3U94A 1NH8A 3M3KA 1LSTA 4G2ZA 1EZOA 2ABHA 1DMBA 1R9LA 2OZZA 1NMUA 5DEXB 1QVSA 1D9YA 1RYXA 5B70A 2QPQA 5H8NB 3H06B 5A5XB 1XOCA 1HSEA 1FTMA 4XTCQ 4BDNA 3MZ1A 3CRBA 1LBCA 2V25A 1B5IA 1IXGA 2F6GA 4GRKA 1A99A 3O9PA 1N7XA 1BP5A 4PFYA 4EF1A 1YAEA 1IITA 1B3GA 1JEVA 3PGFA 1B3FA 2I6EA 5AA2D 2OWTA 5I57B 3FIRA 1MPBA 4FEBA 4KPTA 2CZLA 3O6PA 3MP1A 2ONRA 4EXKA 1LAGE 2D5WA 4ZECA 1O63A 2RC7A 2IEEA 3IB1A 4QFKA 3Q28A 2XD3A 4OTEA 2PMSA 3VXCA 2I0BA 3LC8A 3V89B 4ZEDA 3Q29A 3LR1A 2QSXA 5J1DA 4ZE9A 1B1XA 3FZVA 4OYVA 3ILUB 3GZGA 3UGWA 1Y9UA 3IJOB 3O28A 5CMBA 2DP8A 3TUSA 3RN8A 4I1DA 3SESA 3TCHA 4R2FA 1FQAA 3O6HA 5DT6A 3MVWA 4P0IA 2F5XA 3OO9A 5CM6A 2I58A 4X1BA 4R73A 1UTBB 1OQGA 3IL1B 4RNSA 5H8NA 1SYIA 2B4MA 3JYRA 4DE8A 2RINA 5A5XA 1WODA 4GL0A 2NWJA 5KDTA 3K2DA 3KBRA 1USYE 4TLMB 2F35A 4RY1A 4GXSB 4DXBA 3RUMA 3IORA 2O68A 5TP9B 3CIJA 4F1UA 2UXAA 5ISUA 2DYXA 3G3HA 4ZZAA 2Y7PA 4U23A 2AIXA 5DVIA 2OBGA 1LB9A 5I57A 3KG2A 4G68C 4LZ7A 3T9VA 1B5JA 2XXIA 1R1NA 3MUQA 3O29A 4OFJA 1GVCA 3LSXA 4HCYA 2F7BA 1JEUA 4IY6A 3ODBA 4NF5B 3H6WA 4I9DA 4L17A 4EQ7A 4NWDA 2O1LA 4N07A 4F22A 1XVYA 3H6TA 3WAEA 3OSRA 1GGGA 3N5LA 3EHUA 4RYAA 2NOOA 3JZJA 1FQEA 3G7WA 3VLUA 4IO2A 1ZKBA 5H8SA 1ZJLA 4XXUA 2Q89A 1RYOA 2F97A 3TYHA 1I6AA 3PV0E 1SI0A 3G3IA 4YKKA 1ZLQA 3E3KA 3SEWA 3KSXA 1JNFA 1UTBA 2X26A 1Y1MA 5H8HA 4I8CA 3FJMA 3SKPA 2RCBA 2PT1A 3TTKA 3HPIA 3PPRA 2ONSA 2HZLA 2VD3A 2F8DA 2UVGA 2UYEA 1SDXA 1XVXA 4YICA 3UP9A 4DCYA 3FVKA 1IEJA 1AIVA 4RK9A 3IB2A 2HXWA 5TP9A 4DDDA 3TTRA 1QUJA 4QSDA 1YPNA 5K2XA 5DVFA 5JTYA 1OVTA 2BJJX 2ALUA 2YPNA 4OMBA 2YJPA 2E1SA 3RTWB 1L5TA 3HO7A 4G68B 1NNKA 4QRZA 3UK4A 1P1WA 2Y84A 2R6GE 2OLBA 4YKJA 4HS7A 4ECFA 1MG1A 3O2AA 3K1PA 1VSOA 1Y3NA 3KFMA 1B46A 3TCGA 4R72A 1B05A 5CRYA 1JW4A 4NF5A 3I3VA 3QUJA 4OFLA 1O64A 3H4ZA 1M5EA 3I5OA 4POXA 4ESXA 1Y4CA 4XKPA 3PMWA 3USDA 1Z7NE 4RJZA 3MZ9A 2DS9A 1JW5A 3GBBA 4QFNA 4F2QA 2DWAA 2ZNTA 3TQWA 1Y1ZA 1POY1 4POWA 2NUVA 3T9UA 2H4IA 4THIA 4OHNA 3MWBA 4KHZE 3K6XA 3QSLA 3QAXA 4IGRA 1Y4TA 2XXVA 4DIGA 1QW0A 1I6QA 2I4CA 1FTKA 3LBSA 2ZMBA 3W15C 4R9GA 1NL5A 4M1VA 2RC9A 1MXUA 4R9FA 3TEPA 4P11A 3CI8A 2O1MA 2F34A 1N84A 3FXQA 3H7MA 3RT6B 2B3BA 4R74A 1N04A 4H67A 3HHGA 4OESA 2V3QA 5I58B 3W9VA 2F78A 4G68A 3S4UA 2R9JA 1H76A 2W7YA 1FCKA 3SERA 2B4LA 3D4CA 4Q8RA 1JVXA 1US4A 4F1VA 3TTNA 3S9EA 5I59B 4OETA 1MXWA 4GVOA 3M8UA 4LZ8A 1Y3QA 3OSQA 1QKAA 2CMOA 3QUFA 4U4SA 1I69A 1AH5A 5L8DA 3IOUA 5I2NA 1P1QA 3PMXA 4F39A 3M3FA 3C31A 4QFLA 1EH3A 5F1QA 4OWDA 1BLFA 1N0TA 1ZTYA 5FHNA 1TFAA 2XXRA 4ZS9A 3K1MA 3BKIB 3RT8A 3FXRA 2F6PA 3ONMA 4F3PA 3GLBA 2A5TB 1UTHB 1WVJA 3E9XA 2I3WA 2HZKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T9XB 3CFLA 2VD2A 4P47A 1I6BA 2H9BA 3H6VA 2CZIA 4IO3A 4OXVA 3RTFB 4E0WA 3FXUA 2DOJA 4GL8A 3IJXB 1H43A 5EYHA 4HE0A 1NNPA 2F3BA 3B8BA 4OVSA 1M5FA 4IO4A 2H5YA 4KFQA 4MHFA 5JK4A 1O7TA 1GTKA 4LA9A 2DXYA 2FYIA 2DWIA 2DQVA 2QS4A 2H98A 2V93A 4PE5B 4GFRA 2RF1A 4GD5A 3T1BA 3TTLA 3H3GA 2VGQA 1DSNA 2DSFA 5I58A 4LONB 3VDFA 1H45A 1MY0A 4F19A 1TXFA 3PD8A 2DWHA 1D3KA 4WEPA 4HCWA 2CZHA 3G3JA 1DK4A 4NTLA 3KC0A 3R6UA 3GYYA 5I56B 4NX1A 5FHOA 1A55A 2XXHA 2ZYMA 1LBXA 3CSGA 1IIWA 2I4BA 3SEYA 1B58A 1NUXA 1YCJA 2HQ0A 1MRPA 1A8FA 2DE4A 2QVRA 4OANA 4H5GA 4XIGQ 3TODA 3FUZA 3U72A 4FECA 4TQUQ 3R7XA 1YTVA 4OVJA 1LB8A 3LSWA 4KXPA 1OVBA 3C9HA 4BLAA 1XC1A 1LAFE 3MP8A 4PFIA 3G3FA 3CSBA 4C1UA 4JWXA 1CB6A 2FVZA 4AS4A 2A5SA 1OLAA 3PUWE 4F31B 1J1NA 4GQOA 3W9WA 3FV2A 1P99A 1UTHA 3OENA 4FBPA 3F11A 2RC8A 1QUKA 4H46A 2E0SA 4MMPA 3S9MC 4RPOA 3RY3A 2XX9A 4XEQA 1A54A 4DXUA 4F2OA 5IKBA 4GIZA 1B3HA 4NF4B 1IXCA 3FTOA 3RYAA 2QVUA 3K0VA 2Q8JA 4OFOA 3EHSA 3DP4A 2YLNA 5DTBA 3Q27A 3MW0A 4ZEFA 2KLFA 1NUWA 3MP6A 3LUYA 2UVHA 1KZ8A 1Q35A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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