1B7ZA

Structure of oxalate substituted diferric mare lactoferrin from colostrum
Total Genus 218
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
218
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of oxalate-substituted diferric mare lactoferrin at 2.7 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
molecule keywords PROTEIN (LACTOFERRIN)
total genus 218
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b7zA03
2VD3A 3EHTA 5KCJB 5HM4B 1US4A 3K1MA 3S9MC 4RPOA 2QPQA 1JVYA 3O6HA 2F6PA 4F3GA 2ZYOA 3B6QA 2XXVA 2X26A 1A55A 1NMUA 1O63A 3TMGA 3IOUA 3T9HB 4F39A 3TQLA 5I59A 3BFUA 3OELA 3EHSA 3TPAA 1I6BA 4H8JA 3K1NA 3DP8A 4ND9A 2RINA 4EF1A 4OQOA 1LGBC 4GQOA 2UVJA 3H6UA 5DEXB 3VFJA 4YU0A 3S9EA 3RN8A 1N04A 5CMBA 1SD3A 5FHNA 4KFQA 1B1HA 1MQDA 4AB5A 4FAJA 4YMBA 2XHDA 4NMYA 5A5XA 3HCQA 2Y7KA 3K1PA 4PQJA 2LAOA 1OMPA 1MXUA 4R73A 5JTYB 4LQ5A 3HHFA 5F1QA 4FORA 4IB2A 4ZEBA 3V89B 1B3GA 1FW0A 3LSLA 2GRVA 4FJPA 1AMFA 1P1NA 2QS4A 2V84A 4WKMA 2I6EA 4ZDMA 4DCXA 1IXGA 1MQIA 3VLWA 5DVJA 3K6VA 3AXFA 4OFJA 3S2VA 2A5SA 1SYIA 3ODBA 1MPBA 4EF2A 1XVYA 2Z8DA 4KI0E 4BDQA 5FHOA 4ZECA 4H65A 4O3AA 3BFTA 5IKBA 3MVWA 5JK4A 4OENA 1SBPA 2H5YA 1R9LA 3IK6B 1O64A 4IGTA 1ANFA 5I2KB 3KN8A 3N94A 2ONKE 4LZ5A 1JQFA 2X7PA 4ZEKA 1JEVA 1GR2A 2CMOA 1JNFA 1BKAA 4G8NA 1P99A 2F36A 3PMXA 1XVXA 4ZZEA 5TP9A 1N0TA 3LR1A 5ISUA 3IOWA 3UN6A 4EDPA 4ZEIA 5I84A 2ZMBA 2XXHA 2OJTA 3FASA 1B3FA 2O69A 1TFAA 1LLSA 4I8CA 3PPOA 3R7XA 1SW5A 1LFHA 1H3DA 3MAMA 2XXIA 1R9QA 4NTLA 2H25A 3RY3A 3IL1B 1M5DA 3IX1A 4Q30B 1N7XA 1D9VA 4LA9A 4ZE9A 3N6TA 4U1ZA 2DWJA 2XXQA 4GVOA 4R9FA 5H8NA 4NF4B 5I2NA 2XXWA 3H6WA 1EU8A 3H6TA 4IY6A 1MY3A 2REGA 1S7YA 3PPNA 4HS7A 1ZMGA 4FIMA 1RYXA 4OHNA 5CI5A 1I6AA 2V93A 4NF6B 4LUBA 4U23A 3CFZA 1GVCA 1B5IA 4H8IA 1SW4A 3FJGA 4G68B 2YPNA 1DMBA 3HO7A 1MXXA 5CMCA 5FTIA 1S9TA 4NF8A 4RK2A 4DXUA 1URSA 3HHGA 3RT6B 4O3BA 2XX9A 5IAIA 1RYOA 3ZKKA 3V5AA 4QF9A 3ZSFA 5K2YA 2XXYA 2Q88A 4GIZA 1IXHA 4YKPA 5F7VA 2HFBA 2UYEA 1ZU0A 5EHSA 4RNSA 1PB8A 4R2BA 3IAZA 4KR5A 2GHBA 1XOCA 3B6WA 3W15C 1UTBA 5H8QB 2OWTA 4Z0IA 2B3FA 1UIVA 4F1YA 2UYFA 2FNCA 4X9TA 2AYSA 3HPIA 2I48A 2O1MA 2HXWA 1A8EA 1ZTYA 3OXNA 4QSEA 4TLLB 4IO2A 1FTJA 4H67A 3OD7A 2RC7A 1BLFA 2REJA 1A7LA 4KYSA 5CBRA 1Y20A 4P11A 3PUWE 1PB7A 4DIGA 4GXAA 2HAVA 1GGGA 4OTEA 4POWA 2FYIA 1UIUA 4H0WA 4LZ7A 4F2QA 4FE8A 1AOVA 2VD2A 4Q5TA 4KYEA 1II5A 2AL4A 1H45A 2DE4A 4I1DA 2OWSA 3KOSA 3MPKA 3F11A 3SDFA 1QVSA 1Y4CA 3FVGA 3Q29A 4E0WA 2V3UA 3C9HA 3FD3A 1MY0A 3PV0E 4JWXA 3ZKLA 1MXWA 1Y4TA 1Y3NA 4MLVA 4LONB 4FATA 1XS5A 4ELPA 3LSXA 2QS2A 4NEDA 1Z7NE 1QUJA 3PMWA 5B70A 3T9XB 3KFMA 4KCCA 1PB9A 5EHMA 3T9VA 2E1SA 1LCFA 1SQYA 4F18A 3S9NC 1JEUA 2HQ0A 3PD8A 2ZYKA 3B6TA 3QUFA 5KCJA 3QXMA 3LSFB 2V3TA 3C36A 2ZYMA 3OEMA 2ZNTA 4ECFA 3VXCA 5AA1A 4THIA 1D4NA 2Z8EA 1B05A 3O97A 3CRBA 5H8FB 4BLAA 1OLAA 1GV8A 3I3VA 5AA4A 2ZYNA 1FQEA 2Q2CA 1BTJA 3PMVA 1DSNA 5J1DA 1QUIA 5CMMA 3GZGA 2P2AA 2OBGA 3VDFA 2X7QA 3MBPA 4ZZAA 3VVDA 3K2DA 3A3CA 2VOZA 3PUXE 3BBRA 2Y7IA 3MVXA 2RKMA 4L17A 4EQ7A 5DEXA 4DXCA 3EQ1A 1AL3A 2I3WA 5AE4A 4F2OA 1B7UA 1NFTA 4ELQA 4H5GA 3D4GA 3SETA 3E9XA 1NH7A 1MQHA 2ZNSA 3S4UA 1PBQA 3K6UA 1US5A 4F31B 4NF5B 3QUJA 4IO3A 3VV5A 2F7BA 2DP8A 1B3EA 4OMBA 4R9GA 5DYHA 4JDFA 1M5FA 3M3LA 2O84X 3IB0A 4XTCQ 3USDA 3WAFA 5JTYA 1F9BA 1AIVA 1A8FA 3A3UA 5CMKA 2I0BA 4FECA 1TT1A 4G77A 3TKDA 2RF1A 4YB6A 1URGA 5B7DA 3G3JA 3V83A 4YICA 4OFLA 2ZXTA 3KBRA 1B51A 1B7HA 2RCBA 1P1QA 2UVHA 1H76A 3M3FA 3KEIA 3ILTB 3K01A 2BJJX 3G3HA 1YAEA 1EZPA 3EN3A 2DE2A 4H6DA 4QFLA 3OO9A 1DTZA 4KYDA 4HCWA 1A40A 1MS7A 2O7IA 3M8UA 2DSFA 5TPAB 4RJZA 5I2KA 1SDXA 2OZZA 3KGCA 2NWJA 4WXJA 2ANJA 4Q0CA 1OVBA 4GRKA 4KCDA 4PE5B 4GD5A 1VR5A 4EQ9A 3G7WA 4R6YA 1IXCA 1NNFA 1BP5A 4OFOA 4LQ2A 2Q89A 2IEEA 2CZLA 4PP0A 2NOOA 3FXUA 1WVJA 5DT6A 2QS3A 4G2ZA 1PEBA 2D5WA 3OMBA 2B65A 5KDTB 5I58B 3JZJA 2Y7PA 4EQBA 2V25A 4XKPA 2ABHA 3FVKA 4OESA 2Z8FA 1JW1A 5HBCA 2Q9TA 2XD3A 1P1OA 5H8HA 5DTBA 1MPDA 3C35A 4MH5A 3K02A 1CE2A 4BDRA 1N84A 3HV1A 1MDQA 3VLUA 3KZGA 2F6GA 1PBPA 1Z7ME 3TCHA 3IB1A 2H99A 1P1UA 1FQAA 3N5LA 1NKXA 3U94A 2Q2AA 3ZS6A 5ITOA 2G93A 3UA8A 3G3IA 4NF6A 1MXZA 4QFPA 2D21A 1B0HA 4LP2B 4ZEFA 2DVCA 5DVFA 4G68A 4I62A 2PBWA 1MDP1 1MM7A 1B4ZA 4RA1A 5EYFA 2XXPA 3MPLA 1WODA 3CFLA 3S9LC 4NE4A 4Q8RA 1MPCA 4OERA 3ECRA 3EF7A 4IO7A 1MG1A 4PFWA 3I6VA 3RT8A 1BIYA 5CM6A 4IY5A 2IA4A 1USYH 5L9SA 1NL5A 4F19A 1MY4A 3FXQA 2HZLA 2RCAA 2I0CA 2ZNUA 2XX7A 5JEIA 3CVGA 1POY1 1UTHB 2F78A 2UXAA 5H8QA 4R6KA 2DS9A 2O68A 4IGRA 3K6XA 1MQJA 4LVQA 3Q28A 4EUOA 1EH3A 3CSBA 3PPPA 1HSLA 1IEJA 5AA2B 4OZ9A 2A5TB 1LCTA 2QRYA 1B32A 2RC9A 1XT8A 1URDA 4C1TA 5L8DA 1H44A 1SYHA 3EPEA 3TTLA 2I4BA 4LZ8A 1DPEA 3MVZA 2RC8A 2Z23A 3KSXA 2DVZA 1QULA 1SI1A 3TUSA 3MZBA 3CIJA 4RK9A 4NWDA 3SERA 3G3KA 3W9VA 3IO6A 3TODA 1N76A 3U8QA 3TTRA 3CSGA 1IXIA 1MRPA 4GLIA 4JBZA 2PT1A 2OK2A 3JYRA 4XKRA 3OSRA 1FQCA 4C0RA 1OQHA 3OO6A 4PFUA 1B9JA 4NF8B 4BDLA 2P0SA 4GWOA 1LBCA 3PUZE 3RUMA 4KQPA 4BDMA 2F35A 2XXRA 3WAEA 1FQDA 3FVOA 2HEUA 4OETA 2GH9A 1O7TA 2R9JA 2QSXA 4X1DA 3O29A 2F5XA 1Y3QA 4GOTA 2DOJA 3L6GA 3K00A 3GXAA 4DE8A 4GXSB 4F22A 1CB6A 4ZE8A 2ONRA 1UQWA 1FQBA 2YLNA 1OLCA 4U2RA 4X48A 3RGYA 1YCJA 4BDOA 3THIA 3KSJA 1MQGA 4GL8A 3T9UA 1NNTA 4ESXA 4OYVA 1T0KA 4IO6A 2I58A 4JB7A 1J1NA 5I57B 4YKJA 5M2VA 3K6WA 3RTWB 3TFLA 3FVNA 4OEUA 3SKPA 3VVFA 5H8FA 5FTHA 3I5OA 1P1WA 1I69A 5CBSA 4YB5A 2UVIA 3W9WA 3V8XB 3O9PA 3CR9A 3E3KA 4F3BA 4ISUA 1B6HA 1DPPA 4DCYA 3C31A 4RPNA 1B1XA 1EZOA 4R74A 4N07A 3E13X 2PYYA 1PDAA 3N26A 3GLBA 4HW8A 1MM6A 3EHUA 5CRYA 2Q8JA 1QUKA 1LAFE 4YAHX 3IJOB 2B3BA 3T66A 1IZ1A 2VGQA 4U4SA 4NF5A 3R6UA 3N6UA 3IB2A 3JV9A 4ONYA 1L5TA 4R72A 4HTGA 2NUVA 3LUYA 1H43A 3Q27A 3U72A 4PETA 4IO4A 4ZEDA 3FJMA 1D3KA 4DXBA 5I56B 4M4GA 3HN0A 1XC1A 1OQGA 1D9YA 4DDDA 3RNNA 3O6GA 4ELOA 3IR1A 1USYE 4XXUA 3HSTA 1KWHA 4K3FA 3FXRA 1VFDA 4AQ4A 4U4XA 2ONSA 2XD2A 1LAXA 5L9OA 4RXLA 1OIBA 3TAJA 4F3SA 2DE3A 1AH5A 4RYAA 2VHAA 3KJ7A 3PU5A 5ELVA 1A99A 4G68C 1N3WA 2OCUA 1VSOA 2QMXA 3QSLA 4JXIA 4G4PA 5TPAA 3O66A 4U22A 2NXOA 2F34A 4YKKA 4KHZE 2DWIA 5AA4B 3MQ9A 3Q25A 1SW2A 3FJ7A 4WEDA 3SEWA 2OLBA 3MUQA 3PUYE 3U92A 2DYXA 2NVUB 4JSDA 3SESA 5BUUA 3QYTA 3DELB 3KN7A 3M3KA 1ZLQA 4GF8A 4DZ1A 5KDTA 5I58A 3H6VA 2QMWA 3UORA 2V3QA 4P0IA 4EXLA 4X1BA 3B7DA 1SW1A 4H5FA 3LSWA 4XKNA 3SEXA 3ONMA 1TWYA 4WEPA 3TCFA 2QS1A 3PD9A 5I59B 1B5HA 3C34A 3SEVA 3OEKA 1QKBA 1JVXA 3IOVA 4U1OA 1TFDA 4O3CA 3TYHA 4MLQA 3DP4A 5HPQA 4MFIA 3VXBA 1MH4A 4G8MA 3L6HA 1VFEA 3T93B 4TLMB 3U1OA 1Y9UA 3OO8A 4OWDA 3TTNA 1ATGA 4C1UA 5A5XB 4FEBA 2UVGA 1Y3PA 2AL5A 2QJEA 3MZ9A 1POTA 4M1VA 1OVTA 1Y1ZA 3PGFA 3OO7A 4I9DA 4QSCA 1Q1KA 3VE1B 3G3GA 4NF4A 1B3LA 3H4ZA 4QFNA 3TZAA 2Y84A 5LOMA 3H03A 1VE4A 5H8SA 3A09A 4BDNA 2Y7WA 3E4RA 2ESNA 3DLNA 3IORA 3TEPA 3TDJA 1DOTA 3H3GA 1UTHA 3UGWA 4JWYA 4F1VA 1YTVA 2O6AA 3G3FA 4UA8A 2XXXA 2H9BA 4KPTA 3DP6A 4F1UA 5FHMA 1LAHE 3MVYA 5ICTA 2GFEA 4Z7EA 5AA2A 2QL3A 2A5TA 2F7AA 5DVIA 1M5CA 1N3XA 2DWHA 1HSJA 2DQVA 4PFYA 4QRZA 1FTOA 2F7CA 5KZTA 5H8HB 1QKAA 1MXYA 1RKMA 4KD5A 2H98A 1Y1MA 1B58A 1LB9A 1YPNA 1FQFA 3BKIB 3H06B 3IJXB 4AB6A 3MP6A 3PPRA 2Z22A 2PX1A 4F29A 3LC8A 4JWOA 1XHYA 3KN3A 1M5BA 4ELRA 2PT2A 4JSOA 5TP9B 1I6QA 1JW4A 3FIRA 4DLDA 4RY1A 1B2HA 4PFTA 2I4CA 1ELJA 2YJPA 1R1NA 2HCAA 3QK6A 2THIA 1B7ZA 4G8HA 1QW0A 3TQWA 1ZBMA 1LFIA 3T22A 2F8DA 2VP1A 4HCYA 4R6HA 3MWBA 3RQTA 2KLFA 5TU0A 4UACA 3OENA 5BWJA 4IO5A 3MC2A 3FGSA 3RTFB 2PVUA 5H8NB 5I2NB 2AIXA 3VLVA 1QJMA 1LFGA 2O7UA 1SVXB 3KJTA 3D4CA 2E0SA 2O51A 3FV2A 3CG3A 3O28A 4QFOA 5I57A 1FCKA 3H7MA 3K0VA 4MBPA 4OEVA 3FUZA 1MY2A 3KOTA 1B46A 4YMAA 1LBBA 3SEUA 5AA3A 3UK4A 2M8CA 2XXTA 1N7WA 3QIMA 3TCGA 2GHAA 1R6ZA 1MXVA 3RLFE 4ZS9A 3GBAA 3UP9A 3K4UA 2DWAA 1TXFA 4MF3A 4POXA 4ESWA 3FV1A 4P0GA 1B4HA 3DM0A 5CC2A 2R6GE 4XKQA 1B52A 4EXKA 1IITA 1JW5A 1LSTA 3MP1A 1B40A 1LB8A 2D3IA 3FATA 2WKYA 1UTBB 4NWCA 4N13A 5AA2D 2R71A 4YB7A 3TTMA 1NNKA 3IOTA 1B5JA 1A54A 3P7IA 3VVEA 1FTKA 3LBSA 3IO4A 1IUDA 2XXUA 4F3PA 4U21A 4YZZA 4R2FA 3QAXA 2W7YA 1ZIUA 1MH3A 3ILUB 4XIGQ 1WDNA 3MP8A 3Q26A 3PPQA 4LATA 3MW0A 5I56A 3TTKA 4QSDA 4R75A 4GFRA 1GTKA 1FTMA 1JETA 3PUVE 3CI8A 4H1XA 3OSQA 1LAGE 4QHQA 5K2XA 2Y7RA 3MJNA 4E0XA 2XX8A 4FEDA 3T96B 4YKIA 3U93A 1NH8A 2I49A 2H4IA 4TQUQ 2DXYA 2G29A 3KG2A 3MZ1A 2F97A 2P1SA 1PC3A 1B3HA 1FTLA 3UIFA 3O2AA 4OVJA 1M5EA 4TOZA 4OXVA 3GBBA 2FA7A 3CG1A 3O6IA 3OOAA 3CFXA 4GL0A 5L9MA 1IIWA 2DXRA 2I3VA 5ICQA 1IQ7A 3R26A 4QFKA 1EZ9A 3TELA 1MY1A 2HZKA 1Q35A 2ALUA 3C33A 1ZKBA 2HAUA 4N6PA 5ITPA 1S50A 2PMSA 1DTGA 3SEYA 3RPWA 1B0LA 1NNPA 3FZVA 3C4MA 1SI0A 3C32A 2O1LA 1HSEA 1ZJLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VD3A 3EHTA 5KCJB 5HM4B 1US4A 1K9ZA 3K1MA 3S9MC 4RPOA 2QPQA 1JVYA 3O6HA 2F6PA 4F3GA 2ZYOA 3B6QA 4P9KA 2L5VA 2XXVA 2X26A 1A55A 1NMUA 1FPBA 4MNPA 1O63A 3TMGA 2XWOA 3IOUA 4NQ8A 3T9HB 4F39A 3TQLA 4PGNA 5I59A 5ET5A 3BFUA 3OELA 3EHSA 3TPAA 1I6BA 3NOHA 4H8JA 4XF5A 3K1NA 3DP8A 4ND9A 2RINA 2XWKA 4EF1A 4OQOA 1LGBC 4GQOA 4PF8A 2UVJA 3H6UA 5DEXB 2Y5LA 3VFJA 4YU0A 3S9EA 3RN8A 1N04A 5CMBA 1SD3A 5FHNA 4KFQA 1B1HA 1MQDA 4AB5A 4FAJA 4YMBA 2XHDA 2P3NA 4NMYA 5A5XA 3HCQA 2Y7KA 3K1PA 4PQJA 2LAOA 1OMPA 3EKIA 1MXUA 4R73A 5JTYB 4LQ5A 3HHFA 5F1QA 4FORA 4IB2A 4ZEBA 3V89B 1B3GA 1FW0A 3LSLA 2GRVA 3GYYA 4FJPA 1FSAA 1AMFA 1P1NA 2QS4A 2V84A 4WKMA 2I6EA 4ZDMA 4DCXA 1IXGA 1RDZA 1MQIA 3VLWA 5DVJA 3K6VA 3AXFA 4OFJA 3S2VA 2A5SA 1SYIA 5IGAA 3ODBA 1NI9A 1MPBA 4EF2A 1XVYA 2Z8DA 4KI0E 4BDQA 3B50A 5FHOA 4ZECA 4H65A 4O3AA 3BFTA 5IKBA 3MVWA 5JK4A 1KA0A 4OENA 3QMFA 1SBPA 2H5YA 1R9LA 3IK6B 4P56A 1O64A 4IGTA 1ANFA 5I2KB 1EYJA 3KN8A 5EYGA 3N94A 2ONKE 4LZ5A 1JQFA 2X7PA 4ZEKA 3LV0A 3LUZA 3MYUA 3RPLA 1JEVA 1XI6A 1GR2A 2CMOA 1JNFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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