3K00A

Crystal structures of the gach receptor of streptomyces glaucescens gla.o in the unliganded form and in complex with acarbose and an acarbose homolog. comparison with acarbose-loaded maltose binding protein of salmonella typhimurium.
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
ELSGTVTFWDTSNEAEKATYQALAEGFEKEHPKVDVKYVNVPFGEANAKFKNAAGGNSGAPDVMRTEVAWVADFASIGYLAPLDGTPALDDGSDHLPQAAASTRYEGKTYAVPQVIDTLALFYNKELLTKAGVEVPGSVAELKTAAAEITEKTGATGLYLRGDDPYWFLPYLYGEGGDLVDEKNKTVTVDDEAGVRAYRVIKDLVDSKAAITDASDGWNNMQNAFKSGKVAMMVNGPWAIEDVKAGARFKDAGNLGVAPVPAGSAGQGSPQGGWNLSVYAGSKNLDASYAFVKYMSSAKVQQQTTEKLSLLPTRTSVYEVPSVADNEMVKFFKPAVDKAVERPWIAEGNALFEPIRLQMANVLSGETSPDEAAANTGDAYRKLLKDYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Streptomyces glaucescens
publication title Crystal Structures of the Solute Receptor GacH of Streptomyces glaucescens in Complex with Acarbose and an Acarbose Homolog: Comparison with the Acarbose-Loaded Maltose-Binding Protein of Salmonella typhimurium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acarbose/maltose binding protein GacH
total genus 138
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k00A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k00A02
1B0HA 2HZLA 1B1HA 3EQ1A 1R6ZA 2VP1A 4NF8A 2QS3A 1JNFA 1LAXA 3OO9A 3K4UA 3CG3A 3EHUA 1TFDA 3USDA 4JWOA 3TZAA 1UIUA 2QPQA 2V93A 3PUVE 4H5FA 3VV5A 3H7MA 5H8NA 4RJZA 3OOAA 3O29A 1PC3A 4DCXA 3GXAA 3KN8A 1DPEA 3PMVA 1EZPA 3CRBA 1IUDA 2V3UA 1P1QA 4GL0A 1TFAA 3TTLA 3L6HA 3C32A 3Q27A 4ZDMA 4JDFA 5DEXB 5AA1A 2Z8DA 5DYHA 4U22A 2PT2A 4P0IA 2FA7A 1LCFA 2ANJA 5TP9A 1MH3A 1XT8A 3KOSA 4KI0E 2G93A 3GBAA 4LQ2A 4PQJA 3MAMA 1SI1A 3RT8A 5DVFA 4WKMA 1CB6A 1LB8A 3CR9A 1JQFA 2RC7A 2R9JA 3DP6A 2RF1A 1LBCA 2DQVA 2UVHA 2X26A 2OWTA 3QUFA 4YU0A 2ABHA 4RA1A 3JZJA 5H8SA 4OVJA 1O63A 1SI0A 1A55A 3SEVA 4ELQA 4EDPA 1O64A 3TDJA 3TTRA 4C0RA 4C1UA 5AA2B 3CSGA 2OLBA 3OELA 1YTVA 1LSTA 3BFTA 5L9SA 4XTCQ 2UVGA 4JSDA 2REGA 5JTYA 4GFRA 3D4CA 3HV1A 1OQHA 4Q0CA 2V25A 2HCAA 1QJMA 1Y9UA 3MP8A 2I4CA 4ISUA 1ZJLA 3S4UA 1N7WA 4MH5A 1Y20A 1B05A 4R73A 2GRVA 3FVNA 3SKPA 1PBPA 2PBWA 1B3HA 4OXVA 1ATGA 4ZEBA 3IB0A 3ZKLA 4IY5A 3MWBA 1N3XA 2QS1A 1EU8A 3KBRA 4OERA 1Y4TA 4RK9A 4BDRA 3MZ9A 1MQHA 1H44A 3PMWA 4NF6B 3U72A 3K1MA 1NNKA 1LBBA 1B5IA 3EPEA 1B0LA 3FVKA 4YICA 3QK6A 4POXA 5I57A 2D5WA 3ILUB 2O1MA 1N84A 4AQ4A 1D9YA 2RCAA 3SESA 4XKPA 1SBPA 4WEPA 4X1BA 3IOTA 1SQYA 2F36A 4THIA 3K1PA 3HN0A 4H1XA 3KSJA 3QSLA 3RY3A 1JW1A 1UQWA 4YKPA 2FYIA 1RKMA 4G8MA 1MS7A 2D21A 3O97A 5CMCA 2QL3A 3RGYA 1URDA 4WXJA 1LAHE 2OK2A 2AYSA 3PUWE 1MXYA 3IOVA 3V83A 1JW4A 2I6EA 2XXTA 4H5GA 1FQBA 2Q89A 1H3DA 3AXFA 1BP5A 4G8NA 2O6AA 4G68B 3EHTA 5TU0A 5I58A 3TPAA 4R2BA 5H8HB 4ELOA 4NF5B 4H65A 2GHBA 4YB7A 2H25A 4OYVA 3MW0A 4JXIA 3TTMA 3E9XA 5I59A 1NMUA 1FQDA 2CZLA 3MQ9A 1XOCA 3MVYA 1B4ZA 4QSEA 4Z7EA 4NMYA 4FECA 4JBZA 3UIFA 1PEBA 2QMWA 5B70A 3FJMA 1FQEA 4KFQA 5I2NB 2RCBA 2NUVA 1POY1 4G77A 3ILTB 3T9HB 5CC2A 2THIA 1I6BA 1H45A 1HSJA 3TAJA 3O6HA 4R74A 2PVUA 4OWDA 2YJPA 3EF7A 4P0GA 4RY1A 2HAUA 4ONYA 3Q29A 1Y3NA 5M2VA 3OXNA 2X7QA 1DSNA 3QAXA 4RXLA 2F5XA 1IXCA 1POTA 3LC8A 3E4RA 1D4NA 1BIYA 1SVXB 4NEDA 2DVCA 4TLMB 4UACA 4ESWA 4F29A 3U94A 4O3CA 2I3WA 3IL1B 3HHGA 2NOOA 5L9MA 3H3GA 4EF1A 4R6HA 2I49A 3O6GA 4IGTA 4YKKA 4RNSA 3MVWA 4GWOA 1BLFA 3OO8A 4H6DA 1MG1A 3PUYE 4U1ZA 4R9GA 1XVYA 2F97A 4IO4A 1SW4A 2Y84A 3PD9A 3H6WA 1VE4A 5ISUA 3K0VA 4P11A 4N13A 3F11A 3FVOA 2YPNA 3DLNA 5EYFA 4XIGQ 2VGQA 5CMBA 3VXCA 1S50A 3PPRA 2XXYA 4KHZE 3LBSA 3SETA 4F3SA 2P2AA 2IA4A 2A5TA 3FIRA 3CG1A 3QUJA 1Y3QA 1RYXA 2DE3A 3N94A 3CI8A 4O3AA 5B7DA 3C9HA 4R6YA 3HSTA 4FORA 4AB6A 2GH9A 3KN7A 5K2YA 2Y7PA 4ELPA 4ELRA 3SEXA 5IKBA 3I3VA 2DYXA 5ITOA 3L6GA 3ZSFA 2V3QA 3TUSA 1B3FA 4QSCA 2FNCA 1Y1MA 1GVCA 4EQBA 3O2AA 3HPIA 2XX8A 2AIXA 3KFMA 1Z7ME 3PD8A 2RC9A 4KYSA 5ICTA 4DXBA 3IORA 3QXMA 2DE4A 2HZKA 1Z7NE 4AB5A 5CMKA 4R6KA 1UTHB 4F31B 2Z22A 1B3LA 5I2KB 2P0SA 4BDLA 5H8QB 4GRKA 3FV2A 2XXIA 2H98A 2DXRA 1SW1A 3BBRA 3K6XA 2QJEA 3LSXA 4LZ7A 3HHFA 4H67A 1B7HA 3VVDA 3OMBA 4OZ9A 2XXWA 2XX7A 4U1OA 4YMAA 1LFHA 2DE2A 1PB7A 4ZZEA 1IIWA 1UIVA 4QFNA 4EXLA 3H6VA 1QUKA 3MP1A 3KGCA 3E3KA 2ONSA 4G8HA 2O68A 4ZEFA 4OFJA 4DLDA 4BDOA 3H06B 5KDTA 3WAEA 5BUUA 3SEWA 1QW0A 3B6QA 3U93A 4QF9A 3A3CA 3V89B 4PFYA 3SERA 3C4MA 4IGRA 3G7WA 3FXRA 4UA8A 4F18A 1JVXA 1WODA 3T96B 1FTKA 1US4A 1OQGA 3MJNA 3OD7A 4F1YA 4MFIA 1II5A 5I56B 4F2OA 1UTBA 3QIMA 1MDP1 3BFUA 4FEDA 3TYHA 1M5BA 1A8FA 3RNNA 1YPNA 4GVOA 4O3BA 3MVXA 1ZMGA 2O7IA 4FIMA 4NF4A 1IEJA 1B5HA 3PPNA 2QMXA 4KD5A 3S9MC 3TTKA 1F9BA 1NKXA 2Y7KA 5I84A 3TFLA 1PB9A 4KR5A 5DT6A 5HM4B 5L9OA 2GHAA 4DDDA 3HO7A 1ZTYA 4F2QA 2ESNA 3UK4A 1H43A 3ONMA 4L17A 2REJA 1SDXA 4G4PA 3G3IA 1NNPA 1NH7A 3UN6A 2Q2CA 2RINA 1OLCA 3VXBA 1B6HA 3WAFA 5AA4B 1VFEA 3R7XA 3ODBA 3DM0A 5A5XA 5JEIA 4QFOA 4QRZA 2H99A 4BDMA 1WDNA 3FXUA 4F19A 1LAGE 1MPCA 3VVEA 4KYEA 2Z8FA 2Q8JA 5TPAB 2V3TA 3UA8A 1N7XA 1B3GA 1B32A 1A7LA 4LZ8A 4IB2A 3R26A 1FTMA 1MXUA 5H8FB 2XXPA 2H5YA 5EHSA 1ELJA 3TQWA 3N6UA 3DP8A 3IJXB 3TMGA 3KG2A 3N6TA 3TCGA 5HBCA 4X48A 3LSWA 4DXUA 1LCTA 3K6VA 1S7YA 3GBBA 4PP0A 3H6UA 1HSLA 3MC2A 1R9LA 1EH3A 5FTIA 2PX1A 2DSFA 4ZE9A 3PV0E 4MLVA 5FHMA 1LFIA 2XHDA 3KEIA 3FD3A 5IAIA 4MBPA 3KJ7A 3IOUA 2XD3A 3V5AA 4R9FA 4EQ7A 4HTGA 3TODA 1FTOA 2H9BA 5KCJB 1SW2A 1JEVA 3MZBA 1FW0A 3M3FA 1EZOA 2ZYMA 4H8JA 5CMMA 3VE1B 1Q35A 4IO2A 3G3FA 3TEPA 2F7BA 1ZBMA 1IXHA 3IJOB 4GXAA 2B3BA 3TCFA 2Y7RA 4JWXA 5DEXA 3PPOA 4U2RA 5CI5A 1I69A 3P7IA 1B3EA 3K02A 5ELVA 4LZ5A 2F34A 1NFTA 1MXZA 4TOZA 4NF8B 2AL5A 2Q88A 4R75A 3G3HA 1JW5A 2UVJA 2D3IA 4IO3A 2ZYOA 3O6IA 3RPWA 1GTKA 1MQGA 4TLLB 1KWHA 5CBSA 4PFTA 1Q1KA 3K00A 1AMFA 3CVGA 3RQTA 3S9LC 5H8NB 4XKQA 4ECFA 1FTLA 4YKJA 5AA2A 3VDFA 2PMSA 3RT6B 1XC1A 1MQDA 4OEUA 4KQPA 1B7UA 1MM6A 1OVTA 3A3UA 3MBPA 5ICQA 1NNTA 2DWIA 2O69A 4OQOA 3LUYA 4IY6A 4NE4A 2HFBA 2I48A 3K2DA 2ONKE 3DP4A 4X9TA 4I62A 1ANFA 3C36A 3C33A 3W15C 2Q2AA 1DOTA 1BTJA 1USYH 2QS4A 1IZ1A 1JETA 4U21A 1QKAA 1P1NA 5TP9B 5FHNA 1M5EA 2Y7WA 4DXCA 3CFZA 2I4BA 3T9VA 1B52A 1P1OA 4OHNA 1AH5A 1P1WA 4DE8A 1Y4CA 5J1DA 5CRYA 3N26A 4ZEIA 2F6GA 1L5TA 1A8EA 3FATA 3JV9A 1XVXA 4X1DA 5KZTA 3T9UA 1TWYA 2QSXA 4GIZA 4C1TA 4IO5A 2OZZA 2NVUB 4FE8A 2GFEA 3FASA 4Z0IA 4NF6A 3M3LA 2I0CA 3EHSA 4OEVA 4BDQA 1I6QA 3KN3A 4NWDA 2UXAA 4OENA 4LQ5A 4LP2B 4QSDA 4Q5TA 5JTYB 3OENA 4YKIA 2F35A 1XS5A 5HPQA 2XXVA 2LAOA 1XHYA 2OBGA 2UVIA 4F39A 1Y3PA 2Y7IA 1QUIA 3RUMA 1S9TA 2M8CA 3MZ1A 3G3JA 1VFDA 3FZVA 4ZEKA 4HW8A 3B6WA 1B46A 2VOZA 2XXXA 1B5JA 2XXHA 4OESA 1O7TA 4PETA 2YLNA 4XKNA 4EUOA 2XX9A 4FAJA 3O9PA 4GLIA 2HXWA 1SYHA 4OFLA 3A09A 4DZ1A 2XD2A 3U1OA 3VLVA 2DWJA 4RK2A 1A54A 3DELB 1VR5A 1ZLQA 1QULA 1JEUA 2F7AA 2ZNTA 3PUZE 1YAEA 4M4GA 1D3KA 2B3FA 2W7YA 3RN8A 3THIA 4KCDA 2WKYA 3SEYA 1YCJA 2O84X 4LVQA 1MM7A 1IXIA 4G68A 5I57B 4GD5A 4YB5A 1GV8A 4R72A 2AL4A 3CSBA 5AA2D 3GLBA 2VD3A 5H8HA 4NF5A 1FTJA 1MRPA 4OFOA 4F3PA 3OSRA 4QFLA 4H8IA 3SEUA 2QRYA 3G3GA 1AIVA 3OO7A 2PT1A 2Z8EA 3RTWB 1MQIA 1AOVA 5AA3A 1MQJA 2HQ0A 4K3FA 3VFJA 1MY3A 4U4SA 4F22A 5AE4A 4U23A 3O66A 1TXFA 3ZKKA 3UGWA 5I2NA 4JSOA 4JWYA 4ZE8A 1M5FA 4ZZAA 1NH8A 4PFWA 1PB8A 1IXGA 2BJJX 1SD3A 4ZECA 3OSQA 3FVGA 4M1VA 3OEMA 5I58B 3TKDA 4I9DA 1NL5A 4PE5B 3FV1A 4ZEDA 4KYDA 4XXUA 4HCWA 4FATA 2RC8A 2UYFA 1Y1ZA 1N04A 3FUZA 5F7VA 5I59B 4YAHX 4KPTA 3VLWA 1MPBA 2I3VA 4E0WA 4DCYA 2F6PA 4OETA 1DMBA 5EHMA 2F7CA 3TCHA 3U8QA 3UP9A 4WEDA 4GOTA 3MPLA 3C35A 1URGA 3KZGA 3CIJA 4GF8A 4ESXA 1ZKBA 2HAVA 2NWJA 2F8DA 3VVFA 1MY4A 4RPNA 5DTBA 2R6GE 4KCCA 5K2XA 2UYEA 3Q26A 5F1QA 1LFGA 5FHOA 4LATA 3TELA 1AL3A 1SW5A 2NXOA 1H76A 4OTEA 2O51A 2ZXTA 4Q8RA 4LONB 4F1VA 4R2FA 2B65A 1M5CA 5JK4A 2DS9A 1B1XA 1LAFE 1R1NA 4LUBA 1B9JA 1DTZA 3B7DA 5CBRA 3H03A 2DWAA 5FTHA 4NTLA 2ZMBA 3S9EA 4JB7A 3FGSA 1MXWA 1SYIA 1B4HA 1FQCA 1URSA 3MVZA 2DWHA 1P99A 2DOJA 3IAZA 4OMBA 3B6TA 1B51A 3KOTA 1DTGA 1VSOA 1QVSA 4POWA 1JVYA 2I58A 1LB9A 1QUJA 1UTHA 3M3KA 5I2KA 4FJPA 5H8QA 4DIGA 3FJGA 2A5TB 3PPQA 4BLAA 2P1SA 5BWJA 4EQ9A 2KLFA 2OJTA 1OIBA 1B58A 2G29A 3K1NA 3LSLA 3I5OA 3C31A 2H4IA 1OMPA 1RYOA 4G2ZA 2O7UA 1MY2A 4U4XA 1B7ZA 4TQUQ 1R9QA 2XXRA 1IITA 3MPKA 4MLQA 2ZNSA 4ZS9A 3K01A 1OVBA 3OO6A 4EXKA 3IB1A 1PBQA 3C34A 2XXQA 3UORA 2DP8A 4YMBA 3IO4A 1J1NA 5ITPA 1TT1A 4YB6A 3RLFE 3OEKA 1MXVA 3D4GA 1EZ9A 1US5A 2A5SA 5I56A 1NNFA 3QYTA 3T9XB 1ZU0A 3K6UA 3SDFA 3RTFB 1A40A 1WVJA 3TTNA 1GGGA 4N07A 1MPDA 3Q28A 3S2VA 3TQLA 4IO7A 2E0SA 3N5LA 1HSEA 3GZGA 4XKRA 2V84A 3JYRA 2ZNUA 4F1UA 3IK6B 1OLAA 3S9NC 3PPPA 3IX1A 4LA9A 3CFLA 4GXSB 3PU5A 4Q30B 3H6TA 2ZYNA 5KDTB 5DVIA 3T22A 1N0TA 2ONRA 2RKMA 1T0KA 2QS2A 2ALUA 2OWSA 3LR1A 4GQOA 3IOWA 4F3BA 3FXQA 1GR2A 4YZZA 3CFXA 2R71A 3R6UA 3KSXA 5AA4A 1ZIUA 3ZS6A 2PYYA 4EF2A 1UTBB 3MP6A 3U92A 1B2HA 4G68C 3EN3A 4GL8A 4PFUA 1M5DA 3BKIB 4NF4B 5TPAA 1DPPA 2OCUA 4H0WA 4HCYA 2HEUA 3LSFB 4QFPA 1MH4A 2ZYKA 1PDAA 3G3KA 3IR1A 5H8FA 1MXXA 2Q9TA 2DVZA 5DVJA 4QHQA 4RPOA 3IB2A 4F3GA 3I6VA 4ND9A 5CM6A 1LLSA 4RYAA 4I8CA 2I0BA 3PMXA 3W9WA 1QKBA 2CMOA 3PUXE 3T93B 1P1UA 2F78A 4E0XA 3FJ7A 1MY0A 2X7PA 1D9VA 1LGBC 2E1SA 3K6WA 3IO6A 3W9VA 3Q25A 4IO6A 4NWCA 3MUQA 4I1DA 5A5XB 1N76A 3E13X 3ECRA 4HS7A 1I6AA 1BKAA 3T66A 4QFKA 3M8UA 5L8DA 5KCJA 3H4ZA 4MF3A 1CE2A 2IEEA 3KJTA 3HCQA 2VHAA 4FEBA 3V8XB 2XXUA 1IQ7A 2O1LA 1FQFA 1MDQA 3O28A 1MY1A 1FQAA 1N3WA 5LOMA 4N6PA 1FCKA 4BDNA 3PGFA 1A99A 1USYE 3VLUA 2DXYA 2VD2A 2Z23A 1B40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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