5CMKA

Crystal structure of the gluk2em lbd dimer assembly complex with glutamate and ly466195
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
NRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGSTMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSSEEGIQRVLTSDYALLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of kainate subtype glutamate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA02
3PPQA 1ZJLA 3P7IA 4KCDA 2DWIA 2QS3A 1TT1A 3LSWA 1QKBA 1B1XA 1A54A 1N3XA 4YMBA 1MG1A 1OQGA 4Q8RA 1R9LA 4XIGQ 3I6VA 1AL3A 1UQWA 3KN3A 1A7LA 1LBBA 3QAXA 3LSFB 1PC3A 1MQHA 4YB5A 2OK2A 3GXAA 3GZGA 2NOOA 3RTFB 3H06B 1M5CA 4IY5A 3RT6B 1USYE 1B5JA 4GXAA 4EF1A 3E13X 4RXLA 3KJ7A 1SW2A 3MUQA 5HM4B 4OFLA 5AA2D 1FQFA 4JB7A 3S9NC 3CR9A 2DXYA 2PVUA 5JTYB 1Y9UA 4LQ2A 1EZ9A 3CSGA 2UVHA 1HSJA 3FJMA 1AIVA 4WKMA 3UN6A 1P1UA 1NNFA 5F7VA 2RKMA 4KR5A 4EQ9A 1H76A 4ZE9A 3K00A 4WXJA 3JZJA 2XXTA 1SYHA 1QJMA 3OO6A 3M8UA 1Y1MA 2QMWA 4RJZA 2VD2A 2I4CA 1EZPA 4IO6A 4G8HA 1UIVA 5BUUA 3Q29A 1ZKBA 3W9VA 1GGGA 4I9DA 4DXUA 2XXXA 3FJ7A 2F36A 3PUYE 4NF4B 1URGA 5JTYA 4LZ8A 2QSXA 4TLLB 4PFTA 3TTKA 3VVDA 1SI0A 3IK6B 1P1WA 2KLFA 1DMBA 3IOWA 3U92A 2REJA 1P99A 2Y84A 1OMPA 4JWOA 3FVNA 4QFOA 3BFUA 3DLNA 1FW0A 1B32A 3TFLA 4ZDMA 1ANFA 2V3TA 1B58A 1OVBA 1PDAA 2UVJA 1SW4A 2I3WA 2B3BA 5FTHA 1Z7NE 3EHUA 4U21A 1DTGA 3QUJA 4NF5B 4G4PA 4DLDA 2NXOA 4NF4A 3IB0A 4GFRA 4KFQA 4O3CA 4YKKA 2F5XA 1B4HA 1OLAA 1I69A 2O7IA 2P2AA 3VE1B 4IO2A 4XKPA 4PP0A 4RK2A 4G2ZA 1ATGA 1SBPA 3MVYA 4FEBA 1VFEA 3IAZA 3V83A 1RKMA 1MXXA 1MY0A 3MP6A 2DWJA 2GRVA 5CMCA 4OEUA 1GV8A 3QK6A 1JW5A 2B65A 1D3KA 4HS7A 3TDJA 4BDLA 1JVYA 2Q88A 4X1BA 2CMOA 4FORA 1SW5A 3B7DA 3B6TA 4R6YA 4NF5A 3PUWE 4GXSB 2R71A 3SERA 1ZIUA 1IXHA 2DXRA 5EHMA 1HSEA 3H03A 4NE4A 3C4MA 4EQ7A 4E0XA 1D9VA 4H1XA 1B3FA 3RQTA 1Y4CA 2DE3A 2PT1A 2GHBA 3MBPA 2OWTA 3G7WA 2XX8A 4OESA 3QYTA 3N5LA 5CMBA 4ZZAA 3PUXE 2DYXA 1B7UA 4NF6B 2LAOA 2OBGA 4FJPA 1YPNA 3WAFA 2I3VA 3SEYA 3L6HA 2AL4A 4U22A 4DCXA 3FGSA 1FQCA 1VFDA 1CE2A 1F9BA 2F8DA 1AH5A 3QSLA 3MVZA 1EH3A 1PBPA 3M3FA 5CC2A 1VE4A 4POWA 4ZEIA 1I6QA 1Y3PA 4L17A 1GTKA 3VV5A 1LGBC 3M3KA 3RTWB 3RN8A 1BIYA 5I2KB 1QKAA 3QXMA 3DP8A 2Q9TA 1Y3QA 3U1OA 2THIA 4ONYA 3D4CA 3VLWA 2P1SA 3KZGA 2PBWA 4NF6A 2V84A 2V3UA 2Q8JA 4I8CA 1MY4A 1LFGA 3BBRA 4F3SA 2O84X 4OQOA 5JK4A 2O68A 3IB1A 5F1QA 4GIZA 3OEMA 3SEXA 1SDXA 3W9WA 3G3GA 3CG3A 2AYSA 1AMFA 3RLFE 4JSOA 2ZXTA 1LB8A 2F6PA 3C33A 1H44A 3IO4A 2UYFA 5TU0A 3PMWA 3KSJA 4NF8B 3ZS6A 3KBRA 4X9TA 5TPAB 3I3VA 3H6UA 3QUFA 3SESA 4PETA 4XKNA 2Y7PA 3PMVA 4R73A 5I2KA 2YLNA 2X7QA 3UGWA 2F7AA 3O28A 2ZYOA 3TYHA 3TMGA 5I57A 5DEXB 1ZBMA 3KN8A 1IXCA 4AB5A 1WDNA 3A09A 3O29A 3K6VA 4U1ZA 4FIMA 1LAHE 1MQJA 2F6GA 2XD3A 3TEPA 4IGTA 5AE4A 1B0LA 2QS4A 4EUOA 2DSFA 1XHYA 3ILUB 4M1VA 2OLBA 4BDNA 4PFUA 1A8FA 3OXNA 3T66A 2XX9A 3N94A 3PGFA 3LSXA 2Y7WA 4MBPA 2BJJX 4YKJA 3UK4A 1Y20A 5ICTA 1N0TA 4NF8A 3S2VA 1Q35A 1P1QA 4EQBA 5BWJA 5TPAA 4ZEKA 4JSDA 3K6WA 1B40A 2H98A 4MLVA 3D4GA 4ND9A 5HBCA 1M5FA 3O6IA 1B2HA 2I58A 3TKDA 1LSTA 2XXIA 3K4UA 4IO3A 5DEXA 2HXWA 2D5WA 1MY3A 1MXYA 5EHSA 4LP2B 4ESWA 1MXZA 1UIUA 5L9SA 4U1OA 2RINA 4KQPA 3RUMA 2ALUA 4F39A 5L9MA 2Z8EA 1MPDA 3HO7A 3G3HA 4FEDA 3S9MC 1N04A 1B6HA 4BDRA 5I2NA 5ITPA 3MJNA 1XS5A 4QSCA 2Y7IA 2REGA 5I58B 2I6EA 4U4SA 4YKIA 1A40A 1IXGA 1P1NA 4DIGA 1IQ7A 3T9VA 1BTJA 5K2YA 3PUVE 2NUVA 5DT6A 1LBCA 4BDOA 4GRKA 3RGYA 4OTEA 4KI0E 4ZE8A 1PBQA 1MY1A 3K1PA 5H8SA 1Z7ME 2HCAA 2X7PA 3IOTA 4IO4A 2O1LA 4U23A 2X26A 4H6DA 2ZYMA 3OO9A 4C0RA 3LC8A 2ABHA 1NH7A 3QIMA 3KG2A 1XOCA 5I58A 3K2DA 1OLCA 4OZ9A 5FTIA 2D21A 2DVZA 1H3DA 4OWDA 2RC8A 1IZ1A 2O6AA 5ITOA 3R6UA 1I6AA 2OCUA 3MWBA 1B3LA 4OVJA 3K6XA 3WAEA 4H5FA 4PFWA 4TLMB 3O6GA 3DELB 1R1NA 2UXAA 3EPEA 3N6UA 4MH5A 4R6HA 3F11A 1T0KA 4K3FA 3E4RA 2VOZA 4OHNA 4TQUQ 1SI1A 1YCJA 1MXUA 5CBSA 1XC1A 5K2XA 1N76A 3VDFA 2D3IA 5ELVA 4DDDA 2YJPA 3DP6A 4F2OA 3MZBA 1MXWA 5DVIA 2Y7KA 3VXBA 4BDMA 2XXWA 1BKAA 4EF2A 1Q1KA 1OIBA 1IITA 4LZ5A 2GHAA 3PD9A 2DQVA 3MC2A 3MVXA 2HEUA 4YU0A 2Z8FA 5H8NB 1POTA 1I6BA 5DVJA 1N7XA 4KYEA 1R9QA 3EHSA 4KYDA 4NTLA 1N3WA 3OO8A 4C1UA 3T9UA 3FVKA 4OETA 1O63A 4BDQA 2AL5A 1FTOA 3L6GA 4IGRA 1NKXA 4F3BA 4QSDA 3V5AA 4OXVA 1US4A 3KOTA 1PB9A 1B5HA 1GR2A 1LAXA 5AA2A 4QRZA 5KDTA 4YB7A 4F1UA 4GOTA 2Z22A 1NL5A 1NNTA 2ZYNA 3RNNA 1PEBA 3RT8A 4ISUA 3H4ZA 2XXVA 3TCFA 3MQ9A 2QS2A 1OQHA 5H8NA 3IOUA 1MQGA 4LZ7A 3TCGA 3H6TA 4I1DA 2F7BA 2UYEA 3U94A 1JEUA 4F2QA 1FTMA 2GH9A 3SEWA 3UORA 1FCKA 3C31A 3CI8A 4MF3A 1MY2A 3FVOA 2XXQA 4YZZA 3LBSA 4DXBA 1RYOA 4R2FA 1B05A 4OFOA 3PD8A 4NWCA 4F3GA 3LUYA 3TQLA 4H8IA 1IEJA 3N26A 2XXRA 1S9TA 4JWYA 1B3EA 3T9HB 3O9PA 4ZEFA 2NWJA 4ZECA 4RA1A 4H8JA 4U4XA 1XT8A 4RNSA 3IJXB 1ZTYA 4ELPA 2PYYA 1MM7A 2VD3A 3Q26A 1TFAA 4GLIA 4XTCQ 3R7XA 3MZ9A 1KWHA 1EZOA 2H5YA 4JXIA 4R6KA 4Q0CA 2FA7A 4R75A 4M4GA 3MP8A 4JBZA 1MM6A 1LFIA 1JVXA 5HPQA 2O7UA 1LFHA 4ELOA 1MPCA 3KEIA 3EQ1A 1SYIA 3G3FA 4KCCA 3OSRA 1S7YA 5IAIA 1SW1A 4F29A 3PPRA 1LAFE 2DP8A 4FECA 2ZNSA 4RY1A 4R9FA 4N6PA 3SKPA 4ESXA 4EXKA 2F34A 3PUZE 3GBAA 4F1YA 1FTJA 1FTLA 2CZLA 4GD5A 3OMBA 4R74A 5I57B 2Q89A 4H67A 4KPTA 3C35A 3OOAA 2PMSA 5EYFA 2RC9A 2I0BA 1B46A 1PB8A 1LAGE 2G93A 3O66A 3KGCA 1B5IA 5CRYA 1O64A 4IB2A 3B6QA 3TODA 1N7WA 2V93A 2OZZA 1DSNA 3SEUA 5IKBA 3O6HA 4ZZEA 4HCWA 4RYAA 4XKQA 1SD3A 2ZNUA 1O7TA 1B3HA 4YAHX 2Z8DA 3ZKLA 2V3QA 1TWYA 2H25A 3KSXA 4OFJA 4YMAA 1NNKA 4IO7A 4U2RA 3THIA 3SDFA 1JNFA 1NFTA 1A55A 1XVYA 3O2AA 4HW8A 1IXIA 3K01A 4ELRA 2HZLA 1DPPA 5L9OA 4LATA 5I59B 3S9LC 4E0WA 4O3BA 3TTNA 3KJTA 5I2NB 3KFMA 2UVGA 4Q30B 3FZVA 3LSLA 5FHOA 4IO5A 3A3CA 3FV2A 3IJOB 3N6TA 5LOMA 3G3KA 5AA4A 4WEDA 1TXFA 5CMKA 3O97A 2FNCA 3ZSFA 1Y1ZA 5FHMA 1Y4TA 4AB6A 1B1HA 4MLQA 1ZLQA 5KCJB 3EF7A 3FXUA 1FQEA 5FHNA 4THIA 3MPKA 2RCAA 3HN0A 3FATA 1B9JA 2YPNA 5DVFA 3EHTA 5B70A 5TP9B 2F78A 2DWAA 5I59A 3VLUA 1B52A 2R6GE 3I5OA 3IORA 4I62A 3RY3A 3W15C 2ZMBA 3TCHA 2XD2A 4QFPA 4EXLA 2XHDA 4JWXA 2IA4A 5I56A 3SEVA 1URDA 2ZYKA 1A8EA 3OSQA 3HSTA 3FV1A 2ONKE 3RPWA 3C9HA 3EN3A 1VR5A 5CBRA 4KD5A 1ZMGA 5ICQA 4ECFA 5KCJA 1FQAA 4RPNA 3S9EA 2I48A 3VVFA 5JEIA 1SVXB 1MH4A 5L8DA 3IR1A 1CB6A 2P0SA 2B3FA 3TELA 3BKIB 4LVQA 1FQBA 1UTBB 2XXPA 4G68C 3U72A 5TP9A 2AIXA 3PU5A 2ZNTA 1N84A 4UA8A 3PPPA 1MS7A 4DXCA 4X48A 1LLSA 1B7HA 1MDQA 3ILTB 4MFIA 2XXHA 3TPAA 2ESNA 3FASA 1PB7A 4P0IA 2QPQA 2PX1A 4PQJA 4EDPA 3MW0A 1S50A 5DTBA 3BFTA 3CFLA 1MQDA 2DE4A 4PE5B 3FXQA 2I49A 5ISUA 3VLVA 3C34A 4F22A 4NEDA 4F31B 4R9GA 3T93B 1UTBA 4FAJA 3UIFA 4R2BA 2WKYA 5H8FB 2M8CA 2HAUA 2QS1A 1DTZA 5AA2B 5KDTB 1OVTA 3H3GA 3HCQA 4POXA 3DM0A 4H5GA 4ZEBA 1FTKA 2ONSA 4RPOA 3VXCA 3HV1A 2Q2CA 4WEPA 2A5SA 3PPNA 2GFEA 1II5A 3MAMA 1GVCA 2XX7A 2RC7A 4P11A 4LONB 3V89B 3K6UA 1UTHB 4G68B 1FQDA 4F3PA 2O69A 1DOTA 3FD3A 4FE8A 3T22A 1L5TA 5H8FA 1TFDA 4QFLA 4GWOA 3IX1A 4YKPA 1USYH 4LQ5A 2PT2A 2XXYA 2ONRA 1AOVA 2HZKA 4HCYA 3IOVA 1MPBA 3CRBA 4JDFA 1B7ZA 4X1DA 1NNPA 5AA3A 2Z23A 1MQIA 1QUKA 5H8QB 2O1MA 3Q28A 2A5TB 4F18A 2O51A 1UTHA 3MPLA 4G68A 1B0HA 4F1VA 4QFNA 2F97A 1M5EA 2QRYA 3FIRA 2R9JA 1A99A 4OENA 4H65A 3MP1A 4UACA 4GL0A 3AXFA 1H43A 2F35A 3PV0E 1BP5A 1MDP1 2E1SA 2HFBA 3E9XA 1D4NA 3IO6A 2Y7RA 3CVGA 2RF1A 5H8HB 1ZU0A 4GL8A 4HTGA 4NWDA 2Q2AA 3U8QA 2VGQA 1SQYA 3DP4A 4H0WA 2IEEA 1QULA 1QW0A 4QFKA 4DCYA 2FYIA 3E3KA 5H8QA 3FJGA 3CG1A 5B7DA 3OENA 2A5TA 4LUBA 3C32A 1URSA 4G8MA 1LB9A 4ELQA 3OD7A 3PMXA 1LCFA 4BLAA 1YAEA 4YB6A 2XXUA 2G29A 3U93A 1J1NA 3PPOA 3TZAA 3TTMA 4GF8A 2HAVA 5CI5A 1HSLA 4OYVA 1B51A 3V8XB 1IIWA 3MVWA 5H8HA 2DVCA 2HQ0A 2H9BA 4N13A 3IB2A 4OMBA 3KN7A 1EU8A 1P1OA 3OO7A 3Q27A 1R6ZA 4Z7EA 2E0SA 3K02A 3A3UA 3K1MA 3G3IA 4OEVA 4KHZE 2DWHA 3ONMA 1DPEA 4XXUA 5I84A 1LCTA 1D9YA 3R26A 1B3GA 3FVGA 5AA1A 1JW4A 3CFZA 3VVEA 2QL3A 4R72A 4YICA 4TOZA 3T9XB 3SETA 1MRPA 2F7CA 5A5XB 2QJEA 1POY1 3TQWA 4C1TA 4NMYA 3K0VA 1VSOA 5AA4B 3G3JA 3VFJA 1MXVA 1B4ZA 3UP9A 4G77A 2H4IA 1M5DA 3UA8A 3TUSA 1QVSA 1XVXA 1NMUA 3TAJA 1JQFA 4IY6A 4QHQA 4KYSA 1JEVA 5M2VA 4P0GA 2VHAA 4AQ4A 1ELJA 3FUZA 1M5BA 1QUIA 3C36A 3ODBA 2W7YA 4GQOA 3GLBA 4LA9A 2DS9A 1JETA 1NH8A 3M3LA 2H99A 4XKRA 1RYXA 3USDA 3H6WA 3ZKKA 3CFXA 4ZEDA 3FXRA 5DYHA 4DZ1A 1YTVA 3KOSA 5A5XA 5I56B 3OEKA 2DOJA 4O3AA 4OERA 1IUDA 4QSEA 5CM6A 3TTLA 1QUJA 3H6VA 1BLFA 3IL1B 4PFYA 3HHGA 2I0CA 3K1NA 2I4BA 1JW1A 3Q25A 2DE2A 5CMMA 2ANJA 4QF9A 1H45A 3MZ1A 3OELA 1MH3A 1Y3NA 2OWSA 3CIJA 2QMXA 3CSBA 3B6WA 4Q5TA 2VP1A 3HHFA 4ZS9A 5KZTA 4G8NA 2OJTA 1WVJA 2V25A 3GBBA 3T96B 4DE8A 3H7MA 3ECRA 2NVUB 3JYRA 4N07A 3S4UA 2UVIA 4Z0IA 3LR1A 5J1DA 1US5A 4GVOA 4F19A 4FATA 4RK9A 3JV9A 3TTRA 1WODA 2RCBA 3HPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4NG7A 1ANFA 2V3TA 1B58A 5EQ8A 3HFUA 1OVBA 4N91A 1PDAA 2UVJA 1FPKA 1SW4A 2I3WA 2B3BA 5EYGA 5FTHA 1Z7NE 3EHUA 4U21A 1DTGA 3QUJA 4NF5B 4G4PA 5IZZA 4DLDA 1FBFA 2NXOA 4NF4A 3IB0A 4GFRA 2JJKA 4KFQA 4O3CA 4YKKA 4PBQA 2F5XA 4N8GA 1B4HA 1OLAA 1I69A 2O7IA 4MEVA 2P2AA 3VE1B 4IO2A 4XKPA 4PP0A 4RK2A 4G61A 4G2ZA 1ATGA 2WEFA 1SBPA 2XWVA 3MVYA 4FEBA 1VFEA 3IAZA 3V83A 1RKMA 1MXXA 1MY0A 3MP6A 2DWJA 2GRVA 5CMCA 4OEUA 1GV8A 3QK6A 1JW5A 2B65A 1IMAA 1D3KA 4HS7A 1FTAA 3TDJA 4BDLA 1JVYA 2Q88A 4X1BA 2CMOA 3CHGA 2XA5A 4FORA 1SW5A 3B7DA 3B6TA 4R6YA 4NF5A 3PUWE 4GXSB 2R71A 3SERA 1ZIUA 4MNCA 1IXHA 2DXRA 5EHMA 1HSEA 3H03A 4NE4A 3C4MA 4E0XA 4EQ7A 1D9VA 1KZ8A 4H1XA 1B3FA 4XFEA 3RQTA 1Y4CA 2DE3A 2PT1A 2GHBA 4OANA 3MBPA 2OWTA 3G7WA 2XX8A 4N4UA 4OESA 3QYTA 3N5LA 5CMBA 4ZZAA 3PUXE 2DYXA 1B7UA 4NF6B 2LAOA 2Y5LA 2OBGA 4FJPA 1YPNA 3WAFA 2ZZVA 1NV7A 2I3VA 3SEYA 3L6HA 2AL4A 4U22A 4DCXA 3FGSA 1FQCA 1VFDA 1CE2A 1F9BA 2F8DA 1AH5A 1FPJA 2ZZXA 3QSLA 3MVZA 1EH3A 1PBPA 3M3FA 5CC2A 1VE4A 4POWA 4ZEIA 1I6QA 1Y3PA 2CZKA 2CZIA 1FRPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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