5CMKA

Crystal structure of the gluk2em lbd dimer assembly complex with glutamate and ly466195
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
NRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGSTMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSSEEGIQRVLTSDYALLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
publication title Structural basis of kainate subtype glutamate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA02
4XIGQ 3UA8A 1LFGA 1P1WA 3T9UA 4ZDMA 4UA8A 3W9VA 3VVDA 1N84A 4ZZAA 3IOTA 1Q1KA 3FXRA 3C31A 4NE4A 4ZEBA 4THIA 1YAEA 4NF8B 1PDAA 4YU0A 4E0XA 4I1DA 3Q29A 2PYYA 4H65A 4LA9A 3LSFB 3T93B 4JSOA 1QKAA 3MQ9A 2D5WA 2RCAA 3UORA 1BTJA 1LB8A 4YKKA 1LSTA 3RTFB 3A3CA 3RGYA 3LR1A 5KCJA 1LGBC 5AA2A 1N76A 2XX7A 5CMBA 2O1LA 2I6EA 1POTA 4NEDA 4F2QA 3MJNA 1B46A 2F6GA 1Y3QA 1UTBA 3ZKLA 3IOWA 3USDA 1HSLA 3IB2A 4DZ1A 2E0SA 3QSLA 3SEXA 4H0WA 1FQAA 1IXIA 1UIVA 4LONB 4UACA 1IQ7A 1ZLQA 3FV2A 3U72A 5CMMA 2QS1A 1JW4A 3MWBA 3K6XA 4ZZEA 1MQHA 4LQ5A 4H5FA 3CVGA 3QAXA 2CMOA 4QRZA 2DS9A 4OTEA 3PD8A 2XX8A 4WKMA 4GOTA 3C35A 4F3BA 4KCCA 2DE2A 4F19A 3S9LC 2PT1A 4OFLA 3RLFE 1DSNA 3IB0A 4N6PA 4RXLA 5DYHA 4X48A 2I4BA 4XXUA 2Y84A 4N13A 1B7HA 1S50A 4GF8A 4DDDA 2CZLA 3IJOB 4JSDA 4KFQA 1MY4A 3M3LA 1DTZA 4BLAA 2DWJA 3FASA 1MY0A 1NFTA 4M1VA 2H99A 3PPPA 2HZKA 4GVOA 1UTHB 1I6BA 1OIBA 4HCYA 1XHYA 5H8NA 1M5CA 4R74A 1MM7A 4JBZA 2I3WA 3ZSFA 1SI1A 3SEYA 1USYE 2ONKE 4LUBA 2DVZA 2ZNTA 3U8QA 5DVIA 2F7AA 2VGQA 1P1OA 2HZLA 4Q0CA 3BFUA 1ZTYA 4EXLA 4QFKA 3M8UA 4YAHX 1POY1 1SW4A 3FD3A 2R6GE 4TQUQ 3H6TA 3OEMA 3VV5A 3E3KA 3TTRA 3E9XA 3FXQA 4KR5A 4ELRA 1EZPA 4BDOA 3ONMA 3C36A 4YKJA 1RKMA 3ODBA 1ATGA 4IO7A 1Y3PA 1I6AA 3CFZA 2XXIA 1MXXA 1JEUA 3D4GA 3C9HA 4OXVA 1JNFA 1NKXA 2QMXA 3KN7A 1FQCA 4BDMA 2Y7IA 2HCAA 4RK2A 3K00A 4OZ9A 4YKPA 5CBRA 3KSJA 3N94A 4G8MA 4NF4B 4X9TA 1B1HA 1HSEA 3KOTA 1B3FA 1VE4A 1NNFA 1MXVA 4HCWA 3IB1A 4ESXA 2XXYA 1OLAA 3H6VA 2DXRA 1MS7A 1A99A 3VVFA 1P99A 1B7UA 5K2XA 3H06B 4ECFA 1AH5A 2XXTA 3LC8A 3A09A 5F1QA 3I6VA 1MQDA 3CIJA 5AA1A 4DXCA 2BJJX 3OEKA 1B5HA 1N3XA 5ELVA 3V8XB 2VP1A 4ELPA 3V5AA 2I4CA 3E4RA 5I59B 1VFEA 2HEUA 1PB8A 1JVYA 4F3PA 3RT6B 3G3JA 4DE8A 1Y20A 4LZ5A 5I2KB 4IO3A 2Y7PA 4U2RA 4OHNA 4GRKA 1FQDA 2B3FA 4DLDA 3KJ7A 1A8EA 3FZVA 3H6UA 3DP4A 3I3VA 3N26A 1Y4CA 3FV1A 4L17A 1SW2A 1YPNA 3CR9A 3PU5A 4GFRA 2QSXA 5L9MA 2NOOA 1FW0A 1N3WA 3CSGA 3MPKA 3E13X 4XKPA 4KPTA 1ZIUA 1OQGA 3OSRA 3AXFA 3MAMA 3KGCA 2QS2A 3MP1A 3VXCA 2O1MA 1ZU0A 1MPCA 4YB6A 4FATA 2WKYA 3PPQA 4HTGA 1XOCA 4QFLA 3KN8A 2UVHA 2W7YA 4BDRA 2O69A 1B0LA 1PB9A 3HO7A 4ONYA 5ISUA 4Z0IA 1DTGA 4I62A 4QFOA 3O28A 1FTOA 4MLVA 1B3LA 2DOJA 1LFHA 2DXYA 2XXWA 1N7WA 3IO4A 1LAGE 2RKMA 2QMWA 1P1UA 1XT8A 3KOSA 1HSJA 1SDXA 3U1OA 2ALUA 2A5SA 2XXVA 4FE8A 4LVQA 5FTHA 4GD5A 1MH4A 5DEXB 4F31B 3TQLA 4KQPA 1QUIA 2XXXA 5TP9B 3L6HA 3R6UA 3PPNA 1MG1A 2UVIA 3IO6A 5AA2D 4PFUA 2O51A 4OWDA 5JTYA 1CB6A 2REJA 3TQWA 1GVCA 1ZJLA 2Z8DA 3IJXB 4AB6A 2GHBA 4H1XA 1QKBA 1AMFA 5L9OA 2XXUA 2YPNA 1L5TA 1NH7A 3MZ1A 2DP8A 2QJEA 4NTLA 4GIZA 4OEUA 2F36A 3PUVE 3FJMA 3TCFA 2GRVA 2R71A 2RC9A 2Z8EA 4BDNA 5I56B 1MY3A 2X7QA 4EQ9A 5EYFA 4R2BA 2XX9A 1Y1MA 3DP6A 3IAZA 4POWA 4ZE9A 1UTHA 3VLUA 4IO6A 4QFNA 5CC2A 2GHAA 1A54A 3B6WA 5AA4B 3IOUA 4AQ4A 4DXUA 3F11A 4R9FA 5H8HA 4OFJA 3KBRA 3P7IA 4F3GA 4XKNA 1PBQA 1SW5A 2ESNA 2OWSA 3THIA 2ZYMA 4EF2A 3T22A 2DE4A 4FORA 1JETA 1H76A 3S4UA 3TODA 2OK2A 3EN3A 4EQ7A 1TXFA 1M5BA 3TTLA 3MW0A 3MVXA 4DXBA 1B3EA 4PQJA 2I0BA 1MQJA 1US4A 3UP9A 4MFIA 3IL1B 4RK9A 1LB9A 3VLWA 1XC1A 2F35A 3K6VA 3QXMA 3CFXA 4P11A 3N6UA 4PETA 3HV1A 4MLQA 3O6HA 2AYSA 3SEUA 3FVGA 3ILUB 3C34A 2VD3A 1FTJA 3O29A 1Y4TA 2O7IA 1P1NA 2V3UA 3H6WA 4GXSB 3H3GA 3PUYE 2KLFA 1WDNA 2ONSA 2DVCA 1B40A 2XD3A 3UK4A 1MQIA 4WEPA 2OJTA 4K3FA 2QS3A 3G3IA 1USYH 4G68B 2XD2A 3SEWA 1B32A 1VFDA 3FXUA 1MPBA 3OD7A 4U23A 3PUXE 4NF5B 3U94A 3GXAA 1DMBA 4Q30B 2O7UA 5I58B 4NWDA 5TPAA 2YLNA 1JVXA 4G2ZA 2AL4A 2XXQA 5CMKA 4RPOA 2NVUB 3D4CA 1B51A 3C33A 4JWXA 5KDTA 3T9XB 3T96B 3MP6A 1MPDA 3TTNA 4F18A 3CG1A 3OELA 1T0KA 3FVOA 1MY1A 5CM6A 4EXKA 5I2KA 1B4HA 1PEBA 4O3AA 4OYVA 4FAJA 1NL5A 4LATA 3Q28A 2UVGA 3PUZE 4JB7A 4H6DA 2I58A 4LP2B 2THIA 4NF6B 1RYOA 1KWHA 1NH8A 1YTVA 2XHDA 3KFMA 1BKAA 1D3KA 2AL5A 1R9QA 3IORA 2X7PA 4M4GA 5F7VA 2Y7KA 1B9JA 5H8QB 3K6WA 4U4SA 2D3IA 4MBPA 5HPQA 3M3FA 3HN0A 3BFTA 1JW1A 1LFIA 2P1SA 3I5OA 1OQHA 1DOTA 4QSEA 1QUKA 4G8NA 2IEEA 3PMVA 4OQOA 4RPNA 5I2NB 5I84A 5FTIA 4ZE8A 1GTKA 3K1NA 4XTCQ 4H8JA 5DEXA 2O68A 1EZOA 3BKIB 1R9LA 2H9BA 4U1ZA 1B5JA 5HBCA 3HCQA 3FUZA 4F22A 2G93A 2HXWA 3QUJA 3DM0A 3FVKA 2A5TA 1B58A 5JEIA 1UQWA 3SETA 4KYSA 2QL3A 3LSLA 1DPPA 1OMPA 1LAXA 3OMBA 2Z8FA 1O7TA 4EUOA 2Q2AA 3K0VA 3MBPA 3TTKA 4EQBA 4IO4A 1BLFA 3ECRA 3OENA 5I56A 1H3DA 3K01A 3PGFA 5ITPA 3MC2A 3K1PA 4E0WA 3PUWE 2P2AA 3RTWB 5IAIA 4OMBA 3VXBA 4QSCA 5AA2B 3SESA 2ZNUA 4KYEA 5DVFA 3SERA 4H67A 5AA4A 4R9GA 3LSWA 4YMAA 1Y1ZA 4ZEIA 4F3SA 2RF1A 1IZ1A 4ZECA 2FA7A 1Z7ME 2H5YA 3EPEA 1M5EA 4YB5A 1XVYA 4F29A 1MXYA 2F8DA 4MH5A 1D4NA 3UIFA 4U21A 2H4IA 4QHQA 1LBBA 1GR2A 3G3GA 3VVEA 3S9MC 2NWJA 1FQFA 4X1DA 1O64A 2Z23A 5FHMA 4BDLA 3PV0E 3BBRA 4ND9A 4GL8A 3TEPA 4NF8A 1SQYA 4R6YA 4DCXA 3TCGA 3RQTA 5CRYA 3TFLA 3TMGA 1LCTA 4IGTA 1B0HA 4WXJA 4OETA 2OCUA 3PPRA 2H98A 1NNKA 2B65A 4KI0E 3MVYA 5AE4A 5I57B 3KJTA 1AOVA 4R6HA 4F2OA 3TCHA 2ANJA 1FTKA 4RJZA 1ZKBA 4ZEDA 4OERA 1MM6A 5BUUA 2PBWA 3PD9A 5M2VA 2ZNSA 3QYTA 1DPEA 1IITA 1PBPA 1A8FA 1MXZA 4I8CA 1XS5A 2REGA 5H8NB 3PMWA 4IGRA 3B7DA 4JDFA 3FGSA 4JXIA 2X26A 3GBBA 5ICTA 1XVXA 2PX1A 2Q2CA 3RN8A 4NF5A 1LLSA 3RUMA 3K4UA 1IIWA 3CSBA 3K02A 2GH9A 4TOZA 1SD3A 2OLBA 3LBSA 4QSDA 3R26A 5AA3A 3HPIA 2GFEA 2HAUA 2HFBA 2IA4A 1B5IA 2ZYOA 2Q8JA 3UGWA 5CBSA 1LCFA 1O63A 2Y7RA 1NNPA 1MXWA 3GLBA 2VD2A 2O84X 2DQVA 3RY3A 2I48A 2B3BA 5A5XB 2D21A 4OESA 1H43A 4NF6A 1A40A 4YMBA 1SYHA 1EU8A 3H7MA 3IX1A 2RCBA 4I9DA 5DVJA 4YKIA 4X1BA 2Y7WA 1TT1A 4PFTA 1OLCA 1Q35A 4WEDA 4QF9A 3WAEA 1I6QA 3N5LA 2XXHA 4R6KA 3DELB 1QJMA 3RPWA 4IY6A 5DTBA 1R1NA 4FEDA 3OOAA 2DWAA 4DIGA 2PMSA 1ELJA 3IR1A 1VSOA 2V93A 2HAVA 4C1TA 1OVTA 4NWCA 1LAFE 1Z7NE 3OXNA 3RT8A 2DWIA 3SDFA 5JK4A 1IXCA 4QFPA 1FTMA 2RC7A 2F97A 1AL3A 1II5A 4GWOA 4F1YA 1SBPA 1PC3A 3RNNA 1R6ZA 3EHTA 3H03A 2F7BA 3UN6A 3FVNA 2OZZA 1GV8A 5H8SA 2ZYKA 3DLNA 3CRBA 3V83A 5EHSA 2F34A 1B52A 1VR5A 4NF4A 1MY2A 3O97A 3S9EA 3B6QA 1IXGA 3Q27A 2XXPA 4OVJA 3TZAA 4XKQA 4OEVA 4C1UA 3MP8A 5KZTA 3A3UA 1TFDA 1S9TA 4ELOA 1AIVA 3C4MA 4FEBA 3T9VA 2I3VA 2ONRA 3QK6A 2HQ0A 2FNCA 1S7YA 1MH3A 4R72A 3PPOA 2F78A 3C32A 4KHZE 2QRYA 4HW8A 1RYXA 2VOZA 2ZXTA 4LQ2A 1SYIA 4IB2A 3EF7A 3OSQA 2DYXA 3SKPA 5H8FB 3G3KA 4Z7EA 5I59A 4H8IA 5IKBA 3TYHA 2V84A 5TU0A 3MPLA 4HS7A 1URSA 4EDPA 1SVXB 3IK6B 2AIXA 5JTYB 3TELA 3EQ1A 1TWYA 3FATA 4PE5B 4Q5TA 3TUSA 3FIRA 2Z22A 3U92A 3KZGA 3O9PA 1MQGA 4JWOA 4YB7A 2NUVA 3SEVA 1N04A 1JEVA 2G29A 4YICA 3N6TA 5I57A 1QVSA 3QIMA 3KN3A 3G3HA 3WAFA 4ZEKA 4LZ7A 4YZZA 4P0IA 3O6GA 3ZKKA 4PP0A 4IO2A 5FHNA 1A7LA 1FTLA 5FHOA 2NXOA 3MZ9A 2VHAA 5H8HB 1B7ZA 4ESWA 2V3QA 4GL0A 5LOMA 4H5GA 4DCYA 2O6AA 4U22A 3TAJA 4ZS9A 2I0CA 3MVZA 1NMUA 4N07A 2M8CA 5TP9A 1US5A 4G68C 5BWJA 1ANFA 1MXUA 2YJPA 1QUJA 4KD5A 1Y9UA 3L6GA 1FCKA 2UXAA 2UYFA 1LAHE 1ZMGA 1IUDA 5ICQA 4ISUA 2LAOA 3TPAA 4GQOA 3S2VA 4KYDA 3Q25A 2P0SA 1B4ZA 3CFLA 4U4XA 2PVUA 2XXRA 3EHSA 3H4ZA 1I69A 1D9YA 2F7CA 4POXA 5A5XA 3ILTB 4FJPA 1NNTA 2RC8A 3FJ7A 3ZS6A 1QULA 4XKRA 4R2FA 3KG2A 2ZMBA 4F1UA 4PFWA 5KCJB 1D9VA 4F1VA 1B3GA 3HHFA 1PB7A 3JV9A 4IY5A 4R73A 3GBAA 1URGA 4IO5A 1UTBB 1WODA 3K1MA 4U1OA 5B70A 2FYIA 3M3KA 1URDA 5K2YA 4ELQA 2V3TA 3T9HB 5TPAB 3TTMA 3K2DA 3VFJA 2V25A 4F39A 1ZBMA 1H45A 3B6TA 3CI8A 5KDTB 2I49A 1BP5A 3W9WA 5ITOA 1EZ9A 3FJGA 1F9BA 1SW1A 2ABHA 4RA1A 1TFAA 4PFYA 1CE2A 3HSTA 1B2HA 3G7WA 3EHUA 3T66A 4GXAA 5DT6A 1Y3NA 1FQBA 1B1XA 1GGGA 3MUQA 4TLMB 4R75A 2OBGA 1LBCA 3IOVA 1B3HA 5L9SA 1WVJA 3GZGA 1H44A 3Q26A 1J1NA 4OENA 1M5FA 2DSFA 3K6UA 3JYRA 3HHGA 4G68A 1BIYA 4MF3A 4FIMA 4RY1A 4TLLB 2E1SA 4P0GA 2H25A 3PMXA 4FECA 4EF1A 2DWHA 1B05A 1M5DA 1SI0A 3JZJA 4RYAA 3VE1B 1QW0A 4C0RA 2PT2A 2ZYNA 5I58A 3W15C 2UYEA 1MRPA 3TKDA 2F6PA 5EHMA 3OO6A 4ZEFA 4LZ8A 1MDP1 5H8FA 1P1QA 3U93A 1N7XA 2DE3A 1IXHA 4KCDA 4RNSA 4Q8RA 3OO8A 3TDJA 4JWYA 4G4PA 3OO7A 2RINA 5HM4B 2OWTA 4GLIA 1B6HA 2A5TB 2R9JA 3O6IA 1EH3A 3G3FA 1OVBA 3R7XA 2Q9TA 3VLVA 1IEJA 1JW5A 3LUYA 4O3CA 3DP8A 3QUFA 1JQFA 3KEIA 3O2AA 3LSXA 4AB5A 2Q88A 3O66A 3MVWA 2UVJA 5H8QA 3CG3A 3VDFA 2QPQA 3MZBA 1MDQA 5B7DA 5L8DA 4OFOA 3V89B 5J1DA 3KSXA 5CMCA 1A55A 1FQEA 1YCJA 1UIUA 4G8HA 5I2NA 4G77A 3S9NC 2QS4A 5CI5A 1N0TA 2F5XA 2Q89A 3OO9A 4BDQA 4NMYA 4O3BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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