5CMKA

Crystal structure of the gluk2em lbd dimer assembly complex with glutamate and ly466195
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
b'NRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGSTMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSSEEGIQRVLTSDYALLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of kainate subtype glutamate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA02
1BLFA 3CI8A 3FUZA 2XXWA 2XX9A 1S9TA 3ZSFA 1QUKA 4E0XA 5KCJA 2CMOA 3KN8A 2I4CA 3UP9A 3OEKA 2V93A 3USDA 4U21A 1LLSA 1IITA 1SI1A 1B5HA 4POWA 1Q1KA 1FQFA 4R74A 1B32A 3N5LA 3M3LA 1MY4A 2OCUA 2ZMBA 5KZTA 3CFLA 3SEYA 1DMBA 3DP6A 3HCQA 2Y7WA 3MP1A 1DPPA 1MRPA 1LCFA 2QSXA 1D9YA 5I56A 1Q35A 2V84A 1O7TA 3ILUB 3H6WA 3B7DA 1P1UA 2V3QA 2O6AA 3A3CA 2PVUA 4Q30B 1POY1 1I6QA 4PFUA 4BDRA 1QKBA 4ESWA 1R1NA 2HCAA 2I0BA 1FCKA 3B6QA 4DIGA 3VXBA 1US4A 5AE4A 1P1OA 4IO7A 4DCXA 3Q27A 4I62A 3OOAA 1QVSA 1QUIA 3KEIA 4YB7A 5A5XB 2AIXA 1MXZA 3ZS6A 1M5CA 4DXUA 2GHAA 1EZOA 2ZNUA 3LSFB 4NF4A 3KBRA 1VSOA 4ZEKA 5KDTB 1B51A 4NF6A 3HPIA 2REJA 1GV8A 2OLBA 2DWJA 4WEPA 4GWOA 5EHMA 2XX8A 2O68A 1B1XA 3S9LC 1OQHA 5JTYA 3W9VA 4BDMA 1SDXA 4LZ5A 3T9HB 2NOOA 4E0WA 2QS1A 5IKBA 2W7YA 3KG2A 4GLIA 1EU8A 1PBQA 3MW0A 3H6TA 3CFZA 5ELVA 4Z0IA 5K2XA 1QKAA 3FXQA 2OWTA 3IK6B 2R6GE 1B7UA 3SETA 4DZ1A 5FTIA 3L6HA 4THIA 4FEDA 3K00A 3CSGA 2RCAA 2VHAA 5M2VA 2XXPA 1DOTA 4QSEA 4IO2A 1Y3PA 3VE1B 1I6AA 4XKNA 1R9QA 1B4HA 4RK9A 4G4PA 2Z8FA 1SI0A 4XTCQ 5CMMA 2H5YA 1Y1ZA 3D4CA 3C32A 3GBBA 2GH9A 2UVGA 4OXVA 4GXAA 4GVOA 2DXYA 3ZKKA 4NTLA 4FEBA 2O1MA 4MFIA 3MP8A 1VR5A 4OYVA 3LBSA 4F18A 1MH4A 1WDNA 4Q5TA 4YB6A 4RPNA 4OQOA 3DP8A 1Y20A 2D21A 4G68A 3IX1A 1OQGA 1R6ZA 2F8DA 4R73A 3TTMA 3BFUA 5H8NA 3TFLA 4QSCA 5I2KB 4DE8A 1MQJA 4RXLA 4U2RA 4YICA 2ONRA 2E1SA 1MQIA 1VFDA 5H8SA 3VVFA 4EDPA 4O3BA 3KZGA 4ZS9A 2ZNTA 3G3IA 5H8QA 2PYYA 5I59A 4JB7A 4JWXA 1Y9UA 1HSEA 2DWHA 1KWHA 1B3FA 4U22A 1A8EA 4ZE8A 3IOWA 3U94A 3OO9A 1WODA 2ZYNA 2DE4A 2I3VA 2UVIA 3RT8A 4KYDA 4IGRA 3MZBA 5DEXA 2XD3A 3CG3A 2O84X 4QFPA 5DVIA 4LA9A 2PX1A 3PUWE 1FTMA 1MDQA 4FATA 2FYIA 3QAXA 3K6WA 5CM6A 3DELB 3L6GA 2VGQA 2V25A 4IB2A 5HBCA 5IAIA 5I2NA 2Q8JA 1XT8A 2RF1A 3T9VA 1AMFA 1B58A 1EZPA 4L17A 1Y3QA 5J1DA 3IORA 4F29A 1FTKA 5TU0A 2B65A 2F6PA 3K6UA 3SKPA 1P1QA 4IGTA 4WXJA 3SEVA 1PEBA 5BWJA 5FHOA 4BDLA 2V3UA 1B3HA 2QMWA 3IJOB 3PGFA 4R2FA 4BDNA 2UXAA 4G2ZA 3IR1A 4PFTA 4OFLA 2O1LA 3SEWA 2VD3A 4OTEA 3RLFE 3K2DA 1QUJA 4P11A 3H03A 5EYFA 3JYRA 4EQ9A 3LSWA 3C36A 4QRZA 1B6HA 4KPTA 4TQUQ 3WAEA 5L9OA 4YU0A 3I5OA 4JBZA 3RY3A 2ABHA 4M4GA 4ELPA 3P7IA 4WEDA 1JEVA 3U8QA 4MLQA 5TP9A 4G8NA 4Z7EA 4ZECA 5L8DA 5CBRA 4NF4B 3TEPA 4QHQA 4NF6B 1H3DA 4FECA 3IL1B 4KCCA 4HCWA 1SW2A 4HCYA 2Q88A 3VVEA 2FA7A 4NWDA 3SEXA 3TQLA 1TT1A 2I48A 1FTLA 1B5IA 2HFBA 2O69A 3PD8A 4ONYA 3EQ1A 3T9UA 2DQVA 4GD5A 2YLNA 3PD9A 3Q26A 2Z8EA 2FNCA 5BUUA 4R2BA 1H76A 2PBWA 3MAMA 2GFEA 1YTVA 2F5XA 4O3CA 4AQ4A 1H44A 1GR2A 1MXXA 4JSOA 3GBAA 3O97A 3PMWA 1VFEA 4R6YA 4RPOA 3IO4A 4U1ZA 1D9VA 2F35A 2YPNA 4NF8B 3VDFA 2Y7IA 3TZAA 4POXA 2VD2A 1ATGA 5AA2A 4N07A 1I69A 3C34A 3HHFA 3O29A 3N6TA 1B40A 2HAVA 3AXFA 4JSDA 3VV5A 3LC8A 2A5TB 4IY5A 1MS7A 2ZYOA 4PFYA 4G68B 3SERA 4H5FA 4FE8A 5CC2A 1NKXA 3QYTA 3CRBA 1MH3A 3T93B 1SYHA 4JWOA 4UA8A 5AA4A 2UYFA 3QK6A 3A09A 2OK2A 3K1PA 1UIVA 4X48A 1NMUA 1TXFA 3IOUA 3O9PA 3E13X 3RPWA 2I3WA 5F7VA 4HTGA 3TTNA 4KCDA 5L9MA 5DVJA 1EZ9A 1AOVA 3H4ZA 5H8QB 3PPPA 4PP0A 1QW0A 2HZKA 3KOSA 4IO4A 1YAEA 1UTHB 1MPDA 2O7UA 3E9XA 4H5GA 4XXUA 2I4BA 1H43A 5K2YA 4OHNA 3H6UA 1S7YA 2Z23A 4OERA 2HZLA 4OETA 1FQDA 3B6TA 2ALUA 1I6BA 2RCBA 3QIMA 5H8HB 3V5AA 1LAHE 3V8XB 1B3GA 4R9FA 3OO7A 2KLFA 3MVXA 4MBPA 1NL5A 1A7LA 2CZLA 4MH5A 2OWSA 4YB5A 4U23A 3I3VA 3FIRA 3FV1A 3KSXA 1MXVA 4YMAA 1UQWA 4KHZE 4I9DA 3OELA 5H8FB 4MF3A 3Q28A 3CG1A 3U1OA 3FVOA 3OO8A 3TCHA 3CVGA 4Q8RA 3EF7A 4G8HA 2HAUA 5I57B 4XIGQ 4DCYA 3RN8A 4NE4A 5B70A 2ZXTA 2P2AA 2F34A 4F1YA 3O66A 1F9BA 3MBPA 3IB2A 2HEUA 4DDDA 1M5EA 2VP1A 1MXWA 1XVYA 1MY3A 3RT6B 1Z7ME 3R7XA 4ND9A 5LOMA 2Y7KA 2XXIA 5F1QA 2OZZA 5DTBA 3DLNA 4GF8A 1HSLA 4HS7A 3IO6A 2RC9A 1URSA 2R9JA 4EF1A 1IXIA 1N84A 4YKIA 1JQFA 2AYSA 4R72A 3FJ7A 1URDA 3MVYA 4EQ7A 2XD2A 2DWAA 3MPKA 1J1NA 1TFAA 5TP9B 3VLWA 4RA1A 3MQ9A 5ICTA 3G3HA 3FVKA 3UA8A 4RJZA 1H45A 1URGA 1US5A 1JW5A 1QJMA 3OO6A 1MDP1 2NWJA 3MUQA 4YKKA 1CE2A 1PB9A 3IAZA 4ESXA 1IEJA 1DTZA 3IJXB 2NUVA 1GTKA 1AL3A 1LAFE 2F7AA 2DYXA 3UN6A 4ECFA 2AL4A 1LB8A 3D4GA 2F6GA 4M1VA 2HQ0A 2UVJA 4BDQA 3EN3A 5AA1A 5ICQA 4HW8A 2G29A 3RTWB 2Y84A 1A40A 5HM4B 3M8UA 3PUXE 1FQEA 2XXXA 3KN3A 2QMXA 1N0TA 2G93A 4ZE9A 3H6VA 2QPQA 2UVHA 2BJJX 3PU5A 3E4RA 1IXCA 3OSRA 2V3TA 2QJEA 5AA3A 1UIUA 1LCTA 4OWDA 3T66A 1MQGA 3VXCA 2H98A 5L9SA 3UORA 4LZ8A 2AL5A 5A5XA 5KCJB 1QULA 4QSDA 5JEIA 4F31B 4GQOA 3EHTA 3G3FA 3UGWA 1ZIUA 5CMCA 1PB8A 5KDTA 4F3GA 2DS9A 2DE2A 1ANFA 3LR1A 3N26A 1Y3NA 2QRYA 3C31A 1MY2A 3RNNA 4H1XA 1LGBC 1A55A 4JDFA 4F1VA 1NNFA 3T96B 2I58A 3TYHA 1B7ZA 3CSBA 3EPEA 3S2VA 3FJMA 4EF2A 3CR9A 5I56B 3JV9A 3JZJA 5ITPA 4H6DA 4RY1A 4XKPA 1JVYA 2H9BA 4OVJA 4U1OA 3R26A 3MWBA 4LONB 3H7MA 5DT6A 1MM7A 1Y4TA 2O7IA 1B2HA 3V83A 5FTHA 1Z7NE 1YCJA 2DOJA 2DWIA 3MVWA 4FJPA 4F2OA 3O2AA 3ONMA 4X1BA 1P1NA 4H67A 2H25A 3RUMA 4LQ2A 4DXCA 1N3XA 3IB1A 4NMYA 3EHSA 1PC3A 3TMGA 3T22A 1OVTA 3PUZE 3U92A 2XXUA 2QL3A 4X9TA 1ZTYA 1SYIA 1NNPA 1JW1A 4GXSB 4H0WA 5JTYB 4RYAA 2X7PA 3KSJA 2DXRA 1FQAA 1OIBA 3MJNA 4YMBA 2GRVA 2DVCA 4KI0E 3GZGA 3UK4A 5I2KA 3VLUA 4F3BA 4H8IA 1IXGA 4ZEDA 3TDJA 4RNSA 1IQ7A 3FZVA 2IA4A 1FW0A 2F7BA 3TPAA 4N6PA 2GHBA 4TLLB 2Q2CA 2XXRA 4Q0CA 1FTOA 4IO5A 3N94A 1IZ1A 1BP5A 3S9MC 3OEMA 3ECRA 3K4UA 3VLVA 3FASA 1S50A 3PPQA 1B05A 4EQBA 3CFXA 2M8CA 1D3KA 4GL8A 2WKYA 3FJGA 3SDFA 2F7CA 4UACA 3VFJA 1SBPA 1A99A 3O28A 4GOTA 4PE5B 3MP6A 2I0CA 3K1NA 3S4UA 1XOCA 4FAJA 5CMKA 2NVUB 5HPQA 2A5SA 2DVZA 1A8FA 4ZEFA 1P99A 3OENA 1R9LA 2XX7A 2RC8A 3O6GA 4H8JA 4I1DA 5H8NB 1D4NA 1IIWA 4GIZA 2Z22A 1L5TA 3ZKLA 1B1HA 1LFGA 5B7DA 1N7XA 3RTFB 1MPBA 4OENA 3KOTA 1LFIA 2LAOA 1MY0A 3M3KA 4ZEBA 3QUJA 5I84A 4WKMA 1AIVA 4C1TA 4DXBA 1DTGA 2F78A 1NNTA 3FVGA 4NF5A 1YPNA 3GLBA 3HSTA 3C35A 5I59B 1SW4A 1ZJLA 1OVBA 1JNFA 3UIFA 4F1UA 1MY1A 4KQPA 3SEUA 1TWYA 3C33A 1JETA 2ZNSA 1NH8A 3G7WA 3O6HA 4KFQA 1OLAA 1UTBA 2YJPA 3BFTA 4LUBA 5I58A 4EXLA 2HXWA 1LSTA 2XXVA 4EXKA 4OEVA 5DEXB 3FXRA 2IEEA 1XC1A 3V89B 3KFMA 2Q9TA 4AB6A 2ONKE 5CRYA 4KD5A 2RC7A 4IO3A 1LBCA 1NFTA 2PT2A 1XHYA 4QFLA 2OBGA 4AB5A 5ITOA 4QF9A 4O3AA 5I2NB 4C1UA 3E3KA 4TOZA 3PMXA 1ZLQA 2B3BA 1B0HA 3S9NC 1SVXB 2XXQA 1SW1A 4QFKA 4F3SA 4TLMB 1RKMA 3PUYE 4GL0A 3A3UA 5AA2D 1MM6A 3U72A 3Q25A 3PMVA 4QFNA 2ANJA 2UYEA 4G77A 4ELQA 4R6HA 1M5DA 5TPAA 4RK2A 3IB0A 1MXYA 2ONSA 1B5JA 3LUYA 3LSLA 2THIA 1ZMGA 3FATA 1USYE 4GRKA 3RGYA 4JXIA 3TCGA 1SQYA 2I49A 2Q89A 3LSXA 3B6WA 3CIJA 3PV0E 3HV1A 3QUFA 1ZU0A 4LQ5A 4ZEIA 2VOZA 3DM0A 1O64A 4MLVA 2B3FA 5EHSA 1IUDA 4NF8A 3TUSA 2QS2A 1EH3A 1DSNA 2QS4A 3KJTA 3FXUA 3QXMA 1T0KA 3ODBA 3PPRA 4IO6A 1B0LA 3W15C 4KYSA 3FVNA 1FQCA 4OFJA 4ZZEA 1LFHA 2A5TA 2R71A 3BKIB 2OJTA 4LATA 2H99A 2P0SA 1JEUA 3MVZA 3TTRA 3EHUA 3HO7A 3I6VA 1A54A 3Q29A 2DSFA 3T9XB 4U4XA 5JK4A 1MQDA 3TAJA 1ELJA 1N04A 3FD3A 2F97A 3S9EA 1PDAA 1GGGA 4P0IA 2ESNA 3TELA 3G3KA 2P1SA 3G3JA 3TKDA 2Y7RA 4NEDA 4OESA 3OXNA 3K01A 3IOVA 4YZZA 1PBPA 1WVJA 5DYHA 1B9JA 3KJ7A 4F2QA 4BDOA 1BTJA 1O63A 3OSQA 1B3LA 1UTHA 1CB6A 4DLDA 4ZZAA 1B46A 4PETA 3K6XA 2D3IA 2E0SA 3K1MA 5AA2B 2REGA 1SW5A 1SD3A 2PMSA 2XXHA 4P0GA 4GFRA 2X7QA 3FV2A 1Y1MA 4XKQA 4XKRA 5H8HA 3H3GA 1RYXA 4KYEA 2H4IA 4YAHX 3THIA 5FHMA 1POTA 5CI5A 1USYH 4EUOA 4PQJA 3VVDA 3TTLA 1MG1A 4G8MA 1GVCA 4C0RA 3QSLA 1TFDA 3OD7A 5AA4B 3HHGA 3DP4A 1BIYA 3PUVE 3K0VA 2NXOA 3MPLA 1XS5A 5H8FA 3F11A 3TCFA 4R9GA 4G68C 4F19A 2XHDA 4NF5B 1FTJA 5I57A 2F36A 4JWYA 4F3PA 4IY6A 3PPOA 3WAFA 5DVFA 1M5BA 1JW4A 2RINA 4LP2B 3IOTA 3C9HA 4H65A 1NNKA 2RKMA 4NWCA 4OEUA 5CBSA 4FORA 4LVQA 4U4SA 1UTBB 4F39A 5I58B 1NH7A 3KN7A 4ELRA 4R75A 4YKPA 3TODA 3MZ1A 1B52A 4FIMA 1BKAA 1DPEA 3TQWA 3W9WA 2D5WA 2Z8DA 4F22A 1N7WA 3TTKA 4N13A 3PPNA 4KR5A 2Q2AA 3MC2A 4BLAA 3U93A 3SESA 1LAXA 1N76A 1OMPA 1LB9A 3RQTA 1XVXA 1MQHA 4QFOA 3G3GA 1B4ZA 1N3WA 5ISUA 3K02A 3C4MA 4PFWA 1ZBMA 2Y7PA 5TPAB 3H06B 3KGCA 2X26A 2ZYKA 2DP8A 1HSJA 3GXAA 4OMBA 1LAGE 3FGSA 3ILTB 2XXYA 3OMBA 4OZ9A 1LBBA 4ELOA 1IXHA 2ZYMA 1JVXA 1PB7A 2PT1A 2I6EA 3K6VA 3N6UA 4X1DA 1Y4CA 1II5A 1OLCA 1B7HA 1AH5A 2XXTA 4R6KA 4LZ7A 5CMBA 4YKJA 3MZ9A 4K3FA 1MPCA 1VE4A 1ZKBA 4ISUA 1B3EA 3O6IA 4ZDMA 4I8CA 4OFOA 1M5FA 1RYOA 3BBRA 3M3FA 5FHNA 1FQBA 1P1WA 2DE3A 3R6UA 2QS3A 3HN0A 1MXUA 2O51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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