5CMKA

Crystal structure of the gluk2em lbd dimer assembly complex with glutamate and ly466195
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
NRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGSTMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSSEEGIQRVLTSDYALLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of kainate subtype glutamate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 77
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5cmkA02
1B2HA 3TKDA 3MPLA 3TQLA 4KYSA 4XKRA 5IAIA 1M5BA 3HV1A 3FXQA 2OWTA 1IIWA 3S9NC 3RTWB 3MZBA 4XKNA 3UP9A 3H06B 4PQJA 4XXUA 1DPPA 5JTYA 4TQUQ 5DT6A 3K1PA 3E13X 3PPNA 1H43A 5I2NA 2HZKA 2QL3A 2ZNSA 3KJ7A 5CMBA 3FZVA 3M3KA 4K3FA 2UVHA 5KDTB 4IO4A 4OTEA 3SDFA 1Y1MA 2NOOA 3OSRA 3U72A 3KG2A 3T9HB 1LAGE 3VV5A 1JEUA 5I59A 1P1OA 4IO7A 3PGFA 2Q88A 2XXQA 5A5XB 2AL4A 2V93A 3SEUA 1A54A 4RXLA 1I69A 5ICTA 1PBPA 3GBBA 1B7UA 2H5YA 3EHSA 4WEDA 1SVXB 1MPDA 3SEVA 1HSEA 1OIBA 1P99A 3EHUA 1NNTA 4PP0A 3QK6A 3CSBA 4G8MA 4U22A 3VVFA 4ELPA 1BLFA 2B65A 2R71A 2G93A 3TPAA 2H9BA 3C9HA 1FW0A 2XXHA 4OFOA 3KOTA 1N7XA 4ISUA 5ITOA 1GTKA 1B5JA 2XXUA 5CC2A 1A55A 4O3AA 3W9VA 1IITA 4H6DA 1SW2A 4G8HA 2FNCA 4GL8A 1B51A 2FA7A 1IEJA 4ESWA 2DOJA 3E3KA 2F78A 4OENA 3LSWA 1PC3A 3OO6A 3WAFA 1OQHA 1TWYA 4OHNA 5KZTA 2O1LA 4ZZEA 5I56B 2Q9TA 4TLLB 4FECA 3VLVA 3H3GA 1OLCA 3SKPA 3RLFE 4NWDA 4F22A 1SYIA 1LAFE 1ATGA 2DWIA 2E1SA 2Y84A 1I6AA 1B3HA 2HEUA 5L9SA 1B3FA 4KI0E 2Q2CA 3EHTA 3OD7A 3TTNA 3MVZA 3BFUA 1L5TA 4U23A 3CSGA 4RPOA 3SETA 5H8SA 4JWOA 1B40A 4GLIA 4C0RA 3U8QA 1RKMA 2ZYNA 4OFLA 1IXCA 4ND9A 4OVJA 3KN3A 1MS7A 3P7IA 3QAXA 3OO9A 1H76A 3RGYA 4LONB 1MRPA 1GV8A 4H8JA 2PYYA 4H0WA 4HCYA 4P11A 4OETA 3H6UA 2CMOA 2ONKE 3IOWA 2DWHA 2QMWA 3QIMA 4MBPA 4POWA 5CI5A 1XC1A 1BKAA 3FVGA 3Q25A 3CG3A 1T0KA 5ITPA 2DE3A 2QMXA 3OO7A 3CFLA 3W9WA 1B1XA 2NVUB 3IOTA 3R7XA 3HPIA 3G3FA 4GF8A 4YKPA 1US5A 1HSJA 1JQFA 1FQEA 2H4IA 3BBRA 4JSDA 4PFUA 4MH5A 4U4SA 4HCWA 3IOUA 2QPQA 5K2XA 4C1TA 4ESXA 3PUZE 4ZEIA 2VP1A 4KHZE 4Z7EA 1UIVA 2HZLA 3S9EA 1M5EA 1TXFA 3B6WA 2DXRA 2HFBA 1ZIUA 3K4UA 4GOTA 5BWJA 4PE5B 3SESA 4H1XA 3OOAA 1AH5A 3PV0E 4NF8B 2DWJA 1B46A 1Y4CA 3FVOA 3Q28A 1MY4A 3F11A 3K1MA 1RYOA 1HSLA 1B52A 2F6PA 4F39A 1WDNA 3WAEA 1B05A 1O64A 4ELOA 4FJPA 2UVGA 4EQ9A 1XT8A 3OEKA 3CRBA 4L17A 1QKAA 3C36A 1MQIA 1Y3QA 4WEPA 5HPQA 3TEPA 1B5HA 3LBSA 1URDA 3TDJA 5IKBA 1UTBA 4ZEKA 4DXUA 3EPEA 3A3CA 3RQTA 3KZGA 4G68B 1IZ1A 1MY0A 5DVJA 1NH7A 1FQFA 3FGSA 2F7AA 5DVFA 1NFTA 1IXIA 1IUDA 1ZJLA 4XKQA 2AIXA 2ANJA 4JBZA 1MM7A 2O1MA 1Y3NA 1B4HA 3VXBA 3G3GA 2RF1A 1B3GA 1OVTA 3KEIA 1YTVA 3JV9A 4G68C 4QFKA 1M5CA 4QRZA 3H03A 4YB5A 3C33A 3PUWE 3B6QA 3C4MA 1LBBA 4N07A 1TFAA 4U1OA 5FTIA 3THIA 4U4XA 1B4ZA 1ZLQA 1DSNA 2PX1A 3IR1A 4YMBA 4O3BA 3GZGA 4JDFA 3IJXB 1Y1ZA 5B70A 1XS5A 3DP8A 4GXSB 2YJPA 3UORA 3VLUA 3MWBA 4GVOA 4KCDA 3KSXA 1XHYA 2PBWA 2HXWA 2Y7IA 5F7VA 4IO2A 2V3QA 4IO5A 1GGGA 1NMUA 1P1WA 4EQBA 3K02A 2YLNA 1I6QA 3FV2A 3OMBA 5TU0A 1USYE 1Q35A 3MW0A 1OVBA 4U21A 3Q26A 4F1YA 3UGWA 1JETA 4F1VA 2QSXA 5I58B 3VVEA 4RNSA 1P1NA 3V8XB 4EF1A 3USDA 3HSTA 3TTMA 5TP9A 2I4CA 3SEWA 4BLAA 3T22A 3L6GA 4N13A 1JEVA 1I6BA 2DQVA 1BTJA 2Z8FA 5I57A 2A5SA 1SDXA 1IQ7A 3T9UA 4KD5A 4OXVA 3I3VA 4EDPA 4NMYA 4RK2A 4KPTA 3MBPA 5DYHA 1SW4A 5ELVA 1S9TA 1IXGA 3O6GA 4G77A 4H8IA 3R26A 5ISUA 2XX7A 3E9XA 1MQHA 4JB7A 2RCBA 3FJMA 4NF4B 1H44A 4F2OA 5AA1A 1H45A 3T9XB 2NXOA 4NF8A 4C1UA 1CE2A 3IAZA 4X1BA 3RT6B 2ONSA 3IO6A 5AA2B 1VFEA 1MDQA 1USYH 2VHAA 4X48A 3PMWA 3CIJA 1QKBA 3FVNA 1AL3A 4F3GA 4LATA 3ZKLA 3O66A 3MJNA 4YU0A 1FTKA 2VGQA 1R6ZA 1B7HA 1WVJA 2XD3A 4Q30B 3K6VA 4FEBA 4ZDMA 3HHFA 4LQ5A 3UN6A 1FQAA 1RYXA 2DVZA 3KN7A 1A99A 1EU8A 1B6HA 3K6UA 5AE4A 2P0SA 4YB7A 1Y9UA 2O7UA 4RY1A 2I4BA 3E4RA 1SI1A 3DM0A 3DLNA 3O29A 4UA8A 5EYFA 5FHOA 4XIGQ 1QW0A 3TELA 4Z0IA 3S4UA 3C35A 4YKJA 3V89B 1B7ZA 3PUXE 3SERA 2Z8DA 3SEXA 3VVDA 2UVJA 4FAJA 3KN8A 4LZ8A 2Q2AA 4AQ4A 5KCJA 2B3FA 3N6UA 3AXFA 4IB2A 2XD2A 1II5A 2ALUA 2F6GA 2P1SA 4R9FA 4H5FA 2F35A 5H8NA 2VD3A 3MAMA 4KFQA 2B3BA 5H8QA 4R74A 1P1QA 4OWDA 2A5TB 4F19A 1B9JA 3PPRA 4YB6A 2Y7KA 5AA4A 1MY2A 5H8HB 1B0LA 1PB7A 3PD9A 2GFEA 3DP4A 3HN0A 1QULA 3KGCA 1AIVA 4AB5A 1DPEA 1R1NA 4IY6A 4RYAA 3ILTB 1LSTA 1MM6A 1MH4A 5DEXB 1VSOA 3CVGA 1Z7NE 4LP2B 1POY1 2O69A 4FIMA 1R9LA 4RA1A 4GL0A 3TAJA 1LFGA 3MP6A 1FTLA 3MZ1A 4PFWA 4Q8RA 3T93B 4YZZA 3RUMA 3IK6B 3I6VA 1SQYA 4GFRA 4DCXA 4R2BA 1YAEA 2ZNUA 4PFYA 5DTBA 5TPAB 2IA4A 5ICQA 1KWHA 4MF3A 2O84X 3CFZA 5AA2D 3RY3A 2LAOA 2UYFA 1D3KA 5H8FB 3FUZA 3QXMA 1FQCA 4U1ZA 4NF6B 2NUVA 1FTOA 4BDRA 3VDFA 3G3HA 3ECRA 1S50A 4P0IA 2YPNA 3B6TA 1AOVA 4XKPA 3V5AA 4ECFA 4KYDA 1TFDA 4IGTA 4ONYA 2R6GE 2XHDA 3CI8A 4I8CA 3H6WA 3GXAA 3TZAA 4BDLA 1JNFA 4H67A 5HBCA 5F1QA 5CMCA 3TYHA 5KDTA 2XXTA 3IX1A 1ZTYA 1M5DA 4NTLA 2ZNTA 2I0BA 4EQ7A 2OBGA 3IO4A 3KJTA 3BKIB 4UACA 3PPQA 3Q29A 2Q89A 2OLBA 3G3JA 4I9DA 5A5XA 1SW5A 4YAHX 5I2NB 2H99A 2Y7WA 4QF9A 2D3IA 3ZSFA 2XXXA 1F9BA 1NNPA 3O6IA 1GVCA 3H6VA 3KFMA 1O63A 5I59B 3ILUB 3N94A 4ZZAA 3FIRA 2W7YA 3FJ7A 2DP8A 4BDNA 4LZ5A 3KBRA 4GWOA 3G3IA 4GRKA 4BDOA 4R6HA 5CRYA 1EZ9A 2F36A 3FD3A 1B58A 4EXKA 2BJJX 4LVQA 2XXIA 2ONRA 1FTMA 4DLDA 2AL5A 2ZMBA 3PMVA 2XXYA 3SEYA 3TUSA 1FQDA 5HM4B 4JWYA 2H98A 4OMBA 1D9YA 2I48A 4LQ2A 1B5IA 4F31B 3O2AA 3TCFA 2PMSA 4RJZA 3QYTA 3MUQA 1SD3A 3PPOA 3C34A 3O97A 2RC9A 3PUVE 3CG1A 4F2QA 1Y3PA 4JSOA 4MLVA 3U94A 2XXWA 2NWJA 1N3XA 2GHAA 5I56A 1LB9A 5M2VA 3K0VA 2RINA 3G3KA 2FYIA 2UVIA 3ONMA 2D5WA 4IO6A 3N6TA 3TQWA 1N76A 4KYEA 5H8HA 3T96B 3QSLA 1QJMA 1BIYA 3K6XA 3CR9A 3W15C 1O7TA 2X26A 3L6HA 1ANFA 1LCTA 5I84A 2O68A 4THIA 5FTHA 4ELRA 1JW5A 1PEBA 4I62A 2DWAA 4KQPA 4P0GA 3T9VA 5EHMA 1H3DA 4MFIA 4QSDA 2H25A 3MPKA 1DTGA 3MVWA 1LFIA 4AB6A 4DXBA 3TTRA 3ODBA 3ZKKA 2ESNA 4F1UA 1NH8A 3LSLA 5DVIA 4GXAA 4PFTA 3TFLA 4NE4A 4Q0CA 4KCCA 1MDP1 2QRYA 1PB8A 4OEUA 1NKXA 2X7PA 5L9OA 1LFHA 5TPAA 1Q1KA 1WODA 4IO3A 2F7BA 1YCJA 4QHQA 3BFTA 4F3PA 4R72A 3TCHA 3MP1A 3Q27A 4G8NA 4HS7A 3H4ZA 2QS1A 4LZ7A 4RK9A 4YMAA 3A09A 1MQJA 1JW4A 2QS4A 3N26A 3QUJA 4ZEFA 5AA3A 2RC8A 3M3FA 2REGA 4NF5B 1OLAA 3TMGA 3A3UA 4R9GA 1SYHA 3O28A 3JZJA 4F29A 3S9MC 3OXNA 2PT1A 3RNNA 4OZ9A 3GBAA 4NWCA 1J1NA 1A8EA 3K01A 3HO7A 4JXIA 4X9TA 3K2DA 3G7WA 3LR1A 2XXRA 3RT8A 4DDDA 5CMMA 5L8DA 4FEDA 1GR2A 2ZYOA 3LSFB 4ZEDA 1CB6A 3RTFB 4TOZA 1LBCA 4M4GA 3QUFA 1VE4A 4IGRA 1D9VA 1JW1A 1SI0A 1EH3A 3V83A 4YKIA 4OQOA 4BDQA 2F97A 3RPWA 4I1DA 2F34A 4F3SA 2VD2A 1QUIA 2I49A 2ABHA 2KLFA 2GHBA 4R73A 1FQBA 2ZYKA 1MG1A 2X7QA 2RKMA 5FHMA 2O7IA 3MQ9A 5JEIA 3U1OA 2XX9A 1US4A 4G68A 2ZXTA 4F18A 2Z22A 1MPBA 4GIZA 3K00A 3FXUA 1URSA 1N84A 3OO8A 4EUOA 1NNKA 1MXYA 2M8CA 3FVKA 4OEVA 1UTBB 1SBPA 2XXVA 5CBRA 5I2KB 2Z8EA 3LC8A 4QFNA 2O51A 1MXUA 4YICA 2O6AA 2Z23A 2I6EA 1FCKA 3TCGA 4FE8A 4HTGA 5BUUA 4E0WA 3OSQA 3DP6A 2I3WA 2F7CA 4DCYA 1JVXA 2IEEA 4E0XA 2D21A 2I3VA 3FXRA 3OEMA 4DE8A 3MP8A 4PETA 2DSFA 2DE2A 2HQ0A 1OMPA 4R2FA 4Q5TA 4EXLA 4U2RA 5L9MA 3S2VA 2QS3A 4FATA 3HHGA 1N3WA 1R9QA 3VXCA 4DXCA 3IB1A 3PMXA 3TTKA 4GD5A 1ELJA 1MY1A 3IB0A 4OYVA 2Q8JA 2DE4A 4ZS9A 3PD8A 4POXA 4WXJA 3VE1B 1M5FA 1QUJA 3U92A 5LOMA 4FORA 2R9JA 3MVXA 1UTHB 3FATA 3PPPA 3LSXA 1FTJA 3R6UA 4LA9A 1MH3A 4QSEA 4BDMA 1UQWA 2HCAA 4HW8A 5I58A 3OENA 2Y7RA 1PB9A 1P1UA 1ZMGA 3C31A 3U93A 3I5OA 1MXXA 1QVSA 1IXHA 4H5GA 3RN8A 1NL5A 4NF5A 2DXYA 2UXAA 1SW1A 1MXVA 2PT2A 1XVXA 1LLSA 1S7YA 3DELB 1B3EA 2ZYMA 1B32A 1LB8A 5TP9B 2THIA 2V25A 4R75A 5I57B 4NF4A 1N7WA 3GLBA 3IL1B 1TT1A 1VR5A 1ZKBA 2DVCA 3UIFA 4M1VA 2AYSA 3KOSA 2XX8A 2HAVA 4O3CA 1MQDA 3H6TA 5JTYB 5AA2A 1POTA 3IJOB 2OWSA 3K6WA 3FASA 1PDAA 1EZOA 2G29A 1Y4TA 1NNFA 3IOVA 2VOZA 2DYXA 1ZBMA 3O9PA 4RPNA 4ELQA 1ZU0A 4MLQA 1N04A 2F5XA 1A8FA 4NEDA 2OZZA 3H7MA 4QFLA 2RC7A 1UIUA 2PVUA 3FV1A 4X1DA 1AMFA 1XVYA 1MY3A 3N5LA 1A7LA 3FJGA 2GRVA 3MVYA 1Z7ME 5CMKA 2P2AA 1LAHE 1YPNA 1JVYA 2I58A 4GQOA 1DOTA 3ZS6A 1EZPA 4QFPA 3C32A 3UA8A 3TTLA 2Y7PA 4ZE8A 4G4PA 4ZEBA 2RCAA 3D4GA 1B0HA 2V84A 2GH9A 1BP5A 3HCQA 5I2KA 5K2YA 2F8DA 5JK4A 1PBQA 3EN3A 4N6PA 4OFJA 4F3BA 4KR5A 2A5TA 1MXWA 1QUKA 3VFJA 1URGA 4QSCA 1DMBA 3KSJA 5KCJB 4DIGA 1MXZA 3LUYA 4LUBA 4DZ1A 5CM6A 3OELA 5H8NB 1D4NA 4OESA 4WKMA 4EF2A 2QJEA 3IB2A 1MPCA 5H8QB 2OCUA 3T66A 3PU5A 2I0CA 4QFOA 1N0TA 5DEXA 1XOCA 5AA4B 4R6KA 1B1HA 5B7DA 4G2ZA 2OK2A 3M8UA 2V3UA 1B3LA 5FHNA 3UK4A 3MC2A 3EF7A 1Y20A 3M3LA 2V3TA 5CBSA 2XXPA 3IORA 4XTCQ 1VFDA 1LGBC 3K1NA 2UYEA 1LAXA 3D4CA 2CZLA 4TLMB 1UTHA 4ZECA 2QS2A 3PUYE 4R6YA 3JYRA 2E0SA 2DS9A 3CFXA 4YKKA 5EHSA 4JWXA 4ZE9A 4IY5A 2WKYA 3B7DA 5H8FA 4NF6A 1DTZA 1MQGA 2OJTA 2REJA 4H65A 3S9LC 1LCFA 2HAUA 3VLWA 3MZ9A 3TODA 4OERA 3EQ1A 1A40A 1OQGA 5J1DA 3O6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B2HA 3TKDA 3MPLA 3TQLA 4KYSA 4XKRA 5IAIA 1M5BA 5I7IA 3HV1A 3FXQA 2OWTA 1IIWA 3S9NC 2HHMA 3RTWB 3MZBA 4XKNA 5IZ3A 3UP9A 3H06B 4PQJA 4XXUA 1DPPA 5JTYA 4TQUQ 5DT6A 1EYJA 3K1PA 3E13X 3PPNA 2JJKA 1H43A 5I2NA 2HZKA 2QL3A 2ZNSA 3KJ7A 5CMBA 3FZVA 4LN5A 3M3KA 4K3FA 3E79A 2UVHA 2B4LA 5KDTB 4IO4A 4OTEA 3SDFA 3BIHA 1Y1MA 4GWSA 2NOOA 3OSRA 3U72A 3KG2A 3T9HB 1LAGE 3VV5A 1JEUA 4GX4A 4I3YA 3B50A 5I59A 1P1OA 4IO7A 3PGFA 2Q88A 2XXQA 5A5XB 2AL4A 2V93A 4PTKA 4PAIA 3SEUA 1A54A 4RXLA 1I69A 5ICTA 1PBPA 4GX6A 3GBBA 1B7UA 2H5YA 3EHSA 4WEDA 2FIXA 1SVXB 1MPDA 3SEVA 1LBVA 1HSEA 1OIBA 1P99A 3EHUA 1NNTA 4PP0A 3QK6A 3CSBA 4G8MA 4PBQA 4U22A 3VVFA 4ELPA 1BLFA 2B65A 2R71A 2G93A 3TPAA 2H9BA 3C9HA 1FW0A 2XXHA 4OFOA 4HXVA 3KOTA 1N7XA 4ISUA 5ITOA 1GTKA 1B5JA 3RPLA 2XXUA 5CC2A 1A55A 4O3AA 3W9VA 1IITA 4H6DA 1SW2A 4G8HA 1NUWA 2FNCA 4GL8A 1B51A 2FA7A 1IEJA 4ESWA 2DOJA 3E3KA 4PFRA 2F78A 1FPLA 4XEQA 4N6DA 4OENA 3LSWA 1PC3A 3OO6A 3WAFA 1OQHA 4PC9A 1TWYA 4OHNA 5KZTA 2O1LA 4ZZEA 5I56B 2Q9TA 4TLLB 2KR0A 4FECA 3VLVA 3H3GA 1NI9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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