3RPWA

The crystal structure of an abc transporter from rhodopseudomonas palustris cga009
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
QSNVVIMQDPGGGYGDALRKVMYDPFEKETGIKVVTVQEARSGPRIKAQAEAGKAQWDLTFIFDQETKLLGDCCLADIDYSKLSESAHKTLAAMPDNLKRKKGVALQVIGVGLVYNKDKFKGDKAPQTWADFWDVKKFPGRRCMPAWPRFTFEAALMADGVTKDKLYPIDMDRALKKLKEIKPHVVKWWTTAAQPPQLILDGEADMCLAYTGSMSKLALEGAPIDLTFNQGFVYYDFFSIPKGAPNYDNALKLLSWRLDPKRAAQLTSTFPVALPSKVVFDAATDKNIARYWANNPENVAKAIEWSPDFWGAPSPAGNSTNEEYGQEKLNAML
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Rhodopseudomonas palustris
total genus 108
structure length 333
sequence length 333
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rpwA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rpwA01
3G3JA 5CC2A 1MDP1 2PX1A 2E0SA 4OMBA 1MS7A 5TP9B 1B3GA 1URGA 1MXXA 5H8FB 3B6TA 3EF7A 1EZ9A 2XD3A 1SQYA 1R6ZA 3CI8A 4ELRA 4LZ7A 5LOMA 3PPPA 3KOSA 4AB6A 1XOCA 5A5XB 4U23A 3I5OA 2CZLA 2DWIA 1LAXA 1B7HA 3RLFE 2RCAA 3T9HB 5I58A 1MPDA 2IEEA 3B7DA 3THIA 3CVGA 3C34A 4ESXA 5DTBA 5CI5A 3G3FA 2O69A 5FHMA 1Q1KA 4KYEA 4U1OA 3UN6A 5H8NA 2A5TB 2D21A 3EPEA 2DQVA 1LB8A 3MPLA 3B6QA 3KG2A 5I84A 2HZLA 3TDJA 2O68A 1POTA 1SDXA 3T93B 2RINA 3T66A 2YJPA 2I48A 3MJNA 5AE4A 4KQPA 2NOOA 1M5BA 3WAFA 4FIMA 4IY6A 3A3UA 4H5GA 3SEXA 5I2NB 5EYFA 3LC8A 3PMWA 4NF5A 4YKJA 5BWJA 4DCYA 4POWA 3RUMA 5I59A 1B58A 1GVCA 4OVJA 2F7BA 1VFEA 1B5JA 3FXUA 4GLIA 5I2KB 2Z8EA 1LAGE 4RK2A 2UVIA 2B3FA 1XS5A 4F3SA 2X26A 2H25A 4FE8A 2F7CA 1DMBA 3EQ1A 1SW2A 4IO6A 1SD3A 1UIUA 2DE2A 1MM6A 2UYFA 2DWAA 3DLNA 1MXUA 2ONKE 1IITA 4HS7A 4RY1A 2F78A 4FEBA 4YMBA 5JEIA 2XXTA 1OQGA 1EZOA 4F29A 3G3GA 4H1XA 1EH3A 4F3BA 1B3EA 3CRBA 3G7WA 4BDMA 2R6GE 2V84A 5DYHA 4EXKA 1WVJA 1AMFA 5ITPA 4YKPA 4O3CA 4ONYA 4EQ9A 3C4MA 4N13A 4BDRA 1TWYA 3OMBA 3OELA 3CFZA 3FVGA 3HHFA 4U4XA 1NH8A 3TMGA 4F18A 4G68A 1Y3QA 1MXZA 2ZNUA 3MVYA 1QVSA 3O6GA 3VLVA 4OYVA 3VLWA 1Q35A 2UVHA 3K6XA 4C1TA 1MH3A 4GVOA 4QSEA 1UIVA 2FNCA 1B6HA 4JDFA 5HPQA 1H44A 4BDOA 1A99A 4XIGQ 3TCFA 3QXMA 1FTKA 1M5CA 3A3CA 3FATA 2UXAA 3O6HA 4I62A 3O9PA 4E0XA 4Q8RA 3IJXB 4ND9A 4PQJA 2Q88A 1MXVA 3LSWA 4NTLA 1MPCA 2PMSA 2D3IA 1UQWA 2ABHA 4R72A 1A40A 4GL8A 1PC3A 5I56B 1ZMGA 2V3QA 2BJJX 4EQ7A 1UTBA 3M3LA 2O1MA 4IO7A 3U92A 4PFWA 4E0WA 3QIMA 2RF1A 2XHDA 3PD9A 2OLBA 2REJA 4R2BA 4QFOA 2YPNA 4BDQA 3C35A 3K02A 1P1QA 5IAIA 2UVGA 3FD3A 3N26A 4ZEIA 2Y7PA 2A5SA 1GGGA 2Q2CA 2O84X 4R75A 1B3FA 5I58B 3N94A 2P2AA 3MVZA 2I4CA 3EHSA 4WEPA 4DXCA 2DS9A 2XXWA 4N6PA 2ZYOA 4QFNA 3SKPA 1WDNA 1CB6A 4GIZA 3S9MC 2DWHA 4YKIA 5H8NB 3SEWA 4ZZEA 1MQIA 3MPKA 4YMAA 3SDFA 1MQHA 4NE4A 3QUFA 2ONRA 3D4CA 5I2NA 1B0LA 3I3VA 1I6QA 1NNKA 2UVJA 3S9NC 4FATA 3G3IA 3TTNA 3OEKA 4C1UA 1HSEA 5CM6A 3OO7A 4GXAA 2I6EA 2F6PA 4NF5B 4LUBA 1SW4A 2PVUA 2I49A 1NFTA 4F2QA 3ECRA 5I59B 4N07A 3QK6A 3U8QA 1QKBA 3K1MA 4TOZA 5H8HA 4O3AA 1BP5A 4XKRA 3WAEA 5AA4A 1MXWA 4LA9A 4X9TA 1O63A 2XXQA 3HSTA 4FORA 2QS1A 3RT6B 4G8NA 4NF4A 4EDPA 1N7WA 3LR1A 2O51A 3GLBA 1YAEA 2Q8JA 1MRPA 3M8UA 2WKYA 1JNFA 1LB9A 4OWDA 4HTGA 3KN7A 3KEIA 3MWBA 2G29A 3PD8A 4F2OA 4IO2A 1GTKA 1FW0A 3IOUA 4K3FA 4PE5B 4WKMA 1Y3PA 3VXBA 2ESNA 2O6AA 5F1QA 4RPOA 4TQUQ 2XXIA 4IGTA 4DZ1A 2HZKA 1FQCA 3PUVE 3SEUA 3E9XA 2D5WA 3VV5A 1BIYA 1BKAA 1POY1 3OO9A 4Z0IA 1CE2A 4QF9A 1JW1A 1Z7NE 3W15C 3M3KA 4O3BA 3W9WA 2QL3A 3ZKLA 4RNSA 2PT1A 2OCUA 1TXFA 4ZECA 4NWCA 3TKDA 4KR5A 1Y3NA 4JSDA 1MY2A 4RK9A 3RGYA 3IK6B 4JBZA 5ICTA 3PPNA 1MXYA 4G8MA 1H43A 2X7QA 5ELVA 1JW5A 1S7YA 1UTBB 3TQLA 1SI1A 2V25A 1ZTYA 3GBBA 1SI0A 1YTVA 2QPQA 3PUYE 2QMXA 2XX7A 3ZKKA 2Z23A 3TEPA 3C36A 1D9VA 5F7VA 5KZTA 1A7LA 1XC1A 4KCCA 3LUYA 2Y7RA 4GOTA 4I8CA 2HAVA 3S9LC 2O7IA 4OFOA 1OIBA 4RPNA 5JTYA 4QHQA 2ONSA 4H6DA 2O1LA 3D4GA 2Z22A 3PGFA 4NF8B 3TCGA 1IXHA 1AL3A 3TTKA 1I6BA 4IO3A 2FA7A 2XX8A 2F6GA 3FXQA 5B7DA 3N6TA 4Q5TA 5I57A 4RA1A 4OESA 2LAOA 1AIVA 3OXNA 2VD2A 2UYEA 3VE1B 4R73A 4IY5A 4GF8A 1JEUA 3H06B 3H6UA 4U2RA 3MQ9A 3U72A 2RC8A 1N3WA 1DPEA 2DWJA 1N84A 4GWOA 5K2XA 3KGCA 1N04A 2XD2A 1IZ1A 3MUQA 3E4RA 4QFKA 4ZS9A 1URSA 4MLVA 3JV9A 1US5A 1XT8A 4DE8A 1B05A 3T9XB 3V83A 3O29A 1LFIA 3RTWB 1KWHA 1LLSA 5FTHA 3KN3A 3MP8A 3RTFB 3S9EA 5JK4A 1FCKA 4ZE9A 3R7XA 4QFPA 5H8HB 5AA4B 2FYIA 1FTMA 1P1OA 1M5EA 1LSTA 4ZE8A 1H76A 3MZ1A 3QSLA 2Q2AA 4NF4B 1TFDA 1I69A 1AOVA 5IKBA 4GFRA 1OMPA 3CG3A 4DLDA 5K2YA 1I6AA 3KFMA 3LSXA 5AA1A 2ZMBA 2OK2A 2F35A 3E3KA 4R2FA 3KOTA 1P1WA 5M2VA 2REGA 3UIFA 1AH5A 1F9BA 2ALUA 2HAUA 2I0CA 1QULA 2R71A 4RXLA 3VFJA 2AYSA 1SBPA 3C32A 1ZBMA 1LFGA 3U94A 3FXRA 5AA2A 3QYTA 1Y20A 4X1BA 2AL5A 1FQDA 3FVOA 1JQFA 1XVXA 4XTCQ 1ATGA 3KSXA 1ZU0A 1Y9UA 2F36A 3QAXA 4LVQA 3KJTA 5L9MA 2AL4A 4LQ5A 2XXRA 4PFYA 1VFDA 4F3PA 3DP4A 2AIXA 3CIJA 2G93A 2RCBA 5FHNA 4YU0A 3IB2A 2THIA 1FTJA 2F7AA 3Q27A 1H3DA 1MY4A 3FJGA 4XKPA 4JWXA 3IOWA 1NMUA 4LZ8A 3MP1A 1P99A 1UTHA 1NNPA 1ANFA 1LAFE 1L5TA 5DVJA 1MDQA 1A55A 1A8FA 2DVCA 4OERA 4MLQA 5TPAA 4NF8A 2I3VA 4TLMB 4H67A 1GV8A 1HSLA 1NNTA 5JTYB 1SW5A 5L9OA 3FJMA 1QUKA 4WXJA 3IO6A 1M5FA 3PMVA 2QS3A 3MVWA 3EN3A 1LBCA 1RYOA 4X1DA 1DTZA 2I58A 3E13X 3GXAA 2KLFA 5DVFA 2HQ0A 1B9JA 3MW0A 5I57B 4ELOA 4H65A 3HCQA 3IAZA 2RKMA 3Q29A 1DOTA 3FIRA 4JSOA 1A8EA 4IO5A 3Q28A 4GQOA 5CRYA 1M5DA 2V3TA 2H5YA 3DP8A 4U22A 3V89B 3TUSA 1NH7A 4BDNA 1WODA 2VOZA 4EQBA 4KFQA 1O64A 3LBSA 1OLAA 4NMYA 1QUJA 1YPNA 4OFJA 4EF1A 1LCFA 4F1UA 5CMMA 3H3GA 4M1VA 2H4IA 2GRVA 1US4A 2NUVA 1N76A 3HV1A 4F1VA 1LCTA 3SEVA 5AA2D 1Y4TA 4KPTA 5CMBA 3KJ7A 4DDDA 1MY0A 1VR5A 5HM4B 3FUZA 1RKMA 3VVEA 3T22A 1B1XA 4ZEBA 1SYHA 4JWOA 2R9JA 2OWSA 2NXOA 4FJPA 5FHOA 3TFLA 2GFEA 3ILUB 4YZZA 2QJEA 1Z7ME 3K2DA 5CMKA 3FZVA 2Y7WA 1B46A 3RN8A 4U1ZA 4THIA 3V8XB 1N0TA 3RT8A 1FQFA 3K6WA 3OSQA 1IUDA 4R9GA 3TYHA 4AQ4A 3RNNA 1PB7A 4OFLA 5KDTB 3UORA 2XXVA 2ZYKA 3UA8A 4MH5A 1IXCA 1FQBA 3O6IA 4YB7A 4ZEFA 4DXBA 4F1YA 5ITOA 4UA8A 1B4ZA 3L6HA 3MC2A 3TAJA 5J1DA 3DELB 1R9LA 4KYSA 5AA2B 1II5A 1URDA 2PT2A 1NNFA 3FV2A 3TTLA 4RJZA 3CFLA 4JB7A 4DIGA 4XKQA 1ZJLA 1OVTA 2VD3A 3IOVA 4IGRA 1MQJA 4QRZA 1PBQA 3H6TA 5H8QA 2F34A 3OD7A 3SETA 4MF3A 3VVDA 3S2VA 2Q89A 3K01A 3M3FA 4DXUA 4OEVA 1XVYA 2PYYA 1B51A 4PETA 2VP1A 1LAHE 1MY1A 1MM7A 2QSXA 2IA4A 4GD5A 4H8JA 1B32A 3SEYA 2Z8DA 2W7YA 4KYDA 4GL0A 1VSOA 4PFTA 4P0GA 2XXXA 5EHSA 1XHYA 4C0RA 1UTHB 5CBRA 1PDAA 3K0VA 1B52A 2HFBA 4LQ2A 3PPOA 3HHGA 3OO8A 3I6VA 4IB2A 3OO6A 1ZIUA 3BFTA 3EHTA 3N6UA 4YB5A 1BLFA 1Y1MA 2Y7IA 5DEXA 1IQ7A 2O7UA 5HBCA 3G3HA 4XKNA 2XXHA 5TPAB 3HPIA 1JEVA 4AB5A 4KI0E 3PUXE 4EUOA 4QSDA 3VDFA 4R74A 4WEDA 4LATA 2M8CA 3PPRA 3R6UA 3L6GA 1TFAA 1QJMA 2OWTA 2DOJA 2QS4A 1QKAA 4UACA 5FTIA 1JW4A 4P11A 3O66A 3TTMA 1H45A 2DVZA 1GR2A 2HXWA 1FQEA 4QFLA 3IJOB 3TTRA 1B3LA 4I1DA 1MG1A 4U21A 5KCJA 1IEJA 2H9BA 3RQTA 3PU5A 1NL5A 3VVFA 3N5LA 4OXVA 2ZXTA 1B1HA 4NWDA 1DTGA 4YAHX 3TODA 1USYH 4IO4A 4LP2B 2F97A 1MH4A 1DPPA 3K1PA 4ZZAA 3JYRA 4YKKA 3RY3A 2V93A 1J1NA 4ZDMA 2ANJA 3MAMA 1LBBA 1JETA 3T9UA 3H6WA 3CG1A 4OETA 3AXFA 1ZKBA 2Y7KA 3IB1A 2V3UA 4NF6A 1D9YA 4ELPA 5H8SA 4G2ZA 1FTOA 3ZSFA 3OSRA 1ZLQA 3MP6A 2RC7A 4EXLA 1PB8A 3RPWA 3O28A 3H7MA 3C31A 2GH9A 4H8IA 4YB6A 3HN0A 3H03A 3UGWA 3Q26A 5KDTA 1QUIA 1B0HA 2HCAA 1P1NA 2XXPA 3ONMA 3LSLA 3DM0A 3BFUA 1VE4A 1HSJA 3IL1B 3K00A 3CFXA 4NEDA 3IR1A 4OZ9A 4KCDA 1B5IA 1PEBA 4BDLA 4R6YA 1SVXB 2DXRA 4PFUA 1EZPA 5DT6A 1IXIA 3IORA 4G4PA 2B65A 2OZZA 3PV0E 2ZYNA 5CBSA 2X7PA 4H5FA 1SW1A 1JVXA 2P1SA 3CSBA 5L8DA 1LGBC 4F19A 4YICA 3K6UA 2YLNA 2RC9A 2DE3A 4OEUA 1S9TA 3R26A 3B6WA 2OJTA 2ZNSA 2GHBA 4P0IA 3IB0A 3PUWE 2DP8A 4BLAA 2I3WA 3MZ9A 1IXGA 5H8QB 2H98A 2B3BA 3OEMA 4PP0A 4L17A 1PBPA 3MVXA 1B4HA 4OHNA 2DE4A 3KN8A 5TP9A 5H8FA 1FQAA 3K6VA 3T9VA 3UP9A 3V5AA 2ZYMA 4GXSB 5CMCA 2DYXA 5A5XA 1P1UA 4F3GA 3VXCA 3U1OA 4HCWA 3S4UA 3CR9A 1B40A 2CMOA 4U4SA 3SESA 1IIWA 1DSNA 5ISUA 1B7UA 4EF2A 5B70A 4G68C 3EHUA 2XXUA 1R1NA 5DEXB 2QRYA 1TT1A 3JZJA 2F5XA 3ILTB 5TU0A 4HCYA 1MQDA 2A5TA 3VLUA 1QW0A 4GRKA 3Q25A 2QMWA 2QS2A 2VHAA 2HEUA 2XXYA 3IX1A 4POXA 3T96B 3O97A 4G77A 4QSCA 2F8DA 3FV1A 4JXIA 1N3XA 2Y84A 4Q30B 1MQGA 3BKIB 2GHAA 1RYXA 3IO4A 3A09A 3F11A 2Q9TA 4I9DA 3K4UA 1B7ZA 4ELQA 4ESWA 3FASA 3MBPA 4OENA 3DP6A 2XX9A 5KCJB 4ISUA 4HW8A 4LONB 4R6HA 4X48A 1NKXA 4F39A 4MBPA 1N7XA 2I0BA 4FAJA 3TELA 1PB9A 1ELJA 4TLLB 1T0KA 2DSFA 4OQOA 4H0WA 5I2KA 2NWJA 1LFHA 3OENA 1YCJA 1JVYA 1R9QA 2H99A 3GBAA 3SERA 4FEDA 2NVUB 2OBGA 1FTLA 1D4NA 5ICQA 1USYE 3KZGA 4OTEA 4FECA 3PUZE 3C9HA 3O2AA 4NF6B 3LSFB 2PBWA 4JWYA 3FVKA 2ZNTA 1O7TA 1Y1ZA 1B5HA 5DVIA 4Q0CA 3G3KA 1Y4CA 3H6VA 1SYIA 3IOTA 3HO7A 4KD5A 1MY3A 1B3HA 3MZBA 3P7IA 3CSGA 5EHMA 4ZEKA 3TPAA 4G68B 1S50A 4MFIA 3TCHA 4F22A 3W9VA 3GZGA 1B2HA 4LZ5A 1A54A 3PMXA 4G8HA 4XXUA 2DXYA 3BBRA 4ZEDA 3ODBA 1D3KA 5BUUA 2I4BA 5AA3A 2Z8FA 3FJ7A 3U93A 2E1SA 2VGQA 3OOAA 3TZAA 4Z7EA 1BTJA 3UK4A 4RYAA 3KBRA 3PPQA 3TQWA 1OLCA 4DCXA 3ZS6A 4R9FA 5I56A 4R6KA 4M4GA 4F31B 1EU8A 3KSJA 1MPBA 3K1NA 3FGSA 3QUJA 3FVNA 4KHZE 3H4ZA 3C33A 3USDA 4ECFA 1OVBA 5L9SA 2P0SA 1OQHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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