3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
2OA4A 3PQJA 4U88A 4EF1A 3QPTA 1B59A 3RY3A 2YU3A 4JK1X 4NF8A 5E8GA 3K0VA 1YIOA 2F5DA 2Q0OA 3NRVA 5CLSA 3TTRA 1GGGA 2DYXA 3VXBA 4EXKA 3TDUC 1SI1A 3MVWA 1LQ1A 1B05A 1ZN2A 4H0WA 1FTOA 3TKDA 1MXWA 2Q89A 3VFJA 3TELA 3HSTA 4I98B 1N76A 4OEUA 1URSA 4JDFA 3WTSC 4JWOA 5BPDA 4HX4A 4GD5A 2M8EA 3H03A 2KJBA 3N26A 5F7VA 3USDA 2H5YA 1OKRA 4P0GA 4G94A 2KRFA 5CBRA 5H8QB 4U21A 1OPCA 1USSA 3RPWA 4A0ZA 4UV9A 1VSOA 2F5CA 2ELHA 3H4ZA 5TP9A 3SEVA 4L5JA 2XXRA 2Q88A 2Z8FA 1A04A 4GXOA 3ROUA 1BTJA 1B7UA 2XAQA 2P5LC 3UGWA 2ZXTA 1OYWA 5L3CA 4NTLA 4ZYGA 1TFAA 2BBYA 5HS8A 4CZZA 2QVOA 1F1ZA 4UV8A 3TGNA 2DSFA 3IK6B 5ITOA 3IHUA 1NNTA 4EQ7A 4KIFA 2O03A 4DXBA 4KYEA 3BFUA 4L5IA 2D3IA 4OESA 5I2KA 2B65A 3K6VA 5I2NA 3JAMK 1KQ9A 1FOKA 4GXAA 1MQDA 4F18A 2VE8A 3OSQA 4G7HF 3DPTA 1JW5A 4LZ8A 4R9GA 1B32A 3KETA 2W57A 2QQ9A 1WODA 3GLBA 4IO4A 2FOKA 3WTUC 3QU6A 4G7OF 3QSLA 2IRFG 5KDTA 4GRKA 3TO9A 4L9VA 1SD5A 2H98A 2PJPA 2Z23A 1Y4TA 5DCMA 4P9UA 2KIMA 5JEIA 5LGTA 5FTIA 4ZYEA 1GTKA 2QJEA 1O3TA 4QFPA 4ON0A 5E1ZB 2HYFA 3MQ0A 2AS5F 2F7CA 1K78B 1XT8A 3ZS6A 5F64A 2W85A 3T66A 5A5XB 2CMOA 1VTNC 3Q27A 3BBRA 3DP7A 3GZ6A 3RI4A 4EJWA 4NF4B 4U4SA 4M72A 3QOPA 1AL3A 1YS7A 1XGMA 1LB9A 2B3FA 2O6AA 3C32A 1ONVA 3PU5A 3CFLA 4EM2A 2R7FA 1OIBA 4QWQA 1NHAA 5DV5A 4YB5A 4UXNA 1S7OA 4MH5A 2XHKA 1PP8F 4KPTA 2V1DA 1YPNA 3PPQA 3Q26A 4LK1F 1IAWA 5BPIA 1HKQA 3SQNA 3ZMSA 4LJZF 4G6DA 4MTEA 3G3FA 1JHHA 2V1XA 2Y7IA 2NXOA 1IN4A 3C7JA 2YSRA 4XSXF 4HLXA 1MGTA 3W6KB 1YFHA 3IRRA 3GZGA 3LSLA 3TYHA 1BI3A 3THIA 1JEUA 2FMYA 1ZH5A 1ON2A 4EM1A 1Y0UA 2QSXA 3MUQA 3MZ9A 2RINA 1S3JA 3H7MA 1S9TA 2XXIA 3V7CA 2L4MA 1MY1A 4LLLA 4O3AA 4R72A 2FNCA 4S04A 3HHFA 4TV7A 4DZ1A 3EDPA 2QRYA 1QO0D 2HFBA 4YKJA 2VODA 1E2XA 1FC3A 1BM9A 1QZYA 2DOJA 4O3CA 4CICA 1B2HA 2MH9A 3R60A 2Z8DA 3CVGA 3V7SA 4ZYDA 3G3KA 1EV7A 1SI0A 1R1UA 3OOAA 5HLHA 3K9TA 4EVIA 4GF8A 2ESHA 3VODA 1XGOA 5IAIA 2F97A 4ZZAA 3TUSA 2DU9A 4GXSB 3Q28A 3DPLC 5ED4A 2W24A 3H6WA 3DXJF 2G29A 3D4GA 5FO5A 2Z9OA 1LGBC 5TPAA 1ZHFA 2JPBA 2DWIA 4WXHA 1Z7NE 5FHMA 5L9MA 1TFDA 1UTBA 1RUOA 4LK0F 3GW2A 1XHYA 1FTMA 3QPHA 5FLXZ 2V9VA 5LLQA 3RNNA 1QUJA 3O66A 1T2KA 4JB7A 4AQ4A 4OIPF 3FX3A 3WTYC 4ONYA 4XIGQ 4MTDA 1RKMA 3U72A 2H94A 3B73A 1EH6A 4Q5SF 4GWOA 3I64A 2MH2A 1KYZA 4ZZLA 4HX7A 2P7VB 5DT6A 5FD5A 4P96A 1MM6A 3M3FA 4WKMA 4YKPA 2F8DA 2XXVA 2A6EF 2A3SA 3T9HB 4ZEFA 3U94A 5D6EA 5J8CA 3LAPA 1I6AA 5I59B 4HW0A 1B5HA 3OENA 1IF1A 3LSWA 3OXNA 4OIQF 2BJJX 2UXNA 3H3ZA 2VC1A 3IL2A 5D5VB 2Z8EA 4P9FA 2H25A 4IRGA 1JVYA 3ZQ7A 3CI8A 2WV0A 3JSPA 3AAFA 1R9LA 5DD4A 3Q9SA 5ILUA 5J8FA 2DBBA 3P9CA 2HKXA 2PX1A 2EB7A 3HRSA 2K27A 4R1HA 1QQIA 1J5YA 4Q48A 2EA4A 4AVPA 3I0TA 1XVYA 1YO5C 4DLDA 3FV2A 3KZGA 4ZEKA 5AA4A 3O9PA 4RK2A 3G3ZA 5H8HB 3CG1A 4F7ZA 4HS7A 2O3FA 2WKYA 2CZLA 5EEGA 5D8LB 4F29A 4OVJA 2L02A 1PB8A 2K4JA 2RC9A 5JR3A 3K69A 4UA8A 1YG2A 2IJLA 4MF3A 3IJXB 3RJPA 4LG0B 3WAEA 4PFTA 3L09A 4MNUA 3QYTA 3QAHA 1P99A 1FQEA 5KZTA 3IWFA 1P4XA 3L7WA 1XVXA 2X4HA 1MXUA 3MWMA 1P1WA 2RKMA 2Q9TA 3MP6A 3TKYA 1MDMB 1KU7A 2R3SA 3E5XA 5KK1A 4YB6A 3QXMA 1EZOA 3SERA 2LSOA 5HLIA 2AXLA 2F6PA 1LDDA 3DLNA 2O1LA 2QZ8A 1S6LA 4NF6A 1D8KA 1SMYF 1QPMA 5HDGA 2STTA 2CG4A 3TOBA 1BKAA 5DVIA 4LLGF 3KP6A 4PDKA 4AD9A 3CSBA 1O3QA 2WWYA 1BIAA 1ZAOA 2XXTA 2DAOA 4DNCA 4EUOA 2AL5A 3K6UA 5D5WB 3LBSA 4DE8A 5H8SA 3E3VA 1BC8C 4ZS9A 3P7NA 4G77A 2AIXA 1L5TA 1REPC 1FQFA 1WWXA 1FLIA 3R4KA 5FTHA 1OVTA 4OMYA 1TBXA 3EN3A 3PUZE 3EUHA 1YTYA 1QKBA 3B6QA 3QRFF 1YW8A 1OLAA 3D5LA 2WTEA 2O8XA 3S9MC 3RIRA 2E7XA 2OWSA 3WTTC 4RXLA 4EGZA 1W5SA 1LBCA 3I5OA 1SD7A 5JTYB 4RYAA 5DTBA 1NH8A 5EEHA 3S9EA 2ONSA 3K6XA 2VONA 3V4GA 1I69A 4RY1A 3C9HA 3QUJA 1R58A 1Y3QA 3DKWA 3BJOA 3RYRA 3W9WA 4HOBA 4EMSA 2DQRA 1SBPA 1UFMA 1JW1A 1R6ZA 5LRSA 4KCDA 1J9IA 3VVEA 1A54A 4LLNA 2I6EA 2VD2A 3KG2A 1KU2A 3FXQA 3TTMA 3TEPA 2QQAA 5D5UB 4NWDA 3PUWE 3KP7A 3F23A 3KFMA 1QW0A 2ZXJA 2QBYB 3MZHA 1IW7F 3BWGA 1CB6A 3F8MA 5CVIA 3HIFA 4U0VA 3FF5A 4UVBA 4I8CA 1P1QA 5H8FB 3SEXA 3SEYA 4F3PA 2HKOA 1S7YA 2G7UA 2RCAA 3HCQA 2XHDA 3RKYA 2O51A 1OYYA 2P6TA 2UVHA 3C4MA 3K4UA 1RZ4A 1Z1DA 2RNJA 1EZPA 4FECA 4IRIA 3DP6A 4OERA 2CYYA 4LP2B 3R6SA 4LZ5A 4OIRF 2B0LA 2HAVA 4H8JA 2ZYKA 5LHHA 4K2EA 1YYVA 3M8FA 4ENJA 1SD4A 3HSEA 3MVYA 1AWCA 4FX0A 4O5VA 3RQTA 4HLYA 4GYIA 4RAZA 2D45A 4L0YB 5FGMA 1PUEE 1PEBA 1EH3A 2DVZA 3VDFA 4EGYA 3TTNA 4LVQA 3BPVA 1WRJA 4EJUA 4CXFA 5H8NB 1JE8A 2NVUB 2QS4A 2ZNUA 3ODBA 2F34A 4XBFA 4ESBA 2XX9A 4BDNA 2CSOA 1XB4A 1RUNA 2ETHA 4Z7EA 3ZMVA 3E6CC 3CUOA 3O6BB 3HO7A 3IO4A 2GA2A 3U1DA 3T22A 4ISUA 3BROA 4IJAA 4AWXB 4ZYHA 3IKVA 3IR1A 3RLFE 1V3FA 3REOA 3FD3A 2ZMEA 1I1SA 1ZIUA 2GWRA 5ICCA 2LAOA 3CIJA 2A5TB 1T6SA 2FQ3A 4CO8A 1Z05A 4DXUA 3VLVA 3K2ZA 2VBZA 2VGQA 1GVCA 3I58A 1WI9A 3LUYA 3OO6A 2OZZA 2I4CA 1BI0A 4HQEA 2MLKA 3KN3A 1T39A 4OETA 5A5XA 1LFGA 1GV8A 1LAHE 3EF7A 4WXCA 3G73A 4R2FA 3MEXA 4LD5A 4GGGA 3I53A 2REGA 4KYSA 4HDVA 4TQUQ 2P2AA 2VBWA 3LQRA 5CYVA 2RC8A 1ZTYA 4YMBA 4GLIA 1NMUA 3BPXA 3DFGA 3C35A 3A3CA 1OR7A 1FYLA 4BNCA 1UHWA 2XKPA 3F8FA 3IB1A 2PT1A 3WTXC 4H8IA 3SEWA 4RGXA 2L3DA 4N9HA 4BXUA 5LEKA 3BP8A 3ZN0A 2EFWA 2XASA 2I3VA 1RI7A 4YFKF 3J7AO 4L9JA 3SZTA 1D9VA 3P7IA 3IWZA 4N0BA 5AE4A 2LKPA 1ZRDA 2D1VA 3LA2A 4H65A 4OQOA 2GIVA 1BJAA 2EV5A 4HTGA 1DTZA 3EQLF 2RKHA 1SDXA 2Z5UA 2I58A 4YAHX 1IN7A 3N94A 2HQRA 2V6CA 2ZYNA 2DE3A 1OLCA 1DSNA 2D2WA 2DW4A 1B58A 3R6UA 2DWJA 3FXUA 1B4ZA 3F21A 3GFJA 1HSEA 1I1GA 4ZE9A 2CGPA 4QFLA 2FNAA 4M71A 1Y20A 2UVJA 4G68C 1D8JA 1B6HA 3A3UA 4P11A 4IPAA 2K02A 3MC2A 2DPUA 2M30A 2YPNA 1KU9A 3BY6A 1IEJA 5HVQC 1ZMGA 4MLQA 4BDOA 3MQ9A 2ZMBA 3GO5A 4IVNA 3CSGA 3VEPA 2O7UA 1Q35A 4IXAA 3RT6B 1ZKBA 4KDPA 1USYE 3K1PA 2HAUA 1RYOA 1J2XA 2DQLA 5A2QK 1FNNA 1AIVA 2ONRA 4N13A 2PT2A 1TNSA 3PPPA 1EH8A 5HS7A 1HXDA 4YFNF 2ZNTA 3SEUA 3TQLA 3FASA 4MEXF 4F2QA 4K3FA 3L6HA 3WTZA 3PPRA 4P5OA 4E0WA 4BHCA 3I59B 2MC3A 4EJOA 4O6JA 4KR5A 1MG1A 1XN7A 4M74A 1A8EA 4I0AA 2VXZA 4MBPA 4CHUA 4EDPA 4F3BA 3ZMDA 1HKSA 1W7PB 4KNYA 3DF8A 3KZZA 3J80K 2HGCA 4UVCA 1MDQA 5FFXA 1ZBMA 5BWJA 1J1NA 2F36A 1II5A 5L3DA 4BLAA 1AMFA 3VFZA 4HV5A 3CUQB 1ULYA 4JWXA 4OMZA 1U5TB 1EZ9A 1H44A 2V3TA 2PN6A 1UQWA 2Y84A 2G9WA 1D3YA 3JSOA 2OJTA 4N6PA 1HSJA 3TAJA 5D4SA 3F8BA 4HF2A 4C0RA 3TTKA 3KSXA 5CVUA 1NFTA 2F7BA 2CW0F 2ANJA 3K02A 1OYIA 1MQHA 1JNFA 1BN5A 2IT0A 2O6GE 2Z99A 4RGSA 2E1CA 3IO6A 1G3SA 2HTJA 3TODA 2XAFA 4KD5A 3RKXA 3KEOA 5L8DA 1AH5A 3NQOA 3BJAA 3MVZA 4R73A 2DVCA 3E5UA 4CDGA 2UXAA 1B1HA 5DUIA 4LONB 1DUXC 1O63A 2GZWA 2COMA 4XXUA 1F9NA 2NNYA 3EQ1A 4EM0B 5I56B 2DK5A 1BI1A 3UP9A 1Q1HA 5L3EA 1TT1A 4IGTA 3Q25A 4LGWA 3N97A 5KCJB 4PE5B 4MFIA 2EV0A 3VLUA 1XDUA 2Y7WA 5FB2A 3ECOA 4GCVA 1AOVA 2PBIA 1LCFA 3B7DA 3QUFA 4LA9A 4KYDA 1M5BA 2LDUA 2RF1A 3MVXA 5JK4A 1ZG3A 2RDPA 4GQOA 4Q4ZF 4BDLA 2Y7PA 3T9UA 4X1BA 1LSTA 4QSEA 1WVJA 2A68F 4BDRA 3MW0A 1N7XA 1B1XA 4PQJA 1SW4A 4LUBA 4XLNF 4BQAA 4O3BA 3CO7C 4RA1A 4U22A 3M7GA 2DXYA 4YZZA 5D8KB 1B4HA 2BE5F 2A5SA 3R7XA 2XV4S 3V7RA 2FBIA 4XRFA 3U2RA 3FVGA 3I4PA 1BP5A 1IQ7A 4WEPA 2F2EA 4CGZA 1CF7A 5DEXB 1IXHA 3VB2A 2KKOA 1K6OA 5I57B 4HW8A 1FWZA 4YKKA 2QS2A 5LGNA 1O3RA 3J81Z 3IB2A 1IN8A 3UA8A 1K7AA 3CJNA 1RNLA 3KOSA 1MH4A 2DWAA 2HFHA 3KJTA 3O6IA 2DPDA 1DPPA 1NH7A 1TW2A 3T1BA 3MJNA 3VLWA 4F31B 3HN0A 4BH9A 3PUVE 3OV8A 3SESA 5B7DA 2XROA 3BDDA 3V5AA 1MS7A 1ATGA 4HX8A 1CE2A 3O29A 4FIMA 1JETA 1B5JA 5AA2B 2TDXA 3OMBA 3FJ7A 1H9GA 4X9TA 3S2VA 3O6HA 4RGUA 1K79A 3JYRA 4TLMB 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