3K1PA

Crystal structure of full-length benm e226k mutant
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
MELRHLRYFVAVVEEQSFTKAADKLCIAQPPLSRQIQNLEEELGIQLLERGSRPVKTTPEGHFFYQYAIKLLSNVDQMVSMTKRIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVRKVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
publication title Structure of Full-length BenM
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 77
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3k1pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k1pA03
5CVIA 5I56A 4WX9A 4TLMB 1MJBA 2CSOA 3QOPA 3P9IA 1QUJA 4IO4A 3MC2A 1B0LA 4ONYA 3WGIA 5LGTA 1AOVA 5L3DA 5DDGA 2QYOA 2QJEA 3WTZA 2V84A 3BOQA 1USYH 1UTHA 4YIFA 2J5PA 4LLLA 2OAZA 3WTVC 2LDUA 3IJOB 1J1NA 3U94A 3FF5A 4KYEA 2LKPA 3QPHA 4GVOA 1HSEA 3M3FA 2VC1A 1OQHA 3J81K 1XSVA 4Z2YA 3K01A 5E8IA 1KQ9A 3KE2A 1YW8A 5LBQA 4I01A 4ZZEA 5H8HB 4YIIA 4QRZA 3MVYA 2CGPA 2NNYA 1S9TA 1EZOA 3M8EA 1LFIA 1QUIA 2ALUA 1I6XA 4HYEA 2K27A 6PAXA 5AE4A 3RKYA 4QFPA 4U2RA 4H1XA 2I3VA 4MNUA 4G68A 4PP0A 4P0GA 1B4AA 1XMAA 2GA2A 3ZMSA 1N7WA 3GVAA 4NB5A 4ZZDA 1B32A 3IO6A 2RKMA 2D2WA 2HAVA 2O8XA 5HBCA 4M9ZA 1B5JA 4PETA 3IOVA 3MVZA 4RNSA 2CMOA 5EHMA 3A3UA 2GHBA 4OETA 1ZAOA 3KSJA 5E1WA 1JQFA 4G7ZF 3L2CA 2O03A 3V7CA 4LB5A 3BBRA 4Z7EA 4HDVA 1ZRCA 1BKAA 2QLZA 1QBJA 2DYXA 2UZKA 2I3WA 2O6GE 3H6VA 1YIOA 2DO7A 4ESWA 3I5OA 5H8NA 5H6QA 2KJCA 4RB3C 3U93A 4WXHA 4MTDA 4LQ2A 1FBQA 4L18B 3UA8A 1BI0A 4NEDA 2KLFA 4HCYA 1I27A 2CW0F 2FXAA 4EV0A 1ELJA 1MKMA 2Y48A 1LB2A 3MZ1A 1J7KA 1V3FA 2PVUA 3C35A 3Q9SA 3DKWA 3PQJA 2X0LA 4R73A 1FYMA 4JDFA 2ESNA 1XDSA 1RIOH 4F1YA 2RVCA 4G9YA 1DTGA 4OIQF 2DBBA 5KK1A 2CO5A 3PPNA 4OIPF 1U5TB 2DQRA 1F1ZA 3M7GA 1SD3A 1H9GA 1J59A 3GYHX 2LF7A 3E97A 1PDAA 3TZAA 2PBIA 5TPAA 2FBIA 5I59B 3S2VA 1MY2A 4IPAA 5DD8A 2O84X 2HOEA 3TO6A 1GR2A 3FJ7A 3T9VA 1IQ7A 1ZHFA 1ATGA 3GZGA 2K7LA 1PB9A 1M5CA 5TP9B 1K78B 5FFZA 2OBPA 3JAMK 3CO6C 1SBPA 5FD6A 4LGWA 5E17F 4AQ4A 4U1ZA 2HTSA 2ZMEB 4L0ZB 2H99A 4RJZA 2BGCA 5D5VB 1MXUA 2REJA 3VB2A 3TCFA 4F2QA 2GQQA 2W7YA 4EM2A 3CFLA 2ZYNA 3I53A 1JVXA 1ZLKA 2IVMA 4I2OA 3MVXA 2IP2A 1MQDA 1A99A 1S8NA 3G3KA 1H45A 3SKPA 4U7DA 3V7RA 5DVIA 4RB1A 4KUMA 3SXYA 5FLXZ 5HS8A 5I59A 4YKPA 3K69A 2QQ9A 1RI7A 3MWBA 2R71A 4NE4A 1YS6A 1YQAA 3MVWA 4LLNA 1HXDA 5F6FA 4JWOA 5LOMA 2FEZA 5B7DA 5L3GA 3C36A 2XXXA 2DPUA 3TQWA 3MBPA 3M8UA 4GXSB 3TFLA 4KD5A 1BN5A 5H8FA 4HF0A 2Q8KA 3RT6B 3MQ9A 4M9XA 4LUBA 4RA1A 1LNWA 1MRPA 3MPKA 2YX4A 1HSJA 5BOXA 4GIZA 3GFLA 1HQCA 2OD5A 3ODBA 4UACA 1NNKA 2PEXA 5JR3A 3HSRA 4R1HA 4G7OF 3TDUC 1K79A 3LAJA 4R75A 3I71A 1DPUA 3G73A 1KWHA 2EV6A 2VOPA 2HEOA 1AL3A 1W7PA 4G6DA 3LFKA 3DV8A 1P1NA 1UQWA 4N0BA 4A12A 2PT1A 2Q89A 2QS1A 4B8XA 1S7YA 2XIGA 5CVRA 1FQBA 3OSQA 4ZE8A 3SESA 2VHAA 3E3KA 4UA8A 3IJXB 1AWCA 2W84A 1PC3A 3GF2A 4FHTA 3N6TA 4BH9A 3ZN1A 5AA4B 3ERED 3TDZC 3AAFA 3IWFA 3FATA 3RPWA 4YMAA 4M74A 3T1BA 3QPTA 1E2XA 1KU7A 4CXFA 1B9NA 2I4BA 2KIMA 3GLXA 3MAJA 5BUUA 4M71A 4ETSA 3RIRA 1QKBA 3EYYA 3R6UA 1U8RA 4MQ9F 1FC3A 4A0ZA 2GFEA 1I1SA 3Q25A 2IA4A 4U1OA 1PBQA 4PFWA 1XCBA 1BI2A 3OXNA 4DIGA 2W24A 1YPNA 2Y7IA 3Q26A 3O97A 3HRUA 2NWJA 1RYOA 2F7CA 3LA2A 4L5JA 3S9NC 4UV9A 2Z8EA 1OLAA 5HDKA 1MS7A 3RQTA 4Y17A 3PQKA 2QS4A 2BYVE 2RCAA 2EFOA 1XT8A 1FLIA 5AA4A 4NQWA 5E20A 3J80Z 4F3GA 1J5YA 3GO5A 2ZYKA 2PQ8A 2E7WA 3HTSB 4E0WA 2Z23A 3G3JA 5I58B 5I57B 2WTEA 3PPOA 1SD5A 1TNSA 1LFHA 1SW2A 4A5NA 3W9WA 1Z9CA 3F8FA 4CZZA 1LEBA 3PPPA 2IJLA 1BM9A 5LGUA 3MZYA 4XKNA 3PD9A 4MLVA 4QFKA 1STZA 2EA4A 3QAXA 3IC7A 3CFZA 4OZ9A 2DOJA 3H03A 4LZ8A 4LK0F 4XKRA 4F22A 2H27A 5A2QK 2Z33A 4HQEA 1LEAA 1SMTA 1N76A 4WXJA 4IXAA 3F23A 3QP6A 3QU6A 2CYYA 3FMQA 1IXRC 3KP4A 2D3IA 3OOAA 1MZBA 1TW2A 2LSOA 2QS2A 3CLOA 4I0BA 1RZ4A 3JSPA 3S2WA 2I58A 4R74A 3B6TA 2ZKZA 3CTAA 3WAFA 4LZ7A 1P99A 5DVFA 5AA2B 1ZYRF 2YLNA 1LB8A 3EDPA 3K1PA 2R7DA 4UV8A 3O2PE 4Q4ZF 4DLDA 1YG2A 1XMKA 4O5VA 2UWMA 4EMSA 4GYGA 5TJJA 4KN4X 2COMA 4HF2A 1OR7A 3AXFA 3IL1B 4DXUA 3KG2A 3R61A 4BYYA 4AIKA 4ZDMA 2REGA 1IN8A 3TTNA 5CYVA 1MQJA 4HZFA 3PUWE 3CUOA 1B7ZA 1OVBA 1DSNA 2FSWA 3HHHA 1MXYA 1SW5A 3F72A 3GFMA 2QPQA 2RF1A 5BS6A 4YICA 1L3LA 3MW0A 2XXVA 2WKYA 4EJOA 4Q48A 3RTWB 5HDGA 1C0WA 2DTRA 3CUQB 1VE4A 4U88A 3SFZA 1BIYA 4F18A 4ESXA 1ANFA 3C32A 1EH7A 1P4AA 1ODDA 4M1VA 4G6QA 3I6VA 3WE2A 4I09A 1REPC 1TT1A 1U5TC 4G77A 3EQLF 4R6YA 3KP7A 5CRYA 1SI1A 3OV8A 5IT9Z 3LSLA 1BTJA 4ELRA 3CG1A 4ZYDA 4PCQA 3L09A 2FBHA 4RGUA 1B1HA 1SVXB 4Q5TA 3V89B 5K1YA 1ZKBA 3KP6A 4KI0E 2HGCA 3C9HA 4WEDA 4H5GA 2Q8JA 5ICGA 3TCHA 3QRFF 1GGGA 3V8XB 2KJBA 4IO7A 5H8QB 4KR5A 3R4KA 3ECOA 1CF7A 3FVOA 5J1DA 5DEXB 1LDJA 2GXBA 1II5A 2O51A 1US4A 4ESBA 2Q2CA 3KP3A 4YFKF 1IEJA 3HRTA 4MH5A 3TEPA 3HOSA 3IAZA 3T96B 1Y4TA 2G7UA 5DYHA 1JW1A 4ENJA 3ZQ7A 3O9PA 4BDMA 2R7FA 1R23A 4O3BA 4LLGF 4IGRA 1YW9A 3OENA 1IZ1A 3PMXA 1UFMA 4JBZA 4AB5A 4EJWA 3ECHA 1IUDA 1A40A 3N26A 2D5WA 5KZTA 4HX4A 2O3FA 1MQHA 4CDGA 4I9DA 4R79A 4U0WA 2XGXA 3T9UA 2EFNA 1N84A 3HSTA 4H6DA 4EJVA 3PUZE 3ISPA 1S50A 2GIVA 4LP2B 4HCWA 4YU0A 5H8QA 4I7HA 1JNFA 4XBFA 1MY0A 5HOOA 2Y84A 4ZYHA 1B6HA 2DT5A 3RYRA 3J81Z 4KNYA 3TTLA 5E1ZB 4UVCA 2GXGA 1FQAA 4XLNF 3FX3A 2B0LA 3EN3A 3O66A 2A5TB 4L9TA 4RXLA 3F8MA 3GW2A 1NH8A 2THIA 2V1DA 2ZBKA 4Z0IA 3RPUA 3MFKA 3MWMA 3MP8A 1OMIA 2ONKE 3VLWA 3VVDA 4YMBA 2UVIA 1R22A 4L9VA 2V1UA 4ASNA 4F2OA 3MJNA 4M4GA 2VD3A 1LGBC 1UIUA 3UGWA 1D4NA 3SEVA 2YX7A 4BDOA 2RKHA 3IX1A 5FHMA 4XXUA 2YPNA 2ELHA 1B3FA 1MGTA 2HS5A 2O6AA 4HX7A 3JTGA 3JW4A 1LFGA 3I59B 5D5UB 4KYSA 1S3JA 4OU0A 5I56B 5H6RA 4F3BA 5F64A 1XSDA 4N9IA 3KEIA 3VXCA 3L9FA 3EHSA 1OPCA 3VEPA 5BQTA 4P96A 4OHNA 3I3VA 4IO2A 3RPQA 1R9QA 4HW8A 3KN3A 1UTHB 2RC7A 3IKVA 2AIXA 2HQNA 3FJMA 4ZECA 4I0AA 5ILVA 2GH9A 5FTIA 5DV5A 2OWSA 1R1VA 3PGFA 2P1SA 1TBXA 1F9BA 1NMUA 4X9TA 2ZYMA 2P5KA 4WXDA 2UVHA 4FATA 4RB2C 1FNNA 1OVTA 3ML6A 2XROA 1WRJA 1FTKA 5JHUA 3IRRA 5CLSA 1Y3QA 4BQAA 2VT3A 3DFGA 1VR5A 3KCCA 5DT6A 1NKXA 3FZVA 1IXHA 4IRGA 5D4SA 5L9OA 2FU4A 3NQOA 3JZJA 2I0BA 3QK6A 2Y0MA 1MM6A 1R7JA 3RI4A 1VFEA 2O61A 1D8KA 3V7SA 5LHGA 4CICA 2FA7A 4QSDA 4JWXA 3S9MC 3ZP5A 2A3SA 2L4MA 5ITOA 1Z6TA 3HTUA 3W6JB 2ZNTA 1SFXA 2MH2A 5CM6A 4G68B 4RGXA 4FEDA 4U7BA 3V8KA 4ELOA 4GLIA 3K6UA 4KQPA 2G93A 3IOWA 4QSCA 1XGSA 3ZKLA 3CVGA 3H3UA 2D45A 1Z05A 2F5CA 3O6BB 4EM1A 3KZGA 3ELKA 1AH5A 2ZNSA 4WCGA 1DP7P 5TU0A 3TCGA 1ONVA 1ON2A 3ZKKA 1YW7A 4ZYEA 3PUYE 3KZYA 1ZG1A 3C33A 2PJPA 2PT2A 3Q5FA 4JWYA 3JAMZ 2QWWA 3F6OA 1YTYA 4AB6A 4F29A 5H8NB 2QENA 3F8NA 1OMPA 3B73A 1JEUA 4PZJA 2Y7WA 4IB2A 4BDQA 2O69A 3PMWA 3EYIA 1O7LA 3T8TA 4QSEA 4CHUA 1LSTA 2MLGA 2FNCA 2V93A 2VOZA 1UB9A 3IWZA 1D9YA 2XX9A 4H5FA 3NRVA 1ZG5A 2IT0A 1GTKA 4ISUA 2VBXA 4JXIA 1LAFE 2A6HF 2L3DA 1QGPA 2QRYA 1WDNA 3KFWX 4R8HA 2OCUA 1MH4A 3KP5A 5ICEA 4ENKA 3GFIA 1DOTA 3JTHA 3KGCA 3RYPA 1FSHA 2VBWA 1URSA 2DVCA 2F97A 2ONSA 4KCDA 1ON1A 1KU9A 3B02A 3L6HA 3RTFB 3R7XA 4C1UA 5TPAB 1DPRA 1FBUA 1NNPA 5DVJA 1ZTYA 2NAZA 1MM7A 1LCTA 2FYIA 3K2DA 2EJRA 1LCFA 2XAJA 2NS0A 5TRDA 3NEUA 1KU2A 2Q88A 1K6OA 3OMBA 3ZS6A 1DPEA 4EF2A 2X7PA 4KYDA 5HS9A 2XUBA 4U22A 1OYYA 3CUQC 1EH3A 2M5WA 2XXUA 4U23A 3V5AA 1QZYA 3R6SA 4HS7A 1Q1HA 3I5UA 1F5TA 2ZMBA 5DCFA 1ZU0A 3H7MA 4RK9A 4UVAA 4EXLA 2H6CA 5BMZA 1MDMA 4EJTA 1EU8A 4Q30B 1TNTA 2FRHA 2X26A 2PMSA 4U4SA 3F21A 1TXFA 4A6DA 2VOOA 3I58A 2VP1A 1KGSA 4RB0A 4KN7X 2IA0A 1QZZA 4U0YA 1H0MA 4NTLA 1BC8C 3ECRA 3U2RA 3EPEA 3QU3A 3CRBA 4IGTA 3LR1A 3HYIA 5M2VA 5K5OA 2V9VA 3N97A 1O63A 2Q0OA 3F8BA 1Y3PA 2XXWA 1PDNC 2ESHA 1IITA 3N6UA 3PMVA 1P1QA 3HN0A 5ICFA 3IOUA 2A68F 4OOIA 3TTRA 1M5DA 1IXSB 5K5QA 1N04A 1OIBA 5H8FB 3SQNA 1O7TA 4G94A 3UN6A 3KETA 1RUOA 3FV2A 3T5XA 5BPDA 2DXYA 4HTGA 3BY6A 2HKXA 3DQVC 4PE5B 2F5EA 3LC8A 3N5LA 3TQNA 3RKWA 2DK5A 5ERIA 1TWYA 4YAHX 3MZHA 4EJUA 4IVNA 1SFUA 4LG0A 1PP8F 5E1XA 3G3HA 3ONMA 3WTUC 1W7PB 3LSTA 3WAEA 3CG3A 3HIFA 3USDA 2XKOA 4HDUA 2C6YA 3V4GA 4ZEKA 3K0LA 3P9CA 1DDNA 1I69A 3E9XA 4AD9A 3CSGA 1B4ZA 4BAYA 3TOBA 1TFAA 2E1NA 2V1XA 5LGNA 4GGGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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