1Y3NA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate disaccharide
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords AlgQ1
publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
total genus 172
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA02
3K0VA 5L9SA 3MZBA 3IX1A 1UTHA 3O6GA 3V83A 1B58A 1JNFA 4E0WA 4N07A 4I8CA 4DXBA 4U23A 1EZ9A 2ZNSA 3VE1B 1B0HA 2X7QA 5TP9A 3TPAA 4FEDA 3O6IA 1US4A 4KCDA 3SDFA 5H8SA 5TPAA 1VFEA 3KG2A 3LSLA 4DE8A 4YAHX 1Y3NA 2NOOA 4MLVA 5AA4A 3TYHA 1R1NA 2KLFA 2VD3A 4P11A 5ITOA 3QIMA 1XVYA 1MY3A 2ONSA 2XXTA 3R26A 1GVCA 4IO2A 3UN6A 3C36A 3T9HB 3QUFA 4KYSA 4LA9A 1XVXA 1AH5A 2I58A 5M2VA 1IQ7A 3FVNA 2XHDA 3PPRA 3VFJA 4GIZA 2DE4A 2HQ0A 3TUSA 3KN7A 3C34A 1B2HA 1MQDA 2XXPA 3TTMA 3B6TA 4C1TA 1SI1A 3U72A 4JSDA 5ISUA 3OENA 4PFUA 4X48A 2GRVA 1QUKA 2F7AA 1JEUA 1MY2A 1B4ZA 2OBGA 1P1WA 3TCFA 5TU0A 2THIA 4IGRA 4LVQA 1MH4A 4ZEBA 2O69A 2F8DA 2Q89A 1XS5A 3KBRA 3MP8A 4EQ7A 3TZAA 3CSGA 4ELPA 5FHMA 4EF2A 2DWAA 3ILUB 2QJEA 2QS2A 3TTLA 1B40A 4YMAA 1DTZA 4GXSB 1SQYA 4GVOA 5CMBA 1QUJA 2V3TA 1LB9A 3B6QA 3WAFA 3G3HA 4XKRA 4DXUA 2E1SA 3KN3A 1TFDA 1OQHA 2I3VA 1MXWA 4H67A 3RT8A 5BUUA 4NF8B 4GWOA 4NF5B 4LQ5A 4FE8A 1ZLQA 4YKKA 5CRYA 3TQLA 3S9NC 1S50A 1Y4CA 2RC7A 4YB6A 3ILTB 3TEPA 1T0KA 3G3GA 2AL5A 4OQOA 3M8UA 1FQAA 3RY3A 4HTGA 3ECRA 1H43A 2Y7IA 1MXUA 1DPEA 2F35A 3ZSFA 1N0TA 3W15C 1WODA 1QVSA 3MUQA 4U4SA 4KFQA 4OEVA 4LZ8A 4X1BA 2QS4A 2QMXA 1BLFA 4R9GA 3O6HA 2XXRA 2O6AA 1GR2A 2DE3A 4DCXA 3K1NA 4OHNA 1MXXA 5CBSA 3T9VA 4NF4B 1MQJA 2Z8EA 1IIWA 1FTMA 1FTJA 3S9EA 1ZBMA 2O68A 4ZEFA 1URGA 3OEMA 4NF6A 3D4GA 5FHOA 2R9JA 2I0CA 1NFTA 2R71A 4F1VA 4F19A 1JVYA 1MXYA 3HHFA 4H8JA 1Y3QA 1PDAA 3O9PA 4L17A 3RT6B 2Z23A 3OEKA 1MDP1 2DWHA 3VLUA 2AL4A 2VP1A 4EXLA 4RA1A 3QAXA 4FECA 4RJZA 4KD5A 3H6WA 3TTKA 3RGYA 5AA2B 5I58B 2A5SA 2YJPA 3RTWB 5EHMA 2NXOA 1MQIA 4XKQA 3K4UA 3O2AA 3DP6A 1AOVA 1PBQA 3K1PA 4G8HA 3S9MC 5CI5A 4EDPA 4F22A 1SDXA 4TLMB 1FW0A 3EHSA 4R6YA 5DVIA 5TP9B 2V3QA 3IB0A 3FATA 5TPAB 2UYFA 1GGGA 3GBAA 4G4PA 3JZJA 4QSEA 2Y7KA 4POXA 4ELOA 3DLNA 3K2DA 1B6HA 4G68B 4UACA 2H25A 2DOJA 4O3BA 1FQDA 3ZKLA 4GD5A 4TOZA 3IORA 5FHNA 4HW8A 1SYIA 2RF1A 3OOAA 1RYOA 1R9QA 3PPOA 3MP1A 3MBPA 4H8IA 2O7UA 3FASA 4NWCA 2ZYOA 2DP8A 2DYXA 5CM6A 4ISUA 1DMBA 2GFEA 3S2VA 2UVGA 2O51A 4MF3A 3G3FA 1Q35A 1II5A 2ZMBA 3UORA 1A7LA 1ATGA 1SVXB 4X9TA 4ND9A 1UTBA 3VXBA 4RK9A 2V93A 3IO6A 2I4BA 4R72A 3VLVA 2PT2A 3OXNA 1DOTA 3FZVA 1D9YA 1TWYA 1NNPA 1US5A 5B70A 4BDRA 4Q0CA 1B1XA 4G68C 3T22A 2DWIA 1GTKA 3OO6A 4EQBA 2R6GE 2D3IA 2XXXA 2O1LA 3R6UA 4YU0A 1WDNA 1MY0A 2PMSA 2UYEA 4DXCA 4AB6A 4AB5A 5JTYA 2OWSA 4OENA 1Y4TA 5H8NB 1UIUA 4ECFA 1B51A 3MPKA 3UIFA 4F1YA 3I3VA 3Q27A 1IXIA 4GOTA 4WXJA 1A40A 4C1UA 1A55A 2DXYA 4G8NA 3DP8A 3HN0A 1TFAA 4EXKA 1H44A 4OZ9A 5H8FA 3H06B 1NNTA 3KGCA 3A3CA 1EZPA 3IOUA 5EYFA 1SYHA 1SW1A 3MVZA 3BFTA 4R6KA 5KCJA 3MW0A 4F39A 4Z0IA 3CG1A 3CG3A 3G3JA 3PU5A 1ZU0A 1VFDA 4K3FA 4RPOA 3LBSA 5FTIA 2VGQA 1F9BA 3KSJA 3FJ7A 3QXMA 2B65A 1ZJLA 1A54A 3K6XA 1D3KA 3V89B 3E3KA 5A5XA 2QRYA 5DT6A 5I59B 3PV0E 5LOMA 1QKAA 1PB9A 3O28A 3TCGA 3GZGA 4N13A 2G93A 1VR5A 1LAGE 1M5DA 4FAJA 3IAZA 4WEDA 4ZZEA 2REJA 2DE2A 4KI0E 4RK2A 1AMFA 5I2NA 4Q5TA 3N5LA 1Z7NE 4ELQA 2IEEA 1Y9UA 2OCUA 3FGSA 1DTGA 5AA3A 2P0SA 2B3FA 4EF1A 1FQBA 1HSJA 2VOZA 2O7IA 2ZNTA 1MPBA 1EU8A 5JK4A 2FA7A 4OVJA 3FXRA 2OZZA 1B5IA 1ZIUA 5I2KA 2NVUB 1B7UA 2HZKA 2I49A 2GHAA 3KN8A 5BWJA 3L6HA 4DLDA 3OELA 3SEYA 2F7BA 3N94A 3MPLA 4PFWA 2CZLA 4OEUA 3ONMA 1SBPA 4PE5B 1FTKA 3F11A 3RTFB 3FXQA 5B7DA 4RXLA 1OIBA 1EH3A 4M1VA 1LB8A 3RPWA 2ZXTA 2NWJA 3QUJA 4DZ1A 3V5AA 1JVXA 1I6QA 1SW5A 2H9BA 1LAHE 3BFUA 2A5TA 4AQ4A 1LCTA 1LBCA 4Z7EA 5KDTA 3OO7A 1LFHA 3ZKKA 2Q2AA 3T96B 1N76A 1M5EA 2DWJA 4JB7A 3H4ZA 3PD8A 2PYYA 5L9MA 2B3BA 1B0LA 4QFPA 4F3GA 4JBZA 4NE4A 1ZTYA 4C0RA 1B9JA 4E0XA 1D9VA 1MQHA 4OERA 1MH3A 2RKMA 4ZECA 1N7XA 3E4RA 1MXVA 1B7HA 3KFMA 4UA8A 2XX9A 2HEUA 4OETA 1JQFA 4R2BA 5L9OA 1PEBA 1LBBA 4MBPA 4ZEIA 2DSFA 3W9WA 5JTYB 3LUYA 4ZZAA 1FTLA 3TMGA 3FIRA 4KHZE 2OJTA 2F97A 1RKMA 1N3XA 1L5TA 3U1OA 3IB2A 2ESNA 2X7PA 4GL8A 5I57A 3BBRA 3PUWE 3MAMA 3TQWA 1I6BA 1DPPA 3FJMA 4QF9A 3SEWA 1IZ1A 5HM4B 3QSLA 2F6GA 1JW1A 3QK6A 2QL3A 4RYAA 2XXYA 1TT1A 4QFOA 5ICQA 4R2FA 4ESWA 4XKPA 4TQUQ 3M3LA 1R9LA 4IY5A 4X1DA 1P1QA 3V8XB 2UVHA 3A3UA 4F1UA 3KSXA 3UP9A 3VVFA 2ANJA 3DELB 5F1QA 2UVJA 1WVJA 3Q26A 1S9TA 1LSTA 1XT8A 1Y1MA 4F3PA 1UTHB 2RINA 3PPNA 3T93B 2GHBA 1I6AA 3SEUA 1MY1A 3RUMA 3TAJA 4F3BA 3OSQA 1B1HA 1NH8A 5CBRA 2REGA 4R73A 4P0IA 2F34A 3PMWA 5A5XB 1XOCA 1OLCA 2Z22A 3VVDA 3IO4A 3A09A 4F2QA 3IOTA 3QYTA 5ELVA 4QSCA 4RPNA 3HO7A 3HHGA 3T66A 3M3FA 3TODA 3UK4A 2HAVA 3USDA 1O64A 5AA4B 5JEIA 1BIYA 5F7VA 4ZDMA 4FEBA 1I69A 1POTA 3C4MA 5J1DA 2YPNA 1B5HA 3HV1A 4OYVA 4IGTA 3L6GA 4XXUA 3KEIA 4YB7A 3PPQA 4OFOA 1Y3PA 1MG1A 4KYDA 3PD9A 1B3GA 2NUVA 1QULA 3PUVE 3HCQA 5I2KB 4O3AA 2ZYMA 3OMBA 2QPQA 4YICA 1Y20A 2DVZA 2ZYKA 3U92A 2Y84A 1B3FA 1IITA 3O97A 3C33A 3LR1A 4F18A 2HAUA 4R74A 4U4XA 2P1SA 3LSXA 3PGFA 4XKNA 1FQEA 2F5XA 4H5GA 2Y7RA 2F6PA 4NF5A 4EUOA 2XXIA 3P7IA 3TTNA 2G29A 3MVXA 4IO4A 5ICTA 3VLWA 1MM7A 5H8QA 1CB6A 1N04A 3PMXA 1IEJA 4NWDA 4H65A 4KCCA 3K01A 4YKJA 4FATA 2A5TB 2FYIA 2ZYNA 1BP5A 1PC3A 3CVGA 4POWA 3KJTA 3CFZA 4KR5A 4F29A 3K1MA 3EN3A 1UIVA 3UGWA 3I5OA 4G77A 4ZE8A 3FV1A 5IAIA 3MC2A 3VDFA 1B46A 1ZKBA 4LQ2A 2ALUA 4I1DA 4KYEA 3C9HA 3HPIA 2HXWA 4BDNA 2QMWA 1MS7A 2XX7A 1SD3A 1FCKA 4GL0A 4PFYA 3G3IA 2PBWA 4YZZA 3U94A 5I56A 3IL1B 3FVOA 1N7WA 3CFXA 4LP2B 1A8EA 1B5JA 4BDMA 5AE4A 4HCWA 5H8HA 4U2RA 2XD2A 3OSRA 4G8MA 2RC9A 3MVWA 1B3EA 3I6VA 2Y7PA 4PFTA 4ELRA 4H6DA 4O3CA 4QSDA 1N3WA 3EQ1A 2CMOA 3K6UA 2O84X 1MPDA 5I57B 3N6UA 4EQ9A 1LCFA 4QFKA 2AIXA 3MVYA 4NF6B 4KQPA 3RN8A 4HS7A 3IJXB 4GLIA 3IOVA 5AA2A 5I58A 1B52A 3MWBA 3C31A 1MM6A 3JV9A 4U22A 3OO8A 1KWHA 3VVEA 3HSTA 4XIGQ 4YMBA 4RY1A 3H03A 3SKPA 2DVCA 1D4NA 3CRBA 2PX1A 4FIMA 3D4CA 2XXWA 2HFBA 4IO3A 2Z8FA 2RC8A 1OMPA 5CMCA 4GQOA 3C35A 4H0WA 1VSOA 3GLBA 3CI8A 1TXFA 1IXHA 4G68A 1M5CA 4R9FA 2UXAA 4GF8A 1GV8A 1MRPA 1B32A 5AA2D 3PPPA 3FJGA 4H5FA 3SEVA 2HZLA 1MQGA 2QS3A 5DEXA 1XC1A 4R6HA 3T9UA 2V3UA 3FVGA 1P1OA 1P1UA 1JEVA 5DYHA 2M8CA 2DQVA 1IUDA 4OTEA 2H98A 3R7XA 1B4HA 4IY6A 4OFLA 1IXGA 1IXCA 3TTRA 2VD2A 1YPNA 5DTBA 4HCYA 4JWYA 1J1NA 3FV2A 1M5BA 1EZOA 1OVBA 3ODBA 3TELA 2FNCA 1YCJA 2DXRA 3S4UA 1MPCA 1AL3A 3FUZA 3OD7A 2P2AA 5ITPA 3Q29A 1YAEA 5KZTA 2W7YA 2RCBA 3DP4A 1OQGA 1SI0A 2XD3A 1UTBB 4QHQA 2QSXA 4Q30B 3GXAA 2WKYA 1Q1KA 5K2YA 3CIJA 3RQTA 2D21A 1JW5A 1USYH 3EF7A 4QFLA 1ANFA 2XXQA 4H1XA 4OWDA 4R75A 3EHTA 1MDQA 3S9LC 5H8QB 5H8NA 3PUZE 1Z7ME 2F7CA 1PBPA 1FTOA 3E13X 3CR9A 1SW4A 1NNFA 4I9DA 1RYXA 1UQWA 3K00A 2Q8JA 4IO5A 3AXFA 3M3KA 2D5WA 1LLSA 2YLNA 1MY4A 2LAOA 2I0BA 3EHUA 4U1OA 3TDJA 1LAFE 4LZ7A 2OK2A 4ZE9A 3MQ9A 3SETA 1HSLA 4I62A 4U21A 3JYRA 4F2OA 4YKPA 4OXVA 1B3HA 2H99A 4LONB 1LGBC 3MP6A 4QRZA 2ZNUA 4FORA 3H7MA 5I84A 1OVTA 3O66A 1NKXA 3E9XA 1URSA 2OLBA 1QW0A 3VXCA 3WAEA 1SW2A 1USYE 1LAXA 4MH5A 3SESA 2UVIA 4ZEDA 2ABHA 2VHAA 3N26A 3GBBA 5H8FB 1PB7A 2I4CA 1Y1ZA 5I56B 3EPEA 2X26A 2V25A 3SEXA 5K2XA 5H8HB 3H6UA 3G7WA 2I6EA 4QFNA 5KCJB 1ZMGA 4DIGA 1H3DA 5I59A 2XX8A 4BDQA 1BTJA 2PT1A 3K6VA 2XXHA 4WKMA 1P1NA 1QUIA 2QS1A 2BJJX 1MXZA 1NMUA 1AIVA 1QKBA 2Q2CA 3KZGA 4P0GA 3RNNA 3FD3A 5AA1A 1PB8A 2HCAA 1H76A 1M5FA 3SERA 2E0SA 4NMYA 3Q25A 1QJMA 5FTHA 4ESXA 1YTVA 1NH7A 1NL5A 1O63A 4RNSA 4LATA 5HPQA 4ONYA 5I2NB 1A99A 5IKBA 4JDFA 4THIA 2GH9A 3IJOB 1VE4A 2ONKE 3H3GA 1DSNA 3K02A 4N6PA 4PQJA 3THIA 2H4IA 1H45A 1XHYA 4BLAA 3KOTA 3N6TA 3ZS6A 4LUBA 2XXUA 5CMKA 4JSOA 1ELJA 3C32A 3KJ7A 3PMVA 5CMMA 4GRKA 2Q9TA 5DEXB 3CFLA 4F31B 1N84A 4U1ZA 5EHSA 2DS9A 3FVKA 3K6WA 1LFGA 1URDA 2XXVA 4FJPA 4ZEKA 4XTCQ 3MZ1A 4OMBA 4MFIA 4JXIA 4GXAA 2F36A 1LFIA 3B6WA 4NF8A 3DM0A 1B05A 3CSBA 3OO9A 4ZS9A 5DVJA 5HBCA 3G3KA 3PUYE 3LSWA 3RLFE 4BDLA 1POY1 3FXUA 1HSEA 3LC8A 2V84A 3IB1A 3KOSA 4BDOA 1B3LA 2AYSA 2H5YA 4KPTA 4IB2A 1CE2A 4PP0A 1FQCA 4GFRA 4JWOA 1NNKA 1B7ZA 3MJNA 3H6VA 2O1MA 4DCYA 5KDTB 4M4GA 2Y7WA 3TKDA 2I48A 5CC2A 3MZ9A 2IA4A 4YB5A 3BKIB 3U8QA 4NEDA 2RCAA 3H6TA 4WEPA 3U93A 1O7TA 4OFJA 3TCHA 4LZ5A 4DDDA 5L8DA 4PETA 4TLLB 3O29A 3IK6B 4NF4A 2OWTA 3B7DA 4OESA 2I3WA 2Q88A 4YKIA 1JETA 2PVUA 4IO7A 1R6ZA 1A8FA 2F78A 4JWXA 3IR1A 1P99A 3PUXE 5DVFA 4F3SA 3T9XB 1OLAA 4NTLA 4MLQA 1S7YA 4Q8RA 2Z8DA 3TFLA 1BKAA 1FQFA 4G2ZA 1JW4A 3Q28A 3W9VA 4IO6A 3VV5A 3UA8A 3LSFB 3IOWA 2ONRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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