1Y3NA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate disaccharide
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
total genus 172
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA02
5F7VA 5H8NB 3MJNA 2OWTA 3QIMA 1B32A 4F2QA 2Q2CA 4H5FA 4F39A 2X7PA 4F18A 5L9OA 3HV1A 4F2OA 2I3WA 3LSLA 2O69A 2I49A 5B7DA 1H43A 4YB5A 4I9DA 3L6HA 4IB2A 1B0LA 4IO3A 4QFPA 3DELB 3IX1A 1N7WA 5CMCA 3I5OA 3A09A 3RGYA 2P1SA 4ZE8A 4H65A 4O3BA 2AL4A 3PPRA 5CBRA 5H8QB 5I84A 5KDTA 3PPOA 5DVFA 4OFLA 1QVSA 5HPQA 3CIJA 5FHOA 1DPEA 3TYHA 1KWHA 3CFLA 4ZEIA 1B7UA 1NNPA 5I59B 4G4PA 4I1DA 4DDDA 3OXNA 1Y3PA 1UQWA 1LFIA 4YMBA 4GLIA 2V93A 4Q30B 3ONMA 4NF8A 4QRZA 3TTNA 4NWDA 3TQLA 1AH5A 4NF5A 1D9VA 3ZS6A 3MVZA 1D4NA 2B3BA 1BTJA 1WDNA 5BUUA 4DXUA 2OK2A 3RT8A 2F7AA 3M3KA 4F3GA 1QUIA 4QFLA 4YAHX 3ZKKA 2O68A 3U93A 2Z8EA 3PUZE 1VFEA 4R75A 4KI0E 4PFUA 2BJJX 4GRKA 4KPTA 3H7MA 5AA4A 4FEBA 3TAJA 1XC1A 1FW0A 3THIA 4RXLA 3OO9A 5ELVA 1GR2A 2ONSA 2F7BA 3PU5A 5DVJA 3KJ7A 3EPEA 1BLFA 3U8QA 3SEWA 3VLUA 1IQ7A 1XT8A 5DT6A 3R7XA 1P1WA 3V83A 1ZLQA 3GLBA 2DWHA 2XX7A 3OSQA 4LP2B 3MUQA 2IEEA 3UGWA 3MVXA 3K02A 4UACA 3IL1B 3SEXA 4HS7A 2QL3A 3FV1A 3QXMA 3T9XB 5DVIA 2RCAA 4GIZA 1D3KA 1JEUA 1MDQA 3Q26A 3GBAA 5J1DA 5CBSA 4RPNA 3FZVA 1MQDA 1MXWA 3IAZA 3FVGA 3PD8A 2RC8A 5H8QA 1MY1A 3DP8A 3TODA 3U92A 3WAEA 2I3VA 2F97A 1PB7A 1UTHB 4O3AA 1B58A 4OYVA 3MBPA 5DTBA 1N76A 2DE2A 1GV8A 3ILUB 3M8UA 5AA2B 3CFZA 2F78A 3K2DA 2F6GA 4ESWA 2ALUA 1H44A 1MM6A 2E0SA 2OWSA 1IIWA 2UXAA 5EHMA 4KHZE 4YZZA 2AYSA 3H3GA 3PUXE 2F35A 2DWIA 4OWDA 1P1UA 1UTBA 1WVJA 3PV0E 1PBQA 3PPQA 5DEXB 1ZMGA 4R6HA 5DYHA 1B4HA 1D9YA 1OLCA 5HM4B 2ONKE 3OO8A 5JEIA 3FXUA 1EH3A 3K6WA 2Z8FA 3QAXA 4NF6B 5K2YA 2HQ0A 2CZLA 4RPOA 2GFEA 3O6GA 1Y1ZA 3OENA 3ECRA 4OZ9A 2PYYA 3IOVA 5HBCA 3TEPA 4IGRA 3C33A 4Q5TA 2ZYOA 4IO7A 1LFHA 1SW5A 4OFJA 1TFDA 3OEMA 3FGSA 4KYDA 1POTA 1RKMA 4MLVA 1NH7A 4JDFA 1YPNA 1NMUA 4OENA 2XHDA 2DP8A 1XS5A 3MVYA 1M5EA 3A3CA 2QMWA 1P1QA 4ZZAA 3IOWA 3RLFE 4R6KA 3VLWA 1PB9A 4G68B 4GVOA 5A5XA 1FTLA 2Q2AA 4EXLA 4DZ1A 1B2HA 3PMVA 3S2VA 2GRVA 1OQGA 3TMGA 1MQGA 4ZZEA 3LUYA 3GZGA 4N13A 1MXZA 4OEVA 3ILTB 3LR1A 2NVUB 4H8JA 4KCDA 4LZ8A 2PBWA 2CMOA 2P2AA 2RCBA 3QYTA 3OO7A 1JW1A 3OSRA 3VLVA 3OEKA 3H06B 2OCUA 4EUOA 4TLMB 1LFGA 1URGA 3UORA 4PFTA 1Q1KA 3N6TA 4OERA 3CVGA 2OBGA 5ITPA 4GL0A 3FJMA 2F34A 2ESNA 5H8HA 4UA8A 2X7QA 4GF8A 3R26A 4P0IA 3K6XA 1ANFA 1SVXB 4BDRA 3PD9A 1AMFA 3O97A 3C32A 1PB8A 2ONRA 2X26A 3VVFA 2QPQA 3VE1B 3W9WA 5JTYA 3HPIA 3AXFA 4NF4A 3C35A 3IOTA 2V25A 3MPKA 4P11A 4F29A 2H9BA 3JZJA 4YKKA 2YPNA 4QF9A 4NF6A 5L9MA 3B6TA 4AQ4A 1LAFE 2OLBA 2Q89A 1IEJA 4LONB 1WODA 4XKRA 1FQEA 1ZIUA 3K00A 2DWJA 3KZGA 3KN7A 4NMYA 5IAIA 3CFXA 4JWYA 2I6EA 3TTLA 3H4ZA 3CI8A 2H4IA 2HAUA 4U2RA 3T93B 4FIMA 1P1OA 1LCFA 1S7YA 3O2AA 2REGA 1M5FA 1JW5A 4ELQA 3DLNA 1TT1A 5I56A 3IORA 2G29A 3FD3A 2B3FA 1S9TA 1DSNA 4MBPA 2NWJA 3VDFA 2HZKA 3QSLA 1B7ZA 4OTEA 2O1MA 2A5TA 3N6UA 1SW2A 2H99A 3RUMA 4XKNA 1MY4A 1UIVA 4ZEBA 2WKYA 3DP6A 4H6DA 4IO2A 3UA8A 3IR1A 2Y7KA 1GVCA 3IO6A 4IGTA 5ITOA 1EU8A 4AB5A 3TCHA 2NXOA 5H8FB 3HSTA 1JEVA 1B5IA 3W15C 4GWOA 1NFTA 4X1DA 4DXBA 1USYE 1NNTA 3HHGA 2ZMBA 3H03A 1IXIA 4BDMA 4ONYA 1B40A 2D21A 4TLLB 3K1PA 2ZNUA 4IO6A 1OMPA 1B5HA 1ELJA 4FORA 4Z0IA 3KEIA 4OQOA 1MPDA 2ZNSA 4F3SA 2Z8DA 3LBSA 3C4MA 3RY3A 3U72A 3S9LC 4F31B 3C34A 3RNNA 1VR5A 2HZLA 3TCFA 3MPLA 3H6TA 2A5SA 3OMBA 2Y7PA 3K0VA 4TQUQ 5CRYA 2V3UA 3O9PA 4YICA 1SD3A 1H76A 1B3EA 3E3KA 3IO4A 1LLSA 4BDNA 2B65A 3N5LA 2DVCA 4KCCA 3GBBA 4FE8A 4H67A 1DPPA 1R9QA 4HTGA 3C9HA 4LQ5A 2KLFA 3O6HA 1PEBA 2YJPA 5IKBA 3K4UA 2XD2A 1GTKA 2F7CA 1RYOA 1RYXA 3RT6B 4RA1A 1Y3QA 2UVGA 2GHBA 2QS3A 2HXWA 1MDP1 1M5BA 1A7LA 4MLQA 4RYAA 4GOTA 4ZEDA 3TKDA 3LSFB 5H8NA 1JQFA 4H0WA 2AIXA 1LB8A 3S9MC 4EQBA 3MP6A 5EYFA 3VXBA 1B0HA 3H6WA 1DTZA 4POWA 2IA4A 5LOMA 3E13X 1Y1MA 3OO6A 4U21A 1BKAA 3TTRA 4QFKA 4F1YA 3SEYA 3FXQA 1US4A 4U4SA 3O28A 3A3UA 3MZBA 2R71A 1URDA 3IB2A 3MZ1A 5I58B 3DM0A 1MY3A 1A55A 4R9FA 4ND9A 3JYRA 1N0TA 4DCYA 4K3FA 4KR5A 1I6QA 4OMBA 5AE4A 4X9TA 1DOTA 4GD5A 2VGQA 3R6UA 4G8MA 1SYIA 4WKMA 1JVYA 4THIA 4YKIA 3FVKA 5I59A 1XOCA 2Y7IA 1B05A 1NL5A 3V5AA 2QRYA 1URSA 3HN0A 1OLAA 2Q8JA 3SEUA 5AA1A 3KFMA 1B1HA 1NKXA 5I2KB 1LBBA 3RPWA 4PQJA 2Z22A 4DIGA 4N07A 4AB6A 3G3GA 3SESA 4RY1A 1EZ9A 4JSOA 3RN8A 3O66A 3T96B 3JV9A 1OQHA 5I2NB 4ZEFA 1A99A 1IITA 3EHSA 1LAHE 4E0XA 2XXVA 4U1ZA 2F8DA 3UN6A 2DXYA 1VFDA 3EQ1A 2RF1A 4FAJA 1PC3A 3FATA 4ELPA 4G8HA 1Z7ME 3L6GA 4MH5A 3N94A 2Q9TA 2OJTA 3VV5A 2HCAA 3H6VA 1IXGA 1P1NA 1SI1A 2UVJA 4G77A 3SETA 4QSDA 4FEDA 1NNKA 1MY0A 1GGGA 3K01A 3KBRA 3OOAA 5FHNA 1MXUA 2XX8A 5CMKA 4QSCA 3EHUA 1B52A 3MAMA 2G93A 4WXJA 2RC9A 2VP1A 4XXUA 2V3QA 5L8DA 4H5GA 5I57B 4R2BA 2REJA 3T66A 5BWJA 2UVIA 3SKPA 1R6ZA 1UTHA 2VD3A 4GXSB 3F11A 1BP5A 2ZYMA 4EQ7A 5TP9B 5JK4A 2I0BA 3S4UA 2F36A 1M5DA 3HO7A 5AA2A 1A54A 2LAOA 1O7TA 1VSOA 3G3KA 2E1SA 4KFQA 4OXVA 4G2ZA 1JNFA 4WEPA 3UP9A 2DVZA 2ZXTA 4Q0CA 2I4BA 5I2KA 3TPAA 2GH9A 2D5WA 4JB7A 2DXRA 1Y20A 4BDOA 2QMXA 5AA2D 4XIGQ 3QUFA 1A40A 5DEXA 2XXIA 4YB7A 5M2VA 1MH4A 5FTIA 2UVHA 5EHSA 4F22A 4YB6A 2DE4A 3LC8A 4LATA 2FA7A 5KDTB 3Q25A 1YAEA 3SDFA 1EZOA 3K6VA 2AL5A 4ZECA 3B7DA 4F3PA 1B3HA 2R6GE 1B3GA 1SBPA 2VOZA 2PVUA 4YMAA 4LA9A 4JWOA 3O29A 3TFLA 2GHAA 1B3FA 4LZ5A 4LVQA 1FQBA 1O63A 1ZTYA 2Y84A 2R9JA 4NWCA 4R9GA 3K1NA 4JSDA 4ELOA 1O64A 4NF8B 3PGFA 4PP0A 3M3LA 2DYXA 1SQYA 1LCTA 3T22A 4NF5B 4G68A 3PMWA 1Y9UA 1MRPA 1Y4CA 3C31A 3BFUA 1FQFA 1JVXA 3TDJA 1VE4A 4GL8A 3IK6B 3KSXA 1NH8A 3Q27A 5AA4B 3UK4A 1POY1 4ESXA 4DCXA 4ISUA 4IO4A 2O6AA 3KOTA 2XXYA 4WEDA 4LUBA 4DLDA 1AIVA 1USYH 4EDPA 2Q88A 3KSJA 3TQWA 1QKAA 2QSXA 5CI5A 5TU0A 3C36A 1B6HA 1MXVA 2FYIA 1FTOA 4R2FA 1LAXA 4MFIA 1SW4A 1DTGA 5CMMA 2XXPA 3EF7A 2RKMA 2QS1A 4OFOA 4TOZA 4BDQA 3CSBA 4PFWA 1QW0A 3T9HB 2THIA 1DMBA 1A8EA 1B1XA 3RTFB 1JETA 5KZTA 3G3IA 2XXWA 4R74A 3U94A 1FTMA 1B4ZA 2XD3A 3IB1A 4R73A 4XKQA 4POXA 3VVEA 3VXCA 1IUDA 3G3JA 4HW8A 1NNFA 3T9VA 2H25A 3IJXB 2NUVA 4R72A 1IXCA 4RK9A 4M4GA 2ZNTA 1ZJLA 4X48A 1MS7A 1FTKA 1QJMA 1PDAA 3TTKA 5CM6A 1R9LA 4X1BA 3FV2A 4JWXA 4ELRA 3MW0A 1B46A 1F9BA 1S50A 1TWYA 3IOUA 2XXTA 4QSEA 4ECFA 2VD2A 1XHYA 4H1XA 4XKPA 1LGBC 4NTLA 3TCGA 1R1NA 3KG2A 4ZE9A 3T9UA 1UTBB 1FTJA 2I0CA 2UYEA 3CRBA 3KJTA 3PUYE 1Y3NA 1M5CA 1B5JA 3UIFA 4HCWA 3MP1A 1MY2A 4R6YA 1JW4A 3IB0A 4EQ9A 3TELA 3OELA 1LSTA 4RNSA 1IZ1A 3MWBA 1T0KA 2RC7A 4IO5A 1ATGA 1HSLA 3QK6A 1TFAA 3LSWA 4NE4A 1LB9A 4FJPA 1YCJA 2DWAA 4OEUA 3G3FA 1ZU0A 5H8FA 5ICQA 2NOOA 2V3TA 1PBPA 3WAFA 3M3FA 3MVWA 1MQJA 3USDA 1B9JA 4OESA 3B6WA 1N04A 4F1VA 1AL3A 1Y4TA 4F3BA 4MF3A 4U23A 4QFNA 4U1OA 1SI0A 3KOSA 4KYSA 3I6VA 3PUVE 1MXYA 1OVTA 1OVBA 3MP8A 1L5TA 3Q29A 3BFTA 2D3IA 3Q28A 1H45A 3N26A 5A5XB 1MG1A 3FASA 3ZKLA 1J1NA 1MPCA 1I69A 4NEDA 3FJ7A 3PMXA 5CC2A 1HSJA 4KD5A 2DS9A 4F19A 4XTCQ 2HFBA 3TTMA 1LAGE 5FTHA 3S9EA 3KN3A 3EHTA 4P0GA 1TXFA 2XXXA 3FIRA 1LBCA 3G3HA 2I48A 2I4CA 4YKPA 2XXRA 3K6UA 3P7IA 2XXHA 1QULA 3V89B 4KYEA 2H5YA 4C0RA 1BIYA 1SYHA 2F5XA 4JXIA 5H8HB 2OZZA 4FECA 3V8XB 3RTWB 2VHAA 2XX9A 3FUZA 2FNCA 1UIUA 4QFOA 3SEVA 4EF1A 4PFYA 5JTYB 5ISUA 4NF4B 1SW1A 4LZ7A 3FXRA 4YKJA 4DE8A 3MQ9A 4KQPA 4Q8RA 2ANJA 5AA3A 1AOVA 2RINA 2PMSA 1SDXA 4IY5A 2UYFA 1QUKA 2QS4A 2XXQA 3IJOB 1II5A 3FVNA 3TZAA 4Z7EA 5B70A 2XXUA 4OVJA 5ICTA 3B6QA 1CE2A 2Z23A 5TPAB 1ZBMA 1N84A 4RJZA 1FQAA 2DOJA 4G8NA 1MPBA 3OD7A 1FQDA 1Q35A 5KCJB 2PT2A 5I58A 3MZ9A 4QHQA 3PUWE 4RK2A 1US5A 2P0SA 3KN8A 1N3WA 3QUJA 4EXKA 1B3LA 4JBZA 5I56B 4PETA 1IXHA 1MH3A 1MQHA 2ZYNA 1FCKA 3U1OA 3BKIB 3CSGA 4EF2A 4BLAA 3HHFA 3CG3A 3K1MA 4U22A 2A5TB 1P99A 2I58A 4GQOA 1YTVA 4OETA 4N6PA 2ZYKA 2QJEA 1A8FA 4C1TA 5FHMA 4G68C 3G7WA 4E0WA 1FQCA 1N3XA 1OIBA 4BDLA 3FJGA 2H98A 4HCYA 3EN3A 4FATA 3HCQA 1EZPA 3CG1A 3BBRA 1Z7NE 2O7UA 1I6AA 4O3CA 2HEUA 2O7IA 3FVOA 3PPPA 5I2NA 4C1UA 3DP4A 4YU0A 3E4RA 5CMBA 5L9SA 3D4CA 1ZKBA 4OHNA 1XVYA 2DSFA 3SERA 4I62A 3E9XA 4LQ2A 4L17A 4F1UA 1B7HA 3LSXA 2Y7RA 2PT1A 1MM7A 4IY6A 5F1QA 2ABHA 5H8SA 2V84A 3W9VA 4DXCA 2O1LA 1HSEA 4ZS9A 2O51A 2DQVA 3ODBA 2DE3A 2W7YA 4ZDMA 3I3VA 3VFJA 4PE5B 3MC2A 2Y7WA 3PPNA 3S9NC 2F6PA 5TPAA 4GFRA 3VVDA 3CR9A 3D4GA 5I57A 1N7XA 5KCJA 4M1VA 3ZSFA 1MQIA 4I8CA 1B51A 5K2XA 2M8CA 3H6UA 3O6IA 3GXAA 1QKBA 1CB6A 2QS2A 1I6BA 4H8IA 3KGCA 4GXAA 1MXXA 5TP9A 1QUJA 1H3DA 4ZEKA 3RQTA 2O84X 3TUSA 2YLNA 4U4XA 2PX1A 1XVXA 2HAVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F7VA 5H8NB 3MJNA 2KQZA 2OWTA 3QIMA 1DBZA 1B32A 4GWYA 4F2QA 2Q2CA 4H5FA 4F39A 2X7PA 4F18A 5L9OA 3HV1A 2Q8MA 4F2OA 4O7MA 2I3WA 4MEVA 3LSLA 1NUZA 2O69A 2I49A 5B7DA 1H43A 2HXRA 2XXKA 1KA0A 5I7IA 5EQ9A 4YB5A 4I9DA 3L6HA 4IB2A 1B0LA 4IO3A 3PTYA 4QFPA 5FBPA 3DELB 3IX1A 1N7WA 5CMCA 1KZ8A 3I5OA 3A09A 3RGYA 2P1SA 4ZE8A 4H65A 4O3BA 2AL4A 3PPRA 5CBRA 5H8QB 5I84A 5KDTA 4GWXA 3PPOA 5DVFA 4OFLA 5LDZA 1QVSA 5HPQA 4N8GA 3CIJA 5FHOA 1DPEA 3EKIA 5I3SA 3TYHA 1KWHA 3CFLA 5ET7A 4ZEIA 1B7UA 1NNPA 1NUYA 5I59B 1XI6A 4OANA 2QVRA 4G4PA 4HE2A 4I1DA 4DDDA 3OXNA 1LBXA 1Y3PA 1UQWA 1LFIA 4YMBA 4GLIA 2V93A 4Q30B 3ONMA 4NF8A 4QRZA 4PDHA 2QVUA 3TTNA 4NWDA 3TQLA 1AH5A 2FIXA 4NF5A 1D9VA 3ZS6A 3MVZA 1D4NA 2B3BA 4MNIA 1BTJA 1WDNA 5BUUA 4DXUA 2V4CA 2OK2A 4G61A 3RT8A 2F7AA 3M3KA 4F3GA 1BK4A 1QUIA 4QFLA 5EYHA 1NUXA 4YAHX 3ZKKA 2O68A 3U93A 2Z8EA 3PUZE 1VFEA 4R75A 4KI0E 4PFUA 2BJJX 4GRKA 4KPTA 3LUZA 3H7MA 4NHBA 2OX3A 5AA4A 5ET8A 4FEBA 3TAJA 1EYJA 1XC1A 1FW0A 4OA4A 3THIA 4RXLA 3OO9A 3U65A 5ELVA 1YZ0A 1GR2A 2ONSA 2F7BA 3PU5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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