1Y3NA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate disaccharide
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords AlgQ1
publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Sugar binding protein
total genus 172
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA02
4NMYA 2XXXA 3HN0A 2XXRA 4Q30B 3UP9A 3OO8A 3K1PA 1R1NA 4OWDA 3FUZA 2REGA 3U94A 2D21A 3PV0E 2O7IA 2P2AA 3KG2A 2H9BA 1S9TA 3T9UA 3PPOA 5AA4B 2DP8A 2O68A 4F22A 4QSCA 1UTBB 1Q1KA 1I69A 3K2DA 1IXHA 4KCDA 3KN3A 4X48A 4U4SA 2ZNTA 3SEVA 4C1UA 4HW8A 2I3VA 3RTFB 2R9JA 4QFLA 3M3FA 2V93A 2UVHA 5I84A 4FAJA 4WEPA 3GBAA 3K0VA 5H8NB 3TQWA 2E0SA 3C35A 2XX9A 1DTGA 2DS9A 3S2VA 1XHYA 1DMBA 3H6TA 3I3VA 2DYXA 2ZYOA 2NWJA 3V83A 3U8QA 1Y3PA 3G3KA 2V25A 2F5XA 1R9LA 2QPQA 1SDXA 2O1MA 5F7VA 1B4ZA 3N26A 2RF1A 4BDRA 3Q26A 3WAFA 4POWA 3TPAA 4G4PA 5EHSA 3W9VA 4R6HA 3QUFA 1Z7NE 1NNTA 5CRYA 3MP8A 2QL3A 3VXBA 4ELRA 3RNNA 4ELQA 3FIRA 2DXYA 4OEVA 1BIYA 1B3HA 4QHQA 1IXIA 4AB6A 3O6GA 4OMBA 4YU0A 2F8DA 2GHBA 3M3LA 1N84A 3KOTA 4IO3A 4PQJA 1POY1 3FXUA 4XKPA 4DXUA 1GGGA 4F31B 1LCTA 1WDNA 1MQHA 4ZZAA 4KQPA 4E0WA 2B3FA 4GXAA 1VR5A 1Y3QA 2CZLA 3FV1A 4MLQA 3E3KA 5A5XB 3SKPA 4JWOA 2Y7PA 1UQWA 3LSWA 4LUBA 3TCFA 4ZECA 2R6GE 2XXYA 4BDLA 4JWYA 3L6GA 5B7DA 4R75A 1QUIA 1A99A 5AA1A 2OWSA 1AOVA 1A40A 1D3KA 4R73A 5DEXB 2V3QA 3T9HB 3SESA 4LZ7A 1OQGA 3KN7A 4ESXA 1FCKA 4GL0A 1GVCA 4HTGA 2O7UA 4EXKA 1B2HA 5CI5A 1FQDA 2DVCA 1OMPA 3MPKA 1UTHA 4ELOA 2DXRA 2VGQA 3LUYA 2Q9TA 4IO4A 3HPIA 4K3FA 4LQ2A 4I62A 2FYIA 1R9QA 1TXFA 1NKXA 1B3EA 3T66A 1YAEA 4BDQA 3IORA 1A54A 4O3AA 1FTOA 1A8FA 3EPEA 5DYHA 1OLAA 2ESNA 5B70A 3QAXA 4JBZA 4U23A 3R6UA 1LLSA 1B7HA 1MQJA 2UXAA 1PEBA 3H6WA 4OEUA 4RK9A 4HCWA 4L17A 4G68B 5DT6A 4PETA 5DVIA 5TP9B 2OCUA 4QF9A 2ZNSA 1VSOA 2F7CA 3TODA 1AMFA 2HZKA 4C1TA 5JEIA 1ZU0A 2QS2A 2GRVA 3TYHA 4H0WA 5DTBA 4OVJA 5BUUA 1B5HA 1LAHE 1Y3NA 1WODA 3TTMA 3OXNA 1B40A 1BLFA 3H03A 1FQAA 4NF5A 1SW4A 2VD3A 3G3FA 5KZTA 1MY4A 4F2OA 1QUKA 4U1OA 3MPLA 4LVQA 1LFGA 5CBSA 4BDNA 3EN3A 1MRPA 2RKMA 3IK6B 2PX1A 3FJMA 2O1LA 3K00A 4X1DA 5JK4A 1EH3A 1IQ7A 4JXIA 4OYVA 2YLNA 4H8JA 4ZEFA 1LB9A 3O9PA 4GWOA 1MS7A 3OO7A 2HAUA 1D4NA 5FHOA 5H8FB 1H45A 4F2QA 5EHMA 4DCXA 2X26A 5AE4A 3ZKKA 4TLLB 5ITOA 1B58A 4NF4A 4IB2A 3V8XB 4KYDA 3BFTA 2H98A 3D4CA 3Q27A 3H4ZA 3MC2A 3PPQA 1PB9A 1P1NA 3R7XA 4FJPA 1XC1A 3KSJA 4RA1A 2AL5A 3OMBA 1Y4TA 3DM0A 3M3KA 4MBPA 3VLWA 2PBWA 1RYOA 1IUDA 3H6UA 1PB8A 4G68C 2D5WA 2F6GA 5AA4A 2UYEA 3C34A 3IX1A 2H5YA 1IXCA 2I3WA 4GVOA 1LFIA 2VHAA 3U92A 3O6HA 2I0BA 1B7ZA 3CFXA 5JTYA 3TKDA 1NL5A 4YB5A 1T0KA 2F6PA 4F3SA 3IOTA 1B0HA 4JSOA 1MXVA 3V89B 3B6TA 3JYRA 4MFIA 2Z23A 5CBRA 3FVKA 2Y7RA 2AL4A 3CVGA 2Z8FA 5I2KA 3E9XA 2UYFA 2YJPA 3KJTA 1R6ZA 3FGSA 3UORA 1PBQA 4PFWA 4NWDA 3TTLA 3H06B 3OO6A 1P99A 4OFJA 2H99A 3PUZE 2VP1A 4RK2A 3MVXA 1SD3A 5I56A 3S9EA 2ANJA 1GTKA 3IR1A 3IOWA 4JWXA 4ZEBA 3O28A 4IGRA 1RYXA 3K6WA 2CMOA 1MQIA 1FQCA 4WEDA 5HBCA 1N7XA 3IAZA 4F3PA 4QFOA 3B7DA 5H8QA 4F18A 4KYSA 4OQOA 3MZ1A 3K02A 4U1ZA 4OFOA 1B6HA 3V5AA 2F34A 4IO6A 5BWJA 1HSJA 4R74A 4FE8A 3TMGA 3LC8A 4GIZA 4NF6B 5A5XA 1M5FA 4XKQA 3IJXB 1M5EA 1LCFA 4GOTA 5K2XA 1QKBA 1Z7ME 1TFDA 5I57B 2NUVA 3G3IA 2G29A 4H5GA 3I6VA 2A5TB 2HXWA 1M5DA 2F7BA 3A3CA 5DEXA 5I59B 2Q2CA 3EHSA 1LBCA 5L9SA 4JDFA 4KCCA 3LR1A 1TWYA 3TCGA 2ALUA 2QRYA 2F7AA 3FXQA 2P1SA 2ZYNA 2ZMBA 3KGCA 4RY1A 4F1UA 2OK2A 3CFLA 2DE3A 4DDDA 1US5A 1MY2A 1B5IA 1EU8A 3CSGA 1L5TA 4RYAA 1NH8A 2RINA 3IB2A 1OIBA 2XXPA 4YICA 3IO6A 1J1NA 3KN8A 1JEUA 3FVGA 5L9OA 3PUVE 1IITA 1B4HA 1MM6A 4ECFA 2I48A 2XXIA 4DZ1A 1UIVA 4KYEA 1B7UA 2NOOA 1Y4CA 3U72A 2OJTA 2QS1A 3RLFE 5I2NB 1MPBA 1I6QA 4G68A 4EF2A 2E1SA 1OVBA 3RN8A 5TP9A 2THIA 3S4UA 2F36A 1YPNA 3SDFA 2I0CA 1SW1A 1P1WA 1USYE 3KSXA 4I8CA 1RKMA 1O63A 2HFBA 3K6XA 1LBBA 3BKIB 1MXWA 2QS3A 4U22A 3VV5A 4GXSB 4ND9A 4OENA 3ECRA 4MH5A 4KFQA 1MQGA 4YKIA 2DWIA 3ONMA 3LSLA 1FTLA 2ZXTA 3KJ7A 2I49A 4X9TA 1MH4A 2O51A 2DQVA 3IB1A 2HZLA 4DXCA 2DSFA 3DP6A 5F1QA 1II5A 2I4CA 2R71A 2V84A 3O97A 1B3LA 4GF8A 2QS4A 1MY3A 3W9WA 4YKJA 1B32A 3VE1B 3H3GA 1JVXA 2VD2A 4NF8A 4UA8A 4Q5TA 2Q2AA 3OOAA 3AXFA 4M4GA 2HAVA 4QFPA 4LZ5A 3SEWA 4JSDA 3LSXA 5KCJB 2H4IA 4BLAA 1FQBA 2G93A 4YMBA 1NMUA 3IB0A 3G3JA 4G8MA 1B52A 5H8HA 5TPAA 1JW4A 2QSXA 3KFMA 2DE2A 3UIFA 1POTA 3CG3A 1TT1A 2WKYA 3BFUA 3O66A 4YAHX 3SEYA 1LSTA 2D3IA 3FZVA 1JVYA 2AIXA 4OETA 3PUWE 3LSFB 2RCBA 4TQUQ 3VFJA 4N13A 5DVJA 4KHZE 2BJJX 3HO7A 5CMMA 4F1YA 3T96B 1SI0A 2DWJA 4AB5A 3JV9A 1JW5A 1M5CA 3TQLA 3TUSA 2V3TA 4IO7A 3EQ1A 3MP1A 1LFHA 4XTCQ 5ICQA 2PT1A 2Y7KA 1SW5A 1PB7A 2Z22A 5IAIA 4XKNA 5KDTB 3FXRA 2B65A 5HM4B 3FVOA 1SBPA 4NWCA 2W7YA 2GFEA 3G7WA 4R6KA 1VFEA 1XVXA 3IOVA 1PDAA 1N3WA 3A09A 3K1NA 4THIA 1QKAA 2GH9A 4GQOA 1USYH 2I58A 1FTMA 2XXTA 3HSTA 1N76A 1ZJLA 2I6EA 5I58A 1B5JA 1Y20A 3ZKLA 4NTLA 2Y7WA 4AQ4A 2VOZA 3MAMA 1UTHB 1SI1A 4F1VA 1A8EA 4LA9A 2OLBA 1F9BA 2YPNA 5ISUA 4ZEDA 1JEVA 1OLCA 3I5OA 1URDA 3GXAA 1WVJA 4PFTA 1B3FA 4R9FA 4OTEA 1URSA 4OERA 3IJOB 4LQ5A 2RC8A 3K6VA 1MDP1 1KWHA 4R2FA 4EDPA 3BBRA 3C32A 3FV2A 3PMXA 4N07A 4FATA 1N0TA 1LB8A 5EYFA 3N5LA 4YMAA 1AH5A 1A7LA 3O2AA 2QJEA 3C9HA 3SEUA 3UK4A 3OSQA 3RPWA 4IGTA 4FEDA 3R26A 1UTBA 4EF1A 3L6HA 4EXLA 4H5FA 3KEIA 3PD9A 5H8SA 3VVEA 5L8DA 3MVWA 3GBBA 3OEMA 3IL1B 4YZZA 5H8NA 4LONB 4DXBA 1D9YA 3N94A 4F39A 3C33A 3HHFA 3DP4A 4X1BA 4GLIA 2Y7IA 4Z7EA 5FTIA 1AIVA 5ITPA 2PYYA 2ZNUA 3TTKA 4NF5B 3QYTA 2DWAA 1NH7A 1HSEA 3RQTA 2IEEA 2XX7A 4TOZA 3OO9A 1SQYA 4UACA 4ZE8A 4RPNA 2Q89A 3MP6A 4R9GA 1MXYA 4ESWA 2KLFA 2O69A 1NFTA 3W15C 4QFKA 3E13X 1GR2A 4ONYA 2XXVA 4GL8A 4GD5A 1MY0A 1SYHA 2XXWA 1QUJA 1I6BA 1P1QA 2XXHA 5HPQA 4P11A 4NF4B 4H8IA 4TLMB 5CM6A 2X7PA 4HCYA 2XX8A 1H44A 1MDQA 1DSNA 3MW0A 4E0XA 3Q28A 3JZJA 5CMKA 5L9MA 2NXOA 3IO4A 4DE8A 1XS5A 3N6TA 1S7YA 2A5SA 3MZ9A 5AA3A 4BDOA 3DELB 1QJMA 2B3BA 3MWBA 2GHAA 3MUQA 2QMXA 2NVUB 4WXJA 3G3GA 3OEKA 4M1VA 2HEUA 3VVFA 4KI0E 4ISUA 3CSBA 1N04A 1IIWA 1Y9UA 1CB6A 4DCYA 3QUJA 3SERA 4Z0IA 2F97A 1ATGA 5M2VA 4FIMA 1S50A 1N3XA 2DOJA 5AA2B 3KZGA 3FATA 2O84X 1A55A 1QULA 1QW0A 3MQ9A 4PE5B 1DOTA 1MPCA 5JTYB 3CFZA 3O6IA 3HV1A 1DPPA 2OZZA 1B1XA 3TTNA 3A3UA 1CE2A 2PVUA 3C36A 4YB6A 1MXUA 1IXGA 1LAXA 4XIGQ 2AYSA 3B6QA 1O64A 3PD8A 3WAEA 2HCAA 3KOSA 1BTJA 1VE4A 4H6DA 3TFLA 4IY5A 4Q8RA 1ZMGA 3RGYA 1JETA 5I2KB 2F78A 5KCJA 1SYIA 3TCHA 4LATA 3PMWA 3DLNA 4FECA 2FNCA 2OBGA 3CR9A 4P0GA 4Q0CA 4EQBA 1DTZA 1FQEA 5I56B 4XKRA 1URGA 2ZYKA 3ILUB 4KPTA 3E4RA 1FTJA 3Q29A 3EHTA 1B46A 4OESA 3RTWB 3U93A 1EZOA 3S9MC 2RCAA 3SETA 5H8QB 4R72A 3ZSFA 4I1DA 3ILTB 4H65A 4LZ8A 1ZLQA 3EHUA 2FA7A 1FQFA 3F11A 5FHMA 4MLVA 2IA4A 3TEPA 2XXQA 1SW2A 5KDTA 5ICTA 3FASA 2X7QA 2H25A 3RT6B 4PP0A 5AA2D 2XD2A 3TELA 4WKMA 1UIUA 4KD5A 4F3BA 1MG1A 2UVGA 1LAFE 3PU5A 3PUYE 1ELJA 1NNFA 3RT8A 2DWHA 1MXXA 3TDJA 3RUMA 5H8FA 3EF7A 3OD7A 2Q88A 1JNFA 2V3UA 1AL3A 3PMVA 4NE4A 4XXUA 1DPEA 1P1UA 3GZGA 3S9LC 3HCQA 3CRBA 1QVSA 1YCJA 1HSLA 4YKPA 4PFYA 3MVYA 5LOMA 3M8UA 3T22A 3THIA 3K6UA 5DVFA 3B6WA 4H1XA 2OWTA 4POXA 1P1OA 3K1MA 1JW1A 1MXZA 1D9VA 3QSLA 4MF3A 5ELVA 4ZZEA 1TFAA 1ZBMA 4JB7A 4YB7A 1JQFA 1MH3A 4QSEA 3UN6A 3QXMA 4ZE9A 1MM7A 3RY3A 4RPOA 3PGFA 1H76A 5K2YA 3OELA 3D4GA 4U21A 4IY6A 1LGBC 2LAOA 4OXVA 1VFDA 3LBSA 5TU0A 4RNSA 2RC9A 2ONKE 1PC3A 2ONSA 3PPPA 4YKKA 1IEJA 1BKAA 3C31A 3FJ7A 4U2RA 3MJNA 4RJZA 4IO5A 1MQDA 2Q8JA 4ZDMA 1ANFA 4F3GA 3OSRA 3C4MA 2UVIA 1EZ9A 4H67A 4F29A 3PPNA 4O3BA 2Y84A 4KR5A 3S9NC 4C0RA 1B51A 1YTVA 1NNPA 5IKBA 3KBRA 2I4BA 4QSDA 2DE4A 3VLUA 2PMSA 3MBPA 1B3GA 3UA8A 3FVNA 1Y1MA 4P0IA 3IOUA 4I9DA 3T9VA 2REJA 4OZ9A 2P0SA 1B05A 1B9JA 1B1HA 1FW0A 4GRKA 2Z8DA 5CMBA 3T9XB 1NNKA 1M5BA 1Q35A 2O6AA 3P7IA 4NF8B 2XD3A 2M8CA 1LAGE 1OVTA 4ZEKA 4NEDA 1BP5A 3TAJA 4OHNA 1US4A 4GFRA 4NF6A 4DLDA 1GV8A 3H7MA 3T93B 1B0LA 1EZPA 4DIGA 4LP2B 4G8NA 5I57A 3O29A 2Z8EA 5H8HB 4R6YA 5TPAB 2A5TA 3MVZA 2ONRA 3ZS6A 3VVDA 4RXLA 3FJGA 4EQ7A 5I59A 3N6UA 3CIJA 1XOCA 3CI8A 3DP8A 3TZAA 5AA2A 1ZKBA 3OENA 3K01A 4O3CA 5FTHA 4FORA 3U1OA 4U4XA 2DVZA 3USDA 2XXUA 3TTRA 1SVXB 5CMCA 1FTKA 1H3DA 1PBPA 3K4UA 3VXCA 2ABHA 4FEBA 3VDFA 4ELPA 4BDMA 4ZS9A 2F35A 2XHDA 3Q25A 4G77A 1MY1A 4N6PA 4F19A 5J1DA 2ZYMA 3H6VA 3VLVA 1O7TA 1OQHA 1I6AA 4QRZA 1MPDA 3ODBA 4QFNA 5FHNA 1ZTYA 4G2ZA 1IZ1A 4IO2A 3PUXE 3SEXA 3PPRA 3FD3A 3CG1A 4G8HA 4R2BA 5CC2A 3MZBA 4EUOA 2RC7A 5I2NA 3GLBA 4PFUA 5I58B 3QK6A 2PT2A 1Y1ZA 4ZEIA 1H43A 1N7WA 3UGWA 2UVJA 4EQ9A 1ZIUA 4HS7A 3G3HA 2HQ0A 1XT8A 3HHGA 1XVYA 3QIMA 2QMWA 4OFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NMYA 2XXXA 3HN0A 2XXRA 1KA0A 4PAKA 5ESYA 4Q30B 3UP9A 3OO8A 3K1PA 1R1NA 4OWDA 2Y5KA 3FUZA 2REGA 3U94A 2D21A 3PV0E 2O7IA 2P2AA 3KG2A 2H9BA 3CHGA 1S9TA 3T9UA 3PPOA 5AA4B 4N15A 1FTAA 2DP8A 2O68A 4F22A 4QSCA 1UTBB 1Q1KA 1I69A 4HXVA 3K2DA 1IXHA 4KCDA 3KN3A 4X48A 4U4SA 2OX3A 2ZNTA 5EYHA 4N6KA 4NGUA 3SEVA 4C1UA 4HW8A 2I3VA 3RTFB 2R9JA 4QFLA 2OWZA 2XA5A 3M3FA 2V93A 4PGPA 2UVHA 5I84A 4FAJA 4WEPA 3GBAA 3K0VA 5H8NB 3TQWA 2E0SA 3C35A 2XX9A 1DTGA 2DS9A 3S2VA 1XHYA 1DMBA 3H6TA 3I3VA 2DYXA 2ZYOA 2NWJA 3V83A 3U8QA 1Y3PA 3G3KA 2DDKA 2FBPA 2V25A 2F5XA 5ET6A 3NOHA 1R9LA 2QPQA 1SDXA 2O1MA 5F7VA 4O94A 1B4ZA 3N26A 2RF1A 4BDRA 3Q26A 1FJ6A 3WAFA 4POWA 3TPAA 4G4PA 5EHSA 3W9VA 4R6HA 3GYYA 3QUFA 1Z7NE 1QGXA 4MIJA 1NNTA 1SPIA 5CRYA 3MP8A 2QL3A 3VXBA 4ELRA 3RNNA 4ELQA 3FIRA 2DXYA 2FHYA 4OEVA 1BIYA 1B3HA 4P8BA 4QHQA 1IXIA 4P47A 2ZZXA 4AB6A 3O6GA 1NV3A 4OMBA 4YU0A 2F8DA 2GHBA 3M3LA 1N84A 3KOTA 4IO3A 4PQJA 1POY1 3FXUA 4XKPA 4DXUA 1GGGA 4F31B 1LCTA 1WDNA 1MQHA 4ZZAA 4KQPA 4E0WA 2KR0A 2B3FA 4GXAA 1VR5A 1Y3QA 2CZLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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