1Y3NA

Structure of algq1, alginate-binding protein, complexed with an alginate disaccharide
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Direct Evidence for Sphingomonas sp. A1 Periplasmic Proteins as Macromolecule-Binding Proteins Associated with the ABC Transporter: Molecular Insights into Alginate Transport in the Periplasm(,)
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords AlgQ1
total genus 172
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y3nA02
3G3FA 4G8NA 3H3GA 3IB1A 2XXHA 1J1NA 4L17A 2AYSA 1B3HA 2V25A 1SDXA 3FXUA 1Y3PA 3V8XB 1H76A 3K2DA 4UA8A 2PT1A 4FIMA 1D9YA 2XXQA 2XXTA 4KYEA 4LATA 1I6QA 3V89B 4R6HA 2IA4A 1UIUA 1I6AA 1MXXA 4E0WA 5IAIA 1A8FA 1TFAA 3MBPA 3VLUA 2AIXA 3PMWA 4F3BA 1SQYA 1AIVA 1MXUA 2ONSA 3FVGA 4H6DA 2QS3A 3QSLA 3IJXB 4KYSA 1MH3A 2OJTA 3LSXA 2Z8EA 1R9QA 1SYIA 2O69A 5DVJA 3RGYA 1MQJA 1NNKA 1LCFA 4F3PA 5CBRA 1DTZA 1USYH 3BKIB 4QHQA 2ABHA 1BLFA 4QF9A 1M5DA 3MZ1A 3OOAA 4P0IA 3D4CA 1GVCA 2FA7A 5CBSA 5HPQA 1MRPA 1PDAA 2DE2A 3EHTA 1B58A 1FQFA 1ANFA 2Z8DA 5HM4B 1FQEA 2R71A 3PPPA 4H1XA 1SBPA 4X1BA 3U94A 4TLLB 3FATA 2Q2AA 3VLVA 1MY0A 2YPNA 1B2HA 1N7WA 5AA2A 3IJOB 4ISUA 4HW8A 3CFLA 1Z7ME 4DXCA 4GD5A 4YKIA 5TP9A 1MPCA 2D5WA 3FJGA 3KOTA 4I9DA 1MQIA 3BFTA 4R73A 3N6UA 4G2ZA 4Z0IA 5FHNA 1T0KA 5DTBA 4HS7A 1Q35A 1ELJA 4HCWA 4AQ4A 3V83A 1Y20A 3U1OA 4OESA 1M5BA 4U1ZA 1FQBA 1FTMA 2YLNA 1URGA 5TPAA 3OSRA 4FATA 3I6VA 5KDTB 1OQGA 3VLWA 4QFPA 3U8QA 2VHAA 4OHNA 5A5XB 1PB8A 2DWHA 3IK6B 3O28A 4R2FA 5K2YA 5K2XA 3SEXA 4C1UA 4YMAA 5JK4A 5B7DA 4DZ1A 3FD3A 3ILUB 1NL5A 3G3IA 1IXIA 1N3WA 1VR5A 1IZ1A 3M3LA 2RC9A 1KWHA 5A5XA 1DPPA 3T9UA 4OTEA 4KCDA 3O2AA 4IY6A 4KQPA 3K02A 2ONKE 1OIBA 4XKQA 2DE3A 1B7HA 3T22A 1LBBA 3S9MC 1SI1A 1SYHA 1MDP1 2I0BA 2I4BA 2Q8JA 5AA4B 3S9LC 1XVYA 1NFTA 5HBCA 3G3GA 3MW0A 3ZKKA 5I56A 2PVUA 3VXBA 2Q9TA 3PUXE 1B40A 1VFDA 1S7YA 5I58B 5I58A 3EQ1A 4U1OA 1MPBA 4TQUQ 1WDNA 3TPAA 5CM6A 4NTLA 3EF7A 1LBCA 1FTOA 4KI0E 3CFXA 4OWDA 5B70A 1VSOA 2E1SA 1MDQA 1FTKA 2O51A 3O6IA 1LAXA 2DWAA 1MQHA 3ILTB 3QUJA 3R26A 1ATGA 4N13A 3TCFA 1NNTA 3TQLA 3C31A 5JEIA 5BUUA 3S9NC 2VOZA 3DLNA 4THIA 3H6VA 2I48A 1BIYA 1Y4TA 3ECRA 1B1HA 3H6TA 1RKMA 1SW4A 2Q2CA 3FIRA 5AA2B 4F2QA 2H5YA 2OCUA 3T9XB 1O7TA 4OERA 1DTGA 3U92A 3RT6B 1Y1ZA 1S50A 4ZS9A 1B5IA 3USDA 5I59B 1OQHA 1EZ9A 3IOUA 1B3GA 4KHZE 4ND9A 3S4UA 1FTJA 4U23A 2XX8A 3G3HA 5LOMA 5ISUA 5I56B 5TU0A 1IEJA 3OENA 3CVGA 3OEMA 3UN6A 1JEUA 5KCJA 3ODBA 1R6ZA 5H8HA 1SW1A 2A5TA 3F11A 2A5TB 2G93A 3FV2A 4OVJA 1XHYA 1N04A 1YPNA 3EN3A 3DM0A 4G77A 4Q30B 1IXHA 3TMGA 3GLBA 1B7UA 3MVZA 2X7PA 3FGSA 3K6VA 3SERA 4PP0A 4YKPA 3K1MA 1R1NA 1N0TA 3C34A 2UYFA 5DVFA 3LR1A 3PMXA 2HEUA 4RNSA 3K6UA 2HCAA 2XXXA 3MZBA 1XC1A 4XKNA 3TDJA 4LZ8A 5CMBA 4G68B 1QULA 4WKMA 3TTNA 3LBSA 3N5LA 4OQOA 5CI5A 2ZNTA 1XS5A 3R7XA 4R2BA 3KSXA 1FTLA 3RUMA 3IB2A 1A55A 1XVXA 4ZZAA 3BFUA 4ECFA 3HO7A 1MH4A 1URDA 3H6WA 3UGWA 3ZS6A 5L9OA 1IUDA 2RF1A 3G3KA 1IIWA 1MY3A 4EQ7A 1SW2A 2ZNUA 3LC8A 3O97A 2ANJA 1NNFA 2B3FA 2H25A 3D4GA 3LSFB 1URSA 2CMOA 3PD8A 3PU5A 4G8MA 3TODA 4F3GA 5I2KA 5I57B 4POXA 1SI0A 3DP6A 5F1QA 4GRKA 3TCGA 4DE8A 2QS4A 1ZU0A 5DT6A 4DXUA 2ZYOA 5EHSA 2WKYA 4GQOA 4QRZA 3SDFA 1HSLA 2VP1A 2G29A 2ZYKA 2OBGA 2UYEA 2VD2A 3A09A 1UTHA 4NMYA 4WEPA 4IO2A 4X48A 3TAJA 3TFLA 4R75A 3PPRA 3TCHA 4BDQA 4R74A 1JEVA 1UIVA 1WVJA 4O3CA 4F1VA 3N26A 4GF8A 4PETA 3IOWA 1YTVA 2GRVA 2XXWA 3RTFB 2O84X 3H06B 3U72A 4R72A 4OMBA 4ESWA 5J1DA 1QVSA 5DVIA 5BWJA 3S9EA 2V3QA 3JV9A 1US4A 1CE2A 1P1UA 1Y3NA 4N6PA 5H8QA 5H8NA 1FW0A 1FQAA 1B3LA 5JTYA 1SVXB 2THIA 2VD3A 4ZEFA 2Z22A 3M8UA 4DXBA 2H98A 1CB6A 2F97A 4OFLA 2ZMBA 1QW0A 1SD3A 3CIJA 2XXUA 3H03A 1UTBA 3L6GA 1B3FA 3MP1A 2I0CA 3OEKA 2ZYMA 4RY1A 1LB9A 4ZE8A 2F6PA 1MXWA 3O9PA 3PPQA 5H8QB 3CSBA 5JTYB 3UORA 1ZIUA 5H8NB 2DXYA 3PUWE 2F6GA 1O64A 1BTJA 4YZZA 3TZAA 4F3SA 3K1NA 3IR1A 4BDRA 3LUYA 1IXGA 1XT8A 2RCBA 4P11A 3R6UA 1I6BA 3BBRA 3K6WA 3ONMA 4H8JA 3JYRA 4LVQA 4PFYA 1M5EA 4XKPA 1EZOA 3I5OA 3FASA 5ELVA 2O7IA 2H4IA 1B4HA 4NEDA 4Z7EA 5AE4A 4OXVA 2I58A 3DP4A 2RKMA 3FV1A 3PUZE 3SEUA 5ICTA 3FVKA 4RK2A 1F9BA 3IX1A 4MFIA 4DDDA 4BLAA 1D9VA 3UIFA 3C36A 1N84A 4I8CA 1PB7A 4LQ2A 2ONRA 3QIMA 3TYHA 1II5A 2XXRA 1NH7A 2F34A 3FXRA 5I2NA 3A3CA 3SEVA 2HZKA 2DWIA 3O6HA 1FCKA 3OO9A 2NUVA 3H6UA 4F22A 5CC2A 1N3XA 3E4RA 1LSTA 4GIZA 3RT8A 1SW5A 2RINA 3HCQA 4JWOA 4UACA 5H8FB 3A3UA 1US5A 1LLSA 2W7YA 4ZEBA 3PUVE 4QFOA 3M3FA 5DEXA 4EF1A 5F7VA 4G68A 5EHMA 3FVOA 2PT2A 4PE5B 4GLIA 4OENA 1YAEA 2Z23A 3RLFE 4XKRA 4AB5A 4G4PA 3SESA 4C0RA 2V93A 3KFMA 3TQWA 1Y9UA 2HFBA 2QRYA 2Z8FA 1MQGA 4EDPA 2H99A 3IAZA 4QSDA 1AMFA 1MG1A 3IL1B 2VGQA 5KZTA 4JWXA 2NWJA 1EH3A 2B3BA 3VVEA 2I49A 2D21A 3MAMA 4LZ5A 4H67A 2AL4A 4U22A 1JVXA 5L9SA 3IB0A 4FAJA 1TWYA 3K01A 4M4GA 4XIGQ 5EYFA 4GL0A 1LFHA 1TT1A 2Q88A 4Q8RA 5ITOA 3QK6A 2V3TA 1RYXA 2NVUB 3OSQA 2PMSA 2O6AA 4DIGA 1FQCA 1HSJA 3TTKA 2UVHA 1A8EA 1QUJA 2P0SA 5L9MA 4QFKA 1YCJA 3ZSFA 4FECA 3PV0E 3C4MA 2DOJA 4GL8A 4NF8B 4DCYA 3N6TA 3N94A 3KN7A 1WODA 2F7AA 3WAEA 3KN3A 2F7CA 3KN8A 3RQTA 3HHGA 1VFEA 3CI8A 3K1PA 4OFJA 4PFWA 4WXJA 1L5TA 4RK9A 4EQBA 2RC8A 1ZLQA 4NF5A 4YU0A 1B3EA 3DELB 4MF3A 1LAGE 2A5SA 3OD7A 4MLQA 4O3BA 3IOTA 2CZLA 4R6YA 2FYIA 4RPOA 4NF4B 2AL5A 5CRYA 4U2RA 2I6EA 5AA1A 1Y4CA 3OO7A 2DS9A 4OZ9A 4IO6A 3MQ9A 4OEVA 2DE4A 4OYVA 3SKPA 2NXOA 4M1VA 4TLMB 1A40A 1LAHE 1ZJLA 2F8DA 4DLDA 3JZJA 4PFUA 2XX7A 3E3KA 4NE4A 4JSDA 2E0SA 4OEUA 4NF4A 3K4UA 4F18A 1AOVA 4U4SA 1Z7NE 3Q29A 3T96B 2OWSA 1LFIA 2HZLA 4QFNA 1JNFA 1RYOA 1ZKBA 3KBRA 3GZGA 4H5FA 5H8SA 3SEYA 4YB5A 3MVYA 4F2OA 3C9HA 2QS2A 3FZVA 3KJ7A 3T66A 1GGGA 3CR9A 3FXQA 1HSEA 3EPEA 3UK4A 3W9VA 4ESXA 1P1WA 4YAHX 4EXLA 5I59A 4DCXA 4ELPA 1Y3QA 5FTIA 1D4NA 1JW5A 3QXMA 4GFRA 1R9LA 1USYE 4R9FA 5CMCA 3QYTA 1JVYA 2QMXA 1LB8A 3EHSA 3PMVA 4R6KA 3HPIA 2DWJA 4PQJA 4RPNA 3DP8A 3H4ZA 3O29A 1B5HA 2ALUA 3MPKA 1OVBA 3WAFA 2QS1A 1IITA 3CSGA 4GVOA 4F29A 1MM7A 4FEBA 2XXPA 4N07A 2QL3A 5H8HB 1B46A 2Q89A 2XXVA 3O66A 5AA3A 3FJ7A 3MP6A 1LAFE 4YKJA 4ZZEA 1B9JA 4NF8A 2IEEA 1Q1KA 2FNCA 3TTMA 3RNNA 2Y7WA 3IO6A 1MS7A 3IOVA 2R9JA 2DSFA 1OLAA 3PUYE 4X9TA 1PC3A 4ELRA 3LSWA 5I2NB 1ZMGA 1B7ZA 3IORA 1PEBA 2V3UA 1MXVA 2XXYA 4GXAA 2X26A 4U4XA 1A54A 3SEWA 1M5FA 4KYDA 1H44A 3TEPA 1MXYA 2Y7IA 2UVGA 2I3WA 4IO5A 3HV1A 3CG1A 4NF6A 4BDNA 3TUSA 2Y7KA 2QMWA 2ESNA 4JBZA 2DP8A 1EU8A 2M8CA 2DXRA 1AL3A 4ONYA 1BKAA 3U93A 2DVCA 1A7LA 1M5CA 2RCAA 2XXIA 4PFTA 4GWOA 4IY5A 3MUQA 1NH8A 4KCCA 3OMBA 5ICQA 3MC2A 4U21A 4X1DA 5TPAB 1MXZA 3K0VA 1B6HA 4IGTA 3KG2A 4LP2B 2YJPA 4FEDA 1DMBA 4XTCQ 3MP8A 2QJEA 4FE8A 5DYHA 1B05A 2O7UA 4R9GA 1XOCA 1EZPA 2PX1A 1GR2A 3MVXA 4FORA 2NOOA 4KD5A 3AXFA 4LZ7A 1B0HA 2UVJA 4RA1A 4O3AA 1QJMA 2I4CA 2QPQA 1B0LA 4H65A 4LQ5A 3RTWB 3G7WA 4I1DA 3PGFA 3KOSA 3VFJA 2I3VA 4Q5TA 3PD9A 2UXAA 3Q28A 3VVDA 3KSJA 4YMBA 3OO6A 5FHMA 4TOZA 1MPDA 4F1UA 5IKBA 3L6HA 1VE4A 2F36A 2O1LA 2R6GE 3B7DA 3RN8A 5I57A 3KJTA 4EXKA 2OK2A 4LUBA 4ZEDA 4I62A 2XD2A 4POWA 2X7QA 4IGRA 1POTA 4JSOA 3VV5A 5KDTA 2RC7A 3W9WA 1QUIA 5M2VA 3VVFA 1UTBB 1IQ7A 3Q27A 3UA8A 2B65A 3C32A 4P0GA 4K3FA 4BDLA 1OVTA 5H8FA 1B1XA 3PPOA 3MWBA 4ELOA 2OLBA 4KPTA 4F31B 3VDFA 3E13X 4KR5A 4QSCA 3I3VA 5TP9B 1JETA 4LONB 1H3DA 4JXIA 4G8HA 4IO7A 3OXNA 1B51A 2F78A 4F19A 2V84A 1NMUA 2ZYNA 1PBPA 3CFZA 4ZDMA 3O6GA 3TTRA 4AB6A 1UQWA 1N7XA 4NF5B 1MY4A 3K00A 2O68A 4NF6B 4GXSB 3PPNA 4HCYA 2Y7PA 4HTGA 4H8IA 4YB6A 1B32A 1MQDA 4G68C 3OO8A 2DYXA 4H0WA 1AH5A 3GXAA 1POY1 1LGBC 3B6TA 3TELA 4EQ9A 5KCJB 2F35A 3M3KA 4YKKA 4MLVA 3TTLA 1LFGA 1S9TA 1A99A 2H9BA 3LSLA 4ZEIA 5L8DA 3T9VA 1JQFA 4NWCA 3GBAA 4C1TA 2GHAA 1TFDA 1IXCA 4RXLA 4QFLA 4XXUA 1JW1A 4WEDA 1H43A 3RY3A 3SETA 3HHFA 2KLFA 1B4ZA 1ZTYA 1B52A 2XX9A 4KFQA 1GV8A 4H5GA 2LAOA 2P2AA 2ZNSA 4FJPA 3RPWA 3FVNA 4F39A 1NNPA 2D3IA 1TXFA 4LA9A 1LCTA 4MBPA 3VXCA 1UTHB 4F1YA 3FUZA 4MH5A 2XD3A 3HN0A 4EF2A 2REJA 2XHDA 1NKXA 3E9XA 3QUFA 3S2VA 5FHOA 5CMKA 2GHBA 4ZE9A 1OMPA 3P7IA 4ZECA 2HXWA 3CRBA 4QSEA 3GBBA 4JWYA 4NWDA 1D3KA 2Y7RA 2ZXTA 3MPLA 4Q0CA 3W15C 5AA4A 2GFEA 1QUKA 2GH9A 1P1OA 3KEIA 5I2KB 3VE1B 3MVWA 3THIA 1DSNA 2PBWA 3KZGA 1FQDA 3G3JA 1JW4A 2HQ0A 3B6WA 1MM6A 1MY2A 1P99A 2OZZA 3V5AA 1B5JA 1OLCA 3MZ9A 1Y1MA 5ITPA 3HSTA 2O1MA 1DPEA 4YICA 3ZKLA 2P1SA 5AA2D 3UP9A 4OFOA 2OWTA 4JB7A 1N76A 3QAXA 4BDOA 3H7MA 3C33A 2REGA 1DOTA 3IO4A 2UVIA 5CMMA 3Q26A 1I69A 2F7BA 3C35A 3CG3A 1P1QA 3MJNA 3Q25A 4GOTA 4IB2A 4ZEKA 3EHUA 4IO3A 5FTHA 3FJMA 3OELA 4ELQA 3T93B 1PB9A 3KGCA 3T9HB 2HAVA 2PYYA 1QKBA 2HAUA 3K6XA 1BP5A 2DQVA 4OETA 2BJJX 4JDFA 2DVZA 4RJZA 1O63A 2Y84A 1GTKA 5DEXB 4RYAA 4IO4A 1P1NA 4E0XA 2F5XA 4EUOA 1PBQA 4BDMA 4YB7A 3B6QA 3TKDA 1QKAA 5I84A 1H45A 2QSXA 1ZBMA 1MY1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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