2F6PA

Benm effector binding domain- semet derivative
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
b'KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
source organism Acinetobacter baylyi
molecule tags Gene regulation
total genus 66
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6pA02
4POWA 2R9JA 3M3KA 4FORA 5DTBA 4BDNA 4QSDA 3CSGA 2GFEA 1H45A 2O6AA 2D21A 2XXVA 4RY1A 4N6PA 4AQ4A 1MPBA 2FA7A 4ELOA 1HSEA 3CSBA 1QUKA 3TMGA 2VP1A 1SI1A 4M4GA 2QMXA 5JK4A 3QUJA 1FQEA 1MS7A 1UTHB 3Q28A 3UIFA 3KOTA 4PP0A 1R6ZA 1IITA 3RUMA 4YZZA 1B6HA 3D4GA 3FXUA 4G2ZA 4XKRA 5AA3A 3DP8A 1AMFA 1Y4TA 1O63A 4HCWA 4ELPA 4EQ9A 3OOAA 1FQBA 4PETA 3MP1A 2O1MA 4DDDA 2RC7A 3PUVE 5BUUA 2HEUA 2DWIA 4GL0A 1VR5A 3R7XA 4R73A 4DXUA 1OQGA 2F78A 1OLCA 4IO5A 2F7AA 1MY2A 1IXCA 4U2RA 5L9OA 5TU0A 4NWDA 1MXVA 2OLBA 3C36A 3MVWA 1II5A 1BP5A 1B0LA 3CFZA 2ZMBA 2QRYA 2Z8EA 3L6HA 1MY3A 3OELA 4MLQA 3PMXA 2B65A 3PGFA 3O6IA 3KJTA 1SD3A 2GHAA 3FVKA 1FCKA 5TPAA 4RK2A 1WODA 1B46A 4OFJA 5AA2B 3CG3A 3O6GA 2YLNA 3T93B 4BDQA 5L8DA 3IO4A 2Q2CA 4G8MA 1LSTA 2Y7PA 5AA1A 4TLMB 4OEVA 1B4HA 2DWAA 3B6WA 3EHSA 3TCGA 2I3WA 4LATA 2PT1A 4OFOA 2ABHA 1MDP1 1ANFA 4R74A 1LAGE 2Q8JA 2XXUA 2I49A 3H6VA 1UQWA 4F1VA 3T9HB 3SESA 3LC8A 1PB8A 4ZE8A 3D4CA 1JQFA 1KWHA 1SW4A 2XXQA 3KJ7A 1B32A 1OQHA 4F3BA 2DE4A 3QYTA 4LZ7A 1RYOA 2CZLA 2Y7KA 1EZPA 4IY5A 3PUZE 4XXUA 4XKQA 2DXYA 5CM6A 3TYHA 1USYH 4AB6A 5TP9A 4GXAA 1LFHA 1FTKA 2Q89A 3EQ1A 1R1NA 1DMBA 2ONRA 3K6XA 1LAXA 3IB0A 3PPQA 3W9VA 5FTIA 3C33A 5H8QA 4F39A 5L9SA 2O51A 5H8HA 3PPNA 3SEWA 3OO6A 3V5AA 4GWOA 4ZEIA 3FXQA 3MZBA 2V3TA 1B3HA 1Y3PA 4DLDA 3R26A 5EHMA 3K6VA 5CBSA 4OENA 1UTBB 3ILTB 1OLAA 3LR1A 4KFQA 1JEVA 2QS2A 3FIRA 1NFTA 3KGCA 2ZYNA 4FE8A 3WAFA 4GQOA 4LA9A 1Q1KA 4NF5A 5FHNA 3B6QA 4NF8A 2I48A 4DIGA 1PC3A 3RLFE 3TCFA 4OHNA 3TUSA 1TWYA 4OERA 1MRPA 2HAUA 3LBSA 4EXKA 5H8HB 3R6UA 4LQ5A 2HAVA 3FV2A 1URSA 1H76A 4KYSA 4DE8A 4WEDA 4R9GA 4M1VA 3SEYA 3VVEA 1MPDA 4XIGQ 2XXXA 2P1SA 3IR1A 1LAFE 2E1SA 1JEUA 2O7UA 3OEMA 3RGYA 3A3UA 1EZOA 3IK6B 1USYE 1MM6A 4U1OA 5ICQA 1MQHA 4NF8B 2A5TB 2XXHA 3I6VA 1MY1A 3VDFA 2HZLA 4KYDA 4LZ8A 1DSNA 3OD7A 5CRYA 3G3HA 3O28A 1IXIA 4H0WA 3OXNA 5I56A 2VHAA 3S4UA 5KDTB 3THIA 1URDA 1LBBA 2Y7RA 3H6UA 1M5DA 1MQIA 2OJTA 2REGA 3FJ7A 2ONSA 4Q8RA 4BDRA 3MW0A 2ZYKA 4KPTA 4H8JA 3W9WA 4WEPA 4GIZA 2DS9A 3UA8A 3UGWA 1B7ZA 1QUJA 1MY4A 1A8FA 2HZKA 3DLNA 2FNCA 4MFIA 5FHMA 1N7WA 2BJJX 3MVZA 4F18A 3L6GA 2I0BA 2F6GA 3Q26A 4MLVA 1XT8A 4GOTA 1I6BA 2ZNSA 1SBPA 2W7YA 4LONB 2NXOA 4RPOA 5I56B 4GF8A 3VLUA 1POY1 3FUZA 2O1LA 1N0TA 4OMBA 1M5EA 1YCJA 3SDFA 4UA8A 2V3UA 4Q5TA 4C1UA 2GHBA 1WVJA 1JVYA 4F2QA 2VOZA 2OWTA 5H8NB 3VXBA 3G3GA 5F1QA 2UYEA 3MBPA 3GXAA 4YAHX 4E0XA 2VGQA 3HPIA 3JZJA 4YB5A 3FVOA 5CC2A 3N6UA 4KR5A 4NEDA 1B58A 3Q29A 4FECA 1UTHA 4QSEA 5I58A 4DCXA 4Z0IA 3LSWA 1BTJA 4QSCA 3H3GA 3ZSFA 5ISUA 3BFUA 2I4BA 3H4ZA 1H3DA 4MF3A 2REJA 3C35A 3K00A 2NOOA 3ZS6A 1B4ZA 2PVUA 1AIVA 5CMCA 3FZVA 2QS4A 1MXYA 3IOUA 3QXMA 1IXHA 1B52A 3IOTA 4N07A 5DVFA 1H43A 5K2YA 1XS5A 4QF9A 3CVGA 4FIMA 2RC8A 3CI8A 4QFOA 3IB2A 3TTKA 4OWDA 1SW5A 2O84X 4RPNA 3MPKA 5I58B 1US4A 3K6WA 1B5HA 2Y7IA 1MDQA 1N3WA 5EYFA 1EU8A 1IUDA 4KI0E 1GTKA 4LZ5A 1P1WA 1XHYA 2I58A 1AH5A 3PU5A 3KSXA 4OYVA 1BIYA 1D3KA 4ZZAA 5KCJA 3USDA 2V93A 5AA2A 1ZKBA 5CMKA 2NWJA 2UXAA 2E0SA 3H03A 2THIA 2IEEA 1MH4A 1LCTA 4G68C 3K4UA 3DP4A 3K1NA 4G77A 4IO7A 1OIBA 4YB6A 3SEUA 2UVGA 1OVBA 3PD9A 4ZEFA 3RT8A 3IB1A 2QS3A 4QHQA 3SETA 3T9XB 3T22A 2O69A 3K0VA 3H6WA 3V83A 4DXCA 5BWJA 2Q9TA 2Q2AA 3TKDA 4LQ2A 3VFJA 1R9LA 1QW0A 1A55A 2O7IA 4OZ9A 5AE4A 3TPAA 1Y3QA 1OVTA 1Y1MA 1JNFA 4ZS9A 4YICA 1B5JA 2RCBA 5HPQA 3PUWE 4F1YA 1QKAA 2UVIA 3RTFB 4JB7A 5KCJB 4ZZEA 2O68A 2VD2A 2XXTA 3SERA 4ELRA 4I9DA 1CB6A 4DXBA 4FJPA 2R71A 3KFMA 3RQTA 4ZEDA 4Q0CA 4XKPA 4C1TA 2XX9A 3A09A 4K3FA 3HCQA 4O3AA 3U93A 3OO7A 3VLVA 4OTEA 3DP6A 1PB9A 4ZECA 4F1UA 1WDNA 3UORA 3IJXB 4YKPA 2YPNA 4OFLA 4YB7A 3TTMA 3FATA 3S9NC 1B05A 4E0WA 4QFPA 5HBCA 5ITPA 1PB7A 3IAZA 1R9QA 3N6TA 1B9JA 3DELB 1US5A 5DVJA 4XKNA 3GLBA 1GR2A 4DCYA 2ZNUA 3AXFA 4THIA 1PDAA 3SEXA 4BDLA 1UIVA 1D9VA 1ZBMA 1B5IA 4PFTA 1UTBA 2M8CA 1ZU0A 4HS7A 4F22A 3C4MA 5DEXA 2DVCA 3OMBA 4F3PA 4NTLA 4U23A 3PMVA 1JW5A 2ZNTA 2DXRA 4U4XA 1S7YA 4IO2A 4LUBA 4IGRA 2D5WA 4ZEKA 3U72A 3SEVA 1GVCA 3CG1A 5ITOA 4BDOA 3DM0A 2B3FA 3H06B 1SQYA 4JWYA 3TTRA 2ONKE 3KSJA 4OXVA 3KN3A 4ZE9A 4YKIA 3P7IA 4KHZE 1XOCA 4H1XA 4RA1A 1B7HA 4JBZA 1FQCA 1N3XA 5A5XB 1DTGA 4F29A 3TDJA 2QMWA 4O3CA 2XD2A 1P1NA 3OO8A 3S9LC 3EHTA 5DEXB 4QFNA 4PFUA 4H67A 2F7BA 5K2XA 1JW4A 3MZ1A 2RF1A 1JVXA 2G93A 4OVJA 3F11A 1Y1ZA 4G4PA 2A5TA 5CMBA 1LGBC 1P1QA 2DWHA 4UACA 1Y3NA 4GFRA 3LSFB 5F7VA 3IL1B 1MXZA 1IEJA 3TEPA 5KDTA 4LVQA 2FYIA 1LAHE 3TQWA 1S50A 1ELJA 1JETA 3G3FA 3ECRA 3CFLA 2X26A 3CFXA 3IX1A 2QPQA 1FTLA 1N04A 4GRKA 2LAOA 4OQOA 4C0RA 5I2NB 4HW8A 4P11A 1NMUA 3QIMA 1ZMGA 3OO9A 3H7MA 4NF6A 4KD5A 1LCFA 1NH7A 3SKPA 2PT2A 3MP6A 1SVXB 3TQLA 1RYXA 2XXIA 3ILUB 3K2DA 1IZ1A 4R72A 1M5FA 5B70A 1B3EA 4O3BA 4GL8A 3TAJA 4JWXA 2Q88A 3LSLA 3TFLA 3W15C 4HTGA 3K01A 1P99A 1M5CA 1TXFA 5I2KA 3E4RA 4AB5A 3E13X 4YKKA 1B51A 3JYRA 1QJMA 2PX1A 1GV8A 2V25A 5H8NA 1L5TA 2OCUA 1PBPA 1TFDA 1D4NA 5JTYB 1FTMA 2RCAA 3OENA 1LFIA 4NF6B 2ANJA 2D3IA 4ESXA 4GLIA 4ZEBA 3IORA 3RT6B 2F5XA 2H9BA 1JW1A 3RPWA 3FGSA 1P1OA 2ZYOA 3IOVA 1MG1A 1NNKA 3KBRA 2PYYA 4ISUA 1Y9UA 1FQAA 3T9VA 3K1MA 1D9YA 4ESWA 1B1HA 1LFGA 3IOWA 4FAJA 5I2KB 2DWJA 1S9TA 1P1UA 3EF7A 3KZGA 5ELVA 3PPRA 3HN0A 3B7DA 2H25A 1QULA 1VE4A 4F31B 3UK4A 2VD3A 2XHDA 2NUVA 2QS1A 1A54A 4F3SA 5KZTA 3O66A 3Q27A 1PEBA 3MQ9A 1IIWA 1SW1A 3VE1B 1XC1A 4DZ1A 3MWBA 1YAEA 3GBBA 3EN3A 1BLFA 4PFWA 4YU0A 3T9UA 3N5LA 3FD3A 1HSJA 5I59A 2ZYMA 1MH3A 2H98A 4F3GA 1NKXA 3CR9A 5FTHA 3MZ9A 1FW0A 3K6UA 4EXLA 3PV0E 1CE2A 4IO6A 2QL3A 2HQ0A 2XXWA 1B3LA 1PBQA 4RK9A 2XX8A 3LSXA 3UP9A 1B3FA 2H4IA 3FJMA 1MM7A 2F36A 4JSOA 2AIXA 2A5SA 1UIUA 1LBCA 4IGTA 1MXWA 2F97A 2ALUA 1DTZA 1A99A 2DSFA 4JDFA 5AA4B 4NE4A 1SDXA 1Q35A 2P2AA 2IA4A 3KOSA 2HCAA 3Q25A 2PBWA 5I59B 3WAEA 2DYXA 1FQDA 5J1DA 1B1XA 4MH5A 3ZKKA 1NNFA 2V3QA 1GGGA 4L17A 1B40A 3ODBA 4QFKA 2DE3A 5IAIA 1Y20A 2H99A 3V89B 1ZJLA 1OMPA 3V8XB 4YMBA 1RKMA 3IJOB 1NL5A 3FJGA 2ESNA 3HV1A 1LB9A 5L9MA 4FATA 3I3VA 4X9TA 4PE5B 3S9EA 3FVNA 4R75A 5DYHA 1YPNA 4R9FA 1A7LA 5IKBA 3MP8A 1Z7ME 4PFYA 3G7WA 3CIJA 4NMYA 4GD5A 4QFLA 1AL3A 2OBGA 1LB8A 3MUQA 3BBRA 2XD3A 3FVGA 4NWCA 4HCYA 4R6KA 2DE2A 3TZAA 2F35A 1SYHA 2AYSA 1H44A 1QUIA 4P0IA 1TT1A 4WKMA 4OEUA 4X1DA 1J1NA 3RY3A 2YJPA 2KLFA 4ZDMA 2XX7A 3U8QA 1NH8A 3ZKLA 4G68A 4U21A 2Z23A 3H6TA 4TOZA 5HM4B 1N7XA 4MBPA 4RXLA 3VVFA 2G29A 1FTJA 1LLSA 4JWOA 4I1DA 1DPPA 2F7CA 3TELA 1ZLQA 4G8HA 3T96B 5TPAB 5H8SA 3O29A 3RN8A 3GZGA 1QVSA 3PUXE 3KN8A 2CMOA 3G3IA 5M2VA 4H5FA 4U4SA 1FQFA 3O2AA 3C9HA 5A5XA 2RINA 4I8CA 4KCCA 1MPCA 1ATGA 1MXXA 4TQUQ 4ECFA 1XVYA 4G68B 1Y4CA 4GVOA 4H5GA 2XXRA 1O64A 3GBAA 3MC2A 4XTCQ 1F9BA 3A3CA 4JXIA 1SW2A 4ONYA 4ELQA 1MQJA 3MAMA 3U92A 1B0HA 3E9XA 4IB2A 1POTA 3BFTA 3LUYA 3S2VA 4IY6A 3M3LA 3TODA 1URGA 1MXUA 1SYIA 1TFAA 5DT6A 3N26A 1IXGA 1SI0A 3O9PA 3RNNA 5EHSA 4R2FA 2Y7WA 5FHOA 2HFBA 3KG2A 4PQJA 2F34A 4H8IA 4EUOA 4ND9A 2GRVA 5AA2D 2I0CA 3C31A 5I2NA 2B3BA 1O7TA 4R2BA 1DPEA 1B3GA 3PMWA 5CBRA 4NF4A 4YKJA 1MQDA 4EQ7A 4X1BA 3C34A 2Y84A 2HXWA 1Z7NE 3VLWA 1XVXA 2UVJA 2XXYA 1YTVA 4RJZA 3B6TA 2WKYA 5TP9B 3U1OA 3VV5A 3OSRA 4YMAA 2DP8A 1MY0A 1T0KA 5CI5A 3EPEA 2OWSA 2GH9A 5H8QB 2XXPA 2P0SA 3K1PA 1NNPA 2DQVA 2RKMA 4POXA 5CMMA 4JSDA 3M8UA 3JV9A 1EZ9A 4N13A 1B2HA 4FEBA 2NVUB 2DOJA 4NF4B 4KCDA 5JTYA 3QK6A 4EF2A 2OK2A 3TCHA 2X7PA 2AL4A 5JEIA 3M3FA 1N84A 3T66A 5ICTA 2Z8DA 3G3KA 3PD8A 2QJEA 2UYFA 3IO6A 3MVYA 4NF5B 5I57A 3O97A 3U94A 1BKAA 4TLLB 3TTLA 5H8FA 5I84A 4OETA 3G3JA 1I69A 2I3VA 2RC9A 4X48A 2Z8FA 4R6HA 4RYAA 3QSLA 5LOMA 4G8NA 2H5YA 4U1ZA 2I6EA 4F19A 3BKIB 3TTNA 3HSTA 3QAXA 1ZIUA 1VSOA 2UVHA 2QSXA 3N94A 4RNSA 3ONMA 4I62A 3HHGA 4EDPA 3EHUA 4EF1A 3KN7A 1ZTYA 1EH3A 1DOTA 5I57B 2V84A 3FXRA 4F2OA 3HHFA 1I6AA 3OEKA 1B7UA 1A40A 1IQ7A 3QUFA 2X7QA 4Z7EA 4QRZA 2ZXTA 2PMSA 5H8FB 5DVIA 3CRBA 2I4CA 4H65A 1QKBA 1AOVA 2F6PA 1VFDA 3RTWB 2Z22A 3KEIA 1FTOA 3O6HA 3PPPA 2AL5A 3PUYE 4IO4A 1N76A 1I6QA 3S9MC 4WXJA 3E3KA 1NNTA 2OZZA 2F8DA 4BLAA 4KQPA 4FEDA 1VFEA 3FASA 4U22A 3MJNA 4KYEA 1A8EA 3VVDA 3PPOA 5B7DA 2DVZA 1M5BA 5AA4A 3VXCA 4OESA 3C32A 4EQBA 4Q30B 1MQGA 4P0GA 4LP2B 3K02A 4GXSB 1HSLA 3MVXA 4H6DA 3MPLA 3OSQA 4BDMA 4IO3A 3HO7A 4R6YA 3UN6A 3I5OA 2R6GE 3FV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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