2F6PA

Benm effector binding domain- semet derivative
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 66
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6pA02
1B52A 2R6GE 4RYAA 1B3EA 3MAMA 3FIRA 1R9LA 5HPQA 4Q5TA 1N3XA 3FXRA 5L9OA 3VVEA 4RK9A 5DT6A 2Z22A 2IA4A 3OD7A 3VLVA 1LBBA 2Q9TA 3C36A 1B4ZA 4ZE8A 4YAHX 3PPRA 5JEIA 5ITOA 4LATA 1USYE 3KSJA 3S4UA 4YMAA 1MXZA 2HQ0A 3L6HA 5I84A 3SEUA 3MPKA 4XKPA 4ECFA 4RK2A 4FECA 4F39A 4JWOA 5ELVA 4GWOA 5FHOA 2I6EA 4UA8A 2I49A 4GL8A 2G29A 2M8CA 4OVJA 4OMBA 4DDDA 2CZLA 2HXWA 1QULA 2DE3A 4H0WA 4YKKA 4EXKA 2XD3A 1UTHB 3TTMA 1TFAA 1FTJA 4L17A 4F29A 3OELA 3Q28A 3RLFE 5H8NA 3W9VA 3C35A 3VXCA 3ILTB 1MM7A 4OEUA 2QPQA 3KOSA 3MBPA 4H6DA 3HPIA 4F22A 1QW0A 4YB6A 4JXIA 5I56A 2NOOA 1R1NA 2RF1A 4KYDA 2LAOA 4ND9A 4NEDA 2VD3A 4R9FA 4GD5A 1NNFA 3TZAA 1B6HA 4TLMB 3OENA 4F1UA 2I58A 3IO6A 4PQJA 5KZTA 3EF7A 4EQBA 5TPAB 4HS7A 5DEXA 3A3UA 3T9HB 3B7DA 1IXHA 3R26A 1NMUA 4OYVA 4WEDA 1XVXA 5I2KA 4ZEDA 4DE8A 5JTYB 1CE2A 3GZGA 2I3VA 1MY4A 2XXXA 4TLLB 4IGRA 4U1ZA 4XTCQ 3UGWA 5H8HA 1B5HA 3N94A 4PP0A 5JK4A 1D4NA 1P1NA 1SI0A 1N04A 1ZIUA 1US5A 1M5EA 3U92A 4F2QA 4GXSB 2UVJA 4QSEA 4IB2A 2PVUA 3CSBA 3QXMA 5H8FA 3B6WA 3IOTA 5AA2A 1B4HA 2DXYA 3LSXA 2UXAA 1SW4A 1SW1A 3PGFA 2F7BA 1URGA 4GF8A 3V83A 4MH5A 1LCFA 3BFTA 5IAIA 1D9VA 1SBPA 2H5YA 1SD3A 4AQ4A 1Q35A 1IEJA 4I8CA 5AA1A 3KBRA 1MRPA 4QRZA 3A09A 2F36A 4PETA 5FHMA 1IXCA 3K6VA 4C1UA 1MQJA 3M3LA 5M2VA 4NF5A 3DP6A 1L5TA 4FAJA 4RNSA 1Y20A 1FTMA 1ZLQA 1Y3PA 1QJMA 4LA9A 4G68B 4IO7A 3SETA 1SI1A 1M5FA 2V93A 3E3KA 5AA2D 4ELRA 3K01A 3IB2A 1XHYA 1VSOA 4QFOA 2P0SA 3TODA 4RA1A 1DSNA 3K2DA 2B65A 1MY2A 1HSJA 1B1XA 2I4BA 2I0BA 4EUOA 1OLAA 4QSDA 3T66A 3VVDA 4NF8B 1MQGA 4XKRA 1LBCA 1JQFA 3MVZA 3E13X 3CSGA 3G3GA 1MY1A 2UVGA 2ZNSA 1ZMGA 1NH8A 3H6VA 3T22A 1XVYA 1JVXA 4ZEFA 3LC8A 4OFJA 3OO9A 2DXRA 3QUJA 1UIVA 5FHNA 1UTBA 3G7WA 2FA7A 4MF3A 3DELB 1FQBA 2GH9A 1Z7ME 4IO4A 1AL3A 1Y1ZA 3MQ9A 3TCFA 2F7AA 1Y4CA 1MH3A 4IY5A 5I57B 1GV8A 4H5FA 4OTEA 2A5TB 1R9QA 5DVFA 3TAJA 1PBPA 1P99A 3BFUA 3MPLA 3USDA 1A8FA 4DZ1A 4ZECA 1B3FA 2P2AA 3H6WA 1B9JA 4NMYA 4OENA 1NNTA 4R9GA 3AXFA 2D5WA 1FCKA 4DCYA 1S9TA 1PBQA 4EF2A 3FASA 1Z7NE 3PPQA 2ONKE 4BDLA 3IAZA 2O84X 1LAHE 2Y7WA 2DWAA 1TXFA 1FTKA 1YPNA 3THIA 3K1MA 1DTZA 4N07A 4GL0A 3M3FA 4O3AA 2E0SA 3MVYA 2XX8A 3LSFB 3VLWA 1S7YA 2XXPA 3MWBA 5CBRA 2I4CA 3FVOA 5CMMA 3ECRA 2PBWA 4KPTA 4GXAA 3FGSA 3SERA 4G4PA 1N7XA 4K3FA 4H8JA 4PFTA 1NFTA 2XXHA 1M5BA 3E9XA 3VVFA 3PUVE 2XXTA 3ONMA 1UTHA 1USYH 2OWTA 2X26A 3OSRA 4QSCA 2XXIA 4G2ZA 3ILUB 3TFLA 3HHFA 1OVBA 2ZXTA 3TCHA 1NNKA 2HZLA 3RNNA 3DM0A 3OOAA 1P1OA 3KN7A 4LUBA 5CC2A 2HEUA 1M5DA 2I0CA 2UYFA 3KJTA 2RC7A 3RTWB 2H98A 2QJEA 4RPNA 3TQWA 1VFEA 2Q2AA 5H8QB 3FJ7A 3KN8A 1RYXA 5JTYA 2ZYKA 3ZKLA 5B70A 3N6UA 3H3GA 3VLUA 5DVIA 2O1MA 1EZOA 3C31A 4JDFA 1H43A 2OCUA 1A54A 3IL1B 4M4GA 5FTIA 4Z7EA 3EHTA 4QFNA 4X1BA 2A5SA 4H65A 4YKJA 3O9PA 3PV0E 3CR9A 5KDTA 1B40A 1DOTA 3SESA 3KEIA 3TEPA 1N7WA 2Z23A 3RT6B 2DVCA 2XXVA 3O66A 2VHAA 3JYRA 4IGTA 3RTFB 1JNFA 2XHDA 2YLNA 4NF6B 4IO2A 4XKNA 3V8XB 5AE4A 1H76A 3H6UA 4EF1A 1EZPA 1N84A 4FORA 1BLFA 3MZBA 3RT8A 1H44A 3RY3A 3SEYA 4ESWA 1XC1A 1O7TA 4OFLA 4G8HA 4OERA 4JWXA 3SKPA 5CBSA 2I3WA 4HCYA 1B2HA 3VXBA 3K6WA 2ESNA 4DXUA 1OMPA 3M3KA 1JVYA 4G68A 3JV9A 3ZSFA 3GLBA 5CMCA 3H4ZA 3IJOB 1A8EA 1LAXA 4O3BA 1POTA 3W9WA 2QS3A 1EZ9A 4THIA 2QS4A 1N3WA 3B6TA 1LFHA 1PB7A 3MP8A 3G3KA 2ALUA 1NKXA 2NXOA 3ODBA 3MJNA 5ICQA 1DPEA 1I6AA 3IJXB 4U4XA 1B5JA 2DSFA 5CM6A 4MLQA 4NWDA 1FTOA 3IB0A 4YU0A 1XT8A 1AIVA 1OIBA 4H67A 1MXUA 1OQHA 1IZ1A 3CFXA 4Z0IA 3TTRA 4NF8A 2F6GA 3K02A 1FTLA 4FEDA 2F8DA 3HN0A 5EYFA 2I48A 3CFZA 4E0WA 1HSLA 1TT1A 4X48A 2HFBA 1AH5A 1FQAA 4DXBA 4PFWA 1D3KA 2ZYNA 2DE2A 4HCWA 3FV1A 4HTGA 1SVXB 4F3BA 4FIMA 4KCCA 3RGYA 4IO3A 2AIXA 4ZS9A 4OZ9A 1DTGA 5F7VA 4YICA 3KGCA 2AL5A 3PD9A 3C32A 3IORA 4JSOA 3PMVA 1B1HA 3TKDA 2D3IA 5KDTB 1GVCA 4BLAA 2VP1A 3C4MA 5I57A 2QS1A 3FUZA 2A5TA 2ABHA 4UACA 4WXJA 4JBZA 4U23A 1B51A 2F5XA 5A5XB 3K6XA 2Z8FA 3FVNA 4R74A 1BKAA 5CMKA 2DVZA 1N0TA 1O63A 3SEVA 3BKIB 3EPEA 4F2OA 4KYEA 2PT2A 2HCAA 3OEKA 5K2XA 4EQ7A 4FEBA 4XKQA 1Y1MA 3K1PA 4BDQA 5DTBA 4LONB 4KR5A 2AYSA 4GOTA 5CRYA 2Y7KA 3VFJA 3N6TA 1SW2A 3WAFA 3G3HA 4OFOA 1MY3A 1QKAA 1BIYA 2REGA 1BTJA 2KLFA 3DP8A 3MP1A 3VE1B 1FQFA 2V3TA 4QFKA 2H25A 3FVGA 1SW5A 4U4SA 1IITA 2QMXA 1MH4A 1B0LA 1LFGA 4LQ5A 5I59B 2PT1A 1XS5A 1YTVA 4G8NA 5DYHA 2OBGA 1IIWA 1EH3A 1FQCA 1ANFA 2ZYMA 1DMBA 2IEEA 4I1DA 2XXQA 3EQ1A 3PUZE 1B3HA 3U72A 2QL3A 2O69A 3RQTA 3QSLA 3C34A 4AB6A 2Z8EA 2HAVA 2PYYA 4X1DA 3Q27A 2PX1A 2Z8DA 4FATA 4C0RA 3A3CA 1II5A 1QKBA 2DYXA 2DS9A 4EQ9A 2H4IA 3PUWE 4ELOA 2XXYA 2NUVA 4NTLA 1LCTA 4XIGQ 3Q29A 3TYHA 3SEWA 4N6PA 1Y4TA 2ZMBA 4LZ5A 3H06B 4EXLA 3KOTA 5TP9B 4U2RA 3E4RA 1NNPA 5H8QA 3FXUA 4WKMA 4LVQA 4OESA 4R6KA 1BP5A 3PUYE 1LFIA 4AB5A 4NE4A 4HW8A 3O2AA 3QAXA 1TFDA 4QFPA 4GVOA 4U1OA 1VE4A 3UA8A 3GXAA 2OK2A 4FJPA 3U1OA 1RKMA 3I6VA 5ITPA 3C9HA 1IUDA 4KHZE 1Y9UA 2F34A 1CB6A 1ZJLA 3W15C 4DCXA 2DWIA 4OETA 1F9BA 4ELQA 4BDOA 5CMBA 4OXVA 1J1NA 4F3PA 1MQDA 1A55A 4NF6A 3TPAA 5L9SA 2VD2A 4F1YA 1OVTA 1Y3QA 3HCQA 1P1QA 3LR1A 3S9NC 5I2NA 3WAEA 4ZZEA 1MDQA 4OHNA 3T96B 3CG1A 1WVJA 2RINA 1YCJA 2RC8A 4MFIA 2PMSA 1UQWA 3T9UA 1N76A 3Q26A 1I69A 4ZE9A 4YB5A 4ELPA 2DQVA 1O64A 2V3UA 4JWYA 1MXYA 3MVXA 2DOJA 3IK6B 2XD2A 3SDFA 3Q25A 1GTKA 4LP2B 4NWCA 1T0KA 3U93A 5B7DA 1I6QA 3KG2A 3UIFA 1B46A 3G3JA 1B3LA 3DLNA 1I6BA 5AA4B 5KCJB 4ISUA 3KJ7A 2V84A 4QF9A 3S9MC 3MZ9A 4RPOA 4R6HA 3TQLA 2OLBA 1MM6A 3PMWA 4RJZA 2ZNUA 4P0GA 4KQPA 2HZKA 3KZGA 3H7MA 1ZTYA 1ZKBA 3LSWA 4BDRA 4G68C 3HSTA 5CI5A 1PB8A 4C1TA 3D4GA 3T9VA 1FQDA 1QVSA 5ISUA 5H8SA 1MXXA 3H03A 2RKMA 2ZYOA 1P1WA 1MG1A 3K6UA 2REJA 3FJGA 2O7IA 2F6PA 1IXIA 4RY1A 4KI0E 1H3DA 3LSLA 1JEVA 2Y7RA 4EDPA 4R2FA 3R7XA 5I58B 2R71A 1MXWA 4Q30B 2GRVA 3TDJA 4TQUQ 3S9LC 3CG3A 4RXLA 1LAFE 3T9XB 3VV5A 1SYHA 3CI8A 2XX7A 3K4UA 2V3QA 5A5XA 1A7LA 1LLSA 4DLDA 5I2NB 4U22A 3RN8A 3O97A 4XXUA 5F1QA 3F11A 3IOWA 3T93B 1AMFA 3TTKA 3HO7A 1B0HA 4IY6A 3QUFA 2DE4A 1JETA 4H5GA 2THIA 5ICTA 1UIUA 1M5CA 4R2BA 1TWYA 1ZBMA 1MQIA 1Q1KA 4ZEKA 3ZKKA 1SDXA 2Y84A 4OWDA 4GQOA 2BJJX 2RC9A 4F18A 1H45A 2H9BA 4POWA 2O68A 2O7UA 5I59A 3FZVA 2Q89A 1MDP1 2B3FA 2NVUB 4LZ7A 3PPOA 5L8DA 2ONSA 4F3SA 3ZS6A 3H6TA 4OEVA 1MPDA 3JZJA 3U94A 5EHSA 3L6GA 3FV2A 1B58A 1AOVA 1YAEA 4F3GA 1A40A 3OO6A 1B3GA 3CFLA 3MZ1A 3MC2A 1GR2A 3OEMA 2E1SA 3C33A 1P1UA 3OSQA 5DVJA 4IO6A 1B05A 1B7HA 4U21A 1OQGA 1KWHA 4PFYA 3VDFA 3FD3A 4LQ2A 1QUKA 1R6ZA 2QRYA 4X9TA 3KSXA 2FNCA 3K00A 1B5IA 5EHMA 5TP9A 1SQYA 3S2VA 3K1NA 3GBAA 3V89B 4BDNA 2DP8A 4G8MA 1VR5A 2OZZA 4I62A 2Q88A 3IR1A 3O28A 3FVKA 1DPPA 2DWHA 2O6AA 4MLVA 1EU8A 4N13A 4GLIA 1ZU0A 3PPNA 1LB8A 2XXUA 3CRBA 5HM4B 5LOMA 2YPNA 3QYTA 4BDMA 2HAUA 4F19A 3KN3A 3D4CA 3FJMA 3LBSA 4KD5A 3MW0A 4OQOA 4YB7A 1OLCA 1LSTA 2V25A 4IO5A 4P0IA 2Q2CA 2F7CA 4QFLA 3M8UA 3BBRA 3IX1A 3TCGA 2FYIA 4POXA 1MS7A 1SYIA 1HSEA 3CIJA 3TUSA 3IB1A 3EN3A 1NH7A 3PD8A 5H8NB 3P7IA 3O6HA 1URDA 4NF4A 4TOZA 4YKIA 1FQEA 4GIZA 3HV1A 1MXVA 2ANJA 1PC3A 1LGBC 1MPBA 3O6IA 1JW4A 4ZEIA 2W7YA 2NWJA 3I5OA 1WODA 4PE5B 2XX9A 3GBBA 5I56B 1POY1 2UVIA 1B7UA 5AA4A 5KCJA 1GGGA 2R9JA 3EHSA 1JW1A 4R75A 2ZNTA 5AA3A 4KYSA 4F31B 3QK6A 3UN6A 2XXRA 4YZZA 2F35A 5BUUA 2RCAA 3EHUA 3IO4A 5DEXB 1MPCA 1VFDA 4WEPA 2QMWA 3U8QA 3KFMA 3TMGA 4DIGA 2VGQA 1ELJA 5I2KB 3FATA 5H8HB 1A99A 3HHGA 3IOUA 4G77A 4DXCA 4KCDA 3DP4A 1FW0A 2P1SA 2RCBA 5H8FB 4MBPA 5AA2B 4ZEBA 1NL5A 2G93A 2UYEA 5I58A 3MUQA 4YKPA 3FXQA 1ATGA 2UVHA 3O6GA 3N26A 2Y7IA 3O29A 4GRKA 4R6YA 3B6QA 2OWSA 2YJPA 4ONYA 4H8IA 3LUYA 1MQHA 4O3CA 5IKBA 4Q0CA 2XXWA 4P11A 1PB9A 1URSA 1D9YA 4NF5B 3UP9A 3OO7A 3TELA 1PEBA 3S9EA 2O1LA 1JW5A 2DWJA 2ONRA 3G3FA 3OMBA 4H1XA 3UK4A 3MP6A 2Q8JA 1S50A 1JEUA 3OO8A 3K0VA 3SEXA 4E0XA 4NF4B 1XOCA 3CVGA 1B7ZA 4YMBA 1B32A 4I9DA 2X7QA 5HBCA 2QS2A 4R73A 2O51A 5K2YA 1US4A 1LB9A 1IQ7A 4R72A 3TTNA 4JB7A 3PMXA 4ESXA 5TU0A 3MVWA 3PUXE 2H99A 3TTLA 1WDNA 4FE8A 2X7PA 2B3BA 4KFQA 3PU5A 3RPWA 1PDAA 3PPPA 3UORA 4PFUA 4Q8RA 5FTHA 2GFEA 4ZZAA 2F78A 4M1VA 2VOZA 2GHBA 3IOVA 5J1DA 2OJTA 2D21A 4ZDMA 1Y3NA 4QHQA 1LAGE 2AL4A 2GHAA 3V5AA 3QIMA 3N5LA 2WKYA 1MY0A 5TPAA 1UTBB 1QUIA 4LZ8A 2Y7PA 3R6UA 2QSXA 3RUMA 1RYOA 5BWJA 2CMOA 5L9MA 3OXNA 3G3IA 4JSDA 2F97A 1IXGA 3I3VA 1QUJA 4F1VA 4GFRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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