5K2XA

Crystal structure of m. tuberculosis uspc (tetragonal crystal form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
414
structure length
414
Chain Sequence
PRGGKIVVTVRLWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNAYFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAAGVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQAIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSRNQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKHPDAVRQVLAWMGSTEGNSYLGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGPRIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAATQRKLAAALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sugar ABC transporter permease
total genus 141
structure length 414
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5k2xA00
2FA7A 4M1VA 3KG2A 1Y20A 4Q5TA 4OESA 1BLFA 4F3SA 3O66A 1FW0A 4HW8A 4NTLA 1IQ7A 2R71A 3QUFA 3RTFB 3FV2A 3TUSA 1MPDA 4LZ8A 1ATGA 4YB6A 3RY3A 3PMVA 1S9TA 4P0IA 5L9OA 2Y7IA 2XXXA 4JWXA 1GGGA 4E0XA 2VD3A 4POWA 4YKIA 4G2ZA 1FTOA 3QK6A 4F1VA 1FTKA 2I4BA 3H6TA 2ZNTA 1D4NA 1MXZA 1II5A 1UIUA 2XXQA 2F7CA 4XKQA 1D9YA 4ZECA 3TCFA 1MH3A 3B6WA 1Y9UA 1FQEA 1N3WA 4IGRA 2PT1A 4HCWA 2ALUA 4G8HA 1XC1A 2XXVA 4H0WA 2V3TA 4ZZAA 3PMXA 1IXCA 2GHBA 3USDA 3V89B 3DLNA 1PEBA 4X1DA 4KR5A 5DYHA 1I69A 2F5XA 1B7HA 3UORA 5H8QB 2ONKE 4U21A 5L9SA 1ZMGA 3K2DA 2AL4A 3V5AA 1M5EA 3OENA 3ZKKA 4ELQA 2XXYA 1TFAA 2F7BA 1JW1A 2YJPA 5H8NA 3A3UA 3MAMA 4QSCA 3TTRA 3T93B 5AA2D 5JK4A 1ZJLA 3RT8A 3OO7A 3TODA 3FASA 2F78A 2I48A 1FTLA 1LB9A 2FYIA 2Y7PA 4WXJA 5B7DA 4GL8A 3TTLA 4KYEA 3IO4A 3RN8A 2THIA 1DPEA 1DOTA 4QFNA 1FCKA 2DWHA 1FQFA 4DIGA 4UACA 5FHMA 2OLBA 2QL3A 4OFOA 2V93A 4I8CA 1SQYA 2PMSA 2DWIA 1GTKA 4NF4B 3KOTA 4GFRA 4JSDA 3RQTA 4PFYA 3E9XA 5DVJA 4LATA 1LBCA 3QXMA 5DVIA 4ELPA 4FORA 4FEDA 4XKRA 3H6UA 2Y84A 4R6YA 4AB5A 5J1DA 1URDA 1MY0A 4MFIA 4ZE9A 2Q9TA 2XHDA 5DEXB 3KZGA 5H8HB 4OFLA 3C4MA 3FATA 2H5YA 2NWJA 3OELA 1USYH 2Q89A 1A8FA 2UVGA 1ZBMA 3C9HA 1B5HA 5TPAA 2DXRA 4YKPA 4TQUQ 4OETA 1IIWA 3M8UA 1FQDA 4LA9A 4ZS9A 4KCCA 4P0GA 5CMCA 2H9BA 3VLWA 3K1PA 4OENA 3JV9A 1B9JA 3G3KA 1GV8A 2G93A 5EHMA 4Z7EA 3LSFB 3IJXB 3KSXA 3Q29A 3OD7A 4XTCQ 4IO4A 4LQ5A 4EUOA 5H8QA 3FJ7A 5I2NA 3CSBA 4I1DA 3FXUA 3KN3A 3PPRA 4DLDA 4WKMA 4H8IA 4WEDA 4BDNA 1LAFE 4KQPA 3B6QA 4O3BA 2PYYA 1QUJA 4DE8A 4HS7A 1O7TA 3I6VA 1SI0A 3PPNA 1MQJA 5FTHA 2XXRA 3UK4A 2HEUA 4QSEA 2QS1A 4G68C 1B3EA 1SBPA 3IL1B 3PMWA 2X7QA 3W15C 5CM6A 1DTZA 2G29A 3CRBA 4YZZA 4LQ2A 1B4ZA 2Z8DA 1ANFA 4F2OA 4RK9A 1TT1A 1LGBC 3EHUA 3PUZE 3QUJA 4NF4A 3PV0E 1YCJA 4N13A 4QSDA 1Z7ME 3LR1A 1SVXB 1MQIA 3OO9A 2V3UA 2P2AA 1EZPA 1PBQA 4R6HA 3N26A 2HZLA 4F3BA 4DCXA 4U2RA 1HSLA 3LUYA 1P1QA 1MQGA 5DEXA 1B51A 3SEWA 2PT2A 3TQLA 4KHZE 5A5XA 1VSOA 3FV1A 3K1MA 1I6QA 1LBBA 2UXAA 2Q2AA 3OMBA 2DE4A 2YLNA 4H8JA 1ZU0A 1FQAA 1D9VA 5ITOA 4PP0A 1H43A 1UQWA 5AA4B 3HPIA 4KYSA 2QS4A 2REJA 3A3CA 3O29A 1Z7NE 3Q25A 3PD8A 1B2HA 1SYHA 3TAJA 3U93A 3MVYA 3THIA 5I57B 3S2VA 2RC8A 4ND9A 1AIVA 3I3VA 2H25A 3KJTA 3ILTB 3TTMA 3BKIB 1DMBA 4U4SA 2O84X 3LSWA 2QJEA 1S7YA 5HPQA 3JYRA 3SERA 5I2KA 1P1NA 2A5TA 3CG1A 2ANJA 4TLMB 2I58A 3VLUA 3MVZA 4XIGQ 1QUKA 1P99A 2Z22A 1QKAA 5CI5A 3UGWA 1A99A 2AL5A 3W9WA 2VGQA 3HN0A 1LAHE 5KDTB 5BUUA 1CB6A 3S4UA 1AOVA 2RCBA 3G3HA 2ONSA 4X9TA 3TYHA 4GL0A 3MUQA 3MBPA 3IOVA 2O69A 1AL3A 2F36A 3IK6B 3HO7A 2F7AA 1I6AA 3G7WA 2D21A 2H98A 4HTGA 3OO6A 3D4GA 2V25A 4YB5A 4RA1A 4EQ9A 4GF8A 3TZAA 3VXBA 2GFEA 4DCYA 1LCTA 2B3FA 5B70A 2O6AA 3MZ1A 1VFEA 1A7LA 2Z23A 4OXVA 4Z0IA 4H67A 3CG3A 2QSXA 1JVXA 4G4PA 3TCGA 2FNCA 1B46A 1MY4A 4F39A 3DP4A 1MM6A 1QKBA 1BP5A 1PB9A 3KN7A 4I62A 4DZ1A 3UP9A 3E4RA 2BJJX 1H44A 4F3GA 5AA2B 1XS5A 2Z8EA 4RJZA 3K02A 3TFLA 3TTKA 3N6TA 3MW0A 5AA4A 2OWSA 3T9HB 3H06B 3Q26A 5K2XA 3FIRA 1UIVA 1ZIUA 3RNNA 3LC8A 4JDFA 3U1OA 5I57A 4NWDA 3KEIA 5CC2A 4OFJA 3B7DA 1R9LA 4AQ4A 1B4HA 2A5SA 3U92A 4YMBA 3M3FA 3ECRA 3R6UA 3ZS6A 3CFXA 4RNSA 3TEPA 3PPOA 3C35A 1JW5A 3VXCA 1LFHA 3O9PA 2UYEA 2VHAA 3BFTA 3K4UA 1OVBA 3CSGA 2F6PA 2DWJA 2XX7A 4NF6B 5HBCA 5I58B 3GBBA 3MPLA 4QRZA 1XVXA 1IUDA 1NFTA 2QRYA 2DSFA 2Y7KA 3FJGA 3CFZA 3S9NC 2NVUB 4F3PA 2HZKA 3T66A 3OSRA 1WDNA 4NF5B 5EHSA 3RUMA 1H76A 1WVJA 1Q35A 1MY2A 2IA4A 4NWCA 1BIYA 3RGYA 2ZYOA 3IORA 3F11A 1RKMA 4PE5B 1Y4TA 5JTYA 2HAUA 5I59A 4IO6A 4MLQA 4JWOA 3IOUA 4DXUA 2F8DA 2QMXA 4PETA 3FZVA 3DP6A 3S9LC 2I4CA 3KN8A 2CZLA 4G8MA 4EDPA 3M3KA 3LSLA 4EF2A 3T96B 1OIBA 2XD2A 3U8QA 2XD3A 1TWYA 3PUWE 5DT6A 1OLCA 2D3IA 1M5DA 4JXIA 2I0BA 3RTWB 1MQDA 2E1SA 2OCUA 4JB7A 1MH4A 1NL5A 1M5CA 2RC9A 3PUYE 3FUZA 4EXLA 1FTMA 3UN6A 4NF8B 2V84A 1MDQA 1AH5A 1Y1MA 3ONMA 1MY3A 4FATA 1YAEA 3SKPA 1JEVA 1GVCA 2ESNA 4F1UA 2W7YA 3C34A 3EQ1A 5AA3A 1QULA 4ELOA 5IKBA 1B6HA 3KOSA 1B0HA 4OMBA 4FIMA 1B32A 1PB8A 3VVDA 2QMWA 2HAVA 1AMFA 4OHNA 5ICQA 3IJOB 3C36A 3RT6B 5I58A 3MP8A 5I84A 2RF1A 4JWYA 1NNTA 3SDFA 2DVZA 1MXYA 3DP8A 2IEEA 4R2BA 1OQGA 2XX8A 4NE4A 4RY1A 3O97A 3K0VA 5LOMA 3D4CA 2H99A 4NF5A 4OTEA 2B3BA 3ZSFA 1XOCA 2UYFA 3QYTA 4UA8A 5TP9B 1IXGA 1POTA 3O28A 3SEUA 1MQHA 1XHYA 3IR1A 5FHOA 3UIFA 4C0RA 3OOAA 2VP1A 1USYE 1O64A 1SD3A 2NXOA 4KD5A 2ONRA 1ZTYA 1MM7A 1GR2A 2X7PA 1LFGA 2HQ0A 2I49A 4IO7A 1NNKA 2DVCA 2ZNSA 2LAOA 4U23A 4RPOA 1HSJA 2I6EA 1A8EA 4BDLA 4PFTA 4X48A 3FVKA 1B5IA 4FE8A 3EHSA 3K01A 5IAIA 4KPTA 4O3CA 2F97A 4PFWA 5KCJB 1MXVA 3TPAA 1BTJA 3CVGA 2Q2CA 4FAJA 1B7ZA 2M8CA 4F18A 4RK2A 4R9GA 4X1BA 1ZKBA 2DQVA 5CBSA 3EF7A 4YKJA 5H8HA 5ICTA 1JW4A 2OK2A 4EQBA 1VFDA 3FVGA 4H5FA 3FXQA 5HM4B 1FQBA 4G8NA 4G68B 3H3GA 5H8SA 4ZDMA 3CI8A 5M2VA 1NNPA 1D3KA 4EF1A 3IB2A 4H65A 4OWDA 4QHQA 1OVTA 4DXBA 1OQHA 3IB0A 2HXWA 2ZYNA 1B5JA 1MDP1 3G3IA 4YU0A 2I3VA 4P11A 3BFUA 2DE3A 2UVJA 4KCDA 3CFLA 2F6GA 1SI1A 3L6GA 4F22A 1POY1 3ODBA 4YKKA 3P7IA 1MXXA 1LAXA 1OLAA 2ZXTA 1UTBB 3IAZA 3M3LA 4GXSB 5CMMA 1J1NA 2I3WA 1EU8A 2R6GE 2REGA 4QFOA 2DP8A 3FXRA 2I0CA 2RINA 3K00A 4F1YA 2B65A 2Z8FA 3C33A 4FJPA 2DYXA 3K6WA 4YICA 1JQFA 2OZZA 4XKNA 4TOZA 4ESWA 4H1XA 4R2FA 2ABHA 4ISUA 4ZEDA 1B0LA 1Q1KA 3PUXE 3TELA 1T0KA 4ZEKA 4WEPA 2O1MA 3LSXA 4LVQA 4IO3A 4I9DA 4ONYA 1Y1ZA 3HSTA 3MVWA 1Y3NA 1B05A 3T9VA 5CMKA 2RCAA 1M5BA 1R1NA 3FJMA 1N0TA 1MG1A 3WAEA 2RC7A 5KCJA 4LZ7A 2ZMBA 4GVOA 3RPWA 3HHFA 3LBSA 2UVHA 1SW2A 2OJTA 1S50A 5ELVA 3VDFA 3KGCA 1A55A 3T9UA 2D5WA 3PU5A 1R9QA 2Q88A 3VE1B 4ZEIA 1JEUA 1H45A 1JNFA 4Q30B 1LAGE 1B1HA 2O51A 3OEKA 4EXKA 2VD2A 3U94A 3SESA 5CMBA 2YPNA 3VFJA 3N94A 2HFBA 1LFIA 4BDRA 4L17A 2DWAA 3TMGA 4OVJA 4GLIA 3OEMA 3K1NA 3QIMA 1M5FA 1N3XA 3N6UA 5ITPA 4GQOA 4F2QA 3CR9A 2GRVA 5CRYA 4AB6A 1N04A 3R26A 3Q27A 3HHGA 3L6HA 3Q28A 3AXFA 2ZYMA 2VOZA 4YAHX 2AYSA 4BDOA 2R9JA 1UTBA 1UTHB 2NOOA 5TPAB 1SW5A 1B1XA 1PBPA 1IEJA 4H6DA 4TLLB 2XXPA 4E0WA 1VR5A 3T22A 4U1ZA 3TKDA 3BBRA 1NMUA 2Q8JA 1B40A 3SETA 4U4XA 5KDTA 3S9EA 3KFMA 3EHTA 3W9VA 4QFKA 1MPBA 3G3GA 1IXIA 4OEVA 1B7UA 3V8XB 3GXAA 1MRPA 3EPEA 5I2NB 4KYDA 3GZGA 2Y7WA 3UA8A 1SW1A 1NH7A 3MJNA 4ZE8A 1B3LA 4THIA 3K6XA 4GD5A 1LSTA 1N7XA 4C1UA 2QS3A 3K6UA 4EQ7A 1ZLQA 3G3FA 2ZYKA 4RYAA 4F29A 4BLAA 1SYIA 1IXHA 3MP6A 3B6TA 1RYOA 4YMAA 4IGTA 1MXUA 4LUBA 4POXA 4IY5A 3I5OA 1N7WA 1PC3A 4R72A 3KSJA 3QSLA 3R7XA 2E0SA 4U22A 4MF3A 1Y4CA 5L9MA 1LCFA 1A54A 5FHNA 4U1OA 3GBAA 3MQ9A 1QVSA 4FEBA 2H4IA 4LZ5A 1L5TA 5AA2A 1TFDA 1B58A 1H3DA 4N6PA 1A40A 3SEVA 3SEXA 3MWBA 1IITA 4QF9A 1MXWA 3OXNA 4LONB 3TCHA 3PPPA 3MP1A 2XXTA 3DM0A 3MVXA 2P0SA 3T9XB 3MC2A 4GOTA 4M4GA 4O3AA 5A5XB 2DS9A 3G3JA 3IOWA 1P1WA 3JZJA 4R74A 1NH8A 1F9BA 4GRKA 4ESXA 3PGFA 1B3FA 4QFPA 1RYXA 1UTHA 4K3FA 4NF6A 1JETA 2Y7RA 3VLVA 5KZTA 1HSEA 3QAXA 4PFUA 3K6VA 3A09A 1MY1A 4DXCA 1URSA 1CE2A 3IB1A 3IO6A 5H8FB 4F19A 1I6BA 1B3GA 3H03A 2O7IA 5I56B 3TDJA 3U72A 5EYFA 4KI0E 5CBRA 4BDQA 2DOJA 3H6WA 1YTVA 3C32A 3FGSA 1Y3QA 4IB2A 3O6HA 1FTJA 1VE4A 3ZKLA 2HCAA 4IY6A 2NUVA 4ELRA 3CIJA 1EH3A 1LB8A 5K2YA 5I2KB 1QJMA 2A5TB 1US4A 4HCYA 2XX9A 4NEDA 3DELB 3O2AA 4C1TA 2P1SA 4OQOA 3N5LA 4IO2A 5AE4A 3V83A 3MZ9A 4R73A 4Q0CA 1P1OA 3H4ZA 4MH5A 4ZEBA 5DTBA 4PQJA 4JBZA 3IX1A 2PVUA 1EZOA 4H5GA 1DPPA 1XVYA 3H6VA 3KBRA 4MLVA 2V3QA 2XXHA 4BDMA 4OZ9A 1XT8A 5TU0A 3H7MA 1MS7A 1R6ZA 4NF8A 5AA1A 2KLFA 1MPCA 1QUIA 3O6IA 5F7VA 2WKYA 1URGA 4JSOA 3PD9A 4RXLA 4N07A 2PX1A 2OBGA 3PPQA 1US5A 1NNFA 1N76A 4XXUA 3SEYA 4XKPA 4QFLA 1LLSA 3EN3A 3IOTA 1N84A 2DE2A 4IO5A 2XXIA 4ZEFA 3KJ7A 4NMYA 4GWOA 3ILUB 5H8FA 1NKXA 3GLBA 4OYVA 2GH9A 2AIXA 1P1UA 2F34A 5I56A 4GXAA 3MPKA 5FTIA 3E3KA 3E13X 1OMPA 1TXFA 1IZ1A 1PDAA 4RPNA 4ECFA 5TP9A 4OEUA 1B3HA 1ELJA 3MZBA 1DTGA 1DSNA 2RKMA 3O6GA 1O63A 4G77A 4R9FA 3WAFA 1BKAA 2F35A 1WODA 3C31A 1KWHA 1SDXA 3VVFA 2O1LA 1YPNA 4FECA 2DXYA 4GIZA 2GHAA 4ZZEA 5L8DA 3OO8A 4R6KA 2ZNUA 1FQCA 2OWTA 2X26A 4R75A 1JVYA 1QW0A 5ISUA 3S9MC 3RLFE 3TQWA 2PBWA 2QS2A 4MBPA 5BWJA 2XXUA 4F31B 3FD3A 5H8NB 2QPQA 3PUVE 5JTYB 3HV1A 5I59B 2O7UA 2UVIA 3FVNA 2XXWA 1EZ9A 3VV5A 1Y3PA 4KFQA 3TTNA 1SW4A 1B52A 3FVOA 2O68A 5DVFA 4OERA 2CMOA 4DDDA 4G68A 4YB7A 1PB7A 4Q8RA 3VVEA 3OSQA 5JEIA 3HCQA 5F1QA 4LP2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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