5K2XA

Crystal structure of m. tuberculosis uspc (tetragonal crystal form)
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
414
structure length
414
Chain Sequence
PRGGKIVVTVRLWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNAYFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAAGVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQAIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSRNQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKHPDAVRQVLAWMGSTEGNSYLGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGPRIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAATQRKLAAALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Sugar ABC transporter permease
publication title Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 141
structure length 414
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5k2xA00
3FXUA 4DXBA 1BLFA 1ZU0A 2ZXTA 1MY1A 1MQHA 1WODA 2B3FA 4DCXA 4KPTA 1TFDA 4H5GA 5I56A 4DXCA 2DWHA 4GL0A 1Z7ME 1B6HA 5FHMA 4XKRA 1FTKA 2F7CA 2R71A 3K0VA 4ZE8A 4I9DA 5TPAB 4IO6A 3K4UA 4MF3A 1LCFA 3M3FA 2A5SA 2F97A 3LSFB 5H8NB 4WXJA 1FTLA 4NWCA 1Y1ZA 3S9NC 4QFOA 2R9JA 2H4IA 3CSBA 5AA2A 5CMKA 1DTZA 2WKYA 1JW5A 3RNNA 3OO9A 3F11A 3HV1A 3IJOB 2XXIA 4QHQA 2D21A 3A3UA 3UIFA 1URDA 4KYEA 4POXA 1B7UA 2I58A 4ELPA 2OLBA 3CSGA 1MY4A 3M3KA 5F1QA 1B51A 4YAHX 4EQ7A 1VFDA 2E0SA 2Y7WA 4RNSA 4ECFA 1B3FA 1QKBA 3VLUA 1B3GA 4OEVA 5DVFA 3C31A 4OHNA 5H8NA 3VDFA 3KFMA 3IAZA 4JWXA 3MBPA 1OQHA 3QSLA 4BDLA 5HM4B 4NF4B 3TTNA 4I1DA 2XHDA 2X7PA 3FUZA 5HPQA 1D9YA 2DWIA 3TAJA 3K6WA 1Y1MA 5L9MA 1IXIA 1QUKA 2O1LA 1USYE 4HW8A 3HCQA 3EN3A 2Z22A 1M5EA 2HZKA 2GH9A 1H43A 1FQEA 4F19A 3TTLA 1JQFA 2QPQA 1B4ZA 2NXOA 3O29A 1US5A 2XXPA 2OJTA 4G77A 1LLSA 3PPQA 1B3EA 3TCFA 2P1SA 3O9PA 5ELVA 4RJZA 5TP9B 1LFGA 5AA4B 1B9JA 3UP9A 3PPPA 3U93A 2GHBA 5ISUA 4PFUA 2HCAA 1BP5A 1NMUA 3FIRA 2B65A 3PD8A 1B05A 1MY3A 3TQLA 4R6YA 1UQWA 3D4CA 3DP6A 2QS2A 3RY3A 3O6IA 4R6KA 4EXKA 1P99A 1OQGA 2NUVA 5CMBA 4OEUA 1RYXA 4IB2A 1ZBMA 4Z0IA 5H8SA 1PB7A 4LZ8A 1B46A 3HO7A 4PP0A 3I6VA 3T9HB 5TP9A 4XIGQ 3V89B 1TFAA 2F5XA 3K6XA 4L17A 5AA4A 1TWYA 2A5TA 4GRKA 1Y9UA 1YTVA 3GBBA 1IZ1A 4FECA 4QFNA 1B3LA 3SEVA 1OLAA 5I2KA 4RA1A 4IGTA 1ZLQA 4PFYA 3FGSA 4QFPA 2GFEA 4G68A 1ZTYA 3ILUB 3IO4A 4ZS9A 1UTBA 2VD3A 1NNPA 3G3JA 1MM6A 2ONSA 1YAEA 3QXMA 2RF1A 3OO8A 4F3PA 2XX9A 3TKDA 4YKJA 3R6UA 1MXVA 4ESWA 1QJMA 2R6GE 4OWDA 4IO5A 2QMWA 2PT1A 4F3GA 1POY1 3TELA 1SW1A 5IAIA 4G68C 4IO2A 4IO3A 1SDXA 3CR9A 3MPLA 3JZJA 3G3GA 2I4CA 4BDMA 1O64A 3H6TA 2I3WA 3WAFA 4QFLA 2OWTA 2HZLA 4NE4A 4YKKA 2Y7IA 3VLVA 1N0TA 3MC2A 1AH5A 4YICA 4PETA 3TQWA 5L8DA 5IKBA 3T22A 1A54A 1SYHA 2V25A 1HSJA 2I6EA 2W7YA 5I57A 1I6QA 4H5FA 4PE5B 2P2AA 3O2AA 3K02A 3RQTA 2HQ0A 3UN6A 1EZ9A 1Y4CA 1A7LA 2OZZA 1PEBA 4N6PA 5KDTA 3OEMA 3PMWA 3IOTA 3SEWA 3VVDA 3HN0A 5JTYB 3KJTA 3PPNA 5I58B 1OMPA 1LAHE 4G8NA 4R74A 5CM6A 3FATA 3V5AA 4F22A 1NL5A 1B5IA 4H8IA 3TMGA 4EF2A 1MPBA 3E13X 4GD5A 3HPIA 4N13A 5FTIA 2O6AA 1OIBA 3PPRA 3DP8A 3FVKA 1IITA 4X48A 4GFRA 1MH4A 3PMVA 4TLMB 4OYVA 3VXBA 3BBRA 4RK2A 4OERA 5FHOA 4NF8B 3U1OA 1MDP1 4JSDA 1LBBA 3EF7A 2V93A 5JEIA 2QSXA 3R26A 3FVNA 4GQOA 5J1DA 3CVGA 5DYHA 2UYFA 4TOZA 4FAJA 1R9QA 4KFQA 4KQPA 1YPNA 4P0IA 4OXVA 4NEDA 2Y7KA 2F78A 5JK4A 3VVEA 1JETA 5B7DA 2XXYA 2QS3A 3TCGA 1XC1A 1JVYA 3T66A 4ELOA 3MVWA 2PMSA 1ZJLA 3G3HA 3O6HA 3TDJA 4DCYA 1SI1A 2CMOA 2AL5A 4IO7A 3VXCA 5DT6A 3TPAA 2ONRA 1B1XA 2IEEA 1MPCA 5A5XA 1PC3A 3N94A 4ESXA 4U2RA 4Q8RA 4NF8A 2OWSA 3G3FA 3CRBA 1R6ZA 1KWHA 3QUFA 4YMAA 2PX1A 2O1MA 4FE8A 4NF6A 4DXUA 3MWBA 2DE2A 4JXIA 4PFTA 2UVHA 2Q2AA 4X1DA 3T9UA 2Q9TA 1DSNA 4ZEFA 1M5FA 4DZ1A 2I4BA 1IXCA 2M8CA 3TTMA 2XD2A 2VHAA 4FJPA 4R9GA 2X26A 3MUQA 1EZPA 5AA1A 2VGQA 3SESA 2ZYNA 3ODBA 1H44A 3SERA 1N76A 1IEJA 4U1ZA 3Q26A 3M8UA 1Y20A 5L9OA 5K2YA 3A3CA 2UVGA 1Y3QA 4U1OA 3TTKA 2QJEA 4Z7EA 5AA2D 3LR1A 4ZZAA 2H5YA 2ZNTA 1GTKA 3LSWA 1MXWA 5H8FB 3PV0E 2ONKE 2B3BA 2G29A 2FYIA 4QFKA 3CI8A 3E3KA 3MZ1A 1B2HA 1YCJA 4HCWA 1R9LA 5TPAA 1OLCA 3TEPA 4BDRA 4ELRA 1CE2A 1A8FA 4K3FA 4LUBA 3DM0A 2VOZA 4KHZE 5ICQA 1FQDA 4ZZEA 3HHFA 2UYEA 4IO4A 4ONYA 2VD2A 3VVFA 1B0HA 1MXXA 4DLDA 1NNFA 3H4ZA 1FCKA 2P0SA 3SEYA 4YMBA 4I8CA 4TLLB 1QKAA 4YZZA 4XKQA 1HSLA 3CFZA 1ZMGA 5I59B 1US4A 3EPEA 2H9BA 3OMBA 2Z8EA 4FEBA 4M1VA 3EHTA 5H8FA 4EQ9A 3BFUA 1VFEA 1Y4TA 4WEPA 3ECRA 4LZ7A 4RYAA 3M3LA 1A99A 3IORA 1P1QA 3N5LA 4G8MA 3TZAA 2ALUA 3UORA 2ZYMA 1M5BA 3CG3A 3K1MA 2ZNUA 1S7YA 2D3IA 3OXNA 4HTGA 1Y3NA 3C33A 2V3QA 4KYSA 3JV9A 4OQOA 2I0CA 4F3SA 1ZIUA 2YJPA 3C34A 5H8QB 4XKPA 3T96B 4NF4A 3RTWB 5FHNA 1B40A 1MQJA 1S50A 5H8HB 4WEDA 3FVOA 1R1NA 1FTMA 1UIVA 1SW5A 2Y7PA 2ZNSA 4KYDA 1NFTA 3ZSFA 4UA8A 2G93A 2XD3A 1MPDA 4LZ5A 3KN3A 2F6PA 1LCTA 1JEUA 1B4HA 1XS5A 1SBPA 2FNCA 5CMCA 3N6UA 3T93B 4IY5A 2Q8JA 1MY2A 2D5WA 2XXWA 3S2VA 3PUVE 1NH8A 1RKMA 1Z7NE 4OFOA 2DVZA 4NTLA 2DE4A 1DPPA 2F35A 2XXRA 1OVBA 4QSDA 4QSCA 3SDFA 4GF8A 4ZEDA 1ZKBA 3V8XB 3H03A 4FIMA 3FXRA 2CZLA 5CMMA 5I84A 3KSXA 3GLBA 2OBGA 3H3GA 5CRYA 3CG1A 3DLNA 5KZTA 5H8HA 3VLWA 4BDOA 4P0GA 4U4SA 1TXFA 3VE1B 3O97A 1PBPA 2YLNA 4OFJA 1LB8A 4DIGA 1MRPA 3G3IA 4HS7A 1VR5A 1II5A 2HFBA 3BKIB 2XX8A 4DDDA 1JW4A 1B1HA 4UACA 1MXZA 1LAFE 3IOWA 2GHAA 1WDNA 3C35A 5B70A 4IY6A 2DXRA 3B6TA 1SVXB 4WKMA 2XXXA 2V3UA 4H65A 2ZYKA 4JSOA 3E4RA 5LOMA 3FJGA 2I0BA 2Z8FA 2F36A 4PQJA 5L9SA 2UVIA 4ZEKA 4GXSB 1BKAA 1H3DA 3VV5A 3SKPA 2ZMBA 4KCDA 1O63A 5DVJA 1EZOA 3H7MA 3K00A 1N7XA 1MXUA 2UVJA 4LQ5A 3OOAA 2Q88A 5AE4A 2QL3A 3RTFB 4XXUA 3CFLA 2OK2A 4U4XA 1SQYA 3TTRA 4HCYA 5DEXB 4H67A 1GV8A 3L6HA 3MJNA 4R6HA 1B7HA 3C32A 5CBSA 4JWYA 1QVSA 2RC8A 1SW2A 3MW0A 3I5OA 4F1UA 1B32A 3KEIA 3IK6B 3S9LC 2O84X 1RYOA 3MPKA 4LQ2A 1N3WA 3MVZA 3PPOA 4XTCQ 3K6UA 1FTJA 1JVXA 3FASA 3T9XB 5HBCA 1XVYA 4TQUQ 4NF5B 2I48A 4C1TA 4Q0CA 1AMFA 1UTHB 2XXHA 3U8QA 3IOVA 4LONB 4KR5A 1S9TA 4FATA 3KN8A 1IQ7A 3Q25A 5JTYA 5I58A 3C4MA 3GZGA 1MH3A 1B5JA 2ABHA 3FJ7A 3CFXA 4R2BA 1D3KA 2RKMA 4NMYA 2V84A 3IJXB 3OSQA 2ZYOA 2DXYA 3W9VA 3SEUA 4OMBA 4RPOA 4R9FA 4LVQA 3PU5A 3BFTA 1LBCA 3RUMA 4MLQA 3GBAA 1WVJA 2Y84A 3B7DA 3IO6A 1ELJA 4AB6A 2REGA 4OENA 2YPNA 1Q1KA 2F8DA 3THIA 4LA9A 4H6DA 4O3CA 4OETA 4R2FA 3O28A 2PBWA 4NF5A 1SI0A 1MY0A 4YKPA 4YB5A 4F39A 3OENA 3V83A 3ZKKA 3C9HA 5AA2B 1I6AA 4OVJA 1MDQA 1P1NA 4THIA 3JYRA 3LC8A 1FTOA 1Q35A 2IA4A 2O69A 3MQ9A 1CB6A 4GWOA 1LAXA 3CIJA 1LSTA 2DQVA 3W15C 4AQ4A 4ND9A 3OEKA 3G3KA 2Q89A 3FZVA 3EQ1A 3MZBA 2HEUA 4BDNA 2O7IA 1FQAA 4AB5A 1GR2A 1QUJA 4POWA 1P1UA 3IB0A 3T9VA 3QUJA 4I62A 2AIXA 2DVCA 4G4PA 4F1VA 3K1NA 3H6VA 5ITOA 3RN8A 5CI5A 4R72A 1POTA 1PB9A 1MXYA 1D9VA 3H6WA 4G2ZA 2XX7A 1URSA 1NNKA 5F7VA 2PT2A 5I2NB 3MP1A 1SW4A 4H1XA 1M5DA 2Z8DA 1XOCA 2LAOA 5EHSA 3KJ7A 1XHYA 1AOVA 4RPNA 1PBQA 1URGA 1L5TA 2NOOA 1LAGE 4EXLA 3IB1A 3KGCA 4ELQA 1N04A 3IR1A 3OO6A 4C1UA 4OFLA 4RY1A 5CBRA 2KLFA 1I6BA 3VFJA 5ITPA 3PD9A 3K2DA 3E9XA 1LFIA 4GVOA 2I49A 4G8HA 2O68A 3RLFE 3QYTA 1F9BA 1SD3A 1I69A 4JWOA 3Q29A 4P11A 4F18A 4GL8A 3FJMA 3QK6A 1DTGA 3MP6A 3U94A 5I2NA 3EHUA 1DOTA 3SETA 4KD5A 4N07A 3O66A 2DS9A 4QSEA 1H76A 3TCHA 2V3TA 3FV1A 1AL3A 3PMXA 1H45A 3LSLA 1B52A 2XXUA 2HXWA 4LP2B 4E0XA 3I3VA 4BDQA 1MQGA 3IB2A 2BJJX 1IXHA 4M4GA 2AL4A 4X1BA 5DVIA 3IL1B 2DP8A 1MM7A 2NWJA 1B58A 3UK4A 2QRYA 4OESA 2H98A 3N26A 1PB8A 3R7XA 3S9EA 1TT1A 5ICTA 4GOTA 1N3XA 3PUZE 2XXVA 4YKIA 1IXGA 5KCJB 4F29A 2QS1A 2DE3A 4X9TA 2RINA 1O7TA 4Q5TA 2A5TB 2OCUA 5I59A 2F7AA 3QIMA 3DP4A 2I3VA 5I2KB 3S4UA 4F3BA 4RXLA 3KBRA 4G68B 1JW1A 4RK9A 3TYHA 3K01A 1MQIA 3IX1A 2DOJA 4GXAA 3ZKLA 1UIUA 3O6GA 1UTBB 4C0RA 4JBZA 3W9WA 2F7BA 2H99A 4FORA 2Q2CA 5DTBA 1NNTA 2UXAA 1JEVA 1P1OA 1FQBA 1GVCA 4ZECA 2THIA 2RC7A 1B7ZA 3S9MC 4R73A 1Y3PA 1B3HA 2PVUA 4ZEIA 3B6QA 5H8QA 1QULA 3TODA 5AA3A 4QRZA 2QS4A 5M2VA 1PDAA 3LUYA 1BTJA 5KCJA 2F34A 2XXTA 3OSRA 3H06B 3LBSA 3RT6B 5CC2A 3H6UA 3MZ9A 1DPEA 4ISUA 1MQDA 4MFIA 1ANFA 5I57B 2DYXA 4F2QA 2O7UA 1T0KA 1DMBA 1EU8A 2RC9A 1EH3A 4LATA 2FA7A 3OD7A 1IUDA 4FEDA 3K6VA 5KDTB 4O3BA 2DWJA 3FV2A 3ZS6A 1IIWA 4XKNA 3MAMA 3UA8A 3MP8A 3TUSA 1JNFA 3OELA 4IGRA 3HSTA 4OZ9A 2NVUB 4YB6A 2F6GA 3L6GA 4ZEBA 2ANJA 3KOSA 3FVGA 2O51A 1A8EA 2Y7RA 2DWAA 1VSOA 3AXFA 4JB7A 3U92A 3Q27A 2RCBA 2X7QA 3ONMA 4U21A 5EYFA 5EHMA 2HAVA 3Q28A 1NKXA 2Z23A 4MLVA 3P7IA 4QF9A 2AYSA 3EHSA 4F1YA 5K2XA 3RT8A 1D4NA 2GRVA 3MVXA 1HSEA 2PYYA 4BLAA 3KZGA 2QMXA 1QW0A 1NH7A 5BUUA 1FQCA 3HHGA 3GXAA 3K1PA 1B0LA 4H8JA 3IOUA 4E0WA 1GGGA 3TFLA 2REJA 4JDFA 3PGFA 4O3AA 3D4GA 3DELB 4ZDMA 2E1SA 1QUIA 3ILTB 3A09A 2ESNA 1P1WA 4EDPA 3B6WA 3UGWA 4NWDA 2XXQA 4F2OA 3KOTA 1A40A 3RGYA 4DE8A 4GLIA 3PUYE 1SYIA 3QAXA 3SEXA 2DSFA 4Q30B 2HAUA 1FW0A 1M5CA 4EQBA 1BIYA 2H25A 1XVXA 4H0WA 3G7WA 1ATGA 4YB7A 3MVYA 5DEXA 1LGBC 4EUOA 5A5XB 1MG1A 1OVTA 2VP1A 3KG2A 1LB9A 3WAEA 4GIZA 3USDA 5TU0A 4ZE9A 3OO7A 3FXQA 1AIVA 4NF6B 5I56B 1N7WA 5FTHA 3KN7A 3PUXE 4U23A 3N6TA 1FQFA 4U22A 1J1NA 1VE4A 1N84A 4KI0E 1A55A 4MH5A 3FD3A 4F31B 5BWJA 1USYH 1MS7A 4EF1A 3U72A 3KSJA 4KCCA 1LFHA 4YU0A 4OTEA 4MBPA 1UTHA 1B5HA 4PFWA 4R75A 3C36A 3RPWA 2RCAA 3LSXA 3PUWE 1XT8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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