3A3CA

Crystal structure of tim40/mia40 fusing mbp, c296s and c298s mutant
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
451
structure length
451
Chain Sequence
EEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSVPGRGSIEGRPEFAYNPDTGEINWDSPSLGGMAHGPCGEEFKSAFSCFVYSEAEPKGIDCVEKFQHMQDCFRKYPEHYAEQLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of yeast Tim40/Mia40 as an oxidative translocator in the mitochondrial intermembrane space.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, LINKER, Mitochondrial i
molecule tags Protein transport
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 122
structure length 451
sequence length 451
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF06747 CHCH CHCH domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3cA01
4GXAA 2Z22A 5L8DA 2RCAA 3A3CA 3O6IA 4BDNA 2QS2A 1DOTA 3KN3A 1WODA 5K2XA 4EUOA 1M5DA 2ZYKA 1N3WA 5HBCA 1MQDA 1MQJA 5A5XA 1B52A 3HN0A 1L5TA 3TPAA 1XC1A 2OWSA 1OMPA 5TP9B 5HPQA 3MW0A 3U93A 3H06B 1I6BA 3V8XB 4MLVA 3UORA 1S9TA 3MJNA 3C33A 3EPEA 1YTVA 3TAJA 1Z7ME 2H4IA 4X9TA 2DE3A 1A99A 4EQ7A 4PFTA 2ALUA 4RNSA 2Y84A 1MQIA 4LZ7A 4QFKA 3SEXA 2UVJA 4TOZA 4KI0E 4ND9A 3O9PA 1OIBA 1JVYA 3DELB 1NH8A 4RPOA 3RLFE 2DWIA 1FQBA 2V84A 3G3FA 3R26A 1ELJA 4OESA 3MZ1A 4LA9A 3UK4A 5M2VA 5H8NA 2Q9TA 4XXUA 1P1QA 3VE1B 5CC2A 2AIXA 5I2NB 4ZZAA 5EYFA 1IIWA 4JWXA 1BLFA 3TTMA 4F3PA 4NF5A 1H43A 3UA8A 1B1XA 1USYE 3O28A 5BWJA 1NH7A 4QFPA 1UTBB 3K6VA 3IB1A 1LFHA 5EHMA 2Q89A 4DCYA 1BTJA 3SESA 5CMCA 3G3GA 1URSA 2B3FA 5DVJA 3ILTB 1YPNA 1HSEA 1DPEA 5H8FA 2CMOA 2DE2A 1Y3QA 2R6GE 3M3LA 1B40A 1Y3NA 4M4GA 1VFDA 3SEWA 3IX1A 3TTRA 4Q30B 3C9HA 2RF1A 1LB9A 3N6TA 1Q1KA 2Y7IA 2XXPA 1NFTA 5HM4B 4IY5A 3HSTA 2FNCA 1M5CA 4FEBA 4QFLA 4KR5A 4QF9A 4FIMA 1B3HA 1B7HA 5I84A 1AOVA 3PMWA 4JWOA 4PFWA 5B7DA 4UACA 2QS1A 3RTFB 3MVZA 1SYIA 4MFIA 1SW1A 1UTBA 2NVUB 5F7VA 1B5HA 3OO8A 4ECFA 2F6PA 5L9OA 1IXIA 2ONKE 1NL5A 2HZKA 4R2FA 5DVFA 1SW2A 4HTGA 1N7XA 4ZEKA 3P7IA 4KYSA 1FW0A 3IOWA 2QSXA 4BDRA 1OQGA 2RC9A 4GFRA 3K2DA 2M8CA 4OHNA 2OBGA 3VVFA 1BKAA 2XX7A 2DE4A 1QJMA 1IXCA 1WVJA 1R9LA 2XHDA 5DVIA 4DDDA 4X1BA 2O68A 4NF8A 3EQ1A 2O6AA 2FA7A 5DEXB 1ZKBA 2DXRA 1B7ZA 3TODA 3H4ZA 2H98A 1MH4A 2XX9A 3Q27A 3W15C 3N26A 1MXUA 1FQCA 2G29A 3MUQA 4ZECA 4NF4A 4NWDA 3TKDA 5L9SA 1RYXA 3TTLA 4Q0CA 5AA4B 3T66A 1MY2A 1MXVA 4ESXA 1A8FA 1UTHB 2XXXA 4H8JA 3TDJA 4LZ8A 3HO7A 4TLLB 3EHSA 3KN7A 2O1LA 5ICTA 1SBPA 2DYXA 4RY1A 3G7WA 3Q28A 3KEIA 1MDP1 5FHNA 2I58A 3G3JA 1OQHA 2ANJA 5H8HA 1Z7NE 4HCYA 5FHMA 4BDLA 1LAFE 1TT1A 1R1NA 3TYHA 4DZ1A 3TZAA 1NKXA 4R72A 4IB2A 5DEXA 4RYAA 1PC3A 1IZ1A 1XT8A 2O1MA 4I1DA 4R6YA 1GR2A 4WEPA 4H8IA 2FYIA 1LGBC 3GBAA 4YZZA 1B3EA 2HQ0A 2F34A 2KLFA 4EDPA 3DM0A 4YB7A 4DLDA 3S9LC 3OO9A 4F18A 4P0IA 4U1OA 2DQVA 2ZNSA 2GFEA 4I8CA 5AA4A 1O64A 4N07A 4OQOA 4OENA 1POY1 3MAMA 1OVTA 4UA8A 4N13A 1JNFA 1B46A 4DE8A 1PEBA 2VP1A 3JV9A 2UYEA 4KCCA 3VXCA 1LB8A 5ELVA 3HPIA 2HXWA 1JW4A 4HCWA 2VD3A 5KZTA 3FV2A 3VLWA 1B7UA 1R9QA 5DTBA 1QKAA 1XOCA 2V3TA 1A55A 4F3BA 3QUJA 4OYVA 5I59B 1EZ9A 3RY3A 2XD2A 2RC8A 1POTA 4NMYA 5TU0A 1LAHE 2I3WA 1B3LA 2X26A 4R73A 3PUZE 3QXMA 3I5OA 1P1NA 3OELA 3USDA 3K0VA 2ZYNA 4KFQA 5KCJA 4OZ9A 1TFDA 3IAZA 4JWYA 4OFJA 3MWBA 1FTKA 4GL8A 3MP1A 4H1XA 1IUDA 3TQWA 4G8MA 1ZJLA 4YAHX 3H6TA 1EH3A 3N94A 4POXA 5A5XB 4MBPA 2I49A 2Q2AA 2OZZA 3KBRA 4FORA 3TQLA 5CM6A 4H67A 3S9NC 3C31A 4Z0IA 3T9UA 2AYSA 3CRBA 4H65A 1LAXA 1MPDA 1P1UA 4XTCQ 4I62A 4DXBA 5LOMA 2DS9A 1IQ7A 2F35A 1LFGA 4QHQA 3KJTA 2Q8JA 1QUKA 2QS4A 3EF7A 4NEDA 1JQFA 4RPNA 2D21A 4U22A 2RINA 3RT6B 3Q29A 2I0CA 3V89B 4AB6A 4O3AA 3TCGA 5CBSA 1B9JA 2GHBA 4JB7A 3Q25A 4LQ2A 5DYHA 1LCFA 5H8NB 2UVHA 4NWCA 1XVYA 4GLIA 3PMVA 3PD9A 3K4UA 2HFBA 2QMWA 5CRYA 2QPQA 1GV8A 4U4SA 4NF5B 2XXUA 3PV0E 3HHGA 1JVXA 3BFTA 1TWYA 2RCBA 1JEUA 2Y7WA 1QUIA 4F1VA 3IO6A 1USYH 1RYOA 3D4GA 3FASA 4FAJA 5CMMA 4G8NA 1B4HA 2O51A 1S7YA 3KN8A 3CVGA 2RKMA 5CMKA 3SEYA 3LSFB 2ESNA 1D3KA 1MQGA 3L6HA 1VR5A 4GOTA 5H8FB 3L6GA 1BIYA 4ZEFA 4TQUQ 1EZPA 1Y9UA 5I2KB 1M5EA 4RA1A 2O84X 3T22A 4O3BA 1A54A 1P1OA 4IGRA 3E13X 4R2BA 5JK4A 4FEDA 5FTHA 3R6UA 1AL3A 3TCHA 2ONSA 4F22A 1H3DA 2RC7A 2OWTA 2W7YA 3MPLA 1WDNA 3S2VA 3RQTA 3OOAA 3BBRA 3ZS6A 1NNKA 3PU5A 3ZSFA 4EQBA 1B3GA 4RK2A 3VV5A 2REJA 3FJMA 1MDQA 1I69A 4F31B 4QSDA 5CBRA 3GLBA 3FXQA 5AA3A 3LSWA 2P1SA 4ONYA 1JETA 3RT8A 3H6WA 3SKPA 4BDQA 2DWAA 5JTYA 3TEPA 2IEEA 3B7DA 5CMBA 3FVOA 4ZEDA 4XKNA 3W9WA 3LUYA 1MPCA 3RN8A 5I2KA 4OFLA 1A8EA 4NF8B 1LSTA 1Y20A 1MXWA 3DP8A 4MF3A 1JEVA 1S50A 1GTKA 1DSNA 1SYHA 4H5GA 4YB5A 2I4BA 4AQ4A 1R6ZA 4DXCA 1MH3A 1UIUA 3VDFA 2XXVA 1MXZA 2F7AA 4L17A 4E0WA 2X7PA 1B2HA 4IO3A 4G77A 1KWHA 1IEJA 3FVNA 3IOUA 1F9BA 4NF4B 2XXTA 3CSGA 3KOSA 3T9VA 3PGFA 3CI8A 1MXXA 5I58A 2NUVA 1N3XA 2XXIA 2DWHA 2OCUA 4P11A 4F3GA 1EU8A 3MVXA 3ONMA 3H6UA 4Q8RA 5H8HB 3PUWE 3DLNA 4H6DA 1MM7A 1Y4CA 4F2QA 3F11A 4OEUA 1CB6A 2XXHA 3K01A 3KJ7A 3QYTA 4C1TA 3PPPA 3OO6A 3TELA 4F1YA 1AH5A 3FXUA 3M8UA 3MZBA 2Z23A 3SEVA 1NNTA 2DSFA 1A7LA 3JZJA 4NF6A 4KCDA 3I3VA 2VD2A 2P2AA 2UYFA 1ZMGA 3TCFA 2X7QA 1IXGA 3A09A 3PPRA 3U72A 3OSRA 4OTEA 1D4NA 4H0WA 2F6GA 1YCJA 1XS5A 1FTMA 1LFIA 1RKMA 1H76A 4PFYA 4G4PA 3K1NA 3CG1A 1LCTA 1MY4A 3LBSA 3VLUA 3WAFA 2PYYA 1NMUA 1MY3A 4AB5A 3C34A 1SI1A 4XKQA 5BUUA 2BJJX 5KDTA 1UQWA 1Y1MA 3H7MA 3EHTA 4LUBA 2PT2A 1JW1A 4C1UA 2UVGA 4G2ZA 2REGA 1FTJA 3MC2A 3HCQA 4YKKA 4R6KA 3BFUA 5H8QA 3WAEA 1ZU0A 1FCKA 4R75A 4GRKA 4N6PA 3CSBA 2DP8A 2H9BA 3MP8A 1YAEA 5KCJB 3KG2A 1DMBA 3S4UA 1N04A 3PUYE 3RPWA 4R9FA 3K1PA 4O3CA 1II5A 2ZXTA 1B5IA 2AL4A 1XVXA 1O7TA 1LBBA 3UIFA 4DXUA 1MY1A 2QS3A 2D5WA 3G3HA 3ILUB 2XXRA 2DWJA 2GRVA 1NNPA 3C36A 4ZE8A 3KGCA 3ODBA 4GWOA 3Q26A 2PMSA 5I57A 3VXBA 4RK9A 3JYRA 2CZLA 3G3KA 2HZLA 4X48A 1IITA 3FD3A 3N5LA 4F19A 2LAOA 1PB7A 2PX1A 3M3KA 2Z8FA 3SETA 1QVSA 1Y1ZA 4LZ5A 2NXOA 3OENA 1DTGA 5JEIA 5AA1A 4JDFA 3IK6B 3IOTA 1US4A 2ZYMA 4YKPA 3IJXB 3VFJA 3OSQA 2DOJA 4XKPA 4OWDA 1QULA 1SDXA 2UVIA 4NE4A 4ELQA 3M3FA 4YMBA 1XHYA 4GQOA 4OMBA 2F36A 3FATA 2YJPA 1PDAA 4R9GA 4GVOA 4MH5A 2DXYA 3PMXA 3PPNA 1ZLQA 3K00A 1QW0A 3FXRA 2XXWA 1MPBA 2I48A 4YU0A 4PFUA 4LP2B 2H5YA 4THIA 4OXVA 2OK2A 3TTNA 3U94A 1A40A 4U2RA 2O69A 3SDFA 5IKBA 1QUJA 4FATA 1ZIUA 1ZBMA 2I4CA 3GXAA 3B6QA 1FQFA 4KD5A 2ZYOA 3FVGA 3U1OA 3VVDA 3MP6A 4KYEA 3THIA 3FVKA 3OD7A 3C4MA 4POWA 2VHAA 2V3UA 4KHZE 1NNFA 5ITOA 4LQ5A 4OERA 3KFMA 2F97A 2G93A 2ABHA 2F78A 1D9YA 4G68B 4PQJA 2R9JA 3K1MA 1SI0A 1ATGA 2F5XA 5I56A 5L9MA 3V83A 2Y7RA 3B6WA 1N7WA 3IJOB 3QK6A 4GL0A 5J1DA 4FJPA 4F3SA 3K6XA 2A5TA 1JW5A 5FHOA 2F7CA 1EZOA 4EXLA 4WXJA 1B0LA 1H45A 2DVCA 1PBQA 5AA2A 2ZMBA 2NWJA 1FQAA 4LONB 3TFLA 3OXNA 4YB6A 2HAUA 5JTYB 2ZNTA 2I0BA 4ZE9A 4XKRA 2QRYA 3OO7A 4LATA 2Y7KA 4BDMA 3IL1B 3VVEA 2THIA 2XXYA 2HEUA 1PBPA 3E4RA 3S9MC 3IB2A 3K6UA 4GXSB 4K3FA 3BKIB 4PE5B 1D9VA 2PBWA 3UN6A 4YICA 3MQ9A 4PETA 4G68A 4ELOA 1TXFA 4KQPA 5H8SA 1IXHA 2D3IA 1N0TA 5I58B 4F1UA 4DIGA 3LC8A 3PUVE 1PB9A 5TP9A 3DP4A 4QRZA 3B6TA 4G68C 1HSJA 1FQEA 3QAXA 3FJ7A 1FTLA 1OVBA 2YLNA 4JSOA 3FZVA 2O7UA 4U1ZA 1MXYA 3O6HA 4DCXA 4E0XA 1P99A 4GF8A 3H03A 1VE4A 4IO7A 1J1NA 2VGQA 4GD5A 5DT6A 2H99A 5AA2D 5AE4A 3U8QA 2V3QA 4YKIA 5B70A 3MVWA 1Y4TA 4H5FA 2F7BA 1UIVA 3I6VA 4JXIA 4KYDA 2Z8EA 4NF6B 1N84A 3CR9A 5I2NA 3EHUA 4TLMB 2QJEA 4JSDA 3AXFA 1M5FA 3LR1A 1GVCA 3IOVA 4OFOA 1B0HA 1P1WA 3R7XA 3U92A 1M5BA 1VFEA 1I6AA 4ZEBA 1MG1A 3PUXE 3KOTA 1B4ZA 4IO5A 4EQ9A 3EN3A 5IAIA 3G3IA 3DP6A 2B3BA 4P0GA 5FTIA 1CE2A 1B1HA 4EF1A 3IB0A 2O7IA 5KDTB 1GGGA 2PVUA 5ISUA 2E0SA 4IY6A 1OLAA 5K2YA 2Q88A 1T0KA 3LSLA 1B32A 1HSLA 2R71A 3O2AA 2XXQA 2ZNUA 3RNNA 1AIVA 3ZKLA 5H8QB 4IGTA 1SW4A 2WKYA 5ITPA 2UXAA 1DTZA 3C32A 1SVXB 1MY0A 2DVZA 4ESWA 1TFAA 3OMBA 1QKBA 4EXKA 1MM6A 4U21A 4NTLA 1URGA 3OEMA 4YMAA 4ZZEA 3RTWB 4M1VA 3SERA 4QSCA 3MBPA 2QMXA 3K02A 4QFOA 5ICQA 2AL5A 3MVYA 3H3GA 5EHSA 4Z7EA 1B58A 1BP5A 4BDOA 1Q35A 4G8HA 1MS7A 1H44A 2HCAA 3IO4A 4ZDMA 4GIZA 3TUSA 1SW5A 1URDA 1O63A 1N76A 4QSEA 3K6WA 2XX8A 1B5JA 5I57B 4HW8A 4U23A 3V5AA 4MLQA 2V93A 3CFXA 3KSJA 3TTKA 2GH9A 3KZGA 1B3FA 2Q2CA 2XD3A 1VSOA 1PB8A 3QIMA 2P0SA 3FGSA 2IA4A 1LBCA 2HAVA 4OETA 3QSLA 4C0RA 4EF2A 5CI5A 2F8DA 2V25A 3UGWA 4Q5TA 1OLCA 4F29A 1UTHA 1ZTYA 3VLVA 3S9EA 2PT1A 2GHAA 2OJTA 3FIRA 1B05A 4IO4A 5TPAB 1I6QA 2Y7PA 1B51A 4ZS9A 4I9DA 1FQDA 3RUMA 1MQHA 2I6EA 3O6GA 3UP9A 1LLSA 3T93B 4OEVA 1Y3PA 3TMGA 3C35A 1MRPA 4FECA 3HV1A 5F1QA 3E9XA 4KPTA 3W9VA 3E3KA 3O29A 4IO6A 3T96B 3FJGA 1FTOA 3FUZA 3CIJA 4ISUA 3LSXA 4R6HA 3FV1A 3SEUA 3IORA 3O97A 4WKMA 4ELRA 3ZKKA 2E1SA 3PPOA 4F39A 2B65A 4JBZA 3GZGA 1LAGE 4R74A 4ZEIA 3O66A 3CFLA 4XIGQ 2Z8DA 3HHFA 1ANFA 2H25A 3RGYA 4F2OA 4WEDA 2YPNA 4FE8A 2OLBA 1SQYA 5TPAA 2QL3A 3OEKA 4PP0A 4YKJA 3H6VA 5I56B 3D4CA 3MPKA 3CG3A 4HS7A 4QFNA 3KSXA 3T9XB 3IR1A 1DPPA 1US5A 4LVQA 3A3UA 3ECRA 2NOOA 4BLAA 2A5TB 3QUFA 4IO2A 3CFZA 3PPQA 5I59A 2VOZA 3N6UA 4X1DA 5AA2B 2A5SA 4U4XA 2ONRA 3MZ9A 4ELPA 1B6HA 2I3VA 1SD3A 3PD8A 3T9HB 4OVJA 4RXLA 4RJZA 3GBBA 1AMFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GXAA 2Z22A 1FBEA 5L8DA 2RCAA 4P47A 3A3CA 3O6IA 2PCRA 4BDNA 2QS2A 2VPNA 1DOTA 3KN3A 1WODA 5K2XA 4EUOA 1KA1A 1M5DA 3GYYA 2ZYKA 4MMPA 4JVDA 1N3WA 5HBCA 1MQDA 1MQJA 2OX3A 1IMBA 5A5XA 1B52A 3HN0A 1L5TA 3TPAA 1XC1A 2OWSA 1OMPA 5TP9B 5HPQA 3MW0A 3U93A 3H06B 4OVTA 1I6BA 3V8XB 4MLVA 3UORA 2ZZWA 1S9TA 3MJNA 3C33A 3EPEA 3PTYA 1YTVA 3TAJA 1Z7ME 2H4IA 1FBGA 4X9TA 3SZPA 1YYZA 2DE3A 1A99A 4G61A 4EQ7A 4PFTA 2ALUA 2JJKA 4RNSA 2Y84A 5LTCA 1MQIA 4LZ7A 2FBPA 4QFKA 3SEXA 2UVJA 4TOZA 1DCUA 4KI0E 4ND9A 3O9PA 3E79A 1OIBA 1JVYA 3DELB 1NH8A 4RPOA 3RLFE 2DWIA 1FQBA 2V84A 3G3FA 3R26A 1ELJA 4OESA 3MZ1A 4N17A 4LA9A 3UK4A 4MIJA 5M2VA 5H8NA 1IMAA 4N6DA 2Q9TA 4XXUA 1P1QA 3VE1B 5CC2A 2AIXA 5I2NB 4ZZAA 5EYFA 1IIWA 4JWXA 1BLFA 3TTMA 1FBFA 4F3PA 4NF5A 1H43A 4MHFA 3MSTA 3UA8A 1B1XA 1USYE 3O28A 5BWJA 1NH7A 4QFPA 1UTBB 3K6VA 3IB1A 3B50A 1LFHA 5EHMA 2Q89A 4DCYA 2KQZA 2GQ1A 1BTJA 1FPIA 3SESA 2P3VA 5CMCA 3G3GA 3IFCA 1URSA 2B3FA 5DVJA 3RPLA 1NV4A 3ILTB 1YPNA 1HSEA 1DPEA 4GWYA 5H8FA 2CMOA 2DE2A 1Y3QA 2R6GE 4OVPA 3M3LA 1B40A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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