3K6WA

Apo and ligand bound structures of moda from the archaeon methanosarcina acetivorans
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
EVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
molecule tags Transport protein
source organism Methanosarcina acetivorans
total genus 99
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6wA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6wA02
3C33A 4OFLA 1ZIUA 4AB6A 4F1YA 1US5A 2HCAA 4I9DA 1MY2A 1TWYA 1MS7A 2H4IA 4KYDA 2Q2CA 4OVJA 3QYTA 1FTLA 4YKKA 1DPEA 3G3IA 3ILTB 2V3UA 1QJMA 4OHNA 4TOZA 3K6XA 4P0IA 3RLFE 4F3PA 1ZKBA 3FJGA 4NEDA 3KN8A 2I4CA 3WAFA 4OENA 1FQAA 5EYFA 2OJTA 3O9PA 4E0XA 4OESA 2RC7A 5CMCA 3Q27A 1A8FA 4PFYA 4NF6A 3IAZA 2I49A 5L9MA 3OOAA 4EF2A 4G68A 3KSXA 1IXHA 1KWHA 3EF7A 3H03A 4DDDA 4G77A 3U94A 2P1SA 3HSTA 3G3FA 4DXUA 3ZKKA 4JDFA 4QFNA 4OEVA 4DCYA 2X26A 1US4A 1MQGA 2NOOA 2UVIA 1S9TA 2R71A 1PBQA 5FHNA 1D4NA 4R6HA 5DEXA 4OYVA 3KOSA 3DELB 1JQFA 4BDQA 1PC3A 5ITOA 1QVSA 2XXUA 4YB7A 1MPBA 1SDXA 2F7BA 2VD2A 2YPNA 1DSNA 3MJNA 3LSFB 2AIXA 1T0KA 2XXQA 3CRBA 4N07A 2Z8DA 1P1WA 4RJZA 3N94A 1VFEA 2PBWA 3B6QA 1VE4A 1J1NA 4G4PA 3T93B 3PUWE 4G8NA 3HCQA 3G3GA 2E1SA 2F7CA 1MY4A 1UIUA 3MAMA 3B7DA 4FE8A 3ZKLA 1QULA 4JWOA 3TELA 5CMMA 1LFGA 5FTHA 2GHBA 3S9NC 4OQOA 1MDQA 1JEVA 5H8NB 4FJPA 4LZ8A 4XXUA 4F3GA 1GR2A 5CMBA 1NNFA 4XKPA 1II5A 1IIWA 2O1LA 1EH3A 4IGRA 3PUYE 3W9VA 2ALUA 4RPNA 1B40A 1ZLQA 3C4MA 1B4HA 1FQFA 4OWDA 3R26A 1EZPA 3V83A 3PUVE 3S9EA 3VLVA 4GRKA 1B7ZA 1A99A 3FVGA 1IEJA 4EXLA 2NVUB 1SVXB 4ESXA 5CMKA 3VLUA 1N76A 1LLSA 3EN3A 3S4UA 4ZE8A 2QS4A 2UYFA 2R6GE 3PGFA 3F11A 2F97A 2I48A 4LVQA 3E9XA 3N6TA 2DVCA 3T9XB 4OEUA 3H6VA 2XX7A 3TCHA 5H8FB 1OLCA 5A5XA 3HO7A 4X9TA 4WEPA 3DM0A 2WKYA 1N3WA 2FNCA 4DE8A 3VXCA 2HZKA 3UK4A 1Y3QA 4WEDA 3V8XB 3CG3A 1P1UA 2RINA 5TP9A 2QPQA 5JTYA 4KFQA 1SBPA 3TTNA 3OO7A 1LB9A 3TTLA 2XD3A 4ISUA 4JWYA 3FV2A 4YU0A 2H9BA 1HSEA 1MQDA 3C9HA 4O3AA 1MQHA 4RA1A 4I1DA 3I6VA 1JW4A 5AA4A 3QUFA 4FAJA 1N84A 3KG2A 1R9LA 5B70A 4KR5A 2AL5A 3FUZA 4L17A 4POWA 4KD5A 4Q5TA 3BKIB 2DSFA 5H8QB 1D9VA 1YCJA 4MLVA 1Y3PA 4DZ1A 2ABHA 3HPIA 3U1OA 3OEKA 2G29A 1Z7NE 1PBPA 4FORA 5DYHA 2O68A 3KBRA 1H45A 2DQVA 2Y7PA 5DVIA 1LFHA 1N0TA 3O6GA 4LONB 3S9LC 3Q29A 5H8HB 1LCFA 4DCXA 3FZVA 4F3BA 3PPQA 1NNPA 5KCJA 3IJOB 5I56B 2OWTA 1LAXA 1CE2A 3EHSA 4R2BA 4QSEA 3WAEA 3ZSFA 1BTJA 1MM6A 4FEBA 3PMXA 4BDNA 4X1BA 4OFOA 5F7VA 1YPNA 2Y7KA 1FTOA 3RQTA 4QSCA 2HEUA 2FA7A 1A55A 3W9WA 1URDA 1PDAA 3GZGA 4NF4A 2O6AA 5EHSA 1B3EA 4RYAA 3K6WA 1OVBA 3MPLA 1PB9A 2PX1A 3K2DA 4C0RA 3IR1A 3OD7A 3DP4A 4PFUA 3HV1A 3QK6A 4EUOA 4F19A 2DWHA 3KN7A 5K2YA 1JW5A 1IUDA 2H99A 1LSTA 4THIA 5FHOA 3R6UA 1MDP1 1QUKA 1O63A 4Q8RA 4H6DA 1OIBA 5DT6A 1IXCA 1ATGA 5CI5A 5B7DA 3TZAA 1LAGE 2W7YA 1XVXA 1RYXA 4JBZA 4ZEDA 3IO6A 1DMBA 2Y7RA 3T9VA 4U21A 1R9QA 3I5OA 4EF1A 4U23A 1XC1A 1A40A 5FHMA 4F2OA 2AL4A 3U8QA 2DE4A 1R1NA 1H3DA 4F31B 3QSLA 3C35A 4ZE9A 4JB7A 4U4XA 3H6WA 4FECA 1NFTA 3E13X 3KJ7A 1B5IA 1EU8A 3TCFA 4AQ4A 2XX9A 1P1OA 5L9OA 1M5BA 3PV0E 1ZJLA 1FTKA 1OVTA 4QFPA 4JSOA 4G68C 3OO9A 4ND9A 4WKMA 3H3GA 4X48A 3RGYA 4ELQA 3CVGA 3LSWA 4P11A 5TPAB 4ZZEA 3QUJA 2ZYNA 4RY1A 2ZNUA 1HSLA 4FEDA 1MY1A 4ZECA 4MFIA 3TAJA 2QS3A 2A5TA 3TQWA 5I59A 2F34A 2Y7IA 3RTFB 3D4GA 3MPKA 2NWJA 4HCYA 2OBGA 3C32A 1AMFA 4C1UA 4U1ZA 1FTMA 4GIZA 3MVWA 3V89B 3FVOA 4ZEIA 4H8JA 4R9GA 1JVYA 1IQ7A 3JYRA 3R7XA 1B3GA 2V93A 3T22A 3IOUA 1IITA 4G8HA 2P0SA 4IY5A 2RCAA 4TLMB 2LAOA 4BLAA 3SEUA 2Y7WA 4NF8B 3ZS6A 3IK6B 3LSLA 1FW0A 2DE2A 4U22A 1VR5A 1GGGA 2ESNA 1H43A 2VHAA 3MC2A 1LGBC 3GXAA 2Q9TA 1MXWA 4R9FA 2QS2A 3N6UA 2XHDA 1SQYA 3OMBA 2QSXA 1ZU0A 2GFEA 5HBCA 1MQJA 1M5CA 5I2NA 1MY0A 2GRVA 3P7IA 3MQ9A 2XXRA 3TKDA 2Q8JA 2Q88A 4HW8A 2I3VA 5AA2A 4TQUQ 1TT1A 4F39A 3L6HA 1MPDA 4U4SA 3EHTA 1Z7ME 3IB0A 3JV9A 4YKIA 1MXUA 4O3CA 3K6UA 4IGTA 1VFDA 3CFXA 4ESWA 1QUJA 4H5GA 3O28A 3GLBA 3A3CA 3T66A 2Q89A 3C31A 4R74A 2CZLA 1N7XA 4NF5B 3LSXA 3UN6A 4R75A 2ONSA 3ILUB 1IXGA 2VD3A 1NL5A 3ODBA 5ITPA 2XXVA 5CC2A 3FIRA 1B5HA 3IOVA 1B0HA 3M3KA 5KDTB 3D4CA 4EQ9A 2H98A 2ZNSA 4IO4A 2B3BA 2I58A 5I58B 5ELVA 4NWCA 2PYYA 4LATA 3RT8A 1HSJA 1RYOA 1Y1ZA 4R2FA 1LBCA 1BP5A 4KI0E 3FJMA 1LFIA 1H44A 4IO3A 4ELPA 3H6UA 4KCCA 3N5LA 1S50A 2GH9A 2DVZA 1YTVA 3PD8A 2OLBA 1FCKA 2ANJA 1MH3A 3GBAA 3G3KA 4YB5A 5I57B 3CSGA 1URGA 3E3KA 2OWSA 4DIGA 2F6PA 1PEBA 3BFTA 3C34A 1GVCA 2R9JA 4OETA 1AOVA 3RN8A 4O3BA 1A7LA 4C1TA 2G93A 3MP6A 4HS7A 3M3FA 4OTEA 1RKMA 2X7QA 2F7AA 3KGCA 4ZEBA 4YKJA 2Z8FA 3SEWA 2PVUA 1VSOA 1ZTYA 3TQLA 3EPEA 1ELJA 5HM4B 2ONKE 1Q1KA 2M8CA 3EHUA 2DYXA 4EQBA 3UP9A 4GXAA 3U72A 4F18A 1UTBB 4LP2B 1UTHB 5I2KB 4PFWA 1MM7A 2F8DA 2REJA 1ZBMA 2ZMBA 4HCWA 2PMSA 2NXOA 1JW1A 1A54A 4GD5A 2Q2AA 5M2VA 2D21A 2I6EA 4KQPA 1SI1A 3O29A 4XKNA 1NKXA 4IB2A 3QIMA 5HPQA 1Y1MA 2HFBA 4OFJA 3FASA 3K00A 4H1XA 3IORA 1AIVA 3VFJA 2H25A 4N6PA 2O7IA 3PUXE 1P1QA 3MZ9A 4EQ7A 3RPWA 3IL1B 3MZ1A 1B7UA 5JEIA 3CSBA 1FTJA 2VP1A 2V3TA 1USYH 1CB6A 4IO2A 5AA2D 1TXFA 4DXBA 1QUIA 2XXHA 1XS5A 2QS1A 2XXWA 1URSA 5L8DA 2Z23A 1B0LA 1DOTA 1MRPA 3K01A 5DVJA 2I3WA 5H8NA 1B6HA 4NF6B 1B1XA 5H8SA 4WXJA 4QF9A 3K0VA 2PT2A 4NTLA 4OMBA 2XXIA 4G68B 4GF8A 1Y4CA 3PU5A 1OLAA 3H6TA 2RCBA 3FXUA 4KYEA 1JEUA 1LAFE 1P1NA 1UIVA 3TPAA 2O69A 2FYIA 2YJPA 4UA8A 2NUVA 3THIA 1Y20A 3UIFA 1MXXA 4OZ9A 1B58A 1USYE 4I62A 1M5DA 1B5JA 1DTZA 1SD3A 3T9UA 4RK2A 1YAEA 4KPTA 1ZMGA 5DEXB 1I6QA 1M5EA 4R72A 4F2QA 3SKPA 4DXCA 4AB5A 1MG1A 3LR1A 4ZS9A 3PPPA 3TTKA 3UGWA 2UXAA 4ECFA 4PQJA 3SETA 4Z7EA 1WDNA 1NH7A 1TFAA 4NWDA 1Q35A 2ZXTA 5H8FA 2RC9A 3QAXA 5CBSA 4LUBA 3CR9A 4JXIA 2UVJA 1O64A 3DP6A 1TFDA 2BJJX 1SYHA 3HHGA 4YMAA 3IOTA 3CG1A 5L9SA 1NNKA 3PMVA 3KEIA 3G7WA 2HQ0A 3PPOA 3VXBA 5BUUA 4LZ7A 3LC8A 1XT8A 4GL0A 3FV1A 1B46A 3B6WA 4F1UA 1OQGA 3SEVA 2V25A 4POXA 3PPRA 3VV5A 2THIA 4ZDMA 3SEXA 4R6YA 3T9HB 1N7WA 1I6BA 1SW1A 1GTKA 4TLLB 1QKAA 4IY6A 5CBRA 2XX8A 4NMYA 1B4ZA 1O7TA 5H8QA 4EDPA 4N13A 2V3QA 2RC8A 3PPNA 4LA9A 4RPOA 5DTBA 2D5WA 1PB7A 2DXYA 3HN0A 2REGA 4KYSA 4GQOA 1B1HA 2DP8A 1POY1 3OSQA 3GBBA 3O6IA 1I6AA 2XXXA 2XXPA 1B51A 4M4GA 4MBPA 5H8HA 3H06B 3LUYA 2QL3A 3IB1A 5A5XB 3TDJA 2DWIA 3M3LA 5I56A 3VVFA 3TTRA 4PE5B 4F3SA 4BDMA 4MF3A 2UYEA 3K1NA 3OSRA 2HXWA 1WODA 1BIYA 2ZNTA 5TP9B 4P0GA 3CFLA 2QJEA 5JTYB 1BLFA 4QSDA 1MH4A 4IO7A 2A5SA 2DWJA 1AH5A 2CMOA 4F1VA 1SYIA 4XKQA 3IB2A 1FQCA 3KN3A 1Y3NA 3FJ7A 4IO6A 4JWXA 4LZ5A 1EZOA 2KLFA 4YAHX 3FGSA 4RK9A 3CI8A 3MUQA 5I84A 4PFTA 1DPPA 1LAHE 5AA4B 1DTGA 4RNSA 4ONYA 1QKBA 3LBSA 3SERA 1XHYA 2O51A 2RF1A 3MZBA 3VDFA 4LQ5A 1N04A 1WVJA 1Y9UA 2OK2A 3S2VA 1XVYA 1ANFA 4M1VA 1AL3A 3M8UA 4YB6A 1P99A 4ZEFA 4GL8A 1BKAA 3L6GA 3MBPA 2QRYA 1IZ1A 4F22A 3K6VA 1D3KA 4I8CA 4K3FA 2XXTA 2I4BA 3ECRA 2DE3A 5ICTA 5IAIA 4Z0IA 2RKMA 4H8IA 3IJXB 4IO5A 3TTMA 5KCJB 3VE1B 3BBRA 3OXNA 4BDOA 3IX1A 1FQBA 2XD2A 5TU0A 3RY3A 3EQ1A 4FIMA 2I0BA 2DWAA 1B52A 2Z8EA 1FQDA 3TEPA 3FXRA 3W15C 1JETA 4KCDA 4GWOA 4RXLA 5AA1A 1B3FA 4Q0CA 5TPAA 4U2RA 4NF4B 3SEYA 2D3IA 3MP1A 3H4ZA 5ICQA 3I3VA 3RT6B 4GXSB 3FVNA 3G3JA 1B05A 3VVEA 2OZZA 4QFOA 2V84A 3U93A 4LQ2A 5AA3A 4EXKA 4BDLA 2GHAA 1FQEA 4H0WA 4H65A 2IA4A 1A8EA 4FATA 4OXVA 4JSDA 5KZTA 2Y84A 1OMPA 4E0WA 2ZYMA 3K4UA 1OQHA 1R6ZA 4U1OA 3PMWA 1MQIA 3VLWA 2O1MA 2UVGA 1F9BA 3DP8A 4KHZE 3A3UA 2HAVA 2ZYKA 3MVYA 3TFLA 2I0CA 4UACA 1MY3A 1LBBA 4NF8A 1B3LA 1IXIA 1XOCA 4XTCQ 3O66A 1POTA 4YZZA 4YICA 2QMWA 1LCTA 3HHFA 1B3HA 3TYHA 3IO4A 4NE4A 5IKBA 3PUZE 3H7MA 3OO8A 5BWJA 3OENA 4PP0A 3MW0A 3AXFA 3SDFA 3IOWA 4ZZAA 4ELOA 4X1DA 2X7PA 3RTWB 1JNFA 5JK4A 2A5TB 3UORA 2F35A 2Z22A 5I59B 3MVXA 1NMUA 3KSJA 2VGQA 2P2AA 4R6KA 4YKPA 1B32A 1N3XA 3QXMA 3K1MA 3UA8A 2ONRA 4HTGA 3BFUA 1B2HA 3JZJA 1NH8A 3KZGA 3C36A 3K1PA 4NF5A 2HAUA 3K02A 3TUSA 1NNTA 4R73A 3FVKA 4QHQA 5J1DA 1B9JA 4MH5A 3SESA 1I69A 5KDTA 2H5YA 5EHMA 1SW5A 5I58A 3Q28A 3MP8A 5K2XA 5CM6A 1H76A 1S7YA 3DLNA 4ZEKA 3TCGA 2QMXA 1MXVA 2F6GA 3KJTA 2O84X 4GLIA 1MPCA 1MXZA 3KFMA 2F36A 3A09A 2O7UA 2ZYOA 3CFZA 2YLNA 2DXRA 4BDRA 2B3FA 2DOJA 5I57A 5AE4A 3OEMA 2F78A 3FATA 3TODA 3TMGA 4GVOA 2VOZA 3FD3A 3O2AA 3FXQA 4G8MA 4XKRA 5I2NB 5CRYA 3VVDA 4F29A 4QRZA 3PD9A 5DVFA 1EZ9A 4QFLA 3MWBA 1JVXA 5AA2B 4MLQA 3ONMA 2OCUA 1SI0A 1UQWA 3T96B 2AYSA 1D9YA 3Q26A 3S9MC 5FTIA 1Y4TA 2DS9A 1MXYA 4QFKA 3B6TA 3OO6A 4PETA 3E4RA 3RNNA 4OERA 1SW4A 4GOTA 3CIJA 1M5FA 3OELA 3O6HA 2E0SA 1PB8A 3O97A 1LB8A 3KOTA 1UTBA 5ISUA 1UTHA 2PT1A 5I2KA 3RUMA 4GFRA 4XIGQ 1GV8A 5LOMA 4YMBA 5F1QA 2XXYA 3V5AA 1QW0A 4Q30B 2HZLA 3G3HA 4ELRA 2UVHA 3N26A 1L5TA 4H67A 4G2ZA 2B65A 3MVZA 4DLDA 1SW2A 4H5FA 2F5XA 3U92A 3Q25A 3USDA 1B7HA 2IEEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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