3K6WA

Apo and ligand bound structures of moda from the archaeon methanosarcina acetivorans
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
EVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
source organism Methanosarcina acetivorans
total genus 99
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6wA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6wA02
1S50A 2OZZA 1LAFE 4EQ9A 4IGRA 2V84A 5IKBA 3U93A 4LQ2A 4H8JA 3SDFA 4XKPA 5FHMA 2D21A 4F3GA 5I84A 3M3LA 3O9PA 1Y3NA 4EDPA 3MP8A 3T93B 1N84A 3IL1B 1MDQA 4F2QA 3M3FA 2R6GE 1B3FA 1B3EA 2H5YA 1QUJA 3RLFE 5ICTA 3TDJA 2OK2A 4Q5TA 5KCJA 1AL3A 3VLUA 2QL3A 1VR5A 3SETA 1H45A 3N6TA 1POY1 4E0WA 4KFQA 2Y7IA 2AYSA 5CI5A 3TODA 3K1MA 2Q2CA 3RT8A 3FVNA 3H3GA 5I56B 4OFOA 5CMMA 5DVFA 2Q9TA 3R26A 5CBSA 3KN3A 1MXXA 1LSTA 1FQFA 1M5FA 1D4NA 4P0GA 1B0LA 3H6UA 2REGA 1ZBMA 1MPBA 2IA4A 2XD3A 1EZOA 2O7IA 4QFOA 1B7ZA 1LFGA 5AA4B 1LFHA 3V83A 3TKDA 5B70A 1B0HA 4R74A 4LZ5A 4NF5B 1B3LA 3LSWA 1MY3A 3O66A 3PPOA 1BLFA 1PB9A 4DIGA 2O7UA 1UTBB 2RC9A 1MDP1 5DEXB 1FTMA 5HBCA 3VDFA 3SKPA 1O63A 4H8IA 1QW0A 1OVTA 3T9XB 1A54A 4JSDA 3UORA 1ZLQA 4DZ1A 1MRPA 5L8DA 5BWJA 1JETA 1MPDA 4PQJA 4BDNA 3TTKA 1QKBA 5CMCA 3K02A 3IB1A 3SEXA 3V89B 4XTCQ 4PE5B 4EQBA 1MY0A 3PUWE 3BFTA 4KI0E 2X7QA 3TTMA 2Y84A 4EUOA 3C36A 4OESA 5CM6A 1P1UA 1YPNA 3VV5A 3Q26A 2Z8DA 2XXPA 2HFBA 2PBWA 1R1NA 4PFYA 4R2FA 1PBPA 4F39A 2R9JA 2DE3A 2DXYA 1H76A 3FATA 1GV8A 3S2VA 4G68A 1ZIUA 3EQ1A 4NF6B 3TPAA 2QRYA 4I9DA 4IGTA 1N7WA 4TOZA 4BDLA 4R2BA 2B65A 3SEUA 1B51A 4MH5A 1BKAA 5EHMA 1B5JA 3CIJA 4LZ8A 3ZKKA 4GXAA 3K0VA 3MAMA 4DLDA 2DP8A 3O97A 3C35A 4IO5A 5DT6A 4EF2A 1Q35A 1FQEA 1WDNA 2YPNA 3MQ9A 1BTJA 3O6IA 1RYXA 5L9OA 4AB6A 1BIYA 5FTIA 3TCFA 1FTJA 3VE1B 1KWHA 3A3UA 1B52A 3MVXA 1ZMGA 4FAJA 3IX1A 1FW0A 2NUVA 3UN6A 1DSNA 1PB7A 4GLIA 4OTEA 2FYIA 2LAOA 4OYVA 3OSQA 1I6QA 1LAGE 3HPIA 1N7XA 1MQJA 5AA2A 5H8QB 1MH3A 4GWOA 4NF8A 2O6AA 3FVGA 2F97A 2QPQA 2ZNSA 2Y7PA 2NWJA 2XX7A 2X26A 4ESWA 3JZJA 2V93A 2RCBA 1CB6A 1L5TA 3KJ7A 1AIVA 1IXIA 3VXCA 4ECFA 5KDTB 3HO7A 3QXMA 3S9MC 1PC3A 2VD3A 1EU8A 3K00A 1JNFA 3O6GA 1OLAA 2O69A 3FUZA 1FQAA 4GFRA 2DWIA 2RC7A 1MY4A 4X48A 3HCQA 2AL5A 2V3UA 4WXJA 5CC2A 3U92A 4I62A 3PD9A 1IUDA 2ANJA 1IQ7A 1Y20A 1Y1MA 2VD2A 3CR9A 4QSDA 3H6VA 4NEDA 3LBSA 1EH3A 4F22A 4OFLA 3L6HA 4U23A 4C1UA 2NVUB 1SW1A 4ZE9A 4WKMA 5EYFA 4OEVA 4MBPA 2I48A 4OVJA 5ITOA 3C32A 4KD5A 4YKPA 3C9HA 3RQTA 2PMSA 2XXQA 2QS3A 1VFDA 3Q25A 4NWCA 4FJPA 4NMYA 2YLNA 2I49A 5I56A 4POWA 1DTZA 3DP6A 3HV1A 3WAEA 5HM4B 1HSLA 3T9VA 2H98A 1MH4A 3KZGA 4RPOA 2HQ0A 2XXUA 4OERA 3IR1A 4IO6A 4QSCA 1MY1A 3C33A 1SYHA 4R6HA 2F6PA 1A99A 5AA4A 3GZGA 1AMFA 1VSOA 1URDA 2VHAA 1JW1A 3W9VA 4MLVA 4NF5A 3D4GA 2GHAA 4QF9A 3V8XB 3K1NA 1B1HA 2H4IA 2P2AA 4OQOA 3USDA 4LONB 5L9MA 2ONSA 4ISUA 2Y7RA 2O68A 3PUXE 5I58B 5AE4A 3K1PA 2E0SA 5I59B 1LAXA 5I2KB 1TFAA 1P1NA 4RPNA 3THIA 4Q8RA 4H5GA 2UVJA 3C34A 4OENA 4YU0A 1XS5A 3G3GA 4G8MA 4ZEKA 3PPQA 3QK6A 4ZEBA 4I1DA 4JB7A 1B3HA 3FXQA 2O51A 5FHOA 4FEBA 3SERA 2NOOA 4YMAA 1US5A 3TQWA 1MQDA 2I58A 3E9XA 3MVWA 2BJJX 4JWXA 3PU5A 4TQUQ 3MP6A 2RINA 3FJ7A 1UTHB 4RNSA 2A5TB 3OO7A 2WKYA 3W9WA 3GBBA 3O6HA 1B40A 1SI0A 1B5HA 3TQLA 3ECRA 3T9UA 1H44A 1SDXA 3LSXA 3RUMA 3FXUA 3G3FA 3RNNA 3BFUA 2DOJA 4DCYA 4GL8A 4NF6A 1SW2A 2O84X 4H5FA 3RPWA 4F3BA 2ONRA 1O64A 3ONMA 4QHQA 1PDAA 2VP1A 3IOUA 2RKMA 3QUFA 1RKMA 3MVZA 5TPAA 1JW5A 5I2NA 3TTLA 2HZLA 1TFDA 1H43A 4AB5A 2GRVA 4QFPA 3CG1A 4ND9A 4F2OA 4H1XA 1A8EA 3V5AA 3CG3A 3I3VA 3T96B 1Y4TA 2ZYOA 1OIBA 5IAIA 4OETA 4M4GA 1MY2A 1B6HA 4H6DA 2PT1A 1UIVA 2ZYNA 2GHBA 4YICA 1ZKBA 5H8HB 4L17A 4U1ZA 3UGWA 4F31B 4R72A 2PT2A 1HSEA 4RXLA 3W15C 3DM0A 3FJMA 1Y9UA 2UYFA 4JWYA 3C4MA 3K6UA 2DSFA 1IEJA 5H8SA 4X9TA 2DE2A 3VFJA 4R6YA 1MXVA 2CMOA 5F1QA 2D5WA 4OXVA 4RK9A 1DOTA 2CZLA 4DXBA 3H7MA 1N3WA 4OWDA 1CE2A 3SEWA 3C31A 3S9EA 3GLBA 3H03A 1M5EA 2B3BA 2I3VA 1LCTA 3QAXA 2VGQA 3QIMA 3K01A 1P99A 3OEMA 5AA2D 3IJXB 5H8QA 2DE4A 1B58A 3LSLA 4GIZA 2G29A 3DP4A 1SW5A 2VOZA 4P11A 2GFEA 2DXRA 5K2YA 3RTFB 4G77A 1ELJA 3H06B 2REJA 2HAVA 1MQIA 1OMPA 2F7AA 5KDTA 1YTVA 3DELB 2XD2A 1GGGA 1LCFA 1MXYA 1RYOA 4JSOA 4QRZA 5A5XA 3K2DA 3H6TA 4RY1A 1XVXA 5JTYA 1D9VA 3L6GA 3KOSA 3MZBA 1MS7A 5TP9A 3GBAA 3LUYA 4BDOA 1Y1ZA 3FVKA 2O1MA 2Z22A 1URGA 2ABHA 3G3KA 4NE4A 4MFIA 2DQVA 3S9LC 3TYHA 3KGCA 3TEPA 3TTNA 1JW4A 3PPPA 5EHSA 3PMVA 3CFLA 3EHUA 3LSFB 2YJPA 4U22A 5I57B 4RA1A 4EXKA 3VLWA 4N6PA 4DXCA 5CMBA 2XXYA 3U72A 4LZ7A 3M3KA 2ZXTA 4FIMA 2PVUA 4XXUA 5BUUA 3SESA 2FNCA 4KYSA 1Z7NE 2X7PA 2B3FA 3PUVE 4KYDA 5JK4A 4PFTA 3O28A 3TAJA 2DWJA 4F1YA 2HZKA 3JYRA 4ELQA 3G3JA 4HS7A 2XXWA 1NKXA 4IY5A 3RGYA 3TTRA 2QS2A 1QVSA 4F1UA 3FV1A 4GQOA 2PYYA 4FECA 2HCAA 2R71A 2P1SA 3F11A 4DDDA 4NF4B 3VVDA 2RC8A 3R6UA 1TWYA 4R73A 5H8NB 2AIXA 4N13A 2XXIA 3CFXA 3U1OA 3CVGA 2Z8FA 3VXBA 2THIA 3K4UA 2OCUA 4PETA 2UVGA 2ZYMA 1ANFA 3KOTA 3BKIB 4IO7A 1SD3A 1UIUA 4F19A 4IB2A 1NFTA 1XOCA 5DVJA 3H6WA 2QMWA 1TT1A 5K2XA 3MBPA 3MWBA 5I58A 5I59A 5I2KA 4ONYA 3G3HA 1XT8A 4R9FA 4NWDA 3EN3A 4YB7A 1T0KA 3ILTB 1TXFA 3T9HB 4KYEA 3Q28A 3E3KA 3KN7A 4JBZA 3UK4A 2G93A 4HW8A 3OO8A 1A40A 1B05A 1LAHE 3G3IA 3FASA 1SW4A 3MJNA 1UTHA 1FTLA 3DLNA 4N07A 4C1TA 1NNFA 1R6ZA 4Q0CA 4ZZAA 2XXRA 2A5TA 4YKIA 1GR2A 3OSRA 2OWSA 5B7DA 5ITPA 1AOVA 2OJTA 2XX8A 3O29A 2Q2AA 1DMBA 3U8QA 5ISUA 4F3SA 1MXWA 3IOWA 1LGBC 4LUBA 4LP2B 4PFUA 4G8HA 1N0TA 2DVCA 3FV2A 1SI1A 4U4XA 1N04A 1N3XA 4IO2A 3O2AA 4EF1A 1NMUA 1QUKA 4BDMA 1A8FA 4R6KA 4XKNA 2GH9A 3OOAA 2D3IA 2AL4A 2F5XA 4JDFA 2RF1A 5AA2B 4JWOA 1R9QA 1XVYA 4HTGA 4UACA 2ZYKA 2ZNUA 3KBRA 1B7UA 4NF8B 5KZTA 1M5CA 1NH8A 1N76A 1UTBA 2XXHA 5DEXA 3MP1A 1POTA 5DYHA 5JEIA 3KFMA 4H65A 2I4BA 3Q27A 4ZEIA 3TZAA 2F7CA 3B6WA 3IJOB 3GXAA 2QMXA 3CSGA 1EZ9A 3PMWA 4KCDA 4HCYA 1B3GA 1ZTYA 2ONKE 3MVYA 1LB8A 4R75A 4XKQA 2DWAA 4O3BA 4LATA 3DP8A 4H0WA 2ALUA 3PGFA 3FXRA 2Y7WA 5H8FB 3JV9A 2QSXA 3KG2A 4O3CA 3A09A 1B5IA 2P0SA 2V3TA 1XHYA 4JXIA 5CMKA 3K6XA 4KR5A 1I6AA 1MQHA 4G4PA 3IB0A 4X1BA 1IIWA 3K6WA 3HHGA 3QUJA 4OMBA 1B1XA 2PX1A 4WEPA 2I6EA 3IORA 1JVXA 4WEDA 2UXAA 5ICQA 4QSEA 3N5LA 1US4A 4IO3A 1LB9A 4ZE8A 2Q89A 2QJEA 4YAHX 1NH7A 3T22A 5HPQA 3TUSA 1JQFA 2Z23A 1SQYA 3KJTA 1HSJA 2H25A 1IITA 1WODA 4GRKA 3IK6B 4GXSB 1BP5A 1O7TA 2I3WA 1IZ1A 3BBRA 4OFJA 3FVOA 4YKJA 4F3PA 1M5BA 1EZPA 5AA3A 2UVIA 4Z0IA 3ZKLA 3IOVA 5LOMA 1FQBA 2V25A 2I4CA 4XIGQ 2ZNTA 1QUIA 4PP0A 3MPKA 2XHDA 1USYH 3PV0E 1SVXB 3ZS6A 1R9LA 4E0XA 2V3QA 4QFKA 5FTHA 2Q8JA 4RK2A 3KEIA 2Q88A 1M5DA 2W7YA 3OO6A 3MZ1A 1J1NA 1OVBA 4POXA 1FTKA 3TCGA 2F8DA 3OMBA 1PEBA 4LA9A 5DTBA 1QULA 4EXLA 5I57A 4FATA 1A55A 3M8UA 1B2HA 1VFEA 2H9BA 1FQCA 1YAEA 1B46A 4FE8A 4RYAA 3WAFA 3IO6A 1Y3QA 1PB8A 1B32A 2Z8EA 2E1SA 3LC8A 3IOTA 3I5OA 1MQGA 2XXXA 3VVFA 3S4UA 4TLMB 3TCHA 3FD3A 3HHFA 3RT6B 2HXWA 3CRBA 3MW0A 3PUZE 5KCJB 1XC1A 3IB2A 4NF4A 1P1QA 1QJMA 1A7LA 5H8NA 3IO4A 1GTKA 4UA8A 2DS9A 3EPEA 4OHNA 3QSLA 3MZ9A 4HCWA 5TU0A 5J1DA 4DXUA 3G7WA 5F7VA 1B9JA 2QS4A 3U94A 4KPTA 2UYEA 4O3AA 1MM6A 1H3DA 1OQHA 4BLAA 2XXTA 2M8CA 3PMXA 4LVQA 1D3KA 1B4ZA 4GOTA 2I0BA 4Q30B 3PPNA 4R9GA 5TPAB 4OEUA 1GVCA 5I2NB 1FTOA 3PD8A 4BDRA 1S7YA 4YKKA 4ZECA 5AA1A 4KQPA 3N26A 5FHNA 1JEUA 4PFWA 2I0CA 3CFZA 3LR1A 3HSTA 2F36A 4Z7EA 5DVIA 2HEUA 3TFLA 1LFIA 4ZDMA 4GVOA 2HAUA 4ESXA 3FZVA 1MPCA 4G2ZA 2DYXA 3K6VA 2KLFA 1IXCA 3ILUB 4OZ9A 3UA8A 4M1VA 1URSA 4IY6A 3TMGA 4QFLA 4FEDA 4EQ7A 1LLSA 4F1VA 4FORA 2QS1A 4H67A 1LBBA 5CBRA 1NNTA 2H99A 2OWTA 3B6QA 3P7IA 4YB5A 3FIRA 3EHSA 3RN8A 1FCKA 2ZMBA 2F78A 1Y4CA 3UP9A 1I6BA 2RCAA 4LQ5A 2OLBA 3I6VA 4MF3A 1II5A 3E13X 1JEVA 2DWHA 1NNKA 3PPRA 3EHTA 3QYTA 4X1DA 4BDQA 3RTWB 4YMBA 1B7HA 4G68B 3ZSFA 4P0IA 3R7XA 3OEKA 1MG1A 2F35A 3MPLA 1MM7A 4KHZE 3OENA 3FGSA 1DPPA 1LBCA 5H8FA 3ODBA 4U21A 1UQWA 5A5XB 4GD5A 4GL0A 1F9BA 4ZS9A 5JTYB 2FA7A 4RJZA 3MUQA 1Q1KA 3Q29A 2NXOA 5TP9B 5L9SA 3RY3A 3UIFA 1ZU0A 3AXFA 2F34A 4G8NA 2XXVA 1D9YA 1Y3PA 4IO4A 4F29A 3VLVA 1B4HA 3KN8A 3SEYA 4MLQA 4DCXA 3B7DA 1NNPA 4DE8A 2A5SA 3FJGA 4KCCA 4U2RA 3OXNA 3D4CA 1MXZA 4C0RA 3CSBA 5CRYA 4K3FA 1AH5A 4QFNA 2O1LA 4F18A 1JVYA 2XX9A 4I8CA 3PUYE 4XKRA 4ELPA 2IEEA 3N94A 4ELOA 4ZZEA 4TLLB 1SYIA 2DVZA 4AQ4A 2F6GA 4YB6A 4NTLA 3VVEA 1P1OA 5ELVA 3KSJA 2F7BA 1OQGA 4U1OA 3EF7A 3OELA 1MXUA 2Y7KA 4GF8A 3KSXA 3OO9A 2ESNA 4U4SA 5M2VA 3IAZA 1FQDA 4G68C 3S9NC 4THIA 1IXHA 1Z7ME 3E4RA 3MC2A 1YCJA 3H4ZA 1ATGA 4YZZA 4ZEFA 1WVJA 4ELRA 3N6UA 1SBPA 3CI8A 3B6TA 3T66A 2OBGA 1QKAA 1PBQA 1VE4A 3A3CA 1I69A 5H8HA 1ZJLA 4ZEDA 1IXGA 1DPEA 1DTGA 3SEVA 3TELA 3HN0A 1NL5A 1OLCA 3OD7A 1S9TA 1P1WA 2UVHA 1USYE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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