3VLWA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with mannuronate-guluronate disaccharide
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
EATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
molecule keywords AlgQ1
total genus 179
structure length 489
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA02
2QS2A 4MH5A 3U92A 1IITA 5J1DA 4RPOA 3OD7A 3JYRA 3EHSA 3D4CA 3IO4A 1NH7A 3IO6A 3WAEA 1AH5A 4EDPA 2F36A 3Q26A 1MM6A 2DWIA 5ICTA 1B3EA 1MQGA 2PVUA 1IXHA 3QXMA 1TXFA 1IIWA 1B0HA 1UTHB 2RC9A 3K1PA 1FTLA 3GLBA 4N6PA 2Z23A 4NF4B 2GFEA 4R2FA 4LQ2A 3RTWB 4F19A 3GXAA 4JDFA 1UIUA 1Y3QA 1IZ1A 1MQHA 3FVNA 1R6ZA 4ZE8A 3BKIB 1BKAA 5L8DA 4GXAA 2Q88A 1US4A 3S2VA 3T96B 2PT2A 3MAMA 4ZZEA 3LSFB 1A54A 1FQAA 4Q0CA 2Y7WA 1RKMA 4YU0A 5ICQA 3A3CA 3RN8A 2W7YA 2O6AA 4G2ZA 5AE4A 4KCDA 2I4BA 3MVYA 2XX8A 3DP8A 2G93A 5ITPA 4RXLA 3DLNA 1SD3A 1B7UA 4O3CA 5K2XA 2IA4A 5AA4B 3RQTA 1SW1A 4NF8B 2THIA 2ZYKA 1IEJA 3I6VA 2UYFA 2HZKA 2FYIA 3DP4A 4X1BA 4JXIA 3K6VA 1JW1A 4QHQA 4N07A 4PFWA 3VLVA 3MC2A 3ZS6A 3CRBA 2O1LA 4YKPA 2F35A 1DOTA 3KGCA 2XXHA 4YICA 4RK9A 1MXXA 2DSFA 2UVIA 1O64A 2XD3A 1CE2A 3K00A 5TU0A 4EXLA 3RPWA 5BUUA 3LBSA 1Y9UA 4DIGA 2M8CA 2XXYA 4ZEIA 3PUWE 1N3XA 1LGBC 3CSGA 3KN3A 4R9GA 3T9VA 2QPQA 2FNCA 3VE1B 4GLIA 2I0CA 4GXSB 2NOOA 3VLUA 4YKKA 2HFBA 4IB2A 5I2KB 4PQJA 3IAZA 4LATA 4MFIA 4FIMA 4OEUA 2A5TA 1OVBA 3OO7A 3OXNA 3PGFA 2O7UA 4YZZA 4YMAA 4OESA 2PBWA 1UTBA 1B1XA 1MQJA 4ZECA 5IKBA 1ZJLA 5CBRA 4GVOA 4H1XA 4UA8A 5DVFA 5L9OA 4GD5A 2O1MA 5I2NB 1QULA 1LBCA 2ONRA 3OEKA 4YKIA 1WODA 1HSLA 3E13X 3TUSA 5F1QA 3B6QA 3Q27A 4Q5TA 1SW2A 2Q2CA 3UN6A 1NH8A 4GF8A 1URSA 4ND9A 2CZLA 2O69A 4XXUA 3CG1A 3MWBA 4YKJA 2DE4A 3ONMA 1MXWA 3H6TA 1O7TA 1B3LA 3KSXA 3IOTA 1I69A 3QSLA 1B4HA 1B9JA 4KCCA 2XXRA 5H8FB 3S9NC 3MP6A 3LSLA 1M5BA 3TCGA 1ZKBA 4Q8RA 5JTYB 1M5EA 4OFOA 4P11A 5I57A 2O68A 2QS4A 2ZNTA 3M3FA 1JVXA 5FHNA 3HPIA 4F1VA 3RGYA 3A3UA 2G29A 4ZEFA 4ONYA 1A40A 5H8NA 4OEVA 5AA2B 3MJNA 3FVKA 4U4SA 4P0GA 3Q25A 4U1OA 3N6TA 1FTKA 5DVIA 4FEBA 5H8HB 3CFZA 2V3UA 3PV0E 3VXCA 1B58A 3N5LA 1VSOA 4H8JA 1MDQA 4DXUA 1SDXA 1EU8A 3EN3A 1QUKA 1B7ZA 1TFDA 2D21A 5I59A 3RUMA 3Q28A 1HSEA 4BLAA 4ISUA 5B70A 3OEMA 3HHGA 4ELPA 4DZ1A 3TTLA 1DTGA 1MY3A 1TFAA 3W9VA 4MLQA 3HCQA 3T22A 1R9LA 4F3BA 1LCTA 1MY2A 3R7XA 2DS9A 2ZMBA 3E3KA 1QW0A 4H6DA 4GOTA 2I58A 4R9FA 4F3SA 4M4GA 3LUYA 2XD2A 3V83A 3FV1A 1SYHA 4LZ5A 1URDA 3GBAA 3W9WA 4YB6A 2Z8FA 4NF4A 4XKNA 3KFMA 5A5XA 4H5FA 4FJPA 4PFUA 4G68C 1KWHA 3EF7A 5FTHA 4TQUQ 4K3FA 1DMBA 1Y1MA 3ECRA 3KG2A 3IORA 2WKYA 3LC8A 4KFQA 3H6VA 3AXFA 4OXVA 4FECA 2XXXA 4YMBA 3FJ7A 2H98A 4KR5A 1LCFA 4WXJA 1LFHA 3ZSFA 4LZ7A 4KD5A 4QRZA 1FQEA 5DEXA 3VLWA 1IXGA 3H6UA 5JK4A 2BJJX 4I8CA 3RTFB 2RC8A 4U22A 1NKXA 1NNTA 3FVOA 4IY5A 5AA4A 1GGGA 3KBRA 4RY1A 1H76A 2R6GE 4OWDA 2QSXA 1JW4A 1Y20A 4RA1A 2Q9TA 3O9PA 4R73A 4FATA 1N7XA 1JEUA 2X7PA 5KDTB 2B65A 1SI1A 3CFXA 3UP9A 4IY6A 1YCJA 3ILTB 1XOCA 3F11A 1L5TA 3R26A 1Y3NA 3PPOA 3D4GA 4OYVA 5CMCA 2OZZA 3DM0A 2AYSA 2DE3A 3IB1A 2NWJA 2H99A 3OENA 1POY1 2QL3A 4DXCA 1ZU0A 1Y4CA 3G3JA 3RLFE 2D5WA 1DSNA 4F39A 3PPNA 2PT1A 5TPAB 4OETA 4LVQA 5KCJB 2ONKE 3I5OA 4WEDA 2Q8JA 3OSRA 4R2BA 3IOUA 1N84A 3TTMA 4O3AA 3T93B 3PUVE 2ABHA 5FTIA 3N26A 2NXOA 4ZEDA 1WVJA 3G3IA 4U4XA 5B7DA 4I62A 3BFUA 2XX7A 2UXAA 4ZS9A 3H7MA 4Q30B 3VFJA 3TQLA 1FW0A 3VVFA 2QJEA 3C31A 3LSWA 1LFGA 3UORA 1USYH 5CBSA 1UIVA 1XVYA 1I6AA 3THIA 3RT6B 2X7QA 3M3KA 2RINA 3B6WA 2DOJA 2VGQA 1LAHE 4BDOA 4QFLA 5HM4B 4JWYA 3E4RA 3HV1A 4FAJA 4AQ4A 2ZYNA 3Q29A 4X48A 1MPDA 2AL4A 2OWSA 3TFLA 2A5SA 4ZEBA 4OHNA 2OCUA 4LZ8A 1D3KA 4OFLA 4OZ9A 3MPLA 4F2QA 1DPPA 4F1UA 3IJXB 3ZKKA 1MQIA 5HBCA 5IAIA 2F7CA 4XKRA 2F97A 3SEWA 2R9JA 3TELA 4AB5A 3TQWA 1OLCA 1SI0A 2FA7A 2DWHA 1PDAA 1Q35A 3EPEA 4BDRA 3V8XB 1QKAA 3IK6B 2XXPA 4QSDA 4PP0A 2V93A 2UYEA 5TP9A 3TYHA 2DWAA 3B6TA 4RNSA 4DDDA 1OVTA 1PB9A 4QFPA 3C32A 1P1WA 3KZGA 1B7HA 4HS7A 3PUYE 2F7BA 1DTZA 4R74A 4H5GA 2ZYMA 1T0KA 1XVXA 4NF5B 1B5JA 1JVYA 4WEPA 4YB5A 1LAXA 3UA8A 3EHTA 4G77A 3UIFA 1OQGA 1B2HA 2Y7IA 5LOMA 4EF1A 3SEYA 4LONB 2R71A 1B3GA 2H25A 4XKPA 4TLMB 5CC2A 1QUIA 4ELOA 3G7WA 1LBBA 3CR9A 2NUVA 4IGTA 1MY1A 2HEUA 1MH3A 3FUZA 2O51A 4ELQA 2Q2AA 1B46A 1ZIUA 1H44A 3O6IA 2NVUB 3A09A 3IX1A 5DT6A 1MXUA 4QFOA 2XX9A 3U72A 3MZ1A 5I58A 2YJPA 4JSDA 1SYIA 4QSEA 4IO6A 4H0WA 1ELJA 1JEVA 1NNFA 4E0XA 4ECFA 3PUZE 3TPAA 4GIZA 3HHFA 1EZOA 1USYE 3TTRA 3M3LA 3TCFA 1AIVA 2DXYA 1LAGE 3PMVA 3L6GA 1P1NA 5EYFA 4Z7EA 1XC1A 3U94A 3GBBA 4OFJA 2HAVA 2XHDA 4U1ZA 1FTOA 4GL0A 3PMWA 4DLDA 2ESNA 1US5A 1MS7A 3TTKA 1B3HA 1ZBMA 4KQPA 4U2RA 1NNPA 4RK2A 3FD3A 4EUOA 3S9MC 4XIGQ 4PFTA 3TEPA 2I3VA 2AIXA 5EHMA 3PD9A 1A99A 3FXQA 3TTNA 4G68A 5BWJA 3GZGA 3OO8A 3UK4A 5EHSA 3VVDA 3PUXE 2Z22A 2VOZA 3C33A 1MDP1 5H8QB 4JWOA 2GHAA 3B7DA 3FJMA 3QK6A 4ESXA 3PD8A 3G3GA 4ESWA 4FE8A 2Y7PA 3U8QA 1YTVA 1B05A 3U93A 1M5CA 1GR2A 2O84X 4TLLB 4IO5A 3T66A 1OLAA 4R75A 2X26A 1OIBA 4RPNA 3SERA 5HPQA 4RYAA 2HCAA 4JBZA 4PFYA 1MM7A 4GL8A 2F6PA 4IO2A 1B51A 3OOAA 3KN7A 2YLNA 4NF6A 2XXIA 1MY0A 1B52A 1MY4A 2E0SA 3FJGA 2RF1A 3SESA 1D9YA 1S50A 2PYYA 5H8SA 3UGWA 2DYXA 1H45A 2DXRA 1B6HA 2QRYA 2A5TB 4M1VA 4DXBA 2QMWA 3OO6A 3HN0A 4IO7A 5TPAA 1VE4A 1BIYA 3H03A 1JQFA 1UTBB 2B3FA 4O3BA 4R6KA 3VV5A 1P1QA 4KYEA 5L9SA 3IL1B 4OERA 1YAEA 1A7LA 1IXIA 2UVJA 3FATA 3H6WA 1UTHA 2IEEA 5FHMA 3G3FA 2DVZA 4KPTA 1SQYA 1LAFE 4ELRA 3TODA 1B3FA 1JNFA 4R72A 4WKMA 2E1SA 3MP1A 4AB6A 1ZLQA 1JETA 3N6UA 2O7IA 1MXYA 2Y7RA 3MVZA 3K0VA 3S9LC 2F6GA 1P1UA 3KOTA 2YPNA 1PB8A 3G3KA 4NMYA 1B32A 1PBQA 4ZZAA 3O97A 1ATGA 3H06B 3SEUA 2RC7A 2DWJA 1S9TA 4FEDA 4TOZA 4NEDA 3LR1A 4F1YA 2Z8DA 3FASA 4NF8A 3CSBA 4Z0IA 1GTKA 2AL5A 4R6YA 5CI5A 3V89B 3QAXA 5ISUA 2VP1A 4ZDMA 1PEBA 4DCXA 5I56B 2I3WA 1POTA 3RNNA 3SETA 4GWOA 1QVSA 2V84A 3ILUB 4PE5B 2QS3A 4LUBA 3EQ1A 3MVWA 2RCAA 3H3GA 2Y84A 3T9HB 1II5A 2XXVA 1ZTYA 3C9HA 3MZBA 3I3VA 1N0TA 1NNKA 3TDJA 1A8EA 3VVEA 3O6HA 2F5XA 1MPCA 2ALUA 4H8IA 1Y3PA 2UVHA 2GHBA 4I1DA 3MW0A 1BP5A 3VDFA 1N04A 2QMXA 2OJTA 2REGA 5I59B 1MH4A 3HSTA 1CB6A 3KOSA 1GVCA 4JWXA 4NWCA 5I2KA 1FQFA 4G8MA 1O63A 1MQDA 2HAUA 3TZAA 4F22A 2V3QA 5DVJA 5CMBA 1M5FA 1RYXA 4F3GA 3M8UA 3W15C 5DYHA 1M5DA 3T9XB 2F78A 5A5XB 1I6BA 1UQWA 5I84A 3N94A 1PB7A 4GFRA 4IO4A 1TT1A 4OTEA 3ZKLA 3DP6A 2DQVA 2I6EA 1QJMA 4F29A 3FGSA 1SW4A 1S7YA 5I2NA 3KSJA 1LSTA 5DEXB 2OK2A 1JW5A 1Z7ME 1FTMA 3E9XA 5M2VA 1Y4TA 2KLFA 4X9TA 3SEXA 2VD3A 4MF3A 4C1UA 4RJZA 1QKBA 1R1NA 1FQBA 3MUQA 2XXWA 4HCYA 2ANJA 2HZLA 3O28A 3IOWA 2DE2A 2HQ0A 3QUJA 1MPBA 3CVGA 4QFKA 1B5HA 1Q1KA 4HCWA 5H8FA 1TWYA 2GH9A 2DVCA 5JTYA 4JSOA 2Y7KA 3SEVA 5H8QA 3K1MA 1B4ZA 3K6XA 2ZXTA 1FQCA 1AL3A 1N7WA 3S4UA 4KYSA 3PPPA 1P1OA 1XHYA 4LP2B 3C35A 1LFIA 2LAOA 2I0BA 4JB7A 3S9EA 5AA2A 1MXZA 4THIA 1D4NA 1SVXB 4POWA 2OLBA 1XS5A 1H43A 1IXCA 5H8HA 5ELVA 4EXKA 4H67A 2D3IA 3JZJA 1LB8A 2OWTA 3K01A 3O66A 3USDA 3HO7A 3CFLA 4DE8A 1MXVA 2PX1A 3K1NA 4N13A 4IO3A 2CMOA 2REJA 3O2AA 3G3HA 1GV8A 4HW8A 1URGA 3TAJA 2P2AA 3PPQA 3IR1A 1ZMGA 3PPRA 4YB7A 3TKDA 1OQHA 2VHAA 4KI0E 4R6HA 2VD2A 4G8HA 1EZPA 1EH3A 4GQOA 4EQBA 3KJ7A 3IB0A 1IQ7A 2HXWA 3SDFA 1H3DA 3K6WA 4L17A 3BFTA 3CG3A 2RCBA 3QUFA 2B3BA 2XXQA 1F9BA 3QIMA 4OVJA 4H65A 1FQDA 3K6UA 3FXRA 4U21A 4IGRA 1N3WA 3DELB 5AA1A 2V3TA 1QUJA 2RKMA 3KN8A 3MPKA 4NWDA 2H5YA 3SKPA 4U23A 2F8DA 4FORA 1AOVA 3T9UA 4PETA 3MVXA 1B5IA 3MP8A 4E0WA 4ZEKA 5L9MA 3VXBA 3OSQA 1I6QA 2ZYOA 3O29A 3R6UA 3KEIA 2OBGA 2ZNUA 3CI8A 3FXUA 4NE4A 3TMGA 5TP9B 5I56A 1B0LA 4F31B 1B1HA 4KHZE 3LSXA 1XT8A 4OQOA 2XXTA 4G4PA 3KJTA 5KDTA 4XKQA 4F2OA 3MQ9A 5CMMA 2H9BA 1R9QA 3OELA 1PBPA 2I49A 3OO9A 1NL5A 4NTLA 3K2DA 1DPEA 4I9DA 1EZ9A 1D9VA 1P99A 3H4ZA 4EQ7A 1Z7NE 1YPNA 4G8NA 4X1DA 1FCKA 3MBPA 5F7VA 2P1SA 2H4IA 3C34A 3JV9A 4OMBA 4POXA 4YAHX 1J1NA 3BBRA 2ONSA 3P7IA 1B40A 4GRKA 4F3PA 1RYOA 5KCJA 1A55A 1IUDA 4LQ5A 3U1OA 4EF2A 3IOVA 5I58B 1PC3A 1N76A 3O6GA 1HSJA 2DP8A 3WAFA 2QS1A 3L6HA 2UVGA 5AA2D 1A8FA 4ZE9A 5AA3A 1WDNA 3QYTA 5ITOA 3OMBA 3ODBA 3FIRA 4BDQA 2V25A 1NFTA 4QF9A 3FVGA 1VFEA 2I48A 3K02A 5CMKA 4QSCA 1LB9A 2F34A 2Q89A 1VR5A 1LLSA 1SW5A 4UACA 3C4MA 5K2YA 2P0SA 1MRPA 4G68B 3IJOB 4LA9A 4KYDA 1ANFA 4F18A 4BDLA 1AMFA 1Y1ZA 4BDMA 2Z8EA 1BLFA 3RT8A 1MG1A 5I57B 4C1TA 4OENA 3PMXA 3IB2A 4HTGA 5CM6A 4XTCQ 3TCHA 2PMSA 1FTJA 2XXUA 5KZTA 3FV2A 1SBPA 3CIJA 1NMUA 3FZVA 5FHOA 5H8NB 3V5AA 3K4UA 4MBPA 5DTBA 4EQ9A 2ZNSA 4DCYA 1BTJA 4C0RA 3EHUA 3PU5A 4BDNA 4P0IA 1VFDA 2GRVA 4QFNA 1OMPA 3C36A 4NF6B 4NF5A 3MZ9A 5CRYA 3RY3A 5JEIA 4MLVA 2I4CA 2F7AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QS2A 4MH5A 3U92A 4HXVA 4OVSA 1IITA 5J1DA 4RPOA 3OD7A 3JYRA 3EHSA 3D4CA 3IO4A 1NH7A 1EYJA 3IO6A 3WAEA 1AH5A 4EDPA 3FXBA 2QVRA 2F36A 3Q26A 1MM6A 2DWIA 5ICTA 2XXKA 1B3EA 1MQGA 2PVUA 1IXHA 3QXMA 1TXFA 1IIWA 1B0HA 1UTHB 2RC9A 4PGNA 3K1PA 1FTLA 3GLBA 4N6PA 2Z23A 4NF4B 2GFEA 4R2FA 4LQ2A 3RTWB 4F19A 3GXAA 4JDFA 1UIUA 1Y3QA 1IZ1A 1MQHA 3FVNA 1R6ZA 4ZE8A 3BKIB 1BKAA 5L8DA 4GXAA 2Q88A 1US4A 3S2VA 3T96B 1IMDA 2PT2A 3MAMA 4ZZEA 5ESYA 3LSFB 1A54A 1FQAA 5LTCA 4OA4A 4Q0CA 2QVVA 2Y7WA 1RKMA 4YU0A 5ICQA 3A3CA 3RN8A 2W7YA 2O6AA 4G2ZA 5AE4A 4KCDA 1FPFA 2I4BA 3MVYA 2XX8A 3DP8A 2G93A 5ITPA 4RXLA 3DLNA 1SD3A 1B7UA 4O3CA 5K2XA 2IA4A 5AA4B 2XA5A 3RQTA 1SW1A 4NF8B 2THIA 2ZYKA 1IEJA 2XWOA 3I6VA 2UYFA 2HZKA 2FYIA 3DP4A 2F3DA 5IM2A 4X1BA 4JXIA 3K6VA 3RPLA 1JW1A 1K9YA 4QHQA 4N07A 4PFWA 3VLVA 3PTYA 3E79A 3MC2A 3ZS6A 5ET5A 3CRBA 2FIEA 2O1LA 5F24A 4YKPA 2F35A 1DOTA 3KGCA 2XXHA 4YICA 1NV3A 2CZHA 4RK9A 1MXXA 2DSFA 2UVIA 1O64A 2XD3A 1CE2A 3K00A 5TU0A 4EXLA 3RPWA 5BUUA 3LBSA 4X8RA 1Y9UA 4DIGA 2M8CA 1SPIA 2XXYA 4ZEIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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