3VLWA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with mannuronate-guluronate disaccharide
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
EATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords AlgQ1
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Sugar binding protein
total genus 179
structure length 489
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA02
3LSLA 3OENA 3MVYA 2F7AA 3FVNA 3TCHA 2ZMBA 4I9DA 5I58A 1AL3A 1DPPA 1AH5A 1LAGE 3TQWA 3M3KA 3FD3A 3MJNA 1FW0A 4GVOA 2F7CA 4NWDA 3S9EA 4EUOA 2UVJA 1FQEA 4FECA 3T9HB 3SEXA 3BFUA 5IKBA 1POTA 5EYFA 1TWYA 1XVXA 1NNKA 2XXRA 5H8HB 4KHZE 5HBCA 1B46A 1NH8A 2QS1A 3O2AA 4HCWA 1DTZA 2I6EA 1PDAA 4DCYA 2PVUA 3RQTA 1HSJA 1MXWA 4LQ5A 3TTRA 3S9MC 2XD2A 1TXFA 1A8FA 1Y1MA 2V3UA 3O9PA 2VD3A 1UTHB 3MP8A 3FJ7A 5CMCA 2DWJA 3KG2A 4U4XA 3PUWE 3FVKA 3DM0A 2PBWA 5I58B 3S4UA 3C9HA 3ECRA 3EHSA 4RXLA 4Q5TA 3E9XA 2UYFA 3PMXA 2XD3A 4NF6A 4F3BA 4H65A 3T9VA 4N6PA 3K1MA 4OVJA 2H4IA 3LBSA 2OK2A 1MG1A 2PT2A 3K6UA 4KPTA 3V5AA 3VVDA 1BIYA 2ZNUA 2UXAA 2UYEA 4IB2A 3TTMA 4ELOA 4HW8A 1LBCA 3H6UA 4U1ZA 2A5TA 4EF2A 4JWOA 4QSCA 4ZDMA 3MZBA 1M5BA 1JW5A 1D3KA 4YU0A 2DQVA 2ZYOA 3SEWA 3TDJA 4F2QA 3BBRA 3EPEA 1XT8A 5CBRA 3TELA 2VGQA 3QK6A 4JWXA 5KCJA 3FIRA 4Z7EA 1B3LA 3S2VA 2QSXA 3C31A 4R2FA 1FTOA 2XXYA 2HXWA 5AA2B 1UTBA 4ZEFA 1URGA 3RT8A 1Z7ME 5H8NA 2Y7PA 3F11A 4IO4A 4GF8A 4U1OA 3EQ1A 1MQGA 3OXNA 3RTWB 4NF6B 2ZNSA 3PPPA 5CMKA 1IXCA 1M5FA 1QKAA 1IXHA 3RLFE 5AA2D 1JW4A 2QMWA 4BDOA 2ZYMA 3FXQA 3KN3A 4P0IA 3GLBA 4LZ8A 1PC3A 3IO4A 4NWCA 2Y7IA 3GBAA 4RK2A 2A5TB 1Y9UA 1ZIUA 4G68A 3QYTA 1SQYA 2O7UA 3G3JA 5TU0A 4GQOA 1II5A 2QRYA 2I48A 3N6TA 2DSFA 1Y20A 2HAVA 2QS3A 4OXVA 4XTCQ 5KCJB 2RC9A 4F19A 2GH9A 1UTBB 4LZ5A 2IEEA 5DEXA 1M5DA 1LFHA 3H4ZA 3VV5A 2F5XA 4ZECA 3U94A 5A5XA 4OFJA 1MQIA 2FA7A 2I3VA 4ONYA 4PP0A 1PEBA 1US5A 4NF5A 1MH4A 4DXBA 2O7IA 4IO7A 3L6HA 4IO6A 3VLWA 3LC8A 4IO2A 3GXAA 4L17A 3TFLA 1B51A 4E0XA 4LONB 4O3BA 1MQDA 3PD8A 4YMBA 4FATA 4IY6A 1SYIA 3W9WA 4IGRA 3G7WA 1IXGA 4DXCA 1RYOA 3M3LA 5H8QA 2ZXTA 4F18A 1OLAA 4MH5A 3U8QA 4UACA 2H25A 1XC1A 1MY2A 4QHQA 4KI0E 3DELB 3UP9A 3KZGA 1WDNA 2OCUA 4PFUA 5AA3A 1R1NA 3B6WA 2W7YA 4OZ9A 2F78A 2V84A 3HN0A 2D21A 5HM4B 2PT1A 1B7ZA 2I4BA 5A5XB 3DP6A 4E0WA 5TPAB 2I3WA 3DP8A 3PGFA 4NF5B 2QS2A 4GLIA 1LAXA 4FJPA 1PBPA 1FCKA 2VD2A 4DE8A 3IOUA 2NUVA 4GOTA 1URSA 3Q26A 1MM7A 3CSBA 3ONMA 1I6BA 2AL4A 3H06B 1JQFA 1VSOA 3UIFA 1URDA 1ZMGA 4F1VA 3PU5A 1B2HA 3FASA 4HTGA 2Q89A 1UIUA 2FNCA 4RK9A 2D5WA 5H8QB 3FJGA 3IR1A 3VVFA 2PYYA 3FVGA 3CG3A 2DE3A 2DE4A 1EH3A 4MFIA 3TAJA 4H67A 2GFEA 5CC2A 1QUJA 1VFDA 1H76A 4PFYA 3LR1A 1P1UA 2I58A 5I57A 2DWHA 1MPDA 2DYXA 2OZZA 3A3CA 1MS7A 3JZJA 3HSTA 3OO7A 3IJXB 5B7DA 4ND9A 3W15C 3HHGA 1M5EA 4OERA 5DVFA 1YPNA 3FV2A 5AE4A 1KWHA 2NVUB 4YMAA 4H8IA 3SDFA 1LGBC 3KN7A 4H8JA 1QVSA 2Z23A 5K2YA 2GHAA 3U1OA 1OIBA 3IOTA 2O1LA 1B5IA 2DWIA 3O6GA 5J1DA 4G8MA 2XXPA 2DE2A 5H8HA 3USDA 4JSDA 3FXUA 1WVJA 4KYSA 1B3FA 2H99A 1QUIA 5CMMA 3TPAA 3CFXA 4JBZA 2XXTA 3V89B 3MWBA 4YZZA 3IORA 4ZEKA 3O6IA 1XVYA 4Z0IA 2LAOA 4OQOA 2O1MA 3OMBA 3S9NC 3T93B 4Q8RA 2THIA 3MAMA 3UGWA 5I2NB 4POWA 2DOJA 3HPIA 2Z8FA 4OESA 3R6UA 4NE4A 4JSOA 3OO9A 1FQFA 2ANJA 1LSTA 1AOVA 3VDFA 3IK6B 5DVJA 4QSEA 1MPCA 4KYDA 5TP9A 3K2DA 4G77A 2FYIA 1D9VA 2QMXA 1PB7A 3KOTA 3C36A 2HCAA 2VOZA 1A7LA 4HS7A 4QFOA 1MY3A 1FTMA 3GZGA 1DTGA 4R6KA 3JV9A 3RTFB 1VFEA 3K1PA 3PUVE 5DVIA 3ODBA 2XXQA 4Q30B 1GV8A 5FHOA 2RF1A 3K4UA 3PUYE 2VHAA 1FQDA 3FXRA 2B3FA 1JVYA 1LCFA 1L5TA 3Q29A 4MLVA 1OLCA 3TZAA 1N0TA 3PD9A 1N76A 2ZYKA 5AA2A 2YLNA 4EXLA 4OTEA 3BKIB 2V93A 3VXBA 3K00A 5K2XA 4XXUA 1POY1 5AA1A 5TP9B 2X7QA 4LQ2A 2I0BA 3M8UA 3OSRA 1F9BA 4QSDA 4OEUA 3IB0A 5KZTA 1N7WA 3SKPA 4MBPA 5AA4A 2XX7A 1ELJA 1NNTA 4MF3A 1Q35A 3MQ9A 1USYH 4EXKA 1D9YA 2ONRA 4UA8A 5L9MA 4XKNA 5ICQA 4I8CA 1QULA 1T0KA 3G3HA 4KD5A 3WAEA 4R6YA 1AIVA 3FATA 1H44A 4KCCA 4F3GA 4FORA 3SEVA 3W9VA 5EHMA 1YCJA 4GD5A 2F34A 5CMBA 2DVZA 3IB1A 3OOAA 3M3FA 3PMVA 4RNSA 2HFBA 1SW2A 4N07A 1TFAA 2HQ0A 4F3SA 3ZKKA 2GHBA 3ILTB 3O28A 3B7DA 3HV1A 3H7MA 2H5YA 2XXUA 2Y7WA 1SYHA 2M8CA 3KN8A 5AA4B 5L9OA 2F97A 1IXIA 4U21A 3K0VA 3H6WA 4F3PA 1Q1KA 1VE4A 3LSFB 2Z8EA 4C1UA 1FQBA 1OVBA 2UVGA 2OBGA 3FUZA 4EQ7A 2ONSA 1FQCA 5M2VA 1NMUA 2DXYA 4RY1A 2P1SA 3B6TA 1OVTA 2D3IA 1CB6A 3K01A 4GFRA 2DP8A 3PPOA 3RNNA 3T96B 4ELPA 4EQBA 3Q27A 1EZPA 3H3GA 2F35A 5H8FB 4XKRA 4KFQA 4H5FA 5ITOA 3C32A 2A5SA 4U23A 4LATA 1EZOA 4F1UA 4YKJA 1IITA 5TPAA 4YKPA 3VLVA 4BDNA 2O68A 5CBSA 3S9LC 3TMGA 2NOOA 1SBPA 4ZZAA 3OO6A 3SEUA 3KEIA 4DXUA 4X48A 3OO8A 1UIVA 3IJOB 4LP2B 4ESWA 1ANFA 1H45A 4YAHX 5F7VA 3UA8A 3MP6A 2NXOA 1LAHE 3RN8A 3PPRA 3QXMA 1P1OA 1BTJA 3PUXE 5I84A 3T66A 4OYVA 4R9GA 5CM6A 4OHNA 3HO7A 5KDTB 1Y4TA 4EF1A 3B6QA 3TTKA 1IZ1A 4ZEDA 4RPOA 2I0CA 4O3CA 3TTLA 4P0GA 4RA1A 3U92A 1SD3A 3KOSA 2DS9A 4YB7A 4ISUA 5JTYA 2RC8A 4QFPA 3ZKLA 3QIMA 4G8NA 2REJA 4H1XA 3MVWA 1JNFA 3SERA 1ZLQA 5FTHA 2XXHA 4M4GA 1O7TA 2OLBA 1P1QA 1US4A 2XXVA 1BP5A 4JB7A 5F1QA 2RINA 1Y1ZA 4DLDA 2B3BA 4G8HA 3MBPA 1P1NA 4ESXA 1O63A 1IIWA 2O84X 2VP1A 3QUFA 2CZLA 1A54A 4U2RA 2QPQA 3IB2A 5DTBA 1B4HA 2G93A 1N84A 1P1WA 1MY4A 4THIA 3G3FA 1XHYA 2DVCA 2Q8JA 1R9LA 2AIXA 4XIGQ 3KSJA 2Y7KA 1B6HA 3IX1A 1B7UA 1QJMA 3I3VA 2V3TA 5JTYB 1MH3A 3FJMA 2OWTA 3TODA 1LBBA 1OQHA 4C0RA 4X9TA 4FE8A 1P99A 1FTKA 1ZBMA 1OMPA 4LA9A 1S50A 1LB9A 1LFGA 4LVQA 4WKMA 4R6HA 3HCQA 4LZ7A 5I2NA 1WODA 2H9BA 3MP1A 4K3FA 1A8EA 3RUMA 3FGSA 1SI0A 2XX8A 3OD7A 5DYHA 1B40A 1ATGA 4H5GA 1DOTA 4G2ZA 3AXFA 1JEVA 4NF4A 1SW4A 3C33A 3CFLA 1QUKA 1XOCA 3QSLA 5FHNA 3TYHA 3JYRA 3ILUB 2WKYA 1Y3NA 3TQLA 3BFTA 4OWDA 2X7PA 4JXIA 1D4NA 1RYXA 4OMBA 3E4RA 1AMFA 1I6AA 2RCAA 3RGYA 4WEDA 2PX1A 5ICTA 2HAUA 3FZVA 4PFWA 2RC7A 5HPQA 1HSEA 4PFTA 4R75A 3G3IA 4DZ1A 2I4CA 1YTVA 5FTIA 5I2KA 1ZKBA 1NNPA 3KBRA 3G3KA 3UK4A 4YKKA 1LB8A 1Z7NE 1BKAA 3N26A 3HHFA 3ZSFA 2QS4A 2I49A 2DXRA 4NF4B 3U93A 3EHTA 3T22A 3MVXA 2UVIA 4QFLA 3TKDA 4BDRA 2P2AA 3I6VA 3KSXA 1OQGA 3O29A 4I62A 1B4ZA 3SEYA 3N6UA 1XS5A 4GXAA 1Y3QA 2IA4A 3CG1A 1DPEA 4XKQA 4FIMA 2RCBA 1B32A 4GIZA 3EF7A 4KR5A 1SVXB 1N3WA 2F8DA 4GL0A 4OFLA 1B5JA 2UVHA 1B3HA 4TQUQ 1GGGA 1B0HA 5I2KB 2H98A 3SESA 2ABHA 4FAJA 3K1NA 4KYEA 3QUJA 5BWJA 1NFTA 4FEDA 1B3GA 5FHMA 3VXCA 2X26A 3E13X 3TTNA 1NKXA 3U72A 1M5CA 4ELQA 3PUZE 3A3UA 3TUSA 1QW0A 1IUDA 4G68C 1GR2A 4ZZEA 2Y7RA 1RKMA 3PPQA 3H6VA 3MZ1A 4H6DA 2QJEA 3MPKA 1MY0A 1SW1A 3K6WA 1LFIA 4GL8A 4LUBA 5H8SA 3IO6A 5CI5A 3VE1B 1B3EA 3N94A 2Z8DA 2DWAA 4I1DA 1MXUA 2HEUA 3GBBA 2XXXA 4TOZA 4DCXA 5BUUA 3MUQA 4M1VA 3I5OA 4DDDA 4X1BA 2XX9A 4IGTA 4G4PA 3C35A 4NTLA 1PB8A 5IAIA 5H8FA 1ZU0A 4PQJA 4ZS9A 4P11A 1YAEA 2BJJX 1MXVA 3G3GA 4R73A 3DP4A 4X1DA 2Q9TA 1MDQA 3KGCA 3MW0A 1NH7A 4ZE9A 3K02A 4ECFA 2V25A 3EHUA 5L8DA 1FTJA 1SDXA 1B1XA 1I6QA 3L6GA 5JEIA 2KLFA 5EHSA 3ZS6A 4EQ9A 4AB6A 4DIGA 3KJ7A 2ZNTA 4N13A 2AYSA 3QAXA 4Q0CA 3MPLA 3TCFA 5ISUA 1B9JA 2B65A 3VLUA 4NF8A 4U22A 4BDMA 3RT6B 1S9TA 3CSGA 3THIA 1Y4CA 1N3XA 3T9UA 5KDTA 1MQHA 4F2OA 4WEPA 3R7XA 5JK4A 1S7YA 5I56A 2OWSA 4GRKA 3C34A 1A99A 4F39A 3PV0E 1MQJA 1SI1A 3VVEA 1MPBA 1A40A 4R2BA 1SW5A 3IOVA 1O64A 3FV1A 4F29A 4HCYA 2HZLA 2O51A 5H8NB 4AQ4A 1MXYA 3OELA 5L9SA 4TLMB 5ITPA 2R9JA 3H6TA 4OFOA 1I69A 1LLSA 1IEJA 1DSNA 2XXWA 2F36A 4KQPA 3H03A 3PPNA 2Y84A 2ESNA 3OSQA 4QF9A 5ELVA 5CRYA 1B5HA 1VR5A 3CR9A 5DT6A 4RYAA 4R74A 4NF8B 3LUYA 1MDP1 3Q28A 3V8XB 2O69A 3KJTA 3TCGA 1UQWA 2HZKA 4O3AA 4G68B 4ELRA 4ZEIA 4YB5A 3OEKA 2CMOA 2NWJA 3D4GA 1DMBA 5I56B 1MXXA 2YPNA 3N5LA 4IO3A 3K6VA 3A09A 3VFJA 4U4SA 1J1NA 1N7XA 4GWOA 4RPNA 1FQAA 4YICA 4R9FA 1BLFA 2Z22A 3PMWA 1MRPA 1H3DA 4MLQA 1NNFA 2REGA 5DEXB 3Q25A 1LAFE 1MM6A 1R6ZA 4GXSB 1H43A 1QKBA 3C4MA 1NL5A 2Q2AA 3O97A 2O6AA 4OEVA 2ZYNA 4IY5A 4JWYA 4NEDA 2OJTA 3FVOA 4R72A 4KCDA 4OENA 2GRVA 2V3QA 1PB9A 4NMYA 3D4CA 4F31B 4TLLB 4XKPA 4F1YA 1CE2A 4WXJA 4EDPA 3R26A 1B0LA 3CVGA 1PBQA 2F7BA 3P7IA 4PE5B 1ZTYA 2QL3A 2Q2CA 3IAZA 2F6PA 3V83A 4YB6A 1JW1A 2YJPA 3WAFA 4JDFA 1B05A 3E3KA 3KFMA 4BDQA 5I59A 3MVZA 2ALUA 2XXIA 1JETA 2RKMA 4C1TA 4H0WA 4BLAA 1TT1A 1IQ7A 2XHDA 3IL1B 3LSWA 2F6GA 2AL5A 1N04A 1TFDA 4OETA 3UN6A 1ZJLA 3O6HA 4PETA 3MZ9A 1B1HA 1Y3PA 4ZE8A 2ONKE 2P0SA 4QRZA 3RY3A 3UORA 3MC2A 1B7HA 4F22A 1GVCA 4IO5A 3EN3A 3CRBA 4POXA 3O66A 1EU8A 1B52A 2Q88A 3DLNA 4QFNA 4YKIA 3IOWA 1JEUA 1LCTA 5LOMA 3SETA 1JVXA 3CFZA 4RJZA 2PMSA 4FEBA 3K6XA 1MY1A 1EZ9A 5I59B 4AB5A 4QFKA 1HSLA 1B58A 2E0SA 2R6GE 3T9XB 5I57B 2E1SA 4ZEBA 1R9QA 2G29A 1MXZA 3CIJA 2R71A 4BDLA 5B70A 1UTHA 3CI8A 3RPWA 1GTKA 1USYE 1A55A 3TEPA 1FTLA 3LSXA 3OEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LSLA 3OENA 3MVYA 2V4CA 2F7AA 3FVNA 3TCHA 3BIHA 2ZMBA 4I9DA 5I58A 1AL3A 5EQAA 1DPPA 1AH5A 5ET6A 1LAGE 3TQWA 3M3KA 3FD3A 3MJNA 1FW0A 4GVOA 2F7CA 4NWDA 4UABA 1NV0A 3S9EA 4EUOA 2UVJA 1NV2A 1FQEA 4FECA 3T9HB 4PAKA 3SEXA 3BFUA 2CZKA 5IKBA 5IGAA 1POTA 5EYFA 1TWYA 1XVXA 2FBPA 2L5VA 1NNKA 2XXRA 5H8HB 4KHZE 5HBCA 1B46A 1NH8A 2QS1A 3O2AA 4HCWA 1DTZA 2I6EA 1PDAA 4DCYA 2PVUA 3RQTA 1HSJA 4GBVA 1MXWA 4LQ5A 3TTRA 3S9MC 2XD2A 1TXFA 4QBAA 1A8FA 1Y1MA 2V3UA 3O9PA 2VD3A 1UTHB 3MP8A 4PAIA 5IZ3A 3FJ7A 5CMCA 2DWJA 3KG2A 2XWVA 4U4XA 3PUWE 3FVKA 3DM0A 2PBWA 5I58B 4MNIA 5EYGA 3S4UA 3C9HA 3ECRA 3EHSA 4RXLA 4Q5TA 3E9XA 2UYFA 3PMXA 1VDWA 2XD3A 4NF6A 4F3BA 4H65A 3T9VA 4N6PA 3K1MA 4OVJA 5I3SA 2H4IA 4N6KA 3LBSA 2OK2A 4N15A 1MG1A 4XEQA 2PT2A 3K6UA 4KPTA 3V5AA 3VVDA 1BIYA 1LBVA 2ZNUA 2UXAA 2UYEA 4IB2A 3TTMA 4ELOA 4HW8A 1LBCA 3H6UA 4U1ZA 2A5TA 4EF2A 4JWOA 4QSCA 4ZDMA 2WBBA 3MZBA 1M5BA 2F3BA 4N8GA 1JW5A 1D3KA 4PDHA 4OVQA 4YU0A 2DQVA 2ZYOA 3SEWA 3TDJA 4F2QA 3BBRA 3EPEA 2KQZA 1XT8A 5CBRA 3TELA 4JVIA 2VGQA 3QK6A 4JWXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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