3VLWA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with mannuronate-guluronate disaccharide
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
489
structure length
489
Chain Sequence
EATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords AlgQ1
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
total genus 179
structure length 489
sequence length 489
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlwA02
1UIVA 3SESA 3JYRA 1A55A 4H5FA 5CMMA 4YB5A 3PPPA 1I69A 1P1NA 3S4UA 1FQFA 1N7WA 1PC3A 1UTHA 3KFMA 4GF8A 1XS5A 5I58A 4L17A 4ZECA 1QKAA 1Q1KA 4BDQA 1MQGA 2P0SA 3GLBA 2DQVA 3FXRA 3L6GA 1N3XA 1OMPA 4F3GA 1ZBMA 4KYDA 4YICA 1PEBA 1M5FA 4BDNA 4RJZA 3PPQA 3DELB 5AA3A 5I57A 4KCCA 1SDXA 1FCKA 5A5XB 4PFYA 3EF7A 4TQUQ 1EZPA 2VOZA 1JQFA 1S50A 1Y20A 1UIUA 1ZIUA 4MH5A 4H65A 4GXSB 3UA8A 1N0TA 4QSDA 1FTMA 2O84X 3MUQA 4R72A 3PMXA 4WEDA 3SERA 4IO3A 4H5GA 3K0VA 4F1YA 3JV9A 1B32A 4ZEBA 3N5LA 2Q89A 2UXAA 3TELA 4IO7A 1IXGA 4PFWA 1FTKA 1N04A 1B52A 4YMBA 3C34A 3OELA 5AA4B 3S9LC 1USYH 2ZYOA 4P0GA 1R1NA 3FIRA 3OEMA 3IJXB 4E0WA 1LFIA 1LB9A 1YPNA 2AL5A 1XC1A 1GR2A 4WKMA 5CI5A 1ELJA 3FD3A 3RT6B 1Z7NE 4E0XA 4G68A 3VLVA 3UN6A 4U23A 3FJMA 4POWA 2O69A 2M8CA 2Z22A 4RY1A 3IOUA 5CM6A 3EQ1A 5I2KA 4KHZE 3VVDA 5H8HB 3G3IA 5ITPA 2F7BA 3QUFA 4R2FA 3WAFA 4IO2A 3MP6A 1M5EA 5CBSA 1R9LA 4EF1A 1B3EA 1ZTYA 2NUVA 3THIA 4R9FA 3G3JA 4G68C 3QUJA 2XX7A 4DXCA 4EQ9A 2DYXA 4ELPA 2H9BA 1LAGE 4Q5TA 1URGA 3IR1A 3PPRA 4LA9A 2DS9A 1POTA 2VGQA 2O7UA 1B2HA 3SEWA 3SETA 4H1XA 1AOVA 3TKDA 1B05A 4X1BA 2A5TA 1IQ7A 2Y7IA 1YAEA 2FA7A 3R7XA 5K2XA 4NEDA 4PFUA 3IB1A 3ILTB 5CC2A 3TTKA 3MZ1A 1SI1A 3TUSA 3AXFA 4KQPA 3RTFB 4X1DA 5DYHA 4LUBA 1D3KA 1EZ9A 1QUIA 1N7XA 1US5A 1MY1A 3K00A 2DXYA 3VE1B 3D4CA 2D3IA 3ODBA 1MM6A 1FTJA 1NNPA 2ZXTA 3FXQA 3O6HA 3MAMA 3PUWE 1MM7A 1EH3A 4GIZA 4F2QA 4KI0E 2NWJA 2XXVA 1LBCA 1POY1 4NF4B 1B0HA 1Z7ME 4KD5A 5TP9A 2R6GE 3UK4A 3IB2A 1TFDA 3PD8A 3Q29A 3C4MA 1B7HA 1JW5A 3G7WA 3RN8A 4NWCA 2E0SA 2XXIA 4YMAA 2ZMBA 2G93A 4R6HA 4YB7A 2PT2A 5CRYA 3SEYA 5DT6A 1NNKA 3GXAA 3HO7A 5F1QA 3KN8A 1EZOA 3PV0E 2I48A 2QJEA 1B3FA 2Z8EA 4GFRA 3PMVA 1LLSA 1H44A 4OFOA 2VP1A 1CB6A 2H5YA 5H8FB 5TPAA 4MFIA 4QF9A 5HPQA 4RA1A 3G3GA 2F6PA 3KGCA 5F7VA 1N3WA 2QMXA 2F34A 3FGSA 4JSDA 2Y7WA 1Y4TA 3LBSA 3O66A 4MLQA 3FV1A 3TMGA 3CFLA 1XVYA 3FXUA 1ATGA 4H67A 3M8UA 1SBPA 5HM4B 4RXLA 3TODA 2F6GA 1ZKBA 1M5DA 3TTNA 2DE3A 1FW0A 3KEIA 1S9TA 1URDA 1Y1ZA 2REGA 3H3GA 1MQIA 4HCWA 2D21A 3RUMA 4THIA 3O29A 2ZYNA 1IIWA 3I5OA 1MS7A 3K01A 2QS1A 1BTJA 4XKRA 2F78A 3MZBA 3MVYA 3V89B 3KBRA 4IY5A 4F3BA 1JVXA 4XKPA 1QJMA 4I9DA 1JW1A 5JEIA 2I0CA 5HBCA 4U1OA 4G8MA 2I4BA 3E9XA 3QK6A 4QFLA 3T66A 2DWAA 1A99A 5L8DA 3VLWA 2IEEA 5FHOA 1UTBB 3PGFA 2ESNA 1FQCA 1MXZA 4XXUA 2P2AA 2B65A 3QYTA 4C1UA 5FTHA 5I56A 2PT1A 4Q30B 4R9GA 1CE2A 1SI0A 3TAJA 3K6VA 3FVNA 1JNFA 5H8NA 4XIGQ 1IXCA 3HHFA 3OO7A 4M1VA 3QSLA 5TP9B 2O1LA 3BFTA 3IOTA 2R71A 3PPOA 3U93A 2DXRA 4DXUA 1VSOA 3GBAA 4DDDA 4ELQA 4PP0A 5ICTA 5FTIA 2RCAA 3PU5A 4EF2A 4KYEA 4C0RA 2ABHA 2RINA 4DE8A 2DE2A 4GD5A 4OFJA 2F8DA 1AH5A 3RY3A 3DP4A 1NNFA 4UACA 3MZ9A 3CI8A 3DP6A 2BJJX 4IB2A 3LC8A 4O3BA 4AB6A 3OO9A 2XHDA 2I58A 5AA2A 5I59B 3VVFA 3GZGA 1B9JA 4Z7EA 2V3UA 3IK6B 2QS4A 3HPIA 1A8EA 4FIMA 1IUDA 3KG2A 3FVGA 1PDAA 3O2AA 4ECFA 4HW8A 4EUOA 3E3KA 2XXTA 4PETA 3TPAA 3QIMA 1F9BA 1MY2A 1P1WA 3CRBA 5ITOA 3SEVA 1L5TA 2F7CA 4F39A 3IAZA 3IL1B 4F1UA 1Y9UA 3C33A 3Q26A 1MG1A 4KCDA 2YJPA 4ONYA 1M5CA 3K4UA 1P1UA 4YAHX 3G3FA 4IO4A 5L9SA 1BP5A 2HCAA 4ND9A 5KZTA 3RPWA 1MDP1 4XKQA 4WXJA 1B7UA 2ZYKA 4C1TA 1SW2A 4BDRA 1QUKA 1FTOA 2OJTA 3O6GA 2Q88A 1DTGA 2XXRA 2NXOA 3DM0A 2O1MA 2F36A 4G2ZA 3U94A 5KDTA 2LAOA 2WKYA 3S9EA 1WDNA 4G8HA 4N6PA 1YTVA 4OEVA 3CVGA 4LONB 2CZLA 5I84A 2QS2A 3CSBA 3VLUA 2QL3A 4EXKA 1OQGA 4ZZEA 1XOCA 1A40A 5IKBA 3K1MA 3EN3A 2F5XA 3HSTA 4OXVA 2H25A 4F19A 5EHMA 3BKIB 4OFLA 2F97A 5ICQA 1SYHA 4NMYA 1OQHA 3RTWB 3CFXA 2RC7A 1N84A 3CIJA 5AA2D 4N13A 5DVIA 1A54A 3N6UA 3TCGA 1TXFA 1JVYA 3LSXA 2QMWA 3K6UA 1MXYA 1B5IA 4YB6A 5I2NB 2H99A 1WODA 5KCJB 4U2RA 2F35A 2RC9A 1BIYA 3MJNA 1NKXA 4YKJA 1IXHA 4F22A 4DXBA 1J1NA 3H06B 3ZKKA 1TT1A 5CBRA 1LGBC 4RK2A 3G3HA 4XKNA 5JTYA 1R9QA 4ZE8A 4I8CA 3VVEA 1UTHB 2Q2AA 4TLMB 1US4A 5DEXA 2HAVA 5I58B 1DPPA 1B4HA 3S9MC 4NF8A 2Z8DA 4OESA 1NNTA 2OK2A 4FEBA 3P7IA 2NVUB 4EXLA 3T9VA 1MPCA 1RYOA 4BLAA 2A5SA 2V3QA 4K3FA 1OVBA 3O28A 4U1ZA 5I57B 3IX1A 1DSNA 5B70A 4EDPA 3U8QA 1PBPA 3TYHA 3VXCA 4R73A 2DSFA 1A8FA 3N94A 5L9OA 4AB5A 4F2OA 1GGGA 3UP9A 1VFEA 3A3UA 3ZS6A 3E4RA 2PX1A 1UQWA 4PQJA 1XT8A 4NF6A 2B3BA 3KN3A 3C9HA 2PVUA 1NL5A 4G8NA 4DCYA 3OO8A 4YKPA 4EQ7A 3TFLA 1VFDA 1LCFA 4ESWA 3RLFE 3TTMA 4AQ4A 3MP1A 2AL4A 2UYEA 1PB7A 4F29A 3W15C 3MVZA 3W9VA 1B58A 2XXUA 3C35A 1QUJA 1MPDA 1HSJA 3WAEA 4GXAA 3IOWA 4PE5B 2UVJA 2OWSA 4G68B 1H43A 1PB8A 1MXWA 3OD7A 4R6YA 2XX8A 4YKKA 3Q28A 3H6WA 5I2KB 1P1OA 4FEDA 4LQ2A 1H3DA 2OWTA 4F3SA 1GV8A 3OEKA 1GTKA 2H98A 1I6AA 1Q35A 1A7LA 5CMBA 5ISUA 4LZ8A 4FE8A 1ZMGA 1LAXA 3FASA 3U1OA 4P11A 2OBGA 1IXIA 3ZKLA 1Y1MA 1FQEA 2DWHA 3PMWA 5FHMA 2UVHA 3PD9A 3PUXE 1O7TA 4JWOA 5CMKA 4N07A 4EQBA 3LR1A 3VFJA 4MBPA 3H6VA 3EHTA 1B6HA 5A5XA 1LBBA 5K2YA 2QRYA 3S2VA 3B6WA 2ALUA 4FJPA 4YZZA 1MPBA 2NOOA 2HZKA 4TLLB 1Y3PA 3ECRA 2A5TB 2ZNSA 4BDLA 4KR5A 3PUVE 1IEJA 1LSTA 3K6WA 1D9VA 3KSJA 2I49A 4OMBA 1B7ZA 3SDFA 2XD3A 3KJ7A 5H8SA 4OYVA 4NE4A 1YCJA 1R6ZA 1B3LA 5LOMA 1LAFE 5AA4A 3K02A 2Y7KA 4O3CA 2V25A 2P1SA 4WEPA 3M3FA 1B5HA 2O6AA 4R75A 2F7AA 3SKPA 3MVXA 4QFPA 1GVCA 3HN0A 4U4SA 4HTGA 4XTCQ 3EHUA 1QULA 3ONMA 4YU0A 4ZS9A 2UYFA 3OENA 2GHBA 3TQWA 4FORA 4RYAA 1LFHA 2XXYA 2QS3A 4DZ1A 5H8HA 1NH7A 2ZNTA 2I3VA 4YKIA 4M4GA 3CG3A 2Y84A 1OLAA 2DE4A 2XXHA 4OVJA 3A09A 3TEPA 1JW4A 3R26A 1DMBA 2KLFA 3K2DA 5EHSA 3MVWA 3UORA 1QVSA 4U22A 3CSGA 4LP2B 1MY0A 4UA8A 4OQOA 1I6BA 2AYSA 3MWBA 3USDA 1D9YA 1SVXB 2Y7PA 3FJGA 1TWYA 2ONKE 2OZZA 2HFBA 3BBRA 1FTLA 3Q27A 3FUZA 4ISUA 1NMUA 4I62A 2XXQA 2ONRA 5IAIA 1KWHA 5L9MA 1MQJA 4ZE9A 5BUUA 4F18A 1IITA 3S9NC 4NWDA 2O51A 1Y4CA 3IOVA 4JBZA 3IORA 5TPAB 1DTZA 4DIGA 1LAHE 4H8IA 3V8XB 3G3KA 3QXMA 4H6DA 3B6TA 4ZDMA 4NF5A 1TFAA 1JEUA 5M2VA 4ELRA 3O9PA 2O7IA 1PBQA 3OO6A 3CR9A 3TQLA 4ZEKA 2UVGA 2HZLA 4JWYA 2HXWA 4LZ5A 2DWJA 4ZEIA 4RK9A 3HCQA 2ZNUA 1O64A 4NF4A 1DPEA 2X26A 3F11A 2QSXA 3LSFB 5AA1A 2DOJA 3EHSA 1QKBA 3C36A 3DLNA 1M5BA 2REJA 4I1DA 4X9TA 1H76A 1USYE 3OSRA 2RCBA 2UVIA 3VXBA 3EPEA 1ZJLA 1I6QA 1MH3A 4GOTA 3VDFA 3FV2A 2FYIA 3HHGA 1NFTA 4DCXA 1N76A 4ZEDA 3TZAA 3I3VA 1XHYA 4IGTA 4MLVA 4BDOA 2R9JA 1RKMA 4KPTA 3N6TA 1Y3QA 5DTBA 2THIA 4FATA 5I56B 1FQBA 2XXXA 1ZU0A 3K1PA 4ZEFA 3FJ7A 3N26A 1B46A 1H45A 3FVOA 4DLDA 5H8NB 5H8FA 4OENA 3KOTA 4Z0IA 1T0KA 1DOTA 2W7YA 2RC8A 2XD2A 1VR5A 2PYYA 3R6UA 4OERA 3DP8A 4Q0CA 2VD2A 3M3LA 1FQDA 2I4CA 3E13X 3H4ZA 4RPOA 3U72A 4LATA 5BWJA 2V93A 3T9XB 1SW4A 2HQ0A 2Q9TA 2I0BA 4PFTA 4IO5A 3IJOB 3U92A 4R6KA 3CFZA 2D5WA 2V3TA 4IO6A 3V5AA 3O97A 2RF1A 4MF3A 4QSEA 3O6IA 4KYSA 1FQAA 5J1DA 4H8JA 3RGYA 2ZYMA 1P99A 3OOAA 3L6HA 3D4GA 1JEVA 4GWOA 2YPNA 5TU0A 5AA2B 5H8QA 4QFKA 1BLFA 1HSLA 1S7YA 3B6QA 4BDMA 2Z23A 1VE4A 4QFOA 3A3CA 3UIFA 2IA4A 3H03A 1ZLQA 3BFUA 1QW0A 4GVOA 3K1NA 4OWDA 3FZVA 1ANFA 4JWXA 1OIBA 4NF5B 3TTLA 2VHAA 4H0WA 1B3GA 1URSA 1OLCA 1UTBA 1LCTA 3T22A 1AMFA 1D4NA 1Y3NA 4FAJA 1B40A 2FNCA 3QAXA 1OVTA 4R2BA 4QRZA 2V84A 3JZJA 3UGWA 3LUYA 3RNNA 1MDQA 3MPKA 1IZ1A 3K6XA 3SEUA 1EU8A 2AIXA 3ILUB 3H6UA 1MQDA 2GRVA 3OXNA 1MXVA 4QHQA 3KOSA 1II5A 5ELVA 1LB8A 4HS7A 1SW5A 4OZ9A 5KDTB 1LFGA 3IB0A 4QFNA 5AE4A 2XXPA 4HCYA 1B0LA 1HSEA 4IGRA 3PUYE 2H4IA 3T9UA 3TCHA 1MRPA 1B4ZA 4G77A 2RKMA 4JXIA 4GRKA 4RNSA 4F3PA 3Q25A 2GHAA 4OEUA 4U21A 1P1QA 5I59A 4NTLA 4ESXA 4IY6A 1B1XA 4LVQA 2Q8JA 3LSWA 3TCFA 5FHNA 3C31A 3H7MA 3RT8A 4OHNA 1AL3A 2GFEA 1WVJA 4TOZA 1MY4A 4LZ7A 2HAUA 2DWIA 2I3WA 4POXA 2PMSA 3CG1A 3MPLA 3PPNA 1NH8A 3T96B 4RPNA 1MQHA 2I6EA 1MH4A 4LQ5A 1MY3A 3FATA 3MBPA 5CMCA 4F1VA 1BKAA 1JETA 3KN7A 2PBWA 2XXWA 4ELOA 1PB9A 2QPQA 3KSXA 3T93B 4KFQA 3IO4A 5JTYB 3OMBA 3IO6A 4ZZAA 4R74A 4OETA 3PUZE 3B7DA 1SW1A 5DEXB 2ANJA 2E1SA 3HV1A 4NF8B 4OTEA 2ONSA 3FVKA 5H8QB 3V83A 4U4XA 4GLIA 2OLBA 3W9WA 1B3HA 3TDJA 3KZGA 3H6TA 2XX9A 4F31B 1B51A 2Y7RA 3MP8A 2O68A 1SYIA 4Q8RA 2GH9A 3MQ9A 3MC2A 5JK4A 4QSCA 3VV5A 4G4PA 4FECA 4JB7A 2CMOA 3SEXA 4GL0A 1MXXA 2VD3A 1SD3A 4GL8A 1SQYA 1O63A 4NF6B 4X48A 3ZSFA 2G29A 5DVFA 2OCUA 4JDFA 5B7DA 1RYXA 2DVZA 2YLNA 2Q2CA 1AIVA 3I6VA 2DP8A 3RQTA 4JSOA 2HEUA 5DVJA 2X7QA 4P0IA 2Z8FA 1B5JA 2X7PA 4O3AA 3M3KA 3OSQA 2B3FA 1MXUA 3GBBA 5EYFA 5I2NA 3C32A 5KCJA 1XVXA 3LSLA 3MW0A 3T9HB 4GQOA 3TTRA 1B1HA 3KJTA 2DVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIVA 3SESA 3JYRA 1A55A 4H5FA 1EYKA 5CMMA 4YB5A 3RPLB 3PPPA 4GWWA 1FPEA 1KA1A 2XWVA 1I69A 1P1NA 3S4UA 1FQFA 1N7WA 1PC3A 1UTHA 4IR8A 3KFMA 4GF8A 1XS5A 5I58A 4L17A 4UABA 4ZECA 5EQAA 1QKAA 5EQ7A 1Q1KA 4BDQA 1MQGA 2P0SA 3GLBA 2DQVA 3FXRA 4GBWA 3L6GA 1N3XA 1OMPA 4F3GA 1ZBMA 2HHMA 4KYDA 4YICA 1PEBA 4PE3A 1IMCA 1M5FA 1NUWA 1YYZA 4BDNA 4RJZA 3PPQA 3DELB 5AA3A 5I57A 4KCCA 1SDXA 1FCKA 4PFRA 5A5XB 4PFYA 3EF7A 4TQUQ 1EZPA 2VOZA 1JQFA 1S50A 1Y20A 1UIUA 1ZIUA 4MH5A 4H65A 4GXSB 3UA8A 1N0TA 4QSDA 1FTMA 1LBXA 2O84X 3MUQA 4R72A 3PMXA 4WEDA 3SERA 4IO3A 1DBZA 4H5GA 3K0VA 4F1YA 3JV9A 3FXBA 2VT5A 1B32A 1FJ6A 4ZEBA 5IZ3A 3N5LA 4GWSA 2Q89A 2UXAA 3TELA 4IO7A 2Y5KA 1IXGA 4PFWA 1FTKA 1N04A 1B52A 4YMBA 4O8MA 3C34A 4OA4A 3OELA 2Y5LA 5AA4B 3S9LC 1USYH 4NHBA 2ZYOA 4P0GA 4DI3D 1R1NA 3FIRA 3OEMA 1D9QA 3IJXB 4E0WA 1LFIA 1LB9A 1YPNA 1FPFA 2AL5A 1XC1A 4MNIA 1RDYA 1GR2A 4WKMA 5CI5A 1ELJA 3T0JA 3FD3A 3RT6B 1Z7NE 4E0XA 4G68A 3VLVA 3UN6A 4U23A 3FJMA 4POWA 2O69A 4LN5A 2M8CA 2Z22A 4RY1A 3IOUA 5CM6A 1FBGA 3EQ1A 5I2KA 4KHZE 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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