1B46A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kpk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b46A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b46A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b46A02
1NMUA 1GVCA 1FTMA 3IJOB 5CMMA 3K00A 3TTLA 1FTJA 2I3VA 1MY0A 3MP1A 1ZKBA 4DXCA 2ONSA 1Y3QA 3PD9A 3FXRA 5AA1A 2OBGA 4OEVA 3MWBA 1P1OA 3PUWE 1FQDA 1LAXA 4JBZA 2G93A 4RXLA 3MPKA 4G68B 3MVZA 2DWHA 3FJ7A 4Q0CA 4GD5A 2FNCA 3PPNA 4KPTA 1B7UA 1PB9A 2XXXA 4R73A 4EUOA 1FQCA 2XX7A 4PFTA 3T9XB 1LFIA 5ITPA 3TTRA 2DE4A 2OWTA 4ZS9A 5LOMA 1UIVA 2A5TB 3S9LC 1A99A 4BDOA 3PD8A 4NE4A 4GRKA 3LR1A 1PC3A 2R71A 3UK4A 1I6QA 2XXUA 2ONKE 2REJA 1Y1MA 4NTLA 1JNFA 1D3KA 4OEUA 3TCGA 3PU5A 4H8IA 2IEEA 4UACA 4KHZE 2YLNA 1POY1 2O7IA 2QPQA 3VLWA 4NF5A 1A55A 4F19A 4XKRA 1WVJA 2B4LA 1EZPA 2PBWA 3TDJA 4HCYA 1M5BA 1CE2A 2I4CA 4KYSA 2GHAA 3MAMA 4PE5B 1MQJA 3DRFA 5K2XA 3BBRA 5I59A 1II5A 1R9LA 4KYDA 1MXUA 1A7LA 1SDXA 1MH4A 1HSEA 3EHTA 5CMBA 4HCWA 3UP9A 2HXWA 3MW0A 1GV8A 2DWJA 1RYXA 1GTKA 3E3KA 4R75A 1IXCA 1I6AA 3C31A 1TXFA 5AA2A 1YAEA 4H67A 2OZZA 4RYAA 4EQ9A 1B3HA 2I0BA 4EF2A 3VVFA 4N13A 3WAFA 1DPPA 4C1TA 2O68A 3SEYA 1MXWA 3K1PA 3TMGA 1A8EA 1NL5A 3O28A 2ANJA 2XXQA 3VFJA 5DEXA 4G8NA 1DTZA 1SYIA 2O1MA 1ZIUA 4KCCA 3KEIA 2RF1A 1N3XA 3OXNA 2R6GE 4LZ8A 2E0SA 4IGRA 3C36A 4FECA 2NVUB 3U8QA 2RC7A 4ECFA 2AIXA 4FAJA 4YKIA 4EQBA 1OQHA 3RQTA 3C9HA 3O2AA 2GHBA 1LAFE 4YAHX 4X1BA 3FVGA 3FD3A 2ALUA 4QFOA 2G29A 3TQLA 4U1OA 1Q1KA 3VLVA 2XXWA 1OLAA 3IO4A 4JB7A 2WOPA 1MXYA 3DRGA 4QSDA 2I58A 2H98A 3MUQA 4U21A 2Y7WA 4R9FA 3ECRA 4POWA 5DEXB 3V8XB 4HW8A 3QSLA 4OVJA 1YTVA 4IY5A 5EHSA 1MDQA 2DP8A 4LONB 2GRVA 4XXUA 1VR5A 1BKAA 3MBPA 4P0GA 1YPNA 3B6TA 1RYOA 2DXYA 3RGYA 3DRIA 1QUIA 1DOTA 4GWOA 4DCYA 3TKDA 4M4GA 4F18A 3T22A 3CSBA 4R6KA 3RN8A 5M2VA 3CR9A 3TFLA 4F31B 4BDLA 3MP6A 2RC9A 1T0KA 2ZNSA 1QUJA 4ZEIA 1US5A 5ELVA 1Y4TA 1JVYA 1B51A 1A40A 1IXHA 5JTYB 3QXMA 3OO7A 3U94A 1FTKA 2QS2A 4POXA 2XHDA 4AQ4A 2Z8FA 5K2YA 2DOJA 4U4SA 4E0WA 4DIGA 4OFLA 3PPPA 3VE1B 5I58B 1NNKA 3SKPA 4O3CA 3OOAA 1Y20A 4OYVA 1BIYA 4ZEBA 3V5AA 1A8FA 1P1QA 4MBPA 5DVFA 3G3FA 3V83A 1SQYA 3O9PA 4JDFA 1IZ1A 5CI5A 4YKKA 1P99A 4KI0E 1US4A 5HM4B 4ELOA 3Q28A 1LAHE 2DVZA 3KJ7A 3RPWA 1NNPA 1QUKA 1IQ7A 2XD2A 5HBCA 4ZE8A 1MQGA 2Q9TA 3HSTA 3S9EA 3K6VA 1B0HA 1ZLQA 3CFZA 1Y3NA 4OHNA 2QS3A 2RINA 1FCKA 3KN8A 3FUZA 3FXQA 4YZZA 5A5XB 4RJZA 2V3QA 3VV5A 4U1ZA 5I56A 4NF6A 4DZ1A 4OMBA 5KCJB 1ZTYA 4I1DA 1F9BA 1Y1ZA 3DRKA 5EYFA 5BUUA 1URDA 2WKYA 5F1QA 1B7HA 4GVOA 1SI1A 4XIGQ 3CVGA 3S9MC 3VVEA 2QL3A 4F1YA 2F78A 1O64A 5DVJA 1IIWA 1NH7A 2F7AA 3DLNA 1L5TA 2UYFA 4YICA 3CFXA 3OO9A 3K01A 1UTHB 1LFHA 3T93B 4GIZA 3M3KA 3S9NC 3VXBA 4OESA 4ZEFA 4G8HA 1H3DA 2F6GA 4LUBA 2DE2A 4R9GA 5H8SA 1M5EA 1SVXB 1TFAA 4N6PA 5B70A 3TZAA 3GBAA 2THIA 1MXVA 3FZVA 3TELA 1GR2A 4PQJA 2PVUA 1PBPA 3O6HA 4EQ7A 3FASA 4PFYA 4F1UA 1DPEA 5L9OA 1R9QA 2A5TA 2RCAA 3DRHA 2R9JA 1ELJA 3TEPA 1Y4CA 4WXJA 3Q26A 2Y7PA 1B0LA 3H06B 3PPQA 4PETA 3PUVE 1ANFA 1ZU0A 4X9TA 3I6VA 1MPDA 2QMXA 1A54A 3U72A 4MF3A 2P0SA 3EPEA 3PAMA 4IO2A 2OWSA 2D5WA 1B5IA 3TPAA 3QK6A 3K6XA 5CBSA 4R74A 2D21A 3RT8A 1OIBA 3HHFA 4PP0A 3ILUB 3MVXA 1N3WA 4KYEA 4OZ9A 5FTHA 1J1NA 1NNFA 5JEIA 4H6DA 1LBCA 4Z7EA 5B7DA 3W9WA 4F39A 5HPQA 2O51A 2X26A 4OQOA 3IAZA 3N5LA 2O69A 1MY1A 2UVJA 2VP1A 1N7XA 1SW4A 3USDA 1B5JA 3M3LA 1P1WA 2Y7RA 4GQOA 1PB8A 3H03A 1ZJLA 1B3LA 3GBBA 1WDNA 2Q89A 4PFUA 2O1LA 3LSLA 2ZYNA 3EHUA 1MY3A 3PV0E 1FQEA 2UXAA 3Q29A 3O6GA 3RTFB 1OQGA 1SD3A 1D4NA 2ZNTA 5TP9B 1B1XA 4ESXA 1XOCA 3PGFA 3RYAA 3G3JA 3OEKA 4XKNA 1S7YA 3PUYE 4O3BA 3MZ9A 4ZDMA 3JYRA 3CRBA 1B7ZA 1M5DA 3C4MA 1IXIA 4Q5TA 2NXOA 2B3FA 1BTJA 4NMYA 1QKBA 2QMWA 1IUDA 3IO6A 4JSDA 1B32A 3ZKLA 3C34A 5AA2D 3FJGA 2NWJA 3MVYA 1MG1A 4X1DA 1JEUA 4NF4B 1AH5A 3HPIA 1XHYA 1SYHA 5ISUA 4R6HA 2F6PA 3E13X 1Y3PA 2F34A 4G77A 3HV1A 3Q25A 3N94A 4LA9A 3AXFA 3A3UA 4BDMA 3VLUA 3ZKKA 1ATGA 1JVXA 2XXHA 3O29A 3T9UA 2QS1A 1B1HA 3MVWA 3LSXA 2B4MA 1TT1A 4EXKA 1N76A 3UIFA 4QRZA 1OLCA 1LB8A 1AIVA 1NFTA 4JWYA 1NNTA 3TTMA 2HZKA 4R6YA 5CMCA 4YB5A 3H6WA 2ZYMA 5KDTA 4ELQA 4EF1A 1H76A 1B40A 2RKMA 2FYIA 4GFRA 4ESWA 2IA4A 2UVIA 3EN3A 1MRPA 5ICQA 1QULA 3H7MA 4H65A 4R72A 5JTYA 5ICTA 5I2KB 3N6TA 5AA3A 4L17A 4XTCQ 3MP8A 3TYHA 5AA4B 1SI0A 1EZOA 4Q30B 1LB9A 4FJPA 2HCAA 4TLMB 3M3FA 1R6ZA 1B4ZA 3SEUA 3QYTA 4OERA 1JW1A 1TWYA 2I6EA 2Q2CA 4KR5A 3RT6B 5JK4A 5FTIA 1EH3A 3R7XA 5H8QB 5I58A 4IO6A 3ODBA 3LC8A 4ZE9A 3R6UA 4QHQA 2I49A 1PBQA 4WEDA 4LP2B 1Q35A 1B6HA 4YB6A 3RY3A 5KDTB 3VDFA 3KG2A 1EZ9A 2CMOA 2V93A 3FATA 3K6UA 2XXPA 3ONMA 2HZLA 2Y7IA 2ZYOA 3IL1B 1JW4A 2XX8A 2QSXA 3FJMA 3JV9A 1DMBA 4WEPA 3UA8A 3UGWA 4BDQA 2O6AA 3KZGA 3QUJA 5A5XA 1N04A 2YPNA 3PPRA 4NWCA 1B3EA 1FTOA 1H43A 2F36A 4F3GA 1SW5A 4QSCA 2H5YA 3LBSA 1TFDA 2F8DA 4F2QA 1PB7A 2X7PA 3H6VA 5KCJA 3PMWA 1B9JA 1VFDA 2I0CA 1QVSA 2VHAA 2PX1A 1S50A 4LZ5A 1JQFA 4MLQA 2HAVA 3BFUA 4U23A 2I3WA 3C35A 3FXUA 4ELPA 4XKQA 5FHNA 1UTBB 1PEBA 3OENA 3KOSA 3S4UA 4N07A 1FTLA 2B65A 4JSOA 4MFIA 4F1VA 3OO8A 4ELRA 3B7DA 1B5HA 5DTBA 2DS9A 3I3VA 3MPLA 3GLBA 1UTHA 3LSFB 5CBRA 1MXZA 4I8CA 5FHOA 5I57B 2FA7A 4ZEDA 1LFGA 3MJNA 2VGQA 2NUVA 2VD2A 3B6QA 1LCFA 5H8HB 2HAUA 4QF9A 3K4UA 5DYHA 1USYH 4HS7A 5IAIA 3THIA 3MZ1A 4IO3A 4YKJA 1Y9UA 3ZSFA 3K6WA 3PPOA 2OCUA 4F2OA 4F29A 1UIUA 3EHSA 5EHMA 4FATA 3T66A 1RKMA 4IB2A 3V89B 3EF7A 5CC2A 2DE3A 3U1OA 4G8MA 1D9VA 3TTNA 3OEMA 2ESNA 1USYE 3L6GA 3T9HB 3O6PA 3SDFA 5H8NB 3RLFE 2F5XA 2PT2A 3SEWA 4AB5A 1OVTA 2WOKA 2RC8A 4LQ2A 4F3BA 3CHGA 3RUMA 1MM7A 3TUSA 2XXTA 3BFTA 1QW0A 2PMSA 3H6TA 3G3IA 4ZEKA 4OFJA 3L6HA 4P11A 2NOOA 4NF8B 1ZBMA 3QIMA 1KWHA 2XXYA 3K2DA 3ZS6A 1MM6A 2XXVA 5BWJA 3CG1A 4OWDA 3KFMA 3F11A 2PT1A 2YJPA 1JW5A 1URGA 3OSQA 1B46A 5L9MA 3PMVA 2OK2A 2V84A 3MZBA 3IB0A 4ONYA 4JXIA 2QJEA 4I9DA 2VD3A 4IO7A 5AE4A 4H1XA 2V25A 5J1DA 4F3SA 2ZMBA 3K1MA 4QSEA 3IOWA 3T96B 2F7CA 2RCBA 3A09A 3FVOA 5CMKA 4E0XA 2PYYA 2F7BA 3C32A 4OTEA 1MDP1 4NEDA 4BLAA 1LCTA 4R2BA 5TPAB 4YMAA 4FORA 2DSFA 4H5FA 4GL8A 5TP9A 3H3GA 1MPBA 3O6IA 3KJTA 3GXAA 1H44A 4FEDA 4GF8A 4QFLA 1HSLA 3JZJA 3CG3A 1URSA 5H8FB 4U2RA 1AL3A 4DLDA 1N7WA 3RYBA 4TQUQ 1GGGA 4RPNA 1B05A 1MQDA 3PUXE 4I62A 4H8JA 1N84A 4DDDA 2XXIA 2REGA 3PMXA 4OENA 2O7UA 2DWAA 1MQHA 4KD5A 3B6WA 4GXSB 1MPCA 3SERA 1UQWA 3MC2A 3DELB 3A3CA 2LAOA 1B3GA 4FIMA 4NF4A 3G7WA 1VE4A 5L9SA 2BJJX 4THIA 4Z0IA 2HQ0A 3TCFA 1P1NA 4RY1A 4LQ5A 3EQ1A 3UORA 1O7TA 4BDNA 3R26A 2H9BA 2XX9A 3DP4A 1ZMGA 3LSWA 3OD7A 3IX1A 3E4RA 4G4PA 1MY2A 1BP5A 3IB1A 3VVDA 3FV2A 3ILTB 4ISUA 1YCJA 4IO5A 2HEUA 2H25A 5DVIA 2QRYA 4G2ZA 4F22A 3IORA 1LSTA 2Q2AA 3CFLA 3FV1A 3I5OA 3K0VA 4RK2A 4MLVA 2X7QA 3SEVA 3RTWB 5I2NA 2M8CA 1LBBA 3KGCA 1M5FA 1POTA 5I2KA 4LATA 1MY4A 4C0RA 3U93A 4K3FA 3RNNA 5AA4A 4KFQA 5ITOA 3UN6A 2I4BA 3CI8A 3IOTA 4NF5B 1PDAA 2UVHA 5CM6A 1FQBA 2Z23A 3G3GA 3KSJA 2XXRA 5H8QA 4P0IA 2WOLA 1XS5A 2AL5A 3H6UA 2F97A 3FIRA 1CB6A 4OXVA 5I59B 4X48A 2OLBA 5F7VA 1VSOA 3DM0A 1FQAA 2D3IA 3C33A 4M1VA 3G3KA 4WKMA 3KSXA 4GLIA 2DWIA 3BKIB 2E1SA 4DXUA 1IEJA 4ZZEA 3TCHA 1S9TA 1MS7A 4O3AA 5I2NB 2OJTA 2A5SA 1XVXA 5AA2B 1LLSA 4R2FA 3TQWA 1H45A 1Z7ME 2GFEA 3OSRA 1LGBC 4IO4A 3IOUA 2GH9A 3WAEA 2ABHA 1M5CA 1FQFA 1D9YA 3FVNA 1R1NA 1OMPA 2Q8JA 1JEVA 1LAGE 1B4HA 3S2VA 2V3TA 2ONRA 4QFKA 1IITA 3H4ZA 4H0WA 1MQIA 4AB6A 3QAXA 4KCDA 3KN7A 4QFPA 3IR1A 3LUYA 1HSJA 4LZ7A 1BLFA 4JWOA 3O66A 3T9VA 1QKAA 1UTBA 1Z7NE 2F35A 2ZNUA 3DP8A 3KBRA 3K02A 3PUZE 3P7IA 2Q88A 2V3UA 4GXAA 1B2HA 2VOZA 4GOTA 5I57A 3OO6A 4YKPA 4DXBA 3GZGA 3M8UA 4RA1A 2W7YA 3K1NA 1NH8A 5H8HA 2DQVA 3DRJA 3OMBA 4LVQA 2Y7KA 3HHGA 2KLFA 1N0TA 3CSGA 3HCQA 4C1UA 3IB2A 1IXGA 5IKBA 1EU8A 5FHMA 2DYXA 3E9XA 1XVYA 4HTGA 5KZTA 2O84X 1B52A 1SW2A 4GL0A 4MH5A 4FE8A 3W9VA 1XT8A 2Y84A 1AMFA 4QFNA 3KOTA 5H8NA 3D4CA 2AYSA 3TODA 5L8DA 4XKPA 1NKXA 3U92A 3KN3A 3DP6A 3CIJA 3HO7A 1WODA 1O63A 4U22A 2UYEA 2Z22A 1I6BA 1MH3A 2DVCA 1QJMA 2AL4A 3IK6B 3N6UA 4RNSA 3Q27A 4YB7A 2Z8DA 1I69A 1SW1A 3LVUA 2CZLA 3MQ9A 3N26A 4NF8A 3SETA 3OELA 4BDRA 3O97A 3FTOA 2H99A 3FVKA 4UA8A 4OFOA 1VFEA 4IY6A 3TAJA 2B3BA 4ND9A 1JETA 4U4XA 4KQPA 1MXXA 3FGSA 2QS4A 1P1UA 1DTGA 3D4GA 3SEXA 2Z8EA 4ZECA 2HFBA 4RPOA 4YMBA 1DSNA 4FEBA 2I48A 5CRYA 4YU0A 4Q8RA 1FW0A 2ZXTA 4H5GA 3IOVA 2P2AA 3HN0A 4G68C 4TOZA 5I84A 2ZYKA 4F3PA 2P1SA 4EDPA 1B58A 3W15C 5TPAA 3IJXB 1AOVA 4PFWA 1SBPA 3TTKA 4OETA 3QUFA 4ZZAA 2UVGA 5I56B 4DCXA 4NF6B 4G68A 5H8FA 3SESA 1OVBA 2DXRA 1XC1A 2XD3A 2H4IA 4IGTA 5DT6A 4NWDA 1B3FA 3VXCA 4TLLB 4EXLA 4DE8A 3G3HA 4JWXA 5TU0A 4RK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YYZA 1NMUA 1GVCA 1FTMA 3IJOB 5CMMA 1KZ8A 3K00A 1IMCA 2VPOA 3TTLA 1FTJA 2I3VA 5EQ7A 1MY0A 5EQ8A 4MNPA 3MP1A 1ZKBA 4DXCA 2ONSA 1Y3QA 3PD9A 1NV1A 3FXRA 1K9YA 4N6KA 5AA1A 2OBGA 4OEVA 2CEXA 3MWBA 4PF6A 1P1OA 3PUWE 1FQDA 1LAXA 4JBZA 2G93A 4RXLA 3MPKA 4G68B 4PFRA 3MVZA 1NI9A 2DWHA 3FJ7A 4Q0CA 4GD5A 2FNCA 3PPNA 4KPTA 1B7UA 1PB9A 2XXXA 3EKIA 4R73A 4EUOA 1FQCA 1LBWA 2XX7A 4PFTA 3T9XB 1LFIA 3U65A 5ITPA 3TTRA 2DE4A 2OWTA 3RPLA 4ZS9A 4G61A 5LOMA 1UIVA 2A5TB 1D9QA 3S9LC 1A99A 1AWBA 4BDOA 3PD8A 4NE4A 4GRKA 3LR1A 1PC3A 2R71A 3UK4A 1I6QA 2XXUA 2ONKE 2REJA 1Y1MA 4NTLA 1JNFA 1QGXA 1D3KA 4OEUA 3TCGA 2CZHA 3PU5A 4H8IA 2IEEA 4UACA 4KHZE 2YLNA 1POY1 2O7IA 2QPQA 4PBQA 5FBPA 1Q9DA 3VLWA 5ESYA 4NF5A 1A55A 4F19A 5I7IA 4XKRA 1WVJA 2B4LA 1EZPA 2PBWA 3TDJA 4NHBA 4HCYA 1M5BA 1CE2A 2I4CA 4KYSA 1VDWA 2GHAA 3MAMA 4PE5B 4PFBA 1MQJA 3DRFA 5K2XA 3BBRA 5I59A 1II5A 4KYDA 1R9LA 1MXUA 4MMPA 3FBPA 1A7LA 1SDXA 1MH4A 1HSEA 3EHTA 1FJ6A 4OVPA 4NAPA 5CMBA 3IFCA 4HCWA 3UP9A 2HXWA 3MW0A 1GV8A 2DWJA 1RYXA 1GTKA 3E3KA 4R75A 1IXCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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