1B46A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kpk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b46A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b46A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b46A02
3QYTA 3SDFA 2HAVA 4F3PA 2QSXA 4KPTA 4R2BA 1B32A 5J1DA 1VE4A 1ZTYA 1II5A 1EZ9A 5H8FB 3O6GA 4YKJA 3K6VA 4NF4A 4N07A 1MPBA 2I48A 1DOTA 3IOWA 5DYHA 2DVCA 4OTEA 1Y3PA 1MS7A 4PFUA 1B5IA 2XXHA 5CMMA 4K3FA 2NOOA 3QAXA 1NNPA 5I59B 4R74A 5I58B 5JTYB 4C0RA 5KZTA 1IXGA 3FTOA 2VGQA 4RK2A 4X48A 4MLVA 4F3SA 5EHSA 5AA1A 3C32A 2ZYKA 4GXAA 3DRKA 1IXCA 3LSFB 3T9VA 4F31B 3WAEA 2Y84A 4IO6A 3SEWA 3UN6A 2PYYA 4GF8A 3K1PA 4LONB 4YMBA 4X1BA 1UIVA 4WEDA 2Y7KA 3N6TA 5CBSA 2V3TA 3DRJA 3C9HA 3OSQA 2QS4A 4KCDA 3RY3A 2DQVA 2RC7A 1N84A 3IJXB 1SI0A 4GVOA 2DYXA 4Q5TA 1Q1KA 1URDA 1H3DA 4AQ4A 5CMKA 3H06B 3U92A 4U4XA 2DXRA 4NTLA 3KOTA 3RTWB 3TZAA 3N26A 3O2AA 4PFYA 4HCYA 2GHBA 4F19A 1MH3A 1I6AA 3QUJA 3H03A 1B3EA 5KDTA 1N7XA 1AIVA 3OO8A 3U93A 2XXIA 3KJTA 3G7WA 1MQDA 2HXWA 1H43A 1B51A 1JETA 2GHAA 4JDFA 1R9LA 3OO9A 1Y3NA 2DSFA 3TFLA 3PPOA 4LUBA 2R6GE 3PMWA 1B3GA 3OMBA 1B1HA 1XVXA 3CG1A 3W9VA 4BDNA 3B6WA 3G3IA 3CI8A 1B7HA 5CM6A 4XKRA 4KD5A 4YAHX 3H4ZA 4OYVA 4O3AA 4HW8A 4I62A 2GH9A 1SYIA 3FIRA 4OEUA 3S9LC 3TCFA 4EQBA 5CI5A 3UIFA 2LAOA 2DWIA 4R73A 2O69A 3FJ7A 2ESNA 3TTKA 3M3FA 3E9XA 3VXBA 1NMUA 1PB9A 4LZ5A 3ZS6A 2XXYA 2QPQA 3MVXA 3ODBA 1B3FA 1R9QA 1PEBA 1JQFA 3K4UA 3F11A 5BWJA 3HV1A 1NL5A 3PPQA 5FHNA 2XD2A 3VVEA 3TAJA 2G29A 5L9MA 1SD3A 5H8NA 5H8FA 1EZPA 1EU8A 3SETA 4R6HA 3RT8A 1MY3A 4QSCA 3VLUA 3CHGA 2BJJX 2O6AA 1SYHA 1LFGA 3MPKA 4TQUQ 2PT1A 3LSWA 3OENA 4H8IA 4PQJA 3UGWA 2WOLA 2R71A 1TFAA 3UP9A 4FATA 5H8SA 4G68C 5I59A 3T93B 2DWJA 1B9JA 5I58A 4GIZA 2UXAA 3G3GA 3R6UA 2XXQA 4EXLA 2DE2A 2OWTA 2G93A 1QKBA 1GV8A 5AA2B 1P1QA 5K2XA 4PETA 3PUWE 4Q8RA 4OETA 2I3WA 3EN3A 2OK2A 3FV1A 1JW4A 2ABHA 3MC2A 1FQEA 5M2VA 1YPNA 1IUDA 3CVGA 5FHMA 1L5TA 1A8EA 1JVYA 3I5OA 2UVIA 1URGA 2UYFA 4Q30B 4FEBA 5CMBA 1XOCA 1Y4CA 2DWAA 4YU0A 2OJTA 3QSLA 4JB7A 1OQHA 3V89B 4FJPA 1MG1A 4PE5B 5L9OA 3VLVA 3V8XB 3OD7A 1YAEA 1EZOA 1XT8A 3I3VA 4H0WA 4BDLA 4IO4A 4E0XA 5DEXA 4NF6B 1M5BA 1B0HA 2XXTA 2XXXA 1QJMA 2V93A 4EQ9A 1LAGE 3FVKA 1PB8A 3O6HA 1M5FA 3B6QA 1FTKA 4TLLB 2RF1A 4MFIA 3O97A 1Q35A 3O28A 1B52A 2Y7WA 3PPNA 4YZZA 5TU0A 2Z23A 4N13A 2W7YA 1MY1A 4JSOA 1SI1A 4QF9A 4XKQA 3O66A 3VDFA 4QSDA 3SEYA 1EH3A 4C1UA 4KFQA 3JV9A 5ICTA 1B3LA 1DSNA 2DP8A 3CSBA 3LR1A 5ICQA 1QULA 2X7QA 2A5TB 3FZVA 4OERA 4M4GA 2I0CA 4U22A 1VSOA 2I6EA 4QFNA 5DTBA 5TPAB 2ONSA 2NUVA 4QHQA 1TXFA 4KI0E 4OENA 4EUOA 4BDMA 1MY2A 2ZYNA 2X7PA 2I49A 2QS3A 1I6BA 5F7VA 5AA4B 2UVHA 5IAIA 4RNSA 3CR9A 2VD2A 3LVUA 1MM7A 4OFJA 3FD3A 3WAFA 1GGGA 1OIBA 5DVIA 4WEPA 4TOZA 1Y3QA 4F1VA 3OEMA 3S4UA 4QSEA 1B58A 4HS7A 1IXHA 4ECFA 1NNKA 4C1TA 3QK6A 3OO6A 3H6WA 4JWOA 2CMOA 3HCQA 4DCYA 1R1NA 1N76A 4R9GA 4KR5A 1OLCA 3K2DA 3U72A 1B4HA 5ITPA 4JWXA 4F18A 3ZKLA 1LCFA 3OSRA 3SEXA 1BIYA 4JSDA 4GWOA 1MRPA 1DPPA 3D4GA 2ALUA 4X9TA 4DCXA 2HZKA 1LAXA 5DVJA 2DS9A 1B46A 3FGSA 3KN8A 4U1OA 3KEIA 1MQIA 5I2NA 2HAUA 4G4PA 1FTJA 3TPAA 1B6HA 4F22A 1UTBB 2B4MA 3N6UA 1URSA 2FYIA 2FNCA 1JEVA 4Q0CA 3TQWA 3ZSFA 5CRYA 2F35A 2XD3A 3EF7A 4WKMA 2H98A 1FTLA 4IO7A 5I57A 1PBPA 1SW5A 1B2HA 4MF3A 5JK4A 2RC9A 3H6VA 3MVWA 4F1YA 2O1LA 1NNFA 2ZNSA 4LZ7A 5B70A 4RY1A 4EXKA 4ESXA 4E0WA 3Q25A 1D9VA 3T22A 2RC8A 2Z22A 3OXNA 2F36A 2WOPA 1A40A 1BLFA 1Y1ZA 1ZLQA 1US5A 2VOZA 3PUYE 4P11A 1JNFA 3TTLA 3TODA 3TYHA 1P1WA 3VE1B 4TLMB 3Q26A 2RCAA 4ZEKA 3TQLA 5B7DA 2YJPA 1N04A 3K6UA 5IKBA 4NF8B 3TEPA 2THIA 1PB7A 2XHDA 4NEDA 3MBPA 2B4LA 4GXSB 4NF5A 2AIXA 5LOMA 1FW0A 2B65A 4Z0IA 2Z8DA 1O7TA 5L9SA 1B40A 3G3KA 1NH7A 2RKMA 1O63A 4ZE9A 3D4CA 1P1UA 3UK4A 3GZGA 4THIA 1RKMA 5KCJA 2IEEA 4G2ZA 1FTOA 3M3LA 1BP5A 1P1OA 3LSXA 3PD9A 3DP6A 4IO3A 3G3HA 1POTA 5AA4A 1BKAA 1HSJA 2H99A 4ELRA 2QJEA 1LAHE 2F7BA 4NWCA 4DLDA 1UIUA 3PD8A 2V84A 1NKXA 3V5AA 4I8CA 2Y7IA 3KN7A 2NXOA 1WODA 4ELOA 1TFDA 4H5FA 3PUVE 1OQGA 5FTHA 4R6YA 2F97A 3TMGA 2Y7PA 5CC2A 1MXVA 3MAMA 2V3QA 3O9PA 5H8QB 3VXCA 2P1SA 2QS1A 3ZKKA 4OHNA 2I3VA 1LLSA 2AYSA 3KFMA 2ZNTA 4RXLA 2XX9A 2ZXTA 3RNNA 2HZLA 4BLAA 3G3JA 1ZMGA 3KSJA 1H44A 4F39A 3IORA 3U94A 2P0SA 1LFHA 4G68B 1LGBC 4L17A 1B1XA 4BDOA 3LSLA 3PPPA 1CB6A 3CFXA 1UTBA 4WXJA 1A54A 1VFDA 4GL0A 4RJZA 2VP1A 4ONYA 2F6GA 2QMWA 2Q88A 4GLIA 5HBCA 4FEDA 2Q8JA 1SW1A 3L6HA 4XKPA 3EHTA 5AE4A 3O6IA 5H8HB 3K01A 3MZ9A 1MXZA 3IOUA 5JTYA 3UORA 4U21A 5A5XB 3CG3A 5I84A 3IO4A 2PMSA 3MZ1A 3R7XA 4EQ7A 3T9UA 1A99A 2ONRA 2E1SA 1AOVA 3VFJA 2VD3A 4FAJA 1Y4TA 2DOJA 5I56B 1PBQA 5AA2D 1USYE 4ELPA 4NMYA 4ZS9A 2XX7A 1SW4A 3M8UA 1SQYA 4XTCQ 3MPLA 3IOVA 4R75A 1HSLA 1MQGA 3HHFA 1WDNA 1ZJLA 3W9WA 3K0VA 3FXRA 1GVCA 3FVNA 4OVJA 1IITA 3IB1A 3DRFA 3MUQA 3IB0A 1GTKA 4NF4B 2O1MA 3SKPA 1A55A 4YMAA 4MLQA 3E4RA 4ZZAA 1JW5A 3TKDA 3TCGA 1AL3A 4DXCA 1OMPA 1QW0A 4IO5A 1YCJA 1MM6A 5FHOA 3THIA 3TTMA 1DPEA 3GBBA 3O6PA 2DE3A 2OCUA 3O29A 4KCCA 2ZYOA 1LAFE 3PPRA 3BBRA 3C31A 3FJMA 4RPOA 4XKNA 4PFWA 3K1MA 1TT1A 3UA8A 3CRBA 3IR1A 2DVZA 2E0SA 4FORA 3K6XA 4JBZA 3MW0A 2HFBA 3BFTA 3KOSA 5HM4B 1GR2A 3RYAA 1XHYA 4GL8A 1SBPA 3MQ9A 1B5HA 3FVGA 4PFTA 2H25A 4OFLA 1JVXA 2D3IA 1XC1A 2YLNA 4GFRA 3T9HB 3EHUA 3E3KA 3BKIB 1LFIA 2WKYA 2O51A 3QXMA 4QFLA 4YKPA 2D21A 3H6TA 3IO6A 1KWHA 2OZZA 3S9MC 4M1VA 4AB5A 2I4CA 1USYH 5TP9B 3PUXE 5KDTB 2A5SA 4KYEA 4OWDA 1S50A 1MDQA 3DLNA 4DZ1A 1I69A 3KSXA 2GFEA 3IK6B 2OBGA 4YB5A 2UVJA 2H9BA 1A7LA 3M3KA 3H7MA 5H8HA 5CMCA 3A3CA 1RYOA 1YTVA 1OVTA 4P0GA 2ZNUA 3Q28A 3FUZA 1N3WA 5HPQA 3OELA 4R72A 4YB6A 4BDRA 4ISUA 5AA2A 2V3UA 2FA7A 3S9EA 5I56A 4QFOA 1IIWA 3T96B 2AL5A 4YB7A 4ZE8A 2Y7RA 1P1NA 2ANJA 3L6GA 1D3KA 2KLFA 3R26A 3TTRA 3C33A 1J1NA 4UA8A 4ZECA 1BTJA 4H5GA 4ZZEA 3OO7A 4KHZE 5I2KB 1DTZA 2OLBA 1MXWA 4LATA 1PC3A 1AH5A 4QFKA 3FASA 5ISUA 2F78A 1MPCA 3P7IA 2M8CA 2CZLA 2HQ0A 4OEVA 3OEKA 3RQTA 1AMFA 1QUKA 5H8NB 1UTHB 3DRIA 4F2QA 1FQDA 3MVZA 4GD5A 4OFOA 2I4BA 3IB2A 4YICA 1IQ7A 1FTMA 4FE8A 4H65A 4NF6A 3QUFA 3IAZA 1NNTA 3K6WA 2P2AA 4NWDA 1B5JA 2WOKA 1N7WA 3HPIA 2QL3A 2B3FA 4BDQA 1MH4A 2XXUA 3TDJA 4OESA 3V83A 1B7ZA 1MPDA 4XXUA 2F7AA 2F8DA 3T9XB 1B3HA 4EF2A 2R9JA 2H5YA 2I0BA 1POY1 4DXBA 1MQJA 5K2YA 3RGYA 2PVUA 4HCWA 1H45A 4O3BA 3PGFA 4KQPA 2REGA 1FQAA 2O84X 5EHMA 3RN8A 4U1ZA 3PV0E 2F6PA 4KYDA 4F3BA 4DXUA 1QUIA 4EF1A 3K00A 1NFTA 4H6DA 4X1DA 4IGRA 4MH5A 3RLFE 2F5XA 1Y9UA 2B3BA 3ILUB 2REJA 2A5TA 3EHSA 3FV2A 3H6UA 4DDDA 3A3UA 1SDXA 3TUSA 5TPAA 3CFLA 3B6TA 4ELQA 1DMBA 1UQWA 5FTIA 4NE4A 2AL4A 3Q27A 3AXFA 4RA1A 3FXUA 2DWHA 2V25A 3HN0A 3BFUA 3FATA 4ND9A 4JWYA 3DP4A 1FQBA 3VV5A 4RK9A 3FVOA 3FXQA 3FJGA 3RTFB 1ELJA 5TP9A 3LUYA 5DEXB 4ZEFA 1MQHA 3PAMA 2F34A 1LBBA 3PMXA 4IB2A 2O7IA 3IOTA 1US4A 1ZIUA 2Q2CA 3PMVA 2IA4A 5DT6A 2Q89A 2ONKE 3C36A 4ZEBA 2UYEA 4G8MA 4IO2A 1WVJA 2GRVA 1VFEA 3MP8A 1B0LA 5JEIA 5EYFA 3KG2A 1ZKBA 1R6ZA 4LZ8A 3HO7A 3S2VA 3CFZA 1MDP1 3CIJA 4LP2B 1D9YA 3DP8A 4IGTA 2VHAA 3PU5A 3EPEA 2F7CA 4F3GA 3MP1A 2PBWA 1N0TA 2XXWA 3RYBA 4LQ2A 5L8DA 5I2KA 2HEUA 1JEUA 3IL1B 3MZBA 3ONMA 3RT6B 1HSEA 4N6PA 4GRKA 2DE4A 3GBAA 1LBCA 1XS5A 4I1DA 3KBRA 4U23A 1I6QA 1UTHA 3LBSA 3USDA 1N3XA 4YKKA 4OQOA 5DVFA 2QMXA 2DXYA 3EQ1A 4F2OA 2XXPA 1H76A 4HTGA 4H67A 5ELVA 1LB8A 4H8JA 4IY5A 3JZJA 5AA3A 2ZYMA 1M5DA 1Z7ME 3MP6A 1LSTA 1OLAA 3W15C 2PX1A 3IX1A 4I9DA 4RPNA 3ECRA 1OVBA 1DTGA 1NH8A 1IEJA 3E13X 1D4NA 3VVFA 3HSTA 1S7YA 4GOTA 2PT2A 4NF8A 4G8HA 3U1OA 2Q9TA 4LVQA 3A09A 2ZMBA 3RPWA 4G77A 4R2FA 1Y1MA 4U2RA 1ATGA 5I2NB 3PUZE 3GLBA 1MXUA 1TWYA 1MXYA 1FCKA 4YKIA 1LB9A 3CSGA 1A8FA 3SESA 3VVDA 4ZDMA 3VLWA 3K1NA 2HCAA 3U8QA 4O3CA 1FQCA 3DRGA 4AB6A 5I57B 4IY6A 4KYSA 3MJNA 3N5LA 3HHGA 4R9FA 4DIGA 3KN3A 3K02A 1B4ZA 3SEVA 2QRYA 3I6VA 1Z7NE 1P99A 2Q2AA 2RCBA 2UVGA 2QS2A 4QFPA 3TTNA 1SW2A 4DE8A 3G3FA 1B05A 1LCTA 1T0KA 5H8QA 2O68A 1ZBMA 3MWBA 4QRZA 4R6KA 2XX8A 4ESWA 2Z8EA 3N94A 4JXIA 4POXA 4F1UA 4LQ5A 4NF5B 2NVUB 4EDPA 2XXRA 4G8NA 3H3GA 1M5EA 2D5WA 1XVYA 3JYRA 4RYAA 4G68A 1QUJA 1B7UA 4POWA 3S9NC 1S9TA 1FQFA 1ANFA 5KCJB 1PDAA 2Z8FA 4FIMA 3OOAA 4H1XA 3SERA 1IZ1A 4PP0A 2H4IA 4OZ9A 1F9BA 3C35A 3C34A 4OMBA 4OXVA 4LA9A 2YPNA 3B7DA 3IJOB 4UACA 3DM0A 5BUUA 1MXXA 4F29A 3TELA 1MY0A 4ZEDA 4ZEIA 1O64A 5F1QA 3C4MA 1SVXB 2I58A 1M5CA 4FECA 2OWSA 1ZU0A 2XXVA 5A5XA 1QVSA 2O7UA 5ITOA 3KJ7A 4U4SA 4P0IA 3TCHA 3GXAA 3DRHA 2NWJA 3KGCA 1QKAA 3KZGA 4MBPA 2X26A 3RUMA 1VR5A 2RINA 3DELB 3MVYA 1MY4A 4Z7EA 4XIGQ 1RYXA 3T66A 1IXIA 3ILTB 1CE2A 5CBRA 1Y20A 4GQOA 3QIMA 3LC8A 1JW1A 3Q29A 3SEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A29A 3QYTA 4OVQA 3SDFA 2HAVA 4F3PA 2QSXA 4KPTA 4R2BA 1B32A 5J1DA 1VE4A 1ZTYA 1II5A 1EZ9A 5H8FB 3O6GA 4YKJA 3K6VA 4NF4A 4N07A 1MPBA 2I48A 1DOTA 4QXDA 4NAPA 3IOWA 5DYHA 2DVCA 4LN5A 4OTEA 1Y3PA 1MS7A 4PFUA 1B5IA 2PFYA 3RPLA 2XXHA 5CMMA 4K3FA 2NOOA 3PTYA 3QAXA 1NNPA 5I59B 4R74A 5I58B 5JTYB 1NV2A 4MHFA 4C0RA 5KZTA 1IXGA 4MCOA 3FTOA 2VGQA 4P3LA 4RK2A 4X48A 4MLVA 4F3SA 5EHSA 5AA1A 3C32A 2ZYKA 4GXAA 3DRKA 1IXCA 3LSFB 3T9VA 4F31B 3WAEA 2Y84A 5IZ3A 4DI4B 4IO6A 3SEWA 3UN6A 2PYYA 4GF8A 3K1PA 4LONB 1BK4A 4YMBA 4X1BA 1UIVA 4WEDA 2Y7KA 3N6TA 5CBSA 2V3TA 3DRJA 3C9HA 4G61A 3OSQA 2QS4A 4KCDA 3RY3A 2DQVA 2RC7A 1N84A 3IJXB 1SI0A 4X04A 4GWWA 4GVOA 2DYXA 4Q5TA 2XWOA 1Q1KA 1URDA 1H3DA 4AQ4A 5CMKA 3H06B 3U92A 4U4XA 3HFUA 2DXRA 4NTLA 3KOTA 3RTWB 3TZAA 3N26A 3O2AA 4PFYA 4HCYA 2GHBA 4F19A 1MH3A 1I6AA 3QUJA 3H03A 2QFLA 1B3EA 5KDTA 3T0JA 1N7XA 1AIVA 3OO8A 3U93A 2XXIA 3KJTA 5IGAA 4GWSA 1NUZA 3G7WA 1MQDA 2HXWA 1H43A 1B51A 1JETA 2GHAA 4JDFA 1R9LA 3OO9A 1Y3NA 2DSFA 3TFLA 3PPOA 4LUBA 2R6GE 3PMWA 4FBPA 1B3GA 3OMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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