1B46A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kpk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b46A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b46A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b46A02
1BLFA 2QL3A 4RK9A 1USYH 2A5TB 3KSJA 2ZYKA 4IO2A 3QYTA 3OELA 5IKBA 2NOOA 2A5SA 3DRGA 4GL8A 4OHNA 2O6AA 2ONRA 1TXFA 4H5FA 2RC8A 3M8UA 3KN3A 2REJA 4KCDA 3U93A 4C1UA 3I3VA 4DCXA 1Y3PA 4NMYA 3BFTA 4O3BA 2AL4A 3LSWA 4IGRA 4XKPA 1LSTA 3TUSA 1N0TA 2V3QA 4QHQA 5AE4A 5IAIA 3LC8A 3K6UA 1FQEA 5CRYA 4RJZA 5I56B 5JEIA 2RF1A 2E1SA 4AB6A 3TZAA 2RCBA 1JEUA 2DSFA 4RYAA 1JETA 4UACA 1SI1A 3CFLA 1R9QA 4OETA 5H8QA 3ILTB 3H6WA 1D9VA 5TPAB 3UGWA 2I48A 3O66A 4MH5A 1YPNA 3OSRA 4XKNA 1PB7A 3A3UA 1URSA 3SEYA 4NF6B 3TYHA 4ZEKA 4MFIA 1IXGA 3OMBA 2XXTA 3LUYA 2OJTA 4GXSB 3UN6A 5CMKA 3CVGA 4N13A 2XX8A 5FHOA 4OWDA 2Z8EA 2PT1A 5KDTB 3E4RA 1DTZA 2X26A 4QSCA 1ZLQA 3K02A 4POWA 3TTKA 4QRZA 1VSOA 4POXA 2WOPA 3I5OA 1R9LA 4R2FA 4DZ1A 3K0VA 1II5A 1SBPA 2PBWA 1L5TA 3S9LC 1B5HA 4KI0E 4R73A 2PMSA 3O29A 2QS2A 5K2YA 1FTLA 3PUYE 1M5EA 1SD3A 1US4A 1AOVA 1IQ7A 3IJOB 3PPNA 5AA1A 3V89B 2P1SA 4R72A 3W9VA 4NF4A 4F19A 3VDFA 4PE5B 3B6QA 3OO6A 4DDDA 5L9SA 1ANFA 1ZKBA 3EF7A 2HAUA 5JK4A 4PFWA 2DVCA 2B4MA 4Q8RA 1MH4A 1MXZA 3IB2A 2XXYA 2GH9A 3MPKA 3FJGA 1Y3NA 2XXXA 3LSLA 1VFDA 4GLIA 4FEBA 3LSFB 4JWOA 1GVCA 2O84X 1TFAA 2RC7A 3SDFA 2Z22A 3FD3A 2ESNA 1LCFA 2AL5A 4KCCA 4U21A 1FTOA 2VD3A 3VFJA 1MDQA 1FTMA 3IL1B 1EZ9A 4MLQA 1MXVA 3QAXA 3PPQA 3HHGA 3E13X 4OEUA 4PFTA 1MQHA 3DP8A 5A5XA 3EHTA 3HHFA 3TAJA 4YU0A 1LBCA 4F18A 1RYXA 1B58A 2DWIA 1QUJA 3UA8A 3U72A 1M5FA 5EYFA 4OVJA 1EZPA 1B3GA 2UVGA 5AA2D 1I6BA 1B3FA 1PBPA 2DOJA 1POTA 2YPNA 4IO6A 3TELA 1XOCA 2V3UA 3DRKA 1B40A 5DVIA 2PVUA 1QUIA 4N07A 4KYDA 4JSOA 4MF3A 5I58B 3RUMA 3RYBA 4HTGA 1Z7ME 1SW4A 1N7WA 2HZLA 1DOTA 2OCUA 3HO7A 2QRYA 2GFEA 3RT8A 1FQAA 2DWJA 1NNFA 3FGSA 3Q27A 4ZE8A 1PBQA 3CR9A 4I9DA 3L6HA 4I62A 1NFTA 3MAMA 2O1LA 2O7UA 1HSEA 3MC2A 4WXJA 2XXVA 3V83A 2D5WA 3SETA 3IK6B 4U22A 2F7AA 5L8DA 2ONSA 4LUBA 2Q89A 2Q88A 2DE3A 3MZ1A 2F78A 1US5A 4X1BA 5TPAA 4GRKA 1MQGA 1B3LA 1A99A 5FTHA 4LQ2A 1S9TA 2O69A 2ABHA 1URGA 1JW5A 2I3VA 1DMBA 4M4GA 4H1XA 1OVTA 1FCKA 1MXXA 2RCAA 5B70A 2OZZA 1I6AA 1AL3A 3H6VA 4GWOA 1NNTA 2V93A 4R74A 1CE2A 3RN8A 3G3KA 5KDTA 2Z8DA 3THIA 3CG3A 5H8QB 1TT1A 3FVNA 4Q0CA 3JV9A 4OTEA 3DP6A 4IO4A 4X9TA 4C0RA 3TCFA 2THIA 2DWAA 4YKKA 4KFQA 1CB6A 3DELB 1FQBA 1FTJA 4X1DA 2KLFA 3TQLA 1H44A 3B6WA 1P1NA 4ZEBA 1S50A 1LFHA 4KYEA 4E0XA 3PMWA 3EN3A 3PGFA 2G93A 3O97A 5ICQA 4XXUA 5JTYB 3MBPA 3VV5A 1Z7NE 1Y4CA 2H9BA 4KD5A 3W9WA 2F7BA 3VVDA 4FECA 4QFKA 3C32A 4YKIA 4G4PA 3K1PA 3ECRA 4H8IA 4FE8A 1ZU0A 5I2KA 1A8EA 3CFXA 3K6XA 4KHZE 4RA1A 1AH5A 2YLNA 1D9YA 1ZMGA 4BDOA 4G2ZA 4OQOA 2I58A 4NF5A 3IO6A 2F5XA 1B9JA 2Z8FA 1ZIUA 4RY1A 2UVJA 2VGQA 1M5CA 3O6HA 4QFLA 3V8XB 3UORA 3CG1A 4OENA 2OWSA 3N6TA 5F1QA 3PUZE 2O68A 4U23A 4Z0IA 4BDRA 1MM7A 4PFYA 3HV1A 3Q25A 3RTWB 3H4ZA 3HN0A 2VP1A 3JZJA 1FTKA 3FVGA 3OO8A 1O7TA 2R71A 3O2AA 5I57B 1TFDA 5A5XB 3TCGA 1A54A 2W7YA 1B4HA 4U1ZA 3N26A 3GBAA 3Q29A 2ZXTA 1N84A 5CC2A 2HZKA 4LP2B 2XHDA 2XD3A 2ZNUA 4JWXA 1B1HA 3OSQA 1N3XA 4P0IA 1PDAA 1MY1A 1LAXA 4RK2A 4XKQA 2OBGA 2X7QA 3KZGA 3OO7A 5I59B 3FUZA 4G68C 4BDLA 1GGGA 3CI8A 2VD2A 2RC9A 1IIWA 3IOVA 1H76A 3IOWA 3SEUA 3R6UA 1UIVA 4ELQA 3RT6B 1IXIA 1POY1 3PPPA 3KN8A 3Q28A 3KJ7A 3RPWA 3G7WA 3U1OA 3O9PA 4NEDA 3S9MC 3D4CA 3H03A 1SYHA 3VXCA 3EHSA 1QKAA 2I4BA 1Q35A 3MJNA 4Q30B 4GXAA 3MVXA 3K6WA 1H45A 1JW1A 3M3FA 2Q9TA 1GR2A 3FV2A 4PETA 2I49A 4DXUA 4YB5A 1A8FA 2B3BA 2UYFA 3S9EA 2IEEA 4F31B 4RNSA 3GXAA 3I6VA 4EXLA 5BWJA 1ZJLA 3TTLA 4F1VA 3FXUA 4H67A 4AQ4A 4G8NA 1M5DA 1SQYA 3QIMA 2HXWA 1LAHE 3RLFE 3IAZA 3SEWA 1NL5A 3ODBA 5FHNA 5CBSA 2XXIA 3PMXA 3AXFA 1BKAA 1B0LA 4LA9A 3SKPA 1J1NA 5JTYA 2O1MA 3IO4A 3OD7A 2GRVA 3MQ9A 1B51A 3KBRA 4PP0A 2HAVA 1VFEA 3KOTA 5KCJB 3VXBA 2QS4A 1Q1KA 4PQJA 3R26A 4H65A 4EDPA 1OQGA 1NH8A 2CZLA 3MPLA 5AA4B 1WODA 5CMMA 1JNFA 2I0BA 3G3JA 3WAFA 4XKRA 3OO9A 2XXHA 1A7LA 4IO7A 3K2DA 4TOZA 2G29A 4IB2A 1PB9A 4F3GA 2F36A 4FJPA 3H3GA 3KEIA 2B3FA 3TFLA 2O51A 1YAEA 4F29A 3O6GA 4JSDA 2O7IA 1UTHA 4R6HA 5I2KB 1NH7A 2ZMBA 1R6ZA 2ZNTA 3FIRA 2QMWA 4OFOA 4QFPA 2B65A 4U1OA 4GQOA 4YB6A 5TP9A 1Y9UA 3KG2A 5L9MA 4LZ5A 3TQWA 1B52A 4EF2A 2Y84A 3O28A 1XHYA 2UVIA 3FVOA 3B7DA 4NF5B 3IB0A 5I57A 4BDQA 4WKMA 4DCYA 4OMBA 4R75A 2PX1A 1B1XA 3RNNA 1GV8A 4DLDA 1SVXB 4N6PA 3PD8A 3TTMA 4FAJA 3UIFA 4H6DA 3C33A 5I84A 3MP6A 3U92A 4FATA 2I0CA 4KYSA 1P1OA 5H8SA 2F8DA 2XXQA 1URDA 1LGBC 2YJPA 3F11A 5I59A 5TU0A 3DLNA 3UP9A 2V84A 5LOMA 3MZ9A 4DXBA 1F9BA 1OIBA 5DT6A 4NWDA 5FTIA 5CMCA 4ELPA 2UXAA 1LCTA 2RINA 3TCHA 5BUUA 3HSTA 4KR5A 3DRJA 2AIXA 3H6TA 3G3HA 1EU8A 1B5IA 1B5JA 2DYXA 3O6PA 4HCWA 3EPEA 1FQDA 2ZNSA 4ONYA 1BP5A 5CM6A 3A3CA 1PB8A 4YMAA 4UA8A 3CHGA 2ZYMA 2DWHA 2IA4A 1MY2A 4F22A 1VE4A 3DRIA 4ESXA 3MWBA 4EQBA 2F35A 1P99A 1UQWA 3K4UA 4G68A 3VLVA 3QK6A 4EQ9A 3PV0E 3IOUA 1H43A 5H8HA 4R9GA 3S9NC 5ISUA 1PC3A 4TLLB 1XVXA 2F6PA 4ZE9A 4RPOA 1HSJA 3LVUA 3TKDA 3LSXA 2NXOA 4RXLA 5H8NA 1A40A 3USDA 4GVOA 5I2NB 5FHMA 3S2VA 3RGYA 2GHBA 3DRHA 2ALUA 1B2HA 1LB8A 4ECFA 5KCJA 3KJTA 3MZBA 3L6GA 4YMBA 4PFUA 5AA4A 2DQVA 2VOZA 4WEDA 1OMPA 3H7MA 4DIGA 3T93B 2I3WA 3M3LA 5DEXB 3HCQA 3QSLA 4FEDA 1MXUA 2OK2A 4NWCA 3MVZA 1MQIA 2Y7RA 4G8HA 1R1NA 5DYHA 3KOSA 3PPRA 5AA3A 3K1MA 2ZYNA 3MUQA 3CRBA 2I6EA 1MDP1 1P1UA 4F1UA 3UK4A 3PAMA 5H8FA 1B7HA 1DPPA 3K01A 1EH3A 1XC1A 3PUXE 1FQCA 4P11A 3RQTA 2DP8A 1UTBA 3EHUA 4OXVA 1MRPA 3VLWA 2F34A 2QSXA 1B7ZA 1USYE 4JDFA 5K2XA 2Y7WA 2F6GA 4YKJA 2QPQA 3JYRA 4BLAA 3D4GA 3KFMA 1UTHB 1D3KA 4OERA 1JVXA 4X48A 4THIA 5EHSA 1EZOA 4YICA 3TODA 3H06B 3TMGA 3VE1B 1ATGA 3FATA 5TP9B 2Y7IA 2PYYA 3CSBA 1I69A 3TTRA 1JW4A 4U2RA 3T96B 2FYIA 4H0WA 3SEVA 3KGCA 3CIJA 2OWTA 1ZTYA 1NMUA 4EXKA 1JEVA 4GIZA 4KQPA 3GLBA 1FW0A 4GL0A 1MG1A 4R9FA 2ANJA 4LQ5A 4YZZA 3ZKLA 2FNCA 1QULA 4F2OA 4OFJA 4ZS9A 2VHAA 1QW0A 3H6UA 4AB5A 1NNPA 3TTNA 4F39A 1DTGA 3QUJA 4NF8B 3TEPA 1KWHA 4ND9A 1DPEA 1MPBA 3T9UA 4FORA 3C4MA 2B4LA 4QSEA 2WOLA 1MXYA 4U4SA 2Y7KA 3N94A 1MPCA 1Y3QA 3B6TA 3MVYA 3GBBA 3FVKA 3SEXA 4JWYA 3E3KA 3C35A 2D21A 3SESA 4Z7EA 1B32A 3IB1A 1B3EA 3T9HB 2UVHA 3WAEA 3FXQA 1QKBA 1LB9A 3ZSFA 3VLUA 3QXMA 1I6QA 3IJXB 5J1DA 1XS5A 1H3DA 1SW1A 2F7CA 1IXHA 5I2NA 3N5LA 1S7YA 3FJMA 3IX1A 1N76A 1O64A 4OYVA 4F3SA 2H25A 2XXUA 2DE4A 3ILUB 1M5BA 4G68B 5HM4B 3V5AA 1XT8A 3ONMA 3MVWA 3W15C 2PT2A 3T22A 1A55A 2GHAA 5H8HB 2HFBA 3C36A 4RPNA 5DEXA 2V3TA 1WDNA 1GTKA 5H8NB 2R9JA 5L9OA 2XD2A 2ONKE 1MY3A 4IO3A 3KSXA 1Y20A 1N7XA 4U4XA 1SDXA 3T9VA 1NNKA 3C31A 4ZZEA 4I8CA 3ZS6A 3BFUA 3RYAA 1VR5A 3M3KA 4QSDA 4JB7A 2RKMA 1SW2A 1IUDA 1MY4A 4OZ9A 4EF1A 3FASA 5HBCA 4BDMA 2QS3A 3TDJA 2XX7A 3T9XB 4O3AA 1B46A 1MXWA 1BTJA 1MY0A 4O3CA 4QFOA 1NKXA 3PU5A 2E0SA 1MH3A 4JXIA 2Y7PA 5AA2B 2P2AA 1Y4TA 1B05A 4LATA 3CFZA 5DVFA 1OVBA 3BKIB 3PUWE 2AYSA 4HS7A 4IY5A 4HCYA 4LZ7A 5KZTA 1D4NA 3KN7A 5H8FB 1ELJA 4OESA 3IOTA 3FZVA 1PEBA 1LBBA 1T0KA 1UTBB 1DSNA 5B7DA 4P0GA 4BDNA 1LFIA 4G77A 4F3PA 4XTCQ 2XXPA 3PD9A 5ICTA 1MPDA 4NTLA 4M1VA 3T66A 1QUKA 1SI0A 2H4IA 3K6VA 1LAFE 4NE4A 4ELOA 2HCAA 2FA7A 1JVYA 1FQFA 4ZDMA 2H99A 4MBPA 3OOAA 4R6YA 4NF8A 2QS1A 4H8JA 1Y1ZA 4I1DA 3FJ7A 4EQ7A 1N04A 4YKPA 2A5TA 4ZEDA 1OLAA 3R7XA 2XX9A 3OENA 2ZYOA 4ESWA 5DTBA 3N6UA 3OEMA 2NUVA 3DM0A 1N3WA 2XXWA 2NVUB 3U8QA 4GD5A 1XVYA 3VVEA 2QMXA 4OFLA 2REGA 5ELVA 5CI5A 3DP4A 1HSLA 1OQHA 4IGTA 5M2VA 3FV1A 1AMFA 3G3GA 3K00A 4LONB 3DRFA 4HW8A 2UYEA 4XIGQ 4YB7A 2LAOA 2Q8JA 2Q2AA 5I56A 5EHMA 1IXCA 3LR1A 3O6IA 4F3BA 4IY6A 1B4ZA 2D3IA 3IORA 4F1YA 4DXCA 4Q5TA 2DE2A 3VVFA 3MP1A 3G3FA 1Y1MA 4L17A 2I4CA 2HQ0A 3HPIA 2NWJA 3OXNA 4NF6A 4R2BA 1P1WA 2X7PA 4C1TA 4EUOA 3MP8A 1QVSA 4ZECA 4KPTA 1B0HA 5CMBA 3CSGA 3Q26A 2WKYA 3QUFA 3FTOA 3ZKKA 4JBZA 3PMVA 4WEPA 2OLBA 1QJMA 4LVQA 3G3IA 4GF8A 2DVZA 4H5GA 3K1NA 4QF9A 3MW0A 4ISUA 2CMOA 2P0SA 3E9XA 2BJJX 3BBRA 1O63A 3IR1A 5AA2A 3C34A 4K3FA 2DS9A 2WOKA 5CBRA 3LBSA 2M8CA 4ZEFA 1AIVA 4YAHX 4F2QA 4LZ8A 3S4UA 4FIMA 4IO5A 1RKMA 1OLCA 1JQFA 2Q2CA 4TQUQ 2DXRA 4ZZAA 4GFRA 3PPOA 5DVJA 1UIUA 4QFNA 1MQJA 4MLVA 1YTVA 1B7UA 1B6HA 1LFGA 5F7VA 3A09A 3OEKA 1ZBMA 4ELRA 2V25A 4NF4B 1TWYA 2H98A 2Z23A 3EQ1A 2HEUA 1IEJA 3C9HA 3GZGA 1IZ1A 3SERA 4OEVA 1MQDA 2H5YA 4GOTA 1MM6A 1MS7A 5HPQA 5ITOA 3TPAA 3FXRA 1P1QA 3U94A 3RTFB 3RY3A 4R6KA 1RYOA 2F97A 2QJEA 1IITA 1B3HA 2XXRA 1BIYA 5ITPA 2R6GE 3P7IA 1SYIA 1YCJA 4E0WA 4DE8A 1WVJA 3PUVE 4TLMB 1SW5A 1LAGE 5I58A 1LLSA 2DXYA 4ZEIA 4G8MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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