2HZKA

Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a trap transporter in its open form
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
VTWRLASSFPKSLDTIFGGAEVLSKMLSEATDGNFQIQVFSAGELVPGLQAADAVTEGTVECCHTVGYYYWGKDPTFALAAAVPFSLSARGINAWHYHGGGIDLYNEFLSQHNIVAFPGGNTGVQMGGWFRREINTVADMQGLKMRVGGFAGKVMERLGVVPQQIAGGDIYPALEKGTIDATEWVGPYDDEKLGFFKVAPYYYYPGWWEGGPTVHFMFNKSAYEGLTPTYQSLLRTACHAADANMLQLYDWKNPTAIKSLVAQGTQLRPFSPEILQACFEAANEVYAEMEASNPAFKKIWDSIKAFRSEHYTWAQIAEYNYDTFMMVQQNAGKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an Extracytoplasmic Solute Receptor from a TRAP transporter in its open and closed forms reveal a helix-swapped dimer requiring a cation for alpha-keto acid binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding, transport protein
source organism Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
molecule keywords TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic bin
total genus 116
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hzkA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2hzkA01
3HN0A 1GVCA 3JV9A 3IX1A 4U1OA 2UVHA 4N15A 2ONSA 3L6HA 2Q9TA 4QHQA 2XXRA 2V93A 4NWDA 4OXVA 5CMBA 4F2QA 3FIRA 1MXZA 4WEDA 1M5BA 3HHFA 5I2KA 1MH3A 1EZ9A 3K00A 1AMFA 1B3LA 1XVXA 4HS7A 1NMUA 1ZTYA 1B5HA 1LAHE 1WODA 1OLAA 4FORA 1MH4A 2ZYOA 4R9FA 3TCHA 4THIA 4MF3A 1DTZA 3C34A 3MVXA 3M8UA 3DP4A 3FJMA 2XA5A 4KQPA 1UTBB 2CEYA 4F39A 1MM6A 5KCJB 1JETA 3IB1A 2RKMA 3PMWA 2HQ0A 3SDFA 2ZNUA 3C36A 4XFEA 1JW4A 1UQWA 4NQ8A 5K2YA 5IM2A 4RY1A 3QK6A 1LAFE 2OBGA 4PP0A 1ZLQA 3G7WA 5TPAB 2G93A 3Q25A 1WVJA 4MH5A 1A8EA 3ZS6A 4H67A 4ESXA 1S7YA 1I6QA 4O94A 1NFTA 1XHYA 4R72A 3RNNA 4DCXA 3IO4A 1L5TA 4X48A 1UTBA 4LONB 2X7PA 4BDLA 2NOOA 4OETA 1IXHA 2XXHA 5KCJA 1LCFA 3U8QA 4H65A 2P1SA 3T9XB 1YTVA 3KJ7A 1I69A 4OYVA 3RTFB 3FXBA 1MPCA 4MNIA 5IZZA 3WAFA 3K6UA 4KYSA 4OFJA 4ELPA 5CRYA 4P0IA 3MWBA 1RKMA 2V4CA 3V83A 5TPAA 2O1MA 2PBWA 3H6VA 1SD3A 3S2VA 3VE1B 2ZNSA 4LQ2A 2I4BA 4NMYA 2UVIA 4Q8RA 2AYSA 4OWDA 4RPOA 4DXUA 4GXAA 1GTKA 3V8XB 4P11A 2PX1A 4FECA 4YMBA 3CSBA 1MDP1 3VVEA 1USYE 5IGAA 3O6IA 2QRYA 3S9EA 4FAJA 4XIGQ 3LSXA 4H0WA 2DWJA 4N91A 4QFLA 3ECRA 1B9JA 4H8IA 4KYEA 3SEUA 3FGSA 5ICQA 4MEVA 4ELOA 4DXCA 4ND9A 3O28A 3RT6B 1XT8A 3MQ9A 5FHNA 4NF5B 3E4RA 3EF7A 5CM6A 5HBCA 1YPNA 5BWJA 1PB8A 3JZJA 1N76A 4Z0IA 1SW1A 3VV5A 3KOTA 4H5GA 3OXNA 3CRBA 1FTMA 4NF6A 2F97A 1JEUA 1R1NA 4NF8B 4ZDMA 4ECFA 3EHUA 5CMKA 5LTCA 2DWIA 2HXWA 2XXQA 4YB5A 2VD3A 1NNPA 2O84X 4I1DA 3OO8A 1SDXA 3ODBA 4YKIA 1H44A 3Q29A 4YAHX 3TKDA 4G68B 4ONYA 1AIVA 4TLMB 1JEVA 4U4XA 2F7CA 5F7VA 2ZNTA 1A55A 5H8FB 1B0HA 1QVSA 1XS5A 4XEQA 1P1UA 4R2BA 4F1VA 4GRKA 5L8DA 3Q27A 2O7UA 3G3JA 4FJPA 3PMVA 1YAEA 4LZ7A 1H45A 4NF5A 3K0VA 4F22A 4TOZA 1FQEA 5CMMA 2ONRA 4ISUA 3TYHA 4HW8A 1QKAA 1B2HA 3SEXA 3IAZA 4F3GA 2D21A 1JW1A 2VP1A 3IORA 4NF8A 3VXCA 3GXAA 3N26A 2OWTA 3N6UA 4IO6A 1NNKA 4I9DA 4DIGA 1MXWA 2H5YA 3H6TA 4EF1A 1N84A 2XXIA 1H76A 1JQFA 3KEIA 2Q8JA 5I84A 2OK2A 5DT6A 4OTEA 3IOTA 4G68A 4K3FA 4N13A 2NUVA 4XKRA 3BBRA 4ZEFA 4N6KA 3GLBA 2PMSA 1UIVA 5H8FA 2YPNA 1BIYA 4F3SA 3PGFA 2E0SA 2XX9A 2QMXA 1P1QA 4BLAA 4H6DA 2QJEA 3HO7A 2DWAA 1RYXA 3PPOA 4QF9A 3RT8A 3OSRA 2A5SA 4MCOA 5I58B 3SEWA 3PD9A 3HSTA 1P1WA 4JDFA 1NH7A 2DE3A 2IEEA 4Q0CA 4LP2B 4QSDA 3TPAA 1A54A 4PFRA 3IJOB 3WAEA 4JWOA 3N6TA 4LQ5A 1D3KA 2RC9A 4GIZA 4XF5A 5A5XB 1AL3A 4R6KA 5B7DA 3UN6A 2Z8FA 1R6ZA 4P3LA 1MY4A 3L6GA 3UIFA 3E9XA 2OWSA 5DYHA 4QSCA 3OMBA 2XXUA 3PPNA 3U72A 3N94A 2R71A 1URGA 3MW0A 4JSOA 3FVKA 4PAIA 4GOTA 3FV1A 3TQWA 5I58A 3CI8A 1GGGA 4IO7A 4ZEDA 2F35A 1M5FA 2DXRA 3G3IA 5FTIA 3N5LA 1T0KA 4OEVA 3BFUA 4GXSB 1HSLA 4OVQA 1M5EA 1QKBA 3V89B 2I58A 4NWCA 2HZLA 2UYEA 3D4CA 4RK2A 2V3QA 1VE4A 5A5XA 2O69A 3MZ9A 1Y4CA 1IXGA 4O3AA 4ZE8A 3KN7A 4R6HA 1JW5A 2IA4A 3QXMA 1DMBA 5I56B 1PDAA 1MQHA 1SYIA 3PUWE 1CE2A 3TCGA 2DVCA 3T22A 1Y3QA 1IXCA 1P1NA 1IUDA 1UIUA 2I6EA 2DWHA 5BUUA 3QUFA 4ZEBA 2ZYMA 3GZGA 4F3PA 2VPNA 5DEXB 4NTLA 5L9SA 3FJ7A 4PE5B 3H4ZA 4EF2A 4U4SA 2XD3A 1EZPA 4FIMA 3QAXA 1LBBA 1USYH 1B52A 5H8QA 1D4NA 2YJPA 4OVRA 4GQOA 3MUQA 3MPKA 3OOAA 2O1LA 1NKXA 4PBHA 3LSWA 4PF8A 2ONKE 1NL5A 4RPNA 4DCYA 2DOJA 1SVXB 1B6HA 1LBCA 2HAUA 5I56A 3IB2A 4H5FA 1OQHA 1LLSA 2A5TB 5ELVA 1US5A 4EUOA 4G8MA 4E0WA 1SI1A 4NHBA 4UA8A 1JVXA 5KDTB 3FUZA 4OA4A 3IOUA 2O51A 1LSTA 3UP9A 5DEXA 3PD8A 2VHAA 3JYRA 2RF1A 1MG1A 3DM0A 2Z23A 3MP6A 4H8JA 2XWKA 3KFMA 1A8FA 1FTKA 1OLCA 3H7MA 2Q88A 3IOVA 1QUJA 3SEYA 1GV8A 2QMWA 3USDA 1Y1ZA 4IB2A 4NG7A 2ZZVA 2DQVA 4BDMA 2I48A 3O6GA 4JWXA 3KSJA 5H8NB 4IO5A 3KN8A 5CC2A 1URDA 3PU5A 3QIMA 5FTHA 2F6PA 1CB6A 4UABA 2A5TA 3EHSA 4UACA 1Z7NE 4RK9A 5F1QA 3TTMA 1LAXA 1Z7ME 4QRZA 4ZEIA 1S9TA 4F1UA 3VFJA 5KDTA 1TFAA 1O7TA 2UVJA 3DLNA 1FQFA 2RC8A 4RXLA 3LSFB 4LZ8A 1B58A 3E13X 4U2RA 2E1SA 3BFTA 3ZKLA 1JNFA 2XXYA 4P0GA 1IEJA 2XXPA 4NF6B 1VFDA 3PPQA 2AIXA 1BKAA 2HEUA 3TZAA 5I59B 4LZ5A 3T9UA 4U22A 4POXA 1SI0A 3HHGA 2P2AA 4YB7A 1KWHA 2XXXA 3U93A 3EQ1A 5H8NA 4OMBA 3O29A 2VGQA 3FXUA 4FEBA 2PFYA 4QFNA 1D9YA 4YKJA 3HV1A 2Y7WA 1MXXA 3MVWA 3S9NC 4YU0A 3DELB 2Z8DA 2OLBA 3MC2A 3GBBA 4XKQA 2CEXA 3MP8A 4GL8A 2OZZA 2ESNA 3I6VA 1A7LA 2H25A 3TFLA 4F1YA 4ZZAA 4N8YA 2DYXA 3IB0A 4JWYA 4OFOA 4YKKA 3T96B 1ZIUA 4G4PA 4F19A 1B51A 3SERA 3OEKA 5I59A 2DE4A 1Y3NA 3R26A 4MHFA 2O6AA 2Y7RA 5AE4A 4R75A 1NH8A 2G29A 4XXUA 3ZSFA 1MRPA 4ZS9A 4IO2A 3FASA 2ZMBA 2Z8EA 4OEUA 3MZBA 3KN3A 3MBPA 1POTA 4PFIA 3KSXA 4F2OA 2NVUB 3B6WA 3C9HA 4NAPA 3LSLA 4OHNA 4KCDA 3Q26A 4OVTA 4DZ1A 4DI4B 2H98A 4MX6A 3KJTA 1OQGA 3S4UA 3B6TA 1B1XA 5I2NB 3G3KA 2WX9A 4MMPA 2PT1A 5HM4B 1ELJA 3QYTA 4X1DA 3LBSA 3MZ1A 5JK4A 3OELA 1P1OA 1TFDA 1S50A 1URSA 2QS4A 2FNCA 1PEBA 1TXFA 3RN8A 4Q30B 3OO6A 4EQBA 3M3LA 2PT2A 4GD5A 4PCDA 2XXVA 5TP9B 4BDQA 3VVFA 4BDRA 2THIA 4E0XA 4L17A 4AB6A 1PB7A 5DVIA 5KZTA 2QPQA 3TELA 4G8NA 4DXBA 2QS3A 2XXTA 1FQCA 3H6UA 5EYFA 4OFLA 3CG3A 4MBPA 2ZZWA 5L9MA 1BTJA 5EHSA 2QS2A 1EZOA 3MVYA 4G2ZA 3S9LC 5IAIA 2PYYA 5I2NA 3RLFE 1MXYA 2KLFA 3C31A 4OANA 1IIWA 2GRVA 3VLWA 3RQTA 4EDPA 2HPGA 1GR2A 2DS9A 1WDNA 2GHBA 2V3TA 4M1VA 4XKPA 4Q5TA 1LGBC 4NF0A 2I4CA 4U21A 4Z7EA 5TP9A 4OZ9A 1LCTA 3M3FA 4WXJA 3FZVA 1NNFA 4O8MA 1UTHB 2RCBA 4TLLB 1P99A 2Y7IA 1M5DA 4OQOA 2REJA 4FATA 1II5A 4EQ9A 1FTOA 4PETA 3H03A 5M2VA 3IL1B 1N04A 4XTCQ 1B3HA 3KGCA 3T9HB 2ZXTA 3B7DA 1HSEA 4IO3A 5CBRA 4HCWA 4QFPA 3PUZE 4ELQA 4JB7A 4LUBA 2O68A 3K1MA 2XX7A 1MY3A 4IGTA 3FD3A 3ILUB 4PDHA 4PFBA 1ATGA 4QFKA 2D3IA 4EXKA 1N7XA 1J1NA 3KZGA 4OVSA 1NNTA 5JTYB 2XWIA 3K02A 1ZMGA 3TTKA 2YLNA 5H8QB 1F9BA 2CMOA 1JVYA 1UTHA 4MNPA 4P1LA 3CFLA 4LATA 4P8BA 5ITPA 4KCCA 3C32A 4N07A 3T9VA 4QFOA 5CMCA 3EHTA 5CBSA 1HSJA 1TT1A 1R9QA 3TDJA 4PC9A 2D5WA 3OSQA 4RYAA 1B3FA 1MPBA 4X04A 3CR9A 3TTNA 1AH5A 4KHZE 4GF8A 1FQAA 4QSEA 3TODA 4G77A 2X26A 1B0LA 2Q89A 4C1TA 5CI5A 3G3FA 2BJJX 1MPDA 1YCJA 4YB6A 1PBPA 3IO6A 4OERA 3CVGA 4U1ZA 5FHOA 1PB9A 1ZJLA 2ALUA 3RGYA 4PFTA 3SEVA 5K2XA 2DSFA 4X9TA 4GLIA 4IY6A 3R6UA 4YKPA 3FATA 1FCKA 5JTYA 4EQ7A 2Y7PA 1B5IA 2ZYKA 2Q2AA 1MXUA 1B46A 1QUKA 5AA2D 3FVGA 3ONMA 1QUIA 3ZKKA 1SYHA 4O7MA 1IXIA 4MLVA 5FHMA 4FEDA 2ANJA 3HPIA 1PBQA 4I8CA 3VDFA 4OVJA 3SKPA 1Y4TA 3T93B 1LFHA 2AL4A 1B05A 4TQUQ 5JEIA 1A99A 3C33A 2XX8A 3MJNA 1O64A 2FYIA 1FW0A 3EN3A 5AA4B 2CZLA 3MPLA 1FTJA 3P7IA 3HCQA 2QS1A 3K6WA 1N3XA 3R7XA 1MY0A 1MQIA 1XC1A 4NF4A 4R9GA 4OESA 3SETA 4YICA 3VLVA 4PGNA 2B3FA 1B3GA 3OEMA 2R6GE 3U1OA 4JXIA 3CFZA 1DTGA 1H3DA 3TTRA 2REGA 2DVZA 4N8GA 2ZZXA 1MY2A 2QSXA 3A3CA 5I57B 1H43A 3AXFA 2F5XA 3MP1A 2RINA 3ILTB 4YZZA 4PQJA 1BLFA 1Q1KA 5ITOA 1SBPA 2RC7A 5AA4A 4DI3D 3K1PA 5L9OA 2UXAA 3K4UA 3UORA 1QW0A 3PV0E 2B3BA 4BDOA 1B32A 2V84A 4BDNA 2Q2CA 3OO7A 1B4ZA 4R2FA 4ZZEA 4P9KA 3GYYA 1MDQA 3KG2A 4KYDA 1ZKBA 2QL3A 2OCUA 4FE8A 5AA2B 2I0CA 4U23A 4NE4A 3KOSA 4WEPA 1N3WA 4PE3A 2Y7KA 1FTLA 2I3VA 2VPOA 2NXOA 4EXLA 2NWJA 1XOCA 3Q28A 5I57A 3W9VA 4KD5A 3GBAA 3O9PA 2HFBA 4KI0E 4GFRA 1MQGA 1N0TA 3FXRA 1B40A 2RCAA 2P0SA 4ZEKA 1ZU0A 4JSDA 3G3HA 4ELRA 5I7IA 4DE8A 4MIJA 4G68C 3BKIB 1FQBA 3H3GA 1MS7A 4KPTA 4G8HA 1VSOA 2H4IA 3U65A 2W7YA 5HPQA 2XHDA 4R73A 4H1XA 3I3VA 3B50A 3G3GA 1DSNA 4LA9A 2DXYA 1LB9A 3SESA 1SW4A 3IJXB 5AA2A 4N4UA 1I6AA 1ZBMA 2F7BA 3CIJA 3UGWA 2F78A 1DOTA 2PVUA 2WKYA 2HCAA 4ZE9A 3QUJA 1B3EA 2V25A 1PC3A 2UVGA 3O2AA 3OO9A 3S9MC 3PUVE 4ZECA 4PFUA 3LC8A 4O3BA 1VFEA 1IQ7A 3PUYE 1SQYA 3PMXA 4N6PA 4NGUA 5TU0A 1OVBA 3K1NA 2Z22A 3OENA 1MQDA 1N7WA 4RJZA 1LAGE 3T66A 4PDDA 3H6WA 4R74A 2GHAA 1Y1MA 4P1EA 4P56A 4LVQA 2OJTA 2H99A 4F3BA 2DE2A 3UA8A 4F31B 1D9VA 3RPWA 4GVOA 5I5PA 5ISUA 2XWVA 3FVOA 3LR1A 4NN3A 3TTLA 3PPPA 1B7UA 1B1HA 1Q35A 3OD7A 3A3UA 4MAGA 1LFGA 4XKNA 3CG1A 4OENA 4POWA 4C0RA 2XXKA 4PF6A 4X8RA 3FVNA 3TAJA 1TWYA 4DDDA 3O6HA 1MXVA 4IY5A 1OVTA 4MNCA 1Y9UA 3U94A 3MAMA 4RA1A 2ZYNA 3CSGA 1DPEA 4KR5A 1FQDA 2I0BA 4ESWA 4P47A 1B4HA 3B6QA 2B65A 3F11A 2WYKA 2X7QA 3E3KA 1XVYA 3C35A 3V5AA 3K6XA 1BP5A 4M4GA 3VLUA 3M3KA 3FV2A 5IKBA 3TUSA 4R6YA 5ICTA 2F34A 4KFQA 3IK6B 1M5CA 4N17A 3K01A 3O66A 2R9JA 2I49A 3DP6A 3VXBA 1R9LA 2V3UA 4HTGA 4DLDA 1POY1 2VD2A 2F7AA 4AB5A 1US4A 1RYOA 5DTBA 1MQJA 4F18A 3THIA 4NX1A 1VR5A 3IR1A 4PAKA 1EH3A 3LUYA 5AA3A 2F8DA 5DVFA 4C1UA 1EU8A 4X1BA 3RUMA 4PGPA 2AL5A 3TMGA 1B7HA 2PFZA 3K2DA 5DVJA 4RNSA 1IITA 4O3CA 4NEDA 2I3WA 2XWOA 1QJMA 3CFXA 3MVZA 5H8HB 3RTWB 3H06B 3PUXE 2DP8A 4JBZA 4WKMA 1Y3PA 1DPPA 3A09A 2FA7A 2HAVA 1B5JA 4IO4A 2XXWA 2WYPA 1ANFA 4MFIA 3UK4A 3W9WA 1IZ1A 4GL0A 5J1DA 3VVDA 1OMPA 1SW2A 2H9BA 4PBQA 1I6BA 2HZKA 4PFYA 4LN5A 4N6DA 3EPEA 3KBRA 1LB8A 1B7ZA 1MY1A 3TEPA 1Y20A 3QSLA 1LFIA 2UYFA 3D4GA 3U92A 1A40A 1SW5A 5AA1A 5LOMA 5I2KB 4PFWA 4YMAA 2ABHA 4MLQA 2LAOA 4GWOA 2Y84A 4HCYA 5EHMA 3TCFA 2O7IA 4PAFA 3TQLA 3O97A 5H8SA 3C4MA 4I62A 5H8HA 5B70A 2GFEA 2M8CA 4OVPA 4AQ4A 3IOWA 2XD2A 3K6VA 3W15C 3FJGA 2F6GA 3FXQA 1AOVA 3PPRA 2F36A 4F29A 1OIBA 2GH9A 3DP8A 1MM7A 4IGRA 1QULA 3I5OA 4NF4B 2VOZA 3RY3A 1O63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HN0 A;  1GVC A;  3JV9 A;  3IX1 A;  4U1O A;  2UVH A;  4N15 A;  2ONS A;  3L6H A;  2Q9T A;  4QHQ A;  2XXR A;  2V93 A;  2FBP A;  4NWD A;  4OXV A;  5CMB A;  4F2Q A;  1FPK A;  3FIR A;  1MXZ A;  4WED A;  1M5B A;  3HHF A;  5I2K A;  1MH3 A;  1EZ9 A;  3K00 A;  1AMF A;  1B3L A;  1XVX A;  4HS7 A;  1NMU A;  1ZTY A;  1B5H A;  1LAH E;  1WOD A;  1OLA A;  4FOR A;  1MH4 A;  2ZYO A;  4R9F A;  3TCH A;  4THI A;  4MF3 A;  5J16 A;  1DTZ A;  3C34 A;  3MVX A;  1D9Q A;  3M8U A;  3DP4 A;  3FJM A;  2XA5 A;  4KQP A;  1UTB B;  2CEY A;  4F39 A;  1MM6 A;  5KCJ B;  1JET A;  3IB1 A;  2RKM A;  3PMW A;  2HQ0 A;  3SDF A;  2ZNU A;  3C36 A;  4I3Y A;  4XFE A;  4QXD A;  1JW4 A;  1UQW A;  4NQ8 A;  3MYU A;  5K2Y A;  5IM2 A;  3BIH A;  4RY1 A;  5I3S A;  3QK6 A;  1LAF E;  2OBG A;  4PP0 A;  1ZLQ A;  3G7W A;  5TPA B;  2G93 A;  3Q25 A;  1WVJ A;  4MH5 A;  1A8E A;  3ZS6 A;  4H67 A;  4ESX A;  1S7Y A;  1I6Q A;  4O94 A;  1NFT A;  1XHY A;  4R72 A;  3RNN A;  4DCX A;  3IO4 A;  1L5T A;  4X48 A;  1UTB A;  2X7P A;  4LON B;  4BDL A;  2NOO A;  4OET A; 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