2HZKA

Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a trap transporter in its open form
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
VTWRLASSFPKSLDTIFGGAEVLSKMLSEATDGNFQIQVFSAGELVPGLQAADAVTEGTVECCHTVGYYYWGKDPTFALAAAVPFSLSARGINAWHYHGGGIDLYNEFLSQHNIVAFPGGNTGVQMGGWFRREINTVADMQGLKMRVGGFAGKVMERLGVVPQQIAGGDIYPALEKGTIDATEWVGPYDDEKLGFFKVAPYYYYPGWWEGGPTVHFMFNKSAYEGLTPTYQSLLRTACHAADANMLQLYDWKNPTAIKSLVAQGTQLRPFSPEILQACFEAANEVYAEMEASNPAFKKIWDSIKAFRSEHYTWAQIAEYNYDTFMMVQQNAGKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an Extracytoplasmic Solute Receptor from a TRAP transporter in its open and closed forms reveal a helix-swapped dimer requiring a cation for alpha-keto acid binding.
pubmed doi rcsb
source organism Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
molecule tags Ligand binding, transport protein
molecule keywords TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic bin
total genus 116
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2hzkA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2hzkA01
3N6UA 4ELRA 4YKJA 3K6WA 1II5A 4ZE8A 4IO2A 4Q30B 3RY3A 2XWIA 1NL5A 3B7DA 4JBZA 4I8CA 2F7AA 3UGWA 4XEQA 1BLFA 2RC7A 3O6HA 4OMBA 1MXUA 2VD3A 4HTGA 4NF8A 4PGNA 4MBPA 3S2VA 4XFEA 5I2KB 4GWOA 4U22A 3D4GA 4F3BA 3IX1A 4F1YA 1N04A 2UYEA 3CVGA 3S9LC 1Z7ME 2I6EA 3UIFA 1PB8A 1TXFA 5TU0A 5I2KA 3IOVA 2X7QA 2FNCA 3P7IA 4MAGA 2XXUA 4QSDA 4G2ZA 4JDFA 2QS3A 1IUDA 1NNPA 1LAFE 4ZECA 3K01A 3FV2A 4FATA 3CI8A 2DWIA 2R71A 4NF0A 3EPEA 3PUXE 4BDMA 4Z0IA 3K2DA 5DVIA 1JW5A 1B51A 1JW1A 1WODA 1MY0A 1N84A 1OQHA 3HV1A 4GRKA 1IZ1A 3RLFE 1URGA 4DCYA 3T9HB 1DPPA 2VP1A 5TP9B 4R6YA 1B4HA 3S4UA 4P0IA 2O7UA 1Y4TA 3T9VA 5I58B 2ZMBA 3H6WA 3QK6A 5BWJA 2OLBA 4MCOA 3H6VA 3PPRA 2VHAA 4OENA 5ICTA 1GV8A 2HPGA 2F6PA 5I58A 4N6DA 2HFBA 2HAVA 5HBCA 4NWCA 4PAIA 3KG2A 3IK6B 4POWA 2UYFA 4GL8A 5KCJB 5TPAA 1MY2A 2A5TA 3HCQA 4X48A 4FAJA 1EZ9A 3C33A 3KJ7A 4H8JA 4NN3A 2H5YA 2O1LA 1FTLA 1UIVA 1MDQA 1A54A 1FW0A 4G68A 2DE4A 4F39A 4NF4B 5DTBA 1NMUA 3H3GA 5LTCA 5JEIA 2PMSA 4KR5A 3S9EA 4C1UA 4IB2A 2O51A 3KZGA 4KFQA 4X9TA 1IXCA 1CE2A 3HSTA 1B0LA 4R73A 1MPDA 2IEEA 3VLVA 4FORA 4MEVA 3FJGA 1JVYA 1OIBA 2O68A 2G29A 3H6UA 2ZYMA 2NOOA 3H6TA 3VVEA 5L9SA 1Y3NA 3KN8A 4H1XA 1TWYA 4KCDA 4YU0A 3E3KA 1N7XA 3VE1B 3DP4A 4GXAA 2PFYA 1QUJA 1Y20A 2VGQA 4RK2A 4MLVA 3TTKA 4KD5A 1IXHA 1ZTYA 2XWOA 3PPQA 3PD8A 2V3TA 4G8NA 3EF7A 4FIMA 3U94A 4LVQA 2BJJX 2QPQA 3L6HA 4G68B 4IY5A 5J1DA 1ZBMA 1LBCA 4U1OA 1HSEA 3O66A 2Z8EA 4AB6A 1P1OA 3DP8A 3G7WA 3OSQA 3EHTA 4R9GA 3EQ1A 1JW4A 2O1MA 3N94A 1SBPA 2ONRA 4C1TA 4QFNA 5IGAA 2H98A 1I6QA 2I0CA 4UACA 3KEIA 2P2AA 3RUMA 1UTBA 5IAIA 4EF2A 4YB5A 3R7XA 2XXHA 4IGTA 3QUFA 5KZTA 4MHFA 2ZZVA 1QW0A 4OFLA 4R75A 1R9QA 2E0SA 5CMMA 3PV0E 4E0WA 4HS7A 2OCUA 3HO7A 4MNIA 1WVJA 4P8BA 3TUSA 3OO8A 4G8HA 1URDA 2CZLA 5A5XB 4NF6A 1MXZA 1MXXA 2RC8A 3U93A 3UP9A 4UA8A 1MPCA 4I1DA 3K4UA 4F19A 2UVHA 2WYKA 4WKMA 4LQ2A 1QVSA 1ELJA 4WEDA 4ELOA 1OLAA 3SKPA 3VLUA 4N8GA 3VV5A 4DI4B 4YZZA 4Z7EA 4P9KA 4XKPA 2B3BA 3TAJA 3TCGA 2G93A 3V8XB 4BDQA 3ZKLA 1R1NA 4RPOA 4XTCQ 2QL3A 1MXVA 2I48A 2D21A 4ZEFA 1NFTA 5KDTA 3PGFA 1D4NA 1Q1KA 3EN3A 3KFMA 1US5A 4C0RA 1NNKA 3TPAA 4OVRA 1M5CA 4PCDA 3KN3A 2GHBA 4THIA 3C9HA 3TCFA 3MW0A 4ISUA 3E9XA 5I59A 2Q8JA 1OLCA 3B6QA 1ATGA 2H4IA 3ILUB 2CEYA 2HZLA 3SDFA 4TQUQ 3G3JA 3TQLA 5DYHA 3O97A 4JB7A 4N6KA 3VVFA 3OELA 3FZVA 1S9TA 2ZYOA 2Q2AA 4O3AA 1N76A 4YMBA 2F7CA 1O63A 4NF8B 3K02A 3GBBA 4EQ9A 2ZYNA 1OVBA 3RPWA 2ESNA 1H44A 2PT1A 3TTNA 4NMYA 2I58A 2PBWA 1FQFA 3TTLA 1MXYA 1FTJA 5F7VA 1B5HA 1DTGA 2ZYKA 3CFLA 5I84A 4FEBA 1FQCA 3SESA 5H8FB 1LB9A 4Q0CA 2ABHA 5I57A 1N0TA 4LZ5A 3K1NA 2DE3A 1R9LA 4YB6A 1JQFA 2VD2A 3FIRA 1O7TA 3TMGA 1ZLQA 4DLDA 1DMBA 4QFPA 5I59B 1SW2A 1BKAA 4I9DA 2V25A 4PGPA 2NXOA 2ZNTA 3IB1A 1SW4A 5H8SA 4F29A 4P1LA 3MQ9A 5B7DA 3FVGA 4DIGA 2W7YA 5I56B 3A3CA 4IO3A 5AA4B 3MC2A 4O3BA 2B65A 3GLBA 3LSFB 3VXBA 3U8QA 2PFZA 4PE5B 4GLIA 2UXAA 4JSOA 3EHUA 1VFEA 4RJZA 4X8RA 4YKIA 3R6UA 4DDDA 4NX1A 2Z22A 4R2BA 5CMCA 3LBSA 3PMXA 1M5EA 4RXLA 1DOTA 5CMBA 2V4CA 3TODA 1B58A 4GOTA 4XIGQ 4QF9A 3FJMA 4OVSA 2HZKA 3Q26A 2YPNA 5I2NA 5BUUA 4G68C 5DVFA 4U2RA 3FV1A 1IXGA 3ODBA 4H0WA 5DT6A 4N17A 3U72A 1NKXA 3K0VA 1GVCA 1MXWA 4YB7A 3RT8A 3OMBA 3C36A 2XD2A 3VVDA 1UTHA 5AA2A 4N8YA 3IOTA 2I0BA 4OERA 3TDJA 3B6WA 1N3WA 4ESXA 3OEKA 3WAEA 1XC1A 3KSJA 4MF3A 4ESWA 4ZEKA 1B3LA 3MVWA 3SEWA 3PMWA 4U4SA 2XX7A 3KOSA 1B46A 1SDXA 4POXA 4DE8A 2DSFA 3RQTA 4PF6A 3FASA 1PEBA 1B3FA 3SEYA 1XVYA 2RCAA 4DCXA 1B2HA 3IR1A 5IM2A 1AIVA 3SEUA 3T66A 1MPBA 4L17A 4H6DA 4F18A 1LGBC 4ZE9A 2PX1A 4MFIA 2Y7WA 3I3VA 3OSRA 4ND9A 3MP6A 3FXBA 3GXAA 4QFOA 2XXVA 1IITA 4R2FA 5ISUA 3C34A 4EQBA 4NTLA 2UVJA 1VSOA 3PUYE 4MX6A 5KCJA 4KI0E 5K2YA 4NAPA 4QSEA 4RYAA 2H99A 4M4GA 5H8NB 1B0HA 1Y1ZA 2WYPA 3KSXA 3K1PA 3LSXA 1SYHA 2QS2A 4N6PA 1MRPA 4KYSA 4OVTA 4BDLA 4U4XA 3FXRA 1EH3A 2WX9A 3MAMA 2DYXA 5TP9A 1ZKBA 2RF1A 3AXFA 5DVJA 4ZZEA 2GFEA 4U21A 5CMKA 2F34A 1NNTA 2X7PA 2DXYA 2Y7IA 3KJTA 4MLQA 1LFHA 2THIA 2AIXA 1OVTA 1I6AA 4PETA 2XXXA 4R72A 4YKPA 4PFIA 4AB5A 3IJOB 1B1HA 3DM0A 4PP0A 5ICQA 4KYEA 3IO4A 4OA4A 4OVQA 1R6ZA 3TTRA 5AA4A 2RINA 2F36A 3TELA 3CR9A 1POTA 5DEXA 4RY1A 1LAXA 4O8MA 2DP8A 1NH8A 4ZZAA 3SETA 4G8MA 4ELQA 3I5OA 1EZPA 1WDNA 3GZGA 1B05A 1SW5A 4U1ZA 3MUQA 2AL4A 3B6TA 4PFRA 1A7LA 3CFZA 1PDAA 4HCWA 4RA1A 4H65A 3UORA 3LSLA 1SW1A 1ANFA 2P1SA 2YLNA 3OEMA 4MNCA 5K2XA 1Y4CA 4P3LA 2XXIA 1B3EA 4XF5A 1LCFA 2KLFA 1BTJA 2QS4A 4NE4A 2CMOA 3CRBA 1Z7NE 3ILTB 2ZXTA 3GYYA 4H67A 1YPNA 2VPOA 3K6UA 3LR1A 1LAGE 4PQJA 2ZNUA 1MM6A 1P99A 3MP1A 5H8NA 1H3DA 1VR5A 1JEUA 4JWXA 3KN7A 3RN8A 4OANA 4P56A 2F97A 2DWJA 4ZEIA 4LATA 3TEPA 1MQGA 2Y7PA 5HM4B 2FYIA 2RC9A 3SEXA 3N5LA 2FA7A 3L6GA 3R26A 1PBPA 1UIUA 3BFUA 1RYOA 3V89B 3IL1B 4YMAA 1Y1MA 1LFIA 1NH7A 2DVZA 2VPNA 1L5TA 4IGRA 4Q5TA 4LONB 4DZ1A 1BIYA 1UTHB 5ITOA 1LSTA 2I3VA 3LUYA 3WAFA 4PFWA 5LOMA 4O3CA 2QMWA 4H5FA 3T96B 5CI5A 1JVXA 4GXSB 1LLSA 3BKIB 2F78A 2D5WA 2I4CA 2Z23A 3C35A 1XS5A 2XWKA 4F1VA 4LA9A 1H45A 1J1NA 1USYE 3RNNA 2R6GE 1P1WA 3IO6A 4F31B 3FVKA 4OFOA 4IO5A 2PT2A 5I7IA 3USDA 3IOWA 4OVJA 3W15C 4P47A 4LUBA 2Q88A 2DE2A 2DVCA 1Y3QA 1Y3PA 2LAOA 3SERA 1MH3A 1UQWA 2OWSA 2DWAA 4GD5A 2DQVA 4F2QA 1MG1A 3T9XB 2I3WA 4PAFA 1TFAA 1B5IA 5FHOA 4O94A 2H25A 5H8QB 4Q8RA 2R9JA 3MP8A 4I62A 2QS1A 4R6HA 1AL3A 3LC8A 3CG1A 3U92A 2GRVA 1SI0A 4P1EA 2QRYA 4KHZE 4EXLA 1AMFA 2V3QA 5L9MA 1USYH 1A40A 4JXIA 1OQGA 2UVIA 4X04A 2REJA 1CB6A 3MVXA 3IOUA 3PPPA 3ZKKA 1MM7A 5FHNA 3PMVA 5CBRA 2GHAA 3G3GA 4QFKA 3VLWA 2E1SA 2V84A 3MPKA 3A09A 1SQYA 4DXCA 2M8CA 4NF5A 4MH5A 4ZEBA 3FUZA 4JWOA 1MQJA 3OO6A 2F35A 3CG3A 2OZZA 4ZS9A 1DPEA 1QKBA 1PBQA 3OXNA 4UABA 4U23A 4F3PA 2F5XA 3IORA 2XXRA 5F1QA 1FQAA 3U65A 3IB2A 1O64A 3UK4A 1IEJA 1ZIUA 1MQDA 2OBGA 2YJPA 1I69A 1ZJLA 3FXQA 4H8IA 3I6VA 4N13A 3T93B 1MY4A 1XHYA 3PUVE 3TYHA 2XA5A 2IA4A 3H7MA 3OO9A 1JNFA 4YKKA 5I5PA 3PUZE 4F3GA 5TPAB 1A55A 4NWDA 4NF6B 4TLLB 3O6IA 2O7IA 3VXCA 4DXUA 1B7HA 4XKQA 2GH9A 1FCKA 4FECA 2XXKA 2X26A 4DI3D 3E4RA 2Q89A 3IB0A 3K1MA 4OWDA 1B3GA 1DTZA 2OK2A 4PE3A 4OYVA 4MNPA 2XWVA 3QUJA 5CBSA 5IKBA 5AE4A 1HSLA 4BDNA 3LSWA 5CC2A 2UVGA 3V83A 3FVOA 3UA8A 1F9BA 4EQ7A 3PU5A 3PPOA 4X1DA 3THIA 5JK4A 3U1OA 4OHNA 4PFBA 2XX9A 5I2NB 1ZU0A 2O6AA 1I6BA 1MDP1 3O28A 4NF4A 4OEVA 3JYRA 3N6TA 1IIWA 3FJ7A 1S50A 4TOZA 3MBPA 1JETA 2XXPA 4GVOA 2ALUA 2OWTA 3Q29A 1B7UA 4R74A 3A3UA 4PFTA 1A8EA 3G3IA 4IY6A 4OETA 4OXVA 4PFUA 2HAUA 2ONKE 2PYYA 5DEXB 2XX8A 4P11A 3M3FA 1MQHA 3UN6A 3QIMA 3HHGA 2NUVA 4FE8A 2O69A 2AYSA 4XXUA 1Y9UA 5I57B 4F2OA 3Q25A 1MS7A 4G77A 3T22A 3K00A 1D9VA 4MIJA 1RYXA 1VE4A 1LCTA 1POY1 2DS9A 2XXWA 4XKNA 3N26A 2Q2CA 1XOCA 4KQPA 1YTVA 4NQ8A 4FEDA 1N3XA 5ITPA 3OD7A 2XHDA 4EXKA 4N4UA 3MZ9A 3S9MC 1B9JA 5FTHA 3MZ1A 1M5DA 4PF8A 3BBRA 4NHBA 4OEUA 2DWHA 4QHQA 2F6GA 5ELVA 5EHSA 4PDDA 3RT6B 1S7YA 2ANJA 5M2VA 4LZ8A 3IAZA 2XXQA 5H8HA 4LN5A 4OQOA 4RK9A 2HCAA 2Z8FA 3Q27A 3ZS6A 3BFTA 1QUKA 2O84X 3C4MA 3O2AA 5B70A 2DXRA 2VOZA 3JV9A 1US4A 3CIJA 3TCHA 1SVXB 3FGSA 1AH5A 1TT1A 4QSCA 1SI1A 2HEUA 1P1QA 3E13X 2F8DA 4OTEA 1ZMGA 1M5FA 4QRZA 1NNFA 4TLMB 4EUOA 4F1UA 4DXBA 3KOTA 2XXYA 1KWHA 3HHFA 4P0GA 2DOJA 4LQ5A 5EYFA 4KPTA 1URSA 4KCCA 4N07A 2F7BA 3H06B 1LBBA 3T9UA 4AQ4A 4HW8A 3D4CA 1PC3A 3IJXB 4YAHX 3M3KA 2OJTA 5IZZA 5JTYB 2HQ0A 3S9NC 3O6GA 2I4BA 5AA2D 1RKMA 3FATA 4FJPA 3MVZA 3EHSA 3PD9A 3CSGA 3QYTA 1PB9A 4GIZA 3M3LA 1GTKA 3HN0A 2V93A 2AL5A 3OENA 2ZZWA 1MY3A 1MY1A 2I49A 1SYIA 3W9WA 3TTMA 1LAHE 1SD3A 5HPQA 3OO7A 1A99A 4N15A 2H9BA 2A5SA 3QAXA 4WEPA 4YICA 4HCYA 4F3SA 4ECFA 1JEVA 4NEDA 2QJEA 3PUWE 1B32A 2WKYA 4GFRA 4ZDMA 4RPNA 1GGGA 2RCBA 3RTWB 2REGA 3ECRA 5FTIA 4PBHA 3Q28A 5L8DA 3JZJA 3K6XA 3KGCA 3RGYA 2Q9TA 2V3UA 4EF1A 3MVYA 1A8FA 1B40A 4KYDA 3FD3A 1DSNA 1XT8A 1AOVA 1QUIA 5FHMA 4JSDA 3W9VA 1T0KA 4GF8A 4M1VA 3O29A 1TFDA 1N7WA 2XD3A 1IQ7A 3HPIA 3CFXA 2RKMA 3ZSFA 1UTBB 3KBRA 3RTFB 3TZAA 4XKRA 4WXJA 2Y7KA 2D3IA 3FVNA 4G4PA 2ONSA 1B7ZA 1FTMA 4N91A 2QSXA 1VFDA 3B50A 2B3FA 3OOAA 4BDRA 2NVUB 5I56A 1B6HA 1MH4A 1EU8A 3MWBA 4GL0A 3SEVA 1YAEA 4GQOA 3DLNA 4IO6A 3MPLA 4NF5B 4E0XA 2XXTA 3K6VA 1EZOA 3H03A 4NG7A 5AA3A 2ZNSA 5AA2B 2Y7RA 3V5AA 3TFLA 4BDOA 4PBQA 4R6KA 1FTKA 4QFLA 1FTOA 1FQDA 3O9PA 4JWYA 3DP6A 4NGUA 3GBAA 4K3FA 4OFJA 4ZEDA 3C32A 1LB8A 1D9YA 1OMPA 3CSBA 1GR2A 2Y84A 3MZBA 3TKDA 3C31A 5JTYA 1D3KA 2CEXA 4PDHA 4PFYA 1P1UA 4H5GA 3FXUA 1MQIA 4LZ7A 2PVUA 5KDTB 1H76A 3QSLA 4ONYA 1LFGA 1PB7A 3MJNA 3G3HA 5L9OA 4EDPA 1FQEA 2Z8DA 5H8QA 3QXMA 2A5TB 4ELPA 1M5BA 3F11A 3VDFA 4RNSA 1QJMA 4O7MA 4X1BA 1XVXA 1P1NA 1Q35A 1QKAA 1FQBA 1HSJA 4F22A 3DELB 1B3HA 5H8HB 3VFJA 1H43A 5A5XA 4PC9A 1BP5A 1B52A 2P0SA 4IO4A 1B5JA 1QULA 2NWJA 4OVPA 3H4ZA 4IO7A 5CM6A 4LP2B 3PPNA 1IXIA 4BLAA 4OZ9A 1B4ZA 3TQWA 5H8FA 5EHMA 2HXWA 3M8UA 2ZZXA 5CRYA 4OESA 4R9FA 5AA1A 4MMPA 2QMXA 3G3FA 1YCJA 1B1XA 3G3KA 4PAKA 3ONMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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