1TFDA

High-resolution x-ray studies on rabbit serum transferrin: preliminary structure analysis of the n-terminal half-molecule at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
299
structure length
294
Chain Sequence
VRWCAVNDHEASKCANFRDSMKKVLPEDGPRIICVKKASYLDCIKAIAAHEADAVTLDAGLVHEAGLTPNNLKPVVAEFYGSKENPKTFYYAVALVKKGSNFQLNELQGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVASFFSGSCVPCADQLCQLCPGCGCSSSQPYFGYSGAFKCLKDGLGDVAFVKQETIFENLPSKDERDQYELLCLDNTRKPVDEYEQCHLARVPSHAVVARSVDGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSGDFQLFSSPHGKNLLFKDSAYGFFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords TRANSFERRIN
publication title High-Resolution X-Ray Studies on Rabbit Serum Transferrin: Preliminary Structure Analysis of the N-Terminal Half-Molecule at 2.3 Angstroms Resolution
pubmed rcsb
source organism Oryctolagus cuniculus
molecule tags Iron transport protein
total genus 67
structure length 294
sequence length 299
ec nomenclature
pdb deposition date 1990-08-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfdA02
3ILTB 5A5XB 4LZ5A 5DTBA 1WDNA 1UTHA 4RK2A 3OOAA 3ECRA 4DLDA 4H8JA 2UVGA 4QHQA 4NEDA 3G3HA 4U1OA 4NE4A 1M5BA 1IXHA 3KSXA 3FXUA 2W7YA 2O51A 4OENA 3RY3A 3VVFA 3PUYE 3RN8A 5CMCA 2X26A 5I59B 3K02A 3Q26A 1EH3A 2HQ0A 4POWA 1B0LA 3L6GA 5CBSA 4R2BA 4OQOA 3PMWA 3B6WA 5JEIA 3LSLA 3BFTA 3H6VA 2QRYA 2H4IA 5I2NA 4KQPA 1N3WA 2XXIA 3CFXA 2ONSA 2E1SA 1B6HA 4XIGQ 1Q1KA 1Y4CA 1A55A 2P1SA 3PMVA 1OQGA 1LCTA 2RCBA 1MY0A 3Q25A 2OWSA 2G93A 4H5FA 4XXUA 2OWTA 5ICTA 1Y9UA 3UN6A 3K6UA 2Y7WA 1JW4A 3C35A 1HSEA 4ZEBA 2F6GA 3SDFA 3IO6A 3O6IA 4I1DA 1D3KA 1ELJA 1MXWA 4QSDA 3VFJA 2XXRA 2B3BA 2H98A 1LAGE 3MW0A 1QUKA 4XKNA 1LAFE 1OMPA 1IUDA 4IO7A 4ZE9A 4YAHX 1ZMGA 4U2RA 2QS2A 3CG1A 5ELVA 3B6QA 1ZBMA 3EHTA 5LOMA 1SW1A 5B7DA 4QSEA 3VLUA 1LGBC 3ZKLA 4DXBA 5AA2A 3THIA 5ISUA 4YMBA 3VV5A 3O28A 2AL4A 3SEYA 5K2XA 4F3PA 2D21A 3DP8A 3FGSA 5HPQA 3VDFA 2IEEA 4E0WA 4WKMA 3CRBA 3MP1A 1MQGA 4ELQA 3EHSA 2VD2A 2LAOA 1F9BA 2DSFA 5I2KA 2R71A 1I69A 1PEBA 2QJEA 1B51A 1II5A 3T9HB 3QXMA 1GV8A 1IZ1A 2CMOA 2PVUA 1VFEA 1EU8A 5DEXA 4ZE8A 1UIVA 5I58B 2OK2A 4C1TA 5BWJA 3PPQA 4POXA 2HCAA 1A8FA 2I58A 2V25A 4HTGA 3HO7A 3EQ1A 3IAZA 1P1UA 1SVXB 3OXNA 3QUJA 3SESA 3N6UA 4GF8A 3CSGA 1YTVA 4YKKA 2FYIA 2Y7PA 1SI1A 3S9EA 4GL8A 4C0RA 1B3FA 2Z8DA 3IOWA 3G7WA 1MXUA 1ZTYA 3ZS6A 5H8FA 3H6WA 3EF7A 1FTLA 1NNKA 5I56A 3UP9A 2VP1A 1L5TA 3TYHA 3MQ9A 4NF4A 1MH4A 2NOOA 2HAUA 2ZNTA 5M2VA 1YPNA 1Z7NE 5EHSA 1Q35A 3KGCA 3C34A 3TMGA 1Y3NA 2REGA 1S50A 5IKBA 2F36A 4ISUA 4TOZA 1JW5A 1H76A 1SD3A 2Q2AA 2ZYNA 3IOTA 1FTMA 3TODA 4G68A 4R6HA 4F1UA 2B65A 4IY6A 1MY3A 1SBPA 1QVSA 1MXYA 2GH9A 1LCFA 3Q28A 1LFGA 3E4RA 4OEUA 5BUUA 1R9QA 4OFLA 2DE4A 2UYEA 5H8QA 2H5YA 3K6VA 2ZNSA 1AIVA 3GBBA 1A40A 3TEPA 4YB6A 4F18A 2DVCA 1PB8A 2REJA 2H25A 4XKRA 3T93B 3T9XB 4FATA 5L9OA 3QYTA 5FTHA 4NF8A 1B3LA 3LSXA 2I3WA 2ZYMA 4GL0A 2XD3A 2ALUA 4HS7A 1URSA 1FCKA 5KDTA 2V3TA 2XXTA 1O64A 3G3KA 4HCYA 1MQDA 2NXOA 3TCGA 3RT6B 3FVGA 1M5FA 4RXLA 1LSTA 1GVCA 1FTOA 4MLQA 4PFYA 3SERA 1B7UA 4FORA 4XKPA 2PT1A 4TLMB 2R9JA 2YJPA 3MVWA 4K3FA 3U72A 3TTNA 5TPAA 1PC3A 4N6PA 4LP2B 2ONKE 1H44A 4RYAA 4DCYA 2XXXA 2ESNA 4FIMA 3ODBA 4OFJA 3K0VA 4KI0E 2NWJA 4IO3A 1MM7A 1POY1 4KCCA 1AMFA 4R74A 1WODA 5DVFA 4ND9A 4DXCA 2DXRA 4IGRA 4KPTA 3CG3A 3FVNA 1B0HA 1XVXA 1MDQA 4KYDA 1FW0A 4G77A 2XX7A 1DMBA 4LA9A 3FV2A 3PD8A 4G8HA 4R2FA 1EZOA 1URDA 3K2DA 4KYEA 2XXHA 4O3CA 1MS7A 4IB2A 3P7IA 3K6XA 4OERA 2QSXA 3IO4A 1N3XA 5H8SA 3U94A 1PB9A 4KR5A 1R6ZA 3FV1A 5FHNA 1IQ7A 3PGFA 2Q9TA 3S9MC 1B46A 1NFTA 1B5JA 2Q2CA 3AXFA 3C32A 2OCUA 3IR1A 5H8HA 4QF9A 1DSNA 5TP9A 3FXQA 1PDAA 3U93A 4ZEIA 4GVOA 3FJ7A 3RQTA 2O7IA 3LSWA 3H03A 3IORA 4GIZA 4IO2A 3TKDA 4JXIA 5KZTA 1LBBA 3A3CA 1SW5A 3LSFB 3RUMA 2O69A 3B7DA 3KN3A 5CM6A 3E9XA 4BDMA 3W9WA 1FQBA 4OXVA 1ZJLA 3KBRA 1NNTA 2Z23A 3IB0A 3IK6B 2XD2A 3K1NA 2F97A 3PD9A 3PUWE 4NWDA 5TU0A 5I59A 4AQ4A 4H5GA 3FVOA 4F19A 3MP6A 1P1NA 1R9LA 1NNPA 1B40A 2BJJX 3OD7A 5CBRA 1XT8A 2Y7RA 2RCAA 1ATGA 2A5TB 4ESXA 1MXZA 2GRVA 1UIUA 2XX9A 3CFLA 3OEKA 4X1DA 4R9FA 1FQEA 2RC8A 4X1BA 1EZ9A 3HN0A 5L9SA 1ZU0A 1TFAA 4RPNA 5DVJA 3RPWA 2F5XA 4H8IA 4YICA 2F7AA 4GLIA 1CB6A 1LFHA 4DIGA 2FNCA 4AB5A 3GXAA 4OYVA 2DWIA 3TDJA 2KLFA 4QFPA 3KOTA 4GQOA 2RF1A 4FEDA 1POTA 4IGTA 1N04A 1S9TA 4LONB 4R6YA 1MM6A 4ELOA 4F3BA 4GFRA 2PX1A 3F11A 2OZZA 3CFZA 4Z7EA 1LAXA 2X7PA 4LUBA 3HV1A 4TQUQ 2F35A 2D5WA 4LATA 2YPNA 3FJGA 1ZKBA 3B6TA 3IJXB 3VXCA 1NNFA 3FIRA 1XOCA 1PBQA 1BKAA 4RY1A 3S9NC 4JB7A 3UGWA 2IA4A 3KN8A 3S9LC 3PUVE 1OVTA 3JZJA 3CI8A 4THIA 2DVZA 2F7CA 3N26A 1FTKA 1VR5A 5F1QA 2X7QA 2O1LA 2P2AA 4U21A 2UYFA 4YKPA 5FHOA 1MXXA 3IOUA 4ZZEA 3H7MA 1TXFA 5ITOA 1B58A 2DQVA 5I58A 5ICQA 2Z8EA 1A7LA 3N6TA 4NTLA 4H1XA 4PQJA 2V3UA 5H8NA 5CMKA 4G8MA 1OLCA 1R1NA 1FQAA 5DEXB 2QPQA 2RC7A 3QSLA 3CR9A 3HHGA 2DXYA 1MY2A 1DPPA 5I84A 4P0GA 3M3KA 5HBCA 4F1YA 1TT1A 4ELPA 2B3FA 5KCJB 1QUJA 4BDRA 3I5OA 4RK9A 1BP5A 4BLAA 1YCJA 4NF5A 2DYXA 2O7UA 2OBGA 3VVDA 1US4A 4F2QA 4P0IA 4MLVA 3EHUA 3MAMA 2ABHA 4Q0CA 4QFKA 3MJNA 1B9JA 2RKMA 4EXKA 4X48A 1N76A 2Q8JA 3Q29A 4R72A 2V93A 4U4XA 1FTJA 4FECA 3UORA 1SYIA 1I6QA 1H43A 3DELB 1MY1A 1UTBB 1ZLQA 2F34A 3QAXA 1QKBA 4DE8A 2ZNUA 3D4GA 1YAEA 3GZGA 4G68B 1EZPA 3PPRA 3H4ZA 4RJZA 2UXAA 3TFLA 3MC2A 3IL1B 1MXVA 4IO4A 3KG2A 3HHFA 3H3GA 2I49A 4F3SA 4GWOA 5I57B 4PFUA 3RTFB 4JWXA 1Y4TA 1MH3A 4C1UA 5DT6A 3K4UA 4GXAA 2AYSA 5AA4B 1BLFA 5L8DA 1SW4A 3G3FA 3CVGA 4F1VA 2QMWA 2O6AA 2OLBA 4YKJA 3OO8A 3V5AA 1MG1A 3M3FA 1USYE 1B32A 2V3QA 4I62A 2G29A 2HAVA 4ZEDA 4IO5A 3O6GA 4U22A 3K01A 3S2VA 3O29A 3OO9A 5K2YA 1AH5A 3TELA 4ZZAA 1D9YA 1RKMA 4BDLA 4MH5A 3TAJA 3T96B 1B2HA 5HM4B 4LZ7A 4OWDA 4BDQA 4DXUA 1T0KA 2I0BA 3O6HA 3RLFE 3MP8A 4KYSA 3DP4A 3FUZA 1MRPA 4NMYA 3KSJA 3D4CA 3T9VA 3ZSFA 3O9PA 4RPOA 1Y1ZA 4U23A 1LBCA 2DE3A 4JBZA 4I9DA 1OIBA 1VE4A 2O84X 4LZ8A 1QUIA 3V83A 4F3GA 4MFIA 1Z7ME 1IIWA 1NH7A 3QK6A 2ZYOA 3FD3A 5AE4A 2O68A 4WEDA 3MPLA 1FQFA 4GOTA 4NF6B 1N84A 5CMBA 3T9UA 4IO6A 2I6EA 1PBPA 1Y1MA 1USYH 4OHNA 4YB5A 2F78A 1LB9A 3VXBA 3I3VA 3FVKA 1JNFA 3OELA 1Y3QA 1I6BA 4OESA 1NL5A 1DOTA 4R75A 2H99A 4H6DA 3C4MA 4F39A 4XTCQ 3W15C 2QS3A 1IXGA 4ZEFA 3MVZA 2A5SA 2DWAA 4F22A 5CMMA 4ECFA 3V89B 1MPDA 3TQLA 1TWYA 1DPEA 3KOSA 3IB1A 3IB2A 1J1NA 2QS1A 5JTYB 2ZYKA 5A5XA 2M8CA 4MBPA 3FASA 5J1DA 1N7WA 4R6KA 1D4NA 1TFDA 3KJ7A 2AL5A 2F6PA 4PP0A 4M4GA 4GD5A 4EXLA 4WXJA 3A09A 1MQJA 3E3KA 1O7TA 1Y20A 2I48A 3LR1A 1LB8A 3N5LA 1QULA 3OEMA 1JEUA 1SQYA 4O3BA 4OTEA 4YZZA 1UTHB 2A5TA 2NUVA 1QKAA 1SW2A 2WKYA 2PT2A 4OVJA 5AA1A 3LUYA 2XX8A 1H3DA 1I6AA 2ONRA 1LAHE 2GFEA 1GR2A 3G3IA 3TQWA 1M5CA 3SEXA 5FTIA 2Q89A 3HPIA 3V8XB 3GLBA 4QFOA 3MUQA 1B5IA 4QRZA 3IJOB 5IAIA 3VLWA 4YMAA 1B05A 1MQHA 3L6HA 1XHYA 4AB6A 1DTZA 3FATA 1SYHA 3PPOA 2Q88A 4ZEKA 1LFIA 1OVBA 3TTKA 3O2AA 5I2NB 3CSBA 3C33A 3MPKA 4BDNA 2V84A 3MWBA 5F7VA 3SEVA 3SKPA 4JWOA 4G2ZA 4O3AA 1JW1A 3QIMA 2VHAA 3EPEA 4U4SA 2XXQA 1MQIA 4P11A 1D9VA 4FEBA 2Z8FA 1MPCA 3CIJA 1O63A 3C36A 3TTMA 2FA7A 3PPNA 3K1PA 3OSRA 1B3HA 1P99A 1NMUA 4R73A 4FE8A 3T22A 4E0XA 2Y7KA 3FZVA 3ONMA 4JDFA 1JETA 3QUFA 3I6VA 2XXPA 5EHMA 1JQFA 4EF1A 3U1OA 3KFMA 5JK4A 2Z22A 3VLVA 2I4BA 4PETA 4ELRA 5AA2B 1P1OA 3KEIA 2NVUB 1B3GA 3JYRA 4JSOA 4FAJA 4YB7A 3OSQA 3O97A 4UA8A 3LBSA 1FQDA 3G3JA 5CRYA 5CI5A 1VSOA 3TUSA 2DE2A 3MVXA 2ANJA 5I2KB 1RYOA 3HCQA 3KJTA 4PFWA 2O1MA 3BFUA 5DYHA 3U92A 2QS4A 4OETA 4HW8A 3PUXE 1VFDA 3IX1A 1QW0A 2R6GE 4Z0IA 4Q8RA 4DZ1A 1ZIUA 4EQ7A 3U8QA 2H9BA 2QL3A 4F29A 2YLNA 1NH8A 3MVYA 1N7XA 1PB7A 1A8EA 4EQ9A 3OMBA 1IITA 5KCJA 1BTJA 1QJMA 5H8NB 4ZECA 2XXWA 2HEUA 4GRKA 3RNNA 4EQBA 2D3IA 3DLNA 4IY5A 2DP8A 1GTKA 2DOJA 1B7ZA 3R26A 4F31B 2GHAA 2I4CA 3R7XA 2DWJA 2XXVA 3VE1B 5H8FB 2PMSA 1IEJA 5I56B 3R6UA 1US5A 4DCXA 4YU0A 3S4UA 3DP6A 4NF4B 3HSTA 4G4PA 2DWHA 2I3VA 3BBRA 4NF5B 3TPAA 4HCWA 3UK4A 3KZGA 4M1VA 4MF3A 2Y84A 2DS9A 3H6UA 2RC9A 3TZAA 4LQ2A 3EN3A 1A54A 1UTBA 3O66A 3USDA 3LC8A 1MPBA 5CC2A 1HSLA 2HXWA 1M5DA 2GHBA 3TCHA 2AIXA 3PU5A 2PBWA 1S7YA 5DVIA 1B1HA 3ZKKA 1LLSA 3SETA 4RNSA 1FQCA 2E0SA 4FJPA 4R9GA 3MZ9A 1UQWA 4Q5TA 5H8QB 1AOVA 5I57A 1WVJA 4TLLB 4QFNA 3DM0A 1B52A 2OJTA 1OQHA 3A3UA 3FXRA 3VVEA 3IOVA 3G3GA 5AA4A 3E13X 2QMXA 2VD3A 4F2OA 4U1ZA 3W9VA 3K1MA 3ILUB 4KHZE 2UVJA 1JVYA 2F8DA 1BIYA 2P0SA 1CE2A 5FHMA 4WEPA 4JSDA 4NF8B 4QSCA 2ZMBA 3T66A 4NWCA 3TTLA 3H6TA 3H06B 4EDPA 2HFBA 1B7HA 3C9HA 1URGA 3PV0E 5KDTB 1M5EA 4ONYA 2ZXTA 4H67A 3WAFA 1IXIA 4EUOA 2XXUA 3M3LA 3BKIB 1N0TA 1JEVA 3K6WA 2UVHA 4OMBA 1XVYA 3GBAA 1IXCA 4BDOA 4ESWA 4UACA 2THIA 4LVQA 1XS5A 1XC1A 3OENA 3MBPA 4YKIA 1KWHA 3RT8A 4PFTA 4EF2A 5EYFA 4QFLA 3WAEA 4JWYA 1Y3PA 1P1QA 2VOZA 5AA2D 1RYXA 2Y7IA 4G8NA 4OEVA 3KN7A 2HZKA 1AL3A 5TPAB 2RINA 2VGQA 3JV9A 3C31A 4I8CA 1GGGA 1B3EA 4OFOA 3OO6A 3M8UA 3N94A 3PMXA 4NF6A 3OO7A 4H65A 1JVXA 1B1XA 2CZLA 4N13A 1B4ZA 4G68C 5AA3A 1HSJA 2UVIA 3RGYA 3PPPA 4KCDA 1OLAA 1SDXA 4OZ9A 1ANFA 2HZLA 5B70A 2PYYA 1B5HA 3MZ1A 5ITPA 3FJMA 3K00A 2XHDA 4KD5A 3UA8A 1SI0A 4N07A 4GXSB 2I0CA 4RA1A 1H45A 3Q27A 3SEUA 1NKXA 3SEWA 4DDDA 4ZS9A 3UIFA 5JTYA 3MZBA 3PUZE 4LQ5A 3TCFA 1P1WA 2F7BA 5H8HB 4Q30B 5TP9B 4X9TA 4ZDMA 1A99A 3TTRA 4H0WA 4PE5B 1DTGA 3RTWB 1B4HA 1MY4A 4KFQA 2XXYA 4L17A 5L9MA 1MDP1 4XKQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SPI A;  3ILT B;  5A5X B;  4LZ5 A;  5DTB A;  1WDN A;  1UTH A;  4RK2 A;  3OOA A;  3ECR A;  4DLD A;  4H8J A;  4GX6 A;  4NGU A;  2UVG A;  4QHQ A;  4PE3 A;  4GWS A;  4NED A;  5I5P A;  3G3H A;  4U1O A;  1IMA A;  4NE4 A;  1LBY A;  1M5B A;  1IXH A;  3KSX A;  3FXU A;  2B4L A;  2W7Y A;  2O51 A;  4OEN A;  3RY3 A;  3VVF A;  3PUY E;  3RN8 A;  4N6D A;  5CMC A;  2X26 A;  5I59 B;  3K02 A;  3Q26 A;  1EH3 A;  2HQ0 A;  4PBH A;  2XWI A;  4POW A;  1B0L A;  3L6G A;  5CBS A;  4R2B A;  4OQO A;  3PMW A;  3B6W A;  5JEI A;  3LSL A;  3BFT A;  3H6V A;  2QRY A;  2H4I A;  5I2N A;  4KQP A;  1N3W A;  2XXI A;  3CFX A;  2ONS A;  2E1S A;  1B6H A;  4XIG Q;  1Q1K A;  1Y4C A;  4PCD A;  1A55 A;  3ROJ A;  2P1S A;  3PMV A;  1OQG A;  1LCT A;  2RCB A;  4GX3 A;  3BIG A;  1MY0 A;  4AS5 A;  3Q25 A;  2OWS A;  2G93 A;  4H5F A;  4XXU A;  2OWT A;  5ICT A;  1Y9U A;  2ZZW A;  4H45 A;  3UN6 A;  5ESY A;  3K6U A;  2Y7W A;  1JW4 A;  3C35 A;  1HSE A;  4LN5 A;  4P1E A;  4ZEB A;  1YZ0 A;  2F6G A;  3SDF A;  4PF6 A;  3IO6 A;  3O6I A;  4I1D A;  1D3K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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