1TFDA

High-resolution x-ray studies on rabbit serum transferrin: preliminary structure analysis of the n-terminal half-molecule at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
299
structure length
294
Chain Sequence
VRWCAVNDHEASKCANFRDSMKKVLPEDGPRIICVKKASYLDCIKAIAAHEADAVTLDAGLVHEAGLTPNNLKPVVAEFYGSKENPKTFYYAVALVKKGSNFQLNELQGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVASFFSGSCVPCADQLCQLCPGCGCSSSQPYFGYSGAFKCLKDGLGDVAFVKQETIFENLPSKDERDQYELLCLDNTRKPVDEYEQCHLARVPSHAVVARSVDGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSGDFQLFSSPHGKNLLFKDSAYGFFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Resolution X-Ray Studies on Rabbit Serum Transferrin: Preliminary Structure Analysis of the N-Terminal Half-Molecule at 2.3 Angstroms Resolution
pubmed rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
molecule tags Iron transport protein
source organism Oryctolagus cuniculus
total genus 67
structure length 294
sequence length 299
ec nomenclature
pdb deposition date 1990-08-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1tfdA02
1LBCA 3ZKLA 3THIA 3EHTA 1MXXA 2OWSA 3FGSA 4GOTA 2O1LA 1UTHB 3MUQA 3E3KA 1GGGA 4IY6A 3DELB 4IO2A 3MVXA 4GL8A 1XVYA 4OEVA 4ZEDA 3HSTA 3N94A 4H8IA 2QSXA 3HHFA 5TPAB 1B9JA 4BDRA 4HCWA 3PGFA 2QS1A 1EU8A 1B32A 4GF8A 3H7MA 3MBPA 2Y7RA 1JW4A 3CSGA 1UTBB 1B7HA 2RC8A 3H6UA 3SETA 4KCDA 4EQ9A 4YAHX 1QJMA 4R6HA 1Y3PA 2XXYA 4RXLA 2I49A 4YKJA 4AB5A 4HCYA 3MP1A 4RJZA 2FA7A 1JETA 3QUJA 2AYSA 1I69A 1LCTA 4NF8A 1M5EA 3G3IA 3OXNA 1NH8A 4HTGA 3OEKA 4JXIA 4DXCA 1PB7A 1QW0A 1N0TA 4F2QA 4GXAA 1S7YA 1WODA 4LONB 3H4ZA 3PUXE 3IR1A 4YU0A 3IORA 1B0LA 3CFZA 4U23A 4YZZA 4Q0CA 4YKPA 2I48A 4TQUQ 2CZLA 1LGBC 3EQ1A 3R6UA 2XXWA 4QFKA 1AOVA 4GQOA 1B4ZA 1MQIA 1GTKA 2FNCA 1Y3NA 4F29A 5I58A 3WAEA 2F6PA 3E4RA 3S9LC 1VFEA 2HAVA 2F97A 2RC7A 1D3KA 2DE2A 1SVXB 1MDQA 2OCUA 3IOTA 4R6YA 1ANFA 1FQCA 4JSDA 3K01A 2R9JA 1S50A 4XTCQ 4N07A 5ICQA 3U8QA 1JW5A 4GVOA 1B46A 5CMMA 4BDLA 4QFPA 1IXGA 4QSCA 2X26A 4R2BA 4PFUA 4I8CA 3LUYA 2ONKE 3S9EA 4G77A 1ZMGA 2AIXA 2DXRA 4YICA 2QMWA 4DCYA 5CMKA 1SBPA 2XHDA 1L5TA 2XXUA 3OO7A 1TXFA 5DVFA 5IAIA 2B3BA 1CB6A 1TT1A 2V3UA 3W9VA 3IL1B 3UORA 4PFTA 5ITOA 1FTJA 5ELVA 5CI5A 2DVCA 1SW4A 3EHUA 4P0GA 4R6KA 3QSLA 4EDPA 4OESA 1P1QA 4ZECA 3R7XA 1LFHA 1OQHA 2DSFA 2QPQA 4EQBA 3LBSA 4KHZE 3FASA 3DP4A 3BBRA 1I6AA 1M5FA 3C33A 4YMAA 3SEXA 4E0WA 1OIBA 2HCAA 3BFUA 1RYXA 2Q89A 4NF5A 1DTGA 1QUIA 4OEUA 1MPDA 3ODBA 4FIMA 1BLFA 2AL4A 4Q8RA 3KFMA 4H8JA 4C1TA 1AL3A 3O66A 4NF4B 1LAXA 1MRPA 4ECFA 3GZGA 2XXIA 3EN3A 3MP8A 2UVHA 4H0WA 1NH7A 1XC1A 2DQVA 2O7UA 2V3TA 2H99A 1MQHA 3HHGA 5HBCA 2Y7KA 3FUZA 1B6HA 1USYH 4O3BA 1MQGA 1P1OA 1LFIA 3T96B 1FQEA 1N7WA 4FEDA 1MS7A 4U21A 3M8UA 2RKMA 5EHSA 1A8FA 1B3FA 1MY2A 4IO7A 1R1NA 2CMOA 5HM4B 2XXQA 1B7ZA 4LP2B 5JK4A 3CI8A 4OHNA 5I59A 3PPOA 3OSQA 4GRKA 2I0BA 2A5TB 3KSXA 1LSTA 4N6PA 1A99A 2XX7A 4POXA 3PPPA 3LSLA 2I3VA 2HZLA 4DDDA 3UK4A 4POWA 3IOWA 3TUSA 1SQYA 1B58A 4KPTA 4XKNA 3OOAA 4LA9A 1PB9A 1MY3A 3VVEA 4ZEFA 3Q28A 2RC9A 2RCAA 5J1DA 4FEBA 4WKMA 1MH3A 3TFLA 4DLDA 5L9MA 4H5GA 4TOZA 3V83A 4NF6B 1SYHA 1IZ1A 4PQJA 5FTHA 4LVQA 4ELQA 4H5FA 4JB7A 4O3CA 5ICTA 2VD2A 2DWJA 3H6TA 3K6UA 4U1ZA 1POTA 2XD3A 1OQGA 3SEVA 1JVXA 1GR2A 1SI1A 2XXXA 1XHYA 2Q8JA 3O29A 5DEXA 2PT1A 1NNKA 1P1WA 4X48A 4H1XA 3K00A 3RN8A 1MXWA 2G93A 5AA3A 1P99A 1FW0A 3MWBA 3C9HA 5CMBA 4F3GA 2QRYA 4R2FA 5I2NA 4F18A 2DVZA 4IGTA 2OJTA 5M2VA 1O64A 2VGQA 1M5CA 5H8HA 4F39A 1EZOA 2D5WA 4LQ5A 4QFLA 5H8NA 5CC2A 3CG3A 4ZZEA 3K6XA 4XKQA 2Z8EA 2YLNA 1TFDA 3CIJA 1SW5A 4ESWA 4U2RA 1S9TA 4KYDA 4XXUA 4U4SA 4H6DA 4KYEA 4MF3A 4EF2A 3TTNA 3MP6A 3OO6A 3UA8A 3RY3A 3T22A 1MM6A 1TWYA 1D4NA 2H98A 2GH9A 2ZXTA 4EUOA 5AA4A 3TKDA 3MVWA 3U1OA 2F7AA 3DM0A 5FHMA 4ONYA 3G3GA 3KZGA 4NE4A 4OYVA 2D21A 4R9FA 3VLUA 4GL0A 4HW8A 4E0XA 4FE8A 4LQ2A 3SEUA 5JTYB 3QIMA 3OEMA 3DLNA 1Y4TA 5CBSA 2F34A 4G4PA 1BTJA 3M3KA 4G68A 4LZ8A 2NVUB 2XXRA 3PPRA 1MH4A 2F8DA 3VXBA 1B4HA 4FAJA 1AH5A 4MH5A 2P1SA 2QL3A 4ZS9A 1OLCA 1UIVA 3T9UA 1OVTA 2QS2A 3CFLA 2VP1A 4KI0E 2I4CA 3C35A 4NWDA 1ZU0A 4RPOA 4OMBA 1MPBA 5H8SA 1PBPA 3I5OA 3FD3A 2HQ0A 1B2HA 3RNNA 2XX9A 2HEUA 1PBQA 3VDFA 3IOUA 1XS5A 4F2OA 1H76A 3PPQA 2PMSA 3A09A 1ATGA 3T66A 4IB2A 4NMYA 5DT6A 2KLFA 3LR1A 4ZEKA 1Z7NE 2YPNA 5AA1A 4LATA 1B7UA 4P0IA 1O7TA 4F3BA 3ILUB 5K2YA 4EXKA 3KGCA 1A8EA 3KEIA 4OERA 5I56B 4ZZAA 3W9WA 2B3FA 4NF5B 1JEUA 3GBAA 2DE4A 3CRBA 1IITA 3TPAA 3N6TA 4IO4A 2F36A 3T9XB 4G8HA 1B5HA 3O28A 3PU5A 3O6HA 1Y3QA 1R9QA 3FXUA 1JEVA 3RTFB 1MG1A 2I0CA 1HSJA 3MZ1A 3VLVA 4YMBA 4I1DA 1A7LA 1GVCA 2NWJA 1I6QA 4M1VA 3S9NC 1IUDA 1LFGA 1PEBA 3IJOB 1UTBA 1ZKBA 3IOVA 2DE3A 3QAXA 2PX1A 3QUFA 3RT8A 3JV9A 3VFJA 2DWIA 4KFQA 1B1XA 2Q2AA 1IEJA 4PFWA 1UIUA 4Z0IA 3MW0A 4YB5A 2ESNA 2RF1A 2RINA 3Q26A 4R74A 1LAHE 3A3CA 5I59B 3ZSFA 1A40A 1JW1A 1N04A 2DP8A 3IB0A 2H25A 4JSOA 1B05A 4KCCA 4WXJA 3RUMA 3Q27A 1I6BA 1VR5A 3Q25A 4BDQA 4F1VA 4L17A 1PC3A 4OETA 5IKBA 4G8NA 3OELA 1EZ9A 3CSBA 4WEDA 2I6EA 3TYHA 4F19A 3TQLA 4ND9A 5A5XB 5TU0A 2VD3A 2Y7IA 2XXPA 3SDFA 2IA4A 5H8QB 3O9PA 4RY1A 5DVIA 4BDOA 2P2AA 1ZIUA 2Z23A 4BDNA 2OLBA 3EPEA 5B7DA 3H03A 3BKIB 4AB6A 5F1QA 3N6UA 1FTKA 5ITPA 2E1SA 3OD7A 1USYE 2UVIA 3TCFA 4ZEIA 3EF7A 1ZLQA 2NUVA 1D9YA 2FYIA 4R72A 1FTOA 1LLSA 2XD2A 4QFOA 4F3PA 5H8FA 3PUWE 1JVYA 1KWHA 1NNTA 1VE4A 4IGRA 4THIA 2O7IA 3TTRA 4GFRA 4OFOA 2F7CA 1T0KA 4DZ1A 3KN3A 3C32A 2Y7WA 3FJ7A 4YKIA 5TP9B 2M8CA 3SKPA 3PD9A 3IB2A 3TCHA 4ELOA 2REJA 4UA8A 5AA2B 5FHOA 1FCKA 3KJ7A 1OLAA 2OK2A 4X1DA 3VVDA 4ELRA 1AMFA 3N5LA 4F22A 4AQ4A 1FQBA 2HZKA 4EQ7A 2F7BA 4ZDMA 2GHBA 2ZYKA 3OO9A 3PPNA 3N26A 1POY1 4GWOA 4PETA 5HPQA 3K1MA 4NWCA 3U94A 3MPLA 5H8HB 2F5XA 3E9XA 4GD5A 5H8NB 3CFXA 4TLLB 5CBRA 3WAFA 3M3FA 3KBRA 2ZYOA 3OSRA 1MXUA 1M5DA 2PT2A 3KN7A 3RQTA 3MAMA 4MLQA 2DOJA 2Z8FA 3TQWA 5LOMA 3EHSA 3UN6A 2Z8DA 1URSA 1SYIA 3RLFE 4MFIA 2A5SA 3FV1A 3RT6B 3IAZA 3S2VA 3O6GA 4NF4A 2HXWA 3IJXB 3PUZE 5AA4B 3B7DA 5KCJB 2D3IA 4FJPA 2AL5A 3V5AA 1H43A 2NXOA 5CRYA 3AXFA 3VVFA 2ZNUA 3Q29A 5ISUA 3PUVE 1SD3A 1NKXA 2G29A 3MJNA 2QS4A 3QXMA 4KD5A 1B40A 5KDTA 2O51A 3VXCA 3ZKKA 3HV1A 4DCXA 3L6HA 2OZZA 3DP8A 2DXYA 3JYRA 3PMWA 1ZTYA 4G68B 5BWJA 4BDMA 1MQJA 4I62A 3K1NA 3SESA 3B6WA 3FJGA 1A55A 1A54A 2Q2CA 4OVJA 3UIFA 5FTIA 3H3GA 1Q1KA 1GV8A 3IK6B 4KYSA 3ECRA 4YB7A 3JZJA 3TTKA 2O68A 3K4UA 4ZEBA 3DP6A 5I84A 1CE2A 5F7VA 1NMUA 2I58A 1JNFA 4U22A 2XX8A 4NF8B 3K0VA 5L9OA 2OWTA 1LCFA 5JEIA 2ZYMA 4G2ZA 1XOCA 4X1BA 4EXLA 3GLBA 2HAUA 2H9BA 1B51A 4WEPA 2WKYA 3FVGA 2DS9A 4F3SA 2P0SA 2H4IA 5I57A 1NFTA 1F9BA 1VFDA 2Y84A 4X9TA 1XT8A 5DTBA 1QUKA 1YAEA 1ZBMA 4DE8A 5AA2D 4MLVA 3FZVA 1US5A 1DSNA 2IEEA 3KOSA 5I2KA 5I58B 3CVGA 3K6WA 3T93B 1WDNA 1MDP1 1Y4CA 5DVJA 4RA1A 3O2AA 1IXCA 4IY5A 1BIYA 1B3HA 3M3LA 1ZJLA 3O97A 3TODA 1WVJA 3TZAA 2QMXA 3R26A 3H6VA 3UP9A 1LAFE 3TMGA 2ZNTA 1PB8A 1N7XA 1J1NA 1URDA 1H3DA 1B3EA 2PBWA 3K6VA 4P11A 3FXQA 4I9DA 1BKAA 2PYYA 3TTMA 1QKAA 1ELJA 2GRVA 1IXIA 1MY0A 3PMXA 3FVOA 3K1PA 1DMBA 1QKBA 1H45A 4N13A 3ZS6A 1YCJA 1Y9UA 1JQFA 1RYOA 4JDFA 2XXTA 4F1YA 3P7IA 1RKMA 2F35A 2RCBA 4PP0A 2UYEA 1IXHA 1MY1A 4NEDA 3U93A 4OQOA 3FVNA 4RK9A 4QSDA 3QK6A 1N3XA 3T9HB 4Z7EA 1QVSA 2B65A 1SI0A 3FATA 2NOOA 2REGA 2ZMBA 4UACA 3KJTA 2UYFA 4GXSB 1DPEA 1MXVA 2DWHA 3W15C 2I4BA 3OMBA 2VOZA 4OFLA 3G3HA 3I3VA 1UTHA 1MXYA 1Z7ME 3S4UA 2V84A 2R71A 4LUBA 3HN0A 4OENA 5JTYA 1NNFA 4ZE9A 5TPAA 3U92A 4R9GA 4OFJA 1EH3A 3MVZA 4FATA 3HCQA 3LSXA 1HSEA 2X7QA 4R73A 2OBGA 4ZE8A 5DYHA 5H8FB 1URGA 2X7PA 1US4A 3C31A 2Z22A 3FXRA 2O69A 5CM6A 2UVGA 3G3KA 3O6IA 3SEYA 1YTVA 4PE5B 3A3UA 4U1OA 3LSFB 1MY4A 4O3AA 3MVYA 1B5IA 2XXHA 2R6GE 3L6GA 1OVBA 3SEWA 2GHAA 2THIA 4TLMB 3LC8A 3KG2A 4H67A 1B0HA 4RNSA 5K2XA 2PVUA 3SERA 1H44A 1PDAA 4DIGA 4QF9A 4GLIA 4U4XA 2ANJA 2W7YA 4QHQA 3MC2A 4MBPA 1MXZA 1FTMA 5KZTA 1D9VA 4Q30B 3VLWA 3PV0E 4OZ9A 1Y1ZA 1Y1MA 3D4CA 2O6AA 1IIWA 3PMVA 3FV2A 1SW1A 3IX1A 1B1HA 4ELPA 1Q35A 3FIRA 2ABHA 5I56A 1AIVA 2ONRA 1P1NA 4IO6A 4XKPA 2Q88A 5EHMA 4IO3A 5L8DA 4QSEA 3CR9A 3RPWA 4LZ5A 4OTEA 4GIZA 2O1MA 3LSWA 1MM7A 1QULA 1B3GA 4JWOA 3MZ9A 2ALUA 4BLAA 4PFYA 4QFNA 2ONSA 1LB9A 4G68C 2ZYNA 1NL5A 1YPNA 5B70A 5L9SA 3S9MC 1UQWA 1SDXA 4EF1A 5DEXB 4NTLA 1B3LA 4C1UA 2DYXA 1II5A 4K3FA 4JWYA 4HS7A 5KDTB 2YJPA 3MQ9A 2QS3A 5I2NB 3TELA 1IQ7A 2VHAA 1MPCA 3E13X 2V25A 4LZ7A 3MPKA 3VV5A 1HSLA 3TDJA 4IO5A 4H65A 3H6WA 5EYFA 3GXAA 4OWDA 3H06B 2V93A 1FQAA 4YB6A 3C36A 3I6VA 3MZBA 3CG1A 5AE4A 1B52A 3G7WA 4QRZA 3C34A 4OXVA 3FVKA 5A5XA 1XVXA 4C0RA 2F6GA 2Y7PA 4F31B 2UVJA 1LBBA 1B5JA 1FQDA 4G8MA 3D4GA 5H8QA 3VE1B 5BUUA 1TFAA 4RK2A 4DXBA 4XKRA 4FECA 2QJEA 2E0SA 4RPNA 1FQFA 1VSOA 3B6QA 4RYAA 3IO6A 3PD8A 4YKKA 3BFTA 3V89B 2DWAA 2F78A 3UGWA 4R75A 5I57B 4M4GA 1N76A 3G3FA 2XXVA 3TAJA 4Q5TA 3IO4A 3RGYA 1N3WA 2O84X 1MQDA 3PUYE 3TTLA 3HO7A 3B6TA 1M5BA 3C4MA 2BJJX 5I2KB 3KN8A 2I3WA 1OMPA 1R9LA 1LAGE 2Q9TA 1DPPA 1O63A 5TP9A 1SW2A 1BP5A 5AA2A 4JWXA 2H5YA 1NNPA 4ESXA 3TCGA 1Y20A 3HPIA 1LB8A 2A5TA 4FORA 3RTWB 4ISUA 1P1UA 3IB1A 3K02A 2UXAA 4DXUA 3KSJA 2HFBA 4JBZA 3TEPA 1QUJA 3OO8A 1DTZA 3K2DA 3ONMA 5CMCA 3OENA 3U72A 4KR5A 2V3QA 4XIGQ 1EZPA 3QYTA 3USDA 1DOTA 1FTLA 3FJMA 1R6ZA 3ILTB 2ZNSA 3F11A 3V8XB 4F1UA 3T9VA 4NF6A 3G3JA 3KOTA 4KQPA 5FHNA 3GBBA 2GFEA 1N84A 2LAOA 5KCJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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