1OMPA

Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin-binding protein involved in active transport and chemotaxis
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
b'KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin binding protein involved in active transport and chemotaxis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
source organism Escherichia coli
molecule tags Periplasmic binding protein
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA01
3LR1A 4R9FA 4IO7A 1PBQA 3A3CA 3MC2A 1XT8A 3TTKA 2AIXA 2XXUA 2O69A 3MP1A 1S9TA 4IB2A 1I6QA 5CM6A 2Y7IA 1P1NA 2HAUA 3Q28A 1CB6A 1WVJA 2XXHA 4XKNA 1P1OA 3EHTA 5I59B 4THIA 1A8EA 4ZEBA 4BDNA 3KOTA 2O6AA 2OWSA 1N04A 4XKPA 3C35A 2QPQA 2B65A 3RPWA 3H3GA 4R2FA 2Q2CA 1QW0A 3Q25A 5I59A 4LVQA 1TWYA 4GQOA 3KZGA 1FQDA 2ONRA 2FNCA 2DSFA 5JTYB 4R6HA 5AA1A 1JW1A 4Q8RA 3S9NC 4QSCA 3O9PA 3USDA 5ELVA 3SEUA 4OTEA 2GH9A 1M5BA 3TQWA 3VXBA 5JTYA 1Y3NA 1URGA 4F3PA 1QJMA 4K3FA 4OWDA 1LB8A 3TTRA 1O64A 1Q35A 4YKIA 1D3KA 2WKYA 4G77A 4RPNA 4U4XA 1FQFA 4TQUQ 4EQ9A 5ISUA 3ECRA 2OBGA 2ZXTA 4G68B 5DT6A 1KWHA 4OFJA 1LAGE 3FVNA 4KCCA 3W15C 2RKMA 3FUZA 1LFGA 4GIZA 1Q1KA 2OK2A 4G68A 2OZZA 4PP0A 4XTCQ 4OXVA 2I4CA 5CRYA 1LFHA 1MXUA 1Z7NE 4R6YA 1QVSA 4DLDA 1JVXA 1PB9A 3MZBA 4C1TA 2F6GA 5DVIA 3CFZA 1Z7ME 5H8HB 4NF8B 3RUMA 2H98A 3N6UA 3H6VA 3PV0E 4JSDA 1QUIA 4ZEKA 3PMVA 1WDNA 1NL5A 4ECFA 1A7LA 2I4BA 3KN3A 4MH5A 5H8HA 4F3GA 4NF8A 1R1NA 3DP4A 5CBRA 4BLAA 1OLCA 3OSQA 2V3QA 2HZLA 2PT2A 4LQ2A 4IO5A 3K1MA 2RC7A 2XXQA 1EH3A 5A5XB 3C36A 4ND9A 1B6HA 3OENA 4QFPA 3TTMA 2ONSA 3Q29A 3UA8A 1EZ9A 2QRYA 4NWDA 1JW5A 1SW2A 2NUVA 4NF5B 4F18A 5A5XA 4Q5TA 3IJXB 2GFEA 3IO6A 2XXIA 2XX8A 2G93A 4AB5A 2HQ0A 1HSJA 2RCAA 3K6UA 1P99A 2RINA 3ILUB 4NF5A 4KYSA 3I6VA 3LSFB 3QAXA 2AL4A 3H6WA 3FIRA 3RTWB 3GZGA 3CSGA 1POTA 3RGYA 1SYHA 2HZKA 3M3FA 4U22A 3TCGA 2HCAA 4ESXA 1OVTA 4O3BA 3D4GA 4MBPA 1FTKA 3K2DA 3H6TA 1SI0A 1A8FA 4KR5A 2REGA 2P0SA 3HO7A 1B3FA 4KQPA 2FA7A 4EQ7A 3VLWA 3WAEA 2QS1A 4POWA 3T96B 2XXWA 1VFDA 4OETA 2IEEA 1N84A 4FE8A 3MZ9A 3OO7A 4BDMA 1LCTA 2PVUA 1IXCA 1MY1A 3LSXA 2Q8JA 3RTFB 2M8CA 1IITA 3EF7A 1LBCA 4F19A 3SKPA 1YPNA 5K2XA 1MQDA 1MQHA 1ELJA 2UYEA 3EPEA 2F7AA 3GBBA 1B1XA 4GLIA 3PUVE 4LONB 4OEVA 2V93A 5L9OA 3SEYA 3O6GA 1B2HA 4NF4B 5LOMA 1N3WA 4MFIA 3PUWE 4NWCA 3DP6A 3IK6B 1DTGA 4QF9A 1OQGA 4ISUA 4Q0CA 1FTJA 1OVBA 2I3VA 3VV5A 4NF4A 4ZDMA 1SQYA 3EQ1A 4TLLB 3MZ1A 1N7WA 4DXUA 1URSA 3U94A 2XX7A 3AXFA 3S2VA 1UQWA 1MQIA 3TTNA 3VLUA 2CMOA 3O29A 4RK9A 3FASA 4OHNA 1ZU0A 1ZLQA 1JW4A 4PFUA 2NOOA 2PMSA 4YMBA 2Y84A 1B40A 3OOAA 4YB5A 3N94A 3CR9A 5ICTA 2DXRA 1SDXA 4WKMA 2HFBA 2UVJA 3G3IA 5FHNA 1B5IA 3FGSA 1PB7A 4QFKA 3QSLA 1B51A 1MY3A 5AA2B 1UIUA 1SW4A 4XXUA 1N0TA 1YTVA 3U1OA 4U1OA 3FV1A 3LSWA 4F22A 4IGTA 4MLVA 3UP9A 3VLVA 3VVDA 5AA2A 4N13A 2VHAA 2DE2A 1DMBA 4ZECA 4JDFA 5H8QB 5BUUA 5H8FB 3O97A 1FQCA 2F5XA 4LZ7A 1Y1MA 3TYHA 1F9BA 1B3LA 5FTIA 3PPQA 1MY0A 5H8QA 3E9XA 5H8FA 2H4IA 4F3BA 1FTLA 3S9MC 2I58A 5HBCA 3R26A 1P1WA 5ICQA 4EDPA 1NH7A 2W7YA 2PYYA 2ABHA 4XIGQ 2DQVA 2GRVA 5DEXB 3MPLA 5I2NB 3C34A 5DVFA 1GR2A 1LGBC 3U92A 3ILTB 1O63A 3D4CA 3SEXA 2DS9A 2QSXA 3MW0A 2CZLA 5DEXA 1NNFA 5I2NA 4ESWA 3U72A 2F36A 3DP8A 1SBPA 1OMPA 3JV9A 4NEDA 3C31A 3FJMA 2Z23A 3FXUA 5ITPA 3K1PA 3U93A 1LFIA 2DE3A 4P0GA 4ZZEA 4I8CA 1B1HA 3TCFA 2RC9A 2UVGA 1MY2A 4RPOA 2FYIA 3L6GA 3PPRA 3G3JA 3SEVA 4FIMA 3MWBA 2F97A 4YAHX 5AA3A 4EXKA 4JB7A 3FXRA 1S50A 2O7UA 2NXOA 3KJTA 3TKDA 3L6HA 1SYIA 3KJ7A 4ONYA 2O1MA 2I0CA 2UYFA 4LP2B 5JK4A 4R2BA 2OWTA 1B46A 1FTOA 1XC1A 4JWXA 4PFTA 3T22A 4R72A 1IXGA 3PUYE 3H6UA 3OSRA 1H3DA 3QUJA 3N26A 3V89B 3E13X 1OQHA 2QJEA 4DCYA 3IB2A 5EHSA 1S7YA 2ZNTA 1R9LA 3PUZE 2LAOA 2RC8A 5F1QA 1MPBA 3RN8A 2XXVA 3TCHA 4G2ZA 1UTHB 3KG2A 2Z22A 1BIYA 1ATGA 1USYE 3A3UA 1IQ7A 1D9YA 2NVUB 3TQLA 5H8NB 4E0WA 4ZEFA 1TFAA 3M3LA 2OJTA 5TU0A 4ZEIA 1M5FA 1UTHA 3OXNA 1PB8A 4BDQA 2Z8EA 1MPDA 5H8NA 2PBWA 4X1BA 4F31B 3G3GA 4FECA 3MVZA 1IXHA 2I48A 4KFQA 3TEPA 3M3KA 1BP5A 1YAEA 1Y9UA 4OENA 4GL0A 4QSDA 5CMBA 1JNFA 3JYRA 1FQEA 4QFNA 3OELA 4KPTA 3PU5A 4IO6A 4ZS9A 5JEIA 4YU0A 4M4GA 4JBZA 3TDJA 4PQJA 5B70A 2Y7WA 4IGRA 1SVXB 3QYTA 3S4UA 4RA1A 4DXCA 2GHAA 2XXRA 3UK4A 2ANJA 3ZKLA 5KDTB 3K0VA 1DTZA 4AQ4A 4H8JA 4QHQA 5M2VA 4GVOA 5FHOA 4X9TA 4GXSB 3RT6B 4QFOA 5KZTA 5CMCA 3MBPA 3G3HA 2V25A 5KDTA 1MDP1 1OIBA 4Z0IA 5I56B 5I57B 5B7DA 2V3TA 2ONKE 3KFMA 2XD2A 1NNTA 1P1UA 3CG3A 5FHMA 1MY4A 1B58A 1BLFA 3K02A 5I56A 5I57A 3MPKA 3H03A 3TZAA 1SD3A 3OD7A 3CI8A 3H4ZA 4YZZA 3F11A 2PX1A 2QMXA 3DELB 1II5A 4PFWA 4MF3A 2XXXA 1MQJA 3RLFE 2VOZA 1R9QA 3UN6A 4KCDA 4O3CA 1IZ1A 3EHUA 3OMBA 4R73A 4R9GA 3FVGA 1M5CA 3OO8A 1DPPA 1MDQA 3E4RA 1M5EA 1B3GA 4DDDA 1B7ZA 3FJ7A 3EN3A 5ITOA 1LAHE 4POXA 3CG1A 5EHMA 4EQBA 4PETA 2ESNA 2DOJA 2DVZA 2I3WA 3QUFA 4KD5A 3RQTA 4DIGA 4Z7EA 3SDFA 4F1YA 2ALUA 1PBPA 1SW1A 3T9UA 4F2OA 4FAJA 1Y1ZA 4LUBA 1MXXA 3OO6A 1LLSA 4G68C 1B05A 2REJA 4IO2A 4Q30B 4RYAA 1MXVA 3PPPA 3VXCA 1VE4A 3CVGA 3QK6A 3S9LC 4IO3A 4M1VA 1SW5A 1O7TA 1BTJA 1AOVA 4UACA 2X7PA 3EHSA 1A99A 4E0XA 3JZJA 2ZYOA 3OEKA 3KSJA 1T0KA 3U8QA 1SI1A 3RNNA 3HSTA 1B32A 3UGWA 4JWOA 3VVEA 3IL1B 4U1ZA 2R6GE 2AL5A 3K6WA 4H6DA 2D21A 4NTLA 4L17A 3IR1A 2AYSA 3PMXA 1TT1A 4HCWA 3O6IA 5L8DA 1FTMA 5K2YA 2H5YA 1NH8A 2DXYA 3H06B 4ZE8A 2D5WA 5CBSA 4OFLA 2VD2A 1L5TA 3M8UA 2I49A 5IAIA 4F2QA 2Q88A 3KSXA 1XOCA 5F7VA 2X7QA 3T93B 3TMGA 4OZ9A 4H0WA 2QS3A 1PC3A 1JETA 2B3BA 4G8HA 5CC2A 1A40A 4QFLA 1B5JA 1XS5A 2QS4A 2HXWA 1R6ZA 3ZKKA 2P2AA 1ZJLA 5HM4B 1XHYA 3QIMA 2O51A 4I9DA 3HHGA 2P1SA 1H43A 2V3UA 4WEPA 4OERA 1MM7A 1NNPA 1UTBB 3LUYA 1IUDA 1LCFA 3MAMA 1PEBA 4NE4A 1HSEA 4XKQA 1MPCA 1UIVA 1UTBA 4PE5B 3LC8A 3GXAA 5HPQA 1I69A 3Q26A 1Y3QA 4RK2A 4ZZAA 3HHFA 2O1LA 1ANFA 1I6BA 1BKAA 1MH4A 4OQOA 4KYDA 2Q9TA 4U2RA 5CMMA 4HCYA 1ZIUA 3OEMA 3H7MA 3ONMA 4JSOA 3TUSA 1B52A 2DP8A 1A54A 2H25A 2D3IA 4PFYA 1HSLA 3C9HA 3O6HA 3T9XB 2Q89A 2THIA 2KLFA 2R9JA 4LA9A 4OFOA 1P1QA 4F1VA 2F7BA 4I62A 3IJOB 2O68A 4N6PA 4R74A 4ELQA 4DZ1A 1MXWA 2DWJA 3FV2A 3FATA 3O2AA 1QKBA 3K6VA 4GFRA 5H8SA 4YKKA 2H99A 1MRPA 4RNSA 2Z8FA 3FVOA 1VFEA 1TFDA 4YB6A 2ZYMA 3KN7A 3HPIA 1DSNA 1NKXA 3MUQA 3W9WA 3T9HB 1B7UA 3GBAA 2E0SA 1YCJA 4IY6A 3RT8A 1JVYA 3CFLA 1MQGA 4G8NA 3WAFA 2DE4A 3MQ9A 1DPEA 1LSTA 4KHZE 3G3KA 1FQBA 2PT1A 3N5LA 1B0HA 3IOVA 4ELPA 4LATA 3K6XA 2XXPA 4ELRA 2HEUA 4KYEA 4I1DA 2DWIA 4LQ5A 4U4SA 3ODBA 3TFLA 3K1NA 1B3HA 3ZS6A 4BDOA 2O7IA 4GL8A 4JWYA 3G3FA 3TAJA 4YMAA 1MXZA 3BFUA 1JQFA 3FVKA 4GF8A 4KI0E 5AE4A 1D4NA 2F7CA 3A09A 3HV1A 3PUXE 3V8XB 1M5DA 5L9SA 2HAVA 5IKBA 3C32A 1LB9A 4EF2A 3V83A 1RKMA 1MG1A 1LAXA 4XKRA 1QUKA 4FATA 1AL3A 3C33A 5I2KB 2ZMBA 1US4A 3I3VA 3IX1A 3MJNA 4P11A 1FW0A 2X26A 4G4PA 3B6TA 1H45A 3KGCA 5I2KA 4HTGA 3QXMA 1XVYA 1OLAA 4RJZA 5AA4B 4OMBA 1I6AA 4H5GA 1Y3PA 3ZSFA 4EUOA 1NMUA 3IORA 3O66A 1ZKBA 5AA4A 5KCJB 2ZNSA 1B0LA 1B9JA 3Q27A 4NMYA 3P7IA 3TTLA 1N76A 3R7XA 1Y20A 1TXFA 1B3EA 5I84A 3MP6A 1B5HA 3TELA 5KCJA 4O3AA 1N3XA 1NNKA 3S9EA 2RF1A 3BKIB 1GV8A 1J1NA 1GVCA 2BJJX 3B6QA 3HN0A 4EF1A 3IOUA 4F1UA 4N07A 4ELOA 1XVXA 4U23A 4R6KA 3TODA 1EZOA 3FZVA 5BWJA 3VE1B 1CE2A 1ZTYA 3B7DA 4RY1A 3IAZA 3SESA 3C4MA 1QKAA 2YPNA 2Q2AA 3B6WA 4TOZA 3PPNA 3SETA 4H1XA 2F35A 4R75A 1QULA 5EYFA 1EZPA 3G7WA 4C0RA 2DVCA 3N6TA 4OEUA 4DXBA 3CRBA 5CI5A 3DLNA 2YLNA 3PD8A 1IXIA 2DWAA 4AB6A 3KOSA 4YICA 4QRZA 4F39A 2H9BA 4G8MA 4F29A 4EXLA 1H44A 3CSBA 5AA2D 2F6PA 5TPAB 2XXYA 2I6EA 1A55A 3UIFA 2VP1A 2E1SA 3IB1A 4GXAA 3MP8A 3GLBA 1FQAA 5L9MA 1RYOA 5TPAA 1D9VA 1MM6A 1EU8A 4GWOA 1VR5A 2XXTA 2V84A 4DE8A 2B3FA 2ZYKA 4OESA 4GOTA 2XD3A 4P0IA 1MS7A 1Y4TA 5J1DA 4F3SA 3PPOA 1H76A 1DOTA 4JXIA 2F8DA 1MXYA 4HS7A 1POY1 2G29A 1AIVA 3LSLA 3IO4A 3PD9A 2QMWA 1MH3A 4WEDA 4FEBA 4FEDA 1LAFE 1USYH 4GRKA 2UVHA 3DM0A 4WXJA 4IY5A 1JEVA 3K01A 3I5OA 4LZ5A 3CFXA 4YKPA 1GGGA 3FJGA 3BBRA 3LBSA 3RY3A 3K4UA 4RXLA 2IA4A 3IOTA 2Y7KA 3V5AA 3FD3A 3UORA 4OVJA 4LZ8A 1ZMGA 1B4ZA 3W9VA 2I0BA 3MVXA 1JEUA 5DTBA 4ZEDA 3IOWA 2NWJA 1RYXA 1URDA 2F34A 2DWHA 1GTKA 4MLQA 2A5SA 3PMWA 3O28A 1IIWA 4H65A 5TP9B 2Y7PA 4YB7A 3KEIA 4QSEA 4X1DA 3VFJA 1PDAA 1US5A 2Z8DA 2UVIA 4U21A 5I58B 5TP9A 5DYHA 3VVFA 3E3KA 2VGQA 5FTHA 2VD3A 5I58A 2DYXA 4X48A 3FXQA 4H5FA 2RCBA 3IB0A 2Y7RA 2A5TB 1NFTA 4ZE9A 2OCUA 1IEJA 4NF6B 2A5TA 2YJPA 1Y4CA 2QL3A 5CMKA 4BDLA 2O84X 4YKJA 3T9VA 2XX9A 3R6UA 3PGFA 4HW8A 4NF6A 2OLBA 2GHBA 1ZBMA 4IO4A 3HCQA 4BDRA 1WODA 1QUJA 3TPAA 3MVWA 4H8IA 2QS2A 3VDFA 1FCKA 3OO9A 4UA8A 4DCXA 1N7XA 3SEWA 3MVYA 4H67A 3BFTA 4FORA 4FJPA 1B4HA 3KBRA 3SERA 5DVJA 4C1UA 3THIA 1AH5A 1LBBA 4OYVA 4TLMB 3T66A 3KN8A 2ZYNA 3K00A 1VSOA 3CIJA 4GD5A 2R71A 2ZNUA 1AMFA 2XHDA 2UXAA 1B7HA 2F78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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