1OMPA

Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin-binding protein involved in active transport and chemotaxis
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Periplasmic binding protein
molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
publication title Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin binding protein involved in active transport and chemotaxis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA01
3MWBA 4X1BA 2I49A 4ZEFA 2ABHA 2DP8A 3O66A 4KHZE 2ZYNA 1T0KA 3IX1A 3MUQA 4RNSA 3H6UA 4C1UA 4DLDA 3KBRA 3Q28A 4ECFA 5H8HA 3U1OA 1FW0A 2V25A 3CSGA 3IAZA 3QAXA 1MXYA 1XT8A 5EYFA 3DP4A 5H8FA 3Q29A 4EUOA 3QSLA 3O2AA 1CE2A 1DTGA 5BUUA 1JNFA 1Y1MA 3FUZA 5JEIA 4KYDA 3TTRA 1ZIUA 3BFTA 2ZNUA 2I4CA 2OJTA 1URGA 4HCWA 4ZEKA 3G3KA 3OEKA 3V89B 1XOCA 3E3KA 3E13X 4OYVA 2Z23A 3A09A 1M5CA 4RK9A 3K4UA 4F29A 4GQOA 3CI8A 2DYXA 4GXAA 1RYOA 3N5LA 4JSDA 1DPEA 2F35A 4ZZEA 3T96B 3UGWA 1JEUA 4OFLA 1ZLQA 3CVGA 1MXUA 2NXOA 3TTKA 5ISUA 2CMOA 2QMWA 1H45A 3K6UA 3OSRA 3IORA 5CMBA 2VHAA 4F2QA 4R6HA 3USDA 4GIZA 5HPQA 3CG1A 2OZZA 3IB1A 2ONSA 4GF8A 3BBRA 3HCQA 3C9HA 1MPDA 5BWJA 4NEDA 4E0XA 3QYTA 2BJJX 1MRPA 1S7YA 3RY3A 2NWJA 4YU0A 1POTA 4F39A 4DDDA 3RT6B 5H8HB 1Q1KA 3SDFA 4QHQA 3T9HB 2Y7KA 4QF9A 3TTLA 3TAJA 4GRKA 4OMBA 1N7WA 1UIVA 3T93B 2PMSA 1FQBA 2DWHA 2RCBA 3PMXA 1MQDA 2Q89A 5CMKA 3UORA 5H8FB 5M2VA 3VXCA 3TCHA 1FTJA 1Q35A 1DTZA 3QK6A 3C31A 2D3IA 3LSXA 1TT1A 4EF2A 3GLBA 2XHDA 3C35A 1EU8A 2OWSA 5L9OA 1I6QA 4IY5A 1VR5A 5K2YA 1VE4A 4OVJA 3OO7A 1B6HA 5IKBA 2CZLA 3ILUB 4IO5A 5ITOA 4U22A 1FQAA 3H4ZA 5TPAA 1GV8A 3LC8A 1N7XA 3H6VA 3KN8A 4N07A 4ZEIA 5J1DA 2I3WA 1O63A 4NMYA 2PBWA 3V83A 1B32A 1SD3A 4JBZA 4I9DA 2R9JA 1YTVA 4G8NA 1NNFA 5H8NA 4F3SA 4AQ4A 1H43A 3GBBA 2H25A 4OESA 3Q27A 1TXFA 3KGCA 1MY0A 4R73A 4KFQA 4MBPA 3HSTA 4YMAA 4BDQA 3IOUA 4XKRA 2PYYA 4PFWA 2XX7A 3PPPA 5AA2D 3ONMA 4YB7A 5JK4A 1WVJA 1IITA 3G3JA 1JW1A 1IUDA 3FJMA 1Y1ZA 1PBQA 3H03A 1FQDA 4F19A 3OD7A 3KFMA 4LP2B 2M8CA 3EQ1A 3H6WA 4FJPA 3PUZE 2DS9A 4LQ5A 1GVCA 2RF1A 2O6AA 3PPRA 1MXVA 5CMCA 3UK4A 2IA4A 2UVIA 3H06B 3SERA 4Z0IA 3PPNA 4OETA 1QVSA 3OO6A 2AIXA 3G3IA 1YPNA 4LZ8A 1Y4TA 2AYSA 1NFTA 4I62A 1MG1A 3C33A 3DELB 4O3BA 2I3VA 3FV1A 3VLUA 1EZ9A 2DVCA 4QFPA 2DOJA 1PC3A 2ESNA 1IQ7A 4KI0E 1ZBMA 4U23A 1H44A 2QS1A 1MY4A 1HSJA 1EZOA 2F6PA 4WEDA 3H6TA 1IZ1A 3MPLA 3K6VA 3FVGA 2DWAA 3MZ9A 1B5IA 5JTYA 4JWXA 3GBAA 4OQOA 3HV1A 2W7YA 3PMVA 2V3UA 1B9JA 2OK2A 3IOTA 4BDRA 3ZKKA 1VFEA 4LATA 4F3GA 5TPAB 1MPCA 1B1XA 4KCCA 1A8FA 1JW5A 3MVWA 3UIFA 3RN8A 1NMUA 5DEXA 4G77A 4FEDA 2Z8EA 5KCJA 3CG3A 4OWDA 2P2AA 2ZYMA 3EPEA 1Y3PA 2Y7WA 4IO2A 2F7AA 5H8NB 5ICQA 2F7BA 3R26A 4I1DA 1OQGA 2I6EA 1FTKA 1LAHE 1LCFA 3IOVA 4YB6A 3QUFA 4KR5A 3ZKLA 2XXTA 5DYHA 1UIUA 5FTHA 3K1PA 4BDNA 4PETA 5DT6A 1ANFA 3RGYA 1O7TA 3FGSA 1HSEA 1MY1A 2I58A 3K1MA 4WXJA 3JYRA 1Z7NE 3OEMA 4KQPA 4TQUQ 4QSEA 2FNCA 4NTLA 3RLFE 3MPKA 1B3HA 2B3BA 5I58A 1URDA 3TELA 2YPNA 1BKAA 3G3GA 1D9YA 1AOVA 5TP9A 5KZTA 3V8XB 1MQGA 1FTLA 2OWTA 3M3FA 4QRZA 5CM6A 1XS5A 5L9SA 4GOTA 4R9GA 3B6QA 4U1OA 1II5A 3RTFB 1B4HA 5IAIA 2GFEA 3RQTA 5I57A 1IIWA 3SEXA 3KJTA 1SBPA 2RC9A 3A3CA 3C4MA 1AL3A 1ZKBA 4LZ7A 4RPNA 3E9XA 2Y7IA 3RT8A 2DSFA 4F3PA 1JQFA 5AE4A 2V3QA 4MFIA 3DP6A 4IB2A 4OEVA 2Z8DA 3IK6B 3OXNA 4NWCA 5L8DA 1LBBA 3MZBA 3O97A 2AL5A 3S9LC 4RYAA 1NNPA 2XXVA 4Q30B 4UACA 2DE3A 2XXYA 2QPQA 4AB6A 3OENA 1R9LA 3O28A 3EHSA 3LSLA 2Y84A 1RYXA 4F1UA 2UVJA 3PD9A 5JTYB 4EF1A 1B3FA 3TKDA 5CBRA 1ZJLA 1B7UA 2UVHA 4LUBA 3B7DA 1S9TA 3QXMA 1LAXA 1IXGA 1PB9A 3T9VA 2ZMBA 1POY1 1M5FA 2REJA 3IJXB 4KCDA 3MP1A 4BDMA 3IR1A 3LSWA 1QULA 4POWA 1P1NA 3FZVA 5DEXB 1I6AA 3K00A 3IOWA 5KCJB 2ALUA 4OEUA 2YLNA 3MP6A 3TTMA 5AA2A 1P1UA 1M5BA 4U1ZA 4F18A 2XXIA 1MS7A 1BP5A 4LVQA 4NWDA 3RNNA 5EHMA 1XVYA 2DXYA 4H67A 2O1MA 1NNKA 2H4IA 2UVGA 1HSLA 4R2BA 2RCAA 4YZZA 1Y3QA 4NE4A 3B6WA 4X48A 5I58B 4GD5A 3KOTA 1QJMA 4NF4A 1MXXA 2F36A 3OMBA 1DOTA 3U72A 3N94A 1SQYA 5TP9B 1BLFA 2RINA 4JB7A 2I4BA 3M3KA 3S4UA 1B3LA 2XXXA 3PPOA 4NF8A 3K0VA 5I57B 3HO7A 1MM7A 4DXUA 3I5OA 1ZU0A 2Z8FA 5TU0A 4WEPA 1B5HA 4Q5TA 3OO8A 1UTBA 5I59A 2RC8A 1F9BA 5DVFA 5H8SA 3THIA 2G93A 4YICA 4U2RA 5FHOA 3M8UA 4G68A 3VLVA 4K3FA 5DVJA 2Z22A 2XXWA 3ZS6A 4ZDMA 4YB5A 2DE2A 1DPPA 3U8QA 3CFLA 4POXA 1GGGA 4OFOA 4KYSA 1SI0A 1MY3A 1QUJA 4FEBA 1OLCA 3TFLA 4FATA 2THIA 1Y9UA 3PD8A 5CI5A 5K2XA 3SEWA 1QKBA 4YMBA 2P1SA 2V93A 3VVEA 5AA2B 2HXWA 3ILTB 1JW4A 2B65A 3N6TA 4EQ7A 3SESA 4RXLA 1H3DA 4G2ZA 2O69A 4ZEDA 4YAHX 5FTIA 5I2NA 2ZNTA 1WDNA 2I0BA 4HCYA 1A55A 1TFAA 3SETA 5I56A 3AXFA 3DLNA 3EN3A 1D4NA 1N04A 4LONB 4NF4B 1S50A 2ZYOA 2ZYKA 1PB8A 3RPWA 1FTMA 3MVXA 1LFIA 1ZTYA 2HFBA 4OHNA 2Q2AA 3EHTA 4JXIA 3JV9A 2XXPA 1OQHA 3HPIA 3LSFB 3IO4A 5AA1A 3BKIB 2E0SA 4NF8B 3K6XA 3KJ7A 4IO6A 1O64A 2Y7PA 1NL5A 2HEUA 2VD2A 4H1XA 4IGRA 4H8JA 2UXAA 4H5FA 3K01A 2ONKE 2DWIA 4FIMA 1UTBB 5I59B 2XX8A 2XXQA 3EF7A 4XTCQ 2VOZA 1MDP1 1L5TA 1LAGE 3FJGA 1MM6A 2ONRA 1RKMA 1N3XA 2QMXA 1IEJA 3CR9A 4QFKA 1MH3A 4TLMB 4R9FA 5EHSA 2HQ0A 4AB5A 3TEPA 3PUWE 2OBGA 4G68B 4PQJA 1R9QA 4R6YA 4YKIA 1MH4A 4H6DA 3FV2A 3TZAA 3Q26A 1D9VA 2H5YA 3HN0A 1MY2A 3MW0A 4OERA 4ELQA 2F5XA 2H98A 4P0GA 4DCYA 4G68C 1SYIA 2R71A 3FATA 3MVYA 4OENA 4OFJA 4WKMA 1NKXA 2H99A 4JWOA 3WAEA 1DSNA 1XC1A 1PB7A 3G3FA 1NNTA 2XD2A 5F7VA 1SW1A 4ZE9A 4O3CA 1SDXA 1CB6A 2D21A 3L6HA 3TYHA 4Z7EA 2I48A 3MQ9A 1FQCA 5I2NB 3B6TA 3OELA 1LB8A 2F7CA 1OLAA 3W9VA 3G3HA 3PUXE 4E0WA 2H9BA 2X7QA 1M5EA 5I56B 2F97A 3RTWB 4PFTA 3MZ1A 4JWYA 2GHBA 3L6GA 3IB0A 3G7WA 2VP1A 5H8QA 1JVYA 3LR1A 1PBPA 2O7IA 3PPQA 5CMMA 4ND9A 2XXRA 3GXAA 1EH3A 1IXCA 3FASA 3FXRA 2Q88A 1B51A 1R6ZA 3VFJA 1USYH 4RK2A 3TCFA 3F11A 4M1VA 1FTOA 2QS3A 1P99A 1B40A 1B52A 4MLVA 4ZS9A 1B0HA 4O3AA 4H0WA 4DCXA 4JDFA 3VDFA 3O6GA 1SW5A 4C1TA 2LAOA 4FECA 3E4RA 2QJEA 4L17A 1YAEA 3TDJA 1P1QA 3QIMA 2F6GA 4IGTA 2Q8JA 5FHNA 3KSXA 3U94A 4GLIA 4DXCA 4LA9A 2X26A 1Y20A 5B7DA 2O84X 3RUMA 4FAJA 4FE8A 1A99A 3TPAA 2O7UA 1LGBC 3O6HA 3U92A 1A40A 3K2DA 3BFUA 1ATGA 1M5DA 2R6GE 3PUYE 3MJNA 3D4GA 1VSOA 4R75A 1ELJA 4H5GA 1QUKA 4PFUA 5B70A 1DMBA 2QRYA 4YKKA 1H76A 1OMPA 1UTHA 1LFGA 4GL0A 5ELVA 2QS2A 3SEVA 1QUIA 4ELRA 3CFZA 3KSJA 1P1OA 5LOMA 3H7MA 1J1NA 4FORA 3WAFA 4THIA 4DXBA 4X9TA 2HZKA 1XHYA 3MP8A 2GH9A 3P7IA 3PMWA 4DZ1A 4HS7A 1YCJA 3OOAA 5HBCA 4MH5A 2PVUA 1SVXB 3EHUA 2A5TA 4LZ5A 3IL1B 2F78A 2I0CA 4H8IA 4EXKA 1MXWA 2XXHA 3IJOB 4OTEA 5H8QB 5A5XA 3CRBA 2G29A 4KYEA 3KN3A 3K1NA 3FVKA 2RC7A 2NOOA 3T9XB 1US4A 3O9PA 1WODA 1N76A 2F8DA 3GZGA 3UN6A 4BDOA 4XKQA 3TCGA 2WKYA 4QFOA 1XVXA 3D4CA 4R74A 1B3EA 3K6WA 1IXIA 2X7PA 1Z7ME 4GL8A 1JEVA 3S9NC 3O6IA 3S9EA 1B1HA 1FCKA 3MBPA 1I6BA 1BIYA 3TODA 1B0LA 4KD5A 4GXSB 4XXUA 4U4XA 3UP9A 2ZNSA 3TQLA 2XXUA 2XX9A 4X1DA 4C0RA 2QS4A 1Y4CA 4GVOA 3V5AA 2HZLA 2DXRA 1B46A 4RA1A 2FYIA 4QFNA 4ZEBA 4Q0CA 3KOSA 3H3GA 4NF5A 1OVTA 3T22A 1JETA 2YJPA 4QSCA 4JSOA 1MDQA 3VLWA 3SKPA 2Q2CA 1LFHA 4F31B 1UTHB 2E1SA 1URSA 2PX1A 4N6PA 3S9MC 4EQ9A 1NH7A 1LB9A 3KG2A 4XKPA 4OZ9A 1FQFA 2PT1A 4HTGA 4ISUA 1QW0A 4KPTA 2V84A 4EDPA 4F3BA 5F1QA 1B7HA 1MQJA 3C34A 4BLAA 1GR2A 5DTBA 3UA8A 2RKMA 5CC2A 2O1LA 3KN7A 4IO4A 3Q25A 2NUVA 3W15C 4ZZAA 3DM0A 2Y7RA 2A5TB 4RJZA 4OXVA 2DQVA 3PGFA 4G4PA 4U4SA 4TOZA 4DE8A 2ANJA 4QFLA 3ECRA 2GHAA 5A5XB 3TUSA 2DWJA 4IO7A 3T66A 5I84A 3CFXA 1EZPA 4MLQA 3S2VA 4N13A 1VFDA 1JVXA 4YKPA 3FVOA 5L9MA 2AL4A 2HAVA 4UA8A 1I69A 3JZJA 3ODBA 3W9WA 1IXHA 4TLLB 3I6VA 4MF3A 4RPOA 3TMGA 5KDTA 4P0IA 1PEBA 1KWHA 5I2KA 3FJ7A 4G8MA 3T9UA 2REGA 5AA3A 5CBSA 3O29A 5AA4A 1SW2A 4F22A 1B58A 1N84A 4GFRA 2GRVA 3A3UA 3VE1B 2KLFA 1A7LA 4F1YA 2DE4A 5DVIA 3MC2A 3ZSFA 4GWOA 1USYE 4HW8A 4NF5B 1UQWA 2QSXA 4PP0A 1FQEA 3R6UA 4DIGA 4ZECA 1A8EA 1SW4A 1MQHA 4NF6A 4ELPA 3FXUA 2V3TA 2OCUA 3K02A 4RY1A 1US5A 3SEUA 4U21A 4ESXA 1AH5A 4YKJA 1AMFA 1D3KA 3C32A 4QSDA 2Q9TA 2VD3A 1N0TA 3HHFA 3U93A 4M4GA 3LBSA 4G8HA 4I8CA 1BTJA 3M3LA 2HAUA 3CIJA 1MQIA 1SYHA 3SEYA 1Y3NA 1LLSA 2B3FA 2FA7A 1TWYA 3MVZA 4EQBA 2F34A 4PE5B 1ZMGA 2O51A 2ZXTA 3OSQA 4H65A 1A54A 1LSTA 3TTNA 5ICTA 1MPBA 4EXLA 1MXZA 3FD3A 5HM4B 5ITPA 4ONYA 1B5JA 3PV0E 1P1WA 1PDAA 1B2HA 4IY6A 4BDLA 1LAFE 3FVNA 2HCAA 1GTKA 4Q8RA 2DVZA 4F1VA 5CRYA 1N3WA 2P0SA 4IO3A 3FIRA 3KZGA 2UYEA 5FHMA 2QL3A 5KDTB 1SI1A 4R6KA 4ESWA 4F2OA 4P11A 1R1NA 2A5SA 2VGQA 1OIBA 3OO9A 5I2KB 1B05A 1B7ZA 1NH8A 3VXBA 4XIGQ 3FXQA 3KEIA 1QKAA 5AA4B 4ELOA 3N26A 1LBCA 3MAMA 3R7XA 3VV5A 3HHGA 1AIVA 1TFDA 1B4ZA 2OLBA 3VVDA 2IEEA 3QUJA 3IB2A 3LUYA 3IO6A 1B3GA 3CSBA 3PU5A 3I3VA 3C36A 2O68A 4LQ2A 1LCTA 3DP8A 4PFYA 4ZE8A 2XD3A 3N6UA 4NF6B 4R72A 2D5WA 2UYFA 3TQWA 3PUVE 2NVUB 4XKNA 3VVFA 1OVBA 2PT2A 4R2FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MWBA 4X1BA 4X04A 2I49A 4ZEFA 1DBZA 2ABHA 2DP8A 3O66A 1FBCA 4KHZE 2ZYNA 1T0KA 3IX1A 1RDZA 3MUQA 4RNSA 4PDDA 1YXIA 3H6UA 4C1UA 4DLDA 3KBRA 3Q28A 4ECFA 5H8HA 3U1OA 3FBPA 1FW0A 2V25A 3CSGA 2OWZA 3IAZA 3QAXA 4PGNA 1MXYA 1XT8A 5EYFA 1EYIA 3DP4A 5H8FA 3Q29A 4EUOA 3QSLA 3O2AA 1CE2A 1DTGA 1LBWA 5BUUA 1JNFA 1Y1MA 3FUZA 5JEIA 4KYDA 3TTRA 1ZIUA 1LBYA 3BFTA 2ZNUA 2WBDA 2I4CA 2OJTA 1URGA 4NF0A 4HCWA 4ZEKA 3G3KA 3OEKA 4GX3A 3V89B 4O94A 5A5LA 1XOCA 4I3EA 3E3KA 3E13X 4OYVA 2Z23A 3A09A 1M5CA 4RK9A 3K4UA 4F29A 4GQOA 3CI8A 2DYXA 4GXAA 4PE3A 2P3VA 1RYOA 3N5LA 4JSDA 1DPEA 2F35A 4ZZEA 3T96B 3UGWA 4N8YA 1JEUA 4OFLA 1ZLQA 1XI6A 3CVGA 1MXUA 1VDWA 2NXOA 3TTKA 5ISUA 2CMOA 2QMWA 1H45A 3K6UA 3OSRA 3IORA 1NV0A 5CMBA 2VHAA 1KZ8A 5EQ8A 4N6DA 2Y5KA 4F2QA 4R6HA 3USDA 1LBVA 4GIZA 5HPQA 3CG1A 2OZZA 3IB1A 2ONSA 4GF8A 3BBRA 3HCQA 3C9HA 1MPDA 5BWJA 4OVRA 4NEDA 4E0XA 3QYTA 2BJJX 1MRPA 2KR0A 1S7YA 3RY3A 2NWJA 4YU0A 1FPEA 1POTA 4F39A 4DDDA 3RT6B 2Y5LA 5H8HB 1Q1KA 1FBDA 3SDFA 4QHQA 3T9HB 2Y7KA 4QF9A 3TTLA 3TAJA 4GRKA 4OMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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