1OMPA

Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin-binding protein involved in active transport and chemotaxis
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Escherichia coli
publication title Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin binding protein involved in active transport and chemotaxis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA01
1OQHA 2DQVA 3UGWA 4IO3A 4OENA 3VE1B 3RT8A 4WEPA 3VDFA 1VFEA 5H8HA 1Q1KA 3SEXA 4KFQA 3OENA 2ZXTA 3KGCA 1UTBB 2E0SA 2IEEA 1M5FA 3WAFA 3K6UA 3W15C 1A8EA 1EZPA 4ELOA 4GL8A 2F7BA 2Z8FA 4LA9A 4EF2A 4TLMB 4PFUA 3O6IA 4G8MA 4XTCQ 1A55A 1P1QA 3THIA 5JK4A 3IOTA 4H5FA 2Q88A 1NKXA 2A5TB 3FV1A 1FQAA 4C0RA 4HS7A 3QXMA 3O9PA 1L5TA 4H5GA 4THIA 1GR2A 3KJTA 2CZLA 4YKKA 4GFRA 4P0GA 1WODA 1SDXA 4LVQA 1B7ZA 2OZZA 5CBSA 1AOVA 3AXFA 3FASA 4X48A 3R26A 3D4GA 1FQDA 3HHGA 3FZVA 3K02A 3A3CA 5CBRA 4GWOA 1NL5A 2V3TA 2W7YA 2XXYA 3RLFE 2HFBA 2DWIA 4H65A 1IXIA 3O66A 1XVYA 4OFOA 1B2HA 1FQBA 1FTJA 5ICTA 4YAHX 2E1SA 1B1HA 1WVJA 3PGFA 4XKNA 4GL0A 1NNKA 1VSOA 2F97A 4UACA 1NH7A 1B5JA 3K6WA 4XIGQ 2H25A 4U21A 3LBSA 3QK6A 4O3AA 1JW1A 1ATGA 4QFKA 3IJXB 3H06B 1YAEA 4PFWA 3MPKA 3T9VA 5CMKA 1LLSA 4NF6B 3MBPA 1QVSA 3DLNA 4RK9A 1F9BA 3MVZA 1B6HA 1MPDA 4POXA 1FTLA 2V3QA 4ESWA 5H8SA 2HZLA 1MM6A 1DTGA 3CSGA 3K6XA 4R2BA 3KZGA 2HAUA 4U4XA 4MH5A 5DEXB 4FEDA 4U4SA 1QUKA 4QSEA 4NF5A 3O97A 1MDP1 1P1NA 3DM0A 2ONRA 1TWYA 1USYH 5AA2B 4F29A 1MDQA 3T9UA 3QSLA 3KOSA 5CMBA 3U92A 5I57A 3TTRA 4I9DA 1WDNA 2PVUA 2Z8EA 3SKPA 3S4UA 3OSQA 4IO4A 3SETA 5B70A 1YCJA 3O6HA 4LUBA 4AB5A 3SEYA 4KI0E 1B5HA 1Q35A 2Y7WA 2UVIA 2NUVA 1UTBA 1H44A 4DCXA 1URDA 1B3LA 4H8IA 2OJTA 2XXTA 2IA4A 2I4BA 3KG2A 3UA8A 1GVCA 3RY3A 1PDAA 1XVXA 5I58A 2I0BA 5J1DA 3A09A 4PETA 4F22A 3K1MA 4MLVA 1GV8A 1Y1MA 4YZZA 1BIYA 1Z7NE 3OSRA 3QYTA 1H76A 3MVXA 4GVOA 4G2ZA 4GLIA 3Q27A 2XXHA 1Y4TA 1IXGA 2ZYNA 1A8FA 3Q25A 2ANJA 1D3KA 3FVGA 1IIWA 4IGTA 4BDRA 4JSDA 2XHDA 1FTKA 4ECFA 5I84A 3U8QA 4LQ5A 4IO5A 4OQOA 1A7LA 2O7IA 1MH3A 3MP1A 2CMOA 1PB9A 2B65A 2XX7A 1JVXA 3PMWA 1XOCA 1UIVA 4DXCA 3T9XB 1MQDA 4R72A 3MVWA 2RCAA 1S50A 3FD3A 5CM6A 4H67A 1RYXA 4DCYA 5KCJB 5DVFA 4F31B 3FXRA 4JB7A 3UORA 2G93A 3W9WA 1AL3A 1ZKBA 4ZZEA 3PUZE 4ND9A 4OEVA 1T0KA 3EF7A 3IB0A 1FQFA 4BDOA 3GBAA 4IB2A 1NNFA 3C33A 2VD3A 2I49A 1B3EA 4NF6A 4NEDA 4EXLA 1IUDA 4L17A 1Y3QA 3IOVA 2HCAA 4RA1A 1VE4A 2XXIA 3PPRA 2LAOA 3KFMA 3G3GA 4PE5B 2XXUA 1US5A 3ONMA 4NF4A 5HPQA 1SYIA 1B0HA 4QSDA 3N6UA 2PMSA 3KN3A 4RPNA 1OVBA 4NTLA 4IY6A 4DLDA 3VXBA 3SERA 3CI8A 2Y7KA 3CRBA 4LZ7A 3TCHA 4LQ2A 2R71A 1XHYA 4X1DA 1I6AA 2KLFA 2DVZA 2GHBA 1MG1A 4KPTA 1JEVA 5DVIA 3VLWA 3MW0A 4YB7A 2O51A 1BTJA 3TTKA 3OELA 4KD5A 4BDLA 3C4MA 3LSFB 2QSXA 2X26A 2DWHA 4YB6A 4OYVA 4QFNA 3MZBA 3VFJA 5ELVA 3PD9A 3CG3A 1M5DA 4JWXA 1RYOA 3B6QA 5KZTA 3S2VA 5ICQA 4NWCA 4F18A 2QJEA 1H45A 4R75A 4FECA 4QRZA 3ILTB 2Y7RA 2O68A 3OO6A 3H3GA 5BUUA 3KSXA 3KN7A 3K1PA 2A5SA 1NMUA 3FUZA 2XX9A 5FTHA 5I57B 3IX1A 2ZYOA 3DP4A 4TLLB 1M5BA 3C32A 3RNNA 3CVGA 4FJPA 1SVXB 3EHUA 2I58A 1LGBC 5L9OA 3HN0A 4N6PA 3TKDA 1LBCA 2UYFA 1R9LA 3FV2A 1Z7ME 4F1UA 2Z23A 2H98A 4Z0IA 4NMYA 1S7YA 2OCUA 1J1NA 4I8CA 5I56A 5H8FA 2B3FA 4JXIA 1POY1 1P1WA 3TFLA 3DP6A 3I5OA 3TEPA 2ONSA 3T22A 2Q2CA 5I58B 2PT1A 2V3UA 5EHMA 5KCJA 5AA1A 2NVUB 2DE2A 1GGGA 2XXQA 4OERA 2O6AA 3UP9A 5I2NA 5JTYA 3USDA 3C9HA 4Q0CA 5L9SA 4G8HA 3PPPA 2DS9A 3R7XA 1DTZA 4IO6A 1SI1A 1B58A 1PC3A 3MP8A 1SW5A 2P2AA 1R9QA 1MY0A 1B7UA 1N7WA 5H8NB 3BBRA 1CB6A 4R2FA 4YB5A 4EF1A 4O3CA 4MLQA 2UVGA 2QRYA 1XC1A 3H6UA 4R6HA 2DXYA 4ZEBA 1GTKA 1O7TA 4QFPA 4EXKA 3H4ZA 1B9JA 3TQWA 4G8NA 3KEIA 3E4RA 5JEIA 3EQ1A 3HSTA 1FTOA 3OXNA 4POWA 4DDDA 3OO7A 1QJMA 4GIZA 3M3FA 3T96B 1MRPA 4WKMA 2GFEA 3S9LC 1FTMA 2Z22A 3PUYE 4YICA 3MPLA 3CFLA 3OEMA 5M2VA 4QSCA 3GZGA 3KN8A 4F19A 1ELJA 4KHZE 4YKPA 1S9TA 2RCBA 2F6GA 4RXLA 1SQYA 3I3VA 4U2RA 4X1BA 3O6GA 3PUWE 4ZEFA 1B3FA 3PMVA 1URGA 4UA8A 1B7HA 3TTNA 2QS1A 4EQ9A 2DE3A 1DMBA 3IB1A 4G4PA 4AB6A 4BDQA 4NF4B 4OTEA 3ILUB 1PBQA 2AL5A 2YPNA 1B4HA 2DSFA 4GD5A 3PD8A 3LC8A 4ONYA 3FGSA 4RPOA 1NNTA 1MXXA 4F2QA 2V84A 4BLAA 1PB7A 3K2DA 3OO9A 2UVJA 3ZS6A 2AIXA 1MY3A 5BWJA 1EH3A 5DVJA 3KSJA 3VVEA 3PUVE 3T66A 4KCDA 4JSOA 3RTWB 4F3BA 1Y9UA 3QAXA 2AL4A 3FXUA 1JEUA 3OMBA 4HCWA 4IY5A 5EHSA 1B5IA 2Q8JA 1CE2A 2F34A 4ZZAA 2DOJA 4ZECA 1US4A 1B52A 4WXJA 4E0XA 1LBBA 4OXVA 1IEJA 1A54A 1TT1A 4YKJA 1M5EA 3G3FA 2G29A 2XXRA 3S9NC 1JQFA 1BKAA 3R6UA 2FYIA 2Q2AA 2YLNA 2ZYKA 4P0IA 3MUQA 5F1QA 2O84X 1B3HA 3RQTA 4X9TA 5L9MA 4YKIA 2B3BA 5H8NA 4RJZA 3S9EA 4KR5A 1POTA 1MPCA 3RN8A 3P7IA 1QW0A 4ZDMA 3SESA 2XXPA 1IXHA 3JZJA 3SEVA 3JV9A 5I56B 2X7PA 5H8FB 2YJPA 5DYHA 3WAEA 1D9VA 4OFJA 5K2YA 3GXAA 1URSA 2REGA 4O3BA 1UTHA 2ZNTA 3FIRA 5DTBA 1MXYA 2O69A 1IXCA 4KYEA 2OWTA 1MQGA 1LFIA 3IOUA 1B0LA 3IL1B 1LB8A 1H43A 4XKQA 4DZ1A 1MY1A 3IO6A 3MJNA 4QF9A 4I62A 5A5XA 2H99A 5I2NB 2UVHA 5AA4A 5JTYB 2X7QA 2OBGA 3MWBA 3TCFA 4R74A 5HM4B 1EZOA 3OO8A 3G3HA 3W9VA 4C1UA 4FATA 3K6VA 1OMPA 4RNSA 3RUMA 3PPNA 3JYRA 3OEKA 1ZIUA 4XKPA 5CC2A 2ZNUA 2F7CA 1P99A 2I3WA 4GXSB 3VV5A 5CMMA 1EU8A 4F2OA 1N0TA 3IORA 1R1NA 2Y7IA 2ZMBA 2D3IA 3UIFA 3BKIB 1PB8A 3TQLA 3KJ7A 4PQJA 2XXWA 3A3UA 4ZEKA 3K01A 2QS4A 1N76A 3TODA 2DWJA 4R9GA 2OWSA 3H6WA 2FA7A 3SEWA 2QS2A 1TXFA 4ISUA 3HV1A 3OOAA 4GQOA 2VHAA 3K0VA 3BFTA 3UN6A 2ZNSA 4OMBA 2H5YA 1SW2A 4WEDA 4Q5TA 1UQWA 5KDTA 2GRVA 4IO2A 2F7AA 3SEUA 4HW8A 3L6HA 4IO7A 3I6VA 1I69A 3LUYA 3V83A 1SW4A 1II5A 2PT2A 3PMXA 4R6KA 4NF8B 4OVJA 4U1ZA 3EN3A 1JW4A 2HXWA 3IB2A 2QS3A 2RF1A 1OQGA 2RC7A 4F3PA 2XD3A 1D4NA 1LAXA 2H9BA 1IZ1A 3V5AA 2D5WA 2OK2A 2DE4A 3RT6B 3U1OA 4GRKA 4IGRA 4Z7EA 4G68A 5ITPA 3ZKKA 1JNFA 3PU5A 5CRYA 1MY4A 4R6YA 3FVKA 3N26A 3QIMA 3U94A 2O1MA 4G68C 1ZBMA 3FJGA 1DSNA 1MH4A 1QUJA 5FHNA 1NNPA 2I6EA 3TAJA 3MC2A 4ELRA 2AYSA 3HHFA 3CIJA 3G3JA 3EPEA 1B1XA 3ECRA 1FQEA 3H7MA 1H3DA 4ZE8A 1B40A 1IQ7A 5I59A 2UXAA 4KYSA 2ALUA 1PEBA 4KYDA 5ITOA 5IKBA 3FATA 3CG1A 1LFGA 3RTFB 5FHOA 1LCFA 3KOTA 3PV0E 4G77A 2DWAA 4I1DA 1N04A 1MPBA 1JETA 3HCQA 2WKYA 1PBPA 2THIA 4U22A 4F39A 2PBWA 4JWOA 3VVDA 4JWYA 3HO7A 1LB9A 3M3KA 4OETA 5TU0A 1MQJA 1D9YA 5L8DA 1P1UA 4F1VA 1SW1A 3O28A 4P11A 1UTHB 4OESA 3DP8A 1N84A 4XKRA 1FQCA 5AA3A 4ZEIA 1AH5A 2I48A 4M1VA 1NH8A 3K00A 1VR5A 2HAVA 4MBPA 1MQHA 3C35A 2F6PA 3B7DA 4F1YA 3IK6B 1QUIA 4DIGA 4QHQA 3VVFA 4TOZA 4EQBA 2RC9A 4U1OA 2Y84A 5A5XB 2R9JA 2UYEA 4LZ5A 5AA4B 3Q26A 1MM7A 3IR1A 3QUFA 3E9XA 1SI0A 3TTMA 3T9HB 4PFTA 3MZ9A 4RK2A 1FCKA 1BLFA 3MAMA 3Q29A 1R6ZA 3CSBA 4F3GA 4OHNA 3IOWA 1MS7A 1QULA 4FE8A 3M3LA 1AMFA 5H8QA 1N3XA 1USYE 3N6TA 2H4IA 2V93A 3CFXA 1LAFE 5I2KA 2DXRA 4Q30B 2VD2A 4NF8A 1SYHA 3IAZA 1B3GA 1MXVA 2FNCA 1B4ZA 3FVNA 1AIVA 3MVYA 4ZEDA 5AE4A 3V8XB 3MP6A 4OZ9A 5TP9A 3LSWA 3TZAA 1MXZA 3TPAA 4DXBA 3H6VA 4OWDA 4MFIA 2QMXA 1DPPA 2DP8A 3LR1A 3LSLA 1LAGE 1I6QA 4DXUA 3C31A 3U72A 4LONB 3H6TA 3KBRA 5ISUA 4EDPA 4ZE9A 1DPEA 4QFOA 5CMCA 5TPAA 4RY1A 4R9FA 2QL3A 1TFAA 2R6GE 1ZLQA 1XT8A 5KDTB 5CI5A 1B51A 4H8JA 1HSLA 2VOZA 4QFLA 1Y20A 4F3SA 3TUSA 1ZU0A 4R73A 3FXQA 1LFHA 1OLCA 2DYXA 4JDFA 1ANFA 3PUXE 2P0SA 5FTIA 1P1OA 3C36A 3MQ9A 1M5CA 1TFDA 2DVCA 2ABHA 2I3VA 4GXAA 3CFZA 3H03A 3BFUA 4GOTA 2HQ0A 2A5TA 5F7VA 4BDNA 4KQPA 2Q9TA 2GHAA 4AQ4A 5LOMA 3O2AA 3OD7A 3C34A 1MXUA 4G68B 3DELB 2ONKE 2QMWA 1IITA 2XXVA 1HSJA 1Y4CA 2HEUA 4FIMA 1Y3NA 4ZS9A 1VFDA 3F11A 2RKMA 5H8HB 1OLAA 1RKMA 3TELA 3TMGA 1QKAA 1Y1ZA 3PPOA 4EUOA 4E0WA 5I59B 1HSEA 4JBZA 2F5XA 4FAJA 3TDJA 4RYAA 1KWHA 1N7XA 1MQIA 2QPQA 3G3KA 4YMAA 4N07A 4N13A 4ESXA 3HPIA 1ZJLA 1JW5A 3K1NA 2Q89A 1O63A 4LATA 1N3WA 4FORA 1SBPA 4EQ7A 4XXUA 1FW0A 3FJ7A 1Y3PA 3TCGA 1MXWA 2I4CA 2XD2A 3M8UA 4H6DA 1LCTA 3RPWA 3CR9A 4H1XA 4BDMA 2RC8A 1YTVA 4LP2B 3FJMA 3MZ1A 3V89B 1I6BA 2PYYA 3K4UA 4HCYA 3EHTA 3E13X 3N5LA 2Y7PA 2OLBA 5B7DA 1OVTA 1NFTA 2BJJX 3E3KA 4TQUQ 3VLVA 1A40A 3UK4A 3ZKLA 4YMBA 4PP0A 4K3FA 1B46A 4Q8RA 3VXCA 2VGQA 1OIBA 5DEXA 2P1SA 1YPNA 2NWJA 5EYFA 1LSTA 2GH9A 1B32A 2D21A 2XX8A 1QKBA 3TTLA 3GLBA 3T93B 3VLUA 5AA2D 3B6WA 5DT6A 3D4CA 3ZSFA 4ELPA 3QUJA 1MY2A 5AA2A 4NE4A 3O29A 1EZ9A 2HZKA 1BP5A 3FVOA 2O1LA 4U23A 3L6GA 2VP1A 4ELQA 4DE8A 3LSXA 2NOOA 1DOTA 2XXXA 3G7WA 4GF8A 3ODBA 2F78A 3TYHA 4C1TA 5IAIA 3RGYA 2F8DA 3EHSA 2V25A 4H0WA 2I0CA 4FEBA 5H8QB 2F35A 4HTGA 5I2KB 4KCCA 1O64A 2NXOA 2Z8DA 4M4GA 2RINA 3IO4A 1A99A 5K2XA 1ZMGA 4MF3A 3S9MC 2F36A 3G3IA 1UIUA 3N94A 3PPQA 5TP9B 2O7UA 4YU0A 3GBBA 1B05A 4NWDA 3U93A 1SD3A 2M8CA 4PFYA 2ZYMA 2PX1A 1JVYA 1XS5A 4NF5B 1LAHE 3IJOB 5FHMA 2ESNA 1ZTYA 5TPAB 3SDFA 4LZ8A 2REJA 3Q28A 3B6TA 4OEUA 4OFLA 5HBCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQHA 2DQVA 3UGWA 1FPKA 4IO3A 4OENA 3VE1B 1EYJA 3RT8A 4WEPA 3VDFA 1VFEA 5H8HA 1Q1KA 3SEXA 1FSAA 4KFQA 3OENA 4DI4B 2ZXTA 3KGCA 4PBHA 1IMEA 1UTBB 2E0SA 2IEEA 1M5FA 3WAFA 5IGAA 3K6UA 3W15C 1A8EA 1EZPA 4ELOA 4GL8A 2F7BA 2Z8FA 4LA9A 4EF2A 4TLMB 4PFUA 4G8MA 3B50A 3O6IA 1A55A 4XTCQ 1P1QA 3THIA 5JK4A 3IOTA 4H5FA 2Q88A 1NKXA 1KZ8A 2A5TB 3FV1A 4OVQA 1FQAA 4C0RA 4HS7A 3QXMA 3O9PA 1L5TA 5EQAA 4H5GA 4X04A 4THIA 2Y5LA 1GR2A 3KJTA 4PBQA 2CZLA 4YKKA 4GFRA 4P0GA 1WODA 3CHGA 4PFBA 1SDXA 2PCRA 1LEVA 1B7ZA 4LVQA 2OZZA 5CBSA 1AOVA 3AXFA 3FASA 1IMAA 4X48A 3R26A 3D4GA 1EYKA 1FQDA 3HHGA 3FZVA 1FBHA 3K02A 3A3CA 5CBRA 4GWOA 2QVUA 2VPNA 1NL5A 2V3TA 2W7YA 2XXYA 4MMPA 3RLFE 1YZ0A 2HFBA 2DWIA 4H65A 1IXIA 3O66A 1XVYA 4OFOA 1B2HA 4N17A 1FQBA 1FTJA 5ICTA 4YAHX 2E1SA 1B1HA 1WVJA 1IMDA 3PGFA 4XKNA 4GL0A 1NNKA 1VSOA 2F97A 4UACA 1NH7A 1B5JA 3K6WA 4XIGQ 2H25A 2HHMA 4U21A 3LBSA 3QK6A 4O3AA 1JW1A 1ATGA 4QFKA 3IJXB 3H06B 1YAEA 4PFWA 1NUYA 3MPKA 3T9VA 4MNPA 5CMKA 2QVVA 2F3DA 1LLSA 1FJ9A 4NF6B 3MBPA 1QVSA 1FPEA 3DLNA 4RK9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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