1OMPA

Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin-binding protein involved in active transport and chemotaxis
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords D-MALTODEXTRIN BINDING PROTEIN
publication title Crystallographic evidence of a large ligand-induced hinge-twist motion between the two domains of the maltodextrin binding protein involved in active transport and chemotaxis.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Periplasmic binding protein
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ompA01
4ZEFA 3IJXB 4DIGA 3A3UA 5EYFA 3TAJA 2M8CA 2GHAA 1B5HA 2A5TA 1LBCA 1R9QA 3EQ1A 1XVYA 2GFEA 5B7DA 4BDNA 1GVCA 2OWSA 3RGYA 4Q0CA 4U2RA 2ZYKA 4Z7EA 4ZEDA 5KDTB 3HO7A 1IZ1A 4F3GA 3ILUB 3TCGA 4X9TA 4OFLA 3GBBA 4RXLA 2XXTA 2HEUA 3TTKA 3FJMA 4QFPA 2QS3A 4R73A 1TFAA 4OMBA 3FVOA 3VVEA 5JEIA 5FTIA 4F19A 3ZS6A 3IX1A 1MDP1 2FNCA 3UP9A 1POTA 3EN3A 3DM0A 3SEYA 1PDAA 2I0BA 3IO6A 4JWOA 3R6UA 5JK4A 1JEVA 1NNFA 4FE8A 4EUOA 1MQJA 4DLDA 3SEUA 5ITPA 4YKIA 4QHQA 3RLFE 2HZKA 1Y3PA 2I4CA 2Z8EA 2I3WA 1NNKA 2V25A 2PT2A 1AL3A 3O9PA 4IO5A 4XXUA 2F6GA 4JSDA 4QSDA 4RA1A 3QK6A 3P7IA 3E3KA 1A8FA 2PYYA 4R74A 3TCHA 4NF5A 3JZJA 4G68B 2QPQA 4KYSA 2DWAA 1P1WA 3HHFA 3IOVA 3QUJA 5J1DA 5DEXB 3AXFA 3IB2A 3TELA 4KD5A 3N5LA 4KI0E 1VFEA 3K6WA 2O69A 4OFOA 1QKAA 1USYH 3VFJA 3VV5A 4JWXA 1DPEA 3TDJA 2QL3A 1FTKA 1POY1 2OK2A 4NTLA 2VD2A 5CMCA 4PFWA 3VVDA 5H8QA 3VLUA 1B0HA 4YB6A 1MY3A 1NH8A 4NF4A 3TFLA 2DVCA 3PPRA 3RUMA 3T9VA 1D9YA 3Q25A 1B5JA 1MY0A 5A5XB 3H4ZA 4GQOA 1LB9A 3FGSA 1GGGA 1MM6A 2ESNA 3TTRA 4FAJA 4P0GA 2XXXA 1H45A 2F78A 1NL5A 3ZKKA 2H99A 3FJGA 2V84A 3U94A 3SESA 3EHUA 4DXBA 1L5TA 2OLBA 2YPNA 1M5DA 3O29A 1UIVA 3THIA 3O2AA 5I2NB 3CIJA 3FASA 4R2FA 1OVBA 3JYRA 3IAZA 3U92A 3TZAA 1M5FA 3FV2A 4H8IA 4WEPA 3HSTA 3V8XB 1T0KA 3FXQA 4YKPA 4I8CA 1FW0A 4LZ8A 5ICQA 1GV8A 3VDFA 3RTWB 3T96B 1MXWA 1MH4A 5EHSA 5H8FA 4YMBA 2DXRA 3MW0A 4RYAA 3GXAA 4IO4A 4ELOA 4H67A 1TT1A 4G8HA 1FQEA 1Q1KA 1URDA 1LSTA 4YU0A 1H44A 5TP9B 2P1SA 2Z23A 1IXCA 4R9FA 1KWHA 3RTFB 5CMKA 3D4GA 3OSQA 3PPOA 1IQ7A 3CVGA 4AQ4A 4XKRA 1R1NA 4M4GA 4HCWA 2QSXA 2XXYA 3G3IA 5KCJA 4OVJA 4N07A 3JV9A 2NWJA 3IB0A 4PE5B 1FQFA 3HN0A 2D21A 2PMSA 1P1UA 2HCAA 3IJOB 1N76A 3LSWA 1B0LA 4NF8B 4JSOA 2UYFA 1B3HA 2REJA 2UXAA 1IXHA 4PQJA 2XXPA 3MBPA 4QFNA 2OCUA 2QRYA 3K6UA 2ZYNA 1B05A 4DCYA 3T9UA 5B70A 3ILTB 3N6TA 3PPPA 4EXLA 4QSEA 2QMXA 3TUSA 1UTBB 3OXNA 1A54A 2RC8A 4F3PA 1MPBA 2G29A 4GLIA 4XIGQ 5H8NA 2XD3A 5TPAA 4KQPA 5L9SA 1B3FA 2F36A 5AA2B 4YKKA 3KFMA 2A5SA 4EF2A 1M5EA 5I57A 4HCYA 3F11A 4U4SA 4GL8A 1Q35A 4NEDA 1DPPA 3C31A 3W9WA 4LUBA 3MVYA 2H9BA 1B2HA 1RYOA 1XC1A 4YMAA 4F18A 4H0WA 1MS7A 1II5A 3M3LA 4EQ7A 3UA8A 2RCAA 1AOVA 1NKXA 3Q26A 5DT6A 2XX7A 3TTNA 3G3FA 2O68A 2OWTA 4H5FA 5I56A 1SYHA 5F1QA 4GF8A 3ZKLA 1DOTA 4OERA 4R2BA 1MY4A 4ESXA 1FTOA 2NOOA 2O7UA 3UN6A 5H8HA 1N3WA 3TODA 1LAHE 1S50A 4NE4A 3CFXA 3W9VA 4MFIA 3MPKA 1Y3QA 3CR9A 3K00A 4G77A 3LUYA 3G3GA 3OO7A 4JWYA 3O66A 3N26A 1HSJA 1JEUA 4OETA 4UA8A 1BLFA 1Y1ZA 2DXYA 5HBCA 3FJ7A 2OBGA 3PGFA 2DE3A 2F34A 2PX1A 3PMXA 4EQ9A 3B6WA 4F22A 3OENA 1Y20A 1FQDA 4IO7A 4PFYA 3SERA 3K1MA 3LSFB 4HW8A 2NVUB 4I62A 4C0RA 5AA2D 4PETA 5I58B 4XKNA 2VOZA 3R26A 3OELA 3PV0E 5F7VA 5L9MA 3U1OA 1H3DA 5I59A 1XVXA 1GR2A 2V93A 1NNPA 3CSBA 4TQUQ 2Z22A 4ZS9A 1VR5A 3HCQA 3CRBA 1IEJA 4TOZA 4NF6B 2P0SA 1I6BA 2Q88A 5CRYA 1ATGA 1MPCA 4NMYA 1VFDA 5CMMA 1B58A 3V83A 2REGA 4I1DA 1PBPA 4LZ7A 3RT8A 1ZTYA 2XX9A 1PB8A 3TTMA 1OMPA 1MXVA 2GH9A 1ZU0A 3ODBA 5L8DA 4ECFA 3FATA 3PUWE 2X7PA 4YAHX 4LA9A 2XHDA 1MQHA 1NFTA 5FTHA 3E9XA 5HPQA 4U1ZA 4YB7A 1B7HA 3VXBA 3FXRA 4RPNA 4G8NA 3V89B 1P1OA 1R6ZA 1B6HA 1B1XA 2Y7PA 3SEVA 5TU0A 4RPOA 4JDFA 3TCFA 4H8JA 1SD3A 1ZLQA 3PUXE 4PFTA 2VGQA 2OJTA 1MDQA 3K01A 2O84X 4WEDA 1SI0A 4H65A 2XXRA 2XXVA 5JTYB 4GOTA 3OOAA 2HZLA 1YTVA 1B3EA 1JW4A 4ZEBA 2W7YA 2B3FA 2ABHA 3B6TA 4DCXA 2ZYOA 3T9HB 3DLNA 1P99A 1SYIA 3C33A 1OQGA 4GD5A 1DTGA 2RC9A 3FD3A 1O7TA 3A3CA 4OFJA 1JW1A 3D4CA 4AB6A 3QSLA 5AA4B 1MXXA 3RQTA 1B52A 2I0CA 2O1LA 4U4XA 3OO9A 4K3FA 4DXCA 3C34A 1QUKA 3PUYE 1UTHB 1LB8A 1A99A 2ONRA 4ELPA 5BUUA 2RINA 1B3GA 3K1NA 3PD8A 4OQOA 2B3BA 4OEVA 3IO4A 4EQBA 3K1PA 1N7WA 1FTLA 4DZ1A 2H4IA 4R6KA 4ZDMA 1LGBC 1N3XA 5M2VA 1IXGA 5L9OA 4HS7A 1IXIA 1IUDA 3Q29A 1RKMA 1LAGE 3HPIA 3MC2A 1IIWA 3TEPA 2QS4A 3U72A 4GL0A 1MQIA 3BKIB 3PU5A 3DP4A 5ELVA 1ANFA 4BDRA 3E4RA 3S9EA 3PPQA 1FCKA 1PBQA 1SQYA 1MXYA 1MXZA 3S9LC 1LCFA 4R6YA 4DXUA 3PUVE 1TXFA 1F9BA 3QYTA 4ZEIA 2O7IA 4QFLA 4H6DA 4P11A 4O3BA 2R9JA 3BFUA 4BDMA 1EZ9A 3IOUA 3K6VA 3KOTA 1N04A 1OVTA 4UACA 1Y4CA 4DE8A 3EHSA 2RF1A 3V5AA 2R6GE 3OEKA 1D9VA 1N84A 4ZZAA 1NMUA 1IITA 4U21A 3QXMA 1GTKA 3R7XA 3Q28A 2UVHA 3S9MC 2DWHA 3MUQA 4YB5A 3M3KA 3MAMA 4OZ9A 5FHNA 3KOSA 5DTBA 4EXKA 2ANJA 4QF9A 1MRPA 1OQHA 2R71A 3VLVA 2CZLA 4H5GA 4IY5A 2ZMBA 3TYHA 1QULA 2A5TB 2E1SA 4Z0IA 1M5BA 3LSXA 4P0IA 4BLAA 2F5XA 1PEBA 4YKJA 5KDTA 3TPAA 1Y4TA 4F29A 2X26A 1I6AA 4QRZA 1AH5A 1SW1A 4L17A 4QFKA 1LCTA 4ZE9A 2YLNA 2Y7RA 2E0SA 5ICTA 3N6UA 4ZECA 2H5YA 3EPEA 2PVUA 2F7AA 1HSLA 4H1XA 4M1VA 3U93A 1VE4A 2D3IA 2V3QA 1JW5A 4XTCQ 3RPWA 1Y9UA 3CSGA 1SDXA 4Q8RA 1LLSA 2DWIA 3UGWA 3C9HA 2DWJA 3LBSA 5CI5A 4HTGA 3IB1A 2QJEA 3I5OA 1TFDA 1P1QA 4NF5B 4G68A 1JETA 4Q5TA 4YICA 1URSA 2ONKE 4MBPA 2KLFA 1LFIA 4FEDA 3QAXA 3MVXA 4ZEKA 1US5A 1S7YA 5DEXA 3OD7A 3CFLA 3TTLA 3KBRA 1OLCA 2F6PA 4THIA 3UK4A 3G7WA 1B7ZA 4C1TA 4MLQA 1PC3A 2F35A 4FEBA 4JB7A 1ZKBA 5LOMA 4R72A 2O6AA 3BBRA 1NH7A 4ELRA 4E0XA 4KYEA 2IA4A 3FXUA 3KGCA 3C4MA 3MP6A 2I48A 4RK2A 2F7BA 1JNFA 3K2DA 5H8QB 5ITOA 3KJTA 4OTEA 3TQLA 4NF4B 4YZZA 1SBPA 3C36A 4GXSB 4PP0A 5A5XA 2BJJX 1Z7ME 3O97A 1URGA 3RY3A 1XOCA 3SEXA 3QUFA 1QKBA 4TLLB 2VHAA 4R75A 1EH3A 4KCCA 3T93B 3PPNA 5DVJA 4LQ2A 4OXVA 1B4HA 1Z7NE 4F3BA 4F1UA 2XXWA 3KN8A 4G68C 1FQBA 4JXIA 1SVXB 4MF3A 4I9DA 1N7XA 5I2NA 3PMWA 3GBAA 4G8MA 1FTMA 1RYXA 2XX8A 2IEEA 1SW2A 4X1BA 2X7QA 3MP1A 2ONSA 5FHMA 4ND9A 3USDA 1ZJLA 1AIVA 3O6HA 1OIBA 3FVKA 5IAIA 3K02A 1LBBA 3T22A 2WKYA 5FHOA 3WAEA 1H43A 3UORA 1CE2A 3H3GA 5ISUA 1I6QA 2FA7A 4FATA 4U23A 4KYDA 3I6VA 1N0TA 2OZZA 2V3UA 1LFHA 3H6TA 3KSJA 3WAFA 3EHTA 5TP9A 3H03A 1XHYA 1SI1A 1O63A 1WVJA 2LAOA 1HSEA 4O3CA 3KG2A 3LR1A 3MP8A 3O28A 4F1YA 2I3VA 5K2XA 1B3LA 3GLBA 3VXCA 4IB2A 2DE2A 2I58A 5KCJB 1QUIA 3TQWA 1MY1A 4NWDA 2AL4A 5CC2A 1R9LA 4XKPA 4WKMA 2ZXTA 4LP2B 5I2KB 4MH5A 3PMVA 3H7MA 4NF8A 4F2OA 1B46A 3C35A 1MY2A 2DSFA 2H25A 3KSXA 3DP6A 4R9GA 1EU8A 1P1NA 2XXUA 3U8QA 4F1VA 4ELQA 3B6QA 1D4NA 3VLWA 1MM7A 1ZIUA 5K2YA 2HAVA 3VVFA 1D3KA 3MZBA 2PBWA 1US4A 1UTBA 3E13X 3O6IA 4RNSA 4WXJA 4KCDA 3CG3A 3S9NC 5H8NB 3RNNA 1TWYA 3SDFA 3T66A 2DYXA 4DDDA 5TPAB 5AA2A 1DTZA 3T9XB 2DQVA 2THIA 3ZSFA 1MPDA 1B40A 4XKQA 1ZMGA 1ELJA 1MH3A 5I57B 2QS1A 2HAUA 1FTJA 3SETA 1SW5A 1B7UA 4C1UA 3HV1A 1YAEA 2Q2CA 4BDLA 1MG1A 5CMBA 2D5WA 1MQGA 2P2AA 1VSOA 3FVNA 3KZGA 1WODA 2Q9TA 3MVWA 1UQWA 4IGRA 2HXWA 5I56B 1PB7A 2VD3A 1JQFA 1XT8A 1BP5A 1H76A 1XS5A 1M5CA 2VP1A 1Y3NA 3FIRA 4IY6A 5H8HB 1PB9A 1JVXA 1J1NA 4O3AA 4IGTA 4ZZEA 1LAXA 4LVQA 5DVFA 3MPLA 4LZ5A 4NWCA 2F8DA 5CM6A 3IK6B 4U1OA 3SKPA 5DVIA 1SW4A 4OHNA 3MZ1A 4R6HA 3M3FA 1FQAA 3N94A 4JBZA 1QJMA 4LATA 2I4BA 3K4UA 1B1HA 1A55A 2AIXA 3B7DA 1QUJA 2H98A 3DP8A 4RY1A 1Y1MA 3SEWA 3K0VA 5I58A 4GRKA 3MQ9A 4FJPA 1YPNA 3C32A 5CBRA 4G2ZA 4GFRA 3MWBA 3A09A 5I59B 4MLVA 2ZYMA 4OENA 2Y7IA 2DVZA 5KZTA 2UYEA 4NF6A 3EF7A 3G3KA 4GWOA 2Z8DA 5I84A 2F97A 4IO2A 3KN7A 1JVYA 1MXUA 3KN3A 4G4PA 1LFGA 4RJZA 2DS9A 3RT6B 3CI8A 3LC8A 3IL1B 2PT1A 3MJNA 1B4ZA 4BDQA 2RC7A 2I49A 5HM4B 3H6WA 4RK9A 2G93A 4EF1A 4E0WA 1AMFA 2Y84A 1BTJA 4BDOA 3H6UA 5BWJA 2Z8FA 1BKAA 3GZGA 5EHMA 4IO6A 4ESWA 2HFBA 5I2KA 1EZOA 4TLMB 4FORA 2AYSA 3QIMA 1ZBMA 4GXAA 3PUZE 2QS2A 2Q89A 3ECRA 3G3JA 3UIFA 4F39A 4FIMA 5DYHA 5JTYA 2Q8JA 3IR1A 2XXHA 1USYE 3M8UA 4KR5A 3OO8A 3OEMA 1B9JA 3CFZA 1S9TA 2ALUA 4AB5A 3MZ9A 2O51A 3Q27A 3RN8A 4LQ5A 3H06B 3S4UA 4X1DA 3IOWA 2XXQA 4OESA 1CB6A 3HHGA 3DELB 1DMBA 1DSNA 2UVGA 2XXIA 5AA3A 1YCJA 5AA4A 2V3TA 1LAFE 4X48A 1B51A 2HQ0A 3OO6A 4LONB 4GIZA 4QSCA 3VE1B 2XD2A 4N6PA 1EZPA 3G3HA 3KJ7A 2GRVA 1A7LA 1UTHA 4F3SA 3I3VA 2FYIA 1UIUA 2NXOA 1B5IA 4KHZE 1A40A 2YJPA 1O64A 3ONMA 2Q2AA 2DOJA 4POXA 4OWDA 5H8SA 2UVIA 4ZE8A 2F7CA 2O1MA 3K6XA 2B65A 2DP8A 4KPTA 1BIYA 2GHBA 4F31B 2DE4A 3TMGA 3L6GA 1QW0A 2UVJA 1WDNA 5AE4A 3IORA 2ZNUA 3S2VA 3H6VA 3IOTA 5AA1A 3LSLA 4IO3A 4U22A 3FVGA 4ISUA 3FUZA 1NNTA 4F2QA 3OSRA 5CBSA 4ONYA 2RCBA 2RKMA 2ZNTA 4N13A 2CMOA 3FV1A 2AL5A 3TKDA 4FECA 4KFQA 2NUVA 4Q30B 1B32A 4GVOA 4QFOA 2I6EA 4PFUA 3O6GA 1A8EA 3MVZA 4OEUA 3FZVA 2QMWA 1MQDA 1QVSA 3OMBA 4POWA 3BFTA 5H8FB 1FQCA 2ZNSA 1I69A 4EDPA 1OLAA 3KEIA 2Y7WA 3W15C 2Y7KA 3CG1A 3L6HA 5IKBA 3PD9A 4OYVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZEFA 3IJXB 4DIGA 3A3UA 5EYFA 3TAJA 2M8CA 2GHAA 1B5HA 2A5TA 1LBCA 1FPEA 1R9QA 3EQ1A 1XVYA 2GFEA 5B7DA 4BDNA 4I3YA 1FPGA 4PC9A 4NN3A 1GVCA 2Y5LA 2OWSA 3RGYA 4Q0CA 4U2RA 2ZYKA 4Z7EA 4ZEDA 5KDTB 3HO7A 1IZ1A 5T3JA 4F3GA 3ILUB 3TCGA 4X9TA 4OFLA 3GBBA 4RXLA 2XXTA 2HEUA 3TTKA 3FJMA 4QFPA 2QS3A 4R73A 1FPFA 1TFAA 4OMBA 3FVOA 3VVEA 5JEIA 5FTIA 4F19A 3ZS6A 3IX1A 5IGAA 1MDP1 2FNCA 3UP9A 1POTA 3EN3A 3DM0A 3SEYA 1PDAA 2WBDA 2I0BA 3IO6A 4JWOA 3R6UA 5JK4A 1FBDA 1NNFA 1JEVA 4FE8A 4EUOA 1MQJA 4DLDA 3SEUA 4IR8A 5ITPA 4YKIA 4QHQA 3RLFE 2HZKA 1Y3PA 2I4CA 2Z8EA 2I3WA 4OA4A 1NNKA 4O7MA 2V25A 2PT2A 1AL3A 3O9PA 4IO5A 4XXUA 2F6GA 4JSDA 4QSDA 4RA1A 3QK6A 3P7IA 4UABA 3E3KA 1A8FA 2PYYA 4R74A 3TCHA 4NF5A 3JZJA 4QXDA 4G68B 2QPQA 4KYSA 2DWAA 1P1WA 3HHFA 2FIEA 3IOVA 3QUJA 5J1DA 5DEXB 3AXFA 3IB2A 3TELA 4KD5A 3N5LA 4KI0E 1VFEA 3K6WA 2MKZA 4QBAA 2O69A 1YYZA 4OFOA 1QKAA 1USYH 1LBVA 1KA0A 3VFJA 3VV5A 4JWXA 4MEVA 1DPEA 3TDJA 2QL3A 1FTKA 1POY1 2OK2A 5LTCA 4NTLA 2VD2A 5CMCA 4PFWA 3VVDA 5H8QA 3VLUA 1B0HA 4GX4A 4YB6A 3E78A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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