4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
3TUSA 4AQ4A 3S9NC 3H6UA 4JWYA 4OTEA 4RJZA 4QHQA 4JDFA 3SEUA 1M5DA 5FHMA 3MJNA 4TLMB 2GFEA 4GLIA 3HPIA 1B1XA 1FTKA 2B65A 1MQHA 1MQGA 2I4BA 1MXZA 2QS3A 3IX1A 4POWA 3PUXE 4NWDA 3KZGA 1VSOA 3D4CA 2O1LA 3FVGA 3T22A 1SYIA 3C35A 3OXNA 3HHGA 1FQFA 5I59A 3CVGA 1O7TA 3TZAA 4M1VA 1NMUA 2V3UA 2RF1A 4UACA 3V89B 4BDOA 1SQYA 1WODA 4F1VA 1MXUA 3ZS6A 3MC2A 5CI5A 5A5XA 4IO7A 3Q25A 3U1OA 3H3GA 3KOSA 4MH5A 3TTMA 2W7YA 4OFJA 1P1NA 3RYAA 4G68A 5ITOA 5CMMA 2ZYKA 3KBRA 3C33A 4ZZAA 2Y84A 4RPOA 4OESA 3LSLA 4KI0E 3MZ9A 1LAHE 1B32A 3LSFB 5AA2B 1QUKA 1OLAA 4X9TA 3KJ7A 4YMAA 1B9JA 3OELA 4G8HA 3ONMA 2F78A 5FTHA 3OD7A 3LBSA 4GF8A 4NF4A 1URSA 4Q5TA 1B4HA 1GR2A 4BDQA 3FXRA 1XVYA 3O6HA 3MZBA 4NTLA 1MRPA 2F6GA 2Z8EA 4ZE8A 4JSOA 2QRYA 2ZYNA 5FHOA 1PBPA 3C34A 2DYXA 3WAFA 3QIMA 1UTHA 4P0GA 1AIVA 4YB6A 5IKBA 3T9HB 4O3AA 3ILTB 4P0IA 4F31B 1PB9A 1PC3A 1R6ZA 1PEBA 1FTJA 2QMXA 3BFUA 3H6VA 1Q35A 4R6KA 1S9TA 3V5AA 1EZ9A 2DXYA 2I49A 2G29A 3EHSA 3K1MA 1D3KA 3UK4A 4ECFA 2Q2AA 4R9GA 3LC8A 1HSJA 1ZTYA 3FJMA 1SDXA 2CZLA 1FQCA 3VV5A 2O6AA 4PP0A 5DVIA 1DTGA 4I9DA 1SI0A 4FORA 3FVKA 3H03A 3QSLA 1AMFA 4QFNA 1POY1 5H8HB 2Q89A 3BBRA 3RTWB 1B3FA 2R71A 1MPBA 4KYSA 5M2VA 2XXTA 4Q8RA 1IXHA 1JVYA 4RYAA 1CB6A 2NVUB 3O28A 1N76A 2RINA 1Y3NA 3SEYA 3T9UA 3QUJA 2PT2A 2DE2A 1Y1MA 4IO3A 1N0TA 4EXKA 1I6AA 1A7LA 4YB5A 1JW5A 2QS4A 4H8IA 5EHSA 4GVOA 1LGBC 4YMBA 1YAEA 4LA9A 4IB2A 4POXA 2VP1A 4MBPA 1UTBB 5H8NA 3FIRA 2F34A 3MP8A 1MY4A 4U1ZA 5CMCA 3FUZA 4ZDMA 3A3UA 4H1XA 1SYHA 4HCYA 2PBWA 4BDMA 3K6WA 2CMOA 3TEPA 4PETA 2ZNSA 2H98A 1MQIA 2YJPA 1UIVA 3KGCA 5AA2A 1LAFE 4G77A 5DYHA 5ICTA 3HHFA 4XTCQ 1Z7ME 4NMYA 1B2HA 1O63A 1NH8A 1OVTA 4FIMA 2O7UA 3Q27A 4YKIA 1B05A 4NF8B 3I3VA 2AL4A 4ISUA 4R75A 1URGA 1Y3PA 1BTJA 4KQPA 1OMPA 1JW4A 5TP9B 1B5HA 4F22A 4ONYA 4IO5A 4OFLA 2LAOA 2B4MA 1B51A 1XHYA 2PMSA 1HSEA 1EZOA 2A5TB 1MXVA 3W15C 3H7MA 2V3QA 3OOAA 3IOVA 2GHBA 1Y9UA 4OEUA 2ABHA 4MFIA 2DXRA 3QAXA 5JEIA 1LBCA 3QXMA 3L6HA 1FQAA 3DP4A 3U72A 4DCXA 4RY1A 1QULA 5DVFA 1XVXA 4NEDA 4U21A 3SEXA 2RC7A 2DP8A 2OJTA 2VD2A 3FVNA 3V8XB 2PVUA 4IO4A 3SERA 2IA4A 2QMWA 4OYVA 1MH4A 2REGA 2R6GE 5A5XB 3OSQA 1P1OA 2RC9A 1DOTA 3DRFA 4M4GA 3U93A 1OVBA 4GIZA 1H3DA 2ZMBA 1IXCA 3OSRA 1USYH 2H5YA 2O68A 3VLVA 3ZKKA 1SI1A 1MY0A 2P1SA 4PE5B 4DZ1A 3C4MA 3SKPA 2NUVA 2A5SA 4MLQA 1B52A 1JW1A 2HXWA 1XS5A 3TPAA 3SETA 5CM6A 1N84A 4JSDA 2ZNTA 5AA1A 2XXXA 3CSBA 2I6EA 1SW5A 4ZEBA 2UYEA 4KPTA 4YZZA 4ESXA 1R1NA 3SEVA 1KWHA 3O6PA 3PMXA 3MW0A 2Z8FA 3DELB 4OQOA 5H8FB 3LSWA 3CG1A 4X48A 3RNNA 1EZPA 4PFWA 2Z8DA 1Z7NE 4Z0IA 3SDFA 4IO6A 3O29A 5JTYA 2F36A 1I6QA 4H67A 4ZEKA 2ZNUA 4OENA 2KLFA 3EF7A 2QSXA 3LVUA 3ECRA 4N6PA 2REJA 2XX9A 4ZS9A 1Y1ZA 1DTZA 3SEWA 1MH3A 4BDLA 1GVCA 2XXUA 3MP1A 5BWJA 3O6IA 3K1NA 4NF8A 1Y4TA 3W9WA 2UXAA 2Y7WA 2DWAA 2WOLA 4YU0A 1Y4CA 2ESNA 4FATA 1B7ZA 5TP9A 3VVEA 2B3BA 4C0RA 1XOCA 1H44A 3O9PA 4ELOA 3R7XA 1N7WA 3S9LC 3VVDA 2A5TA 4F3BA 4ELQA 5CC2A 3I5OA 1BLFA 3H06B 3CIJA 1XC1A 4OETA 5J1DA 3K2DA 3FV1A 4ELPA 1NNTA 4GD5A 1B5IA 3DRJA 3PPPA 3TCGA 3S2VA 4EF2A 1PB8A 1L5TA 1Y3QA 4RNSA 2RC8A 4L17A 5B7DA 5DEXB 3K01A 3FV2A 2M8CA 3PU5A 2NXOA 5H8NB 4KCDA 4H8JA 1JETA 1UQWA 4TLLB 4EDPA 3FASA 2RCBA 4G8NA 2GHAA 1QUIA 3IR1A 3G3GA 4E0XA 3DLNA 2Z23A 3VXBA 1URDA 3CFLA 4U2RA 3UP9A 2O84X 1BIYA 4RPNA 2ANJA 2HAUA 2HQ0A 4E0WA 3LSXA 1YPNA 3G3IA 4KHZE 4F1YA 1S50A 4XKNA 3TQLA 3PUZE 3IB0A 1IIWA 4DIGA 3MZ1A 4IY6A 3R26A 4FAJA 4F3SA 2AL5A 3DM0A 4F1UA 1A55A 1NH7A 1QJMA 3RQTA 2DQVA 4YKKA 1P1UA 5H8FA 4WEDA 1NL5A 4JB7A 4PFUA 3TFLA 4GRKA 3DRKA 4OERA 3JZJA 1QKAA 3ODBA 2F97A 1MY1A 3PPQA 5I58A 1ATGA 4OZ9A 3FGSA 4LONB 4G2ZA 4DXCA 4AB6A 2D3IA 4EUOA 3MVWA 1MY3A 3UA8A 1S7YA 4QFOA 4PFTA 3RLFE 4NF5B 3DRHA 5EHMA 5AA4B 1H45A 1NNFA 3DP6A 5TU0A 4KYDA 3FTOA 3JYRA 1B46A 2PT1A 1D4NA 2ONSA 1LB9A 2X7PA 1OIBA 3U8QA 2FYIA 5KZTA 5L9MA 4U4SA 3IO6A 4OFOA 1FTOA 1ZMGA 5I2NB 3PV0E 4QF9A 4JWOA 2VHAA 1T0KA 4KCCA 2WOKA 3R6UA 4OHNA 3IJXB 1D9VA 2Y7RA 5KDTB 3IOWA 5EYFA 4OEVA 3M8UA 3EHUA 1J1NA 1M5BA 3THIA 2G93A 3TODA 4ZECA 3CRBA 2OLBA 4ZE9A 1YTVA 2XXYA 5DEXA 1B0HA 2XXRA 1OQGA 1MG1A 1XT8A 3O66A 1TFDA 3CG3A 4PFYA 1R9LA 3HCQA 1MPCA 1NNKA 5HM4B 4YKPA 1SBPA 4R9FA 2O51A 5I2KA 3LUYA 4F18A 1B58A 5JTYB 4Q0CA 1RKMA 4FECA 4ND9A 1IEJA 5FTIA 1B6HA 2QS1A 2OWSA 2DWIA 4EF1A 3IJOB 3RPWA 4XKQA 2F7BA 2DWJA 1JVXA 1IXGA 1PBQA 1HSLA 4THIA 3MUQA 4P11A 3TDJA 1FQDA 3MVXA 3IB2A 3IK6B 1LCFA 1SVXB 1US4A 3IO4A 5H8QB 3KG2A 1Q1KA 4G68C 2OZZA 3PMVA 3EQ1A 4R74A 2I3WA 5BUUA 2F7AA 3RT6B 4KD5A 4H5GA 3PPRA 4NF6B 2OWTA 4H6DA 2UVGA 1F9BA 2I4CA 3RUMA 3PGFA 3KN7A 3HO7A 3MPLA 3IORA 5JK4A 3IOTA 3IL1B 4F2OA 1A40A 1A54A 1ZBMA 4U22A 1B3EA 2DE3A 5CBSA 4K3FA 4U23A 3TELA 5CMKA 5AE4A 3L6GA 5DTBA 3OO9A 1SW1A 5B70A 3KFMA 4I8CA 2H4IA 1I6BA 1MDP1 1VR5A 4F3PA 3T9VA 3MVYA 4EQBA 1B3HA 2VGQA 4WKMA 2GH9A 4F19A 1QW0A 4NF5A 4GXAA 5AA4A 2Y7PA 5L8DA 2NOOA 4IGTA 5K2XA 2UVHA 1BP5A 3S9EA 4IO2A 4LQ5A 3RTFB 1FQBA 1RYOA 3BKIB 4BDNA 1B4ZA 4IY5A 2GRVA 2D5WA 4C1UA 4DCYA 3G3HA 1B7HA 3KSJA 5I2NA 4EQ7A 1A99A 1USYE 1QKBA 1D9YA 5KCJB 4R73A 1EH3A 3D4GA 4R6YA 3K6VA 1MS7A 3M3FA 1O64A 3TQWA 4F29A 5ITPA 3VDFA 1B3LA 1FCKA 4BDRA 4ELRA 3GXAA 3VXCA 3VLWA 5KDTA 1RYXA 4HTGA 3Q29A 4LUBA 4QFPA 2Y7IA 4OXVA 3FD3A 3PD9A 3SESA 2H99A 3B7DA 1TFAA 1A8FA 3K00A 2XD3A 3T96B 3RT8A 1LLSA 1MM6A 3TTKA 2XX8A 2RCAA 3GBBA 3CI8A 2DVZA 1EU8A 4QFKA 3G3JA 3U94A 2HCAA 4QSCA 3TMGA 1MM7A 2XXWA 5I58B 1FQEA 3K0VA 3ZKLA 1H43A 4QRZA 4TQUQ 3O6GA 4YAHX 1JEVA 2VD3A 3K6UA 4RK2A 3MWBA 3DRIA 4C1TA 2X26A 3S4UA 2V84A 1ANFA 3FATA 3GBAA 1II5A 2O69A 3G3FA 5H8QA 3G3KA 3KN8A 2AIXA 3OO6A 3KJTA 5H8SA 1IZ1A 2YPNA 3Q28A 1MXYA 1LFHA 2PYYA 1ZKBA 2E1SA 3C32A 3M3LA 4NF6A 4XKPA 4GOTA 2AYSA 1SW2A 2VOZA 5CRYA 3O2AA 5ELVA 2WKYA 5TPAA 1TT1A 4ZZEA 2QPQA 2Q2CA 3RY3A 1GTKA 1DMBA 1P1QA 2I58A 1DPPA 3E4RA 4MF3A 1POTA 3CFZA 3VE1B 1N7XA 1MY2A 3N6TA 2B3FA 4I62A 3PAMA 3TCHA 3IB1A 4AB5A 2E0SA 2DVCA 1ZLQA 4RA1A 3MQ9A 5I57A 2OK2A 2DWHA 4GL0A 3OEMA 1MQJA 2FA7A 1M5FA 4FE8A 2Q88A 5I2KB 2Z22A 4ESWA 3PUWE 3G7WA 3TTRA 2Q9TA 4DXUA 1M5CA 5KCJA 4G8MA 4WEPA 4JWXA 3M3KA 2XXIA 3U92A 3RN8A 3OEKA 4GXSB 1H76A 5K2YA 3MBPA 3OENA 1US5A 1B7UA 2XHDA 3RYBA 3QYTA 4UA8A 3UGWA 4QSEA 4KR5A 3HN0A 3F11A 3OMBA 1IXIA 1TXFA 2ALUA 2Q8JA 1ZU0A 2HAVA 2V25A 4X1BA 1AOVA 1WVJA 3O97A 1NNPA 3H4ZA 3K4UA 4XIGQ 4FEBA 3GZGA 3V83A 1BKAA 2QJEA 1WDNA 3MP6A 4XXUA 2X7QA 3TAJA 2THIA 3TKDA 4LQ2A 3H6TA 3B6TA 3I6VA 1TWYA 3E9XA 3CSGA 3FZVA 3CFXA 1GV8A 4RXLA 4FEDA 4XKRA 4OVJA 1JNFA 5HPQA 4KYEA 2V3TA 2XXPA 2Y7KA 4QSDA 3S9MC 3DRGA 3PD8A 3K02A 5L9OA 3N26A 4I1DA 4H5FA 4R72A 5L9SA 5AA3A 4BLAA 1B5JA 1IITA 4O3CA 4GWOA 3KOTA 4IGRA 3A09A 3K1PA 4X1DA 2H9BA 1CE2A 1JQFA 5LOMA 2I48A 4DLDA 4LATA 3Q26A 5CMBA 2R9JA 1LB8A 2QS2A 1ZJLA 4PQJA 3VVFA 1NFTA 2WOPA 3PUYE 4JXIA 2NWJA 4WXJA 1LCTA 1B0LA 1AH5A 3OO8A 1LAGE 3C9HA 4GFRA 3KSXA 3EHTA 2DSFA 4N07A 3FXUA 5DT6A 3MAMA 1SD3A 4R6HA 3KEIA 2XD2A 3A3CA 1B40A 1UIUA 2I0CA 1P99A 2ONKE 3B6WA 3TTLA 2HEUA 3FJ7A 4HS7A 3B6QA 4LZ8A 3TYHA 4TOZA 5I56B 3ZSFA 4OMBA 2UVJA 3JV9A 4YKJA 2DE4A 1ZIUA 4QFLA 1OQHA 2PX1A 2BJJX 3WAEA 3DP8A 2F7CA 4ZEFA 4ZEDA 4F2QA 3PPOA 4U1OA 4LZ5A 2QL3A 2P0SA 1MDQA 4R2FA 1JEUA 5TPAB 5I84A 1R9QA 5ISUA 2UVIA 3PMWA 4HCWA 1LBBA 1IUDA 2XXHA 1B3GA 4YICA 2OBGA 1VE4A 1MPDA 4F3GA 3RGYA 1MXWA 3N5LA 1N3WA 3BFTA 1MXXA 3UORA 1LAXA 2DOJA 2XXVA 3FJGA 1YCJA 1IQ7A 3E13X 3QK6A 5AA2D 2F8DA 3T66A 3PUVE 2IEEA 4GL8A 2F5XA 2XXQA 4HW8A 2V93A 5I57B 2D21A 1FTLA 3T9XB 3C31A 4NE4A 2UYFA 3CR9A 2HZKA 5DVJA 2FNCA 2ZXTA 3H6WA 3P7IA 3IOUA 2F6PA 4R2BA 5I59B 3N6UA 5IAIA 5HBCA 3E3KA 4RK9A 3QUFA 3IAZA 3AXFA 3UIFA 4MLVA 1I69A 4OWDA 3UN6A 3GLBA 3KN3A 3HV1A 4G68B 1FTMA 4Q30B 4F39A 2HZLA 4EXLA 3PPNA 2ONRA 3FXQA 5H8HA 4GQOA 3EPEA 4O3BA 2ZYOA 4FJPA 2I0BA 1B1HA 4NWCA 3TTNA 1Y20A 3K6XA 3MPKA 1ELJA 3FVOA 3VLUA 2O1MA 3N94A 1VFDA 2HFBA 3C36A 4ZEIA 2YLNA 1NKXA 4NF4B 1LFGA 4KFQA 3EN3A 1MQDA 3VFJA 4JBZA 4H0WA 4Z7EA 2XX7A 1M5EA 2P2AA 3ILUB 4LVQA 3OO7A 1QVSA 1UTBA 2ZYMA 3MVZA 3CHGA 1LFIA 1QUJA 1SW4A 1AL3A 1DSNA 2H25A 5F7VA 5I56A 4EQ9A 4H65A 4G4PA 2DS9A 4YB7A 3T93B 1OLCA 2B4LA 4LZ7A 1DPEA 2O7IA 3USDA 1UTHB 1N3XA 5F1QA 2F35A 4DXBA 1PDAA 5FHNA 5ICQA 1FW0A 1GGGA 2RKMA 1PB7A 3TCFA 3W9VA 1A8EA 3HSTA 1LSTA 2OCUA 3LR1A 4U4XA 1N04A 4DE8A 2I3VA 4DDDA 1P1WA 5CBRA 4N13A 1VFEA 4LP2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TUSA 1XI6A 1EYJA 4AQ4A 3S9NC 4PAIA 3H6UA 4JWYA 5EQAA 4OTEA 4RJZA 4QHQA 4JDFA 3SEUA 1M5DA 4AS5A 4GBWA 5FHMA 3MJNA 4TLMB 2GFEA 4GLIA 1NV2A 3HPIA 1B1XA 1FTKA 2B65A 1MQHA 4I3YA 1MQGA 2I4BA 1MXZA 2QS3A 3IX1A 4POWA 3PUXE 4NWDA 3KZGA 1VSOA 3D4CA 2O1LA 4N15A 3FVGA 2PCRA 3T22A 1SYIA 3C35A 3OXNA 3HHGA 1FQFA 1NUYA 5I59A 3CVGA 1O7TA 3TZAA 4M1VA 1NMUA 2V3UA 2RF1A 4UACA 3V89B 4BDOA 1SQYA 1WODA 4F1VA 1MXUA 3ZS6A 3MC2A 5CI5A 5A5XA 4IO7A 3Q25A 4JVCA 4OVRA 3U1OA 3H3GA 1KA1A 3KOSA 4MH5A 3TTMA 2W7YA 4OFJA 2FIEA 1P1NA 3RYAA 4G68A 5ITOA 2XA5A 4NX1A 5CMMA 2ZYKA 3KBRA 3C33A 4ZZAA 2Y84A 4RPOA 4OESA 3LSLA 2BJIA 4KI0E 3MZ9A 1LAHE 1B32A 3LSFB 5AA2B 1QUKA 4MNIA 1OLAA 3FBPA 4X9TA 5DW8A 3KJ7A 3T0JA 5FBPA 4YMAA 1B9JA 3OELA 4G8HA 3ONMA 2F78A 5FTHA 3OD7A 3LBSA 4GF8A 4NF4A 1URSA 4Q5TA 4NAPA 1B4HA 1GR2A 4BDQA 3FXRA 1XVYA 3O6HA 3MZBA 4NTLA 4XF5A 1MRPA 2F6GA 2Z8EA 2OX3A 4ZE8A 4H45A 4JSOA 2QRYA 2ZYNA 5FHOA 1PBPA 3C34A 2CEXA 2DYXA 3WAFA 3QIMA 1UTHA 4P0GA 2WYPA 1AIVA 1IMBA 4YB6A 5IKBA 3T9HB 4O3AA 3ILTB 4P0IA 4F31B 1PB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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