4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
3IAZA 3S9NC 4LQ2A 5F7VA 4KYEA 1WVJA 3PMVA 1VE4A 2A5TB 3TZAA 1NMUA 4TQUQ 4Q30B 2OZZA 4U23A 5AA4B 2NXOA 5CM6A 1Y3QA 2PT2A 2V3QA 3HHFA 3RT8A 3RGYA 4UA8A 4R75A 2ZMBA 4ZECA 4MLQA 2I6EA 2LAOA 4DDDA 1FQBA 2BJJX 3T96B 4HW8A 2UVIA 3R6UA 2UYEA 3N94A 5L9SA 1LAFE 1N84A 4WEDA 1JQFA 1RKMA 1GR2A 1D4NA 3FGSA 3LSWA 1LAGE 4KFQA 2XXUA 4I9DA 1N7XA 3IOVA 4ESXA 3MBPA 2DP8A 1MQIA 1EH3A 3DRHA 1SW5A 1YCJA 2O1LA 1PDAA 3OENA 1XOCA 3QSLA 1POY1 2B65A 2V84A 2XX7A 1URSA 3UK4A 4TLLB 4TOZA 3U94A 2V25A 3TTRA 5CMKA 3ONMA 1NNFA 5L9OA 4IO4A 1USYE 4BDOA 1H45A 5IAIA 2O1MA 1XVXA 3GZGA 3HSTA 4ZE8A 1SYHA 3M8UA 2DVZA 4MH5A 1LBBA 4WKMA 3TKDA 2XXQA 1MQJA 1FTJA 3PUWE 3KOTA 3GBBA 2F34A 3Q25A 3N6TA 1AOVA 4PFTA 1ZIUA 4EXKA 4RJZA 4BLAA 4XKPA 4F19A 2F8DA 3IO6A 4ZZAA 3U72A 3K6XA 4BDRA 4KI0E 1OMPA 4NF5A 4NF6A 3PD9A 3BFTA 1Y4CA 4PP0A 2NUVA 3FVOA 2I0BA 3MWBA 4G8NA 4KYSA 3TCFA 4U1OA 4KCCA 4KCDA 3W9VA 3CSBA 4O3BA 4PFUA 3ZKLA 4AB6A 3C31A 3O6HA 5HBCA 2ZYKA 4NTLA 2XD3A 4ZE9A 2QS4A 3A09A 3CFZA 1TT1A 4NF6B 1B7ZA 3EHTA 4ZEBA 4JXIA 2G29A 1SYIA 3PMWA 3V8XB 4OEVA 2FNCA 1QJMA 4OEUA 2RINA 2FYIA 3G3GA 2F35A 3S2VA 1TFAA 4YB7A 4YAHX 2X7QA 2ZYMA 5AA2D 4DLDA 3IJOB 4EQBA 1MXYA 1QUKA 3DRGA 1GGGA 5ICTA 4ZEDA 3VE1B 3ZS6A 3TEPA 3C34A 4ZEIA 3K6UA 4LZ5A 2R71A 4YKJA 3C9HA 4DZ1A 5CI5A 4QFOA 4EQ9A 1P1NA 4F1VA 5BWJA 2Q89A 3OSRA 4YMBA 5M2VA 4AQ4A 4KPTA 1B4HA 2OWTA 4DCYA 2XXPA 3FD3A 1UIUA 1A40A 1JW5A 1USYH 3QYTA 3RUMA 1B3EA 4M1VA 4YICA 1B1HA 1R9QA 2AL4A 4F3SA 5KZTA 1KWHA 1Y1MA 3H7MA 4H8JA 2CZLA 4OERA 2H5YA 1B32A 2RF1A 4ELQA 3N6UA 4DIGA 3FXRA 4R2FA 3CG1A 2ALUA 3VLUA 2DE3A 3Q28A 4QSEA 2O51A 2RC8A 4F2QA 2M8CA 4LA9A 3TUSA 4F1YA 4DXBA 3KZGA 4F31B 1B0HA 1ZBMA 2XXRA 4H5FA 1B5HA 1OVTA 2Q88A 1SBPA 3UORA 3WAEA 1YAEA 1NKXA 4Q5TA 2I3VA 1PBPA 1P99A 2AL5A 5ITPA 1UIVA 1B3FA 4GFRA 1JVXA 4GD5A 3O6PA 4GQOA 1TWYA 2F36A 3PUVE 5AA2B 4RXLA 4PFYA 1LFHA 3K1NA 4JB7A 3DRIA 2R9JA 4KYDA 1FQEA 1LAHE 3FV1A 2H9BA 3ILTB 3VXBA 1A54A 1US4A 3O2AA 3PUXE 2V93A 3RYAA 4R6YA 1TFDA 4ZEKA 4YB6A 3RTWB 4NF8A 1JEVA 3IK6B 2XXIA 1RYOA 4YKIA 4XKQA 3O28A 1PEBA 2ZNUA 3U1OA 3BKIB 4IO5A 3MZ9A 1A55A 4H6DA 4C0RA 3SERA 1B05A 2VGQA 2X7PA 2B3FA 3KGCA 1Z7ME 3DRKA 1BIYA 4DXUA 5AA3A 3EN3A 5BUUA 4H8IA 4P11A 4NF8B 3QIMA 4OQOA 3RLFE 5FHNA 3UN6A 4N07A 1QW0A 3OO9A 3JYRA 1P1WA 4RNSA 3VVFA 2KLFA 2THIA 4F29A 3I6VA 2Z8FA 4ZEFA 3D4CA 4GXAA 3MVWA 4H1XA 3AXFA 4R74A 4FATA 4HCWA 4OESA 1M5EA 3FVKA 4GOTA 2D3IA 5DVFA 3LUYA 2DS9A 3TTKA 1URDA 1FQAA 1MY2A 3KSJA 4IGTA 5L8DA 3CFLA 3PAMA 3TMGA 4GLIA 3O6IA 4NMYA 4I8CA 3SEXA 1MY4A 2F7BA 4N6PA 3HHGA 1DTZA 1XVYA 5A5XB 3C32A 3G3IA 3BFUA 3HN0A 3G7WA 4LQ5A 1B9JA 3G3HA 2DWJA 1OQGA 3PPQA 1GTKA 1US5A 1M5BA 2FA7A 3T9XB 3VLVA 4QF9A 4QHQA 5TPAA 2H99A 1AMFA 3T22A 1BTJA 3DP4A 4R2BA 3PGFA 2CMOA 3TELA 5I2KA 1ZMGA 3SETA 4LATA 1MM6A 3UIFA 4R6KA 3GBAA 1MY1A 2H4IA 2VOZA 2WOLA 1EZPA 5I2KB 1Y1ZA 2DXYA 4OYVA 2Y84A 3IB2A 2DQVA 1MS7A 5I2NA 3KN8A 4F3GA 4IO6A 2D21A 1HSJA 2QRYA 2YLNA 1PB9A 3TTMA 1MPCA 1JVYA 1M5DA 4X1DA 2AIXA 1MXWA 3VV5A 1MXVA 1YTVA 4G8MA 4PE5B 3CSGA 1HSLA 5I84A 3TAJA 1NH7A 3KFMA 1Z7NE 3Q29A 5I2NB 1H43A 3RN8A 4U21A 5DEXB 2B3BA 4Q8RA 4JSOA 2O7UA 2HFBA 3R7XA 3H6VA 1QVSA 4G68C 2I48A 3TPAA 3PPRA 1IXHA 3CIJA 4LONB 4F39A 4O3AA 3KJ7A 1FQDA 2RC7A 1OQHA 5KDTA 3C35A 1SW2A 2ZYNA 5CC2A 5I59A 5H8QA 1IQ7A 1Y9UA 4ONYA 5TU0A 1MDQA 2OBGA 3VDFA 3KG2A 1MM7A 1IUDA 3B6WA 3RY3A 3KJTA 3HO7A 4I62A 1PB8A 4WEPA 5KDTB 3K4UA 4Q0CA 1AIVA 5I59B 5H8QB 1MQHA 3PV0E 3TCHA 4KD5A 1LCFA 2DSFA 4ZZEA 3V5AA 3FJGA 1S7YA 1S9TA 3HCQA 3MZBA 3ZSFA 1VR5A 4H0WA 3MVYA 3OD7A 4BDNA 3RQTA 1JW1A 3KEIA 4ND9A 4FJPA 2GH9A 1SW1A 3N26A 3V83A 2R6GE 2Y7WA 2UVHA 3BBRA 4XTCQ 4H5GA 2ABHA 4P0IA 3TQWA 2P1SA 4FEBA 4H67A 2H98A 4JWYA 1PBQA 3CFXA 2OCUA 3MZ1A 5K2XA 5DTBA 1Y3NA 4KQPA 1Q1KA 1NFTA 5CBSA 1QUJA 2OJTA 2NWJA 3IOUA 2DXRA 2WOKA 1RYXA 3H06B 3K1PA 2QS2A 1B0LA 2RC9A 2I58A 2VP1A 4NWDA 3N5LA 1LCTA 3OEMA 3T9HB 2P0SA 1D9YA 3DELB 4P0GA 1ZKBA 2Q2AA 5CBRA 2NOOA 3PPNA 1NL5A 1H44A 2PVUA 3IB1A 3V89B 1DSNA 1B3LA 4EUOA 1LLSA 1N04A 1O63A 2HZLA 3MP1A 4RPNA 3SEYA 3E13X 3O6GA 2O68A 2DWAA 2UVGA 1SQYA 4U2RA 2UVJA 3Q26A 4EXLA 2RCBA 1B3GA 4EDPA 1A8FA 2HQ0A 4R9GA 3KN7A 4PETA 3EHSA 1PC3A 3QUFA 3OMBA 4PFWA 3THIA 3ECRA 3PPPA 3ILUB 4NWCA 5L9MA 2NVUB 3GXAA 4TLMB 2HAVA 3K1MA 3TQLA 2OWSA 1VFEA 3VXCA 1DTGA 5AA2A 4X48A 2Z23A 4XKRA 5CMBA 4YZZA 5DT6A 2Y7IA 2E1SA 5LOMA 1L5TA 2F7AA 2PBWA 1B58A 3RT6B 4F3BA 4DE8A 3IX1A 1Q35A 2Z22A 4FEDA 2I49A 5H8NA 3IO4A 1J1NA 4OFLA 1P1OA 1ZTYA 2PYYA 3SKPA 1B4ZA 1MQGA 4I1DA 1B46A 1IXCA 1OLCA 4ZS9A 2GHBA 3K00A 2RCAA 3KN3A 2I0CA 5TP9A 4QSCA 3O66A 3KOSA 5H8NB 2V3TA 4JWOA 4PQJA 3JV9A 4QRZA 5AE4A 1IZ1A 4JBZA 3MPKA 4C1UA 4ECFA 4GL8A 2DWIA 1NNPA 1SDXA 1IIWA 5TP9B 1A7LA 2O7IA 4R6HA 4DCXA 1GVCA 3FZVA 1JETA 1OVBA 2PX1A 4MFIA 3M3LA 3OXNA 2Y7KA 5ITOA 3VVDA 2XXVA 2B4LA 4LZ8A 4R73A 1AL3A 2Z8EA 1N0TA 4M4GA 4LZ7A 2O84X 5H8HA 4U1ZA 1EZ9A 3U8QA 1QKBA 3G3FA 1UQWA 1FCKA 5KCJA 3FTOA 4RPOA 3FASA 3CVGA 4X9TA 2HXWA 4RK9A 1R1NA 1UTBA 1XS5A 3CI8A 3H03A 4YU0A 5EYFA 3DP8A 5H8HB 3IL1B 1MQDA 5A5XA 5B7DA 1B5IA 4U4XA 1EU8A 5KCJB 3UP9A 5CMCA 2YPNA 1NNTA 3S9EA 3DRJA 1UTBB 1MH3A 1ZU0A 3FJ7A 5DVIA 1PB7A 3VLWA 1BKAA 4GF8A 1NH8A 2X26A 3GLBA 1POTA 2ONRA 4XIGQ 4FE8A 4F3PA 2VD2A 3T93B 4FECA 4N13A 1XT8A 3S9MC 4G68B 4NE4A 1ANFA 1R9LA 2XX9A 3ODBA 1MXXA 2Q9TA 4FAJA 1BLFA 1LAXA 3L6HA 4U4SA 3TTLA 1SVXB 3H3GA 3TCGA 4HS7A 3U92A 4YB5A 1FW0A 1B7HA 5ISUA 1FQFA 2XD2A 3T9UA 1JEUA 2QPQA 1B52A 1OIBA 4R9FA 3MVZA 1R6ZA 1MY0A 3B6TA 2OK2A 3TYHA 4F22A 1I6AA 1IXIA 3LSFB 4MF3A 4RK2A 3K6WA 4YKKA 4YKPA 4EF1A 4OMBA 1H3DA 3CRBA 1B6HA 4G77A 5DEXA 2QL3A 1O7TA 1QULA 3C4MA 3QAXA 5CMMA 3K6VA 4XKNA 4HCYA 5FHOA 1N7WA 3MPLA 4QFPA 4THIA 4OVJA 3LVUA 2QSXA 3I3VA 3EPEA 1S50A 4GWOA 2I3WA 1SI0A 1YPNA 1GV8A 2A5SA 3P7IA 5FHMA 4F18A 1B2HA 2VD3A 1AH5A 3S4UA 4UACA 4OZ9A 2XXWA 3CHGA 4F2OA 2QMXA 1I69A 5AA1A 4BDMA 3LC8A 4GRKA 4POWA 1JW4A 1I6QA 4L17A 3MAMA 5ELVA 1XHYA 2Z8DA 3U93A 2O69A 1MY3A 2DWHA 4HTGA 3TTNA 1FTMA 1QKAA 1IITA 3A3UA 1H76A 1LB8A 3E3KA 3PPOA 1QUIA 4ISUA 2UXAA 5EHMA 3S9LC 4FORA 3FUZA 4IY6A 4MLVA 2REGA 5DVJA 2WKYA 2WOPA 2QS3A 4NF4A 3RYBA 1VSOA 1DOTA 4EQ7A 4E0WA 5FTIA 4RY1A 4IGRA 1MPDA 3EQ1A 3IOTA 5DYHA 1FTLA 1P1UA 3M3FA 3MC2A 5I57A 2F5XA 2DE4A 3DM0A 3SEUA 3K02A 4O3CA 3LSLA 1LB9A 4NF4B 1TXFA 5ICQA 3MW0A 1SI1A 4XXUA 3OEKA 2D5WA 3SESA 5HM4B 3JZJA 1N3WA 2XXXA 4LP2B 1DMBA 1FQCA 5I57B 3G3JA 3KBRA 3W15C 3VVEA 3K01A 2REJA 1MH4A 4NF5B 3TODA 3MP8A 3PU5A 2IA4A 1ATGA 2Y7RA 3C33A 2GRVA 1B1XA 5FTHA 1M5CA 4YMAA 3O9PA 3OSQA 3RNNA 4RA1A 2XXHA 2Q8JA 1CE2A 2I4BA 3FVNA 3OO8A 2ZXTA 3LR1A 2DYXA 3MVXA 3OELA 4BDLA 3FV2A 2F78A 2XXYA 1II5A 2HZKA 3USDA 1SD3A 3E4RA 2QS1A 1BP5A 3MQ9A 3FXQA 4MBPA 4QSDA 2UYFA 1I6BA 3CR9A 3HPIA 4OTEA 5J1DA 2HAUA 1M5FA 4GVOA 1OLAA 2B4MA 3PMXA 5JK4A 3DLNA 3H6TA 4JWXA 3C36A 5H8FA 4OENA 1EZOA 3Q27A 2ANJA 4OHNA 1Y3PA 3VFJA 1LSTA 3TFLA 4ELPA 3F11A 3OO6A 4F1UA 4H65A 1ZJLA 4RYAA 1VFDA 3IB0A 1Y20A 4ZDMA 2ZNTA 3EF7A 3K0VA 5H8FB 4LVQA 1SW4A 2DE2A 2PT1A 5I56A 1UTHA 3ZKKA 3FVGA 4LUBA 1IEJA 2E0SA 3O97A 3EHUA 4KR5A 3H4ZA 1DPPA 4IO2A 1LBCA 3T66A 2G93A 1MRPA 4POXA 2VHAA 3B6QA 5F1QA 3OOAA 5I56B 1FTKA 1UTHB 3B7DA 1N76A 2AYSA 3IORA 2I4CA 1LFIA 3R26A 4ESWA 3M3KA 3T9VA 3FXUA 5CRYA 3LBSA 3UA8A 3W9WA 2F6GA 1N3XA 2F97A 3FJMA 4X1BA 1F9BA 3DP6A 4ELOA 1ELJA 2GFEA 2HCAA 3TDJA 3RTFB 4QFNA 1B5JA 1FTOA 2V3UA 2F7CA 3FATA 1MXZA 1O64A 3PUZE 4GL0A 4Z7EA 2ZNSA 1LFGA 4JSDA 4NEDA 2W7YA 1XC1A 1B3HA 3PUYE 4G8HA 2GHAA 3E9XA 2P2AA 3SEWA 4QFLA 4IY5A 3K2DA 3WAFA 3I5OA 1A99A 4OFJA 2OLBA 1URGA 4JDFA 4GIZA 2HEUA 4OETA 4IO3A 4G2ZA 2XXTA 1B7UA 5HPQA 3MUQA 3IR1A 2RKMA 4G4PA 2DOJA 1LGBC 2XHDA 2Y7PA 5IKBA 3G3KA 3L6GA 3PD8A 1MPBA 2Q2CA 3IJXB 4GXSB 4WXJA 2ESNA 4BDQA 1NNKA 4G68A 1D3KA 2QJEA 4U22A 5I58A 2IEEA 4KHZE 4K3FA 3UGWA 4E0XA 4FIMA 2ONSA 2H25A 4OFOA 1P1QA 3IOWA 3LSXA 1MDP1 3MJNA 4OXVA 1Y4TA 4DXCA 4OWDA 1T0KA 2PMSA 2F6PA 4C1TA 2DVCA 5I58B 3FIRA 5JEIA 5K2YA 3CG3A 3MP6A 1D9VA 2O6AA 3H6WA 1B51A 1MG1A 3H6UA 2XX8A 4Z0IA 4ELRA 5B70A 3QUJA 5H8SA 5JTYA 1CB6A 3OO7A 3KSXA 3A3CA 2YJPA 4EF2A 4IO7A 3D4GA 2ONKE 4QFKA 3O29A 1JNFA 3DRFA 1IXGA 1DPEA 3RPWA 1MXUA 3QXMA 2A5TA 2QMWA 1HSEA 3SDFA 1A8EA 5JTYB 3SEVA 1WODA 4IB2A 5AA4A 3QK6A 1B40A 2ZYOA 4AB5A 4R72A 5EHSA 3HV1A 1ZLQA 5TPAB 1WDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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