4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
3FXQA 3QYTA 4ZEDA 4EXLA 2F7AA 3DRFA 1SW1A 3S4UA 4AB5A 3KZGA 2I58A 3MP1A 1EZOA 3OSRA 3Q29A 3TUSA 2GHAA 3Q27A 4PE5B 3O66A 5CI5A 4NWCA 4F2OA 4NE4A 3G7WA 4ESWA 1MDP1 2DVCA 1B0HA 3MPLA 3C32A 4X1BA 1PEBA 3ECRA 3I3VA 2XXXA 3IJXB 4BDQA 5FHOA 3O2AA 4H8IA 2V93A 1B5HA 1S9TA 2HCAA 3U93A 1UIUA 1S7YA 3HPIA 4UACA 2P1SA 4KYEA 2BJJX 1M5DA 4R74A 1M5EA 4KR5A 3BBRA 4F31B 1FQAA 5KDTA 5HPQA 1XS5A 4Q30B 5TU0A 1ZTYA 2A5TA 4ZEKA 4BDMA 5I58A 1OVTA 4F1UA 4LONB 1N3WA 2CZLA 3DRJA 5A5XB 5CBSA 4GWOA 1SI1A 3M3LA 4JBZA 1PB9A 5FTIA 1LCFA 3CI8A 3FIRA 3GZGA 3LC8A 3PU5A 4YKJA 3FD3A 1YPNA 3ZSFA 3K2DA 2IA4A 5AA4B 3TQWA 3OXNA 4E0WA 3LR1A 1LBCA 1FQDA 2XXIA 1A55A 2Y7PA 2H5YA 5I56A 4F1YA 1B40A 1LFGA 2YJPA 4Q5TA 5K2XA 4I9DA 5TP9B 2ZYOA 4XKNA 5H8SA 1MRPA 3DELB 2F7CA 3T9UA 5I59B 3PMWA 1I69A 4PQJA 2ZNUA 3IOVA 1B32A 4GF8A 4YB6A 2I48A 3A3UA 1T0KA 5F1QA 4RK9A 3K6XA 1MQJA 2THIA 4ZE9A 2H9BA 1B6HA 5H8HB 1HSJA 4LUBA 4FAJA 1QUJA 1O64A 1F9BA 2UYEA 3HO7A 1Q1KA 3L6HA 2QS4A 3FV1A 1MS7A 3A3CA 2RF1A 4EDPA 3N26A 1VFDA 1RYXA 2O7IA 1JW4A 3RT6B 1Y9UA 2GRVA 1B05A 2XD2A 2F35A 4WEPA 1JVYA 4JB7A 2CMOA 1B2HA 1JQFA 3FXUA 2O1LA 4KI0E 3C4MA 4DXBA 3TCHA 1TXFA 1Y3QA 2O69A 3PUWE 2W7YA 1H44A 1Y4TA 4XKPA 3BKIB 3L6GA 4YKPA 3IOWA 4POXA 2V84A 2XXTA 5A5XA 1IEJA 2IEEA 3TCFA 3KN8A 3K02A 3PUXE 3IAZA 2D21A 2QRYA 1EU8A 1Y1MA 4XIGQ 4Q8RA 4I1DA 1M5FA 5AA4A 2H99A 1A54A 3K1PA 1QUKA 4C1TA 3MW0A 4JSDA 3OO8A 1FTKA 3G3IA 2ONSA 3T66A 3MP6A 4JWYA 1WODA 2YLNA 1MXXA 2E0SA 2AL4A 4ZEBA 4KHZE 1JVXA 3LVUA 5TP9A 4YU0A 3TKDA 3TCGA 4NEDA 3U94A 4DCXA 1B7ZA 4O3CA 1OIBA 3RNNA 5L9SA 2F5XA 3H3GA 3IO6A 5I59A 4IO7A 1NH7A 5DEXA 4O3BA 1QUIA 3MC2A 4LP2B 1I6BA 1OVBA 1XHYA 3VFJA 2WOPA 2FNCA 3Q25A 1NL5A 4MLVA 2Y7KA 3C35A 4OEVA 5AA2D 3VLVA 4JSOA 1WVJA 3K1NA 2GH9A 5H8HA 1OLCA 5TPAB 2ZYMA 3CRBA 1SW5A 4X1DA 5JEIA 4ZS9A 3KFMA 1QKAA 5CMMA 2O7UA 3GLBA 2I3VA 2AL5A 3VV5A 2F36A 3DLNA 4OXVA 1AL3A 2VD2A 3CFLA 2G29A 1L5TA 3ILTB 3T9XB 1MH4A 5FTHA 2Q8JA 3PUYE 3SESA 4G8HA 2NVUB 3W9WA 3MPKA 5EYFA 4YICA 3PV0E 3PMXA 4R73A 3PGFA 3IB1A 2ONKE 3G3GA 2Y7RA 1MXZA 2RCAA 1VSOA 2DXYA 1MM7A 5DTBA 3FJMA 4FE8A 1N0TA 3UIFA 1Z7ME 4TLLB 3UORA 2G93A 2XX8A 1H76A 2DOJA 1RKMA 4N07A 3TMGA 1PBQA 2UVHA 4NF6B 2V3TA 5AA1A 3VLWA 2B65A 1LFHA 4G68B 1UIVA 3ZKLA 4FEBA 2GFEA 2Z22A 1MY3A 1A40A 3LSXA 4F19A 1JNFA 3O6GA 4BDOA 3LSFB 1XC1A 1CB6A 4OFJA 1M5BA 3HHGA 3G3FA 1FW0A 3FVOA 1DSNA 5ICTA 4Z0IA 2XHDA 3M3FA 4RNSA 1NFTA 3T22A 4OTEA 1MPDA 3JYRA 5IAIA 3D4CA 4N6PA 2RKMA 4HCWA 1B3HA 3MZ1A 5TPAA 4U23A 2F7BA 4ELOA 3GBBA 1LLSA 1D3KA 2DVZA 3IO4A 3KN7A 3O9PA 1J1NA 3KGCA 3VE1B 3DP8A 5KZTA 4U2RA 3SEVA 2ZYKA 3AXFA 3MAMA 3VXCA 4OEUA 2DXRA 1USYH 4FATA 1PB8A 3P7IA 4IO5A 5H8FB 3IK6B 3HN0A 4G8NA 1USYE 4GL0A 1QKBA 5I57A 3FVNA 2R6GE 2HZKA 2PYYA 2X26A 3N5LA 2ZNSA 3KG2A 2VHAA 1UQWA 2OK2A 1Y20A 3K01A 3FJ7A 1UTHB 4NF8B 4AB6A 3FTOA 2DWAA 4G77A 4G68C 1UTBB 1MQDA 4HTGA 2E1SA 5AA3A 2Q9TA 3PUVE 1WDNA 2DSFA 4R6YA 1BTJA 1NNKA 4RJZA 4FEDA 4F22A 1R1NA 4G68A 4F29A 5DT6A 2OCUA 4IGRA 1MY0A 2I49A 2XXWA 3OSQA 4ZEFA 4GXAA 1A99A 4FECA 5CMCA 4GXSB 3H06B 1MXUA 1B3LA 2X7PA 2UVIA 3OO6A 4DXCA 1NNPA 4ONYA 1JW5A 4DZ1A 4GLIA 1B51A 3OEMA 4POWA 2DE4A 1POTA 2HXWA 4GIZA 4LZ7A 5CC2A 5L9MA 4YMBA 3MP8A 3O6PA 4H5FA 1FTOA 4TQUQ 2I4BA 3S2VA 3TQLA 2Q2AA 1CE2A 3KEIA 3A09A 3E9XA 2KLFA 1DMBA 3W9VA 5M2VA 4Z7EA 2UVJA 2V25A 3DRGA 4IO4A 1GTKA 3O6IA 1EZPA 3QXMA 4WKMA 2OWTA 1MQGA 3H03A 4IO6A 5H8QB 3HSTA 3WAEA 3QAXA 3RUMA 2AIXA 3TDJA 3UP9A 3Q26A 4RPOA 1B3EA 4U4SA 4ELQA 2QS1A 3MJNA 1LSTA 2OZZA 1BIYA 1P1QA 4U22A 3CG3A 3MUQA 1UTHA 1JEVA 1IXGA 1SBPA 2VGQA 3JV9A 4NF8A 4YKKA 2UXAA 4BDNA 3UN6A 3OO7A 1AH5A 3CHGA 3QK6A 3B7DA 3C33A 2NOOA 3EN3A 2HQ0A 5CRYA 4P11A 1FQBA 2Y7IA 3K0VA 5DVFA 2V3UA 4XXUA 1R9LA 5AE4A 4OFOA 2I4CA 3UA8A 3OOAA 4EQ9A 3MQ9A 1QULA 3PD8A 3VVDA 4I62A 4OVJA 2I0BA 2QMXA 1NNFA 4GD5A 1TFAA 2Y7WA 1OQHA 1IXHA 4R9FA 5IKBA 2FA7A 1QVSA 1YAEA 2XXYA 2F6PA 3TZAA 4QFKA 1ELJA 1OQGA 3TTKA 3I5OA 2VP1A 3LSWA 4OZ9A 1B4ZA 3RYBA 1B5IA 4XKRA 3U1OA 2VOZA 1ATGA 3ZKKA 4QFNA 4ELRA 2QS2A 3W15C 3FATA 3TTRA 1FQEA 1BP5A 1PB7A 2XXRA 4NF5B 2DWIA 3V5AA 3H6VA 4F3GA 4IY6A 1DTZA 3OENA 4LA9A 1NMUA 4NTLA 4YB5A 1AMFA 2NUVA 5H8QA 1VR5A 1XOCA 4LQ2A 4F1VA 1MPCA 3IORA 4PFUA 5I84A 2ESNA 4PP0A 4C0RA 1PBPA 3SEXA 3TFLA 3RTWB 2PT1A 1JEUA 1SI0A 3KSXA 3RY3A 4F3BA 3T9HB 1B4HA 2AYSA 1I6QA 3Q28A 2XX9A 3EPEA 3TEPA 4DCYA 2QS3A 1FQFA 4EQBA 3RN8A 1URGA 3FGSA 4R9GA 3C34A 1VFEA 3HHFA 4R6KA 3PPQA 3KJTA 4ZEIA 3PPPA 1US4A 2H25A 1B3FA 4HW8A 3GXAA 1II5A 5L8DA 1Y4CA 4OESA 3EHTA 3MVXA 4DXUA 4G8MA 4G4PA 3RTFB 3SERA 1OMPA 2QPQA 2QJEA 5BWJA 3VXBA 4F18A 4ZZEA 3FZVA 1N7XA 1H43A 4QF9A 3ILUB 1BKAA 1N7WA 2DE3A 1SDXA 1PDAA 2DE2A 2PT2A 1BLFA 3RLFE 2ONRA 4ZZAA 3RQTA 4MBPA 2LAOA 1MY2A 4X48A 4GFRA 1D9YA 1P1OA 4C1UA 4MFIA 4HS7A 2P0SA 2V3QA 2ABHA 5CBRA 4R75A 3PMVA 4GQOA 1PC3A 4NF5A 1DTGA 3S9MC 4GRKA 2QSXA 1B52A 4GOTA 1XVYA 1Y3PA 4Q0CA 3RPWA 3B6TA 4BDLA 2H98A 5KDTB 4OFLA 4NMYA 5H8NB 1SYIA 2XX7A 3N6UA 3K1MA 3BFTA 3C31A 1SW4A 4JXIA 3H6UA 5B70A 3IR1A 5EHSA 5BUUA 3LBSA 2PMSA 1HSLA 1DOTA 3M8UA 1AOVA 1TWYA 3SDFA 2DWJA 5ICQA 3DM0A 3MWBA 4YMAA 4IO3A 1MXYA 1IITA 3TELA 2ZNTA 4OETA 1US5A 3MZBA 1IIWA 3CVGA 2B4MA 4QFLA 4H6DA 4YZZA 1B5JA 4OERA 4QSDA 4ZDMA 3O29A 2F97A 5HM4B 2PBWA 1P1UA 4R2BA 4EF2A 2RC7A 4PFWA 3FUZA 3QUFA 3IOUA 4KCCA 3PPNA 4H65A 1MQIA 4OWDA 4PFTA 2RINA 3T9VA 4LZ5A 4MLQA 3WAFA 2O84X 3MBPA 3TYHA 3O28A 2I6EA 3SKPA 4RA1A 2Y84A 3E3KA 3K6VA 4TLMB 1HSEA 4KQPA 2D5WA 3KOTA 4K3FA 3CG1A 2QL3A 4FORA 1GVCA 1NKXA 4KPTA 3SETA 3N6TA 1KWHA 3FASA 4ZE8A 1XVXA 5ELVA 4RK2A 3TTLA 3LUYA 4YKIA 3DRKA 3E13X 2RCBA 1MXVA 5J1DA 1D9VA 1LB8A 4ISUA 4ZECA 2Q89A 1LAXA 2ANJA 4XKQA 5F7VA 4NF6A 4G2ZA 3HCQA 4QRZA 4EQ7A 5ITPA 4KYDA 2WKYA 5CMKA 1IUDA 3FXRA 1LB9A 2UVGA 1P1NA 4RPNA 2GHBA 3TPAA 1OLAA 1IXCA 4U1ZA 5I2NB 1MM6A 3V89B 3H6WA 3ONMA 5B7DA 3S9EA 4PFYA 2DP8A 2Z8FA 3OEKA 1YCJA 3RYAA 4RY1A 3THIA 5JTYB 2PVUA 2RC8A 2F34A 3CIJA 3DRHA 3M3KA 2PX1A 5H8NA 4RYAA 3MZ9A 4XTCQ 3VDFA 1B46A 4BLAA 4P0GA 1Y3NA 4DLDA 1Z7NE 3VLUA 1FTJA 5I2KB 4KCDA 3DP4A 2DS9A 3UK4A 5ISUA 1A7LA 1YTVA 1IXIA 1MY1A 5LOMA 2R9JA 2O51A 3TTMA 2F78A 4O3AA 1LGBC 2RC9A 1TFDA 3EF7A 1R9QA 1A8FA 5DVJA 2HZLA 3R7XA 4EF1A 5FHMA 3QSLA 1URDA 3RT8A 4GL8A 4LQ5A 2Z23A 2DQVA 4EUOA 5CM6A 2F6GA 2B3FA 2UYFA 5H8FA 3H7MA 1B7HA 4R72A 2D3IA 3CSGA 4OENA 1GGGA 4NF4B 2HAVA 4JWOA 3IX1A 3SEYA 3R26A 4JDFA 3KOSA 5KCJB 1MQHA 5K2YA 1N84A 3G3KA 1QJMA 4DIGA 5DEXB 2B4LA 2ALUA 1EH3A 4WXJA 2WOKA 1LCTA 1MY4A 1O7TA 3G3HA 4QFPA 4R2FA 2WOLA 3T96B 2R71A 3BFUA 3F11A 4NWDA 4OYVA 3CR9A 1M5CA 1LFIA 2XXPA 1ZKBA 3G3JA 1LBBA 2HAUA 1S50A 4JWXA 1UTBA 4QFOA 1B1XA 3IL1B 2YPNA 1B9JA 3ODBA 1VE4A 3VVEA 3CFXA 1P1WA 4LVQA 3U8QA 1MG1A 2HEUA 3B6WA 4DE8A 3TTNA 1SD3A 3H4ZA 3EQ1A 3FVGA 3OO9A 4F39A 5I2NA 3HV1A 2Z8EA 1I6AA 4DDDA 1NH8A 1EZ9A 1B3GA 3U92A 2VD3A 3LSLA 5JTYA 1B58A 3K00A 5HBCA 1JW1A 3SEWA 5JK4A 1Q35A 2I3WA 3CSBA 1RYOA 3PUZE 1B1HA 3FVKA 3O97A 4IY5A 4OMBA 2P2AA 1GV8A 3TODA 5I2KA 3RGYA 1R6ZA 3S9NC 4F3SA 3IB2A 4E0XA 1H45A 1N04A 4IO2A 3V8XB 4ELPA 4M1VA 1ZMGA 2XXHA 2Q88A 4IGTA 4H5GA 3IB0A 1FQCA 3I6VA 2O1MA 3KN3A 4QSCA 3UGWA 4H8JA 1MXWA 2HFBA 4RXLA 3R6UA 1B7UA 1FCKA 4KYSA 4EXKA 2X7QA 3TAJA 4NF4A 3FJGA 4U4XA 4N13A 4QSEA 5KCJA 5FHNA 2O68A 2DYXA 4MH5A 5L9OA 4TOZA 1D4NA 2A5SA 1ZBMA 3USDA 3EHSA 1SW2A 4F2QA 3QIMA 1SQYA 3N94A 1FTLA 1ZJLA 5DYHA 2OLBA 1QW0A 3S9LC 1TT1A 5DVIA 3FV2A 2Z8DA 2B3BA 3ZS6A 4H67A 4YAHX 3VVFA 3O6HA 5CMBA 2DWHA 3JZJA 3DRIA 2ZMBA 2ZYNA 1ANFA 1LAFE 2QMWA 2Q2CA 4R6HA 5AA2B 3MVWA 1GR2A 3KBRA 4H0WA 1SVXB 1P99A 1AIVA 2XXVA 3IOTA 2XD3A 1O63A 2H4IA 2OBGA 1ZU0A 4U1OA 2F8DA 4OHNA 3B6QA 3K6WA 3U72A 1LAGE 1POY1 4QHQA 1JETA 1ZLQA 1ZIUA 1DPPA 5I57B 3IJOB 3E4RA 2XXUA 2FYIA 3T93B 4THIA 2OJTA 4ESXA 3OMBA 3OD7A 2ZXTA 2REJA 4LATA 4F3PA 1A8EA 5ITOA 1Y1ZA 4P0IA 3V83A 1B0LA 1LAHE 1FTMA 1XT8A 1IZ1A 4FJPA 4ECFA 4UA8A 3MVYA 1NNTA 4M4GA 4L17A 4PETA 3MVZA 4ND9A 3PAMA 1SYHA 3C9HA 1MDQA 4FIMA 1H3DA 4LZ8A 4AQ4A 4BDRA 2A5TB 4IB2A 4U21A 2OWSA 3KSJA 5I58B 1MH3A 3C36A 2NXOA 3K6UA 2NWJA 4H1XA 1N3XA 3QUJA 4HCYA 4WEDA 2O6AA 3PPOA 4GVOA 1MPBA 3DP6A 3PPRA 1URSA 3GBAA 3K4UA 1N76A 2M8CA 4I8CA 3OELA 1DPEA 4X9TA 2REGA 5I56B 4MF3A 4YB7A 1IQ7A 3PD9A 4KFQA 5AA2A 3H6TA 3EHUA 3D4GA 4KD5A 5EHMA 3SEUA 3KJ7A 2XXQA 3CFZA 2I0CA 4OQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FXQA 3QYTA 4ZEDA 4EXLA 4HXVA 1IMDA 2F7AA 3DRFA 5A5LA 1SW1A 3S4UA 4AB5A 3KZGA 1NUYA 1KA0A 2I58A 3MP1A 1EZOA 3OSRA 3Q29A 3TUSA 2GHAA 3Q27A 4PE5B 3O66A 5CI5A 4NWCA 4F2OA 4NE4A 3G7WA 4ESWA 1MDP1 2DVCA 2XXKA 1B0HA 3MPLA 3U65A 3C32A 4X1BA 1PEBA 1EYKA 3ECRA 3I3VA 4GWSA 2XXXA 3IJXB 4BDQA 5FHOA 1YYZA 3O2AA 4MJOA 4H8IA 2V93A 1B5HA 1S9TA 2HCAA 3U93A 2P3VA 1UIUA 1S7YA 3HPIA 4UACA 2P1SA 4KYEA 2BJJX 1M5DA 3FBPA 4R74A 1M5EA 4N6KA 4KR5A 2XWKA 3BBRA 3KC0A 4F31B 1FQAA 5KDTA 5HPQA 1XS5A 4Q30B 4GX6A 4LN5A 5TU0A 1ZTYA 2A5TA 4ZEKA 4BDMA 5I58A 1JP4A 1OVTA 4F1UA 4LONB 1N3WA 2CZLA 3DRJA 4P9KA 5A5XB 5CBSA 5EQ9A 4GWOA 1SI1A 3M3LA 4JBZA 5F24A 4GWYA 4PDHA 1PB9A 5FTIA 1LCFA 3CI8A 3GYYA 3FIRA 3GZGA 3LC8A 3PU5A 4AS4A 4YKJA 3FD3A 1FPJA 1YPNA 3ZSFA 3K2DA 2IA4A 5AA4B 3TQWA 4GWUA 2ZZWA 1YXIA 3OXNA 4E0WA 3LR1A 1NUWA 1LBCA 1FQDA 2XXIA 1A55A 3MSTA 2VT5A 2Y7PA 2H5YA 5I56A 4F1YA 2QVRA 1B40A 1LFGA 2YJPA 3IFAA 4Q5TA 1NV3A 5K2XA 4I9DA 5TP9B 2ZYOA 4XKNA 1IMFA 5H8SA 1MRPA 3DELB 2F7CA 3T9UA 3E79A 5I59B 3PMWA 3RYDA 1I69A 4PQJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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