4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
3H4ZA 3O9PA 1CE2A 4C1UA 4GWOA 4KCDA 4LZ7A 4EQ7A 1PB7A 2Z8FA 4DCXA 2Q2AA 3PUWE 3TTRA 5TU0A 5AA2D 1R6ZA 3R26A 1MDQA 3QK6A 2ABHA 2GH9A 3TAJA 1MY0A 1QUKA 2XXYA 3U72A 4BDLA 1H3DA 3IOUA 1R9QA 2PMSA 4YMAA 3EQ1A 4XKPA 5CBSA 1M5DA 4IB2A 3IJXB 2XX8A 5I2NA 1R9LA 1S7YA 3EHSA 5DT6A 2ZYOA 1FQFA 2HZLA 3O29A 3HHGA 4F3GA 3H06B 4G8MA 4DDDA 1ZBMA 5ICTA 3N5LA 1POY1 1WVJA 4OWDA 4NF5B 4WEDA 3MP6A 3G3HA 3ODBA 1Z7NE 3TEPA 3DRJA 1SQYA 2I0CA 2O1MA 1M5EA 2I49A 1DMBA 2XXPA 1S50A 1MH4A 3RTFB 2F8DA 4EXLA 4E0XA 3LVUA 1FTMA 3TTLA 1LAFE 1LLSA 1FQDA 3IO4A 4KPTA 1A54A 4JBZA 3Q29A 3K6UA 2VD2A 4WKMA 4KFQA 2B3FA 2H25A 1OVTA 1MPDA 5TPAA 4X9TA 1MPBA 5JTYB 5I57B 5IKBA 3I3VA 2XHDA 2XX9A 2H98A 4K3FA 2FNCA 3OD7A 3GBBA 4X48A 1Y1ZA 5H8HB 1MXXA 5KZTA 4OERA 1YTVA 3VVEA 5ISUA 4U1OA 3MJNA 3H6TA 4EDPA 2DSFA 5L8DA 1PBPA 1NL5A 3V89B 2XXVA 3B6TA 4O3BA 1OMPA 2QMWA 1EZPA 5AA2A 4G8NA 1NKXA 4NEDA 4YAHX 3V83A 3MZBA 5I2KA 3RUMA 4LP2B 4XKQA 3SEUA 3U1OA 1QUJA 1B5IA 3PU5A 2XXXA 1SW1A 3KGCA 2UYEA 1JQFA 1XHYA 1GR2A 1VR5A 2I3WA 4OTEA 3TTNA 1ZLQA 2QS3A 4ND9A 4N07A 2GHAA 4YU0A 4RYAA 3MW0A 4F39A 5HM4B 2DOJA 3P7IA 4JXIA 3TCGA 1A7LA 2HAVA 2THIA 3FIRA 4NE4A 5DYHA 2AYSA 3V8XB 3KBRA 4ZEKA 2XXRA 2O7IA 1P1WA 3KN3A 4UACA 3TQLA 1VFDA 5EHMA 4DLDA 1FTOA 4R74A 4OFJA 2CZLA 2O6AA 4H5GA 1O64A 3H3GA 1II5A 1WDNA 3L6HA 1DTGA 5IAIA 5AA1A 1OVBA 1SD3A 2G29A 1WODA 1MQDA 2Q9TA 2RINA 3TODA 3O97A 3K1NA 1LGBC 2ZYNA 4NF8B 2D3IA 1SVXB 1AMFA 1B0LA 2RC7A 2I48A 2DXRA 3DRFA 3BFTA 1MQHA 4DXBA 2I4BA 2REJA 3HCQA 4IO2A 2QS4A 3E3KA 5H8FB 3RPWA 3T9XB 2IA4A 4F22A 1A8FA 2O51A 3S4UA 2DVZA 5FHOA 3TMGA 1XOCA 3IR1A 3TTKA 1JVXA 3CR9A 5DTBA 4G68C 4WEPA 3VVDA 2V84A 3M3LA 1B3GA 3CSBA 3CG3A 4NF4B 4R2BA 4YKKA 3CVGA 2QS1A 3PUVE 2GFEA 3H03A 2DYXA 3FUZA 4LVQA 3USDA 3UP9A 1UTHB 2D21A 3MPLA 2Z8EA 2V3TA 1YCJA 5EYFA 2HFBA 5DVFA 4POXA 1GTKA 2OK2A 4F29A 4E0WA 4QFNA 3G3GA 4IGTA 2XD2A 3PPOA 4I9DA 5I58B 4OENA 3R7XA 3QXMA 3U94A 2OLBA 2CMOA 1OIBA 5F7VA 4GLIA 3UA8A 5A5XB 3CHGA 1N84A 2XXHA 1RYXA 1BIYA 3KJTA 3PAMA 5FHNA 1FTJA 1JW1A 1ZMGA 4YMBA 3OEKA 2NOOA 1EU8A 4JWYA 1B3HA 1F9BA 3IO6A 3VDFA 1XVYA 4Z0IA 3KFMA 3K01A 1N7WA 3RT6B 2Q2CA 4EUOA 3TKDA 3TPAA 4ZE8A 2YPNA 3PUYE 1B05A 3PPPA 4GIZA 3DRIA 3K6XA 1M5BA 3DM0A 1T0KA 3FXUA 2P2AA 5KCJB 3FV1A 1IXCA 4KYEA 3RNNA 3QAXA 4ECFA 1MQIA 2Q8JA 4O3CA 3TYHA 3C34A 3I6VA 1MXYA 4MLVA 2GHBA 4LZ5A 2ESNA 2ALUA 1POTA 2YLNA 2H4IA 3QUJA 4P0GA 3G7WA 3TCFA 2I58A 2O84X 4GL8A 3LUYA 4M1VA 3T9UA 5I59A 4AB6A 1B1XA 2DWJA 4X1BA 2O68A 3OO9A 4U4SA 2Y7PA 3CRBA 1QULA 1BTJA 1MXVA 2RKMA 3A09A 3W9VA 1B3EA 1B1HA 2VD3A 2WOPA 2WOLA 3PGFA 2NWJA 3I5OA 5JEIA 4F2OA 1NH7A 3OMBA 3IAZA 5CC2A 4H1XA 5ICQA 3BKIB 3MAMA 3S9MC 3V5AA 3MVZA 3IL1B 2UVGA 1IIWA 2RCBA 3MPKA 3VLVA 3PPQA 1SW2A 4R9GA 4OYVA 3GZGA 5ELVA 1SW4A 3H6WA 1JW4A 1Y3PA 4BDMA 3MZ9A 4F1YA 1HSJA 4RNSA 1LAGE 4NF5A 1TFAA 1MXWA 5KDTB 2QMXA 1GVCA 4U22A 1D9VA 3TZAA 4KHZE 4FATA 4XKNA 4NF6B 4OZ9A 3G3JA 4GRKA 1LFIA 2WKYA 1DPPA 4JSOA 1H76A 5DVIA 3VE1B 3SEVA 4F19A 4PETA 3T9VA 5I84A 2F5XA 4F1VA 2E1SA 2PVUA 3ONMA 1Y3NA 5DEXB 4PQJA 5ITPA 4IY6A 4P11A 1B7HA 3FJ7A 2VOZA 1B32A 5JTYA 2F7BA 5I57A 1QKBA 4LZ8A 2OJTA 1N7XA 1EZOA 2AIXA 2ANJA 4KQPA 3JYRA 1D4NA 1AIVA 1SI0A 3OELA 4U2RA 2Y7KA 3OEMA 2HXWA 1A55A 1BLFA 5I2NB 1URDA 4POWA 4QFOA 3UGWA 1B7UA 1ZJLA 2RF1A 2ZNSA 4UA8A 3RQTA 4R9FA 1US4A 4WXJA 3OXNA 2UVIA 4YKIA 1JNFA 2YJPA 4BDNA 4RPOA 4IO3A 3UIFA 2QJEA 4FJPA 2HZKA 4JWXA 2VGQA 4H5FA 4ELQA 4KYSA 4I8CA 4BDRA 1O63A 3S9EA 2G93A 2V3QA 2XXUA 4MH5A 3O6PA 1P99A 1H44A 3RLFE 1B51A 2V93A 4YB5A 2XXIA 2DE3A 5AA4B 3C31A 4C1TA 1QKAA 3KSJA 5TP9A 3OO6A 2PT1A 1PB9A 2PT2A 4DXUA 2E0SA 3MQ9A 1MM6A 1FTLA 3ZKLA 1MDP1 3FGSA 2ZMBA 2DQVA 4JWOA 4PFTA 1I6BA 3VXCA 2F7CA 4KYDA 1Y4CA 3SETA 4BDQA 1Y3QA 2Z8DA 3IK6B 5H8NB 3KN7A 2BJJX 1MQGA 3HHFA 5LOMA 3KJ7A 3GBAA 4PP0A 3SEWA 5B70A 4RA1A 4U21A 2DP8A 4FECA 4NWDA 4OFLA 1LAHE 1BKAA 3U92A 1FW0A 4HCWA 3T96B 3VXBA 3OO8A 2HEUA 1Q35A 3VFJA 2R9JA 4QF9A 4C0RA 1N76A 2A5TA 1QVSA 3G3IA 4NF8A 1FTKA 3A3CA 1RYOA 1ANFA 4ZZAA 5CI5A 3D4GA 2DWAA 1IITA 1TWYA 5I2KB 3O6IA 2Z22A 2Z23A 1XT8A 3DP8A 3LSFB 3MUQA 2I4CA 5H8FA 3WAEA 2B4MA 1MG1A 3THIA 4M4GA 2ONKE 1SYIA 3T93B 4RXLA 3MC2A 1VSOA 2XXQA 4ZE9A 3E13X 4H6DA 1FQEA 1LBBA 3H6UA 2WOKA 4I1DA 1B4HA 1RKMA 1NNPA 1B4ZA 4N6PA 4OEVA 3RY3A 1GV8A 4NF4A 3PPRA 2NXOA 4YKPA 2F36A 4FAJA 1MS7A 4G77A 3IOWA 5CMKA 3M3KA 3U8QA 1MH3A 1NNFA 3S2VA 3FJMA 4H8IA 1UQWA 3AXFA 1ZIUA 1PB8A 3C32A 5JK4A 4HTGA 3N6UA 4R72A 3ILUB 2LAOA 1SDXA 5HPQA 3IX1A 4XKRA 3SEXA 3MVXA 1AL3A 1B7ZA 3PMXA 4OETA 1ZTYA 4I62A 4F3BA 1NH8A 4YICA 1ATGA 3PD8A 1IXIA 2F78A 4DIGA 5HBCA 3W9WA 4ZECA 2ZYKA 2DS9A 4EF1A 5EHSA 2Y7WA 1MY1A 3KN8A 1B5JA 4MBPA 5I56B 5BUUA 3QYTA 3KOSA 1MXUA 3O6GA 3Q25A 3CI8A 5K2XA 1N0TA 2V25A 1OLAA 4H8JA 1URSA 3HSTA 2ONRA 1EH3A 4GXSB 1H43A 1FCKA 4ZEBA 1UTBA 5KCJA 1AH5A 3ZSFA 2DWIA 1JW5A 5F1QA 3EPEA 1CB6A 2HCAA 1B2HA 1TFDA 1I69A 3D4CA 1M5CA 4RJZA 3M8UA 4G68B 1MPCA 3GLBA 2AL4A 4LQ5A 2ZXTA 1R1NA 3K4UA 2R6GE 4DZ1A 1HSEA 1LBCA 1MRPA 1PC3A 3EHTA 2NUVA 3K02A 3T9HB 4JSDA 3SERA 2Y84A 1JVYA 1I6AA 2I6EA 3OOAA 1LAXA 3E9XA 4DCYA 2XX7A 3QSLA 4NWCA 1P1UA 3TDJA 4ZDMA 5H8QA 3C35A 3RGYA 2A5SA 1XC1A 3O66A 2P1SA 3H6VA 4ZEFA 3T22A 2OWSA 3TCHA 1A8EA 3C9HA 4LONB 3UORA 4YB6A 4IGRA 2W7YA 4LUBA 3HO7A 1MQJA 4EF2A 3EHUA 3C36A 3FATA 3LSLA 1PEBA 1KWHA 3IB0A 4G4PA 4OMBA 3SKPA 2O7UA 5DVJA 2UYFA 5KDTA 4RK2A 4ZEDA 1NNKA 4Q5TA 1N3XA 3PUZE 3EN3A 3SDFA 1B3LA 4PFUA 1MY3A 3CG1A 3R6UA 3K1MA 3SESA 3FTOA 5H8SA 1TT1A 3C33A 4TLLB 2REGA 3FV2A 5I59B 4OEUA 1OQHA 3L6GA 3G3FA 3OSQA 4PFYA 5AA3A 3MZ1A 1YAEA 3B6QA 3JV9A 4IO6A 3FVKA 3VVFA 2HAUA 5DEXA 2VHAA 2XXTA 5L9MA 2Y7RA 4GQOA 5CMBA 3U93A 3CFLA 2X26A 1P1OA 3Q27A 1B46A 3KOTA 4U4XA 3W15C 2ZYMA 4QFPA 3F11A 1QJMA 2I3VA 2OBGA 4MLQA 3BBRA 1MXZA 3G3KA 1B9JA 1OLCA 4RK9A 1PBQA 2I0BA 3OENA 2FA7A 2O69A 2ONSA 4DXCA 2PX1A 3RTWB 4MFIA 1M5FA 5CBRA 3O2AA 3OO7A 5CMCA 4LATA 1AOVA 4NMYA 3DRGA 1O7TA 1VFEA 4R75A 4THIA 1NNTA 3K0VA 2F35A 3N94A 5H8HA 4ISUA 4OHNA 4YB7A 3CFZA 4ESXA 3IB1A 3VLWA 3MVYA 4Q30B 3RYBA 1LCFA 2F6GA 4ZZEA 1XS5A 5AA4A 3S9LC 1FQBA 2H5YA 4P0IA 1Z7ME 4N13A 1SBPA 3KEIA 2V3UA 1UIUA 4F3PA 1IZ1A 4R6KA 2F34A 5FTIA 4XIGQ 1ZKBA 1N3WA 1HSLA 3MP8A 4F31B 3IORA 3M3FA 1A40A 3ILTB 2PYYA 4ZEIA 4Q8RA 2XD3A 5J1DA 2DVCA 5H8NA 4NTLA 1LB9A 2Q89A 3RYAA 1XVXA 4RY1A 4R6YA 1I6QA 1USYE 4FEDA 4KD5A 3PV0E 5ITOA 4EXKA 2RCAA 1DPEA 4XXUA 3ECRA 4H0WA 3IB2A 4OVJA 5TPAB 1Y1MA 2GRVA 1BP5A 2F97A 1MY4A 1LSTA 1SW5A 3PMVA 4ELPA 4QSDA 1Y9UA 3IOVA 1MM7A 2QRYA 3BFUA 4ELRA 2NVUB 2DXYA 1B58A 2R71A 2B65A 1VE4A 4XTCQ 4KI0E 4IY5A 3HPIA 4GD5A 2XXWA 1JEVA 3B7DA 3H7MA 1PDAA 3PMWA 5TP9B 3K00A 2DWHA 3TFLA 2O1LA 1MY2A 1N04A 3CIJA 3PUXE 2DE4A 4ZS9A 3FVGA 2AL5A 5B7DA 3MVWA 4DE8A 5AA2B 4GVOA 4QRZA 2X7QA 3VV5A 3IOTA 3TELA 3C4MA 1YPNA 4QFLA 3K2DA 2B3BA 2M8CA 3LR1A 4QHQA 4EQBA 4HW8A 1SYHA 2IEEA 2P0SA 3DRHA 3HN0A 4OFOA 3TQWA 1D9YA 5BWJA 1GGGA 4FORA 3JZJA 2F6PA 2H9BA 2FYIA 4GL0A 4GXAA 4U23A 1UIVA 1FQCA 1NMUA 1QUIA 3IJOB 2X7PA 3DLNA 1B3FA 4ONYA 4H67A 2VP1A 2Q88A 4JDFA 4Z7EA 4HS7A 3MWBA 2QSXA 4IO4A 4O3AA 4AQ4A 3PD9A 2F7AA 3DP6A 1LB8A 2A5TB 3E4RA 1P1QA 1B40A 3SEYA 1UTHA 5FTHA 4ESWA 1IXGA 1USYH 4PE5B 1JETA 4RPNA 3LC8A 2UXAA 3QUFA 5I58A 3O28A 2OZZA 4U1ZA 3CFXA 3LSWA 1DTZA 3GXAA 3VLUA 4GF8A 5I56A 3LSXA 2H99A 3FVNA 5L9OA 5L9SA 3FXQA 3FXRA 5A5XA 1B6HA 4LA9A 1IEJA 1B0HA 3PPNA 4H65A 4OXVA 1B5HA 4X1DA 1LCTA 3QIMA 4QSEA 4F3SA 1DSNA 3LBSA 2D5WA 4TQUQ 3ZKKA 1A99A 1SI1A 4FEBA 3K1PA 4YZZA 3UN6A 4G68A 1OQGA 4QFKA 1B52A 3TTMA 3B6WA 4F2QA 3ZS6A 3CSGA 4LQ2A 4KCCA 2DE2A 4OESA 4F1UA 4TOZA 2PBWA 4Q0CA 4GOTA 3RN8A 2OCUA 1ZU0A 1LFHA 4MF3A 3K6WA 4IO5A 3KSXA 5CRYA 2UVJA 3KG2A 3OSRA 4TLMB 4BDOA 4PFWA 1FQAA 3DP4A 4YKJA 3N6TA 3T66A 4L17A 1ELJA 4G2ZA 2OWTA 3FZVA 3A3UA 4HCYA 5M2VA 1H45A 3FASA 5K2YA 3FJGA 3TUSA 4OQOA 5FHMA 2UVHA 1Y20A 3EF7A 4GFRA 3RT8A 4FIMA 1URGA 1Q1KA 1EZ9A 4R6HA 4G8HA 1S9TA 1D3KA 1UTBB 1DOTA 2QPQA 3HV1A 5CMMA 5AE4A 1Y4TA 4FE8A 3KZGA 1TXFA 3N26A 1QW0A 2KLFA 2RC8A 4QSCA 3K6VA 1IUDA 2QL3A 2ZNUA 3Q26A 1US5A 3WAFA 2ZNTA 4R2FA 1IQ7A 4IO7A 4R73A 3FD3A 1IXHA 2Y7IA 1J1NA 3Q28A 4F18A 2B4LA 1NFTA 2QS2A 3FVOA 1L5TA 2HQ0A 1JEUA 4ELOA 3S9NC 4AB5A 4EQ9A 3O6HA 3DRKA 1LFGA 4BLAA 4JB7A 3DELB 4KR5A 3UK4A 5CM6A 4NF6A 2RC9A 5H8QB 3MBPA 1P1NA 3MP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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