2PYYA

Crystal structure of the glur0 ligand-binding core from nostoc punctiforme in complex with (l)-glutamate
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
212
Chain Sequence
PLLVATRVIPPFVLSNLSGFSIDLWRSIATQIGIESKLIEYSSVPELISAIKDNKVNLGIAAISITAEREQNFDFSLPIFASGLQIMVRNGDIRSIDDLPGKVVATTAGSTAATYLREHHISVLEVPKIEEAYKALQTKKADAVVFDAPVLLFYAANEGKGKVEIVGSILREESYGIILPNNSPYRKPINQALLNLKENGTYQSLYDKWFDP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Ionotropic glutamate receptor bacterial homologue
publication title Crystal structure of the GluR0 ligand-binding core from Nostoc punctiforme in complex with L-glutamate: structural dissection of the ligand interaction and subunit interface.
pubmed doi rcsb
source organism Nostoc punctiforme
total genus 65
structure length 212
sequence length 220
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA02
4IO5A 3G3GA 2DWIA 1P1NA 3MZBA 3IL1B 1USYH 4JWXA 3H4ZA 1BKAA 3V5AA 1NL5A 1R9QA 2IEEA 4PFWA 3SETA 3TTLA 2I3VA 1A40A 1N3WA 2XX7A 1VR5A 3T66A 3O6IA 1IXGA 4H1XA 4OXVA 3K6WA 1O63A 1MXWA 1QUKA 4P11A 2XXXA 4I8CA 2I4CA 4F3BA 1TXFA 3M8UA 3M3KA 3KSXA 2GHBA 3ONMA 4QRZA 1IXIA 3C31A 2ANJA 3PD9A 1EZOA 4G68A 1SW2A 1JEVA 2XXRA 3PPNA 1IZ1A 4R9GA 4QSEA 4G68B 2QMXA 4G2ZA 4U22A 4DLDA 4QFNA 4H65A 3PU5A 3N6UA 1EZ9A 5B70A 2HZLA 2DE3A 3BFUA 2Q88A 1R1NA 4LUBA 1ANFA 1SW1A 3FXQA 1F9BA 3I5OA 1YCJA 2Q9TA 3SERA 4O3AA 4I62A 5FHNA 4TOZA 3H6TA 5H8QA 1R6ZA 4UA8A 4ZDMA 2DP8A 4ECFA 5H8QB 4G68C 4NWCA 1B3LA 3U1OA 3H3GA 3A3UA 2LAOA 3IOWA 4ISUA 1M5FA 4GL8A 3A3CA 4R2BA 1II5A 4H67A 2I3WA 1MDQA 3TCHA 3LC8A 1PC3A 2F6GA 5TU0A 3H06B 1PDAA 1SBPA 2UVJA 3O29A 2VD3A 4U23A 1OVBA 3K1NA 3K1MA 1M5DA 1FTLA 2RINA 1LGBC 3CI8A 3E13X 4F19A 4EQ7A 3HO7A 2GFEA 3W9VA 5I2KA 2XD3A 2E1SA 1KWHA 3QXMA 4H5GA 4IO6A 2O69A 1LBCA 4QFLA 2R6GE 3TUSA 4G8HA 4YZZA 4C0RA 3G3IA 3TQLA 4MH5A 1LSTA 3K6VA 3B6WA 2DWJA 1SI1A 1B1XA 3OENA 4TLMB 4DCYA 1O7TA 4BDLA 1LB8A 4U4SA 3SKPA 4JWOA 3OXNA 5ICTA 1MQHA 1ZKBA 3PUVE 4IO2A 1LCTA 2XX8A 1EU8A 1YPNA 5JTYA 2Y7RA 5I56A 3VFJA 3RQTA 3CIJA 4F1VA 3BFTA 4KCCA 3IR1A 3IB2A 2NVUB 2QS2A 1EH3A 3HCQA 4R6HA 2HZKA 2XHDA 4RYAA 2Q8JA 3H6WA 5K2XA 3TELA 1FQBA 4I1DA 1DMBA 3B6QA 2E0SA 3T9VA 4ESWA 1B58A 4OETA 2VHAA 3K6UA 4ZEBA 3W15C 3CFXA 1LBBA 3N26A 3MZ9A 1SI0A 5ITOA 4HW8A 5KZTA 2HFBA 2O6AA 5KDTA 1R9LA 1CB6A 4JWYA 1UTHA 5KDTB 4HCYA 4PP0A 1SDXA 2Y7PA 1UTHB 4JDFA 4QFPA 4ZZAA 5CRYA 1B5HA 3RT8A 3RPWA 5FHMA 3MWBA 1H44A 4WEDA 3U72A 1HSLA 2P2AA 1GGGA 4U1ZA 1B46A 1QVSA 5AA4A 1FQCA 3AXFA 4LQ2A 2ZNUA 5JEIA 1FTJA 3FJMA 3SEYA 2HQ0A 3TDJA 4OFLA 2OBGA 1VSOA 2RCBA 2DWAA 3E9XA 4UACA 2XXVA 3O28A 4NF5B 1B3FA 4KYEA 4ZS9A 1B3GA 2YLNA 2PMSA 2QS1A 3IOTA 4OEUA 2GHAA 5CMCA 4RK9A 2ONRA 4R6KA 3RTWB 1B1HA 2H25A 2F36A 2O84X 2GH9A 3KJTA 3D4CA 4YU0A 5HPQA 3LSWA 2UXAA 3CG3A 4XXUA 4QFKA 4JXIA 2XXHA 5B7DA 2DE2A 1O64A 3ILUB 4DXUA 3HHFA 1NNPA 1J1NA 5ELVA 1P1QA 3U93A 4EUOA 4ONYA 1A55A 1B6HA 2O1MA 1MQGA 1Q35A 1FQDA 4U2RA 5L9SA 4DE8A 2QSXA 2O7IA 4DDDA 4AQ4A 3FJGA 4H8JA 1MQJA 3L6GA 4N6PA 3KEIA 1FCKA 3JV9A 4O3CA 3EHSA 3EPEA 1GV8A 3N94A 4ESXA 4PE5B 3GBAA 3UIFA 3FJ7A 2I0CA 3G3HA 2V84A 5M2VA 2A5SA 1NH8A 4OHNA 2B3BA 2OZZA 1MM6A 1OQGA 1XC1A 3DELB 2VP1A 3QAXA 1B7HA 4IB2A 1T0KA 4OEVA 4MF3A 3KN7A 3V83A 3FV2A 4OESA 3HSTA 5DVIA 3CRBA 4QHQA 2OLBA 3MJNA 3OMBA 1L5TA 4FE8A 3ZSFA 1LLSA 3I6VA 2I48A 1SQYA 1JVXA 5FTHA 5F7VA 3TTKA 3N6TA 2XD2A 1Y3PA 5CMMA 4YKJA 4YKIA 3K2DA 3T9UA 4IO3A 3USDA 4EF2A 1Y4TA 2NWJA 3S4UA 4BDOA 4OWDA 3VVEA 2ZXTA 3O6HA 2H5YA 4XKQA 4R74A 4DIGA 3O6GA 1A99A 2FYIA 2H98A 3C9HA 4OVJA 2XXTA 5L9OA 2WKYA 1IXCA 1PBPA 1LFGA 4G4PA 3S9MC 4HCWA 1ZJLA 4R72A 4TQUQ 1LAFE 3QIMA 3GZGA 4TLLB 2Q2CA 4KPTA 4YMAA 3QK6A 2DWHA 3MVYA 2DQVA 1MPCA 2HEUA 1NFTA 4EDPA 1DPPA 4ZEDA 3OO9A 1P1WA 3FXUA 5CMKA 3U92A 3G3JA 3PPOA 1MH4A 2XXPA 1UIVA 4F2OA 3I3VA 1D9VA 2XXUA 2ZYNA 1IITA 4H8IA 1MH3A 3DP4A 2OK2A 5ITPA 2XXQA 4IY5A 3FVGA 1B4HA 1MY2A 4OQOA 1MXUA 4RA1A 1BP5A 3KJ7A 3L6HA 5DVJA 4YKPA 1ZMGA 1LCFA 1QKAA 3A09A 3ECRA 2Y84A 4ELQA 3Q26A 1URDA 2QL3A 4KD5A 5IAIA 2I6EA 1JW5A 2DS9A 4Q30B 4U4XA 3IOVA 3H6VA 3FD3A 4MBPA 3H7MA 4ZE9A 4LVQA 5KCJB 4NWDA 1JEUA 1QKBA 4X1DA 4PETA 4ZZEA 3UA8A 4PFTA 4EF1A 4FAJA 1JQFA 1OQHA 3PPPA 4K3FA 5DTBA 3O9PA 1WVJA 3IK6B 1Y20A 1N7XA 3SDFA 1DOTA 1H3DA 4L17A 1Y3NA 3VV5A 3DM0A 3KN3A 2RKMA 5JK4A 4F39A 1TFAA 2ALUA 1FW0A 5I2NA 4RPNA 1OIBA 5I2NB 4BDMA 3K1PA 3EHUA 3RTFB 5L9MA 1S7YA 4R6YA 3VDFA 2F7AA 3FASA 5FHOA 4LZ8A 3MW0A 1FQAA 4BDRA 3MVXA 1UQWA 5DEXA 1B40A 3O66A 4E0XA 1M5BA 3BBRA 5DEXB 1B2HA 3TFLA 3VVFA 3VXBA 1JETA 1N0TA 3DLNA 2QMWA 4E0WA 4MLQA 1VE4A 4ELRA 2UVIA 3S9NC 1A8FA 5I57A 4QFOA 3Q27A 1GVCA 5I57B 2W7YA 3TEPA 3TTNA 3SEVA 1IIWA 3RN8A 3QUFA 5DYHA 2QJEA 1I6BA 3T9XB 4H5FA 3KFMA 2BJJX 1OLAA 3K00A 2DXRA 4WEPA 2QPQA 3O97A 3FV1A 3OOAA 1QUJA 4FORA 1JVYA 4OENA 5H8HA 4MFIA 5H8HB 5K2YA 3LSXA 5I58B 3G7WA 4POXA 4DXBA 1NNTA 4ZE8A 3MC2A 2Z22A 4LP2B 4DXCA 1XVYA 2DOJA 1TFDA 1B0HA 2X26A 4IGRA 3TZAA 4LA9A 2ESNA 1FTMA 3C33A 3RNNA 2Y7KA 5CI5A 3WAFA 5LOMA 3PUWE 2O51A 4R75A 4F3PA 4KR5A 5TPAA 1UIUA 1MPDA 1BTJA 2F5XA 2A5TB 3M3LA 5TPAB 5CBSA 5AA3A 1MM7A 3MP8A 3CSBA 2CZLA 2I49A 2XXYA 4LZ7A 1GR2A 4AB6A 4EQ9A 3G3FA 4F29A 2M8CA 5ICQA 2I0BA 3TKDA 3EF7A 2Z8DA 3QUJA 3T96B 1D9YA 2I4BA 2HXWA 2REJA 3LBSA 4NF5A 4C1TA 1Q1KA 4H6DA 2GRVA 2RC8A 3C32A 2DYXA 3TAJA 1MXXA 4EXLA 1LAXA 4GVOA 1D4NA 2VD2A 1LFHA 3LSFB 4EQBA 1I6AA 3TTMA 1PBQA 3KZGA 1Z7ME 1AL3A 3IX1A 4FECA 3V89B 3OO7A 2VGQA 1A54A 1EZPA 3ILTB 1POTA 3PPRA 3UP9A 1UTBB 1ZTYA 4IO4A 5F1QA 3DP8A 4KCDA 5I59A 3WAEA 1MY3A 2P1SA 1RYXA 3KOTA 5I59B 1S50A 4IO7A 4EXKA 3GLBA 3TQWA 3OSQA 4DCXA 4F1YA 1A8EA 3MVZA 3GXAA 3JZJA 1MXYA 3O2AA 4XKPA 3UN6A 3Q25A 2Y7IA 1Y1MA 4F2QA 4YB6A 1HSEA 1B7UA 3UGWA 3PD8A 2IA4A 2Z8EA 3SEUA 1US5A 3M3FA 1MY1A 2B3FA 4M1VA 3IO6A 1LAHE 2X7QA 2PBWA 4NMYA 2F35A 3GBBA 1PEBA 2ZYMA 1XOCA 5DT6A 3KG2A 1IUDA 1AH5A 1WODA 4JB7A 4GF8A 3MBPA 2FNCA 3FVOA 4GIZA 3C4MA 4RXLA 3FUZA 1SVXB 1OLCA 4OFJA 4ND9A 4QSDA 1JW4A 4FEDA 2FA7A 4GXSB 4RK2A 1I69A 1H76A 3R26A 3RY3A 2B65A 1MS7A 4POWA 1MXVA 2HCAA 3CFZA 1AMFA 1H43A 4RPOA 2UYFA 3K0VA 3MQ9A 4GFRA 3THIA 2XXWA 4DZ1A 4OERA 1DTGA 1ZIUA 5IKBA 1SW5A 2DXYA 1FTOA 1N3XA 1B4ZA 4G8MA 1MRPA 4KFQA 1A7LA 1FTKA 2R71A 5J1DA 1URSA 5HM4B 1VFDA 3IJOB 4X9TA 3ZKLA 2I58A 3B6TA 5HBCA 4NF8A 3VLVA 1B3EA 2X7PA 1JNFA 4NF8B 2V25A 4YICA 1ZLQA 4YMBA 1IQ7A 1SYHA 3KOSA 2V3QA 3MPKA 3T93B 3MZ1A 2ZNSA 3IORA 4FJPA 1MQIA 4H0WA 2AL4A 3FZVA 3FVKA 4HS7A 4I9DA 2V93A 3FVNA 4ZEKA 1DPEA 4X48A 1B32A 3K6XA 4Q0CA 3MPLA 4O3BA 4GOTA 3MP1A 2OJTA 4HTGA 1N04A 4NEDA 1P1OA 2NOOA 1MPBA 1NKXA 2HAUA 3TMGA 2DE4A 5CC2A 1D3KA 1TT1A 4IY6A 1JW1A 3Q28A 1NNKA 3P7IA 2V3UA 3OEKA 4FEBA 4THIA 4XKRA 4LONB 3OD7A 3RUMA 3C36A 3RLFE 1N76A 4OZ9A 2PT1A 4JBZA 3H6UA 1B05A 2XXIA 3OO6A 3C35A 3LR1A 4GD5A 5AE4A 2Q2AA 4PFUA 2NXOA 2D5WA 3SESA 2QS4A 3G3KA 4C1UA 4NF4A 1IXHA 1B9JA 5KCJA 4NF4B 1NMUA 2UVGA 4Z0IA 2CMOA 4BDNA 1GTKA 4QF9A 1ZU0A 1ZBMA 4GRKA 5AA1A 1CE2A 4GLIA 1N7WA 3PUYE 5H8NA 5FTIA 3PUZE 1XT8A 3VVDA 5H8NB 2UYEA 2ONSA 4NTLA 1MG1A 3Q29A 1LAGE 3IJXB 4RY1A 1RKMA 1LFIA 4GQOA 2R9JA 3TCFA 3MAMA 3FIRA 4AB5A 5BWJA 4PFYA 4ZEFA 5AA2A 5TP9A 4ZEIA 1S9TA 1M5EA 2RCAA 5AA2B 5TP9B 3QSLA 1TWYA 2ZNTA 4WXJA 2ONKE 3HHGA 4JSDA 1P1UA 2HAVA 3K01A 1I6QA 4P0GA 1DTZA 5I84A 2VOZA 2PVUA 1URGA 2F97A 3LUYA 4NE4A 1MQDA 5I2KB 1M5CA 1OVTA 4R9FA 2O7UA 3MVWA 2ZYOA 3OSRA 4KQPA 1Y3QA 2RC7A 5EYFA 3MUQA 3CVGA 3CSGA 3PV0E 2AL5A 3HV1A 1B3HA 3BKIB 1ATGA 2H9BA 4R2FA 1XS5A 1VFEA 1SYIA 4BDQA 1XVXA 1FQFA 1BLFA 4YB7A 2YJPA 4RJZA 1B5JA 1H45A 3S9EA 5A5XA 2P0SA 4FATA 4F22A 5A5XB 2AYSA 5JTYB 4KHZE 5I56B 3CR9A 5I58A 4GL0A 3U94A 4JSOA 3F11A 4N07A 4P0IA 3IAZA 3V8XB 4WKMA 4OFOA 3W9WA 1XHYA 1P99A 3N5LA 4G8NA 2F7BA 2F78A 1AIVA 4GWOA 2XX9A 2F6PA 3PUXE 4Z7EA 1SD3A 3LSLA 5BUUA 3OO8A 3PGFA 3KSJA 4PQJA 3CG1A 4F3GA 2UVHA 1B51A 2D3IA 3FXRA 3IOUA 3OELA 5CM6A 1Y9UA 2D21A 5CBRA 2DVCA 5H8FA 2A5TA 5H8FB 3OEMA 3MP6A 4N13A 3TYHA 3ZS6A 4F1UA 1ELJA 3EN3A 5AA2D 2PX1A 3T22A 4Q8RA 3U8QA 4U21A 2DVZA 5CMBA 4LQ5A 3JYRA 3ZKKA 3E3KA 1NNFA 2OWTA 2Q89A 3PMVA 3TCGA 2YPNA 3VXCA 1PB8A 2ZYKA 5AA4B 2H99A 2RF1A 4IGTA 5L8DA 4LATA 3IO4A 4OMBA 2G29A 1PB9A 1N84A 3RT6B 1QULA 4Q5TA 1MY4A 3K4UA 4M4GA 3QYTA 1PB7A 2F8DA 4YB5A 1UTBA 3SEWA 3HPIA 4XKNA 1QUIA 4RNSA 2V3TA 1FQEA 1BIYA 4X1BA 4YKKA 3HN0A 1B0LA 3DP6A 4NF6A 1MDP1 1IEJA 4OYVA 4KI0E 4ELPA 1YTVA 3C34A 4NF6B 2G93A 3KN8A 1MXZA 5ISUA 3VLUA 1QJMA 3TODA 3FGSA 1SW4A 3TTRA 3ODBA 3TPAA 1Y4CA 3VLWA 3KBRA 2QRYA 3B7DA 1HSJA 1LB9A 3SEXA 3VE1B 2QS3A 2F34A 4LZ5A 2H4IA 5DVFA 3CFLA 1NH7A 3E4RA 4XTCQ 1YAEA 4KYDA 4FIMA 2Y7WA 4XIGQ 1AOVA 4ELOA 2O68A 3EQ1A 3PMWA 1RYOA 4F31B 3S9LC 4MLVA 1MY0A 2KLFA 3D4GA 2REGA 1Z7NE 3UORA 4YAHX 1B5IA 4R73A 2Z8FA 2AIXA 1POY1 2PYYA 5EHMA 1USYE 2DSFA 1WDNA 2RC9A 5EHSA 3S2VA 1OMPA 2NUVA 3H03A 3KGCA 3R7XA 4U1OA 3FATA 4F3SA 3IB1A 5H8SA 2O1LA 1US4A 4F18A 4G77A 4OTEA 1B52A 1QW0A 2ZMBA 3R6UA 3T9HB 2OCUA 2ABHA 4KYSA 3K02A 2OWSA 2F7CA 2THIA 1B7ZA 4BLAA 4QSCA 1Y1ZA 3IB0A 3RGYA 1DSNA 4ZECA 3PMXA 4GXAA 3UK4A 2Z23A 2PT2A 3PPQA 3EHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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