2PYYA

Crystal structure of the glur0 ligand-binding core from nostoc punctiforme in complex with (l)-glutamate
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
212
Chain Sequence
b'PLLVATRVIPPFVLSNLSGFSIDLWRSIATQIGIESKLIEYSSVPELISAIKDNKVNLGIAAISITAEREQNFDFSLPIFASGLQIMVRNGDIRSIDDLPGKVVATTAGSTAATYLREHHISVLEVPKIEEAYKALQTKKADAVVFDAPVLLFYAANEGKGKVEIVGSILREESYGIILPNNSPYRKPINQALLNLKENGTYQSLYDKWFDP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ionotropic glutamate receptor bacterial homologue
publication title Crystal structure of the GluR0 ligand-binding core from Nostoc punctiforme in complex with L-glutamate: structural dissection of the ligand interaction and subunit interface.
pubmed doi rcsb
source organism Nostoc punctiforme
molecule tags Transport protein
total genus 65
structure length 212
sequence length 220
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA02
4H8JA 3PUZE 3TQWA 3SEWA 1D9VA 4G4PA 3SEXA 2F6PA 5ISUA 4Z7EA 2HXWA 4EQBA 4JWOA 1NFTA 4DE8A 4MH5A 3M3KA 1LLSA 3IB0A 3ILTB 2UVGA 1YCJA 5I59A 4YICA 2QMXA 1B2HA 3DP4A 4KR5A 1MXYA 5JEIA 1ZU0A 4LA9A 5DEXA 1MH3A 3KN8A 2O1MA 2UXAA 1Y9UA 2HQ0A 4DZ1A 1AL3A 3W9WA 1R1NA 4BLAA 1N7WA 4I1DA 1RYOA 4OHNA 3FXQA 3U72A 1NH8A 2O7UA 2F7AA 3SEYA 3K6XA 3SETA 3VLWA 4G2ZA 2DE4A 2QJEA 3FJMA 3EHUA 4GXAA 3RN8A 5H8FB 1H43A 1VFEA 3C33A 3ONMA 4R75A 1YAEA 5B7DA 3CVGA 4R6KA 4G8MA 4LZ5A 4LVQA 3MVYA 1SBPA 1JNFA 2XX8A 2I0CA 3HO7A 1BIYA 4ZZEA 4LZ7A 3B6QA 5I57B 1MDP1 3MZ1A 1IXGA 2NVUB 4GLIA 3FXRA 1GVCA 3S9LC 3TELA 2GH9A 4TOZA 4GIZA 3OO7A 2GHAA 1P99A 3V89B 4IO4A 2F7CA 1OMPA 1M5DA 3RQTA 2I3VA 1B6HA 2H25A 1S7YA 2GHBA 1LAFE 5KZTA 2PT1A 4F19A 3U8QA 2A5TA 2ONSA 3Q26A 5FTHA 1MXWA 1A8FA 4NMYA 2Z22A 4PE5B 4RPNA 2PT2A 3T96B 4YB5A 1O7TA 2QSXA 3IJOB 3PUYE 3VLVA 1SI0A 3PMXA 4IY5A 4M4GA 4JB7A 2B65A 5JTYB 1B05A 4ELQA 1SYHA 2OZZA 4LQ2A 4XIGQ 4E0WA 3K1MA 1GR2A 5A5XA 2XXXA 3B6WA 1ZMGA 4YKJA 3TZAA 1URDA 4AB6A 3O2AA 3VDFA 1JVXA 2G93A 3FUZA 4MLQA 1B3FA 3TFLA 3IAZA 3SKPA 1Y3PA 3CG1A 3MAMA 1B40A 1Y1ZA 1PB9A 3IX1A 3L6GA 1TFAA 4XXUA 1N0TA 4F3PA 2VD3A 1MM6A 1QKAA 2KLFA 4ZEFA 5KDTB 1AOVA 1OQGA 5FTIA 4YKKA 1P1QA 1Y3NA 3CI8A 4R74A 4R2FA 4JDFA 1USYH 1FQAA 4QSCA 4LONB 4YZZA 4TQUQ 2AYSA 5CMCA 1P1NA 1NNPA 1FCKA 5TU0A 4OETA 3HPIA 4ND9A 1ZIUA 4FATA 3UN6A 1FTKA 1FTLA 2BJJX 3TTNA 3JZJA 3IOWA 4K3FA 3FVKA 5KCJA 1A8EA 3RT6B 2Q2CA 3KOSA 2V3TA 2V3QA 4O3CA 4KCDA 3H3GA 4F3SA 1UIUA 3H4ZA 4DLDA 3RUMA 2I0BA 1LSTA 4XKPA 5H8SA 3EN3A 4P0IA 3IB2A 5ICTA 3UP9A 1MS7A 3GXAA 1CE2A 3CSBA 2PVUA 3JV9A 4GL0A 2D21A 4C1UA 5JK4A 3FV2A 5HBCA 3KJTA 1M5BA 2H99A 4YB6A 2YLNA 4U4SA 1B9JA 1I6AA 3K4UA 1N3WA 4IB2A 3VVEA 3W9VA 3P7IA 1FQFA 5CMKA 3RLFE 4EF1A 4OFOA 1USYE 3QUFA 2Z23A 3FVNA 4O3AA 4XKRA 3O28A 4HCYA 3QSLA 4BDQA 2OJTA 4GD5A 2XX9A 4H8IA 1QJMA 1OVTA 3MP1A 2THIA 1SW1A 3T9XB 4FECA 3UK4A 1A54A 2DVCA 3LUYA 1NMUA 1URSA 4NF5A 1BP5A 2Y7PA 4O3BA 3E3KA 3PUWE 1NL5A 4QSDA 5H8HB 4DXBA 3I3VA 4XKNA 1IUDA 1UQWA 3K00A 4MBPA 2DQVA 3H6WA 4FEBA 3B6TA 1MY3A 3IR1A 3M3FA 3G3JA 3VVFA 2CZLA 2X7PA 4FIMA 4I8CA 3N6UA 5I58A 5IKBA 2O51A 3UIFA 2HZLA 1URGA 2QS1A 3Q29A 3KBRA 2DWJA 4DCYA 5F7VA 3C9HA 4BDLA 1Y20A 1FTOA 4OWDA 5B70A 4BDNA 3O6HA 3IO4A 3T9HB 1M5EA 1SYIA 4HTGA 5AA2A 2YPNA 3IOUA 3OEMA 2UVJA 1B5HA 1NKXA 4LQ5A 1A40A 1EZ9A 3ZKLA 1SW5A 1H44A 2F6GA 1ZKBA 1EZPA 3EQ1A 2XXHA 2FA7A 1MQJA 1IXIA 4NE4A 1AIVA 3TQLA 3MJNA 2QMWA 1XT8A 4P11A 1QW0A 1MXUA 1I6BA 4BDMA 1MY4A 3K01A 4RYAA 1YPNA 1LAHE 3KZGA 4F3BA 4N07A 4N6PA 2Q9TA 2FNCA 4ZECA 3CFXA 4RK9A 3VE1B 4RA1A 3Q25A 3KN3A 3VLUA 3U92A 3IORA 5AA2D 1B7UA 3TYHA 1DSNA 1MPCA 4PETA 3MZ9A 4NF8A 4ESXA 3H6TA 4HS7A 1TWYA 4GQOA 3T9UA 4U2RA 3O97A 3WAEA 1Y4TA 3IOTA 1T0KA 4R9FA 3QUJA 1XOCA 2XX7A 4OZ9A 4LUBA 2ESNA 3M8UA 3T93B 5IAIA 5I2KA 2ZNSA 1XC1A 2XD2A 4EDPA 1EU8A 4C0RA 5LOMA 3C34A 1OLCA 3K6VA 1SDXA 1JQFA 1TFDA 5I56B 1UTBA 3TDJA 1B7HA 4H1XA 3KSJA 1B4HA 1H3DA 4YKPA 2F78A 1AH5A 1M5FA 2G29A 4ZDMA 3IK6B 5DVIA 2F97A 1M5CA 5FHNA 4ONYA 1QUIA 3FJ7A 2UVHA 2ZYMA 2F7BA 4LP2B 3FD3A 1MQGA 3IL1B 3S4UA 3E13X 1FQEA 4YMBA 1SD3A 1GV8A 3R7XA 2RF1A 4AQ4A 4EXKA 4X1BA 4I62A 4U22A 2VD2A 3SESA 1B0HA 3PPPA 4NWCA 1JVYA 4Q5TA 4HW8A 2HEUA 4ISUA 3O29A 4F1YA 3OENA 1P1WA 1R6ZA 4OXVA 3TCFA 4Q8RA 2Y7IA 3MVWA 3TAJA 2VGQA 3FASA 2DS9A 3T22A 4UA8A 4U21A 2M8CA 5CBSA 1DOTA 2PMSA 1N04A 3T66A 5H8FA 3HSTA 4KYSA 4QFKA 1ZLQA 3BBRA 2XHDA 2CMOA 3R6UA 3MVXA 2O7IA 2WKYA 4N13A 2Y7WA 3GBBA 1B3GA 4ZS9A 1D9YA 3FIRA 3V83A 1US5A 1Q35A 5I57A 4PP0A 1IEJA 4JSDA 3ZSFA 4G68B 5F1QA 5AA4B 1MRPA 1SVXB 3OEKA 4THIA 4F31B 1N3XA 2XXRA 3CIJA 2XXVA 4JSOA 4ZEIA 3A3UA 4NF6B 5I2NB 2NWJA 1NNTA 3VV5A 5DYHA 2W7YA 3K1PA 5CM6A 3D4CA 4GOTA 3PMVA 1B7ZA 3K6UA 3U94A 4WEPA 2LAOA 4PFUA 2I6EA 4R9GA 5EYFA 1GGGA 3PD8A 5CBRA 2RCBA 5BUUA 5CMMA 1FW0A 4QSEA 2F8DA 1POY1 2Y7KA 1MQDA 1OVBA 2O69A 3WAFA 3PUXE 3W15C 1MY2A 1LCTA 2QS4A 2NOOA 3C36A 2XXYA 4X1DA 5K2YA 4I9DA 4MF3A 2IEEA 5JTYA 4GWOA 4AB5A 3GBAA 4FJPA 3SERA 3HV1A 3HCQA 3ILUB 3OO6A 3USDA 1QVSA 5TPAB 1OQHA 3HN0A 1O64A 3MW0A 2RC9A 2QS2A 3DP6A 1LB8A 3G3HA 4IGRA 2F36A 3H06B 5L8DA 4QFNA 3H7MA 3CRBA 2UVIA 3E4RA 1R9QA 1DTGA 2O84X 3Q28A 1SI1A 2F5XA 1UTHB 2OBGA 3RTWB 4OEVA 5J1DA 3PU5A 3BFTA 2H9BA 3OSQA 5KDTA 4QRZA 4F1VA 2XXIA 1NNFA 2I58A 1B3HA 1S50A 2O1LA 3Q27A 1IXCA 5FHOA 1MXZA 2F34A 4MFIA 2RINA 3SDFA 3BKIB 3CFLA 3C31A 4F18A 2O68A 4PFYA 1HSLA 2Z8FA 4H67A 3G3KA 3S2VA 1JETA 1LFGA 4IO3A 3ZS6A 1D4NA 2E0SA 1ZJLA 1MG1A 1J1NA 3MUQA 4ELOA 2F35A 2Z8DA 4QFOA 2XXWA 3EPEA 3G3FA 4ZEKA 2P1SA 1POTA 1Y3QA 2V93A 1AMFA 3DLNA 4GFRA 4ELRA 1FQCA 2ZNTA 1A7LA 4QF9A 4H65A 4NF4B 3PGFA 4EQ9A 3K02A 4Q0CA 4IO7A 2XXTA 4RNSA 3SEUA 1LAXA 4XTCQ 2H98A 3CG3A 4KYDA 3A3CA 3H6VA 1B58A 1B3LA 4RXLA 4U1OA 5L9MA 5K2XA 4OESA 2Q88A 4EXLA 5HPQA 4IO5A 2V3UA 3DP8A 3KGCA 5H8NB 3OD7A 4F3GA 3G3GA 1N76A 2ZYNA 4FE8A 3PPQA 4L17A 3MP8A 5TP9B 1Z7ME 2HAUA 3GZGA 3VXBA 3K0VA 4G8NA 3OO8A 1IITA 1XVXA 3N26A 4H5GA 1GTKA 5H8HA 4WKMA 4OFJA 1DTZA 5H8QB 2QRYA 2HFBA 4NWDA 3TPAA 3MWBA 3UA8A 4G8HA 1B4ZA 3RNNA 4NEDA 4OEUA 2QPQA 2I48A 1Y1MA 2V25A 4EUOA 1LBCA 3MZBA 3K1NA 4FAJA 2VP1A 3LSWA 2DYXA 1WDNA 3PPOA 4X48A 1IIWA 1MXXA 2Y7RA 3N6TA 1MPBA 3TTRA 4JBZA 1VR5A 3UGWA 3SEVA 1XVYA 4C1TA 1ANFA 3TEPA 2OLBA 3VXCA 2YJPA 4RK2A 4QHQA 3ODBA 3A09A 3FGSA 1LB9A 1OIBA 5I59B 3G3IA 1MPDA 5L9OA 4ZEDA 3C35A 3RGYA 3UORA 5DEXB 1WODA 3S9MC 1SW2A 4OVJA 2DXYA 3AXFA 3CSGA 1Z7NE 3I5OA 1BTJA 4DIGA 4IGTA 1IZ1A 1QUKA 2B3FA 4YU0A 4KYEA 2FYIA 1D3KA 4RPOA 4QFLA 4R72A 4EQ7A 3O6GA 1PEBA 4F29A 3KN7A 4MLVA 2Q8JA 4KCCA 5CC2A 1MY0A 2ONKE 4LZ8A 3PUVE 1EH3A 3EF7A 3OMBA 4PQJA 1PB7A 1F9BA 2H5YA 4DXCA 1US4A 4DXUA 1H45A 1IQ7A 3EHTA 5EHMA 5CRYA 3CR9A 2NXOA 2OK2A 3OOAA 2D5WA 4KPTA 2REJA 1PDAA 4JXIA 5EHSA 5I56A 5BWJA 3PPRA 2DOJA 3KEIA 2DWHA 2VOZA 2A5TB 2AL4A 2DE3A 2DVZA 4GRKA 3TUSA 1B5JA 1ZTYA 2RKMA 1MQIA 4WXJA 4TLLB 4LATA 1DPPA 1MY1A 4ZE8A 1B3EA 4POWA 4DDDA 2REGA 3N94A 3PPNA 3FXUA 1Q1KA 4R6HA 3LR1A 2ZYKA 3MBPA 3QIMA 2DXRA 3M3LA 2GRVA 4NTLA 2X7QA 5A5XB 3L6HA 5I84A 1HSEA 1N7XA 5AA3A 1LFHA 3N5LA 1A55A 4Q30B 2HZKA 4HCWA 3QAXA 3ECRA 1QULA 4PFTA 3RPWA 3D4GA 1B1XA 2ZMBA 5DVFA 1B52A 3E9XA 3TTMA 4DCXA 2ZXTA 1TT1A 2VHAA 4UACA 2Q2AA 1NH7A 5DTBA 5M2VA 2I4CA 3B7DA 2I4BA 5ITPA 2D3IA 2QL3A 4GXSB 1JEUA 4OMBA 3MP6A 1MH4A 1P1UA 3FATA 1Y4CA 3ZKKA 3V8XB 4E0XA 5DVJA 1JW5A 2R9JA 3FVGA 1QKBA 4G68A 1VE4A 1LGBC 1RYXA 1LAGE 1TXFA 3MPKA 5AA4A 1I69A 4G68C 2E1SA 1MM7A 1LFIA 2DE2A 3DELB 4BDOA 1OLAA 2XXPA 4NF6A 5I2NA 4F39A 4F1UA 3O9PA 5KCJB 4EF2A 5HM4B 4OENA 1L5TA 4POXA 1MQHA 3PV0E 4FEDA 2PBWA 4Z0IA 3KJ7A 1IXHA 4U23A 3K6WA 4TLMB 2O6AA 4F22A 4KI0E 2Y84A 3PMWA 1ELJA 5ITOA 3R26A 3IOVA 4R2BA 1DPEA 3LC8A 2ONRA 3MVZA 4KQPA 1A99A 2ABHA 1B46A 1SQYA 2H4IA 3H6UA 4YAHX 4IO2A 3TTLA 2IA4A 3U1OA 3FJGA 2A5SA 1I6QA 1JEVA 4JWXA 3T9VA 1PB8A 3JYRA 4GF8A 4OERA 4F2QA 5TPAA 2UYFA 1FQDA 1ZBMA 3FVOA 3O6IA 3TODA 3MPLA 1MDQA 3KFMA 2Z8EA 3C4MA 1R9LA 3TCGA 4ZEBA 1HSJA 3TTKA 3GLBA 4RY1A 3I6VA 4YMAA 1P1OA 2RC7A 1FTMA 5CMBA 3MQ9A 3LSLA 3MC2A 2UYEA 4NF5B 4OYVA 4QFPA 3HHGA 1NNKA 1UTHA 3LSXA 2RC8A 1XHYA 1CB6A 1SW4A 3CFZA 1N84A 2Q89A 3IO6A 3LSFB 4YKIA 4ECFA 1B1HA 2PYYA 4R6YA 4U4XA 4OFLA 3V5AA 3OXNA 3F11A 3OSRA 4H5FA 5FHMA 1PBPA 4IY6A 1BKAA 3RTFB 5ICQA 3EHSA 3LBSA 3FV1A 2I49A 4M1VA 1RKMA 2AL5A 5AA1A 3U93A 4KFQA 4KD5A 3THIA 1B5IA 3KSXA 3PD9A 5CI5A 2NUVA 5I58B 4OQOA 2DWAA 1B51A 2XD3A 2I3WA 2GFEA 1JW1A 2ZYOA 1WVJA 3VVDA 2QS3A 4YB7A 4KHZE 4BDRA 1H76A 1VSOA 4ESWA 2P0SA 4GVOA 1QUJA 1BLFA 5AA2B 3K2DA 3QK6A 2ANJA 1PC3A 1KWHA 3DM0A 2RCAA 2OCUA 1DMBA 1B0LA 1XS5A 3C32A 4PFWA 1II5A 1FQBA 2R71A 4NF4A 3HHFA 4G77A 2DWIA 1S9TA 3KG2A 2AIXA 1VFDA 2XXUA 2XXQA 4ZZAA 2R6GE 4WEDA 1YTVA 4H0WA 5ELVA 3IJXB 5L9SA 1UIVA 4GL8A 2ALUA 2ZNUA 4JWYA 3H03A 4F2OA 5AE4A 2X26A 3TCHA 2OWSA 5H8NA 1MXVA 3O66A 3OELA 2OWTA 2DSFA 5DT6A 3S9NC 4NF8B 1LCFA 2DP8A 1O63A 3VFJA 1FTJA 5TP9A 1EZOA 3G7WA 4X9TA 1JW4A 4H6DA 4U1ZA 1LBBA 2PX1A 4OTEA 3S9EA 5I2KB 3BFUA 4RJZA 3RT8A 3KOTA 5H8QA 3QXMA 4IO6A 3IB1A 3QYTA 3TMGA 4ELPA 1B32A 1UTBB 2P2AA 4P0GA 3RY3A 2B3BA 1ATGA 2HAVA 3TKDA 4ZE9A 3FZVA 3OO9A 1PBQA 4XKQA 4FORA 2HCAA 4R73A 2V84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H8JA 3PUZE 3TQWA 3SEWA 1D9VA 2WYPA 4G4PA 3SEXA 2F6PA 5ISUA 4PFBA 4Z7EA 2HXWA 4EQBA 4JWOA 1NFTA 4DE8A 3MSTA 4MH5A 3M3KA 1LLSA 3IB0A 3ILTB 2UVGA 1YCJA 5I59A 4YICA 2QMXA 1B2HA 3DP4A 4KR5A 1MXYA 5JEIA 1ZU0A 4LA9A 5DEXA 1MH3A 3KN8A 2O1MA 2UXAA 1FBFA 1Y9UA 2HQ0A 4DZ1A 1AL3A 3W9WA 1R1NA 4GWUA 4BLAA 3RPLB 1N7WA 4I1DA 1RYOA 4OHNA 3FXQA 3U72A 1DK4A 1NH8A 2O7UA 2F7AA 3SEYA 3K6XA 3SETA 3VLWA 5EQ7A 4G2ZA 5J16A 2DE4A 2QJEA 3FJMA 3EHUA 4GXAA 4P3LA 3RN8A 5EQ8A 5H8FB 4NHBA 1NV2A 2HHMA 1H43A 1VFEA 2XA5A 3C33A 3ONMA 4R75A 4OVPA 1YAEA 5B7DA 3CVGA 4R6KA 4G8MA 1IMBA 4LZ5A 4LVQA 3MVYA 4FBPA 1SBPA 1JNFA 2XX8A 2I0CA 4QBAA 4MX6A 5ESYA 3HO7A 1BIYA 4ZZEA 4LZ7A 3B6QA 5I57B 1MDP1 3MZ1A 1IXGA 2NVUB 4GLIA 3FXRA 1GVCA 3S9LC 3TELA 2GH9A 1FBDA 4TOZA 4GIZA 3OO7A 4G61A 2GHAA 2CEXA 1P99A 3V89B 4IO4A 2F7CA 3SZPA 2HPGA 1OMPA 3NOHA 1M5DA 3RQTA 1DCUA 2I3VA 1B6HA 2H25A 1S7YA 2GHBA 4N6KA 1LAFE 4P56A 5KZTA 2PT1A 4F19A 3U8QA 2A5TA 3LUZA 2ONSA 3Q26A 5FTHA 1AWBA 1MXWA 1A8FA 4NMYA 2Z22A 4PBHA 4PE5B 3FBPA 4RPNA 2PT2A 3IFAA 4MNPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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