2PYYA

Crystal structure of the glur0 ligand-binding core from nostoc punctiforme in complex with (l)-glutamate
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
212
Chain Sequence
PLLVATRVIPPFVLSNLSGFSIDLWRSIATQIGIESKLIEYSSVPELISAIKDNKVNLGIAAISITAEREQNFDFSLPIFASGLQIMVRNGDIRSIDDLPGKVVATTAGSTAATYLREHHISVLEVPKIEEAYKALQTKKADAVVFDAPVLLFYAANEGKGKVEIVGSILREESYGIILPNNSPYRKPINQALLNLKENGTYQSLYDKWFDP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the GluR0 ligand-binding core from Nostoc punctiforme in complex with L-glutamate: structural dissection of the ligand interaction and subunit interface.
pubmed doi rcsb
source organism Nostoc punctiforme
molecule tags Transport protein
molecule keywords Ionotropic glutamate receptor bacterial homologue
total genus 65
structure length 212
sequence length 220
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA02
3HHGA 2XXHA 4X1DA 2I4BA 3OSRA 3SKPA 3MW0A 3PMVA 1B3GA 3K00A 2HZLA 3C32A 1N04A 3EHTA 2PVUA 3FXRA 1LBBA 3OSQA 1B7HA 1YPNA 2UYFA 3K6VA 3RT8A 1OQGA 4NE4A 4GRKA 5I58B 5JTYA 3IJOB 2V3QA 4ONYA 1AL3A 4C0RA 5L9MA 2O1MA 1D3KA 1NKXA 4NF6B 1O64A 3SETA 1P1UA 4E0WA 3MVZA 2F6PA 1ZU0A 4G68B 1FTKA 1VE4A 2ABHA 4GVOA 4ZEDA 1Y1MA 3TELA 2M8CA 4BDQA 2ZNSA 1MQJA 1MPBA 3PUVE 1JNFA 2O6AA 1PB8A 1FQBA 2VP1A 2X26A 3CSBA 3EN3A 1B2HA 3K0VA 3O6HA 4FEDA 4YZZA 3SDFA 3TCHA 2DE3A 4GXAA 5AA2D 3KG2A 3N6UA 4EXLA 3HO7A 1EZOA 2BJJX 1B4ZA 3DP4A 3EHSA 4U2RA 4I62A 5F7VA 1UQWA 3HV1A 4LZ7A 4POXA 1B5JA 3CFZA 3H6TA 3PGFA 4MF3A 2DVCA 3P7IA 4F18A 2XXQA 5CBSA 3Q26A 1ATGA 3CSGA 3E4RA 1B0HA 1O63A 2I58A 2ZYNA 3FD3A 1LFHA 5ISUA 2LAOA 3E3KA 1N76A 2OWTA 3SEWA 5I2KA 4X48A 4OFLA 5EHMA 1R9QA 4BDNA 4GL0A 4PFUA 1ZTYA 1FQCA 3KGCA 1I6AA 3ECRA 3SERA 1IZ1A 3D4GA 2DXYA 5L9OA 3BFTA 1BKAA 4R74A 3KOTA 4F22A 1MXUA 1M5FA 1PEBA 3K01A 5BWJA 5H8FA 4R9GA 5CMMA 1PB9A 3DLNA 1SDXA 2F5XA 3IL1B 1B3LA 1JW1A 3JV9A 2Q89A 3OO6A 4M4GA 2F8DA 4HW8A 4KI0E 3M8UA 1UIUA 1B6HA 2UXAA 3OO7A 4NEDA 1OLCA 3SEVA 2F78A 3OO8A 3CFXA 2AIXA 2PT2A 1A54A 4FE8A 4THIA 3S9LC 3FV2A 3PUYE 4IO2A 4EDPA 1ZJLA 4POWA 2I49A 4LONB 3KN8A 3QSLA 3B6WA 3MVWA 3H6WA 2NVUB 4F39A 1N7XA 3MWBA 3OD7A 5AA2B 2HXWA 2E1SA 2RCAA 2RC7A 2RC9A 3PUXE 5AA1A 5AA3A 4XKNA 1RKMA 2Y7IA 3C35A 3BKIB 1QULA 4IO3A 3U1OA 3WAFA 3RT6B 3IOUA 4DCXA 2HAVA 3O28A 4F19A 2NWJA 1A7LA 1OVBA 5FHNA 4AQ4A 1MQHA 1IEJA 4OXVA 4TQUQ 4ELRA 2GH9A 3G3IA 3TKDA 3D4CA 3MC2A 2XXWA 4OTEA 1MXXA 1XOCA 5AE4A 2F7BA 3MP8A 1WODA 2GFEA 5H8SA 4M1VA 3FGSA 4JWYA 3KEIA 4R6HA 4JXIA 3VLUA 2DWIA 2AL4A 5TU0A 1MXVA 2P0SA 3RGYA 1B40A 1B1XA 1IXIA 3IX1A 3OEKA 2XX7A 3IR1A 3VXBA 2QS3A 1BTJA 1TXFA 4ESWA 5FTHA 4XTCQ 2ALUA 5TP9A 3TZAA 3VV5A 4QF9A 1NNPA 1P1OA 4BLAA 3K6UA 2HFBA 3QUFA 1MXWA 5KCJA 2DOJA 3VLVA 2X7PA 1JVXA 2FA7A 4KHZE 5L9SA 1PC3A 2H4IA 3IO6A 1FTOA 3O6GA 5CI5A 1SI0A 1ZLQA 1DPPA 3FJMA 4Z0IA 1P1WA 4IY5A 3EPEA 1MQGA 3FJGA 3PPNA 4NWDA 4QHQA 4F29A 4MLQA 4GXSB 4YKIA 4BDOA 4F1VA 4PQJA 4FAJA 4YB7A 4EQ9A 1N3XA 1Q35A 4ELOA 2H99A 3R7XA 1OVTA 4IO6A 2WKYA 2Y7WA 3F11A 4IB2A 2H5YA 3PPQA 1MPDA 3SEXA 4JWXA 4EF1A 3FIRA 1Y1ZA 1PB7A 1Q1KA 5HM4B 4NTLA 3UA8A 1MY0A 3B6QA 2AL5A 2ZYOA 3QUJA 5H8QA 4I1DA 1TFAA 3KFMA 3T9HB 1B7ZA 2ONRA 2XXXA 3ILTB 3LSFB 1B3HA 5I57B 2QSXA 5EHSA 3VLWA 1B05A 2ESNA 4U4SA 3W9WA 2VD3A 1US5A 4G8NA 4R9FA 3T96B 5A5XA 2HZKA 1B52A 4FIMA 5I84A 3Q29A 4Q0CA 4ZEFA 3RLFE 3LSLA 1B32A 2Y7KA 1L5TA 3A3CA 3C36A 3N5LA 1ZMGA 1AOVA 1HSJA 2DQVA 1UTBB 1Z7NE 3IOWA 1Z7ME 4ELPA 1QUJA 2RINA 2XX8A 2ZXTA 2A5SA 1BIYA 2XXPA 3PPOA 4H8IA 1IITA 1QVSA 4RYAA 3MUQA 3FZVA 3GLBA 5AA4B 3OO9A 3OOAA 5L8DA 3UK4A 2F6GA 1D9VA 4GQOA 1JVYA 1UTHB 2PX1A 4GOTA 4O3BA 3U8QA 3HPIA 2ANJA 1BP5A 3K4UA 4YMBA 1EZ9A 4H65A 5I58A 4G77A 5CM6A 1NNFA 5I2NA 1NL5A 3TFLA 1LB8A 3U72A 3VVDA 3KSXA 4NWCA 1LFIA 1M5CA 2PMSA 3THIA 1B1HA 2QPQA 2THIA 1VFEA 2Y7RA 3IAZA 1A40A 4G68C 3RNNA 1UIVA 4DCYA 5JEIA 1B4HA 2FYIA 1B3FA 2F36A 4GLIA 3RPWA 2DWHA 4G4PA 5LOMA 1IQ7A 3ONMA 4GFRA 5IKBA 3T93B 5H8NB 1CE2A 3VVEA 4BDLA 3IB0A 1A8FA 3R26A 4IO7A 1MS7A 3JZJA 1B5HA 3HN0A 3I6VA 4MBPA 1MXZA 1B5IA 3G7WA 3M3LA 3TODA 1MDP1 2QS1A 2RKMA 3FXQA 4KYSA 2CZLA 2DE2A 4ZEBA 3T9XB 2VGQA 3UP9A 4Z7EA 2Z23A 4OENA 4ZZAA 2CMOA 2H25A 4G8MA 4U4XA 3IK6B 1H44A 1XHYA 4OYVA 5H8HA 2DWAA 3N94A 3TUSA 2Z8FA 5I2NB 1NH7A 2ZYMA 4P0IA 3TAJA 1LAXA 1YAEA 3E13X 5F1QA 1OLAA 5KCJB 4RPOA 4L17A 4F3GA 3TPAA 2QL3A 3G3KA 4DE8A 1UTHA 1DSNA 3G3JA 1AH5A 5TP9B 3IJXB 4LZ8A 2OJTA 1JEVA 1LGBC 1VFDA 3HHFA 4U1OA 4ZEKA 3K6XA 3FVNA 4KYDA 4LP2B 3G3HA 2DP8A 3C34A 3PUWE 3KJ7A 2I6EA 2ZNTA 1NMUA 4R2FA 3MAMA 3W15C 3K2DA 5ITOA 4EQBA 1FQAA 1TWYA 3TTMA 2UVJA 1H45A 1II5A 1M5EA 1US4A 3FATA 3PU5A 3Q25A 3VFJA 3QXMA 1GV8A 1SW4A 3DM0A 4DXUA 5JK4A 3RY3A 2GHBA 1EU8A 2QMWA 1JW4A 2PBWA 1URGA 4ZDMA 3K6WA 1N7WA 5I57A 1P1QA 3K1NA 2IA4A 2Q9TA 1FW0A 2Q2CA 1B9JA 1R9LA 5M2VA 3EQ1A 2H9BA 1R1NA 3A09A 5DEXA 4LATA 5ICTA 2O51A 2F7AA 3B6TA 3PD8A 4KR5A 4N13A 5I59A 3IORA 2RF1A 1R6ZA 1YTVA 2HAUA 5CMCA 1B3EA 3TYHA 5B70A 5FHOA 4Q30B 3VE1B 4PE5B 4UA8A 3C9HA 4LUBA 4UACA 2R71A 2FNCA 4Q8RA 4NF4B 1A55A 4PETA 3IO4A 4H67A 4KQPA 2QMXA 1FTJA 3PV0E 3QYTA 4OZ9A 1QW0A 2D21A 4LQ2A 2NOOA 4K3FA 3V8XB 1PBQA 4NF5B 3T22A 2XXTA 4JBZA 1OIBA 2UVGA 3MP6A 1KWHA 2B3FA 1Y20A 4N6PA 4QSCA 4U22A 2HEUA 2ZYKA 4WXJA 1B51A 1XS5A 3EF7A 3MZ1A 5I56A 5AA2A 3PPPA 3Q28A 4WKMA 3DP8A 4ZE9A 4O3CA 3QIMA 2R6GE 3UORA 5HPQA 3BBRA 2DWJA 2F34A 2O69A 3G3GA 3BFUA 3PD9A 4H5GA 3FJ7A 1SD3A 3UGWA 3IB2A 3B7DA 5J1DA 4FATA 3OXNA 1XVXA 1MY2A 3CRBA 3RQTA 2ZMBA 3CI8A 3KJTA 4R75A 3ZKLA 4ISUA 4ZE8A 3S9NC 3H4ZA 1D9YA 5FTIA 5H8QB 1A8EA 2QRYA 5BUUA 3CG1A 3VVFA 2GHAA 3CFLA 3K1MA 1GVCA 2HQ0A 3GBAA 1POTA 3O2AA 5ITPA 1SQYA 4C1UA 1MQIA 2DS9A 3C31A 3LSXA 2V3UA 4IO5A 2F35A 2IEEA 2D5WA 2X7QA 4OETA 4OERA 4TLMB 4YB5A 2Q8JA 4KD5A 4PFYA 1P99A 4XKQA 2I0CA 1ZKBA 3GBBA 3PMWA 3OENA 2KLFA 1MPCA 4KPTA 4YB6A 3FVOA 3TDJA 4LA9A 4U21A 2G29A 5I2KB 1XC1A 3KZGA 4U1ZA 2F7CA 4H8JA 1MQDA 4OMBA 3S2VA 2Z8EA 3FUZA 5H8HB 1MM7A 1IIWA 1GGGA 3TTRA 3FXUA 4JDFA 4Q5TA 1FQEA 4ZEIA 3HSTA 1N3WA 1ZBMA 3W9VA 1POY1 1T0KA 2O7IA 2OCUA 2YJPA 1SBPA 4H6DA 4ESXA 3H6VA 4QRZA 3A3UA 4GF8A 5IAIA 3V83A 1O7TA 1SVXB 1PBPA 1HSLA 4N07A 1USYH 3V89B 2I48A 4DXBA 1MDQA 4GIZA 5ICQA 3I3VA 2QS2A 4F3BA 1SW5A 3IOTA 4HTGA 5K2YA 1JW5A 1MY1A 2ONSA 4NF8A 3H7MA 3KN3A 3MPKA 5DT6A 3V5AA 4F3PA 3E9XA 4PFWA 3CVGA 1LSTA 1TT1A 3CG3A 5I59B 3AXFA 4YICA 4QSDA 4RPNA 4TOZA 3M3FA 4R73A 3RTFB 2G93A 4O3AA 2I4CA 3N26A 2XXUA 3LBSA 4JSOA 3SESA 4KCDA 4GWOA 4H5FA 3RUMA 2OK2A 1AMFA 3KSJA 4IO4A 4MH5A 1LCTA 1M5DA 2I0BA 4C1TA 3N6TA 1OQHA 2VOZA 4KYEA 4LVQA 5DVIA 1FQDA 1SYHA 5CC2A 5KDTA 4PFTA 1D4NA 2I3WA 4LQ5A 5ELVA 3DP6A 4G8HA 4X1BA 4ZS9A 4ECFA 1QJMA 3OMBA 4R2BA 1IUDA 4OEVA 1Y4TA 3FVGA 4HCYA 3QK6A 1SYIA 1J1NA 4ND9A 1PDAA 1DPEA 1MRPA 1UTBA 4H1XA 4MLVA 4QFNA 2HCAA 2AYSA 1HSEA 1MH4A 2Z22A 1Y9UA 4FJPA 4NF6A 2V25A 4P0GA 5DVJA 1NNKA 4P11A 3ZS6A 4FECA 4GL8A 2V93A 3OEMA 3UN6A 1BLFA 2DXRA 1ZIUA 2OZZA 3FVKA 2OBGA 1NH8A 1MH3A 3PUZE 4QFPA 3RTWB 3I5OA 3G3FA 4OFOA 1EZPA 3LC8A 4F31B 2H98A 1IXCA 2NUVA 4IGRA 3KN7A 4I8CA 4F1YA 3JYRA 1RYXA 3O66A 4IGTA 1JEUA 1A99A 4RY1A 1Y3PA 3CR9A 5H8NA 3L6GA 3T66A 4RK9A 4QFOA 1MXYA 1URDA 1FCKA 3H3GA 1DTZA 3O97A 5KZTA 1WDNA 2DE4A 4OFJA 1MM6A 4OQOA 4PP0A 1Y3NA 2Q2AA 3MJNA 1GTKA 1Y3QA 2ZNUA 3IB1A 5DYHA 3TCFA 4ELQA 3ZSFA 4MFIA 2D3IA 4JSDA 4NF5A 4RJZA 4IY6A 1LB9A 1DMBA 2W7YA 1QKAA 1B58A 1N0TA 1NFTA 1WVJA 3MQ9A 3MZBA 4H0WA 4YU0A 5K2XA 4F3SA 1DTGA 4KCCA 1DOTA 2UVIA 4JB7A 2NXOA 1LAGE 1M5BA 1SW2A 4NF4A 5DVFA 5EYFA 3CIJA 2Q88A 3VXCA 4OVJA 5B7DA 2OWSA 1URSA 2DSFA 2B65A 1I6BA 1YCJA 3LSWA 1OMPA 1TFDA 3DELB 1LAFE 2XXYA 2Z8DA 4FEBA 3TQWA 4NF8B 4F1UA 4ZECA 4G2ZA 3M3KA 1IXHA 1SW1A 3H6UA 4QFLA 2XD3A 2A5TB 3L6HA 5H8FB 5TPAB 5DEXB 3TCGA 2O84X 5I56B 3T9VA 4QFKA 1EH3A 1VSOA 2P2AA 1VR5A 1FTLA 4HCWA 3TTLA 2V84A 1P1NA 2DVZA 2PYYA 2GRVA 1F9BA 3ILUB 3Q27A 4OEUA 2RCBA 3IOVA 4BDRA 4F2QA 3T9UA 2F97A 4AB6A 1I69A 2R9JA 2V3TA 2XD2A 5A5XB 5CMKA 1IXGA 5AA4A 1SI1A 1QKBA 3LR1A 1NNTA 3HCQA 4RXLA 3R6UA 1USYE 4E0XA 4OESA 4WEDA 4RK2A 4YKJA 4EF2A 3TEPA 4U23A 3C33A 2RC8A 2VHAA 1B46A 1MG1A 2O1LA 2XXVA 3MPLA 1LBCA 3OELA 5DTBA 1I6QA 1MY4A 3TMGA 3MZ9A 3VDFA 1AIVA 3H06B 1RYOA 4NMYA 5FHMA 3TTKA 2REJA 4F2OA 4YMAA 4YKKA 3U92A 3MP1A 3MBPA 3WAEA 3UIFA 5CMBA 1S50A 4XKRA 1MY3A 1B0LA 1Y4CA 3O9PA 4AB5A 3PPRA 2Y84A 4KFQA 1LAHE 3QAXA 4R6YA 4XIGQ 1N84A 5KDTB 3ODBA 1ANFA 1JQFA 3O29A 4YAHX 5CRYA 3USDA 4DLDA 1JETA 3SEUA 1S7YA 1GR2A 1FTMA 1LFGA 5TPAA 1H43A 2OLBA 2A5TA 5JTYB 3K02A 4DIGA 1H76A 4EUOA 4R6KA 3S4UA 2YPNA 3C4MA 3SEYA 2PT1A 4HS7A 1LCFA 4QSEA 4ZZEA 1QUKA 2O7UA 1LLSA 2REGA 3H03A 3LUYA 3FASA 3O6IA 4JWOA 3RN8A 4BDMA 5CBRA 3S9MC 2VD2A 4R72A 4YKPA 3KOSA 4XXUA 1S9TA 2P1SA 1H3DA 4RA1A 1FQFA 4DXCA 1XVYA 4X9TA 3U94A 2XHDA 4OWDA 4G68A 4DDDA 3TTNA 3FV1A 4RNSA 2QJEA 2XXRA 4WEPA 4DZ1A 4EQ7A 3S9EA 2UVHA 2XXIA 3KBRA 3U93A 3PMXA 1CB6A 2B3BA 1QUIA 3GZGA 4OHNA 3EHUA 2Y7PA 4FORA 3ZKKA 5HBCA 2UYEA 3TQLA 3K1PA 3MVYA 3GXAA 4I9DA 2QS4A 1ELJA 2ONKE 2XX9A 2YLNA 3MVXA 2I3VA 2DYXA 4LZ5A 4TLLB 4GD5A 4XKPA 4EXKA 1B7UA 2E0SA 1XT8A 2O68A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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