2PYYA

Crystal structure of the glur0 ligand-binding core from nostoc punctiforme in complex with (l)-glutamate
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
212
Chain Sequence
PLLVATRVIPPFVLSNLSGFSIDLWRSIATQIGIESKLIEYSSVPELISAIKDNKVNLGIAAISITAEREQNFDFSLPIFASGLQIMVRNGDIRSIDDLPGKVVATTAGSTAATYLREHHISVLEVPKIEEAYKALQTKKADAVVFDAPVLLFYAANEGKGKVEIVGSILREESYGIILPNNSPYRKPINQALLNLKENGTYQSLYDKWFDP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the GluR0 ligand-binding core from Nostoc punctiforme in complex with L-glutamate: structural dissection of the ligand interaction and subunit interface.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Nostoc punctiforme
molecule keywords Ionotropic glutamate receptor bacterial homologue
total genus 65
structure length 212
sequence length 220
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pyyA02
1Y3PA 3OO8A 3TTKA 2P2AA 1YAEA 2UYFA 3L6HA 2PT2A 3LUYA 2DVCA 1UQWA 2ONKE 1FQFA 4K3FA 4OETA 1OIBA 2AL4A 1S9TA 1LAXA 3KEIA 5I58B 3T9XB 1MQGA 3K6VA 1JW5A 1I6BA 3A3UA 3N6TA 3O9PA 2Q2AA 1DTZA 1XT8A 1I69A 4KI0E 1FTMA 2Q88A 1SD3A 5HM4B 1B4ZA 5DYHA 2XXWA 3SEUA 2QL3A 4EUOA 3OSQA 2ZNSA 4ESXA 4ZZEA 1N76A 3THIA 1B40A 1MPDA 1N0TA 3HPIA 4DE8A 3C9HA 4YKJA 4NMYA 4DXBA 1J1NA 4QFLA 2PX1A 4P0IA 3EPEA 1SW4A 3PU5A 1AH5A 3MW0A 2I0BA 5F7VA 5FHNA 4MBPA 3N94A 2I3WA 3IB1A 2A5SA 2WKYA 1QUKA 3KJTA 2ONRA 3VLVA 4LZ8A 5KCJA 1B3FA 4JSOA 2XXHA 4ELQA 2XX8A 3O28A 3FJGA 1LFHA 1AOVA 3ONMA 1MM7A 2X7PA 2F5XA 1SYIA 4NF8B 2HZLA 2RC8A 2QMWA 4O3BA 4EXLA 1SBPA 1Y20A 1B1XA 1GTKA 4R9FA 3KSXA 2V84A 2ZNTA 1SVXB 3H6UA 4PP0A 3GZGA 3LSWA 3PMWA 5FTIA 3RQTA 5H8FA 1SI1A 3MVYA 3IOWA 2V3TA 4F3PA 3CG3A 4N13A 2VGQA 5TPAB 2QS3A 3OSRA 3C35A 3C36A 2Z22A 1UTBB 1Y1MA 5AE4A 1D9YA 4RPNA 2P1SA 3T9UA 3KN8A 1KWHA 4QSDA 4F1UA 4DZ1A 2CZLA 1MXVA 1TFAA 3MPLA 3E4RA 4G2ZA 3FXUA 2W7YA 3HN0A 4OQOA 4ZE9A 3S9EA 1A99A 1NFTA 5FHOA 4H5FA 2H5YA 1QUIA 3PPRA 4GL8A 4XKNA 1IZ1A 4BDQA 3DLNA 1RKMA 3S9MC 4THIA 3JZJA 2Y7WA 1LSTA 3K00A 1QVSA 1JEVA 4U22A 3G3HA 3IX1A 2X26A 1SQYA 4ELRA 4JDFA 5AA4A 3JYRA 4F1VA 3TTRA 5AA3A 3O66A 4ESWA 1IQ7A 3DELB 4ZEFA 4OFOA 4YZZA 5IKBA 3SEXA 2ONSA 3I5OA 4FIMA 4NF6A 5K2XA 2OK2A 3HCQA 2Q9TA 2RF1A 4Z0IA 2DQVA 4KPTA 2A5TA 2XXIA 1MS7A 2HQ0A 3PD8A 4R6KA 3IR1A 4YKIA 1HSEA 4F3SA 3TDJA 1B6HA 4KHZE 1MH4A 4N6PA 4JSDA 2O69A 5EHSA 2V3QA 1GR2A 4RA1A 4OESA 1BP5A 3IJOB 2UVJA 1OVTA 1QUJA 1A55A 2QRYA 3QUFA 1UTHA 4LZ7A 4EDPA 3VDFA 4LQ5A 4LQ2A 2O7UA 4IO5A 1OLAA 4HS7A 2IEEA 2Z8EA 4ZZAA 1QJMA 2F7AA 2HFBA 4RK9A 4F29A 4M4GA 2RCBA 4JWXA 4NTLA 2RKMA 4YB6A 3JV9A 5JK4A 4IO7A 4F1YA 5IAIA 1XS5A 4IB2A 5AA2A 1UIVA 1MH3A 4HW8A 5DVJA 1DSNA 3ZSFA 3FUZA 2E1SA 1EH3A 3UP9A 1URGA 1S50A 3L6GA 4DDDA 1PDAA 3W9WA 4H65A 2UYEA 3S9NC 1IXGA 3FZVA 3TAJA 1NL5A 1IXIA 1WODA 4EF1A 3OOAA 4F19A 3IOUA 4F22A 2REJA 4H67A 3F11A 1AL3A 3QIMA 4XKQA 3H4ZA 1ZJLA 4NWDA 1M5DA 3OEKA 1PEBA 1P1OA 2R9JA 1O64A 3IO4A 4GXSB 3K4UA 5CI5A 3K0VA 4RJZA 3BKIB 4DCXA 4LONB 4NF4B 2YPNA 1USYH 2M8CA 1ZTYA 3PMVA 3VE1B 2PT1A 3FV2A 4IGRA 4EXKA 2ZNUA 2HZKA 4NEDA 2Q2CA 4OZ9A 2VOZA 1MY0A 3OO6A 4GWOA 4H1XA 3DP8A 4OERA 5KZTA 4N07A 2GRVA 4G68B 2NOOA 5I2KB 2XXQA 3QAXA 1MPBA 1MXZA 4ELOA 2UVGA 4U4SA 1JVXA 3FXRA 1B4HA 2PMSA 4ND9A 4MLVA 2DP8A 1B5HA 2YJPA 2OLBA 4YU0A 1N3WA 1MY1A 1B5IA 2F78A 1B32A 4OEVA 1Y4CA 3PUYE 3V5AA 4PETA 2B3BA 3H6TA 1MXXA 3TTLA 3LSLA 1Y9UA 4FEBA 1PBQA 1PB7A 4R74A 3FASA 3RTWB 4IY6A 4IO4A 3B6TA 1ZIUA 2Z8DA 4C0RA 1R9LA 1FW0A 5KDTA 4GD5A 3TFLA 2RC9A 4R75A 3ZKLA 3SERA 4TLMB 1SDXA 3ODBA 3SKPA 2ABHA 1YPNA 1DMBA 2I49A 3IOTA 2ALUA 2QSXA 1YTVA 3GBBA 5HPQA 3K2DA 3SEYA 1H43A 2NUVA 2DXYA 4Q8RA 2HEUA 2XXUA 2V93A 2F7BA 3KOSA 2B3FA 3MP8A 1P1UA 4OENA 4O3AA 1MDQA 2OWSA 1UIUA 4F3GA 3H3GA 4WEPA 3FIRA 1S7YA 1EZOA 1N7XA 1FQEA 4BDLA 5I2NA 4PFTA 1P99A 2F6PA 5DTBA 3E3KA 2QJEA 5CMBA 1EU8A 3QYTA 4PFWA 5TP9B 3Q25A 4C1TA 3CFXA 4FEDA 1JEUA 1VR5A 4ZEDA 4G4PA 1HSLA 3PPPA 2DWAA 3H6VA 3RY3A 4F3BA 5L9MA 4X1DA 4OHNA 4U1OA 4KFQA 4DIGA 2Z8FA 3D4CA 5I57B 4IO6A 4GVOA 4YB5A 2QPQA 2XHDA 5H8NA 1B58A 2Y7KA 4PE5B 3Q29A 4ZDMA 3R26A 4WEDA 4GL0A 5JTYA 3U8QA 1LAFE 1P1QA 1LFGA 1B7ZA 1DPEA 5H8HB 4ONYA 1JW1A 3QUJA 3VVDA 3IK6B 3OXNA 5DVIA 4LVQA 1LBCA 5CMCA 1N7WA 2Y84A 1TFDA 4U23A 3RLFE 1HSJA 1IUDA 2DVZA 4RYAA 4OMBA 1FQDA 3KZGA 4QRZA 5FTHA 1JW4A 3RUMA 4JBZA 3I3VA 4P0GA 2I6EA 3O97A 2QS1A 3T9VA 4BLAA 2GHBA 3K6UA 1PB8A 2F35A 4I8CA 4BDMA 4QSEA 2THIA 3TTNA 1B2HA 4XKPA 3A09A 1BIYA 3QXMA 4Q0CA 1ZBMA 3OEMA 3PMXA 2XXVA 1QKBA 1XHYA 5F1QA 4UACA 4X9TA 1US5A 1FQCA 4RPOA 4LZ5A 4P11A 1URSA 4ZEKA 4NF5A 3RT6B 3G3GA 5B70A 3IB0A 1IITA 1URDA 3MPKA 3IORA 5KCJB 1B0LA 4YICA 4YAHX 3TELA 5L9OA 1B52A 1JVYA 1MXYA 2VP1A 3TYHA 3W9VA 3C4MA 4QF9A 3HSTA 1B3GA 2LAOA 1LGBC 3WAEA 3B6QA 5H8FB 4F18A 5A5XA 2DWHA 4KYEA 2R71A 3VV5A 3RPWA 2Y7IA 3FJ7A 4R72A 4YKKA 4QSCA 1Q1KA 4BDNA 2YLNA 1Y3QA 1LCTA 4EQ9A 3S9LC 3MZ9A 5L9SA 5I56A 3H7MA 4U2RA 1NKXA 2GFEA 5I59A 3C31A 3SEWA 4QHQA 3T9HB 3CI8A 3PPOA 3OELA 3LBSA 2DXRA 1IXHA 2F8DA 3MWBA 3EQ1A 1DOTA 4G8HA 3IO6A 2OJTA 4H0WA 3EHTA 1MG1A 4KYDA 3K1NA 3U92A 4H8JA 3FGSA 3SESA 1M5FA 4MLQA 1BLFA 3H06B 5H8QA 2O6AA 4TQUQ 1PC3A 5CC2A 5CMKA 2OZZA 3KGCA 2ZXTA 5AA4B 4LUBA 1FQBA 1ZLQA 3MJNA 1US4A 2F34A 4OEUA 2X7QA 3LR1A 2UVHA 1MY3A 3U72A 3UORA 2I58A 4HTGA 4HCYA 3IJXB 4RY1A 3O2AA 1R6ZA 4PFYA 1NMUA 1NH7A 2Y7RA 3CRBA 3O6IA 1D9VA 1I6QA 4F39A 3BFTA 2REGA 3HO7A 2A5TB 3RTFB 3TQLA 3IAZA 1GV8A 2I48A 2RC7A 2PYYA 1N3XA 4FORA 4OTEA 4ECFA 1OMPA 2Z23A 2PBWA 2QS2A 4OVJA 4ZS9A 4KQPA 2V3UA 3MP1A 3MAMA 4KR5A 2QMXA 3ILTB 3TZAA 3GLBA 1D4NA 1MRPA 2VD2A 1EZ9A 3UK4A 4U4XA 3G7WA 2OBGA 3T93B 3FXQA 1AIVA 1B46A 3A3CA 4WKMA 1VFEA 1SW5A 1UTHB 4C1UA 4JWOA 4GRKA 4YMBA 3Q28A 1B51A 3EHSA 3BFUA 3KOTA 3EF7A 4GQOA 1H76A 2DE4A 3C34A 3FVKA 3FD3A 3S4UA 4X1BA 3G3IA 4OXVA 5AA2B 4DCYA 4ISUA 1B1HA 1Z7ME 5AA1A 4OYVA 2DSFA 4FJPA 5I58A 1OLCA 1R9QA 3M3KA 4POXA 3R7XA 3Q26A 4H5GA 2KLFA 2P0SA 2FA7A 4JWYA 2DOJA 1H3DA 1B0HA 4L17A 2GHAA 4XIGQ 1DPPA 5TU0A 4R73A 3O6GA 3TCHA 2D5WA 2R6GE 5BWJA 3KFMA 4GF8A 1MPCA 1O7TA 1A40A 3IB2A 1ZKBA 3RNNA 1LFIA 4FATA 1Y4TA 2G93A 1ANFA 3SETA 1H44A 3OO7A 4LA9A 2V25A 4H6DA 1OVBA 1CE2A 3MVWA 1LAHE 4R2FA 4TOZA 2H25A 1M5EA 1B7HA 3H03A 1USYE 1YCJA 4DXCA 1XVYA 2RINA 3SDFA 2DYXA 3AXFA 2HAVA 2XXRA 3V8XB 3USDA 5BUUA 1LB9A 1M5BA 5CM6A 3IL1B 2XX9A 3TCFA 3VLWA 4PFUA 4Z7EA 2F7CA 3C33A 4KD5A 1MQHA 4NF8A 5ITOA 1N84A 1OQGA 4YB7A 5H8HA 3UA8A 1SW2A 3PUVE 2HAUA 1POTA 2E0SA 2B65A 3EHUA 1GGGA 2HCAA 1VFDA 1LB8A 3UIFA 4ZE8A 4NWCA 1R1NA 2G29A 5TPAA 3VVEA 3QK6A 4KCCA 3R6UA 3HV1A 1UTBA 3OD7A 2H9BA 1QKAA 1NH8A 2ZYOA 4YMAA 3K6XA 1A7LA 5JEIA 3V83A 1I6AA 3CSBA 3FVOA 4MF3A 1B3EA 3C32A 3G3KA 4ELPA 3HHFA 2BJJX 2XXPA 3LSXA 3OENA 5CRYA 5DEXB 4GLIA 1II5A 5L8DA 2ZYKA 3TKDA 5KDTB 4YKPA 2H4IA 1LLSA 3E9XA 3U1OA 1Z7NE 4Q5TA 3K6WA 3MC2A 3DP6A 1FCKA 3K02A 1B7UA 4DLDA 5EHMA 3MZBA 1FTKA 4OWDA 4UA8A 3V89B 2DS9A 4AB6A 3K1MA 1FQAA 1FTLA 2GH9A 2DE3A 1JNFA 2XXXA 3GXAA 3PV0E 3WAFA 4F2OA 3OMBA 3MQ9A 4XTCQ 4GFRA 3LC8A 4FE8A 3KSJA 4XXUA 3MVXA 2D21A 1ZU0A 1CB6A 2I0CA 3MP6A 1PBPA 3FVNA 4IGTA 1ATGA 3U93A 2ESNA 3CVGA 1Q35A 4JB7A 5I2NB 3HHGA 2DE2A 5J1DA 3VLUA 3DM0A 3FATA 3FVGA 3MZ1A 4R2BA 2O1LA 1A54A 3S2VA 3TEPA 1OQHA 3DP4A 2H98A 1FTOA 3CSGA 1JETA 2DWJA 4GIZA 3MVZA 4QFNA 1MDP1 3RGYA 5B7DA 1LCFA 4IO2A 3N26A 2UXAA 3I6VA 4RK2A 2VHAA 1H45A 3TPAA 2NWJA 3N6UA 5CBSA 5CMMA 4WXJA 4U21A 3TQWA 5H8NB 5ELVA 2HXWA 3ZKKA 3ZS6A 3B6WA 1B3HA 1NNTA 1M5CA 2I4BA 5JTYB 5EYFA 4NE4A 1D3KA 1Y1ZA 1PB9A 4EQ7A 3E13X 3RN8A 4O3CA 1F9BA 3W15C 1FTJA 3VXBA 5HBCA 3ECRA 3OO9A 4GXAA 1B05A 2ZYMA 1A8FA 3UGWA 1TXFA 1SW1A 4KCDA 2XXYA 3D4GA 3TODA 3T22A 5AA2D 2Q8JA 2O51A 4IO3A 4AB5A 3CG1A 2OWTA 4Q30B 3PUWE 1RYOA 2XXTA 4OFLA 1A8EA 2I4CA 4LP2B 3VVFA 3KJ7A 1MXWA 1SYHA 3TTMA 1AMFA 1XC1A 1BTJA 3IOVA 3UN6A 3CR9A 4FECA 4G68C 1WDNA 4I62A 1NNPA 4G8NA 2ZMBA 3GBAA 1IEJA 3BBRA 4G77A 4I9DA 4I1DA 1QULA 5LOMA 2NXOA 3G3JA 4NF4A 3KG2A 2RCAA 2UVIA 3CFLA 4ZEIA 3CFZA 1B3LA 4NF5B 2AL5A 3PUXE 5H8SA 1LBBA 3TUSA 2XX7A 1T0KA 4RNSA 1O63A 4BDOA 3T66A 2XD2A 2XD3A 1MXUA 3VFJA 4G8MA 1TWYA 3G3FA 1XVXA 4G68A 3N5LA 1ELJA 1L5TA 1NNKA 4IY5A 4JXIA 5I2KA 2NVUB 3KBRA 2D3IA 2H99A 3M3FA 3M3LA 2IA4A 1JQFA 4OFJA 4NF6B 3FJMA 3PGFA 5A5XB 5ICQA 2CMOA 2OCUA 3B7DA 1GVCA 3K1PA 1B5JA 3M8UA 4QFOA 1NNFA 2PVUA 1IXCA 4ZEBA 1MQDA 1ZMGA 3PUZE 2VD3A 2Y7PA 5I56B 4EF2A 2O68A 1P1NA 4MFIA 5I59B 4F2QA 3O29A 1DTGA 3MBPA 3P7IA 5K2YA 4LATA 2FYIA 3LSFB 4PQJA 3SEVA 2AYSA 3U94A 1B9JA 5I84A 1Y3NA 1MQJA 5ITPA 2O1MA 1POY1 3CIJA 4M1VA 3EN3A 4GOTA 2DWIA 4H8IA 5H8QB 1QW0A 1N04A 1RYXA 4BDRA 3ILUB 4ZECA 3RT8A 1XOCA 4POWA 3PD9A 3PPNA 3Q27A 3KN7A 1WVJA 2F6GA 4R9GA 4RXLA 3O6HA 1MY4A 2O7IA 5M2VA 4TLLB 3QSLA 4R6YA 3H6WA 5CBRA 4HCWA 4U1ZA 5ISUA 2QS4A 5ICTA 1VE4A 3T96B 4F31B 5DVFA 4AQ4A 1BKAA 3TCGA 4R6HA 1MQIA 4XKRA 2F97A 3TMGA 1MM6A 4E0WA 4DXUA 4QFPA 4MH5A 5TP9A 1TT1A 5DT6A 2F36A 1IIWA 2I3VA 4FAJA 2O84X 3K01A 3VXCA 4EQBA 1MY2A 3KN3A 4QFKA 5DEXA 4KYSA 1VSOA 3FV1A 1LAGE 2ANJA 2Q89A 4E0XA 2AIXA 3MUQA 2FNCA 4X48A 5I57A 3PPQA 1EZPA 2ZYNA 1P1WA 1SI0A 5FHMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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