3TYHA

Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal transport
source organism Neisseria gonorrhoeae
publication title Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae
rcsb
molecule keywords FbpA protein
total genus 109
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tyhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tyhA02
1VFEA 3RT6B 2GH9A 3A3UA 4ISUA 1LFGA 3SETA 2O7UA 3OXNA 5CMCA 3FVKA 1IXCA 3OEMA 1PC3A 3T9UA 5BUUA 3WAFA 4DE8A 1DPPA 4THIA 1MM7A 1LAXA 4PFTA 1QW0A 2HAVA 3O2AA 1SW5A 1OQGA 4HTGA 1FTOA 1QJMA 3O29A 4PETA 1DOTA 5I2NA 4G4PA 1B3FA 4JXIA 1SDXA 3G7WA 2QS2A 3OO8A 3Q28A 1WVJA 5AA4A 3DLNA 1XVXA 2P1SA 4FEBA 1LSTA 3USDA 3MPKA 2XXYA 4GF8A 1MY3A 4FATA 4H8IA 3CG1A 4DCXA 1II5A 3B6TA 3MWBA 3OENA 1NFTA 3L6HA 1WODA 4U2RA 3VVFA 3IJXB 1UTBA 5EHMA 5HM4B 2R9JA 3OSRA 3LSFB 1LFIA 2UVGA 3H6UA 1NH7A 3GXAA 5KDTA 4EF1A 1OLAA 4IO5A 3RNNA 3MJNA 2RF1A 3TTLA 5DEXB 1NNTA 1BP5A 3U72A 3KEIA 2Z8EA 4LZ7A 1R9LA 4F3SA 2RC7A 4ZS9A 2G29A 3KN8A 4KCCA 4WEDA 2ZYOA 3R7XA 1LBCA 1SYHA 1IQ7A 4Q5TA 1HSJA 2ZMBA 1JVXA 4YB7A 4JBZA 5DTBA 3MPLA 4Q8RA 2UVIA 3EPEA 3H03A 4KR5A 3ZS6A 4KCDA 1ZJLA 3V89B 4R74A 2YPNA 3PPQA 2W7YA 4WXJA 1RYXA 4ELQA 3H4ZA 3C4MA 4RY1A 4HCWA 3T93B 3LUYA 4YKKA 1JQFA 2XXRA 2Y7KA 4NF8B 4AQ4A 1UTHA 4NF5B 5IKBA 3H06B 2DP8A 2DWIA 2I6EA 1QVSA 4I9DA 4OTEA 1EH3A 4QFOA 2YJPA 2A5TB 2O84X 2ZNTA 4TLMB 2F7AA 4ELOA 1MQGA 3RQTA 4OETA 1M5CA 3C32A 4NE4A 3RT8A 4NF4A 1I6AA 5I58A 2OWTA 4KFQA 3MUQA 3C34A 3LSXA 5KCJB 2DE3A 4I8CA 5AA1A 1SVXB 1FQBA 3TCHA 1MS7A 4JWYA 4UACA 1QUJA 1P99A 3FVGA 3VVEA 2VHAA 3UK4A 3N94A 2O69A 5H8HA 1OVBA 4ZEBA 4G68A 5JTYB 1B4ZA 4R2BA 5H8QB 2Q9TA 1B0HA 4R6YA 1RKMA 1ATGA 1MXZA 1A40A 2O7IA 5ICQA 3S2VA 3KOSA 2PYYA 4N6PA 3AXFA 3N6TA 5H8SA 3LBSA 3S9MC 1Y4CA 4I62A 1BLFA 1S7YA 1N76A 3FASA 1B5IA 4GWOA 3QXMA 3UORA 3H6VA 2F78A 3T22A 1SD3A 3KJTA 3I3VA 2A5SA 5AE4A 3VV5A 1FQDA 1N7WA 3R26A 5DVIA 1GV8A 1JVYA 1PEBA 1D4NA 4QF9A 1JNFA 2D5WA 1N84A 3TODA 4IO2A 2REJA 2R6GE 1DTGA 5I84A 3S9LC 4PQJA 2F6GA 1ZMGA 1Y9UA 2V93A 1FQCA 4OHNA 4LP2B 2I3WA 4F3BA 1NNKA 3FIRA 3LSWA 2GHAA 5I2NB 5DT6A 1MPBA 4RJZA 5TP9A 5CBRA 4F1UA 1A99A 5AA4B 3P7IA 2F5XA 1XOCA 2F34A 2UYFA 4ESXA 3TTRA 1Y3PA 2AYSA 2ZNSA 1LGBC 1B51A 3PUVE 4L17A 1MXXA 1I69A 4RXLA 2Y84A 3T9XB 3IORA 4O3CA 1P1QA 3MVYA 4RA1A 3M3FA 3V8XB 3MVXA 1KWHA 3QK6A 2O68A 1ZBMA 3PV0E 4RK2A 1QUKA 1UTBB 3A3CA 4PFUA 2OK2A 3BFUA 3D4GA 2QPQA 3M3LA 1B32A 5KDTB 3HN0A 1MY0A 2GHBA 3CVGA 1URSA 2XX7A 2Q2CA 3RUMA 4H67A 2LAOA 1SQYA 2RCAA 3T9HB 2UVJA 1GR2A 5AA3A 1MXWA 3RTFB 1MXUA 4GL0A 2ESNA 3HCQA 3E3KA 3OMBA 5CMMA 4EUOA 1TWYA 1A54A 3SDFA 3FVNA 2V3TA 4KI0E 4H6DA 4TLLB 1JEVA 4IGRA 2XXPA 3C36A 3C31A 3T9VA 4P0IA 4NWDA 3T96B 5I56B 3GBAA 4OMBA 5TPAA 4C0RA 3UP9A 2QSXA 1Y3QA 2RC9A 1PBQA 1EZPA 2DWHA 2I49A 1UTHB 3O6IA 4ELRA 4QFNA 3C33A 4NF6A 3KGCA 2PT1A 3OSQA 5M2VA 2QS1A 4P11A 2FA7A 2REGA 3K1NA 2HEUA 2O1MA 5FTIA 1A8EA 4YB6A 4NF4B 3VFJA 1GTKA 5I58B 3V83A 3MVWA 2I0BA 4EQ9A 4MH5A 5J1DA 4EQ7A 2HZLA 3KG2A 3PD8A 2F97A 1LLSA 4QFPA 3U93A 5CBSA 1USYE 1P1OA 4OZ9A 2DVCA 2M8CA 3EHTA 4LQ2A 2DE4A 3PMVA 4LONB 3O28A 3TUSA 4G68B 4F22A 3KZGA 4N07A 3Q27A 3DP8A 3K6XA 5FTHA 2VP1A 1SI1A 2XXVA 3G3IA 3MBPA 1A8FA 5ELVA 3FXRA 1LB9A 1B0LA 1MG1A 1MH4A 1R1NA 2THIA 4F2OA 1EZ9A 1VSOA 1A55A 3DM0A 1FW0A 3CFZA 4YKIA 3UGWA 2ABHA 3BFTA 1FTJA 4NMYA 2X7PA 4RNSA 2HFBA 4XXUA 1O64A 1B40A 4ND9A 3PMWA 3KBRA 4G8MA 4F1VA 4R9GA 5F1QA 5CMKA 1TFAA 5I59A 4POXA 1US4A 4LATA 2F6PA 2AIXA 1TFDA 3SERA 1DMBA 4HW8A 4RYAA 1NKXA 1M5BA 2DWJA 1Z7ME 1NNPA 4GIZA 4U4XA 1XVYA 4I1DA 2B3BA 4F19A 3E13X 1Y20A 3TKDA 3IOUA 4ZZAA 5K2XA 1UIVA 3T66A 1JW4A 3FGSA 1B3GA 3MZBA 1QULA 3TFLA 5BWJA 3U1OA 1O7TA 1AOVA 1IXGA 1S50A 2XD2A 3TCGA 2PT2A 4LVQA 4MF3A 2O1LA 2XD3A 1B9JA 5TP9B 1FTLA 2OZZA 5CRYA 4DXUA 3WAEA 4WKMA 4M4GA 2Q2AA 2QL3A 4LUBA 1LB8A 2D21A 3MC2A 4OENA 1N3WA 1TT1A 3CRBA 2Q89A 5IAIA 2D3IA 2I3VA 4FE8A 4GQOA 1AMFA 3IOVA 3TPAA 4H5FA 4PP0A 4GXSB 3IO4A 2VD2A 3PPOA 1ZKBA 5DYHA 4QSEA 3ECRA 3ILUB 3M3KA 5B70A 3ONMA 3K00A 5I2KA 1OLCA 1QUIA 3U94A 2F7CA 3A09A 2ZXTA 3VVDA 1USYH 4RPOA 4EXKA 3K1PA 5ITPA 2B65A 2NVUB 4N13A 2QS4A 1AH5A 1GVCA 3SEWA 3QAXA 4GOTA 5JEIA 1HSEA 1B7ZA 4JB7A 3EN3A 5AA2A 4K3FA 5DVFA 3S9EA 2ZYMA 3B6WA 1AL3A 3SEXA 2PBWA 4KD5A 2XXQA 2X26A 1BTJA 4ZZEA 1B3HA 4ZEIA 1B1XA 3IR1A 3FJMA 3VLUA 1T0KA 1EU8A 3TTNA 3TAJA 2PX1A 4R75A 3IB1A 1FQEA 1SW2A 5TPAB 1QKBA 1IXIA 4R72A 1JW1A 4YMAA 3K6WA 1IIWA 4IGTA 3OD7A 2H98A 3O97A 2WKYA 4NWCA 4X1DA 3PD9A 5K2YA 4NF6B 4U1OA 4XTCQ 2Y7WA 2Q88A 3D4CA 4F2QA 1ZIUA 1LAFE 4EQBA 2XXHA 3CFXA 2FNCA 4GLIA 5ICTA 1MQJA 1OVTA 1FQFA 1FQAA 1MQIA 4Z7EA 3C9HA 3Q29A 4H8JA 2OBGA 2B3FA 4QHQA 3VLWA 3M8UA 3IB2A 4DXBA 4U21A 3B7DA 4OEVA 4EDPA 3K6VA 1VFDA 5L9SA 3IOWA 5ISUA 3ZKLA 1URDA 4IO3A 3PPPA 1ZU0A 5DEXA 1FTMA 3H6TA 3FV2A 2KLFA 1B1HA 3SEVA 5H8FA 2GFEA 4E0WA 1D3KA 1JETA 4OFJA 4G77A 4EXLA 4YAHX 3U8QA 2DXYA 2V84A 4QSDA 4FIMA 1UIUA 1Y1MA 4JWOA 1P1UA 3UN6A 2HCAA 3FJGA 4PE5B 4F18A 4KYDA 3KOTA 2O51A 1Q1KA 1B5HA 1MQDA 1N0TA 3QIMA 1IZ1A 4OFLA 2Z8FA 2BJJX 3O6GA 2R71A 5FHMA 1LCFA 3RGYA 1N04A 3TQWA 1FCKA 3HPIA 3CSBA 4ELPA 4U4SA 1XC1A 3K4UA 2XX8A 2ZYNA 2DOJA 5CMBA 4NF8A 2VD3A 2QMXA 3FV1A 4NF5A 1P1NA 4R6HA 1P1WA 2P0SA 3Q26A 3PPRA 2OWSA 2AL4A 1H3DA 5FHOA 1LCTA 1NL5A 1XT8A 4O3AA 2YLNA 3IX1A 2F36A 1XS5A 1GGGA 1IXHA 1OMPA 1MRPA 1VE4A 3JV9A 3S9NC 1YPNA 2DE2A 1YTVA 1JEUA 3VDFA 1O63A 4JWXA 3EHSA 3FXUA 3CSGA 1CB6A 3IJOB 1B2HA 1DPEA 3HSTA 3PMXA 2HXWA 1SYIA 5H8NA 3W9VA 4POWA 1M5FA 4F39A 4YB5A 2Y7IA 3CIJA 3FXQA 3HV1A 3RTWB 2XHDA 3OEKA 3CI8A 1SW1A 4DLDA 2RCBA 3E9XA 3K2DA 3VXCA 1UQWA 4JSDA 5L9MA 4JSOA 3MP1A 1CE2A 3G3HA 1LAGE 4TQUQ 4PFWA 1J1NA 2ONKE 4Q0CA 3FD3A 4NEDA 5KZTA 4G2ZA 4YKJA 1N3XA 4GL8A 3GZGA 1PDAA 5I2KB 2NXOA 1YAEA 4G68C 2UXAA 3IAZA 3K6UA 1HSLA 4Q30B 1B52A 3OO7A 3HO7A 1EZOA 2QRYA 4U22A 2Z22A 4PFYA 5TU0A 2F8DA 3N5LA 2QJEA 4LA9A 1POY1 4DDDA 5A5XA 4F29A 5CC2A 2DS9A 4KHZE 5LOMA 4WEPA 3S4UA 4MLVA 3G3FA 1D9YA 5AA2B 2RINA 3G3KA 4KYSA 4BDQA 5H8HB 3IL1B 3TYHA 2UYEA 4YMBA 3TZAA 2CZLA 4KQPA 4C1UA 2F7BA 2OJTA 1ZTYA 4Z0IA 4UA8A 3LSLA 4YZZA 5I57A 3MW0A 4R9FA 3SEYA 3MAMA 2V3QA 4H65A 4F3GA 4F1YA 4H5GA 1F9BA 3IOTA 4GRKA 1MY4A 4KPTA 4FEDA 3GBBA 2OCUA 3W9WA 4OESA 2XXWA 3IK6B 1PB7A 3PUYE 1B7HA 3HHGA 4EF2A 2H99A 3TELA 2ALUA 2H4IA 2HAUA 1ZLQA 2ONSA 1I6BA 5L9OA 3MZ9A 3I6VA 3H6WA 4OVJA 4QRZA 3CR9A 2XXIA 4BDNA 2V3UA 2HZKA 1M5EA 2I4BA 3HHFA 4U23A 5DVJA 1H76A 5HPQA 3DP4A 4ZE9A 3B6QA 4M1VA 1IEJA 3MP8A 4OERA 1QKAA 2OLBA 5H8FB 3H7MA 4TOZA 4FJPA 2QS3A 3I5OA 4LZ8A 1D9VA 4LQ5A 4AB6A 1B58A 3EQ1A 4OQOA 3C35A 1H44A 2V25A 4OEUA 1URGA 4E0XA 5CM6A 1Y3NA 4BDMA 2NWJA 2XXUA 4GD5A 3K02A 1TXFA 2XXTA 3RPWA 3LR1A 4DIGA 1B3LA 4DZ1A 3K1MA 4QFKA 1MXVA 2NOOA 2Y7PA 4ZE8A 2H5YA 5I56A 2IEEA 1B6HA 3O66A 1PB9A 2Z23A 4OWDA 5HBCA 1MY2A 5CI5A 3VLVA 3LC8A 1L5TA 3QSLA 3FZVA 4C1TA 2NUVA 2VGQA 4MLQA 1MPCA 3L6GA 2X7QA 3VXBA 3UIFA 4XKNA 3N6UA 3E4RA 1WDNA 4OFOA 4G8HA 3CFLA 3GLBA 4FORA 1SW4A 4X1BA 3FJ7A 4H0WA 3ILTB 5FHNA 1XHYA 3RN8A 3KSJA 2AL5A 3TCFA 1LFHA 1LBBA 3SEUA 1BIYA 1OQHA 4FAJA 1A7LA 3SKPA 2HQ0A 1LAHE 4DCYA 1MPDA 5H8NB 4HS7A 3K01A 1PBPA 4H1XA 3R6UA 3QUFA 3TMGA 4JDFA 1B3EA 3VE1B 1MM6A 1US5A 4R73A 4U1ZA 2P2AA 1Q35A 1ELJA 4F3PA 3OOAA 4OYVA 4IO4A 4ONYA 2O6AA 1ANFA 1B46A 1N7XA 1YCJA 3OO9A 3BKIB 3TQLA 3PPNA 4RK9A 2DSFA 2PVUA 2XX9A 4BLAA 1Y4TA 1SBPA 2DVZA 4AB5A 3K0VA 4IY5A 4YICA 3OO6A 3MQ9A 3THIA 5F7VA 3TTKA 3O6HA 3IB0A 2ZYKA 4NTLA 3KFMA 2QMWA 4F31B 2Y7RA 4IO7A 1DSNA 5A5XB 4ECFA 1RYOA 4QSCA 4OXVA 5AA2D 3ZKKA 1H45A 3O9PA 4P0GA 4O3BA 3N26A 3TTMA 4ZEDA 3OELA 4BDOA 5EHSA 3JZJA 3FUZA 1B7UA 3IO6A 1DTZA 4ZECA 2E1SA 3KN7A 2DQVA 1AIVA 3ODBA 3H3GA 4XKQA 5I57B 2I58A 4FECA 3UA8A 1Y1ZA 1MDQA 3DP6A 4IB2A 1R6ZA 4MFIA 4XKPA 1B4HA 3MP6A 3V5AA 3PUZE 1MDP1 4X9TA 1S9TA 4KYEA 3PU5A 3KSXA 1NNFA 3PUWE 1MY1A 1NH8A 3CG3A 3RY3A 3TEPA 2Z8DA 4R2FA 2DXRA 1B5JA 3RLFE 1H43A 2DWAA 3QUJA 1OIBA 1Z7NE 1I6QA 2H9BA 3MVZA 3SESA 5I59B 1SI0A 5JK4A 1IITA 4IO6A 1R9QA 2A5TA 1FTKA 3U92A 3EHUA 3KN3A 5B7DA 2DYXA 2E0SA 4HCYA 1M5DA 2I48A 1POTA 4MBPA 4R6KA 3G3GA 4ZEKA 2ZNUA 2I4CA 3FATA 2VOZA 1PB8A 1BKAA 3DELB 4DXCA 1IUDA 1MXYA 2G93A 3KJ7A 5KCJA 4LZ5A 3FVOA 2PMSA 4BDLA 4GXAA 2F35A 5L8DA 3EF7A 4ESWA 2XXXA 4XIGQ 4ZEFA 3MZ1A 3G3JA 2Q8JA 5JTYA 3TDJA 2FYIA 3BBRA 5H8QA 3Q25A 3F11A 3W15C 2RC8A 1NMUA 2RKMA 4RPNA 1VR5A 1JW5A 4XKRA 4YU0A 1MQHA 3JYRA 2IA4A 4BDRA 4QFLA 5EYFA 2I0CA 2CMOA 2UVHA 3PGFA 2GRVA 1B05A 2ONRA 3ZSFA 4IY6A 4X48A 1MH3A 3PUXE 3QYTA 4GVOA 2H25A 4G8NA 4ZDMA 5ITOA 2ANJA 4YKPA 4GFRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPKA 4HE1A 1VFEA 3RT6B 2GH9A 3A3UA 4ISUA 1LFGA 3SETA 2O7UA 3OXNA 5CMCA 3FVKA 1IXCA 3OEMA 3EKIA 4LN5A 1PC3A 3T9UA 3LUZA 4HE0A 5BUUA 3WAFA 4DE8A 1DPPA 4THIA 1MM7A 1LAXA 4PFTA 4P9KA 1QW0A 4PC9A 1LBZA 1YXIA 2HAVA 4O8MA 1K9ZA 3O2AA 1SW5A 1OQGA 4HTGA 3IFCA 1FTOA 1QJMA 3O29A 4PETA 4N8YA 4GWXA 1DOTA 5I2NA 1XI6A 4G4PA 1B3FA 4JXIA 1SDXA 3G7WA 2QS2A 3OO8A 3Q28A 4MJOA 2WBDA 1WVJA 5AA4A 3DLNA 1XVXA 3RPLB 2P1SA 4N4UA 4FEBA 4P1LA 1LSTA 3USDA 3MPKA 2XXYA 4GF8A 1MY3A 3B50A 4FATA 4N91A 4H8IA 1DCUA 3CG1A 4DCXA 1II5A 3B6TA 3MWBA 3OENA 1NFTA 3L6HA 1WODA 4U2RA 1IMDA 3VVFA 3IJXB 1UTBA 5EHMA 5HM4B 2R9JA 3OSRA 3LSFB 1LFIA 2UVGA 3H6UA 1NH7A 3GXAA 5ET6A 5KDTA 4EF1A 1OLAA 4IO5A 3RNNA 3MJNA 2RF1A 4FBPA 3TTLA 5DEXB 1NNTA 4GX3A 4GWSA 1BP5A 3U72A 5IZ3A 3KEIA 2Z8EA 4LZ7A 1R9LA 4F3SA 2RC7A 1G0IA 4ZS9A 2G29A 3KN8A 4KCCA 4WEDA 2ZYOA 3R7XA 1LBCA 1SYHA 1IQ7A 4Q5TA 1HSJA 2ZMBA 4GBWA 1JVXA 4YB7A 4JBZA 5DTBA 3MPLA 4Q8RA 2UVIA 3EPEA 3H03A 4KR5A 3ZS6A 4KCDA 4G61A 1ZJLA 3V89B 4R74A 2YPNA 3PPQA 2W7YA 4WXJA 1RYXA 3RYDA 4ELQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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