4RA1A

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with d-glucose-2-phosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ra1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ra1A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ra1A02
2XXRA 2W7YA 1QW0A 4U21A 4G8NA 4PP0A 4E0WA 4EDPA 4FJPA 4YB5A 3IO4A 5KCJB 5L8DA 4YB7A 4QFOA 5TP9B 1NNTA 5M2VA 2HAUA 3CG3A 4EQBA 2Q9TA 4PFTA 5KCJA 4RY1A 2GRVA 3KZGA 1OLAA 1O64A 2Y84A 3IOVA 2Z23A 3LC8A 2I49A 1QUIA 4G2ZA 1UTBA 2YLNA 1XT8A 3F11A 3G3HA 2AIXA 3MZ1A 1NKXA 2ALUA 1WDNA 3OD7A 4G68A 3TELA 3DP8A 4H5FA 1JW4A 2I58A 1Z7NE 4NF6B 4FATA 1XOCA 4JDFA 1B5JA 1M5FA 5BUUA 2F7BA 4R9FA 3FXQA 3K1NA 4F39A 4H1XA 3TTMA 3R7XA 4NF6A 2DXRA 4H6DA 4BDQA 1MRPA 2VP1A 3PMWA 4O3BA 3IK6B 4OEUA 3FV1A 5J1DA 3K0VA 4G4PA 2ONKE 3SERA 4KR5A 1GGGA 1BKAA 4ZEKA 3IB1A 2Z8FA 2FYIA 3CFXA 2QS3A 4NF4A 3S9MC 4DDDA 3MPLA 1IQ7A 3IOWA 4QHQA 1FQEA 3DP6A 3OEMA 3V83A 1I6AA 4HTGA 3PD9A 1P1WA 3MVWA 5H8FB 3MZBA 2IA4A 4PQJA 2I6EA 2FA7A 3K6XA 1PB9A 4OYVA 3N26A 4X1DA 1LLSA 1N0TA 1B51A 3VXBA 3H6TA 2RC8A 4YKKA 4I62A 4G8HA 2XHDA 5H8SA 1ELJA 2ZNUA 5H8FA 1MDP1 1FQBA 3IR1A 3HO7A 1IUDA 3O6IA 3QIMA 2R9JA 1IXHA 4XKRA 4ZE9A 3IJOB 5B7DA 2P2AA 1N76A 2ANJA 3CVGA 1FQAA 4ZECA 3RTWB 3TQLA 4WXJA 3PUZE 4OFOA 2P0SA 5CBRA 5ITOA 3B6QA 4DCXA 3W9VA 1PDAA 4JSOA 4NEDA 4DIGA 3E9XA 1FTLA 3O6PA 1B2HA 1D9VA 3FVNA 5H8HB 1B3GA 3LSXA 3FGSA 5ICQA 1B7UA 3K1MA 3FJMA 4JB7A 4JWOA 1SW2A 4IO3A 1B1XA 1SVXB 3MBPA 1B5IA 3C36A 1NNFA 3OSRA 3VVDA 3HHFA 3U8QA 1ZKBA 1I69A 5CRYA 4XKQA 4U23A 2X7PA 1OVBA 2PT2A 4PFYA 5I56A 1A54A 1FTOA 5DEXB 1M5CA 4F31B 1B4HA 3HN0A 2I0CA 3KG2A 3K6WA 2WKYA 2V25A 4DCYA 3M3KA 4MH5A 1Y4CA 2Q89A 1URGA 1P99A 4EQ9A 3MP6A 5DEXA 3VVFA 3KBRA 3E13X 1Q35A 2DQVA 3DRHA 1P1NA 4ZZAA 5DYHA 3IL1B 1UQWA 3CI8A 1UTHA 1R9QA 2H98A 3N6UA 1SW4A 1MY3A 3MPKA 3TMGA 3ZKLA 1CE2A 1MY0A 1ZBMA 2O1MA 2RC7A 4XIGQ 3MVZA 3K1PA 3E3KA 2ZYMA 3EHUA 1ZU0A 5KDTB 1PB8A 3IORA 2H5YA 1OLCA 1JW1A 1MXZA 3QXMA 1N3WA 3U72A 4RK2A 3FV2A 3AXFA 1ATGA 1B58A 4YB6A 4M1VA 2OCUA 4YZZA 5IKBA 1ZIUA 4UACA 5KDTA 3I6VA 1A8EA 3M8UA 1POTA 4OTEA 1P1OA 1WVJA 3FIRA 4I9DA 3VVEA 2P1SA 1JVXA 1JEUA 5F1QA 4ZEFA 4R9GA 1MQHA 1OIBA 1D4NA 2OWTA 1L5TA 3MQ9A 3PGFA 5FHNA 4U4SA 4YMBA 4OHNA 3OELA 4ELRA 2OK2A 1M5BA 2F7AA 4K3FA 2QRYA 2REJA 2A5SA 2Y7PA 4N6PA 3ZSFA 1SQYA 3G3FA 3HCQA 3SESA 1MQGA 3TDJA 2AYSA 4U2RA 4DXUA 4AQ4A 4U4XA 3O9PA 2XXHA 4R2BA 1HSEA 4IY6A 1EZ9A 1B3LA 3O97A 3FTOA 2RINA 1ZJLA 3QYTA 2F34A 4Z7EA 3V5AA 1URSA 4FIMA 4IB2A 3EHSA 2KLFA 2DE3A 3FXRA 4U22A 3C32A 4GLIA 1LFIA 4GIZA 2ZNSA 4ELQA 1NNKA 3O28A 3GLBA 1NH8A 2V84A 2ZNTA 4XXUA 3DRFA 4EF2A 2F6GA 1MPDA 4OQOA 3MW0A 4ECFA 2OWSA 1XC1A 3H6WA 2DWIA 3KEIA 4RXLA 1B52A 3PPRA 2DSFA 3LBSA 4C0RA 2UVHA 4IO5A 2H9BA 3RY3A 3SKPA 1I6QA 2XX8A 3M3FA 1TXFA 3IB2A 4QSDA 3MUQA 3BKIB 1FQCA 3Q25A 3C31A 4OETA 1AIVA 5L9SA 3MC2A 3RT8A 2O7IA 3PV0E 3DLNA 3UA8A 5I2KB 1LBCA 1JW5A 1B05A 5ICTA 5I2KA 4NTLA 2Y7IA 3ILUB 2F36A 1IIWA 3EN3A 2DS9A 5I59B 3KGCA 2XX7A 4F2QA 4ZZEA 3DRJA 4TQUQ 2D21A 5I59A 2F97A 4IY5A 3B6WA 1UTBB 1GV8A 4F19A 1SI0A 2E0SA 1MH3A 1A7LA 1R6ZA 3KSJA 1URDA 2I3VA 2ONRA 3TTNA 3K2DA 3VDFA 2RF1A 2NOOA 4G68B 2F7CA 1SBPA 2RKMA 1H43A 4F2OA 4GL0A 4YAHX 2PVUA 2O51A 3L6HA 3QUJA 1IXGA 2HZKA 2YPNA 1LAFE 3PPQA 3VE1B 5JEIA 3VV5A 4R6HA 1B1HA 1LCTA 5DVIA 4G68C 3H03A 2PX1A 1XVXA 3K02A 4NF4B 2DP8A 1MXYA 4HW8A 5K2YA 3RYAA 1MS7A 1CB6A 1XS5A 4QFLA 3SETA 1H3DA 4THIA 2HAVA 1TT1A 3LSLA 1ZLQA 3PU5A 5FTIA 5DTBA 3MVXA 2V3QA 2VD2A 5CMCA 1II5A 2WOKA 2VGQA 2B4MA 3EQ1A 3K4UA 4I1DA 3T22A 3OXNA 3DELB 3UN6A 2IEEA 5DVFA 4BDNA 4C1TA 2QL3A 4RPOA 1KWHA 4RYAA 4KCCA 5TU0A 2DOJA 4OENA 3WAEA 2DE2A 5KZTA 4N13A 3OO7A 1DOTA 5AA3A 2XXIA 4KYEA 4NWDA 4KCDA 2I3WA 3KN7A 3FJ7A 3GXAA 1BIYA 2GHBA 3TCFA 4Q30B 1UIVA 1AH5A 1TWYA 2ZYOA 3KJ7A 3IOUA 5H8NA 3UORA 3E4RA 4Q8RA 5ISUA 1GTKA 2X26A 2AL4A 2Y7WA 1D9YA 3OO9A 4P0IA 1QUJA 4R73A 2D3IA 1RKMA 5I58A 4OWDA 3JV9A 5HM4B 1A8FA 4BLAA 3PPNA 1LB9A 1UIUA 3DP4A 3QAXA 1EZPA 3KFMA 4HS7A 1ZMGA 4QFNA 3SEWA 1XHYA 3MAMA 3T93B 1US4A 3W15C 1B6HA 1IXCA 5HBCA 3K6VA 3PUVE 5FHOA 4GFRA 1A40A 5I56B 2H4IA 4OXVA 3OO6A 3O29A 1I6BA 1YCJA 2O6AA 1MY4A 3RPWA 1LSTA 5CM6A 3D4GA 4G8MA 3TFLA 2Z8DA 1MM7A 4H5GA 3N5LA 3PPPA 3H06B 3OENA 3SEYA 2XXXA 3R6UA 5FTHA 4TLLB 2QMXA 2QPQA 4RA1A 3N6TA 3S2VA 1UTHB 3C34A 4QSCA 2DVZA 4NF5A 3VXCA 1QKBA 3S9NC 4ELPA 1N3XA 2PBWA 4BDMA 3JZJA 4GRKA 5EYFA 3FJGA 2D5WA 4KQPA 4MLVA 3RGYA 3OMBA 2E1SA 2VHAA 4GOTA 1MQDA 3N94A 2HCAA 1US5A 2HZLA 5EHMA 1PBQA 1VFDA 3Q28A 3T9XB 2WOPA 4QRZA 4PFWA 4ND9A 4AB5A 4AB6A 3RUMA 3IB0A 3FD3A 3BFUA 1JNFA 4YKJA 4WKMA 4MLQA 4F22A 1S7YA 1TFDA 3H6VA 2XXQA 3KOSA 3O66A 1GVCA 1JEVA 5I2NB 4ZEIA 4DLDA 3CSGA 4YKPA 1JQFA 3TPAA 2XXTA 3HV1A 3G3IA 4H8IA 1LAXA 1DTGA 1F9BA 5EHSA 1POY1 4ZS9A 5I84A 3PMXA 5I2NA 2Q2CA 1MQJA 2VOZA 2NUVA 2G29A 2XX9A 1AOVA 4H67A 2RC9A 3G3JA 1H44A 3QK6A 1OVTA 2UYEA 4TLMB 1EZOA 3TTKA 4ONYA 3LSWA 2XD2A 4KHZE 1Y1MA 3RT6B 2DWJA 3CFLA 5ELVA 3I5OA 2THIA 1Y20A 3B7DA 3FATA 4YU0A 4GWOA 5AA1A 1Y1ZA 2NWJA 1HSLA 4Q5TA 1LFGA 5LOMA 1PEBA 4GXAA 3CSBA 2V93A 4EUOA 4POWA 4OMBA 4EXLA 1VSOA 2Y7KA 2QMWA 2QS2A 4F1UA 1B7ZA 4R6KA 3U92A 2QS1A 1PC3A 2UVJA 4N07A 3FZVA 2LAOA 2YJPA 4OFLA 1LBBA 1P1QA 3SEXA 2DWAA 4FORA 4Z0IA 5CMMA 4PETA 1B3FA 1RYXA 4LQ5A 4R72A 5CC2A 3O2AA 5DVJA 2B4LA 2B65A 3MZ9A 2ZMBA 1H45A 3RLFE 3P7IA 2PYYA 4MBPA 5I57B 3WAFA 4NF8A 2A5TB 4FEBA 2DXYA 2X7QA 1Q1KA 2XD3A 3H7MA 1MXWA 4G77A 4ISUA 5I57A 3SDFA 4IGRA 2A5TA 3RTFB 2RCBA 2F8DA 1VE4A 3PUYE 5AA4A 5JTYA 1A99A 4O3CA 4U1OA 1QVSA 4KYSA 1Y4TA 4F18A 3VLVA 4DXCA 4FECA 3TAJA 3PAMA 4RJZA 2Q8JA 1MPBA 4DXBA 1ZTYA 4IO2A 2PMSA 4GF8A 5AA2B 4LQ2A 4OEVA 1YAEA 2XXPA 4LVQA 1FQDA 4P0GA 3C35A 1FW0A 2CMOA 1Y3PA 4H65A 5AA2A 3KSXA 1O7TA 1SYIA 2PT1A 2NXOA 3T96B 1QUKA 3A3CA 2OLBA 3HHGA 4C1UA 1OMPA 4F3PA 3K00A 4F3SA 4Q0CA 4QSEA 5AA2D 3FVGA 4QFKA 5TP9A 1FTKA 4OVJA 1MG1A 1EU8A 2O69A 1NMUA 3ILTB 2WOLA 1VFEA 3S9EA 2O1LA 4U1ZA 3CIJA 4QFPA 2HFBA 3PPOA 4RPNA 5A5XB 3PUXE 3UIFA 1B9JA 3THIA 5B70A 1B5HA 2AL5A 5L9MA 1H76A 3PMVA 5A5XA 4LONB 4X9TA 1USYH 4JWYA 2H99A 3CR9A 3U1OA 4YICA 3EHTA 1R1NA 4R74A 2XXWA 4LZ5A 2Z22A 1Y3QA 2GH9A 2XXYA 2ONSA 3V8XB 4JSDA 1DTZA 1SW5A 3W9WA 1IITA 1MM6A 1NL5A 5K2XA 1IZ1A 2F5XA 2V3TA 1OQHA 3M3LA 3VLUA 3CHGA 4ZEDA 1QJMA 4DZ1A 3TKDA 2XXVA 5TPAB 3TTLA 3V89B 1A55A 4R6YA 4PE5B 4F29A 2UYFA 3K01A 1O63A 2ZYNA 4M4GA 5TPAA 4KPTA 4FE8A 5H8NB 4ZE8A 5F7VA 3GZGA 3HSTA 1MXXA 4KD5A 4POXA 4OESA 4F1VA 3JYRA 3MP8A 5L9OA 4XTCQ 4F3GA 1USYE 2O7UA 4H0WA 1LGBC 2F6PA 3FVOA 3EF7A 1B32A 4MFIA 5I58B 3FXUA 3ZS6A 1ANFA 1JETA 2ESNA 1BLFA 3OSQA 1SD3A 3O6GA 3Q29A 2Z8EA 1QULA 1MXVA 5CBSA 3DRKA 4JWXA 3PD8A 4E0XA 2ABHA 3T9VA 4ELOA 4FAJA 3ONMA 1DMBA 2QSXA 2RCAA 3I3VA 2ZYKA 3SEVA 3TYHA 1BP5A 3MP1A 4MF3A 1Y9UA 4QF9A 5BWJA 3G3KA 3TUSA 3LVUA 3IAZA 4OERA 2NVUB 3FUZA 2DE4A 1DSNA 3VFJA 1B46A 3R26A 2Q2AA 4GVOA 4YMAA 4OZ9A 4LP2B 3G3GA 4LATA 2HXWA 1IXIA 2OZZA 2I0BA 1LCFA 1XVYA 4DE8A 2HQ0A 4NWCA 2GHAA 2BJJX 4RK9A 3BBRA 4IO6A 5H8HA 3RNNA 4NF5B 2UXAA 3MWBA 3IX1A 1N7WA 3RQTA 4BDOA 4BDRA 4YKIA 1MY1A 2F35A 4O3AA 2F78A 2OBGA 3FASA 4HCWA 3T9HB 2UVIA 4KYDA 2CZLA 1HSJA 1J1NA 2G93A 2QS4A 4IGTA 4F1YA 4ZDMA 3D4CA 4R75A 3CRBA 4ESWA 4F3BA 1MQIA 1NH7A 5CMBA 4XKNA 4EXKA 4R2FA 5ITPA 4JXIA 2QJEA 3TCGA 3ODBA 1NNPA 1MDQA 3TZAA 2B3BA 3TODA 4EQ7A 1AMFA 3TCHA 1GR2A 3SEUA 3UP9A 3TQWA 4EF1A 2VD3A 3FVKA 4TOZA 4UA8A 1P1UA 1B0LA 3MVYA 4I8CA 2GFEA 1YPNA 2Y7RA 4LUBA 3Q27A 2DYXA 3QUFA 1Y3NA 3QSLA 3B6TA 3U93A 5FHMA 3C9HA 3VLWA 4NMYA 2XXUA 1B3EA 2I4CA 2I48A 1FTMA 1EH3A 3RN8A 2DVCA 3DRGA 4OFJA 1PBPA 4ESXA 3A3UA 1MH4A 1M5DA 3A09A 4WEDA 1MPCA 2ZXTA 2R71A 3USDA 1LAHE 3KN3A 3DRIA 2H25A 1BTJA 3T66A 4X48A 1Z7ME 1RYOA 1N04A 5CI5A 1B4ZA 4P11A 1FCKA 1OQGA 3KOTA 3OOAA 3TEPA 3U94A 3LUYA 3BFTA 3GBBA 3LSFB 1M5EA 2R6GE 3OEKA 4H8JA 1R9LA 2HEUA 1VR5A 3H3GA 3H6UA 4GQOA 5AE4A 4GXSB 4WEPA 4RNSA 4KI0E 2O84X 1SW1A 3T9UA 4XKPA 1S50A 3KJTA 3PUWE 4FEDA 2M8CA 1YTVA 4X1BA 1JVYA 2I4BA 1LB8A 4GL8A 3H4ZA 4LZ8A 3TTRA 3G7WA 4NE4A 4LZ7A 1T0KA 3S4UA 1LFHA 1N7XA 1B7HA 3S9LC 3L6GA 1TFAA 1N84A 2FNCA 4JBZA 3OO8A 1S9TA 4NF8B 1SI1A 3K6UA 3UK4A 5DT6A 3KN8A 1SYHA 3IJXB 2B3FA 1B40A 4IO4A 3LR1A 3ECRA 4L17A 1QKAA 5IAIA 5AA4B 5JTYB 4ZEBA 2REGA 4BDLA 1B0HA 1D3KA 2O68A 2UVGA 1IEJA 1DPEA 2Q88A 1PB7A 2V3UA 5H8QB 5JK4A 4PFUA 3Q26A 1WODA 4HCYA 1DPPA 5HPQA 5CMKA 4KFQA 3IOTA 4LA9A 1FTJA 3RYBA 1NFTA 3UGWA 1MXUA 3C33A 3O6HA 1LAGE 1SDXA 1B3HA 5H8QA 3CFZA 1MY2A 3GBAA 3HPIA 3DM0A 1AL3A 3IO6A 2DWHA 4IO7A 3MJNA 3CG1A 3EPEA 4GD5A 1FQFA 3ZKKA 3C4MA 2OJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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