4RA1A

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with d-glucose-2-phosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule tags Transport protein
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ra1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ra1A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ra1A02
1B05A 4R75A 2ZYOA 1UTHB 1Q1KA 4LONB 5K2YA 1UQWA 1P99A 5J1DA 1LCFA 1M5CA 1WODA 3OO9A 2WKYA 3OSRA 4PE5B 2QSXA 2X7QA 1IXGA 3V83A 1US5A 3CG1A 2NOOA 2FA7A 1TWYA 3K1NA 4DZ1A 5A5XB 3N6TA 3SKPA 4ZE9A 1DMBA 2ANJA 4KCDA 1HSEA 2GH9A 2YJPA 3RN8A 2V3TA 2IA4A 5F1QA 3PMXA 1ZU0A 4DCYA 3SDFA 3MW0A 3DP6A 4KD5A 4MFIA 1WVJA 4HCWA 1S50A 3TAJA 3LUYA 2X26A 4EUOA 3JYRA 3ECRA 1QKAA 2VOZA 4KFQA 2NXOA 2XXRA 5DEXB 5HM4B 1AMFA 2Y7PA 2UVIA 1DOTA 4P0IA 2ZYMA 4XIGQ 3IO4A 3L6HA 4ZDMA 1NNPA 4KYSA 3PMVA 5HBCA 5TP9A 3DP4A 4F2QA 3CIJA 3K02A 3SEXA 2Z8FA 2NVUB 4JSDA 3RYAA 1F9BA 1GR2A 1YPNA 4G8MA 4IO5A 3MPKA 1BP5A 4IB2A 2Q9TA 3RT8A 3V5AA 3K6XA 2YLNA 2AYSA 1NH7A 4R73A 5F7VA 5L9MA 1UIUA 4XKQA 4GIZA 1Y4TA 3MPLA 2NUVA 1NNFA 1VSOA 3MZBA 4ONYA 1MXWA 3OSQA 1OIBA 2ZNSA 3PGFA 4ELRA 5BUUA 3ILUB 1LLSA 5JEIA 3RPWA 1IXIA 5ELVA 5TPAA 3PUXE 3KJTA 3U94A 2QS1A 4DXCA 3FJ7A 2QPQA 4EF2A 1VFDA 4XXUA 3GXAA 2E0SA 3DRJA 2Y7KA 2OCUA 4YKJA 3M3FA 4G77A 1B9JA 3TUSA 5CMKA 2VD2A 1LAHE 4H8IA 3PUVE 5EHSA 4G68A 5LOMA 4GD5A 4EXKA 4C0RA 3R6UA 5FHMA 3G3FA 4P0GA 4P11A 3Q27A 4FEDA 4FEBA 1BKAA 3E13X 3UN6A 1M5EA 2H4IA 4ZEFA 4ZZAA 4Q8RA 1O63A 4BDMA 4TLMB 4U1ZA 3CHGA 4M1VA 3A3CA 3IK6B 2H9BA 3M3KA 4IGRA 5M2VA 1MQJA 4THIA 4YAHX 2P1SA 3CVGA 1LB8A 1R9QA 4N6PA 3C34A 2DS9A 4NE4A 3TCFA 4R2FA 1P1UA 2ESNA 2RINA 4OETA 4G68B 3KSXA 3C9HA 4LZ7A 4JSOA 5B7DA 5I2KB 3MZ9A 1IIWA 4OMBA 2D21A 1A8FA 3CR9A 1I6AA 2HAUA 3CFXA 3MVWA 1WDNA 3HN0A 1B32A 2OK2A 4KYEA 4U4XA 4R6YA 1R9LA 1B5HA 3CSBA 4O3BA 3HHFA 4U4SA 3MP6A 4OHNA 3H6WA 3SEWA 1KWHA 4FIMA 3P7IA 4Z7EA 1ZKBA 2GHAA 3DLNA 3G3KA 1NFTA 1N76A 4ZEDA 3K0VA 2QJEA 2OZZA 4OEUA 1MXYA 1XVYA 4XTCQ 4X1BA 3S9LC 4YKIA 3LC8A 4JXIA 4G8NA 4NF5B 1CE2A 2ZMBA 5KCJA 1FQDA 4QFNA 4PP0A 4OFOA 5AE4A 2DXRA 1EZOA 3K6UA 4JB7A 3OOAA 1A99A 1FTJA 3O66A 4PETA 3DRKA 4GQOA 3IOUA 3HV1A 3TTNA 1B6HA 1LFIA 4Q30B 3AXFA 2PYYA 1JW4A 3VFJA 4Q5TA 3RUMA 1JQFA 2OWSA 2F7BA 4GL0A 2HCAA 2R9JA 2O51A 4HS7A 1QJMA 4RJZA 1POTA 4AB6A 2M8CA 4L17A 1TT1A 3IJXB 5KCJB 1B46A 4ZEKA 1B7ZA 3T9VA 4JDFA 4NTLA 2F6GA 2I0BA 2I4BA 3T9UA 4KYDA 3S2VA 3CFLA 4RXLA 3FGSA 4JWYA 3TEPA 1B7HA 1FQCA 3FIRA 3VLVA 3MJNA 2DE3A 1M5BA 3PPRA 2V3UA 3OO7A 3FD3A 3TDJA 4QHQA 1Q35A 1M5FA 4QRZA 1IITA 1US4A 4RNSA 4IO7A 4O3CA 1GV8A 2UYFA 1IXHA 3G3GA 4U22A 3VVDA 1SYIA 4POXA 2G29A 4AB5A 3PV0E 4PQJA 5CM6A 2F36A 1D3KA 1OLAA 4G2ZA 5DT6A 1FTKA 3RGYA 4U1OA 1PB8A 1URSA 4DDDA 2V84A 2XX8A 3MVYA 3MVXA 1N7WA 3VDFA 3EHUA 4IO6A 3VXBA 1N3XA 2F78A 1OLCA 3MQ9A 2GFEA 3SEUA 5H8QB 4R2BA 1B5IA 1Y4CA 1MY0A 2RCAA 2RF1A 1USYE 3QIMA 2A5SA 5FHOA 4YKKA 1LAFE 3QAXA 3EHTA 3LSWA 3IAZA 3FVOA 3I6VA 3FV1A 4Q0CA 4GXSB 5I2NB 2RKMA 3DRIA 1DPPA 1MXVA 2F6PA 2I0CA 3H06B 2P2AA 4UA8A 1MPBA 1MY1A 4GF8A 3Q25A 3UORA 3ZS6A 1O7TA 1FTLA 1GVCA 1B3FA 3TODA 5DEXA 1ELJA 4X48A 3TZAA 1RYOA 4RPOA 3WAEA 4EXLA 2OBGA 1SW4A 1B3EA 3IR1A 4OFJA 3DELB 2REJA 4LZ8A 1SI0A 2Q88A 1FQEA 3VV5A 3FTOA 1NNTA 1YTVA 2FNCA 3D4GA 3KEIA 2W7YA 1TFDA 2HFBA 4FECA 4OQOA 3T66A 4ESXA 2NWJA 4KQPA 3PPOA 4R6HA 3O6PA 4RK9A 3PUYE 4GVOA 3T93B 3T22A 1FTMA 4PFWA 4RYAA 1Y3NA 4H5GA 4TOZA 4ZS9A 2P0SA 4ZECA 4G4PA 1S7YA 5I56A 4FORA 4LQ2A 3EN3A 3OO6A 1MQIA 4H1XA 4OEVA 3IOWA 3O2AA 2Z23A 2Z8DA 2F34A 4LATA 4NMYA 3IO6A 5CMBA 3KN7A 2THIA 5DYHA 5ICTA 4YB5A 4JWOA 3MWBA 2AL5A 1P1WA 3T96B 3Q28A 1MXXA 1QUIA 3LBSA 3IB1A 4ZEBA 3A09A 4LZ5A 2B4MA 3FJGA 2Q2CA 1PB7A 3IX1A 1ATGA 3UIFA 3D4CA 4OENA 1B0HA 2WOPA 4WEPA 4NF8A 1N3WA 1RYXA 2B65A 3KN8A 3VLUA 5I56B 4ELQA 1SD3A 1QUJA 2QS3A 2R6GE 3A3UA 1URDA 3KOSA 2O84X 2QS4A 3Q29A 4KCCA 5DVJA 3OMBA 1QUKA 1B52A 1H3DA 5ICQA 2RC7A 1SYHA 1MM6A 3OENA 3PD9A 4YMAA 3FJMA 1OVBA 4N13A 4QF9A 4WKMA 2DE4A 2OLBA 1MPDA 1Y20A 1MY3A 1JW1A 3HCQA 3JV9A 3TCHA 3N6UA 4R9FA 4AQ4A 4QSCA 2DYXA 2WOKA 2V25A 4OTEA 3RY3A 5JTYA 4NF8B 4E0WA 2Y7IA 4X1DA 2I58A 5I2KA 3I3VA 1NKXA 2HZLA 2REGA 2R71A 3MBPA 4RK2A 1JEVA 4ELOA 3FUZA 3V8XB 1N7XA 4YKPA 2XXVA 3HHGA 3PUWE 3TMGA 3GZGA 1URGA 2ALUA 4YU0A 1MDP1 1LBBA 4F22A 1MM7A 2F35A 3TKDA 4GFRA 1P1QA 1DTZA 5H8FA 4IO2A 2HXWA 3T9XB 3RQTA 1D4NA 4F3SA 1AOVA 2PBWA 4F1YA 2PVUA 1HSLA 3FASA 3OXNA 4NF5A 2O7UA 1XS5A 4IY6A 5JTYB 4YB7A 3THIA 2I3VA 2DOJA 1MPCA 2D5WA 4KHZE 4POWA 1I69A 3KJ7A 1DTGA 2O6AA 5I58A 1T0KA 1H43A 5L9SA 4EQBA 1BTJA 4NEDA 5KZTA 2QMXA 3F11A 4HTGA 1XHYA 3H6VA 5CMCA 5H8HB 2RC9A 1HSJA 1TFAA 2Q8JA 1B4HA 1IQ7A 3FXRA 3H03A 5H8FB 2ZNTA 4UACA 4NWCA 1R6ZA 5I57A 3OEKA 3DP8A 2O7IA 1OMPA 1UIVA 3EHSA 4GWOA 2CMOA 3KFMA 2UVJA 1XVXA 4BDQA 1SW1A 3W9VA 3C35A 4IGTA 3JZJA 5L8DA 4N07A 4XKPA 3K4UA 4JWXA 3K1MA 2UXAA 2Y7RA 3CRBA 3O6HA 1MQDA 5I58B 2ZYKA 4FE8A 2DQVA 4YZZA 1B3GA 1H44A 1DSNA 5H8NB 2PT2A 5TU0A 3UGWA 2WOLA 3W15C 1B58A 5CMMA 3E3KA 3TCGA 3E9XA 1FQAA 3KG2A 1IZ1A 2DWHA 3FXUA 1R1NA 2AL4A 5I57B 3ZKKA 4WEDA 4GXAA 2ZNUA 3H6TA 5CRYA 4PFTA 3R7XA 4X9TA 1LAXA 3Q26A 4H8JA 2DWAA 4I8CA 3EPEA 1XT8A 5CI5A 1OQHA 4LQ5A 3PU5A 4RPNA 1JETA 3K1PA 2E1SA 1ANFA 2X7PA 2ONKE 4ND9A 3UK4A 1SQYA 1H45A 2ONRA 5H8QA 3FATA 4FATA 3IL1B 2XXHA 1PEBA 1FTOA 1XC1A 2F8DA 3H6UA 2I3WA 1I6BA 4H0WA 2A5TA 3FZVA 2QS2A 1MQHA 3LVUA 1RKMA 3FVKA 4IO4A 3M3LA 4C1TA 1P1OA 5I2NA 3SEYA 2DWIA 3DRHA 3CSGA 3USDA 1Y1MA 1JVXA 1A54A 3K01A 4IY5A 1B40A 3HPIA 4O3AA 1VE4A 2F7CA 1LBCA 2I49A 2I6EA 3SEVA 1Z7NE 1VR5A 3IB0A 1B3LA 4QFOA 2D3IA 3VVFA 4K3FA 3DM0A 1LB9A 3CG3A 3LSFB 5AA2B 4R9GA 5EHMA 5FTIA 2XXWA 3K6VA 4LP2B 5HPQA 2A5TB 3SETA 1SDXA 1MDQA 4OWDA 1S9TA 3U92A 1JEUA 3T9HB 2XD3A 2ONSA 4TQUQ 1B3HA 5AA3A 1JVYA 3EQ1A 5CC2A 4F1VA 1II5A 3LSXA 4U23A 4QSEA 4ISUA 3G3JA 1H76A 3O6GA 5AA4A 3H7MA 1IEJA 1LCTA 1MQGA 3B6WA 5IKBA 4HCYA 1D9YA 3RLFE 3BFTA 4OESA 3PPPA 2RCBA 4G8HA 1D9VA 3QUJA 1AL3A 2F7AA 2DSFA 2O68A 1M5DA 3MC2A 4OZ9A 4G68C 4NF6A 1ZTYA 3RTFB 4ELPA 1B0LA 4F3GA 4BDLA 4KPTA 2V93A 2Y7WA 4KR5A 3OO8A 4F3BA 2HAVA 3TTLA 2Q2AA 1NNKA 3M8UA 5AA4B 1EZ9A 4DE8A 1BLFA 3KZGA 4GL8A 4NWDA 1MRPA 3GLBA 4F19A 4GLIA 1NH8A 4U2RA 1LAGE 3HSTA 4XKNA 1BIYA 3BFUA 2PT1A 4F2OA 4F18A 1O64A 1USYH 2FYIA 2ZXTA 3KBRA 4NF6B 3MP1A 2F97A 1A8EA 1QKBA 1JNFA 1MG1A 2XXTA 4DXBA 4H5FA 4NF4A 5CBSA 3G7WA 1FCKA 4OYVA 4YB6A 2OWTA 3ODBA 3CFZA 2Z22A 3GBBA 4LA9A 4MLVA 2DWJA 4YMBA 1NMUA 3TYHA 1N04A 3TTRA 2V3QA 2HZKA 1ZBMA 1FQBA 1UTBA 4GOTA 4XKRA 3KSJA 1LFGA 4EDPA 5CBRA 3PPNA 3GBAA 4R74A 4ECFA 4OERA 3DRFA 4F31B 2O69A 1J1NA 3H3GA 1NL5A 1PB9A 2VD3A 4F3PA 2XXQA 4Z0IA 1GTKA 5JK4A 1OQGA 4F1UA 1MXUA 2XXPA 3MVZA 2VP1A 4OXVA 5DTBA 1ZMGA 2DVCA 5K2XA 4YICA 3RTWB 3SESA 4ZEIA 4NF4B 3C36A 2RC8A 5TP9B 4R6KA 2F5XA 5DVIA 3O29A 3U93A 3H4ZA 4TLLB 1I6QA 5BWJA 3S4UA 1B51A 1TXFA 4WXJA 1L5TA 5L9OA 2AIXA 1UTBB 3HO7A 5ISUA 1DPEA 4EQ9A 4M4GA 1XOCA 2XD2A 3VE1B 3C32A 3G3IA 3LR1A 1Y3PA 2CZLA 1A40A 1YAEA 1POY1 4PFUA 2I4CA 2UYEA 4GRKA 3MZ1A 1JW5A 1LSTA 4LUBA 3B7DA 5H8HA 2XX9A 3QSLA 1B1HA 3TQLA 4I1DA 1SBPA 2XXIA 4MF3A 4I9DA 3K6WA 5TPAB 5FTHA 3KGCA 3K2DA 3QUFA 1OVTA 3B6TA 2H98A 1EH3A 3ZSFA 2XXYA 3TELA 1ZJLA 3TTKA 2G93A 2B3FA 2PX1A 3IOTA 3VXCA 2HEUA 1MXZA 3LSLA 1QW0A 3O97A 3S9MC 1LGBC 1A55A 1PDAA 1SW5A 3QYTA 5H8NA 3QXMA 4DXUA 1ZIUA 1Y1ZA 2DVZA 3N5LA 2XXXA 4H67A 3C33A 4R72A 3E4RA 3U1OA 2UVHA 1MY2A 2YPNA 3PPQA 4ZZEA 1EZPA 4BDRA 3ILTB 1FQFA 4RY1A 1B2HA 4LVQA 4QFKA 5H8SA 5AA1A 4FAJA 4H65A 4E0XA 4QFLA 4OFLA 2O1MA 3V89B 3L6GA 1IUDA 4MLQA 1SW2A 2H99A 3FVNA 3ONMA 3S9EA 1SI1A 1ZLQA 3RYBA 3BKIB 3IB2A 2DE2A 3O6IA 2XXUA 2UVGA 3N94A 4H6DA 1EU8A 3N26A 2I48A 5FHNA 4RA1A 3FXQA 1PBPA 3MAMA 3QK6A 3VLWA 2BJJX 5B70A 5EYFA 4DLDA 3RNNA 3S9NC 3RT6B 2B3BA 5IAIA 1B4ZA 3PAMA 4QFPA 3PMWA 2IEEA 2H5YA 3B6QA 1B7UA 3OEMA 3DRGA 4DCXA 1QULA 4U21A 1PBQA 3CI8A 1QVSA 1Z7ME 4EQ7A 3IORA 4BDNA 3WAFA 3ZKLA 4KI0E 3SERA 3K00A 3O9PA 2XHDA 3TTMA 3OELA 2VHAA 2DP8A 4DIGA 1MH3A 1A7LA 4JBZA 1IXCA 4FJPA 2B4LA 5AA2A 3UP9A 3MUQA 2OJTA 1MY4A 4F29A 4MBPA 2KLFA 2VGQA 3IOVA 3BBRA 3PD8A 4EF1A 3U8QA 4C1UA 3KOTA 1VFEA 2XX7A 1GGGA 1N84A 3I5OA 4BDOA 3TPAA 1N0TA 3TQWA 1AH5A 1B1XA 5KDTA 4OVJA 5DVFA 5I59A 1AIVA 3OD7A 2QRYA 2Q89A 3UA8A 1Y9UA 2ABHA 2DXYA 3W9WA 3R26A 5ITOA 3FVGA 1FW0A 1UTHA 1SVXB 3IJOB 2HQ0A 3C31A 5ITPA 2ZYNA 4ZE8A 1B5JA 1MS7A 5AA2D 4F39A 4PFYA 3O28A 2LAOA 3EF7A 3C4MA 3PUZE 4MH5A 3VVEA 2Z8EA 3U72A 2QMWA 1P1NA 2H25A 1Y3QA 2PMSA 4I62A 2O1LA 5A5XA 1LFHA 4BLAA 2GRVA 4QSDA 2Y84A 5I84A 3G3HA 4IO3A 4ESWA 3KN3A 3MP8A 2QL3A 2GHBA 5KDTB 1YCJA 1MH4A 1CB6A 5I59B 3TFLA 4HW8A 1PC3A 3FV2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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