4RA1A

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with d-glucose-2-phosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ra1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ra1A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ra1A02
2H25A 1F9BA 4JWOA 2H98A 1LFHA 4EF2A 1SW2A 5DEXA 3M8UA 4FEDA 2DXRA 4BDRA 4NF4B 2O1MA 4ZDMA 3VLUA 3PUWE 1MY4A 3DLNA 1MDQA 3CFLA 4PP0A 4ZEKA 1MS7A 2UVIA 2HAVA 3TTKA 4U4XA 5DEXB 4KI0E 1D4NA 1AIVA 3MW0A 3IJOB 4GXAA 4OFLA 3EHUA 4ZZEA 4LZ8A 1A40A 3PU5A 1QJMA 4NWCA 1IUDA 4FEBA 4QRZA 5I58A 3K02A 4LZ5A 1B4HA 4GL0A 4KFQA 2B65A 1UTHB 2VGQA 3PMVA 4PETA 3FTOA 4YAHX 1MY3A 2DXYA 4F3BA 3PD8A 1XT8A 4RPNA 1S9TA 3U92A 3H4ZA 4Q0CA 3QK6A 4F3SA 1Y3QA 1SBPA 3OXNA 2PVUA 4ZE8A 4OHNA 3FATA 1R1NA 1BIYA 4YZZA 1TXFA 3K1MA 3MC2A 2B3FA 3KOSA 1PB8A 3OELA 1J1NA 1AH5A 4I62A 5I57A 4ZS9A 1B32A 5I2KB 1CE2A 1R9LA 4C0RA 3VFJA 5JTYB 1I6BA 2AL4A 5B70A 4NEDA 4R6HA 4QF9A 4FECA 5DVFA 4POWA 3U1OA 2F97A 3BFTA 2GHBA 3FUZA 3OO9A 3ZSFA 1H76A 3L6GA 5AA4A 1M5BA 2Y7IA 4YB7A 4R6YA 5EHMA 1N84A 4YICA 1I6AA 2XXIA 4U1OA 2W7YA 5KDTA 2AYSA 2DYXA 1MQDA 1MM7A 5TU0A 5AA4B 1GR2A 4XXUA 2NXOA 1LGBC 3SESA 3TUSA 4FATA 4MH5A 3FGSA 2Y7RA 2XXQA 2Z8FA 1SW4A 1USYH 2NUVA 1R6ZA 1B46A 1MXYA 4FJPA 4U23A 4DZ1A 2GH9A 4HS7A 2FNCA 2O6AA 4NWDA 3VVDA 1B5IA 3RTFB 1HSEA 2DWJA 2REGA 4DIGA 3HHGA 4TQUQ 2PX1A 5FTIA 2KLFA 1OQGA 2VOZA 2X7PA 4JSOA 4FAJA 2UYEA 4F31B 2G93A 2ZYOA 1XOCA 2OCUA 3N5LA 3H6VA 3VV5A 4RK2A 3S4UA 4EQ9A 4ELOA 4R72A 3M3FA 1B3HA 1Y3NA 3IR1A 4NF6A 3T96B 1B3EA 5H8QA 1UQWA 1B3FA 4R9FA 1YCJA 1WVJA 1IXCA 1IZ1A 1LFGA 1OLAA 3CSBA 3BFUA 1B0LA 4IO7A 1QULA 3VVEA 1SI1A 2I58A 5H8QB 5BWJA 4JWXA 2ESNA 1XS5A 1NH8A 2UVHA 2XHDA 4P0IA 1DOTA 4RXLA 3KZGA 3VLWA 2QRYA 3DM0A 1LSTA 3EHTA 4Q30B 2I0BA 3KBRA 3LSWA 4BDMA 2X7QA 4UACA 4GLIA 1B51A 2DVZA 1H44A 3VXCA 4AQ4A 2THIA 1H3DA 4IO3A 3V83A 4PE5B 2G29A 3T93B 1JW4A 1MG1A 4FE8A 2XXYA 1IXGA 4YKJA 1LAGE 3OO7A 3FXQA 5CM6A 2XX8A 3FJGA 5AA2B 3FVKA 1FQEA 4LVQA 1ELJA 5TPAA 3RT8A 1GV8A 2UVJA 3C31A 3I6VA 1MQHA 2OJTA 3C36A 3A09A 4JB7A 3TAJA 3HV1A 1BKAA 3ONMA 3RY3A 5TPAB 1MQJA 2X26A 3G7WA 3FJMA 2QL3A 4H67A 3TYHA 4WXJA 3IOUA 1SW1A 1M5EA 3PPOA 1N3WA 1MY0A 5M2VA 2H9BA 1S50A 2ANJA 1Z7ME 1A54A 2XD2A 4QSDA 3IJXB 2D3IA 4TLMB 2UVGA 4AB6A 3TMGA 3KN8A 1LBCA 2QSXA 1N7WA 5L9SA 3W15C 1P1NA 2F6GA 3PUYE 3TTMA 1Y1MA 4O3CA 1NL5A 4H6DA 3R6UA 3T66A 4OERA 1IQ7A 3IL1B 4NF5A 1M5CA 2R71A 3EPEA 4OZ9A 2F78A 1A7LA 1Z7NE 3Q29A 1ZTYA 1OMPA 1UTBA 1FQBA 4GF8A 3K1PA 2F35A 2H5YA 1GVCA 3O6PA 2ZNUA 3OMBA 4NF5B 1XVYA 3D4CA 3MQ9A 3TCFA 3UN6A 1D9VA 1O63A 2IA4A 4RYAA 5FHOA 3P7IA 5AA3A 1S7YA 2RC8A 1MH3A 1UTBB 1FQFA 1POTA 3IOWA 4QHQA 1EU8A 2I3WA 3O28A 2WKYA 2QS3A 4POXA 2H99A 3USDA 1A99A 2PT2A 4R73A 5H8NA 3KSJA 3IX1A 4RNSA 1JQFA 3EN3A 5ISUA 3DRHA 3C35A 4EDPA 1B7UA 2ZNSA 2XXXA 4TOZA 4IGTA 3PAMA 1OIBA 2R9JA 4JXIA 3ILUB 3KSXA 3IB0A 2I3VA 3H06B 3TCHA 1OVTA 3C33A 1FQAA 3RPWA 3MP1A 2HAUA 3TFLA 3DRIA 1NNKA 3MJNA 3U94A 4BDLA 3ZS6A 1NNFA 2UXAA 4L17A 3H6UA 5IAIA 4YU0A 2QJEA 3CRBA 2DWIA 2D5WA 4F1YA 2VP1A 3FVGA 1Y20A 5DTBA 4KYEA 3V89B 4IY6A 3DELB 3IORA 5JEIA 3CHGA 4IGRA 3VLVA 2YPNA 2O69A 1AOVA 2E0SA 3RQTA 5KCJA 5I56A 3CR9A 4RA1A 5A5XA 1B52A 3HO7A 4O3AA 5CBRA 2I49A 1POY1 1MQGA 1IEJA 1QW0A 5ELVA 3JYRA 1B0HA 2QMXA 5CMBA 1SDXA 2I48A 4PQJA 4YB5A 4E0XA 3G3HA 4MBPA 3U93A 4EF1A 3OEKA 2XXUA 2V25A 4MF3A 2V3UA 3FJ7A 2XXTA 1N3XA 2XD3A 3T9HB 2DOJA 5EHSA 3F11A 4ZE9A 5I58B 3QSLA 4G8NA 1JVYA 2AL5A 1MY2A 3VE1B 4F29A 2NOOA 3LVUA 3LUYA 5CRYA 3D4GA 3U8QA 5I2NA 4M1VA 2DE3A 4G68A 3SEYA 1B7HA 4R2BA 2XXRA 1N04A 3FXUA 2ZYMA 1QUJA 2O84X 1VR5A 2Z22A 4M4GA 1IXIA 3DP8A 2XXVA 3C32A 4OVJA 3PPNA 2IEEA 3OSRA 3V5AA 2Q88A 2FYIA 5CMCA 4ELRA 4BLAA 5L9MA 3TELA 3DRGA 4KCCA 1MXZA 2REJA 4X1BA 5I57B 2ABHA 5L9OA 4OESA 1BTJA 1FTMA 4C1UA 4GFRA 1P1QA 3K2DA 1EZOA 4KD5A 2BJJX 4TLLB 5HPQA 2M8CA 1N76A 3AXFA 3LSLA 1FQCA 4MLQA 3H7MA 4R75A 5FHNA 3QIMA 2PBWA 5KDTB 3T22A 4U2RA 3K01A 1ZMGA 3MP6A 1B3LA 4WEPA 1MXWA 3FZVA 3HCQA 3V8XB 1B9JA 3PGFA 5KZTA 4YKKA 4ZEFA 4EUOA 4HW8A 1GTKA 2WOLA 4H1XA 2OWTA 3MWBA 4XKQA 4GL8A 3CVGA 3VDFA 3S9MC 3FIRA 3Q25A 3C34A 1R9QA 1Y1ZA 4U4SA 1PB7A 2Z8DA 2GHAA 3KGCA 3TTRA 4QFPA 1JEUA 1Y9UA 1RYOA 2O7UA 2F36A 2RCAA 3TTLA 5H8FA 2HEUA 3PPRA 4GXSB 4NF6B 4XKRA 3MBPA 1TFDA 4R6KA 2Y84A 1MDP1 3FV1A 3TEPA 2O1LA 4GVOA 3T9XB 4OEVA 3TODA 5H8FB 5ITPA 4N07A 4PFUA 4LQ2A 3SEWA 1XC1A 4RK9A 5DVJA 3DRJA 4OFOA 3MZ1A 2HZKA 4X9TA 1HSJA 5L8DA 4RY1A 3MVXA 1SD3A 1TFAA 4ZEDA 1B5HA 3TKDA 3IAZA 5JK4A 1SI0A 3G3FA 1MPDA 1MXVA 1TWYA 2Q9TA 3PD9A 3OEMA 2R6GE 4X1DA 4Q8RA 1NH7A 4LATA 2HQ0A 1Y4TA 4IB2A 4PFTA 4HCWA 4I9DA 4F3GA 3LSXA 4QFNA 3R26A 5J1DA 4F3PA 4ELQA 4KYDA 2Y7PA 3G3GA 3K1NA 4G8MA 4H5GA 1IITA 1PB9A 3KN3A 3T9UA 1O64A 1H43A 5CI5A 3H6TA 1B1XA 1DPEA 1JNFA 3VVFA 1ANFA 4F2OA 4KHZE 2ZNTA 4GQOA 1SVXB 4F18A 4JSDA 3LR1A 3LC8A 3OO6A 4R9GA 1RYXA 2QS2A 2XXPA 4ZZAA 4F2QA 4DCYA 4LZ7A 3O29A 4NE4A 3EQ1A 3QUFA 4ESWA 3UA8A 4Z0IA 1DSNA 4GIZA 3KJ7A 2PT1A 2HFBA 2GFEA 3A3CA 1EZPA 3PMWA 1B7ZA 2I6EA 2DP8A 3CG1A 5ITOA 5F1QA 1YAEA 2O68A 3RLFE 1NKXA 3SDFA 3PUXE 2DE4A 2Y7KA 4ZEIA 3A3UA 4G2ZA 3N6TA 1Y4CA 1B2HA 1IIWA 3ECRA 4FORA 1US5A 3M3LA 3C9HA 2YLNA 4ZECA 2P0SA 4YMBA 3IO4A 1PBQA 1SQYA 3I5OA 3K4UA 5DVIA 4E0WA 4GRKA 2F7CA 1N7XA 4IO4A 5ICTA 4WEDA 2H4IA 2OZZA 4KYSA 2OLBA 2F8DA 1SYHA 4GWOA 3TTNA 1ATGA 2DVCA 2Q89A 5BUUA 5DT6A 1FCKA 4DE8A 1LB9A 5LOMA 2V3TA 2XXWA 5CMMA 1PC3A 5CC2A 3IOTA 1DTGA 2Z23A 2DQVA 1EH3A 5I84A 4LA9A 2DE2A 3SETA 5FHMA 1OQHA 2HXWA 4H5FA 5H8NB 3Q26A 1VFDA 4WKMA 1MRPA 1PEBA 3N6UA 3IK6B 4ESXA 1I6QA 3GBAA 4P11A 3MP8A 1NNPA 1Y3PA 2ONSA 4EXLA 1ZIUA 4X48A 1PBPA 4QFKA 2CMOA 3TQWA 3CIJA 3FD3A 3S9NC 4XKNA 4IO6A 4F1UA 1B05A 1P1UA 3K6UA 3FVOA 1NNTA 1JW1A 2QMWA 3MAMA 3Q28A 4YB6A 1FW0A 4MLVA 1CB6A 3T9VA 1LFIA 4EQBA 1JEVA 3QUJA 3BBRA 5CBSA 5AE4A 2RKMA 3DRFA 2XX9A 2ZXTA 3JV9A 3LBSA 3HN0A 4U22A 1MPBA 4HCYA 3UIFA 1A55A 1WODA 4XKPA 5KCJB 5I56B 3FASA 4P0GA 5A5XB 1MXXA 2DSFA 1UTHA 4PFWA 3IB2A 3H03A 3PUVE 2Q8JA 3DP4A 4HTGA 3PV0E 4KQPA 1L5TA 1FQDA 1H45A 4ONYA 4QSCA 1QUIA 3RT6B 2V93A 3K0VA 2O51A 1M5FA 4IY5A 1FTJA 5HBCA 4THIA 3MVYA 3KG2A 3CI8A 3CFZA 4ND9A 4ECFA 5F7VA 1TT1A 2NVUB 1P1OA 2FA7A 2D21A 5I2NB 4G68B 3K6VA 3BKIB 2B3BA 1EZ9A 4OWDA 3RYBA 3QYTA 4F1VA 2LAOA 3G3KA 5I2KA 1NMUA 3L6HA 5JTYA 4BDOA 3R7XA 3E13X 3K6WA 1UIUA 3GZGA 1VE4A 2DWAA 2B4MA 2RINA 4JWYA 3O6HA 3MZ9A 3UGWA 3I3VA 1OLCA 3E3KA 2RCBA 2VD3A 3TPAA 4XTCQ 5DYHA 4H8IA 1QUKA 3VXBA 1B3GA 2XX7A 3PUZE 2YJPA 4N13A 2HZLA 2DWHA 1T0KA 2B4LA 1D3KA 3FXRA 4OQOA 1FTOA 1HSLA 3M3KA 2OK2A 1US4A 3KOTA 3GLBA 3HSTA 2PYYA 3TCGA 4I1DA 3TQLA 3GXAA 2XXHA 3MZBA 4YMAA 3S9LC 3DRKA 4DLDA 2A5SA 3QAXA 2P1SA 2Q2AA 4EXKA 4IO2A 3O9PA 4LONB 2F7BA 3UK4A 5B7DA 3PPPA 3RUMA 3UORA 3PMXA 3N94A 1NFTA 4MFIA 2VHAA 1A8FA 1QVSA 4OETA 4OYVA 4OENA 3HPIA 1DMBA 1DPPA 1B1HA 1LLSA 1JW5A 1B6HA 5ICQA 4KCDA 3Q27A 3SKPA 1LAXA 2O7IA 4LQ5A 5EYFA 5TP9A 3KFMA 4NMYA 4OXVA 3MPLA 3ILTB 2QPQA 1I69A 4KPTA 1JVXA 1B4ZA 2F7AA 2V84A 3JZJA 3B7DA 4AB5A 2HCAA 4BDNA 1GGGA 4RJZA 5TP9B 1P99A 3B6TA 2P2AA 2RC7A 4H65A 1D9YA 3SEXA 1A8EA 2E1SA 1LCFA 4K3FA 1MPCA 4U21A 1DTZA 2ONRA 3C4MA 3E4RA 3OOAA 3S2VA 1ZLQA 3MVZA 3MUQA 4QFOA 1MH4A 4EQ7A 5HM4B 2OWSA 2Z8EA 5FTHA 3THIA 3OENA 3ZKKA 1XHYA 1URGA 4JBZA 3SERA 2ALUA 4G68C 1KWHA 3N26A 4XIGQ 3S9EA 4N6PA 3IOVA 1LAFE 2OBGA 2I0CA 1O7TA 5AA2A 4JDFA 1P1WA 3OD7A 3KN7A 1MXUA 3SEVA 1SYIA 4YKPA 3MPKA 4G8HA 2F6PA 2RF1A 3WAEA 4PFYA 1YTVA 2ZMBA 1ZJLA 4O3BA 4ZEBA 3OO8A 4G77A 3RYAA 3EF7A 4Z7EA 1MY1A 4G4PA 1N0TA 4IO5A 1JETA 1B58A 4DCXA 2ZYKA 3QXMA 4DDDA 3H3GA 4C1TA 2I4BA 4GOTA 3EHSA 1VSOA 3IO6A 4F19A 4LP2B 4F39A 2WOPA 5H8HA 1IXHA 3K6XA 1LAHE 2Q2CA 1Q35A 3CSGA 4OMBA 3RTWB 4UA8A 3FVNA 3MVWA 1PDAA 1LB8A 2AIXA 3SEUA 3TZAA 1URDA 1VFEA 1FTKA 3HHFA 4NF8A 3KJTA 5H8HB 1AMFA 4Q5TA 3KEIA 3O6GA 5K2XA 3W9VA 1B5JA 3UP9A 3RGYA 3G3IA 4QSEA 4R74A 2RC9A 1M5DA 3W9WA 3DP6A 4LUBA 4ELPA 2WOKA 3U72A 4BDQA 5AA1A 3CFXA 2PMSA 4FIMA 4NF8B 2QS4A 3E9XA 3RN8A 3ZKLA 2ZYNA 1ZU0A 3B6WA 1QKAA 1OVBA 1SW5A 4NTLA 1Q1KA 4DXUA 1ZKBA 2A5TA 1RKMA 5H8SA 1QKBA 1LCTA 2UYFA 3RNNA 3TDJA 1AL3A 1UIVA 2DS9A 2VD2A 2ONKE 4YKIA 4QFLA 4KR5A 3O97A 4GD5A 4H8JA 2F34A 5I59A 2A5TB 3FV2A 4DXCA 1BP5A 3B6QA 4F22A 2F5XA 1MQIA 2V3QA 5CMKA 3O66A 3O2AA 5K2YA 1B40A 1USYE 4R2FA 3G3JA 1LBBA 3IB1A 5IKBA 3CG3A 4U1ZA 1FTLA 5I59B 4OFJA 4I8CA 3GBBA 4OTEA 4ISUA 2GRVA 3O6IA 2NWJA 3ODBA 4H0WA 1YPNA 3PPQA 2Y7WA 3LSFB 1BLFA 3H6WA 1URSA 3WAFA 3OSQA 3K00A 5AA2D 1WDNA 2I4CA 2QS1A 1II5A 1MM6A 1XVXA 4NF4A 4RPOA 2CZLA 1ZBMA 4OEUA 4DXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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