1JQFA

Human transferrin n-lobe mutant h249q
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSQTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand variation in the transferrin family: the crystal structure of the H249Q mutant of the human transferrin N-lobe as a model for iron binding in insect transferrins.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transport protein
molecule keywords TRANSFERRIN
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA02
4EF1A 1DMBA 3RTFB 2QJEA 4O3BA 3SEUA 5DYHA 3GZGA 1MH3A 1TT1A 4G68A 5AA4B 4Z0IA 3JZJA 2G93A 4R9GA 3TEPA 2F34A 1US4A 3GXAA 3MZ9A 4ISUA 4C1UA 3DP6A 2XXYA 5B7DA 2H4IA 5CM6A 1GVCA 5I56A 1XT8A 3PPRA 4LATA 5I84A 1N84A 1R9LA 1UTHA 3K0VA 1IXIA 4OESA 4QSCA 4BDQA 4F29A 4F1VA 5CRYA 4LZ5A 1VR5A 3O6GA 4OFJA 3IB1A 4THIA 1MQJA 4RK9A 3VXCA 4MBPA 3ZS6A 4NF5A 3VVFA 1B51A 2ZYMA 1PEBA 2F5XA 4QSEA 4KFQA 4OQOA 3U72A 1EZPA 1UIUA 1B5IA 1IQ7A 3CIJA 4OENA 1TWYA 2RF1A 1MPBA 3A3UA 3IR1A 4OXVA 1M5BA 2GRVA 1VE4A 1JEVA 3CFLA 5ITOA 3TKDA 3TELA 2F7BA 4FEBA 3VVEA 4KI0E 3LC8A 3AXFA 1USYH 2CMOA 5CMCA 2I0BA 4BDLA 5ICTA 2F78A 2DQVA 4EQ7A 4Q30B 1R9QA 2ZNUA 5CMBA 5H8HA 5I57A 1ZTYA 2VP1A 3G3JA 3OSQA 2AIXA 1B1XA 1TFAA 3L6HA 4IO4A 1J1NA 4RY1A 3BKIB 5DTBA 5TPAB 3TTNA 4IO7A 3MPKA 3C33A 1NNKA 5CI5A 1B4HA 2RC9A 1JW4A 2E1SA 3Q28A 3Q26A 2HEUA 5H8NA 2HZLA 5BUUA 5H8FA 5EYFA 3QAXA 2XHDA 2A5TA 1US5A 3KEIA 1EZOA 1IXHA 3MVYA 4WEDA 4ELQA 4F3GA 2ZYNA 4H5GA 4F22A 2XX7A 1HSEA 3RN8A 1MY4A 2UVJA 2RCAA 3K4UA 1ZLQA 5DT6A 1M5FA 4QHQA 1KWHA 2YPNA 3UA8A 2Y7WA 1AH5A 4H6DA 5J1DA 1LB8A 2M8CA 3U93A 3VE1B 5ICQA 1R6ZA 2XX8A 3S2VA 3FVOA 2XD2A 1II5A 3FIRA 3FJ7A 1H3DA 1NL5A 1QULA 3FJGA 3OSRA 4LZ7A 4R73A 2H5YA 1ZKBA 2BJJX 3ZKLA 5CMKA 3HPIA 5I59B 4U1ZA 1LB9A 3UN6A 1B05A 3DLNA 3IOWA 4MLQA 4BDNA 4N6PA 4FAJA 1H76A 3OEMA 2ONRA 5EHSA 1QUKA 4TOZA 4F18A 3HCQA 1UIVA 2DS9A 3O66A 1OQGA 1POTA 4KHZE 1IIWA 1FTJA 5TP9B 2GFEA 1LAGE 1JEUA 2Q2CA 4TLMB 1NH8A 3K6UA 1LBBA 4RYAA 5ELVA 2Q8JA 3SESA 1SW2A 1YPNA 4F19A 3S9MC 3PMXA 5AA1A 4PQJA 3IOVA 4FECA 4DXUA 2F35A 3CRBA 1AL3A 3DELB 4U23A 1P99A 5FHMA 5AA2A 5AA2D 2B65A 1MDP1 2XXUA 2THIA 3R6UA 4PETA 4G4PA 1FTMA 1N7XA 4QSDA 4R72A 3TTMA 4FATA 1H43A 4I8CA 3MVZA 1EZ9A 1HSJA 2X7QA 3IB2A 3PPPA 4YICA 4ZE9A 2VHAA 5FTIA 3EQ1A 4YMAA 4OEVA 2ZNTA 3C32A 3G3KA 4IO6A 4JWYA 1D3KA 3ECRA 4F39A 3OO7A 3B6WA 3O6IA 4JBZA 2V3TA 3JYRA 1B40A 3PPNA 4IO5A 1B52A 1NKXA 3MBPA 1RKMA 2F97A 4ND9A 1FTOA 3CI8A 2HZKA 3K2DA 5I2NB 3A3CA 3TTLA 4GLIA 1O64A 1QUIA 1N76A 2E0SA 4MLVA 4NF8B 4OERA 1UTBB 4X9TA 4BDOA 5H8QA 4Q8RA 1URGA 3USDA 3H4ZA 4AB5A 1NNFA 4FORA 4GF8A 2XXQA 5I2KB 4Z7EA 3FASA 4HCYA 5ITPA 1B3FA 3KJTA 4G8HA 4PFTA 3PUVE 2V84A 2DP8A 1GR2A 3SEXA 5AA3A 3ILTB 4PFUA 1SBPA 1B0HA 1GGGA 1AMFA 3UP9A 2DOJA 4JDFA 3CG3A 1EU8A 4ECFA 4DZ1A 1SYHA 3H6UA 1A40A 4QFKA 2B3FA 1JW1A 2HFBA 3LR1A 4NF6B 2Z8DA 2ZMBA 3IK6B 3W15C 2DVCA 4EQ9A 2Y7KA 2P1SA 5JTYA 3K01A 2FYIA 1LLSA 3OO9A 5L9OA 4OEUA 5JTYB 1YAEA 3UGWA 4OETA 1TFDA 2O7UA 4NF6A 2NWJA 4P0IA 1XC1A 4XTCQ 2X7PA 2Q9TA 2O68A 3HHFA 4RA1A 1OVBA 4YKKA 4EDPA 2AL5A 2B3BA 1LGBC 2XXHA 3PUZE 4QRZA 4JWOA 5F7VA 5B70A 4LQ2A 2V93A 4GL8A 1B32A 4U2RA 1S50A 5CBSA 2QS3A 2ZYKA 4F1UA 4H0WA 4DCYA 3OO8A 2DXYA 2QS4A 1XS5A 1MH4A 1B7UA 3C9HA 3CFZA 3Q27A 4I9DA 2R9JA 3TAJA 1WVJA 5H8QB 5H8SA 4GD5A 4NF8A 2Q88A 4O3CA 3UORA 1MXXA 2ANJA 2ESNA 2XXTA 3VVDA 4ELPA 5I2NA 2OWTA 1CE2A 1LAFE 2O69A 3BBRA 2NUVA 3M3LA 3P7IA 3VFJA 1OMPA 2F7CA 3H7MA 4YKPA 4ZEDA 2ZNSA 2XD3A 1MQGA 1P1NA 3SERA 4R6YA 3TTRA 3U8QA 3B6QA 4GFRA 3M8UA 4JXIA 3VV5A 1FQBA 1SYIA 2DXRA 4Q0CA 4HS7A 3VLVA 4YMBA 4R9FA 3KGCA 2QS1A 4BDMA 3OELA 4NE4A 3U94A 2R71A 2REGA 1DTZA 3Q29A 3QK6A 1VFDA 1Y1ZA 2RCBA 3UIFA 3EHUA 2V25A 2I0CA 1B58A 3O28A 3TFLA 3SETA 1N0TA 3SEWA 2F6GA 5DVIA 1FTKA 2QSXA 4MF3A 4GVOA 4LP2B 3K1NA 4ZE8A 2I3WA 1FQDA 1DPPA 2ABHA 4U4SA 5L8DA 3T9UA 4H65A 4EQBA 5TP9A 2PBWA 2GH9A 4X48A 4DXBA 1MG1A 5I2KA 2G29A 1B3EA 1XVYA 3K6XA 3MVWA 3W9WA 5K2YA 5L9MA 2PT1A 3RQTA 1ANFA 2QPQA 1B2HA 1M5CA 1MDQA 2YJPA 3GBAA 4GWOA 1UTBA 1EH3A 3C34A 3KBRA 3LSXA 5FHNA 1M5DA 3KSXA 1BIYA 3TQWA 3TPAA 2O51A 5HPQA 2WKYA 3MP1A 3E13X 1MS7A 3FATA 3IX1A 2QMXA 4LA9A 4QFNA 4GXAA 2F7AA 1A8FA 4OFLA 4WEPA 2XXWA 3T66A 2ALUA 3IOTA 2O1MA 2AL4A 2IEEA 2XX9A 1BTJA 3TCHA 3CSGA 3H6TA 3FVNA 4ZECA 4LVQA 4IB2A 3IL1B 1LCTA 2UVHA 3FXUA 3CR9A 4GXSB 3SEYA 2PX1A 3EN3A 4WKMA 4R6HA 4DCXA 1B0LA 1N3WA 4JSOA 4ESWA 1PC3A 3GLBA 3RT6B 4EXKA 3QIMA 3RPWA 4YB6A 3H6VA 3LBSA 4GL0A 1B5JA 2A5TB 1F9BA 1Y9UA 4JB7A 3TYHA 5AA2B 3IJXB 3TCFA 3L6GA 2UYFA 1I6AA 2Q89A 3T93B 2O1LA 5KZTA 4LZ8A 4F2OA 3PPOA 3FGSA 5HBCA 3T9HB 4ESXA 4KYDA 2RC8A 1P1UA 3IOUA 3HO7A 1MXYA 4KR5A 4K3FA 1N04A 3KFMA 3PUWE 2O84X 1LAXA 3R26A 1B3HA 2QS2A 1PB7A 4KCCA 3TTKA 2DE4A 2F36A 1ZJLA 2P2AA 3M3KA 4ZZAA 5IKBA 1WDNA 1P1QA 4XXUA 1A99A 3C4MA 4QFOA 1IEJA 1IZ1A 1PDAA 1USYE 2UYEA 1MQDA 3FV2A 3WAFA 5BWJA 3HHGA 3ZSFA 1OLAA 1QJMA 4DXCA 3PPQA 4ZDMA 3MP6A 5I59A 4OWDA 1AIVA 1MM7A 2R6GE 2Y7RA 1IITA 1DSNA 1I69A 2GHBA 2LAOA 2OBGA 2Y7IA 3O6HA 4H67A 4IO3A 4MH5A 4OFOA 4DIGA 5CC2A 4H1XA 2HAVA 4NF5B 3O9PA 4O3AA 2VD2A 1OIBA 3LSLA 1MXWA 3DP8A 3FUZA 4AB6A 4HW8A 2I58A 3T96B 4P0GA 2I49A 4ZEKA 3LUYA 3PMWA 1S7YA 1UTHB 1BP5A 1RYXA 4DE8A 2DWHA 3R7XA 4F31B 4M4GA 3LSFB 2OZZA 3OD7A 3WAEA 5I56B 5IAIA 1POY1 1LFHA 2H9BA 1Y3QA 2OJTA 1B4ZA 3OMBA 5H8FB 3VLUA 5H8NB 1ZIUA 5AA4A 2V3QA 2I6EA 3T9VA 4MFIA 2P0SA 2HXWA 2OWSA 2O7IA 4U1OA 4NMYA 3TDJA 3DM0A 2PMSA 1XHYA 1Y20A 2RINA 2ZXTA 3CFXA 3KN7A 3PV0E 1LFIA 1MPCA 4R74A 2XXRA 4YB7A 3Q25A 4LONB 3K00A 5DEXA 5H8HB 4ZEFA 1B5HA 4U4XA 5TU0A 3FZVA 4KYSA 2O6AA 4IGTA 3ZKKA 3IO4A 3PUYE 3DP4A 4EF2A 4EXLA 1AOVA 1MY3A 1MXZA 4Q5TA 3FVKA 4X1BA 1FCKA 2XXXA 4ZZEA 4U22A 4YZZA 4WXJA 3MC2A 1JQFA 3RGYA 3G3HA 5ISUA 1I6QA 2F6PA 4G8MA 4NTLA 4U21A 3V5AA 3KOSA 4G68C 3V83A 2I4BA 4EUOA 3RLFE 2CZLA 4LUBA 4ZS9A 1JVXA 3EHTA 1JNFA 1YTVA 1LBCA 2A5SA 5I58A 2QL3A 3H6WA 2AYSA 3EHSA 5HM4B 3C31A 1MPDA 1ZU0A 3PGFA 4JWXA 3OO6A 1CB6A 4G8NA 1H45A 3MP8A 5LOMA 1OVTA 1ZMGA 1SD3A 3TUSA 1D9YA 4HTGA 5KCJB 4H8JA 3SEVA 4ZEIA 2VD3A 4N13A 1B7HA 1JVYA 2H98A 1B6HA 1UQWA 3GBBA 3G7WA 3ILUB 1R1NA 3O97A 1B7ZA 4G68B 4I1DA 2D3IA 4OTEA 1B3LA 1Y4CA 3V8XB 1Y3NA 3KSJA 3QUFA 2DWIA 1MRPA 2YLNA 4XKNA 1N7WA 1NH7A 1FW0A 4GIZA 4G2ZA 4N07A 3BFTA 4OZ9A 1IUDA 4F3PA 4NF4B 3CG1A 1Z7NE 1A55A 1MXVA 4GQOA 4ONYA 4XKPA 5CMMA 3FD3A 3I3VA 3PMVA 1VFEA 4NWDA 1IXGA 4YU0A 3OEKA 5DVJA 4E0XA 1YCJA 3KOTA 2Z8FA 2DSFA 1MM6A 1Q35A 4NEDA 2H99A 1JETA 1O7TA 1MY1A 3H06B 1N3XA 2RC7A 3E4RA 3G3FA 3PD9A 4FJPA 3N5LA 1ZBMA 4YAHX 5FTHA 1SVXB 3JV9A 3I6VA 3LSWA 5KDTB 1O63A 1SW4A 4R75A 1OLCA 3C36A 3MWBA 1NFTA 1SW5A 5DEXB 3MAMA 4IGRA 4XIGQ 2UVIA 3IAZA 2VGQA 3QYTA 4FEDA 1SI0A 3RT8A 2OLBA 1QKAA 4BLAA 2Z22A 4DLDA 1FQFA 3OXNA 3FV1A 3N94A 3I5OA 3KZGA 4E0WA 3KN3A 4FIMA 2XXIA 5F1QA 1PB9A 4YKIA 3T22A 4BDRA 3ONMA 5CBRA 1DTGA 3IORA 1PB8A 2XXVA 1QUJA 2W7YA 4OYVA 3QXMA 2V3UA 2Y7PA 4KQPA 2I4CA 2Q2AA 4FE8A 4UA8A 3RUMA 2DYXA 3SKPA 3FXRA 4OHNA 3RTWB 1Z7ME 1DOTA 2GHAA 3E3KA 3M3FA 3O2AA 5EHMA 2IA4A 3MVXA 1MXUA 3MZBA 3OENA 4ELOA 2DVZA 4RPOA 5M2VA 1A54A 3TCGA 4F3SA 4R6KA 1B3GA 1Y4TA 4H8IA 1H44A 2F8DA 1D9VA 2Y84A 4QFPA 1P1WA 4R2FA 1FTLA 3W9VA 4IY6A 1FQEA 2UXAA 3N6TA 3KG2A 4F1YA 4PFYA 4ELRA 1Y1MA 1M5EA 3FVGA 3B7DA 3TZAA 5JEIA 3TODA 3S9NC 1LFGA 1QKBA 3QSLA 1L5TA 1SI1A 3V89B 3G3GA 4DDDA 5A5XB 1VSOA 4XKQA 3G3IA 4GOTA 4POWA 2UVGA 4QFLA 3VDFA 2NXOA 3PUXE 2QMWA 3H03A 4OVJA 1S9TA 1URDA 3VXBA 2REJA 3K02A 3A09A 4IY5A 4OMBA 4QF9A 3CSBA 2HCAA 5KDTA 3THIA 1A7LA 1LCFA 1ELJA 3T9XB 2PT2A 4R2BA 3MZ1A 4KYEA 5I57B 4IO2A 1SQYA 4YB5A 4YKJA 3BFUA 4RJZA 4ZEBA 1MY2A 3QUJA 3PU5A 3HV1A 3C35A 2DE3A 3IJOB 3S4UA 5A5XA 1D4NA 2NVUB 1BLFA 1HSLA 4XKRA 2I48A 3HSTA 4KD5A 4RPNA 3UK4A 1I6BA 1GV8A 2ONKE 4RK2A 3S9LC 2ZYOA 5AE4A 3O29A 1T0KA 3B6TA 1B46A 2DWAA 1BKAA 1QVSA 1SDXA 3EF7A 1Y3PA 3IO6A 3OOAA 2OK2A 4POXA 4RXLA 3TQLA 4JSDA 1RYOA 1NNPA 2X26A 3K1MA 4PE5B 1PBQA 3D4CA 2OCUA 3FJMA 1Q1KA 3N26A 2VOZA 4UACA 1LSTA 3TMGA 1IXCA 4X1DA 2HAUA 1SW1A 4C1TA 3KN8A 3F11A 3MW0A 5L9SA 2FNCA 3H3GA 2FA7A 1ATGA 3CVGA 1B1HA 2DWJA 3K6VA 3U92A 5KCJA 4L17A 4AQ4A 2QRYA 1PBPA 1QW0A 3ODBA 4RNSA 5K2XA 3SDFA 2KLFA 1JW5A 4I62A 3RNNA 2DE2A 2Z8EA 3N6UA 2ONSA 1DPEA 4M1VA 4PFWA 3RY3A 1XOCA 4G77A 3MJNA 1XVXA 3K1PA 5FHOA 1URSA 5I58B 2Z23A 2D21A 2D5WA 4GRKA 5JK4A 2RKMA 1NNTA 3PD8A 1MY0A 1OQHA 1WODA 4C0RA 3VLWA 3E9XA 3HN0A 3FXQA 4H5FA 2HQ0A 4F2QA 2PVUA 4KCDA 4PP0A 1MQIA 2I3VA 4NWCA 1FQAA 5TPAA 1NMUA 2H25A 3MQ9A 2NOOA 1FQCA 3MUQA 1P1OA 1B9JA 2XXPA 3K6WA 4KPTA 4NF4A 4TQUQ 3S9EA 3MPLA 1GTKA 5DVFA 4LQ5A 1TXFA 1MQHA 3EPEA 3KJ7A 1A8EA 1LAHE 4F3BA 3IB0A 3U1OA 4HCWA 3D4GA 2PYYA 4P11A 4TLLB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DMBA 3GZGA 5AA4B 4GX3A 1RDXA 1US4A 5I56A 5CM6A 5B7DA 2H4IA 1LBVA 5I84A 4F1VA 4BDQA 5CRYA 4LZ5A 4OFJA 4PAFA 1B51A 3U72A 4MJOA 4OENA 2RF1A 3A3UA 1MPBA 5ET8A 1DK4A 3CFLA 3TKDA 3LC8A 2CMOA 2I0BA 4Q30B 1R9QA 5CMBA 2VP1A 2AIXA 5HPQA 3L6HA 4N6KA 2RC9A 2XHDA 1EZOA 4ELQA 4F22A 1HSEA 2PFYA 2UVJA 4I3YA 5DT6A 1KWHA 2YPNA 2Y7WA 1AH5A 1LB8A 3VE1B 1R6ZA 3FVOA 3OSRA 3FJ7A 4R74A 1H3DA 1NL5A 4LZ7A 1ZKBA 2FBPA 1LB9A 4MNPA 3IOWA 1QUKA 3O66A 1POTA 4PC9A 5TP9B 1LAGE 1NH8A 1LBBA 4RYAA 5A5LA 5AA1A 4N15A 4FECA 1AL3A 3DELB 1P99A 2B65A 3TTMA 1FPKA 2XWKA 3MVZA 1HSJA 4YICA 3PPPA 2VHAA 4OEVA 2ZNTA 3C32A 4PE3A 3PPNA 1B52A 3IFAA 4ND9A 4NX1A 4P9KA 1O64A 4OERA 3RYDA 1UTBB 4Q8RA 1URGA 3USDA 1FBPA 4FORA 3FASA 1B3FA 3KJTA 4JDFA 3CG3A 4ECFA 1SYHA 2B3FA 2CZHA 2ZMBA 1LLSA 5L9OA 3UGWA 4OETA 4P0IA 4EDPA 4YKKA 4GL8A 2F3BA 4U2RA 2ZYKA 4DCYA 3Q27A 1MH4A 1B7UA 4UABA 4NF8A 3UORA 1MXXA 2ANJA 4ELPA 3BBRA 3P7IA 4YKPA 2XD3A 3U8QA 4JXIA 1SYIA 2DXRA 4R9FA 1INPA 3Q29A 1FJ9A 3QK6A 2RCBA 1FJ6A 3SEWA 2F6GA 4LP2B 4ZE8A 2ABHA 4U4SA 3T9UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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