1JQFA

Human transferrin n-lobe mutant h249q
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
b'DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSQTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand variation in the transferrin family: the crystal structure of the H249Q mutant of the human transferrin N-lobe as a model for iron binding in insect transferrins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
source organism Homo sapiens
molecule tags Transport protein
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA02
3QIMA 3M3FA 2D5WA 2F7BA 1NFTA 2H98A 1ZIUA 2ZNSA 1B7HA 3VLUA 5H8FA 1VFEA 1B3HA 1MXVA 3MPKA 4GFRA 2X7QA 4RK9A 3R7XA 5I2NB 3GBBA 3SESA 3ZKKA 3IJXB 5CBRA 4IO3A 3UK4A 1XVXA 1A40A 3DP4A 2O68A 2ZMBA 4FIMA 4AB5A 2E1SA 3QUJA 4F29A 3MVWA 4PP0A 2DXYA 4GL8A 1GR2A 3PUYE 4H8JA 2FNCA 2Z23A 3RNNA 3G3KA 2XHDA 4LUBA 4E0XA 1PEBA 3K6UA 4P11A 1N3XA 4NF6B 4JWOA 4NF5A 1FTKA 1LLSA 3OXNA 4QFKA 4ONYA 2M8CA 5KCJA 3R26A 3LUYA 3ILTB 4DXCA 4OMBA 5JK4A 1VR5A 2REJA 2H4IA 3LBSA 1AL3A 2XXTA 4ELRA 1JEVA 2DE3A 4XIGQ 4NMYA 1UQWA 2F7AA 4LQ2A 2X26A 3UGWA 5I57B 1MXZA 4ESXA 1QKAA 4QFNA 2G29A 1GGGA 4G2ZA 2DS9A 3MBPA 5TP9B 1HSJA 4R6HA 3QUFA 3IL1B 4H1XA 2ONRA 3MJNA 5A5XA 4RK2A 1AH5A 4BDNA 4PFWA 2I4BA 3IAZA 5BUUA 3ZS6A 1SW5A 3EPEA 2F8DA 4XKPA 3BKIB 2RC9A 4IO4A 3U92A 4BDQA 3L6HA 4LQ5A 1H44A 5DEXA 2QS3A 4U22A 4LZ7A 1MY3A 3IOVA 1GTKA 4THIA 5I56B 4F3BA 3MC2A 5K2YA 1LBBA 3PUWE 1MXUA 2VOZA 3K6XA 3K1PA 1JETA 5F1QA 2RC8A 2XXYA 3ZSFA 3HHFA 4ECFA 4H0WA 3MW0A 1SBPA 1I6QA 3I6VA 2UVJA 3EHUA 4DDDA 3TMGA 1P99A 3VV5A 3H6VA 3F11A 3KJTA 3TTLA 4NF8B 3ECRA 1MY2A 5DVIA 4R74A 3SETA 1IQ7A 3RTWB 4XKNA 1B1XA 2ANJA 1ANFA 1IXCA 2PT2A 2YLNA 4U2RA 2NUVA 1DTGA 3SEWA 4RY1A 4BDMA 2GRVA 4GOTA 5I59A 1D9VA 2ZXTA 4PFTA 2QS4A 3H03A 4JDFA 3CFLA 4JWXA 4PE5B 4GD5A 1MQIA 3G3GA 2ABHA 3H7MA 4ELPA 4GXSB 3V83A 1LFIA 1MH4A 1URGA 4GIZA 3C34A 3N94A 3SEYA 3ONMA 4M1VA 3IO4A 4UACA 5AA2D 3IORA 3LSXA 3CFXA 2OCUA 2Y7WA 1FTJA 3W9VA 1MY0A 2XD3A 1TFDA 3E13X 4NTLA 3T9XB 3SERA 1XOCA 4QSEA 2A5TB 4YKJA 3Q29A 2HQ0A 3QK6A 4OWDA 1B3EA 1R1NA 3TELA 3PGFA 4ISUA 3BFUA 4ZZAA 1Y20A 1N7XA 3IB0A 3CG3A 5H8HB 3O6HA 4N13A 5AA4A 1A8EA 1ZTYA 4IGTA 3VDFA 1HSEA 4PETA 3FVKA 3B6WA 3RT6B 3LSLA 4ND9A 4U1OA 2GFEA 4JSDA 5ITOA 3T9VA 1RYOA 1B7ZA 5FHOA 4GVOA 1B46A 1ZBMA 3VXCA 3I5OA 4KCDA 2XX9A 2DVCA 5DTBA 1MY1A 1FQBA 4ESWA 5I58A 4NF4B 3IB2A 1QUKA 3FXQA 1LBCA 4XKRA 1D3KA 3O28A 2F7CA 1EU8A 3TDJA 4EF1A 1JVXA 4YKKA 4EQBA 3MAMA 4BLAA 3OELA 1MH3A 4QSCA 1B3FA 3K2DA 1PDAA 3EF7A 3D4GA 4F3SA 2OZZA 3O2AA 4LZ8A 4EXLA 3W15C 2I0BA 2P2AA 3Q27A 4UA8A 4IB2A 1LFHA 3P7IA 1M5BA 5B7DA 3CR9A 1M5DA 2O7UA 1M5FA 1Q35A 2AL5A 3PU5A 1MM6A 4FEBA 3FATA 1N84A 1MDQA 4OFLA 5DVJA 3PPOA 1N3WA 3VFJA 1J1NA 3U93A 3M3LA 4X1BA 1H3DA 2ZNUA 5CMBA 1PB8A 2Q2AA 2WKYA 4KYEA 3CFZA 1WODA 1ZJLA 1FTOA 4GL0A 2R9JA 2V3UA 1ZU0A 4LP2B 2DWJA 5B70A 3QXMA 1LCFA 3EHSA 4XTCQ 3USDA 2G93A 3MP1A 3SEVA 2XXXA 1QJMA 4YICA 3WAFA 1AMFA 2NWJA 4F22A 4FAJA 1XC1A 1TXFA 3FJGA 5H8NA 1IXHA 4FORA 2UVHA 3N26A 1N76A 4YAHX 3EQ1A 1B6HA 1XS5A 1IIWA 1URSA 2PMSA 2PX1A 5TU0A 4Q8RA 3O9PA 3VVEA 1NL5A 3OOAA 1DTZA 1O63A 1P1NA 1MY4A 2NOOA 5I2NA 4RPNA 3TTNA 4I8CA 2XD2A 2QRYA 3OENA 1OQHA 4EF2A 3K01A 1Y1ZA 3BFTA 4L17A 1B5IA 1QVSA 4NWDA 1CE2A 1OIBA 1MXXA 4DE8A 2O51A 1SW2A 1NNKA 1EZOA 2QS2A 2NVUB 3N6TA 3DELB 2V84A 4F2QA 4YMBA 4GLIA 1T0KA 1UTHB 3T9HB 2Y7RA 1FQAA 1ZLQA 2DWAA 2RINA 1S50A 2DOJA 2QMXA 3OMBA 1Y9UA 3KFMA 4NF6A 3V89B 4FATA 2XXUA 4HCYA 1RKMA 3RPWA 4ZZEA 4KFQA 3T96B 2QPQA 2IA4A 3GLBA 3TZAA 3FJ7A 3IOUA 3TFLA 1MS7A 3PPRA 4KD5A 2R6GE 2VD3A 3IJOB 1Y3NA 1IEJA 2GHAA 2YJPA 1NNFA 4H8IA 1VE4A 3OEMA 4IO5A 1WVJA 2KLFA 1A54A 3FXRA 5L9MA 1Y4TA 5I57A 3UA8A 5L9SA 1R9LA 4EUOA 4G4PA 4HCWA 4R9FA 2OWTA 3Q28A 3PUXE 4KCCA 1POTA 3OEKA 3UORA 2B3FA 1Y3PA 2XXQA 5I2KB 5AE4A 5TP9A 1NH8A 1PB7A 1N7WA 3RT8A 4F31B 2QJEA 5KCJB 4F1YA 5EYFA 5FTHA 1B3GA 1LAGE 3THIA 5ICQA 5CMMA 4IO7A 4BDLA 1YCJA 1PBPA 1S9TA 3K0VA 2O6AA 1B5JA 4KQPA 4JBZA 3UP9A 4HW8A 3KEIA 1DOTA 1OLCA 4N6PA 3PPQA 4ZEFA 1QKBA 3DP8A 4G68C 2I49A 3FD3A 5EHSA 2ONKE 3TQLA 3N6UA 3W9WA 3KN3A 2XXPA 2O7IA 3H3GA 1VSOA 3IR1A 3FV2A 4K3FA 2I3VA 1II5A 2I0CA 2QL3A 3H6TA 1UTBB 3KGCA 3RUMA 3U8QA 4FECA 5TPAB 4MBPA 5AA1A 3MWBA 4XKQA 3K1NA 3GBAA 4YKIA 3S9MC 3SKPA 4NF8A 2F78A 1JW5A 4KR5A 3KOSA 4TLLB 2P1SA 3M8UA 3T22A 4OQOA 3LSFB 4GQOA 1BIYA 5F7VA 5FHMA 4OESA 2THIA 4R6YA 3E4RA 3DLNA 4PFUA 3KN7A 1B0HA 4YMAA 1POY1 1AIVA 3H4ZA 3O29A 1TFAA 4WKMA 2BJJX 1B51A 4Q0CA 5ELVA 1SI1A 4U23A 5ITPA 4OVJA 5HPQA 1DMBA 2AIXA 1MG1A 4KYDA 1B40A 1MPBA 1SI0A 1N04A 1DPPA 2X7PA 3MZ1A 1B58A 3C35A 1SQYA 2UVIA 4KHZE 3TYHA 3LSWA 5JEIA 4IO6A 2A5TA 1A55A 3KOTA 2UYEA 5CMKA 2HFBA 4POWA 4ZE8A 1MM7A 1R9QA 4F2OA 4F39A 4WEDA 1Z7ME 3OSRA 4YB7A 1B05A 1TT1A 3FGSA 2F5XA 3E3KA 2QMWA 4H65A 3FJMA 1LB8A 4H6DA 1MPCA 2RF1A 3EN3A 2F35A 4H5GA 1FQDA 3B6QA 3U1OA 3B7DA 5H8QB 2F36A 2HZLA 3CIJA 4JB7A 4EQ9A 3O97A 2UYFA 1BKAA 3CSBA 2Y7IA 2QS1A 1LFGA 2HAUA 1GV8A 3PMVA 1NMUA 1MQDA 4NF4A 3DP6A 4U4XA 2OBGA 2D21A 4F18A 4NWCA 2OLBA 2CZLA 1JW4A 3N5LA 1PBQA 2DE4A 3O6GA 5CM6A 1DPEA 3H6UA 1D9YA 4G68B 1L5TA 1A7LA 1URDA 4I9DA 4R72A 4EXKA 4R73A 2XXRA 4IGRA 1P1UA 4KPTA 5J1DA 2REGA 3HV1A 3Q25A 1B52A 5JTYB 3IO6A 4HTGA 3Q26A 2LAOA 5KDTA 5I58B 4ZS9A 2HEUA 3S9LC 3S2VA 3T66A 4QHQA 4PQJA 3C33A 4DXUA 4RNSA 4DCYA 2XX7A 5BWJA 3QYTA 3JYRA 3K02A 4O3BA 5I84A 3PPNA 2F97A 4YB5A 4MLQA 1M5CA 4OEUA 4X1DA 2HXWA 3PV0E 1B4ZA 1NH7A 1FCKA 3HCQA 3I3VA 4LVQA 5DT6A 2VD2A 1B32A 3HHGA 3KN8A 1NNPA 4AQ4A 1DSNA 3O6IA 4C1UA 3RLFE 3H6WA 1LAHE 4F1VA 2CMOA 3LC8A 5EHMA 4IY6A 5AA2B 5IAIA 1SW4A 2YPNA 4Z7EA 3TCFA 1USYE 3V8XB 1FTMA 3CSGA 3KSXA 4JSOA 3RGYA 1SVXB 3TAJA 4GXAA 1B5HA 1PB9A 5HBCA 1D4NA 4FEDA 2H5YA 2Q2CA 2UVGA 3FXUA 1UIUA 1IZ1A 2VP1A 1NNTA 3TEPA 3G7WA 3PMWA 1FQEA 5CC2A 3LR1A 1Y3QA 1IUDA 2F34A 5ICTA 3KBRA 1OVTA 4OETA 3C31A 3GZGA 4ZEDA 4MLVA 3HO7A 4OEVA 2Q8JA 4F19A 2H25A 1LSTA 3CVGA 2Y84A 1YTVA 3TODA 4P0IA 3S4UA 1MQHA 4LONB 4O3CA 4QFPA 4I1DA 3TCGA 3G3JA 4LATA 4FE8A 4QSDA 2HCAA 3PMXA 5H8NB 3RQTA 5K2XA 2ZYMA 3VXBA 1UTHA 4RPOA 1SDXA 4OHNA 2Z22A 3M3KA 1SW1A 2I4CA 5H8FB 3O66A 2XX8A 4LZ5A 4EDPA 1OVBA 5AA3A 3H06B 5LOMA 1OLAA 4OENA 2V25A 2HAVA 3VE1B 3K00A 3BBRA 2ZYOA 1EH3A 2DE2A 4OTEA 1MRPA 4Q30B 2OK2A 1US4A 3UIFA 3C32A 2PVUA 2P0SA 4E0WA 1P1OA 2Z8DA 3KZGA 3TTKA 3FVOA 3RN8A 4IO2A 5DYHA 4BDRA 3CI8A 2DWHA 2O84X 1N0TA 3KSJA 2RCAA 2GH9A 2I48A 3JZJA 3PD9A 1BLFA 5I2KA 3A09A 3OO9A 2ONSA 4YZZA 2VHAA 3RTFB 4TOZA 3ILUB 1JEUA 4GF8A 3ODBA 4X9TA 4Z0IA 4NF5B 3S9NC 1LGBC 1A99A 1XT8A 1ELJA 4XXUA 3EHTA 4AB6A 1NKXA 1QULA 5IKBA 2PBWA 4NEDA 2Y7KA 3U94A 2DWIA 4HS7A 4O3AA 4U1ZA 4ELOA 3FUZA 3TCHA 4C0RA 3L6GA 3FVNA 3C4MA 3T9UA 2Q88A 4U21A 2RCBA 1MPDA 3SEXA 4DZ1A 4BDOA 2V3QA 3D4CA 3TTMA 3A3UA 5CRYA 3OO8A 3FIRA 4ZEKA 1O64A 1KWHA 3VLVA 2O1MA 1LB9A 4ZECA 1OQGA 3QSLA 5I56A 1H43A 4QRZA 1I6BA 1UTBA 5A5XB 3G3FA 4QFLA 2AL4A 4NE4A 1QUJA 3TKDA 2V93A 5TPAA 3MPLA 2PYYA 4F1UA 4YKPA 2ALUA 2ZNTA 4MF3A 1ZKBA 3SDFA 4H67A 1MQGA 4EQ7A 1LAFE 3VLWA 3DM0A 4F3PA 1VFDA 1US5A 3MQ9A 4DCXA 1XVYA 4Q5TA 5DEXB 4R2BA 3TTRA 3R6UA 3PUVE 1FQFA 1JQFA 2H9BA 4M4GA 1AOVA 3E9XA 1Z7NE 2XXWA 3FVGA 4H5FA 4YB6A 1Q1KA 4F3GA 3JV9A 4WEPA 3OO6A 3T93B 3K4UA 4IY5A 2RKMA 4G8NA 1H76A 1RYXA 3VVFA 1USYH 3G3HA 1B9JA 3CG1A 2FYIA 2ZYKA 2B65A 4OXVA 2R71A 1LCTA 1ATGA 3ZKLA 3OSQA 1OMPA 2D3IA 3AXFA 2QSXA 3G3IA 4YU0A 2DXRA 2F6GA 2PT1A 4OZ9A 3MVXA 1R6ZA 1B0LA 1B4HA 2HZKA 3FV1A 4G8MA 1S7YA 3QAXA 4P0GA 5I59B 3S9EA 1B3LA 4KI0E 4PFYA 4ZDMA 5FTIA 4ZEBA 4G8HA 1YAEA 4FJPA 4MFIA 2OWSA 2RC7A 4DIGA 3IOTA 3TPAA 1TWYA 3RY3A 1O7TA 4JXIA 3MZBA 3MVYA 4QF9A 3MP6A 1I6AA 5H8QA 1BTJA 1Y4CA 5H8HA 2A5SA 1IXIA 5KZTA 2DP8A 3PPPA 3FZVA 2I58A 3VVDA 4QFOA 1WDNA 3IOWA 1BP5A 1JW1A 4KYSA 5CMCA 1ZMGA 1UIVA 3TUSA 3GXAA 4TLMB 2V3TA 3HN0A 1JNFA 4R2FA 1H45A 5L9OA 4WXJA 3IX1A 4C1TA 4G68A 5AA4B 3HSTA 1MXWA 4RXLA 5JTYA 3MVZA 4I62A 3MUQA 4RYAA 2O1LA 2GHBA 1M5EA 2E0SA 3UN6A 3K1MA 1B1HA 1MDP1 3WAEA 2VGQA 4ZEIA 3V5AA 4GRKA 1SD3A 3HPIA 1HSLA 2XXHA 1EZ9A 1IXGA 4OFJA 3KJ7A 3C9HA 2I6EA 4GWOA 1CB6A 4N07A 2W7YA 1QW0A 1P1WA 2AYSA 2IEEA 3TQWA 2Q9TA 3PUZE 1FTLA 1FW0A 2Z8EA 4X48A 3K6VA 5HM4B 5M2VA 5KDTB 5AA2A 1SYIA 3A3CA 1Y1MA 3OO7A 1PC3A 1A8FA 3B6TA 2H99A 1B7UA 4DXBA 3IB1A 2DQVA 4OFOA 2DYXA 1I69A 4LA9A 2UXAA 1P1QA 2Q89A 1MQJA 4RA1A 1EZPA 2DVZA 5CI5A 3CRBA 1GVCA 2XXIA 4TQUQ 2F6PA 2Z8FA 4R6KA 2B3BA 5CBSA 3KG2A 1IITA 3U72A 1XHYA 2ESNA 4JWYA 5DVFA 5L8DA 2XXVA 4ELQA 2ZYNA 1YPNA 3FASA 3OD7A 3IK6B 1MXYA 2DSFA 4OYVA 4DLDA 1JVYA 2O69A 3MZ9A 4MH5A 4R9GA 1SYHA 4ZE9A 2NXOA 3K6WA 3PD8A 4G77A 4OERA 5H8SA 1QUIA 1LAXA 4U4SA 2I3WA 4R75A 2OJTA 1FQCA 3MP8A 4POXA 2FA7A 3SEUA 1F9BA 1B2HA 2Y7PA 4RJZA 5ISUA 3C36A 5FHNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QIMA 3M3FA 2D5WA 2F7BA 1NFTA 2H98A 4H45A 1ZIUA 2ZNSA 1B7HA 3VLUA 5H8FA 1VFEA 1MXVA 1B3HA 2WX9A 3MPKA 4OA4A 3NOHA 2PCRA 4GFRA 2X7QA 4RK9A 3R7XA 5I2NB 3GBBA 4MIJA 3SESA 3ZKKA 2WBDA 3IJXB 5CBRA 3SZPA 1EYKA 2FBPA 4IO3A 3UK4A 1XVXA 1A40A 2FHYA 3DP4A 2O68A 2ZMBA 4FIMA 3B50A 4AB5A 2E1SA 3QUJA 4F29A 3MVWA 4PP0A 4AS5A 2DXYA 4GL8A 1GR2A 4XFEA 3PUYE 3KC0A 4H8JA 2FNCA 2Z23A 3RNNA 4IR8A 3G3KA 2XHDA 4LUBA 4E0XA 1PEBA 3K6UA 5ET7A 4P11A 1N3XA 4NF6B 4JWOA 4PFBA 4NF5A 1FTKA 1LLSA 3OXNA 1FBFA 4QFKA 4ONYA 2M8CA 3ROJA 5KCJA 3R26A 3LUYA 3ILTB 4DXCA 4OMBA 5JK4A 1VR5A 2REJA 2H4IA 3RPLA 3LBSA 2WYKA 1AL3A 2XXTA 4ELRA 1JEVA 2DE3A 4XIGQ 4NMYA 1UQWA 2F7AA 4LQ2A 4MHFA 1FBDA 2X26A 3UGWA 1KA1A 5I57B 1IMBA 1MXZA 4ESXA 1QKAA 1SPIA 2F3DA 4QFNA 2G29A 1GGGA 4G2ZA 2DS9A 3MBPA 5TP9B 1HSJA 4R6HA 3QUFA 3IL1B 4H1XA 2ONRA 3MJNA 5A5XA 4RK2A 1AH5A 4OVRA 2VPNA 4BDNA 4PFWA 2I4BA 3IAZA 5BUUA 3ZS6A 1SW5A 3EPEA 2F8DA 4XKPA 3BKIB 4JVCA 2RC9A 4IO4A 3U92A 1LEVA 4BDQA 3L6HA 4LQ5A 4PDDA 1H44A 5DEXA 2QS3A 4U22A 4LZ7A 1MY3A 1K9ZA 3IOVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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