1JQFA

Human transferrin n-lobe mutant h249q
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSQTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
publication title Ligand variation in the transferrin family: the crystal structure of the H249Q mutant of the human transferrin N-lobe as a model for iron binding in insect transferrins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA02
1BIYA 4OEVA 1B4ZA 1Y9UA 4R6KA 2Z23A 4UA8A 1I6BA 2F6PA 1QUJA 4IY5A 2X26A 1TFDA 2I4BA 5CBRA 3ZKLA 2PT1A 3FIRA 4KD5A 3U1OA 3S9LC 4MLQA 2ALUA 4RA1A 2REJA 5H8NB 2W7YA 2OK2A 2QS1A 2DE3A 2HAVA 2PBWA 4LONB 1ATGA 1IXIA 2F34A 2UVJA 3G7WA 4EF2A 4IB2A 3PUXE 1QUKA 4DXUA 2GHBA 4PFWA 1MY4A 3KN3A 2X7QA 4PFTA 1B7HA 3A3CA 1URDA 5FHMA 4P0IA 4OETA 4GFRA 2A5TB 3QK6A 3Q25A 3DELB 2DWHA 2DWJA 3QSLA 1MS7A 1N7XA 4C0RA 4XIGQ 2V3UA 3EHSA 4O3CA 2QS3A 1B52A 2IEEA 1QW0A 5DVFA 3SERA 4BLAA 1UIUA 2Q9TA 3QUFA 3G3HA 2AL5A 1SW2A 4ZE9A 5L9MA 3PU5A 1XHYA 5KZTA 4G77A 3C33A 4KYDA 4E0WA 4KI0E 1LCTA 5FHNA 1ZTYA 4Z0IA 5KCJB 3U8QA 1A99A 5CMMA 3OENA 3CSGA 2O7IA 3MW0A 5K2XA 2HEUA 2XXIA 4H5GA 4U4SA 4KPTA 3SDFA 1UTBB 1PB8A 4POWA 1ZIUA 3TELA 4GXAA 1A8EA 3IOTA 3T66A 1MXZA 1R9QA 5AE4A 2Z8FA 4C1UA 2I48A 2G93A 1M5CA 3MP8A 4GIZA 2F35A 2ZYNA 3TQLA 2P0SA 3MP1A 3LC8A 5LOMA 5DVJA 1US5A 4WEPA 3U72A 4QHQA 4KR5A 2B3BA 1OQGA 2D5WA 3IX1A 1DPPA 4F39A 2G29A 5KDTB 1IQ7A 5CC2A 4G8HA 4N07A 1GTKA 3O28A 1BLFA 1USYE 3W9WA 4ZE8A 2R6GE 4H65A 3K6XA 1P1UA 3IORA 1B9JA 2DQVA 3ILUB 3P7IA 2ZYOA 5H8HB 4YKKA 4R73A 4OFJA 2RF1A 4RJZA 3FJGA 1WVJA 2RCBA 2DYXA 4NE4A 1YAEA 2ZYKA 3T93B 4AQ4A 4H5FA 1T0KA 3TTKA 4YZZA 3MVWA 4LA9A 4RYAA 1FCKA 5A5XB 3TUSA 1O7TA 2D21A 1NH7A 5JTYB 3EHTA 3KN8A 3G3FA 3TCHA 1ANFA 4Q5TA 1LBBA 3F11A 4U21A 4HTGA 4MLVA 4I8CA 1MXXA 1MQJA 2HCAA 3PMVA 2OBGA 4YAHX 3UN6A 2REGA 1MDQA 5AA2B 3M3FA 1MXYA 3ZSFA 4ELRA 3IL1B 2V3QA 4NEDA 3FASA 3H7MA 3TPAA 1MH4A 3C35A 1N3XA 3OXNA 4NF8A 1R9LA 1SBPA 4WKMA 3D4CA 3E13X 3LSWA 1LFIA 5DEXA 3ONMA 1Z7ME 3K6WA 4Q8RA 2H4IA 3DP6A 2H5YA 2VD3A 5IKBA 1OVBA 1VSOA 3VDFA 3TFLA 4ISUA 4ZZAA 4KFQA 1Y3PA 4XKQA 3S9MC 5CM6A 1LAFE 3H6VA 1FTJA 4G8NA 3UIFA 2HAUA 4I62A 2NUVA 1PC3A 1S7YA 3QUJA 1O64A 5ICTA 4X48A 1JETA 3FVNA 2ZNUA 2XD2A 4EDPA 1GGGA 2YLNA 3PMWA 3KZGA 3N6TA 2VGQA 1F9BA 1N84A 1N0TA 2RKMA 3I6VA 5CBSA 3BFUA 2PVUA 1D9VA 1P1WA 4M4GA 5L9OA 1LCFA 1PB9A 3IOUA 4ZEDA 3OEKA 5I57A 1BKAA 4THIA 4XKPA 3O97A 2O51A 3H6WA 2DSFA 1DOTA 3T9HB 3N26A 1VFEA 1Y4TA 2ZNTA 1SW4A 4FIMA 3JZJA 3THIA 3G3JA 2F8DA 4YKIA 1DTZA 2XXQA 1L5TA 3IOVA 3R26A 3N6UA 3SETA 3OO7A 3PGFA 2V93A 4GXSB 4P11A 3MBPA 3OO6A 3LSFB 4MBPA 4TOZA 3TMGA 1B40A 3Q27A 3FVGA 4ZDMA 4OMBA 1Q1KA 4KHZE 2I49A 1UTHA 1XVYA 3RNNA 4P0GA 1B58A 1B3LA 3H4ZA 1FTOA 5I2NA 4YICA 2DS9A 2AYSA 4X1DA 3MUQA 2F7CA 3C9HA 3FGSA 4IO5A 5BUUA 1FTLA 3H06B 1IIWA 3GLBA 3LSLA 3PUZE 3LR1A 1SW5A 4YMAA 1USYH 2QPQA 3SESA 3K1NA 3M3KA 1N04A 1B1HA 1N76A 1QKAA 1ZKBA 1AL3A 3D4GA 4DXBA 3MZBA 1IXCA 3PD8A 1EU8A 3B6TA 2ONKE 4XTCQ 1DMBA 1FQCA 2ZXTA 5I84A 3EN3A 1I6AA 1B05A 4PFUA 3Q28A 5HM4B 4GL0A 2IA4A 1Y20A 2PT2A 4F22A 3RN8A 4NF4A 1FQFA 2H98A 3U94A 4YMBA 1LAXA 3T9UA 4QFKA 2OWSA 5ITOA 3TYHA 4R2BA 2ONSA 4XKNA 1UIVA 4NF5A 4NF6B 2ZNSA 3TCGA 1B3GA 1QJMA 4HW8A 2Q88A 1B0LA 4BDRA 3O6GA 1MY1A 3IR1A 3S9EA 5JK4A 4WXJA 2V3TA 2XX7A 5AA3A 3MPKA 2XD3A 4XKRA 2ZMBA 2DE4A 2UVGA 1OVTA 3IO4A 4G68A 2QMWA 1M5EA 2H9BA 4GOTA 4QF9A 2XXPA 3OO9A 5EYFA 3CR9A 2O7UA 4QFOA 4GRKA 4Z7EA 1CE2A 2QS4A 1MQGA 1S50A 5DVIA 2B65A 5FHOA 3GZGA 4YB6A 2OLBA 4PQJA 4FEBA 4R6HA 1URSA 4DIGA 3TKDA 1MM7A 2V84A 3LSXA 4K3FA 4FECA 2UYFA 2R9JA 1S9TA 4PETA 3Q29A 5B70A 1PBQA 1AIVA 4QRZA 1NNPA 3I5OA 5FTHA 2I6EA 2D3IA 2FYIA 1SI1A 1GVCA 4R75A 2NWJA 3O66A 1MDP1 2Y84A 1NKXA 4AB6A 5H8NA 4N6PA 4H1XA 3KEIA 4F2OA 1Y1ZA 3ZKKA 2XXYA 3FJMA 4L17A 3S9NC 5I58B 2XX9A 1MY0A 4MFIA 2ESNA 4LP2B 5HPQA 4POXA 2VD2A 2DE2A 4LZ5A 4JBZA 4ZS9A 2XX8A 1HSEA 4JSOA 1MY3A 4U4XA 1OIBA 3O9PA 5AA4A 2OWTA 3FXUA 1OLCA 2O1LA 3RGYA 2A5TA 4QSDA 1FW0A 2QS2A 2DWIA 1FQDA 3QYTA 1AOVA 1FTMA 3UORA 3PPNA 1B3FA 1OLAA 3G3IA 3CG1A 1LGBC 4LATA 1MXVA 3MVXA 1A7LA 5ICQA 3QIMA 3HPIA 4BDNA 4BDOA 3C31A 1FTKA 1YCJA 4F3BA 3T9XB 3OSRA 3ECRA 3MP6A 5F1QA 4DCXA 1JQFA 1POTA 2HXWA 1NL5A 3GXAA 5DEXB 2XXXA 1B7UA 3S4UA 3RLFE 1POY1 1IXHA 3K4UA 2XXVA 4ESWA 1NFTA 4JWXA 2O6AA 4G2ZA 5TPAB 1LAHE 4IO2A 4PFYA 3VE1B 2PYYA 1B2HA 3QXMA 1FQBA 4RXLA 1FQEA 3K6VA 1TFAA 1RKMA 1QULA 1Y4CA 5CI5A 3EHUA 2P2AA 1PEBA 1LSTA 4OVJA 1JW1A 4EF1A 4U2RA 5KDTA 3PPQA 4JB7A 4PP0A 4HS7A 3L6HA 2UVHA 4R74A 3PPPA 1DSNA 3CSBA 1H76A 3U93A 4BDLA 1Q35A 4FAJA 3DP8A 5CMCA 2DWAA 3VV5A 3MZ1A 4MF3A 3QAXA 1MQDA 5L9SA 1XOCA 3CFXA 2O68A 5H8HA 3V5AA 3SKPA 2DXRA 3SEXA 4F3GA 3G3KA 1HSLA 3HCQA 2F7AA 3B6QA 1II5A 3IAZA 3N5LA 2GH9A 4OERA 3LUYA 2H99A 1J1NA 2O84X 2Y7KA 5I56B 1B0HA 1XS5A 4I9DA 5A5XA 5JTYA 3GBAA 4PE5B 2O69A 4H0WA 4JSDA 3HN0A 3KJ7A 2RC7A 3SEYA 5I2KA 4MH5A 4IGRA 4EUOA 3IB1A 4LZ8A 4F31B 3G3GA 1D3KA 5ISUA 4EQ7A 2DVCA 4HCYA 4NWCA 4FEDA 3VVEA 3T22A 4IO7A 2UYEA 3L6GA 3CIJA 3MJNA 4OFLA 5AA2A 1JW4A 3A09A 4GL8A 4OXVA 3VVDA 3O2AA 4IGTA 5CMBA 1JW5A 1LLSA 3KGCA 4QSCA 1A55A 1H43A 3BBRA 4OZ9A 2H25A 2PX1A 3SEWA 2A5SA 3VVFA 4ZEKA 3RTFB 3USDA 5L8DA 4RNSA 5DYHA 3MVZA 3IOWA 4JWYA 5TP9A 2XXHA 1SDXA 1B5JA 1MQIA 5K2YA 2XXRA 2FNCA 4DE8A 2THIA 4QFNA 3CG3A 2VP1A 3C34A 3E9XA 1EZOA 2UXAA 1ZMGA 2RCAA 3MWBA 1BP5A 3WAEA 3LBSA 4R2FA 1NNTA 3RPWA 1MQHA 2XHDA 4U22A 3IB0A 1B5HA 3OSQA 4KCCA 4QSEA 3RTWB 2F97A 2HFBA 1SI0A 2ONRA 2I0BA 4F2QA 2Z8EA 2DP8A 3EPEA 2QMXA 5HBCA 1EZPA 4KYSA 4U23A 1ZU0A 3HHFA 1LB9A 3HSTA 4F1UA 3MVYA 1MRPA 5IAIA 2Q2CA 1ZLQA 4OYVA 3TODA 3UA8A 4YKJA 3KBRA 1CB6A 3U92A 4EXKA 3I3VA 3FXQA 3JV9A 1M5BA 3SEVA 3FVOA 2GRVA 3CI8A 1SYHA 3HV1A 1LB8A 3PV0E 1VFDA 2KLFA 3RQTA 4F19A 4DCYA 3IB2A 1B51A 1LAGE 3R6UA 2AL4A 4RPNA 5I59A 4HCWA 1IXGA 1A8FA 1B32A 4F18A 4TLLB 2YJPA 4DXCA 4GWOA 3C32A 2HQ0A 2QL3A 2DOJA 1A54A 2UVIA 1JEVA 3CVGA 5CRYA 4OHNA 1MY2A 3K1MA 5H8FA 4OEUA 2GFEA 3OOAA 1MPBA 1B46A 2NOOA 2DVZA 3VFJA 4BDQA 2F36A 2V25A 3JYRA 3IK6B 5AA1A 4LQ5A 2R71A 1OQHA 3IJXB 2M8CA 3GBBA 3KOSA 1ELJA 3PUVE 3ODBA 1P1NA 2I0CA 2DXYA 1MXUA 3DP4A 4RK2A 5EHSA 1MG1A 4O3AA 4OTEA 3H6TA 4NWDA 5JEIA 1BTJA 3FV1A 5H8QA 1Z7NE 3FATA 4ELQA 3MPLA 3S2VA 5ELVA 5CMKA 2F6GA 4U1OA 4EXLA 5AA4B 4KCDA 2CZLA 1SQYA 4JXIA 4OWDA 1TWYA 2Z8DA 1RYXA 3M8UA 3K0VA 1QUIA 2QJEA 4F1VA 1SD3A 1M5FA 4IY6A 3TTRA 1P1QA 4NF6A 1PBPA 3K00A 3TTMA 2YPNA 3CFLA 3TTNA 3UK4A 1MPDA 4FE8A 4F3SA 3FUZA 2OJTA 3KSJA 2HZLA 2RC8A 2XXWA 1I69A 1XVXA 3C36A 2ANJA 3ILTB 1H44A 2OZZA 4XXUA 2Y7IA 4E0XA 2WKYA 1JVYA 3B7DA 3FXRA 1URGA 3E3KA 1NNKA 3T96B 3WAFA 4ZZEA 4DZ1A 4U1ZA 4X1BA 1A40A 1DTGA 3HO7A 1NNFA 3IJOB 2PMSA 4NTLA 4R9GA 1JNFA 3DLNA 1PDAA 1UQWA 5J1DA 3OELA 4YKPA 1P1OA 4ONYA 3RUMA 3ZS6A 4EQBA 4FATA 1IEJA 3T9VA 5BWJA 1RYOA 3E4RA 2Y7RA 4ZEBA 5FTIA 3Q26A 2VHAA 1QKBA 1US4A 3B6WA 3MQ9A 3OEMA 4OFOA 1LFGA 3FD3A 3K02A 4BDMA 5KCJA 1ZJLA 3A3UA 4UACA 4NF8B 4Q0CA 1MH3A 3K2DA 4ZEIA 4OESA 2HZKA 3FV2A 5I58A 1Y1MA 4C1TA 1B1XA 1VR5A 1MXWA 2CMOA 4KQPA 1UTBA 1TXFA 3VXBA 3O29A 2GHAA 3TCFA 3RT8A 3H03A 4LUBA 2Y7WA 3FJ7A 4H6DA 1R6ZA 1SVXB 4OQOA 3FZVA 1FQAA 4X9TA 3PPRA 3W9VA 4ELPA 3N94A 5I2KB 4GQOA 4F29A 4LZ7A 1AH5A 2E0SA 2BJJX 2Z22A 4G68C 1VE4A 1IITA 3TZAA 1AMFA 1I6QA 1SYIA 2QSXA 1H45A 2AIXA 1B7ZA 1H3DA 4Q30B 3IO6A 1SW1A 3FVKA 3KJTA 4EQ9A 1PB7A 4KYEA 5I57B 3CFZA 3C4MA 1HSJA 3H3GA 2VOZA 1XT8A 1EZ9A 1B5IA 3VLUA 1N3WA 2I4CA 3O6HA 3R7XA 5TPAA 1IUDA 2ZYMA 5EHMA 4F1YA 3VLVA 3KFMA 3V8XB 3MC2A 3PMXA 4ECFA 4ND9A 1GV8A 1TT1A 5TP9B 5ITPA 3HHGA 2X7PA 4AB5A 4TLMB 4GD5A 4TQUQ 1NMUA 1B3EA 3OMBA 4ZEFA 5DT6A 2F5XA 1WODA 4ZECA 3UGWA 3PUWE 3TDJA 1UTHB 2B3FA 3K01A 5I2NB 1MM6A 2FA7A 3KN7A 5TU0A 3MZ9A 1YPNA 2NVUB 5F7VA 2I58A 1B4HA 3OD7A 4FORA 4RPOA 4YB5A 1R1NA 3EQ1A 1M5DA 3TTLA 4R72A 3SEUA 3PPOA 4FJPA 1Y3NA 2Q8JA 5I56A 3TAJA 4GF8A 4H8IA 3CRBA 5H8SA 2XXTA 1NH8A 1DPEA 1ZBMA 3RT6B 4QFPA 2O1MA 3EF7A 3KG2A 1D9YA 5B7DA 3UP9A 2Q2AA 1IZ1A 1N7WA 4I1DA 4RY1A 3OO8A 4N13A 3BFTA 3V89B 4NF4B 5I59B 2QRYA 1EH3A 1B3HA 4ESXA 4IO6A 1KWHA 5DTBA 1XC1A 1Y3QA 3BKIB 2RINA 3VLWA 4NF5B 3PD9A 1YTVA 3H6UA 1WDNA 2XXUA 4IO4A 1JVXA 3RY3A 1QVSA 3K6UA 5AA2D 4H8JA 5H8FB 1LFHA 2I3WA 4LQ2A 4OENA 3VXCA 4H67A 3K1PA 4RK9A 5M2VA 2RC9A 3W15C 2F78A 1P99A 4G68B 3TQWA 3AXFA 3KOTA 4GLIA 4WEDA 2E1SA 4G4PA 4G8MA 2Q89A 4R9FA 4JWOA 3DM0A 2ABHA 3MAMA 4DDDA 2NXOA 1GR2A 1D4NA 2F7BA 4IO3A 4O3BA 4R6YA 3KSXA 1O63A 4F3PA 2OCUA 4GVOA 1MPCA 4YB7A 4LVQA 3V83A 2I3VA 3M3LA 4DLDA 4QFLA 5H8QB 4NMYA 1JEUA 3O6IA 3PUYE 4JDFA 2LAOA 4M1VA 4ELOA 1OMPA 1B6HA 2P1SA 2Y7PA 4YU0A 3TEPA 1LBCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIYA 4OEVA 1B4ZA 1Y9UA 3IFAA 4R6KA 4UABA 1NV5A 2Z23A 4UA8A 1I6BA 2F6PA 4GX4A 3KC0A 1QUJA 1FBDA 4IY5A 2XWOA 2X26A 1TFDA 2I4BA 5CBRA 3ZKLA 2PT1A 1G0IA 3FIRA 4KD5A 3U1OA 3S9LC 4MLQA 2ALUA 4RA1A 2REJA 5H8NB 2W7YA 2OK2A 2QS1A 2DE3A 2HAVA 2PBWA 4LONB 4AS5A 1ATGA 1IXIA 2F34A 2UVJA 3G7WA 4EF2A 4IB2A 3PUXE 1QUKA 4DXUA 2PCRA 2GHBA 4PFWA 1MY4A 3KN3A 2X7QA 4PFTA 3BIHA 1B7HA 3A3CA 1URDA 5FHMA 4P0IA 4OETA 4GFRA 2A5TB 3QK6A 3Q25A 3DELB 2DWHA 2DWJA 3IFCA 3QSLA 1MS7A 1N7XA 4C0RA 4XIGQ 2V3UA 3EHSA 4O3CA 2QS3A 1B52A 2IEEA 1QW0A 5DVFA 3SERA 4BLAA 1UIUA 2Q9TA 3QUFA 3G3HA 2AL5A 1SW2A 4ZE9A 2XXKA 4OA4A 5L9MA 1NUZA 3PU5A 1XHYA 5KZTA 5ET6A 4NHBA 4G77A 3C33A 1RDXA 3KC1A 4KYDA 4GWWA 2HXRA 4E0WA 4KI0E 1LCTA 5FHNA 1ZTYA 4Z0IA 5KCJB 3U8QA 5IZ1A 1A99A 5CMMA 3OENA 3CSGA 2P3VA 2O7IA 4PC9A 3MW0A 5K2XA 2FHYA 4X8RA 2HEUA 2XXIA 1K9ZA 4H5GA 1NV6A 5EQAA 4U4SA 4KPTA 3SDFA 1UTBB 1PB8A 4POWA 1ZIUA 3TELA 4GXAA 1A8EA 3IOTA 2FIXA 3T66A 1MXZA 1R9QA 5AE4A 2Z8FA 4C1UA 2I48A 2G93A 1M5CA 3MP8A 4GIZA 2F35A 2ZYNA 4N91A 3TQLA 2P0SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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