1JQFA

Human transferrin n-lobe mutant h249q
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSQTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ligand variation in the transferrin family: the crystal structure of the H249Q mutant of the human transferrin N-lobe as a model for iron binding in insect transferrins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSFERRIN
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jqfA02
1P1WA 5DVJA 2Q2CA 4OEVA 1LAXA 4QFOA 1B52A 4YMAA 1IXGA 4F22A 3WAEA 3TQWA 2R71A 2PX1A 5L9SA 3E13X 3K00A 2OCUA 4GIZA 3PU5A 2R9JA 2D21A 2F36A 1IITA 3PMXA 2AIXA 1M5CA 4TOZA 1TWYA 3V8XB 3H6WA 3IK6B 3KN3A 4NF6A 1XVXA 4BDQA 4LONB 4F3SA 4WXJA 2XXUA 3UP9A 3MAMA 3LC8A 5ITPA 4GRKA 4F18A 2RKMA 1SBPA 3KBRA 3G3FA 5I59B 4ONYA 1FTJA 3MZ1A 5H8SA 3F11A 1MY1A 1QJMA 1AH5A 4LZ7A 2F7BA 1B0LA 4DCXA 1OQHA 3KJ7A 2GHBA 5H8HB 4RJZA 4YB6A 4JWXA 2ESNA 1XT8A 4U1ZA 2P1SA 2XD2A 4F39A 2ABHA 1EH3A 1UTBB 2B65A 1AL3A 3U93A 3R6UA 4XKQA 4O3CA 1II5A 2OBGA 4BLAA 1TT1A 2QS1A 3BFUA 2RC8A 2Y7KA 1IXIA 3OEKA 3U94A 4R75A 4ECFA 4ZEFA 1ATGA 3RTWB 3QIMA 5L8DA 1B1XA 1D4NA 3D4CA 4DXCA 2OWTA 2PMSA 1AMFA 1QKBA 3SETA 2Q88A 1FQDA 4N6PA 4NTLA 3K6VA 5KDTB 1UTHB 2P2AA 3T9HB 1SI0A 4YKIA 1N04A 3IOWA 1MG1A 3IORA 1R1NA 1Y3NA 2HZLA 2B3FA 5KCJA 2Z8FA 3FJ7A 1B0HA 3KSXA 2A5TA 2QL3A 3TTRA 3K02A 3HO7A 1S7YA 5AA2A 1A54A 3IB0A 2D5WA 3CFLA 3LBSA 2O68A 1NNKA 2V3UA 4GOTA 3CSBA 2FYIA 4H1XA 4TQUQ 5CBSA 4FORA 1B9JA 5FHOA 2GH9A 2Q8JA 3U1OA 4KYEA 1FTMA 4FIMA 3PMWA 1B1HA 3C32A 3MJNA 1Y1ZA 2H98A 4RXLA 3GBAA 4WEPA 3LSLA 4F3GA 3Q29A 4IB2A 5LOMA 3OENA 2HZKA 1EZPA 2NUVA 4G77A 1URGA 3E9XA 1MQHA 3EF7A 5I59A 4F3BA 4R2FA 3S4UA 1LLSA 1ZMGA 4POWA 2THIA 4GLIA 3JYRA 3QUJA 4NF4A 2XXVA 1SW5A 2DWHA 3MZ9A 2HQ0A 1SDXA 1GR2A 3C36A 4NWCA 4O3BA 5TPAA 1H45A 4YB7A 3QAXA 2H25A 4LP2B 1UTBA 1Y20A 3MBPA 5I58B 3TYHA 2V25A 1XVYA 4HCWA 1SW4A 5AA4B 1S50A 1NH7A 1MXWA 4U22A 4X48A 2ZNUA 3MVWA 1FQAA 3TELA 1F9BA 3GBBA 3K4UA 1P1NA 5DT6A 3CVGA 5FHMA 4PP0A 4YU0A 2H5YA 2GHAA 3CFXA 3VLUA 3SERA 5JTYA 4FECA 2DOJA 2QMXA 4DZ1A 1UTHA 2YPNA 2QS3A 1ZTYA 1Q35A 3G3IA 1UQWA 3TPAA 1MQJA 4BDRA 3H06B 4PFTA 4AB5A 2VHAA 3VLWA 4PFWA 4YKJA 3FVGA 1B3HA 2FA7A 2DVCA 3SEVA 4UA8A 4HCYA 4EF2A 4GXSB 3VE1B 4ESXA 4NE4A 2RCAA 5TU0A 4EUOA 5HM4B 2RF1A 3RPWA 3S2VA 2UVHA 1NNTA 3H3GA 3N94A 3EHUA 1N7XA 4XXUA 3KJTA 3FD3A 3CR9A 5M2VA 3S9EA 3V89B 1B2HA 3L6GA 2I6EA 1O7TA 4IY6A 3T9XB 3IR1A 4H65A 1Y4TA 3THIA 4QFPA 4F2OA 4M1VA 1N0TA 5DTBA 3PUXE 3PUZE 1WVJA 3M3KA 4XTCQ 1DOTA 3HCQA 3ZS6A 1ZBMA 3OD7A 1LAHE 4X9TA 4C1UA 4KYDA 3FJGA 4THIA 5I2NA 2ONKE 4P0IA 1WDNA 1I69A 2D3IA 3SEUA 4Z0IA 1MDP1 4U2RA 1OLAA 4GF8A 1JW5A 1VR5A 3S9NC 3RTFB 3SESA 3K1PA 4BDMA 2NXOA 4GL8A 4F1UA 4R6KA 3IOTA 1MRPA 2XXRA 4ZEKA 2DXYA 1FQCA 1PC3A 5EHMA 1BIYA 1MH4A 2PYYA 2Y7PA 1Y9UA 2X7PA 1GVCA 5IAIA 3TTMA 1US5A 5AA4A 4HTGA 1QUKA 1FCKA 3VXCA 3PD8A 3PD9A 3M3LA 3QUFA 2XXWA 4KCDA 1DSNA 1O64A 1PB9A 1J1NA 2IEEA 2Y7WA 5I2KA 2VD3A 3IB2A 1M5DA 5DEXA 4YAHX 3OO9A 3ODBA 4NF8B 1MXVA 1PB8A 3JV9A 1DTZA 3FIRA 1MQIA 4YZZA 5IKBA 3MQ9A 1EZ9A 4ZEBA 3SEWA 3EN3A 5KCJB 2HAVA 1FTOA 1PDAA 4Q30B 3UIFA 4I62A 4OEUA 4TLMB 3B6WA 2G93A 1MXUA 5I56A 1BLFA 1H43A 5FHNA 3EQ1A 3CFZA 3MPLA 3UGWA 4QSCA 1ZU0A 2DE3A 1VE4A 1QW0A 1FW0A 1M5FA 3C9HA 3WAFA 4YICA 3TODA 2ZMBA 3I3VA 1SW1A 2Z8EA 1VSOA 1MPCA 1NFTA 1B5JA 1Q1KA 3G3JA 3R7XA 2DVZA 3CI8A 4G8NA 3MP8A 2YJPA 1QKAA 2BJJX 4MF3A 3TFLA 4Q8RA 4R74A 5J1DA 3PPRA 5CMCA 4UACA 4R9FA 2H4IA 4TLLB 3HV1A 2DE4A 5L9OA 1PEBA 1JW4A 1ZLQA 2A5SA 3U72A 1USYE 1SI1A 3OEMA 4ISUA 1HSLA 2ZNSA 5KZTA 5HPQA 2PT1A 4NF4B 1FTLA 4ESWA 1B4ZA 1URDA 3MP1A 1OLCA 4ELOA 5DVIA 5TPAB 1NKXA 2HCAA 1M5EA 1MXXA 3T93B 3PGFA 3FVOA 3MP6A 4OERA 3PV0E 4F19A 3HSTA 1I6QA 4OMBA 1OMPA 5CRYA 3IB1A 5F1QA 3T22A 3H6TA 4I1DA 3FV1A 2XXYA 3IX1A 5CMMA 3O2AA 5HBCA 1MXYA 4IO4A 4LZ5A 1YPNA 1QVSA 4O3AA 3KSJA 1LFGA 5JTYB 2CMOA 4IO2A 4RNSA 1SQYA 4NF8A 1MQDA 2Z8DA 2VOZA 3G3GA 3TQLA 3C31A 3R26A 4ZE8A 2RCBA 1IZ1A 3IL1B 2VD2A 3OO7A 1POY1 3IAZA 1AIVA 4PETA 4EQ9A 4LUBA 3FXRA 3FVNA 3HHFA 3VVFA 4OQOA 4OYVA 4QSEA 4I8CA 4AB6A 4K3FA 1JVYA 4DLDA 4IO7A 4G8HA 2ZYMA 2NVUB 4EXLA 3OOAA 4R9GA 1LCTA 4GFRA 3KGCA 3N5LA 4PQJA 1EZOA 2PBWA 1LCFA 1YCJA 2XXIA 3DP8A 1DTGA 4YKKA 2Z22A 3U8QA 2XD3A 2UVIA 2UXAA 1JW1A 4JDFA 3N6TA 1SVXB 2VP1A 4BDOA 2F7AA 3ILTB 4U23A 2XX9A 2XXXA 1LFHA 5AA3A 3Q28A 1H3DA 1PBQA 4MLVA 3PUVE 3I5OA 1IUDA 5I2NB 1MPDA 2KLFA 2GRVA 4DIGA 2GFEA 5FTHA 2W7YA 1Y1MA 1UIVA 4E0WA 4ZECA 5H8QB 1D9YA 4OESA 4GVOA 2E1SA 3MZBA 3W9VA 3VV5A 2DP8A 2DSFA 4ZS9A 2ZYKA 3RLFE 3LSWA 1JETA 4N13A 3IOVA 4IO6A 4G68C 3OSQA 4IGRA 3OXNA 3G3KA 1DPPA 3IOUA 3BBRA 2Q2AA 3QK6A 4QRZA 3ZKKA 5B70A 1MY3A 1NH8A 4JBZA 1LBCA 3LR1A 2I0CA 1YTVA 1D3KA 1A7LA 2ZYOA 3QYTA 4H67A 1N3WA 2RINA 3Q26A 3B6TA 5I2KB 4U21A 1IQ7A 5AA2D 5DEXB 5H8FA 4WEDA 1S9TA 5ELVA 3B7DA 3LSFB 5JEIA 1JNFA 1VFDA 4H5GA 4ZEIA 3P7IA 2UVJA 1B51A 2QJEA 1NNFA 1XOCA 2OLBA 4EQBA 2ZNTA 2DYXA 2I3WA 5I56B 1N76A 2UYFA 4IO5A 5H8NB 4ELQA 5CM6A 3DELB 4DXBA 4QHQA 1FTKA 3T9UA 2PT2A 5FTIA 4H5FA 3KFMA 2AL5A 1PB7A 3PUWE 2QSXA 3MPKA 3MUQA 4FE8A 1MY0A 1B3GA 4FEDA 3TAJA 3KZGA 2XHDA 3TCHA 3O29A 4RPNA 4P0GA 3TCFA 4OETA 4JB7A 4F2QA 3MVYA 3N26A 4EXKA 4FAJA 1BKAA 2ANJA 2HFBA 1P99A 3H7MA 4ZDMA 4OVJA 2O7IA 3OO8A 1MM7A 1TFDA 2QRYA 1LBBA 1AOVA 4E0XA 1USYH 3GXAA 1N84A 2Y7IA 1M5BA 1MY2A 2NWJA 1JVXA 3TTNA 1LFIA 4RA1A 3KN8A 4H0WA 1LAGE 2HXWA 4POXA 1Z7NE 4LA9A 3GLBA 2P0SA 5H8QA 2QS2A 2PVUA 1OVBA 3S9LC 2R6GE 1IXCA 4DCYA 3TTKA 4F3PA 2XX8A 3FZVA 3HHGA 2Q89A 1H44A 4H8JA 1B7UA 4LQ5A 2H9BA 3FGSA 4GQOA 3OSRA 3FXQA 3RNNA 3O6HA 3O9PA 2V93A 1KWHA 1MH3A 1URSA 1MDQA 3PUYE 3D4GA 3H6UA 4LATA 4LQ2A 1R6ZA 2UVGA 2XXHA 3SKPA 1A40A 4P11A 4X1DA 5CC2A 4ZZAA 2DE2A 1I6BA 4OXVA 4F1VA 1ZJLA 2OZZA 3TZAA 2XX7A 1N7WA 2F7CA 4AQ4A 2X26A 3G3HA 1A8EA 2WKYA 4QSDA 3V83A 1QUIA 3BKIB 3SDFA 3DP6A 5H8NA 4EDPA 1ZKBA 3ONMA 4Z7EA 1I6AA 1OVTA 1A99A 1LSTA 3H4ZA 4GD5A 1B7ZA 4OFLA 4U1OA 2VGQA 2OJTA 4YB5A 3KG2A 3VXBA 1A55A 4MBPA 1FQEA 2F8DA 4ELRA 2ALUA 4NMYA 5I57A 4G2ZA 2OWSA 1L5TA 5CBRA 3G7WA 5DVFA 3SEXA 1HSJA 5AE4A 3DM0A 4KI0E 3KOSA 2XXQA 4M4GA 4JSOA 3FASA 2ONSA 2O1LA 4HW8A 1QUJA 4PFYA 3TTLA 3RY3A 2RC7A 4OWDA 4IO3A 5K2YA 5CMKA 4R6HA 5EYFA 1MXZA 4RYAA 3RGYA 3KEIA 2ONRA 3MC2A 3B6QA 4FEBA 2DWIA 2F35A 4JSDA 3QSLA 3C34A 1LGBC 1T0KA 2CZLA 3UORA 4X1BA 4QFLA 3FVKA 1GGGA 3W9WA 4IGTA 1D9VA 3C33A 1CE2A 4Q0CA 4U4SA 4R73A 1MS7A 3K2DA 1Y4CA 4RK9A 3PPOA 4OENA 2HAUA 4EF1A 1XC1A 3CRBA 5TP9B 5H8FB 5DYHA 2O1MA 1SYHA 3MWBA 1EU8A 1FQBA 2REJA 3IJXB 1VFEA 5L9MA 2O7UA 5F7VA 2IA4A 1FQFA 2DWAA 4H8IA 4DE8A 1R9QA 3LSXA 3K01A 4WKMA 2E0SA 1GTKA 4MFIA 1QULA 1DPEA 3M8UA 2I49A 2UYEA 4BDNA 4G68A 4KFQA 2O6AA 2NOOA 3FJMA 4R6YA 1DMBA 4YMBA 3UK4A 1TXFA 3TMGA 1POTA 3E3KA 1HSEA 4MLQA 1SD3A 3Q25A 4C1TA 5A5XB 2O84X 3O97A 3H03A 3Q27A 3VVDA 3KN7A 4OFJA 2DQVA 3M3FA 2I58A 5ITOA 4NEDA 3VDFA 5EHSA 4ND9A 1MQGA 3TUSA 1P1UA 2Q9TA 1PBPA 3ECRA 1B3FA 4DXUA 4KPTA 4FJPA 1JEUA 2ZXTA 2F34A 2F6GA 4RK2A 1N3XA 4KCCA 1NL5A 3ILUB 3O66A 2RC9A 4JWYA 2XXTA 2REGA 4N07A 3FUZA 1LB8A 1ANFA 3RUMA 3HPIA 3FV2A 1B05A 3K6UA 1RYXA 4HS7A 4NF5B 4QF9A 3H6VA 2QPQA 3T9VA 3UN6A 1H76A 4QFNA 4ZE9A 3TCGA 5H8HA 4JWOA 3MW0A 4XIGQ 1B46A 3W15C 4PFUA 2O69A 5AA1A 2I3VA 2QMWA 4IY5A 3CIJA 3PMVA 2X7QA 3OELA 2I4CA 2V84A 4FATA 4EQ7A 2DWJA 3VFJA 2Y84A 3JZJA 3EHTA 3T66A 3LUYA 3TDJA 4F29A 4G8MA 3FXUA 5TP9A 5BUUA 1ELJA 4I9DA 2I0BA 2AYSA 2QS4A 1ZIUA 2B3BA 1B40A 3ZSFA 4ZEDA 3S9MC 5B7DA 3PPPA 3DLNA 4LVQA 3IO4A 1IXHA 1B5HA 3EPEA 1WODA 1RKMA 3RN8A 4OZ9A 2Y7RA 5KDTA 4PE5B 1NMUA 3A3CA 2V3TA 3C35A 3K1MA 3HN0A 3O6IA 2FNCA 1BTJA 4MH5A 4F1YA 1SW2A 3MVXA 3PPQA 3OO6A 1OQGA 3TKDA 3CSGA 1MY4A 2F97A 4R72A 1US4A 3E4RA 1B4HA 4LZ8A 5BWJA 3K0VA 4KR5A 3KOTA 5A5XA 2F6PA 1YAEA 2I48A 4OTEA 1B5IA 4GL0A 3VVEA 4C0RA 2F78A 5I57B 2XXPA 3TEPA 3EHSA 3U92A 1O63A 1IEJA 1MPBA 4XKPA 2OK2A 1RYOA 4NF6B 4BDLA 4GXAA 2H99A 4XKRA 3ZKLA 2AL4A 1LAFE 3CG1A 3UA8A 3A3UA 1TFAA 5ISUA 1NNPA 1B58A 4H6DA 1UIUA 3BFTA 4U4XA 5ICTA 4GWOA 1B32A 4Q5TA 1BP5A 5ICQA 3K6WA 3C4MA 2YLNA 3FATA 2G29A 5I84A 3AXFA 3SEYA 3QXMA 1XHYA 4KQPA 1IIWA 1SYIA 3DP4A 1A8FA 1GV8A 1B6HA 1Y3QA 4NF5A 1Y3PA 5JK4A 2DXRA 3USDA 4KYSA 1P1QA 3RT8A 4G4PA 4KHZE 4XKNA 2F5XA 1MM6A 4RY1A 1B7HA 1R9LA 1XS5A 1B3LA 2O51A 4L17A 3A09A 1OIBA 2V3QA 5I58A 4R2BA 3IO6A 5K2XA 3V5AA 4OHNA 4ZZEA 5CI5A 2LAOA 3N6UA 3GZGA 1B3EA 3L6HA 3RT6B 4OFOA 3O28A 4F31B 2I4BA 1LB9A 4NWDA 2DS9A 4YKPA 3RQTA 3O6GA 3CG3A 3I6VA 3VLVA 1JQFA 4G68B 2Z23A 3T96B 3MVZA 4ELPA 3K6XA 4DDDA 4KD5A 1P1OA 2HEUA 1Z7ME 2M8CA 1CB6A 4QFKA 3PPNA 3OMBA 2A5TB 5CMBA 4JXIA 1JEVA 2ZYNA 3IJOB 5AA2B 3K1NA 4RPOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P1WA 5DVJA 2Q2CA 4OEVA 2MKZA 3FXBA 1LAXA 4MMPA 4QFOA 1B52A 4YMAA 1IXGA 4F22A 3WAEA 3TQWA 2R71A 2PX1A 5L9SA 3E13X 3K00A 2OWZA 3RPLA 2OCUA 4MNPA 4GIZA 3PU5A 1FJ6A 2R9JA 2XWIA 2D21A 2F36A 1IITA 3PMXA 2AIXA 1M5CA 4TOZA 1TWYA 3V8XB 3H6WA 3IK6B 3KN3A 1CNQA 4NF6A 1XVXA 4BDQA 2WBBA 4LONB 4F3SA 4WXJA 2XXUA 3UP9A 3MAMA 2VPNA 2Y5LA 3LC8A 2WBDA 5ET8A 5ITPA 4GRKA 1IMFA 4F18A 2RKMA 1SBPA 2OX3A 3KBRA 2XXKA 3G3FA 5I59B 4ONYA 1RDZA 1FTJA 3MZ1A 1LBYA 3LUZA 5H8SA 3F11A 1MY1A 1D9QA 1QJMA 4P56A 2FIXA 2PFZA 1AH5A 1EYKA 4LZ7A 2F7BA 1B0LA 4DCXA 1OQHA 3KJ7A 2GHBA 4P47A 5H8HB 4RJZA 4YB6A 4GWXA 4JWXA 3T1BA 2ESNA 1XT8A 4U1ZA 4PCDA 2P1SA 4O94A 2XD2A 4F39A 2ABHA 1EH3A 1UTBB 2B65A 2KR0A 1AL3A 3U93A 3MYUA 3R6UA 4XKQA 4O3CA 1II5A 4QXDA 2OBGA 4BLAA 1TT1A 2QS1A 3BFUA 4X04A 2RC8A 2Y7KA 1IXIA 3OEKA 3U94A 4PGNA 4R75A 4ECFA 4ZEFA 1ATGA 3RTWB 3QIMA 2HHMA 5L8DA 1B1XA 2F3DA 1D4NA 3D4CA 4DXCA 2OWTA 2PMSA 1AMFA 4N81A 1QKBA 3SETA 2Q88A 1FQDA 2XA5A 4N6PA 3KC1A 4NTLA 3K6VA 5KDTB 1UTHB 2P2AA 3T9HB 1SI0A 4YKIA 1N04A 2Q74A 3IOWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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