1ZTYA

Crystal structure of the chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
528
structure length
528
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the liganded and unliganded periplasmic Chitin oligosaccharide binding protein.
rcsb
molecule keywords Chitin Oligosaccharide Binding Protein
molecule tags Sugar binding protein, signaling protein
source organism Vibrio cholerae
total genus 157
structure length 528
sequence length 528
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1ztyA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ztyA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1ztyA02
3A3UA 4IO2A 4DIGA 3FIRA 3KSJA 5H8HB 4G8HA 5KCJA 4ZZAA 3ECRA 2DXRA 5LOMA 2O68A 5H8NA 5CRYA 4KFQA 3K6UA 4KPTA 4YKJA 4YZZA 4OVJA 3PUYE 1MPDA 1LBBA 2F8DA 3U93A 1UTHB 2RCBA 2KLFA 4LQ2A 3V89B 3FXRA 3KZGA 4H1XA 1PDAA 3IB2A 4MBPA 3HCQA 1QW0A 4YICA 3FJMA 1MXUA 4EF1A 3TCFA 3S9NC 3S9LC 1JEVA 3ZKLA 1JW1A 2XXPA 2HQ0A 4P0IA 2OK2A 4QFKA 3FJGA 3QIMA 1B3FA 2P0SA 3MVYA 3KSXA 5IAIA 1OQGA 3FVGA 1B51A 3K6WA 3Q25A 3TFLA 2VHAA 4DXBA 2I48A 2O7IA 1IITA 1FTLA 1OQHA 1Y1MA 1SYHA 3L6GA 3Q26A 4BDOA 1MXYA 2XD2A 4LATA 3Q27A 2ONKE 4FEDA 1POTA 3PD9A 2B3FA 3M3KA 1B7HA 2M8CA 4ESWA 5ELVA 4GL8A 3CFLA 5DEXB 2ZNTA 4PFWA 1VFDA 1USYE 1N3XA 1Y9UA 3RUMA 4RK9A 4QHQA 3Q28A 4U22A 4GIZA 3TCGA 4BDRA 4RPNA 1MH4A 3O6HA 3EHUA 4FECA 4FORA 1PB9A 1LAHE 4DE8A 1NL5A 4ELPA 2UVIA 5DYHA 5L9MA 2RKMA 2XXHA 3SEXA 3PUXE 1NFTA 3CVGA 2QMXA 1SW1A 4NE4A 4BDNA 1DMBA 1IXIA 2G29A 3E13X 1N76A 3QUFA 1H43A 3AXFA 2OWSA 4JSOA 1QVSA 1B3LA 4IO4A 2B4MA 1LFHA 1JVYA 1SDXA 1AMFA 3DRGA 4G8MA 4G2ZA 5FHNA 3T93B 3GBBA 4H6DA 4QSEA 4LA9A 1VSOA 3QAXA 2GHAA 3FATA 2B3BA 3B6QA 1LFIA 1B3EA 2Z23A 1B3HA 4KR5A 1LGBC 1MY0A 4ZEFA 4OEVA 3V8XB 3MVXA 3W15C 1EZOA 3HHFA 3MP1A 3VV5A 3OSRA 4JBZA 3H6TA 1A40A 3H6VA 5BWJA 1N3WA 1NH8A 2ONSA 2UVGA 3JYRA 3EN3A 3CG1A 3FASA 4E0WA 1MXVA 3OELA 3EHTA 2DWIA 1VR5A 1QUIA 3R6UA 1QKAA 1EZ9A 3U8QA 3QK6A 2NVUB 4H65A 2I6EA 3M3FA 3TQWA 1BTJA 2RF1A 2I0CA 1AL3A 2OJTA 1Y3PA 4IB2A 4XKNA 4R2FA 2ZYKA 3OD7A 1LFGA 4GOTA 3PPPA 4N07A 4GF8A 1S50A 2ZMBA 4HW8A 3DRKA 2RCAA 3DELB 2OCUA 3G3JA 4RA1A 3T22A 5L9OA 3FJ7A 4TLLB 1FTOA 4WKMA 1JW4A 4NTLA 1FW0A 4NF6A 2HZLA 4F18A 2BJJX 4NF4A 2H25A 2H9BA 2ZYNA 4H5GA 3GBAA 2QJEA 4ELQA 2DP8A 4XKQA 1NH7A 5I57A 4HTGA 4ZEIA 5KDTA 2OBGA 4NF8B 1ZU0A 3DRIA 1MY4A 2O6AA 5I2NB 5H8HA 1ZTYA 3CFXA 1P1QA 4LP2B 2H99A 2XXVA 1B46A 4QSCA 1IQ7A 4UA8A 1FTKA 1UTHA 2DVZA 1IXCA 3HO7A 5AA4B 1JW5A 1URSA 2V93A 2V3QA 1IXHA 3CR9A 3BBRA 2ALUA 3U94A 2OZZA 1ZLQA 1QKBA 4KQPA 1IEJA 4OFOA 3QSLA 2I4CA 1MPBA 2AL4A 3UGWA 4DDDA 1UTBB 1P1UA 4G8NA 3VXCA 4WXJA 1MPCA 1T0KA 2IEEA 2ZXTA 3MP8A 3KN7A 4X9TA 5KZTA 4EXKA 3KOSA 4U4SA 1B32A 2XX8A 2O69A 4F2QA 1S9TA 2ANJA 1XVXA 4WEDA 4DCYA 5AE4A 1TFDA 3BFUA 5DTBA 3LSLA 2I3VA 4OFLA 3GZGA 2F6PA 4OXVA 1B5IA 1A7LA 1XC1A 1VE4A 4R6KA 1B5HA 3SEYA 2ZNUA 1Y20A 3M8UA 3ZSFA 4IGTA 1PB8A 2XX9A 3VVEA 5H8QB 4EQ7A 4TOZA 2OLBA 5I2KB 4C1UA 2DE2A 3MAMA 2LAOA 5DEXA 3Q29A 3MZBA 1EU8A 1S7YA 1MQDA 2RC9A 2I4BA 3WAFA 3VE1B 3UIFA 4OENA 4I8CA 1N7WA 5ITOA 3B7DA 1MDP1 4ELOA 2XXXA 2A5SA 2G93A 4QSDA 3FV1A 3RTWB 1D4NA 3SEWA 3PV0E 2V84A 3K1MA 3E3KA 3CG3A 1MY1A 3K1PA 4GFRA 4QFNA 5CC2A 5FTIA 2E1SA 2FA7A 1B40A 5AA3A 4NF4B 1LB8A 2PMSA 3MZ9A 3UP9A 3I3VA 4E0XA 3MBPA 1IIWA 5ISUA 4IO3A 4OEUA 2H4IA 3TEPA 4R9GA 2XXIA 5HM4B 2VD2A 3LC8A 3IORA 4Z7EA 2O1MA 5ICQA 4IY6A 3KJTA 4NWCA 5FTHA 2AYSA 3IX1A 5I59B 1SVXB 1LLSA 3F11A 3DLNA 2DE4A 3P7IA 2GHBA 1MG1A 3THIA 4AB5A 3U92A 4FIMA 3FD3A 3FV2A 2RC8A 1N7XA 1BIYA 4DXUA 2O84X 5TPAB 2PX1A 2F97A 3K01A 4YAHX 3C36A 4OERA 2AIXA 4G77A 4YB7A 3VXBA 4F3PA 2XD3A 4GQOA 3CIJA 4ZE9A 1SW4A 1DPEA 3TTRA 4KHZE 4ZDMA 2HCAA 4EQ9A 5H8FB 4RPOA 4Q5TA 2DWJA 3M3LA 4C0RA 1MXWA 3KOTA 1YPNA 4G4PA 5CMMA 2WOKA 1OMPA 4OTEA 3G3FA 3DP4A 3HV1A 2F34A 2UVHA 4MH5A 3OXNA 2F6GA 4F39A 1GV8A 1B0HA 3ZS6A 5I56A 4NF5B 3VLUA 2NUVA 4U21A 4P11A 3DM0A 1JQFA 3TTLA 1P1WA 1PEBA 1ZMGA 1HSJA 3H6UA 4JWXA 1NNKA 2I0BA 4NF8A 3FVNA 1PB7A 3RN8A 3MQ9A 2XXRA 3O28A 5I2NA 1B4HA 3PUZE 3PPOA 3C34A 2R9JA 3CI8A 3UN6A 4NMYA 3OSQA 1AH5A 1JEUA 4RNSA 5A5XB 1EZPA 3VFJA 4EDPA 1WODA 3RQTA 2ZYOA 3TKDA 5AA4A 1FQDA 4F1UA 3SESA 2ZNSA 3GXAA 2QL3A 3SEUA 2X7PA 4K3FA 1FCKA 1US4A 5I58B 1B0LA 4R6YA 1MQJA 1POY1 1UTBA 4PE5B 1TT1A 3IR1A 3EQ1A 2V3UA 3PU5A 2IA4A 2Q8JA 1D3KA 5DVIA 2XHDA 3SKPA 4ZE8A 4KYSA 1LB9A 1SQYA 3EF7A 5CBSA 3OOAA 3CFZA 3O29A 4F3SA 2I3WA 1H3DA 4PFYA 3L6HA 1I6QA 2AL5A 5TU0A 1B2HA 3H7MA 3UORA 3RT8A 4KCCA 1B7ZA 5ICTA 1JETA 2DSFA 1KWHA 4O3CA 1GVCA 3TPAA 3RYAA 1ZBMA 5L8DA 4LUBA 1BKAA 1BLFA 3KN8A 4EXLA 2THIA 4R2BA 4YB6A 3HSTA 4JWYA 1NNTA 3W9WA 5H8QA 4F1VA 1OVTA 2WKYA 4PFUA 5I2KA 3PPNA 1SD3A 4ESXA 1A8FA 2DYXA 3IK6B 3B6TA 1MM6A 1M5FA 4IO5A 5L9SA 4YB5A 1QULA 5F7VA 3HPIA 1Q35A 3RPWA 4Q30B 1UIUA 1F9BA 3OO8A 4ZEKA 1N84A 4POXA 2HXWA 4X1BA 1PC3A 1J1NA 5ITPA 4R9FA 5K2YA 5I56B 4X48A 4ZEDA 3SETA 4JXIA 1O63A 3K4UA 4H0WA 3LVUA 4EF2A 5K2XA 3MZ1A 2D5WA 1RYXA 2X26A 3H3GA 1M5BA 4XIGQ 4THIA 2P1SA 1TFAA 3IO6A 1Y4TA 2ZYMA 1D9VA 1NNFA 1LCTA 3PUWE 4GXAA 1II5A 1YAEA 2QRYA 2F5XA 5CBRA 3U72A 2UXAA 2V25A 2F35A 3LSWA 2PT1A 5CMCA 1A55A 3G3IA 4XKPA 2H98A 1FTJA 3S9EA 1LCFA 4OWDA 5AA2B 5I59A 1R9LA 4GLIA 4F22A 3TELA 4M4GA 1AIVA 4F2OA 1FQCA 3K1NA 3PMXA 3DP8A 4BDMA 2QMWA 3SDFA 3C31A 5TPAA 5IKBA 1MY2A 4GWOA 1RKMA 3H06B 2R71A 1NKXA 3LR1A 4XXUA 4N13A 4QRZA 3MW0A 2XXTA 4DLDA 1B1XA 3QYTA 1ZIUA 1EH3A 2QS1A 1B05A 3OEKA 4AB6A 1A99A 4TQUQ 4JDFA 2UYEA 2DWHA 2O7UA 5H8FA 4YMAA 3FZVA 4F3GA 1MDQA 3K00A 4BLAA 1B3GA 3N6UA 3N94A 3OO9A 2WOLA 1QUKA 1SYIA 3QXMA 2CMOA 4FE8A 4ONYA 1US5A 4YKIA 4G68B 1DOTA 2DXYA 3K2DA 4I62A 3HN0A 4N6PA 1URDA 3CSBA 3K0VA 4H8JA 3OO6A 2GRVA 4NF5A 2QS2A 3ZKKA 1Q1KA 2F7CA 1XS5A 2QSXA 3G3KA 2YJPA 1UQWA 3EHSA 1XVYA 1GTKA 1OLAA 1Z7ME 3TTNA 4F29A 4FJPA 1R6ZA 5HPQA 3S2VA 4ZECA 4PFTA 3K6VA 1N04A 3KN3A 4IO7A 3FVOA 4KYDA 3O97A 2O51A 1P1OA 3RLFE 2UVJA 1USYH 5A5XA 1MRPA 3KFMA 2Q9TA 1LAGE 1URGA 1TXFA 3FVKA 4ND9A 4U23A 3JV9A 2Q88A 4RYAA 5BUUA 1QJMA 3DRJA 2ABHA 4MLVA 5EHSA 5I58A 2DS9A 4ZS9A 2PT2A 3B6WA 2XXUA 3FXUA 5JTYB 2RINA 4ZEBA 1TWYA 3TZAA 4R72A 3T66A 4GXSB 4H8IA 1B4ZA 2R6GE 3CSGA 4KI0E 4KD5A 4YKPA 1SI1A 3IOWA 5CI5A 2Y7WA 4GRKA 2GH9A 3DRFA 1NNPA 1Z7NE 4POWA 3VLVA 2VP1A 2Y7RA 3TMGA 1H45A 3T96B 1H76A 4PETA 4IO6A 5TP9B 1B52A 3OO7A 3FGSA 3ODBA 3O66A 1RYOA 3A09A 3IOTA 5CMBA 2HFBA 1ZKBA 4H67A 4OYVA 1MY3A 1L5TA 3EPEA 2F78A 3G7WA 1M5CA 3TUSA 2DQVA 4DXCA 1YTVA 1UIVA 2DE3A 4U1OA 4XTCQ 1YCJA 1AOVA 1I69A 1A54A 4GD5A 4Q8RA 3IOVA 4HCYA 3LSFB 1LBCA 3VLWA 4NWDA 2CZLA 4H5FA 4R73A 5J1DA 3LSXA 1H44A 1XT8A 2P2AA 2E0SA 1MH3A 3A3CA 3TQLA 2Z8FA 1DTGA 1Y4CA 2F7AA 1MQIA 3T9UA 4QFPA 3QUJA 1MXZA 1MQGA 1MXXA 4LZ5A 5M2VA 2VD3A 2FYIA 1R9QA 2A5TB 1PBQA 4MLQA 3DRHA 3FTOA 3BFTA 3IO4A 2D3IA 4DZ1A 5EHMA 3BKIB 3FXQA 4Z0IA 3ONMA 3OMBA 4KCDA 3RYBA 4GVOA 5F1QA 3O6GA 4ZZEA 4BDLA 1LSTA 1R1NA 2HAVA 1MQHA 5JEIA 3V5AA 1DPPA 5AA2A 1Y3QA 3TTMA 4O3BA 4I1DA 2VOZA 4FEBA 2RC7A 2WOPA 2GFEA 4R75A 1ZJLA 4QFOA 1GR2A 4R74A 1ELJA 4IY5A 2QS3A 4EUOA 4JSDA 1OVBA 2O1LA 1IXGA 3G3HA 2DWAA 4IGRA 3RT6B 3IJXB 1OIBA 3MPLA 2Y7KA 2Z8EA 4OMBA 1FQFA 4JWOA 3S4UA 3TODA 1WVJA 2HEUA 5EYFA 4O3AA 1LAFE 2Q2AA 3N26A 2ONRA 5KCJB 3LUYA 2HZKA 5H8NB 3T9XB 1PBPA 2I49A 3E4RA 3ILTB 3G3GA 3KG2A 3R7XA 4F3BA 3C4MA 2B65A 3IL1B 3MUQA 4QF9A 4LONB 2Y84A 1JVXA 3KEIA 3LBSA 4G68A 1I6AA 4LVQA 1DSNA 2XX7A 1IZ1A 3E9XA 1CB6A 3K02A 1XHYA 3H03A 4P0GA 3TDJA 1GGGA 2Z8DA 3FUZA 3KBRA 3IJOB 1QUJA 4EQBA 1B5JA 3V83A 3O6IA 1FTMA 1NMUA 4FATA 3IOUA 1HSEA 3PGFA 4ELRA 4Q0CA 2ESNA 4YKKA 4OHNA 2F36A 4U1ZA 3IB1A 3C33A 1O64A 3C32A 2Z22A 2I58A 4WEPA 1XOCA 1O7TA 1M5DA 2REJA 4LQ5A 2FNCA 4M1VA 2Y7IA 3O6PA 3RGYA 5I84A 4QFLA 4RY1A 1B6HA 1SW2A 1VFEA 2QPQA 1B1HA 1B58A 3WAEA 2QS4A 3I5OA 3W9VA 3D4GA 3IB0A 3RNNA 1B9JA 3TTKA 1FQBA 1P99A 2PYYA 3UA8A 2D21A 1FQEA 3TCHA 3CRBA 3KGCA 3SERA 3PPRA 3K6XA 1ANFA 3VDFA 5HBCA 4YMBA 3OENA 2NXOA 5H8SA 4ECFA 3MC2A 1Y1ZA 4YU0A 3H4ZA 2DOJA 4X1DA 5FHMA 5JTYA 3N6TA 3TAJA 3PPQA 1I6BA 3RTFB 1SBPA 3MVWA 1B7UA 4HCWA 3MWBA 1OLCA 3UK4A 1HSLA 3PMVA 4BDQA 3MVZA 2NWJA 3PAMA 4LZ8A 4OETA 4OZ9A 1D9YA 2XXQA 1LAXA 4U2RA 2F7BA 2V3TA 5FHOA 5B7DA 5B70A 3PMWA 4C1TA 4NEDA 3C35A 5CMKA 4JB7A 1IUDA 5TP9A 3PD8A 1ATGA 4OESA 4KYEA 3CHGA 1MM7A 3VVDA 3VVFA 2HAUA 3O2AA 3D4CA 3I6VA 4UACA 4F31B 4PP0A 4R6HA 4GL0A 1SI0A 4F1YA 2XXWA 2XXYA 3MP6A 4TLMB 1M5EA 5DVJA 4RJZA 3MPKA 5DVFA 3N5LA 4OQOA 2NOOA 4ISUA 4PQJA 3S9MC 2DVCA 3RY3A 3PUVE 4U4XA 1Y3NA 4XKRA 4LZ7A 3GLBA 3R26A 2X7QA 2Q89A 2PVUA 1SW5A 5CM6A 4DCXA 3O9PA 1JNFA 3SEVA 5DT6A 2UYFA 2YLNA 3ILUB 5JK4A 4I9DA 3C9HA 2PBWA 2A5TA 2REGA 2VGQA 3H6WA 4MFIA 3DP6A 4FAJA 1A8EA 4L17A 3T9HB 5AA1A 1BP5A 5AA2D 1FQAA 1MS7A 1WDNA 4HS7A 3USDA 4AQ4A 2H5YA 4MF3A 2OWTA 1CE2A 4OFJA 3TYHA 3IAZA 3OEMA 4F19A 4RK2A 2Y7PA 2W7YA 4NF6B 1DTZA 3HHGA 3T9VA 2Q2CA 3KJ7A 3MJNA 4G68C 4RXLA 1P1NA 3U1OA 2YPNA 3JZJA 5I57B 2B4LA 1N0TA 5KDTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A3UA 4IO2A 4DIGA 4OA4A 3FIRA 4LN5A 3KSJA 5H8HB 4G8HA 5KCJA 2OX3A 4ZZAA 3ECRA 2DXRA 5LOMA 2O68A 2VPOA 5H8NA 5CRYA 4KFQA 3K6UA 4KPTA 4YKJA 4YZZA 4OVJA 4GWUA 3PUYE 1MPDA 1Q9DA 4I40A 2MKZA 1FPDA 1LBBA 2F3DA 2F8DA 3U93A 1UTHB 2RCBA 4PAIA 2KLFA 4LQ2A 4XF5A 2OWZA 5ET5A 3V89B 4OVSA 3FXRA 3KZGA 4H1XA 1PDAA 5EYGA 3IB2A 4MBPA 3HCQA 1FJ9A 1QW0A 1IMEA 4YICA 3FJMA 1MXUA 4EF1A 3TCFA 3S9NC 3S9LC 1JEVA 3ZKLA 2JJKA 1JW1A 2XXPA 2HQ0A 4P0IA 2OK2A 4DI3D 3B50A 4QFKA 3FJGA 3QIMA 1B3FA 2P0SA 3MVYA 3KSXA 5IAIA 1OQGA 3FVGA 1B51A 3K6WA 3Q25A 3TFLA 2VHAA 4DXBA 2I48A 4NX1A 2O7IA 1IITA 1FTLA 1OQHA 1Y1MA 1SYHA 3L6GA 3Q26A 4BDOA 1MXYA 2XD2A 3E78A 4LATA 3Q27A 2ONKE 4FEDA 1POTA 3PD9A 2B3FA 3M3KA 1B7HA 4G61A 2M8CA 4ESWA 5ELVA 4GL8A 3CFLA 5DEXB 2ZNTA 4PFWA 1VFDA 1USYE 1N3XA 1Y9UA 1YZ0A 3RUMA 4RK9A 2CZKA 4QHQA 3Q28A 4U22A 4GIZA 3TCGA 4BDRA 4RPNA 1FPBA 1MH4A 3O6HA 3EHUA 4FECA 4FORA 1PB9A 1LAHE 4NHBA 1NL5A 4DE8A 4ELPA 2UVIA 5DYHA 5L9MA 2RKMA 2XXHA 3SEXA 3PUXE 1NFTA 3CVGA 2QMXA 1SW1A 4NE4A 4BDNA 1DMBA 4IR8A 1RDZA 1IXIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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