1ZTYA

Crystal structure of the chitin oligasaccharide binding protein
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
528
structure length
528
Chain Sequence
RSELTIVPDFYPTMVRNFNPYLATNLRTTTDFIYEPLVVFNEMKGNTPVFRLAESYKMADDLMSVTFDIRKGVKWSDGEAFTADDVVYSFGLLKAKPELDQRGINKWVTSVEKVDEYKVRFRLSEANSNVPYEISLIPIVAEHVWKDVKDPTTFTNENPVGTGPFTVIDTFTPQLYIQCRNPNYWDAANLEVDCLRVPQIANNDQLLGKIVNSELDWTSSFVPDIDRTYAAANPNHHYWYPAAGTQAFMVNFKNPDPAKKEALDNVDFRRAFSMALDRQTIIDIAFYGSGTVNDFASGLGYAFEAWSDEATHKKYKGFNTYDVEGSKKLLAKAGFKDVNGDGFVETPSGKSFELLIQSPNGWTDFNNTVQLAVEQLQEVGIKAKARTPEFAVYNQAMLEGTYDVAYTNYFHGADPFTYWNSGYNSALQSGDGMPRFAMHYFTDKKLDGLLDSFYKTADKNEQLAIAHGIQKIIAENQVTIPVMSGAWMYQYNTTRFTGWWSEENPKGRPSVWAGIPERLLHVLDLKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Chitin Oligosaccharide Binding Protein
publication title Crystal structure of the liganded and unliganded periplasmic Chitin oligosaccharide binding protein.
rcsb
source organism Vibrio cholerae
molecule tags Sugar binding protein, signaling protein
total genus 157
structure length 528
sequence length 528
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1ztyA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ztyA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1ztyA02
3FJGA 3U72A 4IO4A 3FASA 4RXLA 1M5DA 1MXUA 1MY2A 2DOJA 3UP9A 4GQOA 4EXLA 1NNKA 3A09A 1FTKA 1DTGA 3O2AA 3F11A 3MZ1A 3N6TA 4P0IA 3CI8A 3CFXA 5I56B 2H9BA 3V83A 2OWSA 2HEUA 3PPOA 1QVSA 3RYBA 4G8MA 2O6AA 3O29A 3H06B 2O7UA 1QW0A 4F1VA 3BFTA 2OJTA 4ZDMA 3USDA 5KCJA 1NFTA 3G3GA 1N84A 2QJEA 4YKIA 4OTEA 3RQTA 3M3LA 1VSOA 4ZECA 4TOZA 5L8DA 1MRPA 1H3DA 3IR1A 4RK2A 3KN8A 3O66A 1B7HA 3Q25A 4IGTA 1Y3QA 4ELPA 1OVTA 2H4IA 1FQEA 1IEJA 3DP6A 5EYFA 3OMBA 3IB2A 3KJ7A 3FGSA 5TP9A 5CC2A 1MY3A 4GXSB 1JETA 2I3VA 4JWXA 1PB8A 1FQFA 3IB0A 3U94A 4ZEFA 3TTKA 4F18A 1A8FA 4C1UA 2DXRA 3PMWA 1SVXB 1MQHA 3DRFA 1PBQA 2R6GE 3MP6A 2XX7A 3CFLA 3HHFA 2P0SA 2YJPA 2XXQA 4WXJA 3ZKLA 3S9LC 2Y84A 1MM6A 3ECRA 3QUFA 4GIZA 1A40A 1JNFA 1N04A 1R1NA 4H6DA 3FXUA 3TTMA 1SYIA 3T93B 1T0KA 2F7AA 1OLAA 4G8NA 4OWDA 4N6PA 1O63A 1ZBMA 1YCJA 1PEBA 2X7PA 4KCDA 2I48A 2QS1A 3E9XA 2F6GA 1MPDA 1USYE 3KSXA 3PUXE 3K00A 1B6HA 1A55A 2ABHA 3QYTA 4R2FA 4U4SA 3RTFB 2AL5A 1TXFA 5EHMA 4DDDA 2Q2AA 1UTBB 2VOZA 1OVBA 3EHTA 4I9DA 2O69A 2VD3A 5I2NA 4H5FA 5K2YA 3I3VA 2ZNSA 1FQCA 4O3AA 3VVDA 3MZ9A 4I8CA 3T9VA 3HCQA 1D4NA 1TFAA 4G68C 1N0TA 4YMAA 2QS2A 4OYVA 4BDLA 3TTNA 2F7CA 4XKQA 5CMCA 3O97A 1P1OA 3M3FA 4G2ZA 4G77A 3O6PA 3VDFA 2VHAA 1SI0A 3R6UA 2Y7KA 1O7TA 4AB5A 3Q28A 3PPQA 2OCUA 2F97A 3IX1A 2F78A 2HCAA 4M4GA 1Q35A 1GGGA 4U4XA 1BP5A 3QSLA 1JW1A 4RPNA 3A3UA 3DELB 4FECA 1NKXA 4N07A 3H6VA 3MJNA 4KD5A 5BWJA 4K3FA 1SI1A 1R9QA 1A7LA 3UK4A 1FW0A 2HXWA 2H25A 1OMPA 4DE8A 1MS7A 1VE4A 5J1DA 1JEUA 1B9JA 1MY1A 1IXGA 4IO5A 1MQDA 4HCYA 1B3HA 5TU0A 3LSXA 1SQYA 1XC1A 3MBPA 2DWHA 3K1NA 3OO8A 3VLUA 1B1XA 1GV8A 1OIBA 1GTKA 2Y7IA 1LAXA 4RYAA 3VXCA 1LAHE 1UQWA 2REJA 3K6WA 2XX8A 2Z8FA 4U23A 4OMBA 1SW1A 3MQ9A 4LVQA 3IO6A 2XXTA 3H6TA 5AA4A 3T22A 1Y1ZA 2FYIA 4H5GA 3UIFA 3O9PA 3O6GA 2PYYA 4QF9A 3LVUA 2F35A 1ANFA 1MQJA 3FJ7A 1I6BA 2AL4A 3C9HA 1FQDA 3V8XB 5AA2A 1NMUA 4KFQA 3OOAA 4KQPA 1RYOA 1B7UA 4F2OA 5TPAB 4DCXA 4U2RA 1Z7NE 4H65A 1QUIA 2ZYNA 1AL3A 1S50A 2I4BA 1MY0A 4ECFA 2AYSA 3FVNA 4EXKA 4EQ9A 2GH9A 3I6VA 1NH8A 2NUVA 1EU8A 1B4HA 4OHNA 1LCTA 4R75A 1VFDA 3LBSA 3LR1A 4GXAA 1SW2A 4DIGA 3DRGA 4OEUA 4XTCQ 2O1MA 3MWBA 3TDJA 1LAGE 4JSOA 4NF4A 1VR5A 3ZS6A 4JB7A 1R6ZA 3TEPA 1ELJA 3H6UA 1Y9UA 3KEIA 3UA8A 1BLFA 2QS4A 2BJJX 1A8EA 4QSDA 1UTHA 1QUJA 1TT1A 3O6HA 1LB9A 3OSQA 3M3KA 5F1QA 1MPBA 4POXA 2AIXA 4YKKA 3B7DA 1D9YA 3MPKA 1JEVA 4NF6A 5K2XA 4EQBA 4KR5A 2Z22A 3SEVA 4R74A 3IORA 1US4A 2X26A 3QAXA 2PMSA 2B4MA 3LUYA 4NTLA 1MXWA 1IZ1A 3TCHA 1EZ9A 3SERA 3K0VA 5DVFA 3MVYA 1XT8A 2ONSA 4QFPA 3K1PA 5FTIA 2DP8A 4GD5A 4FEDA 3VLVA 4E0WA 3GXAA 3QUJA 4XKPA 2UVGA 3KOTA 3EHUA 4YZZA 5AA2D 2V3QA 3MAMA 3VFJA 4EDPA 3TCFA 1ATGA 5I84A 4FEBA 1XS5A 3TMGA 1L5TA 1ZU0A 1URGA 4X9TA 3RYAA 5I56A 3CSGA 1B3EA 4LZ7A 1ZIUA 2RCAA 2DE2A 3PD9A 4OQOA 4TLLB 2IA4A 4R6KA 2GHBA 2ONKE 4OVJA 4MBPA 4X1DA 4QFNA 1DPPA 1FTMA 4H0WA 4ND9A 2P1SA 4LQ2A 2VGQA 3FIRA 2O51A 4IB2A 5DT6A 4JWOA 5AA1A 4G8HA 5DEXB 4F1UA 4MFIA 4OESA 3E4RA 3TZAA 3TPAA 5I59B 3MVZA 2V84A 1Y4TA 1MXVA 3MP8A 4ZZEA 1Y1MA 3K6XA 3AXFA 3GZGA 3UORA 4C0RA 3PU5A 2O7IA 3QIMA 4XXUA 2I6EA 2QMXA 4MLQA 4NE4A 2B3BA 3PGFA 3V5AA 1US5A 4NF5A 4NF5B 3N26A 5H8QB 3GLBA 5IAIA 3U92A 2WOPA 5CM6A 3H6WA 2ZXTA 3RN8A 1LSTA 4IO3A 4KPTA 4ZEIA 3E3KA 4DXUA 2I0CA 1B51A 4PFYA 2XXHA 3JYRA 4OXVA 1FTLA 1POY1 4ZEDA 4RNSA 3IO4A 3RNNA 3B6WA 1P99A 4ZEKA 5ICTA 4FE8A 1JVYA 3PAMA 3SEXA 3OD7A 3PUZE 3PPNA 5DVIA 1LGBC 4EF2A 3DLNA 3THIA 1LFIA 4GOTA 3CIJA 2O68A 3DP8A 3SKPA 2RINA 2XX9A 1MXYA 4YAHX 1B40A 4G68A 4G68B 3TAJA 3HO7A 2WOKA 4FORA 3CFZA 3VVFA 3OSRA 2R71A 1UTBA 1P1WA 2OWTA 2QPQA 2NWJA 2PT2A 3RY3A 3TTLA 4P11A 3K1MA 1PDAA 3G3IA 3B6QA 5ISUA 2V93A 4WKMA 1M5BA 1MXZA 1H45A 4EQ7A 5KDTB 3RUMA 3CG3A 2DWIA 2NOOA 3C32A 4JSDA 2V25A 5FHOA 3KN3A 2YPNA 3BKIB 3FZVA 3D4GA 1OLCA 3FVKA 1OQGA 2Z8DA 2Y7RA 5DVJA 3ILUB 1MQGA 3TQWA 3W9WA 4IO6A 2R9JA 2DWJA 2VP1A 1LBBA 3SETA 5L9MA 2B3FA 4I62A 3IB1A 2ZMBA 3KOSA 5H8FB 1MDQA 3OO6A 3K6VA 2DYXA 3T9XB 4QFOA 2ZYOA 3OENA 4O3BA 3DRHA 2PBWA 2RF1A 3TQLA 4ELOA 4R6YA 4F2QA 1Y3PA 4BDQA 3R7XA 1B4ZA 1I69A 1RYXA 4HTGA 3VE1B 3N6UA 2O1LA 3IOTA 4DLDA 1MG1A 1POTA 2X7QA 1BTJA 3B6TA 4ZE9A 2OZZA 3RT6B 1DOTA 1LFGA 2RC8A 1N76A 4GRKA 3P7IA 4R2BA 2DE3A 3K02A 1BIYA 2DE4A 1B1HA 3SEUA 4P0GA 1URDA 4AB6A 1SBPA 1MH4A 2A5TB 2LAOA 5CI5A 1XOCA 2HFBA 1B5IA 2H99A 1SW5A 1FCKA 1JW4A 3VV5A 1JQFA 3FV2A 3HV1A 2O84X 2DQVA 3GBBA 3E13X 3U93A 4ZEBA 5CBRA 3ZSFA 4F39A 3BBRA 1IIWA 1LLSA 2NXOA 1QULA 2XXUA 4WEPA 4NWDA 2GRVA 4R9FA 1QUKA 1LBCA 3EN3A 4U1ZA 1NNPA 3TODA 4Q8RA 3DP4A 3TFLA 5I2KA 1DPEA 3MVXA 1SD3A 5I2KB 4LONB 5TPAA 1II5A 3PPRA 5JK4A 1WDNA 2A5SA 4YICA 3GBAA 1EZOA 3DM0A 4IY5A 4R9GA 3N94A 1B2HA 2I0BA 2F5XA 5AE4A 3DRKA 3PUYE 3I5OA 5L9SA 3N5LA 2ALUA 2Q9TA 3H03A 3T9UA 2Q2CA 4C1TA 3FTOA 3DRJA 3K4UA 2DXYA 3MVWA 1O64A 1CE2A 5H8NB 5JTYB 1ZMGA 3K6UA 1MM7A 1H76A 3RGYA 3HPIA 1EZPA 5KZTA 4Q5TA 1D3KA 3S9EA 2REGA 2CMOA 5HBCA 1UIUA 3TELA 5ITPA 3Q27A 2ANJA 3SEWA 1SW4A 2UYFA 1EH3A 4QHQA 3C35A 4BDNA 3SESA 2UYEA 3KN7A 2H5YA 5DTBA 3LSLA 1XVXA 2I4CA 1A99A 4F3BA 1IITA 4O3CA 4DXBA 4UACA 1DTZA 3KSJA 2OK2A 4F22A 1B5HA 1LAFE 3QK6A 4QSCA 4LZ8A 4KYDA 5FTHA 1MH3A 3BFUA 4KYSA 2PVUA 2XXYA 4LZ5A 4NWCA 4H67A 4BDMA 2Q89A 1AMFA 1SYHA 2DWAA 2Y7WA 4OETA 4GVOA 3LSFB 4YU0A 3G3HA 4FATA 4LUBA 2F36A 4OEVA 3PMVA 4YB6A 4HS7A 3G3KA 4JDFA 1YAEA 1B3GA 4KI0E 3FXQA 3T9HB 3QXMA 1FQBA 1LB8A 4ESXA 1RKMA 3CG1A 3SDFA 1H44A 3TCGA 1Y3NA 3IOWA 2F8DA 3EHSA 1KWHA 1NNFA 1SDXA 4I1DA 3IL1B 2F34A 4NEDA 5H8SA 5I58B 3RT8A 3TUSA 2P2AA 1TFDA 5FHMA 4KYEA 3G7WA 1JVXA 3IJXB 4F3GA 5AA3A 1MPCA 3TTRA 4ISUA 1F9BA 1Q1KA 1H43A 1B05A 4HCWA 1XVYA 3ILTB 3JV9A 5ITOA 4ONYA 2GFEA 4F3SA 4Z7EA 3MW0A 4XKNA 1B3LA 2GHAA 4OZ9A 3Q29A 4ELQA 2Q8JA 4LA9A 1HSJA 3HSTA 3C34A 5DEXA 4L17A 3U1OA 2Y7PA 3D4CA 2DVZA 1MY4A 1B7ZA 1Z7ME 4BDOA 1URSA 5I59A 1QJMA 4OERA 5KCJB 4Q30B 3C33A 5F7VA 3S9NC 4YB5A 2OBGA 5CMMA 4DXCA 3ZKKA 4IGRA 4IO2A 1A54A 4LQ5A 4M1VA 1AOVA 2HAVA 3KBRA 3MPLA 1FQAA 3O6IA 3H7MA 2Q88A 3IJOB 4KCCA 3VLWA 2OLBA 3S9MC 3W9VA 1Y4CA 4JWYA 1YPNA 5TP9B 5H8QA 4GFRA 3A3CA 4PQJA 4OENA 3C31A 3KFMA 1IUDA 1YTVA 1AIVA 1DSNA 5M2VA 1B0HA 3T96B 2ESNA 3EPEA 4H8IA 1OQHA 4N13A 2HAUA 3MC2A 3LSWA 3FATA 4XKRA 4ZZAA 4ZS9A 2XXVA 2UVJA 3Q26A 4MH5A 2W7YA 1IXIA 1XHYA 5L9OA 2I58A 3KGCA 4IY6A 3G3FA 2I3WA 3LC8A 1NNTA 4G4PA 5FHNA 2QSXA 5B7DA 3UN6A 3CRBA 3RTWB 1D9VA 3V89B 4DZ1A 4FAJA 2D21A 2DSFA 2XD2A 4EUOA 1M5FA 2H98A 4YKPA 2E0SA 2B65A 4NF8A 1MDP1 4NF8B 1M5EA 1S9TA 3FV1A 3CVGA 3FD3A 4BLAA 2PT1A 3DRIA 4RA1A 4MLVA 4Q0CA 3MP1A 1HSEA 4R73A 5BUUA 3W15C 1IXHA 4THIA 2XXPA 2D5WA 4TQUQ 2UVHA 3VXBA 4Z0IA 5DYHA 4EF1A 5KDTA 5A5XA 5A5XB 5I2NB 4QRZA 4OFLA 4U21A 1I6AA 4PFWA 2M8CA 1TWYA 1N3XA 1Y20A 1QKAA 1J1NA 4GF8A 2HZKA 1LFHA 2RC9A 5HM4B 1B32A 3FVOA 2RC7A 1AH5A 3C36A 4QFKA 1S7YA 5LOMA 4GL0A 4U1OA 2HQ0A 1HSLA 5ICQA 4PFUA 2VD2A 2QRYA 2ONRA 1PB9A 1B52A 2RCBA 3ONMA 3R26A 5H8FA 4PP0A 2E1SA 3EQ1A 3PPPA 3C4MA 3S2VA 2Z23A 5CRYA 3SEYA 3PUVE 5IKBA 4RJZA 3H4ZA 3KG2A 3OEKA 5CMBA 5CMKA 2XXWA 2Z8EA 4F31B 3G3JA 1IQ7A 4RK9A 1MQIA 2B4LA 4F3PA 1R9LA 2D3IA 3PD8A 1B58A 1ZTYA 4HW8A 4PFTA 4R6HA 2PX1A 1JW5A 4KHZE 3IAZA 4ESWA 2A5TA 4DCYA 3MUQA 4RPOA 2XHDA 3ODBA 2F6PA 3T66A 3KZGA 3H3GA 4YMBA 3IK6B 3K2DA 1IXCA 1MXXA 3FJMA 1I6QA 2XXRA 4TLMB 5AA4B 3MZBA 4QFLA 3JZJA 3OO9A 2WOLA 4RY1A 3OELA 1PB7A 3L6GA 2RKMA 2ZNTA 4BDRA 2V3TA 3O28A 4WEDA 4GL8A 5AA2B 4MF3A 2FNCA 5B70A 3EF7A 2ZYKA 3PUWE 1ZJLA 2G93A 1P1NA 3CR9A 2XXIA 1ZLQA 1FTJA 1UIVA 4OFJA 1N7XA 1P1UA 1GVCA 4AQ4A 3HN0A 4JXIA 3WAEA 5ELVA 5H8NA 2DS9A 1PBPA 2XXXA 5JTYA 3L6HA 3RLFE 2ZNUA 1B46A 4PETA 4PE5B 4LATA 4FIMA 4X1BA 5JEIA 2QL3A 2IEEA 2THIA 3VVEA 3CSBA 4F19A 1B5JA 2QS3A 4H8JA 4QSEA 4XIGQ 3OXNA 2HZLA 4NF4B 3HHGA 4F29A 1N3WA 2CZLA 3TKDA 1BKAA 3OO7A 5HPQA 1VFEA 3K01A 1NH7A 4ELRA 2V3UA 4POWA 3IOUA 2I49A 3FVGA 2FA7A 3WAFA 1DMBA 2WKYA 4IO7A 1UTHB 1WVJA 3FXRA 4F1YA 3OEMA 1NL5A 4GLIA 2QMWA 2YLNA 4UA8A 1B3FA 3S4UA 1CB6A 4NF6B 3U8QA 2G29A 3PMXA 2XD3A 3UGWA 1GR2A 5CBSA 4X48A 5EHSA 1N7WA 3CHGA 4YB7A 4YKJA 4GWOA 3PV0E 4OFOA 3FUZA 1P1QA 1USYH 1M5CA 2ZYMA 2UVIA 5I57A 5I57B 1B0LA 1ZKBA 3TYHA 5H8HA 3KJTA 5H8HB 4JBZA 3IOVA 3M8UA 4R72A 2UXAA 3RPWA 2NVUB 1LCFA 2DVCA 5I58A 1QKBA 4H1XA 1PC3A 4E0XA 4LP2B 4FJPA 2KLFA 4ZE8A 1WODA 1FTOA 4NMYA 4U22A 2F7BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OVSA 3FJGA 3U72A 4IO4A 3FASA 4RXLA 1M5DA 1MXUA 1MY2A 2DOJA 3UP9A 4MEVA 4GQOA 4EXLA 1NNKA 3A09A 1FTKA 1DTGA 3O2AA 3F11A 3MZ1A 3N6TA 4P0IA 3CI8A 3CFXA 5I56B 2H9BA 3V83A 3MYUA 2OWSA 2HEUA 3PPOA 1QVSA 5I5PA 3RYBA 4G8MA 4XFEA 2FBPA 2O6AA 3O29A 3H06B 2O7UA 1QW0A 4F1VA 2WYPA 3BFTA 2OJTA 4ZDMA 3USDA 5KCJA 1NFTA 3G3GA 1N84A 2QJEA 4YKIA 4OTEA 3RQTA 1IMFA 3M3LA 4QBAA 2Q74A 1VSOA 4AS4A 4ZECA 4TOZA 5L8DA 1MRPA 1H3DA 3IR1A 4RK2A 3KN8A 3O66A 1B7HA 2WEFA 3Q25A 4IGTA 3E79A 1Y3QA 4ELPA 1OVTA 2H4IA 1FQEA 1EYKA 3MSTA 1IEJA 3DP6A 5EYFA 3OMBA 3IB2A 3KJ7A 3FGSA 5TP9A 3QMFA 1EYIA 5CC2A 1MY3A 4GXSB 1JETA 2I3VA 1RDYA 4X04A 4JWXA 1PB8A 1FQFA 3IB0A 3U94A 4ZEFA 3TTKA 4F18A 1FBHA 1A8FA 4C1UA 2DXRA 3PMWA 4MAGA 1SVXB 1MQHA 5I3SA 1FBPA 1LBXA 3DRFA 1PBQA 2R6GE 3MP6A 1NV1A 2XX7A 3CFLA 3IFAA 3HHFA 4O8MA 2P0SA 2YJPA 2XXQA 4WXJA 3ZKLA 3S9LC 2Y84A 1MM6A 3ECRA 3D1RA 3QUFA 4GWYA 4GIZA 1A40A 2CEXA 1JNFA 1N04A 1R1NA 4H6DA 3FXUA 3HFUA 1YXIA 3TTMA 1SYIA 1SPIA 3T93B 1T0KA 2F7AA 4OWDA 1OLAA 4G8NA 4N6PA 1O63A 1ZBMA 1YCJA 4OVTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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